Chile es uno de los mayores productores de salmones y truchas a nivel mundial, para aumentar la competitividad en este mercado es imprescindible generar tecnologías (biotecnologías) que permitan mantener su posicionamiento global. El desarrollo de estas tecnologías en otras especies de importancia agronómica, se sustenta en el desarrollo de marcadores moleculares y mapas genéticos, que han permitido identificar los genes, regiones genómicas o QTL (“Quantitative Trait Loci”), que afectan los caracteres de importancia económica. Para salmones la ausencia de mapas genéticos saturados con marcadores ha impedido la eficiente identificación de QTL, por lo que se requieren otras aproximaciones para desarrollar esta tarea. En este trabajo se utilizó marcadores anónimos (RAPD) y grupos extremos para el valor de cría de la tasa de crecimiento, buscando identificar QTL asociados a este rasgo. La aproximación fue aplicada en un genoma conocido de un pez modelo como cebra (Danio rerio), y de ser eficiente podrá ser aplicable a especies de salmones. Para predecir los valores de cría se realizó un análisis de exclusión de paternidad/maternidad con cinco marcadores microsatélites polimórficos (Z4951, Z1197, Z5058, Z4009, Z5294), logrando una probabilidad de exclusión de un 80%. Con las relaciones de parentesco conocidas de dos generaciones se estimó la heredabilidad para la tasa de crecimiento utilizando un modelo animal y un algoritmo derivativo libre de máxima verosimilitud restringida (DFREML). El valor de heredabilidad fue alto (h² = 0,42± 0,10), y concuerda con lo publicado para la especie. Para identificar marcadores moleculares asociados a los QTL que determinan la tasa de crecimiento, se realizaron análisis RAPD entre muestras conjuntas de ADN de los individuos más extremos para valor de cría utilizando 300 partidores aleatorios. Se detectó un marcador polimórfico (amplificado con el partidor UBC 179) cuya presencia se asocia significativamente con bajo valor de cría para tasa de crecimiento en la población evaluada (χ 2 = 17,368; 1 g.l.; Prob. Fisher = 0,0001). Este marcador está disponible para la construcción de marcadores de locus único o SCAR.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-13T09:34:30Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 715056 bytes, checksum: 716a63cd115d7d16af09417ac8b3ed71 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T09:34:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 715056 bytes, checksum: 716a63cd115d7d16af09417ac8b3ed71 (MD5) Previous issue date: 2016-08-04 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os programas de melhoramento genético do cafeeiro têm como principal objetivo a obtenção de cultivares com características agronômicas e tecnológicas de interesse, qualidade superior de bebida e resistência a pragas e doenças, aliadas a elevado potencial produtivo. Uma ferramenta útil para auxiliar a seleção de progenitores para os programas de melhoramento é o estudo da diversidade genética de cafeeiros, usando marcadores moleculares. Outra metodologia utilizada é o cruzamento dialélico. Dialelos têm sido aplicados para a obtenção de informações sobre o potencial genético de cultivares ou linhagens, bem como suas capacidades de combinação, que resultem em híbridos produtores de populações segregantes promissoras. Assim, o presente trabalho teve como objetivo aplicar essas duas metodologias, a análise da diversidade genética e o estudo de um dialelo circulante, para auxiliar os programas de melhoramento de Coffea arabica. Marcadores moleculares também foram utilizados para certificação de cruzamentos de interesse para o melhoramento. Dessa forma, 12 marcadores moleculares do tipo SSR (Simple Sequence Repeats) foram utilizados para acessar a diversidade genética de 76 potenciais progenitores e para a certificação de 48 cruzamentos de interesse. A análise da matriz de distância genética obtida e os dendrogramas resultantes permitiram identificar que os cruzamentos Catiguá MG2 x Acauã, Catiguá MG2 x Topázio MG 1190 , Catiguá MG2 x Arara, Catiguá MG2 x Bourbon Amarelo MG 0009 e Catiguá MG2 x Tupi Ferrero, são os que otimizam a distância genética entre os progenitores. Com os marcadores moleculares, foi possível identificar sete cafeeiros que não eram híbridos e sim resultantes de autofecundação do progenitor feminino. Na análise do dialelo circulante foram avaliados oito progenitores e 12 híbridos, com base em 10 características morfoagronômicas. Foram estimadas as capacidades gerais e específicas de combinação, bem como as médias dos progenitores, dos híbridos e dos híbridos preditos para cada característica. Para as principais características (Vigor Vegetativo e Produção), os cruzamentos que devem ser priorizados são entre os progenitores Catiguá MG2 e UFV 311-63 e entre Catiguá MG2 e Acauã Novo, com base na estimação dos parâmetros genéticos. Foi realizada uma análise de correlação para estudar a relação entre distância genética com base nos marcadores moleculares, diversidade genética fenotípica, média fenotípica e capacidade de combinação das plantas avaliadas no dialelo. Verificou-se uma maior correlação entre a distância genética molecular, média fenotípica das características avaliadas e capacidade de combinação quando comparada com a diversidade fenotípica. Além disso, as características mais fortemente correlacionadas com a diversidade genética molecular foram Vigor vegetativo e Produção. / The main objectives of coffee breeding programs is to obtain cultivars with good agronomic traits, better cup quality and resistance to pests and diseases combined with high yield potential. A useful tool to assist the selection of promising parents for these programs is the study of genetic diversity using molecular markers. Another method used is the diallel cross. Diallel shave been applied to obtain information on the genetic potential of cultivars, as well as its combination capacities that result in hybrids of promising segregating populations. Thus, this study aimed to apply these two methods, the analysis of genetic diversity and circulant diallel to assist Coffea arabica breeding programs. Molecular markers were also used for certification of hybrids. Twelve SSR (Simple Sequence Repeats) molecular markers were used to assess the