Neste trabalho apresentamos um modelo teórico que busca descrever aspectos do movimento bidirecional apresentado por objetos intracelulares (vesículas, organelas, vírus etc, aos quais iremos nos referir simplesmente como (\"vesículas\"), observado, sobretudo em experimentos in vivo. Este movimento nao-difusivo e caracterizado por inversões rápidas em sua direção e é capaz de gerar gradientes de concentração do objeto transportado. Os fenômenos de transporte intracelular são sabidamente mediados por proteínas motoras (como as kinesinas e dinenas) cujo movimento unidirecional sobre _lamentos protéicos e bem caracterizado (kinesinas se movem em direção a extremidade mais enquanto as dinenas se movem em direção a extremidade-menos dos microtúbulos) e é normalmente entendido através de modelos estocásticos que descrevem o comportamento de uma partícula browniana na presença de um potencial assimétrico que varia no tempo (ver Astumian [26], Adjari e Prost [22], Magnasco [23]). Mais recentemente, surgiram na literatura trabalhos que tentam descrever o movimento de partículas motoras interagentes, uma vez que se percebeu que efeitos coletivos que surgem nestas situações podem ser relevantes para os fenômenos de transporte sobre microtúbulos. Uma abordagem para a descrição do comportamento destes sistemas de partículas motoras interagentes é aquela baseada nos modelos para os sistemas difusivos dirigidos\". Em particular, a versão contínua dos modelos do tipo totally asymmetric exclusion processes\" (TASEP) e asymmetric exclusion processes\" (ASEP) tem sido utilizada para o estudo do comportamento da densidade de motores sobre os microtúbulos, através da analise de soluções estacionarias da equação de Burgers correspondente (Parmeggiani et al. [33]). Até agora, entretanto, não existem na literatura tentativas de abordar, com estes modelos, o transporte bidirecional de vesículas mediado por estes motores interagentes. A idéia que apresentamos aqui é associar este estranho tipo de movimento ao movimento de ondas de choque presentes nas soluções transientes da equa_c~ao de Burgers para algumas condições iniciais. Deste modo, as vesículas acompanhando (\"surfando\") os choques fariam o papel de suas correspondentes microscópicas partículas de segunda classe\", introduzidas h_a um bom tempo na literatura [36], [37], [38] para o estudo da dinâmica microscópica dos choques que estão presentes também na versão discreta dos modelos TASEP e ASEP. Neste sentido, é natural que as condições iniciais consideradas, que seriam perturbações no estado estacionário das partículas, possam ser causadas, no sistema real, pela própria interação com a vesícula. É o caso, portanto, de se propor que a geometria deste objeto tenha um papel importante na determinação da direcional de seu próprio movimento no meio intracelular. Esta parece ser, por exemplo, uma alternativa interessante para explicar aspectos do movimento de vírus no interior das células. / In this work we present a theoretical model to describe aspects of the bidirectional movement performed by intracellular structures (vesicles, organelles, viruses etc, to which we refer here simply as \"vesicles\"), observed essentially at in vivo experiments. This nondifusive movement is characterized by rapid inversions in direction and is capable of creating concentration gradients of the transported cargo. The phenomenon of intracellular transport is known to be mediated by motor proteins (such as kinesins and dyneins) whose own unidirectional motion along protein laments is well characterized (kinesins moves to the plus-end direction while dyneins moves to the minus-end direction of the microtubules) and is usually modeled by a stochastic dynamics describing the behavior of a Brownian particle in the presence of a time dependent asymmetrical potential held (see Astumian [26], Adjari and Prost [22], Magnasco [23]). More recently, it appeared in the literature works attempting to describe the movement of interacting motor proteins, since it was realized that collective e_ects emerging from this situation may be relevant to the transport phenomena along microtubules. An approach to describe the behavior of such interacting motor particles is based on existing models for \\driven di_usive systems\". In particular, the continuum versions of the totally asymmetric exclusion processes\" (TASEP) or the asymmetric exclusion processes\" (ASEP) have been used to study the behavior of motors density along microtubules by analyzing the steady state solutions to the corresponding Burgers equation (Parmeggiani et al. [33]). Up to now, however, there are no attempts in the literature to approach in this context the questions related to the bidirecionality of vesicles transported by these interacting motors. The idea we present here is to associate this odd movement to the movement of shock waves presented by the transient solutions of Burgers equation for certain initial conditions. Accordingly, the vesicles accompanying (sur_ng) the shocks fronts would play the role of their microscopic analogous \\particles of second class\" introduced long ago in the literature [36], [37], [38] to study the kinetics of the shocks that are also present in the discrete versions of the TASEP and ASEP. In this regard, it is natural to think that the considered initial conditions, namely perturbations to the motor density with respect to a steady state, can be created in the real systems simply by the interaction with the vesicle. It might then be the case also to propose that the geometry of the vesicle plays an important role to direct its own movement within intracellular environment. This seems to be, for example, an attractive alternative for explaining aspects of virus movement inside the cell.

