Orientador: Marcos Silveira Buckeridge / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T21:23:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Brandao_AndreaDias_D.pdf: 9019715 bytes, checksum: 89d92b9413ee5bda07f54d0245d9d040 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: A cana-de-açúcar pertence a família Poaceae e ao gênero Saccharum. Espécies pertencentes a essa família apresentam a via de fotossíntese C4, mais eficiente para a produção de biomassa quando comparadas com as plantas com metabolismo fotossintético C3 em condições de temperaturas elevadas. A cana-de-açúcar transformou-se em um importante potencial econômico e fonte de energia no mundo, devido a sua capacidade de estocar sacarose (cerca de 50% de seu peso seco) e produzir bioetanol. Nos últimos anos tornou-se alvo prioritário para diversos estudos através do melhoramento genético, biologia molecular, bioquímica e estudos fisiológicos. Os produtos provenientes da cana são amplamente utilizados pela população mundial e representam uma fonte alternativa para a geração de energia. O Brasil ocupa uma posição de destaque entre os países produtores de cana-de-açúcar (34% da produção mundial). Devido a sua origem interespecífica a cana possui um dos genomas mais complexos entre as espécies vegetais tornando-se um importante objeto de estudo para a obtenção de variedades produtivas e ou eficientes, melhor adaptadas às condições climáticas. A propagação clonal através do cultivo in vitro possibilita a obtenção mais rápida de indivíduos da espécie. A utilização de métodos de assepsia para a desinfestação e desinfecção sem causar danos aos tecidos que levam a morte da planta tornou-se um grande desafio para a obtenção de novas plântulas que permitam os estudos de biotecnologia. E o grande interesse em se estudar plantas de cana-de-açúcar se dá pelo acúmulo da sacarose, que ocorre na região do entrenó durante o desenvolvimento da planta. A genética clássica busca a melhora dessa característica, principalmente através do aumento da biomassa realizada pela fixação de carbono, no entanto, há um limitado aumento do conteúdo de sacarose. A giberelina é um fitormônio vegetal, largamente utilizada na agricultura e desempenha uma variedade de funções fisiológicas em plantas. O GA3 produzido industrialmente tem sido aplicado para estimular o crescimento da cana-de-açúcar, para auxiliar a germinação de cevada, na produção de frutas e verduras, entre outras. As giberelinas são extremamente ativas na indução do alongamento do caule. Estudos mostram que a aplicação de GAs provoca aumento no tamanho da célula e no número de células, indicando que as GAs atuam tanto no alongamento da célula como na divisão celular, o que potencializa um aumento na produtividade de sacarose. Já o paclobutrazol (PBZ) atua inibindo a biossíntese de giberelinas. Ele bloqueia a biossíntese de GA, pois interfere nos primeiros passos da rota de oxidação do caureno, impedindo a formação das GAs, e por isso funciona como um controle negativo dos mecanismos de ação das giberelinas. Tanto a presença do paclobutrazol quanto da GA3 induzem alterações da expressão de genes específicos e a ativação de vias de sinalização que agem cooperativamente na tentativa de aliviar o efeito do estresse na tentativa de estabelecer o retorno à homeostasia celular. Nosso maior objetivo nesse estudo é tentar identificar o mecanismo de ação das GAs, para permitir uma melhor compreensão das alterações tanto morfológicas e fisiológicas sofrida pelas plântulas. Para isso em nossos estudos foram selecionados genes que pudessem apresentar relação com metabolismo de carboidratos, com respostas hormonais, com metabolismo de ácidos nucleícos, com a fotossíntese, com o desenvolvimento, com divisão celular, com metabolismo de proteínas, além de diversos fatores de transcrição que possam estar envolvidos nesses processos, baseados em resultados do metabolismo de carboidratos encontrados nas analises bioquímicas das plântulas, assim como nos cortes anatômicos. O resultados mostraram interferência do GA3 no acúmulo de carboidratos, no alongamento celular, em genes relacionados com a via de transdução de sinal das AUX, biossíntese de AUX, GA, além de genes e fatores de transcrição relacionados com o ciclo celular, fotossíntese, fixação de carbono e diversos estresses, entre eles o osmótico. / Abstract: The sugarcane belongs to the grasses's family and the Saccharum genus. Species belonging to this family have the C4 photosynthesis patway, more efficient for biomass production when compared the C3 photosynthetic metabolism plants, in high temperature condicions. The sugarcane became an important economic potential and energy in the world due to its ability to store sucrose (about 50% of its dry weight) and production of bioethanol. In recent years it has become priority for several studies through breeding, molecular biology, biochemistry and physiological studies. Products from sugarcane is widely used by the world's population and represent an alternative source for energy generation. Brazil occupies an outstanding position among the countries producing sugarcane (34% of world production). Because of its interspecific origin, the sugarcane has one of the more complex genomes of plant species became an important object of study for plant breeding and productive or efficient, better adapted to climatic conditions. The clonal propagation through in vitro possible to obtain faster plants copies. The use of aseptic methods for disinfestation and disinfection without causing tissue damage leading to death of the plant has become a major challenge for the procurement of new seedlings to allow the biotechnology study. And the great interest in studying sugarcane plant is caused by the accumulation of sucrose, which occurs in the internode region during the plant development. Classical genetics search to improve this feature, mainly by increasing the biomass held by sequestration, however, there is a limited increase in sucrose content. The gibberellin is a plant phytohormone widely used in the agriculture and plays a variety of physiological functions in the plants. The sintetic GA3 has been applied to stimulate the sugarcane growth, to assist the germination of barley, the production of fruits and vegetables, among others. The gibberellins are extremely active in inducing the elongation of the stem. Studies show that the application of GAs causes an increase in cell size and cell number, indicating that GAs act both in cell elongation and cell division, which leverage an increase in sucrose yield. Since the PBZ acts by inhibiting the biosynthesis of gibberellins. It blocks the biosynthesis of GA, because it interferes in the first steps of the kaurene oxidation patway, preventing the GAs formation, and therefore acts as a negative control mechanisms of action of gibberellins. Both the presence of paclobutrazol and the GA3 induced changes in gene expression and activation of specific signaling pathways that act cooperatively in trying to alleviate the effect of stress in trying to establish a return to cellular homeostasis. Our objectivity in this study is to try to identify the mechanism of action of GAs to allow a understanding of both morphological and physiological changes experienced by seedlings. To do this in our studies we selected genes that could present relationship with carbohydrate metabolism, hormonal responses, with the metabolism of nucleic acids, through photosynthesis, with the development, with cell division, with protein metabolism, and several transcription factors that may be involved in these processes, based on results of the metabolism of carbohydrates found in the biochemical analysis of the seedlings, as well as in anatomical cuts. The results showed interference of GA3 in the accumulation of carbohydrates in cell elongation in genes related to the route of signal transduction of AUX, AUX biosynthesis, GA, in addition to genes and transcription factors related to cell cycle, photosynthesis, fixing carbon and many stresses, including the osmotic. / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

O câncer de mama é a doença maligna mais comum e a principal causa de morte entre as mulheres. Sua complexa etiologia envolve múltiplos fatores de risco, a maioria deles relacionada aos níveis cumulativos de exposição da mama aos estrógenos. A maioria de suas ações é mediada pela ligação a seus receptores ER e ER que são fatores de transcrição. Outro fator que exerce um controle extraordinário no comportamento celular, regulando a transcrição gênica e influenciando diversos processos biológicos, e que, quando alterado, é associado ao processo de tumorigênese da mama é a matriz extracelular. A laminina, um dos principais componentes da matriz extracelular, interage com as células através das integrinas e está relacionada ao fenótipo maligno, atuando na adesão, migração, proliferação, diferenciação e sobrevivência celular. Nosso grupo identificou diversos genes diferencialmente expressos em células de câncer de mama ER+ na presença ou ausência de uma monocamada de laminina utilizando a técnica DDRT-PCR. Dois dos genes identificados, DDEF2 e PHLDA1, estão associados à adesão; DDEF2 envolvido na sinalização das integrinas e PHLDA1 relacionado com apoptose por perda de adesão. Nosso objetivo foi investigar os efeitos do 17-estradiol e da laminina na regulação da expressão dos genes DDEF2 e PHLDA1 nas linhagens celulares