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Avaliação do perfil de subpopulações de linfócitos T de memória em pacientes com ICV submetidos à vacinação contra influenza / Evaluation of T cell subpopulations\' profile common variable immunodeficiency patients submitted to influenza vaccination

Marinho, Ana Karolina Barreto Berselli 28 March 2019 (has links)
Introdução: O vírus da influenza causa doença generalizada e pode ser fatal. A vacinação diminuiu a morbimortalidade. A Imunodeficiência Comum Variável (ICV) é uma imunodeficiência primária caracterizada por defeitos na maturação e diferenciação dos linfócitos B (LB) resultando em hipogamaglobulinemia, ausência de resposta aos antígenos específicos e infecções de repetição. A maior susceptibilidade a infecções reforça o benefício da vacinação em pacientes com imunodeficiências. O questionamento sobre a vacinação neste grupo de indivíduos se deve a eficácia, uma vez que na ICV as medidas sorológicas não se mostraram úteis como correlatos de proteção. Estudos recentes do nosso grupo observaram a melhora clínica em relação ao número de infecções de vias aéreas em pacientes com ICV após a vacinação contra influenza, porém sem produção de anticorpos específicos em níveis protetores. Objetivos: Diante das observações apontadas, este trabalho tem o objetivo de investigar o envolvimento das subpopulações de linfócitos T naive e de memória, CD4+ e CD8+, na proteção induzida pela vacina influenza em pacientes com ICV. Casuística e Métodos: Foram selecionados 16 pacientes ICV e 16 controles saudáveis. Amostras de sangue foram colhidas antes e após a administração das vacinas contra A H1N1/H3N2 e B (cepas: A/Califórnia/7/2009, A/Victoria/361/2011, B/Brisbane/60/2008). A resposta específica de células T de memória foi avaliada nas condições sem estímulo pré e pós-vacina nos períodos de 1 mês, 3 meses e 6 meses, além da realização de culturas de linfócitos com a hemaglutinina de influenza (HA) e lisado viral, nos mesmos tempos. As subpopulações de linfócitos T naive e de memória foram avaliados a partir da marcação CD3+, CD4+, CD8+, CD45RA+ e CCR7+ detectados por citometria de fluxo. Esta marcação nos permitiu identificar quatro subtipos de linfócitos: LT naive (CD45+RA+CCR7+); LT de memória efetora (TEM, CD45+RA-CCR7-); LT de memória central (TCM, CD45+RA-CCR7+) e LT de memória terminalmente diferenciado (TEMRA, CD45+RA+CCR7-). A avaliação funcional dos linfócitos T após estímulo foi realizada através da marcação intracelular de IFN-Gama e IL-2. Resultados: Este estudo demonstrou uma redução na frequência de linfócitos T CD4 +, linfócitos CD4 + TCM e CD8 + TCM em pacientes com ICV e controles saudáveis após a vacina contra influenza. Observamos uma frequência aumentada de linfócitos TEM CD4 + e CD8 + em controles saudáveis e aumento da frequência de linfócitos CD8 + TEMRA em pacientes com ICV, bem como em controles saudáveis. A vacina contra influenza foi capaz de induzir a proliferação de subpopulações de linfócitos T que pode ser caracterizada pela hipótese de diferenciação linear de células sugerida por alguns autores (naive - TCM - TEM / TEMRA). Os peptídeos de HA e o lisado viral foram capazes de estimular subpopulações de linfócitos T de memória específica em pacientes com ICV e controles saudáveis, dependendo do período e das condições dos estímulos. Os resultados mostraram que nos linfócitos T CD4+, a vacinação induziu uma resposta predominantemente IL-2+, enquanto no compartimento T CD8+ observamos uma resposta polifuncional com a produção de IL-2+ e IFN-Gama+. Conclusões: Este é o primeiro estudo a avaliar as subpopulações de linfócitos T de memória em pacientes com DCV vacinados contra Influenza A (H3N2) / B e Influenza A H1N1. Nossos resultados mostraram mudanças no padrão de distribuição das subpopulações de linfócitos T naive, TCM, TEM e TEMRA e na produção de IL-2+ e IFN-Gama+ após a vacinação contra influenza, dados que sugerem e possivelmente justificam a resposta clínica e celular protetora observada em pacientes com ICV / Introduction: Influenza viruses infect humans causing widespread, sometimes fatal, disease. Common Variable Immunodeficiency (CVID) is a primary immunodeficiency characterized by defects in B lymphocyte maturation and differentiation resulting in hypogammaglobulinemia, failure to produce specific antigens and recurrent infections. The increased susceptibility to infections reinforces the benefit of vaccination in patients with immunodeficiencies. The major discussion regarding vaccination of CVID patients is the efficacy once these patients do not produce antibodies which are used as correlates of protection. Recent studies from our group showed reduced respiratory infection rates in influenza vaccinated CVID patients demonstrating a clinical response however with no production of specific antibodies in protective levels. Objective: Considering the above observations, this study has the objective of investigating the involvement of naïve and memory T lymphocytes subpopulations, CD4+ and CD8+, in the protection of influenza vaccination CVID in patients. Patients and Methods: Sixteen CVID patients and 16 healthy controls were selected for this study. Blood samples collected before and after administration of the H1N1 / H3N2 and B vaccines (strains: A / California / 7/2009, A / Victoria / 361/2011 B / Brisbane / 60/2008). Specific memory T cell response was evaluated pre and post vaccination with influenza (1 month, 3 months and 6 months). Besides characterization of lymphocyte subpopulations in PBMCs, cell culture with an influenza hemagglutinin (HA) and viral lysate were also realized. T lymphocytes subpopulations characterized by CD3+, CD4+, CD8+, CD45RA+ and CCR7+ were identified by flow cytometry. These antibodies permitted to identify four lymphocyte subtypes: naïve T cells (CD45RA+CCR7+); effective memory T cells (TEM, CD45RA-CCR7-); Central memory (TCM, CD45RACCR7+) and terminally differentiated memory T (TEMRA, CD45RA+CCR7-). Functional evaluation of lymphocytes was performed through intracellular labelling of IFN-Gama and IL-2. Results: This study showed the reductions of naïve CD4+ T cells, CD4+TCM and CD8+TCM cells in CVID patients and healthy controls after influenza vaccine. We observed an increased frequency of CD4+TEM and CD8+TEM lymphocytes in healthy controls, and increased frequency of CD8+TEMRA lymphocytes in CVID patients and healthy controls. Influenza vaccine was able to induce the proliferation of T lymphocyte subpopulations that can characterize the linear cell differentiation suggested by the authors (Naïve - TCM - TEM / TEMRA). Regarding cytokine production, there was an increase in IL-2+ production by CD4+T and CD8+T cells and an increase of IFN-Gama+ by CD8+T cells in CVID and control patients, indicating a polyfunctional cytokine response. Conclusions: To our knowledge, this is the first study that evaluated memory T lymphocyte subpopulations of CVID patients vaccinated against Influenza A (H3N2) / B and Influenza A H1N1. We show changes in the pattern of T lymphocyte subpopulations: naïve, TCM, TEM and TEMRA and IL-2+ and IFN-Gama+ production after influenza vaccination that may suggest and possibly explain the protective cellular and clinical response observed in CVID patients
