Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissMM.pdf: 1266413 bytes, checksum: d6fbf6c10fe74d26ef6a06263083f0bd (MD5) Previous issue date: 2006-06-30 / Universidade Federal de Sao Carlos / Brazil possesses the largest commercial bovine herd in the world and cattle represents about 43% of agricultural PIB of Brazil. Crossing Bos taurus and Bos indicus species allows the combination of traits of production from the first specie and of rusticity from the second specie for the genetic improvement of the bovines. Due to the economical relevance of livestock in Brazil, the search for regions in the genome that contribute to prodution traits is object of many studies including traits such as meat yield, precocity of growth and many weight measures (eg. birth weight, yearling weight). The endoparasites and ectoparasites have great economical relevance, once the growth losses and production (meat and milk) affect the bovine herd and consequently, the producer and consumer. The objective of this work was to map QTL (Quantitative Trait Loci) for growth traits and for resistance to ectoparasite and endoparasites through the BTA14 scan, using microssatellite markers in a F2 population Holstein x Gyr. The QTL mapping for the trait birth weight (BW) suggested a QTL (P <0.05) at 1 cM from centromere and for the weight at 60 days (P60), a suggestive QTL (P <0.05) was found at 0 cM from centromere. The mapping for resistance to the ectoparasite Boophilus microplus revealed a significant QTL (P<0.01) at 22 cM from centromere but no association was observed for endoparasites. Together, the results found in this work suggest the possibility to map regions of the bovine genome that affect quantitative traits, like growth and resistance, by means of microssatellite markers. / O Brasil possui o maior rebanho bovino comercial do mundo e a bovinocultura representa cerca de 43% do PIB agropecuário do Brasil, onde o cruzamento das espécies Bos taurus e Bos indicus permite a combinação de características de produção da primeira espécie e a rusticidade da segunda espécie visando o melhoramento genético dos bovinos. Devido à essa importância econômica da pecuária no Brasil, a procura por regiões no genoma que contribuem para características de produção é objeto de muitos estudos, que incluem características como rendimento de carne, precocidade de crescimento e diversos tipos de pesos. Também importante é o combate aos endoparasitas e ectoparasitas, que têm grande relevância econômica, uma vez que as perdas de crescimento e de produção (carne e leite) afetam o rebanho bovino e consequentemente, o produtor e consumidor. O objetivo deste trabalho foi mapear QTLs (Quantitative Trait Loci) para características de crescimento e de resistência (a ectoparasitas e endoparasitas) por meio da varredura do cromossomo 14 dos bovinos (BTA14), utilizando marcadores microssatélites em uma população F2 Holandês x Gir. O mapeamento de QTLs relacionados à característica peso ao nascimento (PN), permitiu encontrar um QTL sugestivo (P<0,05) a 1 cM do centrômero e para a característica peso aos 60 dias (P60), permitiu encontrar um QTL sugestivo (P<0,05) a 0 cM do centrômero. O mapeamento para característica de resistência ao ectoparasita Boophilus microplus revelou um QTL significativo (P<0,01) a 22 cM do centrômero e à resistência a endoparasitas nenhum QTL foi associado. Os resultados encontrados neste trabalho sugerem que é possível mapear regiões do genoma dos bovinos que afetam características quantitativas, como crescimento e resistência à parasitas, através da utilização de marcadores microssatélites.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2152.pdf: 1768000 bytes, checksum: bfe924ab33d5d72de49d9edd1a2c9176 (MD5) Previous issue date: 2008-08-15 / Financiadora de Estudos e Projetos / The sheep production has been growing surprinsingly in the last years in Brazil, but in despite of this, it can not be considered competitive yet, principally because the lack of structure and organization of the sector. Among the problems faced by the Brazilian sheep producers we could cite the gastrointestinal parasites and the relatively low productivity of the native breeds when compared with the exotic ones. The knowledge of the genetic factors controlling these traits can help in the improvement of then without impair the correlated traits. Through molecular biology and statistical technics is possible to identify genes/chromosomal regions associated with these traits and once the region is confirmed as really important in the control of the characteristic this information could be used in breeding programs through marker assisted selection. Many regions were identified as candidate for growth and nematode resistance traits in sheep and other ruminants, and among of them is the Q arm of the sheep chromosome OAR3. Because of this, the aim of this study was to investigate three microssatelite markers located in the Q arm of the OAR3 and its relationship with growth and nematode resistance traits in sheep from three genetic groups: Santa Inês X Santa Inês, Dorper X Santa Inês e Suffolk X Santa Inês. The association analysis revealed two alleles of the BL4 marker with significative effect in the Santa Inês x Santa Inês genetic group and one allele form the same marker with significative effect in the genetic group Dorper x Santa Inês on birth weight. It was also observed one allele from the BL4 marker associated with slaughter weight in the Santa Inês x Santa Inês genetic group. We did not observe any association between the markers studied and nematode resistance. Our results suggest that there are one or more genes in the studied region related with growth