CARVALHO, Cid Ivan da Costa. Transdutor de estados finitos para conversão de grafema para a pronúncia da variedade linguística potiguar. 2016. 161f. – Tese (Doutorado) – Universidade Federal do Ceará, Departamento de Letras Vernáculas, Programa de Pós-graduação em Linguística, Fortaleza (CE), 2016. / Submitted by Márcia Araújo (marcia_m_bezerra@yahoo.com.br) on 2016-07-07T15:04:07Z No. of bitstreams: 1 2016_tese_ciccarvalho.pdf: 2690180 bytes, checksum: 534323141ee66dc846d48a731de5eeb6 (MD5) / Approved for entry into archive by Márcia Araújo (marcia_m_bezerra@yahoo.com.br) on 2016-07-07T17:10:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_tese_ciccarvalho.pdf: 2690180 bytes, checksum: 534323141ee66dc846d48a731de5eeb6 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-07T17:10:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_tese_ciccarvalho.pdf: 2690180 bytes, checksum: 534323141ee66dc846d48a731de5eeb6 (MD5) Previous issue date: 2016 / The Potigrafone is a finite-state transducer that automatically transcripts the graphic forms from the Portuguese language to the phonetic forms belonging to the“potiguar” linguistic variety. It was through the development of this system, by using of the Atlas Linguístico do Centro-Oeste Potiguar and to the Atlas Geolinguístico do Litoral Potiguar, that it has been possible to identify and separate the phonetic patterns in the linguistic variety belonging to the studied region, presenting a phonetic transcription tool while using the Speech Assessment Methods Phonetic Alphabet - SAMPA; and, in addition, a performance assessment in the corpus of written texts in Portuguese has been made through the use of two multi-level measures: Exact Match Ratio and Labelling Fscore. To do so, the identification and separation of phonological patterns present in the phonetic letters of Atlas, the definition of some relevant criteria to inputs in the system, the implementation of rules relating to underlying form with the surface form and, also, two system evaluation measures have been needed. The results have showed that the Potigrafone performance was 81% for the Exact Match Ratio measurement and 89% for the Labelling FScore, presenting thus, increased accuracy in total or partial correct attempts, when the transcript is made without stress markup and without the phonetic phenomena of nasality, the palatalization, the diphthongization, the monophthongization, the deletion, the epenthesis; another important result is that the consonant modules and the syllabic core also interfere with this performance, since the values with all modules and without these two modules are similar. The Potigrafone performs well during the phonetic transcription, but there are some occasional errors that have made necessary the creation of new rules to correct them and, consequently, help to improve the system performance, both in accuracy and in full and partial transcription match. / O Potigrafone e um transdutor de estados finitos que faz a transcrição automática das formas gráficas da língua portuguesa para as formas fonéticas da variedade linguística potiguar. Com o desenvolvimento desse sistema, conseguimos identificar e separar os padrões fonéticos da variedade linguística potiguar, através do Atlas linguístico do Centro-Oeste potiguar e no Atlas Geolinguístico do Litoral Potiguar; apresentar uma ferramenta de transcrição fonética utilizando o alfabeto fonético Speech Assessment Methods Phonetic Alphabet (SAMPA) e, alem disso, conseguimos avaliar o desempenho do sistema em corpus de textos escritos de língua portuguesa por meio de duas medidas multiníveis: Exact Match Ratio e Labelling Fscore. Para isso, foram atendidos passos fundamentais: primeiro, foram necessárias a identificação e a separação dos padrões fonológicos presentes nas cartas fonéticas dos Atlas supracitados; segundo, a definição de alguns critérios pertinentes as entradas (inputs) do sistema; terceiro, a implementação das regras que relacionam a forma subjacente com a forma superficial e; por último, a escolha das duas medidas adequadas a avaliação de um sistema que apresentava mais de uma forma de transcrição. Os resultados mostram que o desempenho do Potigrafone foi de 81% para a medida Exact Match Ratio e 89% para a medida Labelling FScore, apresentando, assim, boa performance na exatidão e nos acertos totais e parciais, no que se refere a transcrição sem a marcação da silaba tônica e sem os fenômenos fonéticos da nasalidade, da palatalização, da ditongação, da monotongação, do apagamento, da epêntese; outro resultado importante e que os módulos de consoantes e de núcleo silábico também interferem no desempenho, uma vez que os valores com todos os módulos e sem esses dois módulos se assemelham. O Potigrafone apresenta bom desempenho na transcrição fonética, mas existem alguns erros pontuais que torna necessário a constituição de novas regras para corrigi-los e, consequentemente, melhorar o desempenho do sistema, tanto na exatidão quanto na correspondência total e parcial da transcrição.

