Le plateado ou dorado - Brachyplatystoma rousseauxii (Pimelodidae, Siluriformes) est un grand poisson-chat Amazonien d’intérêt commercial, qui présente un des cycles de vie les plus surprenants et énigmatiques, avec la plus grande migration connue en eaux douces, entre l’estuaire de l'Amazone et les têtes de fleuves en Amazonie occidentale. Le but de ce travail était de déterminer, au niveau moléculaire, la position phylogénétique du plateado dans la famille Pimelodidae ainsi que sa structure génétique dans le Haut Madera (Villa Bella–VB, Cachuella Esperanza–CE, Puerto Maldonado–PM, Rurrenabaque–RU, Puerto Villarroel–PV) et ouest de l'Amazonie (Iquitos–IQ) bassins (Bolivie et Pérou). Les relations phylogénétiques ont été définies par une analyse du maximum de vraisemblance (ML) des séquences nucléotidiques de deux gènes mitochondriaux (Région de Contrôle–RC, ~ 900 pb, 32 taxons; Cytochrome Oxydase 1-CO1, ~ 650 pb, 61 taxons), et d’un gène nucléaire (F-reticulon4–RTN4, ~ 1700 pb, 38 taxons). La structure génétique des populations a été évaluée par le polymorphisme de longueur de neuf microsatellites (284 inds) et par les variations de séquence de la RC (461 inds + 45 en provenance du Brésil, disponibles dans GenBank). Les variations de fréquences des microsatellites ont été utilisées pour identifier les unités panmictiques (clusters) les plus probables dans l'ensemble des données, à travers une approche bayésienne (BAPS), après avoir démontré une déviation significative à l'équilibre de Hardy-Weinberg (HWE) quand l’ensemble des données étaient analysé comme faisant partie d’une seule unité.L’analyse phylogénétique concaténée (ML) a montré que la famille Pimelodidae était un groupe monophylétique. Les résultats les plus notables de la phylogénie sont la monophylie peu soutenue (77%) de la tribu Brachyplatystomatini et la non-monophylie des Brachyplatystoma. Seul le sous-genre Malacobagrus (B. rousseauxii + (B. filamentosum + B. capapretum)), défini morphologiquement, s’est avéré monophylétique. Ces résultats suggèrent que le genre Brachyplatystoma pourrait contenir Platynematichthys ou pourrait être limité au sous-genre Malacobagrus.L'analyse des microsatellites sur l'ensemble des échantillons (ouest Amazone + haut Madera) a montré un écart significatif á la panmixia, ainsi que sur l'ensemble des échantillons du haut Madera. A la lumière de ces résultats, l’approche bayésienne a été développée, montrant qu'au moins trois clusters (1, 2, 3) sont présents dans les bassins du haut Madera et de l'ouest de l'Amazone, avec des répartitions qui se chevauchent partiellement. En parallèle á l'identification des clusters, il a été mis en évidence une différence significative au sein de B. rousseauxii entre l’ouest de l'Amazonie et le haut Madera bassin.L'analyse généalogique (ML) des séquences de la RC a montré une topologie en peigne, sans groupe d'haplotypes montrant une histoire commune. En revanche, l'analyse des fréquences haplotypiques a révélé l’existence de 4 haplogroupes, liés à la géographie. Un haplogroupe a été identifié le long de l'axe principal de l’Amazonas-Solimões (Belem-Brésil et Iquitos-Pérou) et 3 autres dans le haut Madera (VB; CE+MD; RU+PV), organisés selon une tendance aval - amont. Ainsi, nous observons d’un coté 3 populations (clusters) avec une distribution géographique partiellement chevauchante, et de l’autre quatre haplogroupes positionnés selon une logique géographique. Le scenario le plus probable implique un comportement de homing des individus du cluster 1 (homing à l’échelle des grands sous-bassins), qui préfèrent ou tendent à retourner dans le sous-bassin du Madera. Les 3 populations coexisteraient alors dans le haut Madera en se reproduisant à des périodes (phénologie) ou à des endroits différents (ségrégation spatiale). Enfin, les résultats sont discutés à la lumière des résultats précédemment publiés dans le bassin de l'Amazone et des menaces qui pèsent sur l'espèce dans le bassin du Madera. / The