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Metadados em multimidia : aplicações e conceitos em MPEG-7 / Multimidia metadata concepts and applications in MPEG-7

Ferreira, Luis Andre Villanueva da Costa 16 March 2007 (has links)
Orientador: Luiz Cesar Martini / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-08T14:42:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ferreira_LuisAndreVillanuevadaCosta_M.pdf: 1477572 bytes, checksum: 5c37464c03f469380fb804cf8249299a (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Neste trabalho, uma pesquisa foi realizada com o objetivo de apresentar os metadados (ou dados sobre dados) e especificamente metadados em multimídia com o padrão MPEG-7 como sendo a base. Inicialmente, a teoria envolvendo os metadados em geral e metadados em multimídia em particular são apresentadas, com o propósito de preparar o leitor para suas aplicações, especialmente em vista da explosão de mídia estar sendo atualmente disponibilizada online. O usuário deve ser capaz de localizar a mídia que necessita de forma eficiente dentre esse mar de informação, e esse é o principal objetivo dos metadados. Com isso em mente, o MPEG-7 foi desenvolvido pela ISO (International Organization for Standardization ou Organização Internacional para Padronização). O MPEG-7 é padrão aberto baseado no formato XML (Extensible Markup Language ou Linguagem de Marcação Extensível) que permite que aperfeiçoamentos sejam desenvolvidos continuamente, o que é muito útil considerando o fluxo de novas mídias sendo disponibilizadas aos usuários diariamente. Este trabalho portanto apresenta os dois tipos de semânticas para metadados em multimídia, de baixo e alto nível. As semânticas de baixo nível incluem informações concretas sobre uma mídia como cores, contraste, pixels, etc. Por outro lado, as semânticas de alto nível são mais abstratas, e levam em consideração o que de fato está sendo exibido pela mídia, como pedras, arvores, pessoas, rios, etc. O intervalo semântico entre esses dois tipos de metadados apresenta um grande problema para a programação de metas. O principal objetivo deste trabalho é demonstrar como, utilizando a aplicação IBM VideoAnnex desenvolvida baseada no padrão MPEG-7, metadados em multimídia de baixo e alto nível semântico podem ser criados e anexados a um arquivo de vídeo em MPEG-2. A maior parte do processo de anexação é realizada diretamente utilizando a aplicação VideoAnnex como será mostrado, mas diversos metadados de alto nível devem ser inseridos diretamente no arquivo XML. Como as aplicações de metadados em multimídia são tão vastas quanto a mídia que eles representam, este trabalho apresentará primeiro uma abordagem mais geral para uso com um filme qualquer, e obviamente muito menos completa, e em seguida uma abordagem mais específica utilizando como objetivo uma partida de futebol. Estudos na área de metadados em multimídia ainda estão na fase inicial, então este trabalho não apresenta uma abordagem final, mas sim uma nova opção no uso de metadados em multimídia, especialmente importantes quando se considera a atual difusão da Internet e TV Digital / Abstract: In this work, a research was made in order to present Metadata (or data about data) and specifically Multimedia Metadata applications with the MPEG-7 standard as the basis. At first, the theory concerning Metadata in general and Multimedia Metadata in particular is presented, with the purpose to prepare the reader for its uses, specially with the current explosion of Media being made available online. The user must be able to locate the media he requires amongst this sea of information, and that is the Metadata main objective. With that in mind, MPEG-7 was developed by ISO (International Organization for Standardization). MPEG-7 is an open standard based on a XML (Extensible Markup Language) format that allows for improvements to be made continuously, which is very helpful considering new media is being made available to users every day. This work then presents the two types of Multimedia