Durant cette thèse je me suis intéressé à l'évolution profonde du vivant, depuis le dernier ancêtre commun universel (LUCA) jusqu'aux ancêtres des trois grands royaumes, les Archées, les Bactéries et les Eucaryotes. J'ai notamment cherché à placer quelques organismes dans l'arbre de la vie, tels que la bactérie Aquifex aeolicus et l'archée Cenarchaeum symbiosum, et j'ai également étudié l'évolution des températures de croissance il y a plusieurs milliards d'années. Pour ce faire, j'ai développé des algorithmes afin de reconstruire l'évolution de séquences géniques, puis j'ai utilisé ces séquences pour prédire les températures optimales de croissances d'organismes aujourd'hui éteints. Mes collègues et moi-même estimons que LUCA ne vivait pas à très haute température, mais que ses directs descendants les ancêtres des Bactéries et du groupe comprenant les Archées et les Eucaryotes vivaient dans des environnements plus chauds. Cela signifie que les deux lignées venant de LUCA ont subi le même type d'évolution en parallèle, qui pourrait avoir été causée par une seule et même pression de sélection. Cette pression pourrait être le résultat d'un intense bombardement météoritique il y a 3.8 milliards d'années, et avoir été accompagnée d'un changement depuis un génome à ARN pour LUCA vers des génomes à ADN pour ses descendants. Ensuite, dans la lignée des Bactéries, les températures optimales de croissance ont chuté, ce qui pourrait correspondre à l'évolution de la température des océans au cours des 3.5 derniers milliards d'années.

Thesis (Ph. D.)--University of Chicago, Department of Roamnce Languages and Literatures, June 2000. / Includes bibliographical references. Also available on the Internet.

Nickel enzymes have been suggested, through numerous phylogenetic studies, to have been among the very first catalytic compounds on the early Earth, possibly present in the last universal common ancestor (LUCA) or prior to the onset of life. This is because of the type of reactions catalyzed by some of these enzymes, the nature of organisms that utilize them, their distribution in the tree of life, and their key roles in what is now thought of as possibly one of the oldest carbon fixation pathways, the Wood-Ljungdahl (WL) pathway. Additionally, nickel is generally thought to have been an abundant element on the early Earth, highly soluble in what were, theoretically, euxinic (anoxic and sulfidic) ocean waters. This combined with the fact that the enzymes involved in the WL pathway have an active center configuration that resembles that of minerals found in hydrothermal vent walls, makes nickel enzymes a likely candidate to have evolved from what were proto-enzymes, responsible for the prebiotic catalysis of the first simple organic molecules prior to the origins of life, according to the so-called submarine alkaline hydrothermal vent theory, first presented by Michael J. Russell in 1993 (Russell et al. 1994). In this study, I expand the known coverage on the distribution of these enzymes by mapping them in 10,575 OTUs of microbial taxa. Using their pattern of distribution, I reconstruct their histories along the branches of a reference phylogenetic tree of the same taxa through methods of ancestral reconstruction of discrete traits. Additionally, I construct an individual gene tree for each of the enzymes in order to consolidate gene history with species history. My results showed that the redox nickel enzymes (except methyl-coenzyme M reductase) are ancestral to all prokaryotes, while non-redox enzymes are derived and with multiple origins, possibly due to lateral gene transfer events or convergent evolution. I propose that the patterns observed are a product of the drastic changes during early Earth history, namely a hypothesized “nickel famine” or the Great Oxidation Event, which acted as selective pressures.

