A homeostasia glicêmica requer uma estreita regulação quantitativa e temporal do fluxo de glicose em diferentes órgãos. O fluxo de glicose no fígado e no rim depende de um transportador específico, o GLUT2. Neste estudo demonstramos que em rim, o GLUT2 está aumentado no diabetes e que os fatores transcricionais HNF-1<font face=\"Symbol\">a, HNF-3<font face=\"Symbol\">b e HNF-4<font face=\"Symbol\">a são importantes reguladores do GLUT2, uma vez que apresentaram aumento de expressão e da atividade de ligação no promotor do SLC2A2 (gene do GLUT2). Esses efeitos foram revertidos pelo tratamento com insulina durante 6 dias. No fígado, o diabetes induziu aumento da expressão do GLUT2, HNF-1<font face=\"Symbol\">a, 3<font face=\"Symbol\">b e 4<font face=\"Symbol\">a, assim como aumento na atividade de ligação destes fatores transcricionais no promotor do SLC2A2. Estes resultados evidenciam os HNF- 1<font face=\"Symbol\">a, 3<font face=\"Symbol\">b e 4<font face=\"Symbol\">a como reguladores da expressão do GLUT2 também em fígado de animais diabéticos. No fígado, a insulina reverteu estas alterações aos 4 e 6 dias de tratamento. Os fatores transcricionais SREBP-1c e C/EBP-<font face=\"Symbol\">b não foram alterados em fígado e rim de ratos diabéticos, tratados ou não com insulina. / The glucose homeostasis requires a close temporal and quantitative regulation of the flow of glucose into various organs. The flow of glucose in the liver and kidney depends on a specific transporter, the GLUT2. This study demonstrated that in kidney, GLUT2 is increased in diabetes and that the transcriptional factors HNF-1<font face=\"Symbol\">a , HNF-3<font face=\"Symbol\">b and HNF-4<font face=\"Symbol\">a are important regulators of GLUT2, as it showed increased expression and binding activity in promoter of the SLC2A2 (GLUT2 gene). These effects were reversed by insulin treatment for 6 days. In the liver, diabetes induced increased expression of GLUT2, HNF-1<font face=\"Symbol\">a, 3<font face=\"Symbol\">b, and 4<font face=\"Symbol\">a, as well as increased binding activity of these transcription factors in the promoter of SLC2A2. These results demonstrate the HNF-1<font face=\"Symbol\">a, 3<font face=\"Symbol\">b, and 4<font face=\"Symbol\">a as regulators of the expression of GLUT2 also in liver of diabetic animals. In the liver, insulin reversed these changes at 4 and 6 days of treatment. The transcription factors SREBP-1c and C/EBP-<font face=\"Symbol\">b were not altered in liver and kidney of diabetic rats, treated or not with insulin.

Orientador: Jose Eduardo Ribeiro de Paiva / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Artes / Made available in DSpace on 2018-08-12T05:03:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bota_JoaoVictor._M.pdf: 3423979 bytes, checksum: 0e979c051e12b2f7481b8906b5082ad6 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Nesta dissertação pretende-se discutir os processos criativos composicionais envolvidos nas atividades de transcrição musical, sobretudo aquelas referentes à produção de repertório para bandas sinfônicas. Acreditando que as transcrições pertencem ao universo da recriação artística, o argumento que permeia esta análise é sustentado por uma reflexão histórica acerca dessas práticas composicionais e da reconstituição do processo de consolidação das bandas sinfônicas como efetivos instrumentais relevantes no cenário ocidental. Por fim, o autor desta dissertação analisa algumas transcrições musicais realizadas por ele, com o intuito de trazer contribuições concretas, embora pontuais, para o exercício da transcrição musical como um processo criativo / Abstract: This dissertation aims at discussing the compositional creative processes involved in the activities of musical transcription, above all on those related to the production of repertoire to symphonic bands. Believing that the transcriptions belong to the universe of artistic re-creation, the argument that runs through this analysis is sustained by a historical reflection about these compositional practices and by the reconstitution of the process of consolidation of the symphonic bands as effective means relevant in the western scenario. At last, some musical transcription analyses are made by the author of this dissertation with the aim of bringing concrete contributions, even if particular, to the exercise of musical transcription understood as a creative process / Mestrado / Mestre em Música

Orientador: Michel Georges Albert Vincentz / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T14:21:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Viana_AmericoJoseCarvalho_D.pdf: 5804951 bytes, checksum: a3c65fa34ad298641a9b177952050af3 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O fator de transcrição do tipo basic leucine leucine zipper (bZIP) de Arabidopsis thaliana AtbZIP63 faz parte da via de resposta a carência energética coordenada pelas quinases KIN10/11, integradoras centrais dos sinais relacionados ao estado de privação de energia. O mutante de inserção de T-DNA atbzip63-2 apresenta uma redução do crescimento e desenvolvimento das folhas assim como um atraso do florescimento em comparação ao tipo selvagem (TS, acesso Ws) quando cultivado em fotoperíodo de dia curto (10 h/14 h). Condições de fotoperíodo de dia longo ou luz contínua promoveram uma reversão parcial ou completa, respectivamente, do fenótipo mutante para o tipo selvagem, levantando a possibilidade de que este fenótipo seja o resultado de uma carência energética. Plantas silenciadas para expressão de AtbZIP63 por RNAi apresentaram características similares a do mutante atbzip63-2 confirmando o envolvimento deste fator de transcrição no crescimento. O perfil de expressão gênica e os níveis de alguns metabólitos do mutante atbzip63-2 indicaram que AtbZIP63 participa do controle da degradação do amido, pois a expressão de alguns genes centrais na degradação deste carboidrato de reserva está desregulada neste