Entre membros da Família Enterobacteriaceae a produção de β-lactamases de espectro estendido (ESBL – Extended-Spectrum β-lactamase) se constitui em um importante mecanismo de resistência a antibióticos β-lactâmicos. O objetivo deste estudo foi determinar a prevalência de ESBL em diferentes gêneros da Família Enterobacteriaceae em um hospital universitário no sul do Brasil. Além disso, avaliou-se o teste de triagem proposto pelo CLSI, o teste que utiliza discos combinados e técnica de PCR para detecção de ESBL na Família Enterobacteriaceae. De forma complementar, foi feita pesquisa de KPC em amostras com resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem. Foram analisados 731 isolados da Família Enterobacteriaceae, obtidos a partir de amostras clínicas de pacientes hospitalizados. A prevalência de isolados produtores de ESBL na Família Enterobacteriaceae foi de 26,8% (196/731). Destacam-se Providencia spp. com uma prevalência de 91,7% (11/12), seguida de Klebsiella pneumoniae com 56,7% (59/104) e Enterobacter spp. com 40,7% (48/118). Entre os antibióticos utilizados no Teste Confirmatório Fenotípico, a cefepima foi o substrato que detectou o maior percentual dos isolados (90,6% - 183/202) como produtores de ESBL. Utilizando a técnica de PCR foi possível detectar blaTEM em 89,6% (208/232), blaSHV em 59% (137/232) e blaCTX-M em 37,9% (88/232) dos isolados. Comparando o perfil de suscetibilidade global das amostras ESBL com as demais amostras consideradas como não produtoras de ESBL, notou-se um grande decréscimo na sensibilidade de todos antimicrobianos testados (p < 0,05) nas ESBL positivas. Apenas os carbapenêmicos (Imipenem e Meropenem) apresentaram total eficácia in vitro. Outros antibióticos com maior percentual de sensibilidade para isolados produtores de ESBL foram Amicacina, Doxaciclina e Piperacilina/Tazobactam com 35,1%, 29,9% e 28,0% de sensibilidade, respectivamente. Entre os microrganismos com teste de triagem para ESBL positivo, 39 apresentaram resistência (plena ou intermediária) ao ertapenem, mas em nenhuma destas amostras foi detectado o gene blaKPC por técnica de PCR.

Introdução: P. aeruginosa é o principal agente causador de infecção hospitalar sendo a primeira causa de pneumonia nosocomial em hospitais brasileiros. Os carbapenêmicos são geralmente o tratamento empírico de escolha para infecções graves causadas por esta bactéria. Entretanto, seu uso tem sido limitado pelas elevadas taxas de resistência entre os isolados de P. aeruginosa principalmente os produtores de metalo-β-lactamases (Mβla). Objetivos: Caracterizar e avaliar a produção de metalo-β-lactamase em amostras de Pseudomonas aeruginosa resistentes a ceftazidima e/ou imipenem em dois hospitais universitários de Porto Alegre. Métodos: O método de disco difusão padronizado pelo NCCLS foi utilizado para avaliar o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos. Um teste de aproximação de discos utilizando ceftazidima com ácido 2-mercaptopropiônico foi utilizado para triagem de amostras produtoras de Mβla. A fita de Etest combinada imipenem com EDTA também foi utilizada como teste fenotípico. Os resultados destes dois testes foram comparados à PCR para pesquisa dos genes blaSPM-1, blaIMP-1 e blaVIM-2 .Os isolados produtores de Mβla foram submetidos a tipagem molecular pela técnica de macrorestrição de DNA seguida de pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). O perfil de hidrólise para o imipenem foi avaliado nas amostras produtoras de Mβla através da variação de absorção medida a 298 nm. Resultados: Dos 92 isolados clínicos analisados, 33 foram positivos no teste de aproximação de discos. Destes, 18 foram produtores de SPM-1 e 5 de IMP-1. Todas as amostras produtoras de SPM-1 apresentaram razão de IP/IPI na fita combinada ≥ 8. Os 18 isolados de SPM-1 foram classificados como um único padrão de PFGE que foi o predominante. Seis isolados pertenciam a um segundo padrão de PFGE, sendo que cinco destes eram IMP-1. O perfil de hidrólise mostrou que os isolados produtores de SPM-1 degradam mais efetivamente o imipenem quando comparado aos produtores de IMP-1 e aos não produtores de Mβla. Conclusões: Há uma alta prevalência de Mβla entre isolados de P. aeruginosa resistentes a imipenem e/ou ceftazidima. O gene SPM-1 é o elemento genético mais prevalente entre as amostras de P. aeruginosa Mβla positivas e a disseminação clonal têm contribuído para os elevados níveis de resistência aos carbapenêmicos entre os isolados de P. aeruginosa nos hospitais deste estudo.