D’après le dernier rapport du groupe d'experts intergouvernemental sur l'évolution du climat (GIEC), le réchauffement climatique devrait se poursuivre au cours du siècle prochain. La température atmosphérique moyenne pourrait augmenter de 0,3°C à 4,8°C avec des valeurs extrêmes allant de 1°C à 6°C en 2100. Ces changements de température auront des conséquences directes et indirectes sur l’ensemble de la biodiversité et plus particulièrement sur les poissons qui sont des animaux poïkilothermes. Dans cette étude, trois espèces ont été choisies en prenant en compte leur stratégie de reproduction et leur différence de tolérance thermique : la truite commune (Salmo trutta), le brochet (Esox lucius) et la carpe commune (Cyprinus carpio). Nous avons, pour chacune des trois espèces, appliqué les mêmes différences de température par rapport à leur température de référence (-4, -2, Tref, +2, +4°C) et étudié les effets sur la survie et le développement des embryons et des larves au cours de l’ensemble de la période d’alimentation endogène. Ce travail a confirmé la loi générale de l’impact de la température sur la période d’incubation (Q10 ~3). La truite commune montre une forte diminution de sa survie lors d’une augmentation de quatre degrés, néanmoins les larves survivantes sont plus grandes et ont un contenu énergétique plus important. La survie des larves de brochet augmente avec la température, ces larves sont les plus grandes et leur contenu énergétique est plus important à la température la plus élevée. La survie de la carpe n’est pas affectée par la température ; néanmoins les larves élevées à basse température sont les plus petites et présentent un faible contenu énergétique. Les résultats de survie pour les premiers stades de vie sont en concordance avec les modélisations des aires de répartition actuelle. Dans le futur, la prise en compte de la niche thermique théorique des premiers stades de vie pourrait permettre d’affiner les prévisions des aires de répartition / According to the latest report of the Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC), global warming is expected to continue over the next century, the average temperature could increase by 0.3 ° C to 4.8 ° C with extreme values ranging from 1 ° C to 6 ° C by 2100. These temperature changes will have direct and indirect consequences on the overall biodiversity and specifically fish which are poikilotherms. In this study three species were selected taking into account their reproductive strategy and their thermal tolerance: brown trout (Salmo trutta), pike (Esox lucius) and common carp (Cyprinus carpio). We have applied for all three species the same temperature range of from their referential temperature (-4, -2, Tref °C, +2, + 4 ° C). To carry out this study, we investigated biological traits related to survival and development during the endogenous feeding period. This work confirmed the general law of the impact of temperature during incubation phase (Q10 ~ 3). For brown trout, the results show a collapse of its population with an increase of four degrees; nevertheless surviving larvae were the longest and had a more energetic content. The survival rate of pike larvae increased when temperature increased, these larvae were the longest and the had more energetic content. The survival of the carp was not affected by temperature; nevertheless, at the lowest temperature (16°C), the larvae were smaller and had a lower energetic content. The survival results for the early stages of life are an agreement with the current distribution models. In view of this study the theoretical thermal niche species of early live stage should be undertaken to continue to refine prediction models from range

Dans un contexte de réchauffement climatique et d'anthropisation, les organismes colonisant les espaces côtiers sont, et seront soumis, à des variations importantes de leur milieu de vie. Parmi ces organismes, la moule bleue Mytilus edulis constitue une espèce clé des écosystèmes intertidaux et est utilisée comme sentinelle. Au cours de cette thèse, des moules collectées sur des sites présentant des niveaux de contamination contrastés ont été conditionnées à deux niveaux de température différents avant une exposition à un stress thermique aigu. Des analyses protéomiques ont été réalisées pour explorer les effets de ces stress sur l'homéostasie des protéines. Une forte mortalité est observée exclusivement pour les individus issus du site pollué et conditionnés à des températures modérées. Chez les individus issus du site propre, une abondance de protéines de stress thermique et une sur-expression d'acteurs indiquant la mise en place d'un métabolisme anaérobie est observée. Les individus conditionnés à des températures plus élevées ont une meilleure réponse vis-à-vis des individus conditionnés aux