mutante. Mostramos que as oscilações no nível do transcrito AtbZIP63 são reguladas pelo relógio circadiano e a fase da oscilação do AtbZIP63 é aparentemente influenciada pela disponibilidade de carboidratos na célula. Além de estar sob o controle do relógio, AtbZIP63 também atua como um ativador direto da expressão de PRR7, que codifica um dos componentes chave do oscilador central do relógio. Portanto, evidenciamos uma interação recíproca entre o relógio e AtbZIP63 que possivelmente está impactando o processo de degradação do amido à noite. Este conjunto de evidências revela novos aspectos do ajuste do relógio circadiano pelo status de açúcar na célula que estão de acordo com trabalhos recentes mostrando que os açúcares afetam diretamente o funcionamento do relógio. Nossa hipótese é que o AtbZIP63 está agindo como um mediador entre a disponibilidade de viii açúcar e o mecanismo oscilatório do relógio circadiano de A. thaliana. Adicionalmente, verificamos que o perfil de transcritos no final do dia no mutante atbzip63-2 é diferente do observado no final da noite, sugerindo a participação do AtbZIP63 na regulação de genes envolvidos em redes regulatórias distintas em função do período do dia. Dentre os genes desregulados no atbzip63-2 no final do dia, observamos um enriquecimento para genes relacionados com metabolismo secundário e síntese de trealose, o que sugere a participação do AtbZIP63 na regulação da síntese destes compostos durante o dia, e possivelmente reflete a ocorrência de stress no mutante / Abstract: he Arabidopsis thaliana basic leucine zipper domain (bZIP) AtbZIP63 transcription factor is part of the response pathway to energy shortage coordinated by kinases KIN10/11. The T-DNA insertion mutant atbzip63-2 shows a reduction in the growth and development of leaves, as well as a delay in flowering compared to wild type (WT; ecotype Ws), when grown in short-day conditions. Long day or continuous light conditions promoted a partial or complete reversion, respectively, of the mutant to wild-type phenotype, raising the possibility that this phenotype is the result of an energy shortage. Plants silenced for AtbZIP63 showed similar characteristics to the atbzip63-2 mutant, confirming the involvement of this transcription factor in the growth. The gene expression profile and the levels of some metabolites of the atbzip63-2 indicated that AtbZIP63 takes part in the control of starch degradation, regulating the expression of some key genes in starch degradation. Diurnal AtbZIP63 mRNA level fluctuation is regulated by the circadian clock, and the phase oscillation is influenced by the availability of carbohydrates. In addition, to be controlled by the circadian clock, AtbZIP63 directly regulates the expression of PRR7 which encodes one of the key regulators of the core clock. We have therefore identified a reciprocal interaction between the clock and AtbZIP63 which is probably affecting the starch degradation process. This set of evidence reveals new aspects of the entrainment of the circadian clock by sugars, and is consistent with recent studies showing that sugars directly regulate the circadian clock. Our hypothesis is that AtbZIP63 is acting as a mediator between the energy status (availability of sugar) and the oscillatory mechanism of the A. thaliana circadian clock. Additionally, we found that the profile of transcripts at the end of the day in atbzip63-2 mutant is different from that observed in the end of the night, suggesting the involvement of AtbZIP63 in the regulation of genes involved in distinct regulatory networks according to the period of day. Among the genes deregulated in atbzip63-2 at the end of the x day, an enrichment for genes related to secondary metabolism and trehalose biosynthesis was observed. Suggesting the involvement of AtbZIP63 in regulating the synthesis of these compounds during the day, and probably reflects the occurrence of stress in the mutant / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Kleber Gomes Franchini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T03:46:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pereira_AnaHelenaMacedo_D.pdf: 4791935 bytes, checksum: 1afe275f0fa4f53003b18816bc5c27cb (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Os fatores MEF2 (Myocyte Enhancer Factor 2) pertencem à família MADS Box (MCM1-Agamous-Deficiens-Serum response factor) e foram descritos pela primeira vez como fatores de transcrição que se ligam a sequencias de DNA ricas em A/T nos promotores de vários genes músculo específicos. Existem 4 genes da família MEF2 que foram identificados em vertebrados: MEF2A, B, C e D que são expressos de forma distinta durante a embriogênese e nos tecidos adultos. Estudos anteriores do nosso laboratório demonstraram que o fator de transcrição MEF2 é ativado por estiramento mecânico e influencia a expressão de genes relacionados à hipertrofia cardíaca. Utilizando a tecnologia de siRNA para MEF2C (siRNAMEF2C) demonstramos a atenuação da hipertrofia cardíaca induzida por coarctação da aorta nos animais que receberam o siRNAMEF2C. Por outro lado trabalhos demonstraram que animais transgênicos com a superexpressão de MEF2A ou de MEF2C e submetidos à sobrecarga de pressão por coarctação da aorta, não apresentam hipertrofia cardíaca compensatória. Nesses animais a superexpressão de MEF2A ou de MEF2C no coração está associada à deterioração cardíaca funcional e estrutural e o desenvolvimento de cardiomiopatia dilatada. Contudo, a caracterização fenotípica e os mecanismos moleculares envolvidos na superexpressão de MEF2C em miócitos cardíacos ainda são desconhecidos. Da mesma forma não é conhecido o papel do fator de transcrição MEF2C na resposta hipertrófica do miócito cardíaco após coarctação da aorta. No presente trabalho foi demonstrado que a superexpressão de MEF2C em miócitos cardíacos de ratos neonatos (NRMV), com o uso de partículas adenovirais, induziu a desdiferenciação celular e a ativação de mecanismos