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Metáforas e metonímias da felicidade: um estudo de língua e culturaRossetti, Morgana 16 August 2006 (has links)
Com o intuito de explicitar a relação entre metáfora e cultura, esta investigação aborda universalidade e variação na conceitualização metafórica e metonímica de felicidade. A análise é realizada a partir de dados coletados em entrevistas realizadas em Antônio Prado (RS) com 20 sujeitos ítalo-brasileiros e luso-brasileiros. Os resultados apontam tanto a universalidade quanto a variabilidade de conceitos metafóricos e metonímicos, revelando a forte ligação entre felicidade e aspectos culturais como família, trabalho e religião. A dimensão étnica não se mostrou significativa na variação, ficando encoberta pela dimensão social. / Aiming at specifying the relation between metaphor and culture, this investigation approaches universality and variation in the metaphorical and metonymyal conceptualization of happiness. The analysis is made from data collected in interviews hold in Antônio Prado (RS), with 20 italian-brazilian and portuguese-brazilian people. The results point to both universality and variability of metaphorical and metonymyal concepts, revealing a strong connection between happiness and cultural aspects like family, work, and religion. The study shows that the ethnical dimension is not outstanding in variation, and is covered up by social dimension.
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Teorema de Sturm : uma demonstração detalhada do teorema de Sturm com propriedades e aplicaçõesNADER, Fabiano Neves 19 August 2014 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-03-29T13:33:25Z
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Previous issue date: 2014-08-19 / This study aims to build the entire theoretical basis for the understanding and use of the Sturm theorem, which is a tool very well grounded to find the number of real roots of a polynomial with real coefficients. During the development of this study sought to illustrate with examples and applications in great detail so that students and teachers are able to understand and use this beautiful algorithm. / Este trabalho tem por finalidade construir toda a base teórica para a compreensão e utilização do Teorema de Sturm, que é uma ferramenta muito bem fundamentada para encontrar a quantidade de raízes reais de um polinômio com coeficientes reais. Durante o desenvolvimento desse estudo procurei ilustrar com exemplos e aplicações de forma bem detalhada para que alunos e professores tenham condições de entender e utilizar este belíssimo algoritmo.
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Dinâmica de energia, água e carbono em área de pastagem no semiárido pernambucanoSOUZA, Rodolfo Marcondes Silva 20 February 2014 (has links)
Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2017-05-22T15:16:43Z
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Previous issue date: 2014-02-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / With climate change scenarios indicating increase of air temperature, expected to reduce
water resources in many regions of the world, such as the semi-arid northeast, due to the
increasing emission of greenhouse gases, including dioxide (CO2), studies investigating
the relationship between flows of water, energy and CO2 in agricultural ecosystems are of
fundamental importance to understand the effect of climate change on agriculture. The
eddy covariance (EC) is a method that provides high temporal resolution measurements
of fluxes of energy, water and CO2 between the surface and the atmosphere and in recent
years has been considered the standard tool this type of study. Thus the present study
aimed to i) evaluate the seasonal variation of the flows of energy, water and carbon; ii)
verify the energy partitioning and water; iii) quantify the degree to which environmental
factors affect the daily and seasonal patterns of evapotranspiration iv) relate the flow of
CO2 with plant growth and v) determine the components of the water balance. Between
January 2012 and December 2013, flux measurements of sensible heat (H), latent heat (LE)
and carbon (FCO2) emissions were performed by the eddy covariance method in a pasture
in the semiarid region of Pernambuco. Besides these measures, the monitoring of rainfall
(P), the change in water storage (DA) and runoff (ES) to determine the water balance were
performed. Plant measurements and NDVI (Normalized Difference Vegetation Index) were
quantified for tracks changes in phenology and vegetation activity. Regression analyzes were
performed to assess the relationship between variables. P values in the two years of study
were lower than normal climatology of the region. The average air temperature in 2013
increased by 0.66 ◦C compared to 2012. It was observed that the fraction H/Rn increased
the wet to the dry season period and all years. H was superior to the LE, except for periods
of occurrence of significant events of P. The Priestley-Taylor’s constant (a) indicated that the
water storage in the soil affected the evapotranspiration (ET) during almost the whole time.
The majority of P was transferred to the atmosphere via ET, followed by runoff (ES), which
together totaled over 77% of P. The integration of carbon flow data indicated an average
absorption by the ecosystem equivalent to 2.15 Mg C ha−1 yr−1. / Com os cenários de mudanças climáticas apontando aumento da temperatura do ar, com previsão de redução dos recursos hídricos de várias regiões do mundo, a exemplo do semiárido nordestino, em decorrência do crescente aumento da emissão de gases de efeito estufa, dentre eles o dióxido de carbono (CO2), estudos que investiguem a relação entre os fluxos de água, energia e CO2 de ecossistemas agrícolas são de fundamental importância para se compreender o efeito das mudanças climáticas na agricultura. A covariância dos vórtices turbulentos (Eddy Covariance – EC) é um método que fornece alta resolução temporal de medições fluxos de energia, água e CO2 entre a superfície e a atmosfera e nos últimos anos tem sido considerado a ferramenta padrão desse tipo de estudo. Desse modo o presente trabalho teve como objetivos i) avaliar a variação sazonal dos fluxos de energia, água e carbono; ii) verificar o particionamento energia e água iii) quantificar o grau com que os fatores ambientais afetam os padrões diários e sazonais da evapotranspiração iv) relacionar o fluxo de CO2 com o crescimento vegetal e v) determinar os componentes do balanço hídrico. Entre janeiro de 2012 e dezembro de 2013, medidas de fluxos de calor sensível (H), calor latente (LE) e dióxido de carbono FCO2 foram realizados pelo método da
covariância de vórtices turbulentos em uma área de pastagem no semiárido de Pernambuco. Além dessas medidas, foram realizados os monitoramento da precipitação pluviométrica (P), da variação no armazenamento de água (DA) e do escoamento superficial (ES) para determinação do balanço hídrico. Medidas de planta e o NDVI (Índice de Vegetação por Diferença Normalizada) foram quantificados para acompanha as mudanças na fenologia e a atividade da vegetação. Análises de regressão foram realizadas para avaliar a relação entre as variáveis. Os valores de P nos dois anos de estudo foram inferiores a normal climatológica da região. A temperatura média do ar em 2013 aumentou 0,66 ◦C em comparação a 2012. Foi
observado que a fração H/Rn aumentou do período úmido para o período seco, e em todos os períodos H foi superior ao LE, com exceção dos períodos com ocorrência de significativos eventos de P. A constante de Priestley-Taylor (a) indicou que o armazenamento de água no solo controlou a evapotranspiração (ET) durante quase todo momento. A maior parte de P foi transferida para a atmosfera via ET, seguida do escoamento superficial (ES), que juntos somaram mais de 77% de P. A integração dos dados do fluxo de carbono indicou uma absorção média pelo ecossistema equivalente a 2,15 Mg C ha−1 ano−1.
