Made available in DSpace on 2016-12-23T13:49:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Paolla Mendes do Vale de Abreu.pdf: 1824788 bytes, checksum: 68f75796e85ff3e4e63667cc51384d6b (MD5) Previous issue date: 2011-03-04 / O mamoeiro (Carica papaya L.) é uma das fruteiras mais cultivadas e o mamão uma das frutas mais consumidas nas regiões tropicais e subtropicais do mundo. O Brasil é o maior produtor mundial de mamão e os estados do Espírito Santo e da Bahia são responsáveis por mais de 70% da área brasileira produtora deste fruto. As doenças, no entanto, constituem os principais fatores limitantes da produção. A meleira do mamoeiro, causada pelo Papaya meleira virus (PMeV), de genoma de RNA fita-dupla (dsRNA), é uma das que ainda não possui uma cultivar resistente. Uma via de resistência às viroses em plantas é ativada por moléculas de dsRNA. Após perceber a presença do dsRNA, a célula inicia uma rota de degradação de moléculas de RNA, que podem ser virais, impedindo, assim, o progresso da infecção. Este trabalho teve como objetivo avaliar a indução de resistência ao PMeV em mudas de mamoeiro utilizando moléculas de dsRNA extraídas do genoma viral. Quatro diferentes tratamentos foram avaliados qualitativa e quantitativamente por meio do diagnóstico molecular do vírus por RT-PCR convencional e RT-PCR em tempo real, respectivamente, em amostras de folha. As mudas de mamoeiro inoculadas apenas com PMeV mostraram intensa infecção pelo vírus logo nos primeiros dias pós-inoculação, enquanto as mudas inoculadas simultaneamente com PMeV e dsRNA do mesmo vírus mostraram uma infecção viral mais atenuada, o que sugere uma redução no sucesso infeccioso pelo vírus causador da meleira. A inoculação combinada em mudas de mamoeiro do PMeV com o dsRNA viral reduziu o progresso da infecção

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-12-12Bitstream added on 2014-06-13T20:35:37Z : No. of bitstreams: 1 lopes_mc_me_araca.pdf: 187442 bytes, checksum: e5c382aecfe4bb38f157a656bfad5f2a (MD5) / As análises antigênica e genética são ferramentas importantes para o estudo da epidemiologia da raiva em uma região. A recuperação e reisolamento viral a partir de amostras conservadas por longos períodos em temperatura de congelamento é essencial para estudos retrospectivos. Porém, o tempo de conservação, associado a repetidos ciclos de congelamento e descongelamento, promove uma perda significativa na viabilidade do vírus, condição esta que pode ser contornada com a utilização de técnicas de biologia molecular, como a RT-PCR. Com o objetivo de verificar a viabilidade e detectar o RNA do vírus rábico, 95 amostras com diagnóstico positivo e armazenadas por 4 a 13 anos a –20 e –80ºC foram avaliadas por inoculação intracerebral em camundongos e RT-PCR. Apenas 33,6% (32/95) das amostras inoculadas em camundongos foram positivas, enquanto que a RTPCR detectou o genoma viral em 65,3% (62/95). Houve diferença estatisticamente significativa (p<0,0001) na viabilidade das amostras e na detecção do genoma viral na amostras armazenadas por mais de 10 anos, sendo a porcentagem de positividade de 22,1% e 59,7%, respectivamente. O presente estudo confirma a importância da RT-PCR na detecção do genoma viral em amostras conservadas por longo período de tempo, incluindo aquelas em estado visível de decomposição. / The antigenic and genetic analyses are important tools for retrospective study of rabies epidemiology in a region. The recovery and viral re-isolation from samples conserved for long periods in freezing temperature are essential for these studies. However, time conservation, associated with temperature variations, causes a significative virus viability loss. On the other hand, molecular tools, such as RT-PCR, can overcome this condition. For this purpose, 95 positive samples stored for 4 to 13 years at -20 and -80ºC were evaluated by intracerebral inoculation in mice and RT-PCR. Of this total, only 33,6% (32/95) had been positive in the intracerebral inoculation, while RT-PCR detected the viral genoma in 65.3% (62/95). It had a significant difference (p>0,0001) in the viability of the samples and the detention of the viral genoma from those samples store for more than 10 years and the percentage of positivity reached 22,1% and 59,7%, respectively. The present study confirms the importance of the RT-PCR technique for detection of viral genoma in old samples, including those in apparent state of decomposition.

