O presente estudo realizou o sequenciamento de nova geração do vírus da hepatite C genótipo 1, incluindo os subtipos 1a (n=51) e 1b (n=49), e identificou variantes associadas com resistência (RAV) aos antivirais de ação direta em pacientes sem tratamento prévio. No subtipo 1a, foram encontradas RAV para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B em 10%, 22% e 8% dos pacientes, respectivamente. RAV detectadas foram: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) e R155K (2%) na protease NS3-4A; Q30H (4%), H58P (10%) e Q30H/R+Y93C/H/N (8%) na região NS5A; e A421V (8%) na polimerase NS5B. As frequências das RAV para o subtipo 1b foram 12%, 53% e 31% para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B, respectivamente. Foram encontradas as RAV F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) e M175L (2%) na região NS3-4A; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) e A92T+Y93H (2%) na região NS5A e, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) e S556G (9%) na polimerase. Utilizando esta metodologia, um recombinante inter-subtipo 1a/1b foi identificado. / This study performed the next-generation sequencing of the hepatitis C virus genotype 1, including subtypes 1a (n = 51) and 1b (n = 49), and identified resistance-associated variants (RAVs) to direct-acting antivirals in previously untreated patients. In subtype 1a, RAVs were found for NS3-4A, NS5A, and NS5B regions in 10%, 22% and 8% of patients, respectively. RAVs detected were: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) and R155K (2%) in NS3-4A protease; Q30H (4%), H58P (10%) and Q30H/R+Y93C/H/N (8%) in NS5A region; and A421V (8%) in NS5B polymerase. Frequencies of RAV for subtype 1b were 12%, 53% and 31% for NS3-4A, NS5A and NS5B regions, respectively. RAVs F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) and M175L (2%) were found in NS3-4a region; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) and A92T+Y93H (2%) in NS5A region and, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) and S556G (9%) in polymerase. By using this methodology, a recombinant inter-subtype 1a/1b was identified.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:55:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Kerlita Kyarely Goncalves.pdf: 1802020 bytes, checksum: c89e713a3c5e49161a0f905b69790e4a (MD5) Previous issue date: 2005-02-03 / Hepatitis C (HCV) is considered to be an important problem of public health, affecting millions of people all over the world; it is the most frequent cause of a chronic evolution resulting in grave and long term consequences. Prisoners are currently considered to be an important group of risk for diseases like Hepatitis C due to the conditions of confinement, social margination, drug dependence, low social-economic level, and precarious conditions of medical assistance in the prison atmosphere. The objective of this study was to identify the prevalence of Hepatitis C among the male population of a prison complex in the State of Goiás (Brazil) to try to detect any relation between the prison atmosphere and social factors which may contribute to the risk behavior of such a population. During the period of February to September of 2004, a universe of 270 inmates answered a questionnaire, soliciting social-economic and behavioral information; they then passed through examinations for the detection of anti-HCV antibodies. The prison population sampled in the correctional facilty of Goias was composed principally of white detainees, ranging in age from 21 to 30 years of age, in legal or common-law marriages, who studied up to the fourth grade and earned an average of one minimum salary (<US$100.00) per month before prison. Of the tested prisoners, 14,8% were positive for anti-HCV antibodies; 17,5% of these presented co-infection HCV-HIV. The statistically significant risk factors observed were: age equal to or greater than 31 years of age; the use of drugs, either injected or not; tattoos; sexual relations with a drug user and the occurrence of sexually transmitted diseases. These results suggest the importance of establishment a continuous health programs to make possible measures of control and prevention of HCV infection in the prison atmosphere. / A hepatite C (HCV) é considerada um importante problema de saúde pública, afetando milhões de pessoas em todo o mundo; é a causa mais freqüente de evolução crônica resultando em graves seqüelas a longo prazo. Na atualidade, os detentos são considerados um importante grupo de risco para doenças como a hepatite C, devido às condições de confinamento, marginalização social, dependência de drogas, baixo nível sócio-econômico e precárias condições de assistência médica nesse ambiente. Este estudo teve por objetivo identificar a prevalência de hepatite C na população masculina de detentos em regime fechado de um complexo prisional de Goiás, buscando detectar a relação entre o ambiente prisional e fatores sociais que possam contribuir para o comportamento de risco de tal população. No período de fevereiro a setembro de 2004, um universo de 270 detentos, responderam uma ficha cadastro/formulário contendo informações sócio-econômicas e comportamentais; depois eles passaram por exames para a detecção de anticorpos anti-HCV. A população carcerária da Agência Prisional de Goiás se caracteriza, principalmente, por detentos brancos variando em idade de 21 a 30 anos, casados/amasiados, que estudaram por até 4 anos e recebiam antes da prisão em média 1 salário mínimo mensalmente. Foi encontrada uma prevalência de 14,8% de detentos com anticorpos anti-HCV e 17,5% destes apresentaram coinfecção HCV-HIV. Os fatores de risco estatisticamente significantes observados foram: a idade maior ou igual a 31 anos; o uso de drogas, injetáveis ou não; tatuagem; prática de sexo com usuário(a) de drogas e a ocorrência de doenças sexualmente transmissíveis. Esses resultados sugerem a importância do estabelecimento de programas de saúde contínuos a fim de possibilitar medidas de controle e prevenção dessa infecção no ambiente prisional.