Xylella fastidiosa é uma bactéria gram-negativa, não flagelada, agente causal de doenças de importância econômica como a doença de Pierce nas videiras e a clorose variegada dos citros (CVC) nas laranjeiras. O objetivo do presente trabalho foi realizar análises in silico das sequências promotoras dos genes deste fitopatógeno em uma tentativa de arrecadar novas evidências para o melhor entendimento da dinâmica de regulação transcricional de seus genes, incluindo aqueles envolvidos em mecanismos de patogenicidade e virulência. Para tanto, duas estratégias foram utilizadas para predição de elementos cis-regulatórios em regiões promotoras do genoma da cepa referência 9a5c, comprovadamente associada à CVC. A primeira, conhecida como phylogenetic footprinting, foi empregada para identificação de elementos regulatórios conservados em promotores de unidades transcricionais ortólogas, levando em consideração o conjunto de genes de X. fastidiosa e 7 espécies comparativas. O critério para identificação de unidades transcricionais ortólogas, isto é, unidades trancricionais oriundas de espécies distintas e cujos promotores compartilham elementos cis-regulatórios, foi paralelamente estudado utilizando-se informações regulatórias das bactérias modelos: Pseudomonas aeruginosa, Bacillus subtilis e Escherichia coli. Os resultados obtidos com análise de phylogenetic footprinting nos permitiu acessar a rede regulatória transcricional da espécie de forma compreensiva (global). Foram estabelecidas 2990 interações regulatórias, compreendendo 80 motivos distribuídos nos promotores de 56.8% das unidades transcricionais do genoma de X. fastidiosa. Na segunda estratégia recuperamos informações regulatórias experimentalmente validadas em E. coli e complementamos o conhecimento de dez regulons de X. fastidiosa, através de uma metodologia de scanning (varredura), dos quais algumas interações regulatórias já haviam sido previamente descritas por outros trabalhos. Destacamos os regulons de Fur e CRP, reguladores transcricionais globais, que se mostraram responsáveis pela modulação de genes relacionados a mecanismos de invasão e colonização do hospedeiro vegetal entre outros. Por fim, análises comparativas em regiões regulatórias correspondentes entre cepas foram realizadas e diferenças possivelmente associadas a particularidades fenotípicas foram identificadas entre 9a5c e J1a12, um isolado de citros não virulento, e 9a5c e Temecula1, um isolado de videira causador da doença de Pierce. / Xylella fastidiosa is a gram-negative, non-flagellated bacterium responsible for causing economically important diseases such as Pierce\'s disease in grapevines and Citrus Variegated Clorosis (CVC) in sweet orange trees. In the present work we performed in silico analysis on promoter sequences of protein-coding genes from this phytopathogen, including those involved in virulence and pathogenic mechanisms, in an attempt to better understand the underlying transcriptional regulatory dynamics. Two strategies for cis-regulatory elements prediction were applied on promoter sequences from 9a5c strain genome, a proven causal agent of CVC. The first one, known as phylogenetic footprinting, involved the prediction of regulatory motifs conserved on promoter sequences of orthologous transcription units from X. fastidiosa and a set of 7 comparatives species. The criteria to identify orthologous transcription units, i. e., those from different species and whose promoter sequences share at least one common regulatory motif, was studied based on regulatory information available for model organisms: Pseudomonas aeruginosa, Bacillus subtilis and Escherichia coli. The results obtained with the phylogenetic footprinting analysis permitted us to access the underlying transcriptional regulatory network from the species in a comprehensive manner (genome-wide), with a total of 2990 regulatory interactions corresponding to 80 predicted motifs distributed on promoter sequences of 56.8% of all transcription units. In the second strategy regulatory information from E. coli was recovered and used to expand the knowledge of ten regulons in X. fastidiosa, through a scanning process, of which some regulatory interactions were previously described by independent studies. We emphasize some genes related to host invasion and colonization present in the Fur and CRP regulons, two global transcription regulators. Lastly, comparative analysis on corresponding regulatory regions among strains were performed and differences possibly associated to phenotypic variation were identified between 9a5c and J1a12, a non-virulent strain isolated from orange trees, and between 9a5c and Temecula1, a strain associated to Pierce\'s disease on grapevines.