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Análise computacional da origem do subtipo C do HIV-1 na América do Sul / Computational analyses of the origin of subtype C of HIV-1 in South America

Silva, Rachel Fontella da 30 May 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-04T18:51:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 RachelFontella.pdf: 3152177 bytes, checksum: 64040b7b38990e8930934d203fde1264 (MD5) Previous issue date: 2008-05-30 / Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior / The main circulating HIV-1 subtype in South America is B, but C and F also are important and an increasing prevalence of subtype C in southern Brazil and its occurrence in other countries of Latin American has being described. The goal of this study was to analyze phylogenetically HIV-1C samples from South American countries to test the hypothesis that its entry in the region was a unique episode, and try to estimate its origin. We have analyzed 97 viral sequences spanning 975bp (protease and two-thirds of reverse transcriptase), from samples of geographic locations where the subtype C is epidemiologically important (South America, Asia and Africa). Phylogenetic analyses were conducted using ML and Bayesian inference methods using PAUP, PHYML and MrBayes. Samples from South America formed a monophyletic group when compared with the worldwide samples in all trees generated with different methodologies, with high bootstrap and posterior probability values. In all trees a sample from Kenya was the most closely related to that group. Bootscanning analyses of subtype C and C-containing recombinant sequences from Argentina and Uruguay showed that they are more similar to the Brazilian sequences. Our results indicate that the entry of HIV-1C in South America occurred in a single episode or in multiples episodes of genetically close viruses, possibly from a country of the Eastern Africa. HIV-1C spread out from Brazil to other South American countries. / O principal subtipo do HIV-1 na América do Sul é o B, mas o C e o F também são importantes. Tem sido relatados um aumento de prevalência do subtipo C no sul do Brasil e a sua ocorrência em outros países da América Latina. O objetivo desse trabalho foi analisar filogeneticamente amostras de HIV-1C para testar a hipótese de que a sua entrada na América do Sul foi um episódio único, e tentar estimar a sua origem. Analisamos 97 seqüências virais com 975pb (protease e dois terços da transcriptase reversa), de amostras de regiões geográficas onde o subtipo C é importante epidemiologicamente (América do Sul, Ásia e África). Análises filogenéticas foram realizadas com os métodos de Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana usando PAUP, PHYML e MrBayes. Amostras da América do Sul formaram um grupo monofilético em todas as árvores geradas com diferentes metodologias, com altos valores de bootstrap e de probabilidade posterior. Em todas as árvores uma amostra do Quênia foi a mais proximamente relacionada a esse grupo. Análises de bootscanning de seqüências do subtipo C puras e recombinantes da Argentina e do Uruguai demonstraram que elas são similares às seqüências brasileiras. Nossos resultados indicam que a entrada do HIV-1C na América do Sul ocorreu em um único episódio ou em múltiplos episódios de vírus geneticamente próximos, possivelmente provenientes de países do Leste da África. O HIV-1C se espalhou do Brasil para os outros países da América do Sul
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Fatores de risco para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09 entre os profissionais de saúde / Risk factors for acquisition of influenza A (H1N1)pdm09 among health care workers

Lobo, Renata Desordi 28 May 2015 (has links)
INTRODUÇÃO: Em junho de 2009 a Organização Mundial de Saúde declarou pandemia de influenza A (H1N1)pdm09. Esse novo vírus teve grande impacto na saúde mundial, foi responsável por 90% dos casos de influenza no mundo com apresentação clínica diferente da sazonal, acometendo indivíduos jovens e causando milhares de óbitos. O Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo foi referência para atendimento de casos graves. Por se tratar de um vírus novo houve controvérsias em relação a medidas de precaução e em relação ao afastamento dos profissionais de saúde (PAS). Devido a elevada incidência de influenza A (H1N1)pdm09 também ocorreram casos entre os profissionais da área da saúde (PAS). OBJETIVOS: Geral: Avaliar os fatores de risco para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09 entre profissionais da área da saúde. Específico: Comparar características clínicas e de exposição dos casos de influenza A (H1N1)pdm09 em comparação a outros casos sintomáticos respiratórios entre profissionais da área da saúde MÉTODOS: Estudo caso-controle no qual foram criados três grupos e divididos em: sintomático respiratório H1N1-positivo, sintomático respiratório H1N1-negativo e controle assintomático. RESULTADOS: 274 PAS foram avaliados: 52 sintomáticos respiratórios H1N1-positivo, 120 sintomáticos respiratórios H1N1-negativo e 102 controles assintomáticos. Na análise multivariada que comparou sintomático respiratório H1N1-positivo com assintomáticos, presença de comorbidades/fatores de risco (OR=16,31; IC de 95%; 4,08-65,07) e contato desprotegido durante atendimento a caso suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 em outro Hospital (OR=12,77; IC de 95%; 1,35-121,52) foram fatores de risco independentes para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09. Contato social ou com colega de trabalho suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 (OR=0,11; IC de 95%; 0,04-0,28) e uso de transporte público (OR=0,19; IC de 95%; 0,07-0,50) foram considerados fatores protetores para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09. Ao comparar os grupos sintomáticos, as variáveis residir com criança de 5 anos até 12 anos, febre e conjuntivite foram mais frequentes entre os sintomáticos respiratórios H1N1-positivo e coriza e dor de garganta foram mais frequentes no grupo sintomático respiratório H1N1-negativo. Quatro hospitalizações e 1 óbito ocorreram entre os sintomáticos respiratórios H1N1-positivo e 1 hospitalização e nenhum óbito nos sintomáticos respiratórios H1N1-negativo. CONCLUSÕES: presença de comorbidade/fatores de risco e contato desprotegido durante atendimento a caso suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1) pdm09 em outro hospital foram considerados fatores de risco para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09. Uso de transporte público e contato social ou com colega de trabalho suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 foram