O objetivo do presente estudo foi determinar o efeito antioxidante e antigenotóxico de extratos de folhas de Styphnodendron adstringens (“barbatimão”). Foram obtidos o extrato aquoso (AEB), a fração aquosa (WFB) e o extrato etanólico (EEB) de folhas de barbatimão. Foram analisadas as atividades antioxidante in vitro e in vivo e o efeito dos extratos contra o agente genotóxico, ciclofosfamida (CP). O conteúdo de compostos fenólicos variou de 23,93 a 34,94%, os flavonóides de 3,63 a 5,02% e as proantocianidinas de 23,32 a 35,4 mM. Todos os extratos testados exibiram atividade antioxidante. A capacidade antioxidante total dos extratos foi de: 147,85±12,68, 124,36 ± 7,18 e 148,64 ± 8,41 mg ácido ascórbico/g extrato, para o AEB, WFB e EEB respectivamente. A atividade seqüestrante de DPPH dos extratos foi dependente da concentração e a atividade máxima foi obtida com 62 μg/mL dos extratos. Estes apresentaram capacidade similar ao ácido ascórbico e maior que o BHT para reduzir o Fe3+ e esta atividade foi também dependente da concentração. O poder redutor máximo foi obtido com 250 mg/mL dos extratos. Nos ensaios in vivo o AEB e EEB foram mais eficientes no cérebro, reduzindo a formação de TBARS, enquanto o WFB foi mais ativo no fígado, diminuindo a oxidação de proteínas. Em relação à fragmentação do DNA, foi visto que a CP induziu apoptose, confirmada pelo padrão de DNA escada. O AEB não produziu apoptose, mas também não protegeu as células contra o efeito da CP. O WFB foi antigenotóxico, pois não induziu apoptose e protegeu as células dos efeitos apoptóticos da CP. O EEB induziu necrose, evidenciada pela intensa lesão do DNA (arraste). Em conclusão, todos os extratos apresentaram atividade antioxidante e o WFB é antigenotóxico. / The aim of the present study was to determine the antioxidant and antigenotoxic effect of leaf extracts of Styphnodendron adstringens (“barbatimão”). The aqueous (AEB), water fraction (WFB) and ethanolic (EEB) extracts of leaves were obtained. We analyzed the antioxidant activity in vitro and in vivo and the effect against a genotoxic agent, cyclophosphamide (CP), of the extracts. The extracts presented high content of phenolic compounds, flavonoids and proanthocyanidins. All of the extracts tested exhibit antioxidant activity. The total antioxidant capacity of the extracts was: 147.85±12.68, 124.36 ± 7.18 and 148.64 ± 8.41 mg ascorbic acid/g extract, for AEB, WFB and EEB respectively. The free radical DPPH scavenging activity of the extracts was concentration-dependent and the maximum activity was achieved with 62 μg/mL. The extracts presented Fe3+reducing capacity similar to ascorbic acid and higher than BHT and it was also concentration-dependent. The maximum reducing power was achieved with 250 mg/mL. The AEB and EEB were most efficient in brain, reducing TBARS formation while the WFB was most active in liver, decreasing protein oxidation. As for DNA fragmentation, it can be seen that CP induced apoptosis, confirmed by the DNA ladder pattern. The AEB neither induce apoptosis nor protected cells from the effects of CP. The WFB was antigenotoxic, as it did not induce apoptosis and protected cells from the apoptotic effect of CP. The EEB induced necrosis, as seen by the intense DNA lesion (smear). In conclusion all extracts presented antioxidant activity and WFB was antigenotoxic. WFB may be useful as cancer chemopreventive and/or anticarcinogenic agent. / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - FAPEMIG

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 NickDisser.pdf: 4259889 bytes, checksum: ee955de15c6345917110d7b6dc4b9765 (MD5) Previous issue date: 2011-12-01 / Single nucleotide polymorphism, SNP, are common and may be responsible for di_erent phenotypes. The attention around this type of polymorphism was intensi_ed when it was discovered, through the sequencing project of the human genome, that they were responsible for most of the genetic variability (90%) of complete human genomes compared. Thus, presenting a frequency of occurrence of one SNP per 1.000-2.000bp intervals. Recently, several studies have focused on the detection of this type of polymorphism in bacterial genomes for use in bacterial strain typing and phylogeny reconstruction, for example. In this work we developed a methodology for detecting and _ltering SNPs for bacterial genomes in order to analyze the prevalence of this type of polymorphism. The methodology involves the use of sequence alignment algorithms and _lters developed in PERL programming language for the detection and filtering of SNPs in order to obtain a reliable final set. The occurrence of SNPs fits the concept of Poisson probability distribution because they are events that occur in an interval, in this case, coding sequences. Within this context, we also calculated the expected frequency of SNPs for each case using a Poisson probability distribution. SNPs that exceeded the expected frequency may be subject to diferent selective pressure. The methodology was tested and evaluated for genomes in five genera of the family Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella and Yersinia) and used in the case study of Klebsiella pneumoniae str. Kp13 genome, a bacteria causing nosocomial infection. The methodology has been able to detect and filter SNPs in diferent species of the family Enterobacteriaceae in accordance with data already published. For the four Klebsiella pneumoniae strains analyzed the occurrence of such polymorphism between the strains compared was observed. Thus, coding sequences with a number of SNPs higher than the expected frequency, obtained by the Poisson Probability Distribution, have been investigated to assess its possible association with the bacteria lifestyle. / Polimorfismos de Unico Nucleotídeo, SNP, são freqüentes e podem ser responsáveis por diferentes fenótipos. A atenção em torno deste tipo de polimorfismo se intensificou quando se descobriu, através do projeto de seqüenciamento do genoma humano, que eram responsáveis pela maior parte da variabilidade genética (90%) entre genomas humanos completos comparados. Com isso apresentando uma freqüência de ocorrência de 1 SNP em intervalos de 1.000-2.000pb. Recentemente vários estudos se concentraram na detecção