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[en] JOINT AUTOMATIC GAIN CONTROL AND RECEIVER DESIGN FOR QUANTIZED LARGE-SCALE MU-MIMO SYSTEMS / [pt] PROJETO CONJUNTO DO AGC E DO RECEPTOR EM SISTEMAS MU-MIMO DE GRANDE ESCALA QUANTIZADOS

THIAGO ELIAS BITENCOURT CUNHA 27 September 2019 (has links)
[pt] O emprego conjunto de Redes de Acesso por Rádio em Nuvem (CRANs) e sistemas de múltiplas entradas e múltiplas saídas (MIMO) de larga escala é uma solução chave para atender aos requisitos da quinta geração (5G) de redes sem fio. No entanto, alguns desafios ainda precisam ser superados como a redução do consumo de energia do sistema, a capacidade limitada dos links fronthaul e a redução dos custos de implantação e operação. Embora seja prejudicial para o desempenho do sistema, a quantização em baixa resolução é proposta como uma solução para estes desafios. Portanto, técnicas que melhoram o desempenho de sistemas quantizados grosseiramente são necessárias. Em sistemas móveis, os ADCs geralmente são precedidos por um controle de ganho automático (AGC). O AGC trabalha moldando a amplitude do sinal recebido dentro do intervalo do quantizador para usar eficientemente a resolução. A fim de solucionar esses problemas, esta dissertação apresenta uma otimização conjunta do AGC, que funciona nas cabeças de rádio remotas (RRHs), e um filtro de recepção linear de baixa resolução consciente (LRA) baseado no mínimo erro quadrático médio (MMSE), que funciona na unidade de nuvem (CU), para sistemas quantizados grosseiramente. Desenvolvemos receptores de cancelamento de interferência lineares e sucessivos (SIC) com base na proposta conjunta de AGC e LRA MMSE (AGC-LRA-MMSE). Uma análise da soma das taxas alcançáveis juntamente com um estudo de complexidade computacional também são realizadas. As simulações mostram que o projeto proposto fornece taxas de erro reduzidas e taxas alcançáveis mais altas do que as técnicas existentes. / [en] The joint employment of Cloud Radio Access Networks (C-RANs) and large-scale multiple-input multiple-output (MIMO) systems is a key solution to fulfill the requirements of the fifth generation (5G) of wireless networks. However, some challenges are still open to be overcome such as the high power consumption of large-scale MIMO systems, which employ a large number of analog-to-digital converters (ADCs), the capacity bottleneck of the fronthaul links and the system cost reduction. Although it often affects the system performance, the low-resolution quantization is a possible solution for these problems. Therefore, techniques that improve the performance of coarsely quantized systems are needed. In mobile applications, the ADCs are usually preceded by an automatic gain control (AGC). The AGC works shaping the received signal amplitude within the quantizer range to efficiently use the ADC resolution. Then, the optimization of an AGC is especially important. In order to present possible solutions for these issues, this thesis presents a joint optimization of the AGC, which works in the remote radio heads (RRHs), and a low-resolution aware (LRA) linear receive filter based on the minimum mean square error (MMSE), which works in the cloud unit (CU), for coarsely quantized large-scale MIMO with CRAN systems. We develop linear and successive interference cancellation (SIC) receivers based on the proposed joint AGC and LRA MMSE (AGCLRAMMSE) approach. An analysis of the achievable sum rates along with a computational complexity study is also carried out. Simulations show that the proposed design provides improved error rates and higher achievable rates than existing techniques.
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[en] ON THE COMPARISON OF COMPUTATIONALLY EFFICIENT QUOTA-SHARING METHODOLOGIES FOR LARGE-SCALE RENEWABLE GENERATION PORTFOLIOS / [pt] COMPARAÇÃO DE METODOLOGIAS COMPUTACIONALMENTE EFICIENTES PARA RATEIO DE QUOTAS DE PORTFOLIOS DE GERAÇÃO DE ENERGIA RENOVÁVEL DE LARGA ESCALA

LUCAS FREIRE 17 July 2017 (has links)
[pt] Portfólios de fontes renováveis de energia elétrica são mecanismos de gerenciamento de risco interessantes para comercialização de energia em mercados de negociação bilateral. Quando formados por agentes que pertencem a diferentes companhias sua estabilidade depende da maneira com que os benefícios de mitigação de risco gerados pelo portfólio são alocados individualmente entre os participantes. O problema de se encontrar uma solução estável pode ser matematicamente formulado através da busca de um vetor de alocação de quotas que pertença ao núcleo do jogo cooperativo, que por sua vez pode ser formulado como um conjunto de restrições lineares que aumenta exponencialmente com o número de participantes. Adicionalmente, o lado direito de cada restrição que define o núcleo do jogo cooperativo define o valor de uma determinada coalisão que, no presente trabalho, é obtido através de um modelo de otimização estocástica de dois estágios. Este trabalho compara diferentes metodologias computacionalmente eficientes baseadas em programação linear inteira mista e na técnica de decomposição de Benders para encontrar vetores de alocação de quotas que pertençam ao núcleo de portfólios de larga escala de geradores de energia renovável. São apresentados estudos de casos que utilizam dados reais do sistema elétrico brasileiro. / [en] Portfolios of renewable electricity sources are interesting risk-management mechanisms for trading in electricity contract markets. When they are formed by players belonging to different companies, their stability relies on the way the riskmitigation benefit generated by the optimal portfolio is allocated through individual participants. The problem of reaching a stable allocation can be mathematically formulated in terms of finding a quota-sharing vector belonging to the Core of a cooperative game, which can be formulated as a set of linear constraints that exponentially grows with the number of participants. Moreover, the right-hand-side of each constraint defining the Core relies on a given coalition value which, in the present work, is obtained by a two-stage stochastic optimization model. This work presents and compares efficient methodologies mainly based on mixed integer linear programming and Benders decomposition to find quota allocation vectors that belongs to the Core of large-scale renewable energy portfolios. Case studies are presented with realistic data from the Brazilian power system.
