Cette thèse analyse les significations et l'importance de la beauté des paysages, identifie et analyse les critères de la qualité scénique des paysages, de l'enquête à l'origine de la protection des paysages dans les lois nationales et internationales et construit un outil méthodologique et une carte pour identifier la beauté des paysages du biome Pampa dans l'état de Rio Grande do Sul (Brésil). La base théorique et méthodologique a été élaboré à partir de la littérature (dans les livres, articles de revues, des monographies et des thèses) et législation national et international). Cette recherche a été mis en oeuvre au Brésil et en France, au cours de doctorat sandwich. Les procédures méthodologiques et opérationnels constituaient une orientation perceptive qualitative, exploratoire, descriptive et analytique, tenue par des entretiens semi-structurés. L'enquête a été menée avec une approche de spécialistes qui étudient et travaillent dans la zone d'étude, le biome Pampa, et exposent leurs connaissances scientifiques et également leur subjectivité. Les résultats ont montré que la qualité scénique du paysage peut être analysé à la fois objectivement et subjectivement. Environ 200 transporteurs paysages d'une beauté pittoresque et il est donc nécessaire de leur protection pour son esthétique et son importance écologique, contribuant ainsi à l'héritage naturel et culturel de l'État et la protection sociale ont été identifiés. / Esta tese analisa os significados e a importância da beleza cênica, identifica e analisa os critérios da qualidade cênica das paisagens, investiga a origem da proteção das paisagens nas legislações nacional e internacionais e constrói um instrumento metodológico e um mapa para identificar as belezas cênicas do bioma Pampa, no estado do Rio Grande do Sul (Brasil). O embasamento teórico e metodológico foi desenvolvido a partir de pesquisa bibliográfica (livros, artigos científicos, monografias, dissertações e teses) e legislação nacional e internacional. Essa busca foi concretizada no Brasil e na França, durante a realização do doutorado-sanduíche. Os procedimentos metodológicos e operacionais constituíram-se numa pesquisa qualitativa, de caráter exploratório, com orientação analítico-descritiva e perceptiva, realizada mediante entrevistas semiestruturadas. A pesquisa foi feita com uma abordagem a especialistas que estudam e trabalham na área de estudo, o bioma Pampa, e que expusessem seu conhecimento científico e também a sua subjetividade. Os resultados evidenciam que a qualidade cênica da paisagem pode ser analisada tanto de maneira objetiva quanto subjetiva. Foram identificadas cerca de 200 paisagens portadoras de beleza cênica e, portanto, se faz necessário a sua proteção pela sua estética e pelo seu significado ecológico, contribuindo assim para o patrimônio natural e cultural do Estado e o bem-estar social. / This thesis analyzes the meanings and importance of the scenic beauty, identifies and analyzes the criteria of the scenic quality of landscapes, investigates the origin of the protection of landscapes in national and international legislations and develops a methodological tool and a map to identify the scenic beauty of the Pampa biome in the state of Rio Grande do Sul (Brazil). The theoretical and methodological basis was developed from bibliographical (research in books, journal articles, monographs, dissertations and theses) and national and international legislation. This search was completed in Brazil and France, during the conduct of a sandwich doctorate. The methodological and operational procedures were constituted by a qualitative research with an exploratory character and descriptive-analytic and perceptive orientation, made by semi structured interviews. The survey was conducted with an approach to specialists who study and work in the study area, the Pampa biome, and that would expose their scientific knowledge and also their subjectivity. The results evidence that the scenic quality of the landscape can be analyzed both objectively as well as subjectively. About 200 landscapes that possessed scenic beauty were identified and, therefore, their protection is necessary for their aesthetic and ecological significance, thus contributing to the natural and cultural heritage of the state and, also, social welfare.