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Avaliação genética para uniformidade de leitegada em suínos / Genetic evaluation for litter uniformity in pigsCamargo, Ederson Gomes 03 July 2017 (has links)
Submitted by MARCOS LEANDRO TEIXEIRA DE OLIVEIRA (marcosteixeira@ufv.br) on 2018-07-24T12:43:55Z
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Previous issue date: 2017-07-03 / A uniformidade da leitegada em suínos pode ser o fator de maior impacto econômico sobre a rentabilidade da suinocultura. O estudo sobre a uniformidade de leitegada ainda é um desafio, especialmente ao nascimento. Além disso, não existe um consenso sobre a melhor característica a ser utilizada para descrever a variabilidade dos dados em suínos. A importância do estudo dos parâmetros genéticos aliada às divergências existentes quanto aos critérios de seleção e estratégias a serem adotadas para aumento do tamanho e da uniformidade de leitegada em suínos motivaram a realização do presente estudo. Os objetivos foram estimar parâmetros genéticos e as tendências genéticas para tamanho e uniformidade de leitegada, comparar índices de seleção com diferentes critérios para o melhoramento genético de suínos para características de leitegada e estabelecer a melhor variável para a avaliação genética da uniformidade de leitegada em suínos. Foram estudadas as seguintes características: número de leitões nascidos vivos (NV), peso médio dos leitões dentro de leitegada ao nascer (PMLN); desvio padrão do peso dos leitões dentro de leitegada ao nascer (DPN); coeficiente de variação do peso dos leitões dentro de leitegada ao nascer (CVN); número de leitões desmamados (ND); peso médio dos leitões dentro de leitegada aos 21 dias (PML21); desvio padrão do peso dos leitões dentro de leitegada aos 21 dias (DP21); e coeficiente de variação do peso dos leitões dentro de leitegada aos 21 dias (CV21). As herdabilidades para as características NV, PMLN, DPN e CVN foram superiores às obtidas ao desmame e iguais a 0,0898±0,0446, 0,3079±0,0787, 0,0115±0,0407, 0,0692±0,0458, respectivamente. As correlações genéticas entre CVN e NV ou PMLN (0,6400±0,3409 e - 0,9267±0,2147, respectivamente) estiveram associadas a menores erros padrão quando comparadas às correlações entre DPN e as mesmas características (-0,0219±0,9562 e -0,0869±0,7463, respectivamente). O aumento do NV esteve acompanhado do aumento no PMLN e DPN até atingir o ponto de máximo em 2012,7, reduzindo significativamente nos últimos anos. O mesmo não ocorreu com PML21, que permaneceu praticamente inalterado ao longo dos anos (0,0001 leitões por ano). As tendências genéticas anuais quadráticas para DPN e PMLN, seguidas pelas tendências genéticas lineares para NV, presumem que exista um tamanho ótimo intermediário quanto ao NV que proporcione máximos PMLN, apesar de ter sido associada a maiores DPN. O CVN parece ser uma medida mais apropriada para utilização em programas de melhoramento, principalmente quando avaliada ao nascimento, tendo em vista as suas maiores estimativas de herdabilidade. As tendências genéticas demostraram que o aumento do número de leitões desmamados não acompanhou o aumento do número de leitões nascidos vivos, ressaltando a necessidade de rever os objetivos do melhoramento, sobretudo avaliar as perdas econômicas em função da redução do peso médio dos leitões dentro de leitegada e do aumento do coeficiente de variação do peso dos leitões dentro de leitegada. Foram obtidos os seguintes índices de seleção: I 1 = 3,773873(NV) + 29,415334(PMLN) -71,343539(DPN); I 2 = 2,929140(NV) - 1,692489(CVN); I 3 = 9,186016(ND) + 26,984056(PML21) - 22,353914(DP21); I 4 = 5,600953(ND) - 6,201914(CV21). Os ganhos genéticos por geração situaram-se entre 0,3% e 0,9% para características da leitegada ao nascer e entre 0,1% e 0,2% para características da leitegada ao desmame, sendo possível a obtenção de ganhos genéticos para uniformidade de leitegada. Nesse contexto, seriam necessárias em torno de 10 a 15 gerações para obtenção dos ganhos genéticos desejados para as características avaliadas ao nascimento (NV, PMLN, DPN e CVN) e 30 a 35 gerações para a obtenção dos ganhos desejados para as características avaliadas ao desmame (ND, PML21, DP21 e CV21). Quando o objetivo do melhoramento é aumentar simultaneamente o tamanho da leitegada e sua uniformidade, os ganhos genéticos esperados por característica são maiores quando a seleção é praticada ao nascimento. A seleção para características de uniformidade de leitegada depende dos objetivos do melhoramento, com relações complexas entre as variáveis. No entanto, a utilização de índices contendo o NV, PMLN e DPN pode ser mais apropriada quando o interesse na resposta correlacionada favorável para CVN for maior, apesar dos ganhos diretos inferiores sobre DPN. / The litter uniformity in pigs may the factor of greatest economic impact on the profitability of pig production. The study about the litter uniformity is still a challenge, especially at birth. Moreover, there is not a consensus about the best trait to be used to describe the data variability in pigs. The importance of the study of genetic parameters, together with the existing divergences regarding the selection criteria and strategies to be adopted to increase the litter size and uniformity in pigs, motivated the accomplishment of the present study. The objectives were to estimate the genetic parameters and genetic trends for litter size and uniformity, to compare selection indexes with different criteria for animal breeding regarding litter traits, and to establish the best variable for genetic evaluation of litter uniformity in pigs. The following traits were studied: number of piglets born alive (NV), within-litter average of piglets’ birth weight (PMLN); within-litter standard deviation of piglets’ birth weight (DPN); within-litter coefficient of variation of piglets’ birth weight (CVN); number of piglets weaned (ND); within-litter average of piglets’ weight at 21 days of age (PML21); within-litter standard deviation of piglets’ weight at 21 days of age (DP21); and within-litter coefficient of variation of piglets’ weight at 21 days of age (CV21). The heritabilities for the traits NV, PMLN, DPN and CVN were higher than those obtained at 21 days of age, and equal to 0.0898 ± 0.0446, 0.3079 ± 0.0787, 0.0115 ± 0.0407, 0.0692 ± 0.0458, respectively. The genetic correlations between CVN and NV or PMLN (0.6400 ± 0.3409 and -0.9267 ± 0.2147, respectively) were associated with lower standard errors when compared with the genetic correlations between DPN and the same traits (-0.0219 ± 0.9562 and -0.0869 ± 0.7463, respectively). The increase in NV was followed by the increase in PMLN and DPN until reach the maximum point in 2012.7, decreasing significantly in the last years. The same did not occur with PML21, which remained almost unchanged over the years (0.0001 piglets per year). The annual quadratic