Bactérias resistentes aos antimicrobianos representam um risco, não apenas para a saúde animal, como também para a saúde pública. As bactérias comensais, como Escherichia coli, são consideradas um bom indicador do padrão de resistência de uma população microbiana, uma vez que, por residirem no intestino, estão submetidas à constante pressão de seleção resultante da administração de antimicrobianos, podendo sobreviver ao processo de abate de suínos e chegar aos consumidores. Neste sentido, os objetivos deste estudo foram: i. avaliar a frequência de resistência antimicrobiana fenotípica e a presença de grupos clonais em E. coli isoladas de fezes e carcaças suínas; ii. determinar o perfil fenotípico e genotípico de resistência aos antimicrobianos em isolados multirresistentes de E. coli provenientes de carcaças de suínos e identificar grupos clonais presentes em carcaças suínas; iii. comparar o perfil fenotípico de resistência antimicrobiana em isolados de E. coli de fezes de suínos submetidos a diferentes protocolos de administração de antimicrobianos via ração; iv. descrever o perfil da microbiota intestinal de suínos submetidos a diferentes protocolos de uso de antimicrobianos via ração. Para isto, três etapas distintas foram realizadas. Na etapa 1, dois ciclos de amostragem foram conduzidos em três matadouros-frigoríficos (A, B, C) de suínos, sendo coletado fezes depositadas no piso da pocilga de espera e suabes de superfície de carcaças na etapa de pré-resfriamento. Escherichia coli foi isolada dessas duas origens e avaliada quanto à resistência aos antimicrobianos. Além disso, 92 isolados de ambas as origens apresentando perfil de multirresistência foram submetidos à análise por Pulsed-field gel eletrophoresis (PFGE). Para a etapa 2, os isolados multirresistentes provenientes de carcaças foram submetidos a novos testes de sensibilidade antimicrobiana e de acordo com o perfil fenotípico foram pesquisados quanto aos genes de resistências e submetidos à técnica de PFGE. Em relação a etapa 3, quatro grupos de suínos que utilizavam protocolos distintos de uso de antimicrobianos via ração foram acompanhados em todas as fases zootécnicas e avaliados quanto a frequência de resistência antimicrobiana de E. coli e perfil bacteriano da microbiota intestinal através do sequenciamento de duas regiões do gene 16S rRNA. Entre os 674 isolados de E. coli da etapa 1 apenas 7,4% foram susceptíveis a todos os antimicrobianos testados. As maiores frequências de resistência foram identificadas frente à tetraciclina (85,9%), ampicilina (73,0%), sulfonamida (70,0%), florfenicol (65,0%) e ácido nalidíxico (58,9%). Do total de isolados de E. coli, 79,5% (536/674) foram classificados como multirresistentes. A análise de macro restrição (PFGE), conduzida em isolados apresentando perfis de multirresistência mais prevalentes, demonstrou que isolados de fezes e carcaças eram na maioria dos casos relacionados (similaridade ≥70%) nos três matadouros-frigoríficos. Dos isolados multirresistentes provenientes das carcaças, dez novos antimicrobianos foram testados; em relação a esses, as maiores frequências de resistências foram à cloranfenicol (86,4%), estreptomicina (65,8%) e trimetoprima (57%). Cada matadouro-frigorífico apresentou um perfil distinto de multirresistência predominante. Nos isolados submetidos à pesquisa de genes de resistência, foram detectados por ordem de frequência: strA (83,3%); aac(3)IVa (70%); tetB (70%); sul2 (60%); floR (56,6%); tetA (50%); aph(3)Ia (43,3%); sul3 (26,6%) e blaTEM (10%); três grupos de isolados relacionados (similaridade ≥ 70%) foram encontrados na análise por PFGE. Em relação à etapa 3, os grupos com diferentes protocolos de uso antimicrobianos via ração não apresentaram alteração significativa no perfil de microbiota intestinal e contagem de E. coli; entretanto, os perfis fenotípicos de resistência antimicrobiana foram distintos entre os grupos. O grupo que recebia protocolo com uso alternado de antimicrobianos de seis classes distintas apresentou maior frequência de resistência e multirresistência. De acordo com os resultados encontrados protocolos de uso continuado de antimicrobianos na criação de suínos gera uma pressão seletiva, resultando em cepas multirresistentes que podem sofrer propagação no ambiente e na cadeia de produção de alimentos. Considerando os perfis de resistência encontrados em E. coli originada de carcaças suínas e fezes, em todas as etapas deste trabalho, observou-se que essas cepas são selecionadas na granja pelo uso de antimicrobianos, chegaram ao pré-abate, disseminaram-se na linha de abate e contaminar a carcaça. O uso prudente de antimicrobianos é amplamente citado em toda a literatura científica veterinária e, conforme nossos resultados demonstraram, deve ser incluído entre as metas da suinocultura brasileira. / Bacteria resistant to antimicrobials present a hazard not only for animal health but public health too. Commensal bacteria, such as Escherichia coli, are considered a good indicator of microbial population resistance, because they live in gut and are subjected to constant pressure resulting selection of the administration of antibiotics, may survive in slaughtering process and get consumers. In this sense, the aims of this study were: i. to evaluate the frequency of antimicrobial phenotype resistance and presence of clonal groups for E. coli isolated from feces and pig carcasses; ii. to determine phenotypic profile and antimicrobial genotypic resistance in multiresistant E. coli isolated from pig carcasses and identify clonal groups present in pig carcasses; iii. to compare phenotypic profile of antimicrobial resistance in E. coli from swine feces submitted to different antimicrobial in-feed protocols; iv. to describe gut microbiota profile in pigs submitted to different antimicrobial in-feed protocols. For this, three steps were performed. In step 1, two sampling cycles were conducted in three slaughterhouses (A, B, C) of pigs being collected feces deposited in pen floor and pre-chill carcasses. Escherichia coli was isolated from these two sources and evaluated for antimicrobial resistance. In addition, 92 isolates with multidrug resistance profile were analyzed by pulsed-field gel eletrophoresis (PFGE). In step 2, isolated from carcasses and multiresistant underwent new antimicrobial susceptibility testing and in accordance with the phenotypic profile were screened for the resistance gene and PFGE. In step 3, four groups of pigs used