Orientador: Luzia Helena Queiroz da Silva / Banca: Avelino Albas / Banca: Silvana Regina Favaretto Lazarini / Resumo: As análises antigênica e genética são ferramentas importantes para o estudo da epidemiologia da raiva em uma região. A recuperação e reisolamento viral a partir de amostras conservadas por longos períodos em temperatura de congelamento é essencial para estudos retrospectivos. Porém, o tempo de conservação, associado a repetidos ciclos de congelamento e descongelamento, promove uma perda significativa na viabilidade do vírus, condição esta que pode ser contornada com a utilização de técnicas de biologia molecular, como a RT-PCR. Com o objetivo de verificar a viabilidade e detectar o RNA do vírus rábico, 95 amostras com diagnóstico positivo e armazenadas por 4 a 13 anos a -20 e -80ºC foram avaliadas por inoculação intracerebral em camundongos e RT-PCR. Apenas 33,6% (32/95) das amostras inoculadas em camundongos foram positivas, enquanto que a RTPCR detectou o genoma viral em 65,3% (62/95). Houve diferença estatisticamente significativa (p<0,0001) na viabilidade das amostras e na detecção do genoma viral na amostras armazenadas por mais de 10 anos, sendo a porcentagem de positividade de 22,1% e 59,7%, respectivamente. O presente estudo confirma a importância da RT-PCR na detecção do genoma viral em amostras conservadas por longo período de tempo, incluindo aquelas em estado visível de decomposição. / Abstract: The antigenic and genetic analyses are important tools for retrospective study of rabies epidemiology in a region. The recovery and viral re-isolation from samples conserved for long periods in freezing temperature are essential for these studies. However, time conservation, associated with temperature variations, causes a significative virus viability loss. On the other hand, molecular tools, such as RT-PCR, can overcome this condition. For this purpose, 95 positive samples stored for 4 to 13 years at -20 and -80ºC were evaluated by intracerebral inoculation in mice and RT-PCR. Of this total, only 33,6% (32/95) had been positive in the intracerebral inoculation, while RT-PCR detected the viral genoma in 65.3% (62/95). It had a significant difference (p>0,0001) in the viability of the samples and the detention of the viral genoma from those samples store for more than 10 years and the percentage of positivity reached 22,1% and 59,7%, respectively. The present study confirms the importance of the RT-PCR technique for detection of viral genoma in old samples, including those in apparent state of decomposition. / Mestre

O transporte de iodo para tireóide é mediado pelo simportador sódio-iodo (NIS), glicoproteína de 643 aminoácidos localizada na região basolateral da célula folicular que acopla a entrada de sódio e iodo para o interior da célula. A clonagem do gene NIS em 1996 foi o primeiro passo na investigação dos mecanismos moleculares responsáveis pela diminuição da captação do radioiodo nos tumores benignos e malignos da tireóide. Estudos prévios sobre a expressão do gene NIS baseados em quantificação do transcrito e/ou análise imuno-histoquímica da proteína, mostraram resultados bastante divergentes. A maioria dos estudos com RT-PCR mostrou redução ou até ausência do transcrito do NIS. Os estudos mais recentes de imunohistoquímica, no entanto, mostraram aumento da expressão da proteína NIS, ao invés de diminuição. Poucos foram os estudos que fizeram análise do transcrito e da proteína concomitantemente nas mesmas amostras. Este estudo teve como objetivo quantificar o RNAm do gene NIS e avaliar a expressão e localização celular da proteína NIS, através das técnicas de RT-PCR em tempo real e exame imunohistoquímico, respectivamente. Foram estudadas 30 amostras de nódulos de tireóide, sendo 14 nódulos benignos e 16 nódulos malignos, sempre pareados com o tecido não-tumoral do mesmo paciente. Através de exame cintilográfico, verificouse que 100% dos nódulos