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Recherche de motifs graduels et application aux données médicales

Lisa, Di Jorio 05 October 2010 (has links) (PDF)
Avec le développement des nouvelles technologies d'analyse (comme par exemple les puces à ADN) et de gestion de l'information (augmentation des capacités de stockage), le domaine de la santé a particulièrement évolué ces dernières années. En effet, des techniques de plus en plus avancées et efficaces sont mises à disposition des chercheurs, et permettent une étude approfondie des paramètres génomiques intervenant dans des problèmes de santé divers (cancer, maladie d'Alzheimer ...) ainsi que la mise en relation avec les paramètres cliniques. Parallèlement, l'évolution des capacités de stockage permet désormais d'accumuler la masse d'information générée par les diverses expériences menées. Ainsi, les avancées en terme de médecine et de prévention passent par l'analyse complète et pertinente de cette quantité de données. Le travail de cette thèse s'inscrit dans ce contexte médical. Nous nous sommes particulièrement intéressé à l'extraction automatique de motifs graduels, qui mettent en évidence des corrélations de variation entre attributs de la forme "plus un patient est âgé, moins ses souvenirs sont précis". Nous décrivons divers types de motifs graduels tels que les itemsets graduels, les itemset multidimensionnels graduels ou encore les motifs séquentiels graduels, ainsi que les sémantiques associées à ces motifs. Chacune de nos approches est testée sur un jeu de données synthétique et/ou réel.
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De la segmentation au moyen de graphes d'images de muscles striés squelettiques acquises par RMN

Baudin, Pierre-Yves 23 May 2013 (has links) (PDF)
La segmentation d'images anatomiques de muscles striés squelettiques acquises par résonance magnétique nucléaire (IRM) présente un grand intérêt pour l'étude des myopathies. Elle est souvent un préalable nécessaire pour l'étude les mécanismes d'une maladie, ou pour le suivi thérapeutique des patients. Cependant, le détourage manuel des muscles est un travail long et fastidieux, au point de freiner les recherches cliniques qui en dépendent. Il est donc nécessaire d'automatiser cette étape. Les méthodes de segmentation automatique se basent en général sur les différences d'aspect visuel des objets à séparer et sur une détection précise des contours ou de points de repère anatomiques pertinents. L'IRM du muscle ne permettant aucune de ces approches, la segmentation automatique représente un défi de taille pour les chercheurs. Dans ce rapport de thèse, nous présentons plusieurs méthodes de segmentation d'images de muscles, toutes en rapport avec l'algorithme dit du marcheur aléatoire (MA). L'algorithme du MA, qui utilise une représentation en graphe de l'image, est connu pour être robuste dans les cas où les contours des objets sont manquants ou incomplets et pour son optimisation numérique rapide et globale. Dans sa version initiale, l'utilisateur doit d'abord segmenter de petites portions de chaque région de l'image, appelées graines, avant de lancer l'algorithme pour compléter la segmentation. Notre première contribution au domaine est un algorithme permettant de générer et d'étiqueter automatiquement toutes les graines nécessaires à la segmentation. Cette approche utilise une formulation en champs aléatoires de Markov, intégrant une connaissance à priori de l'anatomie et une détection préalable des contours entre des paires de graines. Une deuxième contribution vise à incorporer directement la connaissance à priori de la forme des muscles à la méthode du MA. Cette approche conserve l'interprétation probabiliste de l'algorithme original, ce qui permet de générer une segmentation en résolvant numériquement un grand système linéaire creux. Nous proposons comme dernière contribution un cadre d'apprentissage pour l'estimation du jeu de paramètres optimaux régulant l'influence du terme de contraste de l'algorithme du MA ainsi que des différents modèles de connaissance à priori. La principale difficulté est que les données d'apprentissage ne sont pas entièrement supervisées. En effet, l'utilisateur ne peut fournir qu'une segmentation déterministe de l'image, et non une segmentation probabiliste comme en produit l'algorithme du MA. Cela nous amène à faire de la segmentation probabiliste optimale une variable latente, et ainsi à formuler le problème d'estimation sous forme d'une machine à vecteurs de support latents (latent SVM). Toutes les méthodes proposées sont testées et validées sur des volumes de muscles squelettiques acquis par IRM dans un cadre clinique.
