La détection de gènes est une étape importante dans la compréhension des effets de l'information génétique d'un individu sur ses caractères phénotypiques. Durant mon doctorat, j'ai étudié les méthodes statistiques pour conduire les analyses de génétique d'association, avec les hybrides de maïs comme modèle d'application. Je me suis tout d'abord intéressé à l'estimation des paramètres d'apparentement entre individus à partir de données de marqueurs bialléliques. Cette estimation est réalisée dans le cadre d'un modèle de mélange paramétrique. J'ai étudié l'identifiabilité de ce modèle dans un cadre général mais aussi dans un cadre plus spécifique où les individus étudiés étaient issus de croisements entre lignées, cadre représentatif des plans de croisement classiquement utilisés en génétique végétale. Je me suis ensuite intéressé à l'estimation des paramètres des modèles mixtes à plusieurs composantes de variance et plus particulièrement à la performance des algorithmes pour tester l'effet de très nombreux marqueurs. J'ai comparé pour cela des logiciels existants et optimisé un algorithme Min-Max. La pertinence des différentes méthodes développées a finalement été illustrée dans le cadre de la détection de QTL à travers une analyse d'association réalisée sur un panel d'hybrides de maïs. / The detection of genes is a first step to understand the impact of the genetic information of individuals on their phenotypes. During my PhD, I studied statistical methods to perform genome-wide association studies, with maize hybrids as an application case. Firstly, I studied the inference of relatedness coefficients between individuals from biallelic marker data. This estimation is based on a parametric mixture model. I studied the identifiability of this model in the generic case but also in the specific case of mating design where observed individuals are obtained by crossing lines, a representative case of classical mating design in plant genetics. Then I studied inference of variance component mixed model parameters and particularly the performance of algorithms to test effects of numerous markers. I compared existing programs and I optimized a Min-Max algorithm. Relevance of developed methods had been illustrated for the detection of QTLs through a genome-wide association analysis in a maize hybrids panel.

Le traitement par éfavirenz, un médicament antirétroviral, a été associé avec des changements de profil lipidique potentiellement défavorables. Ce travail a abordé la question de savoir si ces effets dépendent des concentrations plasmatiques d’éfavirenz et, dans ce cas, si sa posologie pourrait être optimisée sans perte d'efficacité.Un modèle de pharmacocinétique de population a été développé à partir de données d’enfants infectés par le VIH. La simulation d’une population normalisée sous éfavirenz aux posologies recommandées montre que 15 % des enfants auraient des concentrations insuffisantes 12 heures après la prise, ce qui serait associé à un risque de la réplication virale de 23 %.Pour décrire la relation entre taux plasmatiques d'éfavirenz et changements de taux de cholestérol, des modèles de pharmacocinétique-pharmacodynamique (PK-PD) de réponse indirecte ont été développés. Le modèle sélectionné prédit que les taux d’éfavirenz individuels sont associés à une augmentation des lipoprotéines de haute densité sur 5 ans, et des lipoprotéines de basse densité durant 4 mois avec un retour progressif aux valeurs de base.Pour évaluer l’impact des concentrations d'éfavirenz sur l'efficacité, un modèle dynamique PK-PD a décrit la relation entre ces concentrations et l’évolution de la charge virale VIH et du taux de CD4. Un score d’efficacité a été développé sur la base d’hypothèses pharmacodynamiques pour prédire le risque de la réplication virale.L’utilisation de l’éfavirenz aux posologiques recommandées par la Food and Drug Administration aux Etats-Unis semble assurer une efficacité optimale et des changements potentiellement favorables dans les fractions de cholestérol. / As other antiretroviral drugs, treatment with efavirenz has been associated with potentially unfavorable lipid profile changes in adults and in children. The thesis addressed the question of whether these changes depend on efavirenz plasma concentrations and if dose adjustments could be envisioned without loss of efficacy.To estimate individual efavirenz exposure over 24 hours, a population pharmacokinetic model was developed using data from HIV infected children. Simulations for a normalized population receiving efavirenz dosed according recommendations predicted that 15% of children would have insufficient mid dose concentrations, associated with a 23% risk of viral replication.To describe the relationship between efavirenz concentrations and cholesterol changes, population pharmacokinetic-pharmacodynamic (PK-PD) indirect response models were developed. The selected model predicted that individual efavirenz concentrations were associated with an increase in high-density lipoprotein concentrations over 5 years but with an increase in low-density lipoprotein concentrations only during the first 4 months of treatment followed by a gradual return to baseline.To study the importance of efavirenz concentrations with regard to efficacy, a PK-PD dynamics model was developed to describe the relationship between concentrations and HIV RNA load and CD4 cell count evolutions. A score was defined based on a pharmacodynamic hypothesis to predict the risk of viral replication.Using US Food and Drug Administration dosing recommendations in children ensure optimal efficacy and potentially favorable changes in cholesterol fractions.

