L'objectif de cette thèse est d'étudier un aspect de la compréhension de textes ; la construction de la représentation mentale et le maintien de la cohérence, en fonction des capacités mnésiques du lecteur. Pour comprendre un texte, le lecteur est amené à élaborer une représentation mentale de la situation évoquée par celui-ci (i.e., le modèle de situation). Pour cela, il doit tout au long de la lecture mettre en relation les informations en cours de traitement avec celles préalablement traitées et supprimer des informations devenues non pertinentes afin de maintenir la cohérence de la signification qu'il est en train de construire (Kintsch, 1998 ; Gernsbacher, 1990). Les compétences mnésiques sont donc essentielles dans la mise en place de cette cohérence. Par ailleurs, cette recherche de cohérence devrait se faire à partir de plusieurs dimensions du texte, à savoir la spatialité, la temporalité, la causalité, et l’émotion (Zwaan, Langston & Graesser, 1995). Notre premier objectif a été de mettre en évidence l’existence du processus de suppression des informations spatiales lors de la construction de la représentation mentale. Pour cela, nous avons présenté des textes contenant deux informations spatiales, l’une de ces informations a été développée de façon préférentielle (l’autre devenant non pertinente) et nous avons fait varier la quantité de données textuelles présentées selon les textes. Ce protocole nous a ainsi permis de tester l’inhibition (i.e., mise en retrait), et la suppression de ces informations spatiales. Pour étudier le lien entre les capacités mnésiques et le processus de suppression, nous avons utilisé une épreuve qui teste la capacité de la mémoire de travail des participants (i.e. les blocs de Corsi). Notre deuxième objectif était de tester de façon approfondie la mise en place des processus d’inhibition et de suppression lors de la lecture d’un texte en fonction du type d’information présentée (pertinentes, non pertinentes et incohérentes avec l’histoire du texte).Les résultats obtenus nous ont permis de conclure à l’existence d’un processus d’inhibition qui intervient pour les informations incohérentes d’un texte, et d’un mécanisme de suppression intervenant pour des informations non pertinentes. De plus les informations incohérentes semblent être d’abord inhibées avant d’être définitivement supprimées de la représentation mentale du texte. Ces deux processus sont indispensables à la construction d’un modèle de situation cohérent d’un texte. / The objective of this research is to study an aspect of comprehension text; the construction of the mental representation and the preservation of coherence, according to working memory capacities of the reader. To understand a text, the reader is brought to elaborate a mental representation of the situation evoked by this one (i.e., the model of situation). To this aim, the reader should put in relation the information in the course of treatment with those handled earlier and delete information became irrelevant to maintain the coherence of the meaning (Kintsch, 1998; Gernsbacher, 1990). Memorial skills are thus essential in the implementation of this coherence. Besides, this research of coherence should be made from several dimensions of the text, namely the spatiality, the temporality, the causality, and the emotion (Zwaan, Langston and Graesser, on 1995).Our first objective was to highlight the existence of the mechanism of suppression of the spatial information during the construction of the mental representation. For that purpose, we presented texts containing two spatial informations, one of this information was developed in a preferential way (the other one becoming irrelevant) and we made vary the quantity of textual data presented according to texts. This protocol allowed us to test the inhibition, and the suppression of this spatial information. To study the link between working memory capacities and the process of suppression, we used a test that evaluates the capacity of the working memory of the participants (i.e. Corsi’s blocks).Our second objective was to test in a more complete way the implementation of inhibition and suppression processes during reading of a text according to the type of presented information (relevant, irrelevant and incoherent with the story of the text).Obtained results allowed us to confirm the existence of a process of inhibition which intervenes for the incoherent information of a text, and a mechanism of suppression occurring for the irrelevant information. The inconsistent information seems to be inhibited at first, before definitively eliminated by the mental representation of the text. These two processes are necessary to the construction of a coherent model of situation of a text.

