O objetivo do presente estudo foi avaliar longitudinalmente a acurácia diagnóstica da análise transcripcional de enxertos renais. Trinta e seis receptores de transplante renal foram avaliados pelo período de três meses pós-transplante. Amostras de sangue periférico para a análise dos genes da Perforina e TIM3 pela reação em cadeia da polimerase em tempo real foram coletadas nos dias 3, 4-6, 9-11, 14-16, 19-21, 24-26, 29-31, 44-46, 59-61 e 89-91 do pós-operatório. Biópsias por indicação e de vigilância foram realizadas para avaliar disfunção aguda do enxerto ou durante períodos de disfunção inicial do enxerto (DGF) respectivamente e foram interpretadas usando a classificação Banff de 2007. Treze pacientes apresentaram 16 episódios de rejeição aguda. Receptores com rejeição demonstraram níveis mais elevados de transcritos de mRNA do gene TIM3 em comparação com pacientes que não foram acometidos por episódios de rejeição (mediana da expressão gênica foi de 153,7% e 40,1% respectivamente, p<0,01). Da mesma maneira, a expressão gênica da Perforina foi elevada em pacientes com rejeição (mediana da expressão gênica foi de 136,6% e 46,5% respectivamente, p<0,01). Curvas ROC (receiver operating characteristic) mostraram uma área sob a curva para o gene do TIM3 de 0,752 (intervalo de confiança de 95%: 0,653 – 0,852). A expressão de mRNA de Perforina forneceu uma área sob a curva de 0,733 (com um intervalo de confiança de 95%: 0,580 – 0,809). A acurácia global da expressão gênica foi de 77% para o gene do TIM3 e de 66% para o gene da Perforina. A acurácia combinada dos dois genes alcançou 82%. Valores preditivos negativos foram de 96% nas três análises. A expressão gênica foi significativamente modulada por tratamento de rejeição, onde observou-se um decréscimo de 60% (para o gene do TIM3) e 48% (para o gene da Perforina) em comparação com amostras pré-rejeição. Concluindo, a abordagem longitudinal mostrou-se muito útil para exclusão do diagnóstico de rejeição e também ao determinar a eficácia de seu tratamento.

A intenção deste trabalho é efetuar uma leitura do romance O Mensageiro, do autor inglês L.P. Hartley, na forma de uma jornada ao país estrangeiro do passado do protagonista-narrador. Tal leitura é uma espécie de convite aceito para a viagem, que esteticamente deixa sugestões sob a forma de truques, fragmentos de mensagens veladas, expressões ambíguas, sombras, vazios no caminho. Todavia, Mercúrio, o mensageiro dos antigos deuses, o protetor dos viajantes, o trapaceiro, é agora um ser indistinto, cuja imagem e função passou por grandes transformações ao longo da viagem até a modernidade. Guerras, restos de experiências traumáticas coletivas e pessoais são recuperadas na rota movediça do narrador melancólico, sob a forma de substância própria para a narração. Nietzsche e Walter Benjamin são companheiros na trajetória, provendo o suporte teórico básico para a viagem. / The intention of the present work is to make a reading of the novel The Go- Between, by the British writer, L.P. Hartley, in the form of a journey through the strange country of the protagonist/ narrator´s own past. Such reading comes as an accepted invitation to make the trip together with the narrator, who aesthetically leaves suggestions under the form of tricks, fragments of veiled messages, ambiguous expressions, shadows, gaps on his way. However, Mercury, the messenger of the ancient Gods – the protector of the travelers, the trickster is now is an indistinct being, whose image and function has undergone great transformations during the journey until modern times. Wars, remains of traumatic collective and personal experiences, are visualized in form of substantial fragmented material proper for narrative throughout the unstable route of the melancholy protagonist. Nietzsche and Walter Benjamin provide the basic theoretical support throughout the route.

A eritropoietina (EPO) é um hormônio que pertence a um grupo de fatores de crescimento hematopoiético, controlando a proliferação e a diferenciação de células da medula óssea. Ela age induzindo a elevação da produção de células vermelhas, aumentando a quantidade de hemoglobina e o oxigênio circulante. Este hormônio é principalmente secretado pelo rim, e é amplamente usado na medicina no tratamento de anemias, desordens renais e cardíacas, tumores e diversas outras doenças. A EPO recombinante tem sido produzida em células de mamíferos (COS-1 e CHO) em culturas in vitro e tem sido expressa experimentalmente em células de insetos, leveduras e bactérias. Até o momento, há somente uma descrição da expressão transgênica desta proteína em plantas sem, no entanto, sucesso na regeneração de plantas saudáveis e férteis. No presente trabalho, plantas transgênicas de arroz (Oryza sativa) e tabaco (Nicotiana tabaccum) contendo o gene da EPO foram geradas, nas quais foi avaliada a expressão gênica e detectada a presença da proteína recombinante. O gene recombinante da EPO utilizado foi sintetizado baseado na técnica de “overlapping” de nucleotídeos. Um fragmento de 582 pb correspondente ao cDNA da EPO foi clonado e submetido a seqüenciamento automático. Uma mutação no nucleotídeo 252 (G A) foi identificada, o que não modificou o aminoácido codificado pelo códon, uma glicina. O fragmento foi transferido para o vetor de expressão pWUbi.tm1, o qual contém o promotor do gene da ubiquitina e o terminador tm1'. Este cassete de expressão foi transferido para o vetor binário pWBVec4a, que foi transformado nas cepas AGL1 e LBA4404 de Agrobacterium tumefaciens. Estas cepas foram utilizadas na transformação de arroz e de tabaco, respectivamente. A integração do transgene no genoma da planta foi comprovada por PCR. A expressão da EPO nas plantas de tabaco foi detectada por RT-PCR convencional e quantitiativa, e a presença da proteína foi avaliada por SDS-PAGE e Western blot, provando o sucesso da obtenção de plantas transgênicas de tabaco expressando EPO. Foi obtida por auto-fecundação a geração T1, a qual apresentou segregação mendeliana. Nenhuma das plantas avaliadas apresentou qualquer tipo de deformidade ou mal-formação. Não foi possível a obtenção de plantas de arroz transgênicas devido à deficiência das mesmas no processo de regeneração, possivelmente em conseqüência da super-expressão do transgene em função do promotor escolhido. / Erythropoietin (EPO) is a hormone that