genetic diversity of 76 potential parents and certificate 48 potential hybrids. The analysis of genetic distance matrix and the dendrograms showed that Catiguá MG2 x Acauã, Catiguá MG2 x Topazio MG 1190, Catiguá MG2 x Arara, Catiguá MG2 x Bourbon Amarelo and Catiguá MG2 x Tupi Ferrero are the crosses that optimize the genetic distance between parents. With molecular markers data, seven potential hybrids showed to be result of self-pollination and the remaining 41 plants were identified as true hybrids. The circulant diallel analyses were assessed with eight parents and 12 hybrids, using ten agronomic traits. The general and specific combining abilities were estimated, as well as the means of the parents, hybrids and predicted hybrids for each trait. For the main agronomic trait (vegetative vigor and yield), crossings that should be prioritized are between the parents Catiguá MG2 and UFV 311-63, and between Catiguá MG2 and Acauã Novo based on the genetic parameters estimation. A correlation analysis was performed to study the relationship between molecular genetic distance, phenotypic genetic diversity, phenotypic mean and combining ability of the plants evaluated in diallel. There was a greater correlation between genetic distance and phenotypic mean of the traits evaluated and combining ability, when compared to phenotypic distance. Furthermore, the most strongly correlated traits with genetic diversity were vegetative vigor and yield.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-05-10T11:24:39Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1458718 bytes, checksum: 848cff4ffab0a6124463173e706a2f70 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-10T11:24:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1458718 bytes, checksum: 848cff4ffab0a6124463173e706a2f70 (MD5) Previous issue date: 2002-07-08 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A mancha-angular, causada pelo fungo Phaeoisariopsis griseola, é uma das principais doenças do feijoeiro, provocando perdas que podem chegar a 70% da produção no Brasil. Para o controle da doença, o uso de cultivares resistentes é uma medida eficiente, prática e econômica, no entanto, a alta variabilidade patogênica de P. griseola dificulta o trabalho dos melhoristas. Neste caso, a estratégia de piramidação de genes de resistência, pode ser utilizada, buscando-se uma resistência mais duradoura. Este trabalho teve como principais objetivos, a obtenção de linhagens de feijoeiro com grãos tipo carioca e resistentes à mancha- angular, além da caracterização de 58 cultivares de feijoeiro quanto a esta doença. Na geração RC 2 F 2 do cruzamento Rudá x México 54, procedeu-se a seleção de plantas resistentes por meio de inoculação com a raça 63.19 de P. griseola, bem como pelo uso do marcador SCAR OPN02 890 . Estas, geraram 15 famílias RC 2 F 2:3 com grãos tipo carioca, as quais foram avaliadas em teste de progênie, identificando-se duas famílias como homozigotas para o gene de resistência. A partir da análise das distâncias genéticas por marcadores RAPD, foram selecionadas quatro linhagens RC 2 F 3 com distâncias genéticas relativas em relação ao genitor Rudá variando de 8,38 a 11,26%. Para o cruzamento Rudá x MAR-2, utilizou-se a raça 63.39 de P. griseola e o marcador RAPD OPE04 500 na geração RC 1 F 2 , para seleção de plantas resistentes. Foram selecionadas dezenove famílias RC 1 F 2:3 com grãos tipo carioca, para o teste de progênie. Destas, foram selecionadas duas como resistentes homozigotas. Quatro linhagens RC 1 F 3 foram selecionadas com auxílio de marcadores RAPD, com distâncias genéticas relativas variando de 11,73 a 14,17% em relação à cultivar Rudá. Na geração RC 1 F 2 do cruzamento entre Rudá x BAT 332, plantas resistentes foram selecionadas, por meio do marcador RAPD OPAO12 950 . Selecionaram-se dezessete famílias RC 1 F 2:3 que possuíam grãos do tipo carioca para o teste de progênie. Por este teste, foram selecionadas 5 famílias como homozigotas resistentes. Seis linhagens RC 1 F 3 foram selecionados pela análise por RAPD, com distâncias genéticas relativas variando de 13,94 a 14,14% em relação ao Rudá. Na caracterização de 58 cultivares de feijoeiro quanto à reação às raças 63.19, 31.15, 63.55 e 63.23 de P. griseola, as cultivares Antioquia 8 e CAL 143, ambas de origem andina e Equador 299 e México 235, de origem mesoamericana, apresentaram resistência às quatro raças testadas. O uso de cultivares andinas e mesoamericanas em programas de melhoramento visando resistência à mancha- angular é importante, devido às evidências de coevolução patógeno-hospedeiro. Desta forma, Antioquia 8, CAL 143, Equador 299 e México 235 podem ser úteis em tais programas. Todos as outras cultivares possuem algum nível de suscetibilidade às quatro raças de P. griseola estudadas. Os mais suscetíveis foram: AB 7419, AN 9022180, Aporé, Bambuí, Carioca 80, CNC, CNF 9287, Diamante Negro, Earlly Gallatin, Jamapa e KW 780. / Angular leaf spot caused by the fungus Phaeoisariopsis griseola is a major common bean disease, and may cause yield losses up to 70% in Brazil. An effective, practical and economic way to control the angular leaf spot is to use resistant cultivars, however, high P. griseola pathogenic variability makes the development of such resistant cultivars a difficult task. In this case, pyramiding of resistance genes may be used if a longer lasting resistance is to sought. This work aimed at obtaining common bean lines with “carioca” grain type and resistant to the angular leaf spot, as well as the characterization of 58 common bean cultivars to this disease. In generation BC 2 F 2 of Ruda x Mexico 54 cross the selection of resistant plants was proceeded by inoculation of race 63.19 of P. griseola, as well as by the use of the SCAR OPN02 890 marker. Those plants bred 15 BC 2 F 2:3 families with “carioca” grain type, which were used in the progeny test, and two families were identified as resistant and homozygous. From the analyses of genetic distances by RAPD markers, four BC 2 F 3 plants were selected with relative genetic distances to the recurrent parent Ruda ranging from 8.38 to 11.26%. In the Ruda x MAR-2 cross, race 63.39 of P. griseola and the RAPD OPE04 500 were used in generation BC 1 F 2 to select resistant plants. Nineteen BC 1 F 2 