The purpose of our study was to describe the dynamics of E. coli in the rivers of the Seine watershed. This watershed is characterized by a poor microbiological water quality due to an important population density, industrial activities and intensive agriculture. The main objectives of our study were to obtain field microbiological data describing the system and to understand the underlying mechanisms in order to build a model able to describe and predict the fate of the fecal bacteria at the scale of the whole watershed. This model was built in order to help management of microbiological water quality. To be able to describe and modelize the fate of fecal bacteria at the scale of such a large and complex system, it was first necessary to identify and quantify the sources of contamination and to be able to describe the processes affecting these bacteria once discharged to the rivers. The quantification of E. coli in the natural aquatic systems through the traditional culture-based techniques has been strongly questioned during the last years because they have a long response delay (24 to 48 h) and they do not take into account the viable but not culturable bacteria (VBNC) which nevertheless could represent a health thread. For this reason we developed in this study two alternative methods: the direct (without passing through a cultivation step) measurement of the â-D-glucuronidase activity and a fluorescent in situ hybridization with an E. coli specific probe coupled with a viability test. The first has the main advangate to give a very rapid evaluation of the E. coli content of the water while the second one was able to enumerate VBNC E. coli. The study of the sources of contamination of the rivers revealed the predominance, in this anthropogenicised watershed, of the point sources (effluents from wastewater tretament plants). Diffuse sources soil leaching and surface runoff) may nevertheless be locally important and have also be quantified. The influence of the land use on these diffuse sources has been quantified demonstrating that soil leaching and surface runoff of grazed areas was mainly responsible of fecal contamination in rural areas. The attachment of E .coli to particles in the river waters was studied as it can influence the fate of this kind of bacteria in the aquatic systems. A linear regression was found between the percentage of particle-associated E. coli and the SM content of the water. Settling velocities of particle-associated E. coli were determined. The mortality rate of E. coli was analysed following various perspectives: the river order, the attachment of E. coli to particles, the importance of the cultivability loss in the disappearance of these bacteria and the importance of protozoan grazing. The results confirmed the importance of grazing and showed that the abondance of free living E. coli bacteria decreased two times more rapidly than particle-associated E. coli. In the Seine river, we showed that the net loss of culturable E. coli was 1.5 time higher than the net loss of viable E. coli. Finally, no relationship was found between mortality rate and river order. These results have been used to build two models CF-SENEQUE and CF-SiAM-3D which describe E. coli dynamics respectively for the whole Seine river watershed and for the Seine for the estuary. Comparisons model calcultaions with field data of fecal coliforms abundances showed that these models correctly simulated the longitudinal distribution of fecal colifoms in the main rivers of the Seine watershed and in the estuary. These models were used to test the impact on the microbiological water quality of various scenarii of wastewater management .

Un des impacts importants des autoroutes sur l'avifaune est la mortalité due au trafic. Pour mesurer cette mortalité et évaluer les facteurs qui l'influencent, il faut tenir compte des biais importants affectant les comptages des cadavres sur la chaussée, et notamment leur rapide disparition due au trafic et au charognage. Lors de cette thèse, le nombre de tués a été évalué par des méthodes de capture-marquage-recapture d'après des comptages des cadavres en voiture et à pied sur des autoroutes du sud-ouest de la France. Les résultats montrent que les comptages de cadavres, et donc les estimations de tués, sont influencés par le statut taxonomique, la masse des cadavres, leur fraîcheur, et la saison, en lien notamment avec l'activité des charognards. La chouette effraie et certains turdidés sont les plus tués par le trafic. Ayant testé par GLM divers traits spécifiques (densités des passeriformes à proximité, régimes alimentaires, morphométrie, statut sédentaire/migrateur, capacité d'apprentissage), seul la distance de fuite apparaît influencer la mortalité liée au trafic. La prise en compte des facteurs environnementaux montre que les strigiformes sont plus souvent tués près des bermes mixtes, les passeriformes plus souvent tués près des bermes arborées, les deux moins souvent dans les profils en déblais. Déblais et merlons acoustiques en terre, abattage (ou non plantation) des arbres proches au droit des points noirs de collision des oiseaux, constituent des mesures efficaces de réduction de la mortalité.

