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Genética molecular y biomarcadores de la enfermedad de WilsonSánchez Monteagudo, Ana 28 May 2023 (has links)
[ES] La enfermedad de Wilson (EW) es un trastorno hereditario del metabolismo del cobre causado por mutaciones en ATP7B, que codifica una proteína transportadora de cobre en el hígado. Su mal funcionamiento provoca un fallo en la excreción biliar de cobre y una acumulación progresiva de este metal en el organismo, especialmente en hígado y cerebro. En este trabajo, se explora la posible utilidad de miRNAs circulantes en plasma para identificar biomarcadores que sirvan para controlar la progresión de la enfermedad en pacientes con EW bajo tratamiento. Los modelos desarrollados para cada miRNA mostraron un buen rendimiento al clasificar a los pacientes con factores de evolución desfavorable, por lo que estos tres miRNAs se proponen como candidatos para mejorar el seguimiento clínico o para respaldar la eficacia de nuevas terapias en la EW. / [CA] La malaltia de Wilson és un trastorn hereditari del metabolisme del coure causat per mutacions en ATP7B, que codifica per a una proteïna transportadora del coure al fetge. El seu mal funcionament produeix alteracions en l'excreció biliar i l'acumulació progressiva de coure, especialment en fetge i cervell. Es va explorar la possible utilitat del perfil de miRNAs circulants com biomarcadors de progressió de la patologia hepàtica. L'avaluació dels models obtinguts per a cadascun dels tres miRNAs va mostrar un bon rendiment per a classificar al grup de pacients amb factors d’evolució desfavorable, en conseqüència, es proposen com a candidats per tal de millorar el seguiment clínic o comprovar l’efectivitat de noves teràpies en la malaltia de Wilson. / [EN] Wilson disease (WD) is an inherited disorder of copper metabolism caused by mutations in ATP7B, which encodes for a liver copper-transporting protein. Its dysfunction causes a deficit in biliary copper excretion and a progressive accumulation of this metal in the organism, mainly in liver and brain. In this work, circulating miRNAs profiling in plasma has been accomplished to identify biomarkers that could serve to monitor disease progression in WD patients under chelation therapy. Developed models for each miRNA exhibited good performance classifying patients with poor outcome factors, consequently, these three miRNAs are proposed as candidates to improve clinical follow-up or to support efficacy of novel therapies in WD. / Esta Tesis Doctoral ha sido financiada por los siguientes proyectos de investigación: “Avanzar en el diagnóstico y la prognosis de la enfermedad de Wilson”
Duración: 2016-2019, Fundació Per Amor a l’Art (FPAA) IP: C. Espinós; “Bases genéticas y biomarcadores pronóstico de la enfermedad de Wilson y
Wilson-like” 2020-2022, Fundació Per Amor a l’Art (FPAA) IP: C. Espinós; “Estudios clínicos, bases genéticas y biomarcadores pronóstico en enfermedades raras neurodegenerativas” 2019-2021, Instituto de Salud Carlos III (Expediente: PI18/00147) IP: C. Espinós; “De genes a terapia en enfermedades neurodegenerativas y neuromusculares” 2018-2021, Generalitat Valenciana, Programa Prometeo para grupos de investigación de excelencia (Expediente: PROMETEO/2018/135)
Consorcio de investigadores formado por F. V. Pallardó (coordinador), J.M. Millán, I. Galindo, P. Sanz, T. Sevilla y C. Espinós. / Sánchez Monteagudo, A. (2021). Genética molecular y biomarcadores de la enfermedad de Wilson [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/171454
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Role of miR-99a-5p in breast cancer: Translating molecular findings into clinical toolsGarrido Cano, Iris 21 January 2022 (has links)
[ES] La presente tesis doctoral, titulada "papel del miR-99a-5p en cáncer de mama: transformando hallazgos moleculares en herramientas clínicas" está centrada en el estudio del microRNA miR-99a-5p en cáncer de mama y en la determinación de su potencial como diana terapéutica y biomarcador para el diagnóstico de dicha enfermedad. En el primer capítulo, se lleva a cabo una revisión general del cáncer de mama y los microRNAs. A continuación, en el segundo capítulo se presentan los objetivos. En el tercer capítulo se compararon los perfiles de expresión de microRNAs de una línea celular de cáncer de mama resistente a doxorrubicina frente a la línea celular parental, dando lugar a la identificación del microRNA miR-99a-5p como el más desregulado entre ambas. A continuación, se confirmó que el miR-99a-5p aumenta la sensibilidad a doxorrubicina mediante la inhibición directa de la expresión de COX-2, que conlleva la inhibición de la expresión de la proteína ABCG2, ampliamente descrita por su papel en resistencia a fármacos. En base a los resultados obtenidos, se diseñaron nanodispositivos basados en nanopartículas mesoporosas de sílice para la liberación de miR-99a-5p y doxorrubicina en los tumores. Se confirmó la eficacia de las nanopartículas para reducir el crecimiento tumoral así como los efectos adversos asociados a la doxorrubicina libre en un modelo ortotópico murino de cáncer de mama. En el cuarto capítulo, se evaluó el potencial del miR-99a-5p como biomarcador para el diagnóstico del cáncer de mama. Se determinó la expresión del microRNA en tumores primarios de cáncer de mama y en tejidos sanos. Los resultados mostraron que el miR-99a-5p se encuentra infraexpresado en los tejidos cancerosos. A continuación, con el objeto de determinar el potencial del miR-99a-5p como biomarcador mínimamente invasivo, se determinaron los niveles de expresión en plasma de pacientes de cáncer de mama y de donantes sanos. Se encontró que el miR-99a-5p se encuentra a mayor concentración en el plasma de pacientes con cáncer de mama. Estos resultados se validaron en una cohorte independiente. Mediante el análisis en base a curvas ROC se confirmó que el miR-99a-5p es útil como biomarcador no invasivo para el diagnóstico del cáncer de mama incluso en estadíos tempranos de la enfermedad. El quinto capítulo se centra el diseño y validación de un biosensor basado en soportes de alúmina mesoporosa para la detección del miR-99a-5p en plasma. Los poros de una placa de alúmina mesoporosa se cargaron con el fluoróforo rodamina B, y se utilizaron oligonucleótidos complementarios a la secuencia del miR-99a-5p como puertas moleculares capaces de retener los fluoróforos en el interior de los poros. En presencia del miR-99a-5p, se produce liberación de rodamina B, que es posteriormente detectada ópticamente. Se confirmó la especificidad del biosensor, así como su alta sensibilidad. Además, utilizando muestras de plasma de pacientes de cáncer de mama y controles sanos, se confirmó la eficiencia del dispositivo para detectar cáncer de mama incluso en estadíos tempranos. Por último, en los capítulos cinco y seis se presentan la discusión general y las conclusiones principales extraídas. En conclusión, esta tesis doctoral demuestra que el miR-99a-5p tiene potencial como diana terapéutica y biomarcador para el cáncer de mama, y podría ser útil para mejorar el pronóstico de los pacientes con dicha enfermedad. Se ha elucidado que uno de los mecanismos por los que el miR-99a-5p está involucrado en sensibilidad a doxorrubicina es mediante la regulación del eje COX-2/ABCG2. Además, las nanopartículas diseñadas para la administración combinada de miR-99a-5p y doxorrubicina se presentan como una herramienta con gran potencial para el tratamiento oncológico. Por último, aprovechando el potencial del miR-99a-5p como biomarcador diagnóstico, se ha desarrollado un sistema de detección que podría ser una herramienta
útil para mejorar la detección temprana del cáncer de mama. / [CA] La present tesis doctoral, titulada "paper del miR-99a-5p en càncer de mama: transformant descobriments moleculars en eines clíniques" està centrada en l'estudi del microRNA miR-99a-5p en càncer de mama i en la determinació del seu potencial com a diana terapèutica i biomarcador per al diagnòstic d'aquesta malaltia. En el primer capítol, es du a terme una revisió general del càncer de mama i els microRNAs. A continuació, en el segon capítol es presenten els objectius. En el tercer capítol es van comparar els perfils d'expressió de microRNAs d'una línia cel·lular de càncer de mama resistent a doxorrubicina amb la seua línia parental, donant lloc a la identificació del microRNA miR-99a-5p com el més desregulat entre ambdues. A continuació, es va confirmar que el miR-99a-5p augmenta la sensibilitat al fàrmac mijançant la inhibició directa de l'expressió de COX-2 de forma directa, que comporta la inhibició de l'expressió de la proteïna ABCG2 que està àmpliament descrita pel seu paper en resistència a fàrmacs. Basant-se en els resultats obtinguts, es van dissenyar nanodispositius basats en nanopartícules mesoporoses de sílice per a l'alliberament d'una combinació de miR-99a-5p i doxorrubicina en els tumors. L'eficacia dels sistemes per a reduir el creixement tumoral així com els efectes adversos associats a la doxorrubicina lliure es va confirmar en un model ortotòpic murí de càncer de mama. En el quart capítol, es va avaluar el potencial del miR-99a-5p com a biomarcador per al