O presente trabalho teve como objetivo avaliar o tempo necessário para que carcaças de frango de diferentes pesos (1.200 g e 2.100g), que ao sair do tanque de resfriamento se encontravam com a temperatura acima de 7ºC, alcançassem 4°C e traçar o perfil microbiológico destas, realizado através do estudo de presença e multiplicação dos indicadores: microrganismos mesófilos aeróbios, coliformes totais, coliformes termotolerantes, Escherichia coli, Staphylococcus coagulase positivo, Clostridium perfringens, Salmonella spp. e Listeria spp. a fim de auxiliar as medidas e os limites críticos de um plano APPCC para a indústria de carne de ave. A pesquisa foi realizada em um matadouro localizado no Estado do Rio Grande do Sul. No total foram coletadas aleatoriamente 100 carcaças de frangos, 50 amostras para cada peso, com temperatura acima de 7°C, na esteira na saída dos tanques de resfriamento. Todas as carcaças foram colocadas em caixa plásticas e encaminhadas à câmara de resfriamento (tempo zero). De hora em hora foi realizada a aferição de temperatura no músculo peitoral profundo de 15 unidades amostrais de cada peso. As carcaças com peso de 1.200 g levaram de 2 a 4 horas para alcançarem a temperatura de 4ºC na musculatura profunda e as carcaças com peso médio de 2.100 g, chegaram a temperatura de 4ºC entre 5 e 8 horas de resfriamento. No momento da coleta das amostras e a cada hora, foram coletadas 5 unidades amostrais, de cada grupo, para análise microbiológica, totalizando 25 amostras para carcaças de frango de 1.200 g e 43 amostras para carcaças de frango de 2.100 g. A contagem de bactérias mesófilas aeróbias não apresentou declínio significativo (P> 0,05) ao longo do tempo de resfriamento, tanto em carcaças de 1.200 g quanto nas carcaças com peso de 2.100 g. A contagem de Staphylococcus coagulase positivo manteve-se, durante todo o experimento, para os dois tipos de amostras (1.200 e 2.100 g) dentro do limite estipulado pela legislação, todos os frangos analisados apresentaram resultados menores que 2,0 log10 UFC/g. Não houve o crescimento de Clostridium perfringens em nenhuma das análises realizadas, tanto em carcaças de frango com 1.200 g quanto naquelas com 2.100g. Para coliformes totais, a queda da temperatura foi significativa no declínio da contagem microbiana somente para carcaças de 2.100g. Já para coliformes termotolerantes e E. coli foi possível identificar declínio na contagem bacteriana ao longo do tempo de resfriamento para carcaças de 1.200g e para carcaças de 2.100g (P 0,05). Foi observada a presença de Salmonella spp. e Listeria spp. em temperaturas de refrigeração. Para carcaças de 1.200g, foi isolado Salmonella spp. em uma amostra que se encontrava na temperatura de 4,6°C e, em uma amostra, para carcaças de 2.100g, que se encontrava na temperatura de 7,2°C. Listeria spp. apenas foi detectada em carcaças de 2.100g, sendo uma amostra com temperatura de 6,2°C e em 04 amostras com temperatura de 4,6°. Verificou-se correlação inversa entre temperatura da carcaça e presença do microrganismo, isto é, a detecção de Listeria spp. ocorreu quando houve a queda da temperatura, isolando-a em temperaturas de refrigeração. / The present work aimed to evaluating the time necessary for broiler meat of different weights (1.200g e 2.100g, that after chiller had the temperature over 7°C), to be raised 4°C in temperature and to perform a microbiological profile through the study of the presence of indicators (mesophilic aerobes pathogens, total coliform, thermotolerant coliform, Escherichia coli, Staphylococcus coagulase positive, Clostridium perfringens, Salmonella spp. e Listeria spp.) and their multiplication, in order to help measuring critical limits in a HACCP plan to be applied to a broiler meat industry. The research was performed in a slaughterhouse located in the State of Rio Grande do Sul, Southern Brazil. One hundred broiler carcasses were collected, being 50 samples of each weight (1.200g e 2.100g), which showed temperatures above 7°C, at the end of the chiller. All carcasses were put in plastic boxes and placed in a freezing chamber (time zero). The temperature was then measured every hour in the profound pectoral muscle of 15 samples of each weight. The carcasses weighting 1.200g took 2 to 4 hours to raise 4°C in the profound musculature while the carcasses weighting 2.100g raised 4°C in 5 to 8 hours of freezing. The counting of mesophilic microorganisms did not show any significant reduction (P>0,05) during the freezing period, for both carcasses with 1.200g and the ones with 2.100g. The counting of coagulase positive Staphylococcus maintained, during the whole experiment, within the legislation limits, with all samples showing results below 2,0 log10 UFC/g. The study did not show any growth of Clostridium perfringens in all the samples collected. Regarding total coliforms, the temperature reduction was significantly connected to the reduction of bacterial counting in carcasses with 2.100g. On the other hand, in terms of thermotolerant coliform and E. coli, it was possible to detect a reduction of bacterial counting during the freezing time in carcasses of 1.200g as well as 2.100g (P 0,05). The presence of Salmonella spp. and Listeria spp. in refrigeration temperatures were also observed. In carcasses with 1.200g, Salmonella spp. was isolated in one sample in the temperature of 4,6°C and also in carcasses with 2.100g, in one sample that was in the temperature of 7,2°C. Listeria spp. was only detected in carcasses with 2.100g in one sample with the temperature 6,2°C and in four samples with temperature 4,6°C. A negative correlation between carcass temperature and microorganism presence was detected, that is, the detection of Listeria spp. occurred at refrigeration temperatures, when the temperature was reduced.