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-04-14Bitstream added on 2014-06-13T18:31:21Z : No. of bitstreams: 1 yamasaki_lht_me_sjrp.pdf: 6194517 bytes, checksum: 350d37acd1e46ef2885eecc1354a317c (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A infecção pelo vírus da Hepatite C (HCV) é considerada um grande problema de saúde pública, desde a sua descoberta em 1989. Entretanto a terapia mais utilizada atualmente, baseada no uso de Peginterferon, tem sucesso em aproximadamente 50% dos pacientes com o genótipo 1. Embora os mecanismos envolvidos nesta resistência viral ainda não sejam esclarecidos, sugere-se que fatores virais e do hospedeiro participam deste. A proteína não-estrutural 5A (NS5A) está envolvida em diversos processos celulares e é um componente essencial para o HCV. Entretanto, sua estrutura e função ainda não foram bem elucidadas. A partir destes fatos, os objetivos do presente estudo foram elaborar um modelo teórico da NS5A e investigar as propriedades estruturais e funcionais in silico. Foram analisadas 345 sequências da proteína NS5A do HCV de 23 pacientes infectados com o genótipo 1 ou 3. As composições de aminoácidos e de estrutura secundária demonstraram que há diferença entre os genótipos, podendo indicar que há diferenças nas interações proteína-proteína entre os genótipos, o que pode estar relacionado com a diferença da taxa de resistência ao tratamento. A análise funcional foi realizada com o ProtFun, que sugeriu que a NS5A estaria envolvida nas funções celulares de metabolismo intermediário central, tradução, crescimento, tranporte, ligação e hormônio. Estas funções variaram entre os domínios, suportando a hipótese de que a NS5A é uma proteína multifuncional. A análise pelo PROSITE indicou vários sítios de glicosilação, fosforilação e miristoilação, que são altamente conservados e podem ter função importante na estabilização da estrutura e função, sendo assim possíveis alvos de novos antivirais. Alguns deles estão em regiões relacionadas com a resposta ao tratamento. Outro... / Hepatitis C virus (HCV) infects almost 3% of people worldwide and it is considered the main cause of liver chronic diseases and transplants. Until today, there is no effective vaccine and the current most used therapy, based on Peginterferon, is successful only in 50% of patients infected by genotype 1. Although the outcomes of this treatment resistance are unclear, it is suggested host and virus factors may participate in this mechanism. Non-structural 5A (NS5A) protein is involved in several cellular and virus processes and it is a critical component of HCV. However, its structure and function are still uncertain. Regarding these facts, the present study attachments were to elaborate a model of the NS5A protein and to investigate NS5A structural and functional features, using in silico tools. It was analyzed 345 sequences of HCV NS5A protein from 23 patients infected by genotypes 1 or 3. Residues and secondary structure composition of all sequences demonstrated that there are differences between genotypes. It may indicate that there are differences in interactions between genotypes, which could be related with the distinct average of treatment resistance. In addition, among those that varied between genotypes, there were amino acids in regions that studies suggested as related with virus persistence. Functional analysis was performed with ProtFun. It suggested that NS5A is involved with central intermediary metabolism, translation, growth, transport, ligation and hormone functions in the cell. These functions vary between the domains, strengthening the hypothesis that NS5A is a multifunctional protein. Prosite motif search indicated that there are many glicosilation, fosforilation and myristoilation sites, which are highly conserved and may play an important role in structural stabilization and... (Complete abstract click electronic access below)

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Schistosomiasis is a parasitic disease, severe, chronic waterborne and development, whose etiologic agent is Schistosoma mansoni. It occurs in 74 countries with 207 million people infected and 700 million in risky areas. In Brazil, data indicate a prevalence of eight million. The Schistosomiasis can be exacerbated when patients are carriers of the Hepatitis B Virus (HBV) and C (HCV), resulting in simultaneous evolution of both pathologies. In Brazil, the prevalence of co-infection with HBV/HCV and S. mansoni found in studies ranged from 13.6% to 40% for HBV and 0.5% to 19.66% for the HCV. On this basis, this research aimed to identify the prevalence of serological markers of HBV and HCV and risky factors in individuals carrying the S. mansoni in the Santa Maria neighborhood, Aracaju, state of Sergipe. We conducted a cross-sectional epidemiological study. Data were collected for each patient by means of a questionnaire investigation. This questionnaire included variables identifying the subject of the research participants and variables that included the epidemiological risky factors for infection with HBV or HCV. We collected serum samples of research participants and forwarded to the laboratory testing to identify serological markers of hepatitis B and C: Total Anti-HBc IgG, Anti-HBs, HBsAg and Anti-HCV. All procedures performed using the technique of chemiluminescence immunoassay using the ARCHITECT assay for each serological marker following the protocols established by the laboratory equipment manufacturer SYSTEM ARCHITECT. In addition, we carried out the analysis of spatial distribution of co-infection in the district through the program using the TerraView Kernel intensity estimation. It was found that 16 individuals had contact with HBV (9.41%), one of these was positive for HBsAg. Only Thirty-two samples (18.82%) were positive for the marker Anti-HBs. Three samples were positive for anti-HCV (1.76%), and also a positive for Anti-HBc. The main risks of HBV and HCV infection were related to parenteral interventions of health