Xylella fastidiosa é uma bactéria gram-negativa, não flagelada, agente causal de doenças de importância econômica como a doença de Pierce nas videiras e a clorose variegada dos citros (CVC) nas laranjeiras. O objetivo do presente trabalho foi realizar análises in silico das sequências promotoras dos genes deste fitopatógeno em uma tentativa de arrecadar novas evidências para o melhor entendimento da dinâmica de regulação transcricional de seus genes, incluindo aqueles envolvidos em mecanismos de patogenicidade e virulência. Para tanto, duas estratégias foram utilizadas para predição de elementos cis-regulatórios em regiões promotoras do genoma da cepa referência 9a5c, comprovadamente associada à CVC. A primeira, conhecida como phylogenetic footprinting, foi empregada para identificação de elementos regulatórios conservados em promotores de unidades transcricionais ortólogas, levando em consideração o conjunto de genes de X. fastidiosa e 7 espécies comparativas. O critério para identificação de unidades transcricionais ortólogas, isto é, unidades trancricionais oriundas de espécies distintas e cujos promotores compartilham elementos cis-regulatórios, foi paralelamente estudado utilizando-se informações regulatórias das bactérias modelos: Pseudomonas aeruginosa, Bacillus subtilis e Escherichia coli. Os resultados obtidos com análise de phylogenetic footprinting nos permitiu acessar a rede regulatória transcricional da espécie de forma compreensiva (global). Foram estabelecidas 2990 interações regulatórias, compreendendo 80 motivos distribuídos nos promotores de 56.8% das unidades transcricionais do genoma de X. fastidiosa. Na segunda estratégia recuperamos informações regulatórias experimentalmente validadas em E. coli e complementamos o conhecimento de dez regulons de X. fastidiosa, através de uma metodologia de scanning (varredura), dos quais algumas interações regulatórias já haviam sido previamente descritas por outros trabalhos. Destacamos os regulons de Fur e CRP, reguladores transcricionais globais, que se mostraram responsáveis pela modulação de genes relacionados a mecanismos de invasão e colonização do hospedeiro vegetal entre outros. Por fim, análises comparativas em regiões regulatórias correspondentes entre cepas foram realizadas e diferenças possivelmente associadas a particularidades fenotípicas foram identificadas entre 9a5c e J1a12, um isolado de citros não virulento, e 9a5c e Temecula1, um isolado de videira causador da doença de Pierce. / Xylella fastidiosa is a gram-negative, non-flagellated bacterium responsible for causing economically important diseases such as Pierce\'s disease in grapevines and Citrus Variegated Clorosis (CVC) in sweet orange trees. In the present work we performed in silico analysis on promoter sequences of protein-coding genes from this phytopathogen, including those involved in virulence and pathogenic mechanisms, in an attempt to better understand the underlying transcriptional regulatory dynamics. Two strategies for cis-regulatory elements prediction were applied on promoter sequences from 9a5c strain genome, a proven causal agent of CVC. The first one, known as phylogenetic footprinting, involved the prediction of regulatory motifs conserved on promoter sequences of orthologous transcription units from X. fastidiosa and a set of 7 comparatives species. The criteria to identify orthologous transcription units, i. e., those from different species and whose promoter sequences share at least one common regulatory motif, was studied based on regulatory information available for model organisms: Pseudomonas aeruginosa, Bacillus subtilis and Escherichia coli. The results obtained with the phylogenetic footprinting analysis permitted us to access the underlying transcriptional regulatory network from the species in a comprehensive manner (genome-wide), with a total of 2990 regulatory interactions corresponding to 80 predicted motifs distributed on promoter sequences of 56.8% of all transcription units. In the second strategy regulatory information from E. coli was recovered and used to expand the knowledge of ten regulons in X. fastidiosa, through a scanning process, of which some regulatory interactions were previously described by independent studies. We emphasize some genes related to host invasion and colonization present in the Fur and CRP regulons, two global transcription regulators. Lastly, comparative analysis on corresponding regulatory regions among strains were performed and differences possibly associated to phenotypic variation were identified between 9a5c and J1a12, a non-virulent strain isolated from orange trees, and between 9a5c and Temecula1, a strain associated to Pierce\'s disease on grapevines.

A histiocitose de células de Langerhans (HCL) é uma neoplasia mieloide inflamatória comumente afetando pacientes pediátricos e apresenta frequentemente mutações ativadoras somáticas em genes da via MAPK, incluindo BRAF e MAP2K1. Vários estudos sugerem que as células lesionais da HCL podem recrutar e modular células inflamatórias e cujas citocinas parecem fornecer sinais recíprocos de sobrevivência celular. Para o presente estudo foram selecionados 15 casos de HCL (10 crianças, 5 adultos), sendo as amostras de tecido avaliadas através de imunoistoquímica utilizando marcadores para macrófagos (CD68 e CD163), células dendríticas maduras (CDm) (CD83 e CD208), linfócitos T regulatórios (LTregs) (CD4, CD25 e FOXP3) e linfócitos citotóxicos (LCs) (CD56, CD57, perforina e granzima B). Além disso, marcadores de células B (CD20), células T (CD3, CD8) e confirmatórios de HCL foram analisados. Todos os casos de HCL foram positivos para S100, CD1a, CD207 e CD4; enquanto que Bcl-2 e Ciclina D1 foram positivos em 13/15 (86,7%) casos. No microambiente imune intralesional, macrófagos M2 (CD68+/CD163+), seguidos por LTregs, foram as populações celulares mais predominantes. Em quantidade significativamente menor, foram observadas CDm, seguidas por escassos LCs. Considerando a população linfoide, linfócitos T CD3+ foram mais numerosos do que linfócitos B CD20+. Dentro dos linfócitos T, linfócitos T CD4+ foram mais numerosos do que linfócitos T CD8+ (p<0,05). Nossos resultados sugerem que a infiltração de células imunes na HCL, provavelmente através de mecanismos pró-tumorais, inflamatórios e/ou imunossupressores mediados por citocinas, pode promover o desenvolvimento e sobrevivência das células lesionais da HCL, fornecendo uma justificativa para a combinação de imunoterapia e terapia gênica (BRAF) na HCL / Langerhans cell histiocytosis (LCH) is an inflammatory myeloid neoplasia often affecting children with constitutively somatic activating mutations in MAPK pathway genes including BRAF and MAP2K1. Several studies suggest that LCH cells can recruit and modulate inflammatory cells and whose cytokines appear provide reciprocal survival signals. For the present study, 15 cases of LCH (10 children, 5 adults) were selected, and the tissue samples were evaluated through immunohistochemistry using markers for macrophages (CD68 and CD163), mature dendritic cells (mDC) (CD83 and CD208), regulatory T-cells (Tregs) (CD4, CD25 and FOXP3) and cytotoxic lymphocytes (CLs) (CD56, CD57, perforin and granzime B). Moreover, B-cell (CD20), T-cell (CD3, CD8) and LCH markers were analyzed. All LCH cases were positive for S100, CD1a, CD207 and CD4, while Bcl-2 and Cyclin D1 were positive in 13/15 cases (86.7%). In the immune microenvironment, M2-polarized macrophages (CD68+/CD163+), followed by LTregs, were the predominant cell populations. In a significantly lower amount, mDC were observed, followed by scarce CLs. Moreover, CD3+ Tcells than CD20+ B-cells were more numerous (p>0.05), the former presenting a higher number of CD4+ than CD8+ T-cells (p<0.05). Our results suggest that immune cell infiltration in LCH, probably through cytokine-mediated pro-tumoral, inflammatory and/or immunosupressive mechanisms, can promote LCH cell development and survival, providing a rationale for combining immunotherapy and BRAF-targeted therapy in LCH