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VCO Banda Larga Integrado para Receptor a Cinco Portas

Brito Filho, Francisco de Assis 03 September 2009 (has links)
Made available in DSpace on 2014-12-17T14:55:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 FranciscoAB.pdf: 846082 bytes, checksum: d9718796dd9ac807f8f053e7d371d2bb (MD5) Previous issue date: 2009-09-03 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / This work presents an wideband ring VCO for cognitive radio five-port based receivers. A three-stage differential topology using transmission gate was adopted in order to maintain wide and linear tuning range and a low phase-noise. Monte-Carlo analysis were performed for phase-shift response of individual stages, which is an important figure of merit in five-port works. It was observed a fairly linear correlation between control voltage and oscillation frequency in the range between 200 MHz and 1800 MHz. The VCO was preliminarily designed for IBM 130nm CMOS technology / Este trabalho apresenta um VCO anel banda-larga para ser utilizado em receptores para R?dio Cognitivo baseados no correlator a cinco portas. Uma arquitetura diferencial de tr?s est?gios com porta de transmiss?o ? utilizada como forma de manter uma sintonia linear em larga faixa de frequ?ncias, bem como, um baixo ru?do de fase. An?lises de Monte-Carlo foram feita para avaliar as varia??es de fase em cada est?gio, o que constitui uma figura de m?rito importante em receptores baseados no correlator de cinco portas. Observou-se correspond?ncia razoavelmente linear entre tens?o de controle e freq??ncia de oscila??o na faixa compreendida entre 200 MHz e 1800 MHz. O VCO foi preliminarmente projetado para tecnologia CMOS IBM de 130 nan?metros
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[en] BROADBAND RF POWER AMPLIFIERS FOR MULTIBAND TRANSCEPTORS / [pt] AMPLIFICADOR DE POTÊNCIA DE RF BANDA LARGA PARA APLICAÇÃO EM TRANSCEPTORES MULTIBANDA

TIAGO NASCIMENTO DE FIGUEIREDO 02 May 2014 (has links)
[pt] Este trabalho descreve o desenvolvimento completo de um Amplificador de Potência de RF para Transceptores Multibanda. Em sua etapa inicial mostra um apanhado geral da teoria de todos os parâmetros relevantes para a medida de desempenho desses dispositivos, como potência, ganho e parâmetros de não linearidades. Em seguida são expostas as teorias básicas para o entendimento dos mecanismos para extração da máxima potência de um transistor, focando nos transistores de efeito de campo FET, incluindo a caracterização para regimes de alta potência. São apresentados os modos de operação de um amplificador de potência, focando nos chamados modos clássicos, dado que esses modos são convenientes para operação em banda larga. Para a correta operação de qualquer dispositivo que apresente ganho, a análise de estabilidade é apresentada com o procedimento de estabilização de transistores. A partir de todo o apanhado teórico, é desenvolvida uma metodologia de projeto de amplificadores de potência utilizando a ferramenta de simulação computacional Advanced Design System. Então, após toda a modelagem do amplificador, a construção e medidas são realizadas e boa concordância com a simulação foi obtida. / [en] This work describes the full development of a RF Power Amplifier for Multiband Transceivers. In its initial stage shows an overview of the theory of all relevant parameters to measure the performance of these devices, like power, gain and nonlinearity parameters. Then it exposes the basic theories for the understanding of the mechanisms for extracting the maximum power of a transistor, focusing on field effect transistors FET, including characterization for regimes of high power. It presents the modes of operation of a power amplifier, focusing on so-called classical modes, since these modes are suitable for broadband operation. For proper operation of any device that presents gain, the stability analysis is presented with the stabilization procedure of transistors. From all theoretical basis, is developed a design methodology of power amplifiers using the computational simulation tool Advanced Design System. So after all the amp modeling, construction and measurements are performed and good agreement was obtained with the simulation.