Cette étude porte sur les choix d'implantation des espaces funéraires dans les paysages naturels, construits et anciens, par les populations du haut Moyen Age, entre le Ve et le début du VIIIe siècle, dans le Nord de l'Angleterre et l'Est de l'Écosse. Selon les contextes culturels, différentes communautés et leurs élites ont utilisé des caractéristiques naturelles et culturelles dans des mises en scène symboliques de paysages. Entre le Ve et le VIIIe siècle, la région Tyne-Forth devient un carrefour de royaumes bretons et anglo-saxons à partir duquel émerge un des royaumes les plus importants de Grande-Bretagne, la Northumbrie. Cette zone offre la possibilité de comparer l'affichage identitaire de sociétés anciennes de différents royaumes qui se croisent et s'influencent Les pratiques funéraires subissent deux mutations importantes sous l'effet de la christianisation et de la formation de royaume de plus en plus large. Elles sont étudiées afin d'établir si leurs dynamiques temporelles peuvent être interprétées comme les indices d'une évolution des identités culturelles, sociales ou religieuses. On s'interroge sur l'éventuel rôle de traditions relatives à la disposition des morts, dans la création d'identités locales ou régionales. L'analyse du paysage sert aussi à mettre en évidence l'utilisation du paysage naturel et construit pour approcher ces identités. Elle sert également à identifier les réoccupations funéraires de monuments anciens et de le comparer avec celles du reste de la Grande-Bretagne et l'Europe du Nord-Ouest. L'intérêt de cette étude est de mettre en avant les éventuelles pratiques, sociales et symboliques, dissimulées derrière ces réoccupations. / The present thesis focuses on the use of the landscape in early medieval North East England and South East Scotland in the 5th to the 8th centuries -a region recognised as an emerging component of the Northumbrian Kingdom. By the 7th century, Northumbria had become a major political and ecclesiastical power. The chronological frame of this research allows for consideration of the deep political and religious changes that began in the 4th/5th centuries with the departure of the Roman army. The emergence of large kingdoms followed along with the conversion to Christianity and the acceptance and unification of the Christian Faith in the 8th century AD. We here explore the experience of the people who dwelled within this region in the early medieval period from the 5th-8th centuries. li does so by focussing on their funerary rites and practices and how they used their surroundings within funerary ritual to emphasise and signal their collection to place and their identities. Early medieval communities had at their disposal a complex landscape within which they constructed and signalled affiliations by means of interaction with natural and human altered features. Such processes have been argued by many researchers as evidence of the use of the natural landscape and world in the processes of identity creation, with funerary ritual signalling the social and political transformations underway in the organisation of early medieval societies.

Les changements globaux provoquent une disparition accélérée des espèces endémiques. Il apparait crucial de quantifier les risques potentiels d’extinction en relation avec les changements climatiques liés à l’activité anthropique, et particulièrement pour les espèces dont l’aire de répartition est restreinte. Dans ce travail de thèse je me suis intéressé aux effets des changements globaux sur le complexe de la truite du Mexique qui vit dans le nord-ouest du Mexique. Ce complexe représente le groupe des salmonidés avec la distribution la plus méridionale au monde, avec seulement deux taxa décrits : la truite dorée mexicaine (Oncorhynchus chrysogaster) et la truite de San Pedro Mártir (O. mykiss nelsoni).En tant qu’espèce montagnarde d’altitude, ces salmonidés sont très vulnérables aux effets des changements globaux, et particulièrement au changement climatique et à l’introduction d’espèces exotiques pour l’aquaculture, comme la truite arc en ciel. Les objectifs généraux de cette thèse étaient de déterminer les relations entre les processus micro-évolutifs chez la truite mexicaine dorée, ainsi que la structure spatiale de leur habitat qui définissent les risques d’extinction engendrés par les changements globaux.Afin de répondre à ces questions, j’ai appliqué aux écosystèmes de rivières une approche de génétique du paysage intégrant différentes échelles spatiales à différents niveaux taxonomiques, ainsi j’ai appliqué des analyses de génétique des populations, des analyses de système d’information géographique et de modélisation de la distribution des espèces, ainsi que des simulations démo-génétiques.Initialement, les analyses de génétique des populations réalisées sur 11 loci microstallites nous ont permis de mettre en évidence une structure génétique spatialisée pour l’ensemble du complexe des truites mexicaines, ainsi qu’une introgression génétique chez la truite endémique. Ces résultats ont été confirmés par d’autres analyses utilisant un plus grand nombre de microsatellites et de marqueurs SNP. Une étude plus fine centrée sur O. chrysogaster et combinant simulations génétiques et distribution de l’espèce a permis de définir les caractéristiques des paysages de rivières comme les principaux déterminants de la structure génétique des populations natives, voire comme des barrières aux flux de gènes. Pour cette espèce, j’ai également généré une base de données de 9676 