fatores protetores. Ter contato desprotegido durante atendimento a caso suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 em outro hospital, ser da categoria profissional médica, ter tido contato com caso suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 em casa, residir com criança de 5 anos até 12 anos, hospitalização e óbito e os sintomas febre e conjuntivite foram mais frequentes entre os sintomáticos respiratórios H1N1 positivo. Dor de garganta e coriza foram mais frequentes entre os sintomáticos respiratórios H1N1 negativo / INTRODUCTION: In June 2009 the World Health Organization declared influenza A (H1N1) pdm09 pnademic. This new virus had great impact on global health and accounted for 90% of cases of influenza in the world. It affected young people and caused thousands of deaths. The Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo was a reference for the treatment of severe cases. Because it was a new virus there were controversies regarding the precautions and HCW sick leave policies. OBJECTIVE: General-To evaluate risk factors for acquisition of influenza A (H1N1) pdm09 among health care workers (HCW). Specific: To compare clinical and exposure characteristics of cases of influenza A (H1N1) pdm09 with other respiratory symptomatic infections among HCW. METHODS: Case-control study with three groups: symptomatic H1N1-positive cases, symptomatic H1N1-negative cases and asymptomatic controls. RESULTS: 274 HCW were evaluated: 52 symptomatic H1N1-positive cases, 120 symptomatic H1N1-negative cases and 102 asymptomatic controls. In the multivariate analysis that compared H1N1- symptomatic H1N1-positive cases with asymptomatic controls, comorbidities/risk factors (OR=16.31; 95% CI 4.08-65.07) and unprotected contact during caring for a confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 in another hospital (OR=12.77, 95% CI; 1.35- 121.52) were independent risk factors for pandemic influenza infection among HCW. Social contact or contact with co-worker with confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 (OR=0.11; 95% CI, 0.04- 0.28) and use of public transportation (OR= 0.19; 95% CI, 0.07- 0.50) were protective. Comparing symptomatics groups, unprotected contact during caring for a confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 in another hospital, to be a medical doctor, contact for or a confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 at home, reside with child from 5 to 12 years, fever and conjunctivitis were more common among symptomatic H1N1-positive cases and coryza and sore throat were more frequent symptomatic H1N1-negative cases. Four hospitalizations and one death occurred among symptomatic H1N1-positive cases and one hospitalization and no deaths in symptomatic H1N1-negative cases. CONCLUSIONS: Comorbidity/risk factors and unprotected contact during caring for confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 in another hospital were considered risk factors for acquisition of influenza A (H1N1) pdm09. Use of public transportation and social contact or contact with co-worker with confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 were protective factors. To live with child from 5 to 12 years, hospitalization and death and the symptoms of fever and conjunctivitis were more frequent among symptomatic H1N1-positive cases. Sore throat and coryza more frequent among patients with symptomatic H1N1-negative cases
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Análise da expressão de RNAs não-codificadores intrônicos em câncer de rim / Expression analyses of intronic non-coding RNAs in renal cancer

Fachel, Ângela Aguirres 04 September 2009 (has links)
O carcinoma de célula renal (RCC) subtipo célula clara é o câncer mais letal e prevalente do sistema urinário. O diagnóstico deste tipo de câncer frequentemente é tardio em conseqüência da falta de sintomas perceptíveis aos pacientes. Um dos objetivos deste trabalho é a identificação de novos marcadores moleculares para diagnóstico precoce, o que ajudaria a diminuir a mortalidade em função de complicações resultantes do avanço da doença. Outro objetivo é a identificação de um conjunto de marcadores moleculares de prognóstico, de modo à prever com acurácia a evolução clínica da doença e, por conseqüência, o tempo de sobrevida do paciente. As modificações transcricionais associadas à carcinogênese e à progressão do câncer de rim ainda não foram completamente elucidadas. Além dos oncogenes e genes supressores de tumor, RNAs não-codificadores (ncRNAs) recentemente foram apontados como importantes reguladores da expressão gênica em humanos, e podem ter um papel importante na transformação maligna do câncer de rim. Para analisar a expressão gênica de ncRNAs e de genes codificadores para proteína foram utilizados dois microarranjos desenvolvidos por nosso grupo, enriquecidos em sondas para ncRNAs. Uma das plataformas possui 4 mil sondas de cDNA, das quais 822 sondas são para ncRNAs mapeando em regiões intrônicas. Outra possui 44 mil elementos e combina sondas de oligonucleotídeos (60-mer) intrônicas e exônicas de um mesmo locus genômico. Análises estatísticas foram feitas com a ferramenta Significance Analysis of Microarrays (q &#8804; 0,05) combinadas ou com a técnica de \"patient leave-one-out\" (genes com presença em 8 100% dos subconjuntos), ou alternativamente com o teste discriminante de Golub (p &#8804; 0,01 ou p < 0,05). Com a plataforma de 4 mil sondas foram estudadas 30 amostras de tecido renal de 18 pacientes com RCC subtipo célula clara. Um conjunto de 36 ncRNAs foi identificado como diferencialmente expresso entre amostras tumorais e não-tumorais. Uma assinatura adicional de 265 genes codificadores de proteínas foi identificada, indicando possíveis novos marcadores moleculares. Uma análise estatística supervisionada com dados de 16 pacientes identificou uma assinatura de ncRNAs correlacionada com sobrevida de 5 anos, formada por 27 ncRNAs com significativa expressão alterada em pacientes livres da doença em comparação com pacientes que morreram em função da doença. Uma assinatura adicional de 64 genes codificadores de proteínas também foi identificada como significativamente correlacionada com o acompanhamento clínico dos pacientes. Com a plataforma de 44 mil sondas foram analisados 17 pacientes, com amostras pareadas de tecido renal tumoral e não-tumoral agrupadas em 8 pools, sendo 4 de amostras tumorais e 4 de não-tumorais. Um conjunto de 66 ncRNAs parcialmente intrônicos antisenso e outro de 52 ncRNAs totalmente intrônicos antisenso foram identificados como diferencialmente expressos. Identificamos um subconjunto de 28 ncRNAs totalmente intrônicos antisenso e senso cuja expressão do gene codificador de proteína do mesmo locus estava simultaneamente alterada. Estes dados apontam para possíveis redes de regulação da expressão gênica dos ncRNAs em câncer. A extensa lista de ncRNAs e de genes codificadores para proteína identificados neste estudo podem ser promissores