Plateado or Dorado - Brachyplatystoma rousseauxii (Pimelodidae, Siluriformes) is a commercial migratory catfish species with one of the most surprising and enigmatic life histories in the Amazon basin, involving the largest migration known for a freshwater species, between the estuary and the head waters in the Andean piedmont. The aim of the present work was to determine the molecular phylogenetic position of the Plateado in the Pimelodidae family and its population genetic structure in the Upper Madera (Villa Bella – VB, Cachuella Esperanza – CE, Puerto Maldonado – PM, Rurrenabaque – RU, Puerto Villarroel - PV) and Western Amazon (Iquitos - IQ) basins (Bolivia and Peru). The phylogenetic relationships were defined through a Maximum Likelihood (ML) analysis of nucleotide sequences of two mitochondrial (Control Region – CR, ~ 900 pb, 32 taxa; Cytochrome Oxidase 1 – CO1, ~ 650 bp, 61 taxa), and a nuclear fragment (F-reticulon4 - RTN4, ~1700 bp, 38 taxa). The population genetic structure was evaluated through the length polymorphism of nine microsatellites (284 inds) and CR sequence variations (461 inds + 45 from Brazil available in GenBank). Microsatellites frequencies variations were used to identify through a Bayesian approach (BAPS) the most probable panmictic units (clusters) in the whole data, after previous demonstration of a deviation to Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE). The ML phylogenetic concatenated analysis showed the Pimelodidae family as a monophyletic group, with the genera Phractocephalus and Leiarius as basal lineages. The most notable results in the phylogeny were the not well-supported monophyly (77%) of the tribe Brachyplatystomatini and the non-monophyly of Brachyplatystoma. Only the morfologically defined subgenus Malacobagrus (B. rousseauxii + (B. filamentosum + B. capapretum)) was recovered as monophyletic. These results suggest that Brachyplatystoma could contain Platynematichthys or be restricted to the subgenus Malacobagrus, and the other species be related to distinct (earliest) genera, in agreement with another study carried out in parallel with other markers.Microsatellite analysis of the whole data (Western Amazon + Upper Madera) showed a significant departure of the HWE expectations, as well as the analysis of the whole data from the Upper Madera region. In the light of these results, the Bayesian approach has been implemented, showing that at least three clusters (1, 2, 3) are present in the Upper Madera and Western Amazon basins with partial overlapping distribution.To the margin of the cluster identification, it was evident the significant difference between Western Amazon (Iquitos region) and the Upper Madera basin.The genealogical analysis (ML) of the CR sequences showed a generalized comb-like topology without group of haplotypes with common ancestry. On the other hand, CR frequency analysis showed the conformation of four haplogroups associated to geography. One haplogroup was identified along the main axis of the Amazonas-Solimões, from Belem (Brazil) to Iquitos (Peru), and three other haplogroups were observed in the Upper Madera basin (VB; CE+PM; RU+PV), positioned in a downstream - upstream pattern.Hence, we observed on the one hand three genetic populations (clusters), distributed in partially overlapping geographical areas, and on the other hand four haplogroups, positioned according to a geographical pattern. The most probable scenario involves a homing behavior of individuals from cluster 1 (homing at the scale of large watersheds), which prefer or tend to return to the Madera basin, with the three populations coexisting within the upper Madera because they reproduce at different moments (phenology) or different places (spatial segregation). Finally, the results are discussed in the light of previous results in the Amazon basin and the threats to the species in the Madera basin (p.e. fragmentation by dams, overfishing, climate variability, among other).