desse tipo de polimorfismo em genomas bacterianos para uso em tipagem de estirpes e reconstrução de filogenia, por exemplo. Neste trabalho foi desenvolvida uma metodologia de detecção e filtragem de SNPs para genomas bacterianos visando a análise da prevalência desse tipo de polimorfismo. A metodologia envolve o uso de algoritmos de alinhamento de seqüência e filtros desenvolvidos na linguagem de programação PERL para a detecção e filtragem de SNPs com a finalidade de se obter um conjunto final confiável. A ocorrência de SNPs se encaixa no conceito de distribuição de probabilidade de Poisson por serem eventos que ocorrem em um intervalo, nesse caso, seqüência codificantes. Dentro deste contexto, também foi calculada a freqüência esperada de SNPs para cada caso estudado usando uma distribuição de probabilidade de Poisson. Microrganismos que apresentem SNPs em uma freqüência acima da esperada podem estar sujeitos a pressões seletivas diferenciadas. A metodologia foi testada e avaliada para genomas em cinco gêneros da família Enterobacteriaceae (Enterobacter, Escherichia, Salmonella, Shigella e Yersinia) e utilizada no caso específico da bactéria Klebsiella pneumoniae str. Kp13, causadora de infecção nosocomial isolada no Brasil. A metodologia se provou capaz de detectar e filtrar SNPs em diferentes espécies da família Enterobacteriaceae em concordância com dados já publicados. Para as 4 estirpes de Klebsiella pneumoniae foi observada a ocorrência desse tipo de polimorfismo entre as estirpes comparadas. Desta maneira, seqüências codificantes com um número de SNPs maior que a freqüência esperada, obtida com a Distribuição de Probabilidade de Poisson, foram investigadas para averiguação da sua possível associação com o estilo de vida bacteriano.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T18:13:45Z No. of bitstreams: 1 JordanBarrosdaSilvaDissertacao2017.pdf: 2923625 bytes, checksum: f4397cfc3ec64b731e5825c3fd8ad2cb (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-09-06T18:15:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JordanBarrosdaSilvaDissertacao2017.pdf: 2923625 bytes, checksum: f4397cfc3ec64b731e5825c3fd8ad2cb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-06T18:15:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JordanBarrosdaSilvaDissertacao2017.pdf: 2923625 bytes, checksum: f4397cfc3ec64b731e5825c3fd8ad2cb (MD5) Previous issue date: 2017-03-14 / UCB / Myelofibrosis (MF) is a rare disease that has an annual incidence of 1 in every 100,000 inhabitants in world, with an average survival of 69 months after diagnosis. Patients with MF have a delicate prognosis and common findings are increased platelet and erythrocyte counts, extramedullary hematopoiesis, hepatomegaly and splenomegaly, and medullary fibrosis. In recent years, several mutations have been reported in the literature, such as JAK2V617F, CalR and MPL, however, the only commercialized therapy so far (Ruxolitinib) has no curative potential. Extracellular vesicles (EVs) comprise a group of vesicles with a size of approximately 30 to 1000 nm and can carry molecules such as lipids, proteins and RNAs inside them. Due to these characteristics, several recent studies have demonstrated a relationship between the EVs and several types of clonal diseases, where patients with malignancies presented high levels of EV in the serum. Among the RNAs found the interior of the EVs, miRNAs are differentially expressed, since it is known that the small molecules are involved in several cellular processes. The present study has as a characteristic the trace of an EV profiles in patients with Myelofibrosis accompanied at the Hematology and Hemotherapy Unit of the Federal District Base Hospital, as well as a differential expression of the microRNAs miR-29a-3p, miR-155 -5p and miR-223-3p and correlate with the clinical features of the disease. The data show that miR-29a and miR-155 are differentially expressed in MF patients, both of which are downregulated. The miR-223 did not present significant differences. Knowing that the low expression of miR29a is related to an aberrant self-renewal of hematopoietic progenitor cells, the data presented here indicate that the EV may contribute to the pathophysiology of the disease. / A Mielofibrose (MF) ?? uma doen??a rara que possui incid??ncia anual de 1 em cada 100.000 habitantes no mundo, com m??dia de sobrevida de 69 meses ap??s o diagn??stico. Os pacientes com MF geralmente apresentam progn??stico delicado e os achados comuns s??o aumento na contagem plaquet??ria e eritrocit??ria, hematopoiese extramedular, hepatomegalia e esplenomegalia e fibrose medular. Nos ??ltimos anos, v??rias muta????es foram relatadas na literatura, como a JAK2V617F, a CalR e MPL, no entanto, a ??nica terapia comercializada at?? o momento (Ruxolitinib) n??o possui potencial curativo. Ves??culas Extracelulares (VEs) compreendem um grupo de ves??culas com tamanho aproximado de 30 a 1000 nm e podem transportar em seu interior mol??culas como lip??dios, prote??nas citos??licas e RNAs. Devido a essas caracter??sticas, v??rios estudos recentes v??m demonstrando a rela????o entre as VEs e diversos tipos de doen??as clonais, onde os pacientes portadores dessas malignidades apresentaram n??veis elevados de VEs no soro. Dentre os RNAs encontrados no interior das VEs, destacam-se os miRNAs diferencialmente expressos, pois sabe-se que essas pequenas mol??culas est??o envolvidas em diversos processos celulares. O presente estudo se prop??s a caracterizar e tra??ar um perfil das VEs em pacientes portadores de Mielofibrose acompanhados na Unidade de Hematologia e Hemoterapia do Hospital de Base do Distrito Federal, bem como avaliar a express??o diferencial dos microRNAs miR-29a-3p, miR-155-5p e miR-223-3p e correlacionar com as caracter??sticas cl??nicas da doen??a. Os dados encontrados mostram que o miR-29a e o miR-155 se apresentam diferencialmente expresso nos pacientes com MF, sendo ambos pouco expressos. O miR-223 n??o apresentou diferen??as significativas. Sabendo que a baixa express??o do miR29a est?? relacionada a uma auto renova????o aberrante de c??lulas progenitoras hematopoi??ticas, os dados aqui apresentados indicam que as VEs podem contribuir com fisiopatologia da doen??a.