SNP grâce aux techniques de séquençage de nouvelles génération et mis en évidence une structure génétique cryptique chez O. chrysogaster. Une approche de génomique du paysage a révélé une influence significative des variables physiques des rivières sur la structuration génétique neutre et adaptative de la truite dorée mexicaine. / The combined effect of different threats has caused an accelerated loss of biodiversity in endemic species. Then, it is crucial to quantify potential extinction risks as consequence of global change related with human activities, especially in range restricted species. An example of that situation is represented by the native Mexican trout complex inhabiting the highlands of northwest Mexico and representing the group of salmonids with the southernmost distribution in the world, with the Mexican golden trout (Oncorhynchus chrysogaster) and the coastal nelson trout (O. mykiss nelsoni) as the only described species for this complex.However, as mountaintop species, these salmonids are highly vulnerable to global change effects, mainly by climate change and the introduction of the exotic rainbow trout for aquaculture purposes. The overall aim of this PhD project is to assess the possible relationships between microevolutionary processes of the Mexican golden trout, as well as the spatial structure of their habitat defining extinction risks derived by global change.To address those questions, a riverscape genetics approach was applied at different spatial scales and taxonomic levels including population genetics analyses based on neutral microsatellite markers and Next Generation Sequencing (NGS), G.I.S. (Geographic Information Systems; riverscape characterizations), species distribution modeling and demo-genetic simulations.Initially, population genetics analyses of 11 microsatellite loci revealed a spatial genetic structure for the entire Mexican trout complex as well as genetic introgression for native trout collected in aquaculture farm proximities, these results were corroborated by other using more microsatellite and SNPs markers. Moreover, focusing on O. chrysogaster, species distribution models and demogetic simulations defined riverscape as the main factor driving native population genetic structure, and as a boundary against exotic introgression. Additionally, 9,676 SNP’s were generated by NGS techniques defining a cryptic genetic structure for O. chrysogaster. Finally, landscape genomics approaches revealed a significant influence of riverscape factors on the neutral and adaptive genetic structure of the species.

Les modifications du paysage engendrées par les activités humaines sont une des causes majeures du déclin de la biodiversité. En générant une perte de la connectivité fonctionnelle du paysage, elles limitent les déplacements des individus et entraînent la rupture des flux de gènes, processus clés dans le maintien et la persistance des populations. Cependant, le lien entre ces processus et la structure du paysage est encore mal compris. Dans ce contexte, nous avons conduit une étude sur la Martre des pins, une espèce a priori forestière, bien que capable de s’installer durablement dans des paysages fragmentés. A partir de l’analyse de la variabilité génétique de groupes échantillonnées sur 13 sites forestiers à l’échelle de la région Champagne-Ardenne, et du suivi des déplacements d’individus à fine échelle, en milieu continu et fragmenté, nous avons estimé la résistance du paysage aux différents déplacements, c’est-à-dire dans quelle mesure ceux-ci sont freinés ou facilités par les éléments du paysage. Nous avons mis en évidence que les déplacements sont freinés, d’une part par la présence d’une large plaine agricole, et d’autre part, par certaines infrastructures de transport. Nous avons également mis en évidence que les déplacements des martres entre les taches d’habitats sont facilités par la présence de haies et que la hauteur du couvert végétal des habitats non boisés pourrait jouer un rôle dans ces déplacements. Cette étude apporte d’importantes connaissances sur l’écologie des déplacements de la Martre des pins et souligne la nécessité de la prise en compte de la réponse des organismes dans l’établissement des futurs réseaux écologiques. / Landscape changes, generated by anthropogenic activities, are widely recognised as one of the main causes of global biodiversity decline. Leading to a loss of functional landscape connectivity, they disrupt movements and gene flow which play a primordial role for the persistence of populations. However, the relationship between these processes and landscape structure remains unclear. In this context, we studied landscape connectivity in European pine marten, a forest species present in fragmented landscapes. We evaluated landscape resistance, i.e. how landscape features impede or facilitate movements and gene flow, analysing genetic variability of groups sampled in 13 forest sites of the Champagne-Ardenne regional area, and studying individual fine-scale movements in both continuous and fragmented areas. We showed that intensive agricultural plain and certain linear infrastructures could impede movements. In addition, we showed that hedgerows facilitate movements between forest patches and we suggested that vegetation height of open habitats could play a role for these movements. This study provides important insights on movement ecology of the European pine marten and underlines the need to take into account responses of organisms in the establishment of ecological networks.