La conception de matériaux composites à particules, fibres ou structures sandwichs, faits de renforts auxétiques en vue de l'amélioration des propriétés amortissantes, est analysée dans cette thèse. Pour une telle analyse, le comportement auxétique décrivant un coefficient de Poisson négatif nécessite d'être compris tant d'un point de vue « effet structure » que « effet matériau ». Ce dernier point c'est-à-dire l'« effet matériau », faisant référence à la forme, aux orientations et différentes propriétés des phases constitutives du matériau, reste peu documenté dans la littérature scientifique. Ainsi partant d'un formalisme micromécanique basé sur l'équation cinématique intégrale de Dederichs et Zeller, nous explorons dans un premier temps et analytiquement le domaine de validité du matériau composite auxétique par le schéma mono-site de Mori-Tanaka. Ensuite des microstructures plus complexes, à l'instar de la microstructure du vide multi-enrobé et celle d'un cluster réentrant d'inclusions ellipsoïdales prenant en compte les interactions de ces dernières, sont étudiées et validées par des simulations Eléments Finis. Les résultats de ces analyses nous indiquent, par ailleurs dans le cas des matériaux isotropes que le comportement auxétique n'est atteint que si et seulement si une des phases du composite est initialement auxétique. Aussi, la nécessité d'introduire des liaisons ou inter-connections au niveau des inclusions ellipsoïdales est montrée comme étant la méthode conduisant à un effet auxétique au niveau de la microstructure du cluster réentrant. Outre cette analyse préliminaire sur le domaine de validité du comportement auxétique dans les composites, l'effet de l'introduction d'inclusions auxétiques dans une matrice viscoélastique en l'occurrence le PolyVinyle de Butyral (PVB) d'une part et l'utilisation de couches viscoélastiques et auxétiques dans les structures sandwichs d'autre part, ont été étudiés. Les réponses de ces matériaux en termes de propriétés amortissantes, telles que le module de stockage et le facteur de perte, sont alors déterminées et discutées par rapport aux composites à renforts non auxétiques (conventionnels) / The design of composite (particles/fibers or structures) materials, consisting of auxetic reinforcements, with enhanced damping properties is studied herein. For such analysis, the auxetic behavior describing a negative Poisson's ratio needs to be understood as "structure effect" point of view than "material effect". Indeed, the "material effect" which treats of the topological and morphological textures of the composite constituents remains poorly documented in the literature. Based on the kinematic integral equation of Dederichs and Zeller, the design space of auxetic composite materials is explored initially through an analytical one-site formulation of the Mori-Tanaka micromechanics scheme. Then, more complex microstructures are investigated from micromechanics formalism as well as Finite Element Method (FEM) simulations. One can cite the multilayered hollow-cored microstructure and the microstructure describing a cluster of re-entrant ellipsoidal inclusions in which the interaction among them (inclusions) is taken into account. The results provided by these investigations show us for instance in the case of isotropic materials that auxeticity is achieved if and only if one of the material?s constituents (inclusion or matrix) is initially auxetic. Also, it is noticed in the case of ellipsoidal inclusions describing the re-entrant cluster that auxetic behavior can be recovered by introducing joints between inclusions. Otherwise, favorable issues are only expected with auxetic components. In addition to this preliminary analysis concerning the validity domain of auxetic behavior in composites, the effect of inserting auxetic reinforcements within a viscoelastic matrix for instance PolyVinylButyral (PVB) on the one hand, and the use of auxetic and viscoelastic layers in sandwich structures on the other hand, are studied. The response of these materials in terms of damping properties, such as the storage modulus and the loss factor are then identified and discussed versus non-auxetic (conventional) composite reinforcements

This thesis deals with INGARCH models for a count time series. Main emphasis is placed on a linear INARCH model. Its properties are derived. Several methods of estimation are introduced - maximum likelihood method, least squares method and its modifications - and later compared in a simulation study. Main properties and maximum likelihood estimation for INGARCH(1,1) model are stated. Higher order linear INGARCH models and nonlinear INGARCH models are discussed briefly. An application of the presented models on time series of car accidents is given.

Das Hauptgebiet der Arbeit stellt die Approximation der Lösungen partieller Differentialgleichungen mit Dirichlet-Randbedingungen durch Splinefunktionen dar. Partielle Differentialgleichungen finden ihre Anwendung beispielsweise in Bereichen der Elektrostatik, der Elastizitätstheorie, der Strömungslehre sowie bei der Untersuchung der Ausbreitung von Wärme und Schall. Manche Approximationsaufgaben besitzen keine eindeutige Lösung. Durch Anwendung der Penalized Least Squares Methode wurde gezeigt, dass die Eindeutigkeit der gesuchten Lösung von gewissen Minimierungsaufgaben sichergestellt werden kann. Unter Umständen lässt sich sogar eine höhere Stabilität des numerischen Verfahrens gewinnen. Für die numerischen Betrachtungen wurde ein umfangreiches, effizientes C-Programm erstellt, welches die Grundlage zur Bestätigung der theoretischen Voraussagen mit den praktischen Anwendungen bildete. / This work focuses on approximating solutions of partial differential equations with Dirichlet boundary conditions by means of spline functions. The application of partial differential equations concerns the fields of electrostatics, elasticity, fluid flow as well as the analysis of the propagation of heat and sound. Some approximation problems do not have a unique solution. By applying the penalized least squares method it has been shown that uniqueness of the solution of a certain class of minimizing problems can be guaranteed. In some cases it is even possible to reach higher stability of the numerical method. For the numerical analysis we have developed an extensive and efficient C code. It serves as the basis to confirm theoretical predictions with practical applications.