As plantas são organismos sésseis que continuamente enfrentam situações ambientais adversas, o que acarreta em reduções significativas da biomassa e da produtividade. O trabalho, aqui exposto, teve como objetivo avaliar o papel dos fatores de transcrição ASR (do ingles ABA, stress and ripening) na resposta a estresses abióticos em plantas de arroz. Também teve como objetivo avaliar as respostas de plantas de Arabidopsis thaliana ao estresse produzido nos momentos iniciais da exposição ao metal alumínio. O capítulo 1 da presente tese, compara a expressão de miRNAs entre plantas silenciadas para o gene ASR5 (ASR5_RNAi) e plantas não transformadas (controle). De um total de 279 miRNAs maduros identificados, distribuídos em 60 famílias, 159 foram diferencialmente expressos quando as duas bibliotecas foram comparadas. Uma correlação negativa entre o MIR167 e seu gene alvo (LOC_Os07g29820) também foi confirmada por PCR em tempo real. Este é o primeiro trabalho sugerindo o envolvimento das proteínas ASR na regulação da expressão de miRNAs em planta. O segundo capítulo apresenta o estudo das proteínas ASR na manutenção da homeostase do pH em plantas de arroz. Verificou-se uma diminuição do crescimento radicular em plantas silenciadas em solução ácida, quando comparadas com plantas não transformadas nas mesmas condições. Também foi analisada a viabilidade da ponta de raízes quanto ao dano causado pelo baixo pH e diferentes concentrações de Ca+2, demonstrando que a adição de CaCl2 é capaz de aliviar o efeito tóxico do excesso de protons H+. Diversos genes reprimidos nas plantas silenciadas e envolvidos no mecanismo de manutenção do pH em células vegetais, também foram investigados. O terceiro e último capítulo é dedicado ao estudo da resposta inicial de plantas de Arabidopsis thaliana ao estresse por alumínio. Plantas com 7 dias de idade foram expostas a uma concentração de 25 μM de AlCl3 durante 3 horas e modificações na abundância de proteínas foi investigada com a técnica de espectrometria de massa. Um total de 3.213 proteínas foram identificadas, sendo que destas, 293 apresentaram variação no nível de expressão. Diversas proteínas com expressão induzida são funcionalmente associadas com a detoxificação de espécies reativas de oxigênio (ROS), indicando que o tratamento ocasionou estresse oxidativo nas raízes de A. thaliana. Também foram identificadas uma proteína mitocondrial carreadora de substrato e uma acyl-CoA oxidase com possível papel nos mecanismos de defesa em resposta a alumínio e com potencial para futuros estudos funcionais na planta modelo. De uma maneira geral, os resultados aqui apresentados mostram, pela primeira vez, que ASR5 está envolvida na regulação de miRNAs e na homeostase do pH em plantas de arroz, além de identificar proteínas responsivas ao estresse por alumínio em A. thaliana. / Plants are sessile organisms that continuously face adverse environmental situations, leading to a significant reduction in biomass and yield. The aim of the present work was to further study the ASR (ABA, stress and ripening) transcription factors in rice plants. Moreover, the responses of Arabidopsis thaliana to aluminum stress were also analyzed. The chapter 1 of this thesis compares the expression of mature miRNAs in the ASR5 silenced plants (ASR5_RNAi) and in non-transformed plants (control). From a total of 279 mature miRNA of 60 families, 159 were differentially expressed. A negative correlation of MIR167 and its target gene (LOC_Os07g29820) was also confirmed by real time RT-qPCR. This is the first report showing the involvement of ASR proteins in miRNA gene expression regulation. The second chapter presents the study of participation of ASR proteins in the maintenance of pH homeostasis in rice plants. The evaluation of root growth in ASR5_RNAi plants upon acid solution showed inhibition of root growth when compared to non-transformed plants in the same condition. Root tip feasibility and damage caused by low pH and different concentrations of Ca+2 was also analyzed. The results indicate that addition of CaCl2 is capable of alleviating the toxic effects of H+ protons. Several genes downregulated in silenced plants and involved in pH maintenance in plant cells have also been investigated. This work demonstrates the importance of ASR transcription factors in a biological process not yet described. The third and final chapter describes the study of the initial response of Arabidopsis thaliana to aluminum stress. Seven-day old seedlings were treated with 25 μM AlCl3 for 3 hours and submitted to quantitative analyses by mass spectrometry. A total of 3,213 proteins were identified, from which 293 proteins were differentially responsive upon aluminum treatment. Several proteins with increased expression in response to the treatment are functionally associated with reactive oxygen species (ROS), indicating that the Al3+ exposure caused oxidative stress in the roots of A. thaliana. A mitochondrial substrate carrier (At1g78180) and an acyl-CoA oxidase (At3g51840) with a putative role in Al defense were also up-regulated and constitute interesting targets for functional studies of aluminum toxicity in the model plant. Overall, the results here presented show for the first time that ASR5 is involved in miRNA and pH homeostases regulation in rice plants and also identify proteins responsive to aluminum stress in A. thaliana.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-10-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:30Z : No. of bitstreams: 1 Publico-00376a.pdf: 1954101 bytes, checksum: ab9812845158d2c4c296f255d1304dac (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:30Z : No. of bitstreams: 2 Publico-00376a.pdf: 1954101 bytes, checksum: ab9812845158d2c4c296f255d1304dac (MD5) Publico-00376b.pdf: 1910033 bytes, checksum: 3104d18a155b521c486f36410aae2b4c (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:30Z : No. of bitstreams: 3 Publico-00376a.pdf: 1954101 bytes, checksum: ab9812845158d2c4c296f255d1304dac (MD5) Publico-00376b.pdf: 1910033 bytes, checksum: 3104d18a155b521c486f36410aae2b4c (MD5) Publico-00376c.pdf: 1815310 bytes, checksum: ed9fd0e797e536bfb039209f57c2ba21 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:30Z : No. of bitstreams: 4 Publico-00376a.pdf: 1954101 bytes, checksum: ab9812845158d2c4c296f255d1304dac (MD5) Publico-00376b.pdf: 1910033 bytes, checksum: 3104d18a155b521c486f36410aae2b4c (MD5) Publico-00376c.pdf: 1815310 bytes, checksum: ed9fd0e797e536bfb039209f57c2ba21 (MD5) Publico-00376d.pdf: 1673355 bytes, checksum: 0f8e3c112d9bf024a9c7e52fb4859991 (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:31Z : No. of bitstreams: 5 Publico-00376a.pdf: 1954101 bytes, checksum: ab9812845158d2c4c296f255d1304dac (MD5) Publico-00376b.pdf: 1910033 bytes, checksum: 3104d18a155b521c486f36410aae2b4c (MD5) Publico-00376c.pdf: 1815310 bytes, checksum: ed9fd0e797e536bfb039209f57c2ba21 (MD5) Publico-00376d.pdf: 1673355 bytes, checksum: 0f8e3c112d9bf024a9c7e52fb4859991 (MD5) Publico-00376e.pdf: 1965795 bytes, checksum: 373c9589bb7d477fe5d31f7838237e5b (MD5). Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:31Z : No. of bitstreams: 6 Publico-00376a.pdf: 1954101 bytes, checksum: ab9812845158d2c4c296f255d1304dac (MD5) Publico-00376b.pdf: 1910033 bytes, checksum: 3104d18a155b521c486f36410aae2b4c (MD5) Publico-00376c.pdf: 1815310 bytes, checksum: ed9fd0e797e536bfb039209f57c2ba21 (MD5) Publico-00376d.pdf: 1673355 bytes, checksum: 0f8e3c112d9bf024a9c7e52fb4859991 (MD5) Publico-00376e.pdf: 1965795 bytes, checksum: 373c9589bb7d477fe5d31f7838237e5b (MD5) Publico-00376f.pdf: 1677823 bytes, checksum: d93d3b40f2c273e474e7fef525f351c8 (MD5) / E2F1 pertence a uma família de fatores de transcrição e possui papel central no controle da expressão de genes relacionados à regulação da proliferação celular, pois ativa genes que participam da síntese de DNA. A atividade de E2F1 é regulada por meio da proteína pRB que, quando fosforilada por quinases associadas à ciclinas (Ciclinas/CDK) libera este fator de transcrição, promovendo assim a proliferação. A disfunção da complexa via de regulação da divisão celular pode acarretar em proliferação exacerbada, sendo a superexpressão de E2F1 bastante comum em diferentes tipos de tumores. Este fenômeno pode ser o principal fator para a alta proliferação de células tumorais. Desta forma, a inibição da atividade de E2F1 através de RNA de interferência (RNAi) pode ser promissora como tratamento para a diminuição da proliferação de células de melanoma. Assim sendo, objetiva-se neste trabalho inativar por RNAi o gene E2f1 em células B16mCAR, derivadas de melanoma de C57BL/6 e que superexpressam o receptor CAR, e averiguar os efeitos de sua ausência na proliferação celular, tanto in vitro como in vivo. / E2F1 belongs to a family of transcription factors and plays a central role in controlling the expression of genes related to regulation of the cell-cycle progression, since it activates genes involved in DNA synthesis. The activity of E2F1 is regulated by pRB protein, that when phosphorylated by cyclin-dependent kinases cyclins (Cyclins/CDK) releases this transcription factor, thereby promoting proliferation. The dysfunction of the complex regulatory pathway of cell division can lead to excessive proliferation, which overexpression of E2F1 is quite common in different types of tumors. This phenomenon may be the main factor for the high proliferation of tumor cells. Thus, inhibition of E2F1 activity by RNA interference (RNAi) may be promising as a treatment for decreased proliferation of melanoma cells. Therefore, the purpose of this work is the inactivation of the E2f1 gene through RNAi in B16mCAR cells, derived from C57BL/6’s melanoma and overexpresses the CAR receptor, and also verifies the effects of its absence on cell proliferation in vitro and in vivo. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Tendo em vista a importância do permutador Na+/H+ (isoforma 3) na reabsorção de NaCl e NaHCO3 em túbulos proximais e conseqüentemente no equilíbrio ácido-base e volume celular, surgiu o interesse em identificar a região promotora essencial para a transcrição do gene NHE3 e os elementos de ligação de fatores de transcrição presentes no mesmo, em células de túbulos proximais renais. Para isso, os segmentos da região flanqueadora 5´ do gene NHE3 de rato foram obtidos por PCR e inseridos no plasmídeo pGL3-basic, que codifica o gene repórter Firefly lucíferase. Os seguintes fragmentos foram analisados 1) -157 a +31; 2) -152 a +55; 3) -85 a +31; 4) -65 a +31; 5) -44 a +31; 6) -33 a +31; 7) -25 a +31; 8) -157 a +35, com deleção do elemento GATA (posição +20 a +23). Estes foram transfectados em células OKP, uma linhagem de túbulos proximais de rim de opossum. A atividade promotora de transcrição de cada segmento foi analisada em comparação com a atividade de luciferase observada com a transfecção do vetor pGL3-basic não recombinante, sem promotor. Foi realizado a cotransfecção do vetor pRL-CMV, que contém o gene da proteína repórter Renilla luciferase, usado como controle da eficiência de transfecção. Após serem analisados os resultados, observou-se que a atividade do promotor foi mais elevada com o constructo -152 a +55 (76.52 ± 45.26 (n=9)). Além disso, conseguimos identificar a existência de possíveis ativadores transcricionais no segmento entre a posição 85 e 65 (Egr-1/Sp1); 44 e 33 (Egr-1) e -33 e -25 (elemento TATA-Box não canônico), pois a remoção destes nucleotídeos reduziu significativamente a atividade do promotor. Outra observação foi a presença de elementos inibitórios entre as bases 65 e 44 (Sp1/Ap2), pois com a retirada destes, observamos um aumento muito significativo da atividade do promotor. O menor segmento (25/+31) apresentou atividade promotora significativa, sugerindo que ainda tenha os elementos indispensáveis para a montagem do complexo transcricional primário, embora com eficiência já bem reduzida. A presença do elemento GATA no primeiro exon, embora importante para a transcrição do gene NHE3 em células intestinais, não parece ser importante para a atividade transcricional em células de túbulos proximais. / In view of the importance of the exchanger Na+/H+ (isoform 3), in reabsoption of NaCl and NaHCO3 in proximal tubules and consequently the acid-base balance, and cell volume, came the interest in identifying the region promoter essential for transcription of the NHE3 gene and the elements of the binding of transcription factors present in the same, in cells renal proximal tubules. For this, segments of the 5 flanking region of the rat NHE3 gene were obtained by PCR and inserted into pGL3-basic vector, which encodes Firefly luciferase reporter gene. The following fragments were analyzed 1) -157 to +31, 2) -152 to +55, 3) -85 to +31, 4) -65 to +31, 5) -44 to +31, 6) -33 to +31, 7) -25 to +31; 8) -157 to +35, with deletion of the GATA element (position +20 to +23). These were transfected in OKP cells, line of the renal proximal tubules of opossum kidney. The promoter activity of transcription of each segment was analyzed in comparison with the luciferase activity observed with transfection of the pGL3-basic vector recombinant, without promoter. Was