belongs to a group of growth hematopoeitic factors, which control the proliferation and differentiation of marrow bone´s cells. It acts inducing the production of blood red cells, increasing the amount of circulating hemoglobin and oxygen. This hormone, mostly secreted by kidneys, is widely used in medicine as a treatment for anaemia, kidney and heart disorders, tumors and numerous diseases. Recombinant EPO has been produced in mammalian cells (COS-1 and CHO) cultured in vitro and has been also experimentally inserted into insect, yeast and bacterial cells. Up to now, to the best of our knowledge, there is only one description of transgenic expression of this protein in plants but without success in the generation of healthy, fertile plants. In the present work we evaluated the expression of human EPO in plants such as rice (Oryza sativa) and tobacco (Nicotiana tabaccum). The recombinant EPO gene was synthesized based on the nucleotide “overlapping” technique. A fragment of 582 bp corresponding to the EPO cDNA was cloned and then submitted to automatic sequencing. At that time, a mutation on nucleotide 252 (G A) was identified. It did not modify the encoded amino acid of the codon, a glycine. This fragment was transferred to the expression vector pWUbi.tm1, armed with the promoter of the ubiquitin gene and the terminator tm1’. This expression cassette was transferred to the binary vector pWBVec4a, which was then transformed into strains ALG1 and LB4404 of Agrobacterium tumefaciens. These strains were employed in the transformation of rice and tobacco, respectively. Transgenic integration into plant genomes was evaluated by PCR. The expression of EPO in tobacco plants was detected by conventional and quantitative RTPCR and the presence of the protein was evaluated by SDS-PAGE and western blot, successfully proving the generation of transgenic tobacco plants expressing EPO. By selfcrossing it was obtained a collection of T1 plants, which presented mendelian segregation of the transgene, and none of the plants presented any kind of miss-formation or deformity. It was not possible to obtain rice transgenic plants due to their deficiency in the regeneration process, possibly due to the transgene over-expression driven by the ubiquitin promoter.

A obesidade caracterizada pelo excesso de tecido adiposo está associada a comorbidades como diabetes mellitus tipo 2 (DMT2), hipertensão arterial, doenças cardiovasculares e alguns tipos de câncer. Para pacientes considerados obesos mórbidos (OBM) (IMC>40Kg/m²) a melhor opção terapêutica é a cirurgia de bypass gástrico em Y de Roux (RYGB). Estudos clínicos mostram que após esse procedimento os indivíduos OBM com DMT2 melhoram seu estado. Uma explicação para esse fenômeno é a mudança anatômica que ocorre no trato gastrintestinal, alterando assim a produção das incretinas, GIP e GLP-1, que promovem a liberação de insulina. Essas incretinas são liberadas pela mucosa do intestino delgado na forma de próhormônios e necessitam da ativação feita pela enzima PC 1/3. Carboidratos e ácidos graxos estimulam sua liberação. Após exercerem sua ação são inativadas pela enzima DPP-IV. Logo o objetivo desse trabalho foi a quantificação de mRNA de pró-glucagon, GIP, PC1/3 e DPP-IV em jejuno proximal de OBM DMT2 e não diabetes mellitus tipo 2 (NDM2) , bem como avaliar o efeito, in vitro, de ácidos graxos monoinsaturados cis, trans e glicose sobre esse tecido. O jejuno foi obtido de indivíduos OBM submetidos RYGB. Para a quantificação basal do mRNA dos genes de interesse, o tecido (n=25) retirado na cirurgia foi diretamente imerso em TRIzol para a extração do RNA total. O mRNA foi quantificado pela reação em cadeia da polimerase (qRTPCR). Para avaliar o efeito dos ácidos graxos in vitro, o jejuno (n=5) foi fatiado (400 µm) e incubado em meio DMEM suplementado com 50 µM de acido oléico, elaidico, vaccênico ou 11 mM de glicose por 4 horas a 37°C em atmosfera de 5% de CO2 Entre OBM DMT2 e NDM2 não houve diferença estatística na expressão do mRNA de GIP, GLP-1 e DPP-IV, apenas observamos que indivíduos NDM2 tem tendência a uma maior expressão do mRNA de PC1/3 (p=0,065). No entanto, alguns pacientes não expressaram mRNA de PC1/3. A expressão dos genes estudados foi heterogênea, permitindo a divisão dos pacientes em alta e baixa expressão de GIP, sendo este utilizado como gene calibrador. Constatamos que a expressão de mRNA dos demais genes acompanham o perfil de expressão de GIP. Os testes in vitro revelaram que o ácido oléico diminuiu a expressão do mRNA de DPP-IV; o ácido vaccênico, aumentou significante a expressão do mRNA de próglucagon; e o ácido elaídico, não modulou a expressão dos genes estudados nesse trabalho. O tratamento com alta concentração de glicose aumentou o mRNA da enzimas PC1/3 e DPP-IV. Em conclusão, OBM NDM2 e DMT2 apresentaram expressão heterogênea desses genes não permitindo verificar diferença significativa entre os grupos. Alguns pacientes não expressaram o mRNA da PC1/3, e NDM2 transcreveram maior quantidade de mRNA desta enzima. Sugerimos que no jejuno proximal, os ácidos oleico e vaccênico da dieta, agem diretamente sobre as células e modulam os níveis das incretinas, diminuindo a expressão do mRNA da DPP-IV e aumentando o pró-glucagon, respectivamente. A glicose em altas concentrações estimula a transcrição das enzimas envolvidas na síntese e degradação das incretinas, podendo interferir na homeostase do metabolismo da glicose. Nossa pesquisa revela que a região do intestino que receberá diretamente o alimento após a cirurgia, pode ser modulada por este, principalmente se apresentar lipídeos e carboidratos na sua constituição. Maior atenção deve ser dada a estes pacientes do ponto de vista nutricional. / The obesity characterized by excess of adipose tissue is associated with comorbidities such as type 2 diabetes mellitus (T2DM), hypertension, cardiovascular disease and some types of cancer. For patients considered morbidly obese (OBM) (BMI> 40Kg/m²) the best therapeutic option is Roux- en- Y gastric bypass (RYGB). Clinical studies show that after this procedure, individuals with OBM T2DM improve this state. One explanation for this phenomenon is the anatomical change that occurs in the gastrointestinal tract, thereby altering the production of incretins, GIP and GLP-1, those promote the release of insulin. These incretins are