O fungo Moniliophthora perniciosa é o agente causal da vassoura de bruxa no cacaueiro (Theobroma cacao L.). Três biótipos distintos (biótipos -C, -L e -S) são reconhecidos de acordo com a especificidade quanto ao hospedeiro. O presente estudo teve como objetivo a análise da diversidade genética com o uso de marcadores microssatélites de 134 isolados dos biótipos -C, -L e -S de M. perniciosa coletados principalmente na Amazônia Brasileira e áreas de cultivo. A diversidade genética foi associada com virulência e/ou agressividade dos isolados a acessos diferenciais (suscetíveis ou resistentes) de T. cacao. Os biótipos -S e -L apresentaram uma diversidade gênica e genotípica superior em comparação com o biótipo-C. A população do biótipo-C com maior diversidade genotípica foi a do Acre, seguida pelo Oeste do Amazonas, ambas correspondendo a áreas em que se encontra cacaueiro nativo no Brasil. A população com menor diversidade genotípica foi a da Bahia, que corresponde a uma área onde a presença de M. perniciosa foi registrada mais recentemente, no final da década de 1980. Dos 134 isolados, 83 correspondem a genótipos multilocos únicos, sendo encontrados apenas dois indivíduos com genótipos idênticos para o biótipo-S, e nenhum para o biótipo-L. No biótipo-C foram identificados 61 genótipos multilocos em 111 isolados coletados em áreas de ocorrência natural e cultivo de cacau. Os dados de similaridade genética corroboram que o biótipo-C e também o -S que são homotálicos evoluíram de um biótipo heterotálico, possivelmente o biótipo-L. As populações do biótipo-C do estado do Pará e Leste do Amazonas compartilham ancestrais comuns em Ji-Paraná (RO) e Assis Brasil (AC), enquanto que a região sob a influência do rio Amazonas possui outra ascendência, que seria em Atalaia do Norte (Alto Solimões). Os genótipos multilocos da Bahia exibiram origens análogas as da população do Baixo Amazonas, com ascendência em Ji-Paraná (RO) e Alenquer (PA). Na avaliação de agressividade de M. perniciosa, a concentração do inóculo se mostrou determinante para a manifestação dos sintomas, com o aumento de plântulas com sintomas à medida que aumenta a concentração de basidiósporos. Dentre as progênies avaliadas, \'PA 195 x CAB 214\' apresentou menor proporção de plântulas com sintomas. Na inoculação com isolados de M. perniciosa oriundos do Acre e Amazonas, a proporção de plântulas com sintomas foi superior quando inoculadas com o isolado de Tabatinga (AM). O genótipo de cacaueiro que apresentou uma reação diferenciada foi o \'CAB 214\', para o qual nenhuma plântula apresentou sintomas quando inoculada com o isolado de Marechal Thaumaturgo (AC). Com o uso de microssatélites os genótipos multilocos de Tabatinga (AM) e Marechal Thaumaturgo (AC) foram identificados em grupos distintos. Na análise de treze genes de patogenicidade induzidos pela limitada disponibilidade de N, o gene 88KD foi o que demonstrou o maior número de transcritos acumulados. Os isolados que apresentaram uma mesma tendência em seus genes mais expressos foram Tabatinga (AM) e Óbidos (PA) que apesar de possuírem origens geográficas distintas, foram identificados no mesmo grupo na análise com microssatélites / The fungus Moniliophthora perniciosa is the causal agent of witches\'broom in cacao (Theobroma cacao L.). Three different biotypes (C-; S-; and L-biotypes) are recognized according to host specificity. The present study aimed to analyze the genetic diversity using microsatellite markers for 134 isolates of the C-, L- and S- biotypes of M. perniciosa collected mainly in the Brazilian Amazon and areas of cultivation. Genetic diversity was associated with virulence and/or aggressiveness of isolates in differential accesses (susceptible or resistant) of T. cacao. The L- and S- biotypes showed a higher genetic and genotype diversity compared with C-biotype. Of the 134 isolates, 83 corresponded to unique multilocus genotypes, and found only two individuals with identical genotypes for the S-biotype, and none for the L-biotype. In the C-biotype were identified 61 multilocus genotypes in 111 isolates collected in areas of natural occurrence and cultivation of cocoa. The genetic similarity data corroborate that the C- and S- biotypes that are apparently homothallic evolved from a heterothallic biotype, possibly L-biotype. The populations of C-biotype of the state of Para and Amazonas East share common ancestors, in Ji-Paraná (RO) and Assis Brazil (AC), while the region under the influence of the Amazon River has another descent that would be in the Atalaia do Norte (Upper Solimões). The multilocus genotypes from Bahia showed a similar origin of the population of the Lower Amazon, with ancestry in Ji-Paraná (RO) and Alenquer (PA). In the evaluation of aggressiveness of M. perniciosa, the inoculum concentration proved to be decisive for the manifestation of symptoms, with the increase of seedlings with symptoms as increases the concentration of basidiospores. Among the progenies, \'PA 195 x CAB 214\' showed a lower proportion of seedlings with symptoms. In inoculation with M. perniciosa from Acre and Amazonas, the proportion of seedlings with symptoms was higher when inoculated with the isolate from Tabatinga (AM). The genotype of cocoa that had a differentiated reaction was the \'CAB 214\', for which no plants showed symptoms when inoculated with the isolate Marechal Thaumaturgo (AC). With the use of microsatellite, the multilocus genotypes of Tabatinga (AM) and Marechal Thaumaturgo (AC) were identified in different groups. In the analysis of thirteen genes of pathogenicity induced by the limited availability of N, 88KD gene showed the highest number of transcripts. The isolates that showed a similar trend in their more expressed genes were Tabatinga (AM) and Óbidos (PA) that despite having different geographical origins were identified in the same group in the analysis with microsatellite

Para examinar como o nível de diversidade genética de Plasmodium vivax em uma comunidade varia no tempo e no espaço, investigamos a dinâmica de polimorfismos do parasito durante as primeiras fases de ocupação de um assentamento agrícola na Região Amazônica brasileira. A caracterização por microssatélites de 84 isolados de P. vivax, colhidos ao longo de três anos, revelou uma diversidade genética de moderada a alta (heterozigosidade esperada média, 0,699), com uma grande proporção (78,5%) de infecções por múltiplos clones (IMC), mas também um forte desequilíbrio de ligação (DL) consistente com um raro cruzamento entre os haplótipos. Observamos uma pequena influência temporal na diversidade genética dos haplótipos do parasito e nenhum padrão de distribuição espacial dos mesmos. Em amostras consecutivas colhidas de um mesmo indivíduo observou-se uma intensa renovação de haplótipos ao longo do tempo. Um único haplótipo foi compartilhado por três indivíduos cujas amostras foram colhidas durante um surto; todos os outros 81 haplótipos foram recuperados apenas uma vez. A menor diversidade parasitária, com a menor proporção de IMC e um DL mais intenso, foi observada no momento do surto, fornecendo um claro exemplo de uma estrutura populacional epidêmica de um patógeno humano. Todos os parâmetros populacionais retornaram aos valores prévios ao surto durantes os últimos anos de estudo, apesar da queda concomitante na transmissão de malária. Sugerimos que a genotipagem do parasito pode ser útil para monitorar a propagação de novas linhagens do parasito associadas a surtos em áreas que se aproximam da eliminação da malária. / To examine how community-level genetic diversity of the malaria parasite Plasmodium vivax varies across time and space, we investigated the dynamics of parasite polymorphisms during the early phases of occupation of a frontier settlement in the Amazon Basin of Brazil. Microsatellite characterization of 84 isolates of P. vivax sampled over 3 years revealed a moderate to high genetic diversity (mean expected heterozygosity, 0.699), with a large proportion (78.5%) of multiple-clone infections (MCI), but also a strong multilocus linkage disequilibrium (LD) consistent with rare outcrossing. Little temporal and no spatial clustering was observed in the distribution of parasite haplotypes. A single microsatellite haplotype was shared by 3 parasites collected during an outbreak; all other 81 haplotypes were recovered only once. The lowest parasite diversity, with the smallest proportion of MCI and the strongest LD, was observed at the time of the outbreak, providing a clear example of epidemic population structure in a human pathogen. Population genetic parameters returned to preoutbreak values during last 2 years of study, despite the concomitant decline in malaria incidence. We suggest that parasite genotyping can be useful for tracking the spread of new parasite strains associated with outbreaks in areas approaching malaria elimination.