traits, but more studies are required to confirm the importance of this region in the control of these traits and to identificate the candidate genes. / A ovinocultura, apesar de apresentar um crescimento significativo nos últimos anos, ainda não pode ser considerada no Brasil como uma exploração competitiva. Isto se deve principalmente pela falta de organização e estruturação do setor produtivo. Dentre os problemas da ovinocultura nacional podemos citar as parasitoses gastrintestinais e a baixa produtividade das raças locais quando comparadas com raças importadas. O entendimento dos fatores genéticos que controlam as características produtivas pode auxiliar na melhoria dos rebanhos para uma característica importante sem significar prejuízo a outras características. Através de técnicas de biologia molecular e estatística pode-se identificar genes/regiões cromossômicas responsáveis pelo controle dessas características e uma vez que essas regiões sejam identificadas e comprovadas como importantes, essa informação pode ser utilizada em programas de melhoramento genético através de seleção assistida por marcadores. Algumas regiões já foram identificadas como sendo candidatas a conter genes importantes tanto para resistência aos nematódeos gastrintestinais quanto para características de crescimento em ovinos e outras espécies de ruminantes. Dentre estas regiões está o braço Q do cromossomo OAR3 dos ovinos. Por isso, o objetivo deste trabalho foi estudar três marcadores microssatélites localizados no braço Q do cromossomo ovino OAR3 e suas relações com as características de crescimento (peso ao nascimento e peso ao abate) e resistência aos nematódeos gastrintestinais utilizando ovinos pertencentes a três grupos genéticos (Santa Inês X Santa Inês, Dorper X Santa Inês e Suffolk X Santa Inês). A análise de associação revelou a presença de dois alelos do marcador BL4 com efeito significativo no grupo genético Santa Inês x Santa Inês e um alelo do mesmo marcador com efeito significativo no grupo genético Dorper x Santa Inês para peso ao nascimento. Também foi observado efeito de um alelo do marcador BL4 com efeito significativo no grupo genético Santa Inês x Santa Inês para peso ao abate. Não foi observado efeito significativo de nenhum marcador na característica de resistência aos nematódeos gastrintestinais. Os resultados deste trabalho sugerem a presença de um ou mais genes na região estudada para características de crescimento, porém mais estudos são necessários para confirmar a real importância desta região no controle destas características bem como a identificação de possíveis genes candidatos.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2646.pdf: 870244 bytes, checksum: b88bf96aa8cafe0798c953895db021a7 (MD5) Previous issue date: 2009-08-28 / Financiadora de Estudos e Projetos / A preliminary genetic linkage map was constructed for the species Prochilodus argenteus, an endemic fish from the São Francisco river basin, using 23 microsatellite markers in a progeny with 95 individuals from a single cross by the pseudo-testcross strategy. The male and female parents were collected in different regions, downstream of the dam of the Três Marias (MG). Only 11 (52.4%) markers grouped in some linkage group and the the remaining was unlinked. Twenty-one (91.5%) markers appeared to segregate according to Mendelian inheritance, and only two (8.7%) showed segregation distortion. The map covered 297.58 cM of the genome, according to the Kosambi s function. The number of linkage groups (3) found in this study was much lower than expected for the species (equivalent to the haploid number of chromosomes, n = 27), demonstrating the importance of using a larger number of molecular markers in future studies. The data obtained in this work will be compiled with the marks obtained by AFLP by Rojas (2008) in order to obtain a denser genetic map. Although the number of linkage groups found have been lower than expected for the species, the results can be considered promising for the Brazillian Fish Genetics, since genetic mapping studies are virtually absent in Neotropical fish. / Um mapa genético preliminar foi construído para a espécie Prochilodus argenteus, um peixe endêmico da bacia hidrográfica do rio São Francisco, através de 23 marcadores moleculares microssatélites em uma progênie com 95 indivíduos provenientes de um único cruzamento através da estratégia pseudo-testcross . Os genitores masculino e feminino foram coletados em diferentes regiões, à jusante da barragem de Três Marias (MG). Apenas 11 (52.4%) marcadores foram alocados em algum grupo de ligação e os restantes não estavam ligados. Vinte e um (91.5%) marcadores segregaram de acordo com a herança mendeliana e apenas dois (8.7%) apresentaram distorção da segregação. O mapa cobriu 297.58 cM do genoma, de acordo com a função de Kosambi. O número de grupos de ligação (3) encontrado no presente trabalho foi muito inferior ao esperado para a espécie (equivalente ao número de cromossomos haplóides, n = 27), demonstrando a importância da utilização de um número maior de marcadores moleculares em estudos futuros. Os dados obtidos no presente trabalho serão compilados com as marcas AFLP obtidas por Rojas (2008), visando um mapa genético mais denso. Embora o número de grupos de ligação encontrado tenha sido inferior ao esperado para a espécie, os resultados podem ser considerados como promissores na área de Genética de Peixes do Brasil, já que estudos de mapeamento genético são praticamente inexistentes em peixes neotropicais.