MCF-7, MDA-MB-231 e posteriormente S30, utilizando a técnica RT-PCR em tempo real. O gene PHLDA1 foi induzido pelo E2 via ER nas células MCF-7 e pela laminina nas células S30, e o gene DDEF2 foi reprimido pelo E2 e induzido pela laminina nas células S30 / The breast cancer is the most common malignant disease and the leading cause of death among women. Its complex etiology involves multiple risk factors, most of them related to the levels of cumulative breast exposure to estrogen. Most of its actions is mediated by binding to its receptor ER and ER that are transcription factors. Another factor that has a tremendous control in cell behavior, regulating the gene transcription and influencing various biological processes, which when altered, is attached to the process of tumorigênese of the breast is the extracellular matrix (ECM). The laminin, one of the main components of the ECM, interacts with the cells through integrins and is related to the malignant phenotype, acting in adhesion, migration, proliferation, differentiation and cell survival. Our group identified several genes diferentialy expressed in breast cancer cells ER + in the presence or absence of a laminin monolayer using the technique DDRT-PCR. Two of the genes identified, DDEF2 and PHLDA1, are associated with adhesion; DDEF2 is involved in the integrins signaling and PHLDA1 is related with apoptosis by loss of adhesion. Our goal was to investigate the effects of 17-estradiol and laminin in regulating the expression of the genes DDEF2 and PHLDA1 in MCF-7, MDA-MB-231 and later S30 cell lines, using the real time RT-PCR technique. The gene PHLDA1 was induced by E2 via ER in MCF-7 cells and the laminin in S30 cells, and the gene DDEF2 was suppressed by E2 and induced by laminin in S30 cells

O câncer de mama em mulheres jovens (idade igual ou abaixo de 35 anos) apresenta-se de forma mais avançada ao diagnóstico, possuindo grau histopatológico menos diferenciado. Além disso, as pacientes apresentam maior taxa de mortalidade e menor sobrevida livre de doença quando comparadas às pacientes menopausadas. Dentre os cânceres de mama em mulheres jovens, apenas 8 a 10% dos casos familiais estão relacionados a mutações nos genes BRCA1 e BRCA2 e esta frequência nos casos esporádicos é ainda menor (3- 10%). Assim, os fatores relacionados à desregulação oncogênica em mulheres jovens com ou sem antecedentes familiares que apresentam testes genéticos negativos para essas mutações não estão suficientemente esclarecidos. Tais evidências sugerem que o câncer em mulheres muito jovens apresenta características biológicas especificas. Considerando que a expressão gênica é regulada em múltiplos níveis, alguns estudos recentes tem referido a importância dos microRNAs neste processo tanto na degradação de RNAs mensageiros como na repressão da tradução. A análise da expressão dos microRNAs em câncer de mama tem revelado perfis característicos de determinados níveis de progressão da doença. No presente trabalho, nosso objetivo foi determinar o perfil de expressão de microRNAs em tumores de mama de mulheres jovens (idade igual ou abaixo de 35 anos) não-portadoras de mutações nos genes BRCA1/2. As pacientes foram subdivididas em 2 grupos [familial (n=8) e não-familial (n=20)] e, em seguida, os dados de expressão foram comparados aos obtidos em amostras normais de mamoplastia. A quantificação da expressão dos microRNAs foi realizada pela reação de RT-PCR em tempo real, utilizando o sistema TaqMan microRNA Assay. As análises estatísticas mostraram 246 miRNAs de expressão diferencial entre os 3 grupos (normal, familial e não-familial) sendo que, destes, encontramos 137 miRNAs diferencialmente expressos entre os grupos familial e normal; 44 miRNAs entre os grupos não-familial e normal e 4 miRNAs entre os grupos familial e não-familial. Nossos dados demonstram que os tumores do grupo de pacientes familiais quando comparados aos normais apresentam um perfil de miRNAs globalmente reduzido. O perfil de expressão de miRNAs no grupo de pacientes com câncer de mama esporádico é pouco distinto do grupo com história familial. Muitos dos miRNAs com expressão reduzida estavam envolvidos, de acordo com a literatura, numa sinalização comum relacionada a mecanismos de proliferação, apoptose e invasão celular. Os 4 miRNAs identificados como diferencialmente expressos entre os grupos familial e nãofamilial embora relacionados com outros tipos de cancer precisam de uma melhor caracterização em cancer de mama / A rise in the incidence of breast cancer among young adult women (with age 35) was observed in recent decades. Breast cancer incidence in young woman has been correlated to poor survival and aggressive features. Due to different type of breast cancers in