Submitted by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-11-08T12:07:50Z No. of bitstreams: 1 LeanePerimRodriguesDissertacao2017.pdf: 2016012 bytes, checksum: e7e5d2c10971d922d61bf00b6b50f5da (MD5) / Approved for entry into archive by Sara Ribeiro (sara.ribeiro@ucb.br) on 2017-11-08T12:08:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 LeanePerimRodriguesDissertacao2017.pdf: 2016012 bytes, checksum: e7e5d2c10971d922d61bf00b6b50f5da (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-08T12:08:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LeanePerimRodriguesDissertacao2017.pdf: 2016012 bytes, checksum: e7e5d2c10971d922d61bf00b6b50f5da (MD5) Previous issue date: 2017-03-20 / Myelofibrosis is a hematological disease inserted in the group of myeloproliferative neoplasias. It has as main characteristic fibrosis of the bone marrow, consequence of a variety of histological changes presented in the medullary microenvironment. The pathophysiology of myelofibrosis involves the activation of signal transduction pathways and nowadays several mutations such as JAK2V617F, CalR and MPL have been associated with this process. Recent studies have shown that microvesicles produced by body cells may be associated with the cellular communication process. These microvesicles carry in their content proteins, lipids and RNA capable of regulating diverse cellular processes. The literature shows that several miRNAs present in the microvesucular content can regulate the hematopoiesis of normal stem cells and also of compromised progenitors, having an important role in the pathogenesis of some acquired hematological neoplasias such as myeloproliferative diseases. With the objective of investigating the presence of specific miRNAs in microvesicles excreted in the peripheral blood plasma of patients with myelofibrosis, microvesicles were isolated from the plasma by ultracentrifugation and by means of molecular biology techniques it was possible to validate the presence of these microbes. Real-time PCR assays were performed to evaluate the expression of specific miRNAs (miR-146b, miR-221, miR-143 and miR-150) in the microvesic contents. In order to analyze the functional activity of MVs, the cell migration assay was performed, aiming at the progression of pathology and tumor invasiveness. The results show that there is no increase in the microvesicular concentration in peripheral blood when comparing the group of patients with the control group. The data found show that miR-146b and miR-150 are differentially expressed in patients with myelofibrosis, being little expressed. However, miR-221 and miR-143 didn???t show amplification in the technique, which leads to the conclusion that these miRNAs are specific to the medullary microenvironment or aren???t released in the microvesicular content. Regarding the migration test, the result shows that there was no influence of the microvesicles in the process of cell proliferation and migration and it can be considered that the microvesicles isolated in our study may not present this role because they are not exclusively of the bone marrow environment. As future prospects, assays with microvesicles removed from the bone marrow can be performed. / A Mielofibrose ?? uma doen??a hematol??gica inserida no grupo de neoplasias mieloproliferativas. Possui como principal caracter??stica a fibrose da medula ??ssea, consequ??ncia de uma variedade de mudan??as histol??gicas apresentadas no microambiente medular. A fisiopatog??nese da Mielofibrose envolve a ativa????o de vias de transdu????o de sinais e nos ??ltimos anos v??rias muta????es como a JAK2V617F, a CalR e a MPL foram associadas a doen??a. Estudos recentes demonstraram que microves??culas produzidas por c??lulas do organismo podem estar associadas ao processo de comunica????o celular. Estas microves??culas transportam em seu conte??do prote??nas, lip??dios e RNA capazes de regular variados processos celulares. A literatura mostra que diversos miRNAs presentes no conte??do microvesucular podem regular a hematopoiese de c??lulas-tronco normais e tamb??m de progenitores comprometidos, tendo um papel importante na patog??nese de algumas neoplasias hematol??gicas adquiridas como as doen??as mieloproliferativas. Com objetivo de investigar a presen??a de miRNAs espec??ficos em microves??culas excretadas no plasma de sangue perif??rico de pacientes portadores de mielofibrose, microves??culas foram isoladas do plasma por m??todo de ultracentrifuga????o e por meio de t??cnicas de biologia molecular foi poss??vel confirmar a presen??a destas. Ensaios com PCR em tempo real foram realizados afim de avaliar a express??o de miRNAs espec??ficos (miR-146b, miR-221, miR-143 e miR-150) no conte??do das microves??culas e para analisar a atividade funcional das M.Vs foi realizado o ensaio de migra????o celular que visa avaliar progress??o da patologia e a invasividade tumoral. Os resultados obtidos mostram que n??o h?? aumento da concentra????o microvesicular em sangue perif??rico quando comparado o grupo de pacientes com o grupo controle. Os dados encontrados mostram que o miR-146b e o miR-150 apresentam-se diferencialmente expressos em pacientes com mielofibrose, com pouca express??o. J?? o miR-221 e o miR-143 n??o apresentaram detec????o na t??cnica, o que o que leva a concluir que estes miRNAs s??o pr??prios do microambiente medular ou n??o s??o liberados no conte??do microvesicular. Quanto a ensaio de migra????o o resultado mostra que n??o houve influ??ncia das microves??culas no processo de prolifera????o e migra????o celular e pode ser considerado que as microves??culas isoladas em nosso estudo podem n??o apresentar este papel por n??o serem exclusivamente do ambiente medular. Como perspectivas futuras, ensaios com microves??culas retiradas da medula ??ssea poder??o ser realizados.

