Thesis (Ph. D.)--University of Wisconsin--Madison, 1970. / Typescript. Vita. eContent provider-neutral record in process. Description based on print version record. Includes bibliographical references.

L’Amazonie occidentale héberge une biodiversité actuelle foisonnante. Si l’évolution des biomes tropicaux de basse altitude est mal documentée dans le temps profond, il semble que le Miocène ait été une période clé pour l’émergence des écosystèmes amazoniens modernes. Une phase majeure de surrection des Andes a en effet provoqué la mise en place du drainage actuel de l’Amazone au Miocène supérieur (10,5 millions d’années). Pour mieux connaître les modalités de l’émergence de la biodiversité néotropicale actuelle, acquérir une meilleure connaissance des biomes proto-amazoniens – antérieurs au Miocène supérieur – est donc crucial. Malheureusement, le registre fossile correspondant était jusqu’à présent très restreint, en particulier pour les vertébrés. En analysant l’évolution, l’écologie et la biogéographie de mésoeucrocodiliens fossiles (caïmans, gavials et sébécidés) découverts dans de nouvelles localités d’Amazonie péruvienne, le présent mémoire permet de dépeindre un épisode clé de la vie foisonnante de la “proto-Amazonie” occidentale au Miocène. La faune de crocodiles des gisements de la région d’Iquitos (13-10 Ma), au Nord-est du Pérou, représente à la fois la plus grande diversité taxonomique (sept espèces associées) et la plus grande variété de morphotypes du rostre connues pour une communauté donnée de crocodyliformes (actuels-fossiles). L’hétérogénéité dmorphologique correspondante recouvre la majeure partie du morpho-espace connu pour l’ensemble des crocodyliformes, ce qui reflète les influences conjointes d’une évolution à long terme, d’une grande abondance/variété de ressources alimentaires, et d’une ségrégation de niches dans un écosystème complexe. Outre les caïmans géants Purussaurus et Mourasuchus, tous les autres crocodiliens sont des taxons nouveaux, parmi lesquels un caïman basal—Gnatusuchus pebasensis—présentant une mandibule massive et en forme de pelle, des dents antérieures proclives et postérieures globuleuses, ainsi qu’un diastème de type « mammalien ». Cette espèce très particulière constitue un exemple extrême d’une radiation évolutive de petits caïmans durophages, associée à l’apogée des mollusques proto-amazoniens, au sein du méga-système humide Pebas. Le seul crocodilien longirostre de cette communauté est le gavialoïde le plus basal du bassin amazonien, crucial pour la reconstitution de l’écologie et du morphotype ancestraux des Gavialoidea. Une fois inclus dans des analyses phylogénétiques-morphométriques, ce nouveau taxon permet de démontrer que le patron longirostre des gavialoïdes sud-américains et indiens résulte d’une évolution convergente, dans des habitats fluviatiles.Situées à la périphérie du biome pébasien et contemporaines des assemblages d’Iquitos (fin du Miocène moyen), les localités de l’Arche de Fitzcarrald correspondent à une influence plus marquée des Andes, en termes d’environnements. Cette faune de crocodiliens inclut des sébécidés (Sebecosuchia) au crâne comprimé latéralement et des gavials dérivés et aux yeux proéminents (Gavialoidea), associés à divers caïmans (Mourasuchus, Purussaurus, Paleosuchus et Eocaiman). La composition de cet assemblage suggère la prédominance de milieux terrestres et fluviatiles dans cette région. Le contraste est fort avec la région d’Iquitos, où les faunes de crocodiles, hautement endémiques, apparaissent plutôt liées à l’existence de marécages dysoxiques typiques du méga-système Pebas. La mise en place du système de drainage transcontinental amazonien au début du Miocène supérieur a entrainé la disparition du système Pebas et le déclin de ces faunes crocodiliennes proto-amazoniennes, remplacées par des communautés dominées par des caïmans plus généralistes (notamment Caiman et Melanosuchus) et des gavials très longirostres. Plus généralement, l’essor, la persistance, puis le déclin de ces écosystèmes aquatiques miocènes à forte productivité a laissé une empreinte durable – et encore perceptible – sur la biodiversité amazonienne. / Under the influential role of the Andean range, western Amazonia developed distinctive environmental conditions that ultimately led to divergent, higher biodiversity within the Neotropics. Although this intimate geologic-biotic interaction might have produced similar phenomena in the past, our knowledge about the tropical biotic evolution occurring in close proximity to these rapid growing mountains is poorly documented in the deep time. A pivotal time interval for the emergence of the modern Amazonian ecosystems occurred during the Miocene, when major Andean uplift remodeled the landscape of the foreland basin and fostered the onset of the Amazon River System, at about 10.5 million years ago. Proto-Amazonian biotas just prior to this episode are integral to understanding origins of Neotropical biodiversity, yet vertebrate fossil evidence was extraordinarily rare thus far. By studying the evolution, ecology, and biogeography of fossil mesoeucrocodylians (caimans, gharials, and sebecids) documented in new rich paleontological sites of eastern Peru, this research provides a snapshot of the florishing Miocene life of western proto-Amazonia. The crocodylian assemblage of the Iquitos bonebeds (middle-late Miocene transition) is extraordinary in representing both the highest taxonomic diversity (with up to seven associated species) and the widest range of snout morphotypes ever recorded in