Submitted by Leonardo Cavalcante (leo.ocavalcante@gmail.com) on 2018-07-17T18:21:26Z No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 16322215 bytes, checksum: c172a5636f12cf8195f2382f1c23de59 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-17T18:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 16322215 bytes, checksum: c172a5636f12cf8195f2382f1c23de59 (MD5) Previous issue date: 2013-02-27 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Various researches in molecular epidemiology, molecular diagnosis and evolutionary genetics related to pathogens are compared to managing large amounts of data derived from institutions such as, hospitals or laboratories. Although there already are some proposals to connect molecular information to the diagnosis of pathogens, none of them uses high performance bioinformatics tools which are embedded in a system and linked to a patient’s electronic record. The MolEpi tool has been developed as a system of data and information management addressed to public health, incorporating clinical and epidemiological information about patients, as well as molecular data of 16S rRNA sequences of pathogenic bacteria. In order to confirm which species of these bacteria were identified, biological samples (urine, secretions and purulent wounds, tracheal aspirate and blood) and subsequently incubation and growth of colonies in culture, and PCR was used followed by sequencing and analysis of the conserved coding region for 16S ribosomal RNA (rDNA). Such strategy enabled fast bacterial identification, regardless of prior knowledge of the species of microorganism under study. Moreover MolEpi is a system interconnected to repositories of specific sequences as Genbank (NCBI), RDP-II (Ribosomal Database Project - MSU) and GreenGene (LBL). In this way, once the sequences of clinical isolates are confirmed and validated, they can be used as reference in the identification of other unknown microorganisms. Thus, a local database was established, representing the profile of pathogens found in the hospital unity of study and which should be object of public health surveillance. In order to develop MolEpi, we used the Java programming language and the PostgreSQL8.3 object-relational database. It was also developed BACSearch, which has the following programs to handle the analysis of 16S rDNA sequences, we used the framework BioJava; to multiple alignment, ClustalW2, MAFFT and MUSCLE, and for editing of multiple alignment and phylogenetic analysis, the JalView2.4.0 was used. The system was validated with 200 clinical specimens isolated and identified from sites of nosocomial infection. The DNA sequences produced from these samples were subjected to BLAST by using the developed tool, which identified Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae and Morganella morganii as the main pathogens involved. Data on resistance patterns of the species were obtained in microbiology laboratory, and incorporated into the database. The application of MolEpi tool to the Health System can provide prompt and accurate diagnosis, connected to relevant network information which can be intended for health professionals. / A maioria das pesquisas em epidemiologia molecular, diagnóstico molecular e genética evolutiva são confrontadas com o gerenciamento de grandes volumes de dados. Além disso, os dados utilizados em estudos de doenças patogênicas são complexos e geralmente derivam de instituições tais como hospitais ou laboratórios. Embora já existam propostas que conecte informações moleculares ao diagnóstico de patogenias, nenhuma delas utilizam ferramentas de bioinformática de alto desempenho incorporadas a um sistema e vinculada a um prontuário eletrônico do paciente. MolEpi foi desenvolvido como um sistema de gerenciamento de dados e informações dimensionado a saúde pública, incorporando informações clínicas e epidemiológicas sobre pacientes e dados moleculares de sequências do gene rRNA 16S de bactérias patogênicas. Para identificação destas bactérias foram utilizadas amostras biológicas (urina, secreções e purulentas de feridas, aspirado traqueal e sangue) e PCR seguida de sequenciamento e análise da região conservada codificadora de RNA ribossômico (rDNA) 16S. Este estratégia permite uma identificação bacteriana rápida, independente de conhecimento prévio da espécie de microrganismo em estudo. O MolEpi é um sistema facilmente atualizável com as sequências específicas de bancos como Genbank(NCBI), RDP-II (Ribosomal Database Project - MSU) e GreenGene (LBL). A partir da confirmação e validação das sequências dos isolados clínicos, estas podem ser utilizadas como referência na identificação de outros microrganismos desconhecidos. Neste sentido, foi estabelecido um banco de dados local, representativo do perfil de patógenos encontrados na unidade hospitalar de estudo e objeto de vigilância epidemiológica. Para o desenvolvimento do MolEpi, utilizamos a linguagem Java e banco de dados PostgreSQL8.3. Foi desenvolvido também o BACSearch, que possui os seguintes programas: para o processamento de sequências de rDNA 16S utilizamos os frameworks BioJava; para alinhamento múltiplo foi implementado o ClustalW2, MAFFT e o MUSCLE e para edição do alinhamento múltiplo e análise filogenética foi utilizado JalView R⃝2.4.0b2. O sistema foi validado com 200 espécimes clínicos identificadas e isoladas de sítios de infecção hospitalar. As sequências de DNA produzidas a partir destas amostras foram submetidas ao BLAST, utilizando a ferramenta desenvolvida, identificando Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Klebsiela pneumonie e Staphylococcus aureus como os principais patógenos correspondentes. Os dados sobre o padrão de resistência das espécies foram obtidos em laboratório de microbiologia e incorporados ao banco de dados. A aplicação do MolEpi ao Sistema Único de Saúde poderá fornecer diagnósticos mais rápidos, precisos, e interligados a uma rede de informações relevantes para o profissional de saúde.