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Primordial non-Gaussianities: Theory and Prospects for Observations / Não-Gaussianidades Primordiais: Teoria e Perspectivas para Observações

Guandalin, Caroline Macedo 28 August 2018 (has links)
Early Universe physics leaves distinct imprints on the Cosmic Microwave Background (CMB) and Large-Scale Structure (LSS). The current cosmological paradigm to explain the origin of the structures we see in the Universe today (CMB and LSS), named Inflation, says that the Universe went through a period of accelerated expansion. Density fluctuations that eventually have grown into the temperature fluctuations of the CMB and the galaxies and other structures we see in the LSS come from the quantization of the scalar field (inflaton) which provokes the accelerated expansion. The most simple inflationary model, which contains only one slowly-rolling scalar field with canonical kinetic term in the action, produces a power-spectrum (Fourier transform of the two-point correlation function) approximately scale invariant and an almost null bispectrum (Fourier transform of the three-point correlation function). This characteristic is called Gaussianity, once random fields that follow a normal distribution have all the odd moments null. Yet, more complex inflationary models (with more scalar fields and/or non-trivial kinetic terms in the action, etc) and possible alternatives to inflation have a non-vanishing bispectrum which can be parametrized by a non-linearity parameter f_NL, whose value differs from model to model. In this work we studied the basic ingredients to understand such statements and focused on the observational evidences of this parameters and how the current and upcoming galaxy surveys are able to impose constraints to the value of f_NL with a better accuracy, through the multi-tracer technique, than those obtained by means of CMB measurements. / A física do Universo primordial deixa sinais distintos na Radiação Cósmica de Fundo (CMB) e Estrutura em Larga Escala (LSS). O paradigma atual da cosmologia explica a origem das estruturas que vemos hoje (CMB e LSS) através da inflação, teoria que diz que o Universo passou por um período de expansão acelerada. As flutuações de densidade que eventualmente crescem, dando origem às flutuações de temperatura da CMB, às galáxias e outras estruturas que vemos na LSS, provém da quantização do campo escalar (inflaton) que provoca a tal expansão acelerada. O modelo inflacionário mais simples, o qual contém um único campo escalar nas condições de rolamento lento e termo cinético canônico da ação, possui o espectro de potências (transformada de Fourier da função de correlação de dois pontos) aproximadamente invariante de escala e o bispectro (transformada de Fourier da função de correlação de três pontos) aproximadamente nulo. Tal característica é conhecida por Gaussianidade, uma vez que campos aleatórios cuja distribuição é uma normal tem todas as funções de correlação de ordem ímpar nulas. Contudo, modelos inflacionários mais complexos (mais campos escalares, termos cinéticos não-triviais na ação, etc) e alternativas possíveis à inflação possuem um bispectro não nulo, o qual pode ser parametrizado através do parâmetro de não-linearidade f_NL, cujo valor difere de modelo para modelo. Neste trabalho estudamos os ingredientes básicos para entender tais afirmações e focamos nas evidências observacionais desse parâmetro e como os levantamentos de galáxias atuais e futuros podem impor restrições ao valor de f_NL com uma precisão maior, através da técnica de múltiplos traçadores, do que aquelas obtidas com medidas da CMB.
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Aplicação do sequenciamento de nova geração no diagnóstico molecular de cardiomiopatia hipertrófica / Application of next-generation sequencing in the molecular diagnostics of hypertrophic cardiomyopathy

Oliveira, Théo Gremen Mimary de 13 July 2015 (has links)
Introdução: A cardiomiopatia hipertrófica (CH) é uma doença cardíaca estrutural primária, caracterizada por hipertrofia do ventrículo esquerdo, sem dilatação, geralmente assimétrica e predominantemente septal. Na população geral a prevalência estimada da CH é de 0,2% (1:500), correspondendo a 0,5% de todas as cardiopatias. Atualmente estão descritas mais de 1400 mutações associadas à CH em 20 genes relacionados com os miofilamentos do sarcômero, o disco-Z e o transporte de cálcio, sendo que os três mais associados são os genes MYH7, MYBPC3 e TNNT2, responsáveis por 50% do casos com diagnóstico molecular positivo no Brasil. Dessa forma, o advento de novas tecnologias de sequenciamento de DNA de alta performance promete revolucionar o diagnóstico molecular, tornando mais rápida e barata a identificação de alterações genéticas, impactando positivamente na custo-efetividade do manejo diagnóstico e terapêutico de pacientes e famílias com o diagnóstico de CH. Materiais e Métodos: Noventa e uma amostras de uma casuística de pacientes não relacionados, portadores de CH com diagnóstico molecular prévio para os 3 genes mais associados (19 positivas e 72 negativas) foram utilizadas juntamente com uma amostra referência do HapMap (NA12878) na validação de um pipeline proposto para a identificação de alterações genéticas em um painel com 74 genes associados à cardiomiopatias hereditárias, utilizando a plataforma Ion Torrent PGM. A etapa de chamada de variantes foi testada em dois limiares diferentes de cobertura de sequenciamento (30x e 10x) e três limiares de frequência de alelo variante (35%, 25% e 20%). A amostra NA12878 foi utilizada na aferição de valores de reprodutibilidade intra e inter-ensaio. As amostras da casuística de CH com diagnóstico molecular prévio negativo foram utilizadas na análise de ganho diagnóstico. Eram consideradas alterações potencialmente patogênicas aquelas que apresentassem associação prévia com CH ou classificação deletéria em dois de três algoritmos de predição de impacto funcional (PROVEAN, SIFT, PolyPhen2) e MAF<0,01, se disponível. Resultados: A plataforma de sequenciamento utilizada apresentou desempenho aceitável, gerando em média 165,9 ±13,1 Mb, com um valor médio de 146,9 ± 11,54 Mb acima de PhredQ>=20, por amostra. O valor médio de cobertura de sequenciamento por amostra