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-08-26T13:10:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE_11_04_16_digital_Adriane Borges.pdf: 2262044 bytes, checksum: dbae9d1c06e8de343e9296fef77dafc2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-26T13:10:40Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) TESE_11_04_16_digital_Adriane Borges.pdf: 2262044 bytes, checksum: dbae9d1c06e8de343e9296fef77dafc2 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / FACEPE / Enterobacter aerogenes e Enterobacter cloacae são importantes patógenos causadores de Infecções relacionadas à Assistência à Saúde (IRAS), podendo apresentar diferentes genes de virulência e de resistência a antimicrobianos. O objetivo desse estudo foi caracterizar e comparar genomicamente isolados de E. aerogenes e E. cloacae multidrogas resistentes (MDR), provenientes de um Hospital público de Recife-PE entre 2011 e 2013, através da investigação de genes relacionados à resistência a antimicrobianos e à virulência, como também analisar o perfil plasmidial e relação clonal dos isolados. Portanto, este estudo foi dividido em três etapas: (1) caracterizar fenotipicamente e genotipicamente 51 isolados de E. aerogenes e E. cloacae provenientes de infecção ou colonização em pacientes de um hospital público de Recife-PE, Brasil, através de perfil de susceptibilidade a antimicrobianos, análises de genes de β-lactamase por PCR e sequenciamento de DNA, perfil plasmidial e ERIC-PCR; (2) realizar o primeiro sequenciamento genômico de 2 isolados de E. aerogenes, blaKPC-2 positivos, provenientes de colonização (Ea5A) e de infecção (Ea7A) em pacientes internados na Unidade de Terapia Intensiva (UTI) de um mesmo hospital, além de análise comparativa com 2 cepas de E. aerogenes sequenciadas anteriormente e (3) realizar sequenciamento genômico de 2 isolados de E. cloacae, blaCTX-M-15 positivos, provenientes de infecções: Ec2A (secreção ocular) e Ec7A (hemocultura) em pacientes internados na Unidade de Terapia Intensiva neonatal (UTI neo) de um mesmo hospital, além de análise comparativa com cepas de E. cloacae sequenciadas anteriormente. Em ambas as espécies houve detecção de altas taxas para ESBL (41%) e carbapenemases (18% para E. cloacae e 88% para E. aerogenes), com identificação das variantes: blaTEM-1, blaCTX-M-15 e blaKPC-2. Os isolados apresentaram disseminação clonal, com E. cloacae blaCTX-M positivo disseminado na UTI neonatal e E. aerogenes blaKPC positivo na UTI e em outros setores do hospital. Foi visto que apesar dos isolados apresentarem relação clonal pela ERIC-PCR apresentaram diferentes perfis plasmidiais e de resistências, além de, diferentes genes de resistência. O sequenciamento genômico permitiu a detecção de: (1) vasto arsenal de genes de resistência a beta-lactâmicos, assim como, genes de resistência a outras classes de antimicrobianos, (2) diversos genes de virulência relacionados a adesinas fimbriais, sideróforos, cápsula e biofilme e (3) cinco tipos de sistemas de efluxo e quatro tipos de sistemas de secreção, relacionados pricipalmente à resistência e virulência, respectivamente. Em relação à análise comparativa dos genomas, foi visto que apesar de serem clones pela ERIC-PCR e provenientes do mesmo setor hospitalar, ambas as espécies apresentaram diferenças sutis no quantitativo de genes totais, genes de resistência, genes de virulência, sistemas de efluxo e secreção, além de características exclusivas de cada isolado. Também foi possível detectar que dentre os isolados de E. aerogenes, foi visto que o isolado proveniente de colonização (Ea5A), apresentou genes de virulência potenciais para estabelecer a infecção, além de elementos genéticos móveis capazes de transmitir diversos genes para outras bactérias presentes na microbiota entérica do paciente, o que reforça a importância da colonização no contexto de IRAS. Considerando os isolados de E. cloacae sequenciados genomicamente, o isolado proveniente de hemocultura (Ec7A) mostrou maior número de determinantes de resistência (beta-lactamases e sistemas de efluxo) que o isolado proveniente de secreção ocular, o que pode dificultar o tratamento e consequentemente favorecer a evolução para estágios mais severos como sepse e choque séptico. Os resultados aqui apresentados evidenciam o vasto arsenal de genes de resistência e virulência albergados pelos isolados de E. aerogenes e E. cloacae o que pode facilitar o estabelecimento da infecção e dificultar o tratamento.