diagnòstic del càncer de mama. Es va determinar l'expressió del microRNA en tumors primaris de càncer de mama i en teixits sans. Els resultats van mostrar que el miR-99a-5p es troba infraexpressat en els teixits cancerosos. A continuació, amb l'objectiu de determinar el potencial del miR-99a-5p com a biomarcador mínimament invasiu, es van determinar els nivells d'expressió en plasma de pacients de càncer de mama i de donants sans. Es va trobar que el miR-99a-5p es troba a major concentració en el plasma de pacients amb càncer de mama. Aquestos resultats es van validar en una cohort independent. Per mitjà de l'anàlisi basant-se en corbes ROC es va confirmar que el miR-99a-5p és útil com a biomarcador no invasiu per al diagnòstic del càncer de mama inclús en estadis primerencs de la malaltia. El quint capítol es centra en el disseny i validació d'un biosensor basat en suports d'alúmina nanoporosa per la detecció del miR-99a-5p en plasma. Els porus d'una placa d'alúmina es van carregar amb l'indicador fluorescent rodamina B, i es van utilitzar oligonucleòtids complementaris a la seqüència del miR-99a-5p com a portes moleculars amb la capacitat de retindre els fluoròfors a l'interior dels porus. En presència del miR-99a-5p, es produeix l'alliberament de rodamina B, que serà posteriorment detectada òpticament. Es va confirmar l'especificitat del biosensor, així com la seua alta sensibilitat. A més, utilitzant mostres de plasma de pacients de càncer de mama i controls sans, es va confirmar l'eficiència del dispositiu per a detectar càncer de mama inclús en estadis primerencs. Finalment, en els capítols sis i set es presenten la discussió general i les conclusions principals. En conclusió, aquesta tesi doctoral demostra que el miR-99a-5p té potencial com a diana terapèutica i biomarcador per al càncer de mama, i podria ser útil per a millorar el pronòstic dels pacients amb dita malaltia. S'ha elucidat que un dels mecanismes pels quals el miR-99a-5p està involucrat en sensibilitat a doxorrubicina és per mitjà de la regulació de l'eix COX-2/ABCG2. A més, les nanopartícules dissenyades per a l'administració combinada de miR-99a-5p i doxorrubicina es presenta com una ferramenta amb gran potencial per al tractament oncològic. Finalment, aprofitant el potencial del miR-99a-5p com a biomarcador diagnòstic, s'ha desenvolupat un sistema de detecció que podria ser una ferramenta útil per a millorar la detecció primerenca del
càncer de mama. / [EN] This PhD thesis, entitled "Role of miR-99a-5p in breast cancer: translating molecular findings into clinical tools" is focused on the study of the microRNA miR-99a-5p in breast cancer and in determining its potential as a therapeutic target and biomarker for the diagnosis of this disease.
In the first chapter, a general review of breast cancer is carried out and microRNAs are also introduced. Next, in the second chapter, the objectives are detailed.
In the third chapter, the microRNA expression profile of a doxorubicin-resistant breast cancer cell line was compared with its parental cell line, leading to the identification of the microRNA miR-99a-5p as the most deregulated between the two of them. Subsequently, it was confirmed that miR-99a-5p increases drug sensitivity through directly targeting COX-2, which leads to the inhibition of the expression of the ABCG2 protein, widely described to be involved in drug resistance. Based on the obtained results, nanodevices based on mesoporous silica nanoparticles were designed for the combined release of miR-99a-5p and doxorubicin in tumors. The ability of the systems to specifically target the CD44 receptor, which is overexpressed in breast cancer tumors, as well as to release the cargo specifically after internalization, were tested in vitro. Furthermore, the efficacy of the nanoparticles to reduce tumor growth and the adverse effects associated with free doxorubicin was confirmed in a murine orthotopic model of breast cancer.
In the fourth chapter, the potential of miR-99a-5p as a biomarker for the diagnosis of breast cancer was evaluated. First, microRNA expression was determined in primary breast cancer tumors and compared with healthy tissues. The results showed that miR-99a-5p is downregulated in breast cancer tissues. Next, to determine the potential of the microRNA as a minimally invasive biomarker, the expression levels of miR-99a-5p in plasma of breast cancer patients and healthy donors were determined. In this case, it was found that miR-99a-5p is at higher concentrations in the plasma of breast cancer patients. These results were validated in an independent cohort. Through the ROC curve analysis, it was confirmed that miR-99a-5p is useful as a non-invasive biomarker for the diagnosis of breast cancer even at early stages.
The fifth chapter focus on the design and validation of a biosensor based on nanoporous alumina supports for the detection of miR-99a-5p in plasma. The pores of the alumina plate were loaded with the fluorescent indicator rhodamine B, and oligonucleotides with a sequence complementary to the miR-99a-5p were used as molecular gates able to maintain fluorophores inside the pores. In the presence of miR-99a-5p, the capping oligonucleotide is displaced, leading to the opening of the pores and the release of rhodamine B, which is subsequently optically detected. The specificity and high sensitivity of the biosensor were confirmed. Furthermore, the efficiency of the device to detect breast cancer even at early stages was confirmed using plasma samples from breast cancer patients and healthy controls.
Finally, chapters five and six present the general discussion and conclusions. In conclusion, this PhD thesis demonstrates that miR-99a-5p is a molecule with potential as a therapeutic target and biomarker for breast cancer, and it could be useful to improve the prognosis of patients. It has been elucidated that one of the mechanisms by which miR-99a-5p is involved in doxorubicin sensitivity is through the regulation of the COX-2/ABCG2 axis. Furthermore, nanoparticles designed for the combined administration of miR-99a-5p and doxorubicin are presented as a tool with great potential for cancer treatment and could be useful for the administration of microRNAs as therapy. Finally, taking advantage of the potential of miR-99a-5p as a diagnostic biomarker, a detection system has been developed and could be a useful tool to improve early detection of breast cancer. / This work was supported by, CIBERONC (CB16/12/00481), CIBER-BBN
(CB07/01/2012), Spanish Government PI18/01219 (ISCIII), project RTI2018-
100910-B-C41 (MCUI/AEI/FEDER, UE) and the Generalitat Valenciana
(PROMETEO/2018/024) for support. IG-C was funded by Generalitat
Valenciana (ACIF/2016/030). LP was funded by Ministerio de Economia,
Industria y Competitividad (FPI grant). SS was funded by Instituto de Salud
Carlos III and the European Social Fund for the financial support “Sara
Borrell” (CD16/000237). JMC was funded by Sociedad Española de Oncología
Médica (Río Hortega-SEOM. The authors would like to thank the INCLIVA Biobank
(PT17/0015/0049; B.000768 ISCIII) and the Valencian Biobanking Network
integrated into the Spanish National Biobanks Network for providing the
human biological samples. We would also like to thank the plasma donors
and the nursing staff that accepted to participate in this study. / Garrido Cano, I. (2021). Role of miR-99a-5p in breast cancer: Translating molecular findings into clinical tools [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/180358
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Análise de proteínas cuja expressão é controlada por miRNA e relacionada à progressão do adenocarcinoma de próstata por imuno-histoquimica em tissue microarray / Analysis of proteins whose expression is controlled by miRNA and related to the progression of prostate adenocarcinoma by immunohistochemistry on tissue microarrayTimoszczuk, Luciana Maria Sevo 24 October 2012 (has links)