Les travaux présentés dans cette thèse s'intéressent à l'intime relation entre la rationalité de l'homme et sa conscience de la mort. Ils utilisent conjointement deux théories, la Théorie de la Gestion de la Terreur, et la théorie Dual-Process de la pensée. La Théorie de la Gestion de la Terreur décrit les mécanismes qui se déclenchent lorsque des pensées liées à notre propre mort sont activées. De façon importante, ces mécanismes consomment des ressources mentales que la théorie Dual-Process identifie comme nécessaires à la pensée rationnelle. Sommes-nous dès lors capables de raisonner de manière rationnelle lorsque nous pensons à notre propre mort ? En d'autres termes, pouvons-nous utiliser correctement notre capacité analytique lorsque des pensées liées à notre propre mort sont conscientes ? Les personnes ayant de grandes capacités cognitives sont elles mieux armées pour penser à la mort ? Quel est le réel impact des pensées de mort sur notre raisonnement, mais aussi sur nos jugements et décisions ? Nous cherchons à répondre à ces questions dans différents domaines de la pensée : les inférences logiques, les décisions stratégiques, et le jugement moral. Différents protocoles expérimentaux sont mis en œuvre dans le but d'explorer de manière exhaustive l'influence des pensées de mort lorsque nous devons utiliser ces hautes fonctions cognitives. Les résultats mettent en lumière de sinistres, mais fascinants effets et ce sur toutes nos activités nécessitant des ressources cognitives. De manière générale, les participants qui ont pensé à leur propre mort semblent ne plus avoir accès à leurs ressources cognitives et montrent par conséquent des comportements moins élaborés, intuitifs et heuristiques, au détriment des règles normatives de raisonnement. Ces découvertes laissent apparaître un étrange paradoxe en termes d'évolution et d'adaptation puisque nos capacités analytiques semblent finalement nous servir à oublier ce qu'elles nous ont justement fait découvrir.

La population canadienne vieillit depuis le début du XXe siècle. La naissance des cohortes nombreuses du baby-boom a d’abord ralenti ce phénomène. Mais le vieillissement de ces générations nombreuses pose plusieurs questions quant à la capacité de la société à supporter le poids de ces individus dans le domaine de la santé et dans le domaine de la viabilité des régimes de retraite. De plus, les projections de Statistique Canada montrent que le rapport de dépendance des personnes âgées va augmenter de 82% entre 2015 et 2061. Cependant, cet indicateur est contestable puisqu’il se base uniquement sur l’âge. De nombreux indicateurs de mesure du vieillissement démographique sont depuis plusieurs années élaborés pour prendre en compte l’évolution du cycle de vie, la santé et la qualité de vie des individus afin de s’approcher au plus près de l’impact réel du vieillissement démographique sur la société. C’est dans ce contexte que nous proposons notre indicateur, appelé « fardeau de la mortalité ». En le comparant au rapport de dépendance classique nous mettrons en évidence l’influence de l’évolution des comportements des populations vis-à-vis du marché du travail et la capacité de la population en emploi de soutenir la population dépendante. Notre indicateur, qui rapporte l’effectif d’individus à qui il reste 15 ans et moins à vivre à la population occupant un emploi, a connu de nombreuses variations depuis 1921. En 1921, 100 individus en emploi soutenaient 48 personnes ayant moins de 15 ans à vivre. Le fardeau de la mortalité a diminué pour atteindre un minimum en 2008 (22%), puis a débuté une période de croissance qui correspond au vieillissement des générations du baby-boom. Cependant, nos projections montrent que le fardeau de la mortalité devrait atteindre un plafond autour de 30% à l’horizon 2047. L’évolution du cycle de vie professionnel des individus, tant chez les hommes que chez les femmes, mais principalement chez ces dernières, tempère l’effet de « fardeau » de la population qui va décéder. / The Canadian population is aging since the early twentieth century. The birth of large cohorts of baby-boom initially slowed the phenomenon. But the aging of these generations raises many questions about the ability of the population to support the weight of these individuals in the purview of health and of the sustainability of pension schemes. In addition, Statistics Canada projections show that the dependency ratio