Orientadores: Brenda Paula Figueiredo de Almeida Gomes, Rogerio de Castilho Jacinto / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-13T00:24:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Montagner_Francisco_M.pdf: 40440080 bytes, checksum: 91c7e1c3b65d68cb2d0c5c34049c40ea (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Os objetivos do presente estudo foram analisar a microbiota endodôntica em dentes que se apresentavam com necrose pulpar e abscesso periapical; investigar a presença de enterococos, fungos e enterobactérias na saliva e nos canais radiculares; e, determinar in vitro a suscetibilidade antimicrobiana de bactérias anaeróbias estritas isoladas com método de E-test e produção de _-Lactamases. Coletas microbiológicas de 30 canais radiculares e 30 amostras de saliva dos mesmos pacientes foram processadas e identificadas empregando-se métodos de cultura microbiana e testes bioquímicos. Análise estatística foi realizada através dos testes Qui-quadrado de Pearson ou de Fisher. Dos 159 microrganismos isolados nos canais radiculares, predominaram anaeróbios estritos e bactérias Gram-positivas, sendo Peptostreptococcus micros a espécie mais freqüentemente isolada. Fungos, enterobactérias e enterococos foram pouco isolados dos canais radiculares, sendo mais freqüentemente observados em amostras de saliva. Associações de espécies e sinais e sintomas de origem endodôntica foram encontrados. Penicilina G, amoxicilina, amoxicilina + ácido clavulânico, metronidazol foram bastante efetivos frente aos microrganismos testados. Todas as cepas de P. buccae, P. intermedia/nigrescens, P. disiens, P. micros e P. propionicum foram sensíveis à amoxicilina e ao metronidazol. F. nucleatum demonstrou ser bastante resistente aos antibióticos lactâmicos. Observou-se proporção variável de cepas capazes de produzir lactamases. Os resultados sugerem que a infecção endodôntica primária associada a casos sintomáticos é mista, com predomínio de anaeróbios estritos. A presença de fungos, enterococos e enterobactérias não foi significativa tanto nos canais radiculares quanto nas amostras de saliva. Os antibióticos testados mostraram-se efetivos, no entanto resistência microbiana foi detectada em taxas variáveis de acordo com a espécie estudada. / Abstract: The aim of the present study was to analyze the endodontic microbiota of teeth with pulp necrosis and spontaneous pain; detect the presence of enterococci, fungi and enteric bacteria in saliva and root canals; and, to determine, in vitro the antimicrobial sensitivity of anaerobic isolates by E-test and _-lactamasis production. Thirty samples were collected from both root canals and saliva, and processed using strict microbiological techniques. Statistical analysis was performed with Persons X2 test or Fisher's Exact Test, as appropriated. A hundred and fifty nine strains were isolated from the root canals, with a predominance of strict anaerobes and gram-positive bacteria, and Peptostreptococcus micros was the most frequently isolated species. Fungi, enterobacteria and enterococci were seldom found in root canals. There were no Enterobacteria in both places. Positive associations between specific species and signs and symptoms of endodontic origin were present. Penicillin G, amoxicillin, amoxicilin + clavulanate, and metronidazole were effective against the tested microorganisms. All strains of P. buccae, P. intermedia/nigrescens, P. disiens, P. micros e P. propionicum were susceptible to amoxicillin and metronidazole. About 12% to 33% of the isolates were able to produce beta-lactamasis. The present results suggested that the primary endodontic infection in symptomatic teeth was mixed, and was predominantly formed by strict anaerobic strains. Fungi, enterococci and enterobacteria were not significantly found in root canals and saliva. The tested antibiotics were effective, however resistance was detected in several clinical isolates. / Mestrado / Endodontia / Mestre em Clínica Odontológica

