Chaque année, un nombre considérable d’élèves récemment immigrés intègrent les écoles du Québec. Pour ces jeunes, les risques de faire face à des difficultés socioscolaires sont potentiellement élevés, en particulier chez ceux pour qui des facteurs tels que l’allophonie et la défavorisation s’additionnent. De nombreuses recherches soulignent la réussite de l’adaptation socioscolaire de plusieurs de ces élèves, mais il demeure que d’autres jeunes éprouvent des difficultés et il est capital de chercher à mieux comprendre comment les accompagner à travers ce processus. L’objectif général de cette recherche est de décrire le phénomène de la résilience scolaire chez des jeunes allophones du primaire récemment immigrés dans le but de savoir comment mieux soutenir leur intégration sociale ainsi que leur réussite scolaire. Le concept de la résilience a été employé comme cadre théorique afin de capter le caractère systémique de l’intégration socioscolaire de ces élèves immigrants qui, à leur arrivée, ne maîtrisent pas le français. Les résultats de l’analyse de nos données révèlent que les caractéristiques qui ont soutenu l’adaptation socioscolaire des jeunes que nous avons rencontrés appartiennent à quatre catégories : l’élève (motivation scolaire et importance accordée aux études en général, volonté d’apprentissage du français), son environnement familial (intérêt porté par les parents à l’éducation de l’enfant, discours positif du parent quant à l’éducation), son environnement extra-familial (lieux de culte et espaces d’épanouissement socioculturel pour le jeune, organismes communautaires, adultes significatifs qui peuvent soutenir la résilience du jeune) et son vécu scolaire (enseignants engagés, disponibles, qui inspirent confiance et qui sont outillés, climat psychosocial positif en classe et à l’école). / Every year a considerable number of recently immigrated students attend the schools of Quebec. For these students, the risk of facing socio-educational difficulties is potentially high, particularly for those who are allophones and living in deprivation. Several studies highlight success of socio-educational adaptation of numerous students, but it still remains that others have difficulties and it is capital to look into better understanding how to best support them through this journey. The general objective of this research is to describe the phenomenon of educational resilience in young allophones in elementary schools who have recently immigrated in order to know how to better foster and support their social integration and educational success. The concept of resilience was used as the theoretical framework in order to capture the systemic character of socio-educational integration of these immigrant students, who at their arrival do not master the French language. The results of the data analysis show that the characteristics that have supported the socio-educational adaptation of the students we have met with, can be organized in four categories: the student (educational motivation and the importance placed on education in general, the will to learn French), his/her family environment (parents’ interest in the child’s education, parents’ positive discourse in regards to education), his/her environment outside the family (places of worship and spaces for socio-cultural development, community organisations, significant adults who can support the child’s resilience) and his/her school experience (involved and available teachers, who inspire trust and are appropriately equipped, positive psychosocial climate in class and in school).

The recent performance of Cape Gate Sharon does not measure up to expectations. This is, to a significant extent, due to the fact that there is no effective measurement and follow-up of performance. The implementation of an effective KPI- based, performance evaluation system, within a balanced scorecard structure, should lead to material performance enhancement in Cape Gate Sharon. This, however, requires significant investment in both capital, as well as management involvement. As a pilot study, it is therefore beneficial to focus initially on the before-and-after-effects of the implementation of the KPI-based performance management within Cape Gate Sharon Wire Mills division. The primary objective of this research is to determine the effectiveness of Key Performance Indicators in the product factories of Cape Gate. The specific supportive objectives of this research are the following. • To determine if effective KPI’s are measured • To determine if the implementation of KPI’s have been done successfully • To determine what the effect of specific KPI measurement in Cape Gate is. The literature study identifies what performance measurement and management is, as well as an in-depth study into key performance indicators. A simple, logical and repeatable closed loop model within a framework is suggested for the implementation of a KPI system. For the purpose of this mini-dissertation, the research is carried out through a process of a document analysis and a data analysis. Available reports are used to determine the current performance measurement system, to determine if effective KPI’s were chosen and to determine if the implementation was done successfully. Descriptive statistics were then used to analyse actual production data in order to determine the effect that KPI’s have on production. The results of each supporting objective were used to determine the effectiveness of key performance indicators in the product factories of Cape Gate. It is concluded that an effective set of KPI’s were chosen for Cape Gate product factories, with the exception of absenteeism. The closed-loop model was implemented successfully and all the required steps were taken. The effect of KPI’s was apparent on production, utilisation and downtimes. There is insufficient evidence that an improvement was made on absenteeism and the scrap percentage. This can be contributed to infrequent and delayed measurement of the two KPI’s, and the fact that absenteeism is not part of level 2 of the KPI framework. / Thesis (M.B.A.)--North-West University, Vaal Triangle Campus, 2010.

