Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-06-20T09:33:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1242987 bytes, checksum: 40686c6cb351db885dae39bee568b193 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T09:33:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1242987 bytes, checksum: 40686c6cb351db885dae39bee568b193 (MD5) Previous issue date: 2016-02-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O estudo da diversidade genética é fundamental, pois permite a identificação de genitores apropriados que podem ser usados para obtenção de uma população com maior variabilidade genética e consequentemente, com melhores possibilidades de combinações alélicas. Neste sentido, objetivou-se com este trabalho avaliar a variabilidade fenotípica e a diversidade genética de 160 linhagens elites de sorgo granífero, visando à utilização destas linhagens no desenvolvimento de futuros híbridos e populações melhoradas. Conduziu-se um experimento de campo para avaliar 23 descritores morfoagronômicos, em delineamento com blocos incompletos, com duas repetições. Adicionalmente, realizou-se a extração de DNA e as linhagens foram genotipadas com 29.649 marcadores SNPs, por meio da técnica de GBS (Genotyping by sequencing). Os dados morfoagronômicos foram analisados com base em modelos mistos. As análises de diversidade foram realizadas para os dados morfoagronômicos e moleculares, a partir de uma matriz de distâncias, formando- se agrupamentos das linhagens através do método de Neighbor-Joining. Foram realizadas análises de desequilíbrio de ligação, de estrutura populacional e de componentes principais para os dados moleculares. Paralelamente, avaliou-se 55 híbridos, para estimativas de correlações entre as distâncias genéticas dos parentais e rendimento de grãos de seus híbridos. Os resultados indicaram que: os caracteres morfoagronômicos foram menos informativos do que os moleculares. Considerando r 2 ~ 0,2, foi estimada a distância variando 100 a 800 kb entre pares de marcadores, sendo considerado um decaimento lento. A análise populacional indicou a existência provável de duas subpopulações nas linhagens. O agrupamento das linhagens com os dados genotípicos apresentaram-se mais coerentes de acordo com as características dos progenitores; e apesar da baixa variabilidade genética, houve divergência genética entre os grupos de linhagens mantenedoras e restauradoras. Conclui-se que os materiais avaliados possuem base genética próxima, o que sugere a necessidade de ampliar a diversidade genética do programa de melhoramento de sorgo granífero para aumentar a probabilidade de obtenção de híbridos superiores. / The study of genetic diversity is essential because it enables the identification of appropriate genitors for obtaining a population with greater genetic variability and more possibility of combinations. This study aimed to evaluate the phenotypic variability and genetic diversity of 160 grain sorghum elite inbred lines, seeking to use these for development of future hybrid and improved plant populations. An experiment was carried out in order to evaluate the 23 morpho-agronomic descriptors in a design of incomplete blocks with two replications. Additionally, DNA extraction was performed and genotyped with 29,649 SNPs markers by GBS technique (Genotyping by sequencing).The diversity analyses were performed based on morph-agronomic and molecular markers data, obtaining a distance matrix and forming clusters of inbred lines through the Neighbor- Joining method. Analyses of population structure and main components for the molecular data were performed. In parallel, 55 hybrids were evaluated to estimate the correlations between genetic distances of genitors and the performance of their hybrids regarding grain yield. The results indicated that: the morpho-agronomic traits were less informative than the molecular ones. Considering r2 ~ 0.2, was estimated the distance 100-800 kb between markers pairs, what is considered a slow decay. The population analysis indicated the probable existence of two subpopulations in the lines. The grouping of lines with the genotypic data was more consistent according to the characteristics of the progenitors; despite the low genetic variability, there was genetic divergence between groups of maintainers and restorers lines. It was concluded that the evaluated materials have similar genetic basis, which suggests the need to increase the genetic diversity of sorghum breeding program to increase the likelihood of obtaining superior hybrids.

ARAÚJO, Linda Brenna Ribeiro. Potencial genético de variedades tradicionais de feijão-caupi e avaliação para resistência à murcha-de-Fusarium. 2017. 80 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2017. / Submitted by Deocleciano Xavier (dixavier.ufc@gmail.com) on 2017-08-21T18:35:50Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Linda Brenna R Araújo_FINAL.pdf: 1356498 bytes, checksum: b4e907dfc4ac85e53f13d1e09c6d0d55 (MD5) / Approved for entry into archive by Jairo Viana (jairo@ufc.br) on 2017-08-29T20:36:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Linda Brenna R Araújo_FINAL.pdf: 1356498 bytes, checksum: b4e907dfc4ac85e53f13d1e09c6d0d55 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-08-29T20:36:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Linda Brenna R Araújo_FINAL.pdf: 1356498 bytes, checksum: b4e907dfc4ac85e53f13d1e09c6d0d55 (MD5) Previous issue date: 2017 / Traditional varieties are an important source of germplasm for several crops, and may present alleles that have long been lost, such as those that confer resistance to biotic and abiotic stresses. In the state of Ceará, the cultivation of the cowpea is highlighted because it is mainly carried out by family farmers who make use of these varieties, and their great adaptation to the region of cultivation and to the management adopted by the farmers can be used in the development of cultivars that better meet their demands. Thus, this work was carried out to evaluate the genetic potential of traditional varieties of cowpea collected from family farmers in the state of Ceará. In order to achieve this objective, laboratory analyzes, field and greenhouse tests were carried out. The laboratory analyzes consisted of the evaluation of the genetic diversity of the varieties through ISSR markers. The field experiments consisted of tests for the evaluation of morphological and agronomic descriptors in two environments: Fortaleza and Madalena, in the state of Ceará. The experiment in greenhouse was conducted to evaluate the existence of sources of resistance to Fusarium wilt by the root-dipping inoculation method. The ISSR markers selected for the study were efficient in identifying the genetic variability of the species, presenting high values of polymorphism and polymorphism information content (PIC). Even so, the genetic distance found between the studied varieties ranged from 0,05 to 0,31, values considered low and that suggest a narrow genetic base of the species. Some traditional varieties evaluated showed higher grain