A mucopolissacaridose tipo I (MPS I) é uma doença genética autossômica recessiva, causada pela deficiência da enzima lisossomal α-L-iduronidase (IDUA), envolvida na degradação de dermatan e heparan sulfato. O acúmulo desses substratos nas células provoca inúmeras e variadas manifestações clínicas, acarretando diferentes formas da doença, as quais estão divididas de acordo com a sua gravidade: forma atenuada (Síndrome de Scheie – MPS I S), forma intermediária (Síndrome de Hurler-Scheie – MPS I SH) e forma grave (Síndrome de Hurler – MPS I H). O diagnóstico molecular precoce e preciso pode ser feito pela análise de DNA. Entretanto, como essa abordagem despende bastante tempo e recursos, procurou-se estabelecer uma estratégia mais eficiente de diagnóstico molecular. Inicialmente foi feita a comparação entre a metodologia tradicional e a análise por RNA através de levantamentos comparativos de tempo e custos de ambas as metodologias. A seguir, foi realizada a padronização e a validação dessa técnica. A padronização foi realizada em plasmídeo contendo cDNA de IDUA e a sua validação foi feita utilizando-se sangue e/ou fibroblastos de pacientes com diagnóstico molecular já estabelecido pela metodologia tradicional. Finalmente, foi sugerida uma nova abordagem otimizada de análise de DNA através da análise das freqüências de mutações descritas na literatura. O estudo do RNA pareceu, num primeiro momento, bastante vantajoso, sendo realizado em menos tempo e com custo reduzido para a genotipagem completa do gene. Para pesquisa das mutações comuns, a análise por RNA teve um custo mais alto, porém uma redução de 60% no tempo de processamento. Passou-se para a padronização da técnica, que foi realizada com sucesso. Entretanto, na etapa de validação observou-se que em pacientes com mutações sem sentido ou que alteram o sítio de splice, não são corretamente diagnosticados através dessa metodologia. Apenas as mutações com sentido trocado aparecem claramente, porém ainda assim pacientes heterozigotos compostos para essas mutações e uma mutação sem sentido são incorretamente diagnosticados como homozigotos, devido à falha de amplificação do alelo com mutação sem sentido. Como a abordagem proposta inicialmente não foi satisfatória, procurou-se uma estratégia otimizada de análise de DNA através do seqüenciamento direto de éxons com maior freqüência de mutações. Essa nova abordagem utilizando DNA ainda necessita ser validada em uma amostra de pacientes para que se possa conhecer o seu real impacto no tempo e custo do diagnóstico molecular de pacientes com MPS I. / Mucopolisaccharidosis type I (MPS I) is an autosomal recessive genetic disorder caused by the deficiency of the lysosomal enzyme α-L-iduronidase (IDUA), responsible for the degradation of dermatan and heparan sulfate. The storage of these undegraded or partially degraded substrates causes the various clinical manifestations of the disease that can be classified into three main forms: Scheie Syndrome (MPS I S), the attenuated form; Hurler- Scheie Syndrome (MPS I HS), the intermediate form; and Hurler Syndrome (MPS I H), the severe form. Early and precise molecular diagnosis can be performed by DNA analysis. However, as this methodology is time and resource-consuming, more efficient approaches are needed. Initially, a comparison between the traditional DNA analysis and RNA-based analysis was performed for each step of both techniques. Then, the RNA-based technique was set up using a plasmid with IDUA cDNA and validated on patients with molecular diagnosis already performed by DNA analysis. Finally, an optimized strategy for DNA-based analysis based on the mutation frequencies was proposed. In comparison with DNA-based analysis, RNA studies seem more advantageous, as it is less expensive and faster for whole gene sequencing. For the screening of common mutations it is more expensive but 60% less time-consuming. This technique was successfully set-up. However, at the validation step it was noticed that nonsense and splice site mutations are not correctly diagnosed by this methodology. Missense mutations can be clearly identified even though compound heterozygotes with nonsense mutations are wrongly diagnosed as homozygotes due to amplification failure of the nonsense carrying allele. As this approach was considered unsuitable for the analysis of MPS I patients, a new optimized strategy based on direct sequencing of selected exons was suggested. This approach still needs to be validated in a sample of patients so that its real impact on molecular diagnosis of MPS I can be established.