Le maintien de la connectivité à travers les paysages urbains, par nature très fragmentés, est un enjeu majeur de conservation de la biodiversité urbaine. On observe une prise en compte croissante de la connectivité dans les politiques d’aménagement du territoire, notamment avec l’établissement de la trame verte et bleue. De multiples outils cartographiques permettent de mettre en évidence les continuités écologiques (zones de forte connectivité), mais leur validation fonctionnelle fait souvent défaut. L’objectif de cette thèse est de valider les prédictions d’un modèle de chemin de moindre coût, sur plusieurs villes et avec différents modèles biologiques. Les espèces étudiées présentent différents modes et capacités de dispersion (vol, marche, reptation) et des exigences écologiques spécifiques (préférences pour les milieux herbacés ou boisés). Des protocoles de validation basés sur l’écologie du mouvement et la génétique du paysage sont appliqués, dans un souci de réplication (au sein de plusieurs villes) et de contrôle de la variabilité inter-individuelle. Nos résultats montrent des mouvements accrus au sein des continuités écologiques comparés à ceux observés en contextes paysagers prédits comme non connectés : les hérissons transloqués s’y déplacent sur des distances plus longues, plusieurs passereaux répondent à la repasse de chant sur de plus longues distances et les papillons de nuit montrent des taux de recapture beaucoup plus élevés. Par ailleurs, les analyses indirectes réalisées sur l’escargot petit-gris montrent une relation assez faible entre la différenciation génétique des populations et les modèles de connectivité. Ce travail fournit des arguments scientifiques pour soutenir la mise en place de continuités écologiques en milieu urbain. / Maintaining connectivity across urban landscape, intrinsically fragmented, is a major issue of urban biodiversity conservation. Connectivity is increasingly taken into account by policy and stakeholders, especially through the establishment of the blue-green infrastructure. Multiple mapping tools allow to detect ecological networks (highly connected areas), however their functionnal validation is often lacking. The objective of this study is to validate least cost path analysis predictions in several cities with different biological models. Studied species vary in terms of dispersal means and capacities (flight, walk, crawling) and habitat requirement (e.g. herbaceous or forested habitats). Several protocols based on movement ecology and landscape genetic are applied, focusing on replication (within and among cities) and control of inter-individual variability. Our results indicate that movement is increased in predicted ecological networks when compared with areas predicted as poorly connected: the translocated hedgehogs travelled longer distances, several passerine responded to song playback over longer distances, and moths showed increased recapture rates. Indirect analysis on the garden snail showed a weak relation between population genetic differentiation and connectivity models. This work provides scientific support for the establishment of ecological networks in urban landscapes.

La dispersion des animaux est un processus clé pour le maintien des populations et métapopulations. En particulier, les amphibiens se déplacent beaucoup durant leur cycle de vie fait de migrations saisonnières. Ceci les rend sensibles à la structure du paysage. En effet, les modifications anthropiques comme l’aménagement d’infrastructures linéaires peuvent constituer des barrières écologiques pour les animaux et limiter le flux de gènes dans le paysage. Si les effets des routes et des lignes chemins de fer sur les déplacements des animaux ont été largement étudiés, les effets des infrastructures liées aux activités de sport d’hiver comme les pistes de ski et les remontées mécaniques sont moins bien connus. Ainsi, la perméabilité des milieux de montagne anthropisés est peu connue. Cette thèse vise à quantifier la perméabilité écologique (ou connectivité fonctionnelle), des domaines skiables pour un amphibien de montagne largement répandu : la Grenouille rousse (Rana temporaria Linnaeus 1758). Pour ce faire, nous combinons un suivi individuel de déplacements et une étude de génétique du paysage pour mieux comprendre les facteurs influençant les déplacements de grenouilles et les flux de gènes dans le paysage. Le suivi individuel est réalisé au moyen de balises GPS et d’analyses de sélection de pas (step selection analysis). L’étude de génétique du paysage est réalisée en prélevant des échantillons d’ADN dans trois domaines skiables de Savoie ainsi que dans une zone témoin située dans le Parc national de la Vanoise. Nous avons testé l’influence de plusieurs variables paysagères liées à la topographie (pente, altitude…), les habitats (réseau de zones humides, couverture du