different antimicrobial in-feed protocols were followed in all phases and evaluated frequency of antimicrobial resistance and gut bacterial profile by sequencing two regions of 16S rRNA. Among the 674 E. coli isolates from step 1 just 7.4% were susceptible to all antibiotics. The highest frequencies of resistance were: tetracycline (85.9%), ampicillin (73.0%), sulfonamide (70.0%), florfenicol (65.0%) and nalidixic acid (58.9%). Of total E. coli isolates, 79.5% (536/674) were multidrug. Macrorestriction analysis (PFGE), conducted in isolates with profiles more prevalent multidrug resistance showed that isolated from feces and carcasses were in most cases related (≥70% similarity) in the three slaughterhouses. The multiresistant isolates from carcasses, ten new antibiotics were tested, with greatest frequency in add antimicrobial resistance were: chloramphenicol (86.4%), streptomycin (65.8%) and trimethoprim (57%). Each slaughterhouse showed a distinct profile of resistance and number of resistance markers. Isolates submitted to research genes were detected in order of frequency: strA (83.3%); aac(3)IV (70%); tetB (70%); sul2 (60%); floR (56.6%); tetA (50%); aph(3)Ia (43.3%); sul3 (26.6%) and blaTEM (10%); and three related groups (similarity ≥ 70%) were formed in PFGE. For step 3, groups with different antimicrobial in-feed had no significant change in gut microbiota profile and E. coli counts; however the phenotypic profiles of antimicrobial resistance were different between the groups. The group receiving protocol with alternate use of antimicrobials six different classes showed higher frequency of resistance and multidrug resistance. According to the results, different protocols of antimicrobial in pig farming creates a selective pressure, resulting in multi-drug resistant strains that may contribute to spread environment and in food production chain. Considering the resistance profiles found in E. coli originated from swine carcasses and feces, in all stages of this work, it was observed that these strains were selected for in farm by use of antimicrobials, reached the pre-slaughter, spread in the slaughterhouse and carcasses. The concept of prudent use of antimicrobials is widely quoted in all the veterinary scientific literature and, as our results showed, it should be included among the goals of the Brazilian pig farming.

xi, 62 p. : ill. (some col.) / This dissertation describes research into microbial influences on host signaling in the zebrafish intestine. Vertebrate organisms are consistently exposed to microbes, especially on epithelial tissues that are exposed to the environment, such as the skin and the gastrointestinal tract. The close association between these tissues and microbes over time has resulted in a symbiotic state, whereby microorganisms have gained the ability to utilize vertebrate epithelia as a niche for replication and the acquisition of nutrients. These associations run the gamut from beneficial to exceedingly pathogenic and often involve complex bidirectional signaling between microbe and host. Microbial signals can interact with host cell pathways involved in a wide range of cellular processes. Here, we describe our investigations into one such pathway, the Wnt signaling pathway, and how microbial activation of Wnt signaling can translate into alterations in cell proliferation and homeostasis in the intestinal epithelium of the teleost fish Danio rerio. We report that epithelial cell proliferation in the developing zebrafish intestine is stimulated both by the presence of the resident microbiota and by activation of Wnt signaling and demonstrate that resident intestinal bacteria enhance the stability of β-catenin in intestinal epithelial cells, promoting cell proliferation in the developing vertebrate intestine. We also describe how transgenic expression of the bacterial effector protein CagA from the human gastric pathogen Helicobacter pylori is capable of causing significant overproliferation of the intestinal epithelium and adult intestinal hyperplasia, as well as significant upregulation of the Wnt target genes cyclinD1 and the zebrafish c-myc ortholog myca. We show that co-expression of CagA with a mutant allele of the β-catenin destruction complex protein Axin1 resulted in a further increase in intestinal proliferation, while co-expression of CagA with a null allele of the essential β-catenin transcriptional cofactor Tcf4 restored intestinal proliferation to wild-type levels. These results suggest that CagA activates canonical Wnt signaling downstream of the β-catenin destruction complex and upstream of Tcf4. Our studies provide in vivo evidence of Wnt pathway activation by CagA and implicate this activation in CagA-induced epithelial overproliferation, an early step in gastrointestinal cancer development. This dissertation contains both my previously published and unpublished co-authored material. / Committee in charge: Dr. Judith Eisen, Chairperson; Dr. Karen Guillemin, Advisor; Dr. Tory Herman, Member; Dr. Hui Zong, Member; Dr. Kenneth Prehoda, Outside Member

The intestine and associated bacterial microbiota have a central role the physiology and homoeostasis of the host. The understanding of how farming conditions affect the intestine and associated microbiota of fish is the high importance to counteract the potential threats to health and welfare. Thus, this thesis aims to understand the role of stressful husbandry conditions on the intestine and associated microbiota of rainbow trout and Atlantic salmon. Within this context, the role of Pediococcus acidilactici as health promoter was also investigated Chapter 3 investigated the replacement of fishmeal by different plant protein ingredients in rainbow trout. The results of this chapter revealed that the effect of P. acidilactici on the microbiota of distal intestine in rainbow trout was dependent on the ingredients of the diet. The results also showed that the FM substitution induced major changes in the intestinal microbiota. Moreover, the modulation induced by plant-based diets on the microbiota varied according to the ingredients used. Chapter 4 studied the effect of dietary oxytetracycline in the distal intestinal microbiota of rainbow trout and the role of P. acidilactici to ameliorate the impact of antibiotic therapy. Experimental groups fed the diets with oxytetracycline had substantial changes in the distal intestinal microbiota including a decrease in the bacterial diversity. P. acidilactici