plants were selected for progeny test which bred BC 1 F 2:3 families with “carioca” grain type, From those 19 families, 2 were selected as homozygous resistant. Through the analysis of BC 1 F 3 plants by RAPD markers, four were selected with relative genetic distances to Ruda ranging from 11.73 to 14.17%. In generation BC 1 F 2 of Ruda x BAT 332 cross, resistant plants were selected using the RAPD OPAO12 950 marker. Those plants bred 17 BC 1 F 2:3 families with “carioca” grain type, which were used in the progeny test, and 5 families were identified as resistant homozygous. Six BC 1 F 3 individuals were selected through the RAPD analysis, with relative genetic distances, ranging from 13.94 to 14.14% to Ruda. In the characterization of 58 common bean cultivars, for their reaction to the races 63.19, 31.15, 63.55 and 63.23 of P. griseola, the cultivars Antioquia 8 and CAL143, both of Andean, and Equador 299 and México 235, of Mesoamerican common bean groups, showed resistance to the four tested races. The use of Andean and Mesoamerican common beans in breeding programs aiming angular leaf spot resistance is an important strategy due to the evidences of pathogen-host coevolution. Thus, Antioquia 8, CAL 143, Equador 299 and México 235 may be good choices in such programs. All the other cultivars were susceptible to at least one of the four races tested. Amongst the most susceptible ones were: AB 7419, AN 9022180, Aporé, Bambuí, Carioca 80, CNC, CNF 9287, Diamante Negro, Earlly Gallatin, Jamapa and KW 780. / Dissertação importada do Alexandria

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T12:58:01Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 416709 bytes, checksum: 2bb727f4c0fb775d57edba4fdab8f115 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T12:58:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 416709 bytes, checksum: 2bb727f4c0fb775d57edba4fdab8f115 (MD5) Previous issue date: 2004-07-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Neste estudo investigou-se a associação entre polimorfismos no gene da Leptina e características quantitativas em suínos produzidos pelo cruzamento divergente entre machos da raça naturalizada brasileira Piau e matrizes comerciais. Foram avaliadas características de desempenho, carcaça, cortes de carcaça e qualidade da carne. Os polimorfismos detectados por seqüenciamento nos animais parentais foram reconhecidos pelas enzimas Pvu II, Dde I, Bam HI, Fok I e Hinf I, respectivamente nas posições do gene 798, 828, 2411, 3266 e 3469 pb. Apenas o polimorfismo T3469C estava localizado em região de exon; os demais polimorfismos se encontravam em regiões não- expressas do gene. Os genótipos para cada polimorfismo foram obtidos pela técnica de PCR-RFLP. Nas análises estatísticas de associação entre os polimorfismos e as características foi utilizado o modelo com efeitos fixos de genótipo, sexo, lote, interação genótipo x sexo e efeito aleatório de pai. Foram consideradas diferentes covariáveis para cada grupo de características. As médias dos genótipos foram comparadas pelo teste F ou t. Quando a interação genótipo x sexo foi significativa, realizou-se a comparação entre as médias dos genótipos dentro de sexo por meio do teste t. Os efeitos médios da substituição alélica e os desvios da dominância dos genótipos foram determinados. O polimorfismo C798T apresentou associações com as características número total de tetas (p=0,02), número de tetas esquerdas (p=0,03), espessura de toucinho UL (p=0,06), comprimento de intestino (p=0,02) e peso total de carré (p= 0,01). O sítio polimórfico C828T esteve associado a variações nas características peso da banda direita (p=0,06) e banda esquerda (p=0,06), peso da copa limpa (p= 0,07), peso total de paleta (p=0,03) e peso de bacon (p=0,03). O polimorfismo T2411C esteve associado a variações nas características espessura de toucinho P2 (p=0,06), peso de paleta limpa (p=0,06), peso de copa (p=0,08), peso do filezinho (p=0,01) e peso do rim (p=0,01). O polimorfismo T3266G apresentou associações significativas com as características idade ao abate (p=0,08), espessura de toucinho medida imediatamente após a última costela, a 6,5 cm da linha dorso-lombar (p=0,07), espessura de toucinho imediatamente após a última costela, na linha dorso- lombar (p=0,04), espessura de toucinho entre a última e a penúltima vértebra lombar, na linha dorso-lombar (p=0,07), peso de costela (p=0,09), peso de copa limpa (p= 0,08) e peso de bacon (p=0,04). O polimorfismo T3469C apresentou associação com as características peso aos 21 (p=0,03), 42 (p=0,05), 63 (p=0,02) e 77 dias de idade (p=0,04), peso ao abate (p=0,03), consumo de ração (p=0,01), ganho de peso médio diário (p< 0,01), conversão alimentar (p<0,01), comprimento de carcaça medido pelos métodos brasileiro (p=0,09) e americano (p=0,04), índice de vermelho (p=0,02) e tonalidade da carne (p=0,03). Foi observada a interação entre sexo e os genótipos para muitas características. Os efeitos médios da substituição alélica e os desvios da dominância foram determinados somente para os polimorfismos T828C e T2411C. Os resultados sugerem que os polimorfismos são potenciais marcadores para características produtivas de importância econômica como taxa de crescimento, consumo de ração e espessura de toucinho. No entanto, as associações foram detectadas em população experimental, sendo necessária a validação desses resultados em populações comerciais. / The association of polymorphisms in the porcine Leptin gene and quantitative traits in pigs produced by initial mating of native Brazilian boars and commercial sows was investigated. Performance, carcass, carcass cuts and meat quality traits were analyzed. The polymorphic sites detected by sequencing parental animals DNA were recognized by the enzymes Pvu II, Dde I, Bam HI, Fok I e Hinf I, respectively observed in the positions 798, 828, 2411, 3266 e 3469 pb. Only T3469C polymorphism was observed in exonic region; the other ones were observed at a not expressed region of Leptin gene. Genotypes were identified by PCR – RFLP. Association analyses were performed using a model that included genotype, sex, group and genotype x sex interaction as fixed effects and sire as random effect. Different covariates were assumed according to different trait