of the elderly will increase by 82% between 2015 and 2061. However, this indicator is debatable since it is based solely on age. Many aging measurement indicators have been developed over the years to take into account the evolution of the life cycle, health and quality of life of individuals in order to get closer to the real impact of aging on society. It is in this context that we offer our indicator, called "burden of mortality”. Comparison with the classical dependency ratio will highlight the influence of changing behaviors regarding labor force participation and the capacity of the employed population to support the dependent population. Our indicator, which reports the number of individuals who have less than 15 years of life remaining to the employed population, has seen many changes since 1921. In 1921, 100 workers supported 48 individuals who have less than 15 years to live. The burden of mortality decreased to a minimum in 2008 (22%), then entered a period of growth which corresponds to the aging of the baby-boom generation. However, our projections show that the burden of mortality should reach a ceiling of around 30% in 2047. The evolution of the professional life cycle of individuals, both men and women, but mainly among women, temper the effect of the “burden” of people who will dying.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le cancer occupe le premier rang parmi les causes de décès au Québec. Les taux de mortalité diffèrent cependant à travers les régions du Québec. En considérant les territoires des Centres de santé et de services sociaux (CSSS), ce mémoire propose dans un premier temps d’étudier la distribution des taux de mortalité pour les principaux sièges de cancer, d’identifier les régions où une différence significative du taux avec le reste du Québec est perceptible et d’approfondir des éléments impliqués dans la mortalité, soit l’incidence et la létalité. D’autre part, dans le but d’expliquer les variations des taux de mortalité, des variables socio-économiques liées aux territoires retenus serviront de variables explicatives au modèle de régression utilisé. Les résultats ont permis de constater que c’est pour le cancer du poumon que les écarts significatifs sont les plus nombreux. Quant au cancer colorectal, un seul territoire présentait un écart significatif. Pour ce qui est du cancer de la prostate et du sein, aucun écart n’est perceptible dans les taux de mortalité. Concernant la partie explicative de la mortalité, dans le cas du cancer du poumon, les taux d’incidence sont fortement corrélés aux taux de mortalité. On ne peut cependant faire le même constat pour les cancers colorectal, du sein et de la prostate. De plus, les variables socio-économiques considérées pour les territoires de CSSS ne permettaient pas d’arriver à un modèle explicatif convaincant. Ces résultats montrent la nécessité d’avoir des données longitudinales permettant de suivre les individus dès le moment où le diagnostic de cancer est établi afin d’être en mesure de mieux mesurer les liens entre l’incidence, la survie, le niveau socio-économique et la mortalité. / Cancer is the leading cause of death in Québec. However, mortality rates vary significantly throughout Quebec’s regions. Using the CSSS (Centre de santé et de services sociaux) territories as a base of comparison, the present thesis will study the regional distribution of mortality rates amongst the territories with the highest cancer rates, identify those territories that have a significant variation from the overall cancer rate of the province, and investigate the relation between incidence rates and lethality. Moreover, to help explain variations in mortality rates, a regression analysis was undertaken using socioeconomic variables of each territory. The analysis demonstrated that territorial disparity was the greatest for lung cancer. As for colorectal cancer, only one territory showed a rate different with that of Quebec as a whole. For prostate and breast cancer no variations were identified. Lung cancer mortality rates were found to be strongly correlated with incidence rates, but that wasn’t the case for the other cancers (colorectal, breast and prostate). Further, the analysis of the socio-economic variables in the regression model did no present any convincing results. The need for longitudinal data to study mortality rates by cancer and its associated factors is deemed to be a major issue.