performed cotransfecção of PRL-CMV vector, containing the gene of the reporter protein Renilla luciferase, used as internal control of the efficiency of transfection. After analyzing the results, observed promoter activity was higher with the construct -152 to +55 (76.52 ± 45.26 (n = 9)). Furthermore, we identify the possible existence of transcriptional activators in the segment between position -85 and -65 (Egr-1/Sp1), -44 and -33 (EGR-1) and -33 and -25 (atypical TATA-box element) because the removal of these nucleotides significantly reduced the activity of the promoter. Another observation was the presence of inhibitory elements between bases -65 and -44 (Sp1/Ap2), because with the deletion of these, we observed a very significant increase in the activity of the promoter. The lower segment (-25 / +31) showed significant promoter activity, suggesting that still has the elements essential for transcriptiption complex assembly of the primary, in spite of with reduced efficiency well. The presence of the GATA element in the first exon, although important for the transcription of the NHE3 gene in intestinal cells, does not appear to be important for transcriptional activity in cells of proximal tubules.

As plantas são organismos sésseis que continuamente enfrentam situações ambientais adversas, o que acarreta em reduções significativas da biomassa e da produtividade. O trabalho, aqui exposto, teve como objetivo avaliar o papel dos fatores de transcrição ASR (do ingles ABA, stress and ripening) na resposta a estresses abióticos em plantas de arroz. Também teve como objetivo avaliar as respostas de plantas de Arabidopsis thaliana ao estresse produzido nos momentos iniciais da exposição ao metal alumínio. O capítulo 1 da presente tese, compara a expressão de miRNAs entre plantas silenciadas para o gene ASR5 (ASR5_RNAi) e plantas não transformadas (controle). De um total de 279 miRNAs maduros identificados, distribuídos em 60 famílias, 159 foram diferencialmente expressos quando as duas bibliotecas foram comparadas. Uma correlação negativa entre o MIR167 e seu gene alvo (LOC_Os07g29820) também foi confirmada por PCR em tempo real. Este é o primeiro trabalho sugerindo o envolvimento das proteínas ASR na regulação da expressão de miRNAs em planta. O segundo capítulo apresenta o estudo das proteínas ASR na manutenção da homeostase do pH em plantas de arroz. Verificou-se uma diminuição do crescimento radicular em plantas silenciadas em solução ácida, quando comparadas com plantas não transformadas nas mesmas condições. Também foi analisada a viabilidade da ponta de raízes quanto ao dano causado pelo baixo pH e diferentes concentrações de Ca+2, demonstrando que a adição de CaCl2 é capaz de aliviar o efeito tóxico do excesso de protons H+. Diversos genes reprimidos nas plantas silenciadas e envolvidos no mecanismo de manutenção do pH em células vegetais, também foram investigados. O terceiro e último capítulo é dedicado ao estudo da resposta inicial de plantas de Arabidopsis thaliana ao estresse por alumínio. Plantas com 7 dias de idade foram expostas a uma concentração de 25 μM de AlCl3 durante 3 horas e modificações na abundância de proteínas foi investigada com a técnica de espectrometria de massa. Um total de 3.213 proteínas foram identificadas, sendo que destas, 293 apresentaram variação no nível de expressão. Diversas proteínas com expressão induzida são funcionalmente associadas com a detoxificação de espécies reativas de oxigênio (ROS), indicando que o tratamento ocasionou estresse oxidativo nas raízes de A. thaliana. Também foram identificadas uma proteína mitocondrial carreadora de substrato e uma acyl-CoA oxidase com possível papel nos mecanismos de defesa em resposta a alumínio e com potencial para futuros estudos funcionais na planta modelo. De uma maneira geral, os resultados aqui apresentados mostram, pela primeira vez, que ASR5 está envolvida na regulação de miRNAs e na homeostase do pH em plantas de arroz, além de identificar proteínas responsivas ao estresse por alumínio em A. thaliana. / Plants are sessile organisms that continuously face adverse environmental situations, leading to a significant reduction in biomass and yield. The aim of the present work was to further study the ASR (ABA, stress and ripening) transcription factors in rice plants. Moreover, the responses of Arabidopsis thaliana to aluminum stress were also analyzed. The chapter 1 of this thesis compares the expression of mature miRNAs in the ASR5 silenced plants (ASR5_RNAi) and in non-transformed plants (control). From a total of 279 mature miRNA of 60 families, 159 were differentially expressed. A negative correlation of MIR167 and its target gene (LOC_Os07g29820) was also confirmed by real time RT-qPCR. This is the first report showing the involvement of ASR proteins in miRNA gene expression regulation. The second chapter presents the study of participation of ASR proteins in the maintenance of pH homeostasis in rice plants. The evaluation of root growth in ASR5_RNAi plants upon acid solution showed inhibition of root growth when compared to non-transformed plants in the same condition. Root tip feasibility and damage caused by low pH and different concentrations of Ca+2 was also analyzed. The results indicate that addition of CaCl2 is capable of alleviating the toxic effects of H+ protons. Several genes downregulated in silenced plants and involved in pH maintenance in plant cells have also been investigated. This work demonstrates the importance of ASR transcription factors in a biological process not yet described. The third and final chapter describes the study of the initial response of Arabidopsis thaliana to aluminum stress. Seven-day old seedlings were treated with 25 μM AlCl3 for 3 hours and submitted to quantitative analyses by mass spectrometry. A total of 3,213 proteins were identified, from which 293 proteins were differentially responsive upon aluminum treatment. Several proteins with increased expression in response to the treatment are functionally associated with reactive oxygen species (ROS), indicating that the Al3+ exposure caused oxidative stress in the roots of A. thaliana. A mitochondrial substrate carrier (At1g78180) and an acyl-CoA oxidase (At3g51840) with a putative role in Al defense were also up-regulated and constitute interesting targets for functional studies of aluminum toxicity in the model plant. Overall, the results here presented show for the first time that ASR5 is involved in miRNA and pH homeostases regulation in rice plants and also identify proteins responsive to aluminum stress in A. thaliana.