envolvidos na progressão do ciclo celular. Esses resultados foram obtidos por meio de experimentos de microarranjo de DNA, proteoma, PCR em tempo real e western blotting. A análise do fenótipo celular por microscopias de luz, confocal e eletrônica de transmissão demonstra que NRMV possuem aumento na binucleação e desorganização sarcomérica, alterações coerentes com o quadro de desdiferenciação celular e ativação da progressão do ciclo celular. Por meio da técnica de incorporação de iodeto de propídeo e citometria de fluxo confirmamos o aumento de células em ciclo celular. Para confirmar os achados nos cardiomiócitos neonatos passamos a investigar o efeito da superexpressão de MEF2C em cardiomiócitos de ratos adultos. Para isso padronizamos a técnica de isolamento destas células e tratamos com AdMEF2C. Sendo assim o tratamento com AdMEF2C em miócitos cardíacos de ratos adultos resultou em aumento da expressão de MEF2C após 48 horas de tratamento. O efeito observado foi semelhante ao encontrado em cardiomiócitos neonatos, sendo que os adultos apresentaram aumento da expressão de genes relacionados ao ciclo celular e diminuição dos genes estruturais. O nível ultraestrutural observado por microscopia eletrônica de transmissão no tempo de 48 horas de tratamento não observamos diferenças na estrutura sarcomérica das células tratadas com AdMEF2C. Por fim demonstramos que o silenciamento de MEF2C pela injeção de lentivírus no coração demonstrou ser capaz de impedir o desenvolvimento da hipertrofia cardíaca em camundongos coarctados por 15 dias. A hipertrofia do coração foi avaliada por meio da espessura da parede posterior do ventrículo esquerdo e gravimetria do ventrículo esquerdo e dos pulmões. O conjunto de dados demonstra que a superexpressão de MEF2C leva a alterações estruturais no miócito cardíaco compatíveis com quadro de deterioração e insuficiência cardíaca e que o silenciamento de MEF2C no coração impede o desenvolvimento da hipertrofia cardíaca decorrente da coarctação da aorta / Abstract: The factors MEF2 (myocyte enhancer factor 2) belong to the family MADS box (MCM1-Agamous-deficiens-Serum response factor) and were first described as transcription factors that bind DNA sequences rich in A / T in the promoters of multiple muscle-specific genes. There are four MEF2 family genes that were identified in vertebrates MEF2A, B, C and D are expressed differently during embryogenesis and in adult tissues. Previous studies from our laboratory demonstrated that the transcription factor MEF2 is activated by mechanical stretch and influences the expression of genes related to cardiac hypertrophy. Using siRNA technology to MEF2C (siRNAMEF2C) demonstrated attenuation of cardiac hypertrophy induced by aortic coarctation in animals that received siRNAMEF2C. On the other hand studies have demonstrated that transgenic mice with overexpression of MEF2A or MEF2C and subjected to pressure overload by aortic coarctation show no compensatory cardiac hypertrophy. In these animals the overexpression of MEF2A or MEF2C in the heart is associated with structural and functional cardiac deterioration and development of dilated cardiomyopathy. However, the phenotypic and molecular mechanisms involved in the overexpression of MEF2C in cardiac myocytes are still unknown. Likewise, there is known the role of the transcription factor MEF2C in cardiac myocyte hypertrophic response after aortic coarctation. In the present study it was shown that overexpression of MEF2C in neonatal rat cardiac myocytes (NRMV) with the use of adenoviral particles, and cellular dedifferentiation induced activation mechanisms involved in cell cycle progression. These results were obtained by DNA microarray experiments, proteomics, real time PCR and western blotting. The analysis of cell phenotype by light microscopy, confocal and transmission electron shows that NRMV have increased binucleation and sarcomeric disorganization, changes consistent with the framework of cellular dedifferentiation and activation of cell cycle progression. By means of the propidium iodide incorporation technique and flow cytometry, confirmed increasing cells in the cell cycle. To confirm the findings in neonatal cardiomyocytes we investigate the effect of overexpression of MEF2C in cardiomyocytes of adult rats. For this standardized technique and isolation of these cells treated with AdMEF2C. Thus treatment with AdMEF2C in adult rat cardiac myocytes resulted in increased expression of MEF2C after 48 hours of treatment. The observed effect was similar to that found in cardiomyocytes neonates, adults who showed increased expression of genes related to cell cycle and decreased structural genes. The ultrastructural level observed by transmission electron microscopy in the time of 48 hours of treatment showed no difference in sarcomeric structure of cells treated with AdMEF2C. Finally we show that MEF2C silencing by lentivirus injection in the heart has been shown to prevent the development of cardiac hypertrophy in mice after 15 days of pressure overload. The heart hypertrophy was evaluated by the thickness of the posterior wall of the left ventricle and the left ventricle gravity and lungs. The data set shows that overexpression of MEF2C leads to structural changes in the cardiac myocyte compatible framework of deterioration and failure, and MEF2C silencing of the heart prevents the development of cardiac hypertrophy due to aortic coarctation / Doutorado / Biologia Estrutural, Celular, Molecular e do Desenvolvimento / Doutora em Ciências

