Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-graduação em Ciência dos Alimentos / Made available in DSpace on 2013-07-16T00:43:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 / Devido à introdução no mercado de grãos e produtos derivados de soja geneticamente modificada (GM) a habilidade em detectar estes produtos passou a ser uma necessidade legal. Atualmente, a detecção destes organismos GM está baseada na presença de DNA através da reação em cadeia da polimerase (PCR). Diversos fatores influenciam para o desempenho desta reação, destacando a qualidade do DNA extraído. Neste estudo, foi avaliada a extração de DNA de grãos e produtos de soja, através de diferentes métodos de extração derivados do método CTAB. Os produtos analisados foram grãos, farinha, extrato, mistura infantil contendo isolado proteico e bebida à base de soja. A escolha de dois protocolos denominados de C e D permitiram a extração das amostras para verificar o rendimento e a qualidade do DNA pela leitura da densidade ótica a 260 nm, visualização de bandas em gel de agarose e através da PCR, com iniciadores que amplificam o fragmento de 164pb da lectina de soja confirmando a qualidade da extração. Foram extraídas de 8 a 26 amostras de cada produto (grãos e derivados de soja) com os protocolos C e D. Com o protocolo D, obteve-se maior rendimento e melhor razão de DO 260/280. Com o protocolo C, não foi possível medir a razão de DO para DNA extraído de fórmula infantil e bebida de soja. Embora baixas concentrações de DNA tenham sido obtidas pelo protocolo C, obteve-se banda intensa do fragmento de 164 pb após amplificação com iniciadores LEC1/LEC2. Deste modo, o protocolo C foi escolhido pois evita o uso de fenol, um reativo tóxico. Amostras de extrato e bebida à base de soja foram utilizadas em um experimento piloto para a realização da detecção específica de soja Roundup Ready. Após a Nested PCR, produtos da amplificação de 169pb foram observados para 9 das 12 amostras de extrato de soja. Para amostras da bebida de soja, problemas de contaminação ocorreram com os controles negativos; gerando amostras com resultados falso-positivo; impossibilitando a confirmação da presença de resíduos de soja RR.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Neurociências, Florianópolis, 2012. / Made available in DSpace on 2013-07-16T04:35:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 315057.pdf: 1765896 bytes, checksum: cd2b0428e158d1e2d1244e2ad32f398b (MD5) / O acúmulo da proteína beta amilóide (AB) no sistema nervoso central (SNC) e os prejuízos cognitivos são sinais clássicos da doença de Alzheimer que estão fortemente associados ao estresse oxidativo e às alterações colinérgicas. Um número crescente de trabalhos tem relacionado à obesidade como um fator de risco para o desenvolvimento da doença de Alzheimer. Durante o ganho de peso existe uma redução nos níveis plasmáticos e no SNC dos hormônios orexígenos grelina (Ghr) e neuropeptídeo Y (NPY), que além de regularem a ingesta de alimentos, também participam da modulação de processos cognitivos, emocionais e neurodegenerativos. No presente estudo, foram investigados os efeitos do pré-tratamento com Ghr ou NPY sobre as alterações comportamentais e neuroquímicas induzidas pela infusão intracerebroventricular (i.c.v.) do peptídeo AB1-40, utilizado como um modelo experimental da doença de Alzheimer. Grupos independentes de camundongos albinos (3 meses de idade) receberam uma administração aguda de Ghr (3 nmol/µl, i.c.v.), NPY (0.0234 umol/uL, i.c.v.) ou PBS (i.c.v.) 15 min antes da infusão do AB1-40 (400 pmol/camundongo, i.c.v.). De 9 a 14 dias após os tratamentos, os animais foram avaliados em uma bateria de testes comportamentais para a investigação das funções cognitivas (realocação do objeto), emocionais (suspensão pela cauda e labirinto em cruz elevado) e locomotoras (campo aberto). Ao final dos testes comportamentais, os animais foram sacrificados para a avaliação da captação de glutamato no hipocampo. As analise de parâmetros bioquímicos relacionados ao estresse oxidativo e atividade da enzima acetilcolinesterase (AchE) foram realizadas 24 h após o tratamento com Ghr, NPY e AB1-40. O tratamento prévio com Ghr ou NPY preveniu os prejuízos na memória espacial e aumento no tempo de imobilidade no teste de suspensão pela