Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The genus Scleroderma Pers.: Fr. belongs to Order Boletales, Phylum Basidiomycota, and involves a group of fungi whose spore production occurs in an enclosed hymenium with passive basidiospores release. The main morphological characteristic of this genus are the size and ornamentation of the spores and mycorrhizal association with various tree species. The aim of this study is to identify Scleroderma species of Pampa biome region by using techniques of morphological analysis and molecular biology following specific methodologies. For an accurate analysis of the basidiospore ornamentation, scanning electron microscopy (SEM) was used. The specimens collected were deposited in the Herbarium SMDB of the Department of Biology, Federal University of Santa Maria - UFSM. For the analysis of phylogenetic relationships of selected species of Scleroderma was sequenced the rDNA (ITS1-5.8S-ITS2) region of some specimens collected or obtained from other herbaria for comparison with sequences deposited in GenBank. Two species were identified: S. albidum; S. citrinum and a specimen to genus level (Scleroderma sp.). We have generate 20 new ITS sequences, clustering most of them, in S. albidum clade, contrasting, however, with basidiome morphological variation initially observed; they represent the first records of this species for the ITS region in GenBank database. Sequences in clade S. albidum showed high similarity with some other nominated as S. bovista, S. aurantium and Sceroderma sp. from GenBank so, the latter sequences are considered as conspecific in the clade. S. citrinum clustered together with homonymous sequences from China, United States and Germany being conspedifics, and its basidiomes were the most identifable in study area by their morphological characteristics. The specimen ICN:154625, from Rio Grande do Sul, State nominated as S. verrucosum, showed high similarity with sequences of S. areolatum and were identified under the latter name. The phylogenetic analysis confirms the literature trend on formation of two major infrageneric clades combining, respectively, echinulate spores plus simple-septate hyphae and reticulate spores plus fibulae. Scleroderma sp. appeared phylogenetically isolated from these two main clusters suggesting a probable formation of a new clade combining echinulate spores and fibulae. / O gênero Scleroderma Pers.: Fr. pertence à Ordem Boletales, Filo Basidiomycota, e envolve um grupo de fungos cuja produção dos esporos ocorre em um himênio fechado, com liberação passiva dos basidiósporos. As principais características morfológicas deste gênero são o tamanho e ornamentação dos esporos e a associação micorrízica com várias espécies arbóreas. Este trabalho tem por objetivo buscar a identificação das espécies do gênero Scleroderma de ocorrência no bioma Pampa, utilizando, para esta finalidade, técnicas morfológicas e de moleculares, segundo metodologias específicas para o estudo do grupo. Para a análise inequívoca da ornamentação dos basidiósporos, foi utilizada a Microscopia Eletrônica de Varredura MEV. Os espécimes coletados foram depositados no Herbário SMDB do Departamento de Biologia da Universidade Federal de Santa Maria - UFSM. Para a análise das relações filogenéticas das espécies selecionadas de Scleroderma, foram sequenciadas as regiões ITS1-5.8S-ITS2 do rDNA de alguns espécimes coletados ou obtidos de outros herbários para comparação com sequências depositadas no GenBank. Duas espécies foram identificadas: S. albidum; S. citrinum e um espécime a nível somente de gênero (Scleroderma sp.). Foram obtidas 20 novas sequencias de ITS, a maioria delas agrupando-se no clado para S. albidum contrapondo a variação morfológica inicialmente verificada nos basidiomas e representando os primeiros registros desta espécie para a região ITS no banco de dados do GenBank; as sequências deste clado também apresentaram alta similaridade com outras do GenBank nominadas como S. bovista, S. aurantium e Scleroderma sp. (da Estônia e Montenegro), permitindo, assim, a retificação nas suas identidades para S. albidum, S. citrinum alinhou com sequências homônimas da China, Estados Unidos e Alemanha mostrando-se conspecíficas, e seus basidiomas podem ser considerados os de mais fácil identificação da área de estudo pelas suas características morfológicas. O espécime ICN:154625, nominado como S. verrucosum, anteriormente citado para o Rio Grande do Sul, mostrou alta similaridade com sequências de S. areolatum do GenBank, formando um clado S. areolatum. A análise filogenética confirma a tendência na literatura para a formação de dois grandes clados infragenéricos combinando, respectivamente, esporos reticulados e hifas fíbuladas ou esporos equinulados e septos simples. Scleroderma sp. isolou-se filogeneticamente dos dois grupos anteriores sugerindo a provável formação de um novo clado combinando com esporos equinulados e hifas fíbuladas.

