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Expressão temporal dos genes do nucleopoliedrovírus Anticarsia gemmatalis e sua influência sobre a célula. / Temporal expression of the Anticarsia gemmatalis nucleopolyhedrovirus genes and its influence on the cell.

Oliveira, Juliana Velasco de Castro 06 October 2010 (has links)
Desde a década de 80, o nucleopoliedrovírus Anticarsia gemmatalis (AgMNPV) tem sido utilizado no Brasil como agente de controle biológico no combate à lagarta-da-soja, resultando para o país significativos benefícios econômicos e ecológicos. Este vírus envelopado, pertencente à família Baculoviridae, possui DNA circular de fita dupla (132.239 pb) contido em um capsídeo protéico, que pode estar ocluído em uma matriz para-cristalina. Neste trabalho, analisamos a expressão temporal de seus genes em duas linhagens celulares (UFL-AG-286 e IPLB-SF-9), por PCR em tempo real. Outro objetivo foi o estudo do efeito da multiplicação viral na malha gênica celular (GRN), visando analisar a expressão gênica celular diferenciada durante a infecção, através da técnica de hibridização subtrativa. Verificamos que todas as ORFs (exceto ORFs 64 e 83, que provavelmente não codificam a genes) foram expressas, com diferenças significativas entre as linhagens, principalmente em relação ao nível de expressão. Apesar disso, o grupo de genes ligados a replicação apresentou perfil de expressão similar nas duas linhagens, possivelmente por este ser um processo essencial à replicação viral. De uma forma geral, todos os genes apresentaram um perfil de expressão mais precoce do que o relatado na literatura, o que poderia ser tanto devido à replicação precoce do DNA do AgMNPV quanto até mesmo consequência da sensitividade do método utilizado. O agrupamento dos genes por k-means seguiu, em sua maioria, a hora pós-infecção (p.i.) onde a expressão de cada gene foi detectada, o que é coerente com a expressão gênica em cascata de baculovírus. Entretanto, por esta classificação não foi possível predizer função gênica para os genes pouco caracterizados. Em relação ao efeito da infecção do AgMNPV na GRN da UFL-AG-286, observamos que em 20h p.i., uma grande diversidade de genes e funções celulares foram hipo-expressas. / Since the 80s, the Anticarsia gemmatalis nucleopolyhedroviruses (AgMNPV) has been used in Brazil as a biological control agent against the Anticarsia gemmatalis caterpillar in soybean fields, resulting in considerable economic and ecological benefits. This enveloped virus belongs to the Baculoviridae family. It has circular double-stranded DNA (132239 bp) enclosed in a capsid, which can be occluded in a crystalline matrix. In this work we elucidated the temporal gene expression profile of the AgMNPV-2D in two cell lines (UFL-AG-286 and IPLB-SF-9), using a real time PCR. Another objective was to study the effect of viral replication on the cellular gene regulatory network (GRN), in order to analyze the differential cellular gene expression during infection, using subtractive hybridization method. We found that most ORFs (except 64 and 83 ORFs that probably do not encode genes) were expressed, with significant differences between cell lines, mainly in expression intensity. However, the group of genes associated with viral DNA replication had similar expression profile in both lineages, possibly because replication is an essential process for viral multiplication. In general, most genes had earlier expression than reported in the literature, probably due to the early DNA replication in AgMNPV. Moreover, this could be a consequence of the method sensitivity used herein. We clustered genes with the k-means algorithm according to the time pos infection (p.i.) in which each gene expression was first detected and found it to be consistent with the typical cascade of gene expression known for baculovirus. Nonetheless, following this classification, it was not possible to predict gene function for poorly characterized genes. When looking at the impact of viral replication on the host GRN using subtractive hybridization, we found considerable inhibition of cellular transcription at 20h p.i. Furthermore at this time, a large and diverse set of cellular genes and functions were found to be hypo-regulated, indicative of an extensive effect of AgMNPV infection on the UFL-AG-286 GRN.
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O diabetes abole o aumento da expressão do gene SLC2A4 induzido pela contração muscular \"in vitro\": participação das cinases AMPK E CAMKII e dos fatores transcricionais MEF2D, GEF, HIF-1<font face=\"Symbol\">a e TR<font face=\"Symbol\">a. / Diabetes abolishes the \'\'in vitro\'\' muscle contraction-induced increase in SLC2A4 gene expression. Participation of AMPK and CAMKII kinases and MEF2D, GEF, HIF-1<font face=\"Symbol\">a and TR<font face=\"Symbol\">a1 transcriptional factors.