marcadores moleculares de carcinoma renal subtipo célula clara. / Renal cell carcinoma (RCC) is the most common malignancy of the adult kidney, and the clear cell subtype is the most prevalent and lethal cancer of the urinary system. Late diagnosis for this type of cancer is frequent, usually as a consequence of the lack of symptoms. One of the objectives of the present work is the identification of new molecular markers for the early diagnosis, which would help decrease mortality that develops as a function of disease progression. Another objective is the identification of a set of prognosis molecular markers, so as to accurately predict the clinical outcome of the disease, and consequently, patient survival. Transcriptional changes associated to carcinogenesis and to kidney cancer progression have not been entirely elucidated. Besides oncogenes and tumor suppressor genes, non-coding RNAs (ncRNAs) have been recently indicated as important regulators of gene expression in humans, and could have an important role in the malignant transformation in renal cancer. In order to measure ncRNA and protein-coding gene expression we have used two microarray platforms developed by our group, which are enriched in ncRNA probes. One of the platforms has 4 thousand cDNA probes, of which 822 are for ncRNAs that map to intronic regions. Another has 44 thousand elements and combines 60-mer oligonucleotide probes for intronic and exonic regions from the same genomic locus. Statistical analyses have been performed with the Significance Analysis of Microarrays tool (q &#8804; 0.05) combined with a patient leave-one-out approach (genes present in 100% of the sub-sets), or alternatively with Golubs discriminant test (p &#8804; 0.01 or p < 0.05). 11 With the 4-thousand probes platform we studied 30 samples from renal tissue of 18 RCC patients with clear cell subtype. A set of 36 ncRNAs has been identified as differentially expressed between tumor and non-tumor tissue. An additional signature of 265 protein-coding genes has been identified, indicating possible new molecular markers. A supervised statistical analysis with data from 16 patients has identified a ncRNA signature correlated to 5-year survival outcome, comprised of 27 ncRNAs with significantly altered expression in diseasefree patients compared to patients who died from cancer within the 5-year follow-up. An additional 64-gene signature of protein-coding genes has been identified as significantly correlated to clinical outcome. With the 44-thousand probes platform we have analyzed 17 patients, with paired tumor and non-tumor samples grouped into 8 pools, of which 4 were from tumor and 4 from nontumor samples. A set of 66 partially intronic antisense ncRNAs and another of 52 totally intronic antisense ncRNAs have been identified as differentially expressed between tumor and non-tumor tissue. A sub-set of 28 totally intronic antisense or sense ncRNAs were identified as having a simultaneous change in expression of the protein-coding gene from the same locus. Overall, the data point to a possible ncRNA regulatory network in cancer. The extensive lists of ncRNAs and of protein-coding genes identified in the present study can be seen as promising molecular markers of RCC from the clear-cell subtype.
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Imunopatologia da lesão pulmonar causada pela infecção do H1N1 / Immunopathology of the infection caused by H1N1

Buttignol, Monique 30 August 2016 (has links)
Introdução: Durante o inverno de 2009, o vírus influenza A(H1N1)09pdm surgiu e se espalhou globalmente. A infecção por este vírus pode induzir a síndrome do desconforto respiratório agudo (SDRA) em alguns pacientes. O dano alveolar difuso (DAD), padrão histopatológico principal da SDRA, tem etiologia multifatorial, sendo possível que a imunopatologia seja diferente nas várias apresentações do DAD. Objetivo: Descrever, quantificar e comparar a imunopatologia viral (influenza A (H1N1) pdm09) e não-viral em casos de autópsia com dano alveolar difuso. Métodos: Foram analisados tecidos pulmonares de autopsia de 44 pacientes, sendo divididos em 3 grupos: grupo H1N1 (n=15), caracterizado por DAD secundário à influenza A(H1N1)pdm09; grupo SDRA (n=13), caracterizado por pacientes com DAD exsudativo de causas não-pulmonares; e o grupo de controle (n=16) com indivíduos que faleceram de causas não-pulmonares. Foram utilizadas as técnicas de imunohistoquímica e análise de imagem para quantificar, no parênquima pulmonar e nas pequenas vias aéreas, os marcadores de células imunes. Resultados: Foi observada uma elevada densidade celular de linfócitos T CD4+ e T CD8+, células Natural Killer CD57+, células dendríticas CD83+ e granzima A+ no parênquima pulmonar do grupo H1N1 (p < 0,05) em relação aos outros grupos. Na análise das pequenas vias aéreas, observou-se uma menor densidade célular de mastócitos (triptase), células dendríticas (CD207), e um aumento de IL-17 nos grupos H1N1 e SDRA, além de um aumento do número de granzimas A+ e diminuição de celulas dendríticas (CD83) apenas no grupo H1N1 (p < 0,05). Conclusão: O DAD causado pelo vírus influenza A (H1N1) pdm09 está associado com um fenótipo citotóxico inflamatório diferente do DAD de causas não-virais, com uma resposta parcialmente divergente no parênquima pulmonar em relação às pequenas vias aéreas / Rationale: The pandemic influenza A (H1N1) virus emerged in 2009 and spread globally. This virus infection can induce acute respiratory distress syndrome (ARDS) in some patients. Diffuse alveolar damage (DAD), which is the histological surrogate for ARDS, has a multifactorial etiology. Therefore, it is possible that the immunopathology differs among the various presentations of DAD. Objectives: To compare the lung immunopathology of viral (influenza A(H1N1)pdm09) to non-viral, extrapulmonary etiologies in autopsy cases with DAD. Methods: The lung tissue of 44 patients, was divided into 3 groups: the H1N1 group (n=15) characterized by DAD due to influenza A(H1N1)pdm09 infection; the ARDS group (n=13), characterized by patients with exudative DAD due to non-pulmonary causes; and the control group (n=16), consisting of patients with non-pulmonary causes of death. Measurements and main results: Immunohistochemistry and image analysis were used to quantify, in the lung parenchyma and small airways, several immune cell markers. There was higher expression of CD4+ and CD8+ T lymphocytes, CD83+ dendritic cells, granzyme A+ and natural killer+ cell density in the lung parenchyma of the H1N1 group (p < 0,05). In the small airways, there was a lower cell density of tryptase+ mast cells and dendritic+ cells and an increase of IL-17 in both DAD groups, with an increased number of granzyme A in H1N1 group (p < 0,05). Conclusion: DAD due to viral A(H1N1)pdm09 is associated with a cytotoxic inflammatory phenotype that is different from non-viral causes of DAD, with partially divergent responses in the parenchyma relative to the small airways.