Objectives: There is debate on whether the use of third-generation cephalosporins (3GC) increases the risk of clinical failure in bloodstream infections (BSIs) caused by chromosomally-mediated AmpC-producing Enterobacterales (CAE). This study evaluates the impact of definitive 3GC therapy versus other antibiotics on clinical outcomes in BSIs due to Enterobacter, Serratia, or Citrobacter species. Methods: This multicenter, retrospective cohort study evaluated adult hospitalized patients with BSIs secondary to Enterobacter, Serratia, or Citrobacter species from 1 January 2006 to 1 September 2014. Definitive 3GC therapy was compared to definitive therapy with other non-3GC antibiotics. Multivariable Cox proportional hazards regression evaluated the impact of definitive 3GC on overall treatment failure (OTF) as a composite of in-hospital mortality, 30-day hospital readmission, or 90-day reinfection. Results: A total of 381 patients from 18 institutions in the southeastern United States were enrolled. Common sources of BSIs were the urinary tract and central venous catheters (78 (20.5%) patients each). Definitive 3GC therapy was utilized in 65 (17.1%) patients. OTF occurred in 22/65 patients (33.9%) in the definitive 3GC group vs. 94/316 (29.8%) in the non-3GC group (p = 0.51). Individual components of OTF were comparable between groups. Risk of OTF was comparable with definitive 3GC therapy vs. definitive non-3GC therapy (aHR 0.93, 95% CI 0.51–1.72) in multivariable Cox proportional hazards regression analysis. Conclusions: These outcomes suggest definitive 3GC therapy does not significantly alter the risk of poor clinical outcomes in the treatment of BSIs secondary to Enterobacter, Serratia, or Citrobacter species compared to other antimicrobial agents.

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Realizamos um estudo de corte transversal para investigar os fatores de risco para colonização de recém-nascidos por Klebsiella pneumoniae produtora de betalactamase de espectro estendido durante surto em unidade neonatal de risco intermediário. O surto se deveu à colonização crônica de profissional de saúde portadora de onicomicose. Cento e vinte recém-nascidos internados na unidade neonatal durante um período de três meses foram rastreados para colonização por Klebsiella pneumoniae produtora de ESBL através de cultura de swab retal, sendo detectados 27 colonizados. A análise multivariada mostrou que a colonização se associou de forma independente ao uso prévio de antimicrobianos e à ausência de aleitamento materno. Os antimicrobianos mais utilizados foram penicilina e amicacina. Uso prévio de antimicrobianos apresentou odds ratio (OR) igual a 12,3 [intervalo de 95% de confiança (IC): 3,66-41,2, P<0,001]. Aleitamento materno foi associado à redução do risco de colonização (OR: 0,22; IC95%: 0,05-0,99; P=0,049). Nove isolados recuperados no primeiro estágio do surto e 27 isolados de culturas de rastreamento foram posteriormente tipadas por eletroforese em gel de campo pulsado, revelando seis apresentações distintas (A a F). No primeiro estágio do surto ocorreram os clones A, C e E, enquanto entre os 27 isolados das culturas de rastreamento os seis clones foram identificados. O clone A também foi identificado nas mãos de técnica de enfermagem portadora de onicomicose. Pudemos concluir que uso prévio de antimicrobianos predispôs à colonização. O possível efeito do aleitamento materno como fator protetor deve ser mais bem investigado. A detecção de diferentes genótipos de K. pneumoniae sugere que a disseminação de elementos móveis portando o gene ESBL tenha se superposto à simples disseminação de um clone durante o surto / We describe a cross-sectional survey to identify risk factors for colonisation of neonates by extended-spectrum beta-lactamase producing Klebsiella pneumoniae. This occurred following exposure to a colonised healthcare worker during an outbreak in an