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Notre travail interroge les différentes pratiques de création de Ghérasim Luca (livres-objets, albums, portfolios, plaquettes, poèmes-tracts et poèmes-affiches, récitals scéniques et télévisuels, cubomanies, dessins au point) à l’aune des expériences sémiotiques qu’elles engagent. Dire des signes qu’ils sont mis en jeu, c’est insister sur la dimension matérielle et éminemment sensible des mouvements de production et de réception. La question du sens est indissociable de celle du médium, dès lors que les signes se donnent à éprouver comme corps (corps sonores, corps graphiques ou typographiques) par des corps. La notion de surgissement permet de rendre compte de cette spatialité, qui a partie liée avec des phénomènes théâtraux, ceux d’apparition et de disparition : la page blanche, la bande sonore, l’écran, le panneau de bois peint, sont autant de lieux où peut s’inventer et se déployer une pensée incarnée. Quant à la notion d’opacification, employée en linguistique pour décrire certains phénomènes métadiscursifs, elle mérite d’être réévaluée et déplacée : nous nous efforçons de passer du domaine strictement verbal à un champ plus largement sémiotique.Notre parcours s’organise en quatre étapes solidaires, qui manifestent l’intrication des approches historiques, sémiotiques, linguistiques, médiologiques, stylistiques, mais aussi scientifiques et philosophiques. La première partie consiste en une exploration des créations plastiques, graphiques, sonores, qui intègre les diverses collaborations auxquelles Ghérasim Luca a pris part en Roumanie puis en France. La deuxième partie dégage un imaginaire linguistique, nourri de diverses traditions (l’atomisme de Lucrèce, l’alchimie, la Kabbale), qui fait du vide un principe structurant, et de l’écriture un travail d’agencement. Cet imaginaire, qui relève d’une pensée de la langue dans la langue, est lui-même volontiers mis à distance : il ne s’agit pas d’adhérer à ce qui serait une théorie, mais de circuler librement entre des conceptions apparemment inconciliables. La troisième partie décrit les jeux de perturbation du sens à partir du statut tout à fait singulier accordé aux autonymes, aux néologismes et aux noms propres dans les recueils de la période française : les divers types de trouble sémiotique et l’invention d’un hors-lexique participent d’un mouvement de déstabilisation. La quatrième et dernière partie est consacrée au geste de reprise, qui se décline sous de multiples formes, parmi lesquelles on compte le collage et le détournement. / This work questions the different practices of Ghérasim Luca (book-objects, albums, portfolios, booklets, pamphlet-poems, poster-poems, scenic and audiovisual recitals, cubomanies, drawings) in light of the semiotic experiences they initiate. Asserting that signs are at stake means insisting on the material and highly perceptible dimension of both production and reception. From the moment that signs are perceived as bodies (audible bodies, graphic and typographic bodies) by other bodies, the question of meaning is linked to the question of medium. With the notion of emergence, we can analyse spatial phenomena, linked to theatrical ones, such as appearance and disappearance : the white page, the audiotape, the screen, the wooden panels are places where an embodied thinking can arise and expand. The notion of opacification, which is used by linguists to describe metadiscursive phenomena, can be reconsidered and redefined : we try to exceed the verbal domain and to adopt a global semiotic perspective, which includes non-verbal matters.This study is composed of four interdependent parts, which show the interpenetration of historical, semiotic, linguistic, mediologic, stylistic but also scientific and philosophical approaches. The first part explores the plastic, graphic and audio creations of Ghérasim Luca, including collaborations with several artists in Romania and France. The second part identifies what we could call a linguistic imaginary, fuelled by three different traditions (Lucretius’ atomism, alchemy, Kabbalah), which considers void as a founding principle, and writing as a layout. This imaginary, which inquires the possibility of thinking about language within the language, is playfully held at a distance by Ghérasim Luca : the point is not to adopt a theory, but to circulate freely between apparently incompatible approaches. The third part describes various phenomena of meaning disruption and focuses on the specific status given to autonyms, neologisms and proper nouns in his French period : the different kinds of semiotic troubles and the invention of a lexicon beyond the lexicon take part in the destabilisation process. The fourth part is about the activity of re-creation, which takes several forms, including collage and ‘détournement’.