Introdução: O Câncer de Próstata (CaP) é o tumor mais comum do homem e a segunda causa de óbito por câncer no Brasil. MicroRNA (miRNA) é uma classe de pequenos RNA regulatórios não codificantes de proteínas que tem papel fundamental no controle da expressão dos genes. São responsáveis pelo controle de processos fundamentais na célula e estão envolvidos na tumorigênese em humanos. Previamente demonstramos alterações no perfil de expressão dos miRNA 100, let7c e 218 comparando carcinomas localizados e metastáticos. A caracterização de perfis de expressão de suas proteínas alvo no CaP é crucial para a compreensão dos processos envolvidos na carcinogênese, dando-nos a oportunidade do descobrimento de novos marcadores diagnósticos, prognósticos e mais importante identificação de alvos para o desenvolvimento de terapias inovadoras. Objetivo: Analisar a expressão das proteínas controladas pelo miR-let7c (Ras, c-Myc e Bub1), miR-100 (Smarca5 e Retinoblastoma) e miR-218 (Laminina 5 3) e a atividade proliferativa (Ki-67) no câncer de próstata com a técnica de imuno-histoquímica utilizando microarranjos teciduais representativos de CaP localizado e suas metástases linfonodais e ósseas. Correlacionar os níveis de expressão dos miRNA com suas proteínas alvo. Analisar a expressão dos miRNA, proteínas e atividade proliferativa com os fatores prognósticos do câncer de próstata e com a evolução da doença. Material e Métodos: A imunoexpressão de Smarca5, Retinoblastoma, Laminina, Ras, c- Myc, Bub1 e Ki-67 foi avaliada através de IH pela técnica de microarranjo tecidual caracterizando três estágios do CaP, sendo 112 casos de CaP localizado, 19 metástases linfonodais e 28 metástases ósseas. As imagens obtidas foram submetidas a um software de análise de imagem digital MacBiophotonics ImageJ do National Institutes of Health, EUA, onde a intensidade de luminescência foi quantificada densitometricamente. O perfil de expressão dos miR-let7c, 100 e 218 foi analisado utilizando o bloco de parafina de 61 pacientes dos 112 pacientes com carcinoma localizado, que foram submetidos a analise protéica por IH. O processamento dos miRNA envolveu três etapas: extração do miRNA com kit específico, geração do DNA complementar e amplificação do miRNA por PCR quantitativo em tempo real (qRT-PCR) cujo controle endógeno foi RNU-43 (Applied Biosystems). Os resultados foram analisados usando o método 2-CT. Como controle, utilizamos amostras de tecido com hiperplasia prostática benigna (HPB). Avaliamos a relação entre a expressão dos miRNA e suas proteínas alvo, com o escore de Gleason, estadiamento patológico e evolução da doença considerando recidiva bioquímica, níveis de PSA>0,4 ng/mL, em uma média de seguimento de 77,5 meses. A análise estatística foi realizada através do software SPSS 19.0, utilizamos o test T de Student, Mann-Whitney, Kruskal-Wallis e qui-quadrado. O valor de p foi considerado estatisticamente significante quando inferior na 0,05 em todos os cálculos. Resultados: Observamos uma diminuição de expressão de Ras (p=0,017) e Laminina (p<0,0001) conforme a progressão tumoral do CaP localizado a metástase linfonodal e óssea. Houve um aumento de expressão de Rb (p=0,0361) e aumento da atividade proliferativa avaliada pelo Ki- 67 (p<0,0001). Encontramos ainda uma tendência a relação entre a positividade de expressão de c-Myc com estadiamento patológico pT3 (p=0,070). Todos os miRNA se mostraram superexpressos no CaP localizado. Laminina apresentou uma média de intensidade de expressão maior quanto maior a expressão de miR-218 (p=0,038). Porém os demais miRNA não apresentaram relação de expressão com suas proteínas alvo. Também não houve relação entre a expressão de miRNA e expressão das proteínas por IH com a recidiva bioquímica. Conclusões: Apesar de confirmarmos os nossos achados de superexpressão dos miRNA 100, let7c e 218 no CaP localizado, não houve correlação entre esses e a imunoexpressão de suas proteínas alvo. Demonstramos que houve alteração de imunoexpressão de Ras, Laminina 5 3, Retinoblastoma e Ki-67 de acordo com a progressão tumoral no CaP. E uma maior expressão de c-Myc por IH mostrou uma significância tendência a relacionar-se com tumores não confinados estadiados pT3 / Introduction: Prostate cancer (PCa) is the most common tumor in men and the second leading cause of cancer death in men in Brazil. MicroRNA (miRNA) is a class of small non-coding RNA that plays a key role in the control of gene expression. They are responsible for the control of key processes in the cell and are involved in tumorigenesis in humans. Previously, we demonstrated alterations in the expression profile of miRNA 100, 218 and let7c comparing localized and metastatic carcinomas. The characterization of expression profiles of their target proteins in PCa is crucial to understanding the processes involved in carcinogenesis, giving us the opportunity to discover new diagnostic or prognostic markers, and most importantly to find new targets for the development of innovative therapies. Objective: To analyze the expression of proteins controlled by miR-let7c (Ras, c- Myc and Bub1), miR-100 (Smarca5 and Retinoblastoma) and miR- 218 (Laminin 5 3) and proliferative activity (Ki-67) in prostate cancer with immunohistochemistry using tissue microarrays representing localized PCa, lymph node and bone metastases. To correlate the expression levels of miRNAs with their target proteins. To analyze the expression of miRNAs, proteins and proliferative activity with prognostic factors of prostate cancer and disease progression. Methods: The immunoexpression of Smarca5, Retinoblastoma, Laminin, Ras, c-Myc, Bub1 and Ki-67 was evaluated by IHC by tissue microarray technique featuring three stages of PCa, with 112 cases of localized PCa, 19 lymph node metastases and 28 bone metastases. The images obtained from IHC were submitted to analysis using the digital image software MacBiophotonics ImageJ from the National Institutes of Health, USA, where the intensity of luminescence was quantified densitometrically. We studied the expression profile of the miRNAs in the paraffin blocks of 61 patients out of the 112 patients with localized carcinoma, who underwent protein analysis by IHC. The processing of miRNA involved three steps: extraction of miRNA, generation of complementary DNA and amplification of the miRNA by quantitative real time PCR (qRT-PCR). To analyze the data we used a control endogenous RNU-43. The results were analyzed using the 2-CT formula. As control, we used the tissue from five patients with benign prostate hyperplasia (BPH) submitted to surgery. The relationship between the expression of miRNAs and their target proteins were analyzed as well as their expression with Gleason score, pathological stage and disease progression considered as PSA>0.4 ng/mL in a mean follow-up of 77.5 months. The statistical analysis was performed using SPSS 19.0 software, we used the Student t test, Mann-Whitney test, Kruskal- Wallis and chi-square. The value was considered statistically significant when p0.05. Results: There was a decrease in the expression of Ras (p=0.017) and Laminin (p<0.0001) according to PCa progression from localized to lymph node and bone metastases. There was an increase in the expression of Retinoblastoma (p=0.0361) and an increase in proliferative activity assessed by Ki-67 (p<0.0001). We also found a relationship between the positivity of c-Myc expression with pT3 staged tumors (p=0.070). All miRNAs showed overexpression in PCa samples. Laminin showed a higher expression together with higher expression of miR-218 (p=0.038). The other miRNAs did not show a relationship with protein expression by IHC. There was no correlation between the expression of miRNAs and protein expression by IHC with biochemical recurrence. Conclusions: Although our findings confirm the overexpression of miR-100, 218 and let7c in localized PCa, there was no correlation between their expression and the protein of their target using immunohistochemistry. We demonstrated that there was a change in immunostatining of Ras, Laminin 5 3, Retinoblastoma and Ki- 67 according to tumor progression. The increased expression of c- Myc per IHC showed a significant tendency to relate to tumor unconfined staged pT3
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Expressão de microRNAs em indivíduos com infecção assintomática e com mielopatia associada ao HTLV-1/paraparesia espástica tropical (HAM/TSP) / MicroRNA expression in HTLV-1 asymptomatic carriers and in patients with HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP)Costa, Emanuela Avelar Silva 20 October 2016 (has links)
Embora o vírus linfotrópico de células T humanas do tipo 1 (HTLV-1) seja reconhecido como o agente etiológico da leucemia/linfoma de células T do adulto (ATL) e da paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao HTLV-1 (HAM/TSP), cerca de 90% dos indivíduos infectados permanecem assintomáticos por toda a vida. Até o presente momento, os fatores associados ao desenvolvimento de doença relacionada ao HTLV-1 não foram totalmente elucidados. Sabe-se que o aumento da carga proviral e a expressão de genes virais estão envolvidos no desenvolvimento/progressão de doenças associadas ao HTLV-1. Assim, por exemplo, a proteína Tax modula genes envolvidos na patogênese da HAM/TSP e genes regulados por HBZ estimulam a proliferação de linfócitos T, induzindo a ATL. Desde a última década, diversos estudos têm demonstrado que células transformadas pelo HTLV-1 apresentam microRNAs do hospedeiro desregulados, o que poderia promover alteração na expressão de genes virais (tax e HBZ), com possível contribuição para o desenvolvimento de HAM/TSP e ATL. Diante desses indícios, o presente estudo teve como objetivos: i) quantificar a expressão de miRNAs humanos conhecidos em células T CD4+ e T CD8+ do sangue periférico de indivíduos assintomáticos infectados por HTLV-1 e de pacientes com HAM/TSP; ii) identificar padrões diferenciais de expressão de miRNAs desregulados que pudessem caracterizar os grupos de pacientes de acordo com sua condição clínica; iii) investigar associações dos padrões diferenciais de expressão de miRNAs com a carga proviral e com a expressão dos genes tax e HBZ de HTLV-1. Analisou-se o perfil de expressão de 754 miRNAs em células T CD4+ e TCD8+ infectadas por HTLV-1 em 19 indivíduos assintomáticos, 17 pacientes com HAM/TSP e 14 controles não infectados. Foram detectados 10 miRNAs diferencialmente expressos