A água é um recurso essencial a todas as formas de vida, e a forma como é explorada se reflete nos âmbitos sociais, econômicos e ambientais. A urbanização em torno de bacias hidrográficas é responsável por diversas alterações de serviços ecossistêmicos importantes. O Arroio Dilúvio, em Porto Alegre, é um importante afluente do Lago Guaíba, que por sua vez é a principal fonte hídrica de abastecimento da cidade. Ao longo da história o Arroio sofreu diversas modificações, além de intensa contaminação através da deposição de esgoto. O estudo da microbiota deste ambiente permite maior elucidação do efeito de contaminantes sobre a diversidade e manifestação de diferentes fenótipos. Leveduras são fungos unicelulares amplamente difundidos no ambiente, e estudos sugerem que há uma correlação positiva entre leveduras e ambientes aquáticos poluídos. Assim, o objetivo deste trabalho foi analisar a diversidade e a resistência à antifúngicos de leveduras isoladas de amostras de água coletadas ao longo do Arroio Dilúvio em Porto Alegre. Isolados de leveduras provenientes do Arroio Dilúvio foram submetidos a testes de suscetibilidade frente a antifúngicos através dos métodos de disco-difusão em ágar e ensaio de concentração inibitória mínima. Para a realização das técnicas moleculares, foi extraído o DNA genômico dos isolados para amplificação da região ITS1-5.8S-IT2 do rDNA utilizando os oligonucleotídeos iniciadores ITS1 e ITS4. A região ITS foi submetida a técnica de PCR-RFLP utilizando as endonucleases HinfI, HaeIII e CfoI e o perfil de restrição permitiu a construção de um dendrograma. Os ensaios de suscetibilidade mostraram alta prevalência de resistência a antifúngicos da classe dos azóis. Dezesseis isolados exibiram resistência a anfotericina B, dos quais 14 foram submetidos ao sequenciamento da região ITS. A análise das sequências permitiu a identificação de leveduras do gênero Candida, incluindo as espécies potencialmente patogênicas C. glabrata, C. parapsilosis e C. tropicalis, e do gênero Debaryomyces. A resistência a antifúngicos em leveduras do Arroio Dilúvio, reforça a importância de estudos da microbiota ambiental e indica que a degradação do ambiente influencia no fenótipo exibido. / Water is an essential resource to all forms of life, and the way it is exploited is reflected in the social, economic and environmental spheres. Urbanization around watershed is responsible for several important ecosystem service changes. In Porto Alegre, Arroio Dilúvio is an important component of Lake Guaiba, which in turn is the main water source of the city. Throughout history, Arroio Dilúvio underwent several changes, and it suffers with intense contamination by the deposition of sewage. The study of the environment's microbiota enables further elucidation of the effect of contaminants on diversity and expression of phenotypes. Yeasts are unicellular fungi widespread in the environment, and studies suggest that there is a positive correlation between yeast and polluted aquatic environments. The aim of this study was to analyze the diversity and resistance to antifungals of yeasts isolated from water samples collected along the Arroio Dilúvio in Porto Alegre. Yeast isolates from the Arroio Dilúvio were subjected to susceptibility testing against antifungals through the agar disk diffusion method and the minimum inhibitory concentration test. For the molecular techniques, the genomic DNA of the isolates was extracted with further amplification of ITS1-5.8S-IT2 using primers ITS1 and ITS4. The ITS region was subjected to PCR-RFLP using the restriction enzymes HinfI, HaeIII and CfoI and the restriction profile allowed the construction of a dendrogram. Susceptibility tests showed high prevalence of resistance to azole antifungals. Sixteen isolates exhibited resistance to amphotericin B, of which 14 were subjected to sequencing of the ITS region. The sequence analysis allowed the identification of Candida species, including the potentially pathogenic species C. glabrata, C. parapsilosis and C. tropicalis, and Debaryomyces genus. The manifestation of resistance to antifungals in yeasts isolated from Arroio Dilúvio reinforces the importance of studies of environmental microbiota and indicates that environmental degradation influences the phenotype displayed.

Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Riviane Garcez / Banca: Gleisy Semencio Avelino Santos / Resumo: A ordem Characiformes reúne aproximadamente 1.670 espécies de água doce, das quais pelo menos 1.300 ocorrem no Brasil. Até o momento relativamente poucos estudos genéticos foram realizados com espécies desse grupo, particularmente na Amazônia. Uma questão importante para o momento atual é saber se há algum isolamento entre populações locais separadas por corredeiras ou rápidos na Amazônia, dado o potencial hidrelétrico estimado para esses ambientes. Nesse sentido, no presente estudo, conduzido no âmbito do Programa de Conservação da Ictiofauna da Santo Antônio Energia, foram avaliadas duas populações locais de duas espécies: Pygocentrus nattereri e Potamorhina latior. Empregamos sequências da região controle (D-loop) do DNA mitocondrial, pela maior taxa de mutação que esse gene apresenta em relação aos demais genes. As amostras foram tomadas a montante e a jusante da antiga cachoeira de Teotônio visando testar a hipótese de que essa cachoeira servia de barreira para essas espécies. Foram analisados 54 espécimes de P. nattereri (25 montante e 29 jusante) e 45 de P. latior (25 montante e 20 jusante). Os resultados mostraram que os espécimes da montante de P. nattereri apresentam maior variabilidade genética (haplótipos = 5, Hd = 0,607, π = 0,00105) que os da jusante (haplótipos = 2, Hd = 0,379, π = 0,00046), No caso de P. latior, esses valores foram similares tanto a montante (haplótipos = 23, Hd = 0,993, π = 0,01232) como a jusante (haplótipos = 17, Hd = 0,984, π = 0,01865). Ambas as espécies apresentaram haplótipos compartilhados nas duas localidades. A divergência genética entre as localidades de P. nattereri (0,1%) foi menor que em P. latior (1,9%). A análise de variância molecular revelou diferenças significativas entre as localidades de P. nattereri (Φst = 0,11448, P = 0,018) e P. latior (Φst = 0,16408, P = 0,000). Os resultados sugerem que entre as duas localidades amostradas existia uma ... / Abstract: The order Characiformes gathers approximately 1,670 freshwater species, of which at least 1,300 occur in Brazil. To date relatively few genetic studies have been conducted with species of this group, particularly in the Amazon. An important question for the moment is whether there is some isolation between local populations separated by rapids or fast in the Amazon, given the hydroelectric potential estimated for these environments. Accordingly, in this study, conducted under the Conservation Program Ichthyofauna of Santo Antônio Energia, were evaluated two local populations of two species: Pygocentrus nattereri and Potamorhina latior. We employ sequences of the control region (D-loop) of the mitochondrial DNA, the higher rate of this gene mutation present in relation to other genes. The samples were taken upstream and downstream of the old waterfall Teotônio to test the hypothesis that this waterfall served as a barrier for these species. Were examined 54 specimens of P. nattereri (25 upstream and 29 downstream) and 45 of P. latior (25 upstream and 20 downstream). The results showed that the amount of specimens of P. nattereri have greater genetic variability (Haplotypes = 5, Hd = 0607, π = 0.00105) that the downstream (Haplotypes = 2, Hd = 0379, π = 0.00046). In the case of P. latior, these values were similar both upstream (Haplotypes = 23, Hd = 0993, π = 0.01232) and downstream (Haplotypes = 17, Hd = 0.984, π = 0.01865). Both species have shared haplotypes in the two localities. The genetic divergence between the localities of P. nattereri (0.1%) was lower than in P. latior (1.9%). The analysis of molecular variance revealed significant differences between the localities of P. nattereri (Φst = 0.11448, P = 0.018) and P. latior (Φst = 0.16408, P = 0.000). The results suggest that a possible population structure existed between the two localities sampled both by differences in genetic variability as well as by allelic ... / Mestre

Orientador: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Gustavo Campos e Silva Kuhn / Banca: Luis Gustavo da Conceição Galego / Resumo: Este estudo teve por objetivo investigar se os retrotransposons sem LTRs (NLTRs) Helena e BS estiveram envolvidos em eventos de transferência horizontal (HT) durante a diversificação concomitante pela qual passaram as espécies do subgrupo melanogaster, do grupo melanogaster de Drosophila, e do subgênero Zaprionus, na África Tropical. O modo de transposição dos elementos NLTRs, sem a formação de um DNA intermediário, é utilizado para explicar a escassez de relatos de HT desse tipo de elemento. Estudos anteriores evidenciaram alta taxa de HT de retrotransposons com LTRs em espécies dos dois grupos citados, o que fundamentou a hipótese que essas espécies passaram por uma fase permissiva à ocorrência de HT em decorrência da sobreposição geográfica e temporal que sofreram durante sua diversificação. Para testar essa hipótese, uma região do gene da transcriptase reversa dos retrotransposons sem LTRs Helena e BS foi utilizada para investigar a ocorrência de HT entre as espécies. As sequências foram obtidas de linhagens de Zaprionus, via sequenciamento, após amplificação e clonagem, e via análises in silico nos genomas de Drosophila disponíveis nos bancos de dados, ou via sequenciamento de genomas de espécies de Drosophila e de Zaprionus. Foram realizadas análises evolutivas (análises de divergência e estimativa dos tempos de divergência entre as sequências) e filogenéticas (inferência bayesiana e verossimilhança máxima), bem como análises de network para estimar as relações de... / Abstract: The aim of this study was to investigate whether the retrotransposons without LTRs (NLTRs) Helena and BS were involved in horizontal transfer (HT) events during the concomitant diversification of the species of the melanogaster subgroup of the Drosophila melanogaster group, and the