Dans cette thèse, nous avons essayé d'apporter une contribution à l'étude de la concurrence imparfaite. L'objectif de ce travail étant d'apporter des réponses pertinentes à des situations d'interaction stratégique entre les agents économiques. Autrement dit, nous avons traité de point de vue stratégique, les différents jeux stratégiques qui engagent les agents économiques, et avons caractérisé la situation d'équilibre pour chaque type de jeu. La première partie de ce travail est consacrée à l'analyse de l'effet de l'ouverture du dimanche, sur les entreprises, les consommateurs et le surplus global. Dans la deuxième partie de cette thèse, nous étudions la fusion horizontale, nous abordons tout d’abord une question clé en recherchant les conditions nécessaires afin de garantir la profitabilité d'une fusion dans le cadre d'un duopole mixte. Finalement, nous essayons de développer une fusion séquentielle qui peut être profitable de façon endogène. / In this thesis, we have tried to make a contribution to the study of imperfect competition. The objective of this work is to provide relevant answers to situations of strategic interaction between economic agents. In other words, we have dealt with the strategic point of view, the different strategic games that engage the economic agents, and characterized the situation of balance for each type of game. The first part of this work is dedicated to the analysis of the effect of Sunday’s opening, on companies, consumers and global surplus. In the second part of this thesis, we study the horizontal merger. First, we looking for the necessary conditions to guarantee the profitability of a merger in the context of a mixed duopoly. Finally, we try to develop a sequential merger which can be profitable in an endogenous way.

Dans cette thèse, nous étudions deux problèmes de planification de production motivés par des applications du monde réel. Tout d'abord, un problème de planification de production pour un projet de fabrication de vêtements est étudié et un outil d'optimisation est développé pour le résoudre. Deuxièmement, une version restreinte du problème de dimensionnement du lot de capacité avec des configurations dépendantes de la séquence est explorée. Diverses formulations mathématiques sont développées et une analyse de complexité est effectuée pour donner une première analyse du problème. / In this thesis, we study two production planning problems motivated by challenging real-world applications. First, a production planning problem for an apparel manufacturing project is studied and an optimization tool is developed to tackle it. Second, a restricted version of the capacitated lot sizing problem with sequence dependent setups is explored. Various mathematical formulations are developed and complexity analysis is performed to offer a first glance to the problem.

Le fromage, comme tout produit frais, doit être conservé à basse température tout au long de la chaîne du froid. Une particularité des fromages à pâte molle (camembert, par exemple) est qu’ils dégagent un flux de chaleur important à cause de la respiration des microorganismes qui y sont présent. D’un point de vue thermique, suffisamment d’air froid doit entrer dans une palette de fromage pour évacuer la chaleur dégagée afin de maintenir une température stable dans le système. D’un point de vu aéraulique, l’échauffement du produit induit de la convection naturelle à l’intérieur de la palette. Plusieurs modes de convection sont donc présents : la convection forcée imposée par les ventilateurs de la chambre froide autour de la palette et la convection mixte, combinaison de convections forcée et naturelle, à l’intérieur de la palette. Ceci augmente par conséquent la complexité de l’écoulement d’air. Le régime de convection mixte apparait surtout à faible vitesse de ventilation ce qui est souvent le cas lors du stockage en chambre froide. De plus, le système est influencé par un grand nombre de paramètres : l’orientation de la palette, l’ajourage des cartons, la vitesse de soufflage, la puissance de chauffage…L’objectif de la thèse est d'apporter de nouvelles connaissances sur les écoulements d'air et les transferts thermiques au sein d'empilements de produits dégageant de la chaleur et faiblement ventilés. Ces connaissances visent également à répondre à des problématiques industrielles. Les acquis du projet doivent contribuer à améliorer la conception aéraulique des emballages et des modes de palettisation du fromage, qui à ce jour est réalisée de manière empirique. Il convient également de noter que la problématique scientifique abordée dans ce projet (interactions aérodynamiques et thermiques entre convection forcée et naturelle autour et au sein d'empilements d’objets) présente des applications dans d’autres domaines tels que le refroidissement des circuits