A mucopolissacaridose tipo I (MPS I) é uma doença genética autossômica recessiva, causada pela deficiência da enzima lisossomal α-L-iduronidase (IDUA), envolvida na degradação de dermatan e heparan sulfato. O acúmulo desses substratos nas células provoca inúmeras e variadas manifestações clínicas, acarretando diferentes formas da doença, as quais estão divididas de acordo com a sua gravidade: forma atenuada (Síndrome de Scheie – MPS I S), forma intermediária (Síndrome de Hurler-Scheie – MPS I SH) e forma grave (Síndrome de Hurler – MPS I H). O diagnóstico molecular precoce e preciso pode ser feito pela análise de DNA. Entretanto, como essa abordagem despende bastante tempo e recursos, procurou-se estabelecer uma estratégia mais eficiente de diagnóstico molecular. Inicialmente foi feita a comparação entre a metodologia tradicional e a análise por RNA através de levantamentos comparativos de tempo e custos de ambas as metodologias. A seguir, foi realizada a padronização e a validação dessa técnica. A padronização foi realizada em plasmídeo contendo cDNA de IDUA e a sua validação foi feita utilizando-se sangue e/ou fibroblastos de pacientes com diagnóstico molecular já estabelecido pela metodologia tradicional. Finalmente, foi sugerida uma nova abordagem otimizada de análise de DNA através da análise das freqüências de mutações descritas na literatura. O estudo do RNA pareceu, num primeiro momento, bastante vantajoso, sendo realizado em menos tempo e com custo reduzido para a genotipagem completa do gene. Para pesquisa das mutações comuns, a análise por RNA teve um custo mais alto, porém uma redução de 60% no tempo de processamento. Passou-se para a padronização da técnica, que foi realizada com sucesso. Entretanto, na etapa de validação observou-se que em pacientes com mutações sem sentido ou que alteram o sítio de splice, não são corretamente diagnosticados através dessa metodologia. Apenas as mutações com sentido trocado aparecem claramente, porém ainda assim pacientes heterozigotos compostos para essas mutações e uma mutação sem sentido são incorretamente diagnosticados como homozigotos, devido à falha de amplificação do alelo com mutação sem sentido. Como a abordagem proposta inicialmente não foi satisfatória, procurou-se uma estratégia otimizada de análise de DNA através do seqüenciamento direto de éxons com maior freqüência de mutações. Essa nova abordagem utilizando DNA ainda necessita ser validada em uma amostra de pacientes para que se possa conhecer o seu real impacto no tempo e custo do diagnóstico molecular de pacientes com MPS I. / Mucopolisaccharidosis type I (MPS I) is an autosomal recessive genetic disorder caused by the deficiency of the lysosomal enzyme α-L-iduronidase (IDUA), responsible for the degradation of dermatan and heparan sulfate. The storage of these undegraded or partially degraded substrates causes the various clinical manifestations of the disease that can be classified into three main forms: Scheie Syndrome (MPS I S), the attenuated form; Hurler- Scheie Syndrome (MPS I HS), the intermediate form; and Hurler Syndrome (MPS I H), the severe form. Early and precise molecular diagnosis can be performed by DNA analysis. However, as this methodology is time and resource-consuming, more efficient approaches are needed. Initially, a comparison between the traditional DNA analysis and RNA-based analysis was performed for each step of both techniques. Then, the RNA-based technique was set up using a plasmid with IDUA cDNA and validated on patients with molecular diagnosis already performed by DNA analysis. Finally, an optimized strategy for DNA-based analysis based on the mutation frequencies was proposed. In comparison with DNA-based analysis, RNA studies seem more advantageous, as it is less expensive and faster for whole gene sequencing. For the screening of common mutations it is more expensive but 60% less time-consuming. This technique was successfully set-up. However, at the validation step it was noticed that nonsense and splice site mutations are not correctly diagnosed by this methodology. Missense mutations can be clearly identified even though compound heterozygotes with nonsense mutations are wrongly diagnosed as homozygotes due to amplification failure of the nonsense carrying allele. As this approach was considered unsuitable for the analysis of MPS I patients, a new optimized strategy based on direct sequencing of selected exons was suggested. This approach still needs to be validated in a sample of patients so that its real impact on molecular diagnosis of MPS I can be established.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-29Bitstream added on 2014-06-13T19:28:55Z : No. of bitstreams: 1 barros_ac_me_botib_parcial.pdf: 177767 bytes, checksum: 6e03eeb7f2b4d288bf363856776ce73f (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-03T11:42:50Z: barros_ac_me_botib_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-03T11:44:13Z : No. of bitstreams: 1 000691671_20150729.pdf: 177273 bytes, checksum: 1165399c11c2160349be3e18d5484858 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-08-03T12:21:12Z: 000691671_20150729.