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Sur une anomalie du développement perturbatif de la théorie de Chern-Simons / On an anomaly of the perturbative expansion of Chern-Simons theory

Corbineau, Kévin 21 October 2016 (has links)
Maxim Kontsevich a défini un invariant $Z$ des sphères d'homologie rationnelle orientées de dimension $3$ en 1992, en poursuivant l'étude initiée par Edward Witten du développement perturbatif de la théorie de Chern-Simons.L'invariant $Z$ de Kontsevich est gradué. Il s'écrit $Z=(Z_n)_{nin NN }$, où $Z_n$ prend ses valeurs dans un espace $CA_n$ engendré par des diagrammes trivalents à $2n$ sommets appelésdiagrammes de Feynman-Jacobi de degré $n$.L'invariant $Z$ apparait d'abord comme un invariant $Z(M,tau)$ des sphères d'homologie rationnelle $M$ de dimension $3$ munies d'une parallélisation $tau$.Il est l'exponentielle d'un invariant $z(M,tau)=(z_n(M,tau))_{nin NN }$dont la partie de degré $n$ compte algébriquement les plongements des diagrammes de Feynman-Jacobi connexes à $2n$ sommets assujettis à vérifier certaines conditions.On peut associer un invariant homotopique entier $p_1(tau)$ aux parallélisations $tau$ des variétés orientées de dimension $3$, et il existe un élément $beta=(beta_n)_{nin NN}$ de $CA_n$ appelé anomalie tel que$$z_n(M,tau)-p_1(tau)beta_n$$ soit indépendant de $tau$ et noté $z_n(M)$.$$Z(M)=expleft((z_n(M))_{nin NN}right).$$On sait depuis l'introduction de cette constante par Greg Kuperberg et Dylan Thurston en 1999 que $beta_n=0$ si $n$ est pair et que $beta_1 neq 0$.Cette thèse porte sur le calcul de la première valeur inconnue $beta_3$. Elle en présente des expressions très simplifiées et implémentables sur ordinateur. / The Kontsevich invariant $Z$ of rational homology $3-$ sphere was constructed by Maxim Kontsevich in 1992 using configuration space integrals.This invariant is graduated. It can be written as $Z=(Z_n)_{nin NN}$, where $Z_n$ values in the space $mathcal{A}_n$ of jacobi diagram with order $n$. A Jacobi diagram with order $n$ is a trivalent graph with $2n$ vertices. At a first point, we can see $Z$ as an invariant $Z(M,tau)$ of rational homology $3-$spheres equipped with a trivialisation $tau$ so that $Z$ is the exponential of an invariant $z(M,tau)=(z_n(M,tau))_{ninNN}$. In fact, we can say that $z_n(M,tau)$ counts the number of embeddings of connected jacobi diagrams with order $n$ with some additionnal conditions. We can associate an homotopic integer invariant $p_1(tau)$ to each trivialisation $tau$ of oriented $3-$manifolds and it exists $beta=(beta_n)_{ninNN}$, where $beta_ninmathcal{A}_n$ that is called anomaly so that $$z_n(M,tau) - p_1(tay)$$ is independant of $tau$. We name it $z_n(M)$ and $$Z(M)=exp((z_n(M)_{nin NN})).$$Greg Kuperberg and Dylan Thurston introduced this constant in 1999. We already know that $beta_n=0$ if $n$ is even and $beta_1neq 0$. This thesis is about the computation of $beta_3$. It describes simplified expressions of $beta_3$, and this expressions can be compute with a computer.