yield than commercial cultivars for the evaluated environments (3286.66 tons/ha), indicating a high agronomic potential and a great environmental adaptation. They presented greater genetic variability for the morphological characters evaluated, when compared to the molecular data. Regarding the severity of the disease, the varieties formed three distinct groups. The group with the lowest severity of the disease (25,00 to 32,50 %) consisted of thirty-seven varieties, the second group with intermediate values of severity (33,75 to 37,50 %) consisted of eight varieties and in the third Group were the five varieties that presented the highest values of severity (41,25 to 51,25 %). The varieties with the best results for agronomic traits, resistance to Fusarium wilt and greater genetic distance are promising for use in breeding programs. / As variedades tradicionais constituem importante fonte de germoplasma para diversas culturas, podendo apresentar alelos há muito perdidos, como os que conferem resistência a estresses bióticos e abióticos. No estado do Ceará, o cultivo do feijão-caupi tem destaque por ser realizado principalmente por agricultores familiares que fazem uso dessas variedades, e a grande adaptação delas à região de cultivo e ao manejo adotado pelos agricultores pode ser utilizada no desenvolvimento de cultivares que atendam melhor às suas demandas. Assim, objetivou-se com esse trabalho avaliar o potencial genético e a resistência à murcha-de-Fusarium de variedades tradicionais de feijão-caupi coletadas junto a agricultores familiares no estado do Ceará. Para se alcançar tal objetivo foram realizadas análises em laboratório, ensaios em campo e em casa de vegetação. As análises em laboratório constaram da avaliação da diversidade genética das variedades através de marcadores ISSR. Os experimentos de campo constaram de ensaios para a avaliação de descritores morfológicos e agronômicos em dois ambientes: Fortaleza e Madalena, no estado do Ceará. O ensaio em casa de vegetação foi realizado para avaliar a existência de fontes de resistência à murcha-de-Fusarium através do método de dipping. Os marcadores ISSR selecionados para o estudo foram eficientes na identificação da variabilidade genética dos genótipos, apresentando altos valores de polimorfismo e conteúdo de informação polimórfica (PIC). Ainda assim, a distância genética encontrada entre as variedades estudadas variou de 0,05 a 0,31, valores considerados baixos e que sugerem uma estreita base genética dos genótipos avaliados. Algumas variedades tradicionais avaliadas apresentaram produtividade de grãos superior às cultivares comerciais para os ambientes avaliados (3286,66 ton/ha), o que indica um alto potencial agronômico e uma grande adaptação ambiental. Elas apresentaram maior variabilidade genética para os caracteres morfológicos avaliados, quando comparados aos dados moleculares. Com relação à severidade da doença, as variedades formaram três grupos distintos. O grupo com a menor severidade da doença (25,00 a 32,50 %) foi constituído por trinta e sete variedades, o segundo grupo com valores intermediários de severidade (33,75 a 37,50 %) foi constituído por oito variedades e no terceiro grupo ficaram as cinco variedades que apresentaram os maiores valores de severidade (41,25 a 51,25 %). As variedades com melhores resultados para os caracteres agronômicos, de resistência à murcha-de-Fusarium e maior distância genética são promissoras para uso em programas de melhoramento genético.

O principal objetivo deste trabalho é usar a explosão coulombiana do feixe de H+2 , para determinar o tempo de trânsito de fragmentos que atravessam filmes amorfos e consequente extrair a espessura e densidade do filme analisado. Neste trabalho é demonstrado a aplicabilidade desta técnica (chamada Perfilometria de Coulomb) para feixes moleculares de baixa energia. Neste caso efeitos de neutralização e espalhamento múltiplo devem ser considerados. Também é demonstrado o papel das forças de arrasto para todas as energias. Para este objetivo, foram utilizados feixes moleculares de H+2 de 50 - 200keV/u incidindo sobre filmes de TiO2 (10nm) e Al2O3 (3,4 nm) e medimos a energia dos fragmentos retroespalhados (H+) com uma técnica de alta resolução em energia, MEIS (Espalhamento de Íons de Energia Média). O efeito de neutralização no feixe, ao longo do caminho de entrada, foi claramente observado à baixas energias. Todos estes efeitos foram implementados em um programa Monte-Carlo, utilizado para gerar os valores da dispersão da perda de energia, causada pela repulsão entre os íons. Os resultados foram compatíveis aos obtidos por medidas de TEM. Também foram realizadas medidas para quantificar o efeito que a proximidade entre os componentes dos feixes H+2 , H+3 e HeH+ tem no poder de freamento (do fragmento H+). Estas medidas foram realizadas com o objetivo de obter a assinatura de excitação de plasmons, recentemente observada em um filme de SiO2. Para este objetivo, a técnica de MEIS foi usada para medir a razão entre a perda de energia do feixe molecular e a soma da perda de energia de seus constituintes, para um intervalo de energia entre 50 e 200 keV/u. / The main aim of this work is to use the Coulomb explosion of small cluster beams to measure the dwell time of fragments traversing amorphous films. It has been demonstrated that, the thickness of thin films can be obtained with the so-called Coulomb depth profiling technique using relatively high energies clusters where the fragments are fully ionized after breakup. Here we demonstrate the applicability of Coulomb depth pro ling technique at lower cluster energies, where neutralization comes into play. The importance of wake forces is also discussed in this work. To that end, we used 50-175 keV/u H+2 molecular ions impinging on a 10nm TiO2 and on a 4nm Al2O3 lms and measured the energy of the backscattered H+ fragments with a high energy resolution using MEIS techinique. The e ect of the neutralization of the H+ fragments along the incoming trajectory before the backscattering collision is clearly observed at lower energies through the decrease of the energy broadening due to the Coulomb explosion. The reduced values of the Coulomb explosion combined with full Monte-Carlo simulations provide compatible results with those obtained at higher cluster energies where neutralization is less important. The results are corroborated by Transmission Electron Microscopy (TEM) measurements. We have also performed meassurements of vicinage e ect on the stopping power, which arises when H+2 , H+3 e HeH+ cluster ions interact with both films and in order to understand the transition of negative and positive interferences found recently by Shubeita et al in SiO2. For this purpose, MEIS was used to measure the ratio, Rn, between the energy loss of the cluster and the sum of the energy loss of its constituents, at energy range between 50 and 200 keV per nucleon. We have also observed a steep increase around 90 keV for both cluster ions and films, which is associated with the plasmon excitation threshold.