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Les inscriptions savantes de Maximilien Sorre (1880-1962) entre conformation et singularisation dans le champ de la géographie / The scholarly inscriptions of Maximilien Sorre (1880-1962) between conformation and differentiation in geography

Simon, Dylan 28 November 2017 (has links)
Maximilien Sorre (1880-1962) s’est fait le promoteur d’une écologie humaine en géographie. De sa thèse Les Pyrénées méditerranéennes. Étude de géographie biologique (1913) à son ouvrage Les fondements biologiques de la géographie humaine. Essai d’une écologie de l’homme (1943), il porte une attention particulière aux relations entre l’homme et le milieu vivant. Ainsi, il se distingue des autres géographes par la diversité et l’originalité de ses préoccupations : les genres de vie, les maladies, l’alimentation, le climat urbain, les «milieux artificiels», etc. Ce faisant, il s’inscrit dans de multiples réseaux savants — de biologistes, médecins, sociologues et psychologues. Ses écrits se démarquent également par une dimension généraliste et spéculative, quand ses contemporains privilégient souvent une approche régionale. Pour autant, le savant participe pleinement aux lieux disciplinaires de son temps. Professeur à l’université de Lille dans l’entre-deux-guerres, auteur de volumes pour la Géographie Universelle, puis titulaire d’une chaire à la Sorbonne et directeur des Annales de Géographie dans les années 1940, Maximilien Sorre finit sa carrière comme directeur du Centre d’Études Sociologiques. Le caractère brillant, mais somme toute traditionnel, de sa trajectoire contraste avec la relative singularité de ses centres d’intérêts. Cette étude biographique cherche donc à ressaisir la tension ou la coexistence entre ces différentes inscriptions savantes, à penser l’articulation, au sein d’une même vie, entre un principe de conformation — ou de reproduction — et un principe de singularisation permettant l’innovation scientifique. / Maximilien Sorre (1880-1962) promoted human ecology in geography. From his thesis, entitled Les Pyrénées méditerranéennes. Étude de géographie biologique (1913), to his 1943 essay Les fondements biologiques de la géographie humaine. Essai d’une écologie de l’homme, his work focuses on the relationships between human beings and the living environment. Thus he distinguishes himself from other geographers because of the diversity and originality of his preoccupations: lifestyles (“genres de vie”), illnesses, diet, urban climate, “artificial environments”, etc. In doing so, he is part of numerous learned networks – of biologists, doctors, sociologists and psychologists. His written works also differentiate themselves because they have a general and speculative dimension, while his contemporaries often favour a regional approach. Nevertheless, the scholar is fully involved in the places of knowledge of his time. He is a professor at the university of Lille between the wars, the author of some volumes for Géographie Universelle, he then holds a chair at the Sorbonne and directs Annales de Géographie in the 1940s, Maximilien Sorre ends his career as the head of Centre of Sociological Research. The brilliant, yet traditional nature of his path contrasts with the relative singularity of his interests. Therefore this biographical study attempts to grasp the tension or the coexistence between these different learned inscriptions, to reflect on the articulation, during his lifetime, between a principle of conformation – or reproduction – and a principle of wishing to stand out, thus enabling scientific innovation.
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La fabrique de la ménopause : genre, apprentissage et trajectoires / The making of menopause : gender, learning process and trajectory

Charlap, Cécile 07 July 2015 (has links)
Ce travail de thèse interroge la ménopause en tant que catégorie et en tant qu’expérience. Il prend pour objet les mécanismes de la « fabrique » de la ménopause et ses effets afin de mettre en évidence comment physiologie et rapports sociaux se nouent. La construction sociale de la ménopause, son traitement social et l’expérience des femmes dans le contexte actuel français sont étudiés à partir d’un double matériau : les discours sociaux portant sur la ménopause et des entretiens approfondis menés auprès de femmes ménopausées. L’étude de la construction de la ménopause dans les discours médicaux souligne, tout d’abord, le caractère fondamental du genre dans la production de cette catégorie, aujourd’hui mise en scène dans des relais culturels (médias et publicités). Nous analysons, ensuite, l’expérience de la ménopause comme un apprentissage. Avec pour objectif de « dénaturaliser » la ménopause, nous éclairons la socialisation dont elle est le fruit et les interactions où s’en réalise l’apprentissage. Enfin, loin d’être un évènement, la ménopause constitue un processus dynamique, informé par des rapports sociaux et produit de représentations. Nous appréhendons l’expérience de la ménopause en tant que trajectoire influencée par différents facteurs qui mettent en jeu les normes d’âge en termes de fécondité, les représentations du corps ainsi que deux interactants clés : le médecin et l’autrui significatif. / This PhD deals with menopause as a category and an experience. It aims to understand the mechanisms through which menopause is “made”, as well as their effects. The social construction of menopause, its social treatment and women’s’ lived experiences in the French context are examined from a double perspective: social discourses about menopause and interviews carried out with menopausal women. Firstly, the social construction of menopause in medical discourses reveals the crucial importance of gender in the production of this category, nowadays extremely dramatized in media and advertisement. We then proceed to analyze menopause as a learning process. In order to “denaturalize” menopause, we focus on the socialization which it is a product of, and the interactions which constitute its learning process. Finally, we examine menopause as a process fashioned by social relationships and representations, a trajectory where norms of age and fecundity, representations of the body, and key interactions with physician and significant other are at play.