O controle sanitário no Brasil merece elevado nível de consideração, pois caracteriza-se por grande importância social e econômica. Abrange um leque grande de produtos e serviços de diversas naturezas, como: medicamentos, alimentos, produtos biológicos, vacinas, hemoderivados, saneantes e desinfetantes, produtos de higiene pessoal, perfumes e cosméticos, controle dos portos, aeroportos, estações de fronteiras e uma ampla variedade de serviços à saúde. A Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA) foi criada no Brasil especificamente conforme artigo 3º da Lei nº 9782/1999, sendo relativamente recente comparando-se com as agências regulatórias no âmbito internacional, e desde então evoluiu, angariando respeito no nível nacional e internacional. Outras agências reguladoras igualmente importantes abrangem variedades de produtos e serviços semelhantes à ANVISA. Inclusive a Food and Drug Administration - (FDA) e a European Medicines Agency (EMA) apresentam em seu \"rool\" de medicamentos os veterinários, enquanto que no Brasil este tipo de produto é regulamentado pelo Ministério de Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA). O processo de registro no sistema de vigilância sanitária é um recurso de grande valia para assegurar a comercialização de produtos seguros e eficazes disponíveis à sociedade. Qualquer falha na cadeia produtiva pode impactar nos critérios de qualidade. Assim, a regulamentação sanitária sobre medicamentos abrange toda a cadeia farmacêutica desde o início dos estudos de pesquisa clínica até normas referente à publicidade. O objetivo desse trabalho é contribuir na promoção do conhecimento de regulação sanitária para os medicamentos pelo estudo da estrutura organizacional e atribuições da ANVISA, e paralelamente, efetuar a análise e comparação da regulamentação sanitária entre as diferentes categorias de medicamentos, bem como discutir a estratégia regulatória adotada pelo setor farmacêutico. Como material dessa pesquisa, empregou-se essencialmente, a regulamentação sanitária farmacêutica nacional, tendo como contrapontos a situação política e econômica do país, pautando-se como método a pesquisa qualitativa utilizando-se do modelo documental. Com vistas à estrutura organizacional das agências reguladoras de medicamentos descritas neste trabalho, verificou-se semelhanças inerentes as concepções técnicas e regulatórias, diferenciando-se, principalmente, da brasileira pelo fato dos medicamentos de uso humano e veterinário não estarem contemplados sob a responsabilidade da mesma instituição. Dentre as sete categorias de medicamentos estudadas, a composição técnica de seus dossiês de registro são consideravelmente análogas, sendo distintas as exigências regulatórias tangíveis aos quesitos específicos inerentes a cada tipo de medicamento. No período analisado (2009 a 2010), com o intuito de retratar a tendência regulatória adotada pelo setor farmacêutico brasileiro, as categorias de medicamentos genéricos e similares são as que mais apresentaram solicitações e deferimentos de registros no país. / The sanitary control in Brazil deserves a high level of consideration, because it is characterized by large social and economic importance. It encompasses a wide variety of products and services of various natures, as medicines, food, biological products, vaccines, blood products, sanitizing and disinfectants, toiletries, perfumes and cosmetics, control of ports, airports, frontiers stations and an extensive variety of health services. The National Agency for Sanitary Surveillance (ANVISA) was created in Brazil specifically as Article 3 of Law No. 9782/1999 and is relatively recent compared with regulatory agencies internationally, and has since evolved, gaining respect in the national and international level . Other regulatory agencies equally encompass important varieties of products and services similar from ANVISA. Even the Food and Drug Administration - (FDA) and European Medicines Agency (EMA) in its present \"rool\" medicine veterinarians, while in Brazil this type of product is regulated by the Ministry of Agriculture, Livestock and Supply (MAPA). The registration process in health monitoring system is a very valuable resource to ensure that commercialization of safe and effective products available to society. Any failure in the supply chain can impact on the quality criteria. Thus, the sanitary regulation on medicines covers the entire pharmaceutical chain since the early clinical research studies relating to the advertising standards. The objective of this work is to contribute in promoting knowledge of sanitary regulation for medicines by studying the organizational structure and responsibilities of ANVISA, and in parallel, perform analysis and comparison of the sanitary regulation between different categories of medicines, as well as discuss the regulatory strategy adopted by the pharmaceutical industry. As material of this research, we used essentially the national pharmaceutical the sanitary regulation, having as counterpoints the political and economic situation of the country, basing itself as a qualitative research method using the model document. With views to the organizational structure of drug regulatory agencies described in this study, it was found similarities inherent in the concepts and techniques regulatory, differentiating itself mainly by the fact that the Brazilian medicines for human and veterinary use are not covered under the responsibility of the same institution. Among the seven categories of drugs studied, the technical composition of their registration dossiers are considerably analogous, with different regulatory demands tangible to specific questions related to each type of medicine. In the analyzed period (2009 to 2010), in order to portray the regulatory trend adopted by the Brazilian pharmaceutical sector, the categories of generic medicines and similar are the ones that submitted more requests for deferrals and registries in the country.