O presente trabalho teve como objetivo avaliar o tempo necessário para que carcaças de frango de diferentes pesos (1.200 g e 2.100g), que ao sair do tanque de resfriamento se encontravam com a temperatura acima de 7ºC, alcançassem 4°C e traçar o perfil microbiológico destas, realizado através do estudo de presença e multiplicação dos indicadores: microrganismos mesófilos aeróbios, coliformes totais, coliformes termotolerantes, Escherichia coli, Staphylococcus coagulase positivo, Clostridium perfringens, Salmonella spp. e Listeria spp. a fim de auxiliar as medidas e os limites críticos de um plano APPCC para a indústria de carne de ave. A pesquisa foi realizada em um matadouro localizado no Estado do Rio Grande do Sul. No total foram coletadas aleatoriamente 100 carcaças de frangos, 50 amostras para cada peso, com temperatura acima de 7°C, na esteira na saída dos tanques de resfriamento. Todas as carcaças foram colocadas em caixa plásticas e encaminhadas à câmara de resfriamento (tempo zero). De hora em hora foi realizada a aferição de temperatura no músculo peitoral profundo de 15 unidades amostrais de cada peso. As carcaças com peso de 1.200 g levaram de 2 a 4 horas para alcançarem a temperatura de 4ºC na musculatura profunda e as carcaças com peso médio de 2.100 g, chegaram a temperatura de 4ºC entre 5 e 8 horas de resfriamento. No momento da coleta das amostras e a cada hora, foram coletadas 5 unidades amostrais, de cada grupo, para análise microbiológica, totalizando 25 amostras para carcaças de frango de 1.200 g e 43 amostras para carcaças de frango de 2.100 g. A contagem de bactérias mesófilas aeróbias não apresentou declínio significativo (P> 0,05) ao longo do tempo de resfriamento, tanto em carcaças de 1.200 g quanto nas carcaças com peso de 2.100 g. A contagem de Staphylococcus coagulase positivo manteve-se, durante todo o experimento, para os dois tipos de amostras (1.200 e 2.100 g) dentro do limite estipulado pela legislação, todos os frangos analisados apresentaram resultados menores que 2,0 log10 UFC/g. Não houve o crescimento de Clostridium perfringens em nenhuma das análises realizadas, tanto em carcaças de frango com 1.200 g quanto naquelas com 2.100g. Para coliformes totais, a queda da temperatura foi significativa no declínio da contagem microbiana somente para carcaças de 2.100g. Já para coliformes termotolerantes e E. coli foi possível identificar declínio na contagem bacteriana ao longo do tempo de resfriamento para carcaças de 1.200g e para carcaças de 2.100g (P 0,05). Foi observada a presença de Salmonella spp. e Listeria spp. em temperaturas de refrigeração. Para carcaças de 1.200g, foi isolado Salmonella spp. em uma amostra que se encontrava na temperatura de 4,6°C e, em uma amostra, para carcaças de 2.100g, que se encontrava na temperatura de 7,2°C. Listeria spp. apenas foi detectada em carcaças de 2.100g, sendo uma amostra com temperatura de 6,2°C e em 04 amostras com temperatura de 4,6°. Verificou-se correlação inversa entre temperatura da carcaça e presença do microrganismo, isto é, a detecção de Listeria spp. ocorreu quando houve a queda da temperatura, isolando-a em temperaturas de refrigeração. / The present work aimed to evaluating the time necessary for broiler meat of different weights (1.200g e 2.100g, that after chiller had the temperature over 7°C), to be raised 4°C in temperature and to perform a microbiological profile through the study of the presence of indicators (mesophilic aerobes pathogens, total coliform, thermotolerant coliform, Escherichia coli, Staphylococcus coagulase positive, Clostridium perfringens, Salmonella spp. e Listeria spp.) and their multiplication, in order to help measuring critical limits in a HACCP plan to be applied to a broiler meat industry. The research was performed in a slaughterhouse located in the State of Rio Grande do Sul, Southern Brazil. One hundred broiler carcasses were collected, being 50 samples of each weight (1.200g e 2.100g), which showed temperatures above 7°C, at the end of the chiller. All carcasses were put in plastic boxes and placed in a freezing chamber (time zero). The temperature was then measured every hour in the profound pectoral muscle of 15 samples of each weight. The carcasses weighting 1.200g took 2 to 4 hours to raise 4°C in the profound musculature while the carcasses weighting 2.100g raised 4°C in 5 to 8 hours of freezing. The counting of mesophilic microorganisms did not show any significant reduction (P>0,05) during the freezing period, for both carcasses with 1.200g and the ones with 2.100g. The counting of coagulase positive Staphylococcus maintained, during the whole experiment, within the legislation limits, with all samples showing results below 2,0 log10 UFC/g. The study did not show any growth of Clostridium perfringens in all the samples collected. Regarding total coliforms, the temperature reduction was significantly connected to the reduction of bacterial counting in carcasses with 2.100g. On the other hand, in terms of thermotolerant coliform and E. coli, it was possible to detect a reduction of bacterial counting during the freezing time in carcasses of 1.200g as well as 2.100g (P 0,05). The presence of Salmonella spp. and Listeria spp. in refrigeration temperatures were also observed. In carcasses with 1.200g, Salmonella spp. was isolated in one sample in the temperature of 4,6°C and also in carcasses with 2.100g, in one sample that was in the temperature of 7,2°C. Listeria spp. was only detected in carcasses with 2.100g in one sample with the temperature 6,2°C and in four samples with temperature 4,6°C. A negative correlation between carcass temperature and microorganism presence was detected, that is, the detection of Listeria spp. occurred at refrigeration temperatures, when the temperature was reduced.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:29:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao Lorena de Almeida Ribeiro Prudente.pdf: 339298 bytes, checksum: 85271945cc6981d1e0a7a1803021dcad (MD5) Previous issue date: 2009-03-17 / The microorganisms are essential for the environment and contribute to stabilize the environments, playing a hole in the basic ecologic process such as biogeochemistry cycles and food chains, and sometimes responsible for the maintenance of the ecologic relationship between the organisms. So we have a diversity of microorganism and in consequence bioactive molecules that they produce as a result of primary and secondary metabolism, and are used by humans in many important social-economic activities, which includes the search for new medicines and new enzymes with biotechnology interest. This study analyzed different microorganisms isolated from different habitats, and the objective was select microorganisms with the capacity of inhibit the growing of pathogenic microorganisms and that produces enzymes with biotechnological applications. The isolates antimicrobial and enzymatic activities were evaluated, bioactive substances extracted and the cytotoxic activity with Artemia salina determined. The biggest part of the isolates produces substances with antimicrobial activity for the evaluated gram-positives, and none are toxic in low levels. The isolates are great producers of esterases and β-glucosidades. The isolates described in this study are from four different environments: Cerrado soil, Mata Atlântica, Azadirachta indica A. JUSS (Nim) e cave environment and are related to unique environmental conditions, the majority part of the isolates are able to produce molecules with biotechnology activity, this suggests a great microbial potential for the production of bioactive molecules that can be used in industries and medicine. Key Words: Antimicrobial activity, microorganisms, enzymes, bioactive. / Os microrganismos são essenciais para o meio ambiente e contribuem para a estabilidade de ecossistemas, participando de processos ecológicos básicos como os ciclos biogeoquímicos e cadeias alimentares, muitas vezes mantendo relações ecológicas com outros organismos. Desta forma há uma diversidade de microrganismos e conseqüentemente de moléculas bioativas que eles produzem como resultado do metabolismo primário e secundário, que têm sido amplamente utilizadas pelo homem em diversas atividades de importância sócio-econômica, que incluem a busca por novos fármacos e por enzimas de interesse biotecnológico. Este estudo analisou microrganismos isolados de diferentes habitats com o objetivo de selecionar microrganismos com habilidade de inibir o crescimento de microrganismos patogênicos e que sejam produtores de enzimas com importância biotecnológica. Os isolados tiveram sua atividade antimicrobiana e enzimática avaliadas, substâncias biotivas extraídas e a atividade citotóxica frente à Artemia salina determinada. Dos isolados avaliados a maior parte demonstrou ser produtora de substâncias com atividade antimicrobiana frente as bactérias gram-positivas avaliadas, sendo que nenhum isolado demonstrou ser tóxico em baixas concentrações. Os isolados demonstraram predomínio na produção de esterases e β-glucosidases. Embora os isolados descritos neste estudo pertençam a quatro ambientes distintos: solo de Cerrado e Mata Atlântica, Azadirachta indica A. JUSS (Nim) e ambiente cavernícola e estejam sujeitos a condições ambientais distintas, a maior parte dos isolados obtidos mostrou-se capaz de produzir substâncias com aplicações biotecnológicas, fato que sugere um grande potencial por parte dos microrganismos em produzir moléculas bioativas que possam ser empregadas na indústria e medicina.