The recent performance of Cape Gate Sharon does not measure up to expectations. This is, to a significant extent, due to the fact that there is no effective measurement and follow-up of performance. The implementation of an effective KPI- based, performance evaluation system, within a balanced scorecard structure, should lead to material performance enhancement in Cape Gate Sharon. This, however, requires significant investment in both capital, as well as management involvement. As a pilot study, it is therefore beneficial to focus initially on the before-and-after-effects of the implementation of the KPI-based performance management within Cape Gate Sharon Wire Mills division. The primary objective of this research is to determine the effectiveness of Key Performance Indicators in the product factories of Cape Gate. The specific supportive objectives of this research are the following. • To determine if effective KPI’s are measured • To determine if the implementation of KPI’s have been done successfully • To determine what the effect of specific KPI measurement in Cape Gate is. The literature study identifies what performance measurement and management is, as well as an in-depth study into key performance indicators. A simple, logical and repeatable closed loop model within a framework is suggested for the implementation of a KPI system. For the purpose of this mini-dissertation, the research is carried out through a process of a document analysis and a data analysis. Available reports are used to determine the current performance measurement system, to determine if effective KPI’s were chosen and to determine if the implementation was done successfully. Descriptive statistics were then used to analyse actual production data in order to determine the effect that KPI’s have on production. The results of each supporting objective were used to determine the effectiveness of key performance indicators in the product factories of Cape Gate. It is concluded that an effective set of KPI’s were chosen for Cape Gate product factories, with the exception of absenteeism. The closed-loop model was implemented successfully and all the required steps were taken. The effect of KPI’s was apparent on production, utilisation and downtimes. There is insufficient evidence that an improvement was made on absenteeism and the scrap percentage. This can be contributed to infrequent and delayed measurement of the two KPI’s, and the fact that absenteeism is not part of level 2 of the KPI framework. / Thesis (M.B.A.)--North-West University, Vaal Triangle Campus, 2010.

Cette thèse, dont l'objectif est de faire prévaloir l'importance de la macro-économétrie dans l'histoire de la macro-économie, s'articule autour de deux questions centrales : (1) Quelles ont été les forces et les objectif qui ont motivé le développement de la modélisation macro-économétrique et quelle est la nature des outils et des institutions que les macro-économistes ont construit pour observer, comprendre et contrôler l'économie d'après-guerre aux États-Unis , (2) Quels ont été les effets de la construction et de l'utilisation de tels outils dans la production du savoir macro-économique ? En considérant Lawrence R. Klein comme une figure centrale, je parcours la discipline économique des années 1940-1950 en me focalisant sur l'intersection entre l'histoire de la macro-économie et celle de l'économétrie, et ainsi, je propose une nouvelle vision de 'économie du vingtième siècle en tant que discipline "saisie par les outils", dans laquelle la théorie (économique et statistique), l'application, l'expertise et la politique s'incorporent dans un même outil scientifique : un model macro-économétrique. j'expose donc l'histoire de la macro-économie non pas comme le produit des questions idéologiques monolithiques ou purement théoriques, mais plutôt comme le produit des visions épistémologiques et de stratégies de modélisation divergentes qui remontent aux débats entre les approches empiriques de la macro-économie étatunienne et les méthodologies Walrasienne et Marshallienne. Ainsi, je soutiens la thèse que Klein a été le personnage principal dans la création d'une nouvelle manière de produire le savoir macro-économique qui, à travers la construction et l'utilisation d'outils complexes (modèles macro-économétriques) mis en place au sein d'une configuration institutionnelle spécifique (laboratoires économétriques), poursuivait des objectifs explicites de politique économique, et par laquelle les rôles bien définis des experts (équipes scientifiques) étaient intégrées à une nouvelle pratique scientifique : la modélisation macro-économique. / In this disseration, I place macroeconometric modeling at the center of the history of twentieth century macroeconomics, i. e. as e history of macroeconometrics, and ask two central questions : (1) What exactly were the objectives and the forces driving the development of macroeconometric modeling, and what kind of tools and institutions did macroeconomists build to observe, understand, and control the US postwar economy ? (2) What were the effects that the construction and use of these tools had on the production of macroeconomic knowledge ? Taking Lawrence R. Klein as a vehicle, I travel accross the economics discipline of the 1940s and 1950s, and study the intersection between the history of macroeconomics and the history of econometrics, providing a new understanding of twentieth century economics as a "tooled" discipline, in which theory (economy and statistical), application, expertise, and policy become embedded within one scientific tool : a macroeconometric model. Consequently, I present the history of macroeconomics not as the product of monolithic ideological and purely theoretical issues, but rather of divergent epistemological views and modeling strategies that go back to the debates between US-Walrasian and US-Marshallian approaches to empirical macroeconomics in which macroeconometric modeling from the heart of macroeconometrics. My thesis is that Klein what the most important figure in the creation of a new way to produce scientific knowledge that consisted in the construction and use of compex tools (macroeconometric models) within specific institutional configurations (econometric labotories) and for explicit policy and scientific objectives, in which well-defined roles of experts (scientific teams) were embodied within a new scientific practice (macroeconometric modeling).