Orientadores: Romis Ribeiro de Faissol Attux, Jayme Garcia Arnal Barbedo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-23T22:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tavares_TiagoFernandes_D.pdf: 1120771 bytes, checksum: ed9f8638420c133746a78e2b50451082 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Esta tese descreve investigações sobre a aplicação de modelos computacionais para o ritmo na interatividade homem-computador. São propostos um modelo para transcrição musical semi-automática, um modelo para transcrição automática e duas interfaces para expressão musical, todos baseados em conceitos ligados a ritmo. Este estudo, inédito, evidencia a importância do uso de conhecimentos especialistas em sistemas de recuperação de informações musicais, uma vez que são possibilitados não somente sistemas mais eficazes como também novas maneiras de interagir musicalmente com o computador / Abstract: This thesis describes investigations towards the use of computational models for rhythm in the context of human-machine interactions. I propose a model for semiautomatic musical transcription, a model for automatic musical transcription and two interfaces for musical expression, all of them based in concepts related to rhythm. This novel study highlights the importance of using domain-specic knowledge in music information retrieval systems, as it allows not only more accurate systems to be built, but also the development of new ways of musically interacting with computers / Doutorado / Engenharia de Computação / Doutor em Engenharia Elétrica

Orientador: Michel Georges Albert Vincentz / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-21T07:49:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Matiolli_CleversonCarlos_D.pdf: 11712676 bytes, checksum: dd78e2f749da48afd1fc31207bc95b06 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A manutenção do balanço energético em plantas é de crucial importância para a otimização de seu crescimento e desenvolvimento em resposta às condições sempre flutuantes do meio. A energia obtida através da fotossíntese deve ser utilizada parcimoniosamente e dividida entre crescimento, desenvolvimento, armazenamento e respostas a estresses bióticos e abióticos. Entender como a energia é canalizada para cada um destes processos e como os diversos sinais ambientais e metabólicos são integrados é de vital importância para a compreensão dos mecanismos que permitem o sucesso reprodutivo das plantas mesmo frente a condições ambientais adversas. Os fatores reguladores de transcrição desempenham um papel importante como pontos de convergência de vias de sinalização distintas e regulam a expressão dos conjuntos de genes mais adequados para cada combinação de sinais, permitindo uma resposta equilibrada diante de desafios muitas vezes concomitantes. Neste trabalho, mostramos que o fator de transcrição de Arabidopsis thaliana AtbZIP63, o qual pertence a família bZIP e é um mediador das respostas a carência energética induzidas pela quinase KIN10, é reprimido a curto prazo (2h e 4h) pela hexose glicose e o hormônio ácido abscíssico (ABA). A repressão da expressão de AtbZIP63 por 2% de glicose é independente da atividade sensora de glicose da enzima Hexokinase 1 (HXK1) e não envolve mudanças nos níveis endógenos de ABA, um mediador das respostas a glicose. No entanto, o ABA é capaz de modular a amplitude da resposta de AtbZIP63 a glicose. ABA e glicose interagem de maneira sinérgica para repressão da expressão de AtbZIP63 e esta interação envolve mecanismos de regulação pós-transcricionais. Análises em escala genômica de diferenças de perfis transcricionais entre mutantes para AtbZIP63 e seus respectivos genótipos selvagens foram desenvolvidas para identificar os genes alvos de AtbZIP63 e definir a rede de regulação da qual AtbZIP63 participa. A classificação funcional dos 280 e 348 genes desregulados nos mutantes por inserção de T-DNA atbzip63-1 e atbzip63-2, respectivamente, sugere que AtbZIP63 está envolvido na regulação de genes relacionados as respostas à carência energética, síntese e resposta a hormônios, estresses abióticos e bióticos e ciclo circadiano, provavelmente modulando o uso equilibrado de energia em resposta aos desafios ambientais. Baseado na observação de que os mutantes para AtbZIP63 apresentam diversos genes relacionados a respostas contra estresses bióticos, avaliamos a resposta dos mutantes atbzip63-1 e atbzip63-2 a patógenos usando o patossistema Arabidopsis-Pseudomonas O mutante atbzip63-1 é mais resistente a infecção com o fitopatógeno Pseudomonas syringae pv tomato DC3000, mostrando seu envolvimento nas respostas a estresse biótico. O mutante atbzip63-2 apresenta atraso de crescimento quando cultivado em condições limitantes de energia, sugerindo sua participação também no crescimento/desenvolvimento de Arabidopsis nestas condições. A busca de proteínas interatoras de AtbZIP63 utilizando o sistema de duplo híbrido em levedura (Y2H) revelou genes relacionados a degradação de proteínas sugerindo que controle da estabilidade da proteína de AtbZIP63. Em conjunto, os resultados apresentados neste trabalho sugerem que AtbZIP63 é um nó de integração entre diferentes vias de sinalização para modular o crescimento e desenvolvimento de Arabidopsis de acordo com diversos sinais ambientais / Abstract: The maintenance of energy balance in plants is crucial to optimize their growth and development in response to ever changing environment. The energy obtained through photosynthesis must be used sparingly and divided between growth, development, storage, and responses to biotic and abiotic stresses. Understand how energy is channeled to each of these processes and how the environmental and metabolic signals are integrated have a vital importance to understanding the mechanisms by which plants reach the reproductive success even in adverse environmental conditions. Transcription factors play an important role as convergence points of several signaling pathways and regulate the expression of sets of genes most appropriate for each signal combination. We show that the transcription factor AtbZIP63 from Arabidopsis thaliana, which belongs to the bZIP family and mediates partially the response to energy deprivation induced by kinase KIN10, is repressed in short-term treatments (2h and 4h) with glucose and hormone absicisic acid (ABA). The repression of AtbZIP63 by 