Lima, Guilherme Alves de 18 August 2011 (has links)
O gene SLC2A4 codifica a proteína GLUT4, fundamental na homeostasia glicêmica. OBJETIVO: Investigar o efeito do diabetes na expressão do GLUT4 pela atividade contrátil. MÉTODOS: Músculos sóleos de ratos não diabéticos (ND) e diabéticos tratados com insulina (DI) ou salina (DS) foram incubados e contraídos. A expressão de GLUT4, pAMPK e CAMKII foram analisados por PCR e Western blotting, e a atividade de MEF2D, GEF, HIF-1<font face=\"Symbol\">a e TR<font face=\"Symbol\">a1 por gel shift. Células C2C12 transfectadas com plasmídeos contendo os sítios de ligação para MEF2, HIF, e TR foram tratadas com AICAR ou cafeína. RESULTADOS: Em animais ND e DI, a contração aumentou o conteúdo de GLUT4, mas não nos DS. Em animais ND, a contração aumentou a atividade da AMPK e dos fatores MEF2D, GEF e TR<font face=\"Symbol\">a1, mas não nos DS. Em animais ND, os inibidores de AMPK e CAMKII aboliram o aumento do GLUT4 e da atividade de MEF2D e GEF. Em células C2C12 a cafeína e a AMPK ativaram os 3 sítios. CONCLUSÃO: O diabetes abole o aumento da expressão do GLUT4 sob a atividade contrátil devido a redução da atividade de MEF2D, GEF e TR<font face=\"Symbol\">a1 e AMPK. / The SLC2A4 gene encodes the GLUT4 protein, which is essential in glucose homeostasis. OBJECTIVE: To investigate the diabetes effect on muscle contraction-induced in SLC2A4 gene expression. METHODS: Soleus muscles of Non diabetic rats (ND) and diabetic treated with insulin (DI) or saline (DS) were incubated and contracted. The GLUT4, pAMPK and CAMKII expressions were analyzed by PCR and Western blotting, and the MEF2D, GEF, HIF-1<font face=\"Symbol\">a and TR<font face=\"Symbol\">a1 activity by gel shift. C2C12 cells transfected with plasmids containing the binding sites for MEF2, HIF, and TR were treated with AICAR or caffeine. RESULTS: Contraction increased the GLUT4 amount in animals ND and DI, but not in DS. In ND animals, contraction increased AMPK, MEF2D, GEF and TR<font face=\"Symbol\">a1 activity, but not in DS. In ND animals, AMPK and CAMKII inhibitors abolished the GLUT4 increase as like MEF2D and GEF activity. In C2C12 cells AMPK and caffeine activated the 3 sites. CONCLUSION: Diabetes abolishes the muscle contraction-induced GLUT4 increase due to reduced of MEF2D, GEF, TR<font face=\"Symbol\">a1 and AMPK activity.
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Transcrição para trombone da Suíte in A minor para flauto concertato de G. Ph. Telemann: a construção da perfomance por meio do processo transcritivo / Transcription for trombone of Suite in A minor for flauto concertato of G. Ph. Telemann: construction performance through transcriptional process.

Pacheco, Ricardo 14 October 2013 (has links)
Concentramo-nos neste trabalho sobre o processo transcritivo da Suíte in A minor para flauto concertato, do compositor G. Ph. Telemann, com o duplo objetivo de possibilitar a ampliação do repertório solista do trombone moderno com a transcrição de uma obra barroca, e também de apresentar a transcrição de uma obra que seja possível de execução, tanto por profissionais como não profissionais. Deve-se salientar que no período barroco, o sacabuxa, antecessor do trombone moderno, embora muito utilizado, não possuía função solística e, portanto, a literatura para o trombone não conta com obras originais para o instrumento como solista durante o período barroco. No primeiro capítulo, consta uma breve historiografia sobre o sacabuxa, suas terminologias, bem como as discussões em torno da afinação em Lá ou Sib, seu registro e repertório. O segundo capítulo discorre, de forma sucinta, sobre o compositor G. Ph. Telemann, sua biografia e produção musical, a forma Suíte e a Suíte in A minor com suas danças e características. No terceiro capítulo, buscou-se considerar sobre a ornamentação barroca, a fim de se descreverem as práticas correntes no período barroco e seu respectivo emprego ao trombone moderno. No quarto e último capítulo, foram analisados o processo de transcrição e o passo a passo da construção da performance, utilizando métodos da técnica do instrumento. Pretendemos poder acrescentar a presente transcrição à literatura do trombone na área de transcrições barrocas para o instrumento. / The transcriptional process of the Suite in A minor for flauto concertato by the composer G. Ph. Telemann, has in this paper, the dual objective of enabling both the expansion of the repertoire of the modern trombone soloist with the transcription of a Baroque work, and to present a transcription of a Baroque piece that can be played both by professionals and non-professionals. We emphasize that in the Baroque period, the sackbut, predecessor of the modern trombone, although widely used, had no soloist function, and therefore the literature for the trombone does not have original works for the instrument as a soloist during the Baroque period. This paper is divided into four chapters: the first contained a brief historiography about the sackbut, its terminology, as well as discussions around the pitch in A or Bb, register and repertoire. In the second chapter we discus briefly about the composer G. Ph. Telemann, his biography and music production, the Suite form and Suite in A minor with their dances and structures. In the third chapter, we seek to discuss the Baroque ornamentation to describe the current practices in the Baroque period and its performance by a modern trombone. In the fourth and final chapter, we analyzed the transcriptions process and the step by step construction of the performance, the methods using the technique of the instrument. It is our intention to be able to add this transcription for trombone into the Baroque repertoire for the instrument.