services, as well as sexual activity without condom use in the case of HBV. Spatial analysis of cases of co-infection (Schistosomiasis and Hepatitis) allowed the visualization of areas of higher concentration of these infections, as well as those that are exposed to different degrees of risk of transmission. The survey results allow to offer, the municipal health services, a tool to facilitate the understanding of the spatial distribution of schistosomiasis and hepatitis (B and C) in Santa Maria neighborhood. Although our values are above the estimated prevalence for the Brazilian population and the Northeast, we can t infer that the individuals with Schistosomiasis are more susceptible to infection with HBV or HCV, since the risky factors were the means of risky transmission of causative agents of hepatitis and not infected with S. mansoni. / A Esquistossomose Mansônica é uma doença parasitária grave, de veiculação hídrica e evolução crônica, cujo agente etiológico é o Schistosoma mansoni. Ocorre em 74 países, com 207 milhões de pessoas infectadas e 700 milhões em áreas de risco. No Brasil, dados indicam uma prevalência de oito milhões. A Esquistossomose pode ser agravada quando os pacientes são portadores dos Vírus das Hepatites B (VHB) e C (VHC), resultando na evolução simultânea de ambas as patologias. No Brasil, As prevalências da co-infecção VHB/VHC e S. mansoni encontradas nos estudos realizados variaram de 13,6% a 40% para o HBV e de 0,5% a 19,66% para o HCV. Com base nisso, esta pesquisa objetivou identificar a prevalência de marcadores sorológicos do VHB e VHC e os fatores de risco em indivíduos portadores do S. mansoni no Bairro Santa Maria, Aracaju/SE. Foi realizado um estudo epidemiológico do tipo transversal. Coletaram-se dados de cada paciente por meio de um questionário investigativo. Este questionário contemplou variáveis de identificação do sujeito participante da pesquisa e variáveis epidemiológicas que incluíram os fatores de risco para infecção pelo HBV ou HCV. Foram coletadas alíquotas de soro dos participantes da pesquisa e encaminhadas para a realização das análises laboratoriais para identificação de marcadores sorológicos dos Vírus das Hepatites B e C: Anti-HBc Total IgG, Anti-HBs, HBsAg e Anti-HCV. Todos os procedimentos realizados utilizaram a técnica de Imunoensaio Quimioluminescente através do Ensaio ARCHITECT para cada marcador sorológico seguindo os protocolos de análises laboratoriais estabelecidos pelo fabricante do equipamento ARCHITECT SYSTEM. Além disso, realizou-se a análise espacial da distribuição da co-infecção no bairro através do programa TerraView utilizando o estimador de intensidade Kernel. Constatou-se que 16 indivíduos tiveram contato com o HBV (9,41%), desses um foi positivo para HBsAg. Apenas Trinta e duas amostras (18,82%) foram positivas para o marcador Anti-HBs. Três amostras foram positivas para Anti-HCV (1,76%), sendo uma também positiva para Anti-HBc. Os principais riscos de infecção pelo HBV e HCV foram relacionados às intervenções parenterais dos serviços de saúde, assim como à atividade sexual sem uso de preservativo, no caso do HBV. A análise espacial dos casos de co-infecção (Esquistossomose e Hepatite) permitiu a visualização de áreas de maior concentração dessas infecções, assim como as que são expostas a diferentes graus de risco de transmissão. Os resultados da pesquisa possibilitam oferecer, aos serviços municipais de saúde, um instrumento que facilite a compreensão da distribuição espacial da Esquistossomose e Hepatites (B e C) no bairro Santa Maria. Embora nossos valores sejam acima da prevalência estimada para a população brasileira e da região nordeste, não podemos inferir que os indivíduos portadores da Esquistossomose são mais susceptíveis à infecção pelo HBV ou HCV, uma vez que, os fatores de risco foram as vias de risco de transmissão de agentes causadores de hepatite e não a infecção pelo S. mansoni.

O presente estudo realizou o sequenciamento de nova geração do vírus da hepatite C genótipo 1, incluindo os subtipos 1a (n=51) e 1b (n=49), e identificou variantes associadas com resistência (RAV) aos antivirais de ação direta em pacientes sem tratamento prévio. No subtipo 1a, foram encontradas RAV para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B em 10%, 22% e 8% dos pacientes, respectivamente. RAV detectadas foram: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) e R155K (2%) na protease NS3-4A; Q30H (4%), H58P (10%) e Q30H/R+Y93C/H/N (8%) na região NS5A; e A421V (8%) na polimerase NS5B. As frequências das RAV para o subtipo 1b foram 12%, 53% e 31% para as regiões NS3-4A, NS5A e NS5B, respectivamente. Foram encontradas as RAV F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) e M175L (2%) na região NS3-4A; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) e A92T+Y93H (2%) na região NS5A e, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) e S556G (9%) na polimerase. Utilizando esta metodologia, um recombinante inter-subtipo 1a/1b foi identificado. / This study performed the next-generation sequencing of the hepatitis C virus genotype 1, including subtypes 1a (n = 51) and 1b (n = 49), and identified resistance-associated variants (RAVs) to direct-acting antivirals in previously untreated patients. In subtype 1a, RAVs were found for NS3-4A, NS5A, and NS5B regions in 10%, 22% and 8% of patients, respectively. RAVs detected were: T54S (2%), V55A (2%), Q80K (4%) and R155K (2%) in NS3-4A protease; Q30H (4%), H58P (10%) and Q30H/R+Y93C/H/N (8%) in NS5A region; and A421V (8%) in NS5B polymerase. Frequencies of RAV for subtype 1b were 12%, 53% and 31% for NS3-4A, NS5A and NS5B regions, respectively. RAVs F43I (2%), T54S (4%), Q80H (2%), D168E (2%) and M175L (2%) were found in NS3-4a region; L28M (2%), R30Q (2%), L31M (2%), Q54H (27%), A92T (2%), Y93H (4%), Q54H+A92T (6%), Q54H+Y93H (6%) and A92T+Y93H (2%) in NS5A region and, L159F (2%), C316N (4%), A421V (7%), L159F+C316N (9%) and S556G (9%) in polymerase. By using this methodology, a recombinant inter-subtype 1a/1b was identified.

