Submitted by SABRINA DONATONI AGOSTINHO null (sabrina.donatoni@hotmail.com) on 2017-07-26T14:40:51Z No. of bitstreams: 1 Tese de Doutorado_Sabrina_Donatoni_Agostinho.pdf: 2538319 bytes, checksum: b8bb2190fe90d366ff57f185bdec8b6a (MD5) / Approved for entry into archive by Luiz Galeffi (luizgaleffi@gmail.com) on 2017-07-26T19:14:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 agostinho_sd_dr_jabo.pdf: 2538319 bytes, checksum: b8bb2190fe90d366ff57f185bdec8b6a (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-26T19:14:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 agostinho_sd_dr_jabo.pdf: 2538319 bytes, checksum: b8bb2190fe90d366ff57f185bdec8b6a (MD5) Previous issue date: 2017-06-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Periodontite e desgaste dentário excessivo são as duas enfermidades orais que mais comumente afetam a dentição de ovinos. De etiologias multifatoriais, são responsáveis por grandes perdas econômicas em diversas regiões do mundo, decorrentes das dificuldades na preensão e mastigação dos alimentos e na ruminação. A periodontite ovina é caracterizada por inflamação gengival e formação de bolsa periodontal, além de perda precoce da unidade dental. O desgaste dentário é a perda gradual e irreversível de estruturas dos dentes, pelo contato físico repetitivo ou por agente químico. O presente estudo teve como objetivos relatar a ocorrência de periodontite e desgaste excessivo da unidade dental, bem como avaliar a presença de biofilme supragengival, em ovelhas em fase reprodutiva. A ocorrência de lesão periodontal, avaliada pela recessão gengival, foi observada em 58% das 129 ovelhas examinadas, das quais 16% apresentaram lesão nos incisivos e 53% nos dentes mastigatórios. Todos os animais avaliados apresentaram algum grau de biofilme aderido à superfície dos dentes, representando um importante fator de risco para o desenvolvimento de periodontite. O desgaste da coroa dental foi observado em 100% dos dentes mastigatórios e 88% dos incisivos, em graus variados. Em estudo complementar, para a caracterização da microbiota envolvida na periodontite ovina, foi realizado o exame da cavidade oral de 63 animais, de diferentes regiões do Brasil, sem distinção de gênero, raça e idade, e nesse universo amostral, também se avaliaram arcadas dentárias de ovinos abatidos em frigorífico com inspeção oficial. Na avaliação da microbiota presente na bolsa periodontal (n=131) e no sulco gengival (n=52) dos animais examinados, pôde-se associar a ocorrência de Fusobacterium nucleatum, Tannerella forsythia e Fusobacterium necrophorum com a periodontite ovina. Nesse contexto, o presente estudo contribuiu com informações originais sobre a coocorrência de periodontite e desgaste dentário excessivo em ovelhas utilizadas na reprodução, sugerindo que, embora de etiologias diferentes, as duas enfermidades possuem um fator de risco em comum. Através da análise qualitativa da microbiota de bolsas periodontais, foi possível sugerir alguns periodontopatógenos envolvidos na periodontite ovina e suas inter-relações simbióticas, dados fundamentais para o desenvolvimento de estratégias para profilaxia e tratamento da afecção oral. / Periodontitis and excessive tooth wear are the two oral diseases that most commonly affect the dentition of sheep. With multifactorial etiologies, they are responsible for large economic losses in several regions of the world, due to difficulties in prehension, chewing and rumination. Ovine periodontitis is characterized by gingival inflammation and periodontal pocket, in addition to early loss of the dental unit. Dental wear is the gradual and irreversible loss of tooth structures, caused by repetitive physical contact or a chemical agent. This study aimed to report the occurrence of periodontitis and excessive wear of the dental unit, as well as to evaluate the presence of supragingival biofilm, in sheep at the reproductive phase. The occurrence of periodontal lesion, evaluated by gingival recession, was observed in 58% of 129 ewes examined, which 16% had incisor lesions and 53% had cheek teeth lesions. All the evaluated animals presented some degree of biofilm adhered to the surface of the teeth, which is representing an important risk factor for the development of periodontitis. The wear of the dental crown was observed in 100% of the cheek teeth and 88% of the incisors, in varying degrees. In a complementary study, for the characterization of the microbiota involved in ovine periodontitis, the oral cavity was examined in 63 animals from different regions of Brazil, without distinction of gender, race and age, and in this sample universe, dental arches of culled ewes from official inspection abattoir were also evaluated. In the evaluation of the microbiota present in the periodontal pocket (n=131) and in gingival sulcus (n=52) of the animals examined, the presence of Fusobacterium nucleatum, Tannerella forsythia and Fusobacterium necrophorum was associated with ovine periodontitis. In this context, the present study contributed with original information about the co-occurrence of periodontitis and excessive tooth wear in sheep used in reproduction, suggesting that, although with different etiologies, the two diseases have a common risk factor. Through the qualitative analysis of the microbiota of periodontal pockets, it was possible to suggest some periodontopathogens involved in ovine periodontitis and their symbiotic interrelations, fundamental data for the development of strategies for the prophylaxis and treatment of oral disease.