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-03T12:22:25Z : No. of bitstreams: 1 000691671.pdf: 1177243 bytes, checksum: 866f3caf560a4a70badf707c949ccf65 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A estabilidade e integridade do material genético são fundamentais para manutenção e continuação da vida. O genoma humano é composto por três bilhões de pares de bases, os quais codificam entre 30.000 – 40.000 genes, e é constantemente atacado por metabólitos reativos endógenos, drogas terapêuticas e uma infinidade de agentes mutagênicos ambientais que afetam sua integridade. Assim, é evidente que a estabilidade do genoma deve estar sob vigilância contínua. Isso é conseguido através de mecanismos de reparo de DNA, que se desenvolveram para remover ou tolerar lesões e erros no DNA. Dentre os mecanismos de reparo de DNA presentes nos organismos, eles podem ser divididos em: i) reparo por excisão de bases (BER), ii) excisão de nucleotídeos (NER), iii) mal-pareamento de bases (MMR) e iv) reparo de DNA por junção de terminais não homólogos (NHEJ). Para o que esses mecanismos funcionem de maneira adequada, é evidente a importância da interação entre proteínas responsáveis pela função de reparo, bem como é essencial a regulação da importação nuclear para localização correta das proteínas responsáveis pelos mecanismos mencionados. Dentre os mecanismos responsáveis pela regulação da importação nuclear, a via clássica constituída pelo heterodímero Importina-α/β é um dos principais mecanismos de deslocamento. Algumas proteínas de reparo parecem interagir somente com algumas isoformas da Importina-α (Imp), indicando uma regulação adicional do processo de reparo, porém, pouco se sabe a respeito do reconhecimento das sequências de localização nuclear (NLS) dessas proteínas. Esse trabalho trata especificamente do estudo do complexo estrutural de complexos de Imp com peptídeos NLSs de proteínas relacionadas ao reparo de DNA utilizando... / The stability and integrity of the genetic material are essential for the maintenance and continuation of life. The human genome, comprising three billion base pairs coding for 30.000 – 40.000 genes, is constantly attacked by endogenous reactive metabolites, therapeutic drugs and a plethora of environmental mutagens that impact its integrity. Thus it is obvious that the stability of the genome must be under continuous surveillance. This is accomplished by DNA repair mechanisms, which were developed to remove or tolerate injuries and mistakes in DNA. In the DNA repair mechanisms available in the organisms, they can be divided in: i) base excision repair (BER), ii) nucleotide excision repair (NER), iii) mismatch repair (MMR) and iv) DNA repair by non-homologous end joining (NHEJ). To an adequate operation of these mechanisms, it is evident the importance of the interaction between proteins responsible for the function of DNA repair, as well as the regulation for nuclear import is essential for the correct localization of the proteins responsible for the mentioned mechanisms. In the group of the mechanisms responsible for nuclear import regulation, the classical pathway composed by Importin-α/β heterodimer is one of the major mechanisms of transport. Some DNA repair proteins seem to interact only with certain isoforms of Importin-α (Imp), indicating an additional regulation of the repair process. However, little information is known about the recognition of nuclear localization sequences (NLS) of these proteins. This work concerns specifically the structural studies of complexes with Imp and NLSs peptides from proteins related to DNA repair using crystallographic techniques. The expression and purification of Impα from Mus musculus N-terminally truncated were performed as well as the co-crystalization of... (Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2016-03-28T14:37:42Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2200397 bytes, checksum: fa2b77afd6348b68a616a33acb7c7cb2 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-28T14:37:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2200397 bytes, checksum: fa2b77afd6348b68a616a33acb7c7cb2 (MD5) Previous issue date: 2014-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The aim of this thesis is to present some controllability results for some fluid mechanic models. More precisely, we will prove the existence of controls that steer the solution of our system from a prescribed initial state to a desired final state at a given positive time. The two first Chapters deal with the controllability of the Burgers-α and Leray-α models. The Leray-α model is a regularized variant of the Navier-Stokes system (α is a small positive parameter), that can also be viewed as a model for turbulent flows; the Burgers-α model can be viewed as a related toy model of Leray-α. We prove that the Leray-α and Burgers-α models are locally null controllable, with controls uniformly bounded in α. We also prove that, if the initial data are sufficiently small, the pair state-control (that steers the solution to zero) for the Leray-α system (resp. the Burgers-α system) converges as α → 0+ to a pair state-control(that steers the solution to zero) for the Navier-Stokes equations (resp. the Burgers equation). The third Chapter is devoted to the boundary controllability of inviscid incompressible fluids for which thermal effects are important. They will be modeled through the so called Boussinesq approximation. In the zero heat diffusion case, by adapting and extending some ideas from J.