foi de 250 ± 23,94x, com 95,2% das regiões alvo cobertas pelo menos 10x. A sensibilidade máxima observada para SNVs foi de 96,7% enquanto que para InDels foi 28,5%. Os valores de reprodutibilidade inter e intra-ensaio de 89,5% e 87,3%, respectivamente. Das 72 amostras negativas, 35 puderam ser reclassificadas como positivas, sendo que os dois genes com mais ocorrências de alterações genéticas foram FLNC e TRIM63, ambos já relacionados com CH. Vinte e duas amostras foram reclassificadas como inconclusivas e 15 permaneceram negativas. O ganho diagnóstico foi de 21,5%. Conclusões: A plataforma Ion Torrent PGM apresenta potencial no sequenciamento de genes relacionados à cardiomiopatias hereditárias e o pipeline validado mostrou valores analíticos praticáveis em uma rotina diagnóstica. A utilização do painel genético ampliado se mostrou viável na detecção de alterações genéticas, propiciando uma boa margem de ganho diagnóstico em comparação com o sequenciamento apenas dos três genes mais associados à CH / Introduction: Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is a primary cardiac disease, mainly characterized by unexplained left ventricle hypertrophy, in the absence of dilatation, usually asymmetric and predominantly septal. The estimated prevalence is 1:500 individuals in the general population, corresponding for 0.5% of all cardiac diseases. Up to now, more than 1400 mutations are associated with HCM in 20 genes related with sarcomeric myofibrils, Z-disc and calcium homeostasis, wherein the 3 most associated genes are MYH7, MYBPC3 and TNNT2, accounting for 50% of cases with positive molecular diagnostics in Brazil. Thus, the advent of new high throughput DNA sequencing technologies promise to revolutionize the use of molecular diagnostics, turning the identification of genetic mutations in a fast and cheap practice, increasing the cost-effectiveness of diagnostic and treatment of patients and families with HCM. Materials and Methods: Ninety one samples from an HCM casuistic of unrelated individuals with previous molecular diagnostics for the three most HCM-associated genes (19 positives and 72 negatives) were processed along with a reference HapMap sample (NA12878) in the validation process of a pipeline proposed for the detection of genetic alterations in a genetic panel composed of 74 genes associated with inherited cardiomyopathies, using Ion Torrent PGM platform. The variant call step was tested for two cutoffs of sequencing coverage (30x and 10x) and three cutoffs of variant allele frequency (35%, 25% and 20%). The sample NA12878 was used in the assessment of intra and inter-assay reproducibility. Negative samples from the HCM casuistic were used in the assessment of diagnostic yield. Variants were considered potentially pathogenic if previously described as associated with HCM or if presenting a deleterious score in at least two of three impact prediction algorithms tested (PROVEAN, SIFT and PolyPhen-2) and MAF < 0.01, if available. Results: The chosen next-generation sequencing platform presented an acceptable performance, with a mean throughput of 165,9 ±13,1 Mb, with a mean value of 146,9 ± 11,54 Mb above PhredQ >= 20. Mean sequencing coverage was 250 ± 23,94x, wherein 95.2% of target bases were covered at least 10x. Maximum achieved sensitivity for SNVs was 96.7% while for InDels was 28.5%. Both values of inter and intra-assay reproducibility were 89.5% and 87.3%, respectively. Of all 72 negative samples, 35 were reclassified as positive with the two most frequently mutated genes being FLNC and TRIM63, both already associated with HCM. Twenty two samples were reclassified as inconclusive and 15 remained negatives. Diagnostic yield was 21.5%. Conclusions: Ion Torrent PGM platform presented a feasible potential for the sequencing of inherited cardiomyopathies-associated genes and the designed pipeline presented reliable analytical values for diagnostic use. The expanded panel proved to be a good strategy for the detection of genetic alteration providing a good value of diagnostic yield in comparison with the sequencing of the three most HCM-associated genes alone
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O consumo de filmes em cinemas no Brasil: uma análise de florestas aleatórias / Movies\' consumption in Brazil: a random forests analysis

Justa, Ticiana Sá da 04 January 2019 (has links)
Baseado em dois momentos distintos da realidade brasileira, os anos de 2002/03 e 2008/09, este estudo busca avaliar se houve mudança no perfil dos consumidore de filmes em salas de cinema, por meio de variáveis observáveis de indivíduos consumidores e não consumidores. Para esta finalidade são empregadas técnicas de mineração de dados de florestas aleatórias sobre os microdados das Pesquisas de Orçamentos Familiares (POFs) de 2002/2003, quando o uso de banda larga no Brasil era praticamente nulo, e de 2008/2009, quando esta já estava estabelecida no país. Esta diferença no tempo e de acesso à banda larga proporcionam uma janela de oportunidade para nosso objetivo, dado o elevado grau de mudanças tecnológicas do período investigado. Apesar de metodologicamente não ser possível isolar completamente o efeito do acesso à Internet sobre o consumo de cinema, espera-se que quanto maior a velocidade de acesso e maior a evolução das tecnologias de compactação de arquivos, a distribuição de conteúdo aumente na rede e permita maior consumo de filmes de maneira alternativa ao em salas de cinema. Neste contexto, além de identificar se houve alguma mudança de perfil dos consumidores de filmes em salas de cinema no Brasil após a popularização da banda larga no país, que oficialmente pode ser considerada no ano de 2006, também avaliamos se estes consumidores diferem significativamente dos não consumidores em suas características observáveis. Adicionalmente, num segundo estudo, usando um modelo de intervenção de Diferenças em Diferenças, investigamos o efeito da banda larga sobre o consumo de cinema. Os resultados apontam divergência clara entre os perfis de consumidores e não consumidores de filmes de cinema. / I investigate whether film at theaters consumers in two distinct time are different in their observable characteristics. My investigation is based on observable variables of consumers and non-consumers