températures modérées. Pour les moules provenant du site contaminé les réponses protéiques sont bien moins nettes et tendent à démontrer un effet additif délétère de la contamination et de la température. Là encore, les individus conditionnés aux températures les plus élevées répondent mieux. En conclusion, les individus au trait de vie non contaminés affichent de meilleures réponses physiologiques que les individus contaminés. De plus, les organismes dont l'historique thermique est favorable, i.e. conditionnés à des températures plus élevées, ont également des réponses améliorées. / Intertidal organisms live in a fluctuating environment. The blue mussel Mytilus edulis is a key species of those ecosystems and are largely use as sentinel species. Global warming associated with anthropization will expose mussels to contaminations together with increased temperatures. In addition, more frequent heatwaves are expected. In this work, mussels were collected at two sites depicting contrasted levels of contamination and thermal exposure in microcosm were conducted. Two acclimation scenarios were set up prior to exposure to an identical acute thermal stress. In order to decipher joint effects of acclimation and contamination on protein homeostasis, gill proteome comparisons were performed. High mortality was observed only for mussels collected at the contaminated site and acclimated to current temperatures. Concerning gill proteome analysis, organisms from the pristine site exhibit high abundance of thermal stress proteins. Proteoforms involved in anaerobic metabolism were also up-regulated. Interestingly, mussels acclimated to the higher temperatures show an enhanced response compare to the one acclimated to current temperatures. Concerning mussels from the contaminated site, the response appears more confusing, excepted for heat stress protein response. This may indicate deleterious effects of combined contamination and heat stress. Therefore, organisms acclimated to higher temperature display improved responses. In conclusion, mussels with a clean life history show better physiological abilities than individuals with contaminated life history. Moreover, organisms prepared to heat stress by higher acclimation temperatures also develop a more effective response.

L’objectif de cette étude était de contribuer à une meilleure compréhension des poissons cartilagineux dans les eaux côtières libanaises du bassin oriental de la Méditerranée. Dans ce contexte, les différents aspects relatifs à la distribution, la diversité, la biologie et l’écologie de ces espèces ont été développés. Au total, 315 spécimens de poissons cartilagineux ont été échantillonnés appartenant à 25 espèces, dont 11 espèces de requins et 14 espèces de batoïdes. Aucune chimère n’a été enregistrée. Les données ont été collectées à partir (a) de captures expérimentales dans le cadre du projet "CIHEAM PESCA-Libano" et (b) d’observations périodiques des poissons dans les poissonneries et capturés par les pêcheurs. A partir des données de captures expérimentales, la distribution spatio-temporelle a été évaluée à travers lecalcul de ‘la capture par unité d'effort’. Cette dernière a été estimée à la fois à partir des données des scientifiques et commerciales, en prenant en considération le nombre total d’espèces. Différentes relations longueur-poids ont été établies pour 3 requins et 5 batoïdes, et cela pour les espèces présentant un nombre d’individus supérieur à 10. Finalement, la biologie et l’écologie de deux espèces commerciales bien exploitées dans les eaux côtières libanaises ont été présentées. / The aim of this study is to contribute to a better knowledge of cartilaginous fish in the Lebanese coastal waters, Eastern Mediterranean. Emphasis was placed on various aspects of the distribution, diversity, biology and ecology of these species. In this study, a total of 314 specimens of cartilaginous fish were sampled. These specimens constituted of 25 cartilaginousfish species, 11 shark species and 14 batoid species. No chimaeras were recorded. The data was collected from two sources: (a) an experimental survey in the framework of the CIHEAM PESCA-Libano project and (b) periodic observation of fisheries and catches of hired fishermen. Spatiotemporal distribution was evaluated using the Catch Per Unit Effort of the experimental survey data. Spatiotemporal diversity was also estimated taking into account the total number of species caught in the survey and fisheries/fishermen data. Length-weight relationships for three sharks and five batoids were also presented for species of the combined data sources having more than 10 individuals. Finally, the biology and ecology of two commercially significant and exploited species were also presented as a first step in their fishery management andconservation.