no grupo HAM, quando comparados ao grupo ASS (super-expressos: hsa-miR-133a, -148a, -211, -330, -369-5p, -486 e -889 e sub-expressos: hsa-miR-520b, -520e e -566). A expressão alterada dos hsa-miR-133a, -148a, -211, e -889 (super-expressos) e do hsa-miR-520b (sub-expresso) foi correlacionada à carga proviral e a do hsa-miR-211 (super-expresso) à expressão de tax. Além disso, ao analisar as vias canônicas geradas no estudo, identificaram-se as moléculas IL6ST, PTPN11, MAP2K5, ELK4, AKT1, BAD, FOSL1, IRAK 3, CDC42, STAT3 e CREB A como potencialmente afetadas pela expressão alterada de miRNAs no grupo HAM, quando comparado com o grupo ASS. Tais achados mostram-se úteis para o delineamento futuro de estudos longitudinais com indivíduos infectados por HTLV-1, com vistas à identificação de biomarcadores prognósticos de risco para o desenvolvimento de HAM/TSP. / Even though human lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is etiologically linked to adult T-cell leukemia (ATL) and to HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP), about 90% of infected individuals remain asymptomatic lifelong. So far, factors that are associated with development of HTLV-1-related disease have not been totally clarified. Increase in proviral load and expression of viral genes are recognized as involved in disease development and progression. For instance, the Tax protein is known to modulate genes that are involved in HAM/TSP pathogenesis and HBZ-regulated genes account for T lymphocyte proliferation that leads to ATL. In the last decade, several studies have shown that HTLV-1-transformed cells exhibit dysregulated human microRNA expression, which could result in altered viral gene expression (tax and HBZ), contributing to the development of HAM/TSP and ATL. Based on this evidence, our study aimed at: i) quantifying known human miRNA expression in CD4+ and CD8+ peripheral blood T-cells from HTLV-1 asymptomatic carriers and patients with HAM/TSP; ii) identifying distinctive dysregulated miRNA expression profiles that could distinguish patients according to their clinical status; iii) investigating associations between differential miRNA expression profiles with proviral load and with HTLV-1 tax and HBZ gene expression. We analysed the expression profile of 754 miRNAs in CD4+ e CD8+ peripheral blood T cells from 19 HTLV-1 asymptomatic carriers (AC), 17 patients with HAM/TSP (HAM) and in 14 non-infected controls. Ten differentially expressed miRNAs were found in HAM, as compared with AC (overexpressed: hsa-miR-133a, -148a, -211, -330, -369-5p, -486 and -889; and underexpressed: hsa-miR-520b, -520e and -566). Altered expression of hsa-miR-133a, -148a, -211, and -889 (overexpressed) and of hsa-miR-520b (underexpressed) was shown to be correlated with proviral load and that of hsa-miR-211 (overexpressed) with tax expression. Moreover, analysing the miRNA canonical pathways generated in this study, we identified IL6ST, PTPN11, MAP2K5, ELK4, AKT1, BAD, FOSL1, IRAK 3, CDC42, STAT3 and CREB A as molecules that are potentially affected by altered miRNA expression in HAM, as compared to AC. Our findings are useful for the future design of longitudinal studies of HTLV-1 infected cohorts, aiming at the recognition of prognostic biomarkers of risk for the development of HAM/TSP
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Identificação de fatores epigenéticos associados às complicações crônicas em portadores de diabetes mellitus tipo1 / Identification of epigenetic factors associated with chronic complications in patients with type 1 diabetes mellitusBezerra, Daniele Pereira dos Santos 26 April 2018 (has links)
INTRODUÇÃO: Fatores associados à etiopatogenia das complicações diabéticas, incluindo hiperglicemia e estresse oxidativo, podem causar alterações epigenéticas que modificam a expressão de genes em células-alvo, sem alterar sua sequência de DNA. São considerados mecanismos epigenéticos: (1) as modificações pós-traducionais das histonas; (2) a metilação do DNA e (3) a ação dos micro-RNAs (miRNAs); todos já foram reconhecidos na patogênese da \"memória metabólica\", situação na qual a hiperglicemia continua a exercer efeitos deletérios prolongados mesmo depois de ser normalizada. A sirtuína-1 é uma enzima que causa modificações pós-traducionais das histonas por sua atividade de histona desacetilase, silenciando a transcrição gênica. O silenciamento gênico também pode ocorrer pela ação da DNA metiltransferase 1 (DNMT1), enzima que adiciona um grupamento metil (CH3) na posição 5 de resíduos de citosina localizadas em ilhas CpG presentes nas regiões promotoras dos genes. Os miRNAs constituem uma classe de pequenos RNAs não codificadores com cerca de 19 a 25 nucleotídeos que controlam a expressão gênica por meio da repressão da tradução ou da degradação do RNA mensageiro-alvo. As hipóteses do presente estudo são (1) que exista um perfil sérico de miRNAs associado à presença ou ausência de complicações crônicas e (2) que existam variantes em genes relacionados à desacetilação das histonas e à metilação de citosinas que poderiam predispor ao aparecimento das complicações diabéticas, o que se constituiria na \"genética da epigenética\". OBJETIVOS: (1) caracterizar e comparar o perfil de miRNAs sérico de pacientes com diabetes mellitus tipo 1 (DM1) sem nenhuma complicação microvascular versus aqueles com três complicações microvasculares: retinopatia diabética (RD), doença renal diabética (DRD) e neuropatia diabética, para identificar vias epigeneticamente moduladas nesses dois grupos de pacientes e (2) avaliar a frequência de polimorfismos de um único nucleotídeo nos genes que codificam as enzimas DNMT1 e sirtuína-1 e suas associações com cada uma das complicações microvasculares em pacientes com DM1. MÉTODOS: O perfil sérico de 381 miRNAs foi avaliado com o uso do estojo comercial Taqman® Human MicroRNA Array A em 10 pacientes bem caracterizados clínica e laboratorialmente divididos em dois grupos: Pacientes com DM1 sem complicações [sem DRD (Clearance de creatinina > 90 ml/min/1,73 m2 e excreção urinária de albumina < 20 mg/g de creatinina), sem polineuropatia sensitivo-motora distal (ausência de sintomas sugestivos de neuropatia, sensibilidade térmica e dolorosa e reflexo aquileu normais), sem neuropatia autonômica cardiovascular (NAC) e sem RD] e Pacientes com DM1 com complicações [DRD (Clearance de creatinina < 60 ml/min/1,73 m2 e excreção urinária de albumina > 200 mg/g de creatinina), com polineuropatia sensitiva-motora distal, com NAC instalada e RD moderada ou grave]. Os cinco miRNAs mais diferencialmente expressos foram validados em uma casuística bem caracterizada de 20 pacientes com DM1 sem nenhuma complicação e 27 com todas as complicações microvasculares, com o emprego do estojo comercial TaqMan(TM) Advanced miRNA cDNA Synthesis. A avaliação da frequência de polimorfismos de um único nucleotídeo nos genes que codificam as enzimas DNMT1 (rs8112895, rs7254567, rs11085721, rs17291414, rs10854076) e sirtuína-1 (rs10997870; rs12766485) foi realizada após a genotipagem por reação em cadeia da polimerase em tempo real, em uma casuística composta por 466 pacientes com DM1. RESULTADOS: Do total de 377 miRNAs-alvo avaliados no soro dos pacientes com DM1, um total de 21 miRNAs estava superexpresso no grupo com complicações. Dos 5 miRNAs para os quais foi realizada a validação na casuística de 47 pacientes com DM1, dois foram confirmados como superexpressos na população com complicações (hsa-miR-518d-3p e hsa-miR-618). O polimorfismo rs11085721 no gene que codifica a DNMT1 associou-se à presença de NAC no sexo feminino, sendo o alelo raro C considerado de risco e conferindo um odds ratio (intervalo de confiança de 95%) de 2,44 (1,26-5,28). Nenhum polimorfismo da sirtuína-1 associou-se às complicações microvasculares avaliadas. CONCLUSÃO: o perfil de miRNAs séricos difere entre pacientes com DM1 com e sem complicações. O achado de uma variante em um gene que codifica a enzima de uma via epigenética conferir suscetibilidade a uma complicação crônica sugere que também exista a \"genética da epigenética\" modulando o desenvolvimento das complicações / INTRODUCTION: Factors associated with the etiopathogenesis of diabetic complications, including hyperglycemia and oxidative stress, may cause epigenetic changes that modify the expression of genes in target cells without altering their DNA sequence. The following mechanisms are considered epigenetics: (1) post-translational modifications of histones; (2) methylation of DNA and (3) action of micro-RNAs (miRNAs); all have already been recognized in the pathogenesis of \"metabolic memory\", a situation in which hyperglycemia exerts prolonged deleterious effects even after its normalization. Sirtuin-1 is an enzyme that causes post-translational modifications of histones by their histone deacetylase activity, silencing gene transcription. Gene silencing may also occur through the action of DNA methyltransferase 1 (DNMT1), an enzyme that adds a methyl group (CH3) at position 5 of cytosine residues located in CpG islands from gene-promoter regions. miRNAs are a class of small non-coding RNAs with about 19 to 25 nucleotides that control gene expression by