L'extinction post-transcriptionnelle de gènes ou PTGS (Posttranscriptional Gene Silencing) est un phénomène hautement conservé à travers l'évolution. Retrouvé chez des organismes allant des champignons aux vertébrés, ce système reconnaît spécifiquement les molécules de RNA double brin (db) et les dégrade en fragments de 21-23 nt. Chez les plantes, le PTGS pourrait défendre l'organisme contre les infections virales. En réponse à ce mécanisme de défense, un certain nombre de virus codent pour des protéines capables de supprimer le PTGS. Ces protéines dites "suppresseurs" de PTGS, comme les protéines HCPro des potyvirus et 2b des cucumovirus, ne partagent aucune homologie de séquence ni de structure et jouent des rôles différents dans le cycle de multiplication virale. Les résultats obtenus et décrits dans ce mémoire ont permis l'identification et la caractérisation de nouvelles protéines virales impliquées dans la suppression du PTGS, ceci afin de mieux cerner les mécanismes de suppression. Ainsi, nous avons montré que les protéines P15 et P14 de deux virus apparentés, le PCV (Peanut Clump Virus) et le BNYVV (Beet Necrotic Yellow Vein Virus) sont des suppresseurs de PTGS aux propriétés distinctes. En effet, la protéine P15 se localise dans les peroxysomes et semble être active sous une forme multimérique ; quant à la protéine P14, elle se localise dans le cytoplasme et le nucléole et supprime plus faiblement le PTGS. Par ailleurs, nous avons également découvert que la protéine P0 du BWYV (Beet Western Yellows Virus) est un suppresseur de PTGS très efficace hors de son contexte viral. De manière surprenante, son expression est fortement régulée par le virus au cours de l'infection. Enfin, nous avons confirmé que la protéine P0 jouait un rôle de protection du virus contre le PTGS grâce à l'utilisation de plantes transgéniques exprimant la protéine mineure de capside du BWYV. Ce virus déclenche sur ces plantes un PTGS dirigé contre le transgène, sans être affecté.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Paracoccidioides brasiliensis, um fungo termodimórfico, é o agente causador da paracoccidioidomicose (PCM), a micose sistêmica prevalente da América Latina. A patogenicidade aparenta estar intimamente relacionada com a transição dimórfica da forma de micélio para a de levedura, que é induzida pela mudança da temperatura do ambiente pela temperatura do hospedeiro mamífero. Há poucas informações disponíveis sobre genes de P. brasiliensis que são necessários durante a fase patogênica. Nós, então, realizamos as técnicas de SSH (“Suppression Subtraction Hybridization”) e de “Macroarray” com o objetivo de identificar genes que sejam preferencialmente expressos na fase leveduriforme do isolado Pb18. Genes identificados em ambos os procedimentos estão mais expressos na fase leveduriforme e estão envolvidos em metabolismo básico, transdução de sinal, crescimento e morfogênese e metabolismo do enxofre. Para testar se as mudanças observadas na expressão gênica refletem as diferenças entre as condições de crescimento usadas para obter as duas formas morfológicas preferivelmente às diferenças intrínsecas dos tipos celulares, nós realizamos experimentos com RT-PCR em tempo real utilizando preparações de RNA derivadas de ambas as fases, micélio e levedura, crescidas a 26°C e 37°C nos meios de cultura completos (YPD e Sabouraud) e meio mínimo. Vinte genes, incluindo AGS1 ( -1,3-glucan synthase) e TSA1 (thiol-specific antioxidant), foram mostrados como mais expressos na levedura patogênica em relação ao micélio. Embora a expressão de RNA mensageiro foi bastante diferente em relação aos meios completos e meio mínimo, mostramos uma tendência geral para que esses genes serem mais expressos nas células leveduriformes patogênicas de P.x brasiliensis. Além disso, mostramos a complementação dos genes METR e SCONC de P. brasiliensis e uma cepa com estes genes deletados de Aspergillus nidulans, sugerindo uma possível homologia entre eles. Mostramos também a análise de genes da via do metabolismo do enxofre foram mais expressos na levedura patogênica de P. brasiliensis em relação ao micélio saprofítico. / Paracoccidioides brasiliensis, a thermodimorphic fungus, is the causative agent of paracoccidioidomycosis (PCM), a prevalent systemic mycosis in Latin America. Pathogenicity appears to be intimately related to the dimorphic transition from the hyphal to the yeast form, which is induced by a shift from environmental temperature to the temperature of the mammalian host. Little information is available on the P. brasiliensis genes necessary during the pathogenic phase. We have therefore undertaken Suppression Subtraction Hybridization (SSH) and macroarray analyses with the aim of identifying genes that are preferentially expressed in the yeast phase. Genes identified by both procedures as being more highly expressed in the yeast phase are involved in basic metabolism, signal transduction, growth and morphogenesis, and sulfur metabolism. In order to test whether the observed changes in gene expression reflect the differences between the growth conditions used to obtain the two morphological forms rather than differences intrinsic to the cell types, we performed real-time RT-PCR experiments using RNA derived from both yeast cells and mycelia that had been cultured at 37 and 26°C in either complete medium (YPD or Sabouraud) or minimal medium. Twenty genes, including AGS1 ( 1,3-glucan synthase) and TSA1 (thiol-specific antioxidant), were shown to be more highly expressed in the yeast cells than in the hyphae. Although their levels of expression could be different in rich and minimal media, there was a general tendency for these genes to be more highly expressed in the yeast cells. Moreover, complementation of P. brasiliensis METR and SCONC genes in strains of Aspergillus nidulans with these genes deleted suggested a possible homology between them. We show the analyses of genes involved in the xii sulphur metabolism pathway and these genes were more expressed in the pathogenic yeast than saprophytic mycelia of P. brasiliensis.