Esta tese tem como propósito apresentar uma abordagem que justifique a vigência dos dois regimes jurídicos regulatórios presentes hodiernamente no ordenamento pátrio para a etapa de exploração e produção, segmento upstream, da indústria de petróleo e gás natural. Para tanto, abordaremos esses regimes sob o paradigma da segurança energética, que decorre, de um lado, da atual escassez de recursos naturais finitos, e, de outro, da importância estratégica que a indústria de hidrocarbonetos assumiu na economia capitalista, transformando-se, de uma commodity em um recurso estratégico ou de importância geopolítica para os países. Tendo em vista esse paradigma, trataremos da escolha do regime jurídico para o setor a partir do tradeoff incluindo, de um lado, o risco envolvidotr nesse segmento da referida indústria, e, de outro, a aquisição da propriedade dos hidrocarbonetos explotados. A justificativa em favor da mantença desses regimes tem como fulcro tornar as estruturas institucionais pátrias mais adaptadas: (i) de um lado, às díspares circunstâncias exploratórias encontradas, blocos envolvendo altos riscos exploratórios sendo explorados pelo regime calcado na Emenda Constitucional Nº 9 e Lei Nº 9.478/1997 e blocos com baixos riscos, por meio do regime disposto na Lei Nº 12.351/2010, Lei Nº 12.304/2010 e Lei Nº 12.276/2010, e, (ii) de outro, na importância que a propriedade sobre os hidrocarbonetos passou a assumir para os países em razão do paradigma da segurança energética. Nesse sentido, defendemos a tese de que o contrato ínsito ao regime regulatório de 2010, contrato de partilha de produção, uma combinação convexa entre os contratos de concessão e de serviços, figurando como um meio termo entre ambos, permite maior adaptação no tradeoff entre risco e propriedade. / This thesis aims to present an approach that justifies the validity of the two regulatory legal systems present in our times in the national order to step exploration and production, upstream segment, of the oil and gas industry. Therefore, we will address these schemes under the paradigm of energy security, which takes place on the one hand, the current shortage of finite natural resources, and on the other, the strategic importance of the oil industry took in the capitalist economy, transforming herself, a commodity, in a strategic or geopolitical resource for countries. Given this paradigm, we will treat the choice of the legal framework for the sector from the tradeoff involving, on the one hand, the risk involved in this segment of that industry, and on the other, the acquisition of ownership of hydrocarbons exploited. The reason in favor of keeping these schemes is to make institutional structures best suited to: (i) the different circumstances encountered in blocks involving high exploration risks, being exploited by the regime framed on Constitutional Amendment Nº 9 and Law Nº 9.478/1997, or blocks with low risks through the regime framed in Law Nº 12.351/2010, Law Nº 12.304/2010 and Law Nº 12.276/2010; (ii) the importance of ownership of the hydrocarbons has assumed for countries, due to the energy security paradigm. In this sense, we defend the thesis that the contract itself to the regulatory regime of 2010, production sharing contract, is a convex combination of concession contracts and services, appearing as a middle term between the two, allowing greater adaptation in the tradeoff between risk and property.