malignos e 85,7% dos benignos eram hipocaptantes. Houve diminuição da expressão gênica do NIS em 78,6% dos nódulos benignos, em 81,2% dos carcinomas utilizando o gene PSMC6 como controle interno e em 100% dos carcinomas com o gene GAPDH como controle interno. O exame imunohistoquímico da proteína NIS revelou positividade da proteína NIS no citoplasma em 100% dos tecidos não-tumorais, 100% dos nódulos benignos e 93,75% dos nódulos malignos, não sendo estatisticamente diferentes entre si. A positividade na membrana basolateral ocorreu em 23,3% das amostras não-tumorais, em 14,3% dos nódulos benignos e em 12,5% dos nódulos malignos, não se detectando diferença significativa entre os grupos. A comparação da intensidade da imunoexpressão do NIS no citoplasma entre os nódulos versus os tecidos não-nodulares mostrou que esta foi maior em 64,3% dos nódulos benignos e em 87,5% dos malignos. Houve associação entre diminuição da quantificação gênica do NIS tumoral e aumento da imuno-expressão da proteína NIS no citoplasma tumoral em 50% dos nódulos benignos, 87,5% dos nódulos malignos, quando se utilizou o GAPDH como controle interno e, em 68,75% dos nódulos malignos quando se utilizou o PSMC6. A diminuição da expressão gênica do NIS associada a maior imuno-positividade intracitoplasmática da proteína NIS se deve a provável incapacidade de migração da proteína para a membrana plasmática. / The iodide uptake by epithelial thyroid cells requires the expression of sodium iodide symporter (NIS), a transmembrane glycoprotein of 643 amino acids. NIS is located at basolateral plasma membrane of the thyroid follicular cells and couples the transport of iodide and sodium to this cells. NIS gene was cloned in 1996, being the first step of investigation of the mechanisms responsible for the lower uptake of radioiodide by benign and malignant thyroid tumors. Previous studies about expression of NIS gene based in quantification by RT-PCR and/or immunohistochemistry analysis showed divergent data. The majority of RT-PCR studies showed reduction or even absence of transcript of NIS in malignant tumors. Recent studies of immunostaining showed that many tumors overexpress rather than under express NIS. Only a few studies have made the analysis of the transcript and the protein at the same time in the same samples. The objective of this study was to investigate NIS transcript levels and the presence and location of NIS protein, using real time RT-PCR and immunohistochemistry, respectively. It was included 30 samples of thyroid tumors, 14 benign and 16 malignant ones, always compared to adjacent non-tumoral samples. Scintigraphic findings showed that 100% of malignant tumors and 87.5% of benign ones were ?cold?. RT-PCR data revealed lower gene expression in 78.6% of the benign tumors, 81.2% of the carcinomas using PSMC6 as a housekeeping gene and 100% of the carcinomas using GHPDH as a housekeeping gene, when paired to the normal tissue samples. Immunohistochemical staining revealed presence of NIS protein in 100% of the nontumoral samples, 100% of the benign tumors and 93.75% of the malignant tumors. No statistical differences were detect in this data. NIS protein was identified at basolateral membrane in 23.3% of non-tumoral samples, 14.3% of benign tumors and 12.5% of malignant tumors. No statistical differences were detect in this data. Higher quantities of intracytoplasmatic NIS protein were detect in 64.3% of benign tumors and in 87.5% of malignant tumors when compared to non-tumoral samples. Association between lower gene expression and higher presence of intracytoplasmatic NIS protein was found in 50% of benign tumors, 87.5% of malignant tumors using GHPDH as a housekeeping gene and 68.75% of malignant tumors using PSMC6 as a housekeeping gene. The reduced gene expression of NIS in thyroid tumors with strong intracytoplasmatic staining may be due to his incapacity in migrating to cellular membrane.