released in the prohormones form by mucosa of small intestine and require the activation by the enzyme PC 1/3. Carbohydrates and fatty acids stimulate its release. After act they are inactivated by enzyme DPP-IV. Once the objective of this study was to quantify the mRNA of proglucagon, GIP, PC1/3 and DPP-IV in the proximal jejunum of OBM without type 2 diabetes mellitus (NDM2) and with T2DM and to evaluate the effect in vitro of fatty acids cis and trans monounsaturated and high glucose on this tissue. The jejunum was obtained from individuals OBM undergo RYGB. For the quantification of basal mRNA of these genes, the tissue removed at surgery was directly immersed in TRIzol for extraction of total RNA. The mRNA expression was quantified by polymerase chain reaction (qRT-PCR). To evaluate the effect of fatty acids in vitro, the jejunum was sliced (400 µm) and incubated in DMEM supplemented with 50 µM of oleic, elaidic, vaccênic acid or 11 mM of glucose for 4 hours at 37°C in an atmosphere of 5% CO2. Between OBM T2DM and NDM2 no statistical difference was observed in the expression of mRNA of GIP, GLP-1 and DPP-IV, only NDM2 tend to have greater expression of mRNA of PC1/3 (p=0.065). Furthermore, some patients did not express mRNA of PC1/3. The expression of genes studied was heterogeneous, allowing the division of patients into high and low expression of GIP, which was used as a calibrator gene. So, we found that the expression of mRNA of other genes accompany this profile. The in vitro tests showed that oleic acid decreased the DPP-IV mRNA expression, the vaccenic acid, significantly increased the proglucagon mRNA expression and elaidic acid not modulated the expression of genes studied in this work. Treatment with high concentration of glucose increased the mRNA of enzymes PC1/3 and DPP-IV. In conclusion, OBM NDM2 and T2DM showed heterogeneous expression of these genes consequently did not permit verifying significant differences between groups. Some patients do not express the mRNA of PC1/3 and NDM2 transcribe major amount of mRNA of this enzyme. We suggest that in the proximal jejunum, the oleic and vaccenic acid of diet, act directly on cells and modulate incretins levels, reducing the expression of DPP-IV mRNA and increasing the proglucagon, respectively. Glucose at high concentrations stimulates the transcription of enzymes involved in synthesis and degradation of incretins and may interfere with the homeostasis of glucose metabolism. Our research shows that this intestine region that directly receives the food after the surgery, can be modulated by foods that contains especially fat and carbohydrate. Greater attention should be given to these patients about nutritional view.

Introdução: O câncer de próstata atinge cerca de três quartos da população masculina acima de 65 anos, sendo esta neoplasia o sexto tipo de câncer mais comum no mundo, e o mais prevalente em homens. O receptor de androgênios (AR) desempenha um papel crítico no desenvolvimento normal da próstata, bem como no câncer prostático. Sua atividade transcricional é regulada através da interação com diversas proteínas. O NCoR1 (correpressor de receptores nucleares) está envolvido na diminuição da atividade do AR sobre a transcrição de genes alvo. Objetivos: Desenvolver um modelo de cultura celular de câncer prostático a partir de fragmentos tumorais; identificar o melhor gene normalizador para estudos de expressão gênica em amostras das células em cultivo; avaliar os efeitos do silenciamento do AR e seu corregulador, NCoR1, sobre a proliferação celular e expressão gênica de PSA, um gene alvo do AR, em células de cultura primária e em células de uma linhagem de câncer prostático (LNCaP – Lymph Node Carcinoma of the Prostate). Métodos: Fragmentos de tumores prostáticos coletados após prostatectomia radical ou prostatovesiculectomia foram plaqueados e mantidos em cultivo. As células que proliferaram a partir dos explants foram testadas para marcadores de epitélio (citoqueratinas) e de malignidade (racemase). Após 10 dias, as células foram silenciadas para o AR e, posteriormente, lisadas para a extração de RNA total ou de proteínas. Células LNCaP foram mantidas em cultura e silenciadas para o AR e o NCoR1, sendo avaliada também a proliferação celular nesta última condição. O cDNA obtido a partir das culturas primárias de CaP foi usado para a amplificação do mRNA de oito genes candidatos a normalizadores, além dos mRNAs do AR e PSA. O cDNA das células LNCaP foi usado para amplificação do mRNA do PSA, e o sobrenadante das células coletado para a dosagem do PSA secretado. Resultados: Apenas 47,7% do total de culturas primárias apresentaram adesão dos fragmentos e proliferação de células. Não foi observada associação entre a adesão dos fragmentos e o escore de Gleason dos tumores. As células cultivadas apresentaram positividade para os marcadores de células epiteliais e de malignidade de células prostáticas, indicando que as células em cultivo se tratavam de células tumorais prostáticas. Para análise da expressão gênica nestas células, o gene que mostrou os melhores parâmetros de estabilidade de expressão foi o gene SDHA, e a melhor combinação de dois genes sugerida neste estudo foi SDHA e ALAS1. O silenciamento do receptor de androgênios foi observado 48 horas após a transfecção com siRNAs, sendo observada uma diminuição nos níveis do mRNA já em 24 horas após a transfecção. Observou-se uma diminuição da expressão gênica do PSA em 24 horas, em resposta à diminuição dos níveis do AR, tanto em cultura primária de CaP quanto na linhagem LNCaP. Em células LNCaP, a transfecção com siRNAs específicos para o NCoR1 não depletou completamente os níveis proteicos, porém estes diminuíram em 24, 48 e 72 horas após a transfecção. Foi verificado um aumento da expressão gênica de PSA 48 horas após o silenciamento do NCoR1, em células tradadas com diidrotestosterona. Não foi observado aumento da secreção de PSA no sobrenadante das células em cultivo 48 horas após o silenciamento. A proliferação das células LNCaP foi diminuída nos grupos transfectados com siRNAs específicos para o NCoR1 e siRNAs inespecíficos, em relação com grupo controle. Conclusões: O modelo de cultura celular a partir de fragmentos tumorais prostáticos é viável, e proporciona uma boa amostragem de células para análises moleculares de câncer de próstata sob