sol…) ou les activités humaines (présence de routes, de pistes de ski) sur le flux de gènes. En utilisant une nouvelle méthode d’optimisation de surface de résistance, nous montrons l’importance du réseau de zones humides pour les amphibiens de montagne. D’une part, elles servent d’habitat préférentiel et d’autre part, un réseau dense de zones humides permet d’assurer une bonne connectivité des paysages pour la Grenouille rousse. Nous mettons également en évidence que l’hétérogénéité des tailles efficaces de populations dans un paysage peut fausser les distances génétiques mesurées entre populations et nous recommandons l’utilisation de techniques pour s’affranchir de tels problèmes. Nos travaux sont importants dans une perspective de gestion durable des domaines skiables, l’aménagement de pistes de ski ou autres infrastructures de loisir pouvant être accompagnée de destructions de zones humides. / Animal disperal is a key process for maintaining populations and metapopulations. In particular, amphibians move a lot during their life cycle made of seasonal migrations. This makes them sensitive to the structure of the landscape. Indeed, anthropogenic changes such as linear infrastructure can act as ecological barriers for animals and limit gene flow within the landscape. While the effects of roads and railways on animal movements have been widely studied, the effects of infrastructure related to winter sports activities such as ski slopes and lifts are less well known. Thus, the permeability of anthropized mountain environments is little known. This thesis aims to quantify the ecological permeability (or functional connectivity) of ski areas for a widely distributed mountain amphibian: the European common frog (Rana temporaria Linnaeus 1758). To do this, we combine individual movement tracking and landscape genetics studies to better understand the factors influencing frog movements and gene flow within the landscape. Individual tracking is carried out by means of GPS tags and step selection analysis. The landscape genetics study is carried out by gathering DNA samples from three ski areas in Savoie and a control area located in the Vanoise National Park. We tested the influence of several landscape variables related to topography (slope, altitude...), habitats (wetland network, land cover...) or human activities (presence of roads, ski slopes) on gene flow. By using a new method of resistance surface optimization, we show the importance of the wetland network for mountain amphibians. On the one hand, they serve as preferential habitat and, on the other hand, a dense network of wetlands ensures good landscape connectivity for the Common frog. We also highlight that the heterogeneity in effective population sizes in a landscape can distort the genetic distances measured between populations and we recommend the use of techniques to overcome such problems. Our work is important for the sustainable management of ski areas, the development of ski slopes or other recreational infrastructure that can be accompanied by the destruction of wetlands.

La présente recherche s’intéresse aux paysages ordinaires en milieu rurbain de la Côte de Beaupré sur le territoire métropolitain de Québec. Elle s’intéresse plus particulièrement à la manière dont ces paysages sont perçus et se construisent dans les représentations des habitants, dans la mémoire collective et comment ils sont source d’identité territoriale. Les paysages ordinaires ne sont pas des sites exceptionnels. Ils réfèrent plutôt aux lieux du quotidien qui n’ont souvent d’intérêt que pour les populations locales. Dans un contexte d’étalement et de dispersion urbaine qui dépasse aujourd’hui largement le territoire des banlieues, les paysages de la rurbanisation voient leurs caractéristiques s’uniformiser, leurs particularités locales s’atténuer et leurs valeurs identitaires menacées. L’hypothèse fondamentale qui sous-tend ce travail stipule que l’aménagement des espaces du rurbain requiert une prise en compte de la nature holistique du paysage. Les méthodes d’analyse du paysage s’appuient autant sur les caractéristiques dites objectives (morphologiques, géographiques, visuelles, séquentielles, etc.) que sur les composantes subjectives principalement évoquées par les dimensions mnémoniques, identitaires et esthétiques. La méthode de lecture retenue est un « bricolage » à la rencontre de l’analyse typo-morphologique, de l’analyse visuelle (ou « imagibilité » de Kevin Lynch) et de l’analyse du regard porté sur le paysage et son évolution : la perceptiongenèse. Le découpage du territoire en unités de paysage, leur définition et la caractérisation de leurs limites sont au nombre des résultats qui permettent d’élaborer un continuum paysager en vue du projet de paysage. L’analyse permet, entre autres, d’expliquer certains phénomènes comme la disparition du fleuve Saint-Laurent