L’objectif de cette étude était de contribuer à une meilleure connaissance des espèces démersales dans les eaux côtières libanaises en Méditerranée orientale. Différents aspects relatifs à la distribution, la diversité, et la biologie de ces espèces ont été étudiés. Les données ont été collectées à partir de captures expérimentales dans le cadre du projet ‘CIHEAM-PESCA Libano’. Un mélange hautement diversifié d'espèces de poissons (téléostéens et sélaciens), de céphalopodes et de crustacés, ainsi que de organismes macro-benthiques ont été échantillonnés. La distribution spatio-temporelle et la diversité ont été évaluées respectivement à l'aide de la ‘capture par unité d'effort’ qui a été assimilée à un indice d’abondance et du nombre total d'espèces capturées dans les relevés.Des relations longueur-poids ont été établies pour plusieurs espèces présentant un nombre d’individus suffisant. Finalement, l'accent a été porté sur la biologie et l'écologie d'une espèce lesseptienne et exploitée, l’holocentre rouge, Sargocentron rubrum. Cette étude constitue une première étape dans la gestion des pêches et la conservation dans cette région. / The aim of this study was to contribute to a better knowledge of demersal species in the Lebanese coastal waters, Eastern Mediterranean. Various aspect related to the distribution, diversity and biology of these species were studied. The data were collected from a three-year experimental survey in the framework of the ‘CIHEAM-PESCA Libano project’. A highly diversified mix of fish species (teleosteans and selaceans), cephalopods and crustaceans were sampled. Spatio-temporal distribution and diversity was evaluated respectively using the ‘Catch Per Unit Effort’ which was considered as an approximation of an abundance index and the total number of species caught in the surveys.

Les symbiotes d'insectes peuvent considérablement influencer leurs hôtes de diverses manières. Nous avons étudié ici la communauté de microbes de la mouche du chou (Delia radicum) et plus particulièrement le rôle de son microbiote intestinal et de Wolbachia, une bactérie intracellulaire. La transmission verticale et maternelle de Wolbachia était de 100% et nous n’avons trouvé aucune preuve de manipulation de la reproduction telles que l’incompatibilité cytoplasmique, la parthénogenèse thélytoque, la féminisation ou la dégénérescence des embryons mâles. Les effets de Wolbachia sur D. radicum étaient significatifs mais modérés, et se compensaient mutuellement (réduction du taux d’éclosion, meilleure survie larvo-nymphale, temps de développement plus long et augmentation de la mortalité des femelles en conditions de stress), ce qui suggère une infection quasi neutre chez cette espèce, même si nous avons observé une augmentation de la fréquence d’infection en conditions idéales. L'influence du microbiote intestinal a été étudiée en utilisant un antibiotique, la tétracycline, avec un protocole sur trois générations, ce qui a permis de discerner l’effet direct (toxique) de la tétracycline de ses effets indirects (perte de symbiotes) sur l’hôte. Le traitement antibiotique de D. radicum a eu de multiples effets, généralement négatifs, sur les traits d’histoire de vie des descendants, ces effets pouvant être détectés jusqu'à deux générations après le traitement. La perturbation du microbiote intestinal semble avoir un rôle plus important qu'un simple effet toxique de la tétracycline elle-même. De plus, l’étude suggère que le microbiote semble avoir un rôle bénéfique chez cette espèce, et qu’il est au moins partiellement hérité de la mère. Pour finir, nous avons étudié si Wolbachia pouvait modifier le dialogue plante-insecte entre D. radicum et l’une de ses plantes-hôtes, le colza (Brassica napus). La présence du symbiote a diminué les concentrations de glucosinolates dans les feuilles, ce qui suggère que Wolbachia pourrait améliorer la fitness de son hôte en diminuant les signaux chimiques de la plante pouvant être utilisés par les conspécifiques et/ou ennemis naturels de D. radicum. Cette étude a montré le potentiel d'une bactérie intracellulaire à influencer les relations plantes-insectes et a permis de discuter des interactions tri-trophiques entre les symbiotes, leurs insectes-hôtes et un troisième niveau trophique : la plante. Cette thèse démontre qu'il est maintenant nécessaire de prendre en compte les symbiotes dans de prochaines études, afin de mieux comprendre les relations possibles entre différents partenaires, ainsi que leurs