Orientador: Fernando Ferreira Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-08T16:15:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Alberto_FernandoLopes_D.pdf: 5633645 bytes, checksum: 7354434461195623d47c6efe24126229 (MD5) Previous issue date: 2003 / Resumo: Câncer é o resultado de anomalias no genoma acumuladas ao longo do tempo e corresponde a doença genética mais freqüente na população humana. Os últimos anos têm presenciado enormes avanços tecnológicos que facilitaram o desenvolvimento de técnicas para análise em larga escala do conjunto dos genes expressos nos diferentes tecidos, sendo responsável pela explosão do conhecimento em medicina molecular. No presente trabalho avaliamos o transcriptoma da leucemia mielóide crônica através da técnica de ORESTES (Open Reading Frame Expressed Sequence Tags). As seqüências geradas foram agrupadas de acordo com sua homologia através do pacote de bioinformática Phrap. Essa estratégia aumentou o grau de cobertura genômica, já que as seqüências originais apresentavam tamanho máximo de 500 a 700 bases. Após a retirada dos contaminantes, obtivemos 2933 agrupamentos de seqüências (contigs) e 11568 seqüências isoladas. Cada contig representa um gene em potencial e o seu conjunto foi submetido a comparação com o banco de dados público nr para possibilitar a anotação e classificação funcional. Os agrupamentos ORESTES foram classificados em comunicação celular (19%); crescimento, desenvolvimento e manutenção celular (9%); metabolismo celular (30%); estrutura, motilidade e transporte celular (15%); função desconhecida (28%). Adicionalmente, estabelecemos o mapeamento cromossômico dos contigs obtidos, observando distribuição relativamente homogênea e proporcional representada em todos os cromossomos humanos. O mapeamento dos contigs gerados por ORESTES apresentou-se com padrão de distribuição semelhante ao observado por Venter e colaborasores, 2001. Comparamos o padrão de expressão obtido com o transcriptoma de medula óssea de paciente portador de anemia hemolítica hereditária (doença hematológica não neoplásica) gerado por SAGE (Serial Analysis of Gene Expression). Os genes encontrados foram ordenados de acordo com sua representatividade ou nível de expressão. Não houve correlação entre os padrões de expressão observados pos SAGE e por ORESTES. Do conjunto dos 100 genes mais representados nos ORESTES, dez foram selecionados para validação da expressão por PCR quantitativo em tempo real, utilizando o agente fluorescente SybrGreen I. Identificamos e confirmamos o aumento da expressão em nove genes na LMC. Destes, sete tinham aumento superior a 10 vezes o controle (CAMP, ABR, DEFA3, CSF3R, MLL2, S100A8 e MS4A3), com dois deles (DEFA3 e ABR) com aumento de cerca de 50 vezes ou mais. A análise funcional particularizada para cada um deste genes em LMC tem o potencial de identicar possíveis alvos para novas intervenções terapeuticas. O método mostrou-se poderoso para evidenciar e validar as diferenças de expressão gênica observadas pelas técnicas de seqüenciamento utilizadas anteriormente. Os dados deste trabalho constituem a primeira descrição do transcriptoma da leucemia mielóide crônica / Abstract: The complete collection of transcripts generated from the human genome cannot be predicted from the genome sequence, but should be directly determined for each tissue, due to variations of gene expression in different tissues and disease states, and because genes can encode multiple transcripts derived from alternate splicing and polyadenylation sites. As part of larger project that produced up to 1.2 million ORESTES (open reading frames expressed sequence tags) from different cancer tissues, we constructed a set of cDNAs obtained from bone marrow cells of patients with CML, that represented partial expressed gene sequences that are biased toward the central coding regions of the resulting transcripts (Dias-Neto E et al, Proc Nat Acad Sci USA 97:3491, 2000). The 27,361 ESTs were assembled into contigs using the Phrap package producing 2933 clusters containing 2 to 210 ESTs (leaving 11568 isolated sequences). Functional categories were attributed to the contigs on the basis of the annotation of the matched sequences in nr, into 5 major functional categories and 22 subcategories (cell communication (19%); cell growth, development and m contigs