Répondant au caractère « pelegrino » attribué à Luca Signorelli par son contemporain Giovanni Santi, notreréflexion s’articule autour de la triple itinérance du peintre cortonais. La première, fondée sur une géographieartistique, met en jeu commanditaires et collaborateurs entre centres et périphéries et réévalue son imaged’artiste provincial. Il s’agit consécutivement d’établir l’incidence des dévotions locales sur le langage picturalsignorellien, notamment par le biais de la sacra rappresentazione (I). La seconde itinérance, de typeinterdisciplinaire, s’attache à son traitement de la figure humaine et du nu. L’élaboration de sa vision du corpsest confrontée à l’essor contemporain d’une anatomie scientifique et d’une approche expérimentale ou théorique,ainsi qu’à la question des convenances. La sensibilité tactile particulière de Signorelli, sa position dans le débatnaissant du Paragone et les modalités des transferts entre peinture et sculpture sont examinées, tout commel’éventualité d’un passage à l’acte sculptural (II). L’esprit vagabond de Luca, qui s’affirme enfin par uneitinérance temporelle, oscille entre intérêt pour le passé, goût archaïsant et aspiration au renouveau. Sont ainsiétudiés son rapport à l’art antique et sa place entre « seconda e terza età », en spécifiant ses liens avec l’ars novaet les ferments inédits semés. Au-delà des étiquettes de retardataire local ou de précurseur écrasé par un Michel-Ange, cette étude vise à restituer la curiosité, la sociabilité et les échanges d’un artiste de transition (III). / Giovanni Santi has depicted his contemporary Luca Signorelli as a « pelegrino » painter. From this startingpoint, our study deals with the cortonese master’s triple itinerary. The first one, relative to artistic geography,concerns patrons and collaborators between centers and peripheries and we intend to reappreciate his image of aprovincial artist. We investigate consequently the impact of local devotions and sacra rappresentazione on hispictorial language (I). The second itinerary, a interdisciplinary one, focuses on the treatment of the human figureand on the nude. His vision of the body is compared with the contemporary development of a scientific anatomyand with practical and theoretical approaches. Indeed it raises the question of the proprieties. The tactile qualitiesof signorellian art, his position in the emerging Paragone debate and the modalities of his volumetric translationare also studied ; we consider the possibility of a sculptural activity (II). Finally, Luca’s roaming imaginationarises from a temporal oscillation between interest for the past, archaic taste and an aspiration for renewal. Wethus examine his relationship with antique art and his position between « seconda e terza età », analyzing hisconnections with ars nova and the original seeds he sow. Beyond the reputation of a local latecomer or of aforerunner in the shade of Michelangelo, we aim to emphasize this way the curiosity, the sociability and theexchanges of a transitionary artist (III).

This Bachelor’s thesis examines the use of ancient bronze statues in the 2017 film Call me by your name by director Luca Guadagnino. Various scenes which feature ancient statues are examined individually using semiotic analysis. The scenes are examined individually, first described on a denotative level, then analyzed on a connotative level. The theoretical stand point is based on the studies of art works in film. Key theoretical concepts used are ”in between-ness” which is a state in which change in narrative is made possible through looking at art, and ”parallels”, a means of which to make art represent the characters in the film. The thesis finds the sculptures in Call me by your name to play a part in affecting the narrative of the film, mainly in regard to the love story between the two lead characters, two men named Elio and Oliver. The acts of looking, examining, and touching the statues in this film help the narrative turn in favor of the lead characters romantic relationship. The thesis argues that the nude bronze sculptures of men from ancient Greece are used in this film as signifiers of desire, timelessness and homoerotic lust.