any crocodyliform community, recent or extinct. The heterogeneity of snout shapes at the Peruvian Miocene localities covers most of the morphospace range known for the entire crocodyliform clade reflecting the combined influences of long-term evolution, resource abundance and variety, and niche partitioning in a complex ecosystem, with no recent equivalent. Besides the large-bodied Purussaurus and Mourasuchus, all other crocodylians in Iquitos are new taxa, including a stem caiman—Gnatusuchus pebasensis—bearing a massive shovel-shaped mandible, procumbent anterior and globular posterior teeth, and a mammal-like diastema. This unusual species is an extreme exemplar of a radiation of small caimans with crushing dentitions recording peculiar feeding strategies correlated with a peak in proto-Amazonian molluscan diversity and abundance, deep in the so-called Pebas Mega-Wetland System. The sole long-snouted crocodylian in this community is the basalmost gavialoid of the Amazonian basin, a critical taxon that offers evidence for accurately reconstructing the ancestral anatomy and ecology of this clade. Including this new species in phylogenetic-morphometric analyses suggests that the evolution of the similar rostral pattern between South American and Indian gavialoids results from parallel evolution in riverine habitats. As part of the same prevailing Pebas biome, Fitzcarrald localities correspond to coeval paleoenvironments closer to the Andean influence (13-12 Ma). This fauna includes deep-snouted sebecids (Sebecosuchia) and advanced gavialoids (Gavialoidea) with protruding eyes, associated with a wide array of caimans (Mourasuchus, Purussaurus, Paleosuchus et Eocaiman), and further suggesting the presence of terrestrial settings and fluvially-dominated ecosystems. On the other hand, the highly endemic Iquitos faunas evolved within the dysoxic marshes and swamps typical of the long-lived Pebas Mega-Wetland System (early–early late Miocene) and declined with the inception of the transcontinental Amazon drainage, favoring diversification of longirostrine crocodylians and more modern generalist-feeding caimans. Indeed, the end of the Pebas Mega-Wetland System notably resulted in the reduction of the phylogenetic and morphotypical mesoeucrocodylian proto-Amazonian diversity, designating the beginning of the modern Amazonian faunas. The rise and demise of distinctive, highly productive aquatic ecosystems substantially influenced evolution of Amazonian biodiversity hotspots of crocodylians and other organisms throughout the Neogene.

Localidades contendo tetrápodes fósseis do Permiano são conhecidas para a Formação Rio do Rasto (FRR) no sul do Brasil desde a década de 1970. Posteriormente, elas foram agrupadas em três “faunas locais”, correlacionáveis com as ocorrências de tetrápodes do Guadalupiano e do Lopingiano da África do Sul e da Rússia. Contudo, os fósseis de tetrápodes no Brasil ocorrem em afloramentos dispersos, isolados e discontínuos, de maneira que a maioria deles não possui dados precisos referentes ao seu posicionamento estratigráfico no sítio de coleta. Sugere-se que seja suspenso o uso do termo “fauna local” para as localidades contendo tetrápodes da FRR, pois elas provavelmente agrupam táxons que não são contemporâneos. A presente tese reconheceu dez localidades contendo tetrápodes nesta formação, mas apenas em quatro delas há o registro de terápsidos (Serra do Cadeado-EFCP, Fazenda Fagundes, Fazenda Boqueirão e Tiarajú-Barro Alto). Até o momento, terápsidos permianos são reportados na América do Sul apenas na FRR e compreendem anomodontes e dinocefálios. Aqui são relatadas duas novas ocorrências de terápsidos para esta unidade. O espécime UFRGS-PV-0487P foi identificado como um Tapinocephalidade indeterminado (Dinocephalia) e provém da localidade Serra do Cadeado-EFCP. Comparação com outros Tapinocephalidae indicam que UFRGS-PV-0487P é um espécime juvenil ou sub-adulto, semelhante a Moschops e Moschognathus da Zona de Assembleia (ZA) de Tapinocephalus da África do Sul. A segunda ocorrência de terápsido reportada aqui é baseada no espécime UNIPAMPA-PV-317P, reconhecido como um novo gênero e espécie de anomodonte (especificamente um dicinodonte). Características diagnósticas do novo táxon incluem cristas bem desenvolvidas (em norma ventral) a partir da placa mediana do pterigoide e ao longo dos ramos anteriores do pterigoide, ângulo marcado da porção posterior dos ramos do pterigoide, presença de pequenas presas caniniformes a partir de uma pequena incisura levemente posterior a cada processo caniniforme e presença de um processo retro-articular bem desenvolvido e em forma de bulbo na mandíbula. Não está claro ainda se o tamanho reduzido das presas caniniformes é devido à ontogenia, patologia ou a dimorfismo sexual. A análise filogenética indicou que UNIPAMPA-PV-317P é o membro mais basal de Bidentalia, um clado cosmopolita que inclui a maioria dos dicinodontes permianos e triássicos. Em relação às correlações bioestratigráficas possíveis para as localidades contendo tetrápodes na FRR, não é possível correlacionar estas localidades com apenas uma das ZAs da África do Sul ou mesmo da Plataforma Russa no momento, por que a FRR parece abrigar múltiplas assembleias de tetrápodes, das quais um retrato muito tendenciado é conhecido. Apenas a localidade de Aceguá Sítio 1 indica um pequeno refinamento, visto que os níveis abaixo da ocorrência de Provelosaurus americanus (um pareiassaurídeo) foram datados com métodos radiométricos e indicaram ser mais recentes do que 265 Ma, demonstrando que este