Trichosporon spp. são patógenos oportunistas emergentes que causam alta mortalidade entre pacientes imunocomprometidos. A presente investigação teve como objetivos avaliar aspectos ecológicos relacionados à colonização humana e animal; testar 28 amostras de Trichosporon através de métodos de caracterização laboratorial clássica, detectar a atividade enzimática extracelular e avaliar a suscetibilidade desses isolados contra os antifúngicos. A expressão de melanina e glucuronoxylomanana (GXM) em parede celular foi estudada em T. asahii., Trichosporon inkin e T. asahii foram isolados da região perigenital de duas mulheres e dois tamanduás, respectivamente. Microbiologicamente, as amostras investigadas (28) apresentaram características morfológicas e fisiológicas compatíveis com as descritas na literatura. Pouca especificidade na identificação de Trichosporon spp. foi verificada em CHROMagar Candida® e API ID 32C®. O estudo da atividade de exoenzimas demonstra a relevância na produção de lipase. Não foi possível detectar a expressão de melanina em T. asahii. No entanto, GXM foi expressa por amostra-padrão e isolado clínico da mesma espécie. Embora os pontos de corte não estejam, ainda, bem estabelecidos para Trichosporon spp., os testes sugerem valores elevados de concentração inibitória mínima (CIM) para anfotericina B, fluconazol, itraconazol e cetoconazol. Voriconazol demonstrou maior eficácia contra Trichosporon spp. A maior parte das amostras apresentou resistência a caspofungina. / Trichosporon spp. are emergent opportunistic pathogens that cause high mortality among immunocompromised patients. The aim of the study was to evaluate ecological aspects related to human and animal colonization; to test 28 samples of Trichosporon spp. on classic laboratorial characterization, detection of the extracellular enzymatic activity and antifungal susceptibility (E-test®). Melanin and glucuronoxylomanan (GXM) wall expression was studied in T. asahii. Trichosporon inkin and T. asahii were isolated from perigenital area of two women and from the haircoat of two anteaters, respectively. Microbiologically, the samples studied (28) have presented morphological and physiological characteristics according to descriptions of the literature. Few specificity on identification of Trichosporon spp. was verified at CHROMagar Candida® and API ID 32C® commercial tests. The extracellular enzymatic activity showed the relevance of lipase production. The melanin wall expression was not verified in T. asahii.. On the other hand, GXM was expressed by the control and the clinical sample, both of the same specie. Though the sensibility break points were still not established for Trichosporon spp., the tests indicate high values of minimal inhibitory concentration (MIC) for amphotericin B, fluconazole, itraconazole and cetoconazole. Voriconazole showed the best results against Trichosporon spp. The most part of the samples was resistant to caspofungin.

A fauna de pequenos mamíferos e de carrapatos da Reserva Florestal do Morro Grande, Cotia, SP, foi investigada assim como microrganismos associados a eles. Coletas foram realizadas bimestralmente, e resultaram na captura de 158 pequenos mamíferos silvestres e cães, distribuídos em 126 roedores de 10 espécies, 26 marsupiais de 3 espécies, um tapiti, além de 6 cães domésticos inspecionados. Destes hospedeiros foram recolhidos 327 carrapatos de 9 espécies de 4 gêneros, e larvas de Amblyomma sp. Novos registros de hospedeiros foram acrescentados para as espécies I. aragaoi, I. loricatus, I. schulzei e de espécie morfologicamente semelhante a I. fuscipes. Simultaneamente, fizemos a pesquisa de exemplares em vida livre na vegetação por arraste e busca visual. Um total de 597 exemplares foram recolhidos e identificados, representando 9 espécies de 3 gêneros, além de larvas do gênero Amblyomma. Na sorologia por RIFI, com exceção dos cães domésticos que foram todos negativos, a soro reatividade apresentada para pequenos mamíferos silvestres sugere a circulação de cepas de Rickettsia naquela região. Dos 102 animais testados, 39 foram soro positivos e em 6 amostras nós sugerimos provável antígeno homólogo para R. bellii (3), R. rickettsii (2) e R. rhipicephali (1). Encontramos na quase totalidade dos espécimes adultos de I. aragaoi uma Rickettsia próxima à cepa endosiombionte de I. scapularis, e em uma fêmea de A. sculptum, sequências parciais do gene ompA foram similares a R. parkeri isoladas de A. triste no Brasil e na Argentina. Sequências geradas a partir de um fragmento do gene 18S rRNA de Hepatozoon sp. foram obtidas de amostras dos carrapatos I.c.f. fuscipes e I. schulzei, coletados sobre o roedor A. montensis. Outro hemoprotozoário encontrado foi um genótipo de Babesia sp. proveniente de pools de larvas e de ninfas de A. incisum, coletados em vida livre. Na investigação da presença de bactérias do gênero Coxiella, 14 amostras de diferentes espécies do gênero Amblyomma (A. aureolatum, A. brasiliense, A. incisum, A. naponense e A. sculptum) foram positivas, e as análises de homologia utilizando o marcador molecular 16S rDNA foram compatíveis com Coxiella endosimbiontes de carrapatos. / The fauna of small mammals and ticks of the reserved forest of Morro Grande (RFMG) was assessed and investigated, as well as associated infectious microorganisms. Sample collections were performed bimonthly, and resulted in 158 wild small mammals and dogs inspected, distributed in 126 rodents of 10 different species, 26 marsupials of 3 different species, a Tapiti, and also 6 domestic dogs. 327 ticks were collected from the mentioned hosts; these ticks were representatives of 9 species of 4 different genera, and Amblyomma sp. larvae. New hosts records were appended for 4 species of the genus Ixodes; I. aragaoi, I. loricatus, I. schulzei and a I. fuscipes simile species. Simultaneously, free roaming ticks were collected from the vegetation by dragging a flannel through the forest and visual search. A total of 597 ticks were collected and identified belonging to 9 species of 3 genera, as well as Amblyomma genus larvae. Serology arrays using RIFI technique were performed, and with exception of the domestic dogs that all were negative, the serum reactivity showed in the wild small mammals demonstrated the circulation of Rickettsia strains in the studied region. 39 animals of the 102 tested were positive and 6 samples had strong evidences of being homologous antigens for R. bellii (3), R. rickettsii (2), and R. rhipicephali (1). Molecular research of microorganisms in ticks showed that almost all the adult individuals of I. aragaoi were positive for a Rickettsia similar to an endosymbiont strain of I. scapularis, and in a female of A. sculptum partial sequences the gene of ompA were similar to R. parkeri isolated from A. triste in Brasil and Argentina. Sequences obtained from a fragment of the gene 18S rRNA of Hepatozoon sp. amplified from samples of the tick species I.c.f. fuscipes and I. schulzei, collected from a rodent A. montensis. Another Hemo-protozoon found was a genotype of Babesia sp. from pools of A. incisum larvae and nymphs, collected in the vegetation. For the bacteria of the genus Coxiella, 14 samples of different species of the genus Amblyomma (A. aureolatum, A. brasiliense, A. incisum, A. naponense and A. sculptum) were positive, and the similarity analyses using the 16S rDNA molecular marker were compatible with Coxiella endosymbiont of ticks.