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:26:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 OLIVEIRA_JUNIOR_Paulo_2012.pdf: 2558678 bytes, checksum: a031764ca6a58411f3a5fd0752aac91f (MD5) Previous issue date: 2012-06-28 / Financiadora de Estudos e Projetos / Several critically endangered species and subspecies have been saved from extinction in recent years by Ex Situ conservation strategies. However, captive populations are generally small and exposed to the effects of genetic drift, inbreeding and founder effects. Thus, a major challenge for long-term reproduction of these animals is to reduce the loss of heterozygosity and of allelic diversity. The genetic management can guide the matings to maintain the genetic variation as high as possible in the population. It can be achieved by calculating the genetic distance between the specimens, which is performed using molecular biology techniques. The Black-fronted Piping-Guan, Aburria jacutinga (Aves, Cracidae), is an endemic bird of the Atlantic Forest that is threatened of extinction due to the drastic destruction of this biome and the heavy hunting pressure. Among the suggested conservation actions for this species are the development of an Ex Situ conservation program with the goal of making reintroductions in areas where it has become extinct, as well as the maintenance of these captivity stocks controlled by a studbook. Here we have genotyped and analyzed 146 individuals from the five main breeding facilities. The results demonstrated five genetically differentiated populations of Black-fronted Piping-Guan, but their levels of genetic variability were very similar. However when these levels are compared with other species, the data suggest that the genetic variation is lower than desirable to reach the objectives proposed by the Ex Situ conservation programs. Pairing tables and genetic rankings were constructed and indicated kinship and levels of genetic variability of each bird. It was possible to identify the best pairs to be mated and individuals that were adequate for reintroductions. / Diversas espécies e subespécies criticamente ameaçadas foram salvas da extinção nos últimos anos por meio de estratégias de conservação Ex Situ. Porém, as populações de cativeiro são geralmente pequenas, e quanto menor uma população, mais exposta ela se torna aos efeitos da deriva genética, endocruzamento e efeitos fundadores. Assim, um dos grandes desafios para a reprodução em longo prazo desses animais é amenizar a perda de diversidade alélica e heterozigose. O manejo genético pode orientar os acasalamentos de maneira a manter na população a maior variação genética possível através do cálculo da distância genética entre os espécimes, que é realizado por técnicas de biologia molecular. A jacutinga, Aburria jacutinga (Aves, Cracidae), é uma ave endêmica da Mata Atlântica que está ameaçada de extinção devido à drástica destruição deste bioma e à forte pressão de caça. Dentre as ações de conservação sugeridas para esta espécie estão o desenvolvimento de um programa de conservação Ex Situ visando a reintrodução em áreas nas quais ela se tornou extinta e a manutenção desses estoques em cativeiro controlados por um studbook. Foram genotipados e analisados 146 indivíduos oriundos de cativeiro. Os resultados demonstram 5 populações diferenciadas geneticamente de jacutinga, mas seus níveis de variabilidade genética são bastante semelhantes. Entretanto quando esses níveis são comparados com outras espécies, os dados sugerem que a variação genética está abaixo do desejável para se alcançar os objetivos propostos pelos programas de conservação Ex Situ. Tabelas de pareamento e rankings genéticos foram construídos e indicam as relações de parentesco e níveis de variabilidade genética de cada ave. Com eles foi possível apontar os melhores pares a serem acasalados e os indivíduos que estão aptos a serem reintroduzidos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 817034 bytes, checksum: e19a7e5d7a733a860d03574c6f2a7ab2 (MD5) Previous issue date: 2008-03-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Sugarcane is one of species more cultivated in whole world, reaching more than 80 countries. With the biotechnological progresses, important tools appear for genetic breeding of cane. The production of transgenic plants is very important for clonal propagation species as sugarcane. But plant transformation is dependent of in vitro cultivation and, among their techniques it is somatic embryogenesis, the object of present study. For embryogenesis induction were evaluated effects of growth regulator 2,4-D in followed concentrations: 0, 1, 3, 6 and 9 mg.L-1. During multiplication was tested 1, 3 and 6 mg.L-1 of 2,4-D. In maturation and germination of callus were evaluated