sítio é correlacionável a partir da ZA de Tapinocephalus. / Permian tetrapod-bearing localities have been recovered from the Rio do Rasto Formation (RRF) in southern Brazil since the 1970s. Posteriorly, they have been grouped into three ‘local faunas’, correlated with the Guadalupian and Lopingian tetrapods of South Africa and Russia. However, tetrapod findings in the Brazilian deposit occur in disperse, isolated and discontinuous outcrops and most specimens lack precise data regarding their stratigraphic provenance. We suggest that the term ‘local fauna’ be discontinued for the tetrapod-bearing localities of the RRF, since they may be grouping non-contemporaneous taxa. The present study recognized ten tetrapod-bearing localities in this formation, but only four of them bear therapsid remains (Serra do Cadeado-EFCP, Fagundes Farm, Boqueirão Farm and Tiarajú-Barro Alto). Until date, Permian therapsids in South America are only known from the RRF and comprise anomodonts and dinocephalians. Here we report two new therapsid occurrences for this unit. The specimen UFRGS-PV-0487P was identified as a Tapinocephalidae indet. (Dinocephalia), from the Serra do Cadeado-EFCP locality. Comparison with other tapinocephalids indicates that UFRGS-PV-0487P is a juvenile or sub-adult specimen, which most closely resembles the ‘moschopines’ Moschops and Moschognathus from the Tapinocephalus Assemblage Zone (AZ) of South Africa. The second occurrence is based on the specimen UNIPAMPA-PV-317P, recognized as a new genus and species of anomodont (namely a dicynodont). Diagnostic features of the new taxon include well-developed ridges extending from the crista oesophagea anteriorly along the pterygoid rami, strong posterior angulation of the posterior pterygoid rami, small tusks erupting from a short incisure slightly posterior to each caniniform process and well-developed bulbous retroarticular process of the articular. It is not clear whether the reduced size of the tusks represents pathology, an ontogenetic feature or sexual dimorphism. Phylogenetic analysis indicates that UNIPAMPA-PV-317P is the most basal member of Bidentalia, a cosmopolitan clade that includes most of the Permian and Triassic dicynodonts. It is not possible at the moment to constrain the time interval of the tetrapod-bearing localities of the RRF to only one biozone of South Africa or Russia because the RRF seems to bear incomplete but multiple faunal assemblages. Aceguá Site 1 age is better constrained due to radiometric dating, but it only indicates that the levels bearing the pareiasaurid Provelosaurus americanus are younger than 265 My and can be correlated with the Tapinocephalus AZ.

The aim of the diploma thesis was to create didactic materials with motivation components that would use area of exhibition ?Třeboňsko ? landscape and people? in teaching vertebrate zoology. These materials are intended for pupils of basic and secondary schools, mainly in surrounding the town Třeboň. Diploma thesis includes the conceptual and structural analysis of vertebrate topic in biology schoolbooks. The materials are divided into two groups. First group are information worksheets and worksheets which are usable in the exhibition. Second group are proposals of excursions. Materials have own tasks and questions. Some of tasks were practically tested. Diploma thesis was solved in the project GA JU 065/2010/S.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-21Bitstream added on 2014-06-13T21:03:46Z : No. of bitstreams: 1 000741895.pdf: 15459081 bytes, checksum: d63bdd273032427c5d062ded87237abe (MD5) / Atualmente os sistemas biológicos vem sendo abordados por diversas áreas de pesquisas, dentre elas a biologia de sistemas. Essa área tem centrado esforços para descrever e compreender as relações entre os componentes bióticos e abióticos desses sistemas, utilizando para isso a teoria de grafos. Uma forma de estudar esses sistemas, é avaliar as interações entre proteínas, que são as interações biomoleculares mais abundantes nas células. Nesse contexto, a presente tese focou no desenvolvimento de um algoritmo computacional capaz de predizer interações entre proteínas de qualquer espécie ou conjunto protéico. Para isso, foram utilizadas técnicas de aprendizado de máquina (sub-área da inteligência artificial) para a construção e aplicação desse preditor, o qual mostrou-se eficaz em predizer interações entre proteínas de mais de 80 espécies diferentes, incluindo interações entre proteínas de parasita e hospedeiro. Esse novo preditor foi aplicado no proteoma de zebrafish (Danio rerio) e humanos (Homo sapiens), gerando assim redes de interações proteicas para ambas as espécies. As interações obtidas foram avaliadas em um contexto geral e o foco das análises foi direcionado para a sub-rede relacionada com as vias de determinação e diferenciação sexual em vertebrados. Os resultados demonstraram uma relativa baixa conservação desses grafos ao longo da evolução dos vertebrados, tanto do ponto de vista global quanto da sub-rede relacionada com a determinação e diferenciação sexual em vertebrados. Além disso, foi possível observar ao menos um hub conservado entre as duas sub-redes, o qual representa um novo alvo a ser avaliado por pesquisas experimentais. Contudo, os dados demonstram que o preditor gerado possui um grande potencial para diversas áreas de estudos e é bastante útil para predição de interações em larga-escala. Além disso, os aspectos evolutivos aqui... / Nowadays the biological systems have been analyzed under several research foci, including the system