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Modélisation des phénomènes de diffusion thermique dans un milieu fini homogène en vue de l’analyse, de la synthèse et de la validation de commandes robustes / Modelling the thermal diffusion phenomena in a finite homogeneous medium in view of the analysis, the synthesis and the validation of robust commands

Assaf, Riad 16 December 2015 (has links)
Les travaux de cette thèse concernent l’étude des phénomènes de diffusion thermique en vue de disposer de modèles de connaissances (approche boîte blanche) pour l’analyse, la synthèse fréquentielle et la validation temporelle de commandes robustes. La Partie 1 composée du chapitre 1 se focalise sur les définitions et les interprétations de l’opérateur intégro-différentiel non entier. La problématique de la simulation, dans le domaine temporel, des SDNE est précisée. La Partie 2 intitulée "Etude analytique" regroupe deux chapitres dont l’objectif est de faire une analyse fine des comportements d’ordre non entier, d’abord dans un milieu semi-infini (chapitre 2), puis dans un milieu fini (chapitre 3). La Partie 3, intitulée "Simulation numérique des réponses temporelles" regroupant deux chapitres (4 et 5), a pour finalité la mise en oeuvre de la partie « Procédé thermique » (modèle de validation d’un milieu fini) d’un simulateur des réponses temporelles d’une boucle de régulation thermique. / The work of this thesis concerns the study of the thermal diffusion phenomena to have a model (white box approach) for the analysis, the frequency synthesis and the time validation of robust commands. The Part 1 composed of chapter 1 focuses on the definitions and the interpretations of the integro-differential non-integer operator. The simulation problem in the time domain of the fractional differential systems is specified. Part 2 entitled "Analytical Study" includes two chapters whose objective is to make a detailed analysis of the fractional order behavior, first in a semi-infinite medium (chapter 2), then in a finite medium (chapter 3). Part 3, entitled "Numerical simulation of time responses" combining two chapters (4 and 5), aims the implementation of the "thermal process" plant (model validation of a finite medium) of a simulator of the thermal control loop time responses.
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Characterization of natural product biological imprints for computer-aided drug design applications / Caractérisation de l’empreinte biologique des produits naturels pour des applications de conception rationnelle de médicament assistée par ordinateur

Sturm, Noé 08 December 2015 (has links)
La comparaison de site peut-elle vérifier l’hypothèse: «Les origines biosynthétiques des produits naturels leurs confèrent des activités biologiques»? Pour répondre à cette question, nous avons développé un outil modélisant les propriétés accessibles au solvant des sites de liaison. La méthode a montré des aspects intéressants, mais elle souffre d’une sensibilité aux coordonnées atomiques. Cependant, des méthodes existantes nous ont permis de prouver que l’hypothèse est valide pour la famille des flavonoïdes. Afin d’étendre l’étude, nous avons développé un procédé automatique capable de rechercher des structures d’enzymes de biosynthèse de produits naturels disposant de sites actifs capables de lier une molécule de petite taille. Nous avons trouvé les structures de 117 enzymes.Les structures nous ont permis de caractériser divers modes de liaison substrat-enzyme, nous indiquant l’empreinte biologique des produits naturels ne correspond pas toujours au modèle « clé- serrure ». / Can computational binding site similarity tools verify the hypothesis: “Biosynthetic moldings give potent biological activities to natural products”? To answer this question, we designed a tool modeling binding site properties according to solvent exposure. The method showed interesting characteristics but suffers from sensitivity to atomic coordinates. However, existing methods have delivered evidence that the hypothesis was valid for the flavonoid chemical class. In order to extend the study, we designed an automated pipeline capable of searching natural products biosynthetic enzyme structures embedding ligandable catalytic sites. We collected structures of 117 biosynthetic enzymes. Finally, according to structural investigations of biosynthetic enzymes, we characterized diverse substrate-enzyme binding-modes, suggesting that natural product biological imprints usually do not agree with the “key-lock” model.
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Actions hyperboliques du groupe multiplicatif sur des variétés affines : espaces exotiques et structures locales / Hyperbolic actions of the multiplicative group on affine varieties : exotic spaces and local structures

Petitjean, Charlie 30 March 2015 (has links)
Cette thèse est consacré à l'étude des T-variétés affines à l'aide de la présentation due à Altmann et Hausen. On s'intéresse plus particulièrement au cas des actions hyperboliques du groupe multiplicatif Gm. Dans une première partie, on étudie les espaces affines exotiques, c'est-à-dire des variétés affines lisses et contractiles, en supposant de plus qu'elles sont munies d'une action de Gm. En particulier, dans le cas de dimension 3, on réinterprète la construction des variétésde Koras-Russell en terme de diviseurs polyédraux, et on donne des constructions de variétés affines lisses et contractiles en dimension supérieure à 3.Dans une deuxième partie, on introduit la propriété pour une G-variété d'être G-uniformément rationnelle, c'est-à-dire que tout point de cette variété admet un voisinage ouvert G-stable, qui est isomorphe de manière equivariante à un ouvert G-invariant de l'espace affine. En particulier, on exhibera des Gm-variétés qui sont lisses et rationnelles mais qui ne sont pas Gm-uniformément rationnelle. / This thesis is devoted to the study of affine T-varieties using the Altmann-Hausen presentation. We are especially interested in the case of hyperbolic actions of the multiplicative group Gm. In the first part, exotic affine spaces are studied, that is, smooth contractible affine varieties, assuming in addition that they are endowed with a Gm-action. In particular, in the case of dimension 3, we reinterpret the construction of Koras-Russell threefolds in terms of polyhedral divisors andwe give constructions of smooth contractible affine varieties and in dimensionslarger than 3.In the second part we consider the property of G-uniform rationality for a G-variety. This means that every point of this variety there exists an open G-stable neighborhood, which is equivariantly somorphic to a G-stable open subset of the affine space. In particular we will exhibit Gm-varieties which are smooth and rational but not Gm-uniformly rational.