cauda induzidos pela infusão i.c.v. de AB1-40. Além disso, o peptídeo AB1-40 induziu uma significativa peroxidação lipídica, redução na atividade da enzima glutationa redutase (GR) e na captação de glutamato, aumento na atividade da enzima AchE no córtex pré-frontal e/ou hipocampo de camundongos que foram prevenidos pelo pré-tratamento com Ghr ou NPY. Em conjunto, os resultados do presente estudo sugerem que a Ghr e o NPY são capazes de prevenir os déficits cognitivos induzidos pelo peptídeo AB1-40 e apresentar um comportamento tipo antidepressivo em camundongos, sendo estes efeitos protetores mediados, ao menos em parte, pela inibição do estresse oxidativo e disfunção dos sistemas glutamatérgico e colinérgico.<br> / Abstract : The accumulation of amyloid beta (AB) protein in the central nervous system (CNS) and the cognitive impairments are classic signs of Alzheimer's disease that are strongly associated with oxidative stress and changes in cholinergic system. A growing number of studies have related the obesity as a risk factor for the development of Alzheimer's disease. During the weight gain there is a reduction in CNS and plasmatic levels of orexigenic hormones ghrelin (GHR) and neuropeptide Y (NPY), which regulates the food intake and also participates in the modulation of cognitive, emotional and neurodegenerative disorders. In this study, we investigated the effects of pretreatment with Ghr or NPY on the behavioral and neurochemical changes induced by intracerebroventricular (i.c.v.) infusion of AB1-40 peptide, used as an experimental model of Alzheimer.s disease. Independent groups of Swiss albino mice (3 months old) received a single acute administration of Ghr (3 nmol/uL, i.c.v.), NPY (0.0234 umol/ uL, i.c.v.) or PBS (i.c.v.) 15 min before infusion of AB1-40 (400 pmol/mouse, i.c.v.). The animals were evaluated 9 to 14 days after the treatment on a battery of behavioral tests for the investigation of cognitive (object location), emotional (tail suspension and elevated plus-maze) and locomotion (open field) functions. At the end of behavioral tests, the animals were sacrificed for the evaluation of the glutamate uptake in hippocampus. The analysis of biochemical parameters related to oxidative stress and activity of the enzyme acetylcholinesterase (AChE) were performed 24 h after treatment with Ghr, NPY and AB1-40. Pretreatment with Ghr or NPY prevented the decline in spatial memory and the increased in immobility time in tail suspension test induced by the infusion icv of AB1-40. Moreover, the peptide AB 1-40 induced a significant lipid peroxidation, reduction in glutathione reductase (GR) activity and glutamate uptake, also causes an increase in enzyme AChE activity in the prefrontal cortex and/or hippocampus of mice that were prevented by pretreatment with Ghr or NPY. Altogether, the result of this study suggest that Ghr and NPY are capable of preventing cognitive deficits induced by peptide AB1-40 and present an antidepressant like-effect in mice, and these protective effects are mediated, at least in part, by inhibition of stress oxidative and dysfunction of the glutamatergic and cholinergic system.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Ciência dos Alimentos, Florianópolis, 2012 / Made available in DSpace on 2013-07-16T04:41:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 317426.pdf: 1115185 bytes, checksum: 4770728067a39173c99c249ce4b505be (MD5) / O objetivo foi avaliar a aplicação de água quente entre 76°C e 78°C e ácido lático a 1,5% na superfície de carcaças suínas visando a redução microbiana. Foram utilizados quatro tratamentos; utilizados e comparados métodos diagnósticos microbiológicos alternativos e convencional; realizados swabs em carcaças suínas naturalmente contaminadas em um abatedouro sob Inspeção Federal no Estado de Santa Catarina e pesquisados os micro-organismos mesófilos aeróbios, enterobactérias, Escherichia coli, Salmonella spp., E. coli 0157 pela metodologia convencional, e alternativas pelo PETRIFILM # e TEMPO®.