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Random Regression Forests for Fully Automatic Multi-Organ Localization in CT Images / Localisation automatique et multi-organes d'images scanner : utilisation de forêts d'arbres décisionnels (Random Regression Forests)

Samarakoon, Prasad 30 September 2016 (has links)
La localisation d'un organe dans une image médicale en délimitant cet organe spécifique par rapport à une entité telle qu'une boite ou sphère englobante est appelée localisation d'organes. La localisation multi-organes a lieu lorsque plusieurs organes sont localisés simultanément. La localisation d'organes est l'une des étapes les plus cruciales qui est impliquée dans toutes les phases du traitement du patient à partir de la phase de diagnostic à la phase finale de suivi. L'utilisation de la technique d'apprentissage supervisé appelée forêts aléatoires (Random Forests) a montré des résultats très encourageants dans de nombreuses sous-disciplines de l'analyse d'images médicales. De même, Random Regression Forests (RRF), une spécialisation des forêts aléatoires pour la régression, ont produit des résultats de l'état de l'art pour la localisation automatique multi-organes.Bien que l'état de l'art des RRF montrent des résultats dans la localisation automatique de plusieurs organes, la nouveauté relative de cette méthode dans ce domaine soulève encore de nombreuses questions sur la façon d'optimiser ses paramètres pour une utilisation cohérente et efficace. Basé sur une connaissance approfondie des rouages des RRF, le premier objectif de cette thèse est de proposer une paramétrisation cohérente et automatique des RRF. Dans un second temps, nous étudions empiriquement l'hypothèse d'indépendance spatiale utilisée par RRF. Enfin, nous proposons une nouvelle spécialisation des RRF appelé "Light Random Regression Forests" pour améliorant l'empreinte mémoire et l'efficacité calculatoire. / Locating an organ in a medical image by bounding that particular organ with respect to an entity such as a bounding box or sphere is termed organ localization. Multi-organ localization takes place when multiple organs are localized simultaneously. Organ localization is one of the most crucial steps that is involved in all the phases of patient treatment starting from the diagnosis phase to the final follow-up phase. The use of the supervised machine learning technique called random forests has shown very encouraging results in many sub-disciplines of medical image analysis. Similarly, Random Regression Forests (RRF), a specialization of random forests for regression, have produced the state of the art results for fully automatic multi-organ localization.Although, RRF have produced state of the art results in multi-organ segmentation, the relative novelty of the method in this field still raises numerous questions about how to optimize its parameters for consistent and efficient usage. The first objective of this thesis is to acquire a thorough knowledge of the inner workings of RRF. After achieving the above mentioned goal, we proposed a consistent and automatic parametrization of RRF. Then, we empirically proved the spatial indenpendency hypothesis used by RRF. Finally, we proposed a novel RRF specialization called Light Random Regression Forests for multi-organ localization.
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Sociogenèse d’une spécialité médicale : le cas de radiologie interventionnelle / Sociogenesis of a medical specialty : the case of interventional radiology

Mignot, Leo 19 December 2017 (has links)
Initiée dans les années 1960, la radiologie interventionnelle comprend les actes médicaux invasifs ayant pour but le traitement ou le diagnostic d’une pathologie réalisés sous guidage ou sous contrôle d’un moyen d’imagerie. L’enjeu de la thèse est de développer l’analyse sociohistorique de l’émergence d’une spécialité médicale – la radiologie interventionnelle – et d’en étudier les stratégies de légitimation. Trois axes d’investigation interdépendants sont plus particulièrement privilégiés. Le premier d’entre eux vise à comprendre comment est née cette pratique médicale en établissant l’archéologie des innovations dont elle résulte. Dans le deuxième, il s’agit d’analyser les stratégies de valorisation et les modes de faire-valoir de la radiologie interventionnelle. Les velléités d’autonomisation des radiologues interventionnels les ont ainsi conduits à mobiliser différents registres de légitimité (légitimité scientifique, légitimité professionnelle dans le champ médical, légitimité régulatoire). Le troisième axe permet quant à lui la prise en compte de la question de la démarcation sociale et des frontières. Étant porteuse d’une transgression de la dichotomie établie entre sphères diagnostique et thérapeutique, la radiologie interventionnelle a de fait entraîné une reconfiguration des relations entre spécialités. L’investigation s’appuie sur une méthodologie plurielle combinant entretiens semidirectifs, observations in situ (bloc opératoire, scanner, réunions de concertation pluridisciplinaire, consultations) et exploitation de données scientométriques. Une mise en perspective internationale avec la situation canadienne permet d’étudier l’impact des contextes nationaux sur la diffusion et la reconnaissance de la radiologie interventionnelle. / Introduced in the 1960s, interventional radiology includes invasive medical procedures for the treatment or diagnosis of a pathology performed under the guidance or control of an imaging device. The aim of the thesis is to develop the sociohistorical analysis of the emergence of a medical specialty – interventional radiology – and to study its legitimization strategies. Three interdependent lines of inquiry are privileged in particular. The first aims to understand how this medical practice was born by establishing the archaeology of the innovations that gave rise to it. In the second, it is a question of analyzing the strategies of valorization and the ways of valuing interventional radiology. The interventional radiologists’ desire for independence has led them to mobilize different registers of legitimacy (scientific legitimacy, professional legitimacy in the medical field, regulatory legitimacy). The third line of inquiry allows for the issue of social demarcation and boundaries to be taken into account. As it is a means of transgressing the established dichotomy between the diagnostic and therapeutic spheres, interventional radiology has in fact led to a reconfiguration of the relations between specialties. The investigation is based on a methodology combining semi-directive interviews, in situ observations (operating theater, multidisciplinary consultation meetings, consultations) and the use of scientometric data. An international perspective on the Canadian situation makes it possible to study the impact of national contexts on the dissemination and recognition of interventional radiology.