formed by the larger number of EST in bone marrow cells was co mpared with a control bone marrow sample obtained from a non-neoplastic hematologic condition (hereditary hemolytic anemia) and evaluated with SAGE (serial analysis of gene expression). Ten out of 100 most representative contigs had their expression data evaluated further by realtime quantitative PCR with Sybr Green I reagent, confirming the ORESTES data. Seven out of the 10 genes were more than 10-fold upregulated (CAMP, ABR, DEFA3, CSF3R, MLL2, S100A8 e MS4A3) and two additional genes were 50-fold or higher upregulated in CML (DEFA3 e ABR). The wealthy of information provided by this approach demonstrates its usefulness for the analysis of gene expression in specific hematopoietic tissues and diseases / Doutorado / Clinica Medica / Doutor em Clínica Médica

Faculdade Christus / Introduction: Genotypic testing for HIV-1 drug resistance is useful for selecting antiretroviral drugs for patients developing treatment failure. O melhor entendimento da sua interpretaÃÃo facilitarà sua utilizaÃÃo como ferramenta mÃdica na terapÃutica do HIV. The optimal understanding of its interpretation will give an important tool for HIV treatment. Objective: To identify common combinations of resistance mutations and antiretroviral resistance profile. Methods: Between April 2002 and March 2004, 101 protease and reverse transcriptase (RT) sequences were determined for HIV-1 isolates from patients who were failing antiretroviral therapy. Resistance profile was obtained by Stanford program. Results: male were 76.2%, median age 38 years, CD4 media was 279.21 cells/mm3 and Viral load 4.49 log. Total of 31 mutational patterns were detected to protease inhibitor (IP), 49 to nucleoside RT inhibitor (NRTI), and 17 to nonnucleoside RT inhibitor (NNRTI). K65R was detected in 5.9% isolates. The most frequent mutations were L90M, M184V and K103N to IP, NRTI and NNRTI respectively. The main mutational patterns accounted for 49% of mutant sequences to IP, 38.5% to ITRN accounted and 40,9% to NNRTI. Patients with three or more therapeutic failure had worst resistance profile to all IP except for Lopinavir, and NRTI except for Tenofovir. High resistance to Lamivudine and NNRTI were independent of failure quantity. Conclusion: The best susceptibility was found to Lopinavir at IPâs class and to Tenofovir at ITRNâs. The main mutational patterns to IP, ITRN and NNRTI represented almost half of all patterns found. / A Genotipagem està sendo usada como mÃtodo para guiar a seleÃÃo de antiretrovirais em pacientes com falha terapÃutica. O melhor entendimento da sua interpretaÃÃo facilitarà sua utilizaÃÃo como ferramenta mÃdica na terapÃutica do HIV. Objetivo: Avaliar o perfil de resistÃncia aos antiretrovirais e identificar padrÃes mutacionais das seqÃÃncias de protease e TR do HIV-1. MÃtodos: Foram estudadas as sequÃncias de genes da protease e TR isoladas de 101 amostras de pacientes com HIV-1 em falha terapÃutica, entre abril/2002 a marÃo/2004, atravÃs de Genotipagem realizadas no CearÃ. O Banco de dados de Stanford foi utilizado para avaliaÃÃo de resistÃncia e SPSS versÃo 11 e Epi Info versÃo 6 para anÃlise estatÃstica. Resultados: Sexo masculino 76,2%, mediana de idade 38 anos, CD4 mÃdio de 279,21 cells/mm3 e Carga Viral 4.49 log. Na classe de Inibidores de Protease (IP) 31 padrÃes mutacionais foram encontrados, nos inibidores da transcriptase reversa anÃlogos de nucleosÃdeos (ITRN) 49 e para inibidores da transcriptase reversa nÃo anÃlogos de nucleosÃdeos (ITRNN) 17. As mutaÃÃes mais frequentes foram L90M, M184V e K103N para IP, ITRN e ITRNN espectivamente. A K65R foi detectada em 5,9% dos isolados. TrÃs ou mais falhas terapÃuticas apresentaram maior perfil de resistÃncia para todos os IPs exceto para Lopinavir, e para todos os ITRNs exceto para Tenofovir. Os seis principais padrÃes mutacionais para IPs equivaleram a 49% das sequÃncias, para ITRNs a 38,5%, e para ITRNNs os dois principais padrÃes corresponderam a 40,9%. Foram encontrados altos Ãndices de resistÃncia para ITRNNs independente da quantidade de falhas terapÃuticas. ConclusÃo: Nos IPs a menor resistÃncia encontrada foi ao Lopinavir e nos ITRNs ao Tenofovir. Os principais padrÃes mutacionais para IPs, ITRNs e ITRNNs representaram quase metade de todos os padrÃes de resistÃncia encontrados.