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Bioquímica, Florianópolis, 2013. / Made available in DSpace on 2013-07-16T21:07:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 316598.pdf: 3894244 bytes, checksum: c7ba1a7c2802d838e875bbde4627a988 (MD5) / A doença de Parkinson (DP) é a segunda mais prevalente doença neurodegenerativa, afetando aproximadamente 1% da população acima dos 60 anos, e um aumento na incidência desta doença é esperado nos próximos anos em virtude do envelhecimento populacional. Nos estágios iniciais da DP, um comprometimento de outras áreas cerebrais e vias de neurotransmissão além da dopaminérgica, que parecem ser responsáveis por prejuízos sensoriais (olfação), emocionais (depressão e ansiedade) e cognitivos (memórias operacionais e de procedimento). Este estudo objetivou estudar o efeito neuroprotetor de alguns fármacos em relação às alterações bioquímicas e comportamentais induzidas pela administração de 1-metil-4-fenil-1,2,3,6-tetrahidropiridina (MPTP) e também de 6- idroxidopamina (6-OHDA) in vitro, utilizados como modelos experimentais da DP. Utilizamos fármacos estabilizadores do humor, lítio (Li) e valproato (VPA), bem como o inibidor da enzima 3-hidroxi-3-metilglutaril-coenzima A (HMG-COA) redutase da síntese do colesterol, a Atorvastatina (ATOR) e um antagonista dos receptores A2A para adenosina (SCH58261), além de camundongos com deleção gênica do receptor A2A para adenosina. O prétratamento com Li (47,5 mg/kg) ou VPA (200 mg/kg) por via intraperitoneal (i.p.) durante 7 dias consecutivos previniu os prejuízos olfatórios induzidos pela administração intranasal (i.n.) do MPTP em camundongos no teste de discriminação olfatória e também nos déficits de memórias de curto prazo, avaliadas pelos testes de reconhecimento social e esquiva inibitória. Apesar da ausência de respostas do tipo depressiva na dose de MPTP (0,1 mg/narina), o tratamento com Li e VPA demonstrou um perfil característico de antidepressivos, reduzindo o tempo de imobilidade no teste do nado forçado. Além disso, Li e VPA impediram a depleção de dopamina no estriado e bulbo olfatório de ratos após a infusão i.n. de MPTP. Ao avaliar o possível efeito protetor da ATOR, observou-se que o tratamento via oral com ATOR (10 mg/kg por 7 dias) previniu os prejuízos na memória social e comportamentos do tipo depressivo induzidos pela administração i.n. de MPTP (1 mg/narina). Além disso, o tratamento com ATOR foi capaz proteger os camundongos contra os prejuízos motores e degeneração de neurônios dopaminérgicos na substância negra bservados 21 dias após a infusão do MPTP. Nenhuma alteração significativa em memórias espaciais de longo prazo e marcadores neuroinflamatórios foi observada 21 dias após a infusão i.n. do MPTP. Adicionalmente, padronizamos um modelo in vitro de toxicidade induzida por 6-OHDA em atias do hipocampo, estriado e córtex cerebral, e o efeito neuroprotetor da ATOR também foi avaliado. A incubação com 6-OHDA reduziu a viabilidade celular nas regiões cerebrais do hipocampo, estriado e córtex. A incubação com ATOR ou MK-801 (antagonista dos receptores para glutama to do tipo NMDA) per se não alterou a viabilidade celular. Observou-se uma prevenção na redução de viabilidade celular após incubação de ATOR + 6-OHDA no hipocampo, estriado e córtex. Observou-se ainda um efeito sinérgico na incubação de ATOR + MK-801 frente à toxicidade induzida por 6-OHDA. Por fim, o envolvimento dos receptores A2A (A2AR) nas alterações comportamentais e bioquímicas induzidas pela administração i.n. de MPTP foi avaliado. Demonstramos que o bloqueio farmacológico e/ou gênico dos A2AR pode atenuar prejuízos comportamentais relacionados a memórias de curto prazo e de procedimento, bem como a degeneração de neurônios dopaminérgicos na via nigroestriatal de camundongos induzidos pela administração i.n. de MPTP. Em conjunto, os resultados do presente estudo contribuem com o avanço no conhecimento acerca dos mecanismos bioquímicos associados ao processo neurodegenerativo da DP, além de sugerirem o Li, VPA, ATOR e antagonistas de A2AR como potenciais agentes neuroprotetores, sendo úteis no tratamento dos sintomas motores e não-motores da DP.