Metadata semantics, low level and high level. The low level semantics include concrete information about a movie or image like color, contrast, pixels, etc. On the other hand, high-level semantics take a more abstract approach, and take into consideration what is actually on a scene or image like rocks, sky, trees, actions, etc. The Semantic Gap between these two Metadata types presents a problem for most Metadata programming. This work?s main objective is to present how, using the IBM Videoannex application, developed based on the MPEG-7 standard, Multimedia Metadata of both low and high level semantics can be annexed to a MPEG-2 video file. Most of the annexation process can be made directly through the Videoannex application as will be shown, but several high level Metadata need to be inserted directly into the XML file. Since Multimedia Metadata uses are as vast as the media they represent, this work will present first an approach more general to any movie, but obviously much less complete and then a more focused approach, using a soccer match as target. Multimedia Metadata studies are still in the beginning stage, so this work doesn?t present an end approach, but more of a different option to the use of Multimedia Metadata, specially important with the current spread of the Internet and Digital TV / Mestrado / Telecomunicações e Telemática / Mestre em Engenharia Elétrica
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Anotação semântica de objetos de aprendizagem funcionais / Annotation semantics objects of functional learning

Gomes, Sionise Rocha 26 August 2010 (has links)
Made available in DSpace on 2015-04-11T14:03:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO Sionise Rocha Gomes.pdf: 2635969 bytes, checksum: 53a27b162d98559a66bcb69e5ea795a1 (MD5) Previous issue date: 2010-08-26 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / Media resources can be used and reused for supporting teaching and learning processes. Some of these resources are non-interactive like images, texts, videos and others enable interaction among entities, digital or not, as simulations, games and other applications. The latter are considered Functional Learning Objects (FLOs). To be reused, FLOs must be described in metadata representing both the technical and the educational aspects of the object. However, current metadata are limited in describing FLOs, especially with respect to share teaching experience in the use of the object. This limitation is caused by absence of elements and ambiguity in the vocabulary used for annotation, making it difficult to carry out context-oriented searches, and for professionals from the same domain to establish information exchange. In this context, this paper presents a metadata for description of FLOs, emphasizing different user experiences through integration of different domain ontologies. / Recursos de mídia podem ser usados e/ou reutilizados como materiais de apoio ao educador no processo de ensino e aprendizagem. Alguns desses materiais são inertes , como por exemplo, imagens, textos e vídeos, outros possibilitam interação entre entidades, sejam elas digitais ou não, como simulações, jogos e outras aplicações. Os recursos do segundo tipo são denominados Objetos de Aprendizagem Funcionais (OAFs). Para que possam ser reutilizados, OAFs precisam ser descritos em metadados, os quais representam tanto os aspectos técnicos do objeto, quanto os pedagógicos. Entretanto, os atuais metadados apresentam-se limitados na descrição de OAFs, principalmente no compartilhamento de experiência docente em relação ao uso do objeto. Essa limitação ocorre pela ausência de elementos e pela ambiguidade no vocabulário utilizado para anotação, dificultando a realização de buscas contextualizadas, e que profissionais do mesmo domínio estabeleçam uma troca comum de informações. Nesse contexto, este trabalho apresenta um metadado que possibilita a descrição de OAFs, enfatizando diferentes experiências de uso por meio da integração de diferentes ontologias de domínio.