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Fatores de risco para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09 entre os profissionais de saúde / Risk factors for acquisition of influenza A (H1N1)pdm09 among health care workers

Renata Desordi Lobo 28 May 2015 (has links)
INTRODUÇÃO: Em junho de 2009 a Organização Mundial de Saúde declarou pandemia de influenza A (H1N1)pdm09. Esse novo vírus teve grande impacto na saúde mundial, foi responsável por 90% dos casos de influenza no mundo com apresentação clínica diferente da sazonal, acometendo indivíduos jovens e causando milhares de óbitos. O Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo foi referência para atendimento de casos graves. Por se tratar de um vírus novo houve controvérsias em relação a medidas de precaução e em relação ao afastamento dos profissionais de saúde (PAS). Devido a elevada incidência de influenza A (H1N1)pdm09 também ocorreram casos entre os profissionais da área da saúde (PAS). OBJETIVOS: Geral: Avaliar os fatores de risco para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09 entre profissionais da área da saúde. Específico: Comparar características clínicas e de exposição dos casos de influenza A (H1N1)pdm09 em comparação a outros casos sintomáticos respiratórios entre profissionais da área da saúde MÉTODOS: Estudo caso-controle no qual foram criados três grupos e divididos em: sintomático respiratório H1N1-positivo, sintomático respiratório H1N1-negativo e controle assintomático. RESULTADOS: 274 PAS foram avaliados: 52 sintomáticos respiratórios H1N1-positivo, 120 sintomáticos respiratórios H1N1-negativo e 102 controles assintomáticos. Na análise multivariada que comparou sintomático respiratório H1N1-positivo com assintomáticos, presença de comorbidades/fatores de risco (OR=16,31; IC de 95%; 4,08-65,07) e contato desprotegido durante atendimento a caso suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 em outro Hospital (OR=12,77; IC de 95%; 1,35-121,52) foram fatores de risco independentes para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09. Contato social ou com colega de trabalho suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 (OR=0,11; IC de 95%; 0,04-0,28) e uso de transporte público (OR=0,19; IC de 95%; 0,07-0,50) foram considerados fatores protetores para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09. Ao comparar os grupos sintomáticos, as variáveis residir com criança de 5 anos até 12 anos, febre e conjuntivite foram mais frequentes entre os sintomáticos respiratórios H1N1-positivo e coriza e dor de garganta foram mais frequentes no grupo sintomático respiratório H1N1-negativo. Quatro hospitalizações e 1 óbito ocorreram entre os sintomáticos respiratórios H1N1-positivo e 1 hospitalização e nenhum óbito nos sintomáticos respiratórios H1N1-negativo. CONCLUSÕES: presença de comorbidade/fatores de risco e contato desprotegido durante atendimento a caso suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1) pdm09 em outro hospital foram considerados fatores de risco para aquisição de influenza A (H1N1)pdm09. Uso de transporte público e contato social ou com colega de trabalho suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 foram fatores protetores. Ter contato desprotegido durante atendimento a caso suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 em outro hospital, ser da categoria profissional médica, ter tido contato com caso suspeito e/ou confirmado para influenza A (H1N1)pdm09 em casa, residir com criança de 5 anos até 12 anos, hospitalização e óbito e os sintomas febre e conjuntivite foram mais frequentes entre os sintomáticos respiratórios H1N1 positivo. Dor de garganta e coriza foram mais frequentes entre os sintomáticos respiratórios H1N1 negativo / INTRODUCTION: In June 2009 the World Health Organization declared influenza A (H1N1) pdm09 pnademic. This new virus had great impact on global health and accounted for 90% of cases of influenza in the world. It affected young people and caused thousands of deaths. The Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo was a reference for the treatment of severe cases. Because it was a new virus there were controversies regarding the precautions and HCW sick leave policies. OBJECTIVE: General-To evaluate risk factors for acquisition of influenza A (H1N1) pdm09 among health care workers (HCW). Specific: To compare clinical and exposure characteristics of cases of influenza A (H1N1) pdm09 with other respiratory symptomatic infections among HCW. METHODS: Case-control study with three groups: symptomatic H1N1-positive cases, symptomatic H1N1-negative cases and asymptomatic controls. RESULTS: 274 HCW were evaluated: 52 symptomatic H1N1-positive cases, 120 symptomatic H1N1-negative cases and 102 asymptomatic controls. In the multivariate analysis that compared H1N1- symptomatic H1N1-positive cases with asymptomatic controls, comorbidities/risk factors (OR=16.31; 95% CI 4.08-65.07) and unprotected contact during caring for a confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 in another hospital (OR=12.77, 95% CI; 1.35- 121.52) were independent risk factors for pandemic influenza infection among HCW. Social contact or contact with co-worker with confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 (OR=0.11; 95% CI, 0.04- 0.28) and use of public transportation (OR= 0.19; 95% CI, 0.07- 0.50) were protective. Comparing symptomatics groups, unprotected contact during caring for a confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 in another hospital, to be a medical doctor, contact for or a confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 at home, reside with child from 5 to 12 years, fever and conjunctivitis were more common among symptomatic H1N1-positive cases and coryza and sore throat were more frequent symptomatic H1N1-negative cases. Four hospitalizations and one death occurred among symptomatic H1N1-positive cases and one hospitalization and no deaths in symptomatic H1N1-negative cases. CONCLUSIONS: Comorbidity/risk factors and unprotected contact during caring for confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 in another hospital were considered risk factors for acquisition of influenza A (H1N1) pdm09. Use of public transportation and social contact or contact with co-worker with confirmed or suspected case of influenza A (H1N1) pdm09 were protective factors. To live with child from 5 to 12 years, hospitalization and death and the symptoms of fever and conjunctivitis were more frequent among symptomatic H1N1-positive cases. Sore throat and coryza more frequent among patients with symptomatic H1N1-negative cases
