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Contribution à l'amélioration de la quantification des acides nucléiques par qPCR et RT-qPCR / Contribution to Improving of the Quantification of Nucleic Acids using qPCR and RT-qPCR

Pugnière, Pascal 11 October 2012 (has links)
La qPCR est actuellement la technique de référence en matière de quantification d'ADN. Elle peut être définie comme une amplification exponentielle, cyclique et ciblée de la séquence d'ADN cible. Le caractère exponentiel de la qPCR est à la fois à l'origine de la sensibilité de la méthode mais aussi d'une potentielle variabilité inter-échantillons. Cette variabilité est compensée par le caractère cyclique de la méthode qui entraine une synchronisation de la réaction pour tous les échantillons à chaque cycle. L'amplification ciblée de la séquence choisie traduit quand à elle la spécificité de la méthode. Néanmoins, cette dernière propriété de la PCR reste la moins vérifiée. La spécificité de la qPCR est indiscutable lorsque la cible à détecter se trouve en quantité suffisante (>100 copies environ). En revanche, pour des quantités plus faibles ou en présence d'inhibiteurs, la spécificité diminue ou disparaît (limites de détection et de quantification). Cette perte de spécificité retentit de façon significative sur la précision et la reproductibilité du dosage à réaliser. Cependant, si l'hybridation non spécifique est inéluctable dans ces conditions, l'amplification non spécifique consécutive peut être limitée, voire supprimée au moyen d'amorces de PCR soit plus spécifiques, soit moins susceptibles de générer des différences inter-échantillons. La RT-qPCR, grâce à une étape initiale de transcription inverse (conversion d'un ARN en un ADN complémentaire) permet la quantification des ARN. Cependant, la transcription inverse reste moins reproductible que la PCR, générant des différences inter-échantillons délétères en diagnostic comme en recherche. Au cours de ces travaux, je propose des méthodes originales améliorant de façon significative différentes étapes de ces techniques. Premièrement, je propose une amélioration de la standardisation de l'étape de transcription inverse capable de diminuer de façon significative la variabilité inter-échantillons ; l'utilisation d'un volume constant d'extrait d'ARN pour chaque échantillon améliore considérablement la précision de la quantification d'ARN messagers. Deuxièmement, je propose une modification des amorces par incorporation de résidus d'acides nucléiques bloqués (LNA) ; cette modification permet d'augmenter la spécificité des amorces aux limites de la détection. Enfin, je propose une méthode simple et économique permettant la mesure directe de la température de fusion (Tm) dans les conditions réelles de la PCR. Ce paramètre, considéré comme capital pour la réalisation des dosages par qPCR, est généralement obtenu par des méthodes prédictives peu précises. De plus, cette méthode doit permettre de déterminer précisément les paramètres thermodynamiques des amorces (∆G, ∆H et ∆S) et ainsi avoir accès d'une part au pourcentage réel d'amorces hybridées en fonction de la température et d'autre part d'identifier la susceptibilité des amorces aux inhibiteurs. / QPCR is currently the gold standard for DNA quantification of DNA. It can be defined as an exponential, cyclic and targeted amplification of a known DNA sequence. The exponential character of qPCR is both the cause of the sensitivity of the method but also a potential variability between samples. This variability is offset by the cyclical nature of the method that causes a synchronization of the reaction for all samples in each cycle. The targeted amplification of the selected sequence translates the specificity of the method. Nevertheless, this last property of PCR remains the least tested. The specificity of qPCR is unquestionable when the target to detect is sufficient (> 100 copies). However, for smaller quantities or in the presence of inhibitors, the specificity decreases or disappears (limits of detection and quantification). This loss of specificity will have a significant effect upon the accuracy and reproducibility of the assay to be performed. However, if non-specific hybridizations are unavoidable in these conditions, consecutive nonspecific amplification may be limited or eliminated using more specific PCR primers or less likely to produce inter-sample differences. RT-qPCR allows RNA quantification because of an initial step of reverse transcription (conversion of an RNA into a complementary DNA). However, reverse transcription is less reproducible than PCR, generating harmful inter-sample differences both in diagnosis and in the research field. In this work, I propose innovative methods improving significantly different steps of these techniques. First, I propose an improved standardization of the reverse transcription step that can significantly reduce the variability between samples; using a constant volume of RNA extract for each sample substantially improves mRNA quantification accuracy. Second, I propose a primers modification by incorporating Locked Nucleic Acid residues (LNA); this modification increases the specificity of the primers to the limits of detection. Finally, I propose a simple and economical method for direct measurement of the melting temperature (Tm) in real PCR conditions. This essential parameter in the achievement of qPCR assays is generally obtained by predictive methods with low accuracy. Furthermore, this method should determine the thermodynamic parameters of the oligonucleotide sequence (∆G, ∆H and ∆S), on the one hand allowing access to the actual percentage of annealed primers according to the temperature and on the other hand, to identify the primers susceptibility in the presence of inhibitors.