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Análise da expressão de RNAs intrônicos não-codificadores em carcinomas de célula renal / Expression analysis of intronic noncoding RNAs in renal cell carcinomas

Brito, Glauber da Costa de 26 November 2007 (has links)
O carcinoma de célula renal (CCR) subtipo célula clara é o câncer mais letal e prevalente do sistema urinário. A transformação maligna no CCR está possivelmente associada à mudanças no perfil de expressão de oncogenes e genes supressores de tumor, e acredita-se que estas alterações sejam críticas para o desenvolvimento do fenótipo maligno. Para identificar novos genes e vias moleculares associadas à transformação maligna no CCR célula clara, foram analisados perfis de expressão gênica de amostras pareadas de tumor e tecido não tumoral adjacente de 6 pacientes. Foi utilizada uma plataforma de microarrays de cDNA contendo 2.292 sondas mapeando éxons de genes codificadores e 822 sondas de RNAs não-codificadores mapeando em regiões intrônicas. A transcrição intrônica foi detectada em todos os tecidos normais e neoplásicos. Utilizando uma combinação de dois testes estatísticos e uma validação por leave-one-out, foi selecionado um subconjunto de 64 transcritos com expressão significativamente alterada em CCR célula clara em relação ao tecido não tumoral adjacente, estando a maior parte (86%) com expressão diminuída em CCR. Entre os transcritos com expressão diminuída, 49 mapearam em regiões não-traduzidas ou éxons de genes codificadores e 6 mapearam em regiões intrônicas de genes codificadores conhecidos. Os níveis de expressão diminuída de SIN3B, TRIP3, SYNJ2BP e NDE1 (p < 0,02), e de transcritos intrônicos derivados dos loci de SND1 e ACTN4 (p < 0,05), foram confirmados em CCR célula clara por Real-time RT-PCR. Um subconjunto de 25 transcritos se mostrou alterado em 6 amostras adicionais de CCR não célula clara, indicando alterações transcricionais comuns em CCR independentemente do subtipo histológico ou do estado de diferenciação do tumor. Além disso, foi analisado o perfil de metilação dos genes com expressão diminuída em tumor SIN3B, TRIP3, SYNJ2BP e GPX3. Nossos resultados indicam um novo conjunto de candidatos a gene supressor de tumor, que 8 podem desempenhar um papel importante na transformação maligna de células renais normais. / The clear cell subtype of renal cell carcinoma (RCC) is the most lethal and prevalent cancer of the urinary system. The carcinogenesis in RCC is thought to be associated with changes in the expression of several genes, and this alteration in gene expression is believed to be critical to the development of the malignant phenotype. To investigate new genes and molecular pathways associated with malignant transformation in clear cell RCC, gene expression profiles of matched samples of tumor and adjacent non-neoplastic tissue obtained from 6 patients were analysed. A custom-built cDNA microarray platform was used, comprising 2,292 probes that map to exons of genes and 822 probes for noncoding RNAs mapping to intronic regions. Intronic transcription was detected in all normal and neoplastic renal tissues. A subset of 64 transcripts with levels significantly deregulated in clear cell RCC relative to the matched non-tumor tissue, mostly (86%) downregulated in CCR, was
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Estudo do gene LHX4 em pacientes com hipopituitarismo associado a neuro-hipófise ectópica / Molecular analysis of the LHX4 gene in hypopituitary patients with ectopic posterior pituitary lobe

Melo, Maria Edna de 12 December 2005 (has links)