La valorisation des options exotiques continues de façon "exacte" est très difficile (voire impossible) dans les modèles exponentiels de Lévy. En fait nous verrons que pour les options lookback et barrière digitale, et sous l'hypothèse que les sauts de l'actif sous-jacent sont tous négatifs, nous avons des formules semi-fermées. En général il faut recourir à des techniques qui permettent d'approcher les prix de ces dérivés, ce qui engendre des erreurs. Nous étudierons le comportement asymptotique de ces erreurs. Dans certains cas ces erreurs peuvent être corrigées de sorte à obtenir une convergence plus rapide vers la valeur "exacte" recherchée. Nous proposons aussi des méthodes permettant d'évaluer les prix des options exotiques par des techniques de Monte-Carlo / The exact valuation of continuous exotic options is very difficult (sometimes impossible) in exponential Lévy models. In fact, for lookback options and digital barrier, and assuming that the jumps of the underlying assets are all negative, we have semi-closed formulas. In general it is necessary to use numerical methods to approach the prices of these derivatives, which causes errors. We study the asymptotic behavior of these errors. In some cases these errors can be corrected so that to obtain a faster convergence to the fair value. We also propose some methods to evaluate the prices of exotic options by Monte Carlo techniques

En alimentation humaine, le poisson représente non seulement une source importante de protéines mais il apporte aussi des acides gras essentiels et des minéraux. Actuellement, en France, il est majoritairement consommé sous forme fraîche et préparé en filets sans peau. Cependant, face à la diminution des captures, à l'augmentation de la demande et à l'évolution des modes de consommation, l'importation de produits de la mer est de plus en plus importante dans notre pays. Or, depuis quelques années, les importateurs suspectent des fraudes consistant à vendre des filets de poisson décongelés sous la dénomination "frais". Ces produits entrent ainsi en concurrence directe avec les produits de la pêche française. L'objectif de la thèse consiste à mettre au point et à optimiser des méthodes de différenciation des filets de poisson frais de filets décongelés. La technique de l'électrophorèse bidimensionnelle comparative couplée à la spectrométrie de masse nous a permis d'identifier la parvalbumine comme marqueur de différenciation frais/décongelé à partir des exsudats de filets de bar (Dicentrarchus labrax). Nous avons utilisé la composition des exsudats comme source potentielle d'autres indicateurs pour différencier les filets frais des filets décongelés. Nous nous sommes ainsi intéressés à différents paramètres tels que l'activité de l'α-glucosidase lysosomique (marqueur historique), le dosage du calcium libre et le dosage des nucléotides et de leurs dérivés, des protéines et des parvalbumines. Nous avons procédé à une analyse statistique par Classification Hiérarchique Ascendante (CHA) et nous avons ainsi mis en évidence trois groupes dissimilaires : les indicateurs de lyse cellulaire, les indicateurs d'altération des nucléotides et les indicateurs d'altération des protéines. Nous disposons ainsi d'outils de différenciation frais/décongelé complémentaires, rapides et peu onéreux susceptibles de répondre aux attentes des industriels de la filière. / Inhuman diet, seafood is an important source of proteins, essential fatty acids and minerals. Nowadays, in France, fresh fish is mainly consumed as skinless fillets. Due to the decrease of the fishing and the increase and evolution of fish consumption, the importation of fish becomes more significant in our country. Since several years, the importers suspect fraudulent pratices consisting in selling thawed fish fillets labeled as fresh ones. These products are directly in competition with the national fish market. The main aim of this thesis consisted in developing and improving methods to differentiate fresh versus frozen/thawed fish fillets. A comparative two-dimensional electrophoresis and tandem mass spectrometry proteins identification strategy, performed on fish fillet exudates of European sea bass (Dicentrarchus labrax) allowed us to identify parvalbumin as a protein marker for differentiation. Further analysis of exudates composition could be a good way to find other indicators. The lysosomal alpha-glucosodase activity is already used to differentiate fresh versus frozen/thawed fillets. Two new indicators were studied : concentration of the nucleotides and their derivatives and free calcium concentration. The total protein and the parvalbumin concentrations were also measured. An Ascendant Hierarchical Clustering (AHC) was done to aggregate the variables into three dissimular clusters : the cellular lysis indicators, the proteins damages indicators and the nucleotides alteration.