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Dos dados aos formatos - Um modelo teórico para o design do sistema narrativo no jornalismo digital / From Data to Formats - A theoretical model to design the narrative system in the digital journalism context

Daniela Bertocchi 17 February 2014 (has links)
Já não vemos a possibilidade de sustentar a ideia do formato notícia como o produto final da cadeia de produção jornalística digital. O desajuste que aqui enxergamos não está na notícia, ou em sua estrutura tradicional, ou em sua função social, mas no seu entendimento como produto final, como efeito de uma causa, como desfecho, epílogo ou conclusão de um processo. O desajuste está no termo final, que pressupõe um início. Já não vemos o formato narrativo digital como um produto hereditário de uma cadeia linear e fechada de produção no jornalismo. No lugar do controle e da linearidade, proporemos neste estudo observar a produção narrativa dentro de um processo circular típico do jornalismo pós-industrial. Em vez de fechamentos de formatos estáticos, notaremos continuidades com formatos adaptativos e mais leveza e imponderabilidade no lugar de estruturas narrativas rígidas e sólidas. Esse é, de fato, um estudo que abraça o desconforto e a beleza das incertezas que nascem da relação forma-conteúdo-tela das narrativas digitais no jornalismo. O que nos interessará aqui será criar um instrumento teórico para lidar com essa condição complexa. Assim, propomos um modelo teórico capaz de expandir a compreensão do que seja a narrativa digital jornalística, inaugurando um modo sistêmico de se pensar o desenho das narrativas no jornalismo digital e fornecendo assim um entendimento novo para este fenômeno. Neste estudo o termo \"narrativa\" não irá, portanto, se referir apenas ao que vemos nas telas de nossos dispositivos tecnológicos. Expandimos neste trabalho a perspectiva da narrativa clássica que toma a narrativa jornalística como o agenciamento dos fatos e a colocamos como agenciamento coletivo entre os estratos do sistema narrativo ou, de forma mais reduzida, assumimos a narrativa como sistema narrativo. Expansão, aqui, significa dilatação da visão e não negação ou discordância em relação às construções e percursos teóricos que precedem esta pesquisa. Para a construção do modelo teórico, partimos da narratologia pós-clássica, da moderna teoria dos sistemas e do modelo JDBD (Jornalismo Digital de Base de Dados). Observamos, nesta jornada, que o agenciamento entre os estratos do sistema narrativo realiza-se de forma coletiva por diversos atores: jornalistas, engenheiros, designers, webmasters, especialistas em negócios, arquitetos de informação, usuários, robôs, softwares, algoritmos, entre muitos outros; e que o jornalista atua sobretudo nas camadas de frontend do sistema. Familiarizando-se com camadas mais subterrâneas do sistema narrativo, a antenarrativa (dados e metadados), o jornalista abre oportunidades para melhor comunicar suas histórias no ciberespaço, interfaceando formatos que provoquem experiências ricas para suas audiências. Em nosso entendimento, o jornalista é, portanto, potencialmente um designer da experiência narrativa. / We no longer see the digital narrative format as a product of a linear hereditary and closed production in digital journalism. We no longer see the the form of news, their format, what we see in the screens, as a final product. The imbalance that we see here is not in the news itself or in its traditional structure, or even in its social function, but in understand it as an end product, as an effect or a cause, as an outcome, the epilogue or the conclusion of a process. The misfit is in this notion: the end, which implies a beginning. nstead of control and linearity, we propose in this study to observe the storytelling production inside a circular process, a loop that is typical of a post-industrial journalism. Instead of closing static formats, we will notice continuities with adaptive shapes. More lightness and weightlessness rather than rigid and solid narrative structures. In fact, this is a study that embraces both the discomfort and the beauty of the uncertainties that arise from the relationship between forms, contents and screens when we analyse digital storytelling in journalism context. What concern us here shall be create a theoretical apparatus to address this complex condition. In this way, this study opens up a systemic way to think about the design of narratives in digital journalism and thus provide a new insight of this phenomenon. The term storytelling will not, therefore, refer only to what we see on the screens of our technological devices. Here we expand the perspective of classical narrative (the arrangement of the events) and place it as the collective assemblage among the strata of narrative system. Or in other words: in this study, narrative is narrative system. It is worth to emphasize that when we say \" expansion of perspective,\" we mean dilation of vision and no denial nor disagreement with the theoretical constructs and pathways that precede this research .For the construction of the theoretical model, we start from the post-classical narratology, the modern theory of systems and the JDBD model. We observed, in this journey, the arrangement of the narrative system is held collectively by several actors: journalists, engineers, designers, webmasters, business specialists, information architects, users, robots, software, algorithms, among many others. And the journalist operates in some of the strata of the storytelling system, especially in the frontend layers. If familiar with subterranean layers of narrative system, the antenarrative (data and metadata), journalists provide opportunities to better communicate their stories in cyberspace, interfacing formats which cause rich experiences for its audiences. In our understanding, the journalist is potentially a narrative experience designer.