Muitos fatores, como variações sazonais, tipos de tecido vegetal, cultivares e espécies de hospedeiro, tipo de solo, interação com microrganismos benéficos ou patógenos entre outros, afetam a estrutura e a composição da comunidade bacteriana das plantas. A introdução de plantas geneticamente modificadas (PGM) foi somada ao conjunto desses fatores, podendo acarretar efeitos diretos e indiretos sobre a comunidade bacteriana. Cana-de-açúcar é uma cultura de grande importância no Brasil; a área de cultivo está em expansão devido aos incentivos para a produção de álcool. Uma bactéria potencialmente importante para a cultura de cana-de-açúcar é a Methylobacterium, um importante endófito de diversas culturas de interesse econômico e que, em cana-de-açúcar, pode melhorar a germinação de sementes, promover um aumento do peso da planta e da área foliar, além do número de internódios. Dessa forma, o trabalho teve como objetivos: i) avaliar os efeitos da canade- açúcar transgênica resistente a insetos e a herbicida sobre a comunidade bacteriana associada; ii) avaliar se o suposto efeito causado pela cana-de-açúcar transgênica resistente a herbicida deriva diretamente do transgene ou dos tratos culturais diferenciados aos quais a planta transgênica é submetida; iii) avaliar a interação entre Methylobacterium spp. e cana-de-açúcar. Analisando a densidade bacteriana das plantas de cana-de-açúcar convencionais e transgênicas não foi possível constatar diferenças relacionadas à introdução dessas plantas. Analisando somente quanto ao manejo de ambos os experimentos, foi possível observar que diferenças em trato cultural ou manejo de plantas, decorrentes ou não da transgenia, podem influenciar a comunidade bacteriana. Por meio de ARDRA, foi possível observar distribuição diferenciada dos ribotipos com a introdução das PGMs. No experimento realizado somente com plantas transgênicas para resistência a Imazapyr, foi possível notar que, em 17 meses, a presença da planta transgênica e a aplicação do herbicida Imazapyr podem ter resultado na redução da densidade bacteriana associada à rizosfera de cana-de-açúcar. Por meio de DGGE, foi visto que o estado fisiológico da planta foi a maior fonte de variação. Novamente por meio de ARDRA, foram observados ribotipos cuja presença foi afetada pelo cultivo da planta transgênica. Esses ribotipos diferentemente distribuídos poderiam resultar em alterações na atividade bacteriana dessas plantas, uma vez que esses ribotipos podem representar grupos funcionais importantes. A colonização de Methylobacterium spp. em cana-de-açúcar foi analisada por meio de microscopia eletrônica de varredura, reisolamento e microscopia óptica de fluorescência. Foi visto que as linhagens utilizadas colonizam cana-de-açúcar, sendo que os pontos de maior colonização são os flanges cuticulares e as regiões pilosas da raiz. Outros estudos são necessários para o melhor aproveitamento dessa bactéria na cultura de cana-de-açúcar. / Many factors, such as seasonal variations, kinds of vegetal tissue, cultivares and host species, kind of soil, interaction with beneficial or pathogen microorganisms, among others, affect the structure and composition of plants bacterial community. The introduction of genetically modified plants (GMP) was added to the set of these factors, making it possible to cause direct and indirect effects on the bacterial community. Sugarcane is a very important crop in Brazil; the cultivation area is expanding due to incentives to alcohol production. A potentially important bacterium for sugar cane cultivation is the Methylobacterium, which is an important endophyte for several cultures of economic interest and which can improve seed germination in sugar cane, promote an increase of plant weight and foliar area, and also the internodes. Thus, the work had as objectives: i) to assess the effects of transgenic sugarcane resistant to insects and herbicide on the associated bacterial community; ii) to assess if the presumed effect caused by transgenic sugarcane resistant to herbicides derives directly from the transgene or differentiated cultural handlings to which the genetically modified plant is undertaken; iii) to assess the interaction between Methylobacterium ssp. and sugarcane. Analyzing the bacterial density of conventional and transgenic sugarcane plants it was not possible to see differences related to the introduction of these plants. Analyzing only in relation to the handling of both experiments, it was possible to see that differences in cultural wielding or handling of plants derived or not from transgenia can influence the bacterial community. By means of ARDRA, it was possible to see a differentiated distribution of ribotypes with the introduction of GMPs. In the experiment made only with transgenic plants for Imazapyr resistance, it was possible to see that in 17 months, the presence of the transgenic plant and the application of Imazapyr herbicide can bring result regarding the bacterial density reduction associated to sugarcane rizosphere. By means of DGGE, it was seen that the physiological status of the plant was the greatest variation source. Again, by means of ARDRA, ribotypes whose presence was affected by transgenic plant cultivation were observed. If distributed differently, these ribotypes can represent important functional groups. The Methylobacterium ssp. Colonization in sugarcane was analyzed and by means of scanning electronic microscopy, re-isolation, and fluorescence optical microscopy. It was observed that the utilized lineages colonize sugarcane being cuticle flange and perilous regions of root the highest colonization points. Other studies are needed to a better good use of this bacterium in sugarcane culture.