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La période examinée dans la recherche est un des rares moments de la préhistoire italienne où les traces archéologiques permettent d’identifier l’arrivée de groupes allochtones concomitamment à la désagrégation d’un monde indigène de tradition ancienne. Les travaux concernant cette phase du Néolithique italien se réfèrent principalement aux observations de Bagolini (Bagolini et Biagi, 1987; Bagolini, 1998), reprises par plusieurs auteurs (par exemple Barfield et alii 2000), qui présentent un tableau très multiforme de l’Italie du nord, créé par l’interaction entre les peuples indigènes, relevant de la Culture des Vases à Bouche Carrée (« VBQ ») (chapitre 1), et ceux du Chasséen (Chapitre 2), venant de la France actuelle, en plus des apports des Alpes du nord, qui acquirent un poids croissant au fil du temps. La rencontre, qui s’effectua dans chaque région d’une façon et dans des temps différents entre le milieu du Ve et le milieu du IVe millénaire avant J.C., semble s’être produite par des voies côtières et transalpines en raison surtout des échanges de matières premières (pierres vertes, obsidienne, silex), mais aussi à cause de certaines compétences technologiques. Au même moment, dans le monde Chasséen dont la variabilité diachronique et spatiale est bien connue (Vaquer, 1990; Beeching, 1995, 2002; Sargiano et alii 2010), on a aussi identifié des spécificités régionales de plus en plus marquées, qui révèlent un modèle de diffusion complexe, et dont on doit tenir compte également pour comprendre les phénomènes italiens (chapitre 2). Donc, si le cadre de référence proposé par Bagolini dans les années ‘80 reste grosso modo acceptable, le développement du débat culturel, les découvertes récentes et l'étude des nouveaux sites réalisée dans ce travail de Thèse, devraient nous permettre d‘enrichir la documentation de référence et de préciser l’éventail des rapports entre la population indigène et les gens qui venait d’ailleurs. L’interprétation de ces nouvelles interactions peut donner la possibilité d’expliquer les grands changements culturels dans le Néolithique occidental dans la première moitié du IVe millénaire, produisant des expériences dans lesquelles on distingue aujourd’hui surtout des signes de discontinuité avec les traditions précédentes (Ferrari et alii 2002) (Chapitre 7-8). L’Emilie, à en juger depuis les données disponibles sur les sites du Néolithique récent et final (chapitre 4-7), représente un carrefour de tous les apports directs et indirects cités ci-dessus. La preuve en est la variabilité culturelle bien marquée que l’on constate entre les sites, même quand ils se trouvent géographiquement rapprochés. Cette variabilité est due soit à l’entrecroisement de traditions culturelles complexes, soit aux différences chronologiques, en considérations des très rapides changements qui caractérisent l’époque considérée (Bagolini, 1981). L’Emilie représente, donc, un territoire privilégié d’observation pour évaluer les modalités de rencontre entre les divers groupes humains qui ont interagi en Italie septentrionales pendant la période examinée. Les contextes de l’Emilie faisant objet de cette recherche sont les sites, inédit et publié, dans les provinces de Piacenza, Parme et Reggio Emilia, chronologiquement attribuables aux derniers siècles du cinquième millénaire et la première moitié du quatrième BC cal. En particulier Sant’Andrea di Travo (Chapitre 5), Le Mose (chapitre 4) et Vignola (chapitre 7) dans le département de Plaisance, Botteghino (Chapitre 6) e Vighi (chapitre 7) à Parma et S.Ilario d'Enza (chapitre 7) dans la province de Reggio Emilia. L'étude s'est concentrée sur l'analyse des industries céramiques, à la fois d'un point de vue typologique et technologique (chapitre 3) afin d'essayer de mieux définir la chronologie des différents sites. ... / The period under review is one of the few moments of Italian prehistory in which the archaeological record permits determination of the arrival of foreign-born groups in conjunction with the disintegration of an indigenous world of ancient tradition. Studies related to this phase of the Neolithic mainly refer to the observations of Bagolini (Bagolini and Biagi 1987; Bagolini 1998) taken from various other authors (Barfield et al 2000), which outline a framework for northern Italy multifaceted , created by the interaction between the people of the local culture of Square Mouth Pottery and people of culture Chassey from France, as well as by contributions from the North Alpine acquiring increasing importance over time (Chapter 1). The meeting, which took place from area to area at different times and different ways between half V millennium and half IV millennium BC, seems to have produced along the coastal and transalpine paths especially related to the exchange of raw materials (green stones, obsidian, flint), but also of technological expertise.In reading these new interactions, therefore, is the ability to explain the crisis in the world of Western culture in the first half of the fourth millennium, whose disintegration develop experiences in which today stand out above all the traits of discontinuity with the earlier traditions (various Authors in Ferrari et al 2002a).The Emilia is a crossroads of all the direct and indirect contributions to the circles mentioned above. This is demonstrated by the marked variability observed in cultural sites are also close, attributed mainly to differences in chronological (Bagolini 1981), but also resulting complex interweaving of cultural routes.This