Os genes Hox padronizam o corpo dos vertebrados durante o desenvolvimento embrionário, e a compreensão de sua evolução pode elucidar mecanismos genéticos subjacentes à evolução morfológica. A evolução molecular dos genes Hox imprime assinaturas em regiões regulatórias, as quais potencialmente afetam sua expressão gênica, como os elementos cis-regulatórios (CREs) que ladeiam o cluster D de Hox e seus RNAs não-codificantes (ncRNAs). Essa Tese de Doutorado enfoca a evolução regulatória de genes HoxD envolvidos no estabelecimento dos eixos corpóreos axial ântero-posterior (AP) e apendiculares em linhagens de aminiotas que exibem características morfológicas homoplásticas peculiares: os squamatas serpentiformes (Capítulos I e II) e os marsupiais Diprotodontia (Capítulo III). No Capítulo I investigou-se, em serpentes e anfisbênias, se assinaturas regulatórias envolvidas no estabelecimento das morfologias serpentiformes foram impressas na Sequência Conservada B (Conserved Sequence B, CsB), um CRE centromérico de Hoxd10-13. Usando lagartos e outros tetrápodes como referência para a morfologia serpentiforme, regiões conservadas de CsB foram sequenciadas em 38 espécies de Squamata, cujos TFBS foram preditos e comparados. Ambas linhagens serpentiformes exibem assinaturas regulatórias divergentes e convergentes ausentes em lagartos; a convergência localizou-se em um segmento de CsB que concentra perda nas linhagens serpentiformes de diversos TFBS com funções no desenvolvimento de membros e a aquisição de um sítio de ligação para PBX1. Essa assinatura convergente impressa durante evoluções independentes da morfologia serpentiforme pode estar relacionada à elongação corpórea e à perda dos membros, evidenciando um papel do CsB no desenvolvimento do eixo AP. No Capítulo II, foi investigado se um CRE telomérico (CNS65) e um centromérico (Island I) de Hoxd, os quais regulam respectivamente regiões proximais e distais dos membros tetrápodes em desenvolvimento, retêm suas capacidades regulatórias em Serpentes. Expressões de gene repórter desses CREs de serpentes foram realizadas em camundongo transgênico, revelando deficiência de suas atividades regulatórias nos brotos de membro. A comparação dos TFBS preditos nesses elementos entre serpentes e outros tetrápodes revelou que TFBS relacionados ao desenvolvimento dos membros foram perdidos nas sequências das serpentes. Ainda, essa comparação indicou um elemento em CNS65 potencialmente envolvido especificamente na regulação da formação de estilopódio/zeugopódio, e três elementos na Island I exclusivamente reguladores do desenvolvimento autopodial. A perda de membros em x serpentes aparentemente imprimiu assinaturas nesses CREs de Hoxd que possivelmente contribuíram para sua degeneração funcional, putativamente indicando módulos específicos de regulação nos membros. No Capítulo III, ncRNAs do cluster D de Hox foram estudados no contexto da evolução morfológica do autopódio posterior e heterocronia entre o desenvolvimento de membros anteriores e posteriores em Macropus eugenii. Os ncRNAs mapeados sobre o cluster D de Hox foram selecionados a partir de transcritoma de membros de embriões de M. eugenii nos dias 23 (d23) e 25 (d25) de gravidez, e sua conservação, perfis transcricionais e padrões de expressão foram explorados. A comparação com sequências ortólogas de outros mamíferos revelou cinco ncRNAs conservados em mamíferos, e três aparentemente exclusivos dos marsupiais. Os perfis transcricionais de genes HOXD10-13 e dos ncRNAs do cluster D de Hox foram predominantemente equivalentes. Os padrões de expressão de XLOC46 foi similar aos dos genes HOXD terminais de camundongo e M. eugenii, enquanto que XLOC52 e XLOC53 apresentaram expressão idêntica à desses genes em M. eugenii, exceto pela baixa expressão de XLOC53 no d25. Os ncRNAs intergênicos/intrônicos aos genes HOXD9-12 possivelmente regulam a expressão de genes HOXD terminais em mamíferos, enquanto que XLOC52 e XLOC53 constituem bons candidatos para investigação relacionada à evolução dos membros de marsupiais. Esta Tese demonstra como estudos de assinaturas regulatórias na evolução de genes do desenvolvimento contribuem para o entendimento das histórias evolutivas de divergência entre linhagens e d / Hox genes pattern the vertebrate body during embryonic development, and understanding their evolution may unravel genetic mechanisms subjacent to morphological evolution. Molecular evolution of Hox genes entails signatures in regulatory regions that potentially affect gene expression, such as the cis-regulatory elements (CREs) that surround the HoxD cluster and its noncoding RNAs (ncRNAs). In this PhD Thesis, I have explored regulatory evolution of HoxD genes engaged in the development of appendicular and anterior-posterior body (AP) axes in amniotic lineages that exhibit homoplastic morphological peculiarities: snakelike squamates (Chapters I and II) and diprotodontid marsupials (Chapter III). In Chapter I, I investigated in snakes and amphisbaenians, whether equivalent regulatory signatures were registered in the Conserved Sequence B (CsB), a centromeric Hoxd10-13 CRE, during evolution of snakelike morphologies. Using lizards and other tetrapods to represent the lacertiform morphology, conserved regions within CsB were sequenced from 38 squamate species, and transcription factor binding sites (TFBS) were predicted and compared among groups. Both snakelike lineages carry divergent and convergent regulatory signatures not identified in lizards; the convergence located in one CsB segment comprised loss of limb-related TFBS and gain of a binding site for PBX1. This convergent regulatory signature registered along two independent processes of snakelike evolution may relate to body elongation and limb loss, and evidences a role of CsB for AP axis development. In Chapter II, I investigated whether a telomeric (CNS65) and a centromeric (Island I) Hoxd enhancer that regulate gene expression respectively at proximal and distal regions of developing limbs retain their regulatory capacities in Serpentes. Gene reporter expression of these CREs from snakes were performed in transgenic mice and revealed that their regulatory activities were abrogated in limb buds. Comparison of predicted TFBS in these elements between snakes and limbed tetrapods revealed limb-related TFBS apparently lost in snakes, and pointed to one potential stilopodium/zeugopodium-specific element in CNS65 and three likely autopodium-specific elements in Island I. Limb loss in snakes registered signatures in Hoxd CREs that possibly contributed for their functional impairment, putatively indicating limb-specific modules. Finally, in the chapter III, I studied ncRNAs from HoxD cluster in the context of hindlimb morphological evolution and heterochrony between fore and hindlimb development in the tammar wallaby Macropus eugenii. The ncRNAs mapped to HoxD cluster were selected from transcriptome performed using tammar embryo limbs at days 23 (d23) and 25 (d25) of viii pregnancy, and their conservation, transcriptional profiles and expression patterns were explored. Comparison with orthologous sequences in other mammals revealed five ncRNAs conserved among mammals, and three transcripts apparently exclusive to marsupials. Transcriptional profiles of HOXD10-13 and HoxD ncRNAs were mostly equivalent. XLOC46 expression patterns resembled those of mouse and tammar terminal HOXD genes, whereas XLOC52 and XLOC53 showed identical expression patterns to those genes of tammar, except for XLOC53 low expression at d25. The ncRNAs intergenic/intronic to HOXD9-12 may regulate expression of terminal HOXD genes in mammals, and XLOC52 and XLOC53 are suitable for investigation regarding limb evolution in marsupial. This PhD Thesis demonstrates how studies of evolutionary footprints in regulatory elements of developmental genes contribute for elucidating specific processes during lineages divergence as well as functional aspects of these genes during development.