data from the Family Budget Survey (POF) of 2002/2003, when the use of broadband in Brazil was almost nil, and from 2008/2009, when it already was established in the country. This change in addition to the high degree of technological changes over the period provides a window of opportunity for our objective. Although methodologically it is not possible to full isolate the effect of Internet access on film consumption, it is expected that the higher the user access speed and the greater the evolution of file compression technologies, the faster and bigger will be the traffic of films files on the web. Accordingly, the greater distribution of content on the network enables the consumption of films in alternative ways to movie theaters. Thus, in addition to identifying possible changes in the profile of movie consumers at the theaters in Brazil since the popularization of broadband in the country, which can officially be considered in the year 2006, the study assess whether these consumers differ significantly from not consumers in their observable characteristics. The results points to several distinctions between cinema consumers and no cinema consumers
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Aplicabilidade clínica da técnica de sequenciamento de nova geração com enfoque em displasias esqueléticas / Clinical applicability of the next generation sequencing technique with a focus on skeletal dysplasias

Yamamoto, Guilherme Lopes 26 September 2017 (has links)
INTRODUÇÃO: Na última década surgiu uma nova técnica, o sequenciamento de nova geração, que, contrário ao método tradicional de Sanger, permite o sequenciamento em paralelo e em larga escala de múltiplos genes, ou até mesmo todos os genes humanos, a menor custo e com uma análise mais acelerada. Essa técnica possibilitou a descoberta de novos genes responsáveis por diversas doenças mendelianas, sendo rapidamente incorporada no contexto clínico. OBJETIVOS: comparar os resultados das técnicas de Sanger e sequenciamento de nova geração em amostras controle; introduzir a técnica de sequenciamento de nova geração no contexto clínico nas casuísticas de doenças ósseas genéticas e RASopatias; avaliar a sensibilidade diagnóstica desta técnica em amostras sem dados clínicos fornecidos. MÉTODOS: o sequenciamento de nova geração (sob a forma de um painel de genes customizado ou do exoma) foi realizado em amostras com mutações identificadas previamente por Sanger e em dois grupos de doenças mendelianas, 144 pacientes com doenças ósseas e 79 com RASopatias, além de 90 amostras sem dados clínicos conhecidos (45 casos e 45 controles). A técnica de Sanger foi aplicada em 29 amostras de doenças ósseas e em 81 amostras para confirmação de variantes identificadas pelo sequenciamento de nova geração. RESULTADOS: A sensibilidade da técnica de sequenciamento de nova geração foi estimada em 95,92% e a especificidade em 98,77%. Na casuística de doenças ósseas, a sensibilidade diagnóstica das amostras sequenciadas por Sanger foi de 69% (20/29), por painel customizado, 60% (75/125) e por exoma, 63% (12/19). Na casuística de RASopatias, a sensibilidade diagnóstica através do exoma foi de 46% (36/79). Como resultado deste trabalho, dois genes novos associados a RASopatias (LZTR1 e SOS2) e um associado a uma displasia esquelética (PCYT1A) foram identificados. Na análise das amostras sem conhecimento prévio da hipótese clínica foi obtida uma sensibilidade diagnóstica de 46,67% (21/45), mas que chegou a 73,08% (14/26) para as hipóteses de erros inatos do metabolismo. CONCLUSÕES: Foi demonstrado que a sensibilidade e a especificidade da técnica do sequenciamento de nova geração são altas e correspondentes a valores encontrados por outros grupos na literatura. Essa técnica foi considerada apropriada não apenas no contexto de pesquisa, demonstrado aqui pela descoberta de três novos genes associados a doenças mendelianas, como também para análises clínicas. Neste estudo a técnica foi aplicada com sucesso no contexto clínico, seja pelo painel customizado, seja pelo exoma, com uma positividade semelhante à encontrada pela técnica de Sanger. Mesmo na análise de amostras sem história clínica prévia foi possível identificar variantes patogênicas em quase metade dos casos, e numa porcentagem ainda maior quando a doença era um erro inato do metabolismo. Essa sensibilidade é comparável à obtida pela espectroscopia de massas em Tandem aplicada à triagem de múltiplas condições simultaneamente, o que sugere que a técnica do sequenciamento de nova geração poderá ser incorporada ao programa de triagem neonatal no futuro, ampliando o emprego de testes genéticos em complementaridade aos testes bioquímicos tradicionais / INTRODUCTION: In the last decade a new technique, the next generation sequencing, has emerged, which, contrary to the traditional Sanger method, performs parallel and high-throughput sequencing of multiple genes, or even all human genes, at a lower cost and with a faster analysis. This technique allowed the discovery of new genes responsible for several Mendelian diseases and has been quickly incorporated into the clinical context. OBJECTIVES: to compare the results of Sanger technique and next generation sequencing in control samples; to apply the next generation sequencing technique in the clinical practice to the cases of genetic skeletal disorders and RASopathies; to evaluate the diagnostic yield of this technique in samples without clinical data provided. METHODS: Next generation sequencing (in the form of a customized gene panel or exome) was performed in samples with mutations previously identified by Sanger sequencing and in two groups of Mendelian diseases, 144 patients with skeletal disorders and 79 patients with RASopathies, besides 90 samples with unknown clinical data (45 cases and 45 controls). The Sanger technique was applied in 29 samples of skeletal disorders and in 81 samples for confirmation of variants identified by next generation sequencing. RESULTS: The sensitivity of the next generation sequencing technique was estimated at 95.92% and the specificity at 98.77%. In the case of skeletal disorders, the diagnostic yield of the samples sequenced by Sanger was 69% (20/29), by customized panel, 60% (75/125), and by exome, 63% (12/19). In the individuals