<br> / Abstract : Parkinson's disease (PD) is the second most prevalent neurodegenerative disease affecting approximately 1% of the population above 60 years and an increase in the incidence of this disease is expected in the next year because of population aging. In earlier stages of PD suggest the commitment of other brain areas and neurotransmitters, that seem to be responsible for sensory (olfactory), emotional (depression and anxiety) and cognitive (working and procedural memories) impairments. In this study, we evaluated the neuroprotective potential of some drugs on biochemical and behavioral changes induced by administration of 1-methyl-4-phenyl-1,2,3,6 tetrahydropyridine (MPTP) and also 6-hydroxy-dopamine (6-OHDA) in vitro, used as animal models of PD. We investigated whether the moodstabilizers drugs lithium (Li) and valproate (VPA), as well as the inhibitor of the enzyme 3-hidroxy-3-metylglutaril-coenzime A (HMG-COA) reductase in the cholesterol synthesis pathway, atorvastatin (ATOR), and the adenosine A2A receptor antagonist (SCH58261) can act as putative neuroprotective agents in PD. Our findings indicate that pretreatment with Li (47.5 mg/kg) or VPA (200 mg/kg) by intraperitoneal (i.p.) route during 7 consecutive days was able to prevent olfactory discrimination and shortterm memory impairments evaluated, respectively, in the social recognition and step-down inhibitory avoidance tasks in rats infused with a single intranasal (i.n.) administration of MPTP (0.1 mg/nostril). Despite the absence of clear depressive-like responses following the current MPTP dose, Li and VPA treatment presented an antidepressant profile reducing the immobility time in the forced swimming test. Importantly, at this time no significant alterations on locomotor activity of the animals were observed. Li and VPA prevented the depletion of dopamine in the striatum and olfactory bulb of rats after the infusion of MPTP. The oral atorvastatin treatment (10 mg/kg for 7 days) prevented MPTP-induced short-term social memory deficits and depressive-like behavior observed at 7 and 14 days, respectively, after MPTP administration. Moreover, at later periods (21 days) after i.n. MPTP infusion, a significant decrease of locomotor activity of rats in the activity chambers were accompanied by a marked decrease of tyrosine hydroxylase immunostaining in the substantia nigra pars compacta which were also attenuated by atorvastatin treatment. Additionally, in the present study an in vitro model of 6-OHDA-induced toxicity in slices from hippocampus, striatum and cerebral cortex was established, and the neuroprotective effects of ATOR were confirmed. 6-OHDA (100 uM) induced a significant reduction of cell viability in striatum, hippocampus and cortex slices of rats. The incubation with ATOR or MK-801 per se did not alter the cellular viability and ATOR prevents the reduction of cell viability and reactive oxygen species production after incubation with 6-OHDA in the hippocampus, striatum and cortex. Finally, the involvement of adenosine A2A receptors (A2AR) in behavioral and biochemical changes induced by i.n. MPTP administrationwas also analyzed. The genetic or pharmacological blockade of A2AR prevented the behavioral deficits related to short-term and procedural memories, as well as the reduction of the expression of tyrosine hydroxylase (TH) in the striatum and substantia nigra of mice infused with MPTP. Altogether, the results of the present study contribute towards a better knowledge of the biochemical mechanisms associated with the neurodegenerative process in PD. Moreover, our findings suggest Li, VPA, ATOR and adenosine A2AR antagonists as potential neuroprotective agents, being valuable tools for the treatment of motor and non-motor symptoms of PD.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Ciência e Engenharia dos Materiais. / Made available in DSpace on 2013-12-05T22:08:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro Tecnológico. Programa de Pós-Graduação em Engenharia Química / Made available in DSpace on 2012-10-18T18:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2016-01-09T03:08:14Z : No. of bitstreams: 1 182861.pdf: 7692469 bytes, checksum: 221a62aef1816ef22c14ffebdf6c8dc7 (MD5) / O diacetil e a acetoína são substâncias responsáveis por parte do aroma de diversos derivados do leite. São substâncias que podem ser produzidas por diversos microorganismos, entre eles o Lactococcus lactis subsp. lactis biovar. diacetilactis (Llld). Esse microorganismo - especificamente a cepa NRRL 2356 - foi escolhido para estudos que levassem ao desenvolvimento de meios de cultura adequados para o processo de produção de diacetil e acetoína. No presente trabalho avaliou-se a influência