Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fundação de Apoio a Pesquisa e à Inovação Tecnológica do Estado de Sergipe - FAPITEC/SE / In Brazil, urban policies that call for sustainable urban development have been propagated in the context of environmental impact projects that, during the implementation process, use new technologies in the search for a balance between the quality of life of urban populations and the maintenance of resources available in cities. In the city of Recife (Pernambuco), several projects have been proposed with these characteristics. From this perspective, what is the concept of Sustainable Development advocated in these projects? In what way can Socio-environmental Ethics contribute to this debate? How to think about the risks in this context? Thus, this paper aims to analyse, in the light of socio-environmental ethics, the process of building the "Rios da Gente" Project (North and South sections) in Recife and its relations with other projects as a strategy for inserting the capital in the group of Brazilian cities that excel in urban sustainability or that innovate in the promotion of sustainability. Therefore, one must: identify and characterize the large public-private projects proposed or implemented in Recife between 2007 and 2017 that have a connection with the “Rios da Gente” Project; verify how the technologies proposed in the “Rios da Gente” may contribute in inserting Recife in the circuit of Smart Cities; and identify the socio-environmental risks and conflicts associated with the use of said technologies. We will work under the perspective of the Hypothetical-Deductive Approach method, and the research procedures include bibliographic research, documentary research, field research (direct observation, photographic registration and semi-structured interviews) and virtual research. The investigation of the data collected was performed over the content analysis proposed by Bardin, and the results partially corroborated with the presented hypothesis. By the end of the research, it is concluded that there is a greater concern around the technical characteristics of the construction work, to the detriment of an ethical discussion that better contextualizes the viability, the impacts and the socio-environmental risks involved in the project construction process. It is also identified that the managers and the people accountable in implementing the project care about the insertion of the city into the group of cities that are environmentally sustainable and attractive; while the concern of the population refers on the minimization of the importance of popular participation and the lack of communication about the risks inherent in its implementation. / No Brasil, as políticas urbanas que pleiteiam o chamado desenvolvimento urbano sustentável têm se propagado no âmbito dos empreendimentos de impacto que durante o processo de implementação utilizam novas tecnologias na busca pelo equilíbrio entre a qualidade de vida das populações urbanas e a manutenção dos recursos naturais disponíveis nas cidades. Nessa perspectiva, qual a concepção de Desenvolvimento Sustentável defendida nestes projetos? De que forma a Ética Socioambiental pode contribuir para esse debate? Como pensar os riscos nesse contexto? Posto isso, esse trabalho tem como objetivo analisar o processo de construção do Projeto Rios da Gente (trechos Norte e Sul) na Cidade do Recife à luz da ética socioambiental e a sua relação com outros projetos enquanto estratégia de inserção da cidade no grupo daquelas que apresentam excelência em sustentabilidade urbana ou que inovam na promoção da sustentabilidade. Para tanto, deve-se: Identificar e caracterizar os grandes projetos público-privados propostos ou implementados no Recife entre os anos 2007 e 2017 que possuem conexão com o Projeto Rios da Gente; Verificar como as tecnologias propostas no Projeto Rios da Gente podem contribuir para a inserção do Recife no circuito das cidades inteligentes; Identificar os riscos e conflitos socioambientais associados à utilização destas tecnologias. Trabalharemos sob a perspectiva do método de abordagem Hipotético-Dedutivo e os procedimentos de pesquisa contemplarão pesquisa bibliográfica, pesquisa documental, pesquisa de campo (observação direta, registro fotográfico e realização de entrevistas semiestruturadas), e pesquisa virtual. A investigação dos dados coletados foi realizada através da análise de conteúdo proposta por Bardin e os resultados corroboraram parcialmente com a hipótese apresentada. A