with RASopathies, the diagnostic yield through exome sequencing was 46% (36/79). As a result of this study, two new genes associated with RASopathies (LZTR1 and SOS2) and one associated with a skeletal dysplasia (PCYT1A) were identified. In the analysis of the samples without previous knowledge of the clinical hypothesis, a total diagnostic yield of 46.67% (21/45) was obtained, but it was up to 73.08% (14/26) in the group with hypothesis of inborn errors of metabolism. CONCLUSIONS: It was demonstrated that the sensitivity and specificity of the next generation sequencing technique are high and are similar to values found by other groups in the literature. The technique was considered appropriate not only for research, as demonstrated here by the identification of three new genes associated to Mendelian diseases, but also for clinical analysis. In this study the technique was successfully applied in the clinical context, both by customized panel and by exome, with positivity similar to that obtained by the Sanger technique. Even in the analysis of samples with no previous clinical history, it was possible to identify pathogenic variants in almost half of the cases, and an even greater percentage was obtained when the disease was an inborn error of metabolism. This sensitivity is comparable to that obtained by Tandem mass spectroscopy applied to multi-condition screening, suggesting that the next generation sequencing technique may be incorporated in the future into the neonatal screening program, increasing the use of genetic testing in complementarity to the biochemical tests
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Educação básica no Brasil e História e Cultura Africana e Afro-brasileira - competências e habilidades para a transformação social? / Basic Education in Brazil and African and Afrobrazilian History and Culture - abilities and proficiencies for social transformation?

Sanchez, Livia Pizauro 03 July 2014 (has links)
A Lei 10.639/2003 instituiu a obrigatoriedade do ensino de História e Cultura Africana e Afro-brasileira nos currículos da Educação Básica no Brasil. Este estudo busca compreender as razões da dificuldade de sua implementação, por meio de uma retomada dos percursos históricos trilhados para sua promulgação e da análise das Políticas Públicas federais e das produções acadêmicas a ela relacionadas, durante seus primeiros dez anos de vigência. A coesão entre as diversas políticas educacionais é fator, entre outros, que corrobora para a efetivação dessa legislação. Assim, delimitamos nosso objetivo específico - compreender em que intensidade e de que maneira a política de avaliação da Educação Básica - uma das políticas de destaque na atuação do Estado na área de Educação - pode contribuir para o objetivo de implementação da Lei 10.639/2003. Adotamos a técnica de análise de conteúdos para avaliar as provas do Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM). Esta avaliação ainda tem característica marcadamente branca, presente em imagens, referências e ideários; ela abordou, entre 2003 e 2012, os conteúdos instituídos pela Lei 10.639/2003, porém com pouca frequência, sem abarcar todas as temáticas pertinentes, colocando apenas cinquenta por cento delas como preocupações centrais das questões ou fundamentais à resolução destas, sem permear todas as áreas do conhecimento, e ainda reproduzindo estereótipos sobre a África e/ou o negro/a. A abordagem teve uma melhora qualitativa a partir do ano de 2009. As avaliações em larga escala da Educação Básica podem contribuir para a implementação da Lei 10.639/2003 porque seus conteúdos têm o potencial de dar visibilidade aos temas que abrangem e de influenciar aquilo que efetivamente se ensina em sala de aula, diversificando e problematizando o currículo no tocante às temáticas instituídas por tal legislação. Essa capacidade é limitada, assim como a da própria escola, por sua inserção no aparato institucional do Estado, cuja estrutura está permeada e mantida como tal pelo racismo; mas pode contribuir para o tensionamento e a desconstrução dessas bases ideológicas a partir de suas próprias contradições internas, produzindo um contradiscurso. / Law 10.639/2003 has instituted the obligatory instruction of African and Afrobrasilian History and Culture in Basic Education curriculum on Brasil. This research tries to understand the reasons of its implementation difficulties, by retaking the historical routes coursed to its promulgation and by analyzing the federal Public Politics and the academic productions related to it, during its first ten years of validity. Cohesion between various educactional politics is a factor, between others, which contributes to that Law effectiveness. Thus, we have delimitated our specific object to perceive in which intensity and way the evaluation politics of Basic Education one of the spotlight politics on State operation in the area of Education can contribute to the object of Law 10.639/2003 implementation. We have adopted the content analysis technique to evaluate the tests of Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM). This exam still has a markedly white feature, being in images, mentions and ideas; it has approached, between 2003 and 2012, contents established by Law 10.639/2003, but with little frequency, without covering all relevant topics, putting only fifty per cent of them as central worries of the questions or as fundamental knowledge to the solution of them, without permeating all knowledge areas, and still reproducing stereotypes about neger people and/or about Africa. Approach has had a qualitative improvement since the year 2009. Large scale evaluations of Basic Education can contribute to implementation of Law 10.639/2003 because its contents have the potencial of providing visibility to the topics approached by it and of influencing what actually is been teached in classroom, diversifying and problematizing curriculum regarding to the topics established by such Law. This ability is limited, as the one of school itself, by its insertion on institucional State trappings, whose structure is permeated and maintained as such by racism; but it can contributes to tension and deconstruct such ideological bases from its own internal contradictions, by producing a counterdiscourse.