A indústria metal-mecânica é responsável pela síntese de um dos efluentes oleosos mais complexos e difíceis de tratamento e reuso. Esses efluentes são constituídos, entre outros poluentes, por fluidos de corte, que servem para refrigerar e lubrificar peças metálicas no sistema de usinagem. Quando esses efluentes são tratados biologicamente é importante que se faça isso com microrganismos autóctones do mesmo, pois o uso desses microrganismos (bioaumentação) tende a ser mais eficaz, uma vez que os mesmos já estão adaptados aos poluentes nele existentes. Com este propósito, o presente trabalho teve como objetivo principal o isolamento e seleção de microrganismos para remediação de um efluente metalmecânico através de tratamentos unitários em bioreator do tipo air-lift e por sistema oxidativo UV/H2O2, além do tratamento integrado com ambos os processos. No tratamento biológico foram utilizados os microrganismos autóctones do efluente estudado, além do uso do fungo Aspergillus niger como microrganismo de referência. A caracterização do efluente bruto mostrou que, em decorrência dos parâmetros determinados como, 1495 mg Pt/L de cor, DQO de 9147 mg/L, 53 mg/L de fenóis-totais, 15666 mg/L de ST, 2,5 mgO2/L de OD, 887 mg/L de O&G e fator de toxicidade crônica de 1667, o mesmo possui um alto potencial poluidor. Foram isolados, da amostra do efluente, seis possíveis tipos de fungos filamentosos. Dentre os quais, Epicoccum nigrum e Cladosporium sp, foram os que se mostraram mais eficazes para a realização do tratamento do efluente em reator do tipo air-lift. No biotratamento em reator airlift o fungo Epicoccum nigrum se mostrou mais eficaz na maioria das reduções dos parâmetros determinados (27% da DQO, 62% de fenóis-totais, 94% do H2O2, 44% da Cond. E e de 43% de O&G), já Cladosporium sp foi mais apto na redução de cor (87%). O tratamento oxidativo com sistema UV/H2O2, obteve reduções mais intensas, do que o tratamento biológico, em relação aos parâmetros de DQO (34%), H2O2 (98%) e no aumento de OD (705%) da amostra do efluente. Entretanto, foi menos eficaz nas reduções de cor (74%), fenóis-totais (24%), ST (15%) e Cond.E (34%) e atingiu um desempenho semelhante, em relação ao tratamento biológico, na redução de O&G (45%). Já o tratamento integrado do efluente por sistema UV/H2O2 seguido de tratamento biológico, propiciou uma intensificação nas reduções de todos os parâmetros avaliados pós-tratamento. Indicando assim que, o tratamento fotoquímico, antecipado ao tratamento biológico, aumentou a biodegradabilidade da amostra do efluente, facilitando desta forma a biorremediação do mesmo em reator air-lift. Entre os três sistemas de tratamento estudados (biológico, UV/H2O2 e UV/H2O2 - biológico), o processo integrado utilizando o sistema fotoquímico UV/H2O2 seguido do tratamento biológico com o fungo E. nigrum foi o mais eficaz para o efluente estudado. / The metalworking industry is responsible for one of the most complex and difficult to reuse and handling, oily effluents synthesis. These effluents are made by cutting fluids which provide refrigeration and purification of metallic pieces in the machining system. When these effluents are biologically treated is important to do this with autochthonous microorganisms, therefore the use of these microorganisms (bioaugmentation) tends to be more efficient because they are already adapted to the existing pollutants. The aim of this work was the isolation and selection of remediation microorganisms of metalworking effluent through unit processes (air-lift bioreactor and UV/H2O2 system) and also through their integration. In the biological treatment were used the autochthonous microorganisms from metalworking effluent beyond the use of Aspergillus niger as reference microorganism. The original effluent characterization presented a great pollutant potential. The value of color of the effluent was 1495 mg Pt/L, COD was 9147 mgO2/L, total phenols was 53 mg/L, total solids (TS) was 15666 mg/L, dissolved oxygen (DO) was 2.5 mgO2/L, oil and grease was 887 mg/L and chronic toxicity factor was 1667. Six possible types of filamentous fungi were isolated from the effluent sample. Among them, Epicoccum nigrum and Cladosporium sp were the most efficient in the air-lift reactor treatment. In the air-lift reactor biotreatment the fungus Epicoccum nigrum was the most efficient in the majority of the parameters reductions (of 27% COD, 62% total phenols, 94% H2O2, 44% electrical conductivity and 43% oil and grease) and Cladosporium sp was more efficient in the color reduction (87%). The oxidative treatment system (UV/H2O2) was more efficient than the biological treatment in the reductions of COD (34%) and H2O2 (98%) and increase of the DO (705%). However was less efficient in the reductions of color (74%), total phenols (24%), TS (15%) and electrical conductivity (34%) and reached a similar performance in the oil and grease reduction (45%). On the other hand, the integrated effluent treatment by UV/H2O2 system followed by biological treatment provided an intensification of reductions in all of the evaluated parameters after treatment. Indicating that the photochemistry treatment anticipated to the biological treatment increased biodegradability of the effluent sample, facilitating bioremediation in reactor air-lift. Among the three treatment systems evaluated (biological, UV/H2O2 and UV/H2O2 - biological), the integrated processes utilizing the photochemistry system UV/H2O2 followed by the biological treatment (E. nigrum) was the most efficient.