diferentes condições experimentais. No entanto, a taxa de sucesso dos cultivos é moderada. Neste modelo, em que foram testados diversos genes em relação à sua estabilidade de expressão, o gene SDHA apresentou uma boa estabilidade, ao contrário de outros genes frequentemente utilizados como genes de referência sem nenhuma análise prévia de sua expressão, como beta-actina, GAPDH e beta-2-microglobulina. Assim, o SDHA, ou ainda a combinação SDHA e ALAS1, é indicado para as estratégias de normalização neste tipo de amostra. O silenciamento do AR em células tumorais prostáticas diminuiu a expressão gênica de PSA, como esperado. O silenciamento de seu correpressor, NCoR1, aumentou os níveis de mRNA do PSA, indicando que sua ausência resulta em um aumento da atividade transcricional do AR. A menor taxa de proliferação nos grupos transfectados pode estar mais relacionada ao estresse da transfecção do que à ausência de NCoR1 nas células. Mais análises poderão confirmar os efeitos da ausência deste correpressor sobre a resposta das células tumorais prostáticas, o que abrirá caminho para um melhor entendimento da fisiopatologia dos tumores prostáticos. / Introduction: Prostate cancer (PCa) occurs in seventy-five percent of men over 65 years old, and it is the sixth most common type of cancer in the world and the most prevalent in men. Androgen receptor (AR) plays a critical role in normal prostate gland development and also in prostate cancer. Its transcriptional activity is regulated by protein interaction and NCoR1 (nuclear receptor co-repressor) decreases the AR activity on target genes transcription. Objectives: To develop a prostate cancer cell culture model from tumor fragments; to identify the best housekeeping gene for gene expression studies in that cultured cells; to evaluate the effects of AR and NCoR1 silencing on cell proliferation and PSA gene expression, a AR target gene, in cells of primary culture of PCa and in a prostate cancer cell line, LNCaP. Methods: PCa fragments obtained from radical prostatectomy or prostatovesiculectomy were plated and maintained in culture. Proliferating cells were tested for markers of epithelium (cytokeratin) and malignancy (racemase). After ten days, cells were transfected with AR siRNAs and then lysed for total RNA or protein extraction. LNCaP cells were silenced for AR and NCoR1, and proliferation rate was also measured in the last condition. cDNA obtained from primary culture was used to amplify eight candidate to housekeeping genes mRNA, and also AR and PSA mRNA. cDNA from LNCaP cells was used to amplify PSA mRNA, and the cells supernatant was collected to dose secreted PSA. Results: Only 47.7% of the total number of primary cultures had fragment adhesion and cell proliferation. There was no association between explants adhesion and tumor Gleason’s score. Cells were positive for epithelium and malignancy markers, confirming the growth of prostate cancer cells. For gene expression analysis in these cells, the gene showing the best parameters of stability of expression was SDHA, and the best combination of two genes was SDHA and ALAS1. AR silencing was observed in 48 hours after siRNA transfection, with a decrease of mRNA levels in 24 hours after transfection. There was a decrease of PSA gene expression in 24 hours, either in primary culture or in LNCaP cells. In LNCaP cells, transfection with NCoR1 siRNA did not depleted entirely the protein levels. However, the levels of NCoR1 decreased in 24, 48, and 72 hours after transfection in relation to control group. There was an increase of PSA gene expression in 48 hours after NCoR1 siRNA transfection in cells treated with dihydrotestosterone. There was no increase in PSA secretion in cells supernatant in response to NCoR1 silencing. LNCaP cell proliferation was decreased in both transfected groups, the specific siRNA to NCoR1 and the unspecific control, in relation to control group. Conclusions: the culture cell model from explants of prostate cancer is practicable, and provides a good cell sampling to molecular analysis of prostate cancer under different experimental conditions. Nevertheless, the successful rate of cultures is moderate. In this model, several genes were tested for expression stability, and SDHA had presented the best values, unlike others classical housekeeping genes, as beta-actin, GAPDH and beta-2-microglobulin. Thus, SDHA, or the combination of SDHA and ALAS1, is indicated to normalization strategies in these samples. The silencing of AR in prostate cancer cells had decreased PSA gene expression, as expected. The silencing of its co-repressor, NCoR1, had increased the PSA mRNA levels, indicating that the absence of this coregulator results in an increase of AR transcriptional activity. The smaller proliferation of transfected groups in relation to control group could be related to the transfection stress, more than to the absence of NCoR1. More analysis can confirm the effects of NCoR1 silencing on tumor cells proliferation rate, and contribute to a better understanding of prostate tumors pathophysiology.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:46:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos de nosso trabalho foram: 1) investigar a relação entre polimorfismos dos genes CD28, ICOS, CTLA4, PDCD1, FAS, TGFB1, IFNG, IL6, IL10, TNFA e a ocorrência de carcinoma do colo uterino; 2) investigar a relação entre nível de expressão dos genes CD28, CTLA4, ICOS, ICOSL, CD80, CD86, GZMB (granzima B) em biópsias de carcinoma de colo uterino, no momento do diagnóstico, e a evolução do tumor após o tratamento. Materiais e Métodos: 1) A determinação dos polimorfismos foi realizada através dos métodos PCR-RFLP, para os SNPs: CD28 int3 (+17 T>C), CTLA4 promoter (-319 C>T), CTLA4 exon 1 (+49 A>G), ICOS 3’UTR (+1564 T>C), PDCD1 exon 5 (+7785 C>T) e FAS promoter (-670 G>A) e PCR-SSP para TNFA promoter (-308 G>A), IL6 promoter (-174 G>C), IFNG int1 (+874 A>T), TGFB1 codon 10 (+869 T>C), codon 25 (+915 G>C) and IL10 promoter (-1082 A>G), (-819 C>T), (-592 C>A) SNPs. Um algoritmo foi desenvolvido para identificar genótipos de SNPs isolados e/ou em combinações de 2 e 3 genótipos associados com a doença 2) Expressão gênica foi determinada, por PCR em tempo real, em biópsias de carcinoma cervical de pacientes posteriormente classificadas em dois grupos: 10 pacientes sem envidência do tumor (evolução clínica boa) após 6 meses do final do tratamento e 8 pacientes nas quais o tumor foi detectado (evolução clínica ruim) neste período. Resultados: 1) Nenhuma associação significante foi observada com os SNPs analisados isoladamente. A análise do multi-locus revelou, em pacientes, maiores frequências de três combinações de três genótipos (CD28 +17 int3(TT)/IFNG+874 int1(AA)/TNFA-308(GG), CD28+17 int3 (TT)/IFNG+874 Iint1(AA)/PDCD1 +7785 exon5 (CT), CD28 int3(TT)/IFNG int1(AA)/ICOS 1564 3’UTR (TT)) (p<0,01). Entretanto, a contribuição do terceiro polimorfismo (TNFA, ICOS, or PDCD1) não foi confirmada (p=0,1). Confirmamos maior frequência, em pacientes, da combinação CD28(TT)/IFNG(AA) nos três grupos juntos, e observamos uma contribuição principal desta combinação na associação com a doença (OR = 2,07, p=0,0011). 