did not ameliorate the effect of antibiotic therapy in the intestinal microbiota. Chapter 5 used Atlantic salmon during smoltification to study the changes in the microbiota of distal intestine and the role of P. acidilactici to promote intestinal health. The results showed that bacterial communities in the mucosa differed from the digesta. Seawater transfer and P. acidilactici had significant changes in the intestinal microbiota of both mucosa and digesta. However, the modulatory effect of both factors evaluated was larger in the mucosa-associated microbiota than in the digesta-associated microbiota. Furthermore, P. acidilactici induced a significant increase in antiviral-related genes. Chapter 6 investigated the replacement of fish oil by rapeseed oil alone or combined with P. acidilactici on the intestinal health and microbiota of two intestinal regions in Atlantic salmon. Replacement of fish oil by rapeseed oil alone or in combination with P. acidilactici supplementation did not induce major changes in the intestinal health and microbiota. The bacterial communities found were significantly different between the pyloric caeca and mid-intestine. In conclusion, this thesis contributes to new knowledge regarding the effect of dietary supplementation of P. acidilactici and the impact of different potential challenging factors in the health and intestinal microbiota of farmed salmonid species.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-04-08T17:15:28Z No. of bitstreams: 1 Tese_BCM_LuisEduardoMartínezVillegas.pdf: 5786792 bytes, checksum: 41da46eaa9b4630d4ce0ce9181831739 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2016-04-08T17:21:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_BCM_LuisEduardoMartínezVillegas.pdf: 5786792 bytes, checksum: 41da46eaa9b4630d4ce0ce9181831739 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-08T17:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_BCM_LuisEduardoMartínezVillegas.pdf: 5786792 bytes, checksum: 41da46eaa9b4630d4ce0ce9181831739 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / A malária humana é uma doença provocada por parasitas do gênero Plasmodium, os quais na natureza requerem de um mosquito anofelíno para completar o seu ciclo de vida e serem transmitidos a um hospedeiro humano. Nas Américas, o Brasil tem a maior incidência de malária, sendo responsável por 41% dos casos. Com o aparecimento do sequenciamento de nova geração e das ferramentas bioinformática relacionados, grandes avanços foram alcançados em relação à montagem de genomas e transcriptomas de anofelinos, assim como na exploração de estratégias de paratransgenesis para interromper a transmissão da malária. No entanto, os vetores neotropicais da malária encontram-se longe dos vetores da África e Ásia no que refere a estes conhecimentos. Este estudo é parte de um esforço contínuo para montar o genoma do Anopheles aquasalis, um vetor neotropical da malária humana, que atualmente posiciona-se como um excelente modelo de transmissão da malária no Brasil. Em paralelo ao sequenciamento do genoma, e para maximizar os dados gerados, optamos por focar em duas tarefas pontuais e viáveis: explorar a diversidade e composição do consórcio bacteriano associado ao anofelino; assim como montar e caracterizar o genoma mitocondrial desta espécie. O sequenciamento metagenômico shotgun ̈e o programa MG-RAST foram utilizados para fazer um ̈screening ̈ das bactérias associadas à pupas de A .aquasalis criadas em laboratório. O consórcio bacteriano predito é composto por 74 gêneros contendo bactérias marinhas e bioluminescentes. No nível taxonômico de família bacteriana, identificamos 14 OTUs compartilhadas entre anofelinos americanos e africanos. Além disso, foram comparadas cinco comunidades bacterianas associadas a duas espécies de anofelinos: A. aquasalis e Anopheles gambiae. Foi identificada uma associação significativa (NPMANOVA p <0,05) entre a composição da comunidade bacteriana e o ambiente aquático laboratório ou condições semi-naturais) nas quais cada hospedeiro anofelino foi criado. Atualmente, o entendimento da filogenia do gênero Anopheles é limitado e as informações sobre o tempo de divergência de dentro da linhagem de mosquitos é escassa. Apresentamos a sequencia de 15,393 pb correspondente ao genoma mitocondrial de A. aquasalis. Quando comparado com outros mitogenomas anofelinos relevantes, observou-se alta similaridade na composição dos genomas assim como características estruturais conservadas. Através de análises Bayesianas, reconstruímos as relações filogenéticas e estimamos a data de divergência entre 22 anofelinos e outras espécies de dípteros. Descobrimos que o mais recente ancestral entre as subfamílias Nyssorhynchus e Anopheles + Cellia existiu ~ 83 milhões anos atrás (MYA). Estimou-se que A. aquasalis divergiu do complexo do Anopheles albitarisis faz ~ 28 MYA, e faz ~ 38 MYA do Anopheles darlingi. A distribuição estreita e o peculiar nicho ecológico do A. aquasalis, além de considerar a sua adaptação a ambientes larvários com água salobra fizeram nos perguntar se a sua história evolutiva deixou uma marca na arquitetura do seu genoma, assim como sobre a estrutura da comunidade bacteria na associada a este anofelino. / Human malaria is a malady caused by Plasmodium parasites, which in nature, require an anopheline mosquito to complete their life cycle and be transmitted to a human host. In the Americas, Brazil has the largest incidence of malaria, accounting for 41% of the cases. With the advent of Next Generati on Sequencing and related bioinformatics’ tools, great leaps forward were attained regarding the assembly of anopheline genomes, transcriptomes; in addition to the exploration of paratransgenesis as means to interrupt malaria transmission. Nonetheless, Neotropical malaria vectors still lag behind those from Africa and Asia on such matters. This study is part of an ongoing effort to assemble the genome of Anopheles aquasalis , a Neotropical human malaria vector currently positioned as a key malaria transmission model in Brazil. In parallel to the genome sequencing study, and to maximize the NGS sequencing data generated, we opted to focus in two punctual a nd feasible tasks: exploring the diversity and composition of this anopheline’s associated b acterial consortium; plus, assemblying and characterizing, the mitochondrial genome of this species. Shotgun metagenomic sequencing and the MG-R AST suite were used to survey the