partir da análise dos dados percebeu-se que há uma maior preocupação com as características técnicas da obra e suas consequências visíveis, em detrimento de uma discussão ética que contextualize a viabilidade do projeto, as externalidades geradas pela implemetação do mesmo e os riscos socioambientais envolvidos, sem considerar a execução de demais projetos que podem se constituir como interferências. Identifica-se também que enquanto a preocupação dos gestores e responsáveis pela implantação do projeto diz respeito a inserção da cidade no grupo daquelas ambientalmente sustentáveis e consequentemente atrativas, enquanto para a população o motivo de apreensão é a forma de construção do projeto que não deu a devida abertura à participação popular e não comunicou os riscos da implantação do mesmo. / São Cristóvão, SE

Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The archaeological site Teotônio, located on the upper Madeira River, next to the homonymous waterfall submerged by the construction of a dam, is considered in this research as a significant and persistent place. Research indicates the upper Madeira as a special context where, unlike the rest of the Amazon, There are long and continuous human occupations, and wide linguistic and cultural diversity. Human presence dates back to 9,500 years BP at the Teotônio site, making it a microcosm of regional historical processes. This analysis focuses on archaeological ceramic material (dating from 3250 years BP) and the construction of the landscape, and seeks to understand how the indigenous ceramist peoples lived, managed and resignified this place. Finally, taking a regional view, i argue how evidence for continuity at this site could relate to broader temporal and geographical episodes, allowing the elaboration of an indigenous history of long duration. / O sítio arqueológico Teotônio, localizado no alto rio Madeira, junto à antiga cachoeira homônima, submersa por conta da construção da barragem de uma usina hidrelétrica, é encarado nessa pesquisa como um lugar significativo e persistente. Pesquisas indicam o alto rio Madeira como um contexto particular, onde diferentemente do restante da Amazônia, há ocupações humanas longas e contínuas, com ampla diversidade linguística e cultural. Com presença humana que remonta a 9500 anos atrás até hoje, o sítio Teotônio se torna cenário privilegiado de reflexão, um microcosmo desse processo histórico. Concentrando-se na análise do material arqueológico cerâmico (datado a partir de 3250 anos AP) e da construção da paisagem, a pesquisa procurou compreender como os povos ceramistas indígenas agiram nesse lugar, manejando-o e ressignificando-o. Ao cabo, a partir de uma visão regional, a continuidade existente nesse sítio pode-se referir a episódios temporais e geográficos mais amplos, permitindo a elaboração de uma história indígena de longa-duração. / Laranjeiras, SE

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This work analyzed five mortuary depositions, whose most recent dating was of 4,390 ± 30 BP, all rescued from Layer B, at Sítio Justino, Canindé - São Francisco – Sergipe. Although there are several studies in Bioarchaeology with this collection, it was noticed an aspect that had not been worked out yet and that we judge to be of great importance: the taphonomy. Thus, the main objective of this research was to analyze the taphonomic aspects of the chosen sample. As specific objectives, we seek to assess the degree of osteological preservation and there was signs of paleopatologies or violence. The results of this study demonstrate the implications of taphonomic aspects in archaeological research and the limitations imposed by them in Bioarchaeology. / Neste trabalho, foram analisadas cinco deposições mortuárias, cuja datação mais recente foi de 4.390 ± 30 AP, todas resgatadas da Ocupação B, do Sítio Justino, município de Canindé do São Francisco, Sergipe. Apesar de existirem diversas pesquisas com esse acervo no âmbito da bioarqueologia, percebeu-se um aspecto que ainda não havia sido trabalhado e que julgamos ser de grande importância: a tafonomia. Sendo assim, o objetivo principal desta pesquisa foi analisar os aspectos tafonômicos da amostra escolhida. Como objetivos específicos, buscamos avaliar o grau de preservação osteológica e a possível presença de sinais de paleopatologias ou marcas de violência. Os resultados desse estudo demonstram as implicações dos aspectos tafonômicos nas pesquisas arqueológicas, bem como os limites impostos por eles na Bioarqueologia.