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Statut en sélénium et en vitamine E des chevaux du Québec

David-Dandurand, Erika 08 1900 (has links)
Soils in many regions in North America, including Quebec, are selenium (Se) deficient. To date, no field study has been conducted in Quebec regarding the Se status of horses. The objectives of this study were (1) to measure plasma Se in horses from different geographical locations in the province of Quebec and (2) to survey the Se consumption of the sampled horses. Four samplings were done on 59 horses over a 1-year period. Plasma was analyzed for Se, vitamin E and GSH-Px. Hay, concentrate and water were also analyzed for Se. Horses were classified in four groups for statistical analysis according to their forage:concentrate consumption respectively: group 1- 100% : 0%; group 2- 75-99% : 1-24%; group 3- 51-74% : 25-49%; group 4- < 50% : ≥ 50%. Owners were asked questions from a survey questionnaire at each visit. Results demonstrate that plasma Se varies according to BCS (P = 0.031) (n = 224 measures, 1 measure/horse/season), the season (P = 0.015) and the feeding group (P< 0.001). Plasma vitamin E was affected by the sex (P = 0.047) (mares: n = 37, geldings: n = 18, stallions: n = 4), the exercise level (P< 0.001) and the season (P< 0.001). GSH-Px activity was influenced by the type of feeding only (P = 0.002). When comparing plasma Se, vitamin E and GSH-Px results along with the answers of the survey questionnaire, it is possible to conclude that feeding practices of horse owners in Quebec are not appropriate to meet the Se requirements of horses. / Les sols de plusieurs régions en Amérique du Nord, incluant le Québec, sont déficients en sélénium (Se). À ce jour, aucune étude sur le terrain n’a été menée au Québec en ce qui concerne le statut en Se des chevaux. Les objectifs de cette étude étaient (1) de mesurer le Se sanguin chez des chevaux de différentes régions du Québec et (2) de recenser la consommation de Se des chevaux échantillonnés. Quatre échantillonnages ont été réalisés sur 59 chevaux durant une période d’un an. Le plasma a été analysé pour les éléments suivants : le Se, la vitamine E (interagit avec le Se en tant qu’antioxydant) et la glutathion peroxydase (GSH-Px). Le foin, les concentrés et l’eau consommés pas les chevaux ont aussi été analysés pour le Se. Les chevaux étaient classés en quatre groupes en raison de leur consommation de fourrages:concentré respectivement : groupe 1 - 100% : 0%; groupe 2- 75-99% : 1-24%; groupe 3- 51-74% : 25-49%; groupe 4- < 50% : ≥ 50%. Les propriétaires ont été sondés à chaque visite en utilisant un questionnaire validé. Les résultats démontrent que le niveau de Se plasmatique varie en fonction de l’état de chair (P = 0.031) (n = 224 mesures, 1 mesure/cheval/saison), de la saison (P = 0.015) et du groupe alimentaire (P< 0.001). La vitamine E plasmatique était influencée par le sexe (P = 0.047) (juments : n = 73, hongres : n = 18, étalons : n = 4), le niveau d’exercice (P< 0.001), et par la saison (P< 0.001). L’activité de la GSH-Px variait en fonction du groupe alimentaire (P = 0.002). À partir des résultats sanguins et des réponses au questionnaire, il est possible de conclure que les pratiques alimentaires des propriétaires de chevaux du Québec ne sont pas appropriées afin de répondre aux besoins en Se des chevaux.