subgenus Zaprionus, in Tropical Africa. The mode of transposition of the NLTRs, without the formation of a DNA intermediate, is used to explain the scarcity of HT reports of this type of element. Previous studies evidenced a high HT rate of LTRs retrotransposons in species of the two groups above cited, which supported the hypothesis that these species went through a permissive phase to the occurrence of HT, as a result of the geographical and temporal overlap that they suffered during their diversification. To investigate this hypothesis, a region of the reverse transcriptase gene of the NLTR retrotransposons Helena and BS was used to investigate the occurrence of HT between the species. Sequences were obtained from Zaprionus strains, via sequencing, after amplification and cloning, and via in silico analyzes in the Drosophila genomes available in the databases, or via sequencing of Drosophila and Zaprionus genomes. Evolutionary (divergence analyses and estimation of divergence times between sequences) and phylogenetic (Bayesian inference and maximum likelihood) analyses were performed, as well as network analyses to estimate the evolutionary relationships between the sequences and, thus, to test the hypothesis of HT. The results showed that there is (i) irregular distribution of the two elements in the genera Zaprionus and Drosophila, (ii) high similarity between the sequences of the melanogaster complex and the Zaprionus subgenus, (iii) incongruities between the phylogenies of the elements and host species, and iv) times of divergence between the sequences of the two species elements of the ... / Mestre

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2012-12-12T14:17:30Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoPerfilMetilacao.pdf: 1830589 bytes, checksum: f88cbaf31829d2cb8cb979c72b380439 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2012-12-20T12:59:58Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoPerfilMetilacao.pdf: 1830589 bytes, checksum: f88cbaf31829d2cb8cb979c72b380439 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-12-20T12:59:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_AvaliacaoPerfilMetilacao.pdf: 1830589 bytes, checksum: f88cbaf31829d2cb8cb979c72b380439 (MD5) Previous issue date: 2012 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O câncer gástrico continua sendo uma importante causa de morte dentre os tipos de câncer no Brasil e no mundo. A origem do câncer de estomago provém, assim como nos demais, de acúmulo de alterações genéticas. Portanto, se faz necessário saber quais alterações genéticas são importantes para desencadear a patogênese do câncer gástrico. O MNU, conhecido carcinógeno, quando ingerido de forma oral em doses determinadas desencadeia o desenvolvimento de adenocarcinoma gástrico do tipo intestinal, com aparecimento de estágios pré definidos característico deste tipo tumoral. Com base nestes conhecimentos, realizamos um experimento com 6 macacos da espécie Cebus apella induzidos à desenvolver câncer gástrico do tipo intestinal. Os animais ingeriam 16mg/kg de peso diariamente da droga, com desenvolvimento de lesões pré-neoplásicas em todos. Infelizmente, devido à toxicidade da droga, somente um animal sobreviveu ao tratamento e desenvolveu desenvolveu uma massa tumoral propriamente dita. Foram feitas avaliações periódicas dos animais, em dias pré-determinados (ao início, no 120º, 150º, 300º, 940º) com coletas de fragmentos da mucosa gástrica. Foram coletadas 20 amostras de tecido, distribuídas entre mucosa normal, gastrite, displasia, metaplasia e tumoral. Destas amostras extraímos DNA para as análises do gene CDH1. Não há na literatura sequencia deste gene para a espécie utilizada no estudo. Com este objetivo, utilizamos iniciadores construídos a partir de sequencias de CDH1 de Callithrix jacchus (espécie filogeneticamente) e seqüenciamos cerca de 342pb da região promotora de CDH1 de C. apella. As análises mostraram uma similaridade de 98% desta região com a dos humanos, com presença de vários sítios de ligação de fatores de transcrição (sp1, Ap2, NF-x, AREB6, Puf e CTF) além da presença do CAAT Box. Esta região ainda possui 30 sitios CpGs, o que indica que ela pode estar sofrendo regulação epigenética. Para se verificar como se encontrava o padrão de metilação desta região realizamos uma análise de MSP com iniciadores específicos e constatamos que houve predominância de alelos não metilados de CDH1 para todas as amostras pré neoplásicas e a amostra de adenocarcinoma encontra-se metilada. O que pode ser constatado com um ensaio de Imunohistoquímica, onde somente a amostra tumoral não expressava a proteína caderina. Desta maneira nossas análises sugerem que a metilação do gene CDH1 desempenha papel importante na tumorigênese gástrica em C. apella, e é um evento tardio, uma vez que não é observado nos outro tipos teciduais não tumorais E, partindo-se da similaridade entre as seqüências, podemos sugerir que o mesmo evento pode está ocorrendo em humanos. Esta metilação do promotor do CDH1 leva a um silenciamento deste gene o que desencadeia o estabelecimento de adenocarcinomas gástricos, fato apoiado pela literatura onde vários trabalhos apontaram que a hipermetilação do promotor da caderina está associada ao desenvolvimento do câncer gástrico. / The gastric cancer remains a major cause of death among cancers in the world. In Brazil, are expected around 500 000 new cases in 2012/2013. The origin of stomach cancer, as in others, arises from the accumulation of genetic alterations. Therefore, it is necessary to know which genetic changes are important in triggering the pathogenesis of gastric cancer. We know that the intestinal type develops through well defined stages. The MNU - a known carcinogen - when ingested in oral form at dosages determined triggers development of this histological type of gastric cancer. Based on this knowledge, we conducted an experiment with six