La métagénomique ciblée, étude de la composition et de la diversité des communautés microbiennes présentes dans différents échantillon biologiques sur la base d'un marqueur génomique, a connu un véritable essor lors de cette dernière décennie grâce à l'arrivée du séquençage haut-débit. Faisant appel à des outils de biologie moléculaire et de bioinformatique, elle a été à l’origine de substantiels progrès dans les domaines de l’évolution et de la diversité microbienne. Cependant, de nouvelles problématiques sont apparues avec le séquençage haut-débit : la génération exponentielle de données soulève des problèmes d'analyse bioinformatique, qui doit être adaptée aux plans d'expérience et aux questions biologiques associées. Cette thèse propose des solutions d'amélioration des études de métagénomique ciblée par le développement d'outils et de méthodes innovantes, apportant une meilleure compréhension des biais d'analyse inhérents à de telles études, et une meilleure conception des plans d'expérience. Tout d'abord, une expertise du pipeline d'analyse utilisé en production sur la plate-forme PEGASE-biosciences a été menée. Cette évaluation a révélé la nécessité de mettre en place une méthode d'évaluation formelle de pipelines d'analyses de données de métagénomique ciblée, qui a été développée sur la base de données simulées et réelles, et de métriques d'évaluation adaptées. Cette méthode a été utilisée sur plusieurs pipelines d'analyse couramment utilisés par la communauté, tout comme sur de nouvelles approches d'analyse jamais utilisées dans un tel contexte. Cette évaluation a permis de mieux comprendre les biais du plan d'expérience qui peuvent affecter les résultats et les conclusions biologiques associées. Un de ces biais majeurs est le choix des amorces d'amplification de la cible ; un logiciel de design d'amorces adaptées au plan d'expérience a été spécifiquement développé pour minimiser ce biais. Enfin, des recommandations de montage de plan d'expérience et d'analyse ont été émises afin d'améliorer la robustesse des études de métagénomique ciblée. / Targeted metagenomics is the study of the composition of microbial communities in diverse biological samples, based on the sequencing of a genomic locus. This application has boomed over the last decade thanks to the democratisation of high-throughput sequencing, and has allowed substantial progress in the study of microbial evolution and diversity. However, new problems have emerged with high-throughput sequencing : the exponential generation of data must be properly analyzed with bioinformatics tools fitted to the experimental designs and associated biological questions. This dissertation provides solutions to improve targeted metagenomics studies, by the development of new tools and methods allowing a better understanding of analytical biases, and a better design of experiments. Firstly, an expert assessment of the analytical pipeline used on the PEGASE-biosciences plateform has been performed. This assessment revealed the need of a formal evaluation method of analytical pipelines used for targeted metagenomics analyses. This method has been developed with simulated and real datasets, and adequate evaluation metrics. It has been used on several analytical pipelines commonly used by the scientific community, as well as on new analytical methods which have never been used in such a context before. This evaluation allowed to better understand experimental design biases, which can affect the results and biological conclusions. One of those major biases is the design of amplification primers to target the genomic locus of interest. A primer design software, adaptable to different experimental designs, has been specifically developed to minimize this bias. Finally, analytical guidelines and experimental design recommendations have been formulated to improve targeted metagenomics studies.