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Savoirs et soin. L'interaction patient-médecin dans le cadre du traitement du cancer de la prostate. / On care and knowledge. Doctor-patient interaction in prostate cancer therapy

Cléau, Hélène 17 February 2012 (has links)
Les traitements du cancer de la prostate permettent d’analyser les savoirs tels qu’ils sont élaborés actuellement en cancérologie. Les propositions de traitement découlent des savoirs scientifiques. La participation du patient au choix du soin s’en trouve questionnée. Le patient est une figure socialement construite et médicalement produite qui n’a de sens qu’au regard du rôle professionnel du médecin. La relation entre ces deux acteurs s’inscrit dans une structure de soin. Cette situation sociale est instituée autour de la nécessité du soin, entendue comme réponse à la souffrance de l’autre. Notre analyse montre les tensions qui traversent le groupe professionnel des médecins sur la question des recommandations thérapeutiques. Les questions de légitimité et d’expertise permettent de mettre à jour la concurrence entre les urologues et les oncologues-radiothérapeutes. Cette concurrence se joue à travers les traitements proposés. Les savoirs mobilisés pour justifier de la légitimité ne sont pas les mêmes et ne sont pas uniquement scientifiques. Ils s’organisent selon une priorité accordée à la sur-vie. En outre, ces savoirs médicaux retentissent de façon différente chez les patients, eux aussi détenteurs d’un savoir sur le soin. En somme, les savoirs sur le soin apparaissent comme une recherche de sens, une mise en cohérence de la pathologie, inhérente à des mondes sociaux différents, mais qui se nourrissent les uns des autres. / Treatments for prostate cancer have led us to analyze how knowledge can be produced in cancer research. The different treatment options offered to the patient directly originate from scientific knowledge. At that point already, one can question the patient’s participation to the choice of his treatment. The patient is a figure who is socially constructed and medically produced. This figure only becomes significant in regard to the doctor’s professional role. The relation between those two actors – doctor and patient – has to be replaced in its context of a social structure of care. Social situation instituted from the necessary of care, as an answer to human suffering, the analysis shows the tensions that arise within the professional group of doctors. Issues of legitimacy and expertise have revealed the rivalry between urologists and oncologists. That rivalry shows mostly through the treatments which are offered. The knowledge used to legitimate one option or the other varies and is not exclusively scientific. Different bodies of knowledge take priority according to the survival (goal). Moreover those medical bodies of knowledge are not understood in the same way for each patient, as they themselves hold particular knowledge about care/cure. In the end, it appears the pieces of knowledge about cure/care inherently belong to different social worlds that feed from each other, and those different bodies of knowledge seek to make sense of illness.
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Trace-based reasoning for user assistance and recommendations / Raisonnement à partir de l'expérience tracée pour l'assistance à l'utilisateur et les recommandations

Zarka, Raafat 04 December 2013 (has links)
Dans le domaine des environnements numériques, un enjeu particulier consiste à construire des systèmes permettant aux utilisateurs de partager et de réutiliser leurs expériences. Cette thèse s'intéresse à la problématique générale des recommandations contextuelles pour des applications web dans un contexte particulier : tâche complexes, beaucoup de données, différents types d'utilisateurs (du débutant au professionnel), etc. Nous cherchons à fournir une assistance à l'utilisateur en prenant en compte le contexte et la dynamique des tâches que l'utilisateur effectue. On cherche à fournir des recommandations dynamiques qui sont enrichies au fur et à mesure des expériences. Pour fournir ces recommandations dynamiques, nous nous appuyons sur le Raisonnement à Partir de l'Expérience Tracée (RàPET). Dans le RàPET, les traces d'interaction constituent d'importants conteneurs de connaissances. Ces traces permettent de mieux comprendre le comportement des utilisateurs et leurs activités. Par conséquent, elles représentent également le contexte de l'activité. Les traces peuvent donc venir nourrir un assistant à partir d'expérience en lui fournissant des connaissances appropriées. Dans cette thèse, nous présentons