Thèse numérisée par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

L'insuffisance rénale chronique (IRC) est associée à une importante morbidité et mortalité cardio-vasculaire, à laquelle participent la dysfonction endothéliale. Les patients IRC présentent de plus une susceptibilité accrue aux thromboses qu’elles soient veineuses ou artérielles. Les toxines urémiques sont des solutés s'accumulant dans le sérum et les tissus des patients IRC. Parmi elles, les toxines urémiques liées aux protéines ont une toxicité endothéliale démontrée in vitro. Nous avons démontré que l’indoxyl sulfate (IS) et l’indole acetic acide (IAA), deux toxines liées aux protéines provoquent un phénotype pro coagulant de cellules endothéliales en culture via une production accrue de facteur tissulaire (FT). Le facteur tissulaire est un facteur membranaire procoagulant qui initie la cascade de la coagulation en activant le facteur VII via la voie extrinsèque. Nous avons aussi démontré que la production de FT passe par une voie cellulaire préalablement connue pour son implication dans les processus de detoxification : la voie de l’aryl hydrocarbon receptor (AHR). Dans notre travail, nous montrons que l’IS et l’IAA ont un comportement similaire à l’intoxication par la dioxine. Le lien entre FT et AHR n’avait jamais été démontré auparavant. En conclusion, l’IS et l’IAA participent à la dysfonction endothéliale des patients IRC et à la surmortalité cardiovasculaire, en augmentant la production endothéliale de FT et ainsi en provoquant un phénotype pro coagulant des cellules endothéliales. La voie AHR constitue une cible thérapeutique très intéressante dans la problématique de la surmortalité cardiovasculaire des patients IRC. / Chronic kidney disease (CKD) is associated with significant morbidity and cardiovascular mortality, which involves chronic inflammation, oxidative stress and endothelial dysfunction. CKD patients have a higher risk of venous or arterial thrombosis compared to general population. Uremic toxins are molecules that accumulate in the serum and organs of CKD patients. Among them, protein-bound uremic toxins are poorly removed by dialysis, and their endothelial toxicity had been well demonstrated in vitro. In this thesis, we demonstrated that indoxyl sulfate (IS) and indole acetic acid (IAA ), two protein-bound toxins can cause a pro coagulant phenotype of cultured endothelial cells through an increased production of tissue factor (TF ) Tissue factor is a membrane procoagulant factor that initiates the coagulation cascade by activating factor VII via the extrinsic pathway. We also demonstrated that TF increase was produced via a cellular pathway previously known to be involved in the detoxification processes: the aryl hydrocarbon receptor pathway (AHR) . The canonical ligand of AHR is dioxin, well known for its cardiovascular adverse effects. In this work, we showed that IS and IAA had a “dioxin- like effect”. The link between FT and AHR had never been shown earlier. CKD constitutes an endogenous situation similar to dioxin poisoning. In conclusion, the IS and IAA are involved in endothelial dysfunction in CKD patients and cardiovascular mortality by increasing the endothelial production of TF and thus causing a pro- coagulant phenotype of endothelial cells. AHR pathway is a very interesting therapeutic target in the problematic of cardiovascular mortality in CKD patients .

Le réchauffement climatique a des conséquences sur la phénologie, les aires de répartition et la taille des organismes. Cependant, les processus physiologiques sous-jacents à ces phénomènes restent peu connus. Les ectothermes dont le métabolisme est positivement corrélé à la température pourraient montrer, sous réchauffement climatique, une production accrue d'espèces réactives de l'oxygène (ERO). Ces ERO ont été depuis quelques décennies définis comme l'un des mécanismes physiologiques sous-jacents aux stratégies d'histoire de vie. Dans cette thèse, nous avons exploré la physiologie oxydative de poissons dans des contextes thermiques variés et ses conséquences sur la gestion des traits d'histoire de vie. Nos approches expérimentales et de terrains menées sur Oryzias latipes, Perca fluviatilis & Rutilus rutilus, nous ont permis de montrer ces liens. Ces résultats sont à compléter, notamment sur le terrain où de nombreux effets confondants ont rendu les conclusions difficiles. / Global warming affects the phenology, range and body-sizes of species. However, the underlying physiological processes remain poorly understood. Ectothermic organisms, whose metabolism is positively correlated with temperature, would show an increase in reactive oxygen species (ROS) production under global warming. These ROS have been proposed to be one of the physiological triggers of the life history strategies. In this thesis, we explored the oxidative physiology of fish in different warming contexts and their effects on life-history traits. Our experimental and field approaches on Oryzias latipes, Perca fluviatilis & Rutilus rutilus, allowed us highlight these links. However, further studies are necessary, especially in natura where many confounding effects have made conclusions difficult.