2% glucose is independent of the glucose sensing activity of the enzyme Hexokinase 1 (HXK1) and does not involve changes in endogenous ABA levels, a mediator of glucose responses. However, ABA modulates the amplitude of AtbZIP63 responses to glucose. ABA and glucose interact synergistically to repress AtbZIP63 mRNA accumulation and that this interaction involves post-transcriptional mechanisms. Genomic scale transcriptional profile comparison between AtbZIP63 mutants and their respective wild-type genotypes have been developed to identify target genes and the regulatory context which AtbZIP63 is involved. The functional classification of 280 and 348 misregulated genes in T-DNA insertion mutants atbzip63-1 and atbzip63-2, respectively, suggests that AtbZIP63 regulates genes involved in responses to energy starvation, synthesis and hormone response, biotic and abiotic stress, and circadian clock, probably by modulating the energy usage in response to environmental challenges. Based on the observation that the AtbZIP63 mutants have several misregulated genes related to responses to biotic stress, we evaluated the response of atbzip63-1 and atbzip63-2 to pathogens using the Arabidopsis-Pseudomonas pathosystem. The atbzip63-1 mutant is more resistant to infection with the pathogen Pseudomonas syringae pv tomato DC3000, showing their involvement in responses to biotic stress. The atbzip63-2 mutant has arrested growth in energy-limiting conditions, also suggesting its participation in the growth / development of Arabidopsis under these conditions. A searching for interacting proteins of AtbZIP63 using Yeast Two-Hybrid (Y2H) system revealed proteins related to protein degradation and suggests stability control of AtbZIP63 protein. Together, the results presented here suggest that AtbZIP63 is an integration node of different signaling pathways and modulates growth and development of Arabidopsis under different environmental conditions / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Carlos Alberto da Silva Lima / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Fisica Gleb Wataghin / Made available in DSpace on 2018-08-01T15:07:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JimenezPerez_JoseLuis_D.pdf: 3571713 bytes, checksum: 31c9cd7012b024e4dc762730dfa6d274 (MD5) Previous issue date: 1995 / Resumo: Esta Tese teve por objeto o estudo detalhado do processo de endereçamento térmico controlado e seletivo, permanente ou evanescente, da superfície de um material termo-sensível, com um feixe de laser no infravermelho (IV). Nossa abordagem buscou examinar, estudar e explorar a fundo este tipo particular de processamento de materiais com laser, através da concepção, projeto, construção e teste de um dispositivo que designamos como "transcriptor térmico à laser de imagens digitalizadas" ou, abreviadamente, "transcriptor térmico" .Trata-se de uma abordagem original, e diferenciada, do processo de escritura térmica com lasers que transcende tanto a marcação a laser (caracterizada pela remoção ablativa ou explosiva de material para produzir uma inscrição na superfície), quanto a pirografia à laser (onde um feixe móvel de laser c.w. deixa uma trilha de cauterização contínua por onde passa na superfície do material). Ao contrário destes processos radicais, nossa nova abordagem procura explorar criteriosamente todos os aspectos relevantes físicos, químicos e físico-químicos dos mecanismos responsáveis pela forma particular, e diferenciada, com que as estruturas locais, que caracterizam a resposta térmica específica de cada material, se comportam quando controladamente expostas a um feixe de radiação laser no IV. Realizamos estudos e ensaios com diferentes tipos de materiais entre eles papel, papelão, plásticos termo-sensíveis, filmes metálicos sobre substratos de vidro e cristais líquidos colestéricos sobre suporte termo-absorvedor, entre outros. Em cada caso especifico, a fim de poder obter um controle adequado do processo ativo na transcrição térmica, realizamos ensaios cuidadosos que nos permitiram conhecer melhor o papel dos parâmetros de controle do mecanismo operativo correspondente. Foi assim, por exemplo, com (a)- a carbonização controlada num emaranhado de fibras poliméricas celulósicas, i.e. sem deflagrar a .formação de uma chama propagante, o que descreve a situação que enfrentamos para otimizar o processo no caso do papel e do papelão; (b)- o controle da tonalidade (intensidade) de marron nos pontos atingidos pelo laser no caso dos plásticos termo-sensíveis; (c)- o controle da taxa de crescimento de camadas multicoloridas de óxidos metálicos em trilhas produzidas à laser, com origem em efeitos termocrômicos presentes no processo de oxidação ao ar livre de filmes finos metálicos expostos a um feixe laser no IV. Quanto ao transcriptor térmico a laser em si, nosso protótipo final optimizado consistiu de: (a) um módulo digitalizador da imagem a ser transcripta; (b) uma interface decodificadora digital¿analógica do tipo leia e converta; (c) uma mesa micro-posicionadora XY com controle computadorizado e acionamento por motores de passo e a correspondente interface de controle; (d) um sistema laser de IV com a intensidade e a pulsação sob controle computadorizado; (I) um microcomputador tipo PC com um software de controle adequado. O conjunto completo, incluindo um mini-laser de CO2 guia de onda, foi construído como parte desta Tese. Após uma longa bateria de ensaios e testes de desempenho chegamos finalmente á obtenção dos valores óptimos dos diversos parâmetros de controle, em cada caso, para a versão em "preto-e-branco" da transcrição térmica de imagens digitalizadas. O resultado global é que, quando devidamente optimizadas, as imagens produzidas com nosso esquema de endereçamento térmico revelaram níveis de contraste e resolução tão bons quanto aqueles que se consegue com uma impressora matricial de boa qualidade. Apresentamos e discutimos, também, os resultados de um estudo de validade de uma