[pt] A Nanotecnologia teve seus primeiros conceitos introduzidos pelo físico americano Richard Feynman em 1959, em sua famosa palestra intitulada There´s plenty of room at the bottom (Ainda há muito espaço sobrando no fundo). Já a Inteligência Computacional tem sido utilizada com sucesso em diversas áreas no meio acadêmico e industrial. Este trabalho investiga o potencial dos Algoritmos Genéticos na otimização e síntese de dispositivos e estruturas na área de Nanotecnologia, através de 3 tipos de aplicações distintas: síntese de circuitos eletrônicos moleculares, projeto de novos polímeros condutores e otimização de parâmetros de OLEDs (Organic Light-Emitting Diodes). A síntese de circuitos eletrônicos moleculares é desenvolvida com base em Hardware Evolucionário (EHW - Evolvable Hardware) e tem como principais elementos dois dispositivos moleculares simulados em SPICE: o diodo molecular e o transistor molecular. O projeto de novos polímeros condutores é baseado em uma metodologia que combina uma aproximação tight-binding (hamiltoniano de Hückel simplificado) que representa a estrutura eletrônica de uma cadeia polimérica, empregando um AG com avaliação distribuída como mecanismo de síntese. Finalmente, a otimização de parâmetros de OLEDs é desenvolvida por meio de um método que modela o comportamento elétrico do dispositivo com multicamadas, onde cada camada possui uma proporção de MTE (material transportador de elétrons) e uma proporção de MTB (material transportador de buracos). As aplicações apresentam resultados que comprovam que o apoio de técnicas de Inteligência Computacional como os Algoritmos Genéticos no mundo nanométrico pode trazer benefícios para a criação e o desenvolvimento de novas tecnologias. / [en] The first Nanotechnology concepts were introduced by the American physicist Richard Feynman in 1959, in his famous lecture entitled There´s plenty of room at the bottom. Computational Intelligence has been successfully used in various areas in the academic and industrial worlds. This work investigates the potential of Genetic Algorithms in the optimization and synthesis of devices and structures in the Nanotechnology domain, by means of 3 types of distinct applications: synthesis of molecular electronic circuits, design of new conducting polymers and optimization of OLEDs (Organic Light-Emitting Diodes) parameters. The synthesis of molecular electronic circuits is developed based on the Evolvable Hardware (EHW) paradigm and has as main elements two molecular devices simulated in SPICE: the molecular diode and the molecular transistor. The design of new conducting polymers is based on a methodology that combines an approximated tight-binding (simplified Huckel Hamiltonian) that represents the electronic structure of a polymer chain, using a GA with distributed evaluation as the synthesis mechanism. Finally, the optimization of OLEDs parameters is developed by means of a method that models the electric behavior of multi-layer devices, where each layer has a ratio of electron transport material (ETM) to hole transport material (HTM). The applications present results that demonstrate that the use of Computational Intelligence techniques, as Genetic Algorithms, in the nanometer world can bring benefits for the creation and development of new technologies.

Esta tesis presenta el uso de nuevos complejos [Mo3S7L3]2-, en el que L es un ligando electroquímicamente activo (ditioleno, diselenoleno o dioxoleno), como precursores para la preparación de semiconductores multifuncionales unimoleculares basados en unidades clúster magnéticas. Se han investigado las propiedades redox de estos clústeres dianiónicos y se han determinado sus estructuras cristalinas mediante difracción de rayos x en monocristal, así como calculado sus estructuras electrónicas utilizando métodos DFT. La abstracción de azufre de [Mo3S7L3]2- resulta en clústeres con unidad Mo3S4 que presentan una estructura de cubo incompleto. Todos los clústeres dianiónicos con ligandos ditioleno o diselenoleno poseen un orbital HOMO con simetría "e1" que se encuentra deslocalizado sobre los ligandos y la unidad clúster. La fragmentación de los compuestos con unidad M3Q7 (M = Mo, W; Q = S, Se) da lugar a especies dinucleares M2O2(μ-Q)2, mientras que el autoensamblaje de la unidad Mo3S7 conduce a un nanoclúster de fórmula {[Mo3S7I3]4(μ-I)6I}3- con estructura tipo adamantano. La electrooxidación de moléculas orgánicas dadoras como ET o I2-EDT-TTF en presencia de aniones Mo3Q7 conlleva a la formación de nuevas sales de ión radical con empaquetamientos peculiares de las moléculas dadoras y con propiedades semiconductoras o metálicas.