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Metabolic characterization of an adaptively evolved cell factory for continuous production of 1.3-propanediol and development of a new catalyst for 1.3 propanediol and acetone co-productions / Caractérisation métabolique de l'évolution adaptive d'une souche d'E. coli ingénieurée pour la production continue de 1.3 propanediol et création de nouvelles voies métaboliques pour la co-production de 1.3 propanediol et d'acétone

Tian, Liang 19 February 2014 (has links)
Les micro-organismes ont la capacité de s'adapter rapidement aux différentes contraintes environnementales ou métaboliques, mais le mécanisme détaillé et les principes de cette réponse adaptative en micro-organisme sont mal compris aux niveaux génétiques, biochimiques et métaboliques. Ici, une souche de E. coli a évolué avec un titre élevé de 1,3-propanediol a été sélectionné et cette souche a été analysée comme un exemple pour la découverte de ce processus d'évolution adaptative. La technologie de séquençage comparatif du génome entier a été utilisée pour identifier les mutations génétiques dans le chromosome et le plasmide portant les gènes codant pour la voie de production de 1,3-propanediol a également été séquencée. Quatre mutations ont été trouvées dans le chromosome et ils sont Ipd, glpR, dhak, nagD - promoteur. Une mutation a été trouvée dans le gène GGP2, qui est situé dans le plasmide. Toutes les mutations ont été en outre caractérisées par analyse génétique et inverse biochimique et leur influence dans le réseau métabolique sont aussi découverts. Nous avons démontré que tous les cinq mutations individuellement peuvent augmenter le taux de croissance et la production de 1,3 -propanediol. Selon le profil de fermentation de la souche évolué, l’accumulation d'acétate entravé la croissance de la souche et de l'augmentation de 1,3-propanediol titre. Pour optimiser la production de 1,3- propanediol, un nouveau catalyseur a été développé pour la co-production de 1,3-propanediol avec de l'acétone au lieu de l'acétate, parce que l'acétone a une plus grande valeur et est moins toxique que l'acétate. Les deux voies de l'acétate, dépendantes et indépendantes, ont été testées pour la co-production de 1,3-propanediol et l'acétone dans des conditions anaérobies. Pour la voie de l'acétate dépendante, en modifiant le niveau d'expression de l'acétate kinase cette voie était active dans des conditions anaérobies dans E. coli. Pour la voie de l'acétate indépendant, une courte chaîne acyl-CoA thioestérase candidat a été sélectionné et caractérisé, mais son activité doit encore être améliorée en utilisant l'évolution adaptative ou la sélection in vitro. Pour l'évolution adaptative, le réseau métabolique était rationnel conçu pour forcer de flux de carbone à la production d'acétone, ce qui va augmenter la possibilité et l'efficacité de la sélection d'une thioestérase avec une affinité et une activité élevée à l'acétoacétyl -CoA au cours du processus d’évolution adaptative. Pour la sélection in vitro, un système de bio-sensor a été développé afin de simplifier la méthode de sélection d'une thioestérase mutant avec une grande capacité de catalyser l'acétoacétyl -CoA in vitro. / Microorganisms have the ability to adapt rapidly to different environmental or metabolic constraints, but the detailed mechanism and the principles of this adaptive response in microorganism is poorly understood at the genetic, biochemical, and metabolic levels. Here, the glycerol pathway from S. cerevisiae and the B12-independent C. butyricum 1,3-PD pathways were introduced into E. coli and its central metabolic network was restructured to couple the production of 1.3-propanediol to the growth of the microorganism. This strain was grown in conditions favouring adaptive evolution for around 1000 hours. An evolved population was selected under optimal conditions in mineral medium. Comparing with the original strain, it can convert glucose to 1.3-PD at high molar yield (94 %) and its productivity was also significantly increased. Comparative whole genome sequencing technology was used to identify the genetic mutations and five mutating genes lpd, glpR, dhaK, nagD and GPP2 were discovered. All the mutations were further analysed and characterized to disclose their changes after the evolution and to elucidate their influence in the whole metabolic engineering network. To optimize the production of 1.3-PD further, we plan to convert the co-production of