groups. Genotypes means were compared by F test or t test. The existence of interaction between genotype and sex was evaluated and genotypes means were compared for each sex by t test. The polymorphism C798T was associated with variation in total number (p=0.02) and left number of teats (p=0.03), backfat thickness between last and last but one lumbar vertebrae (p=0.06), intestine length (p=0.02) and total loin ix(bone-in) weight (p=0.01). The polymorphic site C828T was associated with variation on right half carcass weight (p=0.06), left half carcass weight (p=0.06), boston shoulder weight (p=0.07), picnic shoulder weight (p=0.03) and bacon weight (p=0.04). The polymorphism T2411C was associated with variation in backfat thickness after last rib, at 6.5 cm from the midline (p=0.06), skinless and fatless picnic shoulder weight (p=0.06), boston shoulder weight (p=0.08), sirloin weight (p=0.01) and kidney weight (p=0.01). The polymorphism T3266G was associated with slaughter age (p=0.08), backfat thickness after last rib, at 6.5 cm from the midline (p=0.07), backfat thickness after last rib (p=0.04), and backfat thickness between last and last but one lumbar vertebrae (p=0.07), spareribs weight (p=0.09), skinless and fatless boston shoulder weight (p=0.08) and bacon weight (p=0.04). The T3469C polymorphism was associated with weight at 21 (p=0.03), 42 (p=0.05), 63 (p=0.02) and at 77 days of age (p=0.04), slaughter weight (p=0.03), feed intake (p=0.01), average daily gain (p<0.01), feed/gain ratio (p<0.01), carcass length by the Brazilian carcass classification method (p=0.09) and by the American carcass classification method (p=0.04), redness (p=0.02) and hue (p=0.03). Association between genotype and sex was observed for many traits. Allelic substitution and dominance effects were estimated for polymorphisms T828C and T2411C. The observations suggest that these Leptin polymorphisms may be considered potential molecular markers for economically important production traits such as feed intake, growth rate and back fat in swine. However, associations need to be confirmed in commercial populations.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-02T16:58:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 877440 bytes, checksum: 7786ed59457e565fc3880bd95630df06 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-02T16:58:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 877440 bytes, checksum: 7786ed59457e565fc3880bd95630df06 (MD5) Previous issue date: 2004-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O presente trabalho teve como objetivo a caracterização e identificação de QTL ́s para características de crescimento e de qualidade da madeira em híbridos de eucalipto derivados do cruzamento E.grandis e E. urophylla. Para isto foi desenvolvido um mapa de ligação RAPD, pouco saturado, para os híbridos (LOD = 3 e r = 0,40) contendo 52 marcas e 12 grupos de ligação. Foram utilizados 90 indivíduos de população F1, “pseudotestcross” e 176 marcadores RAPD, a partir da amplificação com 63 oligonucleotídeos decâmeros de seqüência arbitrária. As características de qualidade da madeira densidade; rendimento de polpa; teor de extrativos; teor de lignina insolúvel, teor de lignina solúvel determinadas em espectrofotômetro de infravermelho e as características de crescimento, diâmetro altura do peito (D.A.P.); altura total, altura comercial; foram avaliadas quanto a presença de QTL ́s. As análises de QTL foram feitas utilizando os testes: de segregação do χ 2 , mapeamento por marca simples, mapeamento por intervalo simples e mapeamento por intervalo composto. Todas as análises geraram resultados consistentes que indicam 9 QTL ́s relacionados com a expressão de 7 das 8 características avaliadas, respectivamente: 1 QTL para densidade, 1 QTL para rendimento de polpa e 2 QTL ́s para teor de extrativos confirmados pelas metodologias de mapeamento por intervalo simples e composto e 1 QTL para teor de lignina solúvel, 2 QTL ́s para teor de lignina insolúvel, 1 QTL para D.A.P. e 1 QTL para altura total confirmados apenas pela metodologia de mapeamento por intervalo composto. A sobreposição de QTL ́s em determinadas regiões dos grupos de ligação pode ser resultado da existência de regiões do genoma mais importantes para o crescimento e desenvolvimento da planta sugerindo a existência de blocos gênicos de maior efeito relacionados com a regulação e controle das características estudadas. / The present work aimed to characterize and identify QTL ́s for wood quality and growth characteristics in E. grandis x E. urophylla hybrids. For this purpose a RAPD linkage map was developed for the hybrids (LOD = 3 and r = 0.40), containing 52 markers and 12 linkage groups. For the map development, 176 RAPD markers from 63 random primers were used in a F1 full siblings population of 90 plants. Characteristics related to wood quality such as: density, cellulose pulp yield, percentage of extractives, percentage of insoluble lignin, percentage of soluble lignin, determined in a near infrared spectrophotometer - NIRS and the growth characteristics: circumference at breast height (CBH), total height, and commercial height were used in the QTL analyses. QTL’s analyzes were performed using chi-square tests, single-marker analysis, interval mapping and composite interval mapping analyses. All approaches led to the identification of similar QTL ́s, respectively: one QTL associated with wood density, two for cellulose pulp yield and two for percentage of extractives, were detected and confirmed by the interval mapping and composite interval mapping. One QTL associated with percentage of soluble lignin, two for percentage of insoluble lignin, one for C.B.H. and one for total height confirmed only by the composite interval mapping methodology. The QTL ́s overlapping can be the result of major genes involved in the regulation and control of the growth traits by epistatic interactions with other genes.