Made available in DSpace on 2016-04-25T18:39:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aderbal Alfonso Hoppe.pdf: 533134 bytes, checksum: 9f8b83dfeea68bfdd9549643a8c701d8 (MD5) Previous issue date: 2012-11-14 / At the close of the financial statements at December 31, 2010, corporate accounting practices in Brazil underwent the largest transformation in their history, in aligning with international accounting standards. This process generated differences in accounting practices between those accepted under tax legislation and those accepted under economic sector regulatory environments. The electric power distribution sector, in providing a public service, is regulated by a Granting Authority. The two main methods of regulation and inspection used by the Granting Authority are: i) to establish tariff practices so that through this mechanism there is control over levels of revenue and costs; and ii) to establish accounting practices through the Electrical Sector Accounting Manual. Concession agreements are standardized with similar economic and financial characteristics, which in turn, generate similar accounting events. This work is intended to analyze the differences in accounting practices between corporate financial statements and regulatory financial statements. To achieve this objective a conceptual review of the corporate and regulatory accounting practices was performed, including the economic and financial characteristics of the main examples of these differences in accounting practices. It was concluded through analysis of corporate and regulatory balance sheets at December 31, 2011, that despite the fact that corporate and regulatory accounting practices are formalized and mandatory for the balance sheet at that base date, there were inconsistencies, or a lack of application, of the accounting practices required under regulatory accounting. Accordingly, while it is evidently a positive notion to prepare and disclose regulatory financial statements that reconcile with accounting practices, at this stage this requires more detail and supplementary information in regulatory financial statements, as well as the complete adoption of regulatory accounting practices by all electric power distributors / No encerramento das demonstrações contábeis societárias de 31 de dezembro de 2010, a contabilidade societária no Brasil completou a maior transformação de sua história pelo processo de harmonização para as normas internacionais de contabilidade. Esse processo gerou diferenças de práticas em relação às aceitas pela legislação tributária e pelo ambiente de regulação de setores econômicos. O setor de distribuição de energia elétrica, por ser de prestação de serviço público, é regulado pelo Poder Concedente. Dois dos principais meios de regulação e fiscalização usados pelo do Poder Concedente são: i) determinar a tarifa prática e que por meio deste mecanismo há o controle de níveis de receita e custos; e ii) determinar práticas contábeis por meio do Manual de Contabilidade do Setor Elétrico. Os contratos de concessão são padronizados, com características econômicas e financeiras semelhantes e que, por consequência, gerando eventos contábeis semelhantes. Esse trabalho tem como objetivo analisar as diferenças de práticas contábeis entre as demonstrações contábeis societárias e regulatórias. Para o alcance deste objetivo foi feita uma revisão conceitual sobre as práticas contábeis societárias e regulatórias, incluindo as características econômicas e financeiras dos principais eventos de diferenças de práticas contábeis. Conclui-se por das análises dos balanços societários e regulatórios de 31 de dezembro de 2011, que apesar das práticas contábeis societárias e regulatórias estarem formalizadas e com aplicação obrigatória nos balanços da referida data-base, observou-se que há divergências de aplicação ou falta de aplicação de práticas contábeis requeridas na contabilidade regulatória. Com isso, observa-se que se montra positiva a intenção de preparar e divulgar as demonstrações contábeis regulatórias que conciliem com as práticas contábeis. Entretanto, mas que ainda está em estágio que requer um detalhamento e complemento das informações nas demonstrações contábeis regulatórias, bem como, que ocorra a completa adoção das práticas contábeis regulatórias por todas as distribuidoras de energia elétrica

Fatores de transcrição (FT) são proteínas que se ligam em sequências específicas e bem conservadas de nucleotídeos no DNA, denominadas sítios de ligação dos fatores de transcrição (SLFT), localizadas em regiões de regulação gênica conhecidas como módulos cis-reguladores (CRM). Ao reconhecer o SLFT, o fator de transcrição se liga naquele sítio e influencia a transcrição gênica positiva ou negativamente. Existem técnicas experimentais para a identificação dos locais dos SLFTs em um genoma, como footprinting, ChIP-chip ou ChIP-seq. Entretanto, a execução de tais técnicas implica em custos e tempo elevados. Alternativamente, pode-se utilizar as sequências de SLFTs já conhecidas para um determinado fator de transcrição e aplicar técnicas de aprendizado computacional supervisionado para criar um modelo computacional para tal sítio e então realizar a predição computacional no genoma. Entretanto, a maioria das ferramentas computacionais existentes para esse fim considera independência entre as posições entre os nucleotídeos de um sítio - como as baseadas em PWMs (position weight matrix) - o que não é