implications écologiques ou évolutives. / Microbial symbionts can deeply influence their animal hosts in various ways. Here, we studied the community of microbes of the cabbage root fly (Delia radicum) and more precisely the role of its gut microbiota and of Wolbachia, an intracellular bacterium. The vertical maternal transmission of Wolbachia was perfect, and we found no evidence of manipulation of reproduction such as cytoplasmic incompatibility, thelytokous parthenogenesis, feminization nor male killing. Wolbachia infection had significant but moderate and mutually compensating effects on D. radicum (reduced hatch rate, improved larvo-nymphal viability, longer development time and increased female mortality in stress conditions), suggesting that infection might be nearly neutral in this strain, although we observed an increase in infection frequency in ideal rearing conditions. The influence of the gut microbiota was studied using an antibiotic, tetracycline, with a protocol spanning three generations, which allowed to discriminate the possible direct (toxic) effect of tetracycline from its indirect effects (due to the loss of gut symbionts). Antibiotic treatment of adults led to multiple and mostly negative effects on life history traits of their offspring and grandchildren. Data suggested a larger role of gut microbiota perturbation than of a toxic effect, that the microbiota was partially inherited maternally, and that the “wild-type” gut microbiota was beneficial in this species. Finally, we investigated whether Wolbachia could modify the insect-plant dialogue between D. radicum larvae feeding on roots of oilseed rape (Brassica napus). The presence of the symbiont decreased glucosinolate concentrations in the leaves, suggesting that Wolbachia could increase the fitness of its host by decreasing plant cues used by D. radicum conspecifics and/or natural enemies. This study showed the potential of an intracellular bacteria to influence plant-insect relationships, and allowed to discuss the tri-trophic interactions between symbionts, their insect hosts and a third trophic level: the plant. This thesis demonstrates the necessity to consider intracellular and extracellular symbionts in further studies, in order to unravel all the possible relationships between different partners, as well as their ecological or evolutionary implications.

Dans le cadre de la lutte biologique par lâchers inondatifs, le stockage au froid est utilisé pour obtenir des quantités importantes d'ennemis naturels. L'objectif de cette thèse est de comparer une grande variété de traitements de stockage au froid, considérés comme un stress thermique, et d'évaluer leurs effets sur la fitness des survivants, en utilisant comme modèle biologique le parasitoïde Aphidius ervi. Pour chacune des conditions de stockage, les effets du stress ont été évalués sur différents traits de vie, comme la longévité, la fécondité à l'émergence, la fécondité totale, la capacité d'accouplement, le sexe ratio des descendants, et sur différents paramètres physiologiques dont la quantité de lipides. Les principaux résultats montrent que les régimes de température fluctuants améliorent considérablement le taux de survie (principalement après quatre semaines de stockage), mais que les parasitoïdes stockés dans ces conditions consomment une plus grande proportion de lipides. Pour une longue durée de stockage (4 semaines), les régimes fluctuants à basse température (0°C) permettent d'obtenir le meilleur taux de survie associé aux meilleures performances de fitness et cet aspect n'avait jamais été mis en évidence auparavant. Lorsque le taux de mortalité lié au stockage est négligeable, le premier trait de vie atteint est la longévité. La fécondité n'est pas modifiée mais le sexe-ratio des descendants est plus biaisé vers les mâles. Lorsque le taux de mortalité est important, on peut observer la sélection d'individus résistants au stockage, dont les performances sont identiques à celle des témoins non stockés. Cependant, ces individus ont une taille réduite par rapport à celle des témoins. Lors du stockage au froid, les individus de plus grande taille sont plus affectés par ce stress que les individus de petite taille. Ces derniers ont de plus une reproduction plus précoce. Ce point n'avait encore jamais été mis en évidence; sachant que chez les parasitoïdes, les individus les plus grands ont potentiellement une meilleure fitness, ce point peut avoir des répercussions négatives en lutte biologique.