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Infraestrutura de dados espaciais em unidades de conservação: uma proposta para disseminação da informação geográfica do Parque Estadual de Intervales - SP / Spatial data infrastructure in protected area: a proposal for dissemination of geographic information of Parque Estadual de Intervales - SP

Eduardo Tomio Nakamura 01 September 2010 (has links)
Esse trabalho apresenta uma proposta de Infraestrutura de Dados Espaciais de nível organizacional para o Parque Estadual de Intervales-SP, que visa compartilhar suas informações geográficas com a sociedade em geral. Nos processos de elaboração da IDE são discutidas questões como interoperabilidade, padronização, metadados, especificação de serviços geográficos e o relacionamento dos nós das Infraestrutura de Dados Espaciais que vão permitir a disseminação da informação geográfica de fácil acesso a usuários externos. Os procedimentos, benefícios e limitações são listados e problematizados de forma que demonstrem as etapas necessárias na elaboração da Infraestrutura de Dados Espaciais de nível organizacional para uma Unidade de Conservação. Conclui-se que uma Infraestrutura de Dados Espaciais depende de variáveis administrativas, culturais, técnicas e financeiras, o que leva a uma proposta de implementação por estágios. Também são elaboradas críticas aos recursos existentes e sugestões para melhorias e estudos futuros. / This paper presents a proposal about Spatial Data Infrastructure in organizational level to the Parque Estadual de Intervales-SP, in order to promote the sharing of geographic information with the society. In the elaboration process of the SDI are discussed issues such as interoperability, standardization, metadata, specifying geographic services and relationship of the Spatial Data Infrastructure nodes that will enable the dissemination of geographic information easily and accessible to external users. The process steps, benefits and limitations are listed and discussed in order to demonstrate the necessary steps to prepare the Spatial Data Infrastructure in organizational level to a protected area. As results we observe a spatial data infrastructure that depends of others variables like management, culture, technical and financial company aspects, which leads to a proposal of implementation in stages, as well as discussions about the capabilities and suggestions for improvements and future studies.
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Incorporação e recuperação de metadados semânticos em vídeos educacionais

Borges, Paulo Renato Soares 02 February 2016 (has links)
Made available in DSpace on 2016-03-15T19:38:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PAULO RENATO SOARES BORGES.pdf: 12946347 bytes, checksum: faf0719c6de67db236de7761e202d9ed (MD5) Previous issue date: 2016-02-02 / Instituto Presbiteriano Mackenzie / The significant increase in the amount of information on web portals implied the appearance of semantic portals that use the representation standards of information from the World Wide Web Consortium (W3C), based on ontologies that assist in organizing, sharing and reusing the contents in these environments. Such technologies have helped incorporate semantics in varied contents made available on the Web, including educational portals that are repositories of differentiated Learning Objects (LO), including educational videos. The MPEG-7 standard supports this process by providing a range of standardized instruments for the design of audiovisual contents in several granularities. However, the literature review on this topic pointed out that the searches of those contents by the user still need to be facilitated. In this sense, this qualitative, exploratory and descriptive study aimed to investigate how the incorporation of metadata into audiovisual contents of an Educational Semantic Portal can help retrieve semantically those contents and ensure its reuse. Thus, a prototype of a Semantic Educational Portal that enables users to register and retrieve those semantic contents was designed and constructed. This portal was assessed as recommended for the user interaction design. The results of