A doença hepática crônica causada pelo vírus da hepatite C (HCV) tornou-se, nos últimos anos, uma das principais comorbidades dos pacientes portadores do vírus da imunodeficiência humana (HIV) nos países desenvolvidos. Os pacientes coinfectados com HIV/HCV apresentam uma progressão mais rápida para a cirrose e as suas complicações que os pacientes monoinfectados com HCV. Embora os mecanismos responsáveis por esta evolução não estejam totalmente esclarecidos, a expressão da molécula de HLA-G, um HLA de classe Ib não clássico, que tem propriedades bem reconhecidas na regulação negativa da resposta imune, pode estar relacionada à progressão da doença hepática. Os objetivos deste trabalho foram analisar o perfil de expressão de HLA-G em tecido hepático de pacientes coinfectados HIV/HCV e identificar possíveis variáveis do hospedeiro, do HCV e do HIV que possam estar relacionadas com a expressão de HLA-G na biópsia hepática. Para isso, 57 amostras de biópsia hepática de pacientes coinfectados com HIV/HCV, nas quais a imuno-histoquímica para HLA-G foi realizada, foram analisadas retrospectivamente quanto à expressão desta molécula no tecido hepático. Avaliaram-se também outras características histopatológicas da biópsia como grau de fibrose, atividade inflamatória, deposição de ferro e gordura. Determinou-se o polimorfismo de inserção ou deleção de 14 pares de bases da região 3` não traduzida do exon 8 do gene do HLA-G, que está relacionada com a produção de RNA-mensageiro, em 43 destes pacientes, além do polimorfismo de IL-28B, relacionado com a resposta ao tratamento do HCV, em 44 deles. Características bioquímicas e virológicas, tanto do HIV quanto do HCV também foram avaliadas. O genótipo 1 do HCV foi o mais prevalente (87,75%), especialmente o subgenótipo 1a (60%). A expressão do HLA-G foi observada em 38 (66,7%) amostras de fígado, e foi mais frequente em estágios moderados e severos de fibrose do que em estágios mais leves (94,1% x 55%, P < 0,01). Não houve relação entre a expressão do HLA-G e os outros parâmetros estudados. Embora a progressão para a cirrose no contexto da coinfecção por HIV/ HCV seja um processo complexo, modulado por muitos factores, a associação da intensidade de fibrose com a expressão do HLA-G pode indicar que a expressão desta proteína desempenha um importante papel nos mecanismos que contribuem para a progressão da doença, por meio da regulação negativa da resposta imune contra o HCV na coinfecção pelo HIV. / Chronic liver disease induced by hepatitis C virus (HCV) infection has recently become one of the most common comorbidities in patients who are infected with the human immunodeficiency virus (HIV) in developed countries. HIV/HCV coinfected patients show faster progression to cirrhosis and its complications than the HCV monoinfected patients. Even though the responsible mechanisms for this evolution have not been entirely clarified yet, the expression of the HLA-G molecule, a HLA from the non-classic Ib class, with well-known properties of negatively regulating the immune response, may be related to the liver disease progression. The aims of the present work were to analyze the HLA-G expression profile in the liver micro ambience of HIV/HCV coinfected patients and to identify possible host factors, HIV or HCV, that may be related to the HLA-G expression on the liver biopsy. For this purpose, 57 liver biopsies of HIV/HCV coinfect patients, in which immunohistochemistry for HLA-G had been performed, were retrospectively analyzed according the HLA-G expression on the hepatic tissue. Other histopathological features in the liver biopsies, such as fibrosis degree, inflammatory activity, iron deposition and fat were also evaluated. The polymorphism of insertion or deletion in 14-base pairs of the 3`non-translated region of exon 8 of the HLA-G gene, which is related to the production of HLA-G messenger RNA, was evaluated in 43 of the patients. Also, the polymorphism of IL-28B, related to the response to HCV treatment, was evaluated in 44 of them. Biochemical and virological features of HIV and HCV were also evaluated. The HCV genotype 1 was the most prevalent (87.75%), especially the subgenotype 1a (60%). The expression of HLA-G was observed in 38 (66.7%) samples of the liver biopsies, and it was most frequent in moderate and severe stages of fibrosis than in the mild stages (94.1% x 55%, P < 0.01). There was no established relationship between HLA-G and other parameters studied. Although the progression to cirrhosis in the context of HIV/HCV coinfection is a complex process modulated by many factors, the association of HLA-G expression with the intensity of the liver fibrosis may indicate the protein expression play an important role in the mechanisms that contribute to the progression of the disease, through the negative regulation of the immune response against HCV setting of a coinfection with HIV.