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-11T10:51:51Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 993006 bytes, checksum: d6a0e872e24eb36ce9bebd55844acea7 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-11T10:51:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 993006 bytes, checksum: d6a0e872e24eb36ce9bebd55844acea7 (MD5) Previous issue date: 2003-02-07 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os genótipos do gene PSS foram caracterizados para 596 suínos procedentes de um cruzamento F 2 entre fêmeas comerciais e suínos nativos brasileiros, por meio da técnica de PCR-RFLP. As características de carcaça, desempenho e qualidade da carne foram avaliadas. Entre os 596 animais analisados, 493 (82,72%) foram caracterizados como NN e 103 (17,28%), como Nn. Animais Nn, quando comparados com animais NN, apresentaram, para as características de carcaça, maiores (P<0,05) valores de peso da banda direita (27,30±2,67 vs. 26,85±2,67), peso da banda esquerda (27,21±2,60 vs. 26,74±2,60), profundidade do lombo (45,48±4,34 vs. 43,43±4,34) e área de olho de lombo (28,14±2,74 vs. 26,09±2,74) e menores espessuras de toucinho na região da copa (39,08±5,43 vs. 40,86±5,43), espessuras de toucinho entre a última e a penúltima vértebra lombar (27,30±5,94 vs. 28,92±5,94) e espessuras de toucinho após a última costela, a 6,5cm da linha dorso-lombar (15,51±3,74 vs. 17,24±3,74), o que indica maior peso ao abate, menor deposição de gordura na carcaça e maior deposição de carne na carcaça, para animais portadores do alelo n. Animais Nn, quando comparados com animais NN, apresentaram, para cortes, maiores (P<0,05) valores de peso da banda direita resfriada (26,99±2,90 vs. 26,45±2,90), peso do pernil (7,40±0,82 vs. 7,29±0,82), peso do pernil sem pele e sem gordura (5,23±0,60 vs. 4,96±0,60), peso da copa sem ivpele e sem gordura (1,75±0,27 vs. 1,68±0,27), peso da paleta (5,00±0,61 vs. 4,88±0,61), peso da paleta sem pele e sem gordura (2,87±0,39 vs. 2,68±0,39), peso do lombo (1,11±0,18 vs. 1,01±0,18), peso da cabeça (1,56±0,21 vs. 1,51±0,21) e peso do filezinho (0,24±0,04 vs. 0,22±0,04), o que indica maiores rendimentos de cortes para animais portadores do alelo n, confirmando os resultados de características de carcaça, e menores valores para espessura do bacon (23,68±6,63 vs. 25,38±6,63), confirmando a menor deposição de gordura na carcaça. Animais Nn, quando comparados com animais NN, apresentaram menores (P<0,05) valores para a característica de desempenho peso aos 105 dias (36,01±6,28 vs. 36,82±6,28), indicando menor taxa de crescimento para animais portadores do alelo n, nesta idade. Os animais dos dois genótipos (NN e Nn, respectivamente) não diferiram (P>0,05) para pH 24 horas após o abate (5,71±0,15 vs. 5,70±0,15), porcentagem de gordura intramuscular (1,55±0,64 vs. 1,65±0,64), força de cisalhamento (5551,60±871,95 vs. 5506,60±871,95), luminosidade (44,96±2,02 vs. 45,01±2,02), índice de vermelho (0,64±0,60 vs. 0,79±0,60), índice de amarelo (6,62±0,55 vs. 6,65±0,55), tonalidade de cor (84,28±5,56 vs. 83,41±5,56) e índice de saturação (6,68±0,52 vs. 6,73±0,52). No entanto, animais Nn, quando comparados com animais NN, apresentaram (P<0,05) menores valores de pH 45 minutos após o abate (6,41±0,26 vs. 6,51±0,26) e maiores valores para perda d água por gotejamento (3,92±1,68 vs. 3,06±1,68), cozimento (33,29±2,54 vs. 32,50±2,54) e perda de água total (35,67±2,67 vs. 34,01±2,67). Os resultados obtidos mostram que mesmo animais originados de cruzamento divergente, portadores do gene PSS, apresentaram maior rendimento de carne magra, maior rendimento de cortes, menor deposição de gordura na carcaça e carne de qualidade inferior. / The PSS gene genotypes of 596 F 2 pigs produced by initial mating of Brazilian commercial sows and native boars were characterized by the PCR-RFLP technique and their carcass, performance and meat quality traits were evaluated. Among the 596 analyzed animals, 493 animals (82.72%) were characterized as NN and 103 animals (17.28%) as Nn. Nn animals, compared to NN animals, presented, for the carcass traits, higher (P<0.05) values for right half carcass weight (27.30±2.67 vs. 26.85±2.67), left half carcass weight (27.21±2.60 vs. 26.74±2.60), loin depth (45.48±4.34 vs. 43.43±4.34) and loin eye area (28.14±2.74 vs. 26.09±2.74), and lower values for shoulder backfat thickness (39.08±5.43 vs. 40.86±5.43), backfat thickness between last and last but one lombar vertebrae (27.30±5.94 vs. 28.92±5.94), backfat thickness after last rib, at 6.5 cm from the midline (15.51±3.74 vs. 17.24±3.74), indicating higher slaughter weight, lower carcass fat deposition and higher carcass lean content for animals carrying the n allele. Nn animals, compared to NN animals, presented, for carcass cuts yields, higher (P<0.05) values for cold right half carcass weight (26.99±2.90 vs. 26.45±2.90), ham weight (7.40±0.82 vs. 7.29±0.82), skinless and fatless ham weight (5.23±0.60 vs. 4.96±0.60), skinless and fatless boston shoulder weight (1.75±0.27 vs. 1.68±0.27), picnic shoulder weight vi(5.00±0.61 vs. 4.88±0.61), skinless and fatless picnic shoulder weight (2.87±0.39 vs. 2.68±0.39), loin weight (1.11±0.18 vs. 1.01±0.18), head weight (1.56±0.21 vs. 1.51±0.21) and sirloin weight (0.24±0.04 vs. 0.22±0.04), indicating greater cuts yields for n allele carrying animals, confirming the carcass traits results, and lower values for bacon depth (23.68±6.63 vs. 25.38±6.63), confirming lower carcass fat deposition. Nn animals, compared to NN animals, presented lower (P<0.05) values for the performance trait weight at 105 days of age (36.01±6.28 vs. 36.82±6.28), indicating a lower growth rate for animals carrying the n allele, at this age. Both genotypes animals (NN and Nn, respectively) did not differ (P>0.05) for pH at 24 hours after slaughter (5.71±0.15 vs. 5.70±0.15), marbling (1.55±0.64 vs. 1.65±0.64), shear force (5551.60±871.95 vs. 5506.60±871.95), lightness (44.96±2.02 vs. 45.01±2.02), redness (0.64±0.60 vs. 0.79±0.60), yellowness (6.62±0.55 vs. 6.65±0.55), hue (84.28±5.56 vs. 83.41±5.56) and chroma (6.68±0.52 vs. 6.73±0.52). However, Nn animals, compared to NN animals, presented lower (P<0.05) pH at 45 minutes after slaughter (6.41±0.26 vs. 6.51±0.26), and higher drip (3.92±1.68 vs. 3.06±1.68), cooking (33.29±2.54 vs. 32.50±2.54) and total (35.67±2.67 vs. 34.01±2.67) water losses. These results show that animals carrying the PSS gene, even those from divergent crossing, generate leaner carcasses, with higher cutting yields and lean content. On the other hand, they produce meat of inferior quality.