this study allow us to state that the incorporation of metadata in educational audiovisual contents through related descriptors makes easier and precise the semantic search and the retrieval of specific information contained in such contents. However, this registration done manually takes longer to be carried out than the registration of an audiovisual content that does not use metadata, which suggests future research that would consider the need for more efficient systems to facilitate the registration process of audiovisual contents on educational semantic portals. / O aumento significativo da quantidade de informações nos portais web implicou no surgimento dos portais semânticos, que se servem dos padrões de representação das informações da World Wide Web Consortium (W3C), fundamentados em ontologias que auxiliam na organização, compartilhamento e reutilização dos conteúdos nesses ambientes. Essas tecnologias têm auxiliado na incorporação de semântica em variados conteúdos disponibilizados na Web, inclusive em portais educacionais que se constituem em repositórios de diferenciados Objetos de Aprendizagem (OA), inclusive vídeos educacionais. O padrão MPEG-7 auxilia nesse processo, fornecendo uma gama de instrumentos padronizados para o delineamento de conteúdos audiovisuais em diversas granularidades. No entanto, a revisão da literatura sobre esse tema apontou que as buscas desses conteúdos pelo usuário ainda necessitam ser facilitadas. Nessa direção, este estudo qualitativo, exploratório e descritivo teve por objetivo investigar como a incorporação de metadados em conteúdos audiovisuais de um Portal Semântico Educacional pode auxiliar a recuperar semanticamente esses conteúdos e garantir a sua reutilização. Para tanto, foi arquitetado e construído um protótipo de um Portal Semântico Educacional que possibilita aos usuários o cadastro e a recuperação desses conteúdos semanticamente. Esse portal foi avaliado de acordo com o recomendado para o design de interação com o usuário. Os resultados deste estudo permitem afirmar que a incorporação de metadados em conteúdos audiovisuais educacionais por meio de descritores relacionados facilita e precisa a busca semântica e a recuperação de informações especificas presentes nesses conteúdos. No entanto, esse cadastro feito manualmente leva mais tempo para ser realizado do que o cadastro de um conteúdo audiovisual que não utiliza metadados, o que sugere futuras investigações que considerem a necessidade de sistemas mais eficientes que facilitem o processo de cadastro de conteúdos audiovisuais em portais semânticos educacionais.
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Um serviço de metadados integrado ao middleware de grade MAG / An integrated service of metadata to middleware of grating MAG

Sousa, Bysmarck Barros de 10 July 2006 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-17T14:53:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bysmarck Barros de Sousa.pdf: 4248162 bytes, checksum: 1b6440a084fcf6e55f08f5faaa29694e (MD5) Previous issue date: 2006-07-10 / The computation in grating allows to the integration and sharing of resources as softwares, data and hardware, in institucional and multiinstitucional environments. Recently, had to the great volume of generated data the most varied dominios of application, applications that carry through intensive computation has been wide used. The Mag Cat foca in the challenge of the discovery and publication of the data shared in a grating of computers. MagCat was developed using the technology of software agents, using the great capacity of abstraction of this technology. / A computação em grade permite a integração e compartilhamento de recursos como softwares, dados e périfericos, em ambientes institucionais e multiinstitucionais. Recentemente, devido ao grande volume de dados gerados os mais variados dominios de aplicação, aplicações que realizam computação intensiva tem sido largamente utilizadas. O Mag Cat foca no desafio da descoberta e publicação dos dados compartilhados em uma grade de computadores. MagCat foi desenvolvido usando a tecnologia de agentes de software, utilizando a grande capacidade de abstração desta tecnologia.
