Tesis por compendio / [ES] Enmarcada en la línea de investigación de nuestro laboratorio sobre señalización por nitrógeno principalmente en la cianobacteria Synechococcus elongatus PCC7942, con esfuerzos centrados en las proteínas PII y PipX y su red de señalización, esta Tesis amplía el espectro de moléculas investigadas en relación con dicha red. Estudia y caracteriza el miembro no canónico de la superfamilia de la proteína PII denominado CutA, generalmente anotado como de protección frente a metales divalentes, altamente conservado en todos los dominios de la vida (incluidos animales y el ser humano). En ella examinamos la posible protección frente a metales provista por CutA en dos bacterias muy distantes, Escherichia coli y Synechococcus elongatus, usando knockouts para ambas del gen que codifica para CutA. Ni los estudios de complementación en E. coli del gen silvestre ni los observacionales de sensibilidad a metales en S. elongatus han dado soporte a la función anotada para CutA, a pesar de que demostramos mediante seguimiento turbidimétrico que el Cu2+ hace agregar a la proteína CutA pura de S. elongatus (producida recombinantemente) y por tanto se une a ella, aunque con una afinidad baja por comparación con las concentraciones tóxicas de este metal para dicha cianobacteria. Buscando profundizar en el conocimiento de CutA, hemos determinado a muy alta resolución mediante difracción de rayos X la estructura de esta proteína de S. elongatus, sin evidenciar complejo alguno con cobre, pero demostrando que los tres bolsillos intersubunidades en el homotrímero de CutA son capaces de transportar moléculas orgánicas (en nuestro caso Bis-Tris). Estos resultados apoyan una posible función de CutA basada en la unión a estos bolsillos de biomoléculas neutras o positivamente cargadas y capaces de formar varios puentes de hidrógeno con las paredes de potencial negativo y fuerte carácter polar de estos bolsillos. También hemos estudiado la proteína PipY de S. elongatus, identificada recientemente como pareja funcional de la antes mencionada PipX, determinando sus propiedades espectroscópicas, unión de piridoxal fosfato (PLP) y resolviendo su estructura mediante difracción de rayos X. Probamos que PipY es monomérica y que tiene PLP unido. Su estructura no apoya que sea un enzima, siendo aparentemente apropiada para ejercer una posible función en la homeostasis de PLP. Dado que muy recientemente se ha descrito una epilepsia genética humana dependiente de vitamina B6 debida a mutaciones en el gen humano ortólogo de pipY, PROSC (ahora llamado PLPBP; codifica la proteína PLPHP), usamos inicialmente PipY de S. elongatus y luego PROSC humana como banco de pruebas de la patogenicidad de las mutaciones que se han asociado a esta epilepsia, utilizando para ello mutagénesis dirigida y producción de las formas silvestre y mutantes de estas proteínas, comparando sus propiedades. Estos estudios han demostrado la patogenicidad y establecido mecanismos para la misma para cada una de las mutaciones de cambio de sentido de PROSC descritas hasta ahora en esta epilepsia. Nuestros estudios han representado un importante avance en la comprensión de las proteínas de tipo PipY y de la epilepsia asociada a la forma humana de las mismas. / [CA] Emmarcada en la línia d'investigació del nostre laboratori de senyalització per nitrogen principalment en el cianobacteri Synechococcus elongatus PCC7942, amb esforços centrats en les proteïnes PII i PipX i la seua xarxa de senyalització, esta Tesi amplia l'espectre de molècules investigades en relació amb la dita xarxa. Estudia i caracteritza el membre no canònic de la superfamília de la proteïna PII denominat CutA, generalment anotat com de protecció a metalls divalents, altament conservat en tots els dominis de la vida (inclosos animals i l'ésser humà). En ella examinem la possible protecció front a metalls proveïda per CutaA en dos bacteris molt distants, Escherichia coli i Synechococcus elongatus, usant knockouts del gen que codifica CutA per a ambdues. Ni els estudis de complementació en E. coli del gen silvestre ni els observacionals de sensibilitat a metalls en S. elongatus han donat suport a la funció anotada per CutA, tot i que vam demostrar mitjançant seguiment turbidimétric que el Cu2 + fa agregar a la proteïna CutA pura de S. elongatus (produïda de forma recombinant) i per tant s'uneix a ella, encara que amb una afinitat baixa per comparació amb les concentracions tòxiques d'aquest metall per a aquest cianobacteri. Buscant aprofundir en el coneixement de CutA, hem determinat a molt alta resolució mitjançant difracció de raigs X l'estructura d'aquesta proteïna de S. elongatus, sense evidenciar cap complex amb coure, però demostrant que les tres cavitats formades entre les subunitats del homotrimer