Cette étude vise à fournir une vision de la poétique de l'auteur contemporain Erri De Luca, à travers l'étude des éléments et des motifs empruntés aux Écritures particulièrement prégnants dans son œuvre. De tels éléments, renvoyant aux sources bibliques, fournissent une clef pour la lecture et pour l'interprétation de l'œuvre deluchienne dans sa complexité. L'insertion de l'imagery biblico-littéraire, chargée d'éléments qui depuis des siècles sont ancrés dans l'imaginaire collectif confère une unité à l'écriture de cet auteur, en dépit de sa variété. Le terme imagery est utilisé pour exprimer un ensemble d'images auxquelles appartiennent les symboles, les métaphores, les comparaisons, les thèmes, les conventions, ainsi que les archétypes, appartenant aux Saintes Écritures. La poétique de De Luca est analysée ici au moyen de l'identification des images qui constituent les principaux éléments de la narration des auteurs de la Bible, comme de l'auteur napolitain.En prenant comme objectif l'étude de l’œuvre deluchienne du point de vue de l'imagery des Saintes Écritures, ce travail se divise en quatre parties. La première partie vise à fournir un cadre général des échos bibliques dans la littérature italienne contemporaine, en proposant une brève description des thèmes et motifs qui ont inspiré, et continuent d'inspirer, les romanciers et poètes italiens. En outre, dans cette partie nous traitons les principales tendances que l'on peut dégager dans les différents écrits littéraires d'inspiration biblique, en nous appuyant sur quelques exemples. Ainsi, il est possible de déterminer la place qu'occupe la poétique de De Luca dans le contexte de la littérature italienne du XXième siècle, où la présence de la Bible est considérable. L'auteur napolitain, bien que dépourvu de sentiments religieux, non seulement comprend les Saintes Écritures à travers leur sens métaphorique, mais en fait également la matrice conceptuelle de ses propres œuvres littéraires, en créant un univers biblico-littéraire cohérent et entièrement personnel.Dans le deuxième chapitre, nous parcourons brièvement la biographie de De Luca, et en particulier certains aspects de sa vie personnelle en référence à ses œuvres. De telles références, récurrentes dans l'écriture deluchienne, forment un des deux macrotextes où l'écrivain puise pour créer sa propre poétique, celui de la vie. Dans cette partie, nous évoquons les concepts et les mots-clés forgés par De Luca lui-même, à travers le prisme desquels il semble souhaiter être lu et interprété. Le premier de ces concepts est la nostalgie des racines, idée à laquelle se rattachent les réflexions sur l'autre possibilité, ainsi que sur l'extranéité au monde. Il découle de cette analyse une description du militantisme politique de l'auteur. Enfin, on abordera l'expression utilisée par l'auteur pour définir son rapport avec la religion, à savoir sa condition de non-croyant. Dans la troisième partie, nous décrivons l'évolution de l'intérêt de De Luca pour la littérature, la traduction et l'interprétation des Saintes Écritures. Nous commençons par évoquer sa passion pour la culture et pour l'histoire juive, indissociable de l'étude de la langue de l'Ancien Testament, cette dernière ayant été apprise en vue de lire le texte biblique dans sa forme originaire. Cela a ensuite mené l'auteur vers un approfondissement des pratiques cabalistiques qui, à leur tour, lui ont permis de se lancer dans l'exégèse biblique. Ensuite, nous passons à une brève description des traductions deluchienne de certains livres de la Bible dans lesquelles l'auteur tente de restituer le plus fidèlement possible la forme originaire, en utilisant la langue italienne comme un simple moyen de faire entrevoir l'original. C'est pour cette raison que les traductions sont abordées dans cette analyse comme étant des connecteurs, ainsi qu'un moyen pour arriver du texte d'origine vers l'écriture, plus dans le sens conceptuel que séquentiel. / The aim of the dissertation is to analyze the prose of the modern Italian writer Erri De Luca through the lens of biblical motifs and references, which bind his works together. Such references to biblical sources are the key to understanding and interpreting the author's writings, which, despite their multifaceted character, nonetheless remain grounded in biblical-literary imagery; one rich in references rooted in the human imagination since centuries past. The term imagery encompasses the entire set of biblical images including symbols, metaphors, comparisons, motifs, and archetypes. The analysis of De Luca's writings consists in foregrounding those images which constitute the fundamental elements of the narration both in the case of biblical authors, as in the case of the Neapolitan writer himself. The dissertation comprises four parts. Chapter One attempts to present the general framework of biblical references in modern Italian literature in the form of a short description of the themes and motifs taken up by Italian poets and prose writers alike. Furthermore, the chapter discusses and exemplifies the main tendencies in literary references