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Papel do gene DHX37 na etiologia dos distúrbios do desenvolvimento sexual 46,XY associados a anormalidades do desenvolvimento gonadal / Role of DHX37 gene in the etiology of 46,XY disorders of sex development associated with abnormalities of gonadal development

Silva, Thatiana Evilen da 27 November 2017 (has links)
Os distúrbios do desenvolvimento sexual (DDS) 46,XY por anormalidades do desenvolvimento gonadal são doenças genéticas heterogêneas. Os testes genéticos que utilizam o sequenciamento de genes candidatos pelo método de Sanger é efetivo para o diagnóstico etiológico em menos de 40% desses pacientes. O sequenciamento de nova geração é uma ferramenta eficaz no diagnóstico de pacientes com DDSs. No presente estudo, utilizamos o sequenciamento exômico paralelo em larga escala (SEPLE) para identificar variantes alélicas potencialmente causadoras dos DDSs. Pacientes com síndrome de regressão testicular embrionária (SRTE) familial, membros de duas famílias brasileiras não relacionadas (família 1: dois irmãos afetados e pais não afetados e família 2: indivíduo índice, irmã não afetada e sobrinho afetado, filho da irmã do índice) foram selecionados inicialmente. Estes pacientes apresentavam micropenis, testículos ausentes ou disgenéticos e ausência de útero. O DNA genômico foi extraído de leucócitos de sangue periférico e o SEPLE foi realizado usando a plataforma Illumina-HiSeq-2500. Uma nova variante em heterozigose, c.923C > T, (p.Arg308Gln), no DHX37 foi identificada em todos os membros afetados das duas famílias brasileiras. O sequenciamento por Sanger confirmou a presença da variante em todos os afetados, no pai não afetado da F1 e na mãe não afetada do F2. A presença de efeito fundador da variante nestas duas famílias foi excluído, através da análise de 29 marcadores localizados no cromossomo 12q. Trinta e cinco pacientes com 46, XY DDS por anormalidades do desenvolvimento gonadal (6 com SRTE e 29 com disgenesia gonadal) esporádicos foram incluídos na pesquisa de variantes no DHX37 por Sanger ou por painel de genes candidatos (Plataforma Illumina-HiSeq-2500). As variantes c.923C > T, (p.Arg308Gln) em heterozigose e a variante c.451G > A, (p.Arg151Trp) em homozigose foram identificadas no DHX37 em dois pacientes com SRTE esporádicos. As variantes c.142C > T (p.Ala48Thr) e c.2020G > A (p.Arg674Trp) foram identificadas em heterozigose em dois pacientes esporádicos com disgenesia gonadal (DG). De acordo com o American College of Medical Genetics e Genomics guideline (ACMG), as variantes foram classificadas como provavelmente patogênicas (p.Arg308Gln e p.Arg674Trp), variante de significância clínica incerta (p.Arg151Trp) e variante benigna (p.Ala48Thr). Três variantes identificadas no DHX37 eram causadoras de doença em mais de três das ferramentas de previsão in silico utilizadas. Nenhuma das novas variantes no DHX37 foi encontrada nas bases de dados da população disponíveis (EXAC, 1000GENOME, ESP6500, gnomAD e abraOM) com uma frequência maior do que 0,01%. O padrão de metilação da região promotora do DHX37 dos membros afetados e não afetados das famílias 1 e 2 e controles femininos e masculino foi analisado utilizando o ensaio Infinium Methylation EPIC BeadChip (Illumina). Um sítio CpG hipometilado na região promotora do DHX37 foi observado apenas no pai da F1 quando comparado com as amostras dos filhos afetados, membros da F2 e controles. A análise imuno-histoquímica do padrão de expressão da proteína DHX37 foi realizada em amostras de testículos de oito indivíduos com diferentes idades cronológicas. Esta analise revelou que no tecido testicular de recém-nascidos, indivíduos em idade puberal e adultos, o DHX37 estava expresso em células germinativas em diferentes estágios de maturação (presentes nas espermatogonias, espermatócitos e espermátides e ausente nos espermatozoides). Este achado sugere que a proteína DHX37 pode ter um papel no processo de desenvolvimento das células germinativas. O DHX37 (12q24.31) codifica uma proteína DEAH (Asp-Glu-Ala-His) que pertence às famílias RNA helicases cujos membros estão envolvidos em quase todos os processos relacionados ao RNA, bem como ao controle do crescimento, proliferação e processos de diferenciação celular. Pacientes descritos com deleções na região 12q24.31, que contém o DHX37, apresentavam características sindrômicas e anormalidades genitais, como hipospadias ou micropenis. A presença de anormalidades genitais nestes pacientes reforça a hipótese de que o DHX37 está envolvido na etiologia dos DDSs 46,XY. Em conclusão, identificamos fortes evidências de um novo gene, o