acetate to acetone. Indeed, the 1.3 propanediol production was hampered by the acetate inhibition on growth, and acetone is a valuable product which is less toxic thyan acetate. Both the acetate-dependent and independent pathways were tested to produce acetone and some modifications to adapt the global metabolic network were performed. Several strategies were applied to ameliorate the performance of acetone production. Finally, the bottleneck of the acetate-dependent acetone pathway under anaerobic condition was indentify and the acetate-independent acetone pathway still need to be improve with the selection of an evolved or mutant enzyme with high short-chain acyl-CoA thioesterase activity.
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Concepts et méthodes d'analyse numérique de la dynamique des cavités au sein des protéines et applications à l'élaboration de stratégies novatrices d'inhibition / Concepts and methods of numerical analysis of protein cavities dynamics and application to the design of innovative inhibition strategies

Desdouits, Nathan 29 May 2015 (has links)
Les cavités sont le lieu privilégié des interactions d’une protéine avec ses ligands, et sont donc déterminantes pour sa fonction, elle-même aussi influencée par la dynamique de la protéine. Peu de méthodes permettent d’étudier en détail la dynamique des cavités malgré leur intérêt notamment pour le criblage virtuel. Les cavités d’une protéine définissent un ensemble très labile. Ainsi, suivre une cavité le long d’une trajectoire est ardu car elle peut être sujette à des divisions, fusions, disparitions et apparitions. Je propose une méthode pour résoudre cette question afin d’exploiter la dynamique des cavités de façon systématique et rationnelle, en classifiant les cavités selon les groupes d’atomes les entourant. J’ai identifié les paramètres procurant les meilleurs critères de suivi des cavités. Pour caractériser les évolutions principales de la géométrie des cavités en relation avec la dynamique de la protéine, j’ai développé une méthode basée sur l’Analyse en Composantes Principales. Cette méthode peut être utilisée pour sélectionner ou construire des conformations à partir de la forme de leurs cavités. Deux exemples d’applications sont traitées : la sélection de conformations ayant des cavités de géométries diverses et l’étude de l’évolution des cavités de la myoglobine lors de la diffusion du monoxyde de carbone. Ces deux méthodes ont été utilisées pour trois projets de criblage virtuel ciblant l’ADN-gyrase de M tuberculosis, la subtilisine 1 de P vivax et GLIC, homologue procaryote des récepteurs pentamériques humains. Les molécules sélectionnées à l’aide de ces méthodes ont permis d’identifier une molécule active contre la subtilisine et quatre effecteurs de GLIC. / Cavities are the prime location of the interactions between a protein and its ligands, and thus are crucial for its functions, together with its dynamics. Although cavities have been studied since the seventies, specific studies on their dynamical behavior only appeared recently. Few methods can tackle this aspect, despite its interest for virtual screening and drug design. Protein cavities define an extremely labile ensemble. Following one cavity along a trajectory is therefore an arduous task, because it can be subjected to several events of fusions, divisions, apparitions and disappearances. I propose a method to resolve this question, thus enabling systematic and rational dynamical exploitation of protein cavities. This method classify cavities using the atom groups around them, using algorithms and parameters that I identified as giving best results for cavity tracking. To characterize the main directions of evolution of cavity geometry, and to relate them with the dynamics of the underlying structure, I developed a method based on Principal Component Analysis (PCA). This method can be used to select or build conformations with given cavity shapes. Two examples of applications have been treated: the selection of conformations with diverse cavity geometries, and the analysis of the myoglobin cavity network evolution during the diffusion of carbon monoxide in it. These two methods have been used in three projects involving virtual screening, targeting M. tuberculosis DNA-gyrase, P vivax subtilisin 1 and GLIC, an procaryotic model of human pentameric ligand-gated ion channel. These methods allowed us to identify an inhibitor of subtilisin 1 and four effectors of GLIC.