Con el propósito de genotipificar las mutaciones de resistencia a antiretrovirales existentes en una porción de la Trancriptasa Reversa (TR) del Virus de la Inmunodeficiencia Humana 1 Subtipo B (codones 151 a 261), se colectaron once muestras (n=11) provenientes del Comité de Prevención y Control de SIDA (COPRECOS) del Hospital Militar Central como parte del proyecto: “Detección de Mutaciones Puntuales en VIH-1 relacionadas a Resistencia a Antiretrovirales”. Todas las muestras se sometieron a amplificación por PCR y secuenciamiento mediante el método de Sanger para proceder al análisis de las mutaciones con el Software HIV db versión 4.1.2 de la Universidad de Stanford (disponible online). De acuerdo a los resultados de genotipificiación de la secuencia parcial de la TR, sólo dos de las 11 muestras presentaron mutaciones primarias relacionadas a resistencia a antiretrovirales, el resto de muestras mostraron mutaciones de tipo compensatorias para posiblemente alguna otra mutación fuera de esta región genética de la TR, encontrandose además algunos otros polimorfismos. Este es el primer estudio en el Perú que demuestra la presencia de mutaciones de resistencia en sujetos con tratamiento a antirretrovirales usando un sistema de genotipificación de VIH desarrollado en laboratorio. / In order to genotype the resistance mutations to antiretrovirals drugs from a portion of the Reverse Transcriptase (RT) from the Human Immunodeficiency Virus 1 Subtype B (codons 151 to 261), eleven samples coming from the “Committee of Prevention and Control of AIDS” (COPRECOS) were collected from the “Hospital Central Militar” as part of the Project: “Detection of Punctual Mutations in HIV-1 related to resistance to antiretrovirals drugs “. All samples were subjected to amplification by PCR and sequencing trough the Sanger method. Then RT sequences were analyzed using the HIV db Software version 4.1.2. from Stanford University (available online). According to genotyping results of the partial sequence of RT only two samples were found to have punctual primary related to resistance mutations for antiretroviral drugs, the remainder samples showed some mutations that might be compensatory to other mutations abroad of this RT genetic region and also finding some other polimorfisms. This is the first study made in Peru that detects punctual resistance mutations from patients receiving antirretroviral treatment by using genotyping system entirely developed in laboratory.

El objetivo de esta investigación retrospectiva, fue determinar la asociación existente entre mutaciones puntuales en los genes dihidrofolato reductasa (Pfdhfr) y dihidropteroato sintasa (Pfdhps) de Plasmodium falciparum y la respuesta clínica en pacientes con diagnóstico de malaria no complicada causada por P. falciparum, admitidos en un estudio de eficacia in vivo de sulfadoxina-pirimetamina (SP) llevado a cabo en dos áreas de la región Loreto en 1999. Se tomaron muestras de sangre de 86 pacientes antes de administrarles SP, las que se analizaron usando PCR-anclado específico de alelo para estudiar a los codones S108N/T, N51I, C59R, I164L y C50R del gen Pfdhf y los codones A436G, A437G, K540E, A581G y A613S/T del gen Pfdhps, encontrándose que las infecciones causadas por parásitos con 3 mutaciones en Pfdhfr (108Asn/51Ile/164Leu) y 2 (581Gli/437Gli) ó 3 mutaciones en Pfdhps (581Gli/437Gli/540Glu) denominados el quíntuple mutante y el séxtuple mutante, respectivamente, se encontraban asociadas con la falla del tratamiento con SP. Además, se estableció que cuanto más alto era el número de mutaciones tanto en Pfdhfr como en Pfdhps, más alto era el riesgo de fallar al tratamiento con SP, según resultado del análisis de regresión logística empleado para asociar a estas dos variables. Este estudio contribuye en brindar evidencias científicas de la asociación existente entre las variables en la región Loreto contribuyendo a su validación y su futuro uso para estudios de vigilancia de fármaco resistencia a SP no solo en el Perú sino en general para los países de América del Sur que comparten territorio de la selva Amazónica. / The objective of this retrospective study was to determine the asociation between point mutations in dihydrofolate reductase (Pfdhfr) and dihydropteroate synthase (Pfdhps) Plasmodium falciparum genes, and clinical outcome of patients with non complicated P.falciparum malaria diagnosis, admitted to a in vivo sulphadoxine-pirymethamine (SP) drug efficacy study conducted in 1999, in two areas of Loreto region. We used allelic