intermediate-risk neonatal unit. In total, 120 neonates admitted consecutively during a three-month period were screened for ESBL-producing K. pneumoniae by rectal swabbing and 27 were identified as colonised. Multivariate analysis showed colonisation to be independently associated with use of antibiotics and absence of breastfeeding. Previous use of antibiotics presented an odds ratio (OR) of 12,3 [95% confidence interval (CI): 3,66-41,2, P<0,001]. The most commonly used antibiotics were penicillin and amikacin. Breastfeeding was associated with reduced risk for colonisation (OR: 0,22; 95% CI: 0,05-0,99; P=0,049). Nine isolates recovered during the first stage of the outbreak and 27 isolates from surveillance cultures were typed thereafter by pulsed-field gel electrophoresis, revealing six different profiles (A - F). Clones A, C, and E were implicated in the first stage of the outbreak, whereas among the 27 strains recovered from surveillance cultures, all six clones were identified. Clone A was also found on the hand of a nursing auxiliary with onychomycosis. We concluded that prior antimicrobial use predisposed to colonisation. The possible role of breastfeeding as a protective factor needs to be further elucidated. Detection of different genotypes of ESBL-producing K. pneumoniae suggests that dissemination of mobile genetic elements bearing the ESBL gene may have been superimposed on the simple dissemination of a clone during the outbreak

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-04-29. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:39Z : No. of bitstreams: 1 Publico-056a.pdf: 696691 bytes, checksum: 64c4289072c6f1c83f49be3d7e27f3ae (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:39Z : No. of bitstreams: 2 Publico-056a.pdf: 696691 bytes, checksum: 64c4289072c6f1c83f49be3d7e27f3ae (MD5) Publico-056b.pdf: 486744 bytes, checksum: 8df649e134c8e80fb3b1eb63056a2d16 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:39Z : No. of bitstreams: 3 Publico-056a.pdf: 696691 bytes, checksum: 64c4289072c6f1c83f49be3d7e27f3ae (MD5) Publico-056b.pdf: 486744 bytes, checksum: 8df649e134c8e80fb3b1eb63056a2d16 (MD5) Publico-056c.pdf: 204395 bytes, checksum: 0a9399461d184b10dd67c8512f955943 (MD5). 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Em nosso meio, a resistência às cefalosporinas de amplo espectro em enterobactérias tem sido associada à produção de β-lactamases de espectro ampliado (ESβL). Porém, nos últimos anos, a produção de cefalosporinases do tipo AmpC mediadas por genes plasmídiais (pAmpC) também tem sido responsabilizada pela resistência a essas drogas. O objetivo deste estudo foi avaliar a presença de pAmpCs entre amostras de enterobactérias isoladas de pacientes internados no Hospital São Paulo que apresentaram infecção de corrente sangüínea, entre janeiro e julho de 2006. Foram estudadas 133 amostras de enterobactérias identificadas como K. pneumoniae (65 amostras), K. oxytoca (5 amostras), E. coli (41 amostras), P. mirabilis (18 amostras) e Salmonella spp. (4 amostras). O perfil de sensibilidade aos antimicrobianos selecionados foi avaliado pela técnica de diluição em ágar, segundo as recomendações do CLSI. A detecção fenotípica da produção de pAmpC foi realizada pelos testes tri-dimensional e de Hodge modificado. Adicionalmente, foi realizada a detecção fenotípica da produção de ESβL. A pesquisa e identificação dos genes que codificam pAmpC foram realizados pela técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) e seqüenciamento. Entre os antimicrobianos testados, imipenem (99,2%) apresentou a maior taxa de sensibilidade, seguido pela cefoxitina (80,5%). De forma geral, os isolados de K. pneumoniae apresentaram alto grau de resistência aos β- lactâmicos e os isolados de P. mirabilis apresentaram a menor taxa de sensibilidade para ciprofloxacino (27,8%). Entre as 133 amostras estudadas, 59 (44,4%) foram classificadas fenotipicamente como produtoras de ESβL pela metodologia