specime of Cebus paella, induced to develop intestinal type gastric cancer. The animals consumed 16mg/kg of body weight daily drugs. All pre-neoplasic lesions developed. Due to drug toxicity, only one survived the entire treatment and developed a tumor. Periodic evaluations were made of animals in pre-determined days (the beginning, days 120, 150, 300, 940) during which samples were made of the gastric mucosa. We collected 20 samples of tissue, distributed among normal mucosa, gastritis, dysplasia, metaplasia, and tumor. DNA extracted from these samples for further analyzes of the CDH1 gene. There is no sequence of this gene in the literature for the species under study. So the first step was to get this sequence. Using the initiators constructed from sequences of CDH1 Callithrix jacchus (species phylogenetically closer to C. apella) we get a sequence of 342pb. There is a similarity of 98% with humans, the presence of binding sites for transcription factors like (sp1, Ap2, NF-x, AREB6, Puf and CTF) and the presence of CAAT Box. The sequence has 30 CpG sites could suffer epigenetic regulation. We also performed MSP analysis with specific primers and found that the region analyzed, there was predominance of the unmethylated CDH1 alleles for all samples pre-neoplastic and adenocarcinoma sample is methylated. When we compared these data with immunohistochemistry revealed that only tumor sample did not express the protein cadherin. Our analyzes suggest that methylation of the CDH1 gene plays an important role in gastric tumorigenesis in C. apella. And, from the similarity between sequences, we suggest that the same occurs in humans. This cadherin promoter methylation leads to inactivation of the gene and establishment of gastric adenocarcinomas. The cadherin promoter hypermethylation has been reported in several articles associated with the development of gastric cancer.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / principalmente pelo baixo grau de complexidade de especialização, escassez de caracteres distintivos e a elevada plasticidade morfológica. A partir do século XIX emergiram classificações mais robustas. O que conhecemos hoje como Ordem Poecilosclerida só começou a ser delineado pela iniciativa de Zittel (1878) com o reconhecimento de Monaxonida, ou seja, reconhecimento de um padrão de simetria nas categorias de espículas. Ridley e Dendy (1887) apresentaram uma nova classificação para as esponjas do grupo Monaxonida utilizada por Topsent (1894) para criação da Familia Poeciloscleridae, eregida a ordem por este último autor em 1928, enfatizando a presença das quelas como microscleras. Posteriormente, van Soest (1984) e Bergquist e Fromont (1988) empreenderam discussões dessa classificação com base em uma perspectiva filogenética. Uma classificação robusta e de consenso só foi conseguida a partir dos trabalhos de Hajdu e colaboradores (1994a, 1994b) e Hajdu (1994, 1995), com o estabelecimento das Subordens: Mycalina, Myxillina e Microcionina. Apesar disso, as relações internas das famílias da Subordem Mycalina permaneciam com dúvidas, principalmente no tocante à inclusão de Podospongiidae, Isodictyidae, e a relação de Poecilosclerida com a Ordem Haplosclerida. Neste trabalho foi proposto a revisão da classificação da Subordem Mycalina com base em dados morfológicos e moleculares. Foram feitas análises filogenéticas em três níveis taxonômicos, espécie, gênero e família, com base em dados morfológicos. Além disso, foi feita uma análise filogenética molecular utilizando sequências parciais da subunidade maior do RNA ribossomal (LSU do RNAr). As amostras de Mycalina foram amplificadas via PCR e posteriormente sequenciadas. Com base nestes resultados foi concluído que: as Familias Cladorhizidae, Guitarridae, Mycalidae e Hamacanthidae são monofiléticas. Para esta última foi confirmada a série de transformação sigmancistra > cirtancistra > diâncistra > clavidisco. A posição da Familia Podospongiidae dentro de Mycalina está bem corroborada, porém, precisa ser melhor estudada com dados moleculares para determinar, ou não, o seu monofiletismo. A Familia Esperiopsidae precisa ser melhor estudada com base em dados morfológicos e o gênero Amphilectus precisa ser revisado, provavelmente uma parte deste estaria melhor alocado em Haplosclerida junto com Isodictyidae. A Familia Desmacellidae não é monofilética, bem como Biemna e Neofibularia, provavelmente, não são Poecilosclerida e deveriam ser transferidas para uma posição próxima de Tetractinellida. Desmacella provavelmente é uma Mycalina com posição basal na Subordem. Os demais gêneros precisam ser estudados com base em dados moleculares. A Ordem Haplosclerida provavelmente é o grupo irmão de Poecilosclerida e a série de transformação sigmas > quelas foi confirmada com base em dados morfológicos e moleculares. A Subordem Mycalina não é monofilética como definida em Hajdu e van Soest (2002a). Palavras-chave: Sistemática. Porifera. Evolução. / At Phylum Porifera the proposition of classificatory schemes is troublesome, especially by the morphological low level complexity of specialization, paucity of distinctive characters and high plasticity. More robust classifications emerged since the XIXth. century. Poecilosclerida Order only began to be outlined by the initiative of Zittel (1878) with the recognition of "Monaxonida", i.e., a recognition of symmetry pattern in spicules categories. Ridley and Dendy (1887) presented a new classification of the sponges of the group "Monaxonida." Topsent (1894) created the Poeciloscleridae Family, and latter (1928) erected to Order, by emphasizing the presence of chelae as microscleras. Posteriorly, van Soest (1984) and Bergquist and Fromont (1988) undertook a discussion of this classification based on a phylogenetic perspective. A robust classification and consensus was not achieved before from the works of Hajdu et al. (1994a, 1994b) and Hajdu (1994, 1995), with the establishment