region is therefore an area for privileged observation to assess how to meet, including conflict, interaction and assimilation between different human groups that have settled or still have covered the territory in the period under review. If the reference framework outlined by Bagolini in the 80s remains roughly shared, the development of the cultural debate, the recent discoveries in the study of the sites proposed by Emilian this PhD work will allow further information and updatesThe contexts Emilia object of this work are those published and unpublished due to the last centuries of the fifth millennium BC and the early fourth cal. In detail it is the site of S. Andrea in Travo (Chapter 5) and Le Mose in Piacenza (Chapter 4), Vignola Fiorenzuola (chapter 7), Box Office (Chapter 6) and Vighi and Parma (Chapter 7), S.ILARIO d'Enza (Reggio Emilia) (Chapter 7).The study focused on the analysis of the ceramic industry, from the point of view of both technological and typological (Chapter 3), in order to better define the internal chronology of the different sites.From this analysis were in fact identified a number of representative types, for which it has been proposed a relative chronology useful in order to reconstruct a chronological framework to realize the variability observed in Emilia at the turn of the fifth millennium BC.In this reading, the sites of Travo and Le Mose proved to be the most useful in the construction of this trial-type first of all because it is multi-staged sites. The study of the stratigraphy of Travo and Le Mose of the different settlement phases from the VBQ I to Late Neolithic, in fact, has provided important data for the evaluation of the different diachronic cultural indicators / Il periodo in esame è uno dei pochi momenti della preistoria italiana in cui il record archeologico consenta di individuare l’arrivo di gruppi alloctoni in concomitanza con la disgregazione di un mondo indigeno di antica tradizione. I lavori relativi a questa fase del Neolitico fanno principalmente riferimento alle osservazioni di Bagolini (Bagolini e Biagi 1987; Bagolini 1998) riprese da vari altri autori (ad es. Barfield et alii 2000), che delineano per l’Italia settentrionale un quadro molto sfaccettato, creato dall’interazione tra la gente della locale Cultura dei Vasi a Bocca Quadrata e genti di cultura Chassey provenienti dall’attuale Francia, oltre che dagli apporti nord alpini che acquisiscono peso crescente nel tempo (Capitolo 1). L’incontro, verificatosi di zona in zona in tempi e modi diversi tra metà V e metà IV millennio a.C., sembra essersi prodotto lungo le vie costiere e transalpine legate soprattutto allo scambio di materie prime (pietre verdi, ossidiana, selce), ma anche di competenze tecnologiche.Nella lettura di queste nuove interazioni, quindi, sta la possibilità di spiegare la crisi del mondo di cultura occidentale nella prima metà del IV millennio, dalla cui disgregazione si sviluppano esperienze in cui oggi si distinguono soprattutto i tratti di discontinuità con le tradizioni precedenti (vari Autori in Ferrari et alii 2002a). L’Emilia, rappresenta un crocevia di tutti gli apporti diretti e indiretti dagli ambienti citati sopra. Lo dimostra la marcata variabilità culturale riscontrata in siti anche vicini, attribuita principalmente a differenze cronologiche (Bagolini 1981), ma anche derivante dall’intreccio di percorsi culturali complessi. Questa regione rappresenta quindi un’areale privilegiato di osservazione per valutare le modalità di incontro, tra conflittualità, interazione ed assimilazione, tra i diversi gruppi umani che si sono stanziati o hanno comunque interessato il territorio nel periodo in esame.Se il quadro di riferimento delineato da Bagolini negli anni ‘80 rimane a grandi linee condivisibile, lo sviluppo del dibattito culturale, i rinvenimenti recenti e lo studio dei siti emiliani proposto da questo lavoro di dottorato ne permettono approfondimenti ed aggiornamenti. Ad esempio, nello stesso mondo Chassey, di cui era già nota la variabilità diacronica e spaziale (Vaquer 1990, 2002; Beeching 1995, 2002), sono oggi individuate specifiche regionali sempre più marcate, che rivelano una matrice di diffusione nei territori italiani sempre più frazionata (Capitolo 2). I contesti emiliani oggetto di questo lavoro sono quelli inediti ed editi riconducibili agli ultimi secoli del V millennio ed ai primi del IV BC cal. In dettaglio si tratta del sito di S:Andrea a Travo (capitolo 5) e Le Mose a Piacenza (capitolo 4), Vignola a Fiorenzuola (capitolo 7), Botteghino (capitolo 6) e Vighi e Parma (capitolo7), S.ILario d'Enza (Reggio Emilia) (capitolo 7). Lo studio si è concentrato sulla'analisi dell'industria ceramica, da un punto di vista sia tecnologico che tipologico (capitolo 3), al fine di poter meglio definire la cronologia interna dei diversi siti. A partire da quest'analisi sono stati infatti identificati un certo numero di tipi rappresentativi, per i quali è stata proposta una cronolgia relativa utile per poi ricostruire un quadro cronologico che rendesse conto della variabilità riscontrata nell'areale emiliano nel periodo a cavallo del V millennio. In questa chiave di lettura, i siti di Travo e Le Mose si sono rivelati quelli più utili nella costruzione di questa crono-tipologia inanzitutto poichè si tratta di siti plurifase. Lo studio della stratigrafia verticale a Travo ed orizzontale a Le Mose delle diverse fasi insediative dal vbq I al Neolitico finale, ha fornito infatti dati importanti per la valutazione diacronica dei diversi indicatori culturali.