Orientador: Elizeu Antonio Rossi / Banca: Iracilda Zeppone Carlos / Banca: Daniela Cardoso Umbelino Cavallini / Banca: Susana Marta Isay Saad / Banca: Elaine Cristina Pereira de Martinis / Resumo: O objetivo desse trabalho foi investigar a influência do consumo do "iogurte" de soja fermentado com Enterococcus faecium CRL 183 sobre o perfil e atividade metabólica da microbiota intestinal de animais e humanos, de maneira a evidenciar prováveis mecanismos de ação indireta na diminuição do risco de ocorrência de câncer de cólon. Os ratos foram divididos em 6 grupos (n=10): I - animais que receberam ração à base de caseína; II - animais que receberam ração à base de carne + 3 mL/kg peso corpóreo/dia do produto não fermentado; III - animais que receberam ração à base de carne + 3 mL/kg peso corpóreo/dia de E. faecium ; IV - animais que receberam apenas ração à base de carne; V - animais que receberam ração à base de carne + 3 mL/kg peso corpóreo/dia de "iogurte" de soja esterilizado; VI - animais que receberam ração à base de carne + 3 mL/kg peso corpóreo/dia do "iogurte" de soja. Os animais consumiram os diferentes produtos ("iogurte" de soja, "iogurte" de soja esterilizado, suspensão de E. faecium e produto não fermentado) durante 4 semanas do período experimental. Foram estudadas a capacidade de aderência de Enterococcus faecium CRL 183 ao cólon e de sobrevivência nas fezes de ratos, além das determinações de pH, concentração de amônia e composição da microbiota fecal. A sobrevivência desse microrganismo no trato gastrointestinal foi verificada por técnicas de isolamento e identificação a partir do cólon e das fezes dos animais que receberam este microrganismo na forma de produto fermentado ("iogurte" de soja) e cultivo puro. Para a confirmação da espécie E. faecium foi utilizada a técnica de PCR. A composição da microbiota fecal foi verificada realizando a enumeração dos seguintes grupos de bactérias: aeróbios e anaeróbios totais, Enterococcus sp, Lactobacillus spp, Bifidobacterium spp... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to investigate the effect of the consumption of soy yoghurt, fermented with Enterococcus faecium CRL 183, on composition and metabolic activity of intestinal microbiota of animals and humans, and to verify potential mechanisms involved in the anti-carcinogenic action. The rats were placed in 6 groups, distinguished by their diets: for 90 days, group I was given a standard casein-based rodent feed and groups II-VI, the beef-based feed. From the 30th day, groups II, III, V and VI also received the following products: II) unfermented soy product; III) pure suspension of E. faecium CRL 183; V) sterilized soy yoghurt; VI) soy yoghurt. The animals received the different products during 4 weeks. The capacity of E. faecium to adhere on colon and to survive gastrointestinal passage was determined by monitoring rat faecal samples and colon by microbiological and molecular analysis. Species confirmation of E. faecium was performed by PCR amplification. The composition of the faecal microbiota was determined by counting culturable bacteria in the following groups: total aerobes and anaerobes, Enterococcus spp. Enterobacteria, Clostridium spp., Bacteroides spp., Lactobacillus spp. and Bifidobacterium spp. Enzymatic activities of b-galactosidase, b-glucosidase and b-glucuronidase were verified in rat faecal samples. Nitroreductase and azoreductase activities were determined in the caecal contents of mice. The culture of E. faecium CRL 183 was tested for antimicrobial substance production by spot-on-the-lawn assay. Forty healthy adult volunteers who were between 40 and 50 years old participated of this study. The subjects consumed 100 mL/day of soy yoghurt (group F) or unfermented product (group P) during 4 weeks. In feces of volunteers enzymatic activities of bgalactosidase, b-glucosidase and b-glucuronidase were verified. The administration of soy yoghurt and pure suspension... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Isabel Cristina Boleli / Banca: Renato Luis Furlan / Banca: Luciana Thie Seki Dias / Resumo: Foram avaliados os parâmetros hematológicos de pintos submetidos à inoculação de microbiota intestinal de aves adultas poedeiras e de corte. Para isso, foi feito um experimento para testar o efeito da técnica de inoculação via esofágica. E este não afetou os parâmetros hematológicos. Num segundo experimento, foram utilizados pintos machos recém eclodidos (linhagem COBB). O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado, seguindo fatorial 3 x 4, sendo 3 tratamentos [sem inoculação (Controle), inoculação de microbiota intestinal de frangos de corte (IMIFC), inoculação de microbiota intestinal de aves de postura adultas criadas em gaiola (IMIP)] e 4 períodos (1º, 3º, 5º e 7º dia pós-inoculação). A cada período, cinco aves por tratamento foram pesadas e sacrificadas para análise dos seguintes parâmetros: contagem total de eritrócitos (RBC, x106/mm3), hemoglobina (HGB, g/dL), hematócrito (HCT, %), volume corpuscular médio (MCV, μm3), contagem total e diferencial de leucócitos e relação