INTRODUÇÃO: O hipopituitarismo está associado, em cerca de 40% dos casos, à ectopia da neuro-hipófise observada em imagem por ressonância magnética (RM). Nestes pacientes a visualização da haste ocorre predominantemente nos que têm deficiência isolada de GH (DIGH), enquanto a não visualização da mesma está mais associada à deficiência hipofisária múltipla (DHM). A etiologia deste quadro, no entanto, permanece indeterminada na maioria dos pacientes. A elevada freqüência de parto pélvico e de complicações neonatais sugere uma causa traumática, enquanto que relatos de casos familiares, associação com outras patologias do SNC e descrição de mutações nos genes HESX1, LHX4 e SOX3 apontam para uma causa genética. O LHX4 é um fator de transcrição envolvido na embriogênese hipofisária fundamental para a formação da bolsa de Rathke definitiva. O LHX4 está localizado no cromossomo 1q 25, possui 6 éxons e estende-se por mais de 45 kb de DNA genômico. A única mutação publicada neste gene em humanos é a IVS4-1G>C, associada a um fenótipo caracterizado por baixa estatura, deficiências de GH, TSH e ACTH, neuro-hipófise ectópica e malformação Arnold-Chiari tipo I. O objetivo do estudo é analisar as regiões exônicas e éxon-íntron do LHX4 e caracterizar o perfil hormonal, correlacionando com os achados de RM, em 63 pacientes com hipopituitarismo associado a neurohipófise ectópica. MÉTODOS: Os pacientes foram submetidos à avaliação hormonal e por imagem através de ressonância magnética. A análise molecular incluiu amplificação do gene por PCR, seqüenciamento automático e uso de enzima de restrição. RESULTADOS: A visualização da haste ocorreu em 21 pacientes; destes, 10 (48%) apresentaram DIGH. A não visualização da haste foi mais associada a DHM, o que ocorreu em 40 (95%) dos 42 pacientes. Não encontramos diferença significativa quando comparamos pacientes com haste visualizada e não visualizada quanto à freqüência de partos vaginais em apresentação pélvica, à freqüência de malformações do SNC e à posição precisa da neuro-hipófise ectópica. Identificamos 6 variações alélicas no gene LHX4 em nossos pacientes: GGT>GGC, no códon 21; GAC>GAT, no códon 128; AAC>AAT, no códon 150; AGC>AGT, no códon 230; GGA>GGT, no códon 283 e AAT>AGT no códon 329 (N329S), esta já descrita como polimorfismo no GenBank. Nenhuma das outras variações determina troca de aminoácidos, altera o sítio de \"splice\" ou se correlaciona com um padrão de deficiência hormonal característico. As variações alélicas nos códons 21, 128 e 150 foram caracterizadas como polimorfismos. Não foi possível estabelecer uma relação entre as variações alélicas e o fenótipo dos pacientes. CONCLUSÃO: Mutações no LHX4 são causas raras de hipopituitarismo / INTRODUCTION: Ectopic posterior pituitary lobe (EPL) is observed using magnetic resonance imaging (MRI) scans in about 40% of patients with hypopituitarism. In these patients, the pituitary stalk is visualized mainly in patients with isolated GH deficiency (IGHD), whilst it is not visualized predominantly in patients with combined pituitary hormone deficiency (CPHD). Nevertheless, the etiology of EPL remains undetermined in most of the patients. A traumatic etiology is proposed for this figure, which presents a high frequency of breech delivery and perinatal damages. On the other hand, a genetic cause is suggested by associations to other CNS abnormalities and reports of gene mutations in HESX1, LHX4 and SOX3, as well as familial cases. LHX4 is a transcription factor implicated in pituitary embryogenesis which is essential to definitive Rathke\'s pouch development. It is located in chromosome 1q25, has 6 exons and is stretched out for more than 45 kb of genomic DNA. The only documented human mutation in this gene, IVS4-1G>C, is associated to a phenotype characterized by short stature, GH, TSH and ACTH deficiencies, EPL and Arnold-Chiari type I malformation. The aim of this study is to analyze exonic and exon-intron regions of LHX4 gene and characterize the hormonal deficiency profiles, establishing relationships to MRI findings in 63 patients with hypopituitarism associated to EPL. METHODS: All patients were submitted to hormonal evaluation and MRI scans. The molecular analysis included amplification of the gene using PCR, direct automatic sequencer and digestion with restriction enzymes. RESULTS: The pituitary stalk was visualized in 21 patients; of these, 10 (48%) exhibited IGHD. The stalk was not visualized in 42 patients, most of them with CPHD (95%). We did not find a statistical difference, when patients with and without visualized pituitary stalk were compared, regarding breech deliveries, CNS malformations and exact position of EPL. We identified 6 allelic variations in LHX4 gene: GGT>GGC in codon 21, GAC>GAT in codon 128, AAC>AAT in codon 150, AGC>AGT in codon 230, GGA>GGT in codon 283 and AAT>AGT in codon 329 (N329S), this already related as a polymorphism in GenBank. None of the former variations determine amino acid changes, nor splicing site changes, not even are related to a typical profile of hormonal deficiency. The allelic variations in codons 21, 128 and 150 were described as polymorphisms. It was not possible to establish a relationship between the allelic variations and the phenotype. CONCLUSION: LHX4 gene mutations are rare causes of hypopituitarism