Made available in DSpace on 2014-08-26T17:15:04Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 122.pdf: 1194114 bytes, checksum: b0b0d31b9027bb954f6bb3ca83a18349 (MD5) Previous issue date: 2007 / Os enterococos são patógenos com considerável capacidade de expressar resistência a vários antimicrobianos. Sua natureza ubiqüitária e resistência às condições ambientais adversas explicam sua habilidade para colonizar diferentes habitats e seu potencial para se disseminar com facilidade através da cadeia alimentar. No presente estudo avaliamos a distribuição das espécies e a susceptibilidade aos antimicrobianos entre enterococos isolados a partir de alimentos de origem animal (carne de frango e leite pasteurizado) obtidos de supermercados e feiras livres no Rio de Janeiro / RJ, Brasil. As seguintes espécies foram identificadas, entre 167 amostras isoladas obtidos de carne de frango e 127 obtidas de leite pasteurizado: E. faecalis (184 – 62,6%), E. casseliflavus (51 – 17,3%), E. durans (19 – 6,5%), E. gallinarum (9 – 3%), E. gilvus (7 – 2,4%), E. faecium 6 – 2%), E. hirae (4 – 1,4%) e E. sulfureus (3 – 1%). Os percentuais de resistência aos antimicrobianos entre os isolados foram: 32,1% à tetraciclina; 23,3% à eritromicina; 11,3% à estreptomicina; 0,7% ao cloranfenicol; 3,9% à gentamicina, 2,1% ao imipenem; 1,1% à norfloxacina; 0,7% à ciprofloxacina, nitrofurantoína e penicilina e 0,4% /à ampicilina. Resistência intermediária foi detectada em percentuais que variaram de 0,5% para a linezolida até 62% para a eritromicina. Nenhuma das amostras bacterianas apresentou resistência aos glicopeptídeos testados, vancomicina e teicoplanina. Resistência a níveis elevados de aminoglicosídeos foi observada em 13,1% dos isolados. Multirresistencia aos antimicrobianos foi observada nas espécies E. faecalis, E. casseliflavus, E. faecium, E. gallinarum, E. durans e E. gilvus. Entre os enterococos isolados de carne de frango e leite pasteurizado foi possível detectar a presença do gene ermB, responsável pela resistência à eritromicina entre E. faecalis, E. casseliflavus, E. gallinarum e E. durans. Os genes tetL, tetM e tetO, foram detectados nas espécies E. faecalis, E. casseliflavus e E. gallinarum isoladas a partir carne de frango. A diversidade genética de E. faecalis (54 isolados) apresentando características de multirresistencia aos antimicrobianos, procedentes de carne de frango e de leite pasteurizado foi avaliada através da análise dos perfis de fragmentação do DNA cromossômico utilizando a endonuclease de restrição SmaI e eletroforese em campo pulsado (PFGE). Foi detectado um número elevado (39) de diferentes perfis de fragmentação do DNA cromossômico. Deste total, a maioria (30) foi constituída por apenas um isolado, revelando um elevada diversidade genética. / The enterococci are important nosocomial pathogens with a remarkable capacity of expressing resistance to several antimicrobial agents. Their ubiquitous nature and resistance to adverse environmental conditions take account for their ability to colonize different habitats and for their potential for easy spreading through the food chain. In the present study we evaluated the distribution of species and antimicrobial susceptibility among enterococcal isolates recovered from food obtained in retail stores in Rio de Janeiro, Brazil. The following species were identified among 167 isolates obtained from poultry meat and 127 from pasteurized milk: Enterococcus faecalis (62.6%), Enterococcus casseliflavus (17.3%), Enterococcus durans (6.5%), Enterococcus gallinarum (3.0%), Enterococcus gilvus (2.4%), Enterococcus faecium (2.0%), Enterococcus hirae (1.4%), and Enterococcus sulfureus (1.0%). The overall percentages of antimicrobial resistant isolates were: 31.2 % to tetracycline, 23.8% to erythromycin, 11.3% to streptomycin, 4.3% to chloramphenicol, 3.9% to gentamicin, 1.4% to norfloxacin, 1.1% to imipenem, 0.7% to ciprofloxacin, nitrofurantoin, and penicillin and 0.4% to ampicillin. Intermediate resistance was detected in frequencies varying from 0.5% for linezolid to 58.2% for erythromycin. None of the isolates showed resistance to glycopeptides. High-level resistance to aminoglycosides was observed in 13.1% of the isolates. Multiresistance was observed in E. faecalis, E. casseliflavus, E. faecium, E. gallinarum, E. durans and E. gilvus. The presence of the gene ermB, coding for the resistance to erythromycin, was detected by PCR in E. faecalis, E. casseliflavus, E. gallinarum and E. durans. The presence of the genes tetL, tetM and tetO, associated with resistance to tetracycline, were detected by PCR, among E. faecalis, E. casseliflavus, and E. gallinarum isolatede from poultry meat. The genetic diversity among multiresistant E. faecalis (54 isolates) from poultry meat and pasteurized milk, was evaluated by the analysis of the cromossomic DNA fragmentation profile by PFGE after cleavage with SmaI by PFGE. A variety (39) of different cromossomic DNA fragmentation profile or clonal complexes was found among multiresistant E. faecalis from poultry meat and milk, indicating a high level of genetic diversity.