young woman, 8- 10% with familial history appears with mutation in BRCA1/2 genes, and similar proportion occurs in cases without familial history (3- 10%). However, early onset breast cancer patients with or without familial history, non carriers of BRCA1/BRCA2 mutations is not well elucidated. The deregulation by microRNAs has recently emerged as a major determinant of tumorigenesis. Because miRNAs function by targeting functionally important protein-conding genes, it is of outstanding interest to identify miRNAs involved in the molecular mechanism underlying aggressiveness in tumors of young patients that might represent biomarkers and therapeutic targets. This evidence suggests that breast cancer in young woman has specific biological characteristics. Understanding the patterns of miRNAs expression that potentially alter the regulation of key breast cancer genes we could give a better treatment to these patients. Thirty-two patients were selected: 8 with familial history of breast and ovarian suggestive of hereditary condition according to NCCN criteria and 20 without familial history. Patients of both groups were of non carriers of BRCA1/BRCA2 mutations. The determination of microRNA expression network between those 2 groups was performed by TaqMan microRNA Assay (Applied Biosystems) using as control 3 normal mamoplastia samples from wealthy young women. Data were normalized using endogenous miRNA presented in each array. Statistical comparisons were done using ANOVA and Student T test with adjusted FDR (5%). It was found that 246 miRNAs were differently expressed between the 3 groups. From the comparison of familial group against normal group it was found 137 miRNAs differently expressed. In the comparison between non familial and normal group it was found 44 miRNAs differently expressed. Finally the comparison between familial group and non familial group it was found 4 miRNAs differently expressed. Among these miRNAs are some which was well characterized in breast cancer with down-regulation such as: miR-125b, miR-126 and miR-100. Our findings suggested that tumors from familial or sporadic cases presented discrete differences of microRNA expression patterns. A global downregulation of 137 miRNAs in tumors from familial group of patients when compared to normal group was observed. Based on the literature, most of these miRNAs are related to mechanisms of proliferation, cells migration and apoptosis. To our knowledge, this is the first evidence of miRNA expression in tumors of early onset Breast Cancer patients, non carries BRCA1/2 mutation, providing insights that may lead to the detection of new conducts of treatment

MSc (Microbiology) / Department of Microbiology

PhD (Microbiology) / Department of Microbiology / High genetic diversity is a major contributory factor in the development of drug resistance, in addition to challenges in diagnosis and treatment monitoring in the therapeutics of human immunodeficiency virus (HIV) .Within the wide HIV-1 diversity, differences in mutational frequency, disease progression, drug response and transmission amongst HIV-1 subtypes have been shown. In spite HIV-1 subtype C (HIV-1C) being the most prevalent variant globally, none of the available drugs nor screening assays for inhibitory molecules have been developed targeting the genetics of this important subtype. This study therefore aimed to overexpress and biophysically characterize HIV-1C reverse transcriptase and protease to serve as reagents in the development of assays for routine screening of molecules inhibitory to HIV-1C. Heterologous expression of HIV-1C reverse transcriptase and protease isolates that are prevalent in South Africa was carried out in Escherichia coli (E. coli (BL21-DE3). The secondary and tertiary structures of the proteins were determined using, circular dichroism (CD) and fluorescence spectroscopy respectively. Thereafter, interaction studies to delineate interaction properties of natural products for possible inhibition of protease were conducted. Furthermore, in silico studies to determine binding interactions, further confirmed by in vitro binding assays of a pepsin inhibitor homolog (Bm-33) from Brugia malayi , against protease were also conducted. Expressed reverse transcriptase and protease from the globally prevalent HIV-1C were shown to be structurally and functionally intact for application in downstream HIV-1 inhibition assays. Interaction studies on the other hand revealed successful inhibition of the expressed HIV-1C PR with gallotanin. Furthermore, binding interactions of Bm-33 and HIV-1 PR revealed the first intermolecular interactions of the two molecules displaying possible inhibition of HIV-1 PR / NRF

No description available.