specific-nested PCR to analize 86 blood samples collected before SP treatment, and study mutations at codons S108N/T, N51I, C59R, I164L and C50R in Pfdhfr and codons A436G, A437G, K540E, A581G y A613S/T in Pfdhps genes, and found that Infections caused by parasites harbouring 3 mutations in Pfdhfr (108Asn/51Ile/164Leu) and either 2 or 3 mutations in Pfdhps (581Gly/437Gly and 540Glu) called the quintuple and sextuple mutants, respectively, were associated to failure with SP treatment. Logistic regression analysis was used to look for association between the variables, helping to establish the higher the number of mutations in both Pfdhfr and Pfdhps genes, the higher the risk of treatment failures when using SP.The contribution of this study is to provide scientific evidences of the association between both variables in Loreto region supporting its validation and future application in surveillance studies for SP drug resistance, that can be conducted not only in Peru but also in South American countries that share the Amazon basin territory.

El interés por la conservación de las comunidades ribereñas del río Paraná ha llevado a la identificación de nuevas especies para la flora argentina durante los últimos años. En el noreste de Argentina y sureste de Paraguay, se han identificado poblaciones de Calophyllum brasiliense Cambess. (Calophyllaceae) en remanentes de selvas higrófilas, especie arbórea típica de selvas inundables y tolerante a la inundación. El objetivo de este trabajo fue caracterizar la variabilidad genética de seis poblaciones, tres argentinas, dos paraguayas y una mexicana, a través de marcadores moleculares y establecer relaciones filogeográficas entre ellas, con el fin último de contribuir en la planificación de estrategias de conservación. Se obtuvieron 56 loci RAPDs a partir de los cuales se estimaron parámetros genéticos clásicos para dos de las poblaciones. La heterocigosidad esperada total fue baja (He=0,273), al igual que el índice de diversidad de Shannon (I=0,406). La diferenciación interpoblacional fue muy elevada (ϕST=0,283), encontrándose el 78% de la variabilidad genética dentro de las poblaciones. Quedó demostrado además que la población de San Ignacio presenta estructuración genética espacial dentro de los 20 m de distancia, información relevante en el diseño de estrategias de conservación in situ y ex situ. Por otro lado, se describieron las secuencias de siete regiones intergénicas y una intrónica del genoma cloroplástico, en suma 1.749 pb, cuatro de las cuales mostraron diferencias nucleotídicas. No obstante, se escogió el intrón del gen trnL para realizar el análisis filogeográfico de las seis poblaciones, que permitieron estimar la diversidad nucleotídica (π=0,00237) y haplotípica (Hd=0,296). Se identificaron tres haplotipos que discriminaron las poblaciones argentinas, paraguayas y mexicana. Las variantes haplotípicas encontradas en el presente trabajo nos llevaron a reconsiderar y plantear un modelo de las rutas de dispersión geográfica y colonización de C. brasiliense en el pasado, a través del río Paraná como de vías alternativas. / In recent years the growing interest in Paraná River’s riparian forest conservation led to the discovery of new plant species in Argentina. In the hygrophile forest remnants from Northeastern part of Argentina and Southeastern area of Paraguay, populations of Calophyllum brasiliense Cambess. (Calophyllaceae), a typical flood lowlands species, were identified. The aims of this work were to characterize and compare the genetic variability within and among six populations of C. brasiliense, three from Argentina, two from Paraguay and one from Mexico, using molecular markers and to infer phylogeographic relationships among populations, in order to contribute with the planning of conservation strategies. Classic genetic population parameters were estimated once 56 RAPDs loci were obtained. The total expected heterozygosity (He=0,273) and the Shannon diversity index (I=0,406) obtained were low. On the other hand, interpopulation differentiation was high (ϕST=0,283), and 78% of genetic variability observed was within populations. At the same time the spatial genetic analysis demonstrated that the population from San Ignacio is genetically structured at distances shorter than 20 m, being this data relevant for the design of in situ and ex situ conservation projects. Besides, seven intergenic and one intronic chloroplast genome regions were described, adding up a total of 1.749 pb. Four of these regions showed nucleotide differences. However, only the trnL intron was selected for the phylogeographic analysis, being possible to estimate the nucleotide (π=0,00237) and haplotypic diversity (Hd=0,296). Finally, three haplotypes were identified through which Argentinean, Paraguayan and Mexican populations could be differentiated. The haplotypic variants that have been found in the present work led us to reconsider and propose a model on C. brasiliense’ geographic dispersion and colonization used in the past, both through the Paraná River and alternative routes.