Introdução: A hepatite C é um grande problema de saúde pública e sua prevalência global está estimada em torno de 3%. O risco de transmissão do VHC via fluído seminal é muito discutida tanto na área de reprodução assistida como em estudos sobre o fator de risco da hepatite C ser ou não uma DST. Foram investigados e analisados 23 pacientes sabidamente infectados pelo VHC. Objetivos: 1.Estabelecer uma técnica para detectar a ausência ou presença do vírus da Hepatite C no sêmen de pacientes infectados; 2.Comparar técnicas de manuseio das amostras de sêmen, procurando diminuir a quantidade de inibidores presentes nas amostras; 3.Comparar técnicas de PCR e detecção do vírus da Hepatite C nas amostras de sêmen, procurando aumentar a sensibilidade dos testes. Métodos: Na primeira fase do estudo foram recrutados 20 pacientes (13 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas com o auxílio do Percoll 90% e 45%. Foi analisada a presença do HCVRNA em soro pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo. Se positivas, as amostras de sangue foram genotipadas e as amostras de sêmen foram extraídas, pelo mesmo método, e a PCR executada. Na segunda fase do estudo 23 pacientes foram selecionados, sendo alguns reconvocados da primeira fase (20 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas através de diluições seriadas. Foi analisada a presença do HCV-RNA em soro e sêmen pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo e por PCR em Tempo-real. Os dados epidemiológicos e os genótipos foram analisados, assim como os resultados da detecção do soro. Sêmen e frações realizadas pelas 2 (duas) técnicas de processamento estabelecidas foram comparados e analisados. Resultados: Dos 23 pacientes selecionados, a média de idade foi de 40,7 anos, com mediana de 45 anos. O tempo médio de descoberta da infecção pelo VHC foi de 7,15 anos. Dez pacientes (37,1%) não possuíam epidemiologia aparente, oito pacientes (29,6%) adquiriram a infecção pelo VHC através da utilização de drogas injetáveis e/ou inalatórias; seis (22,2%) por transfusão sanguínea; dois (7,4%) apresentaram histórico de transfusão sanguínea e uso de drogas e um (3,7%) relatou ser profissional da saúde. O genótipo 3a foi encontrado em 40,7% dos pacientes, seguido pelo 1a com 26%, 1b com 14,8%, 2b em 11,1% e 1a/1b em 7,4%. Das amostras processadas pelo Percoll, 86,5% apresentaram resultados inibidos, enquanto que nas amostras processadas pela diluição seriada e amplificadas através do PCR convencional, apenas 25,62% das amostras apresentou inibição, 65% não foram detectadas e 9,38% das amostras apresentou positividade. Nas amostras processadas pela diluição seriada na PCR em Tempo-real, 95% das amostras não foram detectadas e somente 5% apresentou positividade. Conclusão: Na tentativa de driblar os inibidores presentes nas amostras de sêmen, o procedimento de diluições seriadas mostrou maior eficácia quando comparado com o processamento através do gradiente descontínuo de concentração. Contudo, a grande quantidade de não detectados mostrou que a carga viral pode ter sido diluída, gerando a necessidade da utilização de técnicas mais sensíveis. Não foi observada diferença significativa entre os resultados da PCR convencional e Tempo-real. Porém o aumento na quantidade dos resultados negativos pode ser conseqüência da ausência de um controle interno nas reações da PCR em Tempo-real. / Introduction: Hepatitis C vírus is a huge problem for public health, and its global prevalence is estimated around 3%. Its transmission by seminal fluid is still in discussion in several fields, such as assisted reproduction and in studies about risk factors, whether the hepatitis C virus is an STD (sexually transmitted disease) or not. Twenty-three patients were investigated. Objectives: 1.Establish a technique to detect the presence or absence of the HCV in semen from chronically infected patients; 2.Compare semen samples handling techniques, in order to decrease the amount of inhibitors on the samples; 3.Compare different PCR and detection techniques for the HCV in semen samples, in order to increase the sensibility of the test. Methods: On the first phase 20 patients were selected (13 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed with the help of Percoll® 90% and 45%. The presence of the RNA-HCV were analyzed in serum with Amplicor Roche method, qualitative test. When positive, the serum samples were genotyped and the semen samples were extracted, by the same method, and the PCR was done. On the second phase 23 patients were selected, some of them were old patients from the first phase (20 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed through a dilution series. The presence of HCV-RNA was analised by Amplicor Roche, qualitative test and by PCR in Real-time. The epidemiological data and genotypes were analised. Resultados: From the 23 patients selected the mean age was 40,7 years, mean 45 years. The mean time of Discovery was 7,15 years. Ten patients (37,1%) didn´t present any apparent epidemiology, eight patients (29,6%) contracted HCV through injection and inhalatory drug use; six patients (22,2%) through blood transfusion; two patients (7,4%) had history of drug use and blood transfusion and one patient (3,7%) who was a health professional. Genotype 3a was found in 40,7% of the patients, followed by 1a with 26% of the patients, 1b with 14,8%, 2b with 11,1% e 1a/1b in 7,4% of the patients. The samples processed with Percoll, 86,5% presented inhibited results. Whereas on the samples that were processed with dilution series and amplified on the conventional PCR only 25,62% presented inhibited results, 65% were undetected and 9,38% were positive. On the samples processed with dilution series on the Real-time PCR 95% were undetected and only 5% were positive. Conclusion: On the attempt of decreasing the amount of inhibitors found on the semen samples, the procedure of dilution series showed us more efficient results when compared to the Percoll procedure. However, the great amount of undetected showed that the viral load might have being diluted, leading us to the necessity of a more sensitive technique. There was no significant difference between the results of the conventional PCR and the Real-time. These increase on the undetected results may be a consequence of the absence of a internal control on the PCR reactions.