La chromodynamique quantique (QCD) prédit l'existence d'un nouvel état de la matière : le plasma de quarks et de gluons (PQG). Celui-ci aurait existé dans les premiers instants suivant le Big Bang et peut en principe être produit sous les conditions extrêmes de température et de densité atteintes lors de collisions d'ions lourds à haute énergie (au LHC par exemple). Un des marqueurs de sa présence est la suppression des quarkonia (états liés de quark/antiquark lourds), caractérisée par une production inférieure de ces états dans les collisions d'ions lourds relativement aux collisions proton-proton où le PQG ne pourrait être créé. Cette suppression a bien été observée expérimentalement, mais l'évolution de ses tendances aux énergies du RHIC et du LHC est un véritable défi qui requiert une meilleure compréhension théorique. La présente thèse a pour but d’étudier l’évolution en temps réel de paires corrélées de quark/antiquark lourds considérées comme des systèmes quantiques ouverts en interaction permanente avec un PQG en refroidissement. Explicitement, l'interaction continue entre le milieu et les degrés de liberté internes de la paire est obtenue par 1) un écrantage de couleur dit « de Debye » dû à la présence de charges de couleur dans leur voisinage et 2) des mécanismes de fluctuation/dissipation qui reflètent les collisions permanentes. Cela mène à une image dynamique et continue de la dissociation des quarkonia, de leur recombinaison et des transitions entre états liés. L'étude est transversale à différents cadres théoriques : semi-classique, quantique et quantique des champs. Les prédictions du modèle sont comparées aux résultats expérimentaux et aux résultats d'autres modèles théoriques. / The theory of quantum chromodynamics (QCD) predicts the existence of a new state of matter: the Quark-GluonPlasma (QGP). The latter may have existed at the first moments of the Universe following the Big Bang and can be, in theory, re-produced under the extreme conditions of temperature and density reached in high energy heavy ion collisions (at the LHC for instance). One of the QGP observables is the suppression of the quarkonia (heavy quark/antiquark bound states), characterised by a smaller production of these states in heavy ion collisions in comparison to proton-protoncollisions, in which no QGP production would be possible. This suppression has indeed been observed experimentally, but the puzzling evolution of its trend from RHIC to LHC energies requires a better theoretical understanding. The present thesis aims at studying the real-time evolution of correlated heavy quark/antiquark pairs described as open quantum systems which permanently interact with a cooling QGP. More explicitly, the continuous interaction between the medium and the pair internal degrees of freedom is obtained through 1) a temperature dependent color screening (“Debye” like) due to color charges in the irvicinity and 2) some fluctuation/dissipation mechanisms reflecting the continuous collisions. It leads to a dynamical and continuous picture of the dissociation, recombination and possible transitions to other bound states. This investigation is at the crossroads of different theoretical frameworks: semi-classic, quantum and quantum fields. The deduced predictions are compared to experimental data and to the results of other theoretical models.