biology. This area focus to describe and understand the relationship between biotic and abiotic factors using the graph theory. The protein interactions are target interactions to the system biology because they are the most abundant biomolecular interactions within a cell. Thus, this thesis reported the development of a computational algorithm to predict proteinprotein interactions for all species or protein sets. The machine learning technique (sub-area of artificial intelligence) were used to develop and apply this method, giving effective results to predict protein-protein interaction for more than 80 different species, including parasitehost associations. This new predictor was applied to the proteome set of zebrafish (Danio rerio) and humans (Homo sapiens), generating the protein-protein interactions for both species. Evolutionary aspects of the protein interactions were studied in a broad context and the focus was directed to the sub-network involved in the vertebrate sex determination and differentiation. The results reported a low conservation of those graphs across the evolution in a general view or for the sub-network related to the vertebrate sex determination and differentiation. Moreover, it was reported at least one conserved hub between both subnetworks, to be further evaluated by experimental procedures. Anyway, the data showed that the predictor here reported may be very useful for several research areas and it is desirable for large-scale prediction procedures. Furthermore, the evolutionary aspects discussed in this thesis open new perspectives concerning system biology and evolutionary pathways of vertebrate sex determination and differentiation

Localidades contendo tetrápodes fósseis do Permiano são conhecidas para a Formação Rio do Rasto (FRR) no sul do Brasil desde a década de 1970. Posteriormente, elas foram agrupadas em três “faunas locais”, correlacionáveis com as ocorrências de tetrápodes do Guadalupiano e do Lopingiano da África do Sul e da Rússia. Contudo, os fósseis de tetrápodes no Brasil ocorrem em afloramentos dispersos, isolados e discontínuos, de maneira que a maioria deles não possui dados precisos referentes ao seu posicionamento estratigráfico no sítio de coleta. Sugere-se que seja suspenso o uso do termo “fauna local” para as localidades contendo tetrápodes da FRR, pois elas provavelmente agrupam táxons que não são contemporâneos. A presente tese reconheceu dez localidades contendo tetrápodes nesta formação, mas apenas em quatro delas há o registro de terápsidos (Serra do Cadeado-EFCP, Fazenda Fagundes, Fazenda Boqueirão e Tiarajú-Barro Alto). Até o momento, terápsidos permianos são reportados na América do Sul apenas na FRR e compreendem anomodontes e dinocefálios. Aqui são relatadas duas novas ocorrências de terápsidos para esta unidade. O espécime UFRGS-PV-0487P foi identificado como um Tapinocephalidade indeterminado (Dinocephalia) e provém da localidade Serra do Cadeado-EFCP. Comparação com outros Tapinocephalidae indicam que UFRGS-PV-0487P é um espécime juvenil ou sub-adulto, semelhante a Moschops e Moschognathus da Zona de Assembleia (ZA) de Tapinocephalus da África do Sul. A segunda ocorrência de terápsido reportada aqui é baseada no espécime UNIPAMPA-PV-317P, reconhecido como um novo gênero e espécie de anomodonte (especificamente um dicinodonte). Características diagnósticas do novo táxon incluem cristas bem desenvolvidas (em norma ventral) a partir da placa mediana do pterigoide e ao longo dos ramos anteriores do pterigoide, ângulo marcado da porção posterior dos ramos do pterigoide, presença de pequenas presas caniniformes a partir de uma pequena incisura levemente posterior a cada processo caniniforme e presença de um processo retro-articular bem desenvolvido e em forma de bulbo na mandíbula. Não está claro ainda se o tamanho reduzido das presas caniniformes é devido à ontogenia, patologia ou a dimorfismo sexual. A análise filogenética indicou que UNIPAMPA-PV-317P é o membro mais basal de Bidentalia, um clado cosmopolita que inclui a maioria dos dicinodontes permianos e triássicos. Em relação às correlações bioestratigráficas possíveis para as localidades contendo tetrápodes na FRR, não é possível correlacionar estas localidades com apenas uma das ZAs da África do Sul ou mesmo da Plataforma Russa no momento, por que a FRR parece abrigar múltiplas assembleias de tetrápodes, das quais um retrato muito tendenciado é conhecido. Apenas a localidade de Aceguá Sítio 1 indica um pequeno refinamento, visto que os níveis abaixo da ocorrência de Provelosaurus americanus (um pareiassaurídeo) foram datados com métodos radiométricos e indicaram ser mais recentes do que 265 Ma, demonstrando que este sítio é correlacionável a partir da ZA de Tapinocephalus. / Permian tetrapod-bearing localities have been recovered from the Rio do Rasto Formation (RRF) in southern Brazil since the 1970s. Posteriorly, they have been grouped into three ‘local faunas’, correlated with the Guadalupian and Lopingian tetrapods of South Africa and Russia. However, tetrapod findings in the Brazilian deposit occur in disperse, isolated and discontinuous outcrops and most specimens lack precise data regarding their stratigraphic provenance. We suggest that the term ‘local fauna’ be discontinued for the tetrapod-bearing localities of the RRF, since they may be grouping non-contemporaneous taxa. The present study recognized ten tetrapod-bearing localities in this formation, but only four of them bear therapsid remains (Serra do Cadeado-EFCP, Fagundes Farm, Boqueirão Farm and Tiarajú-Barro