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Amilóide sérica A: efeitos biológicos sobre células mononucleares / Serum amyloid A: biological effects on mononuclear cells

Sandri, Silvana 04 August 2008 (has links)
Nos últimos anos, nosso grupo de pesquisa vem descrevendo vários efeitos da SAA em células do sistema imune no que diz respeito à expressão e liberação de citocinas pró-inflamatórias. Neste estudo centramos nossa atenção na verificação dos efeitos da SAA sobre células mononucleares. Para isto, usamos três modelos experimentais. Em murinos, descrevemos a habilidade da SAA induzir a produção de NO por macrófagos peritoneais e, com uso de animais knockout para TLR4, sugerimos que SAA seja um ligante endógeno do TLR4. Em células mononucleares de sangue periférico humano, a SAA induz a expressão e liberação de CCL20, uma quimiocina importante na transição da resposta imune inata para adaptativa, bem como a expressão dos fatores M-CSF e VEGF. Em células THP-1, mostramos a cinética de fosforilação de proteínas tirosina quinases promovida pela SAA e comparamos com LPS, um estímulo pró-inflamatório clássico. Ainda em células THP-1 mostramos que a SAA induz a fosforilação de duas proteínas importantes no processo inflamatório por induzirem a ativação de NF&#954;B; a p38 e a ERK1/2. Com este estudo contribuímos com o conhecimento a respeito do papel regulatório da SAA em células mononucleares. A ação da SAA sobre estas células torna-se importante, pois estas são cruciais na resposta imune inata e também atuam como células acessórias na resposta imune adaptativa. Desta forma, evidencia-se que, no processo de fase aguda, a expressão e a síntese de SAA resultam na modulação de etapas que controlam este processo e sua progressão. / In the past few years, our research group has described various effects of serum amyloid A (SAA) on cells of the immune system regarding the expression and release of pro-inflammatory cytokines. In this study we have focused on the effects of SAA on mononuclear cells. In order to do this, we have used three experimental models. In the murine experimental model, we described SAA\'s ability to induce the production of NO through peritoneal macrophages and, by using knockout animals for TLR4, we suggested that SAA is an endogenous agonist of TLR4. In mononuclear cells of peripheral human blood, SAA induced the expression and release of CCL20, an important chemokine in the transition from the innate to the adaptive immune response, as well as the expression of M-CSF and VEGF-factors. In THP-1 cells, we showed the phosporylation kinetics of tyrosine protein kinases induced by SAA, and we compared it to LPS, a classic pro-inflammatory stimulus. We also demonstrated, in THP-1 cells, that SAA induced the phosphorylation of two proteins, namely p38 and ERK1/2, that are crucial in the inflammatory process because they induce the activation of transcription factors. With this study, we contributed to the knowledge of the regulatory role of SAA in mononuclear cells. Activity of SAA on these cells is highly important, for they are crucial in the innate immune response and act as accessory cells in the adaptive immune response. Hence it is evident that, in the acute phase process, the expression and synthesis of SAA result in the modulation of the phases that control this process and its progression.
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Análise da expressão das proteínas dos genes de resposta primária, proteínas da família Fos e Jun, em culturas primárias de supra-renal de rato tratadas com ACTH e FGF2. / The expression of early primary gene proteins, fos and jun family proteins, in rat adrenal primary cultures treated with ACTH and FGF2.