un état de l'art sur les systèmes d'assistances dynamiques et nous rappelons les concepts généraux des systèmes à base de traces. Nous avons proposé une formalisation des traces modélisées et des processus qui permettent de manipuler ces traces. Nous avons notamment défini une méthode pour établir des mesures de similarité afin de comparer des traces modélisées. Nous avons implémenté ces propositions dans un outil appelé TStore. Cet outil permet le stockage, la transformation, la gestion et la réutilisation des traces modélisées. Ensuite, nous avons proposé un mécanisme de rejouage de traces pour permettre aux utilisateurs de revenir à un état précédent de l'application. Enfin, nous avons décrit une approche de recommandations à partir de traces. Le moteur de recommandations est alimenté par les traces d'interactions laissée par les précédents utilisateurs de l'application. Cette approche s'appuie sur les mesures de similarité proposées plus haut. Nous avons validé nos contributions théoriques à l'aide de deux applications web : SAP BusinessObjects Explorer pour l'analyse de données, et Wanaclip pour la génération semi-automatique de clips vidéos. Le mécanisme de rejouage de traces est démontré dans SAP BusinessObjects Explorer. Les recommandations à base de traces sont illustrées dans l'application Wanaclip. Dans la dernière partie du manuscrit, nous mesurons les performances de TStore et la qualité des recommandations et des mesures de similarité qu'il implémente. Nous discutons aussi des résultats du sondage que nous avons appliqué aux utilisateurs de Wanaclip pour mesurer leur satisfaction. Nos évaluations montrent que notre approche offre des recommandations satisfaisantes et un bon temps de réponse. / In the field of digital environments, a particular challenge is to build systems that enable users to share and reuse their experiences. In this thesis, we are interested in the general problem of contextual recommendations for specific web applications in a particular context: complex tasks, huge amount of data, various types of users (from novice to professional), etc. We focus on providing user assistance which takes into account the context and the dynamics of users’ tasks. We seek to provide dynamic recommendations that are enriched by new experiences over time. To provide these dynamic recommendations, we make use of Trace-Based Reasoning (TBR). TBR is a recent artificial intelligence paradigm that draws its inspiration from Case-Based Reasoning. In TBR, interaction traces act as an important knowledge container. They help to understand users’ behaviors and their activities. Therefore, they reflect the context of the activity. Traces can feed an experience-based assistant with the adequate and appropriate knowledge. In this thesis, we introduce a state of the art about dynamic assistance systems and the general concepts of Trace-Based Systems. In order to provide experience-based assistance, we have made several contributions. First, we propose a formal representation of modeled traces and a description of the processes involved in their manipulation. Notably, we define a method for computing similarity measures for comparing modeled traces. These proposals have been implemented in a framework named TStore for the storage, transformation, management, and reuse of modeled traces. Next, we describe a trace replay mechanism enabling users to go back to a particular state of the application. This mechanism supports impact propagation of changes during the replay process. Last, we define a recommendation approach based on interaction traces. The recommendation engine is fed by interaction traces left by previous users of the application and stored in a manager, such as TStore. This approach facilitates knowledge sharing between communities of users and relies, among other things, on the similarity measures mentioned above. We have validated our theoretical contributions on two different web applications: SAP BusinessObjects Explorer for data reporting and Wanaclip for generating video clips. The trace replay mechanism is demonstrated in SAP BusinessObjects. Trace-Based Reasoning recommendations are illustrated with Wanaclip to guide users in both video selection, and the actions to perform in order to make quality video clips. In the last part of this manuscript, we measure the performances of TStore and the quality of recommendations and similarity measures implemented in TStore. We also discuss the results of the survey that the users of Wanaclip answered in order to measure their satisfaction. Our evaluations show that our approach offers satisfactory recommendations and good response time.