Alto). Until date, Permian therapsids in South America are only known from the RRF and comprise anomodonts and dinocephalians. Here we report two new therapsid occurrences for this unit. The specimen UFRGS-PV-0487P was identified as a Tapinocephalidae indet. (Dinocephalia), from the Serra do Cadeado-EFCP locality. Comparison with other tapinocephalids indicates that UFRGS-PV-0487P is a juvenile or sub-adult specimen, which most closely resembles the ‘moschopines’ Moschops and Moschognathus from the Tapinocephalus Assemblage Zone (AZ) of South Africa. The second occurrence is based on the specimen UNIPAMPA-PV-317P, recognized as a new genus and species of anomodont (namely a dicynodont). Diagnostic features of the new taxon include well-developed ridges extending from the crista oesophagea anteriorly along the pterygoid rami, strong posterior angulation of the posterior pterygoid rami, small tusks erupting from a short incisure slightly posterior to each caniniform process and well-developed bulbous retroarticular process of the articular. It is not clear whether the reduced size of the tusks represents pathology, an ontogenetic feature or sexual dimorphism. Phylogenetic analysis indicates that UNIPAMPA-PV-317P is the most basal member of Bidentalia, a cosmopolitan clade that includes most of the Permian and Triassic dicynodonts. It is not possible at the moment to constrain the time interval of the tetrapod-bearing localities of the RRF to only one biozone of South Africa or Russia because the RRF seems to bear incomplete but multiple faunal assemblages. Aceguá Site 1 age is better constrained due to radiometric dating, but it only indicates that the levels bearing the pareiasaurid Provelosaurus americanus are younger than 265 My and can be correlated with the Tapinocephalus AZ.

This dissertation presents a diagnosis of the diversity of terrestrial vertebrates in the Brazilian state of Sergipe. Information on the general and regional distribution, conservation and expected occurrence of species were collected for each taxonomic group. The morphoclimatic domain model was adopted as the geographic baseline for the definition of the ranges of the 547 species identified. Most of the 45 species of amphibian expected for Sergipe are distributed throughout the different domains, although 11 are restricted to the Atlantic Forest. Two species of Phyllomedusa are endangered locally, almost all the 39 confirmed species are restricted to the Atlantic Forest. The 57 reptilian species are mostly widely-distributed lizards and snakes, although 11 are restricted to either the Atlantic Forest or the caatinga. Two species of nemidophorus lizards are endemic, and four have a local distribution, while approximately 30 of the expected species were confirmed. With regard to the 387 bird species, 14 are restricted to the Atlantic Forest and two to the caatinga. The albatross, Thalassarche melanophris, has a restricted distribution, and the passeriform Herpsilochmus pectoralis is on the list of endangered species. Approximately 450 species of birds 95 of which are endangered are expected to occur in Sergipe. Most of the 36 species of nonvolant mammals, plus the 22 bats, are from the Atlantic Forest and caatinga, or more amply distributed. Red-listed species include the Atlantic Forest bat Chiroderma doriae, the titi monkeys Callicebus coimbrai and C. barbarabrownae from the Atlantic Forest and caatinga, respectively, and the capuchin, Cebus xanthosternos. Of the 124 species that probably occur within the area, three are endemic to the caatinga, and four to the Atlantic Forest. The most important areas of the Atlantic Forest and caatinga for ecological studies and biological inventory are identified and discussed. / A dissertação é um diagnóstico da biodiversidade dos vertebrados terrestres da região de Sergipe. Para cada grupo taxonômico foram obtidas informações sobre a distribuição geral e regional das espécies, conservação e espécies de ocorrência esperada. O modelo dos domínios morfoclimáticos foi adotado como unidade geográfica para determinar as distribuições das 547 espécies. A maioria das 45 espécies de anfíbios está amplamente distribuída em todos os domínios, 11 são restritas à mata atlântica. Duas espécies de Phyllomedusa estão ameaçadas localmente, quase todas as 39 espécies esperadas ocorrer são restritas à mata atlântica. As 57 espécies de répteis são compostas principalmente por lagartos e serpentes amplamente distribuídas em todos os domínios, 11 são restritas à mata atlântica e caatinga. Duas espécies de lagartos do gênero Cnemidophorus são endêmicas e 4 têm distribuição localizada; aproximadamente 30 espécies de répteis são esperadas ocorrer. Com relação às 387 espécies de aves, 14 são restritas à mata atlântica e 2 à caatinga. O albatroz Thalassarche melanophris tem distribuição localizada e o passeriforme Herpsilochmus pectoralis está na lista de ameaçados. Aproximadamente 450 espécies de aves são esperadas ocorrer, 95 ameaçadas. A maioria das 36 espécies de mamíferos não voadores, mais 22 morcegos, é da mata atlântica e caatinga ou tem distribuição mais ampla. Nas listas de conservação estão o morcego Chiroderma doriae da mata atlântica, os macacos guigós Callicebus coimbrai da mata e C. barbarabrownae da caatinga, e o macaco-prego Cebus xanthosternos. As espécies de mamíferos de provável ocorrência são 124, endêmicas da caatinga 3, da mata atlântica 4. São apresentados comentários sobre áreas de mata atlântica e caatinga para futuros estudos ecológicos e inventários sobre biodiversidade.