O objetivo do presente trabalho é o estudo da tecnologia de produção artefatual lítica lascada e suas cadeias operatórias em sítios líticos a céu aberto localizados no nordeste do Estado de São Paulo. Inicialmente foi levantada a bibliografia amadora e especializada dentro da área de estudo, dedicando atenção às tecnologias líticas produtivas e procurando nelas tópicos como preferências locacionais dos sítios líticos e os tipos de matérias-primas e seus suportes; em outras palavras, as economias de matéria-prima levadas a cabo pelos artesãos. Todo o aporte teórico-metodológico do conceito de cadeia operatória foi empregado, inclusive buscando-se o gestual dos artesãos - análise diacrítica, tentando reconstruir por meio do processo operatório e seu gestual o projeto mental do artesão, que se encontra sob uma matriz técnica, a tradição cultural. Por fim apresentamos os resultados das análises alcançados, sintetizando as cadeias operatórias praticadas e ilustrando os artefatos líticos por meio de croquis. Embora tenham sido estudados diretamente os artefatos líticos, com atenção a seus atributos técnicos, é fato que representam mais do que um contexto particular, e propiciam, mesmo que indiretamente, a possibilidade de que todo um sistema de sítios venha a ser pensado. / The main objective of this research is the study of the production technology of chipped stone artifacts and their operational sequence on lithic archaeological sites located in Northeastern São Paulo State. A bibliographic research was made based, firstly, on the amateur and specialized archaeological literature related to this specific subject, paying attention to the lithic production technology and looking for different topics such as locational preferences of the archaeological sites and the types of raw materials and their supports, in other words, the raw materials economy chose by the artisans. All methodological and theoretical operational sequence (\"chaîne opératoire\") was used, including the search for the artisans\' gestures - a diacritical analysis, intending to reconstruct through the operational processes and the gesture sequence the artisans\' mental project, related to a technical matrix - their technical tradition. Finally, the analytical results are presented, summarizing the operational sequences and illustrating lithic artifacts with drawings. Although lithic artifacts had been studied directly, focusing attention on its technical attributes, it is known that they represent more than a particular context, they may provide, even indirectly, interpretations about a whole system of sites.

A disposição dos povoados, vilas e cidades ao longo do litoral brasileiro sempre foi representação, para a historiografia, da interdependência da Colônia em face da expansão mercantilista européia. Em conseqüência, os estudos sobre a urbanização, fundamentados nos aspectos estruturais e econômicos da Idade Moderna, têm estes espaços como produto cultural dos grupos dominadores. Essa Dissertação de Mestrado procura mudar o foco de análise ao investigar os contextos sociais específicos dos núcleos urbanos nos primeiros eventos do colonialismo. Como suporte para a pesquisa, foram eleitas algumas cidades litorâneas do atual Estado de São Paulo: São Vicente, Santos, Cananéia, Iguape, São Sebastião e Ubatuba. A partir de pesquisas multidisciplinares, entre as Ciências do Urbanismo, História, Arqueologia, Geografia, Sociologia e Antropologia, as investigações evidenciaram a contribuição das sociedades indígenas nos processos de ocupação, não só das Vilas, mas de toda rede urbana. Presentes alguns séculos antes da chegada dos europeus, elegeram essa frente atlântica como habitat, estabelecendo nos nichos ecológicos seus lugares de vivência, estreitamente harmonizados com o meio ambiente. Essas escolhas balizaram a instalação dos futuros espaços urbanos. Os mesmos sítios, antes ocupados por aldeias (grupos locais), serão seqüenciados pela arquitetura de raiz européia. Os novos espaços, portanto, são fruto do encontro cultural entre indígenas e europeus. A percepção do elo afetivo que as pessoas têm com seus lugares, relativo aos povos indígenas, sinalizou que as representações não poderiam traduzir apenas o repertório cultural europeu. Afinal, pequenos grupos de brancos (ou indivíduos!) foram acolhidos por milhares de índios. Interagindo culturalmente conseguiram se adaptar e sobreviver. O novo cenário social decerto moldou a imagem dos aglomerados. A observação dos sítios, cenários ambientais, desenhos e imagens na linha do tempo, revelaram ao longo da pesquisa as evidências de suas singelezas. Uma recorrência nas Vilas estudadas simboliza o enlace dessas vertentes sociais: a articulação do módulo espacial da Matriz com a contigüidade da rua direita. As aproximações dos núcleos germinais foram obtidas com os levantamentos elaborados pelo Engenheiro Militar João da Costa Ferreira e colaboradores no final do século XVIII. Outra fonte cartográfica foi especialmente utilizada: os levantamentos da Comissão Geográfica e Geológica do Estado de São Paulo, do início do século XX. / The disposition of the population, villages and cities on the Brazilian coast from the interdependence of the Colony to the European commercial expansion was always seen thru history. Consequently, the studies based on the structural and economical aspects of the modern age, show these spaces as the product of the cultural dominant groups. This Masters degree theory tries to change the focus of these analyses once it investigates the social specific contexts of the urban areas from the first colony events. As support for this research the coastal cities chosen from the current state of São Paulo were: São Vicente, Santos, Cananéia, Iguape, São Sebastião e Ubatuba. From the multidiscipline researches, among the Sciences of Urbanism, History, Arqueology, Geography, Sociology and Anthropology the investigations prove the contribution from the Natives on the occupation process not only in the villages but also in all urban areas. Present a few centuries before the European arrived; they elected the Atlantic front as their habitat, establishing the places where they would live in straight harmony with the natural environment. These choices had direct influence in the future urban areas. The same places, which were chosen before from the tribes or local groups, would in sequence have the European architectural roots. Therefore the new spaces are the product of the cultural meeting between Europeans and natives. The perceptions of affection that people have with in relation with the places to the natives, demonstrated that it could not only translate the European culture. After all, small groups of whites (or individuals) were accepted by thousands of natives. Interacting culturally they adapted and survived. The new social scenery will definitely mold the image of these groups. The observation of places, environmental scenes and the design and images during the length of time revealed during the research the evidences of its simplicity. A fact in the villages studied symbolizes the enlace of social lines: the articulation of the cathedral with the continuity of direita street. The closeness of the originating groups was obtained from the data elaborated by the Military Engineer João da Costa Ferreira and the collaborators at the end of the eighteenth century. Another resource was used: the research from the Geographic And Geological Commission from the State of São Paulo, from the beginning of the twentieth century.