necessariamente verdade. Este projeto teve como objetivo avaliar a utilização de gramáticas regulares estocásticas (GRE) como técnica alternativa às PWMs neste problema, uma vez que GREs são capazes de caracterizar dependências entre posições consecutivas dos sítios. Embora as diferenças de desempenho tenham sido sutis, GREs parecem mesmo ser mais adequadas do que PWMs na presença de valores mais altos de dependência de bases, e PWMs nos demais casos. Por fim, uma ferramenta de predição computacional de SLFTs foi criada baseada tanto em GREs quanto em PWMs. / Transcription factors (FT) are proteins that bind to specific and well-conserved sequences of nucleotides in the DNA, called transcription factor binding sites (TFBS), contained in regions of gene regulation known as cis-regulatory modules (CRM). By recognizing TFBA, the transcription factor binds to that site and positively or negatively influence the gene transcription. There are experimental procedures for the identification of TFBS in a genome such as footprinting, ChIP-chip or ChIP-Seq. However, the implementation of these techniques involves high costs and time. Alternatively, one may utilize the TFBS sequences already known for a particular transcription factor and applying computational supervised learning techniques to create a computational model for that site and then perform the computational prediction in the genome. However, most existing software tools for this purpose considers independence between nucleotide positions in the site - such as those based on PWMs (position weight matrix) - which is not necessarily true. This project aimed to evaluate the use of stochastic regular grammars (SRG) as an alternative technique to PWMs in this problem, since SRGs are able to characterize dependencies between consecutive positions in the sites. Although differences in performance have been subtle, SRGs appear to be more suitable than PWMs in the presence of higher base dependency values, and PWMs in other cases. Finally, a computational TFBS prediction tool was created based on both SRGs and PWMs.

Submitted by Maíra Ayres Torres (mairaayres@gmail.com) on 2016-03-02T21:37:35Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Versal Final Aprovada (02.03.2016).pdf: 2643109 bytes, checksum: fc462587d60b8f9cab295d0dc2e7eb8d (MD5) / Approved for entry into archive by BRUNA BARROS (bruna.barros@fgv.br) on 2016-03-04T18:03:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Versal Final Aprovada (02.03.2016).pdf: 2643109 bytes, checksum: fc462587d60b8f9cab295d0dc2e7eb8d (MD5) / Approved for entry into archive by Marcia Bacha (marcia.bacha@fgv.br) on 2016-03-07T13:21:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Versal Final Aprovada (02.03.2016).pdf: 2643109 bytes, checksum: fc462587d60b8f9cab295d0dc2e7eb8d (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-07T13:21:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Versal Final Aprovada (02.03.2016).pdf: 2643109 bytes, checksum: fc462587d60b8f9cab295d0dc2e7eb8d (MD5) Previous issue date: 2016-01-27 / The present study is developed to analyze the asymmetric regulation model from two specific problems: the mechanisms required to obtain an asymmetric environment, as well as the manner in which to orchestrate such a model, in order to reconcile sustainable coexistence in a hybrid structure of competition. Changing a symmetric regulation environment observed shall be the way can be promoted to an asymmetric environment, safeguarding the rights and obligations of providers of certain activity. Moreover, it will seek to suggest legal instruments to allow the composition of two ways to undertake an economic activity, one who will take under public law (publicatio); and another that relates to private law (ordenatio); comprising well, assymetric regulation. As an illustration, will be verified the provisional measure (MP) 656/14 - which provided a possible model in which they would have two airport infrastructure offerings - to better exemplify how, legally, can make this organization possible dual delivery, via government (or delegatee), in the form of 'concessão'; and the private sector, according to 'autorização'. / O presente estudo destina-se à análise do modelo de assimetria regulatória, a partir de dois problemas pontuais, quais sejam: os mecanismos necessários para se obter um ambiente assimétrico, bem como a maneira pela qual se deve orquestrar tal modelo, de forma a compatibilizar uma convivência sustentável em uma estrutura híbrida de competição. Observar-se-á a maneira pela qual pode ser promovida a alteração de um ambiente de simetria regulatória para um ambiente de assimetria, resguardando os direitos e obrigações dos prestadores de determinada atividade, inseridos naquela seara. Ademais, buscar-se-á sugerir instrumentos legais para se permitir a composição de dois meios de exploração de determinada atividade econômica, um que se dê segundo o direito público (publicatio); e outro, que se relacione com o direito privado (ordenatio); compreendendo assim, a dita assimetria regulatória. A título ilustrativo, adentrar-se-á na verificação da medida provisória (MP) 656/14 - a qual previa um possível modelo em que se teria duas ofertas de infraestrutura aeroportuária - para melhor exemplificar como, juridicamente, pode-se viabilizar esta disposição de prestação dual, via poder público (ou delegatários), segundo a forma de concessão; e iniciativa privada, segundo a forma de autorização.