Este trabalho visa analisar os problemas envolvidos na transcrição para o violão de obras compostas para alaúde barroco. São discutidas as diferenças entre os dois instrumentos relacionados à notação, número de cordas e afinação. É também apresentado um histórico do uso de scordatura nos diversos instrumentos de corda. São analisadas as características idiomáticas da música composta para alaúde barroco e as maneiras de adapta-las ao violão, propondo-se a utilização de afinação que reproduz no violão a relação intervalar das cordas do alaúde. Por fim é apresentada uma transcrição da Suíte XIII em Ré Maior, de S. L. Weiss, originalmente composta para alaúde barroco. / The aim of the present work is to analyze the problems involved in transcribing for guitar works originally composed for the baroque lute. The differences between the two instruments regarding notation, number of strings and tuning are discussed, followed by an overview of the use of scordatura in a variety of plucked instruments. The idiomatic characteristics of the music written for the Baroque lute and the possibility to adapt them to the guitar are analyzed. Finally, a guitar transcription of the Suíte XIII in D Major, by S. L. Weiss, originally written to the baroque lute, is presented.

O fungo filamentoso Trichoderma reesei (Hypocrea jecorina) é o principal produtor de enzimas celulolíticas e hemicelulolíticas utilizadas para a produção de biocombustíveis a partir de biomassa lignocelulósica. Para que o custo de produção de etanol de segunda geração (2G), em escala industrial, seja competitivo, uma mistura eficiente de enzimas hidrolíticas é necessária para degradar a biomassa vegetal em açúcares fermentescíveis. Dada a crescente demanda pelo desenvolvimento de processos que reduzam os custos de enzimas de interesse biotecnológico, o presente trabalho se propôs a analisar o perfil global do transcriptoma de T. reesei em presença de celulose, soforose e glicose como fontes de carbono, a fim de prover um melhor entendimento de como essas enzimas são produzidas por esse microrganismo. Para isso, foi utilizada a abordagem RNA-seq e duas linhagens de T. reesei: QM9414 (parental) e xyr1 (mutante). No Capítulo I, foram anlisados 22 genes que codificam celulases e xilanases, com o intuito de verificar a regulação da expressão gênica pelo fator de transcrição XYR1 em diferentes fontes de carbono. Foi observada uma dependência da fonte de carbono e redução da expressão destes genes que codificam celulases e xilanases quando se comparou a linhagem mutante com a parental, cultivados na presença de celulose e soforose. Na presença de glicose, a maior parte dos genes analisados apresentou aumento de expressão no mutante xyr1. Por meio de análises in silico foi identificado o elemento regulatório cis para o fator de transcrição XYR1 usando quatro conjuntos de dados de genes dependente-condição envolvendo os experimentos RNA-seq e qPCR-TR. Foram identificados dois motivos com o consenso de ligação proposto para o regulador XYR1 (nomeado PWMXYR1). Ao usar esses motivos identificados, foi analisada a presença e disposição dos putativos elementos regulatórios cis nesses conjuntos de dados, sendo que sítios com intervalos curtos foram mais associados a promotores dependentes de XYR1 do que sítios simples. Além disso, a abordagem utilizada permitiu a identificação de sítios de ligação XYR1, na região promotora dos genes cel7a e xyn1 e mapear a potencial sequência alvo do regulador na região promotora do gene cel6a. Adicionalmente, sete outros promotores (genes cel7b, cel61a, cel61b, cel3c, cel3d, xyn3 e swo) apresentaram sítios de ligação putativos de XYR1. Usando a arquitetura do regulador PWMXYR1, foram identificados potenciais genes alvos de regulação direta por XYR1 no genoma de T. reesei. O mapeamento do referido sítio foi realizado, também, nos genes diferencialmente expressos na linhagem mutante xyr1, destacando que a regulação indireta desempenha um papel fundamental nas vias de sinalização. Estes resultados fornecem novas informações sobre os mecanismos de sinalização mediados por XYR1 na regulação de promotores de celulases. No Capítulo II, foi analisado o transcriptoma global da linhagem parental (QM9414) em diferentes fontes de carbono: celulose; soforose e glicose. Aplicando limites rigorosos de corte, 2060 genes foram identificados como diferencialmente expressos em pelo menos uma das fontes de carbono analisadas. Clusterização hierárquica desses genes diferencialmente expressos identificaram-se três possíveis regulons, representando 123 genes controlados por celulose, 154 genes controlados por soforose e 402 genes controlados por glicose. A análise da rede regulatória demonstrou a inter-relação existente entre as condições, permitindo a identicação de 75 genes específicos do crescimento em soforose e 107 de celulose. Esses resultados revelaram novos genes envolvidos na degradação da celulose, tais como: proteínas acessórias, transportadores, fatores de transcrição e CAZymes que respondem especificamente a presença de celulose ou soforose. No Capítulo III, analisou-se o perfil transcricional da linhagem mutante xyr1 comparando com a linhagem parental (QM9414), na presença das três fontes de carbono. As análises de expressão gênica revelaram que 2185 genes foram diferencialmente expressos na condição celulose, 2124 genes na condição soforose e 46 genes em glicose. Esses genes foram utilizados para analisar a inter-relação existente entre as condições, com destaque para grande número de genes exclusivos nas condições de indução (celulose e soforose). Por meio da clusterização hierárquica foram identificados 6 possíveis regulons, sendo 3 deles compostos por genes up-regulados e 3 regulons por genes down-regulados. Na