comme vecteur d’identité territoriale de la Côte de Beaupré dans les représentations collectives. La conclusion propose des pistes opérationnelles en vue d’éclairer l’éventuelle requalification de ces paysages ordinaires. / This research project proposes a characterization of the ordinary landscape of Cote-de-Beaupré, the exurban territory marking the easternmost limit of Quebec City’s metropolitan area. The study is particularly interested in the way such landscapes are perceived in the representations of their inhabitants and in the collective memory, as well as the manner in which they become, in time, vectors of local identity. Ordinary landscapes are everything but exceptional sites. They constitute “everyday” environments that are significant mainly to the local population. In a context of urban sprawl and dispersion, exurban landscapes are facing a profound transformation by way of generic development patterns that often compromise local character and identity. This work’s fundamental thesis stipulates that more sensitive and durable interventions within exurban territories require better knowledge and integration of the “holistic” nature of ordinary landscapes. The review of methods in the literature from related disciplines helps define both the objective (morphological, geographical, visual, sequential, etc.) and the subjective characters (revealed through memory, identity and aesthetics) of landscapes. The method elaborated for Côte-De-Beaupré’s exurban landscape is a combination of typo-morphological, visual (as based on Lynch’s "imagibility" concept) and perceptual analysis while also taking into account evolution through time, thus referring to a “perceptiogenesis”. Results are presented in the form of a subdivision of Côte-de-Beaupré into landscape units and a characterization of their morphological limits that together define the landscape continuum underlying architectural and urban design intervention. The results also explain certain phenomena such as the disappearance of the Saint Lawrence River from the collective representations of territorial identity. The conclusion identifies concrete strategies for future urban design projects.

Ce mémoire est constitué par une analyse écocritique du roman Naissance d'un pont, écrit par Maylis de Kerangal. Le but général du mémoire est d'examiner comment ce roman décrit la relation entre l'homme et la nature. Nous examinons surtout les stratégies narratives employées par l'auteure pour transmettre l'image de cette relation et en plus, nous discutons le rôle joué par les différents paysages se retrouvant dans le récit. Finalement, l'analyse comprend aussi une brève réflexion sur la capacité éventuelle du roman d'influencer l'attitude du lecteur envers l'écologie. L'analyse des stratégies narratives se concentre sur le rôle du narrateur, ainsi que sur la présence et la fonction des perspectives éthiques, des noms symboliques et des figures de style. Ces stratégies contribuent à dépeindre une variété d'idées par rapport aux modes de vie de la société humaine, alors que les descriptions des paysages démontrent la relation complexe entre cette société et les paysages naturels et construits respectivement. Naissance d'un pont semble promouvoir une attitude à l'égard de la nature qui est plus humble que celle dominant dans la société moderne. Afin de pouvoir juger la capacité du roman de transmettre ces valeurs au lecteur, il serait pourtant raisonnable de tenir compte de plusieurs facteurs, tels que la complexité du langage et le niveau de crédibilité de l'histoire. / This essay consists of an ecocritical analysis of the novel Naissance d'un pont, written by Maylis de Kerangal. The essay's overall purpose is to examine how this novel describes the relationship between humans and nature. Above all, we look at the narrative strategies used by the author to convey the image of this relationship and moreover, we discuss the role of the different landscapes figuring in the novel. Finally, the analysis also includes a brief reflection on the novel's potential to influence the reader's attitude towards ecology. The analysis of narrative strategies focuses on the narrator's role, as well as the presence and function of ethical perspectives, symbolic names and figures of speech. These strategies contribute to depicting a variety of ideas concerning human lifestyles, whereas the descriptions of landscapes demonstrate the complex relationship between the human society and the natural and constructed landscapes respectively. Naissance d'un pont seems to promote a more humble attitude to nature than the one dominating in today's society. In order to evaluate the novel's capacity to transmit these values to the reader, it would however be reasonable to take several factors into account, such as the complexity of the language and the story's credibility level.