DHX37, envolvido no processo de desenvolvimento e manutenção das gônadas masculinas. Estudos complementares serão necessários para esclarecer o papel exato do DHX37 nas redes reguladoras de genes que controlam o desenvolvimento sexual humano / 46,XY disorders of sex development (DSD) associated with abnormalities of gonadal development are heterogeneous genetic diseases. Genetics testing using Sanger sequencing of candidate genes is effective for diagnosis in less than 40% of these patients. Next-generation sequencing has been a powerful genetic diagnostic tool in the investigation of DSD patients. In the present study, we used the whole exome sequencing (WES) to identify potentially DSD-causing allelic variants. Patients with familial embryonic testicular regression syndrome (ETRS) of two non-related Brazilian families (Family 1 (F1)- two affected brothers and the unaffected parents; Family 2 (F2)- index patient, his unaffected sister and an affected nephew, the son of the index\'s sister) were initially selected. The patients had micropenis, absent or dysgenetic testes and no uterus. Genomic DNA was extracted from peripheral blood leucocytes and WES was performed using the Illumina-HiSeq-2500 platform. A novel heterozygous variant, c.923C > T, (p.Arg308Gln), in the DHX37 gene was identified in all affected members of the two Brazilian families and in F1\'s father. Sanger sequencing confirmed the presence of the variant in the all of the affected members and in F1\'s father and in F2\'s mother. The presence of a founder effect in these families was investigated using 29 markers located on chromosome 12q and was ruled out. Thirty-five additional patients with sporadic 46,XY DSD associated with abnormalities of gonadal development (6 with ETRS and 29 with gonadal dysgenesis) were screened for variants in this novel candidate gene using Sanger or NGS-based targeted sequencing panel of DSD candidate genes (Illumina-HiSeq-2500 platform). The heterozygous variant c.923C > T (p.Arg308Gln) and the homozygous variant c.451G>A, (p.Arg151Trp) in the DHX37 were identified in two sporadic SRTE patients. The heterozygous variants c.142C > T (p.Ala48Thr) and c.2020G > A (p.Arg674Trp) were identified in two sporadic 46,XY gonadal dysgenesis (GD) patients. According to the American College of Medical Genetics and Genomics guidelines (ACMG) the variants were classified as likely pathogenic (p.Arg308Gln, p.Arg674Trp), variant of uncertain clinical significance (p.Arg151Trp and) and benign variant (p.Ala48Thr); and all three of them were disease causing in more than three of the in silico prediction tools used. None of the novel DHX37 variants identified were found in the available population databases (EXAC, 1000GENOME, ESP6500, gnomAD and abraOM) in more than 0.01%. Segregation analysis of DHX37 allelic variants was performed in 5 families and resulted in the autosomal dominant with incomplete penetrance and recessive inheritance patterns. DNA methylation pattern of the DHX37 promotor region of F1 and F2\'s affected and unaffected members and gender-matched controls was analyzed using the Infinium Methylation EPIC BeadChip (Illumina). One hypomethylated CpG site in the promoter region of the DHX37 was only observed in F1\'s father compared with the affected siblings, F2\'s members and controls. Immunohistochemical analysis of DHX37 protein expression pattern was performed on testis samples of eight individuals with different chronological ages. This analysis revealed that in the testicular tissue of newborns, pubertal and adults, the DHX37 was expressed in different stages of germ cells maturation (present in spermatogonia, spermatocytes and spermatids and absent in spermatozoa). This finding suggests that DHX37 protein might have a role in the process of germ-cells development. The DHX37 (12q24.31) encodes a DEAH (AspGlu- Ala-His) protein of the RNA helicase families, whose members are involved in almost all RNA-related process such as the control of cell growth, proliferation and differentiation processes. Previously described patients with 12q 24.31 deletions, which contains DHX37, showed syndromic features and genital abnormalities as hypospadias or micropenis. This phenotype reinforces the hypothesis that DHX37 is involved in the etiology of disorders in male sex development. In conclusion, a novel gene, the DHX37, involved in the process of development and maintenance of male gonads was identified. Further studies will be necessary to clarify the exact role of the DHX37 in the gene regulatory networks controlling human sex development

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