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Valorisation des bases médico-administratives de l'assurance maladie pour identifier et suivre la progression d'une pathologie, en étudier la prise en charge et estimer l'impact de l'implémentation d'une politique de santé grâce à leur utilisation dans un modèle médico-économique : Application au diabète de type 2 au Luxembourg / Valorization of health insurance medico-administrative databases to identify and follow the progression of a disease, study its management and estimate the impact of a health policy implementation using a health-economic model : application to type 2 diabetes in Luxembourg

Renard, Laurence 20 January 2012 (has links)
Le diabète de type 2 (DT2) est une maladie chronique associée à de graves et coûteuses complications. Dans un contexte de restriction budgétaire, il est nécessaire de pouvoir estimer les ressources à affecter à la prise en charge des maladies chroniques et donc de suivre l’évolution épidémiologique et économique d’une telle maladie. Une base de données a été construite à partir des données médico-administratives de l’assurance maladie luxembourgeoise. Elle comprenait les consommations de soins, associées au diabète et ses complications, des patients diabétiques de type 2 traités entre 2000 et 2006. L’objectif était d’étudier les champs d’utilisation de ces données et leurs applications possibles pour les décisions en santé publique. Cette thèse en donne quelques exemples. En 2006, la prévalence du DT2 au Luxembourg était de 3,79% (N= 17 070). Un algorithme a permis d’identifier trois stades de la néphropathie diabétique (3,77% des cas de DT2 en 2006). L’analyse de l’adhérence aux recommandations européennes de bonnes pratiques médicales a mis en évidence une situation critique associée à certains facteurs (médecin traitant, type de traitement, région de résidence…). Les dépenses moyennes d’un patient en hémodialyse a été estimé à 116 647€/patient en 2006. Enfin, une analyse médico-économique a montré la dominance coût-efficace d’une stratégie d’implémentation de la dialyse péritonéale sur la situation actuelle. Malgré les difficultés à évaluer leur qualité, les données médico-administratives offrent une source d’informations précieuses pour les décideurs publics et les professionnels de la santé, dans le but d’améliorer la prise en charge des patients. / Type 2 diabetes (T2D) is a chronic disease associated with many severe and costly complications. In a context of budgetary constraint, it is necessary to obtain an estimate the amount of resources to allocate to the management of chronic diseases. This includes monitoring the epidemiologic and economic evolutions. A database was built from medico-administrative databases of the national health insurance of Luxembourg. It included the healthcare consumptions associated with diabetes and its complications, of all type 2 diabetic patients treated in Luxembourg between 2000 and 2006. The objectives were to study the fields of use of this database and the possible applications for public health decision-making. This thesis gives some examples. In 2006, T2D prevalence in Luxembourg was 3.79% (N= 17070). An algorithm was built and permitted to identify three stages of diabetic nephropathy (3.77% of T2D cases in 2006). The analysis of the adherence to European follow-up guidelines showed a critical situation associated to several factors (treating physician, type of treatment, living region…). The mean costs associated with patients in dialysis were estimated at 116 647€/patient in 2006. Finally, a health-economic evaluation showed the dominance of a strategy promoting peritoneal dialysis in Luxembourg over the present situation.
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Qualité de l'information des patients atteints de cancer et prise en compte du savoir profane : de la théorie à la pratique : à propos du programme SOR SAVOIR Patient de la Fédération Nationale des Centres de lutte contre le Cancer

Carretier, Julien 10 October 2013 (has links) (PDF)
L'information est un des besoins les plus importants des patients atteints de cancer. Leurs attentes fortes, variables et hétérogènes, en matière d'informations sur les différents aspects de la prise en charge de la maladie, soulèvent la question de la qualité de ces informations mises à disposition des patients. L'élaboration d'outils d'information et d'aide à la décision de qualité, qu'ils soient destinés aux cliniciens, tels que les recommandations pour la pratique clinique (RPC), ou aux patients, tels que des documents écrits d'information, implique la prise en compte des trois composantes essentielles de la décision médicale : données actuelles de la science (evidence-based medicine), expertise professionnelle, et préférences et