heterófilo:linfócito. Os dados foram submetidos à análise de variância e as médias comparadas pelo Teste de Tukey. Houve resposta temporária dos pintos que receberam inóculo independente do tipo de microbiota. Essa resposta foi observada através do aumento do RBC, HCT e HGB que durou até o 3º dia. Não ocorreu depressão do sistema imune, apenas variação da porcentagem de heterófilos e linfócitos na circulação. / Abstract: Two experiments were conducted to determine if the technique of esophageal inoculation (Experiment I) and the esophageal inoculation of intestinal microbiota evaluated of adult birds influence the haematological parameters of male broiler chicks. In experiment I, technique of inoculation had no significant effects on haematological parameters [erythrocytes (RBC), hemoglobin (HGB), hematocrit (HCT), mean corpuscular volume (MCV), counting total and differential leukocyte and the rate heterophil: lymphocyte]. In experiment II, the experimental design was entirely randomly, following factorial 3 x 4, [3 treatments: no inoculation (Control), inoculation of intestinal microbiota of broiler chickens (IIMBC), inoculation of intestinal microbiota of layer hens (IIMLH); 4 periods: 1, 3, 5 and 7 days post-inoculation]. Inoculation of intestinal microbiota caused a increase in the RBC, HCT and HGB already in the 1 st day post-inoculation. This effect remained until the 3 rd day, but only in the chicks of the treatment IIMBC. In the 3 rd day, an increase in the heterophil percentage and a reduction in the lymphocyte percentage were also observed. The results showed that inoculation of intestinal microbiota caused an immediate and temporary heamatological response. / Mestre

Orientador: Ruben Pablo Schocken-Iturrino / Banca: Clovis Wesley Oliveira de Souza / Banca: Caroline Petters Pigato de Nardi / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Antonio Carlos Paulillo / Resumo: O gênero Clostridium é amplamente distribuído na natureza, está presente no solo e conteúdo intestinal dos animais, produzem toxinas que são capazes de provocar doenças e intoxicações. O Clostridium perfringens está envolvido com prejuízos na avicultura, pois a doença (Enterite Necrotica) na maioria das vezes é subclínica, e o produtor só observa na hora do abate que a ave não ganhou o peso esperado. O controle dessa e de outras enfermidades e agentes patogênicos na avicultura de corte tem grande importância uma vez que o Brasil está entre os principais países exportadores de carne. O objetivo deste trabalho primeiramente foi pesquisar Clostridium perfringens em frangos de corte sadios, provenientes de dois grandes frigoríficos com Inspeção federal, um no Estado de São Paulo e outro no Estado de Minas Gerais. Foram obtidos 300 raspados intestinais, os quais foram semeados em Agar SPS e incubados em anaerobiose. A identificação dos tipos A, B, C, D e E de C. perfringens foi realizada mediante o emprego da PCR multiplex por amplificação dos genes codificadores das toxinas alfa, beta, épsilon e iota do mesmo. A partir das amostras positivas na PCR (37), procedeu-se o isolamento do agente. Depois de muitas tentativas, verificou-se por meio do sequenciamento da região 16S rDNA, que as colônias sulfito redutoras que estavam sendo isoladas eram Enterococcus spp, microrganismo coexistente na microbiota intestinal de frango de corte, que compete com o C. perfringens pelo crescimento das colônias no mesmo meio de cultura, ainda que este seja seletivo e diferencial para clostrídios sulfito redutores. Dessa forma, notou-se que o crescimento de colônias de enterococos interferia muito na identificação e enumeração do C. perfringens e ainda apresentavam colônias muito semelhantes às de C. perfringens nos oito meios de cultura testados. Visto isto, foram feitos alguns testes para avaliar o comportamento dos... / Abstract: Clostridium genus is widely distributed in nature and is present in soil and intestinal contents of animals, produce toxins which are capable of causing diseases and intoxication. Clostridium perfringens is involved with losses in the poultry industry, because the disease is most often subclinical, and producer only observed at the time of slaughter the bird has not gained the expected weight. The control of this and other diseases and pathogens in poultry production is very important since Brazil is among the major meat exporting countries. The aim of this study was to evaluate the presence of Clostridium perfringens in poultry coming from two large slaughter-house, one from São Paulo state and another from Minas Gerais. Were obtained 300 intestinal scraped and cecal contents, which were sown onto SPS agar and incubated anaerobically. The identification of C. perfringens types A, B, C, D and E was performed by the use of multiplex PCR. After identification of the presence of C. perfringens in 37 of 300 samples by amplification of the cpa gene, alpha toxin encoder, the isolation of pure colonies was proceeded. However, through the sequencing of 16S rDNA region, it was also found the presence of Enterococcus spp. that lives in the intestinal microbiota of poultry and disputes in growth on the same culture medium, even been selective and differential for clostridia. Thus, it was observed that colony morphology of enterococci is very similar to C. perfringens in this medium what make isolation of pure colonies difficult. Having on mind the difficulty of C. perfringens isolation under these circumstances, the PCR is an rapid and secure alternative for detection of C. perfringens and its different types, being effective for diagnostics / Doutor