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 4440.pdf: 1223167 bytes, checksum: 6717f03bf9caa89b2ba9d35398dfc4b0 (MD5) Previous issue date: 2012-02-17 / Financiadora de Estudos e Projetos / The destruction of ecosystems and their fragmentation are major environmental problems, being biodiversity conservation one of biggest challenges today .These processes result in the reduction and isolation of populations, threatening the fauna and flora, since in this situation as their populations become more susceptible to negative effects caused by a series of environmental, demographic and genetic factors. Therefore, is necessary to consider the biodiversity in all its levels, from the genetic level, to the species and ecosystem for effective actions in conservation. To assist in conservation programs, conservation genetics uses molecular methods in studies of patterns of genetic variation, indicating not only which species deserve greater efforts in conservation, but also contributing to the assessment of the variability of a population. This study evaluated the genetic diversity and structure of the marsupial Didelphis albiventris at the Morro do Diabo State Park and six adjacent forest fragments. We utilize a set of eight polymorphic microsatellite loci developed for the specie D. virginiana, for a total of 120 individuals sampled. The results indicated high levels of genetic diversity, with values equal to 10,87 alleles per locus, observed heterozygosity of 0,823 and heterozygosity expected of 0,798. We did not detect presence of null alleles. The average value of Fis was -0,033 and all loci were in Hardy-Weinberg equilibrium. Analyses on the population structure through calculations of FST indicated a slight structure in the populations sampled, which was corroborated by the program STRUCTURE, which indicated the existence of four populations. Given these results, we believe that in the area sampled, D. albiventris constitutes a metapopulation. / A destruição dos ecossistemas e sua fragmentação representam grandes problemas ambientais, sendo a conservação da biodiversidade um dos maiores desafios da atualidade. Tais processos resultam na redução e isolamento das populações, podendo colocar em risco a fauna e a flora, já que nesta situação suas populações tornam-se mais suscetíveis aos efeitos negativos de uma série de fenômenos ambientais, demográficos e genéticos. Diante disso, para que ações efetivas de conservação sejam realizadas é necessário considerar a biodiversidade em todos os seus níveis, desde o nível genético, até o de espécies e de ecossistema. Para auxiliar nos programas de conservação, a Genética da Conservação utiliza métodos moleculares em estudos de padrões de variação genética, indicando não apenas quais espécies merecem maiores esforços de preservação, mas também contribuindo para a avaliação da viabilidade de uma população. Este estudo avaliou a diversidade e estrutura genética do marsupial Didelphis albiventris no Parque Estadual do Morro do Diabo e em fragmentos de Mata Atlântica adjacentes. Para isso, utilizamos um conjunto de oito locos microssatélites polimórficos desenvolvidos para a espécie D. virginiana, em um total de 120 indivíduos amostrados. Os resultados indicaram altos índices de diversidade genética, com valores médios iguais à 10,87 alelos por loco, heterozigosidade observada de 0,823 e esperada de 0,798. Não foi detectada a presença de alelos nulos. O valor médio de FIS foi -0,033, e todos os locos estavam em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Análises sobre a estruturação populacional através dos cálculos de FST indicaram uma leve estruturação entre a maioria das populações amostradas, o que foi corroborado através da utilização do programa STRUCTURE, o qual apontou a existência de 4 agrupamentos genéticos. Diante destes resultados, acreditamos que na área amostrada, D. albiventris constitui uma metapopulação.

As técnicas de marcadores moleculares têm sido aplicadas em estudos populacionais das espécies bovinas, verificação de genealogia e teste de paternidade. Dentre os marcadores moleculares, os microssatélites (MS) são amplamente utilizados, porém, alguns problemas técnicos têm motivado o desenvolvimento de alternativas, como os marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeos único (SNP). Assim, surgiu a necessidade de identificar haplótipos SNP que estão em concordância com cada alelo MS e então os genótipos MS poderiam ser convertidos em genótipos SNP e vice-versa, por meio da imputação do genótipo. O objetivo deste trabalho foi aplicar um método para imputar alelos MS a partir de haplótipos SNP, para verificação de paternidade, utilizando animais da raça Nelore e também identificar um menor conjunto de SNP, com qualidade suficiente para otimizar e diminuir o custo da genotipagem. Foram realizadas genotipagens em SNP e MS para 99 trios de animais da raça Nelore provenientes da EMBRAPA Pecuária Sudeste e foi verificada a existência de alelos nulos pelo programa MICRO-CHECKER. Foram selecionados SNP que estivessem próximos de cada marcador MS e o programa BEAGLE foi usado para identificar a fase de ligação dos genótipos. Posteriormente, foi realizada a técnica de imputação dos MS a partir de haplótipos SNP e foi verificada a paternidade pelo programa CERVUS. A precisão da imputação dos alelos MS foi verificada através do cálculo da concordância entre os alelos MS imputados e relatados. O marcador SPS115 foi removido da análise por evidências de alelos nulos, devido ao excesso de homozigotos observados. O marcador mais informativo foi o TGLA122, cujo conteúdo de informação polimórfica (PIC) foi 0,8. Foram encontrados desvios do equilíbrio de HW (P<0,05) para os locos ETH225 e TGLA57. Um maior conjunto de SNP foi necessário para imputação de alelos MS para o marcador BM1824. As taxas de