La succinate déshydrogénase (SDH) est à la fois une enzyme clé du cycle de Krebs oxydant le succinate en fumarate et le complexe II de la chaîne respiratoire mitochondriale impliqué dans le transfert des électrons et la réduction de l’ubiquinone. Des inhibiteurs de cette enzyme (SDHI) ont été développés ou sont en cours de développement comme antifongiques. Cette famille de fongicides est notamment utilisée pour lutter contre Botrytis cinerea, champignon phytopathogène responsable de la pourriture grise sur de nombreuses cultures dont la vigne. Des souches résistantes aux SDHI ont été isolées chez B. cinerea et d’autres champignons phytopathogènes. Chez ces isolats résistants, des mutations ont été identifiées dans les gènes codant la SDH. Au cours de cette thèse, nous avons étudié l’impact de mutations affectant la sous-unité B (SdhB) de la succinate déshydrogénase sur l’activité de l’enzyme, la biologie du champignon B. cinerea et la résistance aux inhibiteurs ciblant cette enzyme. Par mutagénèse dirigée du gène sdhB, nous avons obtenu des mutants dits « isogéniques » qui ont permis de confirmer l’implication de ces mutations dans la résistance aux différentes molécules SDHI. Par ailleurs, nos résultats montrent que les modifications de la sous-unité SdhB affectent l’affinité des SDHI pour la SDH et les niveaux d’inhibition de l’activité SDH par les molécules inhibitrices ; ce qui explique - in fine - les spectres de résistance des mutants aux SDHI. Actuellement, tous les mutants sont résistants au boscalid et les mutants les plus fréquemment retrouvés au vignoble, sdhBH272R/Y, sont sensibles au fluopyram. Les travaux réalisés sur les mutants sdhB montrent que les mutations étudiées ont également un impact sur l’activité de l’enzyme et sur le développement du champignon, conséquences dépendantes du résidu substitué et de la substitution. En particulier, les mutations sdhBH272L/R affectent fortement l’activité de l’enzyme et la fitness du champignon alors que le mutant sdhBH272Y est peu affecté. Enfin, l’analyse de populations de pourriture grise de différentes origines (région, plantes hôtes) par rapport à la résistance aux SDHI réalisée sur les années 2009/2010 montre que les mutants sdhBH272R/Y sont toujours les plus fréquents mais leurs fréquences varient en fonction des situations agronomiques. Notamment la fréquence du mutant sdhBH272R augmente avec la pression de sélection exercée par les fongicides. Ce mutant attire particulièrement notre attention du fait de sa relation non linéaire entre fitness et fréquence au champ. / Succinate dehydrogenase is both a key enzyme of the TCA cycle, oxidizing succinate into fumarate and complex II of the mitochondrial respiratory chain involved in electron transfer and ubiquinone reduction. Inhibitors of this enzyme (SDHIs) have been developed or are in the developmental process as fungicides. Actually, SDHIs are registered to deal with Botrytis cinerea, a phytopathogenic fungus responsible for grey mold on many crops including grapevine. Strains of B. cinerea and other pathogenic fungi have been isolated for their resistance to SDHI. They mainly harbor mutations in genes encoding SDH subunits. During this thesis, we studied the impact of mutations modifying subunit B of succinate dehydrogenase on enzyme activity, fungal biology and resistance to SDHIs. “Isogenic” mutants obtained through site-directed mutagenesis and homologous recombination allowed us to confirm the role of sdhB mutations in SDHIs resistance. Our results also show that the substitutions in the SdhB subunit impact respectively the affinity of SDHIs to SDH and the inhibition levels of SDH activity by inhibitors, which explain – in fine – the resistance spectra observed for the mutants. Up to now, all sdhB mutants are resistant to boscalid and the most frequent mutants observed in grapevines, sdhBH272R/Y, are susceptible to fluopyram. Studies on sdhB mutants reveal that the mutations also impact the enzymatic activity and the fungal development depending on the substitution. In particular, sdhBH272L/R mutations have the strongest impact on enzyme activity and the fitness of the fungus, whereas these parameters are almost not altered in the sdhBH272Y mutant. Finally, grey mold populations from different origins (country, plant host) were analyzed for their SDHI resistance pheno- and genotypes. Yet, the sdhBH272R/Y mutants were the most frequent, but these frequencies varied according to the agronomical situation. Interestingly, the frequencies of the sdhBH272R mutant seem to increase with the selective pressure exerted by fungicides. This mutant is of particular interest because of the absence of correlation between the fitness we measured and the frequencies we observed in natura.