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Ethique de la relation médicale confraternelle / Ethic of the medical relationship

Pougnet, Richard 09 April 2018 (has links)
Dans le cadre d’une médecine de plus en plus technique et spécialisée, les médecins coopèrent de plus en plus ensemble au cours du parcours de soin du patient. Les relations confraternelles entre médecins sont réglementées partiellement par le Code de déontologie. Dans la pratique, il existe parfois des difficultés pouvant altérer la qualité de vie au travail des médecins. À partir de ce constat, l’objet de ce travail est de proposer une réflexion éthique pour ces relations. Après une approche méta-éthique pour définir quelle théorie éthique pourrait aider à conceptualiser l’agir relationnel confraternel, il nous est apparu que l’éthique des vertus était la plus appropriée pour répondre à des situations archétypales de difficultés pratiques. La première partie de ce travail fonde une éthique de la vertu dans le cadre d’une téléologie du bon soin choisie par le médecin au moyen de son intégration au corps médical, ce qui forge son identité médicale, dans un processus que nous appelons iatrologie et s’intégrant dans une approche de l’ordre narratif. La deuxième partie du travail développe trois vertus particulières de la confraternité, désignées par un travail de sciences humaines autour de l’analyse d’entretiens et de questionnaires réalisés auprès de jeunes médecins. Enfin, la troisième partie pose la question des rapports des vertus entre elles en vue de mettre en exergue une vertu architectonique. À partir des notions d’amitié et de justice, abordées à partir d’Aristote et de MacIntyre, nous proposons une vertu de justice se spécifiant dans ce que nous appelons la correction confraternelle. / Within the framework of a more and more technical and specialized medicine, the doctors cooperate more and more together during the course of care of the patient. The fraternal relations between doctors are partially regulated by the Code of ethics. In the practice, there are sometimes difficulties that can affect the quality of life at work for doctors. From this observation, the purpose of this work is to propose an ethical reflection for these relationships. After a meta-ethical approach to define which ethical theory could help to conceptualize confraternal interpersonal skills, it appeared to us that the ethic of virtues was the most appropriate to answer archetypal situations of practical difficulties.The first part of this work establishes an ethic of virtue as part of a teleology of the good care chosen by the physician through his integration into the medical profession, what forges its medical identity, in a process we call iatrology and which is integrated into an approach of the narrative order. The second part of the work develops three particular virtues of the fellowship, appointed by a work of human sciences around the analysis of conversations with young doctors and questionnaires filled in by young doctors. Finally, the third part raises the question of the relation of the virtues to one another to highlight an architectural virtue. From friendship and justice, approached from Aristotle and MacIntyre, we propose a virtue of justice that is specified in what we call the confraternal correction.
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Contribution aux méthodes d'évaluation de l'incontinence urinaire et applications en médecine d'assurance.