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Imunogenicidade e segurança da vacina contra influenza A H1N1/2009 em pacientes com doenças reumáticas em uso de terapia anti-TNF alfa / Immunogenicity and safety of influenza A H1N1/2009 vaccine in rheumatic diseases patients under anti-TNF therapy

Ivan Leonardo Avelino França e Silva 05 December 2014 (has links)
\\OBJETIVOS: Avaliar a imunogenicidade e a segurança a curto prazo da vacina H1N1 pandêmica em pacientes com artrite reumatóide (AR) e espondiloartrites [ESa - artrite psoriática (AP) e espondilite anquilosante (EA)] recebendo classes distintas de terapia anti-TNF, assim como comparação com pacientes que receberam drogas modificadoras de doenças reumáticas (DMARDs) e controles saudáveis. MÉTODOS: Cento e vinte pacientes (AR, n=41; EA, n=57 e artrite psoriática - AP, n=22) em uso de agentes anti-TNF (monoclonal, n=94 e receptor solúvel, n=26) foram comparados com 116 pacientes com artrite inflamatórias em uso de DMARDs e 117 controles saudáveis. Soroproteção (SP), soroconversão (SC), médias geométricas dos títulos (MGTs), fator de aumento (FI) das MGT e eventos adversos foram avaliados 21 dias após a vacinação. RESULTADOS: Após a imunização, as taxas de SC (58,2% vs 74,3%, p=0,017) foram significativamente menores nos pacientes com espondiloartrites que receberam a terapia anti-TNF, enquanto nenhuma diferença foi observada em pacientes com AR que recebem esta terapia, em comparação com controles saudáveis (p=0,067). Pacientes com espondiloartrites que receberam anticorpos monoclonais (infliximabe/adalimumabe) tiveram uma taxa de SC significativamente menor em comparação com controles saudáveis (51,6% vs. 74,3%, p=0,002) ou para aqueles em uso de DMARDs (51,6% vs. 74,7%, p=0,005), por sua vez não houve diferença para pacientes em uso de etanercepte (86,7% vs. 74,3%, p=0,091). Uma análise dos pacientes com espondiloartrites que apresentaram SC e os que não apresentaram SC revelou que o primeiro grupo teve maior média de idade (p=0,003), maior frequência de anti-TNF (p=0,031) e anticorpos monoclonais (p=0,001), e uma menor frequência de metotrexate (p=0,028). Na regressão logística multivariada, apenas a idade avançada (p=0,015) e tratamento anticorpos monoclonais (p=0,023) permaneceram fatores importantes para a não SC em pacientes com espondiloartrites. CONCLUSÕES: Este estudo mostrou um padrão distinto da resposta imune à vacina contra a gripe pandêmica em pacientes com artrite inflamatória que receberam agentes anti-TNF, com uma imunogenicidade reduzida apenas em pacientes com espondiloartrites usando anticorpos monoclonais / OBJECTIVES: To evaluate the immunogenicity of the anti-influenza A H1N1/2009 vaccine in rheumatoid arthritis (RA) and spondyloarthritis patients receiving distinct classes of anti-TNF agents compared with patients receiving DMARDs and healthy controls. METHODS: One hundred and twenty patients (RA, n=41; ankylosing spondylitis - AS, n=57 and psoriatic arthritis - PsA, n=22) under anti-TNF agents (monoclonal, n=94 and soluble receptor, n=26) were compared to 116 inflammatory arthritis patients under DMARDs and 117 healthy controls. Seroprotection (SP), seroconversion (SC), geometric mean titre (GMT), factor increase (FI) in GMT and adverse events were evaluated 21 days after vaccination. RESULTS: After immunisation, SC rates (58.2% vs. 74.3%, p=0.017) were significantly lower in spondyloarthritis patients receiving anti-TNF therapy, whereas no difference was observed in RA patients receiving this therapy compared to healthy controls (p=0.067). Spondyloarthritis patients receiving monoclonal antibodies (infliximab/adalimumab) had a significantly lower seroconversion rate compared to healthy controls (51.6% vs. 74.3%, p=0.002) or to those under DMARDs (51.6% vs. 74.7%, p=0.005), whereas no difference was observed for patients under etanercept (86.7% vs. 74.3%, p=0.091). Further analysis of non-seroconverting and seronconverting spondyloarthritis patients revealed that the former group had a higher mean age (p=0.003), a higher frequency of anti-TNF (p=0.031) and monoclonal antibodies (p=0.001), and a lower frequency of methotrexate (p=0.028). In multivariate logistic regression, only older age (p=0.015) and monoclonal antibodies treatment (p=0.023) remained significant factors for nonseroconversion in spondyloarthritis patients. CONCLUSIONS: This study revealed a distinct disease pattern of immune response to the pandemic influenza vaccine in inflammatory arthritis patients receiving anti-TNF agents, illustrated by a reduced immunogenicity solely in spondyloarthritis patients using monoclonal antibodies
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Imunopatologia da lesão pulmonar causada pela infecção do H1N1 / Immunopathology of the infection caused by H1N1

Monique Buttignol 30 August 2016 (has links)
Introdução: Durante o inverno de 2009, o vírus influenza A(H1N1)09pdm surgiu e se espalhou globalmente. A infecção por este vírus pode induzir a síndrome do desconforto respiratório agudo (SDRA) em alguns pacientes. O dano alveolar difuso (DAD), padrão histopatológico principal da SDRA, tem etiologia multifatorial, sendo possível que a imunopatologia seja diferente nas várias apresentações do DAD. Objetivo: Descrever, quantificar e comparar a imunopatologia viral (influenza A (H1N1) pdm09) e não-viral em casos de autópsia com dano alveolar difuso. Métodos: Foram analisados tecidos pulmonares de autopsia de 44 pacientes, sendo divididos em 3 grupos: grupo H1N1 (n=15), caracterizado por DAD secundário à influenza A(H1N1)pdm09; grupo SDRA (n=13), caracterizado por pacientes com DAD exsudativo de causas não-pulmonares; e o grupo de controle (n=16) com indivíduos que faleceram de causas não-pulmonares. Foram utilizadas as técnicas de imunohistoquímica e análise de imagem para quantificar, no parênquima pulmonar e nas pequenas vias aéreas, os marcadores de células imunes. Resultados: Foi observada uma elevada densidade celular de linfócitos T CD4+ e T CD8+, células Natural Killer CD57+, células dendríticas CD83+ e granzima A+ no parênquima pulmonar do