CoordenaÃÃo de AperfeiÃoamento de NÃvel Superior / Plant virus identification and characterization can be achived by several methods based in the biological, morphological, cytological, serological and molecular virus properties. The molecular properties have been used with frequency for vÃrus identification and characterization and the reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) has constituted an efficient and precise method for researches with RNA plant viruses. On the other hand, the enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) is the most used serological method for virus detection in plant tissues. A techncal innovation developed for plant virus identification represents a great technological development and support for plant virus research. A new approach involving virus particle immune precipitation to be used for RNA amplification by RT-PCR named IP-RT-PCR was sucessefuly used for amplification of RNA fragments from five virus species from the genera Comovirus, Cucumovirus, Potyvirus and Sobemovirus. Considering that the immune biological Companies have developed several DAS-ELISA kits, but neither of them produce and commercialize PTA-ELISA kits, a simple and practical PTA-ELISA kit was developed and validated for plant virus detection. The second part of the research had the objective to study, comparatively, the biological, serological and molecular properties of four plant virus isolates obtained from naturally infected Passiflora edulis (PWV-PET and PWV-GUA) and from naturally infected Vigna unguiculata (CABMV-BV and CABMV-FOR) with the objective to elucidate the identity of the causal agent of passion fruit woodiness in Brazil. In host range studies onle Canavalia ensiformes and Macroptilium lathyroides were infected by virus isolates obtained from cowpea and from passion fruit. The isolate PWV-GUA was purified from systemically infected M. lathyroides plants and the virus purified preparation (18.24 mg of virus.ml-1) was used for rabitt immunization for polyclonal antiserum production, which showed a title of 1:128,000 in PTA-ELISA. The electrophoresis analysis of the purified virus showed a unique capsidial protein with 34 kDA. Plant virus interaction studies in C. ensiformis indicated unilateral cross protection between PWV-GUA and CABMV-FOR. On the other hand, the isolate PWV-PET did not cross protect passion fruit plants against PWV-GUA. Filogenetic analysis of nucleotiode sequencies from cDNA fragments corresponding to coat protein (CP) genes amplified by IP-RT-PCR from the genomic virus isolates compared with virus sequencies from the Genbank grouped according to the host specifities. Based on the biological, serological and mainly molecular results, the virus isolates studied were classified into two biotypes: Biotype CABMC-C (Cowpea) to include isolates obtained from cowpea that do not infect passion fruit, and biotype CABMV-P (Passion fruit) to include the virus isolates responsible for the passion fruit woodiness in Brazil. / A identificaÃÃo e a caracterizaÃÃo de vÃrus de planta podem ser realizadas por vÃrios mÃtodos envolvendo propriedades morfolÃgicas, biolÃgicas, citolÃgicas, moleculares e sorolÃgicas. As tÃcnicas moleculares tÃm sido usadas com frequencia para identificaÃÃo e caracterizaÃÃo de vÃrus, e a tÃcnica de âreverse transcription polymerase chain reactionâ (RT-PCR) tem se constituÃdo em mÃtodo eficiente e preciso para pesquisas com vÃrus de planta com genoma de RNA. De outra parte, a tÃcnica de enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) constitui o mÃtodo sorolÃgico mais usado para detecÃÃo de vÃrus em tecidos vegetais. Uma inovaÃÃo tecnolÃgica desenvolvida nesta pesquisa para diagnose de vÃrus de planta representa grande avanÃo tecnolÃgico e suporte para pesquisa em virologia vegetal. A inovaÃÃo envolvendo a imunoprecipitaÃÃo (IP) de partÃculas de vÃrus para uso na RT-PCR denominada de IP-RT-PCR foi usada com sucesso para amplificaÃÃo de fragmentos de RNA de cinco espÃcies de vÃrus dos gÃneros Comovirus, Cucumovirus, Potyvirus e Sobemovirus. Considerando que kits de DAS-ELISA tÃm sido produzidos e comercializados por companhias de imunobiologicos, mas nenhuma companhia