promoting translation repression or degradation of target messenger RNAs. The hypotheses of the present study are (1) there is a serum profile of miRNAs associated with the presence or absence of chronic complications and (2) there are variants in genes related to histone deacetylation and cytosine methylation that could predispose to diabetes complications, which would constitute the \"genetics of epigenetics\". OBJECTIVES: (1) to characterize and compare the serum miRNA profile of patients with type 1 diabetes mellitus (T1D) without any microvascular complications versus those with three microvascular complications: diabetic retinopathy (DR), diabetic kidney disease (DKD) and diabetic neuropathy to identify signaling pathways epigenetically modulated in these two groups of patients and (2) to assess the frequency of single nucleotide polymorphisms in the genes encoding DNMT1 and sirtuin-1 and their associations with each of the microvascular complications in T1D patients. METHODS: The serum profile of 381 miRNAs was evaluated using the Taqman® Human MicroRNA Array A kit in 10 clinical and laboratory well-characterized patients divided into two groups: Patients without microvascular complications: without DKD (creatinine clearance> 90 ml/min/1.73 m2 and urinary albumin excretion < 20 mg / g creatinine), without distal sensory-motor polyneuropathy (absence of symptoms suggestive of neuropathy and normal thermal and pain sensitivity and Achilles reflex), without cardiovascular autonomic neuropathy (CAN) and without DR; and T1D patients with complications: with DKD (creatinine clearance < 60 ml / min / 1.73 m2 and urinary albumin excretion> 200 mg / g creatinine), with distal sensory-motor polyneuropathy, with CAN and with DR moderate or severe. The five most differentially expressed miRNAs were validated in a well-characterized case series of 20 patients with no complications and 27 patients with all microvascular complications using the TaqMan (TM) Advanced miRNA cDNA Synthesis kit. The evaluation of the frequency of single nucleotide polymorphisms in genes encoding the DNMT1 (rs8112895, rs7254567, rs11085721, rs1729414, rs10854076) and sirtuin-1 (rs10997870; rs12766485) was performed by genotyping using real-time polymerase chain reaction in a sample of 466 T1D patients. RESULTS: Of the total of 377 target miRNAs evaluated in the serum of T1D patients, 21 miRNAs were overexpressed in the group with complications. Of the 5 miRNAs for which validation was performed in 47 patients, two were confirmed as overexpressed in the group with complications (hsa-miR-518d-3p and hsa-miR-618). The polymorphism rs11085721 in the gene encoding DNMT1 was associated with the presence of CAN in female patients, with the minor allele C being considered of risk and conferring an odds ratio (95% confidence interval) of 2.44 (1.26 - 5.28). Polymorphisms in the gene encoding Sirtuin-1 did not associate with microvascular complications. CONCLUSION: the serum miRNA profile differs between patients with and without microvascular complications. A variant in a gene encoding a enzyme of an epigenetic pathway conferring susceptibility to a chronic complication suggests that there is also the \"genetics of epigenetics\" modulating the development of complications
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Caracterização da expressão de microRNAs em carcinoma de mama receptores hormonais positivos e HER-2 negativo / Caracterização da expressão de microRNAs em carcinoma de mama receptores hormonais positivo e HER-2 negativoMendes, Daniele Carvalho Calvano 27 January 2015 (has links)
Introdução: O câncer de mama é, em sua essência, uma doença genética. O acúmulo de alterações moleculares no genoma das células somáticas é a base para a progressão do câncer. Além de ter biologia natural mais favorável, os tumores com alta expressão de receptores de estrogênio têm terapia-alvo bem estabelecida. Apesar disso, as pacientes podem apresentar resistência medicamentosa, recidiva e óbito. Os microRNAs (miRNAs) são uma classe de pequenas moléculas não codificadoras de proteínas que regulam a expressão gênica durante a etapa de tradução. Esta regulação é feita pelo pareamento de bases com o mRNA-alvo (RNA mensageiro), resultando na supressão da tradução ou na clivagem do mRNA. Se os miRNAs têm como alvo genes supressores de tumor ou oncogenes, podem atuar como supressores tumorais ou oncogenes. OBJETIVO: avaliar a expressão de microRNAs, por PCR em tempo real, no carcinoma mamário ductal invasivo (CDI) com receptores hormonais positivos e HER-2 negativo (luminal A). MÉTODOS: Foram avaliados materiais em parafina de 33 pacientes com tumores luminal A, bem como tecido mamário histologicamente normal. Foram utilizados kit para extração de RNA de amostras fixadas e parafinadas - miRNeasy FFPE; kit para síntese de cDNA - miScript II RT; kit miScript SYBR Green PCR e miScript miRNA PCR Arrays para análise de 84 sequências de miRNA de câncer humano. Analisaram-se dados clínicos, como idade, paridade, amamentação, estado menopausal; variáveis histológicas, como tamanho do tumor, estado linfonodal, invasão linfática; características imunoistoquímicas, como expressão de Ki-67. Para a análise estatística utilizou-se o software miScript miRNA PCR Array Data Analysis, que emprega o método de quantificação relativa ??Ct. RESULTADOS: A análise comparativa dos 33 casos de CDI luminal A com os 15 casos de parênquima mamário normal revelou haver microRNAs hiperexpressos, sendo eles: miR-96-5p (fold-regulation = 9,245, p = 0,000192), miR-182-5p (fold-regulation = 6,4813, p = 0,00024), miR-21-5p (fold-regulation = 6,3129, p = 0,000001), miR- 210-3p (fold-regulation =4,3584, p =0,001002) e. miR-7-5p (fold-regulation = 4,0166, p = 0,036407). Apontou, ainda, microRNAs com hipoexpressão, a saber: miR-204-5p (Fold-regulation = -8,2104, p = 0,000000), miR-125b-5p (Fold-regulation = --6,332, p=0,000000), let-7c-5p (Fold-regulation: -4,5142, p=0,000000) e let-7e-5p (Fold-regulation = -4,059, p = 0,011625): CONCLUSÕES: CDI luminal A apresentou hiperexpressão de miR-96-5p, miR-182-5p, miR-21-5p, miR-210-3p e miR-7-5p. Apontou, ainda, hipoexpressão do miR-204-5p, miR-125b-5p, let-7c-5p e let-7e-5p, permitindo diferenciá-lo do tecido normal / INTRODUCTION: Breast cancer is a genetic disease and the accumulation of molecular alterations in the genome of somatic cells is the basis for cancer progression. Besides having a more favorable natural biology, tumors with high expression of estrogen receptor have a well established targeted therapy. Nevertheless, patients may present with resistance and eventually relapse and death. MicroRNAs (miRNAs) are a class of small non-coding protein molecules that regulate gene expression during the translation stage. This adjustment is made by base pairing with the mRNA (messenger RNA) target resulting in suppression of translation or cleavage of the mRNA. Depending on whether miRNAs target tumor suppressor genes or oncogenes, they can act as tumor suppressors or oncogenes. OBJECTIVE: evaluate the expression of microRNAs by RT-PCR in positive hormonal receptors, negative HER 2 (luminal A) invasive ductal carcinoma (IDC). METHODS: Paraffin embedded tumor material from 33 patients with luminal A IDC, and histologically normal breast tissue. Were used: Kit for RNA extraction from fixed and paraffin embedded samples - miRNeasy FFPE; cDNA synthesis kit - miScript II RT; miScript SYBR Green PCR Kit and miScript miRNA PCR Arrays for analysis of 84 miRNA sequences of human cancer. Clinical data such as age, parity, breastfeeding, menopausal status; histological variables such as tumor size, lymph node status, lymphatic invasion; immunohistochemical characteristics, such as expression of Ki-67, were evaluated. For statistical analysis the miScript miRNA PCR Array Data Analysis software, which uses the method of relative quantification ??Ct, was used. RESULTS: A comparative analysis of 33 cases of luminal A IDC with 15 cases of normal breast parenchyma defined microRNAs overexpressed, as follows: miR-96-5p (fold-regulation = 9,245, p = 0,000192), miR-182-5p (fold-regulation = 6,4813, p = 0,00024), miR-21-5p (fold-regulation = 6,3129, p = 0,000001), miR- 210-3p (fold-regulation =4,3584, p =0,001002) and miR-7-5p (fold-regulation = 4,0166, p = 0,036407). Furthermore, microRNAs with reduced expression, as follows:. miR-204-5p (Fold-regulation = -8,2104, p = 0,000000), miR-125b-5p (Fold-regulation = -6,332, p=0,000000), let-7c-5p (Fold-regulation: -4,5142, p=0,000000) and let-7e-5p (Fold-regulation = -4,059, p = 0,011625): CONCLUSION: Luminal A CDI breast cancer has shown overexpression of miR-96-5p, miR-182-5p, miR-21-5p, miR-210-3p and miR-7-5p. Also has shown,downregulation of miR-204-5p, miR-125b-5p, let-7c-5p e let-7e-5p, allowing differentiating it from normal tissue
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Expressão de microRNAs em indivíduos com infecção assintomática e com mielopatia associada ao HTLV-1/paraparesia espástica tropical (HAM/TSP) / MicroRNA expression in HTLV-1 asymptomatic carriers and in patients with HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP)Emanuela Avelar Silva Costa 20 October 2016 (has links)