verificação de parentesco foram de 97,1% para os alelos MS genotipados e 96,3% para os MS imputados. Somente 4% dos 99 filhos não tiveram a paternidade atribuída, quando a simulação foi feita apenas para o pai conhecido e 1% quando pai e mãe eram conhecidos. Esta técnica obteve precisão maior que 96% para a imputação de dados MS e permitiu imputar dados genotípicos multialélicos a partir de bi-alélicos. Os resultados terão um impacto imediato para os pesquisadores e associações de criadores que visam a transição do MS para SNP baseada em verificação de parentesco. / Molecular markers techniques have been applied in bovine population studies, genealogy verification and paternity test. Among the molecular markers, microsatellites (MS) are widely used, however, some technical problems have motivated alternatives development, as markers type single nucleotide polymorphism (SNP). Thus, the need to identify SNP haplotypes which are in agreement with each MS allele and then MS genotypes could be converted into SNP genotypes and vice versa, through genotype imputation. The objective of this study was to apply a method to impute MS alleles from SNP haplotypes to verify paternity, using Nellore and also identify a smaller set of SNP, with enough quality to optimize and reduce genotype cost. SNP genotyping was performed at and for 99 MS trios Nellore from EMBRAPA Cattle Southeast and was checked for null alleles by MICROCHECKER. SNP were selected that were near each MS marker and the program BEAGLE was used to identify genotypes phase. Subsequently, were applied the MS imputation technique from SNP haplotype and paternity was verified by CERVUS. The accuracy of MS alleles imputation was verified by calculating the correlation between MS alleles imputed and reported. The SPS115 marker was removed from the analysis for null alleles evidence due to homozygote excess observed. The most informative marker was TGLA122 with 0.8 PIC. Deviations from equilibrium HW (P<0.05) were found for the loci ETH225 and TGLA57. A larger set of SNP was necessary to impute MS alleles for the marker BM1824. The verification rates of paternity were 97.1% for genotyped MS alleles and 96.3% for MS imputed. Using imputed MS alleles and when only the sire was considered only 4% of the 99 offspring were not assigned paternity and 1% when both parents were known. The technique achieved greater than 96% accuracy for MS imputation data. This research allow to impute multi-allelic genotypes from bi-allelic data. Our results will have an immediate impact for researchers and livestock associations aiming the transition from MS- to SNP-based parentage verification.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:28:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseMRF.pdf: 4329380 bytes, checksum: fb6d71119c15dbef7bf2712f160c85c7 (MD5) Previous issue date: 2005-12-29 / Universidade Federal de Minas Gerais / Neotropical passerine birds that inhabit forests understory are thought to be highly sedentary, which may result in greater genetic differentiation among populations than in temperate species. The species of the genus Chiroxiphia (Pipridae) perform highly specialized courtship displays in which males aggregate at traditional arenas, or ``leks´´, performing a precopulatory dance. Each lek consists of 2-6 males, where a linear dominance hierarchy exists. With rare exceptions, the dominant male perform all of the copulations, resulting in one of the highest variances in male mating success ever demonstrated in vertebrates. Since subordinate males (beta) expend energy dancing, increasing the fitness of the alpha male, without receiving any immediate benefit, it has been hypothesized that kin selection could be involved, providing a genetic payoff to the subordinate individuals. Considering that the leks locations are permanent, if kin selection is involved, male dispersal is expected to be limited at some level, while females, that are free to visit different leks, would be the more dispersive sex. Sedentariness associated with the high variance in male mating success, as well as the possibility of kin selection, make of these birds candidates to present high levels of interpopulation structuring. In this work we investigated the extent of variation within and among blue-manakin, Chiroxiphia caudata, populations using 10 polymorphic microsatellite loci, along a 415 km transect, which covers most of the extension of the largest remaining continuum of one of the most endangered ecosystem in the planet, the Brazilian Atlantic forest. Low but significant levels of differentiation were found across populations (FST = - 0.0002 to 0.023). This structuring must be mostly related to social aspects of the species, and three non exclusive hypothesis can be urged to explain it: (1) genetic drift due to the intra population smaller effective population size caused by the high variance in male mating success; (2) inbreeding if males contribute to more than one generation of females and (3) the existence of kin selection among males from the same lek. Besides, an isolation by distance pattern of differentiation was found, indicating that dispersal is at some level limited, which can also have contributed to the observed structuring. Thus, a significant part of the blue manakin genetic diversity was distributed among populations, even at such a limited geographic scale. When these continuous areas get disconnect reducing gene flow, these animals are probably much more prone to suffer inbreeding depression and loose alleles than species that are not naturally inbred, such as most of the temperate birds. In this scenario, preserving continuous areas must be essential to