de alguns fatores sobre o crescimento e produtividade de biomassa de Llld, desenvolveu-se meios de cultura visando a máxima produção de biomassa, e comparou-se meios de cultura em fermentador em termos de produção de biomassa, diacetil e acetoína. Os fatores estudados inicialmente foram a quantidade de inóculo, a velocidade de transferência de oxigênio e o pH dos meios de cultura. A produção de biomassa foi diretamente proporcional à quantidade de inóculo (para volumes de inóculo menores que 0,8% do volume de meio), inversamente proporcional à velocidade de transferência de oxigênio e diretamente proporcional ao pH (ou seja, inversamente proporcional à acidez do meio). Experimentos com diferentes meios de cultivo contendo lactose (LAC), extrato de levedura (YEA) e peptona (PEP) foram feitos, seguindo um planejamento experimental evolucionário. Os resultados desse planejamento permitiram elaborar um modelo segundo o qual a máxima produção de biomassa ocorre com 1,3% de LAC, 3,6% de YEA e 8,3% de PEP, dando uma produção teórica de 2,5 g/L de biomassa seca. Outro planejamento experimental, utilizando soro de leite reconstituído e ultrafiltrado (SORO), extrato de levedura e triptona (TRYP) permitiu elaborar um modelo segundo o qual a máxima produção de biomassa ocorre com de 50% (mL/mL) de SORO com 8,2% de sólidos, 2,85% de YEA e 11% de TRYP. Foram feitos ainda experimentos em fermentador de bancada de 6L usando meios MRS e SORO + YEA, adicionados ou não de citrato de amônio, dando produtividades maiores para os meios com SORO e produções de biomassa equivalentes para todos os experimentos. Determinações da concentração de diacetil e de acetoína foram feitas para os experimentos em fermentador; ocorreram interferências entre os reagentes usados na análise e substâncias na amostra. Não foi detectado diacetil, e a acetoína foi encontrada em concentrações de 3,5 a 7 ppm ou mg/L.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:01Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-08-27Bitstream added on 2014-06-13T20:07:31Z : No. of bitstreams: 1 nogueira_m_me_jabo.pdf: 312466 bytes, checksum: 35911aabc16eaed3bdb8cdcf9639b954 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Foram realizados dois experimentos com o objetivo de avaliar o efeito da ureia e do ácido propiônico na fenação e ensilagem do capim – tifton 85. No primeiro experimento foram confeccionados três tratamentos das silagens emurchecidas: controle não aditivada (SEC), aditivada com ácido propiônico (SEAP) e aditivada com ureia (SEU), bem como três tratamentos de feno: controle (FC), feno de alta umidade aditivado com ácido propiônico (FAUAP); feno de alta umidade aditivado com ureia (FAUU). Foi avaliada a composição bromatológica dos fenos e das silagens pré secadas no momento após a aplicação dos aditivos e após 60 dias de armazenamento. A utilização da ureia como aditivo nas silagens pré secadas e fenos alterou a composição bromatológica destes por meio da redução dos constituintes da parede celular e preservação dos teores de proteína bruta. No segundo experimento objetivou-se avaliar os efeitos da aplicação de aditivos químicos nos fenos de capim - tifton 85 sobre a alimentação de ovinos. Foram avaliados três tratamentos: Feno controle (FC), feno aditivado com ácido propiônico (FAP) e feno aditivado com ureia (FU). Foram utilizados 30 cordeiros, machos, não castrados, mestiços Santa Inês x Dorper, sendo avaliados a composição bromatológica dos fenos, o consumo de matéria seca e de nutrientes, o ganho de peso e as características da carcaça dos ovinos confinados. As dietas compostas com os diferentes fenos não diferiram (P>0,05) quanto à digestibilidade in vivo, consumo de nutrientes, ganho de peso, os valores de rendimento verdadeiro, porcentagens dos cortes comerciais da meia carcaça esquerda, pH, temperatura, área de olho de lombo e espessura de gordura dos cordeiros. A adição dos aditivos não trouxe benefícios ao feno de Tifton 85 / Two experiments were conducted in order to evaluate the effect of urea and propionic acid in Tifton 85 hay and silage. In the first experiment was evaluated three haylages: control- without additives (SEC), treated with propionic acid (SEAP) and treated with urea (SEU) and three high dry matter hays: control (FC), treated with propionic acid (FAUAP) and