Chez les vertébrés, le processus de la spermatogénèse est directement contrôlé par deux hormones gonadotropes hypophysaires, Fsh et Lh. Chez les salmonidés, les profils de sécrétion des 2 hormones diffèrent et présentent des variations significatives au cours du cycle de développement spermatogénétique, suggérant que Fsh et Lh interviennent à des étapes différentes du processus. A la différence des mammifères, chez les poissons les 2 gonadotropines exercent une forte activité stéroïdogène, et par ailleurs il a été rapporté par plusieurs auteurs que leurs récepteurs seraient moins sélectifs vis-à-vis des 2 ligands. Ainsi, le périmètre des actions respectives de Fsh et de Lh n'est pas défini chez les poissons. D'autre part, les mécanismes de l'action de Fsh qui ne seraient pas relayés par les stéroïdes sont très mal connus. Chez la truite, nous avons déterminé que chaque gonadotropine agit essentiellement par l'intermédiaire de son récepteur respectif. L'analyse des variations du transcriptome testiculaire après un traitement in vitro par les hormones de la reproduction (Fsh, Lh, androgènes) a permis 1- de révéler des actions distinctes de Fsh et de Lh sur l'expression des gènes, 2- de mettre en évidence deux mécanismes d'action de la Fsh, l'un dépendant et l'autre indépendant de la production de stéroïdes et 3- d'identifier plusieurs acteurs d'interaction cellulaire régulés par Fsh, et probablement impliqués dans les étapes précoces de prolifération ou de différenciation des cellules germinales, tels que l'hormone antimüllérienne, la midkine, l'insulin-like growth factor1b, la follistatine-like 3 et l'activine, 4-de proposer une implication de Fsh dans les évènements tardifs de maturation et d'excrétion du sperme. Au-delà des acquis concernant les régulations endocriniennes et moléculaires chez la truite, ces travaux constituent un apport de connaissances qui peut être étendu à d'autres téléostéens pour décrypter l'action propre à Fsh dans le déclenchement de la maturation pubertaire. Enfin, nous montrons qu'une vaccination contre les récepteurs des gonadotropines constitue une voie potentielle de contrôle des maturations précoces en élevage. / In vertebrates, spermatogenesis is under the direct control of two pituitary gonadotropic hormones named Fsh and Lh. In salmonids, the 2 hormones are differentially secreted in the plasma through the reproductive cycle, suggesting that Fsh and Lh are involved in the regulation of different steps of the process. Unlike in mammals, both fish gonadotropins exert a strong steroidogenic activity and, besides, some authors reported for their receptors a much lower selectivity towards the two ligands. Yet, their respective roles are not established in fish. Furthermore, the mechanisms of Fsh action that would not be mediated by steroids are poorly investigated. In trout, we showed that each gonadotropin mainly acts through its cognate receptor. The analysis of the variations of testicular transcriptome following an in vitro treatment with reproductive hormones (Fsh, Lh and androgens) permitted 1- to reveal that Fsh and Lh have distinct effects on gene expression, 2- to highlight two mechanisms of Fsh action, one dependent on the steroid production and the second one independent of that production, 3- to identify several Fsh regulated factors involved in cellular interactions and particularly in the control of germ cell proliferation / differentiation (anti mullerian hormone, midkine, insulin-like growth factor 1b, follistatin-like 3 and activin), 4- to propose an involvement of Fsh in late events of sperm maturation and release. In addition to knowledge on endocrine and molecular regulations in trout, this work provides a fund of knowledge useful in other teleosts to decipher the action of Fsh in triggering puberty onset. Finally, we showed that an immunization against the gonadotropin receptors is a potential method to delay sexual maturation in farmed fish.