ausência do regulador XYR1, a expressão de genes CAZys, fatores de transcrição, transportadores, entre outros, foram afetadas de modo dependente da fonte de carbono. Essas análises permitiram verificar que o fator de transcrição XYR1 é fundamental no processo de indução de enzimas de interesse biotecnológico, além de participar de outros processos bioquímicos/moleculares. Desse modo, todos os resultados obtidos fornecem informações sobre os eventos moleculares envolvidos na regulação da expressão gênica durante a adaptação de T. reesei frente a diferentes condições ambientais como: diferentes fontes de carbono e necessidades nutricionais. Contribuindo, assim, para uma melhor caracterização desse fungo filamentoso em relação à produção de enzimas e o desenvolvimento de mutantes metabólicos para utilização industrial. / The filamentous fungus Trichoderma reesei (Hypocrea jecorina) is a major producer of cellulolytic enzymes used for biofuels production from lignocellulosic biomass. In order to achieve a low cost second generation ethanol production in industrial scale, an efficient mix of hydrolytic enzymes are required for the degradation of plant biomass into fermentable sugars. Given the growing demand for development of processes in order to reduce the cost of enzymes production, the present work proposes a large-scale transcriptomic analysis of T. reesei in presence of cellulose, sophorose, and glucose as carbon sources, in order to provide insights about the mechanisms of enzymes production by this microorganism. For this purpose, RNA-seq approach was employed, as well, as two T. reesei strains: QM9414 (parental) and xyr1 (mutant). In Chapter I, 22 genes encoding cellulases and xylanases were analyzed regarding the regulation through the transcription factor XYR1. This regulation seems to occur in a carbon source dependence manner, and the expression of cellulases and xylanases was diminished in the mutant strain compared to the parental strain in the presence of cellulose and sophorose. In glucose, most of the analyzed genes showed higher expression in the mutant compared to the parental strain. In silico analysis identified a cis regulatory element for XYR1 using four datasets of condition-dependent genes based on RNA-seq and qPCR experiments. Two binding motifs have been identified with the proposed consensus for the XYR1 (named PWMXYR1). Using these motifs, the presence and arrangement of putative cis regulatory elements was analyzed, and the results indicate that the sites with short intervals were stronger associated with XYR1 dependent promoters than single sites, even with high scores. Moreover, this approach allowed the identification of XYR1 binding sites in the promoter region of cel7a and xyn1, as well as, map the potential target sequence in the promoter of cel6a gene. In addition, seven other promoters from genes cel7b, cel61a, cel61b, cel3c, cel3d, xyn3 and swo presented XYR1 putative binding sites. Using the cis-regulatory architecture of PWMXYR1, potential targets for direct regulation by XYR1were identified in a genome wide manner. The putative binding sites were also mapped in the differentially expressed genes identified in the mutant strain xyr1, suggesting that indirect regulation plays a key role in signaling pathways. Taken together, the data provided here provides important information regarding signaling mechanisms mediated by XYR1 in the regulation of cellulases promoters. In Chapter II, the transcriptome of the parental strain (QM9414) was analyzed in three carbon sources, cellulose, sophorose and glucose. By applying a stringent cut-off threshold, 2,060 genes were identified as differentially expressed in at least one of the carbon sources analyzed. Hierarchical clustering of differentially expressed genes identified three possible regulons, representing 123 genes controlled by cellulose, 154 genes controlled by sophorose and 402 genes controlled by glucose. The analysis of the regulatory network demonstrated the interrelation between the conditions, allowing the identification of 75 genes specifically expressed in soforose and 107 in cellulose. These results revealed new players involved in cellulose degradation, such as accessory proteins, transporters, transcription factors and CAZymes, that specifically respond to the presence of either cellulose or sophorose. In Chapter III, a genome wide comparative transcriptional analysis were performed between the mutant xyr1 strain and the parental strain (QM9414) using the three carbon sources. Gene expression analysis revealed 2,185 genes differentially expressed in cellulose, 2124 genes in sophorose and 46 genes in glucose. These differentially expressed genes were used to analyze the relationship between the conditions, revealing a greater number of exclusive genes in theinducing conditions (cellulose and sophorose). The hierarchical clustering analysis revealed 6 possible regulons, being three composed by up-regulated genes and 3 regulons composed by down-regulated genes. In the absence of the regulator XYR1, the expression of CAZy genes, transcription factors among other genes were affected in a carbon-dependent manner. These analyses showed that the transcription factor XYR1 has an essential role in induction of enzymes of biotechnological interest and participates in other biochemical/molecular processes. Taken together these results provide important information about the molecular events, involved in gene expression regulation during T. reesei adaptation to different environments such as: carbon sources and/or nutritional needs, thus contributing to a better understanding of this filamentous fungus regarding the the production of enzymes and the development of mutants for industrial applications.