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Rôle de la Caspase-2 au cours des processus neurodégénératifs associés au vieillissement. Conception rationnelle d’inhibiteurs sélectifs et évaluation sur des modèles biologique / Role of Caspase-2 in neurodegenerative processes associated with aging. Rational design of selective inhibitors and their evaluation on biological models

David-Bosc, Elodie 26 November 2018 (has links)
La Caspase-2 (CASP-2) est singulière de par ses multiples rôles physiologiques et par son implication dans les processus neurodégénératifs aigus et chroniques. Dans ce contexte, des études récentes ont contribué à sa validation en tant que cible thérapeutique potentielle de la maladie d’Alzheimer. Par conséquent, le développement d’inhibiteurs spécifiques constituerait des outils pharmacologiques qui permettraient de mieux appréhender ses rôles dans la physiologie et pathologie du neurone. Les inhibiteurs de Caspases actuels sont majoritairement des séquences tétra ou pentapeptidiques qui reproduisent les motifs préférentiellement reconnus par ces enzymes. Dans le cadre de ce travail de thèse, trois stratégies d’identification d’inhibiteurs ont été suivies ; (i) une approche de conception rationnelle de peptides ciblant le site actif, (ii) conception in silico de peptides de l’interface de dimérisation, (iii) criblage aléatoire et rationnel de petites molécules organiques. Parmi ces stratégies, l’inhibition du site actif s’est révélée être la plus fructueuse. Nous avons ainsi pu démontrer que des variations du résidu Alanine en P2 sur un motif VDVAD permettaient d’améliorer les paramètres de sélectivité et d’efficacité. Sur ce constat une série de peptides « LJ » avec des mécanismes d’inhibition variés a été développée. Deux composés LJ2 et LJ3, ont démontré d’excellents paramètres d’inactivation et de sélectivité envers la CASP-2. Dans des réseaux de neurones reconstruits in vitro, LJ2 et LJ3 présentent un effet synaptoprotecteur. Ces travaux de thèse ouvrent donc le champ à de nouvelles perspectives sur le plan fonctionnel ainsi que sur le plan thérapeutique. / Caspase-2 (CASP-2) is unique among Caspases since its involved in a plethora of physiological processes and in severe and chronic neurodegenerative processes. In this context, recent studies have indicated that CASP-2 is a potential therapeutic target for Alzheimer’s disease. It is therefore necessary to develop specific inhibitors which would constitute pharmacological tools to better understand the role of this protease in the physiology and pathology of the neuron. The current Caspases inhibitors are mostly tetra or pentapeptide sequences that reproduce the patterns preferentially recognized by these enzymes. During this thesis project, we used three identification strategies ; (i) a rational design approach of peptides targeting the active site, (ii) in silico design of peptides of the dimerization interface, (iii) rational an random screening of small organic molecules. Among these strategies, inhibition of the active site has been shown to be the most productive one. We have been able to demonstrate that the variation of the Alanine residue in P2 on the pattern VDVAD increased efficiency and selectivity parameters. Based on this observation, a serie of peptides “LJ” with various inhibitory mechanisms has been developed. Two compounds LJ2 and LJ3, demonstrated excellent inactivation and selectivity parameters toward CASP-2. In neuronal networks reconstructed in vitro, LJ2 and LJ3 protect against synapse loss. This thesis project opens the field to new perspectives on the functional level as well as on the therapeutic plan.