Mon premier objectif spécifique était de déterminer le niveau de structure génétique et les éléments du paysage du Sud du Québec qui sont susceptibles d'affecter cette structure génétique chez les moufettes rayées. J'ai aussi évalué s'il existe des effets spécifiques au sexe en comparant la structure génétique entre les mâles et les femelles. Pour ce faire, j'ai genotypé à 9 loci microsatellites 289 individus capturés dans les régions de la Montérégie et de l'Estrie, au Québec. Mes résultats montrent que la présence des rivières à fort débit et possiblement aussi des autoroutes provoquent une augmentation de la structure génétique surtout chez les femelles de cette espèce. Ces résultats suggèrent aussi que les mâles de la moufette rayée seraient potentiellement des vecteurs plus actifs dans la propagation de la variante de la rage du raton laveur que les femelles, puisqu'ils ne semblent pas limités autant que les femelles par les éléments du paysage. Finalement, puisque les mâles ne semblent que très peu limités par les barrières potentielles du paysage, celles-ci ne peuvent pas être utilisées pour contrôler efficacement la propagation de la maladie.Mon deuxième objectif spécifique était de déterminer s'il existe une différence de diversité et/ou de structure génétique entre des ratons laveurs testés positifs et des ratons laveurs testés négatifs pour la rage. Une telle différence serait un indice d'un comportement de déplacement différent entre ces deux groupes. Ceci peut entre autres me permettre de vérifier la validité des résultats obtenus en étudiant des individus sains d'une espèce vectrice de la maladie pour tenter d'inférer le patron de propagation de la rage du raton laveur. Mes résultats montrent que la structure génétique ne diffère pas entre les ratons laveurs sains et les ratons laveurs rabiques, indiquant un comportement de déplacement probablement similaire entre les deux groupes. Donc, les éléments du paysage auraient possiblement un effet similaire sur les ratons laveurs rabiques et sains. Les études sur la structure génétique chez des ratons laveurs sains pourraient donc fort probablement nous informer sur les couloirs de propagation potentiels de la rage du raton laveur. Ensuite, j'ai tenté de déterminer si la diversité génétique pouvait influencer l'infection par la rage en comparant la diversité génétique à différents loci entre les animaux rabiques et sains. Une différence de diversité génétique entre les deux groupes pourrait indiquer un plus grand taux d'immigration provenant de populations adjacentes chez un des groupes. Par ailleurs, une grande diversité génétique pourrait être un élément pouvant potentiellement limiter la propagation de la rage du raton laveur. Or, mes résultats ne supportent pas que la diversité génétique puisse influencer la probabilité d'un individu d'être infecté par la rage.--Résumé abrégé par UMI.

L'objectif de cette thèse est d'identifier et de comprendre les processus liant un ravageur à son habitat afin de limiter la population de ce ravageur. Deux approches peuvent permettre d'étudier l'hétérogénéité spatiale des populations d'une espèce: les statistiques appliquées à des données spatialisées et la modélisation mécaniste. Mon travail de thèse montre l'intérêt de combiner ces deux approches afin de comprendre l'interaction entre traits de vie et dynamique spatiale d'une population. Comprendre les comportements de dispersion nécessite de collecter des données spatiales à l'échelle de l'individu. En combinant une approche statistique par maximum de vraisemblance et un modèle mécaniste sur des données spatialisées que j'ai récoltées sur l'insecte par télémétrie RFID (Radio Frequency IDentification), j'ai montré une forte dépendance du déplacement vis-à-vis des éléments du paysage. Un modèle stochastique individu-centré (COSMOS) a été développé afin de simuler la propagation spatiale et les attaques du charançon en interaction avec les différents éléments du système de culture. Le modèle a été confronté avec succès à des données d'infestation réelles à l'échelle d'une parcelle de bananiers, en comparant les données d'infestation observées aux données simulées. Les propriétés émergentes du modèle ont été explorées en simulant des assemblages spatiaux de bananiers. Par exemple, le modèle a montré que la vitesse de colonisation d'une parcelle est plus importante lorsqu'elle est plantée de manière régulière plutôt qu'en groupes de bananiers. Le modèle a révélé l'importance de la zone de transition entre la bananeraie et la jachère pour l'optimisation du piégeage.