treated with urea (FAUU). Chemical composition of the haylage and hay were evaluated at the time after the additives application, and after 60 days of storage. The use of urea as an additive in haylage and hay changed the chemical composition of these through the reduction of cell wall constituents and preservation of crude protein. The second experiment aimed to evaluate the effects of application of chemical additives in Tifton 85 hay on the feeding of sheep. Three treatments were evaluated: control (FC), treatment with propionic acid (FAP) and treatment with urea (FU). In the trial 30 lambs, male, not castrated, crossbred Dorper x Santa Inês, were used to evaluate the dry matter and nutrients intake, digestibility, daily weight gain and carcass characteristics of feedlot sheep. The diets with different hay did not affect (P>0,05) the in vivo digestibility, nutrient intake, weight gain, and the values of real income, percentage of retail cuts from the left half carcass, pH, temperature, loin eye area and fat content. Chemical additives did not bring benefits to Tifton 85 haylage or hay

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-19Bitstream added on 2014-06-13T20:53:55Z : No. of bitstreams: 1 000749212.pdf: 2326147 bytes, checksum: b30560592085048dea18f80f7e336ca1 (MD5) / Os MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs endógenos não codantes de 20-22 nucleotídeos (nt) que regulam a expressão gênica de genes-alvos. Eles estão envolvidos em diversos aspectos de desenvolvimento da planta, tanto na parte aérea, quanto no sistema radicular. Os miRNAs e seus genesalvos tem uma complementariedade quase perfeita em plantas, sendo que esta complementaridade está relacionada à origem dos genes de miRNAs (genes MIRs). A hipótese mais aceita para a origem dos genes de miRNAs é a “hipótese de duplicação invertida”, a qual propõe que os genes de miRNAs surgiram a partir de duplicações invertidas do seus genes-alvos nos genomas vegetais. Muitos genes-alvos de miRNA em plantas codificam para fatores de transcrição, tais como os genes SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like (SPLs). Alguns membros da família SPL são regulados por ambos os miRNAs, miR156 e miR529. O sítio de reconhecimento destes microRNAs em transcritos de genes SPLs é conservado e difere somente por sete nucleotídeos. Enquanto o miR156 é altamente conservado entre Angiospermas, incluindo arabidopsis, o miR529 aparentemente está presente somente em eudicotiledôneas basais, monocotiledôneas e no musgo Physcomitrella patens. Neste trabalho, foram realizadas duas abordagens para o estudo da via miRNAs/SPL. Na primeira abordagem, foi analisada a evolução e a possível função da via miR529/SPL em monocotiledôneas e eudicotiledôneas. Foi testado o sítio de reconhecimento do miR529b em dois genes SPLs (SPL9 e SPL15) de arabidopsis encontrados bioinformaticamente via geração de plantas transgênicas de arabidopsis superexpressando o precursor de arroz OsMIR529b. As linhagens transgênicas de arabidopsis (OsMIR529b-OE) apresentaram fenótipos vegetativos e reprodutivos similares aos de plantas duplo mutantes de perda de função para os genes SPL9 e SPL15 de arabidopsis (denominado spl9/spl15). Estes... / MicroRNAs (miRNAs) are endogenous small non-coding RNAs of 20-22 nucleotides (nt) in length that regulate the gene expression transcriptionally and posttranscriptionally. They are involved in many aspects of plant development, both in the shoot and in the root systems. MiRNAs and their target genes have an almost perfect complementarily in plants, and this is related to the complementarity of genes origin of miRNAs genes (MIR genes). The most accepted hypothesis for the origin of miRNA genes is the inverted duplication hypothesis, which proposes that genes of miRNAs arose from inverted duplications of their target genes in plant genomes. Many miRNA target genes in plants encode transcription factors such as SQUAMOSA Promoter-Binding Protein-Like (SPLs). Some SPL family members SPL are regulated by both miRNAs, miR156 and miR529. The recognition site for these microRNAs in SPL transcripts is conserved and only differs by seven nucleotides. While miR156 is highly conserved among Angiosperms, including Arabidopsis thaliana, miR529 is apparently present only in basal eudicots, monocots