MELO, José Glauber Moreira. Análise molecular e proteômica de Lasiodiplodia theobromae associado a fruteiras tropicais. 2014. 88 f. Tese (Doutorado em agronomia)- Universidade Federal do Ceará, Fortaleza-CE, 2014. / Submitted by Elineudson Ribeiro (elineudsonr@gmail.com) on 2016-08-29T20:06:07Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_jgmmelo.pdf: 2467689 bytes, checksum: e9a0fc6142e5ef3db09ac0252d32f4e7 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2016-08-31T23:39:17Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_jgmmelo.pdf: 2467689 bytes, checksum: e9a0fc6142e5ef3db09ac0252d32f4e7 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-31T23:39:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_jgmmelo.pdf: 2467689 bytes, checksum: e9a0fc6142e5ef3db09ac0252d32f4e7 (MD5) Previous issue date: 2014 / Lasiodiplodia theobromae is a plant pathogenic fungus responsible for many diseases in various plants, is a fungus typically tropical and subtropical regions. The fungus attacks many tropical plants, among them, including mango, Spondias sp., coconut, cashew, and many others. His control is basically genetic performed by planting resistant clones, however to obtain it becomes necessary to know the pathogen characteristics. The information available on the genetic variability of L. theobromae is restricted to ensure success in any breeding program for resistance to this pathogen. Taking into account that proteins are functional products of genes, it is important to know them, to improve the understanding of the mode of action of pathogens, with this understanding, useful as a strategy to be used in plant breeding seeking genetic resistance. The objective of this study were to conduct a genetic study molecular in a population of L. theobromae and a differential proteomic analysis of the fungus among isolates, more and less aggressive, to identify proteins responsible for this aggressivity. A population consisting of 105 strains was used for molecular characterization, extracting the DNA from mycelia grown in liquid medium. Each sample was subjected to polymerase chain reaction (PCR) with 15 pairs of primers specific for the species, and a primer pair of the ITS region and other EF-1α region. The amplified products were visualisados agarose gel, stained with ethidium bromide and spreadsheet data in binary tabulated and analyzed by unbalanced grouping method based on the arithmetic mean (UPGMA) using the MVSP program. Genetic similarities were estimated by Jaccard’s coefficient. The results indicated a high genetic variability of the studied population. Since the proteomic study was conducted to assess qualitative differences, that is, the presence/absence of a specific protein in relation to the opposite group. To this end, we used two isolates of the same fungus, differing as their aggressiveness, in which one was highly aggressive, whereas the other had a low aggressiveness when inoculated seedlings of cashew. When the electrophoretic profile was analyzed, 96 were detected differentially expressed spots. By LC-ESI-Q-TOF MS / MS, 84 proteins were identified having the most diverse cellular functions. With this approach it was possible preliminary characterization of the protein profile of this fungus to give some evidence of the mechanisms involved in their aggressiveness. This is the first study seeking to know the proteins responsible for the aggressiveness L. theobromae. / Lasiodiplodia theobromae é um fungo fitopatogênico responsável por inúmeras doenças em variadas plantas, sendo um fungo tipicamente de regiões tropicais e subtropicais. O fungo atacadiversas plantas tropicais, dentre elas destacam-se a mangueira, as Spondiassp., o coqueiro, o cajueiro, entre tantas outras. Seu controle é basicamente genético realizado com o plantio de clones resistentes, entretanto, para sua obtenção torna-se necessário o conhecimento das características do patógeno. As informações disponíveissobre a variabilidade genética de L. theobromaesão insuficientes para assegurar o sucesso em qualquer programa de melhoramento genético visando à resistência a este patógeno. Levando-se em conta que as proteínas são produtos funcionais dos genes, torna-se importante conhecê-las, visando um melhor entendimento do modo de ação dos patógenos, sendo este entendimento, útil como estratégia a ser utilizada no melhoramento vegetal buscando a resistência genética. Assim, o objetivo desse estudo foi realizar um estudo genético molecular em uma população de L. theobromae e uma análise proteômica diferencial do fungo entre isolados, mais e menos agressivos, visando identificar proteínas responsáveis por essa agressividade.Uma população composta de 105 isolados foi usada na caracterização molecular, extraindo-se o DNA a partir do micélio do fungo crescido em meio líquido. Cada amostra foi submetida à reação em cadeia da polimerase (PCR) com 15 pares de primers específicos para essa espécie, além de um par de primer da região ITS e outro da região EF-1α. Os produtos amplificados foram visualisados em gel de agarose, corados com brometo de etídio e os dados tabulados em planilha binária e foram analisados pelo método de agrupamento não balanceado baseado na média aritmética (UPGMA) utilizando o programa MVSP. As similaridades genéticas foram estimadas pelo coeficiente de Jaccard. Os resultados indicaram uma grande variabilidade genética da população avaliada. Já o estudo proteômico foi realizado visando avaliar diferenças qualitativas, ou seja, a presença/ausência de uma determinada proteína, em relação ao grupo antagônico. Para tal, utilizaram-se dois isolados do mesmo fungo, diferenciando-se quanto a sua agressividade, em que um era altamente agressivo, enquanto o outro apresentava uma baixa agressividade quando inoculados em mudas de cajueiro. Quando o perfil eletroforético foi analisado, foram evidenciados 96 spots diferencialmente expressos. Através da LC-ESI-Q-TOF MS/MS, foram identificadas 84 proteínasapresentando diversas funções celulares.Com essa abordagem foi possível a caracterização preliminar do perfil proteico deste fungo, obtendo-se alguns indícios dos mecanismos envolvidos na sua agressividade. Este é o primeiro estudo buscando conhecer as proteínas responsáveis pela agressividade de L. theobromae.