produz kits de PTA-ELISA, um kit simples e prÃtico de PTA-ELISA foi desenvolvido e validado para detecÃÃo de vÃrus de planta. A segunda etapa da pesquisa teve como objetivo estudar as propriedades biolÃgicas, sorolÃgicas e moleculares de isolados de vÃrus do gÃnero Potyvirus obtidos de maracujazeiro (Passiflora edulis) (PWV-PET e PWV-GUA) e isolados de Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV-FOR e CABMV-BV) obtidos de feijoeiro caupi (Vigna unguiculata), visando elucidar a identidade do agente causal do endurecimento dos frutos do maracujazeiro no Brasil. Em estudos de gama de plantas hospedeiras, somente Canavalia ensiformis e Macroptilium lathyroides foram infetadas por isolados obtidos de maracujazeiro e de feijoeiro caupi. O PWV-GUA foi purificado a partir de plantas de M. lathyroides sistemicamente infetadas e a preparaÃÃo viral purificada (18,24 mg de vÃrus.ml-1) foi usada para imunizaÃÃo de coelho com a produÃÃo de antissoro policlonal com tÃtulo de 1:128.000 em PTA-ELISA. AnÃlise eletroforÃtica da preparaÃÃo viral purificada revelou uma Ãnica proteÃna capisidial com peso molecular de 34 kDa. Experimentos de interaÃÃo entre os isolados virais em C. ensiformis indicaram proteÃÃo unilateral entre PWV-GUA e CABMV-FOR. De outra parte, o isolado PWV-PET nÃo protegeu plantas de maracujazeiro contra a super infecÃÃo de PWV-GUA. AnÃlises filogenÃticas das seqÃÃncias dos fragmentos de cDNA correspondentes Ãs capas protÃicas (CP), amplificados a partir dos genomas dos isolados virais de maracujazeiro e de feijoeiro caupi por IP-RT-PCR, agruparam-se com as seqÃÃncias de isolados virais de referidas culturas depositadas no GenBank, apresentando um agrupamento em funÃÃo da especificidade de hospedeiros. Com base nos resultados dos estudos biolÃgicos, sorolÃgicos e, sobretudo moleculares, os isolados virais estudados foram classificados em dois biÃtipos: BiÃtipo CABMV-C (Cowpea) incluindo os isolados obtidos de feijoeiro caupi e biÃtipo CABMV-P (Passion fruit) para incluir os isolados responsÃveis pelo endurecimento dos frutos do maracujazeiro no Brasil.

Fenilcetonúria (PKU) é uma doença autossômica recessiva caracterizada pela deficiência da enzima fenilalanina hidroxilase (PAH). Mutações no gene da PAH são responsáveis por PKU e uma grande heterogeneidade alélica é observada em pacientes em todo o mundo. Até o momento, mais de 500 diferentes alterações no gene PAH são encontradas no PAHdb. A maioria dessas mutações são raras e/ou específicas nas populações estudadas. O espectro de mutações de PKU em pacientes do sul do Brasil foi definido anteriormente e 6 mutações (IVS2+5G>C, p.I65T, p.R261X, p.R261Q, p.R408W e IVS12+1G>A) foram identificadas como responsáveis por 63,6% dos alelos mutantes. Este trabalho apresenta uma estratégia baseada no sistema TaqMan® (Applied Biosystems) para uma identificação rápida e específica das mutações listadas acima. Esta estratégia foi aplicada a uma amostra populacional que anteriormente foi caracterizada por diferentes técnicas. Os testes mostraram-se altamente sensíveis e são potencialmente aplicáveis à identificação de amostras de sangue impregnadas em papel filtro, podendo ser utilizados na triagem neonatal. / Phenylketonuria (PKU) is an autossomal recessive disease characterized by phenylalanine hydroxylase (PAH) deficiency. Mutations in the PAH gene are responsible for PKU, and an extensive allelic heterogeneity was observed in patients worldwide. Up to date, more than 500 different alterations can be found in PAHdb, the majority being rare mutations and/or specific to a genetic background. Our group was able to define mutation spectrum in PKU patients in Southern Brazil, and identified six mutations, named IVS2+5G>C, p.I65T, p.R261X, p.R261Q, p.R408W and IVS12+1G>A, that are responsible for 63.6% of mutant alleles. This work introduced a strategy, based in the TaqMan® System (Applied Biosystems), for a fast and specific identification of the above mutations. This strategy was applied to a sample population that was previously characterized by different techniques. Assays were shown to be highly sensitive and are potentially applicable to blood spots in order to be used in neonatal screening.