genetic trends for DPN and PMLN, followed by the linear genetic trends for NV, assume that there is an optimum intermediate size regarding NV that provides maximum PMLN, although it has been associated with greater DPN. The CVN seems to be a more appropriate measure for use in breeding programs, especially when evaluated at birth, owing to its higher heritability estimates. The genetic trends showed that the increase in the number of piglets weaned did not follow the increase in the number of piglets born alive, emphasizing the need to review the breeding goals, mainly to evaluate the economic losses due to the decrease in within-litter average of piglets’ weight and the increase in within-litter coefficient of variation of piglets’ weight. The following selection indexes were obtained: I 1 = 3.773873(NV) + 29.415334(PMLN) – 71.343539(DPN); I 2 = 2.929140(NV) – 1.692489(CVN); I 3 = 9.186016(ND) + 26.984056(PML21) – 22.353914(DP21); I 4 = 5.600953(ND) – 6.201914(CV21). The genetic gains per generation were between 0.3% and 0.9% for litter traits at birth and between 0.1% and 0.2% for litter traits at weaning, making it possible to obtain genetic gains for litter uniformity. In this context, it would be necessary around 10 to 15 generations to obtain the desired genetic gains for the traits evaluated at birth (NV, PMLN, DPN and CVN) and 30 to 35 generations to obtain the desired gains for the traits evaluated at weaning (ND, PML21, DP21 and CV21). When the breeding goal is to increase simultaneously the litter size and its uniformity, the expected genetic gains per trait are greater when the selection is performed at birth. The selection for litter uniformity traits depends on the breeding goals, with complex relationships between the variables. However, the use of indexes including the NV, PMLN and DPN may be more appropriate when the interest in the favorable correlated response for CVN is greater, despite the lower direct gains on DPN.
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Genomic information for breed determination, multibreed evaluation, and estimation of variance components in large populations / Informações genômicas para determinação racial, avaliação genética multirracial e estimação de componentes de variância em grandes populaçõesJunqueira, Vinícius Silva 04 June 2018 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-08-31T11:39:58Z
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Previous issue date: 2018-06-04 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A disponibilidade de uso de informações genômicas trouxe grandes oportunidades de aumento do ganho genético em sistemas produtivos de gado de corte. Apesar dos benefícios já conhecidos, implementação em larga escala nas condições nacionais ainda é um grande desafio principalmente pelo relativo alto custo de genotipagem. Uma alternativa economicamente viável é o desenvolvimento de painéis de marcadores SNP customizados para objetivos de melhoramento estrategicamente estabelecidos para características de interesse. A implementação dessa proposta tem maior impacto para os animais jovens. O objetivo desse estudo foi identificar o menor número necessário de marcadores do tipo SNP para diferenciar animais das raças Hereford, Nelore, Brahman e Braford genotipados com o painel 777K chip HD para bovinos. Adicionalmente, comparou-se o impacto na predição da proporção racial utilizando-se diferentes painéis reduzidos de marcadores do tipo SNP. Para isso, foram utilizados quatro diferentes métodos para a seleção de marcadores altamente informativos para a diferenciação racial. O software Admixture foi utilizado para os cálculos de proporção racial utilizando os painéis customizados. Os resultados observados nesse estudo sugerem a possibilidade de definir indivíduos às respectivas raças utilizando um painel de 24 marcadores do tipo SNP (isto é, 8 marcadores por raça pura). Informações de pedigree são por natureza incompletas e comumente não são bem definidas porque varias das ligações genéticas existentes não são conhecidas. A genômica trouxe grandes oportunidades para o cálculo do parentesco entre os indivíduos de uma população. Um dos principais desafios em implementações genômicas é a correta definição da população referência para o uso simultâneo das informações de pedigree e genômica. O conceito de metafundadores é baseado na definição de pseudo-indivíduos que descrevem os relacionamentos entre e dentre os indivíduos da população base. O objetivo desse estudo foi avaliar os impactos do uso de metafundadores ao estimar valores genéticos e sua habilidade preditiva utilizando a metodologia single- step GBLUP (ssGBLUP) em uma população multirracial. Três diferentes cenários foram adotados nesse estudo para a estimação de componentes de variância e predição dos valores genéticos: BLUP tradicional, ssGBLUP e ssGBLUP com inclusão de metafundadores. Um total de 28 metafundadroes foram definidos no modelo ssGBLUP+metafundadores. De forma geral, os modelos genômicos apresentaram maior habilidade preditiva. Sendo o modelo com inclusão de metafundadores o que apresentou maior habilidade preditiva. O método da máxima verossimilhança restrita (REML) é um método comumente utilizado para a estimação de componentes de variância. Por ser implementado em modelos mistos, apresenta estimativas corrigidas para efeitos de seleção. De forma geral, todos os animais genotipados são utilizados nos cálculos para a predição dos valores genéticos. O objetivo desse estudo foi avaliar quantas gerações são necessárias para acurada estimação de componentes de variância com o algoritmo para animais provados e jovens (APY) em uma população simulada com restrições de seleção. O uso de menor número de gerações reduziu a habilidade do modelo BLUP em estimar a herdabilidade simulada (0.30). A redução na estimação da herdabilidade pelos modelos genomicos são menores do que os modelos baseados em informações de pedigree. Os modelos genômicos apresentaram em média maior correlação que os modelo BLUP. Os resultados desse estudo sugerem que não é necessário grande número de gerações para acurada estimação dos componentes de variância e dos valores genéticos. O algoritmo APY não afeta a estimação dos componentes de variância. Duas gerações extras de animais não genotipados são suficientes para acurado cálculo dos componentes de variância, valores genéticos e também acurácia de predição dos valores genéticos. / The knowledge on breed composition is of major importance under design of breeding schemes. With this respect, the estimation of such parameters must be as accurately as possible. Currently, most of genetic evaluation programs has been predicting breed composition based on pedigree datasets; but, such estimations only accounts for the expected (allele frequency) contributions across ancestors After the development and establishment of