bacteria associated to laboratory reared A. aquasalis pupae. The predicted bacterial consortium is composed of 74 genera and contai ns marine and biolumines cent bacteria. At the bacterial family rank, we identified 14 OTUs shared between African and American anophelines. In addition, we compared five Anopheles associated bacterial communities from two species: A. aquasalis and Anopheles gambiae . We found a significant association (NPMANOVA p < 0.05) between the bacteria l community composition and the aquatic environment (laboratory or semi-natural conditions) in which each Anopheles host was reared. The current understanding of the Anopheles phylogeny is limited and information regarding the time of deep lineage divergences w ithin mosquitoes is scarce. Here we also present the assembled 15,393 bp mitochondrial genome of A. aquasalis . When compared with other relevant anopheline mitogenomes, high com position similarity and conserved features were observed. Through Bayesian analyses, we reconstructed the phylogenetic relationships and estimated the date of divergence between 22 anopheline and other dipteran species. We found that the most r ecent ancestor between Nyssorhynchus and Anopheles + Cellia subfamilies was extant ~83 million y ears ago. It was estimated that A. aquasalis diverged from the Anopheles albitarisis complex ~28 MYA and ~38 MYA from Anopheles darlingi . The narrow distribution and peculiar niche of A. aquasalis , plus considering its adaptation to brackish-water larval environments makes us wonder if its evolutionary history left a mark upon its genome architecture, and also on the bacterial community structure associated to it.

O objetivo deste estudo foi avaliar o efeito da mistura comercial do líquido da casca de castanha de caju e do óleo de mamona (Essential, Oligo Basics Agroind. Ltda., Cascavel, Brasil) no desempenho, na microbiota e no sistema imune de frangos de corte desafiados ou não por coccidiose. Ao total 864 pintos machos (Cobb) de um dia de idade foram distribuídos aleatoriamente em 6 tratamentos (8 boxes/tratamento e 18 pintos/box) em um desenho fatorial 3 x 2 com 3 aditivos: controle (sem aditivo), 100 ppm de monensina ou 0,15% de Essential e 2 níveis de desafio aos 14 dias de idade: não desafiados ou inoculados por gavagem com 1mL de solução contendo oocistos esporulados de E. tenella, E. acervulina e E. máxima. Os resultados foram divididos em dois artigos. Artigo 1: Na primeira semana após desafio, as aves desafiadas suplementadas com monensina apresentaram maior ganho de peso (GP), consumo de ração (CR) e melhor conversão alimentar (CA) (P <0,05), porém na segunda semana o Essential apresentou maior GP e melhor CA (P <0,05), aos 42 dias de idade, ambos os grupos não se diferiram em GP, CR, PV e foram maiores do que o controle (P <0,05). A utilização de monensina em aves desafiadas reduziu o número cópias do domínio bactéria e de E.coli (P<0,05), por sua vez, a suplementação com Essential reduziu Clostridium Cluster XIV, Clostridium perfringens e Staphylococcus aureus em relação aos demais tratamentos (P<0,05). As aves não desafiadas que receberam Essential ou monensina apresentaram menor população de C.perfringens e S. aureus (P<0,05). Artigo 2: O grupo que recebeu Essential aumentou a expressão gênica de IFN-y, IL-6 e TNF-α (P<0,05) e o grupo controle aumentou a expressão gênica de COX-2 e IL-1 em relação aos demais tratamentos (P<0,05). As aves não desafiadas que receberam monensina apresentaram maior expressão gênica de IFN-y, COX-2 e IL-1 comparadas aos demais tratamentos (P<0,05), ao contrário do grupo com Essential que reduziu a expressão gênica com exceção do TNF-α. Aos 7 e 14 dias após o desafio houve maior excreção de oocistos para o grupo controle, Essential e monensina não diferiram-se (P>0,05). Assim, o Essential melhorou o desempenho de frangos de corte infectados por coccidiose após a segunda semana do desafio e atuou como um modulador da microbiota intestinal e do sistema imune, direcionando a resposta inflamatória contra o parasita. / The objective of this study was to evaluate the effects of a commercial mixture of cashew shell liquid and castor oil (Essential, Oligo Basics Agroind. Ltda., Cascavel, Brazil) on growth performance, immunity and microbiota in broilers challenged with coccidiosis. A total of 864 one-day-old male chicks (Cobb) were randomly assigned to 6 treatments (8 pens/treatment and 18 birds/pen) in a 3 x 2 factorial design with 3 additives: control (no additive), 100 ppm of monensin, and 0.15% of Essential; and 2 challenge levels at 14 days of age: no challenge and inoculation by gavage of 1 ml of a solution containing sporulated oocysts of E. tenella, E. acervulina, and E. maxima. The results were divided into two articles. Article 1: In the first week after challenge, challenged birds supplemented with monensin showed higher LW, WG, FI and better FCR (P <0.05), but in the second week Essential presented higher WG and better FCR (P <0.05), at 42 days of age, both groups did not differ in WG, FI, and LW and were higher than the control (P <0.05). The use of monensin in challenged birds reduced the number of copies of the bacteria domain and of E.coli (P<0,05). In turn, Essential supplementation reduced Clostridium Cluster XIV, Clostridium perfringens and Staphylococcus aureus in relation to the other treatments (P<0,05). The unchallenged birds that received Essential or monensin presented a lower population of C.perfringens and S. aureus (P<0,05). In addition, Essential presented higher number of copies of Lactobacillus spp., followed by monensin and control (P <0.05). Article 2: The group that received Essential increased the gene expression of IFN-y, IL-6 e TNF-α (P<0,05) and the control group increased the gene expression of COX-2 and IL-1 in relation to the other treatments (P <0.05). The unchallenged birds that received monensin presented upregulated expression of IFN-y, COX-2 and IL-1 compared to the other treatments (P <0.05), unlike the Essential group, which reduced gene expression with the exception of TNF-α. At 7 and 14 days after the challenge there was a higher excretion of oocysts for the control group, Essential and monensin did not differ (P>0,05). Thus, Essential improved the performance of coccidiosis-infected broiler chickens after the second week of challenge, as well as acts as a modulator of intestinal flora and immune system, directing the inflammatory response against the parasite.