Alors que la superficie des forêts de plantation continue d'augmenter dans le monde, leurcontribution à la conservation de la biodiversité reste controversée. L’objectif de cette thèse estd'identifier les facteurs clés, à la fois au niveau de l'habitat local et à celui du paysage, qui influent surla diversité des papillons de jour dans les paysages en mosaïque dominés par des plantations de pins.Les communautés de papillons ont été échantillonnées en lisière et à l’intérieur de plantations de pinmaritime, pare-feux, ripisylves et fragments de forêts de feuillus variant par la taille et le degréd’isolement spatial. Les traits biologiques et écologiques des papillons ont été liés auxcaractéristiques de l’habitat et aux variables paysagères.Les éléments les plus importants pour la conservation des papillons dans les paysages dominés parles plantations de pins sont les habitats semi-naturels: forêts de feuillus, pare-feux et lisières. Lesripisylves se révèlent être les plus riches en papillons forestiers, abritant des espèces spécialisées. Lespare-feux hébergent deux fois plus d'espèces que les autres types d'habitats et sont importants pourla conservation de plusieurs espèces menacées. Toutefois les plantations de pin ne sont pas vide depapillons. La qualité de l'habitat, notamment la présence de plantes hôtes, est le facteur le plusdéterminant de la composition des communautés de rhopalocères. La composition et laconfiguration du paysage ont également une influence importante sur la diversité des papillons. Denombreuses espèces de papillons ont été observées dans plusieurs types d'habitat suggérant que lacomplémentation et supplémentation des ressources soient des processus clés pour maintenir ladiversité des papillons dans les paysages forestiers hétérogènes. / While the area of plantation forests continues to increase worldwide, their contribution to theconservation of biodiversity is still controversial. The aim of this thesis is to identify key habitat andlandscape factors that drive butterfly diversity in mosaic landscapes dominated by pine plantations.Butterfly communities were sampled at edges and interiors of five successional stages of pine stands,in firebreaks, riparian forests and in deciduous woodlands varying in fragment size and isolation.Biological and ecological traits of butterflies were related to habitat patch attributes and tolandscape composition and configuration.The results highlighted the critical importance of semi-natural habitats for butterfly conservation inpine plantation mosaics, i.e. deciduous woodlands, firebreaks and edges. Riparian forests wereespecially rich in forest butterfly species, harboring specialized species with both narrow habitat andthermal ranges. Firebreaks had twice as many species as other habitat types and were ofconservation value for several threatened butterfly species. Our results also showed that pine standswere not ‘free of butterflies'. Habitat quality, particularly the presence of host plants, was the mostimportant driver of butterfly community composition. Landscape composition and configuration alsoinfluenced butterfly diversity. Many species used more than one distinct habitat type, suggestingthat resource complementation and supplementation are important mechanisms of butterflydiversity persistence in pine plantation mosaics.