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Caractérisation structurale et fonctionnelle d'amylosaccharases / Structural and functional caracterization of amylosucrase

Guerin, Frederic 28 March 2012 (has links)
Les amylosaccharases sont des α-transglucosylases catalysant naturellement la synthèse exclusive d’α-1,4-glucanes à partir du saccharose. Ces enzymes produisent également des composés secondaires et, en particulier, des isomères du saccharose tels que le turanose et le tréhalulose.L’objectif de cette thèse a consisté à utiliser un panel de techniques biophysiques et biochimiques afin d’étudier les amylosaccharases de Deinococcus geothermalis (ASDg) et Neisseria polysaccharea (ASNp) afin de comprendre les relations unissant la structure, la flexibilité et la fonction de ces enzymes.La première étude rapporte la caractérisation structurale et biophysique de l’amylosaccharase la plus thermostable connue à ce jour, l’amylosaccharase de Deinococcus geothermalis. La structure tridimensionnelle révèle une organisation dimérique en solution, jamais rapportée pour une amylosaccharase. Grâce à l’analyse de l’interface dimérique et à des travaux d’analyse de séquences, une séquence signature de dimérisation a été identifiée. En rigidifiant la structure de l’ASDg, la structure quaternaire contribue à l’augmentation de la stabilité thermique de la protéine. La spécificité de production des isomères du saccharose par les amylosaccharases a été étudiée. Les résultats décrivent, pour la première fois, les structures de l’ASDg et de l’ASNp en complexe avec le turanose. Dans l’ASNp, les résidus clefs forcent le résidu fructosyle à adopter une conformation linéaire positionnant idéalement le O3’ pour sa glucosylation expliquant la formation préférentielle de turanose par l’enzyme. Ces résidus sont absents ou placés différemment dans l’ASDg. En conséquence, l’ASDg lie principalement les formes furanoses du fructose avec un faible réseau d’interactions. La topologie du sous-site +1 permet donc différents modes de liaison du fructose en accord avec la capacité de l’ASDg à produire une plus grande quantité de tréhalulose par rapport à l’ASNp.Dans la seconde étude, des techniques de mutagenèse à saturation et combinatoire ciblées sur les acides aminés voisins du site actif ont été utilisées pour modifier la spécificité d'accepteur de l’ASNp. Le criblage de trois bibliothèques semi-rationnelles représentant un total de 20 000 variants a permis d’isoler trois doubles mutants montrant une amélioration spectaculaire de spécificité à la fois vis-à-vis du saccharose, le substrat donneur et de l’accepteur α-allyl-N-acetyl-2-désoxy-α-D-glucopyranoside par rapport au type sauvage de l’ASNp. De tels niveaux d'amélioration d'activité n'ont jamais été signalés auparavant pour cette classe d’enzymes actives sur les sucres. L’analyse par cristallographie des rayons X de la structure des meilleures enzymes mutantes suivie par des simulations de dynamique moléculaire ont montré une rigidité locale du sous-site -1 couplée à une flexibilité des boucles impliquées dans la topologie du site actif. Ces faits pourraient être à l’origine des performances catalytiques accrues de ces enzymes mutantes. L'étude démontre l'importance, lors de la conception des bibliothèques de variants, de tenir compte de la conformation locale des résidus catalytiques ainsi que de la dynamique des protéines au cours du processus catalytique / Amylosucrases are sucrose-utilizing α-transglucosylases that naturally catalyze the synthesis of α-glucans, exclusively linked through α-1,4 linkages. Side-products and in particular sucrose isomers such as turanose and trehalulose are also produced by these enzymes.The objective of this thesis concerned the application of biophysical and biochemical techniques to study amylosucrases from Deinococcus geothermalis (DgAS) and Neisseria polysaccharea (NpAS) in order to investigate relationships between structure, flexibility and function of these enzymes.In the first study, we report the first structural and biophysical characterization of the most thermostable amylosucrase identified so far, the amylosucrase from Deinoccocus geothermalis. The 3D-structure revealed a homodimeric quaternary organization, never reported before for other amylosucrases. A sequence signature of dimerization was identified from the analysis of the dimer interface and sequence alignments. By rigidifying DgAS structure, the quaternary organization is likely to participate in the enhanced thermal stability of the protein. Amylosucrase specificity with respect to sucrose isomer formation (turanose or trehalulose) was also investigated. We report the first structures of the DgAS and NpAS in complex with turanose. In NpAS, key residues were found to force the fructosyl moiety to bind in an open state with the O3' ideally positioned to explain the preferential formation of turanose by NpAS. Such residues are either not present or not similarly placed in DgAS. As a consequence, DgAS binds the furanose tautomers of fructose through a weak network of interactions to enable turanose formation. Such topology at subsite +1 is likely favoring other possible fructose binding modes in agreement with the higher amount of trehalulose formed by DgAS.In the second study, iterative saturation mutagenesis and combinatorial active site saturation focused on vicinal amino acids were used to alter the acceptor specificity of NpAS and sort out improved variants. From the screening of three semi-rational sub-libraries accounting in total for 20,000 variants, we report here the isolation of three double-mutants displaying a spectacular specificity enhancement towards both sucrose, the donor substrate, and the α-ally-N-acetyl-2-deoxy-α-D-glucopyranoside acceptor compared to wild-type N. polysaccharea amylosucrase. Such levels of activity improvement have never been reported before for this class of carbohydrate-active enzymes. X-ray structural analysis of the best performing enzymes followed by Molecular Dynamics simulations showed both local rigidity of the -1 subsite and flexibility of loops involved in active site topology which both account for the enhanced catalytic performances of the mutants. The study well illustrates the importance when designing enzyme libraries of taking into account the local conformation of catalytic residues as well as protein dynamics during the catalytic process