2) A expressão intra-tumoral de GZMB estava aumentada em biópsias de pacientes com estadio IIIB que apresentaram uma evolução clínica ruim (p=0,034). A expressão gênica das moléculas CD28, ICOS, ICOSL, CD80, CTLA4 e CD86 não mostrou diferenças significantes entre as biópsias de pacientes de grupos de evolução clínica boa e ruim. Conclusões: 1) Nossos resultados sugerem efeito epistático entre os genes CD28 e IFNG na susceptibilidade do câncer de colo uterino. Outros trabalhos em estudos independentes aplicando abordagem multi-locus são importantes para a elucidação da contribuição de polimorfismos genéticos para a susceptibilidade a esta doença. Além disto, o algoritmo desenvolvido pode ser aplicado a estudos sobre fatores genéticos de susceptibilidade a outras doenças complexas. 2) Altos níveis de mRNA de GZMB em tumores no estádio IIIB correlacionaram-se com menor sobrevida livre do tumor nos 6 meses após o tratamento. A expressão deste gene, se os resultados obtidos forem confirmados por um estudo independente, pode vir a se tornar um marcador de prognóstico para resposta a tratamento de carcinoma de colo uterino. / Background Cervical cancer is a complex disease with multiple environmental and genetic determinants. The most important environmental factor is infection by high-risk types of human papillomavirus (HPV). Considering that only a small proportion of HPV-infected women develop cervical cancer, polymorphisms in immune response genes that might be involved in virus elimination, or in the immune response against the tumor, are considered important candidates to influence cervical cancer susceptibility. Results In the present study we aimed to search association between polymorphisms in immune response genes and cervical cancer, using both single-locus and multi-locus analysis approaches. A total of 14 SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) distributed into CD28, CTLA4, ICOS, PDCD1, FAS, TNFA, IL6, IFNG, TGFB1 and IL10 genes were determined in patients and healthy individuals from three independent case/control sets: the first two sets comprised White individuals (one group with 82 cases and 85 controls, and the other with 83 cases and 85 controls) and the third was constituted by Non-White individuals (64 cases and 75 controls). No significant association was observed with any individual SNP. The multi-locus analysis revealed higher frequencies, in cancer patients, of three three-genotype combinations (CD28+17(TT)/IFNG+874(AA)/TNFA-308(GG), CD28+17(TT)/IFNG(AA)/PDCD1+7785(CT), and CD28 +17(TT)/IFNG+874(AA)/ICOS+1564(TT) (p<0.01, Monte Carlo simulation). Noticing that all these three genotype combinations contained two genotypes in common, i.e. CD28(TT) and IFNG(AA), we hypothesized that this two-genotype combination could have a major contribution to the observed association. To address this question, we analyzed frequencies of CD28(TT),IFNG(AA) genotype combination in the three groups combined and observed its increase in patients (p=0.0011 by Fisher’s exact test). In a second Monte Carlo simulation of three-genotype combinations where CD28 (TT) and IFNG (AA) were always present, we verified that the contribution of a third polymorphism did not reach statistical significance (p=0.1). Conclusions Further analysis suggested that gene-gene interaction between CD28 and IFNG might be important for susceptibility to cervical cancer. Background There is overwhelming evidence that prolonged infection with oncogenic human papillomavirus is the major factor associated with development of cervical cancer [1]. However, considering that only a relatively small proportion of infected women develop cervical cancer, it is conceivable that other environmental and/or genetic factors play a role in the susceptibility [2]. Since the immune response has an important role in the defense against the virus, as well as against the tumor, polymorphisms in genes that potentially affect the immune response are candidates to influence the susceptibility to cervical cancer. A series of publications on polymorphisms of HLA class II genes and cervical cancer and/or its precursor lesions, cervical intraepithelial neoplasia (CIN), show that some HLA alleles are associated with protection, while others are associated with susceptibility [3–10]. These associations are probably explained by the role of HLA II molecules in presenting viral- or tumor- derived epitopes to T CD4+ cells. More recently, interesting findings were reported concerning resistance/susceptibility to cervical cancer mediated by combinations of killer immunoglobulin-like receptor (KIR) and their HLA class I ligands [11]. As polymorphisms in genes coding for cytokines, cytokine receptors, co-stimulatory molecules may affect the immune response [12–14], they are natural candidates to influence the susceptibility to various diseases, including cancer. The majority of the studies of association between immune response genes and cervical cancer have analyzed single nucleotide polymorphisms (SNPs) in genes coding for tumor necrosis factor alpha (TNF-α), interferon gamma (IFN-γ), interleukin 6 (IL-6), interleukin 10 (IL-10), and transforming growth factor beta (TGF-β) [15–18]. Although some significant associations have been reported in some studies, they were not consistently confirmed in other studies [19–23]. Bearing in mind that molecules involved in the immune response do not act in isolation, but form a complex network of interacting proteins, the net immunologic response is most