valeurs des patients. Pour pouvoir baser la décision médicale sur ces trois dimensions, l'enjeu est de partager avec les patients les données actuelles de la science, et d'intégrer les préférences des patients dans les RPC. Notre hypothèse est qu'il est possible d'intégrer les préférences des patients à deux niveaux de production des connaissances : l'élaboration de documents écrits d'information des patients dans le cadre du programme SOR SAVOIR Patient d'une part, et l'élaboration de RPC pour les cliniciens d'autre part. Les résultats de ces travaux fournissent une contribution méthodologique pour améliorer la qualité des documents écrits et impliquer les patients atteints de cancer dans le développement de ces informations
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Attitudes et croyances vis-à-vis du traitement comme variables intermédiaires du comportement d'usage du médicament. / Attitudes and beliefs towards treatment as predicting variables of medication use behaviour

Samalin, Ludovic 27 September 2016 (has links)
La prise en charge des patients souffrant d’un trouble mental justifie une meilleure compréhension des mécanismes influençant les comportements des patients et des cliniciens vis-à-vis des stratégies thérapeutiques. Le principal objectif de cette thèse est d’étudier et d’identifier le rôle des attitudes des patients et des cliniciens vis-à-vis du comportement d’usage d’une thérapeutique. Pour cela, nous avons réalisé plusieurs études permettant d’appréhender cette problématique dans différentes pathologies et envers différentes thérapeutiques.Concernant les attitudes des patients envers leur traitement, nous avons détaillé un travail visant à évaluer les croyances de patients souffrant de schizophrénie envers leur antipsychotique et une étude qualitative sur les attitudes des patients bipolaires envers leur prise en charge en phase d’euthymie. Nous avons montré l’impact des attitudes négatives sur le niveau d’observance ou d’adhésion des patients à leur prise en charge et l’intérêt de cibler des stratégies de prise en charge individualisées visant à améliorer ces attitudes. Concernant les psychiatres, nous avons présenté une étude évaluant les attitudes des cliniciens vis-à-vis des recommandations professionnelles ainsi qu’un travail concernant leurs attitudes envers les antipsychotiques d’action prolongée. Certaines attitudes des psychiatres apparaissaient associées à une plus faible utilisation des recommandations ou des formulations d’action prolongée. Nos résultats montrent ainsi que l’observance ou l’adhésion des patients à une prise en charge ou le choix thérapeutique des cliniciens sont sous-tendus par leurs attitudes. L’étude des attitudes dans le domaine de la santé mentale apparaît comme une étape indispensable dans la compréhension de certains comportements d’usage des thérapeutiques. Les données issues des travaux présentés mais aussi d’études récentes permettent d’envisager un changement de paradigme dans l’appréhension des comportements d’observance des patients et de décision médicale des cliniciens dans le choix d’une thérapeutique centré sur leurs attitudes. / The management of patients with severe mental illnesses needs a better understanding of thefactors affecting the behaviours of clinicians and patients toward therapeutic strategies.The main objective of this thesis was to assess and identify the role of the clinician’s attitudes and patients’ attitudes toward the medication use behaviour. We conducted several studies to address this point in different mental disorders and for different type of treatment. Concerning the patients ‘attitudes toward treatment, we reported data from a study assessing the beliefs toward antipsychotics of schizophrenic patients and from a qualitative study assessing the patient’s attitudes toward the management of bipolar disorder in euthymic periods. We showed that the negative attitudes had a marked impact on the level of adherence of patients and could determine individual targets of interventions to improve them. Concerning the psychiatrists, we reported two studies assessing the clinician’s attitudes toward guidelines and long-acting injectable antipsychotics. Some specific attitudes were associated with a lower use of guidelines or long-acting formulations. These findings showed that the adherence of patient to treatment and the medical decisions of clinicians were related to their attitudes. The assessment of attitudes or beliefs in the field of mental health appears to be an essential step to promote a better comprehension of some treatment use behaviours. Our results and from other recent studies support a new paradigm for the patient adherence to treatment and the medical decision of clinicians focused on their attitudes as predicting variables.