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De la conception empiriste du langage représentationnel au projet carnapien du réductionnisme logique : En quête d'une démarche empiriste libérale autour des années 1930 / The empiricist conception of language and Rudolf Carnap's logical reductionism. The quest for a liberal empiricism in the 1930s

Lengelo Muhenya, Junior-Placide 25 November 2016 (has links)
Une théorie empiriste de la connaissance affirme que le langage est doté de la capacité à « représenter » quelque chose d'autre que le langage lui-même. A la fin du XVIIe siècle, en effet, Locke et ses successeurs ont analysé empiriquement ce à quoi nos idées ressemblent et que les mots représentent mentalement. Autour des années trente, Schlick et ses camarades du Cercle de Vienne se servent des acquis linguistico-logiques de Frege, Russell et Wittgenstein pour analyser logiquement les propositions scientifiques, leur correspondance avec les états de choses qu'elles représentent. Avec eux, la philosophie analytique devra dorénavant ramener les problèmes de la connaissance au niveau de l'expérience langagière. C'est là que réside le caractère radical et réductionniste d'une démarche empiriste : les empiristes classiques ont fixé dans la perception la genèse chronologique de nos idées et nos pensées ; à leur tour, les Viennois déterminent le sens d'une proposition en la traduisant en propositions élémentaires, dites « Protokollsätze », qui renvoient directement au donné empirique. A la même période, Carnap se démarque des autres empiristes logiques en posant les problèmes du langage de la science en termes de reconstruction rationnelle des concepts et, cela, en introduisant de nouveaux concepts à partir de ceux déjà connus comme concepts de base phénoméniste (dans l'Aufbau en 1928) ou physicaliste (au cours des années trente). Tel est son réductionnisme logique qu'il renforce par la syntaxe logique. L'analyse logique ne porte pas sur le donné mais sur la proposition, et en particulier sur les propriétés formelles et des relations purement logiques qu'entretiennent les propositions dans un système. Carnap tente de libéraliser la démarche empiriste en assouplissant le critère de scientificité et, conformément à son « Principe de Tolérance », en adjoignant à l'ancrage empirique des questions de conventions pour la structure des propositions scientifiques. Il modère la critique viennoise de la métaphysique en attribuant à la philosophie, devenue « la logique de la science », la tâche de méthodes et formes adéquates pour la construction du langage de la science. / An empiricist theory of knowledge argues that language has the capacity to represent something other than itself. Beginning from the end of the 17th century, Locke and his successors analysed empirically what our ideas are reflections of and what words represent in the mind. At the beginning of the 1930s, Schlick and his Vienna Circle colleagues exploited the logico-linguistic advances of Frege, Russell and Wittgenstein in the logical analysis of scientific propositions, i.e. their correspondence with the states of affairs they represent. Following their example, analytic philosophy would henceforth reduce problems of knowledge to the level of linguistic experience. This is where the radical and reductionist character of the empiricist perspective is to be found: the classical empiricists identified the chronological genesis of our ideas and thoughts in perception; the Vienna Circle philosophers in their turn determine the meaning of a proposition by translating it into elementary propositions or Protokollsätze, which reflect directly an empirical “given”. During the same period, Carnap distances himself from his fellow empiricists by formulating the formulating the problems of scientific language in terms of the rational reconstruction of concepts by introducing new concepts based on those already identified as fundamental from a phenomenalist (the Aufbau, 1928) or physicalist (during the 1930s) perspective. This is the logical reductionism that Carnap reinforces through logical syntax. For him, logical analysis is less concerned with the given than with the proposition, and in particular with the formal properties and purely logical relations between propositions within a system. Carnap attempts in this way to “liberalize” empiricism, both by rendering more flexible and open its claim to be scientific and, in conformity to his “Tolerance Principle”, in adding questions of conventions to the empirical grounding of scientific propositions. In attributing to philosophy, understood as “the logic of science”, the task of elaborating forms and methods adequate to the construction of the language of science, he thus moderates the Viennese critique of metaphysics.