Made available in DSpace on 2016-04-01T17:55:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-06. Added 1 bitstream(s) on 2016-04-01T18:01:06Z : No. of bitstreams: 1 000860189.pdf: 924771 bytes, checksum: 86cbef733632ef64b946cc2d2006b9b0 (MD5) / Estudos recentes em indivíduos da espécie humana e camundongos relataram que o exercício físico pode alterar a microbiota intestinal. Evidências indicaram que essa comunidade microbiana está envolvida na homeostase do metabolismo do hospedeiro. Ademais, estudos com substâncias ergogênicas são escassos na literatura sobre a microbiota intestinal. Objetivou-se avaliar o impacto do exercício físico agudo e do condicionamento aeróbio associado a suplementação com cromo ou L-carnitina na microbiota intestinal de potras. Nosso modelo experimental utilizou potras da raça Mangalarga Machador em estágio de condicionamento físico incipiente, distribuídas em 4 grupos: Controle (sem exercício), Exercício, L-carnitina e Cromo. As potras foram submetidas a dois testes de esforço incremental e condicionadas em esteira por 42 dias na intensidade de 70-80% do limiar de lactato. Amostras fecais foram obtidas antes e 48 horas após do exercício agudo e do programa de condicionamento. As populações bacterianas foram caracterizadas pelo sequenciamento da região V4 do gene 16S rRNA por meio da plataforma Illumina MiSeq e um total de 5.224.389 de sequências foi obtido de 48 amostras. Para o total de sequências, os três filos mais abundantes foram Firmicutes (50,22%), Verrucomicrobia (15,13%), seguido por 13,80% de bactérias que não foram classificadas no nível filo. Os gêneros com maior abundância relativa foram: Clostridiales não classificados (17,06%), 5 genus incertae sedis (12,98%) e bactérias não classificadas (12,95%). Nossos resultados indicaram que a atividade física intensa e o condicionamento aeróbio podem alterar a composição e a estrutura da população bacteriana intestinal de potras. O cromo ou a L-carnitina na comparação intra grupos provocaram alterações moderadas na diversidade da microbiota fecal de potras. Entretanto, os resultados dos grupos suplementados não apresentaram alteração em... / Recent studies performed in humans and rats reported that exercise could alter the intestinal microbiota. Evidence indicated that this microbial community is involved in the metabolic homeostasis of the host. Moreover, studies about ergogenic substances are scarce in the literature on intestinal microbiota. This study aimed to assess the impact of acute exercise and aerobic conditioning, associated either with chromium or L-carnitine supplementation, on the intestinal microbiota of fillies. Twelve Mangalarga Marchador fillies in incipient fitness stage were distribuided into four groups: control (no exercise), exercise, L-carnitine and chromium. The fillies underwent two incremental exercise tests, before and after training on a treadmill for 42 days at 70-80% of the lactate threshold intensity. Fecal samples were obtained before and 48 hours after the acute exercise (incremental exercise test). Bacterial populations were characterized by sequencing the V4 region of the 16S rRNA gene using the MiSeq Illumina platform, and 5,224,389 sequences were obtained from 48 samples. The results showed that the three most abundant phyla were Firmicutes (50.22%), Verrucomicrobia (15.13%), followed by bacteria that were not classified at the phylum level (13.80%). The genera with the highest relative abundance were unclassified Clostridiales (17.06%), 5 genus incertae sedis (12.98%) and unclassified bacteria (12.95%). Our results indicated that intense physical activity and aerobic conditioning might change the composition and structure of the intestinal bacterial population in fillies. The intra-group comparison showed that chromium or L-carnitine caused moderate changes in the fecal microbiota of fillies. However, the results of the supplemented groups were not different from the exerciseonly group. Thus, further studies using a larger sampling are needed to further investigate these changes

Orientador: Prof. Dr. Cassius Carvalho Torres-Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Odontologia. Defesa: Curitiba, 2016 / Inclui referências : f. 69-79 / Área de concentração / Resumo: A anemia de Fanconi (AF) é uma síndrome genética rara caracterizada por instabilidade cromossômica e dificuldade de reparo do DNA. Pacientes com AF desenvolvem o carcinoma de células escamosas (CCE) na boca mais cedo e com maior frequência que a população em geral, especialmente após o transplante de células tronco hematopoéticas (TCTH). Embora tenha aumentado a evidência de um papel etiológico da microbiota local e o processo de carcinogênese; não existem informações sobre a microbiota bucal de pacientes com AF. O objetivo desse estudo foi explorar a microbiota salivar de 61 pacientes com AF e comparar os resultados com a condição de saúde bucal e fatores de riscos associados ao desenvolvimento do CCE. Depois de responder a um questionário e ser submetido a um exame clínico intrabucal, todos os pacientes passaram por um etapa de coleta de saliva e as amostras foram analisadas utilizando o