Le greffon de sang placentaire permet d’accéder aux indications de l’allogreffe de cellules souches hématopoïétiques (CSH) en l’absence de disponibilité d’un donneur non apparenté compatible. De part ses propriétés intrinsèques, cette source n’expose pas à un risque plus élevée de réaction de greffon contre l’hôte (GVH) au regard des incompatibilités qu’elle autorise ni à un taux plus élevé de rechutes. En revanche, elle comporte un risque supérieur de non prise de greffe et une reconstitution immunologique post‐greffe retardée responsable d’une morbidité et d’une mortalité liées aux infections. L ‘expansion homéostatique périphérique des lymphocytes T du sang placentaire est un facteur déterminant de l’évolution bénéfique ou défavorable de l’allogreffe de CSH de sang placentaire. Dans les premières semaines post‐greffe, la prolifération homéostatique des cellules T joue un rôle critique par son implication dans l’immunité anti‐tumorale et antiinfectieuse. Cette dualité qui a été le fil conducteur de ce travail de thèse est délicate à maitriser car elle concerne des cellules T dont les propriétés sont tout à fait singulières. Il s’agit de cellules T naïves pour la plupart fraichement émigrées du thymus, leur nombre est limité et elles contiennent un contingent non négligeable des cellules T régulatrices.Dans ce contexte, l’impact d’une lymphodéplétion profonde engendrée par l’utilisation du sérum anti‐lymphocytaire (SAL) est encore largement méconnu et tout particulièrement dans le cadre de l’allogreffe de sang placentaire.La première partie de nos travaux comprend deux études rétrospectives évaluant l’impact du sérum anti‐lymphocytaire dans les greffes de sang placentaires après conditionnement myéloablatif et après conditionnement atténué. Les résultats de ces deux études concordent : le SAL est responsable d’une lymphodéplétion profonde chez le receveur qui diminue le taux de GVH aiguë de grade II à IV sans améliorer notablement la prise de greffe. En revanche, il est associé à une altération de la survie globale en aggravant sévèrement la 6 mortalité liée à la procédure. Dans ces deux études, nous avons retrouvé une augmentation du taux de complications infectieuses chez les receveurs qui ont bénéficié d’un conditionnement avec SAL. Au travers des données recueillies, nous avons également observé que les cellules immunocompétentes présentes dans le sang placentaire sont souvent très altérées : en moyenne, seulement 40% d’entre elles sont viables et vont donc pouvoir participer activement à la reconstitution immunitaire post‐greffe.La constatation de cette fragilité des cellules T de sang de cordon nous a conduit à son évaluation in vitro. L’analyse de la viabilité des lymphocytes T démontre qu’elle est globalement médiocre mais variable en fonction des cordons au cours des tous premiers jours de culture sans que les conditions de recueil ou de stockage ne puissent être incriminées. Cette viabilité peut être améliorée par l’exposition quotidienne des cellules T à de faible dose (100 pg/mL) d’interleukine‐7 (IL‐7) sans potentialiser la réponse allogénique. Le risque in vivo d’augmenter significativement l’alloréactivité en utilisant l’IL‐7 avec des greffons non‐manipulés ne peut être occulté. Toutefois, les résultats obtenus in vitro lors de la stimulation allogénique des cellules T de sang de cordon en présence d’IL‐7 montre qu’à faibles doses, celle‐ci améliore préférentiellement la viabilité des lymphocytes quiescents, non engagés dans la réponse alloréactive.L’ensemble de ces résultats souligne l’intérêt d’une connaissance précise non seulement de la quantité mais aussi de la qualité des cellules T de sang de cordon infusées lors de l’allogreffe. Les thérapeutiques actuelles et à venir bloquant leur réactivité ou au contraire potentialisant leur viabilité doivent intégrer cette donnée pour mieux maitriser leur action potentielle et l’adapter au cas par cas. / The placental blood graft provides access to indications for hematopoietic stem cell transplantation (CSH) in the absence of availability of a compatible unrelated donor.