Complexos de formação estelar são os principais blocos de formação das galáxias. O estudo da estrutura e do conteúdo estelar de aglomerados imersos nesses complexos permite conhecer melhor os processos de formação estelar na Galáxia, visto que a estrutura dos aglomerados estelares reflete a estrutura do gás denso onde eles se formaram. Neste trabalho estudamos a natureza de uma série aglomerados estelares imersos/ projetados no complexo de regiões HII e nuvens moleculares NGC 6357. A amostra consiste de 5 aglomerados imersos no complexo, 1 aglomerado de idade intermediária projetado no bordo de NGC 6357, além de 3 candidatos que necessitam de mais análises. Pismis 24 é o único aglomerado da amostra estudado previamente na literatura. Usamos fotometria nas bandas JHKs do VVV (VISTA Variables in the Via Lactea Survey) complementada com a do 2MASS para estrelas saturadas. Utilizamos como ferramenta um algoritmo de descontaminação das estrelas de campo que revela a morfologia intrínseca do aglomerado. Os parâmetros fotométricos da amostra foram derivados a partir do diagrama cor magnitude (CMD), por meio do ajuste de isocronas de Padova de metalicidade solar, computada com os filtros J, H e Ks do VVV. Os parâmetros estruturais foram derivados por meio dos perfis de densidade radial (RDPs). Os perfis foram construídos com estrelas selecionadas após a aplicação filtro cor-magnitude (CM) sobre a fotometria observada, o qual isola estrelas com grande probabilidade de serem membros do aglomerado. A distância media dos aglomerados imersos no complexo nos permitiu estimar que NGC 6357 encontra-se a uma distancia de 1.76+0.1 kpc do Sol. Tal distância tem sido questão de debate na literatura. O aglomerado de idade intermediária descoberto possui 5±2 Gyr. Dois objetos imersos parecem ser subestruturas do aglomerado massivo Pismis 24. Concluímos que NGC 6357 possui pelo menos dois eventos de formação estelar da ordem de 5 e 9 Myr. Esta diferença de idade pode ajudar a compreender a história de formação estelar do complexo assim como a cinemática do gás. / Star forming complexes are the major building blocks of galaxies. The study of the structure and stellar content of embedded clusters in these complexes allows us to better understand the processes of star formation in the Galaxy, since the structure of the star clusters reflects the structure of the dense gas in which they were formed. In this work we study the nature of a series of star clusters embedded or projected towards the complex of HII regions and molecular clouds NGC 6357. The sample consists of five clusters embedded in the complex, one intermediate-age cluster projected in the outskirts of NGC 6357, and four candidates that need further analyses. Pismis 24 is the only cluster of the sample previously studied in the literature. We use the VVV (VISTA Variables in the Via Lactea Survey) photometry in the JHKs bands complemented with 2MASS for the saturated stars. We use an algorithm as a tool for field star decontamination which reveals the intrinsic morphology of the cluster. The photometric parameters of the sample were derived from the colour diagram magnitude (CMD) by means of solar-metallicity Padova isochrones computed with the VVV J, H and Ks filters. Structural parameters were derived by means of radial distribution profiles (RDPs). RDPs were built with stars selected after applying the colour-magnitude (CM) filter to the observed photometry, which insolates the stars with a high probability of being cluster members. The mean distance of the embedded clusters in the complex allowed us to estimate that NGC 6357 is at a distance of 1.76+0.1 kpc from the Sun. This distance has been a matter of debate in the literature. The discovered intermediate-age cluster has an age 5 ±2 Gyr. The two embedded objects seem be substructures of the massive cluster Pismis 24. We conclude that NGC 6357 has had at least two stellar generation events, range in the 5 to 9 Myr. This age difference may help to understand the star forming history of the complex as well as the gas kinematics.