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Intégration monolithique en 3D : étude du potentiel en termes de consommation, performance et surface pour le nœud technologique 14nm et au-delà / 3D Monolithic Integration : performance, Power and Area Evaluation for 14nm and beyond

Ayres de sousa, Alexandre 16 October 2017 (has links)
L'intégration 3DVLSI, également connue sous le nom d'intégration monolithique ou séquentielle, est présentée et évaluée dans cette thèse comme une alternative à la réduction du nœud technologique des circuits logiques CMOS. L’avantage principal de cette technologie par rapport à l'intégration parallèle 3D, déjà existante, est l'alignement précis entre les niveaux, ce qui permet des contacts 3D réduits et plus proches. Un autre avantage, extrêmement favorable à l’approche 3DVLSI, est l’amélioration du placement et du routage par rapport aux circuits planaires, notamment parce qu’elle permet des interconnexions plus courtes et qu’elle offre a un degré de liberté supplémentaire dans la direction Z pour la conception. Par exemple, les fils les plus longs dans les circuits planaires peuvent ainsi être réduits grâce aux contacts 3DCO, en diminuant les éléments parasites d'interconnexion. Il est ainsi possible d’augmenter la vitesse du circuit et de réduire la puissance électrique. Dans ce contexte, la thèse a été divisée en deux parties. La première partie traite de l’évaluation de la Consommation, des Performances et de la Surface (CPS) et donne des recommandations pour la conception des circuits 3D. La deuxième partie traite la variabilité des circuits 3D en utilisant un modèle statistique unifié, et en proposant une approche pour la variabilité des circuits multi-niveaux. / 3DVLSI integration, also known as monolithic or sequential integration is presented and evaluated in this thesis as a potential contender to continue the scaling for CMOS logic circuits. The main advantage of this technology compared to the already existing 3D parallel integration is its high alignment among tiers, enabling small size and pitch with the inter-tier contacts (3DCO). Another great 3DVLSI feature is its improved capability to place and route circuits, compared to the planar approach: the interconnections can be shorter as the design has an additional degree of freedom in the Z direction. For instance, long wires in planar circuits can cut thanks to 3DCO contacts, lowering the interconnection parasitic elements and speeding up the circuit as well as reducing the power. In this framework, the thesis has been divided into two parts: the first part is dedicated to the evaluation of Performance, Power and Area (PPA) of 3D circuits and gives design guidelines. The second part treats the variability in 3D circuits by using a 3D unified statistical model and propose an approach for the multi-tier variability.
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Modèles multiniveaux pour l'analyse des comportements de santé : Quatre illustrations concernant l'offre et la demande de soins / multilevel models for the analysis of the behaviour of health : four illustrations on the supply and demand of care

Clerc-Urmès, Isabelle 09 December 2011 (has links)
Le continuel développement des outils statistiques permet aujourd’hui la modélisation de nombreux phénomènes, toujours plus complexes. En combinant l’approche offerte par des modèles statistiques spécifiques, dit "multiniveaux", et leurs applications à différentes problématiques médicales, cette thèse s’inscrit à la croisée de divers domaines : celui des statistiques, de par la méthodologie sur laquelle reposent les résultats ; mais aussi, celui de l’économie de la santé et de la santé publique en général, au travers des applications présentées.La première partie de cette thèse s’intéresse aux aspects théoriques, et plus particulièrement à l’évolution des méthodologies, du modèle de régression linéaire simple aux modèles multiniveaux pour des liens non nécessairement linéaires. Le déroulé historique de la modélisation mais également les hypothèses, le principe, la stratégie d'analyse et enfin les limites y sont abordés.La seconde partie s’articule autour de deux applications multiniveaux distinctes. La première concerne les déterminants de l'observance et des interruptions de traitement, chez les personnes infectées par le virus du VIH/Sida suivant un traitement par antirétroviraux, dans le contexte du Cameroun. La seconde, quant à elle, s'intéresse au recours aux soins dentaires chez les personnes âgées de 60 ans et plus et vivant en domicile ordinaire. Ces deux applications sont comparables dans leurs méthodologies puisqu’il s’agit de déterminer les comportements étudiés par des variables individuelles habituellement retenues, mais aussi des variables de "contexte" (caractéristiques de l’offre de soins).La troisième partie est consacrée aux applications sur le panel de médecins généralistes et traite deux études autonomes. La première expose les réticences des médecins, et le rôle de leurs aprioris, face aux Recommandations de Bonnes Pratiques (RBP). Elle nous permet de déboucher sur quelques pistes pour améliorer l’usage des RBP en médecine de ville. La seconde analyse la similarité – ou parfois la dissimilarité – entre le cycle d’activité des médecins généralistes et la saisonnalité des épidémies, dans le but d’identifier les facteurs favorisant l’ajustement des médecins généralistes aux variations saisonnières des besoins des patients. Cette étude pourrait