Les cervidés, animaux mobiles et herbivores, peuvent influencer les distributions, assemblages et dynamiques d'espèces végétales. L'objectif de cette thèse est d'évaluer le rôle joué par les cervidés sur la composition, stratification et dynamique de la végétation forestière. Le ré-échantillonnage de relevés couplant composition et abroutissement de la flore, implantés en 1976 en Forêt d'Arc-en-Barrois (52) a permis d'identifier (i) des espèces ligneuses préférées (Cornus sp., Rosa arvensis ) ou au contraire évitées par les cervidés qui sélectionnent les espèces arbustives et à bois dense et (ii) le niveau trophique et la pression d'abroutissement comme gradients structurant la végétation et déterminant les dynamiques des espèces et des communautés. Nous analysons plus précisément le rôle des cervidés dans la progression spectaculaire de Cynoglossum germanicum, espèce rare, épizoochore et toxique.A partir d'un réseau national d'enclos/exclos suivis sur 10 ans, nous montrons que les cervidés limitent la croissance des arbustes et des espèces compétitrices, ce qui profite à la richesse spécifique de la strate herbacée. La valeur écologique et patrimoniale des espèces en progression est discutée. A l'aide de données de chasse, nous tentons d'isoler les rôles des différentes espèces d'ongulés dans ces dynamiques.Ces résultats exposent la complexité et la diversité des effets des cervidés sur la végétation forestière. Enfin, ce travail met l'accent sur la nécessité des suivis temporels intégrant toutes les composantes de l'écosystème forestier pour mieux appréhender les changements en cours.

Les cervidés, animaux mobiles et herbivores, peuvent influencer les distributions, assemblages et dynamiques d'espèces végétales. L'objectif de cette thèse est d'évaluer le rôle joué par les cervidés sur la composition, stratification et dynamique de la végétation forestière. Le ré-échantillonnage de relevés couplant composition et abroutissement de la flore, implantés en 1976 en Forêt d'Arc-en-Barrois (52) a permis d'identifier (i) des espèces ligneuses préférées (Cornus sp., Rosa arvensis) ou au contraire évitées par les cervidés qui sélectionnent les espèces arbustives et à bois dense et (ii) le niveau trophique et la pression d'abroutissement comme gradients structurant la végétation et déterminant les dynamiques des espèces et des communautés. Nous analysons plus précisément le rôle des cervidés dans la progression spectaculaire de Cynoglossum germanicum, espèce rare, épizoochore et toxique.A partir d'un réseau national d'enclos/exclos suivis sur 10 ans, nous montrons que les cervidés limitent la croissance des arbustes et des espèces compétitrices, ce qui profite à la richesse spécifique de la strate herbacée. La valeur écologique et patrimoniale des espèces en progression est discutée. A l'aide de données de chasse, nous tentons d'isoler les rôles des différentes espèces d'ongulés dans ces dynamiques.Ces résultats exposent la complexité et la diversité des effets des cervidés sur la végétation forestière. Enfin, ce travail met l'accent sur la nécessité des suivis temporels intégrant toutes les composantes de l'écosystème forestier pour mieux appréhender les changements en cours. / This thesis aims at assessing the impacts of deer on forest vegetation composition, stratification and dynamics.We resampled a network of relevés coupling vegetation and browsing surveys, settled in 1976 in the national forest of Arc-en-Barrois. We identified (i) ligneous species that are either preferred (Cornus sp., Rosa arvensis) or avoided by deer, which tend to select shrubs species with dense wood and (ii) trophic level and browsing pressure as gradients that determine plant communities structures and dynamics. Then, we highlight the roles of deer in the spectacular expansion of Cynoglossum germanicum, a rare, epizoochorous and toxic species. According to a national network of exclosures, monitored for over 10 years, we show that deer limit shrubs and competing species growth, which in turn benefits to the herbaceous species richness probably through an increased light availability. Ecological and patrimonial value of the benefitting species is discussed. Using hunting statistics, we try to isolate the role of the various ungulate species in these dynamics.These results provide evidence for the diversity and complexity of deer impacts on forest vegetation. Finally, we demonstrate the need for long term monitoring programs, including all the forest ecosystem components so that we could better appreciate the forces driving the current changes