O período de puberdade, em equinos, define-se pela aparição de espermatozóides maduros no ejaculado de animais jovens, bem como a maturação das funções endócrinas. Os espermatozóides precisam passar por um processo de maturação no epidídimo. Para se obter marcadores moleculares que permitam estabelecer a fertilidade de um garanhão, é necessário um melhor conhecimento das proteínas presentes em espermatozóides imaturos e maduros, uma das quais é a PDI (proteína dissulfeto-isomerase). A PDI foi descrita também como importante marcador de fertilidade no plasma seminal e espermatozóides de diversas espécies. O objetivo deste trabalho foi identificar a presença da PDI no epidídimo equino durante a puberdade, e quantificá-la no fluido e espermatozóides epididimários. Visou verificar a presença da PDI no plasma seminal e espermatozóides ejaculados, em garanhões férteis e subférteis. Foram realizados dois experimentos: Experimento 1: utilizou-se 22 equinos Crioulos saudáveis, castrados e divididos em três grupos: G1: potros até 24 meses, G2: de 25-36 meses e G3: a partir de 36 meses. Imediatamente após a castração, foi efetuada a dissecação do epidídimo para a coleta de fluido epididimário, o qual foi separado dos espermatozoides por centrifugação a 800 g por 10minutos. O sobrenadante foi removido, e criopreservado a -196º C. Os espermatozóides foram ressuspendidos em PBS e armazenados a -196º C. Para a dosagem de proteína das amostras, utilizou-se o método de Kit BCA espectrofotômetro e a eletroforese em gel de poliacrilamida a 10% SDS- Page.Para imunodetecção das proteínas, efetuou-se a incubação do anticorpo primário específico por no mínimo, 6 horas a 4º C, e incubação com anticorpo secundário conjugado com peroxidase anti-igG de camundongo ou anti-IgG de rato. Para a visualização das bandas foi utilizado o Kit de ECL em filmes de raio-X, e as bandas quantificadas pela utilização do software livre ImageJ. A PDI foi identificada nos três grupos avaliados na análise proteômica do fluido , e espermatozoides epididimários, sendo sua quantidade inferior no G1 em relação aos grupos dois (2) e três (3). Em conclusão, a expressão da PDI nos espermatozóides e fluido epididimários de potros castrados cirurgicamente, aumenta conforme o animal atinge a maturidade sexual. Experimento 2- Utilizou-se 12 garanhões adultos que já haviam sido submetidos à pelo menos duas temporadas de monta na região da Campanha do Rio Grande do Sul, efetuando-se quatro (4) coletas de cada garanhão, fora da estação de monta, respeitando-se um intervalo de 48h entre coletas. Imediatamente após a coleta, analisou-se motilidade, vigor e concentração com auxílio de microscópio óptico e retirou-se uma alíquota de sêmen para avaliação das patologias espermáticas. A partir dos dados obtidos, os garanhões foram divididos em dois grupos: Grupo 1: motilidade não inferior a 70%, tendo-se uma média de 76,04±5,89% e histórico reprodutivo de temporadas anteriores com índice de prenhez mínimo por temporada de 80%. Grupo 2: motilidade igual ou inferior a 30%, com média de 11,83±11,21%, e histórico reprodutivo de temporadas anteriores de índices de prenhez inferiores a 35%. Efetuadas as análises, as mostras foram centrifugadas a 800 g por 10 minutos para separar o plasma seminal, de mesma forma que no Exp. 1. Os pellets passaram por ressuspensão em PBS gelado e posteriormente armazenados a -196º C. As amostras foram submetidas à dosagem das proteínas, para serem submetidas à eletroforese, utilizando-se géis de poliacrilamida a 10% SDS-Page.Para imunodetecção das proteínas, efetuou-se a incubação do anticorpo primário específico por no mínimo, 6 horas a 4º C, e incubação com anticorpo secundário conjugado com peroxidase anti-igG de camundongo ou anti-IgG de rato. Na visualização das bandas foi utilizado o Kit de ECL em filmes de raio-X, e as bandas foram quantificadas pela utilização do software livre Image J. Ao analisar a presença da PDI no plasma seminal dos garanhões, verificou-se sua expressão em ambos os grupos; porém não houve diferença de expressão da PDI entre eles(p˂0,05). Não houve também relação da PDI com motilidade, nem com a concentração espermática. Considerando os dados obtidos no presente experimento, não foi possível relacionar a PDI com qualidade espermática e assim considerá-la como um potencial marcador de fertilidade em equinos. São necessários mais estudos que possam envolver outros fatores moleculares inclusive as demais proteínas da família das PDIs. / Puberty, in the equine species, may be defined by the appearance of mature spermatozoa in young animals´ ejaculates, as well as endocrine function maturation. One of the proteins found in immature and mature spermatozoa is PDI (protein dissulfide-isomerase). PDI was also described as an important fertility marker both in seminal plasma and sperm of many species. is responsible for rearranging dissulfide bonds, necessary for sperm adhesion proteins to link to the oocyte. The aim of this work was to identify PDI in equine epididymis during puberty, and quantify it in epididymal sperm and fluid of fertile and subfertile sperm. Two experiments were performed. Experiment 1-twenty-two healthy Crioulo colts were surgically castrated, and divided in three groups: G1: until 24 months; G2: from 25-36 months and G3: more than 36 months. Immediately after castration, testicles were measured, weighed, and the epididymis was dissecated for epididymal fluid collection, which was centrifuged at 800 g for 10minutes to separate epididymal fluid from sperm. Supernatant was removed, and cryopreserved at -196º C. Sperm were re-suspended in PBS and stored at -196º C. Protein dosing of samples was performed with BCA Kit and electrophoresis at 10% SDS-Page. To detect proteins, primary antibody was incubated for at least 6 hours at 4º C, and then incubation with secondary antibody conjugated with anti-mouse IgG or anti-rat IgG. To see bands, ECL Kit in X-ray films was used, and the bands quantified with softwareImageJ. In the three groups PDI was identified, in epididymal fluid and epididymal sperm, but in smaller amount in G1 when compared with Groups 2 and 3. In conclusion, expression of PDI in epididymal fluid and sperm of surgically castrated colts, increases as the animal attains sexual maturity. Experiment 2- The aim of this work was to verify the presence of PDI in equine seminal plasma and sperm, quantify it and to compare its expression on seminal plasma from fertile and subfertile stallions. Twelve adult stallions with at least two breeding season were used. For the study, four collections of each animal were performed. Immediately after collection, analysis of motility, velocity, concentration and sperm morphology were performed. Stallions were divided in two groups, according to the semen analysis and previous breeding history: Group 1: motility greater than 70% and previous history of pregnancy rates higher than 80%; Group 2: sperm motility less or equal than 30% and breeding history of less than 35% of pregnacy per season. After the analysis, samples were centrifuged at 800 g/10minutes to remove seminal plasma. Samples were prepared as described in Exp. 1. The expression of PDI in seminal plasma was seen in both groups, but with no statistical difference between them. There was no correlation of PDI with sperm motility or concentration. According to these findings, it is not possible to consider PDI as a fertility marker in stallions. More research is needed, involving other mollecular factors, including other PDIs family proteins.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:37:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8344_Dissertação Final Larissa Vianna.pdf: 1816030 bytes, checksum: db630057efda6e596abefc0d380531fa (MD5) Previous issue date: 2015-02-26 / CAPES / Vochysia bifalcata é conhecida popularmente como Guaricica, é uma espécie arbórea neotropical cuja sobrevivência encontra-se ameaçada devido aos processos de degradação de seus ambientes naturais e exploração antrópica, considerado o estado de ameaça em que se encontram, faz-se necessário obter informações mais detalhadas sobre a diversidade genética de populações naturais desta espécie, o que é possível a partir de estudos com marcadores microssatélites. Neste contexto, o objetvo do presente estudo foi avaliar a diversidade genética da espécie Vochysia bifalcata em duas populações nativas estabelecidas no Parque Nacional do Caparaó, ES, bem como, caracterizar a fertilidade do solo. Para tanto, foram coletadas amostras foliares de 28 individuos adultos em ambas populações, os testes de transferifilidades foram realizados utilizando 8 primers microssatélites desenvolvidos para Qualea grandiflora e 10 desenvolvidos para Vochysia ferrugínea no genoma dos indivíduos de Vochysia bifalcata. Os marcadores que geraram amplificações satisfatórias foram utilizados para os estudos de diversidade e estrutura genética em todos os 28 indivíduos amostrados. Para a caracterização dos atributos químicos do solo, foram selecionados aleatoriamente seis pontos de amostragem de solos em cada população, nas camadas de 0 – 5; 5 – 10 e 10 – 20 cm. Os resultados de amplificação heteróloga de Vochysia ferruginea para V. bifalcata foram satisfatórios, sendo utilizados para as análises estatísticas e de Qualea grandiflora para V. bifalcata foram satisfatórios, entretanto se mostraram monomórficos. Para os iniciadores de V. ferruginea os resultados mostraram a ocorrência média de 4,85 alelos/loco. Dois dos sete locos analisados evidenciaram a presença de alelos nulos, com frequência significativa. Os valores de riqueza alélica foram similares entre as duas populações. O valor médio de heterozigosidade observada para a população I foi 0,434 e para população II foi 0,355, ambos distintos do esperado para o equilíbrio de Hardy-Weinberg. O índice de fixação médio para a população I foi de 0,390 e para a população II de 0,328, indicando presença de endogamia nas populações. O valor médio do Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) foi de 0,608 para a população I e 0,566 para a população II, sendo considerados altamente informativos. O par de genótipos (9 e 11) e (5 e 9) foram identificados como os menos dissimilares na população I e população II, respectivamente. O valor de GST (0,079), indicou uma diferenciação genética moderada entre as populações. Para AMOVA, 10 92,86% da variação foram dentro de populações e 7,13% entre populações. Com a análise bayesiana foi possível definir a divisão dos genótipos em dois grupos. O fluxo gênico médio obtido foi de 2,88 sendo considerado alto o suficiente para contrapor os efeitos da deriva genética. Os parâmetros genéticos obtidos geraram informações sobre a variabilidade genética existente, comprovando a importância do Parque Nacional do Caparaó para fins conservacionistas. As amostras de solos analisadas evidenciaram que a fertilidade de ambas populações apresenta-se baixas e com uma acidez elevada / Vochysia bifalcata is popularly known as Guaricica, is a tree neotropical species whose survival is threatened due to degradation processes of the natural environment and man operation, considered the threat of state they are in, it is necessary to obtain more detailed information the genetic diversity of natural populations of this species, which is possible from studies with microsatellite markers. In this context, the present study was to evaluate objetvo the genetic diversity of Vochysia bifalcata species and characterize soil fertility in two native populations established in Caparaó National Park, ES. Therefore, leaf samples from 28 adult individuals were collected from two native populations of V. bifalta. For transferability test were tested 8 microsatellite primers developed for Qualea grandiflora and 10 designed to Vochysia ferruginea in the genome of individuals to V. bifalcata. Total genomic DNA was isolated using the Doyle & Doyle protocol (1990) modified. The amplified fragments were separated by electrophoresis on gel polyacrylamide 10% with 1X TBE buffer. Electrophoresis was performed at constant voltage of 100 W for 5 hours. The markers that generate satisfactory amplifications were then used for the studies and genetic diversity of structure in all 28 individuals sampled. We randomly selected six soil sampling points in each population at depths 0-5; 5-10 e 10-20 cm and chemical analyzes were performed using the methodology proposed by EMBRAPA (1997). The heterologous amplification results for V. ferruginea to V. bifalcata were satisfactory, and then used for statistical analysis and Q. grandiflora for V. bifalcata were satisfactory, however proved to be monomorphic. For starters, V. ferruginea the results showed the average occurrence of 4.85 alleles/locus. In both two populations of seven loci analyzed suggested the presence of null alleles, with significant frequency. The allelic richness were similar between the two populations. The average observed heterozygosity for the population I was 0.434 and population II was 0.355, both distinct from the expected to the Hardy-Weinberg equilibrium. The average fixation index for the population I was 0.390 and the population II was 0.328, indicating the presence of inbreeding within populations. The average value of Polymorphic Information Content (PIC) was 0.608 for the population I and 0.566 for the population II and are considered highly informative. The pair of genotypes (9 and 11) and (5 and 9) were identified as the least dissimilar opulations the population I and II, respectively. The amount of GST (0.079) indicated a moderate genetic differentiation among populations. To AMOVA, 92.86% of the variation was within 12 populations and among populations 7.13%. After analyzing the program, STRUCTURE was possible to define the division into two groups of genotypes. The obtained average gene flow was 2.88 being considered high enough to counteract the effects of genetic drift. These data generate important information about the genetic variability, proving the importance of Caparaó National Park for the species conservation. Soil samples analyzed demonstrated that the fertility of both populations are present and a low acidity, the homogeneity of the soil fertility can be explained by the soil and climatic characteristics similar between the two study populations.