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Modélisation de comportements de conducteurs réalistes pour l'estimation de l'efficacité énergétique durant le développement des véhicules poids-lourds / Realistic driver behavior modeling for energy efficiency estimation during heavy-trucks vehicles development

Agostino, Claire d' 27 November 2014 (has links)
Dans un contexte où la consommation de carburant est un poste de coût de plus en plus important, la consommation et la vitesse moyenne d'un poids-lourds est l'une des caractéristiques clés estimées durant le développement des nouveaux véhicules. Ainsi, nous désirons créer différents modèles de conducteurs en termes de consommation et de vitesse moyenne, c'est à dire en termes de conduite rationnelle. Nous proposons une méthode en deux étapes: premièrement la reconnaissance des évènements de conduite grâce à des attributs de conduite. Puis la quantification de trois types de conduite différents sur ces évènements. Suite à ces deux étapes, nous pouvons implémenter nos résultats dans un outil qui crée différents modèles de conducteurs pour la simulation et le banc à rouleaux. Les écarts entre conducteurs se mesurent en termes de consommation de carburant et de vitesse moyenne. Le taux de classification des évènements s'étend de 74% à 91% selon le type d'évènements. Ces résultats sont dus à la nature même des données et aux similarités entre les classes, mais nous estimons que ces taux sont suffisants pour notre application. Nous obtenons également des corrélations prometteuses entre les attributs de conduite sélectionnés et l'indicateur de conduite rationnelle. Nous avons notamment porté notre étude sur les évènements classiques: les ronds-points, les péages et les arrêts. Les résultats de l'outil que nous avons développé sont pertinents. Nous pouvons désormais simuler différents types de chauffeurs. Sur nos essais en simulation, l'adaptation de seulement 10% des évènements d'un cycle découle sur un gain en consommation de 1.5% et une vitesse moyenne 3% plus élevée pour un conducteur efficace. Ces résultats sont encourageants, surtout que le travail à venir visera à augmenter la diversité des évènements couverts. / Realistic driver behavior modeling for energy efficiency estimation during heavy-trucks vehicles development Abstract: In the context where fuel consumption is a growing cost center, fuel consumption of a truck coupled with its average speed is one of the key vehicle characteristics that needs to be optimized and accurately estimated during the truck design process. Consequently, we aim to create different driver behavior models for testing trucks regarding fuel consumption and average speed issues, i.e., rational driving. We propose a two-step method to model more accurately driving behavior: first, the identification of driving events through driving features. Second, the quantification of three different driving behaviors on the recognized driving events. Then we implement our results in a tool that creates these different driving behaviors. The output of this tool is a cycle adapted to a driver type in terms of fuel consumption and average speed, and that can be used in simulation and on chassis-dynamometer. The classification of driving events reaches classification rates between 74% and 91% depending on the events. We believe that they are sufficient for our application due to the raw nature of driving events and the similarities between the different classes. We also obtain promising results concerning the correlation between driving features and rational driving index. We focus especially on typical events, namely roundabout on extra-urban roads, toll on highways and stop on urban roads. The results of the developed tool prove to be efficient since we can now simulate different driving behaviors. On our test run in simulation, adapting only 10% of the events of a cycle produces fuel savings of 1.5% and an average speed which is 3% faster for an efficient driver than a non-efficient driver. These results are promising and we need to implement other events in the future.

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