de disco aproximação. Foi observada discordância entre os resultados dos testes fenotípicos para detecção de pAmpC. A produção de pAmpC foi observada em seis isolados de acordo com o teste tri-dimensional, enquanto, o método de Hodge modificado classificou 19 isolados como possíveis produtores de pAmpC. Além disso, resultados duvidosos foram observados em ambas as técnicas. Um único isolado de K. pneumoniae foi identificado como produtor de CMY-2. Este isolado foi corretamente identificado como produtor de pAmpC por ambos métodos fenotípicos empregados. / The broad-spectrum cephalosporins are the main therapeutic options to Enterobacteriaceae infections and the resistance to these agents has been associated to ESβL production. However, plasmid-mediated AmpC β-lactamases (pAmpC) have been associated with this resistance phenotype. The aim of this study was to determine the occurrence of pAmpC among clinical isolates recovered from bloodstream from patients hospitalized at a Brazilian teaching hospital, collected between January and July 2006. A total of 133 non-repetitive Enterobacteriaceae per patients (65 K. pneumoniae, 41 E. coli, 18 P. mirabilis, 05 K. oxytoca and 04 Salmonella spp.) were studied. The antimicrobial susceptibility profile was determined by CLSI agar dilution method. ESβL phenotype was detected by doubledisk diffusion method while pAmpC production was evaluated by two phenotypic methods: modified three-dimensional and modified Hodge tests and the presence of pAmpC genes was confirmed by PCR and sequencing. Among tested antimicrobial, imipenem showed the highest susceptibility rate (99.2%), followed by cefoxitin (80.5%). K. pneumoniae presented high resistance to β-lactams. P. mirabilis isolates showed the lower susceptibility rate to ciprofloxacin (27.8%). Fifty-nine (44.4%) of studied isolates were phenotypically classified as ESβL producers. Modified threedimensional and Hodge methods classified 06 and 19 Enterobacteriaceae strains as pAmpC producers, respectively. Discordant results were observed between phenotypic pAmpC detection methods. Of those, a single K. pneumoniae isolate was confirmed as CMY-2 producer. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Realizamos um estudo de corte transversal para investigar os fatores de risco para colonização de recém-nascidos por Klebsiella pneumoniae produtora de betalactamase de espectro estendido durante surto em unidade neonatal de risco intermediário. O surto se deveu à colonização crônica de profissional de saúde portadora de onicomicose. Cento e vinte recém-nascidos internados na unidade neonatal durante um período de três meses foram rastreados para colonização por Klebsiella pneumoniae produtora de ESBL através de cultura de swab retal, sendo detectados 27 colonizados. A análise multivariada mostrou que a colonização se associou de forma independente ao uso prévio de antimicrobianos e à ausência de aleitamento materno. Os antimicrobianos mais utilizados foram penicilina e amicacina. Uso prévio de antimicrobianos apresentou odds ratio (OR) igual a 12,3 [intervalo de 95% de confiança (IC): 3,66-41,2, P<0,001]. Aleitamento materno foi associado à redução do risco de colonização (OR: 0,22; IC95%: 0,05-0,99; P=0,049). Nove isolados recuperados no primeiro estágio do surto e 27 isolados de culturas de rastreamento foram posteriormente tipadas por eletroforese em gel de campo pulsado, revelando seis apresentações distintas (A a F). No primeiro estágio do surto ocorreram os clones A, C e E, enquanto entre os 27 isolados das culturas de rastreamento os seis clones foram identificados. O clone A também foi identificado nas mãos de técnica de enfermagem portadora de onicomicose. Pudemos concluir que uso prévio de antimicrobianos predispôs à colonização. O possível efeito do aleitamento materno como fator protetor deve ser mais bem investigado. A detecção de diferentes genótipos de K. pneumoniae sugere que a disseminação de elementos