Polli, Sabrina 22 April 2008 (has links)
Existem evidências que o hormônio adrenocorticotrópico (ACTH) tem um papel importante no equilíbrio entre proliferação e morte celular na glândula supra-renal. As proteínas dos genes de resposta primária, proteínas da família Fos e Jun são componentes do fator de transcrição AP1, que dependendo de sua composição, pode estar relacionado com proliferação, diferenciação ou morte celular. Nesse trabalho utilizamos culturas de células primárias de adrenal de ratos para avaliar por imunocitoquímica e por imunoblotting, os efeitos do ACTH e do FGF2, na expressão das proteínas c-Fos, FosB, Fra1, Fra2, c-Jun, JunB e JunD. Os resultados mostram que tratamentos com ACTH e FGF2 modificam o padrão de expressão dessas proteínas. O ACTH induz aumento consistente da expressão de JunB, o que sugere uma composição de AP1 formada por JunB/c-Fos ou FosB. Tratamentos com FGF2, indicam a formação de um complexo c-Jun/c-Fos, FosB e Fra2. Esses resultados estão de acordo com os efeitos biológicos observados da ação do ACTH e do FGF2, como, inibição e proliferação celular nessas células. / There are evidences that in vivo the adrenocorticotropic hormone (ACTH) displays an important role in the balance of proliferation and cellular death in the adrenal gland. The early response gene proteins, Fos and Jun family, are components of the transcription factor AP-1 that, depending on its composition, could be related with proliferation, differentiation or cellular death. In this work we have been used adrenocortex cells of rat primary cultures, to evaluate, by immunocytochemistry and immunoblotting, the effects of ACTH and FGF2, in the expression of c-Fos, FosB, Fra1, Fra2, c-Jun, JunB and JunD proteins, and in such wise as to predict the composition of AP1 complex. The results showed that ACTH and FGF2 treatments modify the expression pattern of these proteins, inducing consistent and expressive increase of JunB expression in the ACTH-treated cells, suggesting an AP1 composition with JunB/c-Fos or FosB. FGF2 treatments indicate the composition of c-Jun/c-Fos or FosB or Fra-2 complexes. These results are in agreement with the biological effects observed in rat adrenal primary culture treated with ACTH and FGF2, with inhibition and cellular proliferation.
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Identificação de perfis de expressão de RNAs codificadores e não codificadores de proteína como preditores de recorrência de câncer de próstata / Identification of protein-coding and non-coding RNA expression profiles as prognostic marker of prostate cancer biochemical recurrence

Moreira, Yuri José de Camargo Barros 27 August 2010 (has links)
O câncer de próstata é o quinto tipo mais comum de câncer no mundo e o mais comum em homens. Fatores clínicos e anatomopatológicos atualmente usados na clínica não são capazes de distinguir entre a doença indolente e a agressiva. Existe uma grande necessidade de novos marcadores de prognóstico, a fim de melhorar o gerenciamento clínico de pacientes de câncer de próstata. Além das anormalidades em genes codificadores de proteínas, alterações em RNAs não codificadores (ncRNAs) contribuem para a patogênese do câncer e, portanto, representam outra fonte potencial de biomarcadores de câncer de próstata. Entretanto, até o momento, poucos estudos de perfis de expressão de ncRNAs foram publicados. Este projeto teve como principal objetivo identificar perfis de expressão de genes codificadores e não codificadores de proteína correlacionados com recorrência de tumor de próstata, a fim de gerar um perfil prognóstico com potencial uso como biomarcadores e elucidar o possível papel de ncRNAs no desenvolvimento do câncer. Para isso, foram analisados os perfis de expressão de genes codificadores e não codificadores de proteína de um conjunto de 42 amostras de tecido tumoral de câncer de próstata de pacientes de amostras de pacientes submetidos à prostatectomia radical, com longo acompanhamento clínico (cinco anos) e conhecida evolução da doença Nós utilizamos microarranjos por nós desenhados e fabricados pela Agilent sob encomenda, interrogando aproximadamente 18.709 transcritos não codificadores longos (>500 nt), sem evidência de splicing, que mapeiam em regiões intrônicas dentro de 5.660 loci genômicos. Os dados de expressão foram extraídos de cada arranjo, normalizados entre todas as 42 amostras de pacientes. Usando uma estratégia de múltipla amostragem, foi identificado um perfil de expressão de mau prognóstico, contendo 51 transcritos intrônicos não codificadores de proteína. O perfil prognóstico de ncRNAs foi aplicado a um conjunto teste independente de 22 pacientes, classificando corretamente 82% das amostras. Uma análise de Kaplan-Meier dos pacientes do conjunto teste indicou que as curvas de sobrevida dos grupos de alto e baixo risco foram significativamente distintas (Log-rank test p = 0,0009; Hazard ratio = 23,4, 95% CI = 3,62 a 151,2), confirmando assim que este classificador é útil para identificar pacientes com alto risco de recorrência. Além disso, estas descobertas indicam um potencial papel destes RNAs intrônicos não codificadores na progressão do tumor de próstata e apontam para os RNAs intrônicos como potenciais novos marcadores de câncer / Prostate cancer is the fifth most common type of cancer in the world, and the most common in men. Clinical and anatomo-pathological factors currently used in clinic are not able to distinguish between the indolent and the aggressive disease. There is a major need of new prognostic makers in order to improve the clinical management of prostate cancer patients. Apart from abnormalities in protein-coding genes, changes in non-coding RNAs (ncRNAs) contribute to the pathogenesis of cancer and thus represent another potential source of prostate cancer biomarkers. However, few studies of expression profiles of ncRNAs have been published. This project aimed to identify expression profiles of protein-coding and non-coding genes correlated to prostate cancer biochemical recurrence. For this, we analyzed the expression profile of 42 prostate cancer samples from patients undergoing radical prostatectomy, with long follow-up (five years), and know disease outcome. We used a custom microarray designed by us and printed by Agilent, that probes 18,709 long (>500 nt) ncRNAs mapping to intronic regions within 5,660 genomic loci. The expression data were extracted from each array and normalized across all 42 samples. Using a multiple random sampling validation strategy, we identified an expression profile of poor prognosis, comprising 51 ncRNAs. The prognostic profile of ncRNAs was applied to an independent test set of 22 patients, correctly classifying 82% of the samples. A Kaplan-Meier analysis of the test set of patients indicated that the survival curves of high and low risk groups were significantly different (Log-rank test p = 0.0009, Hazard ratio = 23.4, 95% CI = 3.62 to 151.2) thus confirming that this classifier is useful for identifying patients at high risk of recurrence. Furthermore, these findings indicate a potential role of these intronic non-coding RNAs in the progression of prostate tumors and points to the intronic ncRNAs as potential new markers of cancer.