Orientador: Silvana Martinez Baraldi Artoni / Banca: Otto Mack Junqueira / Banca: Lizandra Amoroso / Banca: Ricardo de Albuquerque / Banca: Karina Ferreira Duarte / Resumo: Foi realizado um estudo para verificar o efeito da inoculação in ovo de Bacillus subtilis e sua suplementação na ração durante a fase de criação, sobre as características morfológicas e morfométricas do intestino delgado, desempenho e rendimento de carcaça de frangos de corte. O estudo foi composto por dois experimentos. No primeiro foram utilizados 500 ovos férteis de frango distribuídos em cinco incubadoras horizontais. O delineamento utilizado foi em blocos casualizados, sendo cada incubadora considerada um bloco, com cinco tratamentos (Controle, NaCl, 106 UFC, 107 UFC, 108 UFC), e 100 ovos/tratamento. Aos 18 dias de incubação os ovos foram inoculados com as soluções na câmara de ar e ao eclodirem foram avaliados à quantificação e identificação de Bacillus subtilis na mucosa intestinal, taxa de eclosão de ovos de matrizes pesadas, taxa de eclosão total, mortalidade embrionária, qualidade dos pintinhos, peso ao nascer e pesos do intestino, fígado e saco de vitelo dos pintinhos machos. No segundo experimento foram incubados 2700 ovos férteis em uma incubadora CASP de estágio único. Aos 18 dias de incubação 1350 ovos foram inoculados com 107 UFC Bacillus subtilis e 1350 ovos permaneceram sem inoculação. Ao eclodirem os machos foram alojados no galpão de acordo com os tratamentos. O delineamento utilizado foi em blocos casualizados com esquema fatorial 2x2 (inoculação in ovo de Bacillus subtilis X suplementação de Bacillus subtilis na ração), com seis repetições com 35 aves cada, totalizando 840 aves. Foram analisados a morfometria do intestino delgado, os pesos do fígado, intestino e pâncreas aos um, quatro, oito, 13, 20 e 41 dias de idade, o desempenho aos 21 e 42 dias de idade, o rendimento de carcaça e cortes, e a qualidade da carne aos 42 dias de idade. A inoculação in ovo e a suplementação de Bacillus subtilis na ração promoveram melhores resultados para altura das vilosidades e ... / Abstract: A study was conducted to verify the effect of in ovo inoculation of Bacillus subtilis and feed supplementation during the creation, on the morphological and morphometric characteristics of the small intestine, performance and carcass yield of broilers. The study consisted of two experiments. In the first 500 fertile chicken eggs over five horizontal incubators were used. The experimental design was randomized blocks, each considered as a block incubator, with five treatments (control, NaCl, CFU 106, CFU 107, CFU 108), and 100 eggs/treatment. At 18 days of incubation the eggs were inoculated with the solutions in the air cell and the hatch were evaluated for quantification and identification of Bacillus subtilis in the intestinal mucosa, hatchability of fertile eggs, total rate of hatching, embryo mortality and chick quality, birth weight and weights of the intestine, liver and yolk sac of male chicks. The concentration 107 provided better results relative to hatchability and chick weight at birth. In the second experiment in 2700 fertile eggs were incubated in an incubator CASP single stage. At 18 days of incubation 1350 eggs were inoculated with 107 CFU Bacillus and 1350 eggs remained without inoculation. When the hatch in the shed males were housed according to the treatment. The design was a randomized block design with a 2x2 factorial design (in ovo inoculation of Bacillus subtilis or not X supplementation of Bacillus subtilis in the creation phase or not), with six replicates of 35 birds each, totaling 840 birds. Were analyzed the morphometry of the small intestine, the weights of the liver, intestine and pancreas at one, four, eight, 13, 20 and 41 days of age, the results at 21 and 42 days of age, performance at 21 and 42 days of age, carcass yield and cuts, and meat quality at 42 days of age. The in ovo inoculation of Bacillus subtilis and feed supplementation promoted best results for depths length of villi and crypts in ... / Doutor