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In order to standardize PCR/RFLP analysis on the ITS and G6PD genes, DNA from the reference Leishmania spp. Sample was used and 5%, 6%, 7% 8% and 10% polyacrylamide were tested. The protocol design considered the size of the amplicons generated by the PCR / RFLP, correlating the concentration of the polyacrylamide. To standardize the electrophoresis time the migration of the dyes used in the DNA sample buffer was monitored. To validate the technique, we selected 521 samples from Tocantins patients fixed on slides and 43 samples of parasite isolates stored in Leishbank. The samples from the patients from Tocantins were analyzed by PCR/RFLP to the kDNA and were selected to those positive for the validation. The concentration of the matrix for analysis of the PCR and RFLP products to the ITS gene was standardized in 6% and 8%, respectively, and distinguished the species L. (L.) amazonensis, but the species L. (V.) braziliensis, L. (V.) guyanensis and L. (V.) lainsoni were not distinguished among themselves, occurring the same between L. (V.) naiffi and L. (V.) shawi. The concentration of the matrix for analysis of the PCR products to the G6PD gene was standardized in 6% and distinguished L. (V.) braziliensis from the others. The validation of the polyacrylamide gel analysis of the PCR products to the ITS target from samples of patients fixed in slides was not performed, since of the 256 samples analyzed only 4 amplified. The validation of the analysis of the products of the PCR to the G6PD target in polyacrylamide gel from 48 samples fixed in slides characterized 81% as L. (V.) braziliensis and, characterized 63% of the isolates of parasites as L. (V.) braziliensis. The PCR/RFLP analyzes performed to discriminate Leishmania spp. are complementary and thus contribute to the species-specific diagnosis of LTA. / A Leishmaniose Tegumentar Americana (LTA) é causada por protozoários do gênero Leishmania e acomete pele e/ou mucosas. É uma zoonose endêmica no Brasil sendo notificada em todas as Regiões. Há uma relação entre a espécie de parasito e as manifestações clínicas, contribuindo à complexidade diagnóstica, que até o presente, não existi o diagnóstico espécie-específico. No presente trabalho, a proposta foi padronizar a análise dos produtos da PCR/RFLP aos genes ITS e G6PD em gel de poliacrilamida. Para padronizar as análises dos produtos da PCR/RFLP aos genes ITS e G6PD, foram utilizadas DNA da amostra de Leishmania spp., de referência, sendo testada a poliacrilamida na concentração de 5%, 6%, 7% 8% e 10%. O delineamento do protocolo considerou o tamanho dos amplicons gerados pela PCR/RFLP, correlacionando-o a concentração da poliacrilamida. Para padronizar o tempo da eletroforese foi monitorada a migração dos corantes usados no tampão da amostra de DNA. Para validar a técnica, foram selecionadas 521 amostras de pacientes tocantinenses fixadas em lâminas e 43 amostras de isolados de parasitos armazenados no Leishbank. As amostras dos pacientes tocantinenses foram analisadas pela PCR/RFLP ao kDNA e foram selecionadas àquelas positivas para a validação. A concentração da matriz para analise dos produtos da PCR e RFLP ao gene ITS ficou padronizada respectivamente em 6% e 8% e distinguiu a espécie L.(L.) amazonensis, porém as espécies L. (V.) braziliensis, L. (V.) guyanensis e L. (V.) lainsoni não foram distinguidas entre si, ocorrendo o mesmo entre L. (V.) naiffi e L. (V.) shawi. A concentração da matriz para analise dos produtos da PCR ao gene G6PD ficou padronizada em 6% e distinguiu L. (V.) braziliensis das demais. A validação da análise em gel de poliacrilamida dos produtos da PCR ao alvo ITS a partir de amostras de pacientes fixadas em lâminas não ser realizada, pois das 256 amostras analisadas somente 4 amplificaram. A validação da análise dos produtos da PCR ao alvo G6PD em gel de poliacrilamida a partir de 48 amostras fixadas em lâminas caracterizou 81% como L. (V.) braziliensis e, caracterizou 63% dos isolados de parasitos como L. (V.) braziliensis. As análises pela PCR/RFLP realizadas para discriminar Leishmania spp. se complementam e, assim, contribuem para o diagnóstico espécie-específico da LTA.