móveis portando o gene ESBL tenha se superposto à simples disseminação de um clone durante o surto / We describe a cross-sectional survey to identify risk factors for colonisation of neonates by extended-spectrum beta-lactamase producing Klebsiella pneumoniae. This occurred following exposure to a colonised healthcare worker during an outbreak in an intermediate-risk neonatal unit. In total, 120 neonates admitted consecutively during a three-month period were screened for ESBL-producing K. pneumoniae by rectal swabbing and 27 were identified as colonised. Multivariate analysis showed colonisation to be independently associated with use of antibiotics and absence of breastfeeding. Previous use of antibiotics presented an odds ratio (OR) of 12,3 [95% confidence interval (CI): 3,66-41,2, P<0,001]. The most commonly used antibiotics were penicillin and amikacin. Breastfeeding was associated with reduced risk for colonisation (OR: 0,22; 95% CI: 0,05-0,99; P=0,049). Nine isolates recovered during the first stage of the outbreak and 27 isolates from surveillance cultures were typed thereafter by pulsed-field gel electrophoresis, revealing six different profiles (A - F). Clones A, C, and E were implicated in the first stage of the outbreak, whereas among the 27 strains recovered from surveillance cultures, all six clones were identified. Clone A was also found on the hand of a nursing auxiliary with onychomycosis. We concluded that prior antimicrobial use predisposed to colonisation. The possible role of breastfeeding as a protective factor needs to be further elucidated. Detection of different genotypes of ESBL-producing K. pneumoniae suggests that dissemination of mobile genetic elements bearing the ESBL gene may have been superimposed on the simple dissemination of a clone during the outbreak

Introdução. A resistência bacteriana é facilitada pela pressão seletiva do uso de antimicrobianos na clínica e em outras atividades, como a agricultura e pecuária, além de poder ser disseminada para a natureza por meio do lançamento inadequado do esgoto ou pela aplicação do lodo de esgoto na agricultura. As -lactamases de espectro estendido (ESBL) são uma das formas mais prevalentes de resistência em Gram negativos no mundo, e seus genes codificadores são disseminados por meio de diversos elementos genéticos, principalmente transposons e integrons mobilizados para plasmídios. Objetivo. Identificar e caracterizar genes codificadores de ESBL, bem como suas prováveis formas de mobilização, em enterobactérias isoladas de fontes ambientais e clínicas. Material e Métodos. Quarenta e cinco cepas isoladas de um hospital público em 2004 e 2005, responsáveis por infecções hospitalares (14), infecções comunitárias (7) e colonizações (24), e 7 isoladas de estações de tratamento de esgoto (ETE) em 2009, em São Paulo, geneticamente distintas e produtoras de ESBL da família Enterobacteriaceae, foram estudadas. A técnica de PCR seguida de sequenciamento foi utilizada para a identificação dos genes blaESBL, triagem de elementos móveis e mapeamento do ambiente genético de blaESBL. A identificação dos grupos de incompatibilidade plasmidial (Inc) foi realizada pela técnica de PBRT, e a determinação dos tamanhos dos plasmídios pela técnica de S1-PFGE. Resultados. Os genes blaESBL identificados foram: amostras clínicas - blaTEM-15, blaTEM-197, blaSHV-5, blaSHV-12, blaSHV-27, blaSHV-28, blaSHV-45, blaSHV-55, blaSHV-110, blaCTX-M-2, blaCTX-M-59 e blaCTX-M-131; amostras ambientais blaSHV-28, blaCTX-M-15 e blaCTX-M-8. Os genes blaTEM- 15 e blaTEM-197 estavam associados aos elementos Tn2* e Tn3, respectivamente. Os genes blaSHV-5 e blaSHV-12 estavam associados à IS26, e não foi possível determinar o ambiente genético dos demais genes blaSHV. Os genes blaCTX-M-2, blaCTX-M-59 e blaCTXM- 131 estavam inseridos em integrons de classe 1 complexos, blaCTX-M-15 estava associado à ISEcp1 interrompida pela IS26, e blaCTX-M-8 estava associado à IS10, também