A cocaína é uma droga amplamente utilizada, e seu abuso está associado a inúmeros problemas de ordem física, psiquiátrica e social. Anormalidades em recém-nascidos têm sido reportadas devido aos efeitos tóxicos da cocaína durante o desenvolvimento fetal. O mecanismo pelo qual a cocaína causa danos neurológicos é muito complexo e envolve interações da droga com diversos sistemas de neurotransmissão, como o aumento dos níveis extracelulares de dopamina e radicais livres e a modulação de fatores de transcrição. Neste estudo investigamos a toxicidade causada pela cocaína em culturas primárias de estriado e mesencéfalo e cultura de linhagem de células dopaminérgicas (PC 12). Observamos que a exposição à cocaína causou morte destas células. Na cultura primária de mesencéfalo, a morte celular foi revertida pelo prétratamento com superóxido dismutase (SOD). A exposição à cocaína também induziu a inibição do prolongamento dos neuritos nessas culturas primárias. Já na cultura de células PC 12, a cocaína ativou os fatores de transcrição NF-kB e CREB (após 6 horas), que regulam a transcrição de genes envolvidos na morte celular. O GBR 12909 (inibidor da recaptação de dopamina), a lidocaína (anestésico local) e a dopamina não ativaram o NF-kB de maneira semelhante à cocaína, porém, a diminuição da atividade do NF-kB após pré-tratamento das células com SCH 23390, antagonista do receptor D1, sugere que a ativação do NF-kB pela cocaína ocorre, pelo menos parcialmente, via ativação de receptores D1. O NF-kB parece exercer um papel protetor nas células PC 12, pois sua inibição com PDTC e Salicilato de Sódio aumentou a indução de morte celular pela cocaína. O aumento do RNAm do BDNF, também pode estar relacionado à proteção exercida por este fator de transcrição. A diminuição do Bcl-2, o aumento da atividade da caspase 3 e o aumento da caspase 3 clivada sugerem a participação da via de apoptose na morte celular induzida pela cocaína. A compreensão dos mecanismos de morte celular regulados pela cocaína no cérebro futuramente contribuirá para o desenvolvimento de novas terapias para dependentes, a qual poderá ajudar na interrupção do desencadeamento dos processos degenerativos. / Cocaine is a drug deeply used and its abuse is associated with physical, psychiatric and social problems. Abnormalities in newly born have been demonstrated due to the toxics effects of cocaine during fetal development. The mechanism by which cocaine causes neurological damages is very complex and involves interactions of the drug with several neurotransmitter systems, such as the increase of extracellular levels of dopamine and free radicals, and modulation of transcription factors. In this study we investigated the cocaine toxicity in striatum and mesencephalic primary cultures, and dopaminergic cells (PC 12). We observed that cocaine exposure causes death to these cells. In the mesencephalic primary culture, the cellular death was blunted by superoxide dismutase (SOD) pretreatment. Cocaine exposure also induced inhibition of neurite lengthening in these primary cultures. In PC 12 cells, cocaine activated the transcription factors NFkB and CREB (after 6 hours), which regulate genes involved in cellular death. GBR 12909, an inhibitor of dopamine reuptake; lidocaine, a local anesthetic; and dopamine did not activate NFkB as cocaine did, however, the attenuation of NFkB activity after the pretreatment of the cells with SCH 23390, a D1 receptor antagonist, suggests that the activation of NFkB by cocaine is, at least partially, due to activation of D1 receptors. NFkB seems to have a protective role in these cells, because its inhibition with PDTC and Sodium Salicilate increased cellular death caused by cocaine. The increase in BDNF RNAm, can also be related to the protective role of this transcription factor. The decrease in Bcl-2, the increase in caspase 3 activity, and the increase in caspase 3 cleavage suggest that apoptose participates in the development of cocaineinduced cell death. The understanding of the mechanisms by which cocaine induces cell death in the brain will contribute to the development of new therapies for drug abusers, which can help the interruption of the progress of degenerative processes.

Transtornos depressivos afetam de 1-6% dos adolescentes a cada ano ao redor do mundo. Esse aparecimento precoce anuncia uma doença mais grave e persistente na vida adulta, sendo considerada a terceira principal causa de suicídio na faixa etária entre 14-29 anos. Os exatos mecanismos moleculares envolvidos na fisiopatologia da depressão ainda não são compreendidos, e muitos estudos destacam o processo de apoptose como um possível mecanismo de contribuição para a depressão relacionada ao estresse crônico. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar os efeitos da submissão social em camundongos machos adolescentes, sobre comportamentos emocionais e sobre a localização celular hipocampal do fator de transcrição Max. Metodologia: Camundongos machos adolescentes, C57BL/6, foram submetidos durante 21 dias consecutivos a um modelo de submissão social e ambos os grupos, experimental (n=16) e controle (n=16) foram analisados nos aspectos comportamental, expressão gênica e localização da proteína Max. Resultados: Dados retidos devido à solicitação (publicação de dados, patentes ou diretos autorais). / Depressive disorders affect 1-6% of adolescents each year around the world. This early appearance heralds a more serious and persistent disease in adulthood, being considered the third leading cause of suicide in people aged between 14-29 years. The precise molecular mechanisms involved in the pathophysiology of depression are not yet understood, and many studies highlight the process of apoptosis as a possible mechanism contributing to depression related to chronic stress. Thus, the objective of this study was to evaluate the effects of social defeat in male adolescent mice on emotional behavior and on hippocampal cellular setting of the Max transcription factor. Methodology: C57BL/6 male mice were submitted to 21 consecutive days of a model for social defeat and, both the experimental (n=16) and control groups (n=16) were investigated for behavioral analysis and also for the Max protein expression and settings. Results: Request to retain data (publication, patent or copyright directs).