versão poli cromática do transcriptor térmico, aqui descrito. Nesse contexto, apresentamos, em particular os resultados dos estudos experimentais da termo-oxidação induzi da à laser de superfícies metálicas expostas ao ar livre. Eles são interpretados à luz de um complexo modelo que leva em conta não apenas a dependência térmica de todos os parâmetros ópticos e térmicos intervenientes no processo mas, também, os efeitos que advém do processo concomitante de crescimento da camada. de óxido. O conjunto de equações acopladas, matematicamente não-lineares, descrevendo a mútua interferência entre a variação local do perfil de temperaturas e a variação temporal da espessura da camada de óxido, foi resolvido numericamente, e as espessuras máximas preditas para condições de irradiação dadas mostraram-se em excelente concordância com os valores medidos experimentalmente por microperfilometria de trilhas de óxido produzidas movimentando-se sob o feixe pulsado de um laser de Nd:YAG., com velocidade constante, um filme de titânio sobre vidro. Finalmente, tecemos comentários sobre alguns problemas em aberto, e sobre as perspectivas de desenvolvimento de alguns temas que constituem subprodutos daqueles abordadas nos trabalhos de pesquisa relatados nesta Tese / Abstract: This Thesis has been devoted to examine, study and fully explore a particular kind of laser material processing, namely controlled selective, permanent or evanescent, IR laser activated thermal sensitization of materials surfaces. We have accordingly conceived, designed, constructed and tested a device that we have termed "digital image thermal transcriptor using an IR laser beam" or "thermal transcriptor" for short. This is a different and novel approach to thermal writing with lasers, as compared for instance to either laser marking (where an ablative material removalleaves a surface inscription) or laser pyrography (where a moving c. w .laser beam leaves a continuous track of fully ignited matter on the material surface). Quite to the contrary, our new approach explores in depth and breadth all of the pertinent physical, chemical and physic-chemical aspects of the mechanism(s) underlying the specific response of the local structures, that characterize the particular thermal-sensitive material surface, to a controlled IR laser beam exposure. We have experimented with several classes of materials including common paper, cardboard paper, thermal-sensitive plastic, glass supported thin metallic foils and cholesteric liquid crystal spread onto carbon-black-like backing, among others. In each case, in order to achieve full control of the transcription process, we have performed careful essays to better understand the role of the controlling parameters of the operative mechanism, such as was the case with: (a) the controlled carbonation in criss-crossed celulose polymeric fiber bundles, i.e. without deflagrating a propagating carbonization flame, a situation that is to be considered when paper and cardboard are the target material; (b) the controlled browning of sensitized spots in the case of thermoplastics or yet ( c) the thermochromic effects associated with the accreation of multicolored oxide layers tracks occurring when a moving sample of glass supported metallic foil is exposed to an IR laser beam, in air. As to the thermal transcriptor setup itself, we ended up with an optimal design comprising a digital imager module, a read-and-convert digital -to -analog decodifier interface, a two-axis step-motorized computer controlled micropositioning table and its control interface, a laser setup with computer controlled pulser and beam intensity and, of course, a PC microcomputer, provided with an adequate control software. The complete system, including a CO2 waveguides minilaser, was built as part of the Thesis. A long series of tests and performance essays finally provided us with an optimal parameter set for each case of interest, and for" black-and-white" thermal transcription of digitalized images. The overall result is that, when duly optimized, our thermal addressing device produces images that exhibit both a contrast and a resolution that compares quite favorably to those obtained in a good quality matrix printer. We also present and discuss the results of a thorough study as to the viability of a polychromatic version of the above described thermal transcriptor. In this context, the results of the experiments with laser induced thermoxidation of supported metallic foils in air are reported. Their interpretation is made on the basis of a complex model that takes into full account the temperature dependence of all the intervening optical and thermal parameters, as well as the effects upon the process brought up by the growth of the oxide layer itself. The mathematically non-linear coupled equations relating the local temperature distribution and the time evolution of the oxide layer thickness were solved numerically. The maximum thickness predicted by the model for given irradiation conditons, were found to be in excellent agreement with the experimental results from microperfilometric measurements carried on laser produced oxide tracks resulting from letting a moving sample of glass supported Ti foil to be exposed to a pulsed beam from a Nd:YAG laser. Finally, we comment on some open problems and some prospective developments intended to be carried on, in the near future, as by-products of the research work presented in this Thesis / Doutorado / Física / Doutor em Ciências