Nos últimos anos o tratamento da infecção crônica pelo HCV passou por importantes mudanças. Recentes avanços em biologia molecular proporcionaram o melhor conhecimento sobre a estrutura molecular do HCV e permitiram o desenvolvimento de moléculas que tem como alvo proteínas específicas integrantes do ciclo replicativo do vírus, denominados agentes antivirais de ação direta (DAAs). No Brasil, atualmente, os DAAs aprovados para o tratamento da Hepatite C são: Simeprevir (2ª geração de inibidor de protease), Daclatasvir (inibidor de NS5A) e o Sofosbuvir (inibidor análogo nucleotídeo de polimerase). A combinação dessas diferentes classes de DAAs permite maior eficácia no tratamento do HCV, reduz a duração do tratamento e o risco da emergência de resistência. Ao mesmo tempo em que o desenvolvimento de DAAs promete melhorar a chance de sucesso do tratamento dos pacientes crônicos infectados pelo HCV, a emergência de variantes associadas à resistência representa um grande desafio ao sucesso da terapia antiviral atualmente proposta e informações sobre a presença dessas mutações ainda são escassas. Este estudo tem como objetivo o mapeamento de variantes associadas à resistência (RAVs) primárias aos inibidores da polimerase (NS5B) do HCV em pacientes monoinfectados (HCV) e em pacientes coinfectados (HCV/HIV). Para tal, o rastreamento de substituições de aminoácidos foi realizado entre as posições 159 e 495 da proteína NS5B do HCV nas sequências de 244 pacientes infectados pelo HCV-1: 133 monoinfectados [1b (n=93); 1a (n=40)] e 111 coinfectados [1a (n=93); 1b (n=18)]. A ocorrência natural de RAVs nos resíduos S282, L320 e P495 não foi observada nas sequências analisadas neste estudo. As RAVs encontradas no grupo de monoinfectados foram: L159F (16,1% - 1b), C316N (16,3% - 1b) e A421V (21,4% - 1a; 3,2 - 1b) ; e no grupo de coinfectados foram: C316N (7,1% - 1b), V321A (1,6% - 1a), M414V (1,3% - 1a); A421V (23,7% - 1a; 6,3% - 1b), A421G (1,3% - 1a); Y448H (1,3% - 1a). Entre os pacientes monoinfectados, a região NS5B do HCV-1a apresentou menor número de variantes associadas à resistência (RAVs) quando comparada ao subtipo 1b, ao contrário do observado nos coinfectados. A variante C316N foi a única que ocorreu em combinação com outras variantes. Houve a ocorrência concomitante das variantes L159F e C316N em 8 pacientes monoinfectados pelo HCV-1b (8/56; 14,3%). Entre os coinfectados, foi observada a ocorrência concomitante das variantes C316N e A421V em apenas 1 paciente infectado pelo HCV-1b (1/14; 7,1%). A presença de RAVs foi detectada nas duas populações estudadas neste estudo. Contudo, outros estudos são necessários para que se possa avaliar o real impacto dessas mutacões na resposta ao tratamento / The treatment of chronic HCV infection has undergone important changes recently. Advances in molecular biology provided a better knowledge of the HCV molecular structure and allowed the development of molecules which target specific proteins that have important roles in the viral replicative cycle, known as direct action antiviral agents (DAAs). In Brazil, DAAs approved for treating hepatitis C are Simeprevir (2nd generation protease inhibitor), Daclatasvir (NS5A inhibitor) and sofosbuvir (nucleotide analogue NS5B polymerase inhibitor). The combination of these different DAAs classes leads to a greater efficacy in the treatment of HCV, reducing its duration and the risk of resistance associated variants (RAVs) emergence. DAAs increase the chance of successful treatment of HCV chronic infected patients. RAVs emergence represents a major challenge to the success of antiviral therapy. Nevertheless, data about the presence of these mutations are still scarce. The aim of this study was to verify the presence of primary RAVs associated to HCV polymerase inhibitors primary resistance in monoinfected (HCV) and coinfected (HCV / HIV) patients. For this purpose, amino acid substitutions identification was conducted between positions 159 and 495 of the HCV NS5B protein in the sequences of 244 patients with HCV-1: 133 monoinfected [1a (n=40); 1b (n=93)] and 111 coinfected [1a (n=93); 1b (n=18)]. Naturally occurring RAV in S282, L320 and P495 residues were not observed among the sequences analyzed in this study. RAVs found in monoinfected patients were L159F (16.1% - 1b), C316N (16.3% - 1b) and A421V (21.4% - 1a; 3.2% - 1b); while in co-infected group, the following RAVs were identified: C316N (7.1% - 1b), V321A (1.6% - 1a), M414V (1.3% - 1a); A421V (23.7% - 1a; 6.3% - 1b), A421G (1.3% - 1a); Y448H (1.3% - 1a). Among monoinfected patients, HCV-1a NS5B region showed fewer RAVs when compared to HCV-1b, conversely to what was observed in HIV coinfected patients. Variant C316N occurred in combination with other ones: there was the simultaneous occurrence of L159F and C316N variants 8/56 (14.3%) 8 HCV-1b monoinfected patients Among the coinfected patients, it was observed concomitant occurrence of C316N and A421V variant in only 1/14 (7.1%) HCV-1b infected patient. RAVs were detected in both HCV and HCV/HIV infected populations in this study. Further studies are required to assess the real impact of these changes in response to treatment