Le loup ou bar européen effectue une partie de son cycle de vie dans les lagunes et estuaires, des eaux de transitions caractérisées par des fluctuations environnementales plus marquées qu’en milieu marin. Les mécanismes d’acclimatation à la salinité à des températures plus élevées qu’en milieu marin sont encore relativement inexplorés. Dans cette étude, des juvéniles de loup ont été préacclimatés pendant deux semaines à l’eau de mer (EM) à 18 °C (eau tempérée) ou à 24 °C (eau chaude) puis transférés soit dans l’eau douce (ED) soit dans l’EM aux deux températures testées. À 24 °C, les loups parviennent à maintenir leur pression osmotique sanguine relativement constante, quelle que soit la salinité testée. En revanche, la hausse de température affecte significativement différents traits physiologiques liés à l’osmorégulation, la régulation acido- basique, l’excrétion azotée et la production de mucus. Cette étude a notamment montré qu’une acclimatation thermique à 24 °C modifie la structure morphologique de la branchie et induit un déséquilibre de la balance ionique sanguine. Ce déséquilibre concerne particulièrement les ions Na+ et a pour conséquence une diminution du ratio Na+/Cl- plasmatique, pouvant être symptomatique d’une acidose sanguine. Après transfert en douce, une augmentation moins importante de la densité des ionocytes branchiaux et de l’activité de la pompe Na+/K+ ATPase a été observée à 24 °C comparé à 18 °C. De plus, certains transporteurs ioniques jouant un rôle clé dans l’absorption ionique en eau douce n’ont pas été induits au niveau transcriptionnel à 24 °C. Cela suggère une capacité réduite des poissons de passer d’un épithélium branchial hypo-osmorégulateur vers un épithélium hyper-osmorégulateur lors d’un transfert en eau douce à 24 °C vs 18 °C. Au niveau moléculaire, la hausse de température a affecté l’expression de plusieurs transporteurs ioniques branchiaux, notamment en EM. À 24 °C, la surexpression de transporteurs liés au transport de proton H+ pourrait être le signe d’un déséquilibre acido- basique. De plus, l’induction de transporteurs d’ammonium pourrait indiquer un besoin accru d’excréter de l’azote par voie branchiale, potentiellement lié à un métabolisme plus élevé en eau chaude. L’expression des gènes codant pour la protéine chaperonne HSP90 a été fortement affectée par la hausse de température et dans une moindre mesure par la dessalure. Pour finir, l’analyse des mucocytes suggère que la production de mucus pourrait être induite en réponse au stress thermique. Ce type d’étude fonctionnelle sur l’acclimatation à différents régimes de température permet d’apporter des éléments de compréhension pour pouvoir prédire les réponses des téléostéens face aux conséquences du changement global. / The European sea bass Dicentrarchus labrax undertakes seasonal migrations to estuaries and lagoons that are characterized by fluctuations in environmental conditions. It is unclear to what extent salinity acclimation mechanisms are affected at temperatures higher than in the sea, as usually encountered in transitional waters in spring and summer. In this study, juvenile sea bass were pre-acclimated to seawater (SW) at 18 °C (temperate) or 24 °C (warm) for two weeks and then transferred to either fresh water (FW) or SW at the considered temperatures. We have shown that sea bass are able to efficiently maintain blood osmolality at 24 °C at both salinities. However, temperature increase induced significant changes regarding several physiological traits related to osmoregulation, acid-base regulation, ammonia excretion and mucus production. This study showed that thermal acclimation at 24 °C affects gill morphology through gill remodeling and whole-organism ion balance. Plasma Na+ levels seemed to be particularly affected leading to decreased plasma Na+/Cl- ratio in warm conditions, suggesting a blood acidosis. Following FW transfer, the major effects observed were a lower increase in the density of branchial ionocytes and in Na+/K+-ATPase activity at 24 °C compared to 18 °C. Moreover, several key ion transporters involved in ion uptake were not transcriptionally induced following FW transfer at 24 °C. These data suggest a less effective capacity to switch from hypo-to hyper-osmoregulation after FW transfer when fish are exposed to higher temperature. At the molecular level, the temperature increase affected the expression of several branchial transporters, notably in SW. At 24 °C, higher expression of transporters linked to H+ transport might be linked to an acid-base imbalance. Moreover, the induction of ammonia-transporting channels might also indicate increased need for nitrogen excretion, potentially due to enhanced metabolism in warm conditions. Molecular chaperones HSP90 expression was strongly affected by temperature increase and to a lesser extent by salinity decrease. Finally, gill goblet cells analysis suggested that mucus production is increased in response to thermal stress. This study and additional functional studies investigating different temperature regimes provide insights on the effect of increased temperatures on fish responses and may help to predict how teleost will face the consequences of global change.