Devido aos altos teores de húmus e matéria orgânica pirolisada, os solos de Terra Preta de Índio da Amazônia (TPA) apresentam uma dinâmica diferente de outros, com hidrocarbonetos alifáticos e aromáticos em grandes quantidades. Os alcanos são os maiores constituintes da matéria orgânica do solo, pouco reativos, insolúveis e recalcitrantes, promovendo menor rendimento à produção de combustíveis fósseis e renováveis. Os hidrocarbonetos aromáticos, assim como alcanos, são encontrados no ambiente de forma natural ou introduzidos e podem ser tóxicos, mutagênicos ou carcinogênicos. O estudo das comunidades bacterianas desses locais é de interesse no entendimento da alta fertilidade destes solos e da ação do carvão na relação planta-solo-microrganismo, além de bioprospecções de novas vias metabólicas. Diversos estudos já avaliaram genes de interesse para biodegradação destes compostos na TPA, como bph (Brossi, 2014) em solo e ?-ARHDs (Germano, 2011) em solo e carvão, ambos para degradação de hidrocarbonetos aromáticos. Porém o gene alk, para degradação de alcanos, ainda não fora estudado em carvão de TPA e nenhum isolamento bacteriano deste carvão foi feito e o presente trabalho teve esta abordagem inovadora para os solos de TPA, aliando cultivo, biologia molecular e bioensaios. O carvão foi separado, diluído e plaqueado em cinco meios de cultivo, com posterior incubação microaerofílica. Ao final da obtenção dos isolados, uma seleção de singularidade de morfologia foi feita a fim de se trabalhar com riqueza de tipos bacterianos, resultando em 86 isolados. Na identificação molecular pelo gene 16S ribossomal bacteriano identificamos 24 gêneros: Burkholderia, Ralstonia, Pseudomonas, Achromobacter, Pantoea, Leclercia, Acinetobacter, Cupriavidus, Enterobacter, Variovorax, Leifsonia, Leclercia, Pantoea, Parapusiliimonas, Bordetella; Bacillus, Paenibacillus, Lysinibacillus, Brevibacillus, Rummeliibacillus; Arthrobacter, Streptomyces, Rhodoccocus; e Fibrobacterium, além de bactérias não cultivadas. Os meios GA e ES comprovaram ser um método com boa eficiência para isolamento de quantidade e variedade de bactérias do carvão, tanto aeróbias quanto anaeróbias facultativas, sendo pertencentes aos filos Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria e Bacteroidetes. Apenas 11 isolados possuem o gene alk. Observamos que 53,49% de isolados foram positivos para a degradação de 0,05% de fenantreno; 70,93% foram positivos para a degradação de 8% de óleo diesel; e 88,37% foram positivos para degradação de 0,05% de bifenil. Houve isolados com capacidade de degradar mais de um substrato, e até mesmo os 3 substratos. Este estudo demonstra que os biocarvões de TPA são um microhabitat para microrganismos com capacidade comprovada em metabolizar hidrocarbonetos aromáticos complexos e diversos como fonte de carbono e energia. Os isolados apresentam um grande potencial biotecnológico para a geração de moléculas ligadas aos processos metabólicos da biodegradação, principalmente os não-cultivados, podendo auxiliar processos de biorremediação de áreas contaminadas e, possivelmente, produção de biocombustíveis de segunda geração. Além disso, os dados gerados por este estudo fornecem informações sobre o papel dessas bactérias na ciclagem de nutrientes, que influenciam diretamente na resiliência e fertilidade dos solos de Terra Preta de Índio da Amazônia por serem capazes de degradar compostos recalcitrantes de carbono dos fragmentos de biocarvão, ácidos húmicos e, talvez, grupos funcionais aderidos, além de outras frações da matéria orgânica humificada / Due to high humus content and pyrolyzed organic matter, Amazonian Dark Earth Soils (ADE) show different dynamic than other soils, presenting high contents of aliphatic and aromatic hydrocarbons. Alkanes are the major constituents of soil organic matter, low reactive, insoluble and recalcitrant, promoting lesser yield on fossil and renovable fuels production, as well as pollute the environment when in high concentrations. Aromatic hydrocarbons, as well as alkanes, are found in environment due to natural e industrial processes, are insoluble and recalcitrants, and can be toxic, mutagenic and carcinogenic. The study of bacterial communities from these areas is of major interest to reveal the high fertility of these soils, and understand the biochar influences on the plant-soil-microrganism relation, besides discover novel bacteria, genes and proteins. Diverse studies had already evaluated genes of interest for the biodegradation of hydrocarbons on ADEs, like bph gene (Brossi, 2014) from soils and ?-ARHDs (Germano, 2011) from soils and biochar. However, the alk gene for the biodegradation of alkanes was never studied in biochar. Neither any bacterial isolation from the ADEs biochar was done until now, so this work has this innovative approach to the ADEs. Biochar was separated, dilluted and plated on five culture media, and microarophilic incubation. The isolates were selected by their morphology and 86 isolates were obtained. We identified 24 bacterial genera throught the 16S rRNA gene sequencing: Burkholderia, Ralstonia, Pseudomonas, Achromobacter, Pantoea, Leclercia, Acinetobacter, Cupriavidus, Enterobacter, Variovorax, Leifsonia, Leclercia, Pantoea, Parapusiliimonas, Bordetella; Bacillus, Paenibacillus, Lysinibacillus, Brevibacillus, Rummeliibacillus; Arthrobacter, Streptomyces, Rhodoccocus; and Fibrobacterium, in addition to uncultured-bacteria. GA and ES media were the best on variety and number of bacteria from biochar, such aerobic as well as facultative anaerobic bacteria, being from the phyla Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria and Bacteroidetes. The alk gene was found in 11 isolates. We observed 53,49% of isolates were positive for 0,05% phenanthrene degradation; 70,93% of isolates were positive for 8% diesel oil degradation; and88,37% of isolates were positive for 0,05% biphenyl degradation. There were isolates capable to degrade more than one substratum, even the three substrata. This study demonstrates that ADE biochars are a microhabitat for bacteria with proved capacity to metabolize complex aromatic hydrocarbons as carbon and energy sources. The isolates have great biotehcnological potential to generate molecules associated to metabolic process of biodegradation, mainly the uncultured ones, being helpfull for polluted areas bioremediation and, possibly, to the production of second generation biofuels. Furthermore, the generated data supplies the role of bacteria from ADE biochar on the nutrient cycle, wich directly influences the resiliance and fertility of ADEs, for microbiota being capable to degrade recalcitrant carbon fragments of biochar, humic acids and, possibly, adhered functional groups, besides other organic matter fractions, as well