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Caracterização funcional do módulo miR156/SlSBP6c no desenvolvimento do tomateiro (Solanum lycopersicum L.) / Functional characterization of the module miR156/SlSBP6c in tomato development (Solanum lycopersicum L.)

Felipe Herminio Oliveira Souza 07 December 2018 (has links)
A genética molecular permite o entendimento dos mecanismos que regulam o desenvolvimento dos órgãos vegetais em resposta a fatores bióticos e abióticos. A regulação de vias gênicas é de fundamental importância no sucesso reprodutivo, evolutivo e econômico dos vegetais. Uma das modalidades de regulação é a pós transcricional através de microRNAs (miRNAs). Tratam-se de pequenos RNAs endógenos não codantes que possuem uma complementaridade quase perfeita em plantas. Em plantas, muitos genes-alvos de miRNA codificam-se para fatores de transcrição, como os genes SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like (SPL/SBP). O microRNA156, conservado entre as Angiospermas, regula diversos fatores de transcrição da família SBP. O módulo miR156/SBP, denominado via da idade (AGE), atua ao longo do ciclo de vida dos vegetais regulando as transições de fase: juvenil-adulta e vegetativa-reprodutiva. O tomateiro, Solanum lycopersicum L., possui genes SlSBPs regulados pelo miR156 e com funcionalidade não esclarecida. Dentre aqueles, o gene SlSBP6c (Solyc12g038520) se destaca por possuir maior similaridade filogenética com SPL6s/SBP6s de solanáceas do que seus genes homólogos SlSBP6a e SlSBP6b o que sugere a hipótese de um possível ganho de função. Com o intuito de testar essa hipótese, o presente trabalho objetivou caracterizar funcionalmente o gene SlSBP6c. Para tanto, utilizou-se o genótipo 35S::rSlSBP6c, planta transformada de tomateiro cultivar Micro-Tom (MT) que super-expressa a versão resistente ao miR156 do gene SlSBP6, fusionada ao promotor viral 35S. Este material vegetal foi gerado pelo laboratório de Genética Molecular do Desenvolvimento Vegetal e cedido para execução desta pesquisa. O trabalho se desenvolveu em duas etapas: caracterização molecular e morfo-fisiológica. Primeiramente, os genes SlSBP6a, SlSBP6b e SlSBP6c de tomateiro foram analizados quanto a sua expressão ao longo do desenvolvimento em folhas e inflorescência. E, posteriormente, foram analisados a complexidade foliar, o tempo de florescimento, a transição do meristema vegetativo para o reprodutivo, o teor relativo de clorofila e a fotossíntese líquida. Os resultados obtidos demonstram que os genes SlSBP6a e SlSBP6c são semelhantes no padrão de expressão gênica na homologia das protéinas que o codificam, indicando similaridade funcional. A de-regulação do gene SlSBP6c leva ao aumento a complexidade foliar, o teor relativo de clorofila e a fotossíntese líquida. O atraso na transição do meristema vegetativo para o reprodutivo se evidencia por um florescimento tardio nas plantas que super-expressam o gene SlSBP6c. Os resultados demonstram que o gene SlSBP6c exerce funcionalidade no tomateiro atuando na transição de fase vegetativo-reprodutivo. / Molecular genetics allows the understanding of the mechanisms that regulate the development of plant organs in response to biotic and abiotic factors. The regulation of gene pathways is of fundamental importance in the reproductive, evolutionary and economic success of the plants. Research has been increasing the knowledge about post-transcriptional regulation through microRNAs (miRNAs). The miRNAs are small non-coding endogenous RNAs that have almost perfect complementarity in plants. Many miRNA target genes in plants are encoded by transcription factors, such as the SQUAMOSA PROMOTER-BINDING PROTEIN-LIKE (SPL / SBP) genes. MicroRNA156 is conserved among Angiosperms and regulates several transcription factors of the SBP family. The miR156 / SBP module, called the age pathway (AGE), acts throughout the life cycle of plants regulating phase transitions juvenile-adult and vegetative-reproductive. The tomato, Solanum lycopersicum L., has newly described and unintelligently regulated miR156 regulated SlSBPs. Among these, the gene SlSBP6c (Solyc12g038520) stands out for having greater phylogenetic similarity with solanaceous SBP6s than its homologous genes SlSBP6a and SlSBP6b, indicating a possible gain of function related to characteristics of this family of plants as fleshy fruits