Orientador: Kester Carrara / Resumo: É sabida a existência de diversas propostas para a explicação de fenômenos comportamentais. A pretensão, neste trabalho, foi discutir dois tipos de análise comportamental, a saber, molar e molecular, buscando realizar uma análise crítica que implique discussões sobre as próprias definições de molar e molecular, diferenças, semelhanças, e o que esses dois tipos de análise podem oferecer e contribuir para a ciência da análise do comportamento. Para alcançar esse objetivo foi realizado o rastreio de material, de forma a incluir os dois níveis de análise, no portal de busca “APAPsycNET”. A seleção dos trabalhos foi feita a partir da leitura do título e do resumo, buscando estar de acordo com os critérios de inclusão e de exclusão definidos. As publicações encontradas foram incluídas em alguma das categorias de análise estabelecidas, de acordo com a definição de cada categoria: (a) pesquisas teóricas; (b) pesquisas interpretativas; (c) pesquisas aplicadas; e (d) pesquisas experimentais. A análise do material implicou a utilização adaptada do Procedimento de Interpretação Conceitual de Texto (PICT). Os resultados encontrados são controversos, pois há autores que definem as duas propostas como opostas e diferentes, já outros explicam que relações molares são compostas por relações moleculares, embora relações molares possam gerar maiores informações sobre determinadas relações organismo-ambiente e a partir disso é possível a investigação de qualquer fenômeno utilizando ambos os tipo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The existence of several proposals for the explanation of behavioral phenomena is known. The intention, in this work, was to discuss two types of behavioral analysis, namely, molar and molecular, seeking to carry out a critical analysis that involves discussions about the very definitions of molar and molecular, differences, similarities, and what these two types of analysis can offer and contribute to the science of behavior analysis. In order to achieve this objective, material tracking was carried out, in order to include the two levels of analysis, in the search portal “APAPsycNET”. The selection of works was made by reading the title and the abstract, seeking to comply with the defined inclusion and exclusion criteria. The publications found were included in one of the established analysis categories, according to the definition of each category: (a) theoretical research; (b) interpretative research; (c) applied research; and (d) experimental research. The analysis of the material implied the adapted use of the Conceptual Text Interpretation Procedure (PICT). The results found are controversial, as there are authors who define the two proposals as opposed and different, while others explain that molar relationships are composed of molecular relationships, although molar relationships can generate more information about certain organism-environment relationships and from that it is possible to investigation of any phenomenon using both types of analysis. In this case, the... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Malignant transformation of cell is characterized by genomic instability that involves unbalanced changes besides other things. We analyzed genomic aberrations, promoter methylation and mutations of several clinically relevant genes using I-FISH, mFISH, mBAND, CGH array, SNP array, MLPA, MS-MLPA and MS-PCR methods. We focused on two groups of patients well known for frequent appearance of unbalanced changes - patients with malignant brain tumors (gliomas) and patients with myelodyspastic syndromes (MDS). In patients with low grade glioma (WHO grade I - II), the codeletion of 1p/19q (82,6% oligodendrogliomas and oligoastrocytomas), mutation of IDH1/IDH2 genes (87% WHO grade I-II gliomas), copy neutral loss of heterozygozyty of 17p (72,2% astrocytomas) and higher presence of unbalanced aberration in astrocytomas belongs to the most frequent findings. We described yet unpublished methylation of MLH3 gene promoter in 60,9% oligodendrogliomas and in 27,3% astrocytomas. We also observed clonal evolution in patients with recurrent tumors. We studied secondary rearrangements of deleted chromosome 5 in patients with MDS and complex karyotype and we described its most recurrent translocation partners and breakpoints. We observed chromothripsis in 49% of these patients and it was frequently associated with...

This study provides chemical confirmation for the use of resinous plant exudates in mortuary contexts in Roman Britain. Analysis of amorphous masses, adhering residues and grave deposits using gas chromatography-mass spectrometry has revealed terpenoid biomarkers in sixteen inhumation and two cremation burials. The natural products characterized include European Pinaceae (conifer) resins, Pistacia spp. (mastic/terebinth) resins from the Mediterranean or the Levant and Boswellia spp. (frankincense) gum-resins from southern Arabia or eastern Africa. In addition, traces of a balsamic resin, probably Liquidambar orientalis, have been identified. A correlation between the use of these exotic exudates and interment in substantial, often multiple, containers with high-quality textiles and grave goods was observed. Theoretical consideration of this imported rite illuminates the multiplicity of roles played by resins/gum-resins in the mortuary sphere. The material properties of these highly scented substances speak to the biological reality of the decomposing body and to the socially constructed identity of the individual. On a practical level, they acted as temporary preservatives and masked the odour of decay. As social signifiers, they denoted the status of the deceased and promoted remembrance through conspicuous consumption and sensory impact. Encoded with ritual meaning, they purified the body and facilitated the final rite of passage to the afterlife. The recovery of these resinous traces provides us with new insights into the treatment of the body in the Roman period and establishes fresh links between the remote province of Britannia and the remainder of the Empire. / Arts and Humanities Research Council (AHRC). / Vol. II, which contains supplementary material files, is not available online.