Orientador: Maurício Bacci Júnior / Banca: André Rodrigues / Banca: Henrique Ferreira / Banca: Fernando Dini Andreote / Banca: Richard Ian Samuels / Resumo: As formigas da tribo Attini são conhecidas pelo hábito de cultivar fungos mutualistas (Basidiomycota) em uma variedade de materiais coletados para formar o que é chamado de jardim de fungo. Este hábito teve início há cerca de 50 milhões de anos na América do Sul e deu origem a cinco tipos de agricultura, que diferem no tipo de fungo e material coletado. As attíneas utilizam os jardins de fungos como fonte de nutrientes e enzimas, os quais são produzidos não somente pelo fungo mutualista, mas também por outros microrganismos presentes no ninho. Portanto, para as formigas e fungos terem acesso a nutrientes são necessárias associações com outros microrganismos. Estudos das comunidades microbianas associadas às formigas Attini, na maioria das vezes, estão relacionados aos jardins de fungo e objetivam explorar os mecanismos de degradação da biomassa vegetal. Informações sobre a microbiota associada ao corpo das formigas e sua função ainda são insuficientes. As attíneas dependem dos simbiontes para sua nutrição e proteção contra parasitas. Mas alguns desses microrganismos são ameaças às formigas e outros parecem ser apenas comensais. No presente trabalho, as bactérias associadas às formigas Attini Atta laevigata, Trachymyrmex urichi e Mycocepurus goeldii foram identificadas por métodos independentes de cultivo e um cenário no qual a evolução das formigas Attini é moldada pela interação com estes microrganismos foi proposto. Além disso, foi desenvolvido um protocolo de lavagem das formigas para eliminar bactérias externas e ser utilizado para amostrar os microrganismos do interior das formigas. Os resultados mostraram diferenças entre as comunidades bacterianas abrigadas pelas formigas Attini estudadas. A discriminação de bactérias internas e externas ao corpo das formigas foi possível devido à... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Ants of the Attini tribe are known for the habit of cultivating mutualistic fungi (Basidiomycota) on a variety of harvested materials to form what is called the fungus garden. This habit originated approximately 50 million years ago in South America and gave rise to five agricultural systems, which differ in the type of fungus and collected material. Attine ants utilize the fungus garden as a source of nutrients and enzymes, which are not only produced by the mutualistic fungus, but also by other microbes present in the garden. Therefore, for ants and fungi have access to these nutrients associations with other microorganisms became necessary. Studies of microbial community associated with attine ants are mostly related to the fungus gardens and aim to explore the mechanisms of plant biomass degradation. Information on the microbiota associated with the body of ants and its function are still lacking. Attine ants rely on microbial symbionts for nutrition and protection against parasites. On the other hand, some microbes threatens these ants and others appear to be only commensals. In this work, the bacteria associated with the attine ants Atta laevigata, Trachymyrmex urichi and Mycocepurus goeldii were identified by culture-independent methods and a scenario in which the evolution of attine ants is shaped by the interaction with these microorganisms has been proposed. In the present study a washing protocol was also developed to remove external bacteria, and used to sample microorganisms living inside the ants and possibly other insects. The results showed differences between the bacterial communities harbored by the attine ants studied. Discrimination of internal and external ants' body bacteria was possible due to the standardization and application of the developed washing protocol. It was observed that the... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Rosemary Adriana Chiérici Marcantonio / Banca: Cassiano Kuchenbecker Rösing / Banca: José Roberto Cortelli / Banca: Sérgio Luiz de Souza Salvador / Banca: José Eduardo Cezar Sampaio / Resumo: No presente estudo foi avaliado o efeito do controle de placa bacteriana supragengival sobre parâmetros clínicos e microbiológicos subgengivais, comparando-o em pacientes nunca fumantes (NFU) e fumantes (F). Durante esse ensaio clínico (6 meses), 25 pacientes, de cada grupo, foram examinados clinicamente, por um examinador calibrado, no momento inicial (I) e aos 30, 90 e 180 (exame final F) dias. 45 desses indivíduos contribuíram com amostras para cálculo do volume de fluido e avaliação microbiológica. As médias do percentual de sítios com IPV, ISG e SS e as médias da PS e PI (em milímetros), do volume de fluido (æl) e as médias do número de bactérias totais (Eubactéria, Eu), Porphyromonas gingivalis (Pg), Peptostreptococcus micros (Pm), Dialister pneumosintes (Dp), Actinobacillus actinomycetemcomitans (Aa) foram geradas para o indivíduo e, posteriormente, para os grupos. Dados do exame inicial e final foram comparados (teste Wald, p=0.05). Foi observado que o efeito do controle de placa bacteriano supragengival contribuiu para a redução significante de IPV (NFU- I: 91,1 e F: 8,7; FU- I: 88,5 e F: 6,4), ISG (NFU- I: 83,8 e F: 2,2; FU- I: 76,1 e F: 0,3), SS (NFU- I: 95,0 e F: 21,6; FU- I: 94,4 e F: 25,3), PS (NFU- I: 3,7 e F: 2,6; FU- I: 3,9 e F: 2,8), PI (NFU- I: 3,4 e 3.0; FU- I: 4., e F: 3,7), volume de fluido (NFU- I: 0,59 e F: 0,23; FU- I: 036 e F- 0,16) e número de Eubactérias (NFU- I: 1,09x105; F: 2,3x101; FU- I: 1,9x105; F: 1,9x101); Pg (NFU- I: 1,07x103; F: 7,0x101; FU- I: 1,4x103; F: 9,4x101); Pm (NFU- I: 2,1x105; F: 0,3x105; FU- I: 6,8x105; F: 0,5x105); Aa (NFU- I: 2,5x101; F: 1,0x101; FU- I: 1,7x101; F: 0,76x101) e Dp (NFU- I: 3,7x101; F: 0,72x101; FU- I: 9,6x101; F: 0,83x101). Ao final do estudo, pacientes fumantes apresentaram menor ISG e volume de fluido, maior PI e menor número de baterias totais...