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Efficient support for data-intensive scientific workflows on geo-distributed clouds / Support pour l'exécution efficace des workflows scientifiques à traitement intensif de données sur les cloud géo-distribués

Pineda Morales, Luis Eduardo 24 May 2017 (has links)
D’ici 2020, l’univers numérique atteindra 44 zettaoctets puisqu’il double tous les deux ans. Les données se présentent sous les formes les plus diverses et proviennent de sources géographiquement dispersées. L’explosion de données crée un besoin sans précédent en terme de stockage et de traitement de données, mais aussi en terme de logiciels de traitement de données capables d’exploiter au mieux ces ressources informatiques. Ces applications à grande échelle prennent souvent la forme de workflows qui aident à définir les dépendances de données entre leurs différents composants. De plus en plus de workflows scientifiques sont exécutés sur des clouds car ils constituent une alternative rentable pour le calcul intensif. Parfois, les workflows doivent être répartis sur plusieurs data centers. Soit parce qu’ils dépassent la capacité d’un site unique en raison de leurs énormes besoins de stockage et de calcul, soit car les données qu’ils traitent sont dispersées dans différents endroits. L’exécution de workflows multisite entraîne plusieurs problèmes, pour lesquels peu de solutions ont été développées : il n’existe pas de système de fichiers commun pour le transfert de données, les latences inter-sites sont élevées et la gestion centralisée devient un goulet d’étranglement. Cette thèse présente trois contributions qui visent à réduire l’écart entre les exécutions de workflows sur un seul site ou plusieurs data centers. Tout d’abord, nous présentons plusieurs stratégies pour le soutien efficace de l’exécution des workflows sur des clouds multisite en réduisant le coût des opérations de métadonnées. Ensuite, nous expliquons comment la manipulation sélective des métadonnées, classées par fréquence d’accès, améliore la performance des workflows dans un environnement multisite. Enfin, nous examinons une approche différente pour optimiser l’exécution de workflows sur le cloud en étudiant les paramètres d’exécution pour modéliser le passage élastique à l’échelle. / By 2020, the digital universe is expected to reach 44 zettabytes, as it is doubling every two years. Data come in the most diverse shapes and from the most geographically dispersed sources ever. The data explosion calls for applications capable of highlyscalable, distributed computation, and for infrastructures with massive storage and processing power to support them. These large-scale applications are often expressed as workflows that help defining data dependencies between their different components. More and more scientific workflows are executed on clouds, for they are a cost-effective alternative for intensive computing. Sometimes, workflows must be executed across multiple geodistributed cloud datacenters. It is either because these workflows exceed a single site capacity due to their huge storage and computation requirements, or because the data they process is scattered in different locations. Multisite workflow execution brings about several issues, for which little support has been developed: there is no common ile system for data transfer, inter-site latencies are high, and centralized management becomes a bottleneck. This thesis consists of three contributions towards bridging the gap between single- and multisite workflow execution. First, we present several design strategies to eficiently support the execution of workflow engines across multisite clouds, by reducing the cost of metadata operations. Then, we take one step further and explain how selective handling of metadata, classified by frequency of access, improves workflows performance in a multisite environment. Finally, we look into a different approach to optimize cloud workflow execution by studying some parameters to model and steer elastic scaling.
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Musikens metadata på webbradiotjänster : En studie kring omfattningen av musikens metadata på webbradiotjänster och beståndsdelarnas relevans / Music metadata on web radio services : The extent of musical metadata on web radio stations and its relevance to users A study of music's metadata to web radio services and constituents of relevance

Hellström, Johan January 2013 (has links)
I uppsatsen undersöktes i vilken omfattning radiostationer på webben presenterar information om musiken som spelas, vilken information som finns samt vilken relevans dess beståndsdelar har för användare. För att uppnå syftet utfördes först en kvantitativ undersökning av webbradiostationer. Resultatet visade att musikrelaterad metadata visserligen presenteras i många skepnader, men att få stationer har anammat majoriteten av denna funktionalitet. Resultatet av undersökningen i kombination med litteraturstudier resulterade i en kravspecifikation som applicerades på en prototyp. Prototypens beståndsdelar i mån av musikrelaterad metadata utvärderades slutligen i användartest och kvalitativa intervjuer. Relevant information för deltagarna inkluderade låttitel, artist- eller bandnamn, lyrik, biografi, skivomslag och musikvideo. Mindre relevant var skivbolag och tourinformation. / The purpose of this thesis was to analyze the extent of musical information presented on web radio stations as well as its avaliability and relevance to the user. Initially, a quantitative analysis of web radio stations was made. The result showed that although music related metadata is presented in different forms, few stations have adopted the majority of this functionality. The result of the analysis in combination with litterature studies resulted in a specification of requirements that was applied to a prototype. Its functionality in terms of music related metadata was evaluated in user tests and interviews. Information relevant to the participants included track and artist names, lyrics, biographies, album covers and music videos. Labels and tour information was deemed less relevant.