Alguns estudos mostraram que heterópteros aquáticos podem influenciar a estrutura de comunidades zooplanctônicas. No entanto, parte destes estudos foram realizados em experimentos de laboratório que não são capazes de simular totalmente a estrutura do ecossistema. Para confrontar este problema, técnicas moleculares juntamente com experimentos in situ podem ser adotados. A técnica molecular baseia-se na detecção de DNA das presas (biomarcadores) no tubo digestório dos predadores. O objetivo deste trabalho foi analisar o conteúdo estomacal dos heterópteros Martarega uruguayensis e Rheumatobates crassifemur visando avaliar a hipótese da presença de presas zooplanctônicas por meio de vestígios de DNA , bem como avaliar a existência do efeito da predação dos notonectídeos sobre a densidade populacional das presas no ambiente. Para atender aos objetivos propostos, o trabalho foi dividido em 3 capítulos: O capítulo I descreve como foram escolhidos os biomarcadores moleculares das presas e o desenvolvimento dos primers necessários para conduzir as análises. Os primers específicos são de regiões internas do gene COI das presas zooplanctônicas. Foram testadas suas especificidades e sensibilidade por meio de reações de PCR. Em testes de especificidade, todos os primers amplificaram com êxito o biomarcador das presas-alvo, sendo incapazes de amplificar o biomarcador de qualquer outra espécie testada. Em testes de sensibilidade, os primers amplificaram com sucesso os biomarcadores das presas zooplanctônicas mesmo em baixas concentrações de DNA, assim como diretamente do trato digestório dos predadores; O capítulo II aborda aspectos da dieta dos predadores a partir da frequência de biomarcadores das presas encontrados nos tubos digestório dos insetos coletados no lago. Por meio de 48 reações de PCR com os primers específicos das presas-alvo foram analisados 240 tubos digestórios dos predadores. As presas com maior eletividade foram S. serrulatus e D. gessneri, e a menor foi D. cf. brevireme, apesar da alta abundância no ambiente. Tanto para gerrídeos quanto para notonectídeos há uma seletividade acentuada por espécies de presas de maior tamanho, mesmo que em menor frequência relativa no ambiente quando comparadas a outras espécies. Acredita-se que a preferência por presas maiores esteja relacionada à maior facilidade para detecção e manipulação do predador. A frequências de biomarcadores nos tubos digestórios de M. uruguayensis foi maior no período com maior disponibilidade de presas; O capítulo III avaliou, o efeito do predador M. uruguayensis (Notonectidae) sobre as densidades das populações de presas zooplanctônicas a partir de experimento em mesocosmo. No geral, não houve influência significativa dos predadores sobre nenhuma espécie nos dois primeiros dias. O efeito da predação sobre copepoditos e náuplios foi mais acentuados entre os dias 3 e 4, enquanto que para copépodos adultos foi nos dias 2 e 3. Já para os cladóceros o efeito foi mais acentuado nos dias 4 a 6, exceto para D. cf. brevireme que não teve efeito da predação em nenhum dia. Aspectos relacionados ao tamanho corporal, densidade populacional das presas, capacidade de evasão e diminuição da sobreposição entre predador e presa são fatores fundamentas no padrão de seletividade e da preferência alimentar de notonectídeos. / A few studies have shown that aquatic heteroptera can influence the structure of zooplanktonic communities. However, some of these studies have been conducted in laboratory experiments that are not able to fully simulate the structure of the ecosystem. To confront this problem, a molecular approach along with in situ experiment can be adopted. Molecular approach is based on the detection of prey DNA (biomarkers) in the digestive tract of predators. The objective of this work was to analyze the gut contents of the heteropterans Martarega uruguayensis and Rheumatobates crassifemur to test the hypothesis that will be found traces of zooplankton prey DNA, as well as the effect of the notonectid predation on population density of prey in the environment. To meet the proposed objectives, the work was divided in 3 chapters: Chapter I describes how the molecular biomarkers of prey were chosen and the development of the primers needed to conduct the analyses. The specific primers are from internal regions of the COI gene of zooplanktonic prey. Their specificities and sensibility were tested by means of PCR reactions. In specificity tests, all primers successfully