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo). / Abstract: The present study aimed to investigate the effect of a supragingival plaque control regiment and to compare this effect between never smokers (NS) and smokers (S) periodontitis patients. During the 6 months experimental period 50 patients, 25 in each group, were clinically examined by a singular calibrated examiner in the baseline (I), 30, 90 and 180 days (F). 45 individuals contributed with GCF and microbiological sampling. Mean values of the percentage of sites VPI+, MBI+, BOP, the PPD and CAL measurements (mm), GCF volume (æl) and number of the Eubacteria (Eu); Porphyromonas gingivalis (Pg), Peptostreptococcus micros (Pm), Dialister pneumosintes (Dp), Actinobacillus actinomycetemcomitans (Aa), were calculated for the individual to compose the groups means. Data from baseline and final examinations were compared (test Wald p=0.05). It could be observed that a supragingival plaque control significantly contributed to VPI NSI: 91.1 and F: 8.7; S- I: 88.5 e F: 6.4), MBI (NS- I: 83.8 e F: 2.2; S- I: 76.1 e F: 0.3), BOP (NS- I: 95.0 e F: 21.6; S- I: 94.4 e F: 25.3), PPD (NS- I: 3.7 e F: 2.6; SI: 3.9 e F: 2.8); CAL (NS- I: 3.4 e 3.0; S- I: 4.3 e F: 3.7), GCF (NS- I: 0.59e F: 0.23; S- I: 0.36 e F: 0.16) and number of Tb (NS- I: 1.09x105; F: 2.3x101; S- I: 1.9x105; F: 1.9x101); Pg (NS- I: 1.07x103; F: 7.0x101; S- I: 1.4x103; F: 9.4x101); Pm (NS- I: 2.1x105; F: 0.3x105; S- I: 6.8x105; F: 0.5x105); Aa (NS- I: 2.5x101; F: 1.0x101; S- I: 1.7x101; F: 0.76x101) and Dp (NS- I: 3.7x101; F: 0.72x101; S- I: 9.6x101; F: 0.83x101) reductions. At the end, smokers presented less marginal bleeding, CAL, GCF volume and lower numbers of Eubacteria then never smokers. It can be concluded that both never smokers and smokers periodontitis patients can benefit from a supragingival plaque control regimen, even though 30 smokers presented less marginal bleeding and less number of Eubacteria at the end. / Doutor

Orientador: Jayme Augusto de Souza Neto / Coorientador: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Luciano Andrade Moreira / Banca: João Trindade Marques / Banca: Ana Cristina Bahia Nascimento / Banca: Robson Francisco Carvalho / Resumo: Dengue é a arbovirose de maior crescimento nos últimos anos, repercutindo em impactos sociais e econômicos devido às altas taxas de morbidade e mortalidade desencadeadas pela infecção. O dengue tem como principal vetor o mosquito Aedes aegypti, distribuído em toda a faixa tropical e subtropical do planeta. Por apresentar hábito hematofágico antropofílico, rápido desenvolvimento e características comportamentais específicas, é um excelente transmissor do vírus dengue. Medidas de controle estão restritas à eliminação do mosquito vetor, uma vez que um tratamento específico ou uma vacina que previna simultaneamente a infecção pelos quatro sorotipos deste arbovírus ainda não estão disponíveis à população. Uma característica que determina a disseminação de doenças é a alta competência vetorial de seus mosquitos transmissores, que tem sido associada à fatores genéticos do mosquito bem como à microbiota intestinal do inseto. O presente estudo avaliou fatores genéticos e microbianos relacionados à competência vetorial de populações naturais de Ae. aegypti com diferenças na susceptibilidades ao vírus dengue sorotipo 4 (DENV-4). Para isso, foi avaliada a susceptibilidade à infecção pelo DENV de duas populações naturais deste inseto (Botucatu-SP e Neópolis-SE) através de ensaios de infecção e quantificação relativa por PCR em tempo real. A expressão gênica diferencial, bem como a diversidade microbiana intestinal, foi realizada através do sequenciamento de nova geração (RNA-seq e sequenciamento do gene 16S rRNA) através das plataformas Illumina HiScan™SQ e MiSeq, respectivamente. Verificamos que as populações estudadas apresentam diferenças na susceptibilidades ao DENV-4 onde Botucatu apresentou maior resistência à infecção quando comparada à Neópolis. Pela análise de expressão gênica diferencial verificamos que houve pouca modulação genica na população de Botucatu em resposta a... / Abstract: Dengue is the arbovirosis of greater growth in recent years, reflecting on social and economic impacts due to the high morbidity and mortality rates triggered by infection. Dengue has Aedes aegypti as its primary vector, which is distributed throughout tropical and subtropical regions of the planet. Due to its anthropophilic and haematophagic habit, rapid development and specific behavioral characteristics, it is an excellent dengue virus transmitter. Control measurements are restricted to eliminating the mosquito vector since neither specific treatments nor tetravalent vaccines are yet commercially available. One feature that determines the