Orientador: Thomas Michael Lewinsohn / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T00:31:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Loyola_RafaelDias_D.pdf: 14476866 bytes, checksum: c3233f8ed69a9d1f787b6862157bb260 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: Procurei identificar prioridades de conservação para vertebrados terrestres em diferentes escalas geográficas (da regional/continental à global), usando ecorregiões como unidades geográficas. Mais especificamente, avaliei (1) a correlação entre riqueza e endemismo exibida por vertebrados terrestres que ocorrem em ecorregiões do Brasil e a eficiência de cada classe de vertebrados terrestres (anfíbios, répteis, aves e mamíferos) como grupos indicadores para a identificação de prioridades de conservação em ecorregiões brasileiras; (2) identifiquei ecorregiões prioritárias para a representação eficiente de todos os vertebrados terrestres, incluindo aqueles endêmicos e ameaçados de extinção, na região Neotropical, e o quanto essas ecorregiões representam da fauna existente nessa província biogeográfica; (3) identifiquei ecorregiões prioritárias para a representação eficiente de todos os anuros (Amphibia: Anura) ameaçados de extinção na região Neotropical e como a inclusão de características da história de vida (e.g. modo reprodutivo) desse grupo no processo de priorização pode auxiliar no delineamento dessas áreas prioritárias; (4) de maneira similar, assinalei ecorregiões prioritárias para a conservação de todos os carnívoros (Mammalia: Carnivora) na região Neotropical e no mundo, e como a inclusão de características ecológicas, evolutivas e da história de vida desse grupo - associadas a custos econômicos (US$/km2) da aquisição de terras em ecorregiões - pode auxiliar no delineamento dessas áreas prioritária. Os resultados apontam, de maneira geral, ecorregiões localizadas no sul do México, América Central, Andes tropicais, sul da América do Sul, sudeste asiático e Filipinas, e a Mata Atlântica brasileira como áreas de extrema relevância, cuja conservação eficiente, por meio de redes de reservas cuidadosamente implementadas, poderia minimizar consideravelmente as ameaças atuais aos vertebrados terrestres. A identificação de áreas prioritárias para a conservação da biodiversidade que vão de uma escala regional/continental à global, é apenas um primeiro passo no estabelecimento de estratégias de conservação in-situ que garantirão a persistência de espécies por períodos ecológicos e evolutivos relevantes para sua existência. Os trabalhos incluídos nessa tese reforçam o arcabouço teórico e metodológico da avaliação de conservação e oferecem bases científicas para o delineamento de regiões prioritárias para a conservação de biodiversidade em um mundo em constante mudança. / Abstract: I aimed to identify conservation priorities for terrestrial vertebrates across different spatial scales (from regional/continental to global), using ecoregions as geographic units. I have evaluated, in particular, (1) the congruence between overall richness and endemism patterns among terrestrial vertebrates that occur in Brazil, and the effectiveness of each vertebrate class (amphibians, reptiles, birds, and mammals) as indicator groups for identifying conservation priorities among Brazilian ecoregions; (2) I have identified priority sets of ecoregions that are effective in representing terrestrial vertebrate diversity in the Neotropics, including those endemics and threatened of extinction; (3) I have also identified priority sets of ecoregions for the conservation of Neotropical threatened anurans, and have also evaluated how the inclusion of species lifehistory traits (e.g. reproductive modes) in the prioritization process may help to improve areasetting analysis; (4) similarly, I have highlighted Neotropical and Global priority sets of ecoregions for the conservation of all carnivores (Mammalia: Carnivora), and again, how the inclusion of biological traits - along with economic costs (US$/km2) of land acquisition within ecoregions - may help in the delineation of these priority set of areas. In general, results highlighted ecoregions found in southern Mexico, Central America, tropical Andes, southern South America, southeast Asia and the Philippines, and the Brazilian Atlantic Forest as extremerelevance areas. Their effective conservation, through the implementation of carefully designed reserve networks, could therefore minimize significantly current threats to terrestrial vertebrates. Identification of a comprehensive set of natural areas, as presented here, is a first step towards an in-situ biodiversity maintenance strategy, which only subtends a much more complex process of policy negotiation and implementation. The studies included in the thesis contribute to a joint framework for the development of national and continental strategies for biodiversity conservation, adding to burgeoning initiatives to plan the application of finite funds and efforts where they will be most effective. / Doutorado / Doutor em Ecologia