Introdução: Pacientes com infecção crônica pelo VHC e superinfecção pelo vírus da hepatite A (VHA) ou o vírus da hepatite B (VHB), têm maior morbi-mortalidade quando comparados com pacientes que apresentam infecção aguda somente pelo VHA ou VHB. A mortalidade associada à hepatite A aguda pode estar particularmente elevada em pacientes com pré-existência de hepatite crônica causada pelo VHC. Por esta razão, a imunização ativa com vacinas contra o VHA e o VHB vem a ser obrigatória nesta população, e consequentemente esta sorologia deve ser determinada. Objetivos: O objetivo deste trabalho foi avaliar a prevalência de marcadores sorológicos da hepatite A e hepatite B em 1.000 pacientes com infecção crônica pelo VHC atendidos no Ambulatório de Hepatites da Divisão de Gastroenterologia e Hepatologia Clínica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. Resultados: O anti-VHA IgG foi positivo em 923 de 1000 pacientes (92,3%). Quando estratificados por idade, o anti-VHA IgG foi encontrado em 61% dos pacientes entre 20 e 29 anos, 70% entre 30 e 39 anos, 85% entre 40 e 49 anos, 94% entre 50 e 59 anos e 99% nos pacientes com mais de 60 anos . O anti-HBc total foi positivo em 244 pacientes (24%). Estratificados por idade, em 4,3% dos pacientes entre 20 e 29 anos, 17% entre 30e 39 anos, 21% entre 40 e 49 anos, 24% entre 50 e 59 anos, e 28% dos pacientes com mais de 60 anos. Dos 244 pacientes anti-HBc IgG positivos, 0,8% são HBsAg positivo, 8,5% anti-HBc IgG isolado e 16% anti-HBs positivo. Conclusões: A prevalência de anti-VHA IgG nod nossos pacientes com hepatite C crônica foi semelhante à da população geral no município de São Paulo. No entanto, o anti-HBc totaI foi maior em nossos pacientes, quando comparada historicamente à população geral dos países ocidentais, sugerindo fatores de risco semelhantes para as hepatites B e C, o que enfatiza a importância dos programas de imunização nesta população / Background and Aims: Patients with chronic HCV and superinfection by hepatitis A virus (HAV) or hepatitis B virus (HBV) have higher morbidity and mortality when compared with those without HCV. For this reason, HAV and HBV active immunization has become mandatory in this population and hence their serological markers must be determined. The aim of this study was to evaluate the prevalence of serological markers of HAV and HBV infection in patients with chronic HCV. Methods: 1.000 chronic HCV infected patients at the University of Sao Paulo School of Medicine outpatient Liver Clinic were evaluated for the prevalence of serological markers of HAV and HBV infection. Results: Anti-HAV IgG was positive in 923 of 1000 patients (92.3%). When stratified by age, the anti-HAV IgG was found in 61% of patients between 20-29 years, 70% between 30-39 years, 85% between 40-49 years, 94% between 50-59 years, and 99% over 60 years of age. Anti-HBc IgG was positive in 244 patients (24%). Stratified by age, anti-HBc IgG was found in 4.3% of patients between 20-29 years, 17% between 30-39 years, 21% between 40 -49 years, 24% between 50-59 years, and 28% of patients over 60 years of age. Of the 244 anti-HBc IgG positive patients, 0.8% were also HBsAg positive, 8.5% were anti-HBc IgG isolated and 16% were also anti-HBs positive. Conclusions: The prevalence of anti-HAV IgG was similar to the general population in the city of São Paulo. However, anti-HBc IgG was higher in our chronic HCV patients, when compared historically to the general population of western countries, suggesting similar risk factors for HBV and HCV acquisition, so emphasizing the importance of immunization programs in this population. Keywords: Hepatitis C, Chronic; Hepatitis C; Hepacivirus, Prevalence; Hepatitis A; Hepatitis B Título: Prevalência de Marcadores Sorológicos das Hepatites A e B em Pacientes com Hepatite C Crônica atendidos no Ambulatório de Hepatites do Serviço de Gastroenterologia Clínica do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo - HCFMUSP Background and Aims: Patients with chronic HCV and superinfection by hepatitis A virus (HAV) or hepatitis B virus (HBV) have higher morbidity and mortality when compared with those without HCV. For this reason, HAV and HBV active immunization has become mandatory in this population and hence their serological markers must be determined. The aim of this study was to evaluate the prevalence of serological markers of HAV and HBV infection in patients with chronic HCV. Methods: 1.000 chronic HCV infected patients at the University of Sao Paulo School of Medicine outpatient Liver Clinic were evaluated for the prevalence of serological markers of HAV and HBV infection. Results: Anti-HAV IgG was positive in 923 of 1000 patients (92.3%). When stratified by age, the anti-HAV IgG was found in 61% of patients between 20-29 years, 70% between 30-39 years, 85% between 40-49 years, 94% between 50-59 years, and 99% over 60 years of age. Anti-HBc IgG was positive in 244 patients (24%). Stratified by age, anti-HBc IgG was found in 4.3% of patients between 20-29 years, 17% between 30-39 years, 21% between 40 -49 years, 24% between 50-59 years, and 28% of patients over 60 years of age. Of the 244 anti-HBc IgG positive patients, 0.8% were also HBsAg positive, 8.5% were anti-HBc IgG isolated and 16% were also anti-HBs positive. Conclusions: The prevalence of anti-HAV IgG was similar to the general population in the city of São Paulo. However, anti-HBc IgG was higher in our chronic HCV patients, when compared historically to the general population of western countries, suggesting similar risk factors for HBV and HCV acquisition, so emphasizing the importance of immunization programs in this population