Timmermans, Luc 19 December 2016 (has links)
Introduction. L'incontinence urinaire ne peut être ignorée par l'expert lors de son évaluation. On ne peut toutefois pas attendre de la victime un énoncé de ce préjudice de manière ouverte et presque publique dans une sphère aussi chargée d'émotion. La pudeur élude ce handicap du discours revendicateur et le médecin devra rechercher les signes évocateurs de cette affection cachée par un sentiment de honte car il se doit d'évaluer le dommage et tout le dommage. Tant dans le cadre de l'expertise d'un dommage que de l'évaluation des atteintes de la santé dans un contexte de médecine sociale, le médecin se doit de recourir à des méthodes d'évaluation adaptées (et non invasives), fiables, reproductibles et scientifiquement validées. Les méthodes d'évaluation et leurs limites d'application dans un contexte non thérapeutique doivent être analysées de même que la procédure actuelle de l'évaluation personnelle dans le cadre de l'incontinence urinaire. Nous nous intéressons tout d'abord aux notions épidémiologiques en rapport avec l'incontinence urinaire en définissant le problème et en déterminant la terminologie adaptée au français. Après une analyse de la prévalence, nous présentons les facteurs de risque associés. Après avoir déterminé les facteurs prédictifs et précisé le principe d'anticipation, nous rapportons l'impact économique et social d'un tel symptôme. Le contexte non thérapeutique de l'expertise implique des limites dans la méthodologie d'évaluation. Nous reprenons les techniques non invasives d'évaluation en analysant la littérature avec les procédures utilisées dans ce travail. Nous évaluons les techniques peu invasives et analysons l'intérêt dans le cadre évaluatif des informations fournies par les techniques modérément invasives et invasives prescrites dans un cadre thérapeutique. La procédure actuelle d'évaluation de l'incapacité personnelle dans le cadre de l'incontinence urinaire est présentée avec une définition du terme "incapacité personnelle" et en précisant les liens de causalité. Sont indissociables du principe de causalité, les notions d'état antérieur et de prédisposition. Les techniques d'évaluation et de détermination du taux en Belgique et à l'étranger sont revues et l'aspect évaluatif spécifique à la médecine pratiquée dans le cadre de la sécurité sociale est étudié. L'objectif de la recherche comportait un volet permettant de calibrer le taux d'atteinte à l'intégrité physico-psychique d'une personne présentant une incontinence urinaire, un volet relatif à une application de cette méthode de calibrage dans le cadre des prestations d'évaluation médicale pour la sécurité sociale et un volet déterminant la fidélité et la sincérité des réponses des patients soumis à l'autoquestionnaire utilisé en tant qu'instrument évaluatif.Première étude.Objectif.-La détermination du préjudice corporel relatif à l'incontinence urinaire oblige au recours à des techniques d'évaluation non invasives et des plus précises de cet état en utilisant des instruments d'exploration en concordance avec la Classification Interntionale du Fonctionnement, du handicap et de la santé(CIF). Le but de cette étude est d'identifier le test évaluatif le plus adéquat et de déterminer un modèle barémique en rapport avec l'incontinence urinaire.Matériels et méthodes.-Nous avons réalisé une étude transversale prospective comparant les résultats des tests urodynamiques successifs avec les scores du questionnaire International Consultation on Incontinence Questionnaire-Urinary Incontinence-Short Form (ICIQ-UI-SF) et le test d'incontinence (pad-test) réalisé en une heure sur 120 patients. Nous avons procédé par analyse statistique de probabilité des événements puis utilisé la régression logistique afin de calculer la probabilité d'incontinence urinaire en fonction des facteurs prédicteurs les plus significatifs. Par la suite, nous avons créé une grille basée sur les prédicteurs significatifs et leur probabilité d'une incontinence urinaire objectivée sur base d'un examen urodynamique.Résultats.-Le score moyen ICIQ-UI-SF était de 13,5±4,6 et la valeur médiane du pad test était de 8 g. L'évaluation basée sur la construction ROC (receiver operating characteristic) démontre la pertinence des résultats urodynamiques avec les scores ICIQ-UI-SF (Aire Sous Courbe 0,689) et les résultats du test d'incontinence-pad test (Aire Sous Courbe 0,693). En procédant par régression logistique, nous avons démontré que les meilleurs prédicteurs indépendants d'une incontinence urinaire objectivée par un test urodynamique étaient l'âge du patient et le score ICIQ-UI-SF. Le modèle obtenu par régression logistique nous a permis de construire une équation permettant de déterminer la probabilité d'incontinence urinaire ojectivée sur base d'un examen urodynamique à l'aide de ces prédicteurs. Utilisant ces instruments, nous avons créé une grille générant un index de probabilité.Conclusion.-En utilisant cette grille d'index de probabilité, relative au patient et à son taux maximum d'invalidité en rapport avec l'incontinence urinaire, nous devenons capable de calculer son incapacité personnelle.Seconde étude.Objectif.-Des forfaits financiers sont octroyés par la sécurité sociale sur base de critères de dépendance déterminés par une échelle d'évaluation hiérarchisée, scorée en quatre points, appelée échelle de Katz dont le cinquième item concerne la continence urinaire et fécale. L'objectif de cette étude est de démontrer que le questionnaire ICIQ-UI-SF peut être utilisé afin de déterminer un score applicable en médecine factuelle pour évaluer le degré d'incontinence demandé par l'échelle de Katz-6 et permettre la distinction entre le score 2 (est accidentellement incontinent) et le score 3 (est incontinent).Matériels et méthodes.