maintain the genetic diversity, and the continuous corridor here studied can be the last large genetic repository for many Atlantic forest organisms. / Os Passeriformes neotropicais que habitam o sub-bosque das áreas florestadas têm sido considerados como sendo altamente sedentários, o que resultaria em maiores diferenciações genéticas entre as populações se comparadas com as aves de ambientes temperados. As espécies pertencentes ao gênero Chiroxiphia (Pipridae) realizam displays de corte altamente especializados, nos quais os machos se agregam em arenas tradicionais, ou leks, para fazerem a dança pré-copulatória. Cada lek consiste de 2-6 machos, havendo uma dominância hierárquica entre eles. Salvo raras exceções, apenas o macho dominante (alpha) tem acesso às cópulas, resultando numa das maiores variâncias no sucesso de acasalamento dos machos já descrita para os vertebrados. Dado que os machos subordinados (beta) gastam energia dançando, aumentando o potencial reprodutivo do macho alpha, sem receber nenhum benefício imediato, tem sido proposto que seleção de parentesco possa estar envolvida, garantindo um ganho genético para estes machos subordinados. Considerando-se que os locais dos leks são permanentes, se seleção de parentesco estiver envolvida espera-se que a dispersão dos machos seja limitada, enquanto as fêmeas, que são livres para visitar diferentes leks, seriam o sexo mais dispersivo. O sedentarismo, associado com a alta variância no sucesso reprodutivo dos machos, bem como a possibilidade de seleção de parentesco, fazem destes animais fortes candidatos a apresentar altos níveis de estruturação interpopulacional. No presente trabalho foi investigada a extensão da variação genética intra e interpopulacional do Tangará-dançarino, Chiroxiphia caudata, utilizando-se 10 loci polimórficos de microssatélites. Os animais (n = 143) foram amostrados em cinco áreas localizadas ao longo de um transecto de 415 km, que cobre a maior parte da extensão do maior corredor contínuo restante da Mata Atlântica, um dos ecossistemas mais ameaçados do planeta. Níveis baixos, mas significativos, de diferenciação foram encontrados (FST = -0,0002 a 0,023). Este estruturação deve estar relacionada com aspectos sociais da espécie em estudo, e três hipóteses não exclusivas podem ser consideradas para explicar a diferenciação observada: (1) ação da deriva genética devido a um menor tamanho efetivo das populações locais causado pela grande desproporção no sucesso de acasalamento dos machos; (2) endocruzamento, se os machos contribuírem com mais de uma geração de fêmeas e (3) a potencial existência de seleção de parentesco entre os machos participantes do mesmo lek. Além disso, um padrão de isolamento pela distância extremamente significativo foi encontrado, indicando que a dispersão é até certo ponto limitada, o que também pode ter contribuído com a estruturação observada. Portanto, uma porção significativa de diversidade genética de C. caudata está distribuída entre as populações, mesmo em escalas geográficas tão limitadas. Quando estas áreas contínuas se tornam fragmentadas, reduzindo o fluxo gênico, estes animais são provavelmente mais propensos a perder alelos e a sofrer os efeitos negativos do endocruzamento do que seriam as espécies que não são naturalmente endocruzadas, como a maioria das aves de ambientes temperados. Neste cenário, a preservação de áreas contínuas deve ser essencial para a manutenção da diversidade genética, e o corredor contínuo onde este trabalho foi realizado pode ser o último grande reservatório de diversidade genética para muitos organismos da Mata Atlântica.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1983.pdf: 2042734 bytes, checksum: b10d1303f047d5017ee103c406c7270b (MD5) Previous issue date: 2008-07-25 / Universidade Federal de Sao Carlos / Shrimp catch is one of the main fishing activities in the world, mostly for the high value of commercialization reached by shrimp meat. Biological characteristics of penaeids make this group of shrimps aspirant to show different levels of population structure. Penaeid species like Farfantepenaeus brasiliensis are dependent of the estuary to complete its life cycle. Thus, the aim of this work was to evaluate if populations of F. brasiliensis, from the coast of Rio Grande do Norte, are structured by morphometrical and molecular analysis. Several measurements (Lt, Lc, La and weight) were recorded for each specimen. Divergence between places has been evaluated by univariate (ANOVA) and multivaried (Discriminant Analysis) techniques. FSTAT and GENEPOP were used to get the molecular levels of genetic variability in each population, as well as, comparisons between populations. The frequentist and bayesian methods were used to detect migrants in GENECLASS software. The results of the 3 morphometric analysis pointed out differences between sex-ratio in all analyzed localities. These results probably are related with differences in growth rate between sex and/or spatial stratification. Significant morphometric differences were obtained between populations by the univariate and multivaried methods. These differences could be consequence of the estuary necessity to complete the life cycle in F. brasiliensis. Likewise, local differences could contribute for these results. Females were more divergent among different areas than males. This result also could be a reflex of the biological characteristics of this species, due to the great relation between the spawning places and the females. The interval between insemination and spawning in shrimp females can be of 10 to 20 days. The molecular results showed medium levels of genetic variability in the analyzed localities. When