amplified the target prey biomarker and were unable to amplify biomarker of any other species tested. In sensitivity tests, the primers successfully amplified the biomarkers of zooplankton prey even at low DNA concentrations, as well as directly from the digestive tract of predators; Chapter II addresses aspects of the predators diet using the frequency of biomarkers of prey found in the digestive tubes of the insects. By means of 48 PCR reactions, with the specific primers from target prey, were analyzed 240 digestive tracts of predators. The prey with greater electivity were S. serrulatus and D. gessneri, and the smaller one was D. cf. brevireme, despite the high abundance in the environment. For both gerrids and notonectids, there was a marked selectivity for larger size prey, even though at a lower relative frequency in the environment when compared to other species. This suggests that the preference for larger prey is related to the greater facility for detection and manipulation by the predator. The frequencies of biomarkers in the digestive tracts of M. uruguayensis were higher in the period with higher prey availability; Chapter III evaluated the effect of the predator M. uruguayensis on the densities of zooplankton prey populations from experiment in mesocosm. In general, there was no significant influence of predators on any species in the first two days. The effect of predation on copepodites and nauplii were more pronounced between days 3 and 4, whereas for adult copepods on days 2 and 3. The effect on cladocerans was more pronounced on days 4 to 6, except for D. cf. brevireme that was not preyed on. Aspects related to body size, population density of the prey, evasion capacity and decrease overlap between predator and prey are fundamental in the pattern of selectivity and feeding preference of notonectids.

Die oxidative Transformation der Thiol-Gruppe des Cysteins in verschiedene andere funktionelle Gruppen wird als sehr wichtige posttranslationale Modifikation (PTM) angesehen. Cysteinsulfensäure (SA) ist eine Zwischenstufe der Thiol-Oxidation: Sie kann entweder mit freien Thiolen reagieren, um Disulfide zu bilden oder durch reaktive Sauerstoffspezies (reactiveoxygenspecies, ROS) weiter oxidiert werden. Jede Störung des zellulären Redox-Haushalts wird mit altersbedingten Erkrankungen , daher stellt die Überwachung des SA-Spiegels einen vielversprechenden Wegdar, den Status dieses Redox-Haushalts festzustellen. Da bereits kleinste Änderungen der Proteinmengen und PTMs tiefe Einblicke in den Zustand des biologischen Systems liefern können, ist eine quantitative Bestimmung von großer Bedeutung.Technologische Fortschritte im Bereich der Trennungsmethoden und Massenspektrometrie (MS) erlaubten die Entwicklung umfassender Möglichkeiten in der Protein-Analytik. In dieser Arbeit wurde eine neue, hochsensitive und selektive Methode zur Detektion von SA entwickelt. Dafür wurde ein Alkin-β-Ketoester (KE) an einen Lanthanid-haltigen (Ln) Chelatkomplex. Zum Nachweis des Funktionsprinzips wurden, mittels H2O2, Sulfensäuren in verschiedenen Peptidsequenzen erzeugt, um die in biologischen Systemen durch ROS hervorgerufenen Oxidationen nachzustellen. Diese Sulfensäuren wurden anschließend durch den Ln-DOTA-KE-Komplex gebunden. Die Bildung dieser SA-Ln-DOTA-KE-Einheit wurde mittels (Elektronenspray-Ionisation/ ESI-MS) und (induktiv gekoppeltem Plasma/ICP-MS) nachverfolgt. Die entwickelte Methode wurde weiterhin auf die Bestimmung von SA-Bildung in humanem Serum angewandt, humanes Serumalbumin wurde angereichert via Affinitätschromatographie. ICP-MS diente der Bestimmung der SA-Ln-DOTA-KE-Einheit, durch Kombination mit einer Isotopenverdünnungsanalyse (IDA) wurde eine absolute Quantifizierung durchgeführt. Die Ergebnisse zeigen oxidative Schäden bis zu 40 % des vorhandenen Albumins. / Oxidative transformation of cysteine thiol group into different functional groups is considered a significant posttranslational modification (PTM) of great importance. Cysteine sulfenic acid (SA) is the transient state for thiol group oxidation; it can react with free thiols to form disulfide bonds or can be further oxidized with reactive oxygen species (ROS) to form sulfinic and sulfonic acids. As any disturbance in the cellular reduction-oxidation (redox) balance is correlated to age-related diseases, the detection of SA transient state formed a sensor for such redox-mediated events. Whereas only any small change in the quantity of