single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping platforms on the last decade, an interest in genetic diversity studies has arisen and especially the study of individuals’ origin. The objective of the present study was to evaluate the minimum required number of ancestry informative markers necessary to differentiate Hereford, Nelore, Brahman and Braford breeds genotyped with 777 K Illumina Bovine HD Bead Chip. In addition, we also compared the effects of different panels size on breed composition inference under different AIMs methods. To that, it was used the high-density Illumina Bovine HD BeadChip with more than 777 K SNPs to elucidate the structure of Hereford, Nelore, Brahman and Braford populations. Three different ancestry informative marker methods were used to distinguish such populations. Additionally, random marker selection was considered. Admixture software was used to infer breed composition using very low-density SNP panels assembled with AIMs. Our results suggest that is possible to assign individuals to populations with high confidence using less than 8 SNP markers selected per breed. Although millions of SNP markers have been identified, only few of them are needed to accurately infer ancestry in a cost-effective manner. Pedigree information is by nature incomplete and commonly not well established simply because many of the true genetic ties existent between individuals are not a priori known or they can be even wrong. Genomic era brought new opportunities when calculating relationships between individuals. The challenge under genomic approaches is the correct definition of genetic base by the use of pedigree and genomic data. Genetic base may change as more individuals are included and are inadequately defined if populations are genetically structured. Metafounder concept relies on the definition of pseudo-individuals that describes some level of within and/or across genetic relationship between base population. The purpose of this study was to evaluate metafounder theory to estimate breeding values and the predictive ability under a single-step approach for a multibreed population. Three different scenarios were adopted to estimate variance components and to compute breeding values: pedigree-based model, single- step GBLUP and single-step GBLUP with addition of metafounders. A total of 28 different metafounders were included in the ssGBLUP+metafounder model. In general, it was possible to note that genomic models were able to greater ability to predict the future performance. Among genomic models, the inclusion of metafounder information could increment even more the predictive ability under cross-validation approach. Restricted maximum likelihood (REML) is a popular method for parameter estimation. Because it uses the mixed model equations, it is resistant to selection bias and efficient implementations are currently available. When genomic information is available, two versions of REML may be applicable. When only genotyped animals have phenotypes, genomic REML can be applied with a genomic relationship matrix. When only a fraction of animals is genotyped, a single-step REML is applicable. In general, it is of interest to include many genotyped animals in parameter estimation and into evaluations, to account for genomic selection or pre- selection. The aim of this study was to investigate to what extent generations truncation affects estimates for a simulated population under selection.The use of less generations reduced the ability of pedigree-based model in estimating the benchmark heritability (0.30). The decrease in heritabilities based on genomic information was less than using only pedigree relationships. Genomic models provided greater correlations than pedigree-based model; on average 25 points. Single-step genomic models do not require a deeper pedigree relationship to estimate reliable variance components and breeding values. The use of APY algorithm does not affect the estimation of variance components. An extra of 2 ungenotyped generations are sufficient to compute reliable variance components; as well as breeding values and accuracies.
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Efeitos da salinidade e de fontes de carbono no crescimento, na morfologia de Cunninghamella elegans Lendner e na produção de Quitina e QuitosanaCristina de Freitas da Silva, Marta January 2006 (has links)
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Previous issue date: 2006 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Investigações foram feitas no sentido de verificar o comportamento morfológico e
bioquímico de Cunninghamella elegans Lendner UCP 542 no meio de cultura
contendo diferentes níveis de salinidade e concentrações de glicose e de
sacarose. C. elegans foi isolada do sedimento de mangues do Município de Rio
Formoso, Pernambuco, Brasil. Uma curva de crescimento foi estabelecida em
função da biomassa, do consumo de glicose e pH, em meio Hesseltine &
Anderson (1957) com glicose a 2, 4 e 6%. Em função do planejamento fatorial o
crescimento micelial de C. elegans foi observado e foram analisados o consumo
de glicose, sacarose, NaCl e variação do pH no meio. As análises morfológicas
foram realizadas acompanhando as alterações na forma dos esporângíolos,
presença ou ausência de clamidósporos utilizando microscópia de luz. Observouse
que as condições com elevadas taxas de NaCl aumentaram o número de
clamidósporos, reduziram a quantidade e alteraram a forma dos esporangíolos. A
massa micelial obtida foi submetida ao processo de extração de quitina e
quitosana realizado através do tratamento álcali-ácido e o seu líquido metabólico
submetido à determinação do consumo de carboidratos totais. Os resultados
obtidos pelo planejamento fatorial demonstraram que as condições do meio com
(1, 2,5 e 4%) NaCl não impedem o desenvolvimento do microrganismo nem o
consumo das fontes de carbono e em presença de 2,5 a 4% NaCl e a quantidade
de esporangíolos globosos diminui. Os resultados obtidos para quitina foram
41,5% na condição 2 (glicose 4g/L, sacarose 1g/L e NaCl 1%). Entretanto na
condição 8 (glicose 4g/L, sacarose 2g/L e NaCl 4%), a quitosana atingiu valores
de até 18,3%. Esses resultados demonstram que a 4% de NaCl e altas
concentrações de glicose ocorre uma diminuição da quitina e um aumento da
quitosana. A sacarose não produz efeitos semelhantes. Os resultados obtidos são
promissores para a produção dos co-polímeros quitina e quitosana
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Análise da variação cariotípica e dos mecanismos de recombinação em leveduras industriais (Saccharomyces cerevisiae) durante o processo de fermentação alcoólica / Analysis of the karyotypic variation and the recombination mechanisms industrial yeast (Saccharomyces cerevisiae) during the alcoholic fermentation processDuarte, Fabiana de Melo 08 June 2010 (has links)
Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira, Juan Lucas Argueso Gomes de Almeida / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T13:31:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2010 / Resumo: O etanol de cana-de-açúcar brasileiro ocupa um lugar de destaque entre as alternativas energéticas disponíveis atualmente. No processo fermentativo de produção de etanol é utilizada a levedura Saccharomyces cerevisiae, com destaque para a linhagem industrial PE-2, utilizada por cerca de 30% das usinas brasileiras, o que representa 10% da produção mundial. Essa linhagem associa uma alta eficiência na produção de etanol com uma excelente capacidade de adaptação ao ambiente altamente hostil e competitivo das dornas de fermentação. O nosso grupo de pesquisa realizou previamente uma caracterização genética e molecular detalhada de uma linhagem diplóide derivada diretamente de PE-2 (JAY270), o que forneceu inúmeras possibilidades para a manipulação genética dessa levedura com o objetivo de desenvolver linhagens mais produtivas. No entanto, alguns estudos observaram a ocorrência de variação cariotípica nessa linhagem durante o processo fermentativo, o que pode representar uma barreira para a manipulação dessa levedura. Sendo assim, é extremamente importante estudar o comportamento do genoma dessa linhagem durante a produção de etanol. Este projeto de Mestrado teve como objetivo principal a determinação do mecanismo de recombinação genética responsável pela geração de rearranjos cromossômicos na linhagem JAY270 durante a produção de etanol. Foi realizado um experimento de fermentação em escala semi-industrial iniciado com um inóculo puro de JAY270, com duração de 50 dias. A partir de amostras coletadas ao final do processo foram obtidos isolados que foram analisados através de PFGE (Gel de Eletroforese em Campo Pulsado) para identificação de derivados de JAY270 portadores de variação cariotípica. Dos derivados analisados, 36% possuíam algum tipo de rearranjo cromossômico em relação à linhagem inicial, dos quais 11 foram selecionados (FDY1-FDY11) para análises detalhadas. As sequências genômicas de dois derivados haplóides de JAY270 possibilitaram o desenvolvimento de 9 marcadores moleculares para genotipar regiões heterozigotas de JAY270 com o objetivo de identificar eventos de recombinação genética. Os 11 isolados selecionados foram analisados com esses marcadores e, exceto por um deles, todos continuavam heterozigotos em todas as regiões genotipadas. Dois mecanismos de recombinação genética podem ser responsáveis pela geração dos rearranjos, recombinação mitótica, que ocorre em pontos isolados e recombinação meiótica, que envolve todo o genoma simultaneamente em um único ciclo celular. A possibilidade dos rearranjos terem sido gerados por recombinação meiótica foi excluída, visto que a probabilidade dos 10 isolados continuarem heterozigotos em todas as regiões analisadas após um evento de meiose seguido de cruzamento é extremamente baixa (entre 10-24 e 10-14). Sendo assim, concluiu-se que os rearranjos cromossômicos foram gerados durante o crescimento vegetativo, e que, portanto, o mecanismo de recombinação genética responsável pela geração dos mesmos é a recombinação mitótica. Os 11 isolados também foram analisados através de CGH-array, que possibilitou a comparação de sua dosagem gênica com a da linhagem JAY270, que lhes deu origem. Com essa metodologia foi possível detectar eventos de recombinação mitótica que resultaram em perda de heterozigosidade nas extremidades de alguns cromossomos. / Abstract: Brazilian sugar cane ethanol stands out among the energetic alternatives available nowadays. In the fermentation process to produce ethanol it is used the yeast Saccharomyces cerevisiae. One of the most widely adopted strains is the industrial isolate PE-2, currently used by ~30% of Brazilian distilleries, generating ~10% of the world's ethanol supply. This strain combines a high performance in ethanol fermentation and an excellent adaptation to the hostile environment in the fermentation vats. Our research group previously carried out a thorough genetic characterization of an isolate of the PE-2 strain, known as JAY270. This analysis offers several opportunities for the improvement and modification of this strain. However, some studies observed the occurrence of karyotypic variation in this strain during the fermentation process, what can represent a barrier to the genetic manipulation of this yeast. Therefore, it is extremely important to study the genome behavior of this yeast during the ethanol production process. The main objective of this Master's Project was to determinate the genetic recombination mechanism responsible for generating chromosomal rearrangements in JAY270 during the ethanol production. A fermentation experiment in semi-industrial scale was carried out with a pure initial inoculum of JAY270. After 50 days, samples were collected and used to obtain single colony isolates. This isolates were analyzed through PFGE (Pulsed Field Gel Electrophoresis) to the identification of JAY270 derivatives carrying karyotypic variation. Of the analyzed derivatives, 36% had at least one chromosomal rearrangement. 11 of these derivatives were chosen to perform detailed analyses and were called FDY1-FDY11. The genome sequences of two haploid derivatives of JAY270 were used to develop 9 molecular markers to genotype heterozygous regions of JAY270 to identify genetic recombination events. The 11 isolates were analyzed with these markers and, except by one of them, all isolates were heterozygous in all genotyped regions. Two genetic recombination mechanisms can be responsible for generating the rearrangements, mitotic recombination, which occurs in isolate points of the genome, and meiotic recombination, that simultaneously affects all the genome in one single cellular cycle. The probability of the 10 isolates stay heterozygous in all genotyped regions after one event of meiosis followed by mating is extremely low (between 10-24 e 10-14). This result showed that these rearrangements couldn't be generated through meiotic recombination. Therefore, it was possible to conclude that the chromosomal rearrangements were generated during vegetative growth through mitotic recombination. The 11 isolates also were analyzed through CGH-array to compare their gene dosage with the strain JAY270. With this methodology it was possible to detect mitotic recombination events that resulted in loss of heterozygosity in peripheral regions of some chromosomes. / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Genética e Biologia Molecular
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Identificação de novos antígenos flagelares e variação de fase em amostras de Escherichia coli isoladas de animais e alimentos / Identification of new flagellar antigen and phase variation in Escherichia coli isolated from animals and foodMoura, Cláudia de 17 August 2018 (has links)