compared with other species from the same family Ho varied between 0,471 and 0,540. The FST values did not showed genetic structure. However, these results could reflect the low number of analyzed loci, or the predominance of females in the samples, a characteristic inherent of the penaeids. The procedure used to detect migrants did not support the existence of migrants among evaluated populations; however some individuals had been excluded from all populations, probably belonging to other populations not sampled. In such a way, the set of results obtained, plus the biological characteristics of this species, and the distinct environmental characteristics among areas allow us to infer an existence of at least two F. brasiliensis stocks in Rio Grande do Norte coast. / A captura de camarões é uma das atividades pesqueiras de maior importância no mundo, principalmente pelo alto valor de comercialização alcançado por sua carne. Características biológicas dos peneídos fazem deste grupo de camarões candidatos a apresentarem algum grau de estruturação populacional, já que espécies como Farfantepenaeus brasiliensis apresentam certa dependência da presença de estuários para completarem seu ciclo de vida. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar como estão estruturadas as populações de F. brasiliensis na costa do Estado do Rio Grande do Norte por meio de análises morfométricas e moleculares. Para tanto, mensurações (Ct, Cc, Ca e peso) foram obtidas de cada exemplar analisado. Diferencças entre locais foram avaliadas por meio de técnicas univariadas (ANOVA) e multivariadas (Análise discriminante). Os programas FSTAT e GENEPOP foram utilizadados para se obter os níveis de variabilidade genética das populações, bem como, as comparações moleculares entre populações. Para detecção de migrantes os métodos frequentista e bayesiano do software GENECLASS foram adotados. Os resultados das análises morfométricas apontam diferenças nas proporções dos sexos em cada localidade analisada, que podem ser relacionadas a diferenças nas taxas de crescimento entre sexos e/ou estratificação espacial diferencial. Diferenças morfométricas significativas entre os locais foram evidentes tanto por técnicas univariadas como multivariadas. Estas diferenças podem ser resultados da necessidade dos estuários para completar o ciclo de vida por esta espécie, bem como, em virtude das diferenças exitentes entre os estuários presentes nas localidades analisadas. Fêmeas se mostraram mais diferenciadas entre locais que machos. Este resultado também pode ser reflexo de características biológicas da espécie, haja vista que o local de desova guarda grande relação com as fêmeas desta espécie que da inseminação a desova podem levar 2 de 10 a 20 dias. Os resultados moleculares mostraram níveis medianos de variabilidade genética nos locais analisadas, Ho variando entre 0,471 0,540, quando comparadas a outras espécies da mesma família. Os valores de FST obtidos não evidenciaram estruturação genética, no entanto, estes resultados podem ser tanto reflexo do baixo número de locos analisados, como da característica dos peneídeos de um predomíneo de fêmeas nas amostras. O procedimento utilizado para a detecção de migrantes não evidenciou a existência destes entre as populações avaliadas, no entanto, foram identificados indivíduos que foram excluídos de todas as populações podendo pertencer a outras populações não amostradas. Desta forma, o conjunto de resultados obtidos, somados as características biológicas da espécie, e as características ambientais distintas entre locais, nos permitem inferir a existência de pelo menos dois estoques de F. brasiliensis na costa do Rio Grande do Norte.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissEL.pdf: 2495028 bytes, checksum: d96355fb30280d38e4159c481dd3947d (MD5) Previous issue date: 2006-04-10 / Universidade Federal de Sao Carlos / The natural populations of the white shrimp Litopenaeus schmitti are being threatened by intensive fishing, habitat destruction and introduction of exotic culture species. This species presents characteristics related to its distribution and life cycle that may lead to the fine-scale structuring of its populations. The results obtained in the present work by biometric and microsatellite analysis indicated the existence of genetic and morphological structure between three populations sampled off the coast of the State of Rio Grande do Norte. This structuring was more pronounced for females than males, observing the significant differentiation between Diogo Lopes x Touros and Diogo Lopes x Baía Formosa. The factors responsible for this differentiation seem to be related to the habitat and life cycle of the shrimp and the ocean currents. No population was in the Hardy- Weinberg equilibrium, probably due to the significant heterozygote deficit (FIS=0,212, p<0,05). The assignment tests indicated a larger inflow of migrants in the Baía Formosa Diogo Lopes direction, a probable result of the Brazilian Northern Current and the Brazilian North Undercurrent. When the allelic richness and number of private alleles were compared, it was seen that Diogo Lopes and Touros presented similar and significantly larger values than those of Baía Formosa, corroborating the situation of the estuaries that influences each of these populations. The Mantel test did not show isolation by distance, indicating that the populational structure found is due to genetic and genotypic differences. The results obtained in the present work show for the first time that Brazilian shrimp populations may be genetically distinct even with small geographic distances, reinforcing the particular role of estuaries in the maintenance