électroniques.La thèse se compose de deux parties principales : Une étude expérimentale et une étape de modélisation. Dans l’approche expérimentale, une maquette de palette à l’échelle 1 a été conçue dans laquelle les produits ont été remplacés par des blocs de plâtre munis de résistances chauffantes afin de simuler le flux de chaleur dégagé par le produit. Les expérimentations ont été réalisées dans une cellule à température et vitesse d’air maitrisées pour deux vitesses amont : 0.31 et 0.73 m.s-1, trois puissances de chauffage : 0.05 W, 0.15 W et 0.30 W par produit (0.25kg) et deux orientations de la palette. L’utilisation d’un vélocimètre laser par effet Doppler (LDV) et d’un anémomètre à fil chaud ont permis de caractériser les écoulements (profils de vitesses, débit d’air dans les orifices) selon la vitesse amont et la puissance de chauffage. L’implantation de 200 thermocouples répartis dans l’ensemble du montage expérimental a par ailleurs permis d’obtenir les profils de température de l’air et des produits au sein de la palette selon ces mêmes paramètres.La partie modélisation a été réalisée selon deux approches: une simulation détaillée par mécanique des fluides numériques (CFD) avec un maillage de plusieurs millions de cellules et un modèle zonal (une vingtaine de zones) assimilant le système à un réseau hydraulique. Les deux modèles ont été validés grâce aux données expérimentales. L’approche CFD a permis d’obtenir des informations non accessibles à partir des mesures expérimentales ce qui a facilité la compréhension des phénomènes. L’approche zonale, de par sa simplicité d’utilisation et son faible temps de calcul est quant à elle plus adaptée pour une utilisation industrielle. / Cheese, like any fresh product, must be kept at a low temperature throughout the cold chain. A particularity of soft cheeses (Camembert, for example) is that they generate a significant amount of heat due to the respiration of the microorganisms. From a thermal point of view, cold air must flow within a cheese pallet to remove the heat released in order to achieve better production temperature control. From an airflow point of view, heat generated by the product induces natural convection inside the pallet. Several convection modes are therefore present: the forced convection imposed by the fans of the cold room around the pallet and the mixed convection, combination of forced and natural convection, inside the pallet. This therefore increases the complexity of the airflow. The mixed convection regime appears mainly at low fan speed which is often the case during storage. In addition, the system is influenced by many parameters: the orientation of the pallet, the opening area of the cartons, the blowing speed, the heat flux...The aim of the PhD is to provide inner knowledge on air flows and heat transfer within pallets of heat-generating products with low ventilation. This knowledge also aims to answer industrial problems. The PhD’s results should contribute to improve the design of vented cheese packaging and palletizing methods, which is currently done empirically. It should also be noted that the scientific topic addressed in this project related to aerodynamic and thermal interactions between forced and natural convection around and within the pallet has applications in other areas such as the cooling of electronic circuits.The PhD consists of two main parts: an experimental and a numerical study. In the experimental approach, a full scale pallet was built in which the products were replaced by plaster blocks inserted with heating resistance to simulate the heat flow generated by cheese. The experiments were carried out in a controlled temperature and air velocity room for two air inflow velocities: 0.31 and 0.73 m.s-1, three heat fluxes: 0.05 W, 0.15 W and 0.30 W per product (0.25 kg) and two orientations of the palette. The use of a laser Doppler velocimetry (LDV) and a hot-wire anemometer allowed characterizing airflows (velocity profiles, air flow rate in the vent holes) according to the air inflow velocity and the heat flux. The implementation of 200 thermocouples distributed throughout the experimental set-up also made it possible to obtain the temperature levels of the air and the products within the pallet according to these same parameters.The numerical study was performed by two approaches: a detailed model by computational fluid dynamics (CFD) with several millions of elements and a zonal model (about twenty zones) assimilating the system to a hydraulic network. Both models were validated using experimental data. The CFD gave complement information which is not accessible by the experimental measurements, which facilitated the understanding of the phenomena. The zonal approach, by its simplicity of use and its low computing time is more suitable for an industrial use.