presence and absence of light, and the presence or sucrose absence in the medium of cultivation. It was verified that the conditions of the plant in field affect the surface sterilization process directly. The auxin is very important for embryogenic callus induction, however there wasn t significant difference among different concentrations of growth regulator. During the multiplication it was observed that the interaction among 2,4-D and the genotype was significant. Therefore, it was made the unfolding of analysis. The 3 mg.L-1 of 2,4-D treatment was the most efficient for callus multiplication of clone RB835486. In the clones RB855536 and RB928064 the multiplication of embryogenic callus was inversely proportional to the concentration of 2,4- D in the medium. The presence or sucrose absence in the culture medium didn't influence the germination of the somatic embryos significantly. The same was observed in the callus that were maintained under light (clear) or in the darkness during the 30 days of cultivation. In spite of the limited number of regenerate plantlets, the process of plantlets acclimatization was made with success, because 59% of survivors were obtained. / A cana-de-açúcar é uma das espécies mais cultivadas em todo o mundo, abrangendo mais de 80 países. Com os avanços biotecnológicos surgem importantes ferramentas para o melhoramento genético desta espécie. Dentre as principais técnicas, está a transgenia que é de suma importância para espécies de propagação clonal como a cana-de-açúcar. Ressalta-se que a transgenia é dependente do cultivo in vitro que por sua vez apresenta como possibilidade a embriogênese somática, objeto do presente estudo. Para a indução da embriogênese, avaliaram-se os efeitos do regulador de crescimento 2,4-D nas concentrações de 0, 1, 3, 6 e 9 mg L- 1. Durante a multiplicação, testou-se 1, 3 e 6 mg L-1 de 2,4- D. Na maturação e germinação, foram avaliadas a presença e ausência de luz (irradiância), além da presença ou ausência de sacarose no meio de cultura. A auxina é fundamental para a indução de calos embriogênicos, contudo não houve diferença significativa nas concentrações utilizadas do regulador de crescimento. Durante a fase de multiplicação, observou-se que a interação entre o 2,4-D e as cultivares foi significativa. Logo, procedeu-se o desdobramento da análise, onde 3 mg L-1 de 2,4-D foi o tratamento mais eficiente para a multiplicação de calos da cultivar RB835486. Nas cultivares RB855536 e RB928064 houve uma relação inversa entre a concentração do regulador de crescimento e a expansão dos calos em milímetros. A presença ou ausência de sacarose no meio de cultura não influenciou significativamente a germinação dos embriões somáticos. O mesmo foi observado nos calos que foram mantidos sob o fotoperíodo de 16 horas- luz (claro) ou no escuro durante os 30 dias de cultivo. Apesar do limitado número de plântulas formadas, o processo de aclimatação das mesmas foi feito com sucesso, alcançando 59% de sobrevivência.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA078.pdf: 637847 bytes, checksum: a11da742649dfac9bb787886f73c49bf (MD5) Previous issue date: 2011-03-03 / The Brazilian caipira chickens are the result of random mating between different chicken breeds found in Brazil. They are characterized by their hardiness, disease resistance and the adverse conditions of climate and nutrition. In the 80, a change in consumption habits valued natural products, making theses chickens an alternative of great commercial value. However, its low productivity of this prevented the competition with the chicken industry. The output was the development of so-called caipira lines, chickens that blend the hardiness and resistance of native birds with the productivity of Brazilian poultry industry. In Brazil some of these commercial caipira chicken lines were developed, such as Paraíso Pedrês (beef) and Rubro Negra (posture). This study aimed to investigate the genetic variability nuclear and nonnuclear of Brazilian commercial caipira chickens lines through the analysis of ten microsatellite loci and the control region, D-loop, mitochondrial DNA (mtDNA). It was collected blood samples from 92 birds of Paraíso Pedrês lines (42) and Rubro Negrea (50). It was used the polymerase chain reaction technique (PCR) to amplify the samples and the amplified products were subjected to electrophoresis on an automated sequencer ABI 3130 DNA Genetic Analyzer. The number of alleles ranged from 3 (LEI0254) to 32 (LEI0212) for Paraíso Pedrês (PP) lines and 4 (LEI0254) to 31 (LEI0212) for Rubro Negra (RN) lines. The number of alleles per locus was 13,40 and 13,10 for PP and RN lines, respectively. Average expected heterozygosity was 0,824 for PP and 0,604 for RN. In the analysis of mtDNA, 100% of birds had PP haplotype 4, from Europe. In the RN line, haplotype 4 was found in 60% of the samples, the haplotype 3c in 10% and 30% in 3d haplotype, the haplotype 3c e 3d, from Asia. The results indicate that Brazilian lines of chickens examined, have a higher genetic variability observed in the typical commercial lines of chickens and the same was found for non-commercial poultry. For the formation of RN lines was used mostly birds of European origin and some of Asian origin. And for the composition of the PP lines were used only birds of European origin, at least as regards the maternal line / As galinhas caipiras brasileiras são o resultado de cruzamentos aleatórios entre diversas raças de galinhas encontradas no Brasil. Caracterizam-se pela sua rusticidade, resistência a doenças e as condições adversas de clima e alimentação. Nos anos 80, uma mudança nos hábitos de consumo valorizou os produtos naturais, tornando as galinhas caipiras alternativas de grande valor comercial. Porém, sua baixa produtividade inviabilizou a competição desta com a galinha industrial. A saída foi o desenvolvimento das chamadas linhagens caipiras, galinhas que mesclam a rusticidade e resistência das aves caipiras brasileiras com a produtividade das aves industriais. No Brasil foram desenvolvidas algumas destas linhagens, como a Paraíso Pedrês (corte) e a Rubro Negra (postura). Este trabalho teve como objetivo investigar a variabilidade genética nuclear e não nuclear de linhagens de galinhas caipiras brasileiras através da análise de dez lócus de microssatélites e da região controladora, alça-D, do DNA mitocondrial (mtDNA). Foram coletadas amostras de sangue de 92 aves das linhagens Paraíso Pedrês (42) e Rubro Negra (50). Foi utilizada a técnica de reação em cadeia pela polimerase (PCR) para a amplificação das amostras e os produtos amplificados foram submetidos à eletroforese em um sequenciador automático ABI 3130 DNA Genetic Analyser. O número de alelos variou de 3 (LEI0254) a 32 (LEI0212) para a linhagem Paraíso Pedrês (PP), e 4 (LEI0254) a 31 (LEI0212) para a linhagem Rubro Negra (RN). A média de alelos por loco foi de 13,40 e 13,10 para a linhagem PP e RN, respectivamente. A heterozigosidade média esperada foi de 0,824 para PP e 0,604 para RN. Na análise do mtDNA, 100% das aves PP possuíam o haplótipo 4, de origem Européia. Na linhagem RN, o haplótipo 4 foi encontrado em 60% das amostras, o haplótipo 3c em 10% e o haplótipo 3d em 30%, os haplótipos 3c e 3d são de origem Asiática. Os resultados obtidos indicam que as linhagens de galinhas caipiras brasileiras analisadas, apresentam uma variabilidade genética superior às observadas em linhagens comerciais típicas de galinhas e semelhante à observada em aves não comerciais. Para a formação da linhagem RN foi utilizado na sua maioria aves de origem Européia e algumas de origem Asiática. E, para a composição da linhagem PP, foi utilizado somente aves de origem Européia, pelo menos no que se refere à linhagem materna

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:33:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PriscilaAM.pdf: 370438 bytes, checksum: 93995dd721c298f0b6f78207c20d0453 (MD5) Previous issue date: 2009-07-24 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior / Extensive studies using molecular markers on butterflies have shown how a highly fragmented landscape may result in the reduction of gene flow among patches of habitat and, consequently, increase genetic differentiation among populations. However, little is known about Heliconius geographical structure and the effects of fragmentation on the connectivity of populations. Furthermore, findings on the effects of the population structure on the dynamics of mimicry evolution in Heliconius butterflies need to be tested in H. erato and H. melpomene specimens found in other locations other than Central and northern South Americas. For the present study, we had two motivations: (1) compare the population structure of H. erato and H. melpomene given the highly fragmented Brazil s Atlantic Forest habitat; and (2) studying population structure of co-mimics could give us insights into the dynamics of mimicry evolution. For this, we analysed the spatial structure and connectivity of eight populations of Heliconius butterflies, in a total of 137 H. erato specimens and 145 