and composite leaves. In order to test this hypothesis the work aimed to characterize the SlSBP6c gene functionally. Using as a tool the 35S::rSlSBP6c genotype, transformed tomato plant micro-Tom (MT) that over-expresses the miR156 resistant version of the SlSBP6 gene, fused to the 35S viral promoter. The Laboratory of Molecular Genetics of Plant Development generated this plant material. The work was developed in two stages: molecular and morpho-physiological characterization. In the first the genes SlSBP6a, SlSBP6b and SlSBP6c of tomato were analyzed for their expression throughout the development in leaves and inflorescence. In the second, the leaf complexity, the flowering time, the transition from vegetative to the reproductive meristem, the relative chlorophyll content and the net photosynthesis were evaluated. The results obtained demonstrate that the SlSBP6a and SlSBP6c genes are very similar in the pattern of gene expression in the homology of the coding proteins, indicating a functional similarity. The SlSBP6c gene acts to increase leaf complexity, relative chlorophyll content and liquid photosynthesis. A late flowering in plants that overexpress the SlSBP6c gene evidences the delay in the transition from the vegetative to the reproductive meristem. The data set demonstrates that the SlSBP6c gene has important functionality in tomatoes acting on vegetative-reproductive phase transition.
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A Ópera de Demofoonte em Trácia: tradução e adaptação de Demofoonte, de Metastásio, atribuídas a Cláudio Manuel da Costa, Glauceste Satúrnio / Demofonte\'s opera: translation and adaptation of Demofonte, by Metastasio, attributed the Claúdio Manuel da Costa, Glauceste Satúrnio

Esteves, Suely Maria Perucci 05 October 2007 (has links)
Esta dissertação apresenta a tradução do libreto da Ópera de Demofoonte em Tracia, de autoria do abade italiano Pietro Metastasio, feita supostamente por Cláudio Manuel da Costa. O trabalho faz as transcrições paleográfica e crítica do apógrafo existente no Arquivo de Música da Arquidiocese de Mariana. Na transcrição paleográfica, apresentamos o texto com fidelidade, para que o leitor possa ter conhecimento de como foi escrito e das interferências feitas a partir do original italiano. Na transcrição crítica, fizemos algumas correções, na tentativa de estabelecimento do texto definitivo. Para contextualização, destacamos algumas referências sobre as peças apresentadas em Portugal que, por sua vez, tiveram como modelos obras espanholas, italianas e francesas. Como imitação do que ocorria na Metrópole, esses modelos foram adotados em Vila Rica, capital da Capitania das Minas Gerais, que viveu o apogeu do descobrimento e da exploração aurífera até a 1ª metade do século XVIII, tornando-se centro de poder político, econômico e intelectual. As representações teatrais eram apreciadas pelos letrados, nos seus espaços de convivência, e também pelos demais habitantes, nos espaços públicos, quando se promoviam festas das quais pudessem participar. / The essay publishes the translation supposedly made by Claúdio Manuel da Costa, the Luso- Brazilian poet (1729 - 1789), of Demofonte\'s opera libretto composed by the Italian poet Pietro Metastasio (1698-1782). It makes the paleographic and critic transcriptions of the existent apograph in Mariana Archdiocese\'s music archives. In the paleographic transcription, the text is exactly reproduced, in order to show to the reader the way it was written and the translator\'s interferences in the Italian original text. In the critic transcription, some corrections were made, in an attempt of establishing a definitive version. The essay makes some references about theatre and plays in 18th century Portugal, which, by their turn, had Spanish, Italian and French works as models. As an emulation of what was being played in Portugal, the theatric models were adopted in Vila Rica, the Minas Gerais captaincy capital, that lived the apogee of the gold exploitation until the first half of the 18th Century, becoming the center of political, economic and intellectual colonial power. Theatric representations were enjoyed by the literate people, in their acquaintanceship spaces, and also by other inhabitants in public spaces, when public parties and events were promoted.

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