A presente pesquisa trata de aspectos funcionais e espaciais de um conjunto de sítios arqueológicos localizados na área setentrional do Pantanal Mato-grossense conhecida como Pantanal de Cáceres. Inseridos no contexto de diversidade cultural que caracteriza a região do Gran Chaco e Alto Paraguai, sítios arqueológicos associados à cerâmica Pantanal - atribuída a grupos pescadores-caçadores-coletores, e à cerâmica Descalvados - atribuída a grupos cultivadores - são discutidos a partir de seu material lítico e cerâmico, bem como da distribuição espacial desses vestígios. Pela primeira vez é realizado um estudo sobre o material lítico da ocupação Descalvados, evidenciando uma indústria de adornos. Ao longo do trabalho diferentes níveis de relações são explorados, desde as possíveis funções dos sítios no âmbito de sistemas de sítios, como a organização interna de um sítio da ocupação Descalvados. Para a discussão de sistemas de sítios são consideradas variáveis paisagísticas e a variabilidade presente no material arqueológico de distintos sítios. Para a discussão da organização interna de um sítio são comparados materiais cerâmicos e líticos, além de estruturas arqueológicas, aos quais foram atribuídas determinadas funções. Oposições binárias como tralha doméstica versus parafernália ritual, e espaços domésticos versus espaços funerários são exploradas numa perspectiva estruturalista, permitindo vislumbrar aspectos materiais e não materiais da ocupação Descalvados. A discussão extrapola a abordagem funcionalista ecológica, à medida que trata de aspectos que vão além das funções práticas dos elementos materiais e espaciais. São também testadas algumas hipóteses construídas previamente, tais como as funções das vasilhas cerâmicas, e a possível concomitância das ocupações associadas às cerâmicas Pantanal e Descalvados. Novas datações absolutas foram obtidas, preenchendo um lapso temporal que existia para a ocupação Descalvados, e recuando em cerca de um milênio o início da ocupação pelos grupos associados à cerâmica Pantanal / This research deals with functional and spatial aspects of a set of archeological sites located in the northern area of the Mato Grosso Pantanal known as the Pantanal of Cáceres. Within a context of cultural diversity which characterizes the region of the Gran Chaco and Upper Paraguay, archeological sites associated with Pantanal ceramics (attributed to groups of fishermen, hunters and collectors) and Descalvados ceramics (attributed to groups of farmers), are discussed in terms of the lithic and ceramic material, as well as the distribution of these remains. For the first time, a study is being carried out on the lithic material of the occupation by the Descalvados revealing the production of decorations. During the study, different levels of relationships were explored starting from the possible functions of the sites in the realm of site systems through to the internal organization of a site occupied by the Descalvados. In order to discuss the site systems, variables such as the surrounding area and variations in the archeological material present in distinct sites were taken into consideration. For discussion of the internal organization of the site, ceramic and lithic material were compared as well as archeological structures to which specific functions were attributed. Binary opositions such as domestic utensils vesus ritual paraphernalia and domestic space versus funeral spaces are explored from a structuralist perspective permitting a view of the material and non-material aspects of the Descalvados occupation. The discussion extrapolates the ecological, functionalist approach since it deals with aspects which go beyond the practical functions of the material and spatial elements. Also, some previously constructed hypotheses are tested such as the functions of the ceramic containers and the possible concomitance of the occupations associated with the Pantanal and Descalvados ceramics. New absolute datings were obtained filling in temporal gap that existed with respect to the Descalvados occupation taking back the beginning of the occupation by groups associated with Pantanal ceramics by one millennium

Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / This dissertation has the purpose of producing a regional history of the occupations of the producers of the pottery associated with the Amazonian Polychrome Tradition (TPA) in the area of the middle Solimões River. The case study of this research is the excavation and ceramic analysis of the São João site, near Lake Caiambé (Tefé-AM). To complete the objective the form and validity of the production of regional long-term indigenous histories will be discussed, a theoretical choice that will prioritize, in turn, the identification and analysis of past choices accumulated in the archaeological record and in the pottery remains. To size the scope of the research a literature review will present studies about the “TPA” category and about the archaeology and ethno-history