The environmental conditions driving the microbial community dynamics in crop soils remain unclear. Here, we focused on the spatial and temporal dynamics of microbial communities in soils cultivated with sugarcane under different soil managements, during two years. Our work was divided into three essential parts, where i) we discuss ecological models and theories for the microbial exploration in crop soils, arguing that those ecological models, which partitioned the microbial communities, may increase the resolution of the environmental and the microbial interactions; ii) we developed a probabilistic model based on the occurrence frequency of microorganisms across systems identifying the core microbial community. The model is based on the Poisson distribution, and it was tested in four datasets available in the Earth Microbiome Project; iii) we identified the core bacterial and fungal communities across soils cultivated with sugarcane, verifying which abiotic components could drive the composition of groups. We increased the resolution of the environmental and the microbial interactions, showing that the core and the variable microbial communities are driven by distinct abiotic components. We also observed that the core and variable microbial communities harbor distinct potential functionality, as nitrogen fixation being more predicted to the core bacterial commmunity, and nitrification process for the variable bacterial community. Our finds increase the knowledge of microbial dynamics and functionality, helping to reveal and explore the crop system microbiome. / As condições ambientais que podem modular a dinâmica da comunidade microbiana em solos de culturas são pouco conhecidas. O presente trabalho foi dividido em três partes essenciais, onde i) discutiu-se modelos e teorias ecológicas para a exploração microbiana em solo agrícolas, argumentando-se que os modelos ecológicos que particionam as comunidades microbianas, poderiam aumentar a resolução entre interações microbianas e o ambiente, ii) desenvolveu-se um modelo probabilístico baseado na freqüência de ocorrência de microorganismos através de sistema identificando a comunidade microbiana \"core\". O modelo baseou-se na distribuição de Poisson, sendo este testado em quatro conjuntos de dados disponíveis no Projeto \"Earth Microbiome\", e iii) identificou-se as comunidades bacterianas e fúngicas core em solos cultivados com cana-de-açúcar, verificando-se quais componentes abióticos poderiam modular a composição dos grupos. Com isso, elevou-se a resolução das interações ambiental e microbiana, indicando que o core microbiano e as comunidades microbianas variáveis são moduladas por componentes abióticos distintos. Observou-se também que as comunidades core e variável possuem funcionalidade potencial distinta, como fixação de nitrogênio mais predita para o core bacteriano e processo de nitrificação para a comunidade variável de bactérias. Os resultados do presente trabalho elevam o conhecimento da dinâmica e funcionalidade microbiana, ajudando a revelar e explorar o microbioma do sistema de cultivo.

by Kwok-Fai Mo. / Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 1999. / Includes bibliographical references (leaves 74-79). / Abstracts in English and Chinese. / Chapter 1 --- Introduction --- p.1 / Chapter 2 --- Statistical Modeling --- p.5 / Chapter 2.1 --- Poisson Regression --- p.5 / Chapter 2.2 --- Overdispersion and Autorrelation --- p.7 / Chapter 2.3 --- Generalized Estimating Equation --- p.9 / Chapter 2.4 --- Zeger's Mehthod --- p.12 / Chapter 2.5 --- Multicollinearity --- p.18 / Chapter 2.5.1 --- The Modified Generalized Estimating Equation --- p.18 / Chapter 2.6 --- Bootstrapping Method --- p.21 / Chapter 2.7 --- The Bootstrap Choice of Ridge Parameter --- p.23 / Chapter 3 --- The Robustness of Zeger's Approach to the Specification of ηt - Simulation Study --- p.26 / Chapter 3.1 --- Introduction --- p.26 / Chapter 3.2 --- Zeger's Algorithm with Varoious Time Series Data --- p.27 / Chapter 3.2.1 --- Data without Multicollinearity --- p.27 / Chapter 3.2.1 --- Data with Multicollinearity --- p.34 / Chapter 3.3 --- Modified Generalized Estimating Equation Approach --- p.40 / Chapter 3.3 --- The Choice of Ridge Paramter in Bootstrap --- p.42 / Chapter 4 --- Real Example --- p.46 / Chapter 4.1 --- Data Structure --- p.46 / Chapter 4.2 --- Model Building --- p.49 / Chapter 4.3 --- Single Pollutant Model --- p.57 / Chapter 4.4 --- Multiple Pollutant Model --- p.62 / Chapter 5 --- Conclusion and Discussion --- p.64 / Appendix --- p.69 / References --- p.74