Orientadores: Marcos Antonio Machado, Juliana de Freitas Astúa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T08:50:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kubo_KarenSumire_D.pdf: 11235043 bytes, checksum: fb3c7d7e7af4e5fc35ef4a27c3364fda (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: O Citrus leprosis virus C (CiLV-C) é o agente causal da leprose dos citros, uma doença incomum transmitida pelo ácaro Brevipalpus phoenicis. Uma vez que o CiLV-C permanece confinado em lesões localizadas nas folhas, ramos e frutos sem causar infecção sistêmica, o vetor precisa se alimentar nestas lesões para adquirir o vírus. O objetivo deste trabalho foi analisar os perfis de expressão diferencial entre um genótipo resistente (tangor 'Murcott') e um suscetível (laranja 'Pera') em resposta à leprose dos citros e identificar os possíveis mecanismos de resistência envolvidos na resistência à doença. Por esse motivo, antes da instalação dos experimentos biológicos, nós aperfeiçoamos a detecção do CiLV-C em seu vetor, para certificação da aquisição viral. O experimento biológico incluiu quatro grupos: genótipo resistente ou suscetível infestados com ácaros virulíferos ou avirulíferos para CiLV-C. Com o intuito de se identificar genes diferencialmente expressos, nós utilizamos lâminas de microarranjo com sondas baseadas na base de dados do Citrus EST (CitEST). As análises estatísticas foram realizadas por two-way ANOVA considerando os fatores genótipo e a infecção pelo CiLV-C, de maneira a se encontrar respostas envolvidas na resistência ao CiLV-C. Os resultados foram interpretados por Gene Set Enrichment Analysis (GSEA). Os resultados sugerem que existem receptor-like proteins (RLP) e receptor-like kinase (RLK) que podem reconhecer o vírus ou o ácaro, ativando uma resposta de defesa baseada na assinatura de 'Ca POT.2+' e ativação da via do ácido salicílico. Estudos adicionais ainda são necessários para verificar se a resposta de defesa pode estar relacionada à resistência sistêmica adquirida (SAR) / Abstract: Citrus leprosis virus C (CiLV-C) is the causal agent of citrus leprosis, an unusual disease transmitted by the mite Brevipalpus phoenicis. Since CiLV-C remains confined in localized lesions in leaves, stems and fruits without causing systemic infection, the vector needs to feed in these lesions to acquire the virus. The aim of this work was to analyze the differential gene expression profiles between resistant ('Murcott' tangor) and susceptible ('Pera' sweet orange) citrus genotypes in response to CiLV-C, and to identify possible mechanisms involved in disease resistance. For this reason, before the biological experiments were set, we improved the detection of CiLV-C in the mite vector to ensure virus acquisition. The biological experiment consisted in four groups: susceptible or resistant genotype infested with CiLV-C viruliferous or nonviruliferous mites. In order to identify differentially expressed genes, we used microarray chips designed using the Citrus EST database (CitEST). The statistical analysis was performed by two-way ANOVA considering the genotype and the infection by CiLV-C, aiming to find defense responses against CiLV-C. The results were interpreted by Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) and led to the hypothesis that receptor-like proteins (RLP) and receptor-like kinase (RLK) may recognize the virus or the mite triggering a defense response based on 'Ca POT.2+' signature and activation of Salicylic acid pathway (SA). Further studies are necessary to evaluate if the defense response could be related to the development of systemic acquired resistance (SAR) / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Le trypanosome est le parasite responsable de la maladie du sommeil chez l’homme et de la Nagana chez le bétail. Afin d’échapper au système immunitaire de son hôte mammifère, il remplace périodiquement la protéine VSG (Variant Surface Glycoprotein) présente en 10 millions d’exemplaires à sa surface. Ce mécanisme a pour nom la variation antigénique. <p>Pour être exprimé, le gène de VSG (VSG) doit se trouver en fin d’un site d’expression (ES) particulier. Cet ES est polycistronique, télomérique et transcrit par une ARN polymérase de type ribosomique (Pol I). 20 à 40 ESs similaires et un millier de VSGs sont recensés dans le génome du trypanosome. Cependant, un seul ES est totalement transcrit (actif) et un seul VSG est exprimé. La variation antigénique est donc possible par deux mécanismes: soit l’activation d’un autre ES, soit le remplacement du VSG dans l’ES actif. La base de ce système est l’activation d’un seul ES à la fois (contrôle monoallélique).