Ribosomal transcription produces RNAs essential for the structure and function of the ribosomes. The up-regulation of this transcription during growth is known to address the increased needs of the cell for proteins and thus for ribosomes. However, the mechanisms involved in this regulation are not well characterized. Our laboratory was the first to demonstrate a direct link between growth and ribosomal transcription. Stimulation of mammalian cells with serum or EGF causes an immediate increase in ribosomal RNA synthesis. This activation is dependant on the ERK pathway and on the phosphorylation of the architectural factor UBF by ERK. However, the increase of transcription resulting from this stimulation is not correlated with an increase in RNA polymerase I loading on the ribosomal genes but is rather explained by a higher elongation rate of the polymerase. We also showed that UBF blocks elongation when it is not phosphorylated and is permissive to it when it is phosphorylated by ERK. These results argue against the actual model suggesting that regulation occurs only at initiation level and demonstrate for the first time the existence of a regulation at the elongation level. Theoretically, ribosomal transcription could also be regulated at the level of gene activation since more than half of the ribosomal genes are silenced at ail times. According to the current view, DNA methylation is involved in the silencing process, but we have found that, at least in human cells, it is only important to silence a certain portion of the ribosomal genes. Loss of methylation following genetic inactivation of both DNA methyltransferase 1 and 3b in human colorectal carcinoma cell line results in a decrease in both ribosomal transcription and proliferation rates and in defects in ribosomal RNA processing and nucleolar structure. Moreover, loss of DNA methylation leads to an ingression of RNA polymerase II in the ribosomal locus thus probably causing the problems observed in these cells. We suggest that both DNA methylation and regulation of the elongation rates are essential mechanisms to maintain a high density of RNA polymerase I elongating complexes on the ribosomal genes in order to exclude RNA polymerase II and ensure an efficient ribosome biogenesis. / La transcription ribosomale synthétise les ARN qui sont au coeur de la fonction et de la structure des ribosomes. L'augmentation de cette transcription en condition de croissance est connue et répond aux besoins accrus de la cellule en protéines et donc en ribosomes. Toutefois, les mécanismes impliqués dans cette régulation étaient inconnus. Notre laboratoire a montré l'existence d'un lien direct entre la croissance et la transcription ribosomale. Nous avons montré que la stimulation de cellules de mammifères par le facteur EGF ou l'ajout de sérum cause une augmentation rapide de la transcription ribosomale. Cette activation est dépendante de la voie ERK qui cible le facteur architectural UBF. Nous avons aussi montré que cette stimulation n'entraîne pas de recrutement massif d'ARN polymérases 1 aux gènes ribosomaux, et ce malgré l'augmentation de la synthèse d'ARN ribosomaux. Par contre, la vitesse d'élongation de la polymérase explique quantitativement cette augmentation et celle-ci est régulée par l'état de phosphorylation d'UBF par ERK. Ces résultats remettent en question le modèle actuel de régulation unique au niveau de l'initiation des transcrits et démontrent pour la première fois l'existence d'une régulation au niveau de l'élongation. La proportion élevée de gènes ribosomaux silencieux suggère que ceux-ci puissent être activés et constituer un troisième niveau de régulation de la transcription ribosomale. La méthylation de l'ADN est suggérée comme étant importante pour l'établissement et le maintien de ces gènes dans un état silencieux. Or, nous avons montré que la méthylation de l'ADN explique l'état silencieux d'une partie et non de la totalité de ces gènes dans des cellules humaines en culture. De plus, nous avons montré que la perte de méthylation, suite à l'inactivation génique de DNMTl et 3b, entraîne une diminution de la transcription ribosomale et de la vitesse de prolifération ainsi que des défauts dans la transformation de TARN précurseur et dans la structure nucléolaire. De plus, la perte de méthylation entraîne une incursion de TARN polymérase II dans le locus ribosomal ce qui cause vraisemblablement les problèmes observés. Nous suggérons que la méthylation de l'ADN et la régulation de l'élongation des transcrits sont des mécanismes essentiels pour le maintien d'une forte densité de complexes en élongation sur les gènes ribosomaux de façon à exclure TARN polymérase II pour ainsi assurer une biogenèse efficace des ribosomes.