Dentre as diversas doenças que podem acometer os neonatos bovinos, as onfalopatias destacam-se como sendo uma das mais importantes devido a sua alta incidência e consequentes perdas econômicas. A porção do umbigo que permanece em contato com o meio ambiente contaminado aumenta a exposição do neonato aos microrganismos e as chances de ocorrer uma onfalopatia infecciosa, principalmente quando há falhas no manejo dos bezerros (fornecimento de colostro e cura do umbigo) e de higiene do ambiente em que eles vivem. Os componentes do umbigo representam uma importante porta de entrada para os microrganismos, podendo levar à infecção ascendente, com complicações secundárias, o que aumenta a geração de prejuízos econômicos. Com a finalidade de se evitar tais consequências, a realização da identificação dos microrganismos mais frequentemente encontrados nessa circunstância, assim como o conhecimento do perfil de sensibilidade dos mesmos, faz-se necessária, pois, com eles, é possível se direcionar a antibioticoterapia, minimizando o desenvolvimento de resistência bacteriana, além do tempo e custos do tratamento. Diante da importância dessa enfermidade, da escassez de informações sobre o assunto e da premissa de que o umbigo é uma importante porta de entrada a agentes infecciosos, podendo ocorrer bacteremia e outras complicações, o presente estudo realizou a identificação dos agentes bacterianos isolados a partir da secreção do umbigo e de amostras de sangue de bezerros de até 30 dias de vida com onfalopatia infecciosa. Além disso, verificou a sensibilidade dos microrganismos isolados frente a alguns antimicrobianos e a influência de alguns fatores sobre a presença da enfermidade e características dos isolamentos bacterianos. Foram avaliados 417 bezerros da raça Holandesa, machos ou fêmeas, oriundos de propriedades leiteiras localizadas no interior do Estado de São Paulo, desde a primeira semana até os 30 dias de vida, dos quais, 32 apresentaram onfalopatia infecciosa. Os resultados obtidos evidenciaram influência de alguns fatores do ambiente com a ocorrência de onfalopatias infecciosas e com o tipo de isolamento (único ou misto) encontrado nas amostras de secreção do umbigo; alterações do exame físico em função da coloração de Gram das bactérias encontradas nas amostras de sangue; e características das culturas obtidas em função do local de isolamento das bactérias (umbigo ou sangue) e em função do tipo de isolamento em amostras de secreção do umbigo. Durante o exame físico específico dos componentes umbilicais, foi observado que o exame ultrassonográfico é um recurso semiológico mais acurado na identificação das afecções umbilicais, principalmente as intra-abdominais, do que a palpação abdominal bimanual. Ainda, neste estudo, foi possível verificar que os microrganismos isolados a partir da secreção das estruturas umbilicais de bezerros com onfalopatia infecciosa foram, em sua maioria, Gram negativos, sendo mais frequentemente isolada Escherichia spp. (31,03%). Outras bactérias também foram isoladas, como Streptococcus spp. (13,8%), Klebsiella spp. (10,34%) e Proteus spp. (10,34%). No geral, as bactérias isoladas nas estruturas umbilicais foram resistentes a cefalexina, clindamicina, enrofloxacina, tetraciclina, benzilpenicilina, trimetoprim/sulfametoxazol, ampicilina e oxacilina. Observou-se, ainda, que a maioria dos microrganismos isolados a partir do sangue de bezerros com onfalopatia infecciosa foram Gram positivos, sendo Staphylococcus spp. (62,5%) o gênero mais frequentemente isolado. As bactérias isoladas no sangue foram, em geral, resistentes a ácido fusídico, benzilpenicilina, eritromicina, amoxicilina/ácido clavulânico, cefpodoxima, ceftiofur, cloranfenicol, nitrofurantoína e piperacilina. / Among the several diseases that can affect newborn calves, omphalopathies stand out as the most important due to their high incidence and consequent economic losses. The portion of the navel that remains in contact with the contaminated environment intensifies the neonate\'s exposure to the microorganisms and the chances of infectious omphalopathies occur; especially when there are errors in the management of the calves (colostrum supply and navel care) and in the sanitation of the environment in which they live. The components of the umbilicus represent an important entryway for microorganisms, which can lead to ascending infection with secondary complications, which increases the production of economic losses. In order to avoid such consequences, the identification of the most frequently found microorganisms in these circumstances, as well as the knowledge of their sensitivity profile, are required. Consequently, it is possible to target antibiotic therapy, minimizing both the development of bacterial resistance, and time and treatment costs. Given the importance of this disease, the scarcity of information on the subject, and the premise that the navel is an important entryway to infectious agents, leading to bacteremia and other complications, the present study isolated and identified the bacterial agents from the navel secretion and from blood samples of calves up to 30 days old with infectious omphalopathy; as well as verified the sensitivity of the microorganisms isolated against some antimicrobials, the influence of some factors on the presence of the disease, and characteristics of the bacterial isolates. We evaluated 417 male and female Holstein calves, raised in dairy farms placed in the State of Sao Paulo, from the first week up to 30 days of life. Thirty-two of the evaluated calves had infectious omphalopathy. Results evidenced the influence of some environmental factors on the occurrence of infectious omphalopathies and the type of isolation (single or mixed) found in the samples of navel secretion; the alterations found on physical examination along with the Gram staining of the bacteria found in the blood samples; and the characteristics of the cultures obtained along with the site of isolation of the bacteria (navel or blood) and the type of isolation in samples of navel secretion. During the specific examination of the umbilical components, it was observed that the ultrasonographic exam is a more accurate semiological resource in the identification of umbilical affections, mainly the intra-abdominal ones, than the bimanual abdominal palpation. Also, from this study it was possible to verify that microorganisms isolated from the umbilical structures of calves with infectious omphalopathy were Gram negative, and that Escherichia spp. was the most frequently isolated genus (31.03%). Other bacterial genus also isolated were: Streptococcus spp. (13.8%), Klebsiella spp. (10.34%), and Proteus spp. (10.34%). These isolated bacteria were, in general, resistant to cephalexin, clindamycin, enrofloxacin, benzylpenicillin, tetracycline, trimethoprim / sulfamethoxazole, ampicillin, and oxacillin. Most of the microorganisms isolated from the blood of calves with infectious omphalopathy were Gram positive, and Staphylococcus spp. was the most frequently isolated genus (62.5%). Bacteria isolated from blood were, in general, resistant to fusidic acid, benzylpenicillin, erythromycin, amoxicillin / clavulanic acid, cefpodoxime, ceftiofur, chloramphenicol, nitrofurantoin, and piperacillin.