permettre, notamment, d’anticiper et de mieux gérer des situations de crise sanitaire, avec l’appui effectif de la médecine de ville. / The continual development of statistical tools allows the modelling of numerous phenomena, including the complex ones. Using a set of statistical techniques and applications, based on the so-called “multilevel” modelling, this thesis deals with different aspects related to the statistical methodology and applications as per health economics and public health.The first part reconsiders the evolution of methodology, starting from the simple linear regression techniques to the more complex multilevel modelling as applied to both the linear and non-linear relations. It addresses issues related to the historical development, the hypotheses, the strategy of analysis, and the scope of applications. The second part presents two distinct multilevel studies. The first concerns the determinants of observance and interruptions of treatment for persons infected by the HIV/AIDS and treated with antiretroviral in Cameroon. The second one focuses on the use of dental services for the elderly. The two studies are methodologically comparable in that, besides integrating the usually retained individual variables, the analyses examine health seeking behaviours, particularly, the utilisation of health care services, while accounting for contextual determinants such as the characteristics of health supply (clinic, department or region).The third part is dedicated to the applications on GPs' panel and contains two different studies. The first one explains the GPs’ behaviours and the role of their aprioris vis-à-vis Clinical Practice Guidelines (CPG), and suggests solutions to overcome their negative attitudes. The second study analyses the similarity – sometimes the differences – between the cycle of GPs’ activity and the seasonality of epidemics with the aim of better understanding determinants favouring the adjustment of the GP in the seasonal variations of the patients needs. This study helps anticipate and manage situations of sanitary crisis, with the effective support of general practitioners.
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Qualité de l'information des patients atteints de cancer et prise en compte du savoir profane : de la théorie à la pratique : à propos du programme SOR SAVOIR Patient de la Fédération Nationale des Centres de lutte contre le Cancer / Quality of cancer patient information and integration of patient knowledge : from theory to practice : about the SOR SAVOIR Patient program of the French Federation of Comprehensive Cancer Centre

Carretier, Julien 10 October 2013 (has links)
L’information est un des besoins les plus importants des patients atteints de cancer. Leurs attentes fortes, variables et hétérogènes, en matière d’informations sur les différents aspects de la prise en charge de la maladie, soulèvent la question de la qualité de ces informations mises à disposition des patients. L’élaboration d’outils d’information et d’aide à la décision de qualité, qu’ils soient destinés aux cliniciens, tels que les recommandations pour la pratique clinique (RPC), ou aux patients, tels que des documents écrits d’information, implique la prise en compte des trois composantes essentielles de la décision médicale : données actuelles de la science (evidence-based medicine), expertise professionnelle, et préférences et valeurs des patients. Pour pouvoir baser la décision médicale sur ces trois dimensions, l’enjeu est de partager avec les patients les données actuelles de la science, et d’intégrer les préférences des patients dans les RPC. Notre hypothèse est qu’il est possible d’intégrer les préférences des patients à deux niveaux de production des connaissances : l’élaboration de documents écrits d’information des patients dans le cadre du programme SOR SAVOIR Patient d’une part, et l’élaboration de RPC pour les cliniciens d’autre part. Les résultats de ces travaux fournissent une contribution méthodologique pour améliorer la qualité des documents écrits et impliquer les patients atteints de cancer dans le développement de ces informations / Information is one of the most important needs of cancer patients. Their strong, variable and heterogeneous expectations, in terms of information on different aspects of the management of the disease, raise the question of the quality of the information made available to patients. The development of good-quality information materials and decision aids, dedicated to clinicians, such as clinical practice guidelines (CPG), or dedicated to patients, such as patient information leaflets, requires taking into account the three essential components of medical decision: current scientific data (evidence-based medicine), professional expertise and patient values and preferences. To be able to base medical decisions on these three dimensions, the challenge is to share with the patients current scientific data, and incorporate patient preferences in the development process of CPG. Our hypothesis is that it is possible to integrate the preferences of patients at two levels of knowledge production: the development of written patient information in the French SOR SAVOIR Patient program on the one hand, and development of CPG for clinicians on the other hand. The results of this work provide a methodological contribution to improve the quality of written documents and involve cancer patients in the development of this information.

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