of the Middle Solimões. The excavation and ceramic analysis of the São João site allowed a glimpse to the various forms that the producers of TPA occupied the landscape of the Solimoes River. The site and its ceramic analysis served as basis for the reinterpretation of the archaeology of the Middle Solimões and for the production of the regional history of these communities. The accumulated data led to the interpretation that this history is marked by the formation of interaction mosaics between ceramist groups. / A presente dissertação tem como propósito produzir uma história regional das ocupações de produtores das cerâmicas associadas a Tradição Polícroma da Amazônia (TPA) na área do médio rio Solimões. O estudo de caso da pesquisa é a escavação e análise cerâmica do sítio São João, próximo ao lago Caiambé (Tefé-AM). Para realizar esse objetivo será discutida a forma e validade da construção de histórias indígenas de longa duração, uma escolha teórica que priorizará, por sua vez, a identificação e análise das escolhas do passado acumuladas no registro arqueológico e nos vestígios cerâmicos. Para dimensionar o escopo da pesquisa, uma revisão bibliográfica apresentará trabalhos sobre a categoria TPA e sobre a arqueologia e etno-história do Médio Solimões. A escavação do sítio São João e sua análise cerâmica permitiram um vislumbre das variadas formas que os produtores da TPA ocuparam a paisagem do rio Solimões. A análise do sítio e de seu material cerâmico são a base para reinterpretar as pesquisas arqueológicas do Médio Solimões e produzir uma história regional dessas comunidades. Os dados acumulados levaram à interpretação que essa história é marcada pela formação de mosaicos de interações entre grupos ceramistas. / Laranjeiras, SE

Os projetos genoma têm fornecido uma grande quantidade de informação sobre a arquitetura gênica e sobre a configuração física de suas respectivas regiões flanqueadoras (RF). Estas RF contêm informações com o potencial de auxiliar na elucidação de vários processos biológicos, como os mecanismos de expressão gênica e de sua regulação. Estes mecanismos são de extrema importância para a compreensão do correto funcionamento dos organismos e das patologias que os afetam. Uma parte significativa dos mecanismos de controle de expressão gênica atuam na fase transcricional. Na base destes mecanismos está o recrutamento de proteínas que se ligam às regiões promotoras da transcrição, as quais são segmentos específicos de DNA que podem estar localizados tanto próximos à região de início da transcrição (TSS) quanto a centenas ou até a milhares de pares de bases dela. Essas proteínas compõem a maquinaria transcricional e podem ativar ou inibir o processo de transcrição. Experimentalmente, os segmentos regulatórios podem ser identificadas utilizando métodos complexos de biologia molecular, tais como SELEX, ChiP-ChiP, ChIP-Seq, dentre outros. Uma estratégia alternativa aos métodos experimentais é a utilização de metodologias computacionais. Análises computacionais tendem a ser mais rápidas, baratas e flexíveis do que protocolos experimentais, além de poderem ser utilizadas em larga escala. Atualmente, os métodos computacionais disponíveis necessitam de informações experimentais para a definição de padrões globais de preferências de sequências de DNA para a ligação de fatores de transcrição (TFBS, em inglês transcription factor binding sites). Entretanto, esses métodos apresentam uma elevada taxa de falso positivos e, por vezes, apresentam também taxas significativas de falso negativos, além de serem limitados ao estudo de fatores de transcrição de espécies bem conhecidas, o que diminui a área de aplicação dos mesmos. Diante deste cenário, o uso de métodos computacionais que não necessitem da informação referente aos sítios de ligação, bem como os que utilizem parâmetros mais robustos de detecção dos resultados, em detrimento dos escores de pontuação provindos de alinhamentos, podem acrescentar uma sensível melhoria ao processos de predição de regiões regulatórias. Neste projeto, foi desenvolvido um novo modelo computacional (TFBSAnalyzer) para análise e identificação de TFBS em elementos regulatórios, que utiliza técnicas de modelagem molecular para a construção de complexos entre um fator de transcrição ancorado a estruturas de DNA com sequências variáveis de bases e, através de cálculos termodinâmicos de entalpia de ligação, determina uma função de pontuação baseada na energia de ligação e realiza a predição de sítios de ligação ao DNA para o fator de transcrição em análise. Esta abordagem foi testada com três fatores de transcrição como sistemas-modelo, pertencentes à família dos receptores nucleares, a saber: o receptor de estrógeno ER-alfa (Estrogen Receptor Alpha), o receptor de ácido retinoico RAR-beta (Retinoid Acid Receptor Beta) e o receptor X retinóico RXR (Retinoid X Receptor). Os modelos previstos computacionalmente foram comparados aos dados experimentais disponíveis para estes receptores nucleares, os quais