interrompida pela IS26. Os principais grupos Inc detectados foram IncA/C (37 por cento ) e IncF (30,4 por cento ). Exceto por 7 cepas clínicas, todas apresentavam plasmídios de alto peso molecular, entre 48,5kb e 388kb. Conclusões. Este estudo detectou 15 genes blaESBL diferentes, dos quais dois são genes novos (blaTEM-197 e blaCTX-M-131) e três são inéditos no Brasil (blaTEM-15, blaSHV-55 e blaSHV-110). A maioria das cepas deste estudo possuía genes blaESBL associados a elementos mobilizáveis, bem como continham plasmídios de grupos Inc envolvidos na disseminação da resistência antimicrobiana. Além disso, carreavam plasmídios provavelmente conjugativos. Os resultados deste estudo mostram genes de resistência associados a elementos mobilizáveis em cepas contendo elementos transferíveis. As cepas foram isoladas tanto em uma instituição de saúde como nas ETEs da Grande São Paulo, mostrando o potencial de disseminação da resistência da clínica para o ambiente em nossa região. / Introduction. Bacterial resistance is facilitated by selective pressure of antimicrobial use in clinical and other activities, as agriculture and livestock, and can be spread to nature through the inadequate discharge of sewage or by the use of sludge in agriculture. Extended-spectrum -lactamases (ESBL) are the most prevalente forms of resistance in Gram-negative bacteria in the world, and their encoding genes are disseminated through several genetic elements, especially transposons and integrons mobilized to plasmids. Objective. To identify and characterize ESBL-encoding genes, as well as their probable mobilization pathways, in enterobacteria isolated from clinical and environmental sources. Material and Methods. Forty-five strains isolated from a public hospital in 2004 and 2005, responsible for hospital infections (14), community-acquired infections (7) and colonizations (24), and 7 isolated from sewage treatment plants (ETE) in 2009, in São Paulo, genetically distinct and ESBL producers from Enterobacteriaceae family, were studied. PCR technique followed by sequencing was used for blaESBL genes identification, mobile elements screening and blaESBL genetic environment mapping. Plasmid incompatibility groups (Inc) were identified by PBRT technique, and plasmid sizes were determined by S1-PFGE technique. Results. The blaESBL genes identified were: clinical samples - blaTEM-15, blaTEM-197, blaSHV-5, blaSHV-12, blaSHV-27, blaSHV-28, blaSHV-45, blaSHV-55, blaSHV-110, blaCTX-M-2, blaCTX-M-59 and blaCTX-M-131; environmental samples blaSHV-28, blaCTX-M-15 and blaCTX-M-8. Genes blaTEM-15 and blaTEM-197 were associated to the elements Tn2* and Tn3, respectivelly. Genes blaSHV-5 and blaSHV-12 were associated to IS26, and it was not possible to detect the genetic environment of the other blaSHV genes. Genes blaCTX-M-2, blaCTX-M-59 and blaCTX-M-131 were inserted in complex class 1 integrons, blaCTX-M-15 was associated to ISEcp1 interrupted by IS26, and blaCTX-M-8 was associated to IS10, also interrupted by IS26. The most common Inc grups detected were IncA/C (37 per cent ) and IncF (30,4 per cent ). Except for 7 clinical strains, all isolates showed high molecular weight plasmids, rangng from 48,5kb to 388kb. Conclusions. This study detected 15 different blaESBL genes, from which 2 are new genes (blaTEM-197 e blaCTX-M-131) and 3 are still unpublished in Brazil (blaTEM-15, blaSHV-55 and blaSHV-110). Most of the strains from this study had blaESBL genes associated to mobile elements, as well as they had plasmids from Inc groups involved in the spread of antimicrobial resistance. Moreover, the strains probably carried conjugative plasmids. Results from the present work show resistance genes associated to mobile elements in strains carrying transferable elements. The strains were isolated either from a healthcare institution or from ETEs in São Paulo, which shows the spread potential of resistance from the clinic to the environment in our region.