-La capacité fonctionnelle de 63 patients (14 hommes, 49 femmes, âgés de 70 à 99 ans) a été évaluée sur base d'un Mini Mental State Examination (MMSE), d'un index de Katz pour les activités de vie quotidienne et d'un questionnaire ICIQ-UI-SF. Une analyse comparative des moyennes a été réalisée. Les scores observés lors du questionnaire ICIQ-UI-SF ont été introduites comme variables. Les données observées dans la population scorée 2 à l'item continence ont été comparées aux données de la population scorée 3 pour le même item en réalisant un graphe type box-and-whisker and dot plot. La sensibilité et la spécificité de chaque variable ont été testées et les résultats évalués en réalisant une courbe ROC (Receiver Operating Characteristic). La meilleure variable (score ICIQ-UI-SF) a été retenue comme score pivot permettant la distinction des patients pouvant être scorés 2 ou 3 sur l'item continence de l'échelle de Katz.Résultats.-Des différences significatives ont été observées entre l'échantillon scoré 2 pour l'item continence de l'échelle de Katz et l'échantillon scoré 3 pour le même item et le score du questionnaire ICIQ-UI-SF et le score global de l'échelle de Katz mais nous n'avons pas observé de différence significative en rapport avec le score MMSE. Sur base de l'analyse ROC, nous avons comparé le pouvoir discriminant du score ICIQ-UI-SF par rapport au score de l'item continence de l'échelle de Katz. Le score ICIQ-UI-SF le plus favorable en sensibilité et spécificité s'est révélé être le score de 13.Conclusion.-Nous avons démontré que la variable la plus significative (score ICIQ-UI-SF) à retenir comme score pivot pour distinguer les patients pouvant être scoré 2 ou 3 sur l'item continence de l'échelle de Katz est la valeur 13.Troisième étude.Objectif.- Nous avons recherché les éléments de personnalité dans une population ayant une incontinence urinaire. Une corrélation entre les résultats du questionnaire de personnalité Minimult et les résultats de l'ICIQ-UI-SF (International Consultation Incontinence Questionnaire Urinary Incontinence Short Form) a été réalisée. Le but du travail est d'objectiver la fiabilité et la sincérité des réponses des patients et, par ailleurs, de rechercher les éléments permettant d'établir qu'un trouble de personnalité pourrait être impliqué dans la physiopathologie de l'incontinence urinaire.Matériels et méthodes.- Nous avons réalisé une étude prospective observationnelle. Un questionnaire informatisé comprenant une double présentation des trois questions scorées de l'ICIQ-UI-SF parmi les 71 questions du Minimult a été proposé à 47 patients.Résultats.- Sur 37 patients inclus, le test non paramétrique Wilcoxon-Mann-Whitney a conforté la concordance des deux questionnaires ICIQ-UI-SF avec p=0.1792. Parmi ceux-ci, l'inventaire Minimult a permis de sélectionner 23 patients dont le score de l'échelle de validité F (avec F<70) autorisait une analyse clinique fiable. Un score F>70 correspond à une personne "qui accentue ses symptômes" ou peut être significatif d'un trouble de l'attention ce qui justifie l'exclusion de ces patients. Nous avons comparé la différence des scores de l'ICIQ-UI-SF lors des test et re-test aux scores obtenus sur l'échelle de validité F, indicateur de surcharge, du questionnaire Minimult en utilisant l'analyse ROC. Les résultats ont démontré une AUC de 0,559 avec une sensibilité de 78,6% et une spécificité de 43,5%. Parmi cette population valide de 23 patients, aucun score L n'était supérieur à 70 ce qui indique l'absence de mensonge délibéré. L'analyse de personnalité de cette même population n'a détecté aucun trouble de personnalité dans 9 cas. Elle a démontré six cas présentant une valeur élevée sur l'échelle d'hypochondrie, cinq une valeur élevée dans l'échelle dépression, quatre une valeur élevée dans l'échelle d'hystérie. Cette triade névrotique a été retrouvée dans deux cas. La déviation psychopathique (Pd) relative à un registre antisocial était retrouvée dans cinq cas tandis que l'échelle paranoïa ainsi que l'échelle d'hypomanie était élevée dans un cas mais aucune association entre ces traits de personnalité n'était observée ce qui permettait de conclure en l'absence de problèmes de comportement. Le profil psychotique associant schizophrénie, paranoïa, dépression et hypomanie n'a été retrouvé dans aucun cas. Le tableau psychasthénie qui correspond à des traits de personnalité phobo-obsessionnels était retrouvé dans près de la moitié des cas valides.Conclusion.- Nous concluons qu'une corrélation entre les résultats d'un questionnaire de personnalité et les résultats de l'ICIQ-UI-SF est réalisable. Cette étude comparative objective la fiabilité des réponses des patients tandis que la sincérité de celles-ci est déterminée par l'absence de mensonge délibéré recherché par le Minimult. Nous confirmons et précisons les données de la littérature sur les différents tableaux cliniques de la personnalité des patients incontinents en soulignant l'importance du tableau psychasthénie qui correspond à une personne anxieuse victime d'un important ressenti de son problème. Ces éléments permettent de suspecter qu'un trouble de personnalité pourrait être impliqué dans la physiopathologie de l'incontinence urinaire.Conclusions générales. La fiabilité et la sincérité des réponses au questionnaire ICIQ-UI-SF étant démontrée par les études relatives à la validité de celui-ci et au travers d'une étude concluant entre une corrélation entre les résultats obtenus lors du questionnaire et un test de personnalité démontrant l'absence de mensonge délibéré, nous avons pu démontrer que la valeur pivot du questionnaire ICIQ-UI-SF permettant la distinction entre le score 2 et 3 de l'item continence