Les Encéphalopathies Épileptiques Précoces sont des pathologies rares et sévères caractérisées par des crises fréquentes commençant dans les trois premiers mois de vie accompagnées d’un EEG intercritique altéré et un pronostic très défavorable. Au cours de la caractérisation génétique d’une cohorte de 402 patients, nous avons mis en évidence une délétion de 19,9 kb localisée en Xp11.23 chez un garçon et 34 mutations de novo du gène KCNQ2. La première partie de mon projet a consisté en l’étude de la pathogénicité de la délétion Xp11.23, qui implique trois gènes dont WDR45. Les mutations de WRD45 ont été décrites dans une dégénérescence neuronale avec accumulation de fer et presque exclusivement chez des patients de sexe féminin. Le diagnostic initial, chez ce patient, montre une IRM normale avec un phénotype d'EEP et l'accumulation de fer a été détectée à partir de 5 ans. Ce travail m’a permis de décrire le premier patient atteint d’EEP porteur d’une délétion de WDR45. La deuxième partie de mon projet a concerné le gène KCNQ2. Nos résultats ont montré que les mutations sont impliquées dans deux mécanismes physiopathologiques, une délocalisation subcellulaire et un gain de fonction. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives en terme de compréhension de la pathologie et de thérapies qui peuvent être proposées. Une dernière partie de ce projet a consisté en l’élaboration de nouveaux modèles in vitro, j’ai mis au point des lignées stables exprimant KCNQ2 qui permettront le criblage de molécules thérapeutiques à haut-débit, ainsi que des progéniteurs neuronaux différenciés à partir de cellules iPS issues de la reprogrammation de fibroblastes de patients. / Early onset epileptic encephalopathies are rare and severe disorders, characterized by frequent motor seizures occurring before three months of age associated with an altered interictal EEG pattern. The prognosis is poor. During the course of the genetic characterization of a cohort of 402 EOEE patients, we identified a de novo deletion located at Xp11.23 in a male patient and 34 KCNQ2 de novo mutations. The first part of my project consisted in the study of the pathogenicity of the Xp11.23 deletion that encompasses three genes including WDR45. Mutations in the WDR45 gene been have recently identified in patients suffering from neurodegeneration with brain iron accumulation. WDR45 mutations have been almost exclusively found in females. Our patient with the Xp11.23 deletion presented a normal MRI and the EOEE phenotype was predominant. Iron accumulation began only at 5 years. My work reveals that deletions of WDR45 are viable in males and can be diagnosed as EOEE. The second part of my project was aimed at the functional study of two KCNQ2 gene mutations. During this work, my results showed that those mutations were involved in new pathological mechanisms, namely a mislocalization or gain of function. Those results provide new perspectives in term of disease knowledge and therapy. The last part of my project consisted in the development of two new in vitro models for the study of KCNQ2 mutations: stable cell lines expressing the Kv7.2 channel for high-throughput screening of drugs and the production of neurons from induced pluripotent stem cells arising from reprogrammed patient fibroblasts.

Många människor har påträngande tankar och uppfattar dessa som jobbiga. En vanligt förekommande copingstrategi är att tränga bort dessa upplevelser. Detta kallas suppression eller bortträngning och har kopplingar till psykiatriska besvär. Tidigare studier visar att bortträngning har en ironisk effekt som gör att de tankar en person önskar undvika studsar tillbaka in i medvetandet. I denna experimentella studie används en inomgruppsdesign för att undersöka huruvida denna ironiska effekt går att återfinna hos externa stimuli i form av sinustoner. Testdeltagare (n=40) instruerades att tränga undan eller fokusera på en av två toner. Den första hypotesen var att deltagarna under en tone-in-noise uppgift skulle indikera fler falska positiva på den bortträngda tonen, jämfört med den ton de fokuserade på eller vid ingen ton alls. Detta skulle då indikera på en ironisk effekt. Ytterligare hypoteser var att deltagare kommer ha fler sanna positiva på den bortträngda tonen jämfört med en kontrollton, även detta under brus. Sista hypotesen var att deltagarnas upplevelse av den bortträngda tonen skulle förändras och skattas som mer aversiv efter experimentet. Resultaten stödde ej någon av hypoteserna. Explorativa analyser visade att deltagarna upplevde båda tonerna som mer irriterande, uppjagande och att de lät högre efter en minnesuppgift. Studiens begränsningar diskuteras och förändringar i studiedesign föreslås. / Many people have intrusive thoughts that they experience as aversive. A common coping strategy is to suppress these thoughts. This practice has connections to psychiatric problems. Previous studies have shown that suppression has an ironic process, where the suppressed material has a rebound effect and re-enters consciousness. Furthermore, suppression can have an effect on the emotional perception of the suppressed material. In this experimental study a within-subjects design was used to examine if this ironic effect can be found when suppression is used on external stimuli such as sine tones. Participants (n=40) were instructed to either suppress or focus on two different tones. The hypothesis was that they would indicate more false positives on the suppressed tone during a tone-in-noise task, which would be a sign of a rebound effect. Furthermore, it was hypothesized that participants would have more correct identifications when the suppressed tone was present during the tone-in-noise task. Lastly it was hypothesized that participants would rate the suppressed tone as more aversive. The results did not support any of the hypotheses. Explorative analyses showed that participants rated both tones as more arousing, annoying, and loud after a recall task. Limitations of the study are discussed and changes to the study for further research design are proposed.