Submitted by Rafaela Moraes (rafaela.moraes@fgv.br) on 2016-09-12T13:53:36Z No. of bitstreams: 1 Dissertação final - Eduardo Nunes - 110911.pdf: 2445774 bytes, checksum: 5a9e59fca83a6a50ff485c12ef6ce047 (MD5) / Approved for entry into archive by Rafaela Moraes (rafaela.moraes@fgv.br) on 2016-09-12T13:54:26Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação final - Eduardo Nunes - 110911.pdf: 2445774 bytes, checksum: 5a9e59fca83a6a50ff485c12ef6ce047 (MD5) / Approved for entry into archive by Rafaela Moraes (rafaela.moraes@fgv.br) on 2016-09-12T13:55:06Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação final - Eduardo Nunes - 110911.pdf: 2445774 bytes, checksum: 5a9e59fca83a6a50ff485c12ef6ce047 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-12T13:55:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação final - Eduardo Nunes - 110911.pdf: 2445774 bytes, checksum: 5a9e59fca83a6a50ff485c12ef6ce047 (MD5) Previous issue date: 2011 / The regulatory system varies depending on the country's institutional endowment. A component of the regulatory system is regulatory governance, namely the set of safeguards that limit discretionary actions of the regulator. In Brazil, one of the safeguards is the institutional design of regulatory agencies. This design consists of a series of factors among which stands out autonomy, commonly divided into administrative, financial and political. The ultimate goal of this study is to evaluate the financial autonomy of federal regulatory agencies. The greater financial autonomy is, the more robust regulatory governance tends to be, because the institutional design plays a better role as safeguard. Strengthened governance contributes to the stability of rules, reduces regulatory risk and enhances the attraction of private investments, which ultimately leverage the country's economic development. To achieve the ultimate goal, it will be held an exploratory, descriptive and explanatory research. The means used are bibliographic, documentary and multiple cases. Each case is selected in a non-probabilistic way by typicality and accessibility, in that order, in order to reach contrasting results (theoretical replication). These criteria determine the choice of all federal regulatory agencies, with the exception of ANAC, because of the accessibility of its budgetary and financial data. Thus, from data of ANEEL, ANATEL, ANP, ANVISA, ANS, ANA, ANTAQ, ANTT and ANCINE for the years 2002 to 2010, four indicators are calculated: budget availability, budget execution, financial execution, and budget and financial overlay. The averages of these partial indicators comprise a comprehensive indicator of financial autonomy. The results are compared between the agencies, between the generations of the agencies and between the sectors of activity of the agencies, using the technique of analysis of variance with a significance level of five percent. The evaluation of the financial autonomy of federal regulatory agencies is unexpected. Rejecting the initial hypotheses, the regulatory agencies of first generation have inferior results to those agencies from second and third generation, and infrastructure agencies have inferior results to social agencies. These results highlight the need to revise the model of budgetary and financial management designed for federal regulatory agencies. The legal provision of own sources of funds is not sufficient to ensure the financial autonomy of agencies to the extent that the central government makes use of increasingly frequent resources impoundments. / O sistema regulatório varia conforme a dotação institucional do país. Um componente do sistema regulatório é a governança regulatória, isto é, o conjunto de salvaguardas que limita ações discricionárias do regulador. No caso brasileiro, uma das salvaguardas é o desenho institucional das agências reguladoras. Este desenho é formado por uma série de elementos entre os quais se destaca a autonomia, comumente dividida em administrativa, financeira e política. O objetivo final deste estudo é avaliar a autonomia financeira das agências reguladoras federais. Quanto maior a autonomia financeira, mais robusta tende a ser a governança regulatória, pois melhor é o papel desempenhado pelo desenho institucional das agências como salvaguarda. Fortalecida, a governança contribui para a estabilidade de regras, reduz o risco regulatório e potencializa a atração de investimentos privados, o que, em última análise, alavanca o desenvolvimento econômico do país. Para alcançar o objetivo final, realiza-se pesquisa exploratória, descritiva e explicativa. Os meios utilizados são bibliográficos, documentais e estudo de múltiplos casos. Cada caso é selecionado de forma não probabilística por tipicidade e por acessibilidade, nesta ordem, a fim de se chegar a resultados contrastantes (replicação teórica). Estes critérios determinam a escolha de todas as agências reguladoras federais, com exceção da ANAC, em virtude da acessibilidade de seus dados orçamentários e financeiros. Assim, a partir dos dados da ANEEL, ANATEL, ANP, ANVISA, ANS, ANA, ANTAQ, ANTT e ANCINE referentes aos anos de 2002 a 2010, são calculados quatro indicadores: de disponibilidade orçamentária, de execução orçamentária, de execução financeira e de sobreposição orçamentária e financeira. As médias aritméticas desses indicadores parciais compõem um indicador global de autonomia financeira. Os resultados encontrados são comparados entre as agências, entre as gerações das agências e entre os setores de atuação das agências, utilizando-se a técnica da análise de variância a um nível de significância de cinco por cento. A avaliação da autonomia financeira das agências reguladoras federais é surpreendente. Rejeitando as hipóteses iniciais, as agências reguladoras de primeira geração obtêm resultados inferiores às agências de segunda e terceira geração, e as agências de infraestrutura resultados inferiores às agências sociais. Estes resultados evidenciam a necessidade de revisão do modelo de gestão orçamentária e financeira concebido para as agências reguladoras federais. A previsão legal de fontes próprias de recursos não é suficiente para assegurar a autonomia financeira das agências na medida em que o governo central faz uso cada vez mais frequente de contingenciamentos de recursos.