sequenciamento do gene 16S rRNA (Região Hipervariável :V3-V4 Miseq, Illumina). O perfil microbiano associado aos parâmetros clínicos e dados retirados de prontuário médico foram analisados utilizando modelos lineares. A mediana de idade da amostra estudada foi de 22 anos e a maioria deles haviam sido submetidos ao TCTH (n=53). Os filos bacterianos mais abundantes foram Firmicutes (média da abundância relativa ± desvio padrão(DP)) (42,1% ± 10,1%) e Bacteroidetes (25,4% ± 11,4%). O histórico de doença do enxerto contra o hospedeiro (DECH) bucal (n=27) estava associada com maiores proporções de Firmicutes (43,8% x 38,5%, p = 0,05) quando comparados com os que não apresentaram DECH. Altos níveis de sangramento gengival foram associados com os genêros Prevotella (22,25% x 20%), Streptococcus (19,83% x 17,61%), Porphyromonas (3,63% x 1,42%, p = 0,03), Treponema (1,02% x 0,28%, p = 0,009), Parvimonas (0,28% x 0,07%, p = 0,02) e Dialister (0,27% x 0,10%, p = 0,04). Por fim, pacientes transplantados à mais de 11 anos mostraram níveis mais elevados de Streptococcus (18,4%), Haemophilus (12,7%) e Neisseria (6,8%). Em conclusão, pacientes com AF que apresentavam piores condições de higiene bucal abrigavam maiores proporções de gêneros de bactérias compatíveis com doença periodontal. Foram observadas diferenças microbianas específicas, na presença de longo tempo de transplante, histórico de GVHD e mucosite, bem como, na presença de lesões com potencial de malignidade. Palavras-chave: Anemia de Fanconi. Câncer bucal. Microbiota. Saliva. Bactéria. Sequenciamento de Nucleotídeos de Alto Rendimento. / Abstract: Fanconi anemia (FA) is a rare genetic disease characterized by chromosomal instability and impaired DNA damage repair. FA patients develop oral squamous cell carcinoma (OSCC) earlier and more frequently than the general population, especially after hematopoeitic stem cell transplantation (HSCT). Although evidence of an etiological role of the local microbiome and carcinogenesis has grown, no information exists regarding the oral microbiome of FA patients. The aim of this study was to explore the salivary microbiome of 61 FA patients regarding their oral health status and OSCC risk factors. After answering a questionnaire and receiving oral clinical examination, saliva samples were collected and analyzed using 16rRNA sequencing (V3-V4 hypervariable region, MiSeq, Illumina). The microbial profiles associated with medical and clinical parameters were analyzed using general linear models. Patients were young (mean age = 22 yrs old) and most of them had received HSCT (n=53). The most abundant phyla were Firmicutes (mean relative abundance ± SD) (42.1%±10.1%) and Bacteroidetes (25.4%±11.4%). A history of graft-versus-host disease (GVHD) (n=27) was associated with higher proportions of Firmicutes (43.8% x 38.5%, p=0.05). High levels of gingival bleeding were associated with the genera Prevotella (22.25% x 20%), Streptococcus (19.83% x 17.61%), Porphyromonas (3.63% x 1.42%, p=0.03), Treponema (1.02% x 0.28%, p=0.009), Parvimonas (0.28% x 0.07%, p=0.02) and Dialister (0.27% x 0.10%, p=0.04). Finally, participants transplanted longer than 11 years showed highest levels of Streptococcus (18.4%), Haemophilus (12.7%) and Neisseria (6.8%). In conclusion, FA patients with poor oral hygiene harbored higher proportions of genera of bacteria compatible with gingival disease. Specific microbial differences were observed in the presence of a history of long time since HSCT, history of oral GVHD and mucositis as well when potential malignant oral lesion was present. Keywords: Fanconi anemia. Oral cancer. Microbiome. Saliva. Bacteria. Massively-Parallel Sequencing.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:28Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-10-10Bitstream added on 2014-06-13T18:45:14Z : No. of bitstreams: 1 gomes_sc_dr_arafo.pdf: 850712 bytes, checksum: fa6f8a08cc10e339a029c7d3240d7c5f (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / No presente estudo foi avaliado o efeito do controle de placa bacteriana supragengival sobre parâmetros clínicos e microbiológicos subgengivais, comparando-o em pacientes nunca fumantes (NFU) e fumantes (F). Durante esse ensaio clínico (6 meses), 25 pacientes, de cada grupo, foram examinados clinicamente, por um examinador calibrado, no momento inicial (I) e aos 30, 90 e 180 (exame final F) dias. 45 desses indivíduos contribuíram com amostras para cálculo do volume de fluido e avaliação microbiológica. As médias do percentual de sítios com IPV, ISG e SS e as médias da PS e PI (em milímetros), do volume de fluido (æl) e as médias do número de bactérias totais (Eubactéria, Eu), Porphyromonas gingivalis (Pg), Peptostreptococcus micros (Pm), Dialister pneumosintes (Dp), Actinobacillus actinomycetemcomitans (Aa) foram geradas para o indivíduo e, posteriormente, para os grupos. Dados do exame inicial e final foram comparados (teste Wald, p=0.05). Foi observado que o efeito do controle de placa bacteriano supragengival contribuiu para a redução significante de IPV (NFU- I: 91,1 e F: 8,7; FU- I: 88,5 e F: 6,4), ISG (NFU- I: 83,8 e F: 2,2; FU- I: 76,1 e F: 