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-07-29Bitstream added on 2014-06-13T18:47:14Z : No. of bitstreams: 1 munhae_cb_dr_rcla_parcial.pdf: 139035 bytes, checksum: 68a52e1407a980224c882244cda53aee (MD5) Bitstreams deleted on 2014-11-14T12:16:56Z: munhae_cb_dr_rcla_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-11-14T12:17:44Z : No. of bitstreams: 1 000726225.pdf: 722929 bytes, checksum: ea5c238725ac34996719d990a4c7198b (MD5) / Os cultivares de uva no Brasil abrangem as regiões Sul, Sudeste, Centro-Oeste e Nordeste e apresentam poucos organismos que são considerados praga. Entretanto, cochonilhas quando presentes causam prejuízos econômicos, sendo que Eurhizococcus brasiliensis (Hemiptera: Margarodidae), a pérola-da-terra, é uma das principais. Devido ao hábito subterrâneo e a forma encapsulada, os danos ocasionados pela cochonilha tem como consequência o abandono ou declínio da cultura, especialmente nos vinhedos da região Sul do País. Algumas espécies de formigas do gênero Linepithema e Pheidole, podem estar associadas às infestações por pérola-da-terra como constatado no Estado do Rio Grande do Sul, porém não se tem informações a esse respeito no Estado de São Paulo. Da mesma maneira, não há informações em relação aos aspectos moleculares da pérola-da-terra e, assim, o objetivo do estudo foi avaliar a diversidade de formigas subterrânea em cultivares de videira, analisando a sua possível associação com a pérola-da-terra, investigando especificamente: i) a riqueza e a abundância das formigas no subsolo no Estado de São Paulo; ii) os parreirais infestados pela pérola-da-terra e a relação com os táxons de formigas mais frequentes; iii) a caracterização molecular da pérola-da-terra em diferentes regiões do Brasil, a partir de marcadores moleculares RAPD e 28S. Para tal, foram realizadas coletas nos Estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, São Paulo e Pernambuco. Foram amostradas 20 espécies de formiga e não houve associação significativa entre a pérola-da-terra e a riqueza e/ou composição de espécies. Solenopsis invicta (Hymenoptera: Formicidae) foi a espécie mais frequente e abundante em todos os parreirais amostrados. A caracterização molecular da pérola-da-terra resultou na formação de dois clados a partir do... / The vineyards in Brazil occur in the South, Southeast, Central-West, and Northeast regions and have few organisms that are considered pests. However, mealybugs can cause economic losses, and Eurhizococcus brasiliensis (Hemiptera: Margarodidae), the ground pearl, is one of the main viticulture pests. Due to the ground pearl has an underground habitat and encapsulated form, the damage caused by the mealybug causes the abandonment or decline of culture, especially in the vineyards of the South region. Some species of ants (Pheidole spp. and Linepithema spp.) may be associated with infestations of ground pearl, as found in the state of Rio Grande do Sul, but there is no information in the state of São Paulo. There is no information about the molecular biology of ground pearl, and thus the aim of the study was to evaluate the diversity of subterranean ants in the vineyards to investigate their possible association with the ground pearl, specifically investigating: i) the richness and abundance of subterranean ants in the State of São Paulo, ii) the vineyards infested by ground pearl and related taxa of ants frequently, iii) the molecular characterization of ground pearl in different regions of Brazil, from RAPD and 28S molecular markers. For this, samples were collected in the States of Rio Grande do Sul, Santa Catarina, São Paulo and Pernambuco. We sampled 20 species of ants and there was no significant association between the ground pearl and the richness and/or species composition. Solenopsis invicta (Hymenoptera: Formicidae) was the most common species in all the vineyards. The molecular characterization of ground pearl resulted in two clades from the gene 28S and three groups, based on RAPD primers. According to the results we can infer the possibility of at least two groups of ground pearl in different regions sampled. However... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-17Bitstream added on 2014-06-13T19:50:20Z : No. of bitstreams: 1 mori_nt_me_botfca.pdf: 988090 bytes, checksum: 61ea693b25f67c44cb9358042b0c2f9c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Handroanthus heptaphyllus (Vell.) Mattos, sinonímia Tabebuia heptaphylla ( Vell.) Toledo, popularmente conhecida por ipê-roxo, é uma espécie pertencente a família Bignoneaceae, muito apreciada pela sua beleza, madeira de excelente qualidade, além de algumas espécies dessa família possuírem substâncias as quais são usadas como produtos medicinais. A espécie é polinizada por abelhas, pássaros e outros visitantes que podem se alimentar das flores e dos frutos. Atualmente é utilizada em programas de reflorestamento de áreas degradadas, paisagismo e restauração. Ocorre em grande parte do Brasil, desde o Estado da Bahia até o Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Santa Catarina e São Paulo, compreendendo as latitudes de 13ºS (BA) a 30ºS (RS). O trabalho teve como objetivos estudar a variabilidade genética entre e dentro das subpopulações de H. heptaphyllus, por meio de marcadores microssatélites e conhecer sobre o seu sistema reprodutivo. Para tanto, foram colhidas sementes de 30 árvores, na região de Botucatu, S.P., sendo grande parte na Fazenda Experimental Lageado pertencente a UNESP - Campus de Botucatu. As sementes foram semeadas no viveiro da UNESP e as folhas das mudas produzidas foram coletadas para a extração de DNA e posteriormente analisadas em géis de poliacrilamida. No total, foram estudados oito locos microssatélites polimórficos, que apresentaram desde seis alelos por loco (loco TAU22) a 14 alelos (locos TAU12, TAU30 e TAU31). A média de heterozigosidade esperada ( e H ˆ ) para as seis subpopulações foi de 0,732, sendo que a heterozigosidade observada ( o H ˆ ) foi de 0,618. Os índices médios de fixação variaram de -0,082 (subpopulação 4) a 0,255 (subpopulação 3), com média de 0,152. Os resultados das subpopulações estudadas mostraram os índices de fixação em níveis aceitáveis, com média de 15,2%, no entanto... / Handroanthus heptaphyllus (Vell.) Mattos, sinonímia Tabebuia heptaphylla (Velloso) Toledo, known as ipê-roxo, belongs to the Family Bignoniaceae. It is a very important Brazilian forest tree species because of its beautiful flowers, excellent wood quality, and medicinal properties. Its flowers are usually visited by animals, like bees, birds, bats, etc, for feeding and for pollination purposes. The species has also been used in programs of reforestation of degraded areas, landscaping, and restoration. The ipê-roxo is widespread throughout Brazil, from Bahia State to Rio Grande do Sul, Minas Gerais, Mato Grosso do Sul, Santa Catarina, and São Paulo States, from 13ºS (BA) to 30ºS (RS) latitudes. The research has as objectives to study the genetic diversity within and between subpopulations of H. heptaphyllus by microsatellite molecular markers and to understand its mating system. We collected seeds of 30 trees, through the Botucatu region, Brazil, mostly from the Lageado Experimental Station, São Paulo State University (UNESP) – Botucatu. The seeds were sown in a nursery and the leaves were collected, to extract the DNA, and analyzed through polyacrilamide gels. In a total of eight polymorphic microsatellite loci were analyzed that varied from six alleles (TAU22 locus) to 14 alleles (TAU12, TAU30, and TAU31 loci). The expected heterozygosity mean ( e H ˆ ) for the six subpopulations was 0.7318, the observed heterozygosity mean ( o H ˆ ) was 0.6183, and the average of fixation index (f) between pairs of the six population varied from -0,082 (subpopulation 4) to 0.255 (subpopulation 3), with an average of 0.152. The results of the studied subpopulations have shown acceptable levels of fixation index, presenting an average of 15.2%, therefore, the subpopulation 4 has shown a higher amount of heterozygous than expected. The total genetic diversity ( IT fˆ ) for the six subpopulations... (Complete abstract click electronic access below)