of this genetic diversity. / As populações naturais do camarão branco Litopenaeus schmitti estão sendo ameaçadas pela pesca intensiva, pela destruição de habitat e pela introdução de espécies exóticas de cultivo. Esta espécie apresenta características relacionadas à sua distribuição e ao seu ciclo de vida que podem levar à estruturação em escala fina de suas populações. Os resultados obtidos no presente trabalho a partir de análises biométricas e de marcadores microssatélites indicaram a existência de estruturação genética e morfológica entre três populações amostradas na costa do Rio Grande do Norte. Essa estruturação foi mais pronunciada para as fêmeas e entre as populações de Diogo Lopes x Touros e Diogo Lopes x Baía Formosa. Os fatores atribuídos a essa diferenciação parecem estar relacionados ao habitat, ao ciclo de vida e às correntes oceânicas. Todas as populações se encontraram fora do equilíbrio de Hardy-Weinberg, devido provavelmente ao significativo déficit de heterozigotos (FIS=0,212, p<0,05). Os testes de assignmet indicaram um maior aporte de migrantes na direção Baía Formosa Diogo Lopes, um provável resultado da influência da Corrente Norte do Brasil e da Subcorrente Norte do Brasil. Quando se comparou a riqueza alélica e o número de alelos privados, foi verificado que Diogo Lopes e Touros apresentaram valores similares e significativamente superiores aos de Baía Formosa, dados condizentes com a situação dos estuários que influenciam cada uma dessas populações. O teste de Mantel não apontou isolamento pela distância, indicando que a estrutura populacional encontrada se deve às diferenças gênicas e genotípicas. Os resultados obtidos no presente trabalho mostraram pela primeira vez que as populações de camarões da costa brasileira podem ser genética e morfometricamente distintas mesmo entre curtas distâncias geográficas, reforçando o papel particular dos estuários na manutenção dessa diversidade genética.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:31:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3440.pdf: 2492071 bytes, checksum: b94aa5c86583789dfc913ab73dc5f1de (MD5) Previous issue date: 2011-02-14 / Universidade Federal de Sao Carlos / Studies of population structuring are important tools for the conservation of species and can assist in decisions for the creation, management and restructuring of conservation units. Recent researches conducted with freshwater migratory fish have demonstrated the organization of metapopulations in species of the genus Prochilodus and Brycon, suggesting that the tributaries where the individuals reproduce have a key role in this structuring. Furthermore, the homing behavior, characterized by the return of individuals to their birthplace to breed, has been reported for the genus Prochilodus. This behavior restricts gene flow, which can lead to population structuring. Moreover, a previous study in Prochilodus costatus was not able to detect population structuring when comparing three sites downstream the dam of Três Marias (MG). However, the idea that tributaries may contain different genetic populations remains to be tested. In this context, we investigated the population genetic structure of P. costatus in the region of the headwaters of the São Francisco river, where the extension of the protected area Parque Nacional da Serra da Canastra is discussed. We used ten microsatellite loci to conduct the studies in three tributaries of the Upper São Francisco. We use the fixation index (FST) and AMOVA to verify the genetic differentiation between subpopulations previously defined and assignment tests to see how many people there. The results showed a high diversity within subpopulations, low diversity among subpopulations and the existence of only one population group. Thus, the conservation policies for this species should consider a high variability in a single and large population model. / Estudos de estruturação populacional são ferramentas importantes para a conservação de espécies e podem auxiliar nas decisões para criação, manejo e reestruturação de unidades de conservação. Pesquisas realizadas com peixes migradores de água doce já constataram a organização de metapopulações em espécies dos gêneros Prochilodus e Brycon, sugerindo que os tributários onde ocorre a reprodução dos indivíduos podem ter um papel fundamental nessa estruturação. Além disso, o comportamento de homing, que se caracteriza pelo retorno dos indivíduos ao lugar onde nasceram para se reproduzir, já foi relatado para o gênero Prochilodus. Esse comportamento promove uma restrição no fluxo gênico, que pode acarretar em estruturação populacional. Por outro lado, um estudo prévio em Prochilodus costatus não foi capaz de detectar estruturação populacional, quando foram comparadas três localidades a jusante à barragem de Três Marias (MG). Entretanto, a ideia de que tributários podem conter populações genéticas diferenciadas ainda precisa ser testada. Nesse contexto, investigamos a estrutura genética populacional de P. costatus na região das nascentes do rio São Francisco, onde atualmente se discute a ampliação do Parque Nacional da Serra da Canastra. Utilizamos dez locos microssatélites para realizar os estudos em três tributários do Alto São Francisco. Utilizamos o índice de fixação (FST) e AMOVA para verificar a diferenciação genética entre as subpopulações previamente definidas e testes de atribuição para verificar quantas populações existem. Os resultados obtidos evidenciaram uma alta diversidade intrapopulacional, baixa diversidade entre as subpopulações e a existência de apenas um grupo populacional. Dessa forma, as medidas conservacionistas para essa espécie devem considerar uma alta variabilidade em um modelo de população não estruturada.