de CutA són capaços de transportar molècules orgàniques (en el nostre cas Bis-Tris). Aquests resultats donen suport a una possible funció de CutA basada en la unió a aquestes cavitats de biomolècules neutres o positivament carregades i capaços de formar diversos ponts d'hidrogen amb les parets de potencial negatiu i fort caràcter polar d'aquestes cavitats. També hem estudiat la proteïna PipY de S. elongatus, identificada recentment com a parella funcional de l'abans esmentada PipX, determinant les seves propietats espectroscòpiques, unió de piridoxal fosfat (PLP) i resolent la seva estructura mitjançant difracció de raigs X. Vam provar que PipY és monomèrica i que té PLP unit. La seva estructura no recolza que sigui un enzim, sent aparentment apropiada per a exercir una possible funció en l'homeòstasi de PLP. Atès que molt recentment s'ha descrit una epilèpsia genètica humana dependent de vitamina B6 deguda a mutacions en el gen humà ortòleg de pipY, PROSC (ara anomenat PLPBP; codifica la proteïna PLPHP), fem servir inicialment PipY de S. elongatus i després PROSC humana com banc de proves de la patogenicitat de les mutacions que s'han associat a aquesta epilèpsia, utilitzant mutagènesi dirigida i produint les formes silvestre i mutants d'aquestes proteïnes, comparant les seves propietats. Aquests estudis han demostrat la patogenicitat i establert mecanismes per a la mateixa per a cadascuna de les mutacions de canvi de sentit de PROSC descrites fins ara en aquesta epilèpsia. Els nostres estudis han representat un important avanç en la comprensió de les proteïnes de tipus PipY i de l'epilèpsia associada a la forma humana de les mateixes. / [EN] In the context of research of our laboratory on nitrogen signaling mainly in the cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC7942, with efforts focused on the PII and PipX proteins and their signaling network, this Thesis extends the spectrum of molecules investigated in relation to such network. It studies and characterizes the non-canonical member of the PII protein superfamily named CutA, a highly conserved protein in all domains of life (including animals and humans) which is generally annotated as protecting against divalent metals. We examine the possible protection provided by CutA against metals, using knockouts for the CutA-encoding gene of two phylogenetically distant bacteria, Escherichia coli and Synechococcus elongatus PCC7942. Neither complementation studies in E. coli by the wild-type gene, nor observational studies of sensitivity to metals in the S. elongatus knockout have supported the function annotated for CutA, although we show by turbidimetric monitoring that Cu2+ causes aggregation of pure S. elongatus CutA (produced recombinantly) and therefore binds to it, although with a low affinity by comparison with the concentrations of this metal that are toxic for this cyanobacterium. Aiming at getting further insight into CutA, we have determined at very high resolution, by X-ray diffraction, the structure of this protein of S. elongatus, failing to observe Cu2+ bound in this structure, but showing that the three pockets formed at intersubunit boundaries in the CutA homotrimer are capable of transporting organic molecules (in our case Bis-Tris) without inducing conformational changes in the protein. This finding supports a possible function of CutA based on the binding to these pockets of neutral or positively charged biomolecules capable of forming several hydrogen bonds with the pocket walls, which are endowed with negative potential and have a strong polar character. We have also studied the PipY protein of S. elongatus, recently identified as a functional partner of the aforementioned PipX, determining its spectroscopic properties, binding of pyridoxal phosphate (PLP) and solving its structure by X-ray diffraction. We prove that PipY is monomeric and has PLP attached. Its structure does not favor an enzymatic role of PipY, being more appropriate for exerting a possible function in the homeostasis of PLP. Given the very recent description of a human vitamin B6-dependent genetic epilepsy associated to mutations in the human orthologue of the pipY gene, PROSC (now called PLPBP, encoding the PROSC protein, now named PLPHP), we used first S. elongatus PipY and afterwards and more extensively human PROSC to test by site-directed mutagenesis the pathogenicity of the mutations that have been associated with this epilepsy. These studies have demonstrated the pathogenicity and established mechanisms for this pathogenicity for each of the missense mutations reported thus far in patients with PROSC-associated epilepsy. Our studies represent an important advance in the understanding of PipY-like proteins and of epilepsy associated with the human form thereof. / Para