H. melpomene specimens, using nine microsatellites loci, 1144 AFLPs markers and 282 mitochondrial DNA sequences. In general, both species exhibited evidence of population subdivision but no isolation by distance indicating some extent of genetic differentiation among populations. Contrary to Kronforst & Gilbert s (2008) Costa Rican Heliconius, H. melpomene exhibited more genetic differentiation than H. erato based on nuclear markers. However, for mitochondrial DNA, H. erato populations showed more genetic differentiation than H. melpomene. Our results corroborate to other studies on Heliconius butterflies concerning the pronounced population subdivision and local genetic drift found in this genus. Nevertheless, the pattern of this differentiation varies significantly from the pattern found in studies conducted in Central America, where H. erato is generally more differentiated and structured than H. melpomene, based on nuclear markers. This different pattern may reflect different evolutionary histories of Heliconius species in Northeastern Brazil s Atlantic Forest / Estudos utilizando marcadores moleculares em borboletas t?m mostrado como uma paisagem altamente fragmentada pode resultar na redu??o do fluxo g?nico entre as manchas de habitat e, conseq?entemente, aumentar a diferencia??o gen?tica entre as popula??es. No entanto, pouco se sabe sobre a estrutura geogr?fica e os efeitos da fragmenta??o sobre a conectividade das popula??es do g?nero Heliconius. Al?m disso, as conclus?es sobre os efeitos da estrutura populacional sobre a din?mica da evolu??o do mimetismo de borboletas do g?nero Heliconius precisam ser testados em esp?cimes de H. erato e H. melpomene encontrados em outros locais, al?m dos da Am?rica Central norte da Am?rica do Sul. Neste estudo, tivemos duas motiva??es: (1) comparar a estrutura populacional de H. erato e H. melpomene dada a elevada fragmenta??o do Mata Atl?ntica Brasileira, e (2) estudar a estrutura populacional de esp?cies co-m?micas poderia nos fornecer insights a respeito da din?mica da evolu??o do mimetismo. Para isso, analisamos a estrutura espacial e conectividade de oito popula??es de Heliconius, em um total de 137 esp?cimes de H. erato e 145 de H. melpomene, utilizando nove loci de microssat?lites, 1144 marcadores AFLPs e 282 sequ?ncias de DNA mitocondrial. Em geral, ambas as esp?cies apresentaram evid?ncias de subdivis?o populacional, mas nenhum isolamento por dist?ncia indicando alguma diferencia??o gen?tica entre as popula??es. Contrariamente ao Heliconius da Costa Rica (Kronforst & Gilbert 2008), H. melpomene exibiu maior diferencia??o gen?tica que H. erato, baseado em marcadores nucleares. No entanto, para DNA mitocondrial, as popula??es de H. erato apresentaram maior diferencia??o gen?tica que H. melpomene. Nossos resultados corroboram com outros estudos sobre Heliconius no tocante ? subdivis?o populacional e deriva g?nica local encontrada neste g?nero. No entanto, o padr?o dessa diferencia??o varia significativamente do padr?o encontrado em estudos realizados na Am?rica Central, onde H. erato ? geralmente mais diferenciado e estruturado. Esse padr?o pode refletir diferentes hist?rias evolutivas de esp?cies de Heliconius na Mata Atl?ntica do Nordeste do Brasil

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Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Marcadores genéticos presentes no cromossomo Y, como os microssatélites (Y-STRs) e polimorfismos de único nucleotídeo (Y-SNPs) são utilizados na caracterização de linhagens masculinas, visto que são transmitidos às gerações seguintes sem alterações, a menos que ocorram mutações (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Por isso, esses marcadores são amplamente empregados em diversas situações, destacando-se o uso constante dos Y-STRs na genética forense por apresentarem alta capacidade de discriminar linhagens. Recentemente, foram descritos 13 marcadores com taxas de mutação substancialmente superiores àquelas verificadas para loci STR do cromossomo Y, denominados Rapidly Mutating (RM) Y-STRs (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). Devido às taxas de mutação elevadas, os RM-YSTRs apresentam maior eficiência na discriminação entre indivíduos proximamente relacionados, pertencentes à mesma linhagem patrilínea. O presente trabalho buscou aprofundar o conhecimento acerca das características populacionais e mutacionais dos loci RM-YSTRs em amostra do Rio de Janeiro, contribuindo com estudos desta natureza na população brasileira. Realizou-se a análise de 13 loci do