Embora o vírus linfotrópico de células T humanas do tipo 1 (HTLV-1) seja reconhecido como o agente etiológico da leucemia/linfoma de células T do adulto (ATL) e da paraparesia espástica tropical/mielopatia associada ao HTLV-1 (HAM/TSP), cerca de 90% dos indivíduos infectados permanecem assintomáticos por toda a vida. Até o presente momento, os fatores associados ao desenvolvimento de doença relacionada ao HTLV-1 não foram totalmente elucidados. Sabe-se que o aumento da carga proviral e a expressão de genes virais estão envolvidos no desenvolvimento/progressão de doenças associadas ao HTLV-1. Assim, por exemplo, a proteína Tax modula genes envolvidos na patogênese da HAM/TSP e genes regulados por HBZ estimulam a proliferação de linfócitos T, induzindo a ATL. Desde a última década, diversos estudos têm demonstrado que células transformadas pelo HTLV-1 apresentam microRNAs do hospedeiro desregulados, o que poderia promover alteração na expressão de genes virais (tax e HBZ), com possível contribuição para o desenvolvimento de HAM/TSP e ATL. Diante desses indícios, o presente estudo teve como objetivos: i) quantificar a expressão de miRNAs humanos conhecidos em células T CD4+ e T CD8+ do sangue periférico de indivíduos assintomáticos infectados por HTLV-1 e de pacientes com HAM/TSP; ii) identificar padrões diferenciais de expressão de miRNAs desregulados que pudessem caracterizar os grupos de pacientes de acordo com sua condição clínica; iii) investigar associações dos padrões diferenciais de expressão de miRNAs com a carga proviral e com a expressão dos genes tax e HBZ de HTLV-1. Analisou-se o perfil de expressão de 754 miRNAs em células T CD4+ e TCD8+ infectadas por HTLV-1 em 19 indivíduos assintomáticos, 17 pacientes com HAM/TSP e 14 controles não infectados. Foram detectados 10 miRNAs diferencialmente expressos no grupo HAM, quando comparados ao grupo ASS (super-expressos: hsa-miR-133a, -148a, -211, -330, -369-5p, -486 e -889 e sub-expressos: hsa-miR-520b, -520e e -566). A expressão alterada dos hsa-miR-133a, -148a, -211, e -889 (super-expressos) e do hsa-miR-520b (sub-expresso) foi correlacionada à carga proviral e a do hsa-miR-211 (super-expresso) à expressão de tax. Além disso, ao analisar as vias canônicas geradas no estudo, identificaram-se as moléculas IL6ST, PTPN11, MAP2K5, ELK4, AKT1, BAD, FOSL1, IRAK 3, CDC42, STAT3 e CREB A como potencialmente afetadas pela expressão alterada de miRNAs no grupo HAM, quando comparado com o grupo ASS. Tais achados mostram-se úteis para o delineamento futuro de estudos longitudinais com indivíduos infectados por HTLV-1, com vistas à identificação de biomarcadores prognósticos de risco para o desenvolvimento de HAM/TSP. / Even though human lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is etiologically linked to adult T-cell leukemia (ATL) and to HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP), about 90% of infected individuals remain asymptomatic lifelong. So far, factors that are associated with development of HTLV-1-related disease have not been totally clarified. Increase in proviral load and expression of viral genes are recognized as involved in disease development and progression. For instance, the Tax protein is known to modulate genes that are involved in HAM/TSP pathogenesis and HBZ-regulated genes account for T lymphocyte proliferation that leads to ATL. In the last decade, several studies have shown that HTLV-1-transformed cells exhibit dysregulated human microRNA expression, which could result in altered viral gene expression (tax and HBZ), contributing to the development of HAM/TSP and ATL. Based on this evidence, our study aimed at: i) quantifying known human miRNA expression in CD4+ and CD8+ peripheral blood T-cells from HTLV-1 asymptomatic carriers and patients with HAM/TSP; ii) identifying distinctive dysregulated miRNA expression profiles that could distinguish patients according to their clinical status; iii) investigating associations between differential miRNA expression profiles with proviral load and with HTLV-1 tax and HBZ gene expression. We analysed the expression profile of 754 miRNAs in CD4+ e CD8+ peripheral blood T cells from 19 HTLV-1 asymptomatic carriers (AC), 17 patients with HAM/TSP (HAM) and in 14 non-infected controls. Ten differentially expressed miRNAs were found in HAM, as compared with AC (overexpressed: hsa-miR-133a, -148a, -211, -330, -369-5p, -486 and -889; and underexpressed: hsa-miR-520b, -520e and -566). Altered expression of hsa-miR-133a, -148a, -211, and -889 (overexpressed) and of hsa-miR-520b (underexpressed) was shown to be correlated with proviral load and that of hsa-miR-211 (overexpressed) with tax expression. Moreover, analysing the miRNA canonical pathways generated in this study, we identified IL6ST, PTPN11, MAP2K5, ELK4, AKT1, BAD, FOSL1, IRAK 3, CDC42, STAT3 and CREB A as molecules that are potentially affected by altered miRNA expression in HAM, as compared to AC. Our findings are useful for the future design of longitudinal studies of HTLV-1 infected cohorts, aiming at the recognition of prognostic biomarkers of risk for the development of HAM/TSP
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Análise de miRNAs envolvidos na regulação da MMP9 e consequências no processo de invasão celular do adenocarcinoma da próstata: estudo in vivo e in vitro / Analysis of miRNAs involved in the regulation of MMP9 and its consequences to cell invasion of prostate cancer: in vivo and in vitro studyIvanovic, Renato Fidelis 05 October 2018 (has links)
INTRODUÇÃO: A propensão do CaP em gerar metástases decorre de mecanismos moleculares específicos em um processo composto por múltiplas etapas, sendo que o remodelamento do meio extracelular através de ações de enzimas proteolíticas denominadas metaloproteinases da matriz (MMP) é uma etapa fundamental. As MMP degradam vários componentes da matriz extracelular, sendo que seu controle pode ser exercido por outras proteínas denominadas TIMPs. Em nível gênico, outro controle pode ser exercido por moléculas chamadas microRNAs. OBJETIVO: O objetivo deste estudo é avaliar a regulação da MMP-9 por miRNAs. A partir de dados da literatura identificamos que a MMP-9 pode sofrer influência do miR-21 e 338-3p. MÉTODOS: Para os experimentos in vitro, linhagens celulares de CaP (DU145, PC3 e LNCaP) foram transfectadas com os miRNAs de interesse e a expressão de MMP-9 foi avaliada por reação em cadeia de polimerase quantitativa com transcriptase reversa (qRT-PCR). O sobrenadante da transfecção foi usado para ensaios de invasão com matrigel, e ELISA. Nos experimentos in vivo, células da linhagem PC-3-luc foram implantadas no subcutâneo de camundongos Balb-c nude e tratadas com injeções de anti-miR-21, miR-338-3p ou a combinação de ambos. RESULTADOS: O miR-21 aumentou expressão de MMP-9 em 72% na PC3. Houve maior invasão celular tanto na PC3 como DU145. In vivo, o bloqueio do miR-21 reduziu em 10% a expressão de MMP-9 nos tumores implantados (p=0,04). O miR-338-3p reduziu a expressão de MMP-9 em 53% na PC3 (p=0,001), 31% na LnCaP (p=0,23) e 24% na DU145 (p=0,16). No ensaio de invasão, menor número de células e colônias foram capazes de invadir a membrana de matrigel. In vivo, houve redução de 27% na expressão de MMP-9 nos camundongos tratados com o miR-338-3p (p=0,07). A combinação anti-miR-21+miR-338-3p reduz a expressão de MMP-9 em maior intensidade tanto in vitro como in vivo. CONCLUSÕES: A expressão de MMP-9 pode ser regulada pelo miR-21 e miR-338-3p. O primeiro se comporta como um oncomiR ao passo que o segundo como um supressor tumoral. A combinação de miRNAs é uma estratégia plausível para ampliar o efeito sobre expressão de genes de interesse / INTRODUCTION: The propensity of CaP to generate metastases results from specific molecular mechanisms in a multiphase process and the remodeling of the extracellular medium through the actions of proteolytic enzymes called matrix metalloproteinases (MMP) is a fundamental step. MMPs degrade several components of the extracellular matrix, and their control can be exerted by other proteins called TIMPs. At the gene level, another control can be exerted by molecules called microRNAs. OBJECTIVE: The objective of this study is to evaluate the regulation of MMP-9 by miRNAs. From literature data we have identified that MMP-9 may be influenced by miR-21 and 338-3p. METHODS: For in vitro experiments, CaP cell lines (DU145, PC3 and LNCaP) were transfected with the miRNAs of interest and the expression of MMP-9 was assessed by quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR). The transfection supernatant was used for matrigel and ELISA invasion assays. For the in vivo experiments, PC3-luc cells were implanted into the subcutaneous Balb-c nude mice and treated with anti-miR-21, miR-338-3p injections or the combination of both. RESULTS: The miR-21 increased MMP-9 expression by 72% in PC3. There was greater cell invasion in both PC3 and DU145. In vivo, miR-21 blockade reduced MMP-9 expression by 10% in implanted tumors (p = 0.04). MiR-338-3p reduced MMP-9 expression by 53% in PC3 (p = 0.001), 31% in LNCaP (p = 0.23), and 24% in DU145 (p = 0.16). In the invasion assay, fewer cells and colonies were able to invade the matrigel membrane. In vivo, there was a 27% reduction in MMP-9 expression in mice treated with miR-338-3p (p = 0.07). The combination of anti-miR-21 + miR-338-3p reduces MMP-9 expression in greater intensity both in vitro and in vivo. CONCLUSIONS: MMP-9 expression can be regulated by miR-21 and miR-338-3p. The former behaves as an oncomyR while the second as a tumor suppressor. The combination of miRNAs is a plausible strategy to extend the effect on gene expression of interest