0,3), SS (NFU- I: 95,0 e F: 21,6; FU- I: 94,4 e F: 25,3), PS (NFU- I: 3,7 e F: 2,6; FU- I: 3,9 e F: 2,8), PI (NFU- I: 3,4 e 3.0; FU- I: 4., e F: 3,7), volume de fluido (NFU- I: 0,59 e F: 0,23; FU- I: 036 e F- 0,16) e número de Eubactérias (NFU- I: 1,09x105; F: 2,3x101; FU- I: 1,9x105; F: 1,9x101); Pg (NFU- I: 1,07x103; F: 7,0x101; FU- I: 1,4x103; F: 9,4x101); Pm (NFU- I: 2,1x105; F: 0,3x105; FU- I: 6,8x105; F: 0,5x105); Aa (NFU- I: 2,5x101; F: 1,0x101; FU- I: 1,7x101; F: 0,76x101) e Dp (NFU- I: 3,7x101; F: 0,72x101; FU- I: 9,6x101; F: 0,83x101). Ao final do estudo, pacientes fumantes apresentaram menor ISG e volume de fluido, maior PI e menor número de baterias totais.... / The present study aimed to investigate the effect of a supragingival plaque control regiment and to compare this effect between never smokers (NS) and smokers (S) periodontitis patients. During the 6 months experimental period 50 patients, 25 in each group, were clinically examined by a singular calibrated examiner in the baseline (I), 30, 90 and 180 days (F). 45 individuals contributed with GCF and microbiological sampling. Mean values of the percentage of sites VPI+, MBI+, BOP, the PPD and CAL measurements (mm), GCF volume (æl) and number of the Eubacteria (Eu); Porphyromonas gingivalis (Pg), Peptostreptococcus micros (Pm), Dialister pneumosintes (Dp), Actinobacillus actinomycetemcomitans (Aa), were calculated for the individual to compose the groups means. Data from baseline and final examinations were compared (test Wald p=0.05). It could be observed that a supragingival plaque control significantly contributed to VPI NSI: 91.1 and F: 8.7; S- I: 88.5 e F: 6.4), MBI (NS- I: 83.8 e F: 2.2; S- I: 76.1 e F: 0.3), BOP (NS- I: 95.0 e F: 21.6; S- I: 94.4 e F: 25.3), PPD (NS- I: 3.7 e F: 2.6; SI: 3.9 e F: 2.8); CAL (NS- I: 3.4 e 3.0; S- I: 4.3 e F: 3.7), GCF (NS- I: 0.59e F: 0.23; S- I: 0.36 e F: 0.16) and number of Tb (NS- I: 1.09x105; F: 2.3x101; S- I: 1.9x105; F: 1.9x101); Pg (NS- I: 1.07x103; F: 7.0x101; S- I: 1.4x103; F: 9.4x101); Pm (NS- I: 2.1x105; F: 0.3x105; S- I: 6.8x105; F: 0.5x105); Aa (NS- I: 2.5x101; F: 1.0x101; S- I: 1.7x101; F: 0.76x101) and Dp (NS- I: 3.7x101; F: 0.72x101; S- I: 9.6x101; F: 0.83x101) reductions. At the end, smokers presented less marginal bleeding, CAL, GCF volume and lower numbers of Eubacteria then never smokers. It can be concluded that both never smokers and smokers periodontitis patients can benefit from a supragingival plaque control regimen, even though 30 smokers presented less marginal bleeding and less number of Eubacteria at the end.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:33:32Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-19Bitstream added on 2014-06-13T18:45:23Z : No. of bitstreams: 1 pascoal_laf_dr_jabo.pdf: 4325049 bytes, checksum: f0c924e1bbe52682097d3edf19366f63 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Com o objetivo de avaliar os efeitos das inclusões de celulose purificada, casca de soja e polpa cítrica, como fontes de fibra nas dietas para leitões desmamados, foram realizados 4 ensaios. No ensaio I determinou-se as digestibilidades dos nutrientes e da energia das fontes de fibra e no II, as digestibilidades das dietas contendo esses ingredientes, utilizando-se o método de coleta total de fezes. No ensaio III avaliou-se o desempenho, o tempo de trânsito, a incidência de diarréia e a imunidade humoral e no IV, as características morfofisiológicas e microbiológicas do sistema digestório. As dietas experimentais utilizadas nos ensaios II, III e IV foram: DC - dieta controle — composta principalmente por milho, farelo de soja e fonte de lactose; CEL - dieta composta principalmente por milho, farelo de soja, fonte de lactose e 1,5% de celulose purificada; CS - dieta composta principalmente por milho, farelo de soja, fonte de lactose e 3% de casca de soja e PC - dieta composta principalmente por milho, farelo de soja, fonte de lactose e 9% de polpa cítrica. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados, para controlar diferenças no peso inicial. Com base nos resultados do ensaio I, verifica-se que a polpa cítrica apresenta melhor valor nutricional, e que as fontes de fibra podem ser utilizadas com o objetivo de modular a microbiota intestinal. Nos ensaios II e III, observa-se que as inclusões de celulose purificada, casca de soja e polpa cítrica, como fontes de fibra nas dietas de leitões desmamados, nä° afetam a digestibilidade da maioria dos nutrientes e da energia, o desempenho e o tempo de trânsito das dietas no trato gastrintestinal. Entretanto, a utilização de celulose purificada promove efeito benéfico no controle da diarréia e melhora alguns parâmetros imunológicos. No ensaio IV, nota-se que a adição de fontes de fibras solúveis, como casca de soja e... / A total of 4 assays were conducted to evaluate the effect of purified cellulose, soybean hulls and citrus pulp as fiber sources in diets for weaned pigs. In assay 1 it was determined the nutrient and energy digestibilities for each source of fiber. At assay 2 it was determined the digestibilities of diets added by fibrous ingredients using total feces collection method. In assay 