probably the product of variation in many polymorphic genes. Therefore, it is of great importance to test the combination of polymorphisms in different genes as a risk factor for diseases [24–27]. Any multi-locus approach, however, directly or indirectly faces the problem that has been referred as “curse of dimensionality” because, although the number of polymorphisms under study may not be very large, the number of possible combinations between them turns to be extremely high. Some statistical approaches for this problem were recently reviewed [28]. The purpose of this study was to investigate association between invasive cervical cancer and polymorphisms in genes coding the following immune response molecules: CD28, CTLA-4 (cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4), ICOS (inducible T cell co-stimulator), PDCD1 (programmed cell death receptor-1, also called PD-1) FAS, TNFα, IL-6, IFNγ, TGFβ1 and IL-10. In addition to the analysis of association with each polymorphism, we searched for association with two- and threepolymorphism combinations, utilizing a new statistical approach. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Tatiana Silva (tsilva@icict.fiocruz.br) on 2013-01-24T16:40:43Z No. of bitstreams: 1 lysangela_r_alves_ioc_bcm_0005_2010.pdf: 12423469 bytes, checksum: 674a41c28ac9c8cf38b2ee15fb9b891b (MD5) / Made available in DSpace on 2013-01-24T16:40:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 lysangela_r_alves_ioc_bcm_0005_2010.pdf: 12423469 bytes, checksum: 674a41c28ac9c8cf38b2ee15fb9b891b (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz.Instituto Oswaldo Cruz. Rio de janeiro, RJ, Brasil / Em tripanossomatídeos a regulação da expressão gênica ocorre principalmente em nível pós-transcricional. Acredita-se que a estabilidade do mRNA e o acesso aos polissomos sejam fortemente regulados, permitindo ao Trypanosoma cruzi uma rápida adaptação à diferentes condições ambientais as quais está exposto durante seu ciclo de vida. A regulação pós-transcricional requer uma associação entre mRNAs e determinadas proteínas formando complexos ribonucleoprotéicos (mRNPs). Nosso objetivo foi investigar a dinâmica de associação entre os mRNAs e proteínas, isolando e caracterizando proteínas e complexos protéicos ligados a mRNAs poliA+ das frações polissomal e pós-polissomal de epimastigotas em fase exponencial de crescimento e epimastigotas sujeitos a estresse nutricional. As amostras obtidas foram analisadas por espectrometria de massas (LC-MS/MS) e posteriormente comparadas. Nós identificamos 542 proteínas e dentre essas 24 estavam presentes em todas as frações analisadas, enquanto que outras eram exclusivas de uma fração específica: epimastigota frações polissomal (0,37%) e pós-polissomal (2,95%); estresse frações polissomal (13,8%) e pós-polissomal (40,78%). Proteínas sabidamente envolvidas com metabolismo de mRNA foram identificadas, sendo que esse resultado é importante para confirmar a confiabilidade da nossa técnica de isolamento das mRNPs. Essa abordagem em larga escala possibilitou uma análise mais completa da composição dos mRNPs e a dinâmica durante o estresse nutricional em T. cruzi. A partir dos dados obtidos nós selecionamos 6 proteínas para caracterização: fator de elongação 1-alfa (EF1-), proteína de ligação a RNA com domínio dedo de zinco (ZF-211.70), proteína de ligação a RNA com domínio cold shock (CD-33.60), prostaglandina F 2 alfa sintase (PF2 S), prostaglandina F sintase (PFS) e uma proteína hipotética com domínio de fator de replicação A (Hip -11.150). Os anticorpos contra as proteínas EF1-, ZF-211.70, PF2S e PFS apresentaram reatividade específica com uma proteína única de tamanho esperado, já as proteínas CD-33.60 e Hip-11.150 apresentaram um reatividade baixa ou inexistente em extratos de epimastigotas e por isso não foram utilizadas para os ensaios posteriores. Ensaios de imunofluorescência, sedimentação de polissomos em gradiente de sacarose e expressão ao longo do ciclo de vida nos permitiu uma caracterização inicial das proteínas selecionadas, etapas importantes para aprofundarmos o estudo na regulação de expressão gênica em T. cruzi. / Gene regulation is mainly posttranscriptional in trypanosomatids. The stability of mRNA and access to polysomes are thought to be tightly regulated, allowing Trypanosoma cruzi to adapt to the different environmental conditions during its life cycle. Posttranscriptional regulation requires the association between mRNAs and some proteins to form mRNP complexes. We investigated the dynamic association between proteins and mRNAs, using poli(T) beads to isolate and characterize proteins and protein complexes bound to poli -A+ mRNAs. The protein content of these fractions was analyzed by mass spectrometry (LC -MS/MS). We identified 542 protein component of the mRNP complexes associated with mRNAs. Twenty-four of the proteins obtained were present in all fractions, whereas some other proteins were exclusive to a particular fraction: epimastigote polysomal (0.37%) and postpolysomal (2.95%) fractions; stress polysomal (13.8%) and postpolysomal (40.78% ) fractions. Several proteins known to be involved in mRNA metabolism were identified, and this was considered important as it made it possible to confirm the reliability of our mRNP isolation approach. This procedure allowed us to have a first insight into the composition and dynamics of mRNPs in T. cruzi. From the results obtained we selected six proteins for characterization: elongation factor 1-alpha (EF1-), zinc finger RNA binding protein (ZF-211.70), RNA binding protein with a cold-shock domain (CD-33.60), prostaglandin F 2 alfa synthase (PF2S), prostaglandin F synthase (PFS) and a hypothetical protein with a replication factor domain (Hip-11.150). The antibodies produced against EF1-, ZF-211.70, PF2S and PFS recognized a specific protein of expected size in epimastigote protein extracts; however, the CD-33.60 and Hip-11.150 antibodies did not recognized a specific protein and they were not used for further experiments. Immunofluorescence assays, polysome profile in sucrose density gradient and the expression pattern through the parasite life cyle with the selected proteins allowed us a preliminary characterization and further studies will help to elucidate the posttranscriptional regulation and the formation of RNA regulons in T. cruzi.