Orientador: Domingos da Silva Leite / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-17T10:33:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2010 / Resumo: Escherichia coli é um membro comensal da microbiota de animais, porém podem causar doenças desde diarréias até sepses. A caracterização dos seus antígenos de superfície O (somático) e H (flagelar) auxilia na determinação de linhagens patogênicas dentro da espécie. Contudo, algumas bactérias não expressam flagelo in vitro, demonstrado que a amplificação do gene fliC, a análise
dos fragmentos de polimorfismo (PCR-RFLP) e sequenciamento podem ser utilizadas para identificação dos antígenos H, em substituição à sorologia convencional. Até meados de 1980, pensava-se que, diferentemente da Salmonella, E. coli possui um único gene para expressão de flagelina (fliC), mas algumas amostras podem conter genes para expressão de flagelina flkA, fllA, flmA, flnA e fljA (repressor de fliC). Em nosso trabalho, analisamos 31 amostras de E. coli isolados de animais e alimentos que apresentavam o fenótipo HNT em ensaios de sorologia. Utilizamos PCR-RFLP e sequenciamento para descrever novos genes para flagelina, da qual foram obtidos antissoros. Identificamos por PCR e sequenciamento os genes responsáveis pela variação de fase fljA, flkA e flmA, realizamos experimentos de motilidade para determinar a variação de fase flagelar e detectar a expressão dos genes através de RT-PCR. Dezessete amostras tiveram seus antígenos H caracterizados, sendo nove caracterizadas por PCR-RFLP: H2 (duas amostras) H16 (duas amostras), H34 (três amostras), H33 (uma amostra) e H38 (uma amostra). Na análise de sequenciamento identificamos duas amostras portadoras do gene fliCh25, duas amostras fliCh7 e uma amostra apresentando fliCh32. Três novos genes para flagelina foram descritos: fliCh2', fliC4c, fliC40c. Identificamos o gene fljA em duas amostras HNT (3C e 4C) e na amostra padrão H35. O gene das amostras HNT apresentaram homologia ao fljA de Salmonella enterica, cuja variação de fase é bem estabelecida. As amostras padrão H11, H35, H40 e H47, bem como as amostras HNT 3C e 4C foram positivas para o gene flmA. As amostras padrão H3 e H53 são portadoras do gene flkA, contudo apenas a amostra H53 apresentou fljA. A amostra H54 é portadora de fljA e flmA. Nenhuma amostra H padrão mostrou variação de fase, diferentemente da literatura, sugerindo a perda da capacidade de variar a fase flagelar. A amostra 4C mostrou variação de fase positiva quando induzida em meios de cultura contendo antissoros anti-H48, anti-H54 e anti-H4C. Do mesmo modo, a detecção dos RNAm em diferentes condições de cultura confirmou a variação de fase. Como resultado um esquema de identificação para detecção de grupos de antígenos H e identificação de fliC foi testado. A técnica de fliC-RFLP provou ser eficiente e rápida, auxiliando a sorologia clássica para detecção de antígenos H de E. coli. Um modelo geral de variação de fase da amostra 4C é expresso por fliCoff + flmAon ? fliCon + flmAoff. Além disso, nós verificamos que a amostra 4C apresenta um gene novo para expressão de flagelina. Este trabalho é pioneiro em relação à variação de fase flagelar, demonstrando uma nova associação entre os antígenos H48 e H54 / Abstract: Escherichia coli are a species of microflora, and characterization of the cell surface lipopolysaccharide O antigen and the flagellar H antigen allow the grouping of pathogenic clones within this species. Moreover, some bacteria in vitro do not obtain to express its flagella, demonstrated that PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and sequencing analysis has been used for the identification of these antigens, in substitution of traditional serology. Moreover, until middle of years 80, are believed, differently of the Salmonella, E. coli possesss an only gene for flagelin expression (fliC), but some s/strains can contain genes for flagellin expression flkA, fllA, flmA, flnA and fljA (repressor of fliC). In this work, we analyzed 31 strains of E. coli isolated from animals and foods that presented HNT phenotype in serology assays. We use PCR-RFLP and sequencing to describe new genes for flagellin, of which antiserum were obtained. We identify for PCR and sequencing the genes for phase variation fljA, flkA and flmA, we carry through motility experiments to determine the flagellar phase variation and to detect the expression of the genes (RNAm) through RT-PCR. Seventeen strains had had its H antigen characterized and nine of then were characterized for PCR-RFLP: H2 (two strains) H16 (two strains), H34 (three strains), H33 (one strain) and H38 (one strain). Through sequencing analysis we identify to two carrying strains of the gene fliCh25, two strains fliCh7 and one strain presenting fliCh32. Three new genes for flagellin had been described: fliCh2', fliC4c, fliC40c. Using PCR and sequencing, we identify fljA gene in two strains HNT (3C and 4C) and in the H35 control strain. The HNT genes showed homology to fljA of Salmonella enterica, whose variation of phase well is established. The control strains H11, H35, H40 and H47, as well as HNT 3C and 4C strains were positive for flmA gene. The control strains H3 and H53 are carrying of flkA gene, however only the H53 strain presented fljA. The H54 control strain is carrying of fljA and flmA. No H control strain showed phase variation, differently of literature, suggesting the loss of the capacity to flagellar phase variation. The 4C strain showed positive phase variation when cultured with antiserum anti-H48, anti-H54 and anti-H4C. In a similar way, the detention of RNAm in different conditions of culture confirmed the phase variation. As a result, an identification scheme was tested to deduce H antigen groups and new genes of fliC. The fliCRFLP technique proved to be faster than classic serotyping for the deduction of the E. coli H antigen, characterizing the antigens with few days and indicating new putative genes. Thus, a general model for flagellar phase variation in 4C strain can be expressed as fliCoff + flmAon ? fliCon + flmAoff. In addition, we found that strains 3C and 4C express unidentified flagellin antigens. This is the first report of flagellar phase variation in wild E. coli strains. We have also provided evidence that strain 4C, identified here for the first time, expresses three flagellar antigens, H48, H54 and a previously unidentified flagellin / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular
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Parâmetros bioquímicos e hematológicos na saliva e sangue de indivíduos fisicamente ativos / Biochemical and hematological parameters in saliva and blood from physically active subjectsNunes, Lázaro Alessandro Soares 18 August 2018 (has links)