Orientador: Prof. Dr. Luis Paulo Barbour Scott / Tese (doutorado) - Universidade Federal do ABC, Programa de Pós-Graduação em Biossistemas, 2014. / A Tioredoxina (Trx) é uma proteína presente desde bactérias até humanos. Esta proteína multifuncional está relacionada a diversos processos como transcrição, apoptose, estresse oxidativo, etc. Seu principal papel é a redução de pontes dissulfeto de seus substratos. A Trx em humanos (hTrx) está relacionada a regulação de processos fisiológicos e doenças, incluindo câncer, doenças cardiovasculares e envelhecimento, o que a torna alvo de grande interesse para desenvolvimento de fármacos. Na tioredoxina citosólica e nuclear (hTrx1), apesar das cisteínas 62 e 69 estarem parcialmente enterradas, resultados experimentais mostraram que elas podem formar complexos covalentes com pequenas moléculas e até mesmo com proteínas. Devido a estes fatos, a descrição de sítios de ligação e de mecanismos de exposição das cisteínas pode contribuir na elaboração de estratégias e no design de fármacos. Com esta finalidade, foi empregada a Análise de Modos Normais (NMA) para investigar as mudanças conformacionais que levam à exposição das cisteínas e a exposição de regiões candidatas a sítios de ligação. Com a NMA foi possível identificar movimentos que levam a exposição de regiões hidrofóbicas e a exposição das cisteínas 62 e 69. Os resultados mostraram também a exposição de duas regiões hidrofóbicas, uma devida à abertura da hélice 3 e outra à abertura das hélices 2 e 4. Duas estruturas cristalográficas presentes no PDB, de mutantes da Trx, mostram a abertura da hélice 3, sugerindo esta como uma região para o design de inibidores. Os resultados mostram que este movimento pode ocorrer na estrutura nativa. A abertura das hélices 2 e 4 levou à exposição da região hidrofóbica, sugerindo esta como um novo local para o design de fármacos. A NMA se mostrou de grande valia para o estudo de sítios de ligação, sendo que os resultados apresentados estão de acordo com os dados experimentais. Os resultados do servidor web FTMAP reforçaram estas regiões hidrofóbicas como de interesse para o design de fármacos, uma vez que encontrou conjuntos de pequenos ligantes orgânicos nestas regiões. Os resultados de docking molecular de Fenotiazinas e Tiossemicarbazonas indicaram estas como bons compostos para testes in vitro. Os resultados do docking desses compostos nas estruturas geradas para o modo 16 e sítio H1H3 podem indicar o mecanismo da diminuição do número de grupos tióis livres através do bloqueio do acesso a Cys 69 e possível alteração da dinâmica da exposição da Cys 62. O resultado do virtual screening do sítio H1H3 com a biblioteca Diversity Set II sugeriu uma nova classe de compostos para testes in vitro. / Thioredoxin (Trx) is a protein that can be found from bacterias to human beings. This multifunctional protein is related to several processes, such as: transcription, apoptose, oxidative stresses, among others. The protein¿s main role is to reduce the substrate¿s disulfide bridges. Trx in human beings (hTrx) is related to physiological regulation processes and diseases - including cancer, cardiovascular diseases and aging - which makes this protein of great interest for drug development. Despite cysteines 62 and 69 being partially buried, nuclear and cytosolic thioredoxin (hTrx1) experimental results show that they can form covalent bonds with small molecules and even with proteins. Due to these facts, a description of the binding sites and cysteines exposure mechanisms can contribute in the elaboration strategy and drug design. For this purpose, Normal Modes Analysis (NMA) was applied in order to investigate conformational changes that expose cysteines and hydrophobic regions candidates to binding site. With NMA it was possible to identify motions that expose hydrophobic regions as well as cysteines 62 and 69. Results also show the exposure of two hydrophobic regions, one due to the opening of helix 3 and another one due to the opening of helices 2 and 4. Two crystallographic structures of mutants, found in the PDB database, showthe opening of helix 3, suggesting that this region is stable enough to be a target for inhibitors design. Results show that this motion can occur in the wild type structure. The opening of helices 2 and 4 lead to the exposure of the hydrophobic region, suggesting the region as a new site for drug design. NMA showed to be valuable in the study of binding sites, once results obtained are in accordance with experimental data. Results from the FTMAP web service reinforce these hydrophobic regions as interesting ones as sites for drug design, since clusters of small organic ligands were found in these regions. The Phenothiazines and Semithiocabazones molecular docking results indicate those compounds as good candidates for in vitro tests. The docking results in structures of mode 16 and binding site H1H3 can indicate the free thiol decrease mechanism through block access of Cys 69 and possible modification of Cys 62 exposure dynamic. Virtual screening results of H1H3 binding site with Diversity Set II compounds library suggested a new class of compounds for in vitro tests.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-12-21Bitstream added on 2014-06-13T19:53:20Z : No. of bitstreams: 1 vichietti_rm_me_rcla.pdf: 842604 bytes, checksum: 731ca276a75c1b92840e57bd7497b5e1 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / De acordo com os resultados observacionais de condensações de nuvens moleculares escuras, grandes variações na razão 13CO/C18O são observadas quando se comparam os resultados obtidos nas condensações situadas dentro da mesma nuvem, bem como de nuvem para nuvem. O valor médio dessa razão na condensação principal de Ophiuchus é inferior a 5. Por outro lado, o valor encontrado nas condensações que estão situadas ao norte de Oph é maior que 10. Grandes diferenças também são encontradas quando se comparam os resultados observacionais de diferentes nuvens escuras, tais como Ophiuchus e Taurus, onde são observados também um decréscimo da razão C18O/C17O com o aumento da densidade. Os processos químicos e físicos que governam essas variações ainda não estão claros. Nesse