Orientadores: Lucia Elvira Alvares, Jose Xavier Neto / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T10:17:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sobreira_DeboraRodrigues_M.pdf: 2481929 bytes, checksum: 2cb1105ccc78322b5f11f4528108d2fc (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Splicing Alternativo é um mecanismo importante para expandir a diversidade protéica em eucariotos. Este processo permite a produção de diferentes mRNAs a partir de uma mesma molécula de pré-RNA e é freqüentemente utilizado pelos genes envolvidos no desenvolvimento embrionário. O gene Oapper1 (Opr1) é um importante modulador da via de sinalização Wnt, atuando em diversos processos como especificação do tecido neural, morfogênese cefálica e desenvolvimento do coração e olho. Entre seus parceiros estão as '1lOléculas Dishevelled, o fator de transcrição TCF-3 (ambas as moléculas envolvidas na sinalização Wnt) e Dbf-4 (regulador do ciclo celular). Considerando que Dpr1 possui uma estrutura modular e interage com diferentes parceiros moleculares através de diferentes domínios estruturais, esta molécula poderia utilizar a maquinaria de Splicing Alternativo para combinar diferentes domínios e conseqüentemente ampliar suas funções biológicas. Neste estudo, descrevemos uma nova Variante do gene Opr1, identificada inicialmente no transcriptoma de camundongo utilizando ferramentas de Bioinformática. Esta nova Variante é maior em 111 pb em relação à codificada pela seqüência referência de RNAm para Dpr1 RefSeq, as quais são denominadas, respectivamente, como Variante A e Variante B. Estes transcritos variantes são gerados por dois sítios aceptores de Splicing distintos presentes no início do exon 4. O segmento exclusivo da Variante A codifica 37 aminoácidos localizados na região onde Opr1 se associa ao fator transcricional TCF-3. Uma análise comparativa do lócus de Opr1 entre diversos vertebrados (peixe, anfíbio, galinha, camundongo e humano) revelou que ambos os sítios aceptores de Splicing são conservados nos tetrápodas, enquanto que em peixe apenas um sítio é encontrado. Ensaios de RT-PCR confirmaram nossos resultados obtidos em Bioinformática. Além disso, demonstramos que ambas as Variantes são co-expressas ao longo do desenvolvimento de galinha, sugerindo que a concentração relativa dessas moléculas pode ser importante para a sua função. Finalmente, análises de pressão seletiva foram realizadas para a molécula de Dpr1. Apesar de não se confirmar a presença de seleção positiva ao longo da proteína Dpr1, o exon 4 parece estar sob pressão seletiva mais relaxada quando comparado aos outros exons. Nossos resultados são consistentes com a hipótese de que o mecanismo de Splicing Alternativo atua acelerando a evolução, reduzindo a seleção negativa. / Abstract: Alternative splicing is an important mechanism to expand protein diversity in eukaryotes. This process allows the production of different mRNAs from a single coding sequence and is frequentfy used by genes involved in development. Oapper 1 (Opr1) is an important rnodulator of Wnt signalling, working in several developmental processes, such as neural tissue specification, head morphogenesis, heart and eye development. While its interaction with Oishevelled is known to modulate Wnt signalling both in vivo and in vitre, the interaction wrth other molecules is required to mediate its multiple biological functions. Considering that Dpr1 has a modular structure that mediates its interaction with different partners through different structural domains, this molecule could greatly benefit from alternative splicing in order to combine different domains and consequently amplify its biological functions. In the present study we describe a new Opr1 isoform that was initially identified in the mouse transcriptome using bioinformatic tools. This isoform is 111 pb longer than the one encoded by the RefSeq mRNA for Opr1, here named O and E isoforms, respectively. The variant transcripts are generated through two distinct acceptor splice sites in exon 4. The segment exclusive of the O isoform is in frame and encodes 37 residues located in a variable region of Oprl exon 4, known to be necessary for the interaction with the transcriptional factor Tcf3. comparative analysis of the Opr1 locus among fish, frog, chicken, mouse and human revealed that in tetrapods two acceptor splice sites are conserved in the beginning of the exon 4, while in fish a single acceptor splice site is found. RT-PCR using species-specific primers confirmed the expression of the O and E isoforms in tetrapods while in fish only the O isoform was detected. In addition, we showed that the Opr1 isoforms are coexpressed throughout chicken development, suggesting that the relative concentration of these molecules may be important for their functionality. Finally, even though no evidence of positive selection was detected for the entire Dpr1 protein, exon 4 seems to be under more relaxed selective pressure than the other exons. These results are consistent with the notion that alternative splicing can act as a mechanism for opening accelerated paths of evolution by reducing negative selection pressure. / Mestrado / Histologia / Mestre em Biologia Celular e Estrutural