proteins, as well as the formed PTMs, can provide deeper insights into the status of the biological system, quantitative analysis should be carried out to reveal the status of the system. On the other hand, the technological advances, in particular the separation techniques and mass spectrometry (MS), allowed the development of several approaches for the comprehensive assessment of proteome analysis. Herein, we provide a new strategy for the highly sensitive and specific detection of SA using alkyne β-ketoester (KE) previously linked to a lanthanide (Ln)-containing chelator (Ln-DOTA. SA was generated by hydrogen peroxide (H2O2) in different peptide sequences by ROS and was detected by the prepared compound Ln-DOTA-KE. Molecular mass spectrometry (electrospray/ ESI-MS) and (Inductively coupled plasma mass spectrometry /ICP-MS) have been used to monitor the formation of SA linked to Ln-DOTA-KE. The developed strategy has been further applied to the determination of SA-induced formation in human serum by using affinity chromatography for purification of albumin followed by ICP-MS to monitor the formed SA linked to Ln-DOTA-KE in combination with isotope dilution analysis (IDA) for the absolute quantification. Quantitative results showed levels of oxidative damage regarding SA formation in human serum up to 40% of the albumin present.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 martaalvesdasilvaarroyo_tese.pdf: 1264627 bytes, checksum: 85d0ef94c2a034728b5c60ca84368d6a (MD5) Previous issue date: 2010-05-17 / Lactose intolerance has been, for many years, considered as a worldwide problem in many children and adults. Objective: The aim is to investigate the prevalence of polymorphism -13910C/T, in a neonatal tracking, for early diagnosis of lactose tolerance/intolerance. Material and Methods: A cross-sectional case study of 310 Brazilian newborns. DNA was extracted from leukocyte umbilical cord and specific primers were used to amplify the region that encloses the -13910C/T polymorphism of the MCM6 gene, using the polymerase chain reaction and the restriction fragment length polymorphism tests. Results: One hundred and sixty (52%) male newborns and 150 (48%) female were evaluated. From these, 191 (62%) presented CC genotype (lactose intolerant), 95 (31%) CT genotype, and 24 (7%) TT genotype, comprising a total of 119 (38%) lactose tolerant newborns. According the newborns´ gender distribution in relation to the phenotypes has been found 97 (32%) of male gender and 94 (30%) of female gender lactose intolerant, and 63 (20%) male and 56 (18%) female lactose tolerant newborns, not being such distribution statistically significant (p = 0.801). Conclusions: The molecular analysis made possible the identification of the presence or absence of lactase persistence variant in Brazilian newborns. The neonatal molecular diagnosis can optimize the follow-up of positive results in newborn screening for lactose intolerance. / A intolerância à lactose tem sido considerada, por muitos anos, como um problema mundial em muitas crianças e adultos. Objetivos: investigar a prevalência do polimorfismo -13910 C/T, em um rastreamento neonatal, para o diagnóstico precoce da tolerância/intolerância à lactose. Material e Métodos: Estudo de casos em corte transversal em 310 neonatos brasileiros. O DNA foi extraído de leucócitos de sangue de cordão umbilical e primers específicos foram usados para amplificar a região do gene MCM6 que abrange o polimorfismo -13910 C/T, usando as técnicas da Reação em Cadeia da Polimerase e do Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição. Resultados: Foram avaliados 160 (52%) recém-nascidos do gênero masculino e 150 (48%) do gênero feminino. Destes, 191 recém-nascidos (62%) apresentaram o genótipo CC (intolerantes à lactose), 95 (31%) o genótipo CT e 24 (7%) o genótipo TT, perfazendo um total de 119 (38%) neonatos tolerantes à lactose. A distribuição do gênero dos recém-nascidos em relação aos fenótipos determinou 97 (32%) do gênero masculino e 94 (30%) do feminino intolerantes à lactose, e 63 (20%) recém-nascidos do gênero masculino e 56 (18%) do feminino tolerantes à lactose não sendo, essa distribuição, estatisticamente significante (p=0,801). Conclusão: A análise molecular permitiu identificar a presença ou ausência da variante persistência da lactase em neonatos brasileiros. O diagnóstico molecular pode otimizar o seguimento dos resultados positivos no rastreamento neonatal para a intolerância à lactose.