and in the moss Physcomitrella patens. In this work, were performed two approaches to study miRNA-direct SPL gene regulation. In the first approach, we analyzed the evolution and possible function of the miR529/SPL pathway in monocots and eudicotyledonous. We searched for miR529b recognition sites in SPL genes from core eudicots, such as Arabidopsis thaliana. Interestingly, we found two miR529b-targeted SPLs (SPL9 and SPL15) in Arabidopsis and showed that the recognition sites are functional via the generation of transgenic Arabidopsis plants overexpressing OsMIR529b. OsMIR529b-OE overpressors are phenotipically and molecularly similar to the double mutant spl9/spl15. Our data suggest that miR529b is processed and functional in core eudicots and that this microRNA was recently lost in the evolutionary history of the ...

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-09-03Bitstream added on 2014-06-13T20:53:59Z : No. of bitstreams: 1 costa_pr_me_botib.pdf: 664900 bytes, checksum: d4b731cf5ba2463de35082d25d1fdb1e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A transcrição realizada pela RNA polimerase (RNAP) é um processo cuidadosamente controlado no desenvolvimento e na manutenção das funções vitais dos organismos. O desenvolvimento de novas técnicas e equipamentos para seu estudo, como as técnicas de pinça ótica ou magnética, a microscopia de força atômica e a fiuorescência de molécula única, complementaram os resultados dos estudos bioquímicos tradicionais e nos levaram a um maior entendimento do processo. A ocorrência de pausas em sítios específicos durante o alongamento, já observadas na década de 80, passou a ser estudada com maior interesse devido a sua importância biológica: acredita-se que essas pausas assegurem que a transcrição e a tradução ocorram simultaneamente em bactérias, permitam o dobramento correto das estruturas secundárias e terciárias do R A, facilitem a ligação de reguladores de alongamento e precedam a etapa de terminação transcricional. Modelos teóricos baseados na estabilidade termodinâmica do complexo de alongamento transcricional foram bem sucedidos na previsão da cinética do alongamento. Seus resultados indicaram que a RNAP pode ser vista como um motor molecular e sua motilidade possui características do modelo de catraca browniana. Entretanto, esses modelos consideram a presença de apenas uma polimerase realizando a transcrição. Experimentos recentes mostraram que a ocorrência de colisões entre essas enzimas durante a transcrição múltipla de um mesmo gene altera seu comportamento. Baseados nesses resultados, propomos a generalização de um dos modelos estocásticos que consideram a sequência molde para o estudo desse fenômeno. Em nossa aproximação, colisões entre as moléculas RNAP modificam a taxa de ocorrência da transcrição. A implementação do modelo foi realizada em... / The transcription of the information encoded within the DNA to the RNA molecule is exquisitely controlled during the development of the organisms and to its vital functions and has as the protagonist the RNA polymerase enzyme (RNAP). The development of single-molecule techniques, such as the magnetic and optical tweezers, atomic-force microscopy and single-molecule uorescence, increased our understanding of the process, complementing traditional biochemical studies. The non-homogeneity of the RNAP movement due to the occurrence of \pauses at speci c sites during elongation was revealed using electrophoresis gels. It is believed that these pauses ensure concurrency between transcription and translation in bacteria, allow the correct folding of RNA secondary and tertiary structures, facilitate the binding of regulating factors during elongation and preceding the transcriptional termination step. Theoretical models have been proposed to explain and predict the RNAP kinetics during the polymerization. Models based on the thermodynamic stability of the transcription elongation complex recover much of the kinetics and indicate that its movement has a Brownian ratchet mechanism. However, experiments showed that if more than one RNAP molecule initiate from the same promoter, their behavior changes and new phenomenona are observed. We proposed and implemented a theoretical model that considers collisions between RNAP molecules and predicts their cooperative behavior during multi-round transcription. The model generalizes a stochastic sequence-dependent model. In our approach, collisions between elongating enzymes modify their transcription rate values. We performed the simulations in Mathematica and compared the results of the single and the multiple-molecule transcription with experimental... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-23Bitstream added on 2014-06-13T19:54:00Z : No. of bitstreams: 1 nachtigall_pg_me_botib.pdf: 1512670 bytes, checksum: c79b570dced4bdd72d93ec49ab217896 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / MicroRNAs são pequenas moléculas de RNA que regulam pós-transcricionalmente a expressão gênica em diversas vias celulares específicas. Recentemente, alguns miRNAs de ação músculo-específica, especialmente aqueles expressos no músculo estriado esquelético, têm sido associados à regulação da biologia muscular, com papel fundamental no controle de eventos como miogênese e crescimento muscular hipertrófico e hiperplásico, além de constituírem vias metabólicas extremamente conservadas entre os vertebrados. A tilápia do Nilo é considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido à sua importância econômica e por apresentar o genoma completo sequenciado. Contudo, pouco é conhecido a respeito da dinâmica evolutiva de miRNAs e sua potencial atuação na regulação dos mecanismos moleculares promotores do desenvolvimento do tecido muscular na espécie. Assim, foram realizados dois estudos direcionados para a (i) avaliação do perfil de expressão de miRNAs músculo-específicos e seus alvos no tecido muscular de adultos da tilápia do Nilo, e para (ii) analisar o padrão de organização genômica desses miRNAs em diferentes espécies de peixes e estabelecer comparações com outros grupos de vertebrados. Os principais resultados obtidos na análise do perfil de expressão no tecido muscular esquelético de cinco miRNAs músculo-específicos (miR-1, -133a, -133b, -206 e -499) evidenciaram um alto nível de expressão do miR-499 no músculo vermelho em comparação aos níveis observados no músculo branco. Esses dados, corroborados pela hibridação in situ e análise da expressão de genes alvo do miR-499, sugerem sua participação como elemento central na regulação de vias metabólicas particularmente ativas no músculo de contração lenta (vermelho) na tilápia do Nilo. De modo geral, as análises genômicas... / MicroRNAs are small RNA molecules that post-transcriptionally regulate gene expression in various specific cell pathways. Recently, some miRNAs have been described to have a muscle-specific action and has been associated with regulation of muscle biology with fundamental roles in myogenesis. The Nile tilapia is considered an excellent biological model for the study of miRNAs in vertebrates due to their economic importance and to present the complete genome sequenced. However, little is known about the evolutionary dynamics of miRNAs and their potential role in regulating the molecular mechanisms that promote the muscle development on Nile tilapia. Thus, two studies were conducted: (i) a study to evaluate the expression pattern of muscle-specific miRNAs and their targets in different skeletal muscle types in adults of Nile tilapia, and (ii) a study to analyze the comparative evolutionary dynamics and genomic organization of these miRNAs in fish genomes. Our expression analysis by qPCR and in situ hybridization, carried out on five muscle-specific miRNAs (miR-1, -133a, -133b, -206 and -499), revealed a highly differential expression of miR-499 in red skeletal muscle (slow-twitch). These data evidenced the key role played by the miR-499 in the maintenance of the slow-twitch muscle type in Nile tilapia. The comparative genomic analysis performed on six species of fish showed a conserved dynamism for the muscle-specific miRNAs analyzed (miR-1-1/-133a-2, miR-1-2/133a-1, miR-206/133b, miR-214 e miR-499). However, a copy of miR-214 was detected in the genome of five species belonging to the superorder Acanthopterygii. Interestingly, this copy also has a high level of synteny over the species when it was detected. Thus, the obtained data may assist in the understanding of the role of muscle-specific miRNAs in muscle biological pathways... (Complete abstract click electronic access below)