Introdução: A modulação da resposta imune em muitas situações clínicas persiste como um dos problemas mais desafiadores em imunologia. Citocinas são fundamentais para esta regulação e são amplamente estudadas. Após a ligação com receptores específicos na superfície das células alvo, uma das principais vias de sinalização é o sistema JAKs/STATs. No entanto, em contraste com as citocinas, não existem estudos detalhados sobre a cinética expressão intracelulares de STAT in vitro. Objetivo: Determinar por citometria de fluxo, a cinética expressão de proteínas STAT 1, 3, 4, 5 e 6 fosforiladas, a produção de citocinas associadas e expressão de seus receptores em PBMC humanas estimuladas in vitro com fito-hemaglutinina (PHA) e antígeno de citomegalovírus (CMV). Metodologia: Foram avaliados CMNs de 23 doadores saudáveis em relação à cinética de expressão STATs (12 doadores estimulados com PHA e 11 estimulados com CMV), secreção de citocinas e expressão de seus receptores. Resultados: Em células estimulada com PHA e CMV, pSTAT1 e 6 tiveram sua expressão aumentada precocemente (4h e três dias, respectivamente). pSTAT3 teve sua expressão aumentada em momentos posteriores (respectivamente 36h e 6 dias). A indução de expressão de pSTAT4 e 5 foi observada nos tempos mais tardios da cinética em células estimuladas com PHA (24-36h), enquanto observamos constante baixo nível de expressão em todos os tempos analisados em células estimuladas com CMV. No que diz respeito á secreção de citocinas em células estimuladas com PHA, níveis maiores de IL-6, IL-10 e IL-4 foram detectados a partir de 12h, enquanto aumento da secreção de IFN-y e IL-2 ocorreu a partir de 24h. Com CMV, apenas IL-6 mostrou um aumento da secreção nos dias 4 e 6. Os receptores de citocinas CD119 (IFN-g), CD126 (IL-6), CD210 (IL-10), CD212 (IL-12), CD25 (IL -2) e CD124 (IL-4) tiveram um aumento da expressão após 24-36h de estimulação com PHA. Com estímulo de CMV, CD126, CD212, CD25, também aumentaram a expressão em tempos tardios (5-6 dias), enquanto os outros receptores mantiveram níveis baixos de expressão em todos os momentos estudados. Discussão: Houve uma correlação entre a cinética de expressão de pSTAT3 e 5, e a cinética das citocinas associadas e de seus receptores (IL-6 / CD126, IL-10 / CD210 e IL-2 / CD25). A cinética de expressão de pSTAT4 se correlacionou com a expressão de CD212. (IL-12p70 não foi detectada no presente estudo). Entretanto a expressão de pSTAT1 e 6 precedeu à de IFN-y / CD119 e IL-4 / CD124. Conclusão: A determinação da cinética de expressão pSTAT in vitro pode contribuir para a compreensão da regulação da resposta imune a patógenos distintos e, potencialmente, ajudar no desenvolvimento de novos alvos terapêuticos bem como de novas estratégias destinadas a modular as vias de sinalização em diversas condições clínicas associadas à desregulação imunológica / Introduction: Modulation of immune responses in many clinical situations persists as one of the most challenging issues in immunology. Cytokines are fundamental to this regulation and have already been extensively studied. After binding with its specific receptors on the surface of the target cells, the main signaling pathway is the JAKs/STATs system. However, in contrast to cytokines, there are no detailed studies on the in vitro intracellular expression kinetics of STATs. Objective: To determine by flow cytometry the kinetics of phosphorylated STAT1, 3, 4, 5 and 6 proteins expression in human PBMCs in vitro stimulated with phytohemagglutinin (PHA) and cytomegalovirus antigen (CMV), and the associated cytokine production and cytokine receptors expression. Methodology: We evaluated PBMCs from 23 healthy donors regarding the kinetics of STATs expression (12 donors stimulated with PHA and 11 stimulated with CMV), cytokine secretion and respective receptors expression. Results: In PHA and CMV stimulated cells, pSTAT 1 and 6 expression increased early, 4h and 3days respectively). pSTAT3 expression augmented at later times (respectively 36h and 6 days). pSTAT4 and 5 expression were observed late in PHA stimulated cells (24-36h), while there was a constantly low level of expression in all times analyzed. Regarding cytokine release In PHA stimulated cells, IL-6, IL10 and IL-4 secretion started to increase at 12h while IFN-y and IL-2 increased at 24h. With CMV, only IL-6 showed increased expression at days 4 and 6. The cytokines receptors CD119 (IFN-g), CD126 (IL-6), CD210 (IL-10), CD212 (IL-12), CD25 (IL-2) and CD124 (IL-4) had increased expression at 24-36h with PHA stimulation. With CMV stimulation, CD126, CD212, CD25 also had increased expression at late times (5-6 days) while the other receptors maintained low expression levels at all times. Discussion: There was a correlation in between the pSTAT3 and 5 expression kinetics and the associated cytokines and cytokine receptors kinetics (IL-6/CD126, IL-10/CD210 and IL-2/CD25. pSTAT4 expression kinetics correlated with that of CD212 expression (IL-12p70 was not detected in the present study). The higher pSTAT1 and 6 expressions preceded that of IFN-y/CD119 and IL-4/CD124, respectively. Conclusion: Determination of pSTAT expression kinetics in vitro can contribute to the understanding of the regulation of immune responses to distinct pathogens and potentially help in the design of new therapeutic targets as well as new strategies aimed at modulating signaling pathways