la realización de esta Tesis, Lorena Tremiño Agulló ha disfrutado de una Beca de Formación de Personal Investigador (FPI) (BES-2012-058304) otorgado por el Ministerio de Economía, Industria y Competitividad. El trabajo se ha llevado a cabo en el grupo 739 del CIBERER-Instituto de Salud Carlos III (IP, V. Rubio) y se ha enmarcado dentro de los proyectos: -“Luz estructural sobre señalización y regulación por nitrógeno y sobre biosíntesis de arginina/urea, sus errores congénitos, y su conexión con biología del envejecimiento”, (BFU2011-30407) del Ministerio de Economía y Competitividad del Gobierno de España (Investigador principal,V. Rubio). -“Una mirada molecular al control de la detoxificación de amonio y a sus patologías y errores congénitos, y a la señalización por amonio. En busca del papel de la proteína CutA”, (BFU2014-58229) del Ministerio de Economía y Competitividad del Gobierno de España (Investigador principal, V. Rubio). -"BioMeder. Genes, proteínas y rutas de señalización en enfermedades raras" (PrometeoII/2014/029) de la Conselleria d'Educació de la Generalitat Valenciana (investigadores, P. Sanz, A. Marina y V. Rubio). / Tremiño Agulló, L. (2019). Bases estructurales de la señalización y regulación por nitrógeno y procesos asociados [Tesis doctoral]. Universitat Politècnica de València. https://doi.org/10.4995/Thesis/10251/117999 / Compendio

Cette thèse vise à analyser dans la contemporanéité (1980-2013) la trajectoire du catholicisme, dans le sillage de la microhistoire, par l’étude de ses acteurs, de ses territoires et de ses communautés, des modes de gouvernement ecclésial. Nous mettrons en lumière le paradoxe du tissu de l’Eglise locale qui se dilate et se morcelle, mais aussi se contracte et se polarise, obligeant l’Ordinaire, dans son gouvernement, à penser un changement de paradigme : passer du défi de la proximité à celui de l’unité, compte tenu de la pluralité des communautés et des territoires associés. Nous étudierons, pour appuyer nos analyses, les diocèses de Rennes, Autun et Fréjus-Toulon. Un glissement de la logique d’enclos à la dynamique de pôles centralisateurs sera appréhendé, parfois en tensions, par les acteurs d’Eglise, à la lumière de quatre enjeux structurant l’argumentation : le « biotope » (rural/urbain), la diversité communautaire, le militantisme et la question de l’identité (statuts des clercs, coresponsabilité, modalités de l’évangélisation, communautarisme…).L’histoire et la géographie sociale permettront de renouveler les problématiques de l’appartenance spatiale et religieuse en partant d’interrogations sur le territoire selon des indicateurs précis : réseaux de fidèles et des militants, apport des nouvelles communautés (effectifs, choix pastoraux, gouvernement), options épiscopales en faveur de tel territoire ou tel groupe ecclésial… Pour l’historien, l’espace peut être considéré comme un outil heuristique, dans lequel des changements d’échelle se sont imposés dans le temps court. En délimitant nos recherches (1980-2013), nous voulons nous attarder à l’intérieur d’espaces qui ne possèdent plus la relative homogénéité que l’histoire leur prêtait avant le XXème siècle.Nos recherches s’inscrivent dans une structure en trois parties. La première partie se veut avant tout contextuelle, à la lumière de la postmodernité et de la sécularisation qui modifient les modes d’appartenance à une religion déclarée par beaucoup en soins palliatifs. Nous analyserons les liens étroits entre le catholicisme et ses modes d’insertion territoriale (rural/urbain) à partir de nos diocèses de référence. Nous présenterons les dé/recompositions des formes de militantisme dans le diocèse de Rennes, terreau d’Action catholique de plus en plus stérile et laissant la place à une militance familialiste très urbaine.La seconde partie de la thèse abordera les enjeux de la gouvernance ecclésiale dans les trois diocèses d’étude. Nous étudierons, dans le temps court, l’évolution du « munus regendi » des évêques et des prêtres avec le croisement des générations, avec le principe de coresponsabilité et le développement différencié selon les diocèses du diaconat permanent et des laïcs en mission ecclésiale. Nous développerons tout particulièrement le cas toulonnais pour lequel peu d’études approfondies ont été réalisées.Enfin, la troisième partie mettra l’accent sur la problématique du développement croissant d’un catholicisme attestataire polarisé en quête de visibilité. Nous analyserons la genèse du Renouveau et sa trajectoire dans le diocèse de Rennes. Nous nous pencherons particulièrement sur la communauté de l’Emmanuel, sur sa promotion de la nouvelle évangélisation et l’intégralisme de ses modes pastoraux. Ensuite, fort d’une certaine fécondité sacerdotale et d’un dialogue chaotique avec Rome (Motu