O clado de Passeriformes denominado, atualmente, Furnariida é endêmico da região Neotropical e muito diversificado; ele é representado por cerca de 623 espécies alocadas em 134 gêneros, distribuídas nas seguintes famílias: Furnariidae, Dendrocolaptidae, Thamnophilidae, Formicariidae, Conopophagidae e Rhinocryptidae. As aves deste grupo são, em geral, encontradas em bandos mistos de espécies e/ou podem seguir formigas de correição, fenômenos que são conspícuos entre aves de florestas tropicais. Os representantes de Furnariida são considerados insetívoros, embora possam consumir, ocasionalmente, pequena quantidade de frutos ou sementes e pequenos vertebrados. Este trabalho teve como objetivo descrever a dieta de espécies representantes dos Furnariida que ocorrem em diferentes regiões da Amazônia, além de estimar o número de presas e de biomassa bruta consumida. Para tal, foi analisado o conteúdo estomacal de 476 espécimes de aves Furnariida, dos quais 51 pertencem à família Furnariidae, 139 à Dendrocolaptidae, 280 à Thamnophilidae, 3 à Formicariidae e 3 à Conopophagidae. Foram utilizados dois métodos diferentes para avaliar a contribuição da biomassa de presas consumidas pelos Dendrocolaptidae. O método da biomassa parcial apresentou-se muito incerto e, neste estudo, considerou-se a biomassa estimada como o método mais confiável para comparar o número total de itens e sua biomassa correspondente. As principais presas consumidas por estes pássaros foram Coleoptera, Orthoptera e Araneae. No entanto, Orthoptera foi o item que contribuiu com a maior biomassa ingerida, seguido de Coleoptera e Vertebrata. A alta biomassa de Orthoptera no ambiente poderia explicar o maior consumo, ou preferência desses insetívoros por tal item. Os vertebrados foram consumidos por alguns espécimes de Dendrocolaptidae e de Thamnophilidae e a maior parte do material ingerido pelos dendrocolaptídeos corresponde a Gonatodes humeralis, um pequeno lagarto escansorial; já os vertebrados consumidos pelos tamnofilídeos não foram identificados. A predação de vertebrados pode ser ocasional e, em geral, é considerada oportunística. Nas famílias de Furnariida, com número representativo de espécimes, Orthoptera e Araneae tiveram maior frequência de ocorrência em Furnariidae, enquanto Coleoptera e Orthoptera em Thamnophilidae e Coleoptera em Dendrocolaptidae, o que pode estar relacionado aos hábitos de forrageamento das espécies nelas incluídas / The clade Furnariida of the Passeriformes is endemic to the Neotropical region, and is very diverse: it is represented by around 623 species in some 134 genera distributed in the following families: Furnariidae, Dendrocolaptidae, Thamnophilidae, Formicariidae, Conopophagidae e Rhinocryptidae. Commonly the birds of this group are found in mixed-species flocks and/or as army-ant-followers, features that are common amongst birds of the tropical forests. Members of the Funariida are considered to be insectivores although they may occasionally eat small quantities of fruit or seeds, or small vertebrates. The objective of this study was to describe the diet of representative species of the Funariida that occur in different Amazonian regions, and also estimate the numbers of prey and total biomass consumed. To do this the stomach contents of 476 specimens of the Furnariida were analyzed, of which, 51 belonged to the family Funariidae, 139 to the Dendrocolaptidae, 280 to the Thamnophilidae, and 3 each to the Formaricariidae and Conopophagidae. Two methods were used to evaluate the contribution of the biomass of the preys consumed by the Dendrocolaptidae. The partial biomass method was found to be very unreliable and so, in this study, the estimated biomass method was found to be the most appropriate to compare the total number of items in the corresponding biomass. The main types of prey eaten by these birds were Coleoptera, Orthoptera and Araneae. Nevertheless, Orthoptera were the group that made the biggest contribution to the ingested biomass, followed by Coleoptera and Vertebrata. The high biomass of Orthoptera in the environment would explain the high consumption and preference for these insects as prey. The vertebrates were consumed by some specimens of Dendrocolaptidae and Thamnophilidae, and in the case of the dendrocolaptids these were all the small scansorial lizard Gonatodes humeralis; those consumed by the thamnophilids were not identified. Predation on vertebrates seems to be occasional and is probably opportunistic. In the families of the Furnariida, represented by numbers of specimens, Orthoptera and Aranae had the highest frequency of occurrence in the Funariidae, with Coleoptera and Orthoptera in the Thamnophilidae, and Coleoptera in the Dendrocolaptidae, which can be related to the foraging habits of the species in these families