L’objectif est de distinguer les îlots boisés relictuels des néoformés dans une matrice agricole, de les recenser avant de les caractériser et d’évaluer leur biodiversité et pour finir d’en tirer un modèle. La méthode associe le recours aux archives et aux photographies aériennes à l’enquête de terrain (1996-2007). L’approche cartographique s’est faite par analyse régressive (2004-1620). Le seuil temporel permet de reconnaître 152 îlots (<50ha) dont l’existence est attestée avant 1620. L’analyse régressive s’appuie sur le réseau viaire, élément fixe et structurant du paysage, pour cartographier les petits bois.On constate une forte relation entre la localisation des îlots relictuels, les tracés antiques et les chemins médiévaux. La caractérisation et l’évaluation de la biodiversité des relictuels s’effectuent selon une démarche spatio-temporelle pluriscalaire, et à partir d’une comparaison avec les îlots néoformés. L’analyse à partir de la canopée informe sur la texture de la couverture boisée et la dynamique du manteau forestier, sur les coupes, les lisières et le réseau viaire intraforestier. L’analyse de la structure interne porte sur la diversité taxinomique et la diversité écologique des espèces végétales et des espèces aviaires indicatrices. Ces analyses font apparaître la spécificité des relictuels, dont est proposé un modèle. Il s’agit soit de fragments de forêts anciennes, soit en plus grand nombre de formations boisées secondaires mais anciennes, gallo-romaines, mérovingiennes ou médiévales. / The purpose is to distinguish the relictual forest islands from the recent ones in an agricultural matrix; to inventory and characterize them and to assess their biodiversity, and eventually to develop a model. The method combines the resort to archives and aerial photographs with field studies (1996-2007). The mapping approach has been based on regression analysis (2004-1620). The time threshold has made it possible to identify 152 woodlots (<50ha) which presence was attested before 1620. The regression analysis to map the wood patches has been based on the path network, which is a fixed and structuring element of the landscape. There is a strong relation between the location of the relictual forest islands, the antique tracks and the medieval paths. The characterization and assessment of the relictual forest islands biodiversity have been carried out following a time and space pluri-scalar approach and from a comparison with recent forest islands. The analysis was based on the shapeless canopy, the texture and dynamics of the forest cover, the cuttings, the edges and the internal forest path network. The analysis of the internal structure focuses on the taxonomic diversity and the ecological diversity of the plant species and the indicator bird species. These analyses have stressed the specificity of the relictual forest islands, a model of which has been developed. They are either fragment of ancient forests, or, in most cases, secondary but old forest forms from the Gallo-Roman, Merovingian or medieval time.

Vaincre efficacement l’infection par le VIH nécessite non seulement de raffiner davantage les traitements antirétroviraux, mais aussi de déployer des moyens de prévention à large échelle afin de stopper la propagation de la maladie. Il s’agit en effet de pouvoir développer un vaccin préventif ou thérapeutique à large spectre. L’atteindre de cet objectif requiert une meilleure compréhension des événements précoces médiés par les glycoprotéines d'enveloppe des virus transmis/fondateurs du VIH développés durant la primo-infection. Pendant que les efforts de la communauté scientifique se concentrent à trouver ce vaccin, il est également nécessaire de limiter le taux des nouvelles infections dans la population. Les résultats de nos travaux présentés dans cette thèse s’inscrivent dans cette optique de prévention des infections à VIH par l’étude de la dynamique de transmission de la maladie. Le premier volet de nos travaux dont les résultats sont consignés dans ce document et publiés dans le journal « PLOS ONE » (Chapitre III. Article 1) porte le titre : « Identification des nouvelles infections par le VIH-1 en utilisant des mesures de la diversité génétique des séquences de l’enveloppe ». L’objectif de cette étude était d’évaluer et de déterminer quelle méthode moléculaire parmi les mesures de diversité génétique de la séquence de l'enveloppe est capable de définir l’infection par le VIH-1 temporellement (récente versus chronique). Quatre mesures de diversité génétique des séquences virales de courts segments de l’enveloppe du VIH-1 ont été évaluées pour définir l’infection par le VIH-1 temporellement à savoir: le pourcentage de complexité, le pourcentage de diversité, le nombre d’haplotypes et l’entropie de Shannon. Nous avons identifié l'entropie de Shannon comme l'une des meilleures de ces quatre mesures de diversité qui associée à trois courts segments (≤100 paires de bases) de la séquence de l'enveloppe du VIH-1 est capable de prédire efficacement la période récente de l’infection par le VIH-1. L’indice de performance de l’entropie de Shannon (Aire sous la courbe (AUC) des trois segments de l’enveloppe du VIH-1 que sont : (1) région constante C2 segment 1 (C2_1), (2) région constante C2 segment 3 (C2_3) et (3) boucle V3 de la gp120 est respectivement de 0.806, 0.805 et 0.812. La capacité de différencier une infection récente d'une infection ancienne est importante en santé publique. En effet, les personnes nouvellement infectées sont les plus infectieuses et capables de propager rapidement la maladie dans la population. Puisque ces personnes ignorent leur statut sérologique, elles peuvent avoir plus de comportements à risque alors qu’elles ont une charge virale sanguine élevée d’un virus avec une capacité réplicative assez importante (fitness). Pouvoir identifier le plus tôt possible ces individus permettrait de limiter et de prévenir les nouvelles transmissions. Le deuxième volet de nos travaux consignés dans cette thèse (Chapitre III, Article 2) a été publié dans le journal « AIDS Research and Human Retroviruses » avec pour titre : « Analyses phylogénétiques des séquences du gène de l’enveloppe du VIH-1 pour l’évaluation et la construction à court terme des réseaux naissants de la transmission de l’infection par le VIH-1 ». Cette étude a consisté à identifier les liens phylogénétiques ou clusters qui existent entre les séquences virales de l’enveloppe du VIH-1 de patients nouvellement diagnostiqués au Québec. La formation de clusters entre les séquences virales de plusieurs individus pourrait refléter l'appartenance de ces personnes à un même réseau ou chaine de transmission. Ces personnes pourraient aussi partager des caractéristiques ou facteurs de risques communs au groupe. Les résultats de cette étude ont permis d’identifier 15 chaines ou réseaux de transmission mineurs (2-5 individus par réseau) de l’infection par le VIH-1 entre ces individus. Nous avons également évalué et comparé la capacité d’un fragment d’une séquence nucléotidique plus large de l’enveloppe du VIH-1 à celui de la boucle V3 beaucoup plus courte à pouvoir prédire et identifier de façon indépendante les individus qui pourraient être inclus dans un réseau ou grappe de transmission. Les résultats de nos analyses ont démontré une concordance modérée en se basant sur le coefficient kappa (k=0.59) entre les deux fragments de l'enveloppe virale utilisés. L’utilisation des séquences de la boucle V3 a en effet permis de confirmer 66.70% (10/15) des clusters identifiés avec un fragment plus long de la séquence de l’enveloppe du VIH-1. Le nombre de personnes infectées ayant accès aux tests de génotypage qui utilisent les séquences de la V3 pour déterminer le tropisme viral en pratique clinique courante est limité à l’échelle mondiale. Cependant, les séquences de l’enveloppe virale et particulièrement celles de la boucle V3 pourraient facilement être intégrées dans un programme de santé publique là où elles sont disponibles en complément de celles du gène pol (disponibles dans les laboratoires cliniques dans le cadre des tests de résistance aux traitements antirétroviraux) pour l’identification et la surveillance des réseaux de transmission du VIH-1 dans la population. Nous avons inclus les caractéristiques des sujets (données sociodémographiques, cliniques et facteurs de risque) dans un modèle d’analyse de régression logistique avec comme variable réponse (outcome) la formation de clusters de transmission. Les résultats de l'analyse démontrent que dans la population étudiée, l'âge moyen (<38.8 versus ≥38.8 ans) et le sous-type viral (sous type B versus non-B) sont deux facteurs significativement associés à la formation des clusters ou réseaux. L’identification des chaines de transmission du VIH-1 dans un échantillon de la population infectée par le VIH-1 au Québec et les facteurs de risques communs à ces personnes devraient permettre de mieux implanter les stratégies de prévention dans les groupes cibles. Les résultats de la troisième et dernière partie de nos travaux présentée dans cette thèse (Chapitre III, Article 3) ont été publiés dans le Journal « VIRUSES » sous le titre : « Identification de signatures génétiques au niveau de la glycoprotéine de l’enveloppe du VIH-1 associées aux virus transmis/fondateurs et récents de sous-types B ». Cette étude a consisté à identifier des signatures génétiques au niveau des séquences virales de l’enveloppe des premiers variants du VIH-1 appelés virus transmis/fondateurs ou « Transmitted/Founder viruses ». Ces variants constituent ceux qui sont capables d’établir une infection productive au moment de l'infection. Ils sont en effet sélectionnés parmi une multitude de quasi-espèces virales exposées au cours de la transmission du virus. Ils détiennent ainsi toutes les propriétés phénotypiques et ou fonctionnelles nécessaires à l’établissement de l’infection. L’identification de signatures génétiques observées précocement au niveau de la glycoprotéine de l’enveloppe du VIH-1 au cours de l’infection pourrait informer la conception de nouveaux inhibiteurs d’entrée immunologiques ou chimiques, mais aussi servir de repère pour le design d’un vaccin anti-VIH-1. Nos travaux ont permis d’identifier quelques signatures génétiques, mais une consistant en une mutation/substitution de l'Arginine (R) par une Isoleucine (I) associée au virus TF semble être particulièrement prononcée. Cette mutation est localisée à la position 841 (R841I) spécifiquement dans le domaine cytoplasmique de la GP41 notamment dans le segment 1 des peptides lytiques de lentivirus (LLP-1). L’isoleucine est sélectionnée (I) à plus de 33% par les virus TF comparativement aux virus d’infections chroniques (9%) et la différence est statistiquement significative, OR=0.2, 95% IC [0.09, 0.44], P= 0.00001. Le domaine cytoplasmique de la GP41 et spécifiquement le LLP-1 est fortement impliqué dans la réplication virale en intervenant dans le trafic intracellulaire et l’incorporation des glycoprotéines de l'enveloppe dans les virions. Une mutation dans ce domaine pourrait être un mécanisme moléculaire (polymorphisme) nécessaire à l’établissement de la transmission et d’échappement à la réponse immunitaire. / Overcoming HIV infection effectively requires further refinement of antiretroviral therapy as well as intensifying prevention strategies to stop the spread of the disease. It involves the capacity to develop a preventive or therapeutic broad-spectrum vaccine. Reaching this goal requires a better understanding of the acute and early events mediated by HIV founder viruses’ envelope glycoproteins during primary infection. While efforts of the scientific community are focused on finding a preventive vaccine, it is also necessary to limit the rate of new infections in the population. This thesis contributes to the efforts focusing on HIV prevention by studying the transmission dynamics of disease transmission and progression. The first part of my work is detailed in Chapter III and presented in a manuscript published in the journal “PLOS ONE” bears the title: « HIV-1 envelope sequence-based measures for identifying recent infections » (Article 1). The objective of this