grupo H1N1 (p < 0,05) em relação aos outros grupos. Na análise das pequenas vias aéreas, observou-se uma menor densidade célular de mastócitos (triptase), células dendríticas (CD207), e um aumento de IL-17 nos grupos H1N1 e SDRA, além de um aumento do número de granzimas A+ e diminuição de celulas dendríticas (CD83) apenas no grupo H1N1 (p < 0,05). Conclusão: O DAD causado pelo vírus influenza A (H1N1) pdm09 está associado com um fenótipo citotóxico inflamatório diferente do DAD de causas não-virais, com uma resposta parcialmente divergente no parênquima pulmonar em relação às pequenas vias aéreas / Rationale: The pandemic influenza A (H1N1) virus emerged in 2009 and spread globally. This virus infection can induce acute respiratory distress syndrome (ARDS) in some patients. Diffuse alveolar damage (DAD), which is the histological surrogate for ARDS, has a multifactorial etiology. Therefore, it is possible that the immunopathology differs among the various presentations of DAD. Objectives: To compare the lung immunopathology of viral (influenza A(H1N1)pdm09) to non-viral, extrapulmonary etiologies in autopsy cases with DAD. Methods: The lung tissue of 44 patients, was divided into 3 groups: the H1N1 group (n=15) characterized by DAD due to influenza A(H1N1)pdm09 infection; the ARDS group (n=13), characterized by patients with exudative DAD due to non-pulmonary causes; and the control group (n=16), consisting of patients with non-pulmonary causes of death. Measurements and main results: Immunohistochemistry and image analysis were used to quantify, in the lung parenchyma and small airways, several immune cell markers. There was higher expression of CD4+ and CD8+ T lymphocytes, CD83+ dendritic cells, granzyme A+ and natural killer+ cell density in the lung parenchyma of the H1N1 group (p < 0,05). In the small airways, there was a lower cell density of tryptase+ mast cells and dendritic+ cells and an increase of IL-17 in both DAD groups, with an increased number of granzyme A in H1N1 group (p < 0,05). Conclusion: DAD due to viral A(H1N1)pdm09 is associated with a cytotoxic inflammatory phenotype that is different from non-viral causes of DAD, with partially divergent responses in the parenchyma relative to the small airways.
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Influenza A H1N1 no Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HC/FMUSP); perfil clínico dos casos atendidos e utilização de serviços hospitalares / Influenza A H1N1 in Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (HC-FMUSP): clinical profile from patients and use of health services

Carlos Odair Calmona 17 February 2014 (has links)
A atenção à saúde compreende múltiplas formas de prestação de serviços, sendo o hospital a instituição nuclear para os sistemas de saúde. Em maio de 2009 iniciou-se uma epidemia que evoluiu para escala mundial, com novo subtipo de vírus influenza identificado como Influenza A (H1N1)09pdm, caracterizado pela alta demanda de consultas e internações hospitalares, o que impactou na gestão e custos do serviço. O objetivo da pesquisa foi estudar o consumo de serviços hospitalares dos casos suspeitos e confirmados de Influenza A(H1N1)09pdm no Instituto Central do Hospital das Clínicas da FMUSP (ICHC-HCFMUSP), entre maio e dezembro de 2009. Tomando como informação inicial os registros do banco de notificações e do de saídas hospitalares do Núcleo de Informação em Saúde do HCFMUSP, foram selecionados 430 indivíduos que preencheram os critérios de inclusão da pesquisa e que levaram à 632 internações hospitalares. Em 26% (n=112) das pessoas e em 22,3% (n=141) das internações foi confirmada a suspeita para infecção por H1N1. Nas internações de casos suspeitos, a mediana de duração da internação foi de 5+17 (0-161) dias e 23,4% (n=148) foram admitidos nas UTIs, com mediana de internação 4,5+7,8 (0-46) dias. Nos casos confirmados, a mediana foi de 5+19,1 (0- 161) dias de internação e 26,9% (n=38) de internações em UTI com 5+8,3 (0-31) dias. O pico de notificações de casos suspeitos e confirmados foi no mês de agosto, com 31,6% (n=200 das 632) internações de casos suspeitos e 44% (n=62 das 141) internações de casos confirmados. A Influenza A(H1N1)09pdm impactou o consumo de serviços, mostrando-se presente em muitas enfermarias do ICHC, o que implicou grande consumo de procedimentos diagnósticos e terapêuticos / Healt care comprises multiple ways of services, where hospitals are the nuclear reference institution of health services. In may 2009, a new pandemic influenza vírus subtype was identified as Influenza A(H1N1)09pdm, wich was characterized by high demand for hospital visits and hospitalizations. This research aimed to study the hospital service expenditure on confirmed and non-confirmed hospitalizations associated with Influenza A(H1N1)09pdm at Instituto Central do Hospital das Clínicas FMUSP (ICHC - HCFMUSP), between May and December of 2009. It was analyzed the registers from the notification database and output hospital database from the Information Health Department. According to inclusion criteria, it was found 430 people with 632 hospitalizations with 26% (n=112) patients and 22,3% (n=141) hospitalization for confirmed cases. For non confirmed hospitalizations, the median length of stay was 5+17 (0-161) days with 23,4% (n=148) of ICU admissions with median length of stay 4,5+7,8 (0-46) days. For confirmed cases, the hospitalization length of stay was 5+19,1 (0-161) days with 26,9% (n=38) on ICU admissions with median length of stay 5+8,3 (0-31) days. The notification peak was on August with 31,6% (n=200 from 632) hospitalizations form non-confirmed cases and 44% (n=62 from 141) confirmed cases hospitalization. The Influenza A(H1N1)09pdm impacted on service expenditure, because of its distribution in several wards from ICHC wich implied high expenditure of diagnosis and therapeutic proceeds
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Análise da expressão de RNAs não-codificadores intrônicos em câncer de rim / Expression analyses of intronic non-coding RNAs in renal cancer

Ângela Aguirres Fachel 04 September 2009 (has links)