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The development of reusable online learning resources for instructional design students based on the principles of learning objects

Al-Shehri, Abdullah Mohammed January 1900 (has links)
Doctor of Philosophy / Department of Secondary Education / Diane McGrath / The purpose of this research and development study was to design, develop, evaluate and revise reusable online learning resources based on the principles of learning objects that would support instructional design students' learning and performance in the context of ATC in Saudi Arabia. Using a research and development model (Borg and Gall, 1989), Instructional Design reusable online learning resources (ID-RORs) were iteratively and collaboratively developed and revised based on feedback gathered through formative evaluation. Between each round of qualitative formative evaluation, the ID-RORs were revised based on analysis of the data. Seven main research and development phases were carried out: research and information collecting, a needs assessment, prototype development, expert evaluations, redesign, target user evaluations and redesign. The formative evaluation of ID-RORs consisted of three phases. The first evaluation group was comprised of four experts. The purpose of this evaluation was to conduct a needs assessment. The second phase, which used feedback from two experts and two instructional design teachers, was the expert evaluation. The purpose of this evaluation was to examine the validity of the ID-RORs. The third phase, based on feedback from 11 students, was the user evaluation. The purpose of this evaluation was to examine the practicality of the ID-RORs. The overall results of the needs assessment evaluation showed that the ID-RORs prototype met an important need at ATC. The overall result of the expert evaluation showed that the ID-RORs prototype were valid for the context of ATC. Finally, the result of target user evaluation showed that the ID-RORs as revised with expert and user input were practical for the intended target users. Based on the results of this R & D study, it was concluded that the answer to the research question is yes, it is possible to develop the ID-RORs to meet the specifications of the needs assessment. The characteristics of ID-RORs are very similar to the characteristics of successful (valid and practical) reusable online resources. The final version of the ID-RORs were found to be needed, valid and practical, in the context of ATC.
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Machine learning models for quantifying phenotypic signatures of cancer cells based on transcriptomic and epigenomic data / Machine learning models for quantifying phenotypic signatures of cancer cells based on transcriptomic and epigenomic data

Koban, Martin January 2020 (has links)
S rozvojom techník pre efektívnu akvizíciu genomických dát sa jednou z kľúčových vedeckých výziev stala interpretácia výsledkov týchto experimentov v zmysluplnom biologickom kontexte. Táto práca sa zameriava na využitie informácií ukrytých v dobre charakterizovaných transkriptomických a epigenomických dátach z verejne dostupných zdrojov pre účely takejto interpretácie. Najskôr je vytvorený integrovaný súbor dát generovaných metódami DNase-seq a ATAC-seq, ktoré kvantifikujú chromatínovú dostupnosť. Tieto údaje sú doplnené verejne dostupnými výsledkami techniky RNA-seq pre kvantitatívne hodnotenie génovej expresie a vhodne predspracované pre ďalšiu analýzu. Pripravené dáta sú následne použité na trénovanie modelov strojového učenia (klasifikátorov) s dvomi základnými cieľmi. Po prvé za účelom augmentácie metadát prislúchajúcich k jednotlivým biologickým vzorkám v trénovacom dátovom súbore pomocou predikcie nedefinovaných anotácií. Po druhé pre anotáciu zle charakterizovaných testovacích dát (nepoužitých v trénovacej fáze) za účelom overenia generalizačnej schopnosti zostavených modelov. Dosiahnuté výsledky ukazujú, že natrénované klasifikátory sú schopné zachytiť biologicky relevantné informácie, zatiaľ čo vplyv technických artefaktov je minimalizovaný. Navrhnutý prístup je preto schopný prispieť k lepšiemu pochopeniu komplexných transkriptomických a epigenomických dát, predovšetkým v oblasti onkologického výskumu.

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