spread of the disease is the high vector competence of its vector mosquitoes, which has been associated to its genetic factors and to its gut microbiota. The present study evaluated genetic and microbial factors related to vector competence of natural populations of Ae. Aegypti with different levels of susceptibilities to dengue virus serotype 4 (DENV-4). For that, we evaluated the susceptibility to DENV-4 infection of two field collected mosquito populations (Botucatu-SP and Neópolis-SE) through infection assays and relative quantification by qPCR. Differential gene expression and gut microbial diversity analyses were performed using next-generation sequencing (RNA-seq and 16S rRNA gene sequencing) through Illumina HiScanSQ and MiSeq platforms, respectively. The populations presented different susceptibility to DENV-4, of which Botucatu showed higher resistance to infection when compared to Neópolis. Differential gene expression analysis revealed that there was little gene modulation in response to DENV infection in Botucatu, while Neópolis showed consistent modulation on several genes related to immune pathways or digestive processes. When comparing to other studies we found that the Toll immune pathway is being activated in this population after infection. However, the comparison of ... / Doutor

Orientador: Ana Maria Pires Soubhia / Co-orientador: Elerson Gaetti Jardim Júnior / Banca: Ana Cláudia Okamoto / Banca: Alvimar Lima de Castro / Banca: Diurianne Caroline Campos França / Banca: Luís Fernando Landucci / Resumo: Introdução: Os medicamentos antirretrovirais têm a finalidade de impedir a replicação viral, mantendo indiretamente a contagem de linfócitos T CD4+ estável, com isso, as infecções oportunistas diminuem, havendo melhora da qualidade de vida do indivíduo infectado pelo HIV, porém, inibidores de proteases e da transcriptase reversa também estão associados a efeitos adversos e risco de desenvolvimento de resistência medicamentosa. Além disso, ainda não está claro o efeito dessas terapias na microbiota bucal. Objetivo: O objetivo desse estudo foi investigar, em biofilme supra e subgengival de pacientes HIV positivos com diferentes condições periodontais e imunológicas, o efeito da terapia antirretroviral sobre microrganismos que podem estar associados a infecções oportunistas locais ou sistêmicas. Materiais e métodos: Foram obtidos dados sobre as condições de saúde, uso antirretrovirais e amostras de biofilme supra e subgengival de 118 pacientes HIV positivos de ambos os sexos divididos em dois grupos (usuários e não usuários de HAART). Essas amostras foram submetidas à detecção de microrganismos por PCR. Cálculos de Odds ratios foram realizados para determinar a relevância de inter-relações entre diferentes microrganismos e a significância dos parâmetros clínicos e microbiológicos foi determinada através de regressão logística multivariada. Resultados: Foram encontrados principalmente Tannerella forsythia, Campylobacter rectus, Acninomyces israelli, Staphylococcus sp, Citomegalovírus e Enterobacteriaceae nos pacientes. Treponema denticola, Fusobacterium nucleatum, Mollicutes, Actinomyces israelli e Staphylococcus sp em biofilme subgengival tiveram correlação significativa com os grupos de antirretrovirais (p < 0,05). Na comparação entre os grupos, somente Enterococcus faecalis e Pseudomonas... / Abstract: Introduction: Antiretrovirals are used in order to prevent viral replication while maintaining CD4 + T lymphocytes stable and low viral load, thus the occurrence of opportunistic infections decreases with an improvement in the quality of life of HIV-infected individual. As is known, protease inhibitors and reverse transcriptase are also associated with risk of adverse effects and development of drug resistance, however, it remains unclear the effect of these therapies on oral microbiota. Objective: The aim of this study was to investigate, in biofilm supra and subgingival in HIV - positive patients with different periodontal and immunological conditions, the effect of HAART on microorganisms that may be associated with local or systemic opportunistic infections. Materials and methods: Data on health conditions, use or nonuse of antiretroviral and biofilm samples supra and subgingival of 118 HIV - positive patients of both sexes, divided into two groups (users and nonusers of HAART), were obtained. These samples were subjected to PCR for detection of microorganisms. Odds ratio calculations were performed to determine the relevance of inter - relations between different microorganisms and the significance of clinical and microbiological parameters were determined using multivariate logistic regression. Results: Mainly T. forsythia, C. rectus, A. israelli, Staphylococcus sp and CMV were found. T denticola, F nucleatum, mollicutis, A. israelli and Staphylococcus sp in subgingival biofilm showed significant correlation (p <0.05) with antiretrovirals groups. Only E. faecalis and P. aeruginosa were significant with higher incidence in no HAART users group. Conclusion: There were no significant differences in... / Doutor