-M. Coron [14] and O. Glass [45], we establish the simultaneous global exact controllability of the velocity field and the temperature for 2D and 3D flows. When the heat diffusion coefficient is positive, we present some additional results concerning exact controllability for the velocity field and local null controllability of the temperature. In the last Chapter, we prove the local exact controllability to the trajectories for a coupled system of the Boussinesq kind, with a reduced number of controls. In the state system, the unknowns are: the velocity field and pressure of the fluid (y, p), the temperature θ and an additional variable c that can be viewed as the concentration of a contaminant solute. We prove several results, that essentially show that it is sufficient to act locally in space on the equations satisfied by θ and c. / O objetivo desta tese é apresentar alguns resultados controlabilidade para alguns modelos da mecânica dos fluidos. Mais precisamente, provaremos a existência de controles que conduzem a solução do nosso sistema de um estado inicial prescrito à um estado final desejado em um tempo positivo dado. Os dois primeiros Capítulos preocupam-se com a controlabilidade dos modelos de Burgers-α e Leray-α. O modelo de Leray-α é uma variante regularizada do sistema de Navier-Stokes (α é umparâmetro positivo pequeno), que pode também ser visto como um modelo de fluxos turbulentos; já o modelo Burgers-α pode ser visto como um modelo simplificado de Leray-α. Provamos que os modelos de Leray-α e Burgers-α são localmente controláveis a zero, com controles limitados uniformemente em α. Também provamos que, se os dados iniciais são suficientemente pequenos, o par estado-controle (que conduz a solução a zero) para o sistema de Leray-α (resp. para o sistema de Burgers-α) converge quando α → 0+ a um par estado-controle (que conduz a solução a zero) para as equações de Navier-Stokes (resp. para a equação de Burgers). O terceiro Capítulo é dedicado à controlabilidade de fluidos incompressíveis invíscidos nos quais os efeitos térmicos são importantes. Estes fluidos são modelados através da então chamada Aproximação de Boussinesq. No caso emque não há difusão de calor, adaptando e estendendo algumas idéias de J.-M. Coron [14] e O. Glass [45], estabelecemos a controlabilidade exata global simultaneamente do campo velocidade e da temperatura para fluxos em 2D e 3D. Quando o coeficiente de difusão do calor é positivo, apresentamos alguns resultados sobre a controlabilidade exata global para o campo velocidade e controlabilidade nula local para a temperatura. No último Capítulo, provamos a controlabilidade exata local à trajetórias de um sistema acoplado do tipo Boussinesq, com um número reduzido de controles. Nesse sistema, as incógnitas são: o campo velocidade e a pressão do fluido (y, p), a temperatura θ e uma variável adicional c que pode ser vista como a concentração de um soluto contaminante. Provamos vários resultados, que essencialmente mostram que é suficiente atuar localmente no espaço sobre as equações satisfeitas por θ e c.

Orientador: Marcos Roberto de Mattos Fontes / Coorientador: Agnes Alessandra Sekijima Takeda / Banca: Maria Célia Bertolini / Banca: André Luis Berteli Ambrósio / Resumo: A estabilidade e integridade do material genético são fundamentais para manutenção e continuação da vida. O genoma humano é composto por três bilhões de pares de bases, os quais codificam entre 30.000 - 40.000 genes, e é constantemente atacado por metabólitos reativos endógenos, drogas terapêuticas e uma infinidade de agentes mutagênicos ambientais que afetam sua integridade. Assim, é evidente que a estabilidade do genoma deve estar sob vigilância contínua. Isso é conseguido através de mecanismos de reparo de DNA, que se desenvolveram para remover ou tolerar lesões e erros no DNA. Dentre os mecanismos de reparo de DNA presentes nos organismos, eles podem ser divididos em: i) reparo por excisão de bases (BER), ii) excisão de nucleotídeos (NER), iii) mal-pareamento de bases (MMR) e iv) reparo de DNA por junção de terminais não homólogos (NHEJ). Para o que esses mecanismos funcionem de maneira adequada, é evidente a importância da interação entre proteínas responsáveis pela função de reparo, bem como é essencial a regulação da importação nuclear para localização correta das proteínas responsáveis pelos mecanismos mencionados. Dentre os mecanismos responsáveis pela regulação da importação nuclear, a via clássica constituída pelo heterodímero Importina-α/β é um dos principais mecanismos de deslocamento. Algumas proteínas de reparo parecem interagir somente com algumas isoformas da Importina-α (Imp), indicando uma regulação adicional do processo de reparo, porém, pouco se sabe a respeito do reconhecimento das sequências de localização nuclear (NLS) dessas proteínas. Esse trabalho trata especificamente do estudo do complexo estrutural de complexos de Imp com peptídeos NLSs de proteínas relacionadas ao reparo de DNA utilizando... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The stability and integrity of the genetic material are essential for the maintenance and continuation of life. The human genome, comprising three billion base pairs coding for 30.000 - 40.000 genes, is constantly attacked by endogenous reactive metabolites, therapeutic drugs and a plethora of environmental mutagens that impact its integrity. Thus it is obvious that the stability of the genome must be under continuous surveillance. This is accomplished by DNA repair mechanisms, which were developed to remove or tolerate injuries and mistakes in DNA. In the DNA repair mechanisms available in the organisms, they can be divided in: i) base excision repair (BER), ii) nucleotide excision repair (NER), iii) mismatch repair (MMR) and iv) DNA repair by non-homologous end joining (NHEJ). To an adequate operation of these mechanisms, it is evident the importance of the interaction between proteins responsible for the function of DNA repair, as well as the regulation for nuclear import is essential for the correct localization of the proteins responsible for the mentioned mechanisms. In the group of the mechanisms responsible for nuclear import regulation, the classical pathway composed by Importin-α/β heterodimer is one of the major mechanisms of transport. Some DNA repair proteins seem to interact only with certain isoforms of Importin-α (Imp), indicating an additional regulation of the repair process. However, little information is known about the recognition of nuclear localization sequences (NLS) of these proteins. This work concerns specifically the structural studies of complexes with Imp and NLSs peptides from proteins related to DNA repair using crystallographic techniques. The expression and purification of Impα from Mus musculus N-terminally truncated were performed as well as the co-crystalization of... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2009. / Submitted by Allan Wanick Motta (allan_wanick@hotmail.com) on 2010-03-05T17:40:23Z No. of bitstreams: 1 2009_CarlaTatianadeMirandaHonorato.pdf: 1189980 bytes, checksum: 080332f15aa1d206d495e2b3ce7e77a4 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2010-03-08T13:53:24Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_CarlaTatianadeMirandaHonorato.pdf: 1189980 bytes, checksum: 080332f15aa1d206d495e2b3ce7e77a4 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-03-08T13:53:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_CarlaTatianadeMirandaHonorato.pdf: 1189980 bytes, checksum: 080332f15aa1d206d495e2b3ce7e77a4 (MD5) Previous issue date: 2009 / As secreções cutâneas dos anfíbios são reconhecidas como uma rica fonte de peptídeos biologicamente ativos há bastante tempo. Devido as suas propriedades antimicrobianas e ao seu mecanismo de ação que independe da interação com um receptor específico, cada vez mais, os peptídeos isolados dessas secreções vêm sendo considerados como uma opção alternativa aos antibióticos disponíveis comercialmente. Muitas linhagens bacterianas têm apresentado resistência a tais drogas e o fato dos peptídeos antimicrobianos de anuros estarem disponíveis em quantidades satisfatórias na natureza tem facilitado a pesquisa nessa área. O presente estudo teve como objetivo geral proceder à análise peptidômica da secreção cutânea do anuro Eupemphix nattereri com ênfase na prospecção de peptídeos antimicrobianos para aplicações terapêuticas. Como resultados do presente estudo, foram isolados e caracterizados três peptídeos antimicrobianos, denominados nattererinas. As nattererinas identificadas foram sintetizadas quimicamente e apresentaram atividade citolítica contra bactérias Gram positivas e Gram-negativas e baixa atividade hemolítica. Dentre suas propriedades estruturais, podemos ressaltar tratar-se de peptídeos catiônicos (com 30 resíduos de aminoácidos) que adquirem conformação em α-hélice na presença de TFE 50% (v/v). A pesquisa nessa área é de extrema importância, visto que a caracterização dos componentes presentes na secreção cutânea de anuros pode ajudar em identificações taxonômicas, bem como, fomentar a indústria farmacêutica com modelos para o desenho de novas drogas terapêuticas. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Amphibian skin secretions have been knowledge as a rich source of antimicrobial peptides for a long time. The outcome of antibiotic resistant bacterial species is an increasing problem, which encourages the search of new compounds in nature, for example, over anurans’ skin secretion. Due to its antimicrobial properties and mechanism of action, which is independent of specific receptors, these peptides have been considered as an alternative to the available antibiotics. The present study describes peptidômica analysis of the cutaneous secretion from the frog Eupemphix nattereri, focusing on antimicrobial peptides. As results of the present work, three antimicrobial peptides, named nattererins, were isolated and characterized. The identified nattererins were synthesized and tested against Gram-positive and Gram-negatives bacteria showing antimicrobial activity and low hemolytic activity. Nattererins are cationic peptides (30 amino acid residues long) and adopt an α-helical conformation in the presence of TFE 50% (v/v). Regarding the obtained results, naturally occurring bioactive peptides from amphibian skin can be a source of pharmaceutically interesting compounds, which endorses a higher investment in this kind of study. In addition, these peptides also can help in the taxonomy of anurans species.