cromossomo Y em 258 indivíduos do sexo masculino, compondo 129 pares de pais e filhos, nascidos no estado do Rio de Janeiro. O DNA das amostras foi extraído, conforme os protocolos vigentes na rotina do LDD-UERJ. As sequências genéticas de interesse foram amplificadas pela técnica de reação em cadeira da polimerase (PCR) através da realização de três PCR multiplex, cujos produtos de amplificação foram separados por eletroforese em sequenciador automático ABI-3500 (Applied Biosystems). Para os pares pai/filho que apresentaram haplótipos mutados, empregou-se a técnica de sequenciamento para confirmação das mutações. Os loci RM-YSTR geraram um poder de discriminação de 1,0 na amostra analisada, o que significa que todos os 129 indivíduos da amostra populacional apresentaram haplótipos diferentes para tais marcadores, com frequências de 0,0077 e diversidade haplotípica igual a 1. Além disso, foram obtidos valores elevados de diversidade gênica para os 13 marcadores. A análise de distância genética e os resultados de AMOVA baseados nos valores de Fst demonstraram que os RM-YSTR não indicam subdivisão populacional e traços ancestrais comuns. Tais valores estão associados às elevadas taxas de mutação encontradas, cuja média foi de 2,11 x 10-2. Foi possível observar que os loci RM-YSTR são muito discriminativos na amostra miscigenada analisada, além de terem maior capacidade de diferenciar indivíduos do que outros conjuntos de marcadores normalmente usados em estudos populacionais e análises forenses. Sendo assim, é possível concluir que os marcadores RM-YSTR são promissores para discriminar indivíduos da mesma linhagem patrilínea, visto que devido às suas elevadas taxas mutacionais e poder de discriminação, são capazes de diferenciar indivíduos de maneira mais eficiente do que os outros conjuntos de STR. Porém, é necessário maior número de estudos para melhor caracterização destes loci em diferentes populações. / Genetic markers on Y chromosome, as microsatellites (Y-STRs) and single nucleotide polymorphisms (Y-SNPs) are used for the characterization of male lineages, since they are fully transmitted to next generations unless mutations occurs (Singh et al., 2011; Mitchell & Hammer, 1996; Butler, 2009). Therefore, these markers are widely applied in several situations, highlighting the constant use of Y-STRs in the field of forensic genetics because of their high capacity of discriminate lineages. Recently, 13 rapidly mutating markers were described due to their highly mutation rates in comparison to other common Y-chromosome STRs, being called as Rapidly Mutating Y-STR (RM-YSTR) (Ballantyne et al., 2010; Kayser et al., 2012). As a result of their high mutation rates, RM-YSTRs display high efficiency in discriminating paternally related males. The present work aimed to deepen the knowledge about population and mutational RM-YSTR loci characteristics in Rio de Janeiro sample, and then, contribute to other studies with this purpose in Brazilian population. Y chromosome 13 STRs analysis was realized in 258 males born in Rio de Janeiro state, grouped in 129 fathers/sons pairs. The extraction of DNA from biological samples was performed according to routine protocols from LDD-UERJ. Target sequences were amplified by three polimerase chain reactions (PCR) and the amplicons were separated through electrophoresis on automated sequencer ABI-3500 (Applied Biosystems). When mutations were detected, they were confirmed by sequencing. Among the investigated sample, RM-YSTR loci showed a discrimination capacity of 1,0 which means that all 129 analyzed individuals have different haplotypes for these markers, displaying frequencies of 0,0077 and haplotype diversity of 1,0. Moreover, high values of genetic diversities were obtained for the 13 markers. Distance genetic analysis and AMOVA values based on Fst results did not show population substructure and common ancestral traits. These results are associated with high mutation rates found, with an average rate about 2,11 x 10-2. RM-YSTR showed to be very discriminative at this mixed sample, besides proving to be more discriminative than other markers commonly used in population studies and forensic analysis. Thus, it is possible to conclude that RM-YSTR markers are promising to discriminate individuals of the same male strain and due to their high mutation rates and discrimination capacity, they are able to differentiate individuals better than other common markers. Nevertheless, for a better characterization of these loci in different populations more studies are needed.