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Identificação de fatores epigenéticos associados às complicações crônicas em portadores de diabetes mellitus tipo1 / Identification of epigenetic factors associated with chronic complications in patients with type 1 diabetes mellitusDaniele Pereira dos Santos Bezerra 26 April 2018 (has links)
INTRODUÇÃO: Fatores associados à etiopatogenia das complicações diabéticas, incluindo hiperglicemia e estresse oxidativo, podem causar alterações epigenéticas que modificam a expressão de genes em células-alvo, sem alterar sua sequência de DNA. São considerados mecanismos epigenéticos: (1) as modificações pós-traducionais das histonas; (2) a metilação do DNA e (3) a ação dos micro-RNAs (miRNAs); todos já foram reconhecidos na patogênese da \"memória metabólica\", situação na qual a hiperglicemia continua a exercer efeitos deletérios prolongados mesmo depois de ser normalizada. A sirtuína-1 é uma enzima que causa modificações pós-traducionais das histonas por sua atividade de histona desacetilase, silenciando a transcrição gênica. O silenciamento gênico também pode ocorrer pela ação da DNA metiltransferase 1 (DNMT1), enzima que adiciona um grupamento metil (CH3) na posição 5 de resíduos de citosina localizadas em ilhas CpG presentes nas regiões promotoras dos genes. Os miRNAs constituem uma classe de pequenos RNAs não codificadores com cerca de 19 a 25 nucleotídeos que controlam a expressão gênica por meio da repressão da tradução ou da degradação do RNA mensageiro-alvo. As hipóteses do presente estudo são (1) que exista um perfil sérico de miRNAs associado à presença ou ausência de complicações crônicas e (2) que existam variantes em genes relacionados à desacetilação das histonas e à metilação de citosinas que poderiam predispor ao aparecimento das complicações diabéticas, o que se constituiria na \"genética da epigenética\". OBJETIVOS: (1) caracterizar e comparar o perfil de miRNAs sérico de pacientes com diabetes mellitus tipo 1 (DM1) sem nenhuma complicação microvascular versus aqueles com três complicações microvasculares: retinopatia diabética (RD), doença renal diabética (DRD) e neuropatia diabética, para identificar vias epigeneticamente moduladas nesses dois grupos de pacientes e (2) avaliar a frequência de polimorfismos de um único nucleotídeo nos genes que codificam as enzimas DNMT1 e sirtuína-1 e suas associações com cada uma das complicações microvasculares em pacientes com DM1. MÉTODOS: O perfil sérico de 381 miRNAs foi avaliado com o uso do estojo comercial Taqman® Human MicroRNA Array A em 10 pacientes bem caracterizados clínica e laboratorialmente divididos em dois grupos: Pacientes com DM1 sem complicações [sem DRD (Clearance de creatinina > 90 ml/min/1,73 m2 e excreção urinária de albumina < 20 mg/g de creatinina), sem polineuropatia sensitivo-motora distal (ausência de sintomas sugestivos de neuropatia, sensibilidade térmica e dolorosa e reflexo aquileu normais), sem neuropatia autonômica cardiovascular (NAC) e sem RD] e Pacientes com DM1 com complicações [DRD (Clearance de creatinina < 60 ml/min/1,73 m2 e excreção urinária de albumina > 200 mg/g de creatinina), com polineuropatia sensitiva-motora distal, com NAC instalada e RD moderada ou grave]. Os cinco miRNAs mais diferencialmente expressos foram validados em uma casuística bem caracterizada de 20 pacientes com DM1 sem nenhuma complicação e 27 com todas as complicações microvasculares, com o emprego do estojo comercial TaqMan(TM) Advanced miRNA cDNA Synthesis. A avaliação da frequência de polimorfismos de um único nucleotídeo nos genes que codificam as enzimas DNMT1 (rs8112895, rs7254567, rs11085721, rs17291414, rs10854076) e sirtuína-1 (rs10997870; rs12766485) foi realizada após a genotipagem por reação em cadeia da polimerase em tempo real, em uma casuística composta por 466 pacientes com DM1. RESULTADOS: Do total de 377 miRNAs-alvo avaliados no soro dos pacientes com DM1, um total de 21 miRNAs estava superexpresso no grupo com complicações. Dos 5 miRNAs para os quais foi realizada a validação na casuística de 47 pacientes com DM1, dois foram confirmados como superexpressos na população com complicações (hsa-miR-518d-3p e hsa-miR-618). O polimorfismo rs11085721 no gene que codifica a DNMT1 associou-se à presença de NAC no sexo feminino, sendo o alelo raro C considerado de risco e conferindo um odds ratio (intervalo de confiança de 95%) de 2,44 (1,26-5,28). Nenhum polimorfismo da sirtuína-1 associou-se às complicações microvasculares avaliadas. CONCLUSÃO: o perfil de miRNAs séricos difere entre pacientes com DM1 com e sem complicações. O achado de uma variante em um gene que codifica a enzima de uma via epigenética conferir suscetibilidade a uma complicação crônica sugere que também exista a \"genética da epigenética\" modulando o desenvolvimento das complicações / INTRODUCTION: Factors associated with the etiopathogenesis of diabetic complications, including hyperglycemia and oxidative stress, may cause epigenetic changes that modify the expression of genes in target cells without altering their DNA sequence. The following mechanisms are considered epigenetics: (1) post-translational modifications of histones; (2) methylation of DNA and (3) action of micro-RNAs (miRNAs); all have already been recognized in the pathogenesis of \"metabolic memory\", a situation in which hyperglycemia exerts prolonged deleterious effects even after its normalization. Sirtuin-1 is an enzyme that causes post-translational modifications of histones by their histone deacetylase activity, silencing gene transcription. Gene silencing may also occur through the action of DNA methyltransferase 1 (DNMT1), an enzyme that adds a methyl group (CH3) at position 5 of cytosine residues located in CpG islands from gene-promoter regions. miRNAs are a class of small non-coding RNAs with about 19 to 25 nucleotides that control gene expression by promoting translation repression or degradation of target messenger RNAs. The hypotheses of the present study are (1) there is a serum profile of miRNAs associated with the presence or absence of chronic complications and (2) there are variants in genes related to histone deacetylation and cytosine methylation that could predispose to diabetes complications, which would constitute the \"genetics of epigenetics\". OBJECTIVES: (1) to characterize and compare the serum miRNA profile of patients with type 1 diabetes mellitus (T1D) without any microvascular complications versus those with three microvascular complications: diabetic retinopathy (DR), diabetic kidney disease (DKD) and diabetic neuropathy to identify signaling pathways epigenetically modulated in these two groups of patients and (2) to assess the frequency of single nucleotide polymorphisms in the genes encoding DNMT1 and sirtuin-1 and their associations with each of the microvascular complications in T1D patients. METHODS: The serum profile of 381 miRNAs was evaluated using the Taqman® Human MicroRNA Array A kit in 10 clinical and laboratory well-characterized patients divided into two groups: Patients without microvascular complications: without DKD (creatinine clearance> 90 ml/min/1.73 m2 and urinary albumin excretion < 20 mg / g creatinine), without distal sensory-motor polyneuropathy (absence of symptoms suggestive of neuropathy and normal thermal and pain sensitivity and Achilles reflex), without cardiovascular autonomic neuropathy (CAN) and without DR; and T1D patients with complications: with DKD (creatinine clearance < 60 ml / min / 1.73 m2 and urinary albumin excretion> 200 mg / g creatinine), with distal sensory-motor polyneuropathy, with CAN and with DR moderate or severe. The five most differentially expressed miRNAs were validated in a well-characterized case series of 20 patients with no complications and 27 patients with all microvascular complications using the TaqMan (TM) Advanced miRNA cDNA Synthesis kit. The evaluation of the frequency of single nucleotide polymorphisms in genes encoding the DNMT1 (rs8112895, rs7254567, rs11085721, rs1729414, rs10854076) and sirtuin-1 (rs10997870; rs12766485) was performed by genotyping using real-time polymerase chain reaction in a sample of 466 T1D patients. RESULTS: Of the total of 377 target miRNAs evaluated in the serum of T1D patients, 21 miRNAs were overexpressed in the group with complications. Of the 5 miRNAs for which validation was performed in 47 patients, two were confirmed as overexpressed in the group with complications (hsa-miR-518d-3p and hsa-miR-618). The polymorphism rs11085721 in the gene encoding DNMT1 was associated with the presence of CAN in female patients, with the minor allele C being considered of risk and conferring an odds ratio (95% confidence interval) of 2.44 (1.26 - 5.28). Polymorphisms in the gene encoding Sirtuin-1 did not associate with microvascular complications. CONCLUSION: the serum miRNA profile differs between patients with and without microvascular complications. A variant in a gene encoding a enzyme of an epigenetic pathway conferring susceptibility to a chronic complication suggests that there is also the \"genetics of epigenetics\" modulating the development of complications