Orientador: Denise Vaz de Macedo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T00:38:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2011 / Resumo: A análise individual de parâmetros bioquímicos e hematológicos comparados com valores de referência populacionais pode ser uma ferramenta útil para monitorar os efeitos de treinos e competições, uma vez que a detecção de sujeitos com valores aumentados ou diminuídos em relação ao grupo de referência possibilita a individualização do programa de treinamento ou intervenção médica/nutricional quando necessária. No entanto, para que as informações obtidas sejam aplicáveis no dimensionamento das cargas de treino é necessário o estabelecimento de intervalos de referência (limites superiores e inferiores) para os analitos de interesse, de amostras de sangue obtidas de uma população fisicamente ativa e/ou atletas. Os valores utilizados normalmente na clínica são obtidos de sujeitos saudáveis, mas não praticantes de atividade física, embora seja consenso que o treinamento físico influencia a concentração de alguns analitos. Outro fato importante a considerar para o monitoramento do treino de atletas através de biomarcadores é a necessidade de comparação de resultados provenientes de análises consecutivas de um mesmo sujeito, que demanda considerar a variação analítica e biológica inerente aos testes, contidas nos cálculos da Diferença Crítica ou Reference Change Value (RCV) para cada analito. O RCV define o percentual de alteração que deve ser excedido em um teste subsequente para que exista uma diferença significativa entre duas medidas consecutivas. A necessidade de coleta de amostras de sangue venoso em diferentes momentos do ano para muitos indivíduos é um procedimento desconfortável e estressante. A saliva apresenta vantagens distintas como substituta do sangue no monitoramento de atletas, pois é um fluído não invasivo e que não requer treinamento especializado para sua coleta. A saliva é constituída de água, eletrólitos, metabólitos, proteínas, enzimas e hormônios, que podem ser provenientes do plasma ou produzidos localmente nas glândulas salivares. Portanto, nem todos os componentes salivares irão se correlacionar com os valores plasmáticos. Além disso, a composição da saliva pode sofrer influência do sistema nervoso autônomo, medicamentos e estresse. Dessa forma, a utilização da saliva deve considerar métodos de coleta que permitam quantificação de volume e recuperação acurada da amostra, além de horários de coleta definidos de acordo com o analito quantificado. Da mesma forma, é importante o estabelecimento de valores de referência para os analitos de escolha. Os objetivos da presente Tese de Doutorado foram: estabelecer intervalos de referência e de RCV para analitos no sangue de um grupo de indivíduos fisicamente ativos; verificar a aplicabilidade dos valores estabelecidos para o monitoramento de jogadores de futebol da categoria sub-20, apresentados na presente Tese na forma de Capítulos (1 e 2, respectivamente). Uma revisão crítica do potencial da saliva como biomarcador, apresentada no Capítulo 3, e a determinação de valores de referência de analitos de interesse no esporte na saliva coletada em um sistema de base líquida, que permite a determinação acurada do volume e recuperação da amostra, apresentada no Capítulo 4, compuseram os outros objetivos da presente Tese de Doutorado. Participaram dos estudos 171 voluntários do sexo masculino, com idade entre 18 e 20 anos após quatro meses de treinamento físico diário sistematizado (população referencia controle). O programa de atividade física incluiu atividades predominantemente aeróbicas (maior volume, menor intensidade) com duração diária de 3 horas. A coleta de saliva precedeu a coleta de sangue. Para a determinação do RCV foram realizadas 4 coletas mensais de sangue em 56 sujeitos. A aplicabilidade dos valores estabelecidos acima contou com a participação de 56 jogadores de futebol da categoria sub-20. Amostras de sangue foram coletadas mensalmente em 5 momentos ao longo da temporada de treinos e competição. Os resultados apresentados na presente tese de doutorado permitirão a aplicação destas análises no monitoramento de atletas durante treinos e competições / Abstract: Comparing individual biochemical and hematological parameters values with reference intervals obtained from a physically active population and/or athletes may be a useful tool to monitor the effects of training and competition, since to detect subjects with increased or decreased values compared to the reference group would allow individualizing training program or medical/ nutritional intervention when necessary. However, to the athletes blood results allowing relevant information to establishment of training loads, it's necessary to establish reference intervals (upper and lower limits) for different analytes in a physically active population. The generally adopted reference values are usually obtained from healthy subjects, but not physically active or athletes. The minimum recommended number (120 subjects) by the International Federation of Clinical Chemistry (IFCC) to establish reliable reference intervals can be one of those responsible for the lack of such information in sports medicine. Another fact to consider is that the athlete's monitoring through blood parameters requires serial analysis over the time. In this case, for the interpretation of serial results in the same subject it is proposed to consider the biological and analytical variation related to the analyte through the reference change value (RCV). RCV is a percent value that should be exceeded by a subsequent testing so that there is a significant difference between two consecutive measurements. However, to monitor athletes we need to collect venous blood at different times of the year, which for many individuals is an uncomfortable and stressful procedure. Saliva has distinct advantages as a substitute for blood in the athletes monitoring, it is a noninvasive fluid that do not requires specialized training for their collection. Saliva consists of water, electrolytes, metabolites, proteins, enzymes and hormones originated from plasma or locally produced in the salivary glands. Therefore, not all salivary components will be correlated with serum. Moreover, the composition of saliva may be influenced by the autonomic nervous system, drugs and stress. Thus, the correct saliva use should consider collection methods that allowing volume quantification and sample accurate recovery, collection schedules in according with the analyte and the establishment of specific salivary reference intervals. The objectives of this thesis were: to establish blood reference intervals and RCV to physically active population; to verify the applicability of RCV in the under-20 soccer players category monitoring (presented here in Chapters 1 and 2, respectively). A critical review of the potential saliva application in sports science, presented in the chapter 3, and the establishment of saliva reference intervals in a liquid based saliva collection system, which allow the accurate volume quantification and recovery, presented in the chapter 4, completed de aims of this Thesis. Participated in this study 171 physically active volunteers (control group), male, age (19 ± 1 years old). The regular physical activity program included periodized activities predominantly aerobic (higher volume, lower intensity) with three hours daily duration. The saliva was collected before the blood samples. To establish RCV were collected 4 monthly blood samples from 56 physically active subjects. The RCV were applied in the 56 soccer players from the under-20 category in 5 moments during the training and competition season. The results presented in this PhD thesis will allow to monitor athletes during training and competition season / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular
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Estudos genético-moleculares no gênero Paspalum L. (Poaceae: Panicoideae: Paniceae) / Genetic and molecular studies in the genus Paspalum L. (Poaceae: Panicoideae: Paniceae)Cidade, Fernanda Witt 18 August 2018 (has links)
Orientador: Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T10:32:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2011 / Resumo: No Brasil, a pecuária bovina é baseada principalmente na utilização de pastagens para alimentação animal, sendo a maioria destas cultivadas. O lançamento de novas cultivares de forrageira e os avanços no manejo das pastagens permitiram que o Brasil se tornasse, atualmente, um dos maiores produtores mundiais de bovinos e o maior exportador de carne bovina do mundo. Contudo, poucas opções de forrageiras estão disponíveis para o cultivo de pastagens no Brasil, principalmente para as regiões tropicais, sendo que a maioria dessas é constituída de poucas cultivares de gramíneas africanas do gênero Urochloa (Syn. Brachiaria). Há uma necessidade eminente de diversificação das pastagens e, o gênero Paspalum se destaca dentre as gramíneas nativas com potencial forrageiro a contribuir para a diversificação de espécies em pastagens tropicais. Paspalum inclui aproximadamente 400 espécies distribuídas, principalmente, em regiões tropicais e subtropicais das Américas. O Brasil é o maior centro de origem e diversidade deste gênero, com ocorrência de espécies de grande potencial forrageiro, havendo vários acessos disponíveis em bancos de germoplasma. Para que os programas de melhoramento possam utilizar de forma adequada os bancos de germoplasma existentes, é necessário um conhecimento da quantidade e da distribuição da diversidade genética dessas coleções. Nesse sentido, no presente trabalho, marcadores microssatélites foram isolados e caracterizados em duas espécies de Paspalum (P. atratum e P. notatum) para o estudo de diversidade genética de acessos de bancos de germoplasma de Paspalum. Um total de 21 microssatélites foi desenvolvido para P. atratum e 26 para P. notatum. A transferibilidade desses marcadores foi avaliada para 35 espécies de Paspalum, sendo que doze microssatélites foram utilizados na caracterização de 214 acessos de Paspalum de diferentes espécies. Os microssatélites foram úteis na identificação das espécies de Paspalum, auxiliando de forma efetiva na organização dos acessos mantidos nos bancos de germoplama, fornecendo também subsídios para programas de melhoramento genético do gênero. Adicionalmente, 57 acessos de P. notatum foram avaliados com o uso de 30 microssatélites, em conjunto com caracterísitcas fenotípicas e citogenéticas. A maioria desses locos apresentou grande potencialidade para uso na discriminação de cultivares e acessos. As avaliações conjuntas indicaram que os microssatélites foram eficientes e robustos na separação dos acessos de P. notatum em três variedades botânicas (var. notatum, var. saurae e var. latiflorum), os quais agruparam-se em sete grupos geneticamente distintos. Os microssatélites desenvolvidos, assim como os dados de diversidade genética gerados nesse trabalho, são um passo em direção a um melhor entendimento do gênero e uma ferramenta para que novos trabalhos possam ser realizados / Abstract: In Brazil, the production of cattle is based primarily on the use of pastures for animal feed, most of these cultivated. The release of new cultivars of forage and advances in pasture management has enabled Brazil to become currently one of the largest producers of cattle and the largest exporter of beef in the world. However, few options are available for fodder cultivation of pastures in Brazil, mainly in tropical regions, where most of these consists of a few varieties of African grasses of the genus Urochloa (Syn. Brachiaria). There is a clear need to diversify pastures and the genus Paspalum stands out among the native grasses with forage potential to contribute to the diversification of species in tropical pastures. Paspalum includes about 400 species distributed mainly in tropical and subtropical regions of the Americas. Brazil is the largest center of origin and diversity of this genus, with the occurrence of species of high forage yield potential, and several accessions available in germplasm banks. In order to make good use of the existing germplasm collections for breeding purposes it is necessary to know the quantity and distribution of genetic diversity of these collections. In that sense, in the present work, microsatellite markers were isolated and characterized in two species of Paspalum (P. notatum and P. atratum). These markers were used as a tool to study genetic diversity of germplasm banks of Paspalum. A total of 21 microsatellites was developed for P. atratum and 26 for P. notatum. The transferability of these markers was evaluated for 35 species of Paspalum, in which twelve microsatellites were used to characterize 214 accessions of different species of Paspalum. The microsatellites were useful in identifying the species of Paspalum, effectively assisting in the organization of accessions maintained in germplasm banks, as well as providing subsidies to breeding programs of the genus. Additionally, 57 accessions of P. notatum were evaluated using 30 microsatellites, together with phenotypic and cytogenetic characteristic. Most of these loci showed a great potential for cultivar and accessions discrimination. Joint evaluations indicated that the microsatellites were efficient and robust in the separation of the accessions evaluated in to seven genetically distinct groups, which corresponded to the three botanical varidades described for the species (var.notatum, var. sourae, and var. latiflorum). Microsatellites developed, as well as data of genetic diversity generated in this work are a step toward a better understanding of the genus and a tool for further work / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular
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