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2016-09-14T16:53:36Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) analise_transcriptoma_arroz_estresse_frio.pdf: 1983607 bytes, checksum: 89744effdc48619cef6643fb7d1e353c (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2016-09-14T18:17:57Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) analise_transcriptoma_arroz_estresse_frio.pdf: 1983607 bytes, checksum: 89744effdc48619cef6643fb7d1e353c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-14T18:17:57Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) analise_transcriptoma_arroz_estresse_frio.pdf: 1983607 bytes, checksum: 89744effdc48619cef6643fb7d1e353c (MD5) Previous issue date: 2014-03-06 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / O estresse por frio pode trazer prejuízos econômicos significativos em diversas fases do ciclo da cultura do arroz. Em arroz (Oryza sativa L.), há grande variabilidade genética para tolerância ao frio sendo a subespécie japonica considerada tolerante e a subespécie indica considerada sensível. Foi realizado sequenciamento de RNA (RNA-Seq) visando identificar genes diferencialmente expressos entre os genótipos BRS Atalanta (indica) (A), Nipponbare (japonica) (N) e bulks formados por RILs (Linhas endogâmicas recombinantes) provenientes do cruzamento entre elas. Bulks (B) com as 15 RILs mais próximas a cada genitor (BA e BN) foram formados com base em dados de genotipagem. As plântulas, tanto da condição tratamento quanto da condição controle, permaneceram por 7d a 28°C. Para análise do transcritoma, as plântulas da condição tratamento (T) foram expostas ao frio numa temperatura de 13°C por 24h e as plantas da condição controle (C) permaneceram mais 24h a 28°C. Após este período foi realizada a coleta das plântulas, extração de RNA total, síntese de cDNA e preparo das bibliotecas para sequenciamento (RNA-Seq). Este foi realizado em sequenciador HiSeq 2000, sendo as reads de 100b single-end. Diversas combinações foram analisadas para obter o número de genes diferencialmente expressos envolvendo as condições BRS Atalanta (controle e tratamento), Nipponbare (controle e tratamento), bulk de RILs mais próximos a cultivar BRS Atalanta (controle e tratamento) e bulk de RILs mais próximos ao genótipo Nipponbare (controle e tratamento). Um número significativo de genes mostra-se diferencialmente expressos em cada condição, sendo de modo geral mais genes estão subexpressos do que superexpressos, exceto para as condições AC x BAC, AT x BAT e NT x BNT. Um dendrograma usando as distâncias de Jensen-Shannon mostra a formação de dois ramos sendo que num deles está a cultivar BRS Atalanta e os bulks formados por sua semelhança genotípica com esta cultivar. No outro ramo estão o genótipo Nipponbare e os bulks formados pela semelhança com o genitor. Genes pertencentes a diversas famílias de fatores de transcrição estão diferencialmente expressos nas diferentes combinações, sendo que para grande parte destas famílias já foi demonstrada sua participação na resposta ao estresse por frio. As conclusões deste trabalho indicam que o número de genes diferencialmente expressos (log2-fold-change ≥ |1.5|) varia grandemente entre as combinações, apresentando como limite superior 1481 genes subexpressos na combinação BNC x BAC e 1017 genes superexpressos em NT x AT, e seis genes subexpressos na combinação NT x BNT e cinco genes superexpressos na combinação NC x BNC. As combinações analisadas mostram a expressão diferencial de um grande número de famílias de fatores de transcrição, muitas delas já descritas como responsivas ao estresse por frio, que apresentam um padrão difuso de expressão entre as subespécies indica e japonica. / Chilling stress can cause significant economic losses in different phases of the cycle of rice. There are a wide of genetic variability for cold tolerance in rice (Oryza sativa L.), japonica subspecies is considered tolerant and subspecies indica is considered sensitive. RNA sequencing (RNA-Seq) was performed to identify differentially expressed genes among the cultivar BRS Atalanta (indica) (A), Nipponbare (japonica) (N) and bulks composed by RILs from crosses between them. Bulks (B) with the 15 closest RILs to each parent (BA and BN) RILs were composed based on SNPs-genotyping data. To analyze the transcriptome, plants of the treatment condition (T), 7d after imbibition were exposed to a chilling temperature of 13°C per 24h and plants of the control condition (C) remained 24h more at 28°C. After this time was performed the collection of seedlings, total RNA extraction, cDNA synthesis and preparation of libraries for sequencing (RNA-Seq) in a HiSeq 2000 sequencer, with 100bp single-end reads. Several combinations were analyzed to obtain the number of differentially expressed genes involving BRS Atalanta conditions (control and treatment), Nipponbare (control and treatment), bulk of RILs closest to BRS Atalanta – BA (control and treatment) and bulks of RILs closest to the cultivar Nipponbare - BN (control and treatment). A significant number of differentially expressed genes are shown in each condition, being generally founded more downregulated than up-regulated genes, except for the combinations AC x AT x NT x BAT and BAC x BNT. A dendrogram using the Jensen-Shannon distance shows the formation of two branches of which one is composed by BRS Atlanta cultivar and the bulks composed by the genotypic similarity with this cultivar. In the other branch is the cultivar Nipponbare and the bulks composed by similarity with the parent. Several differentially expressed genes from transcription factors families are present in different combinations, and for many of these families has been demonstrated its involvement in the response to chilling stress. The conclusions of this study indicate that the number of differentially expressed genes (log2 fold-change ≥ |1.5|) greatly changed between combinations, with an upper limit of 1481 down-regulated genes in the combination BAC x BNC and 1017 up-regulated genes in the combination NT x AT, six genes are up-regulate in the combination NT x BNT and five genes are upregulated in NC x BNC combination. The combinations analyzed showed differential expression of a large number of families of transcription factors, many of which have been described as responsive to cold stress, showing a diffuse pattern of expression between indica and japonica groups.