apresentaram as seguintes taxas de FP/FN: 10%/0 para RAR-beta e RXR, 21%/6% para ER-alfa. Também simulamos um experimento de ChIP-seq do ER-alfa no genoma humano, cujos genes selecionados foram submetidos a uma análise de enriquecimento de fatores de transcrição curados experimentalmente, que fazem sua regulação, revelando que o receptor de estrógeno está realmente envolvido no processo. Para mostrar a aplicabilidade geral de nosso método, nós modelamos a distribuição de energia de ligação para o receptor NHR-28 isoforma a de Caenorhabditis elegans com DNA . Obtivemos distribuições de energia semelhantes àquelas encontradas para os NRs modelos, portanto seria possível aplicar o método para buscar possíveis TFBSs para este receptor no genoma de C. elegans. Os dados gerados e as metodologias desenvolvidas neste projeto devem acrescentar uma sensível melhoria aos processos de predição de regiões regulatórias e consequentemente auxiliar no entendimento dos mecanismos envolvidos no processo de expressão gênica e de sua regulação. / The genome projects have provided a lot of information about the genetic architecture, as well as on the physical configuration of their flanking regions (FR). These FR have the potential to aid in the elucidation of many biological processes, such as the mechanisms involved in gene expression and its regulation. These mechanisms are extremely important for undeerstanfind the correct functioning of organisms as well as the pathologies that affect them. A significant part of the control mechanisms of gene expression act during transcription. On the basis of this mechanisms is the recruitment of proteins that bind to promoter regions of transcription, which are specific segments of DNA that can be located either near the transcription start site or at hundreds or even thousands of base pairs away. These proteins form the transcription machinery, which can activate or inhibit the transcription process. The regulatory segments can be identified experimentally using complex methods of molecular biology, such as SELEX, ChIP-chip, ChIP-seq, among others. An alternative strategy to these experimental methods is the use of computational methodologies for predicting regulatory regions. Computational analysis tend to be faster, cheaper and more flexible than the experimental protocols, and can be used on a larger scale. Currently, the available computational methods require information previously obtained from experiments in order to define global standards of preference of DNA-Binding sequences for transcription factors (TFBS - Transcription Factor Binding Sites). However, these methods have a high rate of false positives and sometimes also have significant rates of false negatives, besides being limited to the study of transcription factors of well-known species, which decreases their application area. In this scenario, the use of computational methods that do not require previous information concerning the binding sites and use more robust parameters of results detection, instead of alignment scores, may add significant improvement to the processes of predicting regulatory regions. In this project, we developed a new computational model TFBSAnalyzer) for analysis and identification of regulatory elements using molecular modeling techniques for the construction of complexes between a transcription factor bound to specific DNA structures with variable sequences of bases and, by means of thermodynamic calculations of bond enthalpy, provides a scoring function based on the binding energy and predicts the DNA binding sites for the transcription factor in analysis. This approach was tested initially with three transcription factors as models, belonging to the nuclear receptor family, namely estrogen receptor ER-alpha (Estrogen Receptor Alpha), the retinoic acid receptor RAR-beta (Retinoid Acid Receptor Beta) and the retinoic X receptor RXR (Retinoid X Receptor). The computationally predicted models were compared to experimental data available for these nuclear receptors, and presented the following rates of FP/FN: 10%/0 for RAR-beta and RXR, 21%/6% for ER-alpha. We also simulated an experiment of ChIP-seq with ER-alpha with the human genome, where the selected genes were subjected to a transcription factor enrichment analysis, with curated information, revealing that the estrogen receptor is indeed involved in their regulation. To show that our method has a general applicability, we modeled the binding energy distribution for the NHR-28 receptor, isoform a, from Caenorhabditis elegans. The energy distributions obtained were similar to the ones obtained for the model NR, so it would be possible to use the method and search for possible TFBS in the C. elegans genome. The data generated and the methodologies developed in this project should add a significant improvement to the prediction processes of regulatory regions and, consequently, help to understand the mechanisms involved in the gene expression process and its regulation.