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-12-17T08:16:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 450456 bytes, checksum: 7908ee0c11628a893a9ef8b97ec1d3fc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-17T08:16:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 450456 bytes, checksum: 7908ee0c11628a893a9ef8b97ec1d3fc (MD5) Previous issue date: 2015-08-13 / O objetivo deste trabalho foi avaliar os parâmetros genéticos e diversidade genética de Coffea canephora (grupo Robusta e Conilon) genotipados com marcadores moleculares SNPs. Os dados fenotípicos foram analisados utilizando a metodologia de modelos mistos (REML/BLUP) por meio do programa Selegen. Os resultados mostraram uma baixa variabilidade genética entre os clones de Robusta e Conilon para todas as características avaliadas. Por outro lado, coeficiente de variação relativamente elevado foi observado para a maioria das características, o que implica que estas características parecem ser altamente influenciadas pela variação ambiental. A repetibilidade estimada para a maioria das características foi menor, indicando a irregularidade da superioridade dos indivíduos entre as medições para esses caracteres no caso de ambos os clones com elevada irregularidade do desempenho por meio de medição, o que demonstra que a seleção do genótipo com base nessas características é uma estratégia não confiável. Em geral, para ambos os grupos, houve baixa interação com ano, como foi observado por meio da correlação entre genótipos de medição (rgmed) para a maioria dos caracteres avaliados. Esse resultado demonstrou que a seleção pode ser realizada em qualquer fase de desenvolvimento usada para a medição. Para estudo de diversidade genética foi utilizado 46074 marcadores SNP polimórficos que cobrem todo o genoma de 50 clones de C. canephora (24 Conilon e 26 Robusta). A estimativa de similaridade genética entre cada par de indivíduos foi calculada pelo coeficiente de Jaccard e diversidade entre clones foi obtida pela construção do dendrograma pelo método UPGMA (Unweighted Pair- Group Method with Arithmetic Mean) usando o programa NTSYS pc2.1. Por meio do dendograma, os clones form dividos em seis grupos. A análise mostrou que os genótipos de C. canephora foram divididos em grupos de diversidade que podem ser usados para outros programas de melhoramento genético. / The objective of this work was to assess the genetic parameters in Coffea canephora (Robusta and Conilon groups) and to analyze the genetic diversity of C. canephora accessions, which were genotyped with SNPs molecular markers. The phenotypic data were analyzed using the mixed model methodology (REML/BLUP) through the Selegen software for estimation of genetic parameters. The results showed a low genetic variability (CVg%) among the clones of Robusta and Conilon for all the evaluated traits. On the other hand, relatively high residual coefficients of variation (CV%) for most of the traits were recorded implying that these traits seem to be highly influenced by the environmental variation. The estimated repeatability for most of the traits was lowest indicating the irregularity of the superiority of the individuals among the measurements for these characters in the case of both clones showing high irregularity of the performance across measurement, which demonstrate that genotype selection based on those traits is not reliable strategy. Generally, for both groups of clones, there was low interaction with year, as observed by the genotypic correlation across measurement (rgmed) for most of the characters evaluated demonstrating that selection can be performed at any of the development stages used for measurement. Genetic diversity was investigated using 46074 polymorphic SNP markers covering the entire genome of 50 C. canephora clones (24 Conilon and 26 Robusta). The genetic similarity between each pair of clones was calculated by the Jaccard coefficient and information about diversity among clones was inferred by means of the dendrogram built using UPGMA method (Unweighted Pair-Group Method with Arithmetic Mean) with the program NTSYS pc2.1. Hence, the dendrogram divided the clones into six groups. Generally, the analysis showed that the C. canephora genotypes were clearly divided into diversity groups that can be used for breeding programs.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-20T08:36:57Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 855396 bytes, checksum: 65fccf789cd10380472c42953c3e14dd (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-20T08:36:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 855396 bytes, checksum: 65fccf789cd10380472c42953c3e14dd (MD5) Previous issue date: 2016-02-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Os principais estudos sobre eficiência de mapeamento de locos determinantes de caracteres quantitativos (QTLs) assumiram poucos QTLs de efeito maior, nenhum gene de efeito menor, e reduzida densidade de marcadores moleculares. Este estudo avaliou a eficiência das análises de quadrados mínimos (regressão), de máxima verossimilhança e Bayesiana para o mapeamento de QTLs, assumindo alta densidade de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs), zero a três QTLs e oito ou nove genes de efeitos menores em cada cromossomo, e reduzida proporção da variância fenotípica explicada por cada QTL (reduzida herdabilidade de QTL). Foram também avaliadas a influência do grau de dominância, da herdabilidade, do tamanho amostral, da densidade de marcadores e do efeito de QTL, e as conseqüências do ajuste de modelo aditivo-dominante na ausência de dominância, no mapeamento de QTLs. Foram simuladas 50 amostras de 400 indivíduos F2, os quais foram genotipados em relação a 1000 SNPs (densidade média de um SNP a cada centimorgan) e fenotipados para três caracteres apresentando distintos graus de dominância (dominância unidirecional positiva, dominância bidirecional e ausência de dominância). Para cada característica foi assumido controle por 12 QTLs e 88 genes de efeito menor, distribuídos nas regiões cromossômicas cobertas pelos SNPs (10 cromossomos). As herdabilidade foram 0.3 e 0.7 e os tamanhos amostrais foram 200 e 400. As análises de máxima verossimilhança e de regressão foram equivalentes quanto à eficiência. O mapeamento de QTL não é influenciado