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 467886 bytes, checksum: 051d33e9fe8f41b61beb20c091a64c17 (MD5) Previous issue date: 2008-02-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The objectives of this work were to study the resistance inheritance of the Híbrido Timor UFV 443-3 to Hemileia vastatrix and identify QTLs associated with resistance to coffee leaf rust. To study the inheritance we used a population of 246 individuals, produced from the controlled self-pollinated F1 H 511-1, 115 susceptible backcrossing (BCS) plants, and 87 resistant backcrossing (BCR) plants, originated from the crossing between F1 with Catuaí amarelo UFV 2148-57 and Híbrido de Timor UFV 443-3, respectively. These populations were inoculated with the race II, and a noncharacterized field isolate, designated pathotype 001, both from a single pustule-isolate of H. vastatrix. For both pathotypes, the Catuaí amarelo UFV 2148-57 was susceptible, while the Híbrido de Timor, the F1, and the BCR plants were resistant. The F2 plants inoculated with the race II showed two goodness of fit by the chi-square test, 15:1 (P=24.92%) and 61:3 (P=87.27%). The resistance inheritance was confirmed by the inoculation of BCs plants which segregated in a rate of 3:1 (P=17.83%), expected for the two genes, whereas the hypothesis of segregation 7:1, expected for three genes, was rejected. These results demonstrate that two independent dominant genes are responsible for the resistance of the Híbrido de Timor 443-3 to the race II of H. vastatrix. Similar results were observed with the pathotype 001 showing a segregation of 15:1 (P=92.13%) in the F2, and 3:1 (P=78.78%) in the BCs. These data indicate that two independent dominant genes, also, control the resistance of the Híbrido de Timor to this pathotype. To identify QTLs associated with the resistance of the Híbrido de Timor UFV 443-3 to coffee leaf rust we tested 286 molecular markers (282 SSR and 4 RAPD) in the parental genotypes. Those polymorphic markers (21 SSR and 4 RAPD) were used to screening the 246 F2 plants and to construct the linkage map. Among the 25 analyzed markers, two did not match to any of the six linkage groups formed by the 23 remaining markers, covering 277.90cM of the genome. Three QTLs were identified, QTLHv1, QTLHv2 and QTLHv3, that explain, 5.94%, 5.52% and 15.92% of the phenotypic variation respectively. The LOD score and the recombination frequency between the marker and respective QTLs were 3.69 and 14cM to the QTLHv1, 3.18 and 0.5cM to the QTLHv2, and 10.33 and 22cM to the QTLHv3. This is the first report of SSR markers in the identification of QTLs associated to the coffee tree resistance to H. vastatrix. These QTLs could be used in the assisted selection for introgression of genes for resistance from the Híbrido de Timor UFV 443-3 to coffee leaf rust into commercial genotypes. / Este trabalho teve como objetivos estudar a herança da resistência do Híbrido de Timor UFV 443-3 a Hemileia vastatrix e identificar QTLs associados à resistência à ferrugem do cafeeiro. Para o estudo da herança, foram utilizadas 246 plantas da população F2, originadas da autofecundação controlada do F1 H 511-1, 115 plantas do retrocruzamento suscetível (RCS) e 87 do retrocruzamento resistente (RCR), derivados de cruzamentos do F1 com o genótipo Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) e o Híbrido de Timor UFV 443-3, respectivamente. Essas plantas foram inoculadas com a raça II de H. vastatrix e um isolado coletado de Coffea arabica Oeiras , de raça desconhecida, denominado patótipo 001, ambos isolados de lesões monopustulares. Para os dois patótipos, o Catuaí Amarelo UFV 2148-57 foi suscetível, enquanto que o Híbrido de Timor UFV 443-3, a F1 e as plantas do RCR foram resistentes. As plantas F2, quando inoculadas com a raça II, apresentaram duas segregações significativas pelo teste Qui-quadrado, 15:1 (P=24,92%) e 61:3 (P=87,27%). A herança da resistência foi confirmada pela inoculação das plantas do RCS que segregaram na proporção de 3:1 (P=17,83%), esperado para os dois genes, enquanto que a segregação 7:1, esperada para três genes, foi rejeitada. Estes dados sugerem que dois genes dominantes e independentes conferem a resistência desse Híbrido de Timor à raça II de H. vastatrix. Resultados semelhantes foram obtidos com o patótipo 001, onde foi observada segregação de 15:1 (P=92,13%) na F2 e de 3:1 (P=78,78%) no RCS, demonstrando, também, que dois genes dominantes e independentes controlam a resistência do Híbrido de Timor a esse outro patótipo. Para a identificação de QTLs associados à resistência do Híbrido de Timor UFV 443-3 a H. vastatrix, 286 marcadores moleculares (282 SSR e 4 RAPD) foram analisados nos parentais. Os marcadores polimórficos (21 SSR e 4 RAPD) foram utilizados para amplificar o DNA das 246 plantas F2 e construir o mapa genético. Dos 25 marcadores analisados, dois não se ligaram a nenhum dos seis grupos de ligação formados pelos 23 marcadores restantes, que cobriram 277,90 cM do genoma. Três QTLs foram identificados e designados como QTLHv1, QTLHv2 e QTLHv3, que explicaram, respectivamente, 5,94%, 5,52% e 15,92% da variação fenotípica. Os valores de LOD e distância entre as marcas e respectivos QTLs foram de 3,69 e 14 cM para o QTLHv1, 3,18 e 0,5 cM para o QTLHv2 e 10,33 e 22 cM para o QTLHv3. Este é o primeiro relato da utilização de marcadores SSR na identificação de QTLs associados à resistência do cafeeiro a H. vastatrix. Esses QTLs poderão ser utilizados na seleção assistida para a introgressão de genes de resistência do Híbrido de Timor UFV 443-3 à ferrugem nos genótipos comerciais.