Introdução: A hepatite C é um grande problema de saúde pública e sua prevalência global está estimada em torno de 3%. O risco de transmissão do VHC via fluído seminal é muito discutida tanto na área de reprodução assistida como em estudos sobre o fator de risco da hepatite C ser ou não uma DST. Foram investigados e analisados 23 pacientes sabidamente infectados pelo VHC. Objetivos: 1.Estabelecer uma técnica para detectar a ausência ou presença do vírus da Hepatite C no sêmen de pacientes infectados; 2.Comparar técnicas de manuseio das amostras de sêmen, procurando diminuir a quantidade de inibidores presentes nas amostras; 3.Comparar técnicas de PCR e detecção do vírus da Hepatite C nas amostras de sêmen, procurando aumentar a sensibilidade dos testes. Métodos: Na primeira fase do estudo foram recrutados 20 pacientes (13 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas com o auxílio do Percoll 90% e 45%. Foi analisada a presença do HCVRNA em soro pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo. Se positivas, as amostras de sangue foram genotipadas e as amostras de sêmen foram extraídas, pelo mesmo método, e a PCR executada. Na segunda fase do estudo 23 pacientes foram selecionados, sendo alguns reconvocados da primeira fase (20 preencheram os critérios de inclusão). Amostras de sêmen e soro foram coletadas. As amostras de sêmen foram processadas através de diluições seriadas. Foi analisada a presença do HCV-RNA em soro e sêmen pelo método Amplicor Roche, teste qualitativo e por PCR em Tempo-real. Os dados epidemiológicos e os genótipos foram analisados, assim como os resultados da detecção do soro. Sêmen e frações realizadas pelas 2 (duas) técnicas de processamento estabelecidas foram comparados e analisados. Resultados: Dos 23 pacientes selecionados, a média de idade foi de 40,7 anos, com mediana de 45 anos. O tempo médio de descoberta da infecção pelo VHC foi de 7,15 anos. Dez pacientes (37,1%) não possuíam epidemiologia aparente, oito pacientes (29,6%) adquiriram a infecção pelo VHC através da utilização de drogas injetáveis e/ou inalatórias; seis (22,2%) por transfusão sanguínea; dois (7,4%) apresentaram histórico de transfusão sanguínea e uso de drogas e um (3,7%) relatou ser profissional da saúde. O genótipo 3a foi encontrado em 40,7% dos pacientes, seguido pelo 1a com 26%, 1b com 14,8%, 2b em 11,1% e 1a/1b em 7,4%. Das amostras processadas pelo Percoll, 86,5% apresentaram resultados inibidos, enquanto que nas amostras processadas pela diluição seriada e amplificadas através do PCR convencional, apenas 25,62% das amostras apresentou inibição, 65% não foram detectadas e 9,38% das amostras apresentou positividade. Nas amostras processadas pela diluição seriada na PCR em Tempo-real, 95% das amostras não foram detectadas e somente 5% apresentou positividade. Conclusão: Na tentativa de driblar os inibidores presentes nas amostras de sêmen, o procedimento de diluições seriadas mostrou maior eficácia quando comparado com o processamento através do gradiente descontínuo de concentração. Contudo, a grande quantidade de não detectados mostrou que a carga viral pode ter sido diluída, gerando a necessidade da utilização de técnicas mais sensíveis. Não foi observada diferença significativa entre os resultados da PCR convencional e Tempo-real. Porém o aumento na quantidade dos resultados negativos pode ser conseqüência da ausência de um controle interno nas reações da PCR em Tempo-real. / Introduction: Hepatitis C vírus is a huge problem for public health, and its global prevalence is estimated around 3%. Its transmission by seminal fluid is still in discussion in several fields, such as assisted reproduction and in studies about risk factors, whether the hepatitis C virus is an STD (sexually transmitted disease) or not. Twenty-three patients were investigated. Objectives: 1.Establish a technique to detect the presence or absence of the HCV in semen from chronically infected patients; 2.Compare semen samples handling techniques, in order to decrease the amount of inhibitors on the samples; 3.Compare different PCR and detection techniques for the HCV in semen samples, in order to increase the sensibility of the test. Methods: On the first phase 20 patients were selected (13 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed with the help of Percoll® 90% and 45%. The presence of the RNA-HCV were analyzed in serum with Amplicor Roche method, qualitative test. When positive, the serum samples were genotyped and the semen samples were extracted, by the same method, and the PCR was done. On the second phase 23 patients were selected, some of them were old patients from the first phase (20 filled the inclusion criterion). Semen and serum samples were collected. The semen samples were processed through a dilution series. The presence of HCV-RNA was analised by Amplicor Roche, qualitative test and by PCR in Real-time. The epidemiological data and genotypes were analised. Resultados: From the 23 patients selected the mean age was 40,7 years, mean 45 years. The mean time of Discovery was 7,15 years. Ten patients (37,1%) didn´t present any apparent epidemiology, eight patients (29,6%) contracted HCV through injection and inhalatory drug use; six patients (22,2%) through blood transfusion; two patients (7,4%) had history of drug use and blood transfusion and one patient (3,7%) who was a health professional. Genotype 3a was found in 40,7% of the patients, followed by 1a with 26% of the patients, 1b with 14,8%, 2b with 11,1% e 1a/1b in 7,4% of the patients. The samples processed with Percoll, 86,5% presented inhibited results. Whereas on the samples that were processed with dilution series and amplified on the conventional PCR only 25,62% presented inhibited results, 65% were undetected and 9,38% were positive. On the samples processed with dilution series on the Real-time PCR 95% were undetected and only 5% were positive. Conclusion: On the attempt of decreasing the amount of inhibitors found on the semen samples, the procedure of dilution series showed us more efficient results when compared to the Percoll procedure. However, the great amount of undetected showed that the viral load might have being diluted, leading us to the necessity of a more sensitive technique. There was no significant difference between the results of the conventional PCR and the Real-time. These increase on the undetected results may be a consequence of the absence of a internal control on the PCR reactions.