FROTA, I. M. A. Estabilidade de genes de referência e influência das BMPs-6 e 7 sobre o desenvolvimento in vitro de folículos pré-antrais caprinos. 2010. 114 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Campus de Sobral, Universidade Federal do Ceará. 2010. / Submitted by Djeanne Costa (djeannecosta@gmail.com) on 2016-04-04T14:52:49Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_imafrota.pdf: 1470611 bytes, checksum: afb3ce2b8c7bbc8dbd88c66e1c9331c5 (MD5) / Approved for entry into archive by Djeanne Costa(djeannecosta@gmail.com) on 2016-04-04T14:53:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_imafrota.pdf: 1470611 bytes, checksum: afb3ce2b8c7bbc8dbd88c66e1c9331c5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-04T14:53:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_imafrota.pdf: 1470611 bytes, checksum: afb3ce2b8c7bbc8dbd88c66e1c9331c5 (MD5) Previous issue date: 2010 / This study aims to evaluate the stability of reference genes and the expression of growth factors and hormone receptors in goat secondary follicles. It also seeks to quantify the expression of messenger RNA for BMP-6 and BMP-7 in goat preantral follicles and to evaluate the effects of FSH, BMP-6 and BMP-7 on growth and gene expression in secondary follicles goats after 6 days of culture. To evaluate the stability of reference genes, secondary follicles (150-200 μm) were mechanically isolated from goat ovaries. After extraction of total RNA and synthesis of complementary DNA, the quantification of mRNA was carried out by real-time PCR using specific primers for genes of reference (GAPDH, β-tubulin, β-actin, PGK, UBQ, RPL - 19, rRNA18S), growth factors (GDF-9, BMP-15, BMP-6, FGF-2, VEGF, KL and IGF-1) and hormone receptor (FSH-R, LH-R and GH-R). To evaluate expression of BMP-6 and BMP-7, primordial follicles, primary and secondary as well as small and large antral follicles were obtained and the mRNA levels of BMP-6 and 7 were measured. For in vitro studies, the effects of BMP-6 (50 ng / mL) and BMP-7 (50 ng / mL) in the presence or absence of FSH (50 ng / mL) on the development of secondary follicles and on the expression of mRNA for BMP-6 and 7 and FSH-R was evaluated after 6 days of culture. Results showed that mRNA for growth factors (EGF, GDF-9, BMP-15, VEGF, FGF-2, BMP-6, IGF-1 and KL) and the receptors for FSH, LH and GH are expressed in at different levels in preantral follicles of goats. Moreover, among the growth factors studied, IGF-1 and EGF had higher and lower levels or RNA, respectively. UBQ and β-actin genes were the mostr stable reference in fresh and cultured preantral follicles. The level of mRNA for BMP-6 in primary and secondary follicles was significantly higher than those in primordial follicles, while the levels of mRNA for BMP-7 was higher in granulosa cells / theca in large antral follicles than in small antral follicles. After culture of secondary follicles for 6 days, FSH increased follicular diameter and FSH and BMP-7 significantly increased the levels of mRNA for BMP- 7 and FSH-R. In addition, BMP-6 in the presence or absence of FSH increased the diameter of secondary follicles after 6 days of culture. Real-time PCR shoed that FSH increased the levels of mRNA for BMP-6, while both BMP-6 and FSH and increased levels of mRNA for FSH-R, after a period of 6 days of culture. In conclusion, UBQ and β-actin are the two most stable genes for secondary follicles goats and FSH and BMPs of types 6 and 7 stimulate the growth of preantral follicles after 6 days of in vitro culture. / Este trabalho tem como objetivo avaliar a estabilidade de genes de referência e a expressão de fatores de crescimento e de receptores de hormônios em folículos secundários de caprinos. Além disso, visa quantificar a expressão dos RNA mensageiros para BMP-6 e BMP-7 em folículos pré-antrais e antrais caprinos e avaliar os efeitos de FSH, BMP-6 e BMP-7 sobre o crescimento e expressão gênica em folículos secundários caprinos durante 6 dias de cultivo. Para avaliar a estabilidade dos genes de referência, folículos secundários (150-200 µm) foram isolados mecanicamente de ovários caprinos. Após a extração do RNA total e síntese de DNA complementar, realizou a quantificação dos mRNA, por PCR em tempo real, utilizando-se primers específicos para genes de referência (GAPDH, β-tubulina, β-actina, PGK, UBQ, RPL-19, rRNA18S), fatores de crescimento (GDF-9, BMP-15, BMP-6, FGF-2, VEGF, KL e IGF-1) e receptores de hormônio (FSH-R, LH-R e GH-R). Para avaliar a expressão de BMP-6 e BMP-7, folículos primordiais, primários e secundários, bem como pequenos e grandes folículos antrais foram obtidos e os níveis de mRNA de BMP-6 e 7 foram quantificados. Nos estudos in vitro, os efeitos da BMP-6 (50 ng/mL) e BMP-7 (50 ng/mL) na presença ou ausência de FSH (50 ng/mL) sobre o desenvolvimento in vitro de folículos secundários e sobre a expressão de mRNA para BMP-6 e 7 e FSH-R foi avaliada após 6 dias de cultivo. Os resultados mostraram que UBQ e β-actina são os genes de referência mais estáveis em folículos pré-antrais caprinos fresco cultivados por 12 dias. Os RNAs mensageiros para os fatores de crescimento (EGF, GDF-9, BMP-15, VEGF, FGF-2, BMP-6, IGF-1 e KL) e os receptores de FSH, LH e GH são expressos em diferentes níveis em folículos pré-antrais de caprinos, sendo que o IGF-1 e o EGF apresentaram, respectivamente, o maior e o menor nível de mRNA. O nível de mRNA para BMP-6 em folículos primários e secundários foi significativamente maior do que aqueles em primordial, enquanto que os níveis de mRNA para BMP-7 foi maior nas células da granulosa/teca de grandes do que nos pequenos folículos antrais. Após o cultivo de folículos secundários durante 6 dias, FSH aumentou o diâmetro folicular e FSH e BMP-7 aumentou significativamente os níveis de mRNA para BMP-7 e FSH-R. Já a BMP-6 na presença ou ausência de FSH aumentou o diâmetro dos folículos secundários. Além disso, FSH aumentou os níveis de mRNA para BMP-6, enquanto ambos BMP-6 e FSH e aumentaram os níveis de mRNA para FSH-R, após o período de cultivo. Em conclusão, UBQ e β-actina são os dois genes mais estáveis para folículos secundários caprinos e o FSH e as BMPs dos tipos 6 e 7 estimulam o crescimento de folículos pré-antrais in vitro durante 6 dias de cultivo.