proprio en 1988 et 2007), la galaxie traditionaliste très hétéroclite reste le cadre de mutations contemporaines que nous étudierons dans les diocèses de Rennes et d’Autun. Enfin, nous changerons d’échelle en nous focalisant sur la ville-sanctuaire de Paray-le-Monial, pôle militant et laboratoire incubateur d’un « nouveau catholicisme », sur l’articulation entre les différents territoires (ville, sanctuaire, paroisse) et les acteurs en place. / This thesis aims at analysing, in the contemporary world (1980-2013), the trajectory of catholicism, in the wake of microhistory, through the study of its actors, its territories and its communities, the modes of ecclesial government. We will highlight the paradox of the fabric of the local Church which expands and fragments, but also contracts and polarizes, forcing the Ordinary, in his government, to think of a paradigm shift: from the challenge of proximity to the one of unity, taking into account the plurality of communities and associated territories. To support our analyses, we will study the dioceses of Rennes, Autun and Frejus-Toulon. A shift from the logic of enclosures to the dynamics of a centralizing pole will be apprehended, sometimes in tension, by Church actors, in the light of four issues structuring the argument: « biotope » (rural/urban), community diversity, activism and the question of identity (status of clerics, co-responsibility, modalities of evangelization, communautarism...).History and social geography will enable us to renew the problems of spatial and religious belonging by starting from questions about the territory according to precise indicators: networks of the faithful and militants, the contribution of new communities (numbers, pastoral strategies, government), episcopal options in favour of a particular territory or ecclesial group... For the historian, space can be considered as a heuristic tool, in which changes of scale have been imposed in short time. By delimiting our research (1980-2013), we want to focus on the interior of aeras that no longer possess the relative homogeneity that history lent them before the 20th century.Our research are presented in a three-part structure. The first part is intended above all to be contextual, in the light of postmodernity and secularization, which modify the modes of belonging to a religion declared by many in palliative care. We will analyse the close links between Catholicism and its modes of territorial integration (rural/urban) from our dioceses of reference. We will present the recompositions of the forms of militancy in the diocese of Rennes, a breeding ground for Catholic Action that is increasingly sterile and leaving room for very urban familyist militancy.The second part of this thesis will address the issues of ecclesial governance in our three dioceses of study. We will study, in the short time, the evolution of the « munus regendi » of bishops and priests with the crossing of generations; with the principle of co-responsibility and the differentiated development according to the dioceses of the permanent diaconate and of the laity in ecclesial mission. We will particularly develop the Toulon case for which few in-depth studies have been carried out.Finally, the third part will focus on the problem of the growing development of a polarized Catholic witness in search of visibility. We will analyze the genesis of the Renewal and its trajectory in the diocese of Rennes. We will look particularly at the Emmanuel community, its promotion of the new evangelization and the fundamentalism of its pastoral modes. Then, with a certain priestly fruitfulness and a chaotic dialogue with Rome (Motu proprio in 1988 and 2007), the very heterogeneous traditionalist galaxy remains the framework of contemporary mutations that we will study in the dioceses of Rennes and Autun. Finally, we will change scale by focusing on the city-sanctuary of Paray-le-Monial, militant pole and laboratory incubator of a « new Catholicism », on the articulation between the various territories (city, sanctuary, parish) and the actors in place. / La modernidad desafía "parroquia civilización". Los cambios en espacial e institucional llevada a cabo por la Iglesia católica, entre ellos diócesis, son simples adaptaciones renovadas o por el contrario, inauguran un proceso de desarrollo en el centro de nuevas áreas de distribución, en particular con el creciente impacto de los nuevos jugadores? Las iglesias se vacían todas partes en Francia, pero las comunidades y diócesis han recuperado algunos lugares para hacer los pilares de las nuevas formas de práctica religiosa, si es posible, la supervivencia no sólo de la institución, sino también la transmisión de la fe. ¿Cuál es el proceso? ¿Es sostenible en el tiempo? ¿Con qué herramientas?