O pinhão manso é uma pequena árvore tropical que adquiriu importância econômica pelo conteúdo de óleo em suas sementes e pela possibilidade de sua utilização para produção de biocombustível. As sementes e o óleo do pinhão manso são tóxicos devido principalmente à presença de ésteres de forbol, o que dificulta a sua utilização direta para o consumo humano e também dos resíduos para a alimentação animal. A falta de programas de melhoramento e cultivares comerciais e problemas com pragas e doenças estão desestimulando o cultivo do pinhão manso pelo mundo. Por se tratar de uma espécie semi-domesticada, a utilização de marcadores moleculares como ITS, PCR-RFLP, microssatélites e TRAP poderia auxiliar nos estudos de diversidade genética, visando o desenvolvimento de variedades adaptadas às necessidades dos agricultores. O objetivo deste estudo foi caracterizar a variabilidade genética de acessos de pinhão manso depositados no Banco de Germoplasma da Universidade Federal de São Carlos, além de possibilitar estudos sobre as relações entre as populações, centros de diversidade e determinar o sistema reprodutivo da espécie. Os resultados são discutidos destacando que a maior parte da diversidade encontra-se entre as populações estudadas. Os resultados derivados dos quatro marcadores utilizados corroboram que o centro de diversidade da espécie possivelmente está na América, com destaque para o México, Brasil e Colômbia. Os resultados apontam também para a diferenciação genética dos acessos atóxicos dos mexicanos quando comparados com os demais acessos tóxicos de pinhão manso. Os marcadores microssatélites desenvolvidos indicam que o pinhão manso apresenta um sistema misto de reprodução, combinando autofecundações, apomixia e cruzamento entre indivíduos aparentados, o que pode explicar a menor diversidade genética encontrada dentro das populações. Devido ao sistema misto de reprodução e aos acasalamentos correlacionados, a coleta de sementes de polinização aberta para fins de melhoramento ou conservação deve ser conduzida em um número de árvores acima de 100, visando garantir uma amostra estruturada / Physic nut (Jatropha curcas L.) is a tropical tree that has acquired economic importance for the content of oil in its seeds and the possibility of its use for biofuel production. However, oil seeds and physic nut are toxic because of the presence of secondary metabolites such as phorbol esters which makes its use directly for human consumption and also its waste for animal feed difficult. The lack of commercial varieties and problems with pests and diseases are making physic nut cultivation in the world unattractive. The use of molecular markers such as ITS, PCR-RFLP, microsatellites and TRAP can help in studies of genetic diversity, aimed at developing varieties adapted to farmers needs. The aim of this study was to characterize the genetic variability of physic nut accessions deposited in the Germplasm Bank of the \'Universidade Federal de São Carlos\', in addition to allowing studies on the relationship among accessions, centers of diversity and reproductive system. Results are discussed highlighting that most diversity is concentrated among populations. The four markers used indicated that the center of diversity of this species is probably in America with emphasis on Mexico, Brazil and Colombia. The microsatellite markers indicate that physic nut has a mixed system of reproduction, combining self-pollinations, apomixis and crossing between related individuals which may explain the small genetic diversity found within populations. Due to the mixed system of reproduction and correlated mating, the collection of open-pollinated seeds for plant breeding or conservation should be conducted in a number of trees above 100 in order to ensure a structured sample

Submitted by Claudia Rocha (claudia.rocha@udesc.br) on 2018-02-09T15:57:35Z No. of bitstreams: 1 PGCA16MA198.pdf: 1520008 bytes, checksum: fd1d41fa0d4c2a913a8dc6becde2a619 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-02-09T15:57:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA16MA198.pdf: 1520008 bytes, checksum: fd1d41fa0d4c2a913a8dc6becde2a619 (MD5) Previous issue date: 2016-02-26 / Capes / Neotropical deer are poorly studied species, particularly those belonging to the genus Mazama because of the access difficulty to these animals. The conservation status of Mazama nana is not well known and their main threats are poaching, habitat destruction and exposure to domestic animal diseases. Among the important diseases in cervids, haemorrhagic syndromes are very common and lead to a high rate of morbidity and mortality. Diseases leading to signs of widespread bleeding are known as haemorrhagic diseases and in deer, there are three causative viral agents currently recognized: an adenovirus (Adenoviral haemorrhagic disease virus) and two orbiviruses (Bluetongue disease virus, BTV, and Epizootic haemorrhagic disease virus, EHDV). The Bela Vista Biological Refuge of Itaipu Binacional has been successfully reproducing the species Mazama nana, popularly known as the brazilian dwarf brocket deer, since 1990. While the death of animals with compatible signs with bleeding disorders has been occurring ever since, the etiological agent has not yet been identified. Thus, this project aimed to identify the viral agent that has been causing haemorrhagic disease in the herd of Brazilian dwarf brocket deer from the Bela Vista Biological Refuge. Therefore, we evaluated autopsy samples, including liver, heart, lymph nodes and esophagus as well blood from 32 live animals in the search for viral genetic material, using namely the RT-PCR test for BTV, semi-nested RT-PCR for EHDV and the conventional PCR for adenovirus. In addition, we applied the Agar Gel Immunodiffusion technique (AGID) for detecting antibodies against BTV. Four samples, belonging from animals that died with haemorrhagic disease signs, were positive for RT-PCR test against BTV, and from this material, it was possible to isolate and serotype the virus. At the end of the study, we identified three serotypes thus far unknown in Brazil, the 14 BTV3, BTV14 and BTV18 plus a serotype not yet identified. The prevalence of seropositive animals to BTV was 3.12%. All semi-nested RT-PCR tests for EHDV and conventional PCR for AHDV had negative results. Therefore, we concluded that the BTV is the causative agent of the haemorrhagic disease of the brazilian dwarf brocket deers from the Bela Vista Biological Refuge and at least three serotypes are involved in the epidemiology of the disease / Os cervídeos neotropicais são pouco estudados, particularmente as espécies pertencentes ao gênero Mazama, em razão da dificuldade de acesso aos animais silvestres e suas amostras. O status de conservação da espécie Mazama nana não está bem definido. As principais ameaças a esses animais são a caça ilegal, a destruição de seu habitat e a proximidade a animais domésticos, que podem introduzir doenças comuns em populações de ruminantes silvestres. Dentre as doenças importantes em cervídeos, as síndromes hemorrágicas são muito frequentes e levam a um alto índice de morbidade e mortalidade. As doenças que provocam sinais e quadro de hemorragia generalizada em cervídeos são conhecidas pelo nome genérico de doenças hemorrágicas, e são três os agentes virais reconhecidos atualmente: um adenovírus (vírus da doença hemorrágica por adenovírus) e dois orbivirus, (o vírus da língua azul BTV e o vírus da doença epizoótica hemorrágica EHDV). O Refúgio Biológico Bela Vista da Itaipu Binacional vem reproduzindo com sucesso a espécie Mazama nana desde 1990, conhecida popularmente como veado-bororó-do-sul, porém, fazendo uma revisão histórica, percebe-se que desde que a criação foi iniciada, ocorreram mortes de cervídeos com sinais compatíveis com as doenças hemorrágicas. Entretanto, o agente etiológico nunca foi identificado. O presente projeto teve por objetivo identificar o agente viral que tem causado a doença hemorrágica no plantel de veados-bororó-do-sul do Refúgio Biológico Bela Vista, situado no município de Foz do Iguaçu, Paraná. Foram avaliadas amostras obtidas por meio de 12 necropsia, incluindo fragmentos de fígado, coração, linfonodos e esôfago, além de amostras de sangue de 32 animais vivos para a pesquisa de material genético viral pelo teste de RT-PCR em tempo real para o vírus da língua azul e semi-nested RT-PCR para o vírus da doença epizoótica hemorrágica, além de PCR convencional para o adenovírus de cervídeos. A técnica de IDGA foi utilizada para a pesquisa de anticorpos contra o vírus da língua azul. Quatro amostras, provenientes de animais que vieram a óbito com sinais de doença hemorrágica, foram positivas para o teste de RTq-PCR contra língua azul (BTV), e a partir desse material foi possível isolar e sorotipificar o vírus. Ao final do estudo, foram identificados três sorotipos até então desconhecidos em território brasileiro, o BTV3, BTV14 e BTV18. A prevalência de animais soropositivos para BTV foi de 3,12%. Todos os testes de semi-nested RT-PCR para o vírus da doença epizoótica hemorrágica (EHDV) e de PCR convencional para adenovírus tiveram resultados negativos. Com este estudo foi possível determinar que o BTV é o agente causador da doença hemorrágica no plantel de veados-bororós-do-sul do Refúgio Biológico Bela Vista e que pelo menos três sorotipos estão envolvidos na epidemiologia da doença