de l'échelle de Katz est de 13. Cette observation relève d'une importance majeure dans le cadre de la médecine pratiquée dans le domaine de la sécurité sociale et en particulier lors du financement des soins aux personnes dépendantes. Sur base d'une étude prospective, nous avons déterminé les facteurs prédictifs les plus significatifs d'une incontinence urinaire et construit une formule établissant une probabilité d'incontinence. Une grille établissant cette probabilité en fonction de l'âge du patient et son score ICIQ-UI-SF a été réalisée laquelle a permis la détermination de taux d'incapacité personnelle selon des catégories de sévérité du handicap. Un schéma établissant des "fourchettes" de taux a pu être élaboré et repris ci-dessous.Catégorie d'incontinence Score ICIQ-UI-SF Incapacité PersonnelleLéger 1 à 5 0 à 6%Modéré 6 à 12 7 à 14%Sévère 13 à 18 15 à 21%Très sévère 19 à 21 22 à 30% Le niveau de preuve élevé des études réalisées permet de recommander l'utilisation du schéma établissant un fourchette de taux de l'A.I.P.P. ce qui permet de moduler les taux de l'incapacité personnelle proposés par le Guide Barème Européen d'une personne présentant de l'incontinence urinaire. L'indemnisation de la victime est ensuite modulée en tenant compte des répercussions fonctionnelles du dommage sur sa vie quotidienne et non sur base d'un diagnostic ou d'une lésion. / Doctorat en Sciences médicales (Médecine) / info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Apprentissage automatique pour simplifier l’utilisation de banques d’images cardiaques / Machine Learning for Simplifying the Use of Cardiac Image Databases

Margeta, Ján 14 December 2015 (has links)
L'explosion récente de données d'imagerie cardiaque a été phénoménale. L'utilisation intelligente des grandes bases de données annotées pourrait constituer une aide précieuse au diagnostic et à la planification de thérapie. En plus des défis inhérents à la grande taille de ces banques de données, elles sont difficilement utilisables en l'état. Les données ne sont pas structurées, le contenu des images est variable et mal indexé, et les métadonnées ne sont pas standardisées. L'objectif de cette thèse est donc le traitement, l'analyse et l'interprétation automatique de ces bases de données afin de faciliter leur utilisation par les spécialistes de cardiologie. Dans ce but, la thèse explore les outils d'apprentissage automatique supervisé, ce qui aide à exploiter ces grandes quantités d'images cardiaques et trouver de meilleures représentations. Tout d'abord, la visualisation et l'interprétation d'images est améliorée en développant une méthode de reconnaissance automatique des plans d'acquisition couramment utilisés en imagerie cardiaque. La méthode se base sur l'apprentissage par forêts aléatoires et par réseaux de neurones à convolution, en utilisant des larges banques d'images, où des types de vues cardiaques sont préalablement établies. La thèse s'attache dans un deuxième temps au traitement automatique des images cardiaques, avec en perspective l'extraction d'indices cliniques pertinents. La segmentation des structures cardiaques est une étape clé de ce processus. A cet effet une méthode basée sur les forêts aléatoires qui exploite des attributs spatio-temporels originaux pour la segmentation automatique dans des images 3Det 3D+t est proposée. En troisième partie, l'apprentissage supervisé de sémantique cardiaque est enrichi grâce à une méthode de collecte en ligne d'annotations d'usagers. Enfin, la dernière partie utilise l'apprentissage automatique basé sur les forêts aléatoires pour cartographier des banques d'images cardiaques, tout en établissant les notions de distance et de voisinage d'images. Une application est proposée afin de retrouver dans une banque de données, les images les plus similaires à celle d'un nouveau patient. / The recent growth of data in cardiac databases has been phenomenal. Cleveruse of these databases could help find supporting evidence for better diagnosis and treatment planning. In addition to the challenges inherent to the large quantity of data, the databases are difficult to use in their current state. Data coming from multiple sources are often unstructured, the image content is variable and the metadata are not standardised. The objective of this thesis is therefore to simplify the use of large databases for cardiology specialists withautomated image processing, analysis and interpretation tools. The proposed tools are largely based on supervised machine learning techniques, i.e. algorithms which can learn from large quantities of cardiac images with groundtruth annotations and which automatically find the best representations. First, the inconsistent metadata are cleaned, interpretation and visualisation of images is improved by automatically recognising commonly used cardiac magnetic resonance imaging views from image content. The method is based on decision forests and convolutional neural networks trained on a large image dataset. Second, the thesis explores ways to use machine learning for extraction of relevant clinical measures (e.g. volumes and masses) from3D and 3D+t cardiac images. New spatio-temporal image features are designed andclassification forests are trained to learn how to automatically segment the main cardiac structures (left ventricle and left atrium) from voxel-wise label maps. Third, a web interface is designed to collect pairwise image comparisons and to learn how to describe the hearts with semantic attributes (e.g. dilation, kineticity). In the last part of the thesis, a forest-based machinelearning technique is used to map cardiac images to establish distances and neighborhoods between images. One application is retrieval of the most similar images.