of the Suborders: Mycalina, Myxillina and Microcionina. Nevertheless, the internal relationship of Mycalina Suborders families remained in doubt, especially regarding the inclusion of Podospongiidae, Isodictyidae, and the relationship between Poecilosclerida and Order Haplosclerida. In this study, we proposed the revision of the classification of Mycalina Suborder based on morphological and molecular data. Phylogenetic analysis was performed in three taxonomic levels, Species, Genus and Family, based on morphological data. The molecular phylogenetic analysis was made using partial sequences of Large Subunit ribosomal RNA (LSU rRNA). Samples of Mycalina were amplified by PCR and sequenced. Based of these, I concluded that: Families Cladorhizidae, Guitarridae, Mycalidae and Hamacanthidae are monophyletic. For this last, the transformation series, sigmancistra>cyrtancistra> diancistra>clavidisc, was confirmed. The position of Family Podospongiidae within Mycalina was well supported, but need to be studied with molecular data to determine monophyletic status. Family Esperiopsidae needs to be further studied based on morphological data; and Amphilectus Genus needs to be revised, probably it is splited and would be transfered to Order Haplosclerida together with Family Isodictyidae. Family Desmacellidae is not monophyletic, Biemna and Neofibularia are probably not Poecilosclerida and should be transferred to a position close to Tetractinellida. Desmacella is probably a true Mycalina with a basal position in the Suborder. The other genera need to be studied with molecular data. Order Haplosclerida is probably the sister group of Poecilosclerida; the series of transformation sigma>chela was established based on morphological and molecular data. Suborder Mycalina is not monophyletic as defined in Hajdu and van Soest (2002a).

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:54Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-04-25Bitstream added on 2014-06-13T19:19:39Z : No. of bitstreams: 1 teixeira_wg_me_botib.pdf: 944579 bytes, checksum: 046ae2a3b20fa26acc2b231873f2a3af (MD5) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O genoma dos organismos eucariotos apresenta-se organizado em seqüências simples e repetidas. As seqüências repetidas de DNA estão presentes em centenas a milhares de cópias dispersas ou agrupadas no genoma e localizam-se preferencialmente em regiões heterocromáticas, desempenhando papel relevante na organização do genoma desses organismos. Nesse sentido, a realização de estudos genéticos básicos sobre a organização genômica dessas seqüências repetidas é fundamental para uma melhor compreensão do seu papel biológico assim como o entendimento de sua dinâmica evolutiva entre os diversos grupos de vertebrados. Os Cichlidae constituem uma das mais especiosas famílias de peixes, com cerca de 3.000 espécies distribuídas pela América Central e do Sul, África, e sudeste da Índia. Este grupo passou por um rápido e extenso processo de radiação adaptativa ao longo dos tempos, constituindo-se em importantes entidades biológicas para a realização de estudos evolutivos. Dentre os Cichlidae, as espécies do gênero Cichla (tucunarés), com distribuição exclusiva na América do Sul, apresentam grande importância ecológica e econômica. No entanto, estudos genéticos envolvendo espécies desse gênero são ainda escassos. Assim, o presente trabalho teve por objetivo isolar e caracterizar seqüências repetidas de DNA no genoma de Cichla kelberi. Elementos repetidos de DNA foram isolados por PCR (elementos Rex1, Rex3, Rex6 e Tc1) e digestão enzimática (elemento Tuc), seqüenciados e mapeados cromossomicamente por FISH para o estudo de seu padrão de distribuição no genoma. O elemento Tuc apresentou elevada similaridade com seqüências do gene da transcriptase reversa de Oryzias melastigma, o que sugere tratar-se de um elemento retrotransponível. Análises comparativas do elemento Tuc a bancos de sequência mostraram alta similaridade... / The genome of eucaryote organisms is organized into single and repetitive sequences. The repetitive DNA sequences are represented by hundreds to thousands of dispersed or tandem-arrayed copies preferentially localized on the heterochromatic regions, having important function on the genome organization of the organisms. Therefore, the development of basic genetic studies about the genome organization of these repetitive sequences are fundamental to a better comprehension of their biologic role and the understanding of their evolutionary dinamics. The Cichlidae are one of the most diverse fish families, having about 3.000 species distributed around Central and South America, Africa and Southeast India. This group underwent a large and rapid process of adaptative radiation, becoming an important biological model. Among the Cichlidae, the species of the genera Cichla (tucunarés), with exclusive distribution in South America, have a significative economic and ecologic importance. However genetic studies on species of this genera are scarce. Therefore, this work had the aim to isolate and characterize repetitive DNA sequences of the genome of Cichla kelberi. Repetitive DNA sequences were isolated using PCR (elements Rex1, Rex3, Rex6 and Tc1) and restriction digestion (element Tuc), sequenced and their genome distribution determined by FISH. The Tuc element showed high similarity to sequences of reverse transcriptase gene of the fish Oryzias melastigma, which suggests that such element correspond to an retrotransposon element. Comparative analysis of the Tuc element to DNA sequence data bank showed high similarity with repetitive sequences in the genome of several vertebrates, including fishes, amphibians and mammals. Results of FISH showed an accumulation of obtained elements preferentially in centromeres of all chromosomes of the complement, and few telomeric blocks in some... (Complete abstract click electronic access below)