A mucopolissacaridose tipo I (MPS I) é uma doença genética autossômica recessiva, causada pela deficiência da enzima lisossomal α-L-iduronidase (IDUA), envolvida na degradação de dermatan e heparan sulfato. O acúmulo desses substratos nas células provoca inúmeras e variadas manifestações clínicas, acarretando diferentes formas da doença, as quais estão divididas de acordo com a sua gravidade: forma atenuada (Síndrome de Scheie – MPS I S), forma intermediária (Síndrome de Hurler-Scheie – MPS I SH) e forma grave (Síndrome de Hurler – MPS I H). O diagnóstico molecular precoce e preciso pode ser feito pela análise de DNA. Entretanto, como essa abordagem despende bastante tempo e recursos, procurou-se estabelecer uma estratégia mais eficiente de diagnóstico molecular. Inicialmente foi feita a comparação entre a metodologia tradicional e a análise por RNA através de levantamentos comparativos de tempo e custos de ambas as metodologias. A seguir, foi realizada a padronização e a validação dessa técnica. A padronização foi realizada em plasmídeo contendo cDNA de IDUA e a sua validação foi feita utilizando-se sangue e/ou fibroblastos de pacientes com diagnóstico molecular já estabelecido pela metodologia tradicional. Finalmente, foi sugerida uma nova abordagem otimizada de análise de DNA através da análise das freqüências de mutações descritas na literatura. O estudo do RNA pareceu, num primeiro momento, bastante vantajoso, sendo realizado em menos tempo e com custo reduzido para a genotipagem completa do gene. Para pesquisa das mutações comuns, a análise por RNA teve um custo mais alto, porém uma redução de 60% no tempo de processamento. Passou-se para a padronização da técnica, que foi realizada com sucesso. Entretanto, na etapa de validação observou-se que em pacientes com mutações sem sentido ou que alteram o sítio de splice, não são corretamente diagnosticados através dessa metodologia. Apenas as mutações com sentido trocado aparecem claramente, porém ainda assim pacientes heterozigotos compostos para essas mutações e uma mutação sem sentido são incorretamente diagnosticados como homozigotos, devido à falha de amplificação do alelo com mutação sem sentido. Como a abordagem proposta inicialmente não foi satisfatória, procurou-se uma estratégia otimizada de análise de DNA através do seqüenciamento direto de éxons com maior freqüência de mutações. Essa nova abordagem utilizando DNA ainda necessita ser validada em uma amostra de pacientes para que se possa conhecer o seu real impacto no tempo e custo do diagnóstico molecular de pacientes com MPS I. / Mucopolisaccharidosis type I (MPS I) is an autosomal recessive genetic disorder caused by the deficiency of the lysosomal enzyme α-L-iduronidase (IDUA), responsible for the degradation of dermatan and heparan sulfate. The storage of these undegraded or partially degraded substrates causes the various clinical manifestations of the disease that can be classified into three main forms: Scheie Syndrome (MPS I S), the attenuated form; Hurler- Scheie Syndrome (MPS I HS), the intermediate form; and Hurler Syndrome (MPS I H), the severe form. Early and precise molecular diagnosis can be performed by DNA analysis. However, as this methodology is time and resource-consuming, more efficient approaches are needed. Initially, a comparison between the traditional DNA analysis and RNA-based analysis was performed for each step of both techniques. Then, the RNA-based technique was set up using a plasmid with IDUA cDNA and validated on patients with molecular diagnosis already performed by DNA analysis. Finally, an optimized strategy for DNA-based analysis based on the mutation frequencies was proposed. In comparison with DNA-based analysis, RNA studies seem more advantageous, as it is less expensive and faster for whole gene sequencing. For the screening of common mutations it is more expensive but 60% less time-consuming. This technique was successfully set-up. However, at the validation step it was noticed that nonsense and splice site mutations are not correctly diagnosed by this methodology. Missense mutations can be clearly identified even though compound heterozygotes with nonsense mutations are wrongly diagnosed as homozygotes due to amplification failure of the nonsense carrying allele. As this approach was considered unsuitable for the analysis of MPS I patients, a new optimized strategy based on direct sequencing of selected exons was suggested. This approach still needs to be validated in a sample of patients so that its real impact on molecular diagnosis of MPS I can be established.