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Un système de médiation distribué pour l'e-santé et l'épidémiologie / A shared mediation system for E-health and epidemiology

Cipière, Sébastien 12 July 2016 (has links)
À ce jour, les mesures de risque des cancers ou d’efficacité de leur suivi, se font à partir de recueils de données médicales spécifiques initiés par les médecins épidémiologistes. Ces recueils disposent néanmoins de certaines limites : perte d’information, biais de déclaration, absence de données pour un risque non connu, biais de mesure (par exemple pour les données de nature médico-économiques). Le partage sécurisé de données médicales entre différentes structures médicales publiques et/ou privées est à ce jour en pleine mutation technologique. Les technologies proposées doivent rendre possible un partage électronique et sécurisé de ces données de manière à les rendre disponible à tout instant dans le cadre de l’observation sanitaire à l’évaluation de prises en charge ou de politiques de santé. Pour répondre à ces besoins, l’infrastructure GINSENG se base sur des informations produites dans le cadre des soins, sans nouvelles modalités de recueil, permettant à la fois une vitesse d’accès à l’information et une exhaustivité accrue. Ce recueil se fait par ailleurs avec de meilleures garanties d’anonymat et un chaînage de l’information médicale pour chaque patient. Une autorisation de la CNIL a été octroyée à l’infrastructure informatique du projet ainsi qu’à son utilisation pour le suivi des cancers en octobre 2013. Depuis le portail web e-ginseng.com, les médecins habilités s’authentifient grâce à leur Carte de Professionnel de Santé (CPS). Chaque patient, dont les données médicales sont réparties dans les établissements de santé, est identifié avec son accord, par les attributs suivants : nom, prénom, année et mois de naissance ainsi que son code postal de résidence avant d’être assigné à un numéro d’identification unique et anonyme. La mise à jour des données médicales de chaque patient est réalisée une fois par semaine ; chaque médecin peut alors consulter toutes les informations médicales relatives à chaque patient par une simple connexion au réseau. Ces informations lui apparaissent sous forme d’une arborescence d’évènements médicaux. Par exemple, un médecin chargé du suivi des patients dans le cadre du dépistage organisé pourra accéder directement depuis le portail web aux informations médicales dont il aura besoin pour établir une fiche médicale exhaustive du parcours du patient pour lequel un cancer aurait été détecté ou bien une suspicion de cancer qui se serait avérée négative suite à plusieurs examens médicaux. Un médecin épidémiologiste peut également réaliser des requêtes statistiques d’envergure sur les données médicales afin de répondre à des questions d’intérêt en santé publique. Pour aller plus loin, les requêtes épidémiologiques lancées sur les données médicales peuvent être couplées à des informations d’utilité publique recueillies sur d’autres bases de données en accès libre sur internet. L’infrastructure informatique GINSENG est actuellement déployée pour le suivi des cancers en région Auvergne entre les structures de gestion du dépistage organisé du cancer (SGDO) et le cabinet d’anatomie et cytologie pathologiques (ACP) Sipath-Unilabs. Le recours à un hébergeur de données de santé (HADS), nommé Informatique de sécurité (IDS), est également proposé pour le stockage des informations confidentielles des patients. Cette infrastructure permet actuellement de collecter toutes les informations médicales d’intérêt pour le suivi des cancers et l’évaluation des pratiques médicales. Les équipes de bio-statistiques et de santé publique du CHU de Clermont-Ferrand établissent actuellement les analyses épidémiologiques d’intérêt à partir des données collectées par le réseau. / The implementation of a grid network to support large-scale epidemiology analysis (based on distributed medical data sources) and medical data sharing require medical data integration and semantic alignment. In this thesis, we present the GINSENG (Global Initiative for Sentinel eHealth Network on Grid) network that federates existing Electronic Health Records through a rich metamodel (FedEHR), a semantic data model (SemEHR) and distributed query toolkits. A query interface based on the VIP platform, and available through the e-ginseng.com web portal helps medical end-users in the design of epidemiological studies and the retrieval of relevant medical data sets.

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