Para obter resultados rápidos e confiáveis que permitam o monitoramento da segurança microbiológica de alimentos, seja pela indústria ou pelos órgãos de fiscalização, diversos métodos alternativos têm sido desenvolvidos para a detecção e quantificação de Salmonella. Os propósitos do estudo foram avaliar a viabilidade de emprego do QIAamp® DNA Stool Mini Kit para extração e purificação de DNA de Salmonella; validar ensaios baseados em PCR-tempo real (PCR-RT) para quantificar o DNA de Salmonella empregando ttr ou tuf e desenvolver um ensaio para quantificar Salmonella baseado na transcriptase reversa-PCR-tempo real (RT-PCR-RT). Para avaliação do QIAamp® DNA Stool Mini Kit empregaram-se fezes coletadas diretamente do reto de animais infectados ou não, sendo estas últimas artificialmente contaminadas e submetidas à extração segundo protocolo do fabricante. As amostras de DNA isoladas foram quantificadas empregando um ensaio Salmonella-específico PCR-RT utilizando como alvo o lócus ttr. O mesmo ensaio foi utilizado para células de Salmonella provenientes de meio de cultura. O ensaio PCR-RT baseado no alvo tuf foi validado empregando-se primeiramente cepas de diferentes sorotipos de Salmonella e de outras Enterobacteriaceae. A seguir sua eficiência foi avaliada para alimentos-modelo (ave e suíno) artificialmente contaminadas com elevada (≈ 6 log UFC/mL) e baixa (≈ 2 log UFC/mL) população de Salmonella Typhimurium DT 104. A validação do método quantitativo de Salmonella por RT-PCR-RT foi realizada primeiramente com células em meio de cultura e posteriormente nos mesmos alimentos-modelo utilizados para PCR-RT. Em ambos os métodos, alíquotas dos alimentos-modelo foram mantidas a 20 ºC e a 8 ºC, sendo examinadas em diferentes tempos pós-inoculação. Como controle empregou-se a enumeração de microrganismos mesófilos totais e de Salmonella por técnicas convencionais. A taxa de recuperação de Salmonella em fezes suínas artificialmente inoculadas, após tratamento com QIAamp® DNA Stool Kit, variou entre 25% a 50%, dependendo da quantidade inicial de células. Empregando o DNA extraído e submetendo-o à PCR-RT para o ttr obteve-se limite de detecção de 2,8 log UFC eq/g de fezes; método que foi menos sensível que o convencional. A quantificação de Salmonella por PCR-RT empregando tuf apresentou limite de detecção menor que 1 log UFC eq. Os resultados obtidos com este método, empregando-se células em meio de cultura ou alimentos-modelo, foram, de maneira geral, ligeiramente inferiores aos do método convencional. A eficiência de amplificação para PCR-RT e tuf foi de 94%. O método RT-PCR-RT apresentou limite de detecção semelhante ao obtido com o ttr (2 log UFC eq) e sua eficiência de amplificação foi de 100%. Observou-se que tuf é expresso na fase logarítmica de multiplicação bacteriana, o que o torna um bom indicador da viabilidade de Salmonella. / In order to get fast and trustworthy results that allow monitoring the microbiological food safety either by industries or governmental agencies, diverse alternative methods have been developed for Salmonella detection and quantification. The purposes of this study were to evaluate the viability of the use of QIAamp® DNA Stool Mini Kit for Salmonella DNA extraction and purification; to validate assays based on real time-PCR (PCR-RT) to quantify Salmonella DNA by using ttr or tuf, and to develop an assay to quantify Salmonella based on reverse transcriptase- PCR-real time (RT-PCR-RT). For QIAamp® DNA Stool Mini Kit evaluation feces taken directly from the rectum of infected or health animals were used, with the former being artificially contaminated. Samples were submitted to DNA extraction, according to manufacturers protocol. The isolated DNA were quantified using a Salmonella-specific PCR-RT targeting the ttr locus. The same assay was used for Salmonella cells originated from culture medium. The PCR-RT assay with tuf as target was first validated employing different Salmonella serovars and other Enterobacteriaceae strains. After, its efficiency was evaluated on food-models (chicken and swine) spiked with high (≈ 6 log CFU/mL) and low (≈ 2 log CFU/mL) Salmonella Typhimurium DT 104 populations. The validation of the quantitative RT-PCR-RT method was first conducted with cells grown in culture medium, and then in the same food-model used for PCR-RT. For both methods aliquots of foodmodels were maintained at 20 ºC and 8 ºC being evaluated at different incubation times. Enumeration of total mesophilic microorganisms and Salmonella based on conventional methods were used as controls. The DNA recovery rate in swine feces artificially inoculated, after QIAamp® DNA Stool Mini Kit treatment, was between 25% to 50% depending the initial amount of cells. Using the extracted DNA and submitting it to PCR-RT for ttr a detection level of 2,8 CFU eq/g of feces was obtained. This method showed lower sensitivity than the conventional. Salmonella quantification by PCR-RT employing tuf showed a detection level lower than 1 log CFU eq. The results obtained with this method and cells suspended in culture medium or in food-model systems were, in general slightly lower that those obtained with the conventional method. The efficiency of amplification for PCR-RT tuf was 94%. Detection limit of RT-PCR-RT was similar to that of ttr (2 log CFU eq) and efficiency of amplification was 100%. tuf was expressed in logarithmic phase of bacteria growth curve showing that it is a good viability indicator for Salmonella.

Para avaliar os benefícios da comunicação rápida ao clínico do diagnóstico de vírus respiratórios, foi analisado a viabilidade econômica de 2 testes, com o tempo de entrega de resultado em 2 horas para teste rápido e 48 horas para Biologia Molecular. As amostras coletadas foram processadas utilizando técnicas convencionais e os testes disponíveis no mercado local. Foram escolhidos dois testes rápidos pelo método de imunocromatografia para quatro parâmetros analíticos: Influenza A, Influenza H1N1, Influenza B e Vírus Sincicial Respiratório (RSV) e em Biologia Molecular um teste de RT-PCR multiplex com 25 patógenos entre vírus e bactérias. O tipo de amostra utilizada foi swab e lavado de nasofaringe. A população escolhida para o estudo foi paciente adulto, em tratamento de câncer, que necessita de uma resposta rápida já que a maioria se encontra com comprometimento do sistema imune por doença ou por tratamento. O estudo foi transversal, realizado entre os anos de 2012 e 2013, para avaliar a viabilidade econômica da introdução de testes de diagnóstico da infecção respiratória aguda de etiologia viral a partir de amostras de nasofaringe em pacientes com câncer atendidos no Centro de Atendimento de Oncologia Intercorrência (CAIO ), do Instituto do Câncer do Estado de São Paulo (ICESP), hospital público que atende exclusivamente Sistema Único de Saúde (SUS) e Hospital A.C. Camargo, que atende tanto a pacientes do SUS como da rede privada. O estudo incluiu 152 pacientes em tratamento para qualquer tipo de câncer, predominantemente do sexo feminino (81 mulheres e 70 homens) com idades entre 18-86 anos. Para participar do estudo o paciente era consultado e o critério para escolha do paciente foi ser portador de câncer, com história de febre (ainda que referida) acompanhada de tosse ou dor de garganta, tosse e sintomas respiratórios agudos, atendidos por protocolo padronizado que inclui avaliação na admissão, seguimento e manejo antimicrobiano. Para a avaliação econômica os pacientes foram classificados de acordo com o estado geral de saúde, se apresentavam bom estado de estado de saúde poderiam receber alta e faziam uso da medicação em casa evitando 5 dias de internação se recebessem algum resultado para Influenza ou RSV, no entanto os pacientes que apresentavam outro vírus, resultado negativo ou o estado geral era ruim permaneciam internados por 7 dias em observação e cuidados com medicação adequada. Foram realizadas análises econômicas em dois âmbitos: o sistema de saúde publico e o privado considerando o fator diminuição de dias de internação. A analise de Custo-benefício foi eficiente no Sistema privado mas inadequada para o SUS assim como, qualquer outra medida monetária já que os valores de reembolso do SUS estão defasados do custo de qualquer internação. A análise de Custo-efetividade que olha para outros fatores além do monetário foi efetiva nos dois sistemas que enfrentam falta de leitos além da condição de saúde do paciente de evitar a ingestão desnecessária de antibióticos, evitar os gastos do acompanhante, perda de dias de trabalho e estudo. Não houve correspondência de resultados dos testes rápidos com o multiplex de Biologia Molecular / To evaluate the benefits of the rapid communication of the respiratory viruses\' diagnosis to the doctor, the economic feasibility of two tests was analyzed, with the result delivery time within 2-hours for the rapid test and 48 hours for Molecular Biology. The samples were processed using conventional techniques and the available tests in the local market. Two rapid tests were selected by the immunochromatography method for four analytical parameters: Influenza A, Influenza A H1N1, Influenza B, and Respiratory Syncytial Virus (RSV) and in Molecular Biology a multiplex RT-PCR assay with 25 pathogens between viruses and bacteria. The type of sample used was swab and nasopharyngeal wash. The population chosen for the study was of adult