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Análise de proteínas cuja expressão é controlada por miRNA e relacionada à progressão do adenocarcinoma de próstata por imuno-histoquimica em tissue microarray / Analysis of proteins whose expression is controlled by miRNA and related to the progression of prostate adenocarcinoma by immunohistochemistry on tissue microarrayLuciana Maria Sevo Timoszczuk 24 October 2012 (has links)
Introdução: O Câncer de Próstata (CaP) é o tumor mais comum do homem e a segunda causa de óbito por câncer no Brasil. MicroRNA (miRNA) é uma classe de pequenos RNA regulatórios não codificantes de proteínas que tem papel fundamental no controle da expressão dos genes. São responsáveis pelo controle de processos fundamentais na célula e estão envolvidos na tumorigênese em humanos. Previamente demonstramos alterações no perfil de expressão dos miRNA 100, let7c e 218 comparando carcinomas localizados e metastáticos. A caracterização de perfis de expressão de suas proteínas alvo no CaP é crucial para a compreensão dos processos envolvidos na carcinogênese, dando-nos a oportunidade do descobrimento de novos marcadores diagnósticos, prognósticos e mais importante identificação de alvos para o desenvolvimento de terapias inovadoras. Objetivo: Analisar a expressão das proteínas controladas pelo miR-let7c (Ras, c-Myc e Bub1), miR-100 (Smarca5 e Retinoblastoma) e miR-218 (Laminina 5 3) e a atividade proliferativa (Ki-67) no câncer de próstata com a técnica de imuno-histoquímica utilizando microarranjos teciduais representativos de CaP localizado e suas metástases linfonodais e ósseas. Correlacionar os níveis de expressão dos miRNA com suas proteínas alvo. Analisar a expressão dos miRNA, proteínas e atividade proliferativa com os fatores prognósticos do câncer de próstata e com a evolução da doença. Material e Métodos: A imunoexpressão de Smarca5, Retinoblastoma, Laminina, Ras, c- Myc, Bub1 e Ki-67 foi avaliada através de IH pela técnica de microarranjo tecidual caracterizando três estágios do CaP, sendo 112 casos de CaP localizado, 19 metástases linfonodais e 28 metástases ósseas. As imagens obtidas foram submetidas a um software de análise de imagem digital MacBiophotonics ImageJ do National Institutes of Health, EUA, onde a intensidade de luminescência foi quantificada densitometricamente. O perfil de expressão dos miR-let7c, 100 e 218 foi analisado utilizando o bloco de parafina de 61 pacientes dos 112 pacientes com carcinoma localizado, que foram submetidos a analise protéica por IH. O processamento dos miRNA envolveu três etapas: extração do miRNA com kit específico, geração do DNA complementar e amplificação do miRNA por PCR quantitativo em tempo real (qRT-PCR) cujo controle endógeno foi RNU-43 (Applied Biosystems). Os resultados foram analisados usando o método 2-CT. Como controle, utilizamos amostras de tecido com hiperplasia prostática benigna (HPB). Avaliamos a relação entre a expressão dos miRNA e suas proteínas alvo, com o escore de Gleason, estadiamento patológico e evolução da doença considerando recidiva bioquímica, níveis de PSA>0,4 ng/mL, em uma média de seguimento de 77,5 meses. A análise estatística foi realizada através do software SPSS 19.0, utilizamos o test T de Student, Mann-Whitney, Kruskal-Wallis e qui-quadrado. O valor de p foi considerado estatisticamente significante quando inferior na 0,05 em todos os cálculos. Resultados: Observamos uma diminuição de expressão de Ras (p=0,017) e Laminina (p<0,0001) conforme a progressão tumoral do CaP localizado a metástase linfonodal e óssea. Houve um aumento de expressão de Rb (p=0,0361) e aumento da atividade proliferativa avaliada pelo Ki- 67 (p<0,0001). Encontramos ainda uma tendência a relação entre a positividade de expressão de c-Myc com estadiamento patológico pT3 (p=0,070). Todos os miRNA se mostraram superexpressos no CaP localizado. Laminina apresentou uma média de intensidade de expressão maior quanto maior a expressão de miR-218 (p=0,038). Porém os demais miRNA não apresentaram relação de expressão com suas proteínas alvo. Também não houve relação entre a expressão de miRNA e expressão das proteínas por IH com a recidiva bioquímica. Conclusões: Apesar de confirmarmos os nossos achados de superexpressão dos miRNA 100, let7c e 218 no CaP localizado, não houve correlação entre esses e a imunoexpressão de suas proteínas alvo. Demonstramos que houve alteração de imunoexpressão de Ras, Laminina 5 3, Retinoblastoma e Ki-67 de acordo com a progressão tumoral no CaP. E uma maior expressão de c-Myc por IH mostrou uma significância tendência a relacionar-se com tumores não confinados estadiados pT3 / Introduction: Prostate cancer (PCa) is the most common tumor in men and the second leading cause of cancer death in men in Brazil. MicroRNA (miRNA) is a class of small non-coding RNA that plays a key role in the control of gene expression. They are responsible for the control of key processes in the cell and are involved in tumorigenesis in humans. Previously, we demonstrated alterations in the expression profile of miRNA 100, 218 and let7c comparing localized and metastatic carcinomas. The characterization of expression profiles of their target proteins in PCa is crucial to understanding the processes involved in carcinogenesis, giving us the opportunity to discover new diagnostic or prognostic markers, and most importantly to find new targets for the development of innovative therapies. Objective: To analyze the expression of proteins controlled by miR-let7c (Ras, c- Myc and Bub1), miR-100 (Smarca5 and Retinoblastoma) and miR- 218 (Laminin 5 3) and proliferative activity (Ki-67) in prostate cancer with immunohistochemistry using tissue microarrays representing localized PCa, lymph node and bone metastases. To correlate the expression levels of miRNAs with their target proteins. To analyze the expression of miRNAs, proteins and proliferative activity with prognostic factors of prostate cancer and disease progression. Methods: The immunoexpression of Smarca5, Retinoblastoma, Laminin, Ras, c-Myc, Bub1 and Ki-67 was evaluated by IHC by tissue microarray technique featuring three stages of PCa, with 112 cases of localized PCa, 19 lymph node metastases and 28 bone metastases. The images obtained from IHC were submitted to analysis using the digital image software MacBiophotonics ImageJ from the National Institutes of Health, USA, where the intensity of luminescence was quantified densitometrically. We studied the expression profile of the miRNAs in the paraffin blocks of 61 patients out of the 112 patients with localized carcinoma, who underwent protein analysis by IHC. The processing of miRNA involved three steps: extraction of miRNA, generation of complementary DNA and amplification of the miRNA by quantitative real time PCR (qRT-PCR). To analyze the data we used a control endogenous RNU-43. The results were analyzed using the 2-CT formula. As control, we used the tissue from five patients with benign prostate hyperplasia (BPH) submitted to surgery. The relationship between the expression of miRNAs and their target proteins were analyzed as well as their expression with Gleason score, pathological stage and disease progression considered as PSA>0.4 ng/mL in a mean follow-up of 77.5 months. The statistical analysis was performed using SPSS 19.0 software, we used the Student t test, Mann-Whitney test, Kruskal- Wallis and chi-square. The value was considered statistically significant when p0.05. Results: There was a decrease in the expression of Ras (p=0.017) and Laminin (p<0.0001) according to PCa progression from localized to lymph node and bone metastases. There was an increase in the expression of Retinoblastoma (p=0.0361) and an increase in proliferative activity assessed by Ki-67 (p<0.0001). We also found a relationship between the positivity of c-Myc expression with pT3 staged tumors (p=0.070). All miRNAs showed overexpression in PCa samples. Laminin showed a higher expression together with higher expression of miR-218 (p=0.038). The other miRNAs did not show a relationship with protein expression by IHC. There was no correlation between the expression of miRNAs and protein expression by IHC with biochemical recurrence. Conclusions: Although our findings confirm the overexpression of miR-100, 218 and let7c in localized PCa, there was no correlation between their expression and the protein of their target using immunohistochemistry. We demonstrated that there was a change in immunostatining of Ras, Laminin 5 3, Retinoblastoma and Ki- 67 according to tumor progression. The increased expression of c- Myc per IHC showed a significant tendency to relate to tumor unconfined staged pT3
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