Nesta tese exploramos uma classe de modelos de N-sítios que foram desenvolvidos para produzir grandes hierarquias de escalas. Usando a abordagem de desconstrução dimensional e correspondências apropriadas, esses modelos puramente quadridimensionais coincidem com modelos AdS5 no limite do contínuo, que corresponde ao limite com um grande núumero de grupos de gauge. Por outro lado, no limite em que há poucos grupos de gauge, tais teorias possuem os acoplamentos entre estados excitados e modos zero dos campos muito distintos dos acoplamentos em construções AdS5, resultando em uma rica fenomenologia a ser explorada no Large Hadron Collider (LHC). O problema da hierarquia do Modelo Padrão (MP) é resolvido se o campo de Higgs estão localizado no infravermelho, assim como nas teorias Randall-Sundrum. A hierarquia de massa dos férmions do MP e misturas são obtidas pelas diferentes localizações dos modos zero dos férmions no espaço dos sítios. Essa estrutura é empregada para abordar o problema da hierarquia sob uma nova perspectiva. Nós mostramos que uma descrição efetiva com poucos sítios de uma dimensão extra curva pode implementar os recentemente introduzidos modelos de relaxion, que são uma nova alternativa para explicar a estabilidade radiativa do setor escalar do MP através do mecanismo de relaxação cosmológico. Esses modelos requerem que o campo experimente grandes variações, que s~ao difíceis de serem geradas em um modelo ultravioleta consistente e de serem compatíveis com o espaço compacto do relaxion. Nós propomos um modelo de N-sítios que gera naturalmente essa grande constante de decaimento necessária para abordar esses problemas. No nosso modelo, a matriz de massa dos pseudo Bósons de Nambu-Goldstone (pBNGs), cujo modo zero faz o papel do relaxion, é idêntica à matriz obtida para uma linha de Wilson pBNG na desconstrução de AdS5. / this thesis we explore a class of N-site models that were developed to generate large-scale hierarchies. Using the dimensional deconstruction approach and appropriate matchings, these purely four-dimensional theories coincide with AdS5 models in the continuum limit, which corresponds to the limit with a large number of gauge groups. On the other hand, in the coarse lattice limit such theories have very distinct couplings of the excited states to zero mode fields compared with AdS5 constructions, resulting in a rich phenomenology to be explored at the Large Hadron Collider (LHC). The Standard Model (SM) hierarchy problem is solved if the Higgs field is infrared-localized as in Randall-Sundrum scenarios. The SM fermion mass hierarchy and mixings are obtained by different localizations of zero mode fermions in the theory space. This framework is employed to tackle the electroweak hierarchy problem from a new perspective. We show that an effective few site description of a warped extra dimension can implement the recently introduced relaxion models, which are a new alternative to explain the radiative stability of the SM scalar sector through the cosmological relaxation mechanism. These models require very large field excursions, which are difficult to generate in a consistent ultraviolet completion and to reconcile with the compact field space of the relaxion. We propose an N-site model that naturally generates the large decay constant needed to address these problems. In our model, the mass matrix of the pseudo-Nambu-Goldstone Bosons (pNGBs), whose zero mode plays the role of the relaxion field, is identical to the one obtained for a pNGBWilson line in the deconstruction of AdS5.