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Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-06Bitstream added on 2014-06-13T19:18:12Z : No. of bitstreams: 1 perezviegas_m_me_ilha.pdf: 402677 bytes, checksum: bbfc07fa77debb297881fa5d75487697 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os marcadores de microssatélites tem sido utilizados com grande freqüência como ferramenta efetiva para estudos de estrutura genética de populações, fluxo gênico, parentesco e para quantificar os efeitos da fragmentação de habitats e guiar estratégias de conservação e melhoramento genético. Este trabalho teve como objetivo avaliar a diversidade genética e o sistema reprodutivo em progênies de duas populações de Myracrodruon urundeuva, procedentes de Aramina-SP e Selvíria-MS, assim como verificar os efeitos da ação antrópica sobre estas populações. Foram avaliadas 25 progênies de cada população, cada uma com 17 a 20 indivíduos, sendo analisados oito locos polimórficos de regiões microssatélites. Observouse 118 alelos nas duas populações e o número efetivo por loco ( e A ∧ = 4,05) foi inferior ao número médio de alelos por loco ( ∧A= 14,75), indicando elevado número de alelos em baixa freqüência. O índice de fixação (F = 0,210 e 0,107, respectivamente para Aramina e Selvíria) foi positivo, relativamente alto e significativamente diferente de zero. A taxa de cruzamento multilocos ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) e unilocos ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) para as populações de Aramina e Selvíria, respectivamente, foram altos, confirmando que a espécie é obrigatoriamente de cruzamento. A diferença entre a taxa de cruzamento multilocos e unilocos indicam cruzamentos entre indivíduos aparentados na população de Aramina. 9 Entretanto, as duas populações apresentaram alta diversidade genética, o que as qualifica para utilização em programas de conservação e melhoramento genético da espécie. / The microsatellite markers has been often employed as effective tool for studies of genetic structure of populations, gene flow, relationship and also for to quantify environmental fragmentation effects and to outline strategies for conservation and breeding. This study aimed to evaluate the genetic diversity and mating system in progenies of two Myracrodruon urundeuva populations from Aramina-SP and Selvíria-MS, as well as verify the effects of antropic action on these populations. From each population were evaluated 25 progenies, with 15-20 individuals each, using genetic data from 8 microsatellite loci. There was 118 alleles in both populations and the actual number per locus ( e A ∧ = 4.05) was lower than the average number of alleles per locus ( ∧A = 14.75), indicating high number of alleles in low frequency. The fixation index (F = 0,210 e 0,107, respectively for Aramina and Selvíria) was positive, relatively high and significantly different from zero. The multilocus outcrossing rate ( ∧ m t = 1,000 e ∧ m t = 1,000) single-locus ( ∧ s t = 0,989 e ∧ s t = 0,999) for the populations for Aramina and Selvíria, respectively, they were high, confirming that the species is obligatorily for outcrossing. The difference between the multilocus outcrossing rates and single-locus outcrossing rate indicates mating among relatives in the Aramina population. Meanwhile, the 11 two populations had high genetic diversity, which qualifies them for use in programs for conservation and breeding of this species.