Submitted by Daniella Sodre (daniella.sodre@ufpe.br) on 2015-04-17T15:27:34Z No. of bitstreams: 2 TESE Mariana Cabrera.pdf: 5580819 bytes, checksum: 0dc4140c6f92f1a1ba8fa8392c66b340 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-17T15:27:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE Mariana Cabrera.pdf: 5580819 bytes, checksum: 0dc4140c6f92f1a1ba8fa8392c66b340 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2013-02-15 / CAPES; CNPq / O uso de enzimas imobilizadas em aplicações industriais permite o desenvolvimento de processos de produção com alta produtividade, fácil separação do produto e reutilização do biocatalisador. Alguns grupos de enzimas apresentam muitas vantagens quando imobilizadas em suportes insolúveis em água, devido à melhoria de suas propriedades catalíticas e estabilidade ou pela síntese de baixo custo. Tendo em vista tais vantagens, enzimas de aplicabilidade industrial como α-Lramnosidase e invertase foram imobilizadas em diferentes suportes magnéticos. A α-L-ramnosidase de Aspergillus terreus foi imobilizada covalentemente nos seguintes suportes ferromagnéticos: polietileno tereftalato (Dacron-hidrazida), polisiloxano/álcool polivinílico (POS/PVA) e quitosana. A atividade da enzima imobilizada em Dacron-hidrazida (0,53 nkat/g de proteína) e POS/PVA (0,59 nkat/g de proteína) foi significativamente maior do que a encontrada para o derivado de quitosana (0,06 nkat/mg de proteína). Os perfis de pH e temperatura para todas as enzimas imobilizadas não mostraram diferença em relação à enzima livre, exceto o derivado de quitosana que apresentou maior temperatura máxima. O derivado enzimático Dacron-hidrazida mostrou melhor desempenho que a enzima livre para hidrolisar a naringina 0,3% (91% e 73% após 1 h, respectivamente) e na síntese de ramnósidos (0,116 e 0,014 mg narirutina após 1 h, respectivamente). Além disso, minerais como argilas e terra de diatomáceas foram utilizados para produzir compósitos com partículas de magnetita. Esses compósitos foram caracterizados por meio de diferentes técnicas físico-químicas a fim de elucidar suas propriedades estruturais, morfológicas e magnéticas. Três tipos de materiais foram sintetizados: argila montmorilonita magnética (mMMT), terra de diatomáceas magnética (mTD) e terra de diatomáceas magnética revestida com polianilina (mTD-PANI). Os compósitos magnéticos foram tratados com 3- aminopropiltrietoxisilano ou polianilina, disponibilizando grupamentos químicos para ocorrência de ligação covalente entre a matriz e a biomolécula. Após funcionalização dos suportes e ativação com glutaraldeído, os materiais foram utilizados como matriz para imobilização covalente de invertase. A invertase imobilizada em mMMT apresentou igual pH ótimo, maior temperatura máxima e estabilidade térmica quando comparada com a enzima livre, e manteve 91% da sua atividade inicial após 7 ciclos consecutivos de reutilização. No estudo da hidrólise de sacarose pela mTD-invertase, foi realizado um planejamento fatorial completo 24, sendo observadas como melhores condições experimentais para este processo: pH 4,5; temperatura de 45°C; concentração de sacarose 0,25 M e concentração de invertase 0,05 mg mL-1. A mTD-invertase mostrou bom desempenho quanto à termoestabilidade, estabilidade de armazenamento, tempo de prateleira e reuso quando comparada à enzima livre. A mTD-PANI-invertase apresentou igual pH ótimo e temperatura máxima e maior termoestabilidade que a enzima livre, e manteve 55% da sua atividade inicial após 10 ciclos consecutivos de reutilização. Portanto, os resultados mostraram que os compósitos magnéticos produzidos a partir de materiais orgânicos e inorgânicos (minerais de baixo custo e altamente disponíveis na natureza) são matrizes promissoras para a imobilização covalente de α-L-ramnosidase e invertase, bem como para a imobilização de outras biomoléculas.

Submitted by Geyciane Santos (geyciane_thamires@hotmail.com) on 2015-07-03T15:24:03Z No. of bitstreams: 1 Dissertação -Pricilla Louise Leite da Silva.pdf: 1906908 bytes, checksum: 31683da2a9bf5ed9615a30941ba001dd (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T13:45:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação -Pricilla Louise Leite da Silva.pdf: 1906908 bytes, checksum: 31683da2a9bf5ed9615a30941ba001dd (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-13T13:54:01Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação -Pricilla Louise Leite da Silva.pdf: 1906908 bytes, checksum: 31683da2a9bf5ed9615a30941ba001dd (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-13T13:54:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação -Pricilla Louise Leite da Silva.pdf: 1906908 bytes, checksum: 31683da2a9bf5ed9615a30941ba001dd (MD5) Previous issue date: 2014-03-26 / Não Informada / The present dissertation describes the physical-chemical, chemical and biological characteristics of latex utilis Couma (Apocynaceae), fruit species, genuinely Brazilian, endemic of Amazon region, popularly known as rowan, whose latex is used in food. After extraction, the latex is separated in three phases: rubber particles (F1), serum (F2) and lutoids (F3). Morphological characterization of latex, previously heated at 45°C was carried out by Microscopy of Atomic Force and was observed the formation of films and roughness from raw latex, anticoagulant serum, diluted, centrifuged and filtered serum. Presence of proteins was not detected in Maldi-TOF spectrometer analysis. However, filtered and lyophilized serum extract, by chromatographic fractioning and further analysis by NMR of isolated compound, allowed identifying the occurrence of α-amyrin acetate. The antimicrobial activity of F2 serum was evaluated using microorganisms: Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli, Salmonella typhimurium , Aspergillus Niger and Candida albicans. An inhibition of growth for Staphylococcus aureus and Candida albicans in the final concentration of 50 μl/ml of F2 was observed. / A presente dissertação descreve as características físico-químicas, químicas e atividades biológicas do látex de Couma utilis (Apocynaceae), espécie frutífera, genuinamente brasileira, endêmica da Região Amazônica, conhecida popularmente como sorveira, cujo látex é utilizado em alimentação. O látex, após a extração, separa-se em três fases: partículas de borracha (F1), soro (F2) e lutóides (F3). A caracterização morfológica do látex, previamente aquecido a 45°C, foi realizada por Microscopia de Força Atômica e observou-se a formação de filmes e rugosidade a partir do látex bruto, soro com anticoagulante, soro diluído, filtrado e centrifugado. Não se detectou a presença de proteínas em análise no Espectrômetro de Massas Maldi-TOF. Entretanto, o extrato filtrado e liofilizado do soro, através de fracionamento cromatográfico e posterior análise por RMN do composto isolado, permitiu identificar a ocorrência de acetato de α-amirina. A atividade antimicrobiana do soro (F2) foi avaliada empregando os micro-organismos: Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Bacillus subtilis, Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Aspergillus niger e Candida albicans. Observou-se a inibição de crescimento para Staphylococcus aureus e Candida albicans na concentração final de 50 μL/mL de F2.