<p>Au laboratoire, un modèle a été proposé où la transcription s’initie au niveau de tous les ESs mais n’aboutit au VSG que dans le cas de l’ES actif (Vanhamme et al. 2000). Dans ce cas uniquement, le transcrit primaire subit une maturation correcte (épissage et polyadénylation) et est exporté dans le cytoplasme. Etant donné que des transcrits Pol I subissent une maturation identique à des transcrits Pol II, la régulation s’effectuerait par recrutement d’une machinerie d’élongation/maturation de l’ARN de type Pol II (Pol II « RNA factory »). Cette dernière serait uniquement localisée au niveau de l’ES actif dans le compartiment nucléaire appelé ES body (Navarro and Gull, 2001).<p>Durant cette thèse, diverses stratégies ont été élaborées pour tester la validité du modèle. La première visait à comparer l’état de maturation d’un ES en fonction de son activité. Nos résultats ont appuyé l’idée que les transcrits d’ESs ayant subi une maturation correcte provenaient préférentiellement de l’ES actif mais le(s) facteur(s) en quantité limitante ne permettant cette maturation qu’au niveau de l’ES actif doivent encore être identifiés. Le seconde stratégie analysait l’acétylation des histones ainsi qu’un éventuel attachement différentiel à la matrice nucléaire de l’ES suivant son activité. Le niveau d’acétylation d’un ES lorsqu’il est actif n’a pu être étudié. Des résultats préliminaires en faveur d’une association préférentielle de l’ES à la matrice nucléaire lorsqu’il est actif ont été obtenus. Enfin, nous avons cloné deux homologues d’un facteur général de la transcription appelé TFIIS. Ce dernier permet à la Pol de redémarrer lorsqu’elle est bloquée par un site de pause. Individuellement chacun de ces facteurs ne semble pas être essentiel au trypanosome. Cependant, un retard de croissance a été observé lorsque les deux facteurs sont invalidés dans la même lignée cellulaire. Ce phénotype particulier doit être caractérisé. En parallèle, nous avons envisagé de caractériser le complexe de la Pol I du trypanosome. Cette stratégie constituait la manière la plus simple de mettre en évidence un éventuel contact physique et/ou fonctionnel entre la Pol I transcrivant l’ES et la machinerie d’élongation/maturation de l’ARN de type Pol II « RNA factory ». 5 sous-unités du complexe ont été identifiées, associées à une protéine de fonction inconnue ainsi qu’à des histones. L’identification d’autres protéines associées au complexe constitue notre perspective principale. La phosphorylation de la plus grande sous-unité du complexe a été démontrée mais son rôle doit encore être élucidé.<p> / Doctorat en sciences, Spécialisation biologie moléculaire / info:eu-repo/semantics/nonPublished

MSc (Microbiology) / Department of Microbiology

PhD (Microbiology) / Department of Microbiology / High genetic diversity is a major contributory factor in the development of drug resistance, in addition to challenges in diagnosis and treatment monitoring in the therapeutics of human immunodeficiency virus (HIV) .Within the wide HIV-1 diversity, differences in mutational frequency, disease progression, drug response and transmission amongst HIV-1 subtypes have been shown. In spite HIV-1 subtype C (HIV-1C) being the most prevalent variant globally, none of the available drugs nor screening assays for inhibitory molecules have been developed targeting the genetics of this important subtype. This study therefore aimed to overexpress and biophysically characterize HIV-1C reverse transcriptase and protease to serve as reagents in the development of assays for routine screening of molecules inhibitory to HIV-1C. Heterologous expression of HIV-1C reverse transcriptase and protease isolates that are prevalent in South Africa was carried out in Escherichia coli (E. coli (BL21-DE3). The secondary and tertiary structures of the proteins were determined using, circular dichroism (CD) and fluorescence spectroscopy respectively. Thereafter, interaction studies to delineate interaction properties of natural products for possible inhibition of protease were conducted. Furthermore, in silico studies to determine binding interactions, further confirmed by in vitro binding assays of a pepsin inhibitor homolog (Bm-33) from Brugia malayi , against protease were also conducted. Expressed reverse transcriptase and protease from the globally prevalent HIV-1C were shown to be structurally and functionally intact for application in downstream HIV-1 inhibition assays. Interaction studies on the other hand revealed successful inhibition of the expressed HIV-1C PR with gallotanin. Furthermore, binding interactions of Bm-33 and HIV-1 PR revealed the first intermolecular interactions of the two molecules displaying possible inhibition of HIV-1 PR / NRF