This project added to the sparse body of research on the neural underpinnings of turn-taking with an electroencephalography (EEG) investigation of spontaneous conversation. Eighteen participants (3 male, 15 female, mean age 29.79), recruited and participating in pairs, underwent EEG hyperscanning as they conversed on a freely chosen topic for 45 minutes. In line with previous research, it was predicted that a time-frequency analysis of the EEG might reveal either increased power at around 10 Hz (the location of one of two components of the mu rhythm, an oscillation possibly involved in motor preparation for speech), or reduced alpha (8-12 Hz) power (reflecting non-motor aspects of turn preparation) prior to taking one’s turn. Increased power between 8-12 Hz was observed around 1.5 and 1 second preceding turn-taking, but similar power increases also occurred prior to turn-yielding and the conversation partner continuing after a pause, and a reduction in alpha power was found in turn-taking relative to listening to the other speaker continue after a pause. It is unclear whether this activity reflected motor or non-motor aspects of turn preparation, but the spontaneous conversation paradigm proved feasible for investigating brain activity coupled to turn-taking despite the methodological obstacles. / Detta forskningsprojekt bedrar till ett ämne där relativt få studier har genomförts med en elektroencefalografi- (EEG-) undersökning av hjärnaktivitet som är kopplad till turtagning i spontant samtal. Arton deltagare (3 män, 15 kvinnor, medelålder 29,79) som rekryterades och deltog i par, genomgick EEG-hyperscanning medan de pratade om ett fritt valt ämne i 45 minuter. Det förutsades att en tidsfrekvensanalys av EEG kan avslöja antingen ökad effekt vid cirka 10 Hz (vilket motsvarar en av två komponenter i mu-rytmen, en oscillation som eventuellt är involverad i motoriska förberedelser för tal) eller reducerad alfaeffekt (8 -12 Hz) (vilket möjligen återspeglar icke-motoriska aspekter av turtagningsförberedelser) innan man tar sin tur. Ökad effekt mellan 8-12 Hz observerades ungefär 1,5 och 1 sekund före turtagning, men liknande ökningar inträffade också innan samtalspartnern tog sin tur eller fortsatte efter en paus, och en minskning av alfaeffekt observerades när turtagning jämfördes till kontexter där försökspersonerna lyssnade när den andra talaren fortsatte efter en paus. Det är oklart om denna aktivitet återspeglade motoriska eller icke-motoriska aspekter av turtagningsförberedelser, men det visar sig vara möjligt att undersöka hjärnaktivitet kopplad till spontant samtal på ett rimligt sätt trots paradigmens metodologiska svårigheter. / Hidden events in turn-taking

Les gens infectés par la rougeole subissent une suppression immunitaire. Ce mémoire porte sur l’influence de cette caractéristique de la rougeole sur un autre pathogène, ici la grippe. Il s’agit donc de modéliser la réponse immunitaire d’une interaction virus-virus, problème d’une grande pertinence durant la pandémie causée par le SRAS-CoV-2 alors que les interactions de celui-ci avec le virus de l’influenza demeurent à déterminer. Nous avons également que la grippe augmente la production d’autres pathogènes. Un modèle de chaque pathogène va être développé et analysé. On cherchera les points fixes, leurs conditions de stabilité et on observera quelques résultats numériques pour constater leurs évolutions dans le temps. Ensuite un modèle suivant l’évolution des deux pathogènes ayant infecté un individu au même moment sera conçu. Dans ce modèle nous inclurons les interactions d’un pathogène l’un sur l’autre pour déterminer théoriquement les effets chez les individus infectés à la fois par la grippe et la rougeole. On pourra par la suite comparer entre les différentes populations lorsqu’il n’y a aucune interaction et avec les différentes interactions entre les deux pathogènes. / People infected with measles experience immune suppression. This work focuses on the influence of this characteristic of measles on another pathogen, here the flu. We also have that the flu will increase the production of other pathogens in a co-infection model. Modeling the immune response to such virus-virus interaction is currently of signficant relevance, given the limited knowledge on SARS-CoV-2/influenza interactions. A model of each pathogen will be developed and analysed. We will look for the fixed points, conditions for their stability and we will observe some numerical results of their evolution over time. Then a model following the evolution of the two pathogens having simultaneously infected an individual will be designed. In this model we will include the interactions of the pathogens on each other to theoretically determine the effects in individuals infected with both influenza and measles. Then we can compare between the different populations when there is no interaction and with the different interactions between the two pathogens.

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