Submitted by Cibele Nogueira (cibelenogueira@ufgd.edu.br) on 2016-04-26T14:46:44Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) SILVIANIABRASIL.pdf: 1760378 bytes, checksum: 798f6c53e6e0c244750a28f9595f917f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-26T14:46:45Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) SILVIANIABRASIL.pdf: 1760378 bytes, checksum: 798f6c53e6e0c244750a28f9595f917f (MD5) Previous issue date: 2015-06-01 / Pyrazoles are heterocyclic compounds which occupy a prominent place as active substances in biological systems and, consequently, the synthesis of these substances has resulted in their industrial scale production as well as the worldwide utilization as pharmaceuticals. The main synthetic routes for obtaining pyrazoles involves cycloaddition reactions between dipoles and dipolarophiles or cyclocondensation reactions between hydrazines and 1,3-dicarbonyl compounds or their 1,3-dielectrophilic analogues. Among these routes, the cyclocondensation between hydrazines and α-enones stands for simplicity, structural diversity of starting materials and great regioselectivity. However, these reactions produce pairs of enantiomeric pyrazolines that require an oxidative aromatization step to be converted into the corresponding pyrazoles. The objective of this work is to study the cyclocondensation reaction between hydrazine and α-epoxychalcones derived from chalcones using ultrasonic irradiation, aiming to pyrazole synthesis. After optimization of the reaction conditions, it was found that the cyclocondensation reaction between hydrazine hydrate and 3-aryl-2,3-epoxy-1-phenyl-1-propanones form 4-(5-aryl)-3-phenyl-4,5-dihydro-1H-pyrazoles. The reactions were performed in ethanol without catalysts in 40 minutes under ultrasonic irradiation. The products were obtained with high degrees of purity in 89-97% of yields. The structure of the products was confirmed by mass spectrometry analysis, infrared spectroscopy and by comparing the melting points to those reported in the literature. Therefore, a rapid and practical methodology for the preparation of pyrazoles using readily accessible starting materials was developed. / Pirazóis são compostos heterocíclicos que ocupam um lugar de destaque como substâncias ativas nos sistemas biológicos e, por consequência, a síntese dessas substâncias já resultou em moléculas produzidas em escala industrial, presente em fármacos mundialmente consumidos. As principais rotas sintéticas para a obtenção de pirazóis envolvem reações de cicloadição entre dipolos e dipolarófilos ou reações de ciclocondensação entre derivados de hidrazinas e compostos 1,3-dicarbonílicos ou seus análogos 1,3-dieletrofílicos. Dentre estas rotas, a ciclocondensação de hidrazinas com α-enonas se destaca devido à simplicidade, à variedade estrutural dos materiais de partida e à ótima regiosseletividade. Porém, estas reações formam um par de pirazolinas enantioméricas que precisam de uma etapa de aromatização oxidativa para serem convertidas nos pirazóis correspondentes. O objetivo deste trabalho é estudar as reações de ciclocondensação entre hidrazina e α-epoxichalconas, derivadas de chalconas, utilizando a irradiação ultrassônica, visando a síntese de pirazóis. Após otimização das condições da reação, foi constatado que as reações de ciclocondensação entre hidrato de hidrazina com 3-aril-2,3-epóxi-1-fenil-1-propanonas formam 4-(5-aril)-3-fenil-4,5-diidro-1H-pirazóis. As reações foram realizadas em etanol sem o uso de catalisador em tempos de 40 minutos de irradiação ultrassônica. Os produtos foram obtidos com altos graus de pureza em rendimentos de 89-97%. A estrutura dos produtos foi confirmada por análise em espectrometria de massas, espectrometria de infravermelho e comparação com os pontos de fusão apresentados na literatura. Portanto, foi desenvolvida uma metodologia rápida e prática para a preparação de pirazóis utilizando materiais de partida de fácil acesso.