O objetivo do presente estudo foi avaliar longitudinalmente a acurácia diagnóstica da análise transcripcional de enxertos renais. Trinta e seis receptores de transplante renal foram avaliados pelo período de três meses pós-transplante. Amostras de sangue periférico para a análise dos genes da Perforina e TIM3 pela reação em cadeia da polimerase em tempo real foram coletadas nos dias 3, 4-6, 9-11, 14-16, 19-21, 24-26, 29-31, 44-46, 59-61 e 89-91 do pós-operatório. Biópsias por indicação e de vigilância foram realizadas para avaliar disfunção aguda do enxerto ou durante períodos de disfunção inicial do enxerto (DGF) respectivamente e foram interpretadas usando a classificação Banff de 2007. Treze pacientes apresentaram 16 episódios de rejeição aguda. Receptores com rejeição demonstraram níveis mais elevados de transcritos de mRNA do gene TIM3 em comparação com pacientes que não foram acometidos por episódios de rejeição (mediana da expressão gênica foi de 153,7% e 40,1% respectivamente, p<0,01). Da mesma maneira, a expressão gênica da Perforina foi elevada em pacientes com rejeição (mediana da expressão gênica foi de 136,6% e 46,5% respectivamente, p<0,01). Curvas ROC (receiver operating characteristic) mostraram uma área sob a curva para o gene do TIM3 de 0,752 (intervalo de confiança de 95%: 0,653 – 0,852). A expressão de mRNA de Perforina forneceu uma área sob a curva de 0,733 (com um intervalo de confiança de 95%: 0,580 – 0,809). A acurácia global da expressão gênica foi de 77% para o gene do TIM3 e de 66% para o gene da Perforina. A acurácia combinada dos dois genes alcançou 82%. Valores preditivos negativos foram de 96% nas três análises. A expressão gênica foi significativamente modulada por tratamento de rejeição, onde observou-se um decréscimo de 60% (para o gene do TIM3) e 48% (para o gene da Perforina) em comparação com amostras pré-rejeição. Concluindo, a abordagem longitudinal mostrou-se muito útil para exclusão do diagnóstico de rejeição e também ao determinar a eficácia de seu tratamento.

A eritropoietina (EPO) é um hormônio que pertence a um grupo de fatores de crescimento hematopoiético, controlando a proliferação e a diferenciação de células da medula óssea. Ela age induzindo a elevação da produção de células vermelhas, aumentando a quantidade de hemoglobina e o oxigênio circulante. Este hormônio é principalmente secretado pelo rim, e é amplamente usado na medicina no tratamento de anemias, desordens renais e cardíacas, tumores e diversas outras doenças. A EPO recombinante tem sido produzida em células de mamíferos (COS-1 e CHO) em culturas in vitro e tem sido expressa experimentalmente em células de insetos, leveduras e bactérias. Até o momento, há somente uma descrição da expressão transgênica desta proteína em plantas sem, no entanto, sucesso na regeneração de plantas saudáveis e férteis. No presente trabalho, plantas transgênicas de arroz (Oryza sativa) e tabaco (Nicotiana tabaccum) contendo o gene da EPO foram geradas, nas quais foi avaliada a expressão gênica e detectada a presença da proteína recombinante. O gene recombinante da EPO utilizado foi sintetizado baseado na técnica de “overlapping” de nucleotídeos. Um fragmento de 582 pb correspondente ao cDNA da EPO foi clonado e submetido a seqüenciamento automático. Uma mutação no nucleotídeo 252 (G A) foi identificada, o que não modificou o aminoácido codificado pelo códon, uma glicina. O fragmento foi transferido para o vetor de expressão pWUbi.tm1, o qual contém o promotor do gene da ubiquitina e o terminador tm1'. Este cassete de expressão foi transferido para o vetor binário pWBVec4a, que foi transformado nas cepas AGL1 e LBA4404 de Agrobacterium tumefaciens. Estas cepas foram utilizadas na transformação de arroz e de tabaco, respectivamente. A integração do transgene no genoma da planta foi comprovada por PCR. A expressão da EPO nas plantas de tabaco foi detectada por RT-PCR convencional e quantitiativa, e a presença da proteína foi avaliada por SDS-PAGE e Western blot, provando o sucesso da obtenção de plantas transgênicas de tabaco expressando EPO. Foi obtida por auto-fecundação a geração T1, a qual apresentou segregação mendeliana. Nenhuma das plantas avaliadas apresentou qualquer tipo de deformidade ou mal-formação. Não foi possível a obtenção de plantas de arroz transgênicas devido à deficiência das mesmas no processo de regeneração, possivelmente em conseqüência da super-expressão do transgene em função do promotor escolhido. / Erythropoietin (EPO) is a hormone that belongs to a group of growth hematopoeitic factors, which control the proliferation and differentiation of marrow bone´s cells. It acts inducing the production of blood red cells, increasing the amount of circulating hemoglobin and oxygen. This hormone, mostly secreted by kidneys, is widely used in medicine as a treatment for anaemia, kidney and heart disorders, tumors and numerous diseases. Recombinant EPO has been produced in mammalian cells (COS-1 and CHO) cultured in vitro and has been also experimentally inserted into insect, yeast and bacterial cells. Up to now, to the best of our knowledge, there is only one description of transgenic expression of this protein in plants but without success in the generation of healthy, fertile plants. In the present work we evaluated the expression of human EPO in plants such as rice (Oryza sativa) and tobacco (Nicotiana tabaccum). The recombinant EPO gene was synthesized based on the nucleotide “overlapping” technique. A fragment of 582 bp corresponding to the EPO cDNA was cloned and then submitted to automatic sequencing. At that time, a mutation on nucleotide 252 (G A) was identified. It did not modify the encoded amino acid of the codon, a glycine. This fragment was transferred to the expression vector pWUbi.tm1, armed with the promoter of the ubiquitin gene and the terminator tm1’. This expression cassette was transferred to the binary vector pWBVec4a, which was then transformed into strains ALG1 and LB4404 of Agrobacterium tumefaciens. These strains were employed in the transformation of rice and tobacco, respectively. Transgenic integration into plant genomes was evaluated by PCR. The expression of EPO in tobacco plants was detected by conventional and quantitative RTPCR and the presence of the protein was evaluated by SDS-PAGE and western blot, successfully proving the generation of transgenic tobacco plants expressing EPO. By selfcrossing it was obtained a collection of T1 plants, which presented mendelian segregation of the transgene, and none of the plants presented any kind of miss-formation or deformity. It was not possible to obtain rice transgenic plants due to their deficiency in the regeneration process, possibly due to the transgene over-expression driven by the ubiquitin promoter.