to biblical imagery, which will then allow us to observe the ways in which De Luca's works partake in the larger body of 20th century Italian literature with visible biblical influences. Despite his declared lack of religious faith, the Neapolitan writer not only decodes the metaphorical sense of the Bible, but also adopts the Bible as the framework for his writings, thus creating a personal, unified, and unique biblical-literary universe. Chapter Two includes a short biographical note on the writer with a strong emphasis on those aspects of his life which are reflected in his writings. And because such references are numerous indeed, they comprise one of the two macrotexts that the writer refers to in his poetics, i.e. the life (vita) macrotext. This section also presents keywords introduced by De Luca himself. It can be assumed that the author wanted to point his readers and critics to a specific method of reading and interpreting his art. The first keyword of this kind refers to the concept of a longing for the return to the source, which is tied to reflections on the so-called other possibility (altra possibilità) and one's alienation from the exterior world. The later part of the chapter describes the author's political engagement and reflects on the meaning that De Luca ascribes to the word non-believer (non-credente), which the author uses to describe his personal approach to religion. Chapter Three describes the author's interest in reading, translating, and interpreting the Bible, starting with his interest for Jewish history and culture, the roots of which may be traced back to De Luca's study of the Hebrew language. The author undertook the study in order to be able to read biblical texts in their original language, which, in turn, has led him to acquaint himself with Cabalistic practices, enabling him to employ his own biblical exegesis. The chapter then provides an overview of De Luca's own translations of selected biblical texts, a distinguishing feature of which is the author's attempt to remain as faithful as possible to the original text. In this regard, De Luca treats the Italian language as a mere tool and does not consider the process of translation to be an end in and of itself. For this reason, the dissertation treats his translations as a “connector” of sorts, as well as a stepping stone in the journey from the source text to writing itself – more so in a conceptual sense than a temporal sense. The further part of the chapter will consist of an analysis of those of De Luca's works which could be described as “rewriting” biblical tales (riscritture), a process which is not only considered to be a distinct kind of translation, but even the next stage in the work of the translator.

[pt] Esta dissertação aborda a experiência poética de Gherasim Luca (Bucareste 1913 - Paris, 1994) a partir das leituras do seu espólio, dos livros publicados em francês e dos registros sonoros e audiovisuais de seus recitais. A dissertação interroga o horizonte em que se move a sua linguagem, enfocando o modo singular como o autor promove um uso poético do idioma francês que recusa a idéia de língua como pátria linguística. Humor, erotismo e crueldade se cruzam nessa poesia, abalando o lugar do leitor e os modos de percepção sensível do poema. A análise tem como fio condutor o movimento de fuga que mobiliza sua escrita, desde os primeiros textos escritos em Bucareste até os recitais performáticos da última fase. A leitura revela as implicações da adoção do francês como língua literária e a importância do trabalho sobre a camada sonora do poema na busca de uma força plástica da linguagem, plasticidade que culmina na prática da performance vocal do texto escrito. Ao longo da análise, são convocados outros autores, cujas práticas de linguagem apresentam afinidades significativas com a poesia de Luca, tais como Jean-Pierre Brisset, Michel Leiris e Henri Michaux. / [fr] Ce mémoire aborde l expérience poétique de Ghérasim Luca (Bucarest,1913 - Paris,1994) à partir des lectures des œuvres de son héritage, des livres publiés en français et des enregistrements sonores et audiovisuels de ses récitals. Le mémoire scrute l horizon dans lequel se meut son langage et la manière singulière dont l’auteur soutenait un usage poétique du français refusant l idée de langue comme patrie linguistique. Dans cette poésie, l humour, l’érotisme et la cruauté s y croisent, ébranlant la place du lecteur et les modes de perception sensible du poème. L analyse a pour fil conducteur le mouvement de fuite et de dépossession qui mobilise son écriture, depuis les premiers textes écrits à Bucarest jusqu aux récitals poétiques de la dernière phase. La lecture révèle les implications de l adoption du français comme langue littéraire et l importance qu assume la couche sonore du poème en quête d une force plastique du langage, culminant par la performance vocale du poème. Au long du mémoire, sont convoqués d autres auteurs, dont la pratique de langage présente des affinités significatives avec la poésie de Luca, tels que Jean-Pierre Brisset, Michel Leiris et Henri Michaux.