pelo grau de dominância, mas é afetado pela herdabilidade, pelo tamanho amostral, pela densidade de marcas e pelo efeito de QTL. A análise Bayesiana apresentou maior poder de detecção de QTLs, maior precisão de mapeamento, e maior número de falso-positivos em comparação às análises de máxima verossimilhança e de regressão. O fator que mais afeta o mapeamento de QTLs é o efeito do QTL. / Previous studies on quantitative trait loci (QTL) mapping efficiency assumed few QTLs of higher effect, no minor genes, and low marker density. This study assessed the efficiency of the least squares, maximum likelihood, and Bayesian approaches for QTL mapping assuming high single nucleotide polymorphism (SNP) density, zero to three QTLs and eight or nine minor genes per chromosome, and low proportion of the phenotypic variance explained by each QTL. We simulated 50 samples of 400 F2 individuals, which were genotyped for 1,000 SNPs (average density of one SNP/centiMorgan) and phenotyped for three traits controlled by 12 QTLs and 88 minor genes. The genes were randomly distributed in the regions covered by the SNPs along 10 chromosomes. The heritabilities were 0.3 and 0.7, and the sample sizes were 200 and 400. The least squares and maximum likelihood approaches were equivalent. The QTL mapping efficiency was not influenced by the degree of dominance but it was affected by heritability, sample size, marker density, and QTL effect. The Bayesian analysis showed greater power of QTL detection, mapping precision, and number of false- positives compared to the least squares and maximum likelihood approaches. The most important factor affecting the QTL mapping efficiency is the QTL effect.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-09-21T17:59:17Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 382726 bytes, checksum: 351ccc02a1b72003c1e584b1d1acb6b8 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-21T17:59:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 382726 bytes, checksum: 351ccc02a1b72003c1e584b1d1acb6b8 (MD5) Previous issue date: 2000-02-11 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / Uma população de 118 RIL’s (linhagens recombinantes endogâmicas) foi obtida através do cruzamento entre o acesso BARC-8 (com alto teor de proteína) e a variedade brasileira Garimpo (com teor de proteína normal). Na geração F6 foram abertas linhas, que constituíram o material genético utilizado neste trabalho. Esse material foi analisado, utilizando-se marcadores microssatélites. Foi feita também a análise do teor de proteínas para essa população cultivada em dois ambientes distintos: Cascavel, PR, e Viçosa, MG. Análise de regressão simples e múltipla e mapeamento por intervalo composto foram utilizados para detectar e mapear as regiões genômicas associadas com alto teor de proteína. A proporção da variância fenotípica explicada por marcador variou entre 3,25% e 6,37% em Cascavel e entre 2,92 % e 12,43% em Viçosa. Na análise de regressão múltipla, os marcadores Satt190, Satt384, Satt422 e Sat-105 explicaram aproximadamente 23% do total da variação do teor de proteínas (Cascavel), e os marcadores Satt190, Satt384, Satt012, Satt304, Satt369 e Sat-105 explicaram, juntos, aproximadamente 31% do total da variação do teor de proteínas em Viçosa. Utilizando-se as médias dos teores de proteína dos dois locais, dois marcadores mostraram-se estáveis nos dois ambientes: Satt384 e Sat-105. Esses marcadores estão associados a genes conservados, cujas funções estão ligadas à determinação do conteúdo de proteínas na semente. No mapeamento por intervalo composto, foram encontrados dois QTL’s associados a teor de proteína nos grupos de ligação C1 e C2, para as famílias cultivadas em Cascavel, que explicam, respectivamente, 11,13% e 12,19% da variação do teor de proteínas. Outras regiões foram encontradas nos grupos de ligação B2, C1, G, K (Viçosa) e E (Cascavel), mas a ligação entre essas regiões e o conteúdo de proteínas não foi significativa nas condições do teste de ligação efetuado. / A soybean population of 118 RILs (recombinant inbred lines) obtained from the cross between the accession BARC - 8 (genotype with high protein content, around 50%) and the brazilian commercial variety Garimpo (genotype with normal protein content, around 36%) was used for the construction of a molecular linkage map, with SSR markers, and for identifying QTLs which control protein level in soybean seeds. F6 generations were grown in two distinct locations (Viçosa, MG and Cascavel, PR) in the summer of 1998/99. Protein contents in the seeds from each line cultivated in the two locations were determined by the Kjedahl method. DNA samples purified from leaves from each line of the population were amplified with 567 soybean SSR primers. Sixty five SSR markers were polymorphic and segregated in a 1:1 ratio in the population. Single and multiple regression and composed interval mapping analysis were used to detect genomic regions associated with high protein content. The SSR markers were also used to construct a molecular genetic map containing 16 linkage groups. The proportion of the phenotypic variance explained by the markers varied from 3,25% to 6,37% in Cascavel, and from 2,92% to 12,43% in Viçosa. Multiple regression analysis identify that markers Satt190, Satt384, Satt422 and Sat-105 explained 23% of the total protein content variation in the RILs cultivated in Cascavel, PR, and Satt190, Satt384, Satt012, Satt304, Satt369 and Sat-105 explained 31% of the total protein content variation in the RILs grown in Viçosa, MG. By using mean values of protein content of the two places, markers Satt384 and Sat-105 shown to be stable in the two environment. It is proposed that these markers are associated with conserved genes, whose functions are very important in protein synthesis and deposition in the seed. Composed interval mapping analysis identified two QTL's associated with protein content in linkage groups C1 and C2 for RIL’s cultivated in Cascavel, which explained, respectively, 11,13% and 12,19% of protein content variation. Other genomic regions were detected in linkage groups B2, C1, G, K (Viçosa) and E (Cascavel), but with no significative correlation with protein content based on the test used. / Não foi localizado o cpf do autor.