3 It was evaluated the performance, transit time, diarrhea incidence and humoral immunity and in assay 4 the morphophysiological and microbiological characteristics of digestive tract. The experimental diets used in the assays 2, 3 and 4 were: DC — control diet, based on corn, soybean meal and lactose source; CEL — diet based on corn, soybean meal, lactose source and 1,5% of purified cellulose; CS — diet based on corn, soybean meal, lactose source and 3% of soybean hulls; PC — diet based on corn, soybean meal, lactose source and 9% of citrus pulp. It was used a randomized block a design according to control the differences of body weight of piglets. The results of assay I citrus pulp has higher nutritional values and than those fiber sources can be used to modulate intestinal microbiota. According to results of assays II and III, purified cellulose, soybean hulls and citrus pulp as fiber sources in diets for weaned pigs do not affect nutrients and energy digestibility, performance and gastrointestinal transit time. The use of purified cellulose can reduce diarrhea incidence and promotes better results in some immunological parameters. According to assay IV, the result indicates that soluble fiber sources, as soybean hulls and citrus pulp, promote a modification on morphophysiology and microbiology of tract, suggesting an adaptation on digestive system of weaned pigs by the presence of the fiber in diets

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-30Bitstream added on 2015-05-14T16:58:44Z : No. of bitstreams: 1 000821815.pdf: 1270059 bytes, checksum: ef8d7e3254bb731ed69002da19f56d46 (MD5) / Introdução: Os medicamentos antirretrovirais têm a finalidade de impedir a replicação viral, mantendo indiretamente a contagem de linfócitos T CD4+ estável, com isso, as infecções oportunistas diminuem, havendo melhora da qualidade de vida do indivíduo infectado pelo HIV, porém, inibidores de proteases e da transcriptase reversa também estão associados a efeitos adversos e risco de desenvolvimento de resistência medicamentosa. Além disso, ainda não está claro o efeito dessas terapias na microbiota bucal. Objetivo: O objetivo desse estudo foi investigar, em biofilme supra e subgengival de pacientes HIV positivos com diferentes condições periodontais e imunológicas, o efeito da terapia antirretroviral sobre microrganismos que podem estar associados a infecções oportunistas locais ou sistêmicas. Materiais e métodos: Foram obtidos dados sobre as condições de saúde, uso antirretrovirais e amostras de biofilme supra e subgengival de 118 pacientes HIV positivos de ambos os sexos divididos em dois grupos (usuários e não usuários de HAART). Essas amostras foram submetidas à detecção de microrganismos por PCR. Cálculos de Odds ratios foram realizados para determinar a relevância de inter-relações entre diferentes microrganismos e a significância dos parâmetros clínicos e microbiológicos foi determinada através de regressão logística multivariada. Resultados: Foram encontrados principalmente Tannerella forsythia, Campylobacter rectus, Acninomyces israelli, Staphylococcus sp, Citomegalovírus e Enterobacteriaceae nos pacientes. Treponema denticola, Fusobacterium nucleatum, Mollicutes, Actinomyces israelli e Staphylococcus sp em biofilme subgengival tiveram correlação significativa com os grupos de antirretrovirais (p < 0,05). Na comparação entre os grupos, somente Enterococcus faecalis e Pseudomonas... / Introduction: Antiretrovirals are used in order to prevent viral replication while maintaining CD4 + T lymphocytes stable and low viral load, thus the occurrence of opportunistic infections decreases with an improvement in the quality of life of HIV-infected individual. As is known, protease inhibitors and reverse transcriptase are also associated with risk of adverse effects and development of drug resistance, however, it remains unclear the effect of these therapies on oral microbiota. Objective: The aim of this study was to investigate, in biofilm supra and subgingival in HIV - positive patients with different periodontal and immunological conditions, the effect of HAART on microorganisms that may be associated with local or systemic opportunistic infections. Materials and methods: Data on health conditions, use or nonuse of antiretroviral and biofilm samples supra and subgingival of 118 HIV - positive patients of both sexes, divided into two groups (users and nonusers of HAART), were obtained. These samples were subjected to PCR for detection of microorganisms. Odds ratio calculations were performed to determine the relevance of inter - relations between different microorganisms and the significance of clinical and microbiological parameters were determined using multivariate logistic regression. Results: Mainly T. forsythia, C. rectus, A. israelli, Staphylococcus sp and CMV were found. T denticola, F nucleatum, mollicutis, A. israelli and Staphylococcus sp in subgingival biofilm showed significant correlation (p <0.05) with antiretrovirals groups. Only E. faecalis and P. aeruginosa were significant with higher incidence in no HAART users group. Conclusion: There were no significant differences in...