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Cette thèse fait une étude sur deux moyens d'enrichir l'environnement flottant courant : le premier est d'obtenir plusieurs versions d'implantation pour chaque fonction mathématique, le deuxième est de fournir des opérations de la norme IEEE754, qui permettent de mélanger les entrées et la sortie dans les bases différentes. Comme la quantité de versions différentes pour chaque fonction mathématique est énorme, ce travail se concentre sur la génération du code. Notre générateur de code adresse une large variété de fonctions: il produit les implantations paramétrées pour les fonctions définies par l'utilisateur. Il peut être vu comme un générateur de fonctions boîtes-noires. Ce travail inclut un nouvel algorithme pour le découpage de domaine et une tentative de remplacer les branchements pendant la reconstruction par un polynôme. Le nouveau découpage de domaines produit moins de sous-domaines et les degrés polynomiaux sur les sous-domaines adjacents ne varient pas beaucoup. Pour fournir les implantations vectorisables il faut éviter les branchements if-else pendant la reconstruction. Depuis la révision de la norme IEEE754 en 2008, il est devenu possible de mélanger des nombres de différentes précisions dans une opération. Par contre, il n'y a aucun mécanisme qui permettrait de mélanger les nombres dans des bases différentes dans une opération. La recherche dans l'arithmétique en base mixte a commencé par les pires cas pour le FMA. Un nouvel algorithme pour convertir une suite de caractères décimaux du longueur arbitraire en nombre flottant binaire est présenté. Il est indépendant du mode d'arrondi actuel et produit un résultat correctement arrondi. / This work investigates two ways of enlarging the current floating-point environment. The first is to support several implementation versions of each mathematical function (elementary such as $\exp$ or $\log$ and special such as $\erf$ or $\Gamma$), the second one is to provide IEEE754 operations that mix the inputs and the output of different \radixes. As the number of various implementations for each mathematical function is large, this work is focused on code generation. Our code generator supports the huge variety of functions: it generates parametrized implementations for the user-specified functions. So it may be considered as a black-box function generator. This work contains a novel algorithm for domain splitting and an approach to replace branching on reconstruction by a polynomial. This new domain splitting algorithm produces less subdomains and the polynomial degrees on adjacent subdomains do not change much. To produce vectorizable implementations, if-else statements on the reconstruction step have to be avoided. Since the revision of the IEEE754 Standard in 2008 it is possible to mix numbers of different precisions in one operation. However, there is no mechanism that allows users to mix numbers of different radices in one operation. This research starts an examination ofmixed-radix arithmetic with the worst cases search for FMA. A novel algorithm to convert a decimal character sequence of arbitrary length to a binary floating-point number is presented. It is independent of currently-set rounding mode and produces correctly-rounded results.

La séparation CO2/N2 et H2/CO2 permet de limiter le rejet de CO2 dans l’atmosphère issu des gaz industriels et les membranes présentent de nombreux avantages tant sur le plan économique que pratique. Les membranes polymère sont faciles à mettre en forme mais un compromis entre perméabilité et sélectivité doit généralement être trouvé : pour améliorer les performances, des membranes à matrice mixte (MMM) incorporant des MOFs (matériaux hybrides poreux cristallisés) dispersés dans la phase polymère ont été proposées. A la différence des matériaux poreux inorganiques, les MOFs ont une meilleure compatibilité avec la matrice polymère du fait de leur caractère hybride organiqueinorganique. Dans le cadre de cette thèse, des polycarboxylates de Fe3+ et Al3+ poreux, stables à l’eau, et possédant de bonnes propriétés d’adsorption sélective du CO2 ont été synthétisés en milieu aqueux et mis à l’échelle de quelques grammes. Deux nouveaux polycarboxylates de Fe3+ poreux fonctionnalisés par des fonctions -COOH libres ont été obtenus à température ambiante. Pour l’un d’entre eux, la structure a été déterminée par diffraction des rayons X. Une deuxième partie de la thèse a été consacrée à la synthèse de nanoparticules de MOFs avec un bon rendement. Une partie importante de ce travail a porté sur le contrôle de la taille et la morphologie des nanoparticules de MIL-96(Al). Ce travail a conduit à la préparation de MMMs à base de MIL-96(Al) dont les performances sont supérieures à la membrane pure polymère pour la séparation CO2/N2. La dernière partie de ce travail de thèse a porté sur l’étude physico-chimique de la compatibilité entre le