A fosforilação de proteínas é o tipo de modificação pós-traducional mais recorrente nas vias de sinalização, desempenhando papel central numa vasta gama de eventos celulares. Um completo entendimento das circunstâncias que coordenam o evento de fosforilação permanece como um desafio para a ciência, a despeito do crescente número de abordagens e estudos realizados no assunto. Um mecanismo largamente descrito e aceito como essencial para coordenar a fosforilação de proteínas é a existência de sequências de aminoácidos que facilitam a fosforilação, conhecidos como consensos de fosforilação. Nesse modelo, cada proteína quinase reconhece sítios de fosforilação se os mesmos estiverem inseridos em uma sequência específica de resíduos na estrutura primária do substrato. Porém, com o crescente volume de dados sobre fosforilação, é possível notar a existência de sítios que são validados experimentalmente como fosforilados por uma determinada proteína quinase, que não apresentam o consenso de fosforilação. Neste trabalho, foi testada e comprovada a hipótese de que estes sítios de fosforilação sem consenso sequencial apresentam resíduos localizados em regiões da estrutura terciária adjacentes ao sítio de fosforilação, cuja as características estereoquímicas mimetizam um peptídeo substrato contendo o consenso de fosforilação. Para essa avaliação, utilizando substratos da PKA, foi constatado que mais de 90% dos sítios de fosforilação que não apresentam o consenso na estrutura primária, apresentam essa disposição na estrutura terciária. Resíduos distantes na estrutura primária se apresentam próximos espacialmente na estrutura tridimensional, em uma conformação semelhante a de um sítio com o consenso de fosforilação. Com isso nós propomos a existência de sítios conformacionais de fosforilação. Para confirmar que esses sítios conformacionais poderiam ser cruciais no reconhecimento do substrato, foram construídos modelos da interação da proteína quinase com os substratos, visando demonstrar a viabilidade da interação dos resíduos formadores do consenso conformacional com a proteína quinase de maneira análoga a de um substrato com o consenso de fosforilação. Para a comprovação experimental do fenômeno, foi utilizado o modelo de fosforilação da -Tubulina, no qual foi constatada uma fosforilação no resíduo T253 que depende da atuação dos resíduos K163 e K164 para a interação com a proteína quinase, confirmando a coerência do modelo proposto. Diante da novidade da proposta, dos estudos computacionais feitos e da validação conseguida, torna-se clara a relevância de se estudar a estrutura tridimensional dos substratos de fosforilação, não só como uma forma de aprofundar os conhecimentos gerais na área de fosforilação, mas também como uma alternativa com potencial de ser explorada no desenvolvimento de novas tecnologias / Protein phosphorylation is the most frequent type of post-translational modification in signaling pathway, developing a key role in a wide range of cell events. The full understanding of the circumstances that coordinate the phosphorylation event remains a challenge for science, despite the growing number of approaches and studies on the subject. A broadly described and accepted mechanism as essential for the coordination of protein phosphorylation is the existence of amino acids sequences that contribute to phosphorylation occurrence, known as phosphorylation consensus. In this model, each protein kinase is able to recognize phosphorylation sites inserted in a specific sequence on the primary structure. However, as the data about phosphorylation sites increases, it is possible to notice that there are sites that are validated experimentally as phosphorylated by a particular protein kinase, which do not have the consensus phosphorylation. In this work, it was tested and proved that phosphorylation sites without the sequence consensus presents anchors residues, that are close to the phosphorylation site on the tertiary structure, creating a structural conformation that mimics the stereochemical features of a substrate peptide containing the phosphorylation consensus. For this evaluation, using substrates of PKA, it was found that more than 90% of phosphorylation sites that have no consensus on the primary structure, presented this kind of disposition on the tertiary structure. Distant residues in the primary structure are spatially close on the three-dimensional structure, in a conformation similar to a phosphorylation site containing the consensus. Thus we proposed the existence of conformational phosphorylation sites. To confirm that these conformational sites could be crucial in substrate recognition, it was built kinase-substrate models, aiming to demonstrate the feasibility of residues forming the conformational consensus on the substrate to interact with the kinase analogously to a substrate with consensus phosphorylation. For experimental verification of this phenomenon, we used the phosphorylation model of -Tubulin, in which we observed a phosphorylation at residue T253 that depends of residues K163 and K164 to interact with the protein kinase, confirming the consistency of proposed model. Faced with the novelty of the proposal, the computational data and the experimental validation, it becomes clear the importance of studying the three dimensional structure of phosphorylation sites, not only as a way of achieving deeper knowledge on phosphorylation field, but also as a potential prospect to be explored on the development of new technologies