sentido, o objetivo da presente proposta é analisar a influência do colapso gravitacional de condensações de nuvens moleculares escuras na síntese das moléculas CO, C17O, C18O, 13CO, 13C17O e 13C18O. Tal análise é feita com base em comparações entre modelos que consideram diferentes condições entre si, tais como, tamanho da cadeia química, velocidade de colapso, densidade inicial e processos de congelamento de espécies químicas na superfície de grãos de poeira. Os resultados obtidos mostram que o tamanho da cadeia química tem influência nas razões 13CO/C18O e C18O/C17O, mas não tanto quanto a densidade inicial e a velocidade do colapso. Além disso, o congelamento das espécies químicas nos grãos é mais significativo nos estágios mais avançados da evolução da condensação. Os modelos de condensações escuras que sofrem colapso gravitacional lento e em queda livre reproduzem satisfatoriamente as razões 13CO/C18O e C18O/C17O observadas, o que permite concluir que o colapso gravitacional pode ter um importante efeito nas referidas razões. / According to the observational results of dark molecular clouds condensations, large variations in the ratio 13CO/C18O are observed when comparing the results obtained in the condensations located within the same cloud and cloud to cloud. The average value of this ratio in the main condensation of Ophiuchus is below 5. On the other hand, the value found in the condensations that are located north of Oph is larger than 10. Large differences are also found when comparing the observational results of different dark clouds such as Ophiuchus and Taurus, in which are also found a decrease of the C18O/C17O ratio with increasing density. The chemical and physical processes that govern these variations are still unclear. In this sense, the objective of this proposal is to analyze the influence of the gravitational collapse of centrally condensed clumps of dense molecular gas in the synthesis of the CO, C17O, C18O, 13CO, 13C17O and 13C18O molecules. This analysis is based on comparisons among models that consider different condition, such as, chemical chain, initial density, speed of collapse and freezing processes of the chemical species on the surface of dust grains. The results show that the size of the chemical chain has influence on the 13CO/C18O and C18O/C17O ratios, but they are not as important as the initial density and the speed of the collapse. Furthermore, the freezing of chemical species on the grains occurs at later times of the collapse. The models of a gravitational free-fall collapsing core and of slowly contracting core with higher initial density are consistent with observations. These results indicate that the gravitational collapse of molecular cores can have an important effect in the 13CO/C18O and C18O/C17O ratios.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-09-24Bitstream added on 2014-06-13T18:54:05Z : No. of bitstreams: 1 vechetini_me_me_jabo.pdf: 579041 bytes, checksum: 90bdfc2c0590f6beb86275f97fa9a321 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Este estudo foi conduzido com 125 novilhas da raça Nelore de três rebanhos: Nelore Seleção (NeS), Nelore Tradicional (NeT), ambos selecionados para peso ao sobreano, e Nelore Controle (NeC), selecionado para a média deste peso, com o objetivo de avaliar polimorfismos do tipo PCR-RFLP's nos genes OGA T1 e LEPTlNA. Os rebanhos analisados pertencem ao Programa de Melhoramento Genético das Raças Zebuínas, da Estação Experimental de Zootecnia de Sertãozinho - SP - Brasil. O DNA genômico foi extraído de leucócitos pelo método salino. Para a amplificação dos fragmentos de gene foram utilizados oligonucleotídeos iniciadores previamente descritos na literatura. Os produtos de PCR foram digeridos com enzimas de restrição para a detecção dos polimorfismos OGAT1 - Eael e LEPTlNA - BsaAI, e submetidos a eletroforese em gel de agarose. O OGAT1K (Iisina) foi o alelo que apresentou maior freqüência n nos rebanhos. As maiores freqüências do genótipo OGA T1KK foram encontradas nos rebanhos selecionados NeS e NeT, respectivamente, seguido pelo heterozigoto OGAT1KA. Nenhum animal apresentou o genótipo OGAT1AA (alanina). As freqüências alélicas e genotípicas do OGA T1 não diferiram entre NeS e NeT, mas foram estatisticamente diferentes (p<0,05) entre esses e o rebanho controle NeC. Em relação ao hormônio Leptina, as freqüências dos alelos foram LEP A = LEP G = 0,50 em toda a população. O heterozigoto LEP AG foi o genótipo que apresentou maior freqüência para os três rebanhos A maior freqüência do genótipo LEP GG foi observada no rebanho controle (NeC), mas as freqüências alélicas e genotípicas entre os rebanhos não foram estatisticamente diferentes. / This study was conducted with 125 Nelore heifers from three different herds: selection (NeS), traditional (NeT), both selected for yearling weight, and contrai (NeC), selected for mean yearling weight, and had the objective of looking for PCR-RFLP's polymorphisms in DGA T1 and LEPTlN genes. The herds analysed belong to the Zebu Breeding Pragram, of the Animal B:-8eding Experiment Station of Sertãozinho - SP - Brazil. The DNA was extracted fram leukocytes by the saline protocol, and to amplify the gene fragments primers previously described were used. The PCR products were digested by restriction enzymes to detect the DGA T1 - Eael e LEPTlNA - BsaAI polymorphisms, and were submitted to electraphoresis. The DGAT1K allele (Iisine) presented the larger frequency in the population. The highest frequencies of the DGA T1KK were found in the NeS e NeT herds, respectively, followed by the DGA T1KA. Neither animal presented the DGA T1AA genotype (alanine). Selected herds (NeS and NeT) allelic and genotypic frequencies for this locus were not significanttly different. Howerver, significant differences (p<0.05) were detected between the selected (NeS and NeT) and the control herds (NeC). In respect of the Leptin hormone, the allele frequencies were LEP A = LEP G = 0,50 in all the population. The LEP AG was the most frequent genotype in all the three herds. The control group (NeC) presented the LEP GG largest frequency, however, no significant differences were observed among the three herds for this locus.