ZIF-8 et deux polymères (PVA et PIM-1). Ce travail a consisté à effectuer une caractérisation complète de solutions colloïdales MOFs/polymère en couplant plusieurs techniques (DLS, TEM, SAXS). Cette étude a montré que la compatibilité MOF/polymère est très dépendante de la chimie de surface des MOFs et des propriétés physico-chimiques du polymère (rigidité, caractère hydrophile/hydrophobe…). / CO2 capture and storage (CCS) is of high economical and societal interest. CO2/N2 andH2/CO2 separations are able to limit atmospheric CO2 emissions produced by industrial exhausts andmembranes present numerous economical and practical advantages. Polymer membranes are easy toprocess and possess interesting mechanical properties. However, there is a trade-off to make betweenpermeability and selectivity. Mixed-matrix membranes (MMM) based on MOFs (porous crystallinehybrid materials) have been proposed to boost the performances of polymer membranes for CO2capture. In comparison to other inorganic porous materials, one may expect that the compatibilitybetween MOFs and polymers is enhanced due to the hybrid character of MOFs.In this work, porous water stable polycarboxylate MOFs based on Fe3+ and Al3+ with promisingproperties for CO2 adsorption were synthesized for large-scale production using water as the mainsolvent. Two new porous polycarboxylate Fe3+ MOF bearing free -COOH groups in the frameworkwere obtained at room temperature as nanoparticles. The crystallographic structure of one of thesematerials was determined by single crystal X-ray diffraction. A second part of the thesis was devotedto the synthesis of MOFs nanoparticles with good yield. We focused our attention on the control of thediameter and morphology of MIL-96(Al) nanoparticles. This study led to the preparation of MMMsbased on MIL-96(Al) with promising properties for CO2/N2 separation. Finally, the compatibilitybetween MOF particles and polymers was studied for two systems (ZIF-8/PIM-1 and ZIF-8/PVOH),showing the influence of the surface chemistry of MOFs and the physico-chemical properties ofpolymer on the matching between MOFs and polymers.

Les capteurs intelligents permettentaux systèmes embarqués d’analyser leurenvironnement sans transmission de donnéesbrutes, consommatrice d’énergie. Ce mémoireprésente donc un travail sur un imageur intégrantdu traitement d’image. Deux figures de méritesont introduites pour classer l’état de l’art desimageurs intelligents en fonction de leurversatilité et de leur préservation de la surfacephotosensible. Cela met en évidence uncompromis que ce travail essaie d’améliorer enexplorant une approche par macropixels. Eneffet, en regroupant les éléments de calculs (PEs)pour plusieurs pixels, les traitements sont à lafois massivement parallèles et potentiellementplus versatiles à surface photosensible donnée.Une adaptation du filtrage spatial et du filtragetemporel en adéquation avec une architecture parmacropixels est proposée (sous-échantillonnagepar 3x3 pixels et par 2x2 pixels respectivement),et validée fonctionnellement. Une architectured’imageur en macropixels asymétriques est doncprésentée. Le PE conçu est un circuit analogiqueà capacités commutées, programmable par uncontrôle numérique extérieur à la matrice. Sondimensionnement est discuté pour descompromis entre surface et précision des calculs,avant d’être implémenté en calcul approximépour notre cas. La matrice proposée a été simuléeen vue extraite et présente des images de résultatsde détection de contours ou de différencetemporelle corrects, avec un facteur deremplissage de 28%. / Smart sensors allow embeddedsystems for analysing their environment withoutany transmission of raw data, which consumes alot of power. This thesis presents an imagesensor integrating image processing tasks. Twofigures of merit are introduced in order toclassify the state of the art of smart imagersregarding their versatility and their preservationof photosensitive area. This shows a trade-offthat this work aims at improving by using amacropixel approach. By merging processingelements (PEs) between several pixels,processing tasks are both massively parallel andpotentially more versatile at givenphotosensitive area. An adaptation of spatial andtemporal filtering, matching such anarchitecture is proposed (downsampling by3x3 and 2x2 pixels respectively for eachprocessing task) and functionnally validated. Anarchitecture of asymmetric macropixels is thuspresented. The designed PE is an analogswitched capacitor circuit that is controlled byout-of-matrix digital electronics. The sizing ofthe PE is discussed over the trade-off betweenaccuracy and area, and implemented in anapproximate computing approach in our study.The proposed matrix of pixels and PEs issimulated in post-layout extracted views andshows good results on computed images of edgedetection or temporal difference, with a 28% fillfactor.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.