patients undergoing cancer treatment, which requires a rapid response since most have a compromised immune system due to the disease or treatment. The study, conducted between 2012 and 2013, was cross-sectional to evaluate the economic feasibility of introducing diagnostic tests for acute respiratory infection of viral etiology from nasopharyngeal samples of patients with cancer attended at the Oncology Intercurrence Care Center (CAIO), at the Cancer Institute of the São Paulo State (ICESP), at public hospital that attends exclusively the Unified Health System (SUS) and at AC Camargo hospital, which attends SUS patients as well as the private health system. The study included 152 patients undergoing treatment for any type of cancer, predominantly female (81 women and 70 men) between 18 and 86 years. To participate in the study, the patients were consulted and the criteria for choosing a patient was to be a cancer patient with a history of fever (even if referred) accompanied by cough or sore throat, coughing and acute respiratory symptoms, attended by standardized protocol that includes an evaluation at the admission, tracking and antimicrobial management. For the economic evaluation, patients were classified according to the general health condition. If they were in a good health condition, they could receive medical discharge and make use of the medication at home avoiding five days of hospitalization when receiving a result for influenza or RSV. However, the patients with other viruses, negative results or with bad general condition remained hospitalized for seven days under observation and care with proper medication. Economic analyzes were carried out in two areas: the public health system and private health system considering the factor decreased length of hospital stay. The cost-benefit analysis was efficient in the private system but inadequate for the NHS as well as any other monetary measure since the SUS reimbursement values are too low when compared to the cost of any other hospital. The cost-effectiveness analysis that looks at other factors besides money was effective in both systems that were facing lack of beds in addition to the health condition of the patient to avoid unnecessary intake of antibiotics, avoid the costs of the accompanying person, loss of working and study days. There were no results correspondences of the rapid tests with the Molecular Biology multiplex

A incidência de doença respiratória pelo vírus sincicial respiratório humano (VSRH) avaliada em uma coorte de recém-nascidos, entre dezembro/2002 a setembro/2005, foi de 9,84/1000 criança-mês.Um total de 316 amostras de lavado de nasofaringe, foram processadas por três diferentes técnicas (isolamento viral, imunofluorescência direta e PCR) para detecção de vírus respiratório sincicial humano (VSRH). Destas, 36 (11,4%) foram positivas para o VSRH. A PCR foi à técnica mais sensível, sendo positiva em 35 (11,1%) das amostras, seguido da imunofluorescência direta (25/316, 7,9%) e isolamento viral (20/315, 6,3%) (p < 0,001). Os dados do presente estudo sugerem que o conceito de isolamento viral como "padrão ouro" no diagnóstico do VSRH seja revisto. / The incidence of respiratory illnesses caused by the human respiratory syncytial virus (HRSV) in a cohort of neonates between December 2002 and September 2005 was 9.84/1000 children/month. A total of 316 samples of nasopharyngeal lavage were processed using three different techniques (viral isolation, direct immunofluorescence and PCR) to detect the human respiratory syncytial virus (HRSV). Of these, 36 (11.4%) were positive for HRSV. PCR was the most sensitive technique. It was positive in 35 (11.1%) of the samples, followed by direct immunofluorescence (25/316, 7.9%) and viral isolation (20/315, 6.3%) (p < 0.001). The findings of this study suggest that the view that viral isolation is the "gold standard" for diagnosis of HRSV should be reconsidered.