O carcinoma de célula renal (RCC) subtipo célula clara é o câncer mais letal e prevalente do sistema urinário. O diagnóstico deste tipo de câncer frequentemente é tardio em conseqüência da falta de sintomas perceptíveis aos pacientes. Um dos objetivos deste trabalho é a identificação de novos marcadores moleculares para diagnóstico precoce, o que ajudaria a diminuir a mortalidade em função de complicações resultantes do avanço da doença. Outro objetivo é a identificação de um conjunto de marcadores moleculares de prognóstico, de modo à prever com acurácia a evolução clínica da doença e, por conseqüência, o tempo de sobrevida do paciente. As modificações transcricionais associadas à carcinogênese e à progressão do câncer de rim ainda não foram completamente elucidadas. Além dos oncogenes e genes supressores de tumor, RNAs não-codificadores (ncRNAs) recentemente foram apontados como importantes reguladores da expressão gênica em humanos, e podem ter um papel importante na transformação maligna do câncer de rim. Para analisar a expressão gênica de ncRNAs e de genes codificadores para proteína foram utilizados dois microarranjos desenvolvidos por nosso grupo, enriquecidos em sondas para ncRNAs. Uma das plataformas possui 4 mil sondas de cDNA, das quais 822 sondas são para ncRNAs mapeando em regiões intrônicas. Outra possui 44 mil elementos e combina sondas de oligonucleotídeos (60-mer) intrônicas e exônicas de um mesmo locus genômico. Análises estatísticas foram feitas com a ferramenta Significance Analysis of Microarrays (q &#8804; 0,05) combinadas ou com a técnica de \"patient leave-one-out\" (genes com presença em 8 100% dos subconjuntos), ou alternativamente com o teste discriminante de Golub (p &#8804; 0,01 ou p < 0,05). Com a plataforma de 4 mil sondas foram estudadas 30 amostras de tecido renal de 18 pacientes com RCC subtipo célula clara. Um conjunto de 36 ncRNAs foi identificado como diferencialmente expresso entre amostras tumorais e não-tumorais. Uma assinatura adicional de 265 genes codificadores de proteínas foi identificada, indicando possíveis novos marcadores moleculares. Uma análise estatística supervisionada com dados de 16 pacientes identificou uma assinatura de ncRNAs correlacionada com sobrevida de 5 anos, formada por 27 ncRNAs com significativa expressão alterada em pacientes livres da doença em comparação com pacientes que morreram em função da doença. Uma assinatura adicional de 64 genes codificadores de proteínas também foi identificada como significativamente correlacionada com o acompanhamento clínico dos pacientes. Com a plataforma de 44 mil sondas foram analisados 17 pacientes, com amostras pareadas de tecido renal tumoral e não-tumoral agrupadas em 8 pools, sendo 4 de amostras tumorais e 4 de não-tumorais. Um conjunto de 66 ncRNAs parcialmente intrônicos antisenso e outro de 52 ncRNAs totalmente intrônicos antisenso foram identificados como diferencialmente expressos. Identificamos um subconjunto de 28 ncRNAs totalmente intrônicos antisenso e senso cuja expressão do gene codificador de proteína do mesmo locus estava simultaneamente alterada. Estes dados apontam para possíveis redes de regulação da expressão gênica dos ncRNAs em câncer. A extensa lista de ncRNAs e de genes codificadores para proteína identificados neste estudo podem ser promissores marcadores moleculares de carcinoma renal subtipo célula clara. / Renal cell carcinoma (RCC) is the most common malignancy of the adult kidney, and the clear cell subtype is the most prevalent and lethal cancer of the urinary system. Late diagnosis for this type of cancer is frequent, usually as a consequence of the lack of symptoms. One of the objectives of the present work is the identification of new molecular markers for the early diagnosis, which would help decrease mortality that develops as a function of disease progression. Another objective is the identification of a set of prognosis molecular markers, so as to accurately predict the clinical outcome of the disease, and consequently, patient survival. Transcriptional changes associated to carcinogenesis and to kidney cancer progression have not been entirely elucidated. Besides oncogenes and tumor suppressor genes, non-coding RNAs (ncRNAs) have been recently indicated as important regulators of gene expression in humans, and could have an important role in the malignant transformation in renal cancer. In order to measure ncRNA and protein-coding gene expression we have used two microarray platforms developed by our group, which are enriched in ncRNA probes. One of the platforms has 4 thousand cDNA probes, of which 822 are for ncRNAs that map to intronic regions. Another has 44 thousand elements and combines 60-mer oligonucleotide probes for intronic and exonic regions from the same genomic locus. Statistical analyses have been performed with the Significance Analysis of Microarrays tool (q &#8804; 0.05) combined with a patient leave-one-out approach (genes present in 100% of the sub-sets), or alternatively with Golubs discriminant test (p &#8804; 0.01 or p < 0.05). 11 With the 4-thousand probes platform we studied 30 samples from renal tissue of 18 RCC patients with clear cell subtype. A set of 36 ncRNAs has been identified as differentially expressed between tumor and non-tumor tissue. An additional signature of 265 protein-coding genes has been identified, indicating possible new molecular markers. A supervised statistical analysis with data from 16 patients has identified a ncRNA signature correlated to 5-year survival outcome, comprised of 27 ncRNAs with significantly altered expression in diseasefree patients compared to patients who died from cancer within the 5-year follow-up. An additional 64-gene signature of protein-coding genes has been identified as significantly correlated to clinical outcome. With the 44-thousand probes platform we have analyzed 17 patients, with paired tumor and non-tumor samples grouped into 8 pools, of which 4 were from tumor and 4 from nontumor samples. A set of 66 partially intronic antisense ncRNAs and another of 52 totally intronic antisense ncRNAs have been identified as differentially expressed between tumor and non-tumor tissue. A sub-set of 28 totally intronic antisense or sense ncRNAs were identified as having a simultaneous change in expression of the protein-coding gene from the same locus. Overall, the data point to a possible ncRNA regulatory network in cancer. The extensive lists of ncRNAs and of protein-coding genes identified in the present study can be seen as promising molecular markers of RCC from the clear-cell subtype.

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