study was to evaluate and determine which molecular method, among envelope genetic diversity measures, can qualify the current status of HIV-1 infection. Four genetic diversity measures of short segments of HIV-1 envelope sequences were evaluated for their efficacy to characterize infection recency. They included i) the percent complexity, ii) the percent of diversity, iii) the number of haplotypes and iv), the Shannon entropy. We have identified Shannon entropy as the best diversity measure which can effectively predict the recency of HIV-1 infection when associated to three short segments (less than 100 base pairs) of the HIV-1 envelope gp120 C2 segments 1 and 3 and the V3 loop as envelopes sequenced based diversity measure (s) and segments. The performance index of Shannon entropy for these 3 segments: gp120 C2 segment 1; C2 segment 3; V3 loop was 0,806, 0, 0805, and 0,812 respectively. It could serve as a molecular biomarker for identifying new infections in newly diagnosed HIV-1-positive patients. The ability to differentiate recent infections from established (chronic) infections is important for public health. In fact, newly infected people are the most infectious and able to spread the disease quickly in the population. Since these people are usually unaware of their HIV status, they may engage in risky behaviours. This population generally has a high viral load with a relatively high-replicating capacity (fitness) that accelerates HIV-1 forward transmission. Being able to identify these individuals as soon as possible could limit and prevent new transmissions. Our work demonstrated that Shannon entropy measuring of these nucleic sequences can identify new infections. The second part of my work is reported in Chapter III and published in the journal « AIDS Research and Human Retroviruses » entitled: « A short-term assessment of HIV-1 transmission dynamics among newly diagnosed individuals using envelope sequence-based phylogenetic clustering » (Article 2). This study consists of identifying the phylogenetic links or clusters that exist between the viral sequences of the HIV-1 envelope of newly diagnosed patients in Québec. The formation of clusters between the viral sequences of several individuals could reflect the relationship of transmitted viruses between individuals who might share characteristics or commons risk factors. The results of this study identified 15 minor transmission clusters (2-5 individuals per cluster) between study participants. We also assessed and compared the ability of a fragment of a larger nucleotide sequence of the HIV-1 envelope to that of the much shorter V3 loop to independently predict and identify individuals that might be included in a transmission cluster. They demonstrated a moderate agreement based on the kappa coefficient (k= 0.59) between the two fragments of the viral envelope used. The use of the V3 loop sequences indeed confirmed 66.70% (10/15) of the identified clusters with a longer fragment of the HIV-1 envelope sequence. The number of infected individuals accessing genotyping tests that use V3 sequence to determine viral tropism in routine clinical practice is globally limited. However, the sequences of the viral envelope and particularly those of the V3 loop could easily be integrated into a public health program where they could be available in addition to those of the pol genes (available in clinical laboratories for antiretroviral resistance testing). We also included the characteristics of the subjects (sociodemographic, clinical and risk factors) in a logistic regression analysis model with cluster formation as an outcome). The results of the analysis demonstrate that in the study population, the average age (<38.8 versus>38.8 years) and the viral subtype (subtype B versus non-B) are two factors significantly associated with HIV transmission clustering among participants. Underlying HIV-1 transmission chains among HIV-1+ individuals in Québec and identifying the common risk factors should help the efforts to implement better prevention strategies in the target groups. The results of the third and last part of this work reported in this thesis (Chapter III, Article 3), were published in « VIRUSES » journal entitled: « HIV-1 Envelope Glycoprotein Amino Acids Signatures Associated with Clade B Transmitted/Founder and Recent Viruses ». It consists in identifying genetic signatures in the viral envelope sequences of the first HIV-1 variants called Transmitted/Founder (TF) viruses selected during the acute stage of infection. These variants can establish a productive infection at the time of infection in the new host. They are indeed selected among a multitude of viral quasi-species exposed during virus transmission. They may possess molecular and phenotypic properties that may govern their functions of the successful establishment of infection. Identifying such early HIV-1 genetic signatures may inform the design of novel immunologic or chemical inhibitors and serve as a benchmark for designing an effective HIV-1 vaccine. This study identified a few genetic signatures among HIV-1 TF viruses’ envelope amino acid sequences. One of these signatures consisting of a mutation/substitution of an arginine (R) by an isoleucine (I) associated with TF virus seems to be particularly important. This mutation is located at position 841 (R841I) specifically in the cytoplasmic domain of gp41 in segment 1 of lentivirus lytic peptides (LLP-1). The isoleucine is selected at more than 33% by TF viruses compared to chronic infection viruses (9%). The difference of selected amino acid between the two types of infectious viruses is statistically significant, OR = 0.2, 95% CI [0.09, 0.44], p = 0.00001. The cytoplasmic domain of GP41 and specifically the LLP-1 is strongly implicated in viral replication by mediating intracellular trafficking and the envelope incorporation into virions. A mutation in this area may suggest a molecular mechanism (polymorphism) contributing to HIV-1 transmission and/or viral escape from immune response.

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