Submitted by Gabriela Lopes (gmachadolopesufpel@gmail.com) on 2016-09-14T17:13:51Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Mariana_Kruger.pdf: 976408 bytes, checksum: 6bfde814984b8524fba2bd3708136696 (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2016-09-14T18:28:25Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Mariana_Kruger.pdf: 976408 bytes, checksum: 6bfde814984b8524fba2bd3708136696 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-14T18:28:25Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Mariana_Kruger.pdf: 976408 bytes, checksum: 6bfde814984b8524fba2bd3708136696 (MD5) Previous issue date: 2013-12-19 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / O arroz (Oryza sativa L.) é uma cultura que possui grande importância alimentar e econômica, sendo largamente cultivado em ecossistemas de terras baixas, o qual apresenta condições de drenagem deficiente. Nessas condições, o baixo potencial redox do meio leva a redução do ferro presente na solução do solo o qual torna-se prontamente disponível, podendo se tornar tóxico à planta quando absorvido em excesso. A toxidez por ferro é um dos mais importantes estresses abióticos a limitar a produção de arroz irrigado em nível mundial. Em áreas de cultivo de arroz do Rio Grande do Sul, o ferro tem causado problemas de toxidez e o uso de cultivares tolerantes torna-se uma importante estratégia para solucionar o problema, sendo necessário a identificação de genes frente aos diferentes mecanismos que conferem essa tolerância às plantas para aplicação em programas de melhoramento. Estudos recentes descobriram a importância de alguns fatores de transcrição responsivos ao etileno (ERFs) na resposta vegetal a diferentes estresses. Dessa forma o objetivo deste trabalho foi avaliar o perfil de expressão diferencial de 32 ERFs em arroz submetidos a condições de estresse por ferro, em três cultivares, Nipponbare, Epagri 108 (tolerante à toxidez por ferro) e BR-IRGA 409 (sensível à toxidez por ferro) e identificar elementos cis na região promotora de genes ERFs em arroz. Os resultados obtidos relatam que em arroz, a maioria dos membros da família ERF demonstram perfil diferencial nas cultivares Nipponbare, BR -IRGA 409 e Epagri 108, em condições de excesso de ferro. Os ERFs expressos na cultivar tolerante (Epagri 108) podem ser potencialmente importantes na indução da tolerância, enquanto que os que foram altamente induzidos na cultivar sensível (BR – IRGA 409) pertencem a um mecanismo de resposta o qual não é eficiente. Análises de elementos cis demonstram que a regulação da expressão de todos os ERFs analisados se dá de forma complexa e que existe uma associação entre a presença de determinado elemento cis com o perfil de expressão. / Rice (Oryza sativa L.) is a crop of high nourishment and financial importance, largely grown in flat and flooded ecosystems which present deficient drainage conditions. Under such conditions, the low redox potential of the environment leads to the reduction of iron present in the soil solution, which becomes readily available and can become toxic to the plant when absorbed in excess. Iron toxicity is one of the most important types of abiotic stress, limiting the production of irrigated rice worldwide. In rice growth areas of Rio Grande do Sul, Brazil, iron has caused toxicity problems and the use of tolerant cultivars becomes an important strategy in solving the problem, where the identification of genes is necessary in face of the different mechanisms which confer this tolerance to the plants for application in improvement programs. Recent studies discovered the importance of some transcription factors responsive to ethylene (ERFs) in vegetable response to different kinds of stress. Thus, the aim of this study was to evaluate the differential expression profile of 32 ERFs in rice subjected to iron stress conditions in three cultivars; Nipponbare, Epagri 108 (tolerant to iron toxicity) and Br-Irga 409 (sensitive to iron toxicity) and to identify cis elements in the ERF gene promotion region in rice. The results obtained demonstrate that in rice, most members of the ERF family showed differential profiles in the cultivars Npponbare, Epagri 108 and Br-Irga 409, under iron stress conditions. ERFs expressed in the tolerant cultivar (Epagri 108) may be potentially important in the induction of tolerance while those which were more highly induced in the sensitive cultivar (Br-IRGA 409) belong to a response mechanism which is not efficient. Analyses of cis elements demonstrate that the regulation of expression of all analyzed ERFs takes place in complex form and that there exists an association between the presence of a specific cis element and the expression profile.

Orientador: Marcelo Carnier Dornelas / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T11:23:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Goncalves_ConradodeCampos_M.pdf: 3557566 bytes, checksum: bbf1eb36c2f2344648bff12f25b9d075 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A corona floral é uma estrutura típica das flores da família Passifloraceae. A elucidação dos mecanismos responsáveis pela formação da corona é de extrema importância para a compreensão dos processos evolutivos que permitiram a diversificação das interações com polinizadores nas espécies desta família. Este trabalho teve por objetivo identificar e caracterizar fatores de transcrição (FT) preferencialmente expressos na corona em Passiflora spp. Para tal, o banco de etiquetas de genes expressos (ESTs) PASSIOMA foi investigado e 139 cDNAs foram identificados: 69 derivados de bibliotecas florais de P. edulis, 68 de P. suberosa e 2 de P. pohlii. No intuito de atribuir identidades às sequências realizou-se uma análise de parcimônia, com a obtenção de cladogramas que permitiram a identificação de membros de 31 famílias gênicas de fatores de transcrição em Passiflora spp. Experimentos de macroarranjo mostraram que 9 genes putativos, codificadores de fatores de transcrição, apresentaram expressão nos filamentos da corona. Para a caracterização mais completa desses fatores de transcrição, foram realizados experimentos de RT-PCR em 5 destes 9 genes e hibridização in situ com dois dos 5 genes analisados por RT-PCR. Os resultados obtidos com RT-PCR indicaram que estes genes são expressos nos tecidos da corona mas também em folhas e outros órgãos florais. Os resultados da hibridização in situ confirmaram que os genes encontrados não são especificamente expressos na corona / Abstract: The corona is a floral structure typical from the Passifloraceae family. The elucidation of the mechanisms responsible for the formation of the corona is of great importance to the comprehension of the evolutionary processes that allowed the diversification of the interactions with pollinators among the species of this family. This work aimed the identification and characterization of transcription factors (FT) preferentially expressed in the corona of Passiflora spp. For that, the expressed sequence tags (ESTs) database PASSIOMA was investigated and 139 cDNAs were identified: 69 derived from P. edulis flower libraries, 68 from P. suberosa and 2 from P. pohlii. Aiming to attribute identities to the sequences, a parsimony analysis was performed, with the obtaining of cladograms that allowed the identification of members belonging to 31 different transcription factor gene families in Passiflora spp. Macroarray experiments indicated that 9 putative genes coding for transcription factors showed expression in corona filaments. Further characterization of these transcription factors included RT-PCR experiments involving 5 out of the 9 genes and in situ hybridization with 2 out of the 5 genes that were previously analyzed with RT-PCR. The RT-PCR results indicated that these genes are expressed in corona tissues, but also in leaves and other floral organs. The in situ hybridization results confirmed that the genes studied are not specifically expressed in the corona / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal