Ácido Hialurônico (HA) é um componente da matriz extracelular, responsável pela hidratação e manutenção do equilíbrio osmótico tecidual. Concentrações de HA estão elevadas em vários tipos de cânceres, incluindo próstata. Hialuronidases (HAases), são uma família de enzimas relacionadas com a propagação de infecções bacterianas, toxinas de venenos e progressão tumoral. A quebra do HA em pequenos fragmentos (3-25 dissacarídeos) promovidos pela ação das HAases tipo Hyal1, Hyal2 e Hyal3, está relacionada à promoção do câncer através da indução da angiogênese e estímulo a proliferação através de ativação da via tirosina quinase. Algumas isoformas de HAases, descritas como produto de splicing alternativo, possuem atividade enzimática diversificada. A heterogeneidade de expressão das HAases foi identificada em alguns tipos de câncer e pode ser correlacionada com o comportamento diferenciado dos tumores. Para este trabalho estudamos amostras de 55 pacientes submetidos a prostatectomia radical por carcinoma de próstata (CP) . A média de idade foi 66 anos e o tempo médio de seguimento 73,7 meses. Os pacientes foram divididos em dois grupos para análise dos resultados: 1- Escore de Gleason (EG) >=7 (30) e EG <=6 (25). 2- Comportamento tumoral (recidiva-19, e não recidiva-36), considerando o nível sérico de Antígeno Específico da Próstata (PSA) 0,2 ng/mL. O grupo controle foi representado por 11 pacientes com hiperplasia prostática benigna, submetidos à ressecção retropúbica. As HYAL foram identificadas por PCR, com uso de primers específicos para as variantes 1, 2, 3, 4 e 5 e wt da HYAL1, wt da HYAL2, e wt e variantes 1, 2 e 3 da HYAL3. As HYAL mais freqüentemente expressas pelo CP foram HYAL2-wt (65,4%), HYAL1-v1 (63,3%) e HYAL3-wt (47,2%). Em tecidos prostáticos benignos, a HYAL3-v1 foi expressa em 90,9% dos casos, estando presente em 36% dos tumores com EG baixo, e não expressa em tumores com EG alto (p=<0,001). Nos tumores sem recidiva HYAL1-v3 foi expressa em 30,5% dos casos versus 5,2% em casos que recorreram (p=0,041). HYAL3 v2, foi expressa por 33,3% dos tumores que não recorreram e não expressa em tumores que recorreram (p=0,002). Concluímos que a expressão de HYAL1-v3, HYAL3-v1 e HYAL3-v2 está relacionada a tumores mais diferenciados e com menores taxas de recidiva, podendo ser utilizadas como marcadores na prática clínica identificando candidatos a terapias mais conservadoras. / Hyaluronic acid (HA) is a component of the extracellular matrix that hydrates and maintains the osmotic balance of tissues. HA concentration is elevated in several cancers including prostate. Hyaluronidases (HAases) are a family of enzymes related to the spread of bacterial infections, toxins of venoms and probably cancer progression. Small fragments of HA are generated by HAase Hyal1, Hyal2 and Hyal3, stimulating endothelial proliferation and activating mitogen-activated protein kinase pathway. Several isoforms of HAases have been described as a product of alternative splicing, and are responsible for differences in the enzyme activity. The heterogeneity of HAses expression has been identified in tumors and could be related to the differences in their biological behavior. Fifty-five patients submitted to radical prostatectomy for prostate cancer (PC) were the subject of this study. The mean age was 66 years old and the mean follow-up was 73,7 months. Patients were divided into two groups for the analyses: 1- High Gleason score (GE) >=7 (30) and low Gleason score <=6 (25). 2- Tumor behavior; recurrence - 19 and nonrecurrence - 36. Biochemical recurrence was considered when PSA was higher than 0.2 ng/mL. The control was represented by 11 patients submitted to retropubic prostate resection for benign prostatic hyperplasia. The alternative splicing forms of HYAL were identified by PCR, and the primer sequences identified variants 1, 2, 3, 4, 5 e wt of HYAL1, wt of HYAL2, wt and variants 1, 2 and 3 of HYAL3. The HYAL more frequently expressed by PC was HYAL2-wt (65.4%), HYAL1-v1 (63.3%) and HYAL3-wt (47.2%). In benign prostate tissue the main expressed HAase was HYAL3-v1 in 90.9%, being present in 36% of low Gleason score tumors and not expressed by tumors with high Gleason score (p=<0.001). For tumors that not recurred there was expression of HYAL1-v3 in 30.5% of the cases vs. 5.2% in cases that recurred (p=0.041). The same difference was noted regarding the expression of HYAL3-v2, that was expressed by 33.3% of tumors that not recurred and not expressed by tumors that recurred (p=0.002). We conclude that there is a profile of HAase related to low Gleason score and non-recurrent PC that is characterized by expression of HYAL1-v3, HYAL3-v1 and HYAL3-v2 that could be used in clinical practice to choose a better treatment.

Made available in DSpace on 2016-08-17T17:11:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao-JordaneOliveiraBorges.pdf: 453225 bytes, checksum: 2cd54b51d98accea43d7182fa6c5b5e0 (MD5) Previous issue date: 2016-02-15 / FUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA E AO DESENVOLVIMENTO CIENTIFICO E TECNOLÓGICO DO MARANHÃO / This study aimed to evaluate the effects of shed roofing (SR) and inclusion of babassu cake in the diets (BC) on the productive traits of meat quail from 14 to 28 and 14 to 40 days of age. A total of 896 meat-type quail (Coturnix coturnix coturnix) were housed at their 14th day of life in four masonry sheds. A completely randomized experimental design with a 4 × 4 factorial arrangement was adopted, consisting of four shed roofing types (asbestos cement, ceramic, straw, and painted asbestos cement) and four diets (0, 5, 10, and 15% inclusion of babassu cake), with 16 treatments and four replications of 14 quail, totaling 64 experimental units. The performance variables evaluated from 14 to 28 and 14 to 40 days were: feed intake (FI, g/quail), average weight gain (WG, g/quail), feed conversion (FC, g/g), average live weight at 28 days (AW28, g/quail), average live weight at 40 days (AW40, g/quail), and energy efficiency (EE, g/Mcal). After the slaughter on the 40th day, we also measured the carcass weight (CW) and the yields (%) of carcass (CY), breast (BY), legs (LY), and wings (WY), as well as the relative weights of the heart (RWH), liver (RWL), gizzard (RWG), and intestine (RWI). Additionally, on the 40th day, we evaluated the surface temperatures (head, HT; back, BT; leg, LT; and wings, WT) and the cloaca temperature (CLT), and later we determined the average surface temperature (AST) and the average body temperature (ABT). To compare the economic efficiency between experimental diets, the feed cost per kg of carcass and the gross margin were calculated. In the period from 14 to 28 days, SR influenced (P<0.05) FI28, WG28, and AW28 of the quail, and the ceramic roofing favored these variables compared with the other roofing types. Babassu cake did not affect (P>0.05) FI28, but improved WG28, FC28, AW28, and EE28 linearly, with its inclusion recommended at up to 15%. In the period from 14 to 40 days, SR influenced (P<0.05) WG40, FC40, AW40, and FE40 of the quail, but there was no effect (P>0.05) on FI40, and responses were similar with the use of ceramic and asbestos roofing. Inclusion of BC provided a quadratic increase in FI40, WG40, and AW40. There was no effect of SR or BC on CW, BY, WY, LY, RWH, RWL, and RWI; however, BC influenced RWG, which increased linearly with the inclusion of the ingredient. Head temperature, WT, LT, and AST were lower in quail kept under ceramic roofing, but no effects were detected (P>0.05) on CLT or ABT. The babassu cake, however, did not influence (P>0.05) any of the evaluated temperatures. In conclusion, ceramic roofing provides better environmental conditions in relation to the other roofing types. Babassu cake improved the performance characteristics, and inclusion of up to 15% of this ingredient in diets for meat quail is technically feasible. Based on the current cost analysis, inclusion of BC is economically unfeasible. / Objetivou-se avaliar os efeitos do tipo de cobertura do galpão (TC) e da inclusão da torta de babaçu nas rações (TB), sobre as características produtivas de codornas de corte dos 14 aos 28 e dos 14 aos 40 dias de idade. Foram utilizadas 896 codornas de linhagem de corte (Coturnix coturnix coturnix), acondicionadas no 14º dia de vida, em quatro galpões de alvenaria. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado (DIC) em arranjo fatorial 4x4, sendo quatro tipos de coberturas nos galpões (fibrocimento, cerâmica, palha e fibrocimento pintado) e quatro rações (0, 5, 10 e 15% de inclusão de torta de babaçu), sendo 16 tratamentos com quatro repetições de 14 aves, totalizando 64 unidades experimentais. As variáveis de desempenho avaliadas dos 14 aos 28 e dos 14 aos 40 dias foram: consumo de ração (CR; g/ave), ganho de peso médio (GP; g/ave), conversão alimentar (CA; g/g), peso vivo médio aos 28 dias (PM28; g/ave); peso vivo médio aos 40 dias (PM40; g/ave) e eficiência energética (EF; g/Mcal) e após o abate no 40º dia, foi obtido o peso da carcaça (PC) e o rendimento (%) de carcaça (RC) de peito (RP), pernas (RPN) e asas (RASA), bem como os pesos relativos do coração (PRC), fígado (PRF), moela (PRM) e intestino (PRI). Também foram avaliadas no 40º dia as temperaturas superficiais (temperaturas de cabeça, TCA; dorso, TDR; perna, TPE; e asa, TAS) e de cloaca (TCL), sendo calculadas posteriormente a temperatura superficial media (TSM) e corporal média (TCM). Para comparar a eficiência econômica entre as rações experimentais determinou-se o custo com alimentação por kg de carcaça (CC) e a margem bruta (MB). No período de 14 a 28 dias observou-se que o TC influenciou (P<0,05) o CR28, GP28 e o PM28 das codornas, sendo que a cobertura de cerâmica favoreceu estas variáveis em relação às demais coberturas. A TB não afetou (P>0,05) o CR28, mas melhorou linearmente o GP28, a CA28, o PM28 e a EF28, recomendando-se até 15% de inclusão de TB. No período de 14 a 40 dias observou-se que o TC influenciou (P<0,05) o GP40, a CA40, o PM40 e a EF40 das codornas, não havendo efeito (P>0,05) sobre o CR40, havendo similaridade das respostas da cobertura de cerâmica e fibrocimento. A TB aumentou de forma quadrática o CR40, GP40 e o PM40. Não houve efeito de TC e TB no PC, RP, RASA, RPN, PRC, PRF, PRI, entretanto a TB influenciou o PRM, que aumentou linearmente com a inclusão de TB. A TCA, TAS, TPE e TSM foram inferiores nas aves mantidas na cobertura de cerâmica não havendo efeitos (P>0,05) sobre a TCL e TCM. Já a TB não influenciou (P>0,05) nenhuma das temperaturas avaliadas. Concluiu-se que a cobertura de cerâmica proporciona melhores condições ambientais em relação às demais coberturas. A inclusão de TB melhorou as características de desempenho sendo tecnicamente viável a inclusão de até 15% nas rações de codornas de corte. Com base na análise de custo atual, a inclusão de TB é economicamente inviável.

Existe uma crescente demanda por alternativas de controle de doenças para se reduzir o uso do controle químico, como por exemplo, o estudo da indução de resistência em plantas, através de fitotoxinas como a taxtomina A e outras substâncias. O vírus do mosaico do pepino (Cucumber mosaic virus - CMV) e o vírus do mosaico amarelo da abobrinha (Zucchini yellow mosaic virus - ZYMV) têm causado grandes prejuízos em culturas importantes, assim como o fungo Rhizopus stolonifer, que pode atacar diversos hospedeiros. Este trabalho foi conduzido com o objetivo de se avaliar os efeitos do uso da taxtomina A como indutor de resistência em plantas. Como resultado preliminar a produção de taxtomina A pode ser aumentada utilizando-se como fonte de inóculo amostra de uma cultura liquida pré-estabelecida de Streptomyces scabies. Foram testados a aspersão de taxtomina A em plantas de abobrinha de moita, para se avaliar a proteção contras os vírus CMV e ZYMV. Também foi aspergida taxtomina A em bagas de uva \"Itália\" para se avaliar o desenvolvimento da podridão pós-colheita causada por R. stolonifer. As plantas de abobrinha de moita, mantidas em casa de vegetação, tratadas com taxtomina A não apresentaram sintomas de mosaico característico do CMV. O teste ELISA apresentou resultados negativos indicando a não presença de partículas virais em níveis detectáveis nas plantas. Com relação ao ZYMV, a taxtomina A não foi capaz de controlar o desenvolvimento da doença, pois apareceram sintomas em todas as plantas. A taxtomina A apresentou efeito in vitro sobre R. stolonifer retardando o crescimento do fungo principalmente nas duas maiores concentrações usadas. Porém, a aplicação de taxtomina A não foi capaz de proteger as bagas de uva contra o patógeno. Finalizando a taxtomina A foi capaz de controlar em 100% a incidência de CMV em abobrinha, porém não foi capaz de controlar o ZYMV em abobrinha e a podridão nas uvas causada por R. stolonifer. / There is an increasing demand for alternative control of diseases to reduce the use of chemical control, for example the induced resistance studies on plants with phytotoxins like thaxtomin A and other substances. The Cucumber mosaic virus (CMV) and the Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) cause a lot of losses on important crops and also the fungus Rhizopus stolonifer that can cause disease in different hosts. This work was carried out to evaluate the use of thaxtomin A to induce resistance. Thus, as a preliminary result, the thaxtomin A production could be increased by using as inoculum an established Streptomyces scabies liquid culture. It was tested the spraying of thaxtomin A on zucchini plants to evaluate the protection against the viruses CMV e ZYMV. On the other hand, grape berries cv \"Italia\" were also sprayed with thaxtomin A to evaluate the development of the postharvest rot caused by R. stolonifer. The zucchini plants were maintained in the greenhouse and the treatment with thaxtomin A inhibited mosaic symptom development by the CMV. The ELISA test showed negative results indicating that there was no detectable virus particles inside the plants. The thaxtomin A was not able to control the ZYMV development since all plants exhibited symptoms. The thaxtomin A showed in vitro control of R. stolonifer as it reduced the fungal growing at the two highest concentrations used. However, the thaxtomin A was not able to control the postharvest rot in grapes. Finally, the thaxtomin A was able of controlling 100% of the incidence of CMV on zucchini plants, but was not able of controlling ZYMV in zucchini and the grape berrie rot caused by R. stolonifer.

A ocorrência de doenças em uvas de mesa gera perdas desde o cultivo até a comercialização, o que afeta diretamente o potencial de exportação do Brasil. A prevenção na realização de injúrias nos frutos é essencial para garantir a eficácia dos tratamentos aplicados tanto em pré- quanto em pós-colheita. Visando o emprego de produtos alternativos que auxiliem no manejo sustentável da cultura, o fosfito de potássio encontra-se como ferramenta útil. O efeito do fosfito no controle de doenças causadas por oomicetos já foi relatado, porém, como este ingrediente ativo atua sobre microrganismos do reino Fungi ainda é desconhecido. Neste contexto, este trabalho teve como objetivo avaliar o fosfito de potássio no controle das doenças podridão mole, mofo cinzento e podridão da uva madura, causadas por Rhizopus stolonifer, Botrytis cinerea e Colletotrichum gloeosporioides, respectivamente, em bagas de uva ´Itália´ e seus efeitos na qualidade físico-química dos frutos. Também objetivou-se estudar os mecanismos de ação envolvidos na inibição do desenvolvimento do micélio de R. stolonifer na presença do produto e na indução de respostas de defesa em bagas de uva. Foram realizados ensaios in vitro para avaliação do efeito do fosfito sobre o crescimento micelial, esporulação e germinação dos esporos para R. stolonifer, B. cinerea e C. gloeosporioides. Experimentos utilizando-se de bagas foram conduzidos, visando avaliar o efeito no uso do fosfito como fungicida produtor ou curativo para os três patógenos. Cachos foram utilizados para se determinar os efeitos da aspersão do fosfito sobre a qualidade físico-química dos frutos. Para avaliação dos mecanismos de ação do fosfito sobre o micélio de R. stolonifer, foram determinados os efeitos sobre a permeabilidade da membrana plasmática, a síntese de parede celular e a síntese de proteínas. A atividade de guaiacol peroxidase e de compostos fenólicos totais foi determinada em bagas de uva tratadas ou não com fosfito. Houve inibição do crescimento micelial, da esporulação e da germinação dos esporos dos patógenos desenvolvidos em diferentes concentrações de fosfito de potássio. O tratamento protetor e curativo das bagas evidenciou reduções significativas na área abaixo da curva de progresso das doenças estudadas. Não houve efeito do produto sobre a qualidade físico-química dos cachos de uva. Quanto aos mecanismos de ação, foram observados efeitos do fosfito sobre a permeabilidade de membrana, devido à elevada perda de eletrólitos do micélio. O fosfito proporcionou elevação na síntese de proteínas totais no micélio do patógeno e redução na atividade de ?-1,3- glucanase e quitinase, que são enzimas relacionadas à síntese de parede. A atividade de guaiacol peroxidase e a concentração de compostos fenólicos totais não aumentou com a aplicação do fosfito nas bagas. Desta forma, pode-se concluir que o fosfito de potássio controlou a podridão mole, o mofo cinzento e a podridão da uva madura e não teve efeito sobre a qualidade físico-química dos frutos. Ainda, o fosfito atuou sobre a permeabilidade de membrana, síntese de proteínas e de parede celular do micélio de R. stolonifer e não proporcionou indução da atividade de guaiacol peroxidase e compostos fenólicos totais em bagas de uva. / The occurrence of table grape diseases causes losses from the field to the commercialization, which affects the Brazil potential to export. The prevention of injuries in fruits is essential to ensure the pre- and postharvest treatment efficiency. In order to use alternative products to support the crop sustainable management, phosphite may be a useful tool. The phosphite effect on control of diseases caused by oomycetes has been reported, however, how the active ingredient acts on microorganisms from the Fungi kingdom is unknown. Thus, the objective was to evaluate potassium phosphite on the control of soft rot, grey mold and ripe rot, caused by Rhizopus stolonifer, Botrytis cinerea e Colletotrichum gloeosporioides, respectively, in ´Itália´ grape berries and its effect on physico-chemical properties of the fruits. Moreover, the objective was to study the mode of action involved on the inhibition of R. stolonifer grown in the presence of phosphite and on the induction of defense responses in grape berries. In vitro assays were carried out to evaluate the effect of phosphite on mycelial growth, sporulation and spore germination in R. stolonifer, B. cinerea e C. gloeosporioides. Single berries were used in order to evaluate the effect of phosphite as a protective or curative fungicide against the three pathogens. Grape clusters were used to determine the effects of phosphite spraying on physico-chemical properties. To evaluate the mode of action of phosphite on R. stolonifer mycelium the plasma membrane permeability, the protein synthesis and the cell wall synthesis were monitored. The guaiacol peroxidase activity and phenolic compound concentration were evaluated in grape berries treated or not with phosphite. There were inhibition on mycelial growth, sporulation and spore germination on the three pathogens in different potassium phosphite concentrations. The protective and curative treatment in grape berries showed significant reductions on the area under disease progress curve of the studied diseases. There was no effect on physico-chemical properties of the grapes. Regarding the mode of action, the phosphite affected membrane permeability what was seen as high electrolyte leakage from the mycelium. Phosphite caused high protein synthesis in the mycelium and reduction on ?-1,3-glucanase and chitinase activities, which are enzymes related to cell wall synthesis. The guaiacol peroxidase activity and phenolic compound concentration did not increase due the phosphite application. Thus, it may be concluded that potassium phosphite controlled soft rot, grey mold and ripe rot in grape berries and did not affect the physico-chemical properties of the fruits. Besides that, phosphite still acted on membrane permeability, protein synthesis and cell wall synthesis on the R. stolonifer mycelium and did not changes in guaiacol peroxidase activity and phenolic compound concentration in the grape berries.

A citricultura brasileira ocupa lugar de destaque no agronegócio nacional, sendo o país o maior produtor de laranja e suco de laranja do mundo. A faia (Fagus sylvatica) é uma das principais espécies das florestas na Europa, sendo usada como ornamental e por possui alto valor econômico devido à produção de madeira. Um dos principais entraves no cultivo dessas espécies é a ocorrência de doenças principalmente as causadas por espécies de Phytophthora que além de causar grandes prejuízos, os métodos de controle são difíceis e onerosos. Existem trabalhos na literatura que apontam os fosfitos como alternativa sustentável, eficaz e economicamente viável para o controle de doenças causadas por oomicetos. Entretanto, o Comitê de Ação a Resistência à Fungicidas (FRAC) classifica os fosfitos, como produtos com ingrediente ativo sem mecanismo de ação definido. Neste contexto, este trabalho teve como objetivo avaliar o produto comercial à base de fosfito de potássio, Phytogard&reg; no controle das doenças causadas por Phytophthora nicotianae em citros e Phytophthora plurivora em faia, bem como avaliar através de análises bioquímicas se esse produto induz resistência em plântulas de citros. Além disso, foram realizados estudos in vitro para avaliar o efeito direto do Phytogard&reg; sobre o desenvolvimento de P. nicotianae e P. plurivora e verificar os possíveis mecanismos de ação desse produto sobre esses patógenos. Foram utilizadas plântulas de citros e faia que foram aspergidas com diferentes concentrações de Phytogard&reg; e, posteriormente, inoculadas com os patógenos. Foram avaliadas a incidência das doenças, o consumo de água e a quantidade de DNA dos patógenos nos tecidos das raízes dos hospedeiros. Ao final do experimento, foram realizadas análises bioquímicas dos tecidos das plântulas de citros. Nos experimentos in vitro, o micélio dos patógenos foi exposto a concentrações crescentes de Phytogard&reg; sendo determinado o crescimento micelial, produção de massa fresca de micélio e de zoósporos. Avaliou-se a perda de eletrólitos, peroxidação de lipídios e a atividade da enzima &beta;-1,3 glucanase do micélio exposto ao produto. Foi avaliada também a morfologia das hifas tratadas ou não com o Phytogard&reg; através da técnica de Microscopia Eletrônica de Varredura (MEV). Os resultados mostraram que o Phytogard&reg;, em todas as concentrações aplicadas controla de maneira preventiva as doenças causadas por P. nicotianae e P. plurivora em citros e faia, respectivamente. Em citros, o produto altera a atividade de algumas proteínas relacionadas à patogênese, mas não é possível concluir que o controle seja mediado por indução de resistência. O Phytogard&reg; inibe o crescimento micelial e a produção de zoósporos de P. nicotianae e P. plurivora. Além disso, o produto modifica a morfologia das hifas, atua na permeabilidade de membrana e na síntese de parede celular do micélio dos patógenos. / The Brazilian citrus production is important to national agribusiness, and the country is the largest orange and orange juice world producer. Beech (Fagus sylvatica) is one of the main forest species in Europe and is used as ornamental and also it has a high economic value due to the production of wood. One of the main problems in the cultivation of these species is the occurrence of diseases, mainly caused by Phytophthora species. Besides causing extensive damage control methods are difficult and costly. There are studies in the literature that show phosphites as a sustainable alternative, effective and economically viable for the control of diseases caused by oomycetes. However, the Fungicide Resistance Action Committee (FRAC), classifies the phosphites as products with the active ingredient with no defined mode of action. In this context, this work aimed to evaluate the commercial product based on potassium phosphite Phytogard&reg; on the control of diseases caused by Phytophthora nicotianae in citrus plants and Phytophthora plurivora in beech plants and evaluate through biochemical assays whether this product induces resistance in citrus seedlings. In addition, in vitro studies were carried out to evaluate the direct effect of Phytogard&reg; on the development of P. nicotianae and P. plurivora and to understand the possible mode of action of the product on these pathogens. Citrus seedlings were sprayed with different concentrations of Phytogard&reg; and then inoculated with the pathogen. We evaluated the diseases incidence, water uptake and the amount of pathogens DNA in the host roots. At the end of the experiment, biochemical assays with citrus seedlings were made. In in vitro experiments, the pathogen mycelium was exposed to increasing concentrations of Phytogard&reg; and mycelial growth, production of fresh mycelium and zoospores by these pathogens were determined. We also evaluated the electrolyte leakage, lipid peroxidation and the &beta;-1,3 glucanase activity in the mycelium exposed to the product. It was also evaluated the hyphae morphology from mycelium treated or not with Phytogard&reg; by using scanning electron microscopy. The results showed that in all concentrations of Phytogard&reg; preventively controled diseases caused by P. nicotianae and P. plurivora in citrus and beech plants, respectively. In citrus, the product changed the activities of some pathogenesis-related proteins, but it is not possible to conclude that the control was mediated by resistance induction. The Phytogard&reg; inhibited mycelial growth and zoospore production by P. nicotianae and P. plurivora. Furthermore, the product modified the hyphae morphology, changed membrane permeability and mycelium cell wall synthesis in the pathogens.

O dermatófito Trichophyton rubrum é um fungo filamentoso, antropofílico, que invade tecidos queratinizados causando infecções superficiais e cutâneas. Algumas drogas são usadas para o tratamento das dermatofitoses, sendo o ácido undecanóico (AUN) uma delas. O AUN é o mais tóxico dos ácidos graxos saturados de cadeia média, utilizado como medicamento de uso tópico. O estudo de expressão gênica e mecanismos regulatórios são fundamentais para ampliar o conhecimento dos mecanismos moleculares envolvidos na resposta à exposição a estes agentes citotóxicos. Portanto, o objetivo deste trabalho foi caracterizar os mecanismos moleculares envolvidos no processo adaptativo da exposição ao ácido undecanóico, através da análise global do transcriptoma e mecanismos regulatórios como o processamento alternativo. Para tanto o micélio de T.rubrum foi submetido ao ácido undecanóico por 3 e 12 h de exposição, em triplicata biológica, e o RNA resultante foi submetido ao sequenciamento por RNAseq. O sequenciamento gerou aproximadamente 58 milhões de reads por biblioteca, as quais foram filtradas e alinhadas com o genoma de referência utilizando-se os softwares FASTQC e bowtie2, respectivamente. A análise de expressão gênica diferencial foi feita por meio do pacote do Bioconductor DESeq e, para esta análise, foi utilizada a amostra de 0h como referência. Foram identificados 492 genes diferencialmente expressos em resposta ao AUN, sendo 385 e 210 genes modulados em resposta a 3 e 12 horas de exposição, respectivamente. Estes genes estão relacionados a vários processos celulares envolvendo transporte transmembrana, degradação de xenobióticos, metabolismo de lipídeos e aminoácidos, secreção de enzimas proteolíticas e patogênese, sugerindo que o AUN ativa duas principais vias de sobrevivência em resposta a este agente estressor, a degradação e o efluxo da droga. Posteriormente, foram realizadas as análises de processamento alternativo quanto ao uso diferencial de exons por meio do algoritmo HTSeq e DEXSeq e retenção de introns utilizando-se algoritmos construídos na linguagem Perl. Os genes envolvidos em algum tipo de processamento alternativo estão relacionados com funções metabólicas variadas como tradução, transporte vesicular, metabolismo lipídico, biogênese ribossomal, sequência de ligação ao DNA, regulação da transcrição e processamento do pré-mRNA. Estes resultados contribuem para uma melhor compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na resposta de sobrevivência perante a exposição ao AUN. / The dermatophyte Trichophyton rubrum is a filamentous fungus, anthropophilic that invades keratinized tissue causing superficial infections on the skin. Some drugs are used for the treatment of dermatophytosis, being the undecanoic acid (AUN) one of them. The AUN the most toxic of the saturated medium chain fatty acids, is used as a topical medicine. The study of gene expression and the regulatory mechanisms are fundamental to understand the molecular mechanisms involved in response to exposure of these cytotoxic agents. So, the aim of this study was to characterize the molecular mechanisms involved in the adaptive process of the exposure to undecanoic acid, by the global analysis of the transcriptome and regulatory mechanisms such as alternative splicing. To this end, the mycelium of T. rubrum was exposed to undecanoic acid for 3 or 12 hours in biological triplicate, and the resulting RNA was sequenced by RNA-Seq. The sequencing generated approximately 58 million of reads per library, which were filtered and aligned with the reference genome using the softwares and Bowtie2 and FASTQC, respectively. The analysis of differential gene expression was performed through the Bioconductor package DESeq and, for this analysis, we used as reference sample the 0h time. We identified 492 differentially expressed genes in response to UDA, being 385 and 210 genes modulated in response to 3 and 12 hours of exposure, respectively. These genes are related to various cellular processes involving the transmembrane transport, xenobiotics degradation, lipids and amino acids metabolism, secretion of proteolytic enzymes and pathogenesis, suggesting the activation of two major survival pathways in response to this stressor, degradation and drug efflux, by UDA. Also, the alternative splicing analysis was performed through the differential use of exons using the algorithms HTSeq and DEXSeq and intron retention using algorithms built in Perl language. The genes involved in some kind of alternative splicing are associated with various metabolic functions such as translation, vesicular transport, lipid metabolism, ribosomal biogenesis, DNA binding sequence, transcription regulation and processing of pre-mRNA. These results contribute to increase the knowledge of the molecular mechanisms involved in the survival response upon exposure to the AUN.

Este trabalho teve o objetivo de avaliar parâmetros biológicos de A. kuehniella em dietas artificiais com variações de composição, com vistas a otimizar sua criação massal, aumentando a quantidade e, consequentemente, a qualidade dos ovos produzidos para a criação de Trichogramma spp. A pesquisa foi dividida em duas fases. Na primeira fase, foram avaliados parâmetros biológicos de A. kuehniella criada em dietas artificiais compostas por farinha integral de trigo de 6 diferentes variedades (97%) e levedura (3%); as variedades testadas foram Coodetec 150 (testemunha), BRS Parrudo, BRS Guamirim, BRS 327, BRS 328 e BRS 374. Na segunda fase, foram avaliados os mesmos parâmetros sobre dietas compostas por farinhas de trigo integral e de milho amarelo isoladamente (100%), farinha de trigo integral (50%) e farinha de milho amarelo (50%), e diferentes proporções de levedura adicionadas à farinha de trigo (3%, 5% e 8%). Os parâmetros avaliados foram: duração (dias) e viabilidade (%) do período ovo-adulto, peso (mg) de adultos (machos e fêmeas), razão sexual, longevidade (dias) de fêmeas e machos, ritmo diário de oviposição das fêmeas e viabilidade dos ovos produzidos. Concluiu-se que a produção de ovos da traça A. kuehniella independe da variedade de trigo utilizada na sua criação; as melhores dietas artificiais para a criação massal de A. kuehniella foram aquelas compostas por 97% de farinha de trigo integral e 3% de levedura (dieta 1), 50% de farinha de trigo integral e 50% de farinha de milho amarelo (dieta 2) e 100% de farinha de trigo integral (dieta 3); a dieta artificial de menor custo, que proporcionou o melhor desenvolvimento para A. kuehniella, foi aquela composta por 100% de farinha de trigo integral. / The objective of this research was to evaluate biological parameters of A. kuehniella in artificial diets with composition variations, aiming to optimize its mass rearing, increasing the quantity and the quality of the produced eggs for Trichogramma spp. rearing. The research was divided into two phases. In the first one, biological parameters of A. kuehniella reared on artificial diets composed of whole wheat flour of 6 different varieties (97%) and yeast (3%) was evaluated; the tested varieties was Coodetec 150 (control), BRS Parrudo, BRS Guamirim, BRS 327, BRS 328 and BRS 374. In the second phase, the same parameters was evaluated on diets composed of wheat and yellow corn flour alone (100%), whole wheat flour (50%) and yellow corn flour (50%), and different proportions of yeast added to the wheat flour (3%, 5% and 8%). The evaluated biological parameters for both phases were: duration (days) and viability (%) of egg-adult period, adult male and female weights (mg), sex ratio, adult male and female longevity (days), daily rhythm of oviposition and viability of the produced eggs. It was concluded that the A. kuehniella eggs production is not correlated to the wheat variety used as component of the artificial diet for its rearing; the best artificial diets for the mass rearing of A. kuehniella are those composed by whole wheat flour (97%) and yeast (3%) (diet 1), whole wheat flour (50%) and yellow corn flour (50%) (diet 2) and whole wheat flour (100%) (diet 3); with regard to cost-benefit, the lowest cost artificial diet that provides the best development for A. kuehniella is that composed by whole wheat flour (100%).

Orientadores: Hernandes Faustino de Carvalho, Paulo Roberto Eleutério de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T14:18:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AlmeidaNeto_Adauto_D.pdf: 4167026 bytes, checksum: ca3afd135b583810d6996e33016f9e69 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: A próstata é alvo de afecções severas que comprometem a função urinária, a qualidade de vida e que consistem em risco de vida aos indivíduos do sexo masculino, particularmente com o avançar da idade. Interações dinâmicas entre o epitélio prostático e o estroma, regulam vários aspectos do desenvolvimento, da função e das patologias prostáticas. O gene WFDC1 é expresso pelas células musculares lisas do estroma prostático normal e tem função na regulação do comportamento do epitélio, na organização da matriz extracelular e na regulação da angiogênese. Dois transcritos principais são oriundos de splicing alternativo do transcrito primário: um com todos os éxons (WFDC1) e outro sem o éxon 3 (Delta 3). Neste trabalho, investigamos as relações quantitativas entre estas duas variantes, com emprego de qRT-PCR (Taqman) e sondas para as junções dos éxons 2-3 e 2-4, em amostras de hiperplasia prostática benigna (BPH) e de câncer de próstata (PCA) provenientes de bancos de tecidos. A expressão do gene marcador MYH11 foi utilizada como estimativa do conteúdo de células musculares lisas nas amostras. Os resultados demonstraram que as amostras puderam ser dividas em dois grupos com expressão diferencial da MYH11(um com baixa expressão e outro com alta miosina, sendo o primeiro correspondente ao quartil inferior da distribuição dos valores de expressão). Foi demonstrada correlação entre a expressão de WFDC1 e MYH11 em BPH, mas não em PCA, enquanto não houve correlação entre Delta 3 e WFDC1 e nem com MYH11. O conteúdo de Delta 3 variou em cinco ordens de magnitude em comparação ao de WFDC1. A razão entre as duas variantes apresentou variação exponencial, distribuições discretas e intercaladas das amostras de BPH e de PCA, que se distribuíram em populações que preservaram as relações 10:1; 1:1 e 1:3. Poucas amostras estiveram livres de cada uma destas variantes. Em conclusão, a expressão do gene WFDC1 e de sua variante WFDC1 correlaciona-se com a diferenciação das células musculares lisas, mas não está condicionada a ela, enquanto a expressão de Delta 3 é completamente independente deste parâmetro e tem correlação positiva com o progressão do PCA, quando o sistema de classificação de Gleason (Gleason 1 + Gleason 2) foi considerado. Adicionalmente, fatores independentes da idade, incidência de BPH ou PCA, são mais influentes na determinação da quantidade total e da proporção entre as duas variantes / Abstract: The prostate gland is intimately related with reproductive and urinary functions, commonly disturbed by a series of diseases. Besides reducing the quality of life, they consist in serious life risk particularly to the aging men. Dynamic interactions between the epithelium and stroma in the gland regulate various aspects of development, function and pathologies. The WFDC1 gene is expressed by smooth muscle cells in the prostate stroma and its product ps20 was shown to control epithelial cell behavior, extracellular matrix organization and angiogenesis. It is supposed to function as a serine protease inhibitor, as other members of its family do. Two transcripts are produced as a result of alternative splicing. The first (WFDC1) retains all exons and the second (Delta 3) lacks the exon 3. In this work, we investigated the quantitative relationship among these two splicing variants, using qRT-PCR (Taqman) probing the junctions between exons 2-3 and 2-4, in benign prostatic hyperplasia (BPH) and prostate cancer (PCA) samples from tissue banks. The expression of the MYH11 gene was used to estimate the content of smooth muscle cells in the samples. The results demonstrate that the samples could be divided in two groups with low or high expression of MYH11, the first corresponding to the lower quartile of expression values). WFDC1 and MYH11 expression were correlated in the BPH samples. Delta 3 expression was independent of both WFDC1 and from WFDC1. The ratio between the variants WFDC1 and Delta 3 varied exponentially in five orders of magnitude. The the ratio between the two variants also varied exponentially, with BPH and PCA samples arranged in discrete and intercalated subgroups. The distribution of populations with different expression levels preserved the ratios 10:1, 1:1 and 1:3. Either variant was absent in only a few samples. In conclusion, the expression of WFDC1 and it WFDC1 variant correlates with but is not conditioned to the differentiation of smooth muscle cells, while Delta 3 is completely independent and is positively correlated with PCA grade (as assessed by the summed Gleason score). Unknown factors independent of age, BPH or PCA incidence are likely influencing Delta 3 expression / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientadores: Maricilda Palandi de Mello, Fernanda Caroline Soardi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-25T23:13:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Calais_FlaviaLeme_D.pdf: 3150924 bytes, checksum: 99894eda3007d837aade56d7e03bfcd4 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O estudo da relação entre erros no processo de splicing e a ocorrência de doenças se tornou uma questão importante no campo da pesquisa médica. As alterações que afetam o mecanismo de splicing podem ser a causa direta de doença, podem também modificar a gravidade fenotípica, assim como podem estar ligadas a uma maior susceptibilidade de desenvolver doenças. As mutações de splicing, que em muitos casos originam transcritos não funcionais, têm sido identificadas na grande maioria dos genes envolvidos nos distúrbios da diferenciação do sexo em humanos. A presença de alterações ou mutações em alguns destes genes, pode comprometer a biossíntese correta de proteínas essenciais para o desenvolvimento adequado das gônadas ou dos genitais externos. Através da técnica de minigene, foram estudadas mutações presentes em regiões intrônicas, em três genes essenciais para a correta diferenciação sexual humana: SRD5A2, HSD17B3 e CYP21A2 . O objetivo era verificar se alteravam o mecanismo de splicing normal ou criariam sítios alternativos de splicing. Para o gene SRD5A2, foram estudadas duas alterações: c.548-44T>G, próxima à região aceptora de splicing do intron 3; e, a alteração c.278delG, dentro da região doadora de splicing do intron 1. Os minigenes mutante e controle produziram transcritos com splicing normal, splicing alternativo produzindo um transcrito com 112 nucleotídeos deletados e um transcrito com o skipping do exon 4, porém em quantidades diferentes, o que sugere que esta alteração pode causar um desbalanceamento entre os transcritos normalmente produzidos. A mutação c.278delG, por sua vez, fez com que o spliceossomo reconhecesse um sítio 5¿ de splicing alternativo dentro do exon 1 do gene SRD5A2, produzindo um transcrito com a deleção de 38 nucleotídeos. Este transcrito apresenta um códon de parada de síntese proteica prematuro na posição 121. No gene HSD17B3 foi estudada a alteração c.277+2T>G, que se localiza na região doadora de splicing no intron 3. Neste caso o único transcrito observado como resultado do minigene mutante apresentava o skipping do exon 3 do gene HSD17B3. No gene CYP21A2 foram analisadas duas alterações: a primeira alteração é a c.939+5G>A, localizada na região doadora de splicing do intron 7, e a segunda é a c.289+127T>G, no intron 2. De forma semelhante à observada para a alteração c.548-44T>G do gene SRD5A2, tanto os minigenes controles quanto os mutantes produziram os mesmos transcritos, mas em proporções quantitativamente diferentes. Estes resultados indicam que o sistema de minigene foi adequado para o estudo, embora os resultados tenham sido mais conclusivos para as alterações localizadas nas sequências consenso de splicing, isto é para as c.278delG no gene SRD5A2 e c.277+2T>G no gene HSD17B3. Os resultados das demais alterações sugerem que a transcrição dos genes em questão produzam normalmente diferentes transcritos, mas mediante as trocas nucleotídicas, as proporções entres eles se alteram, podendo assim, afetar a função gênica correta em alguma fase crucial do desenvolvimento. Estes achados colaboraram para o esclarecimento e compreensão do fenótipo dos pacientes portadores das mutações aqui descritas, além de propiciar um melhor entendimento dos efeitos biológicos na transcrição de genes quando na presença das mutações intrônicas. Portanto, o estudo de alterações em sítios de splicing através da análise de minigenes torna-se fundamental tanto para o esclarecimento do diagnóstico clínico, como também para uma melhor comprenssão dos efeitos das mutações sobre os mecanismos moleculares de splicing / Abstract: The relation between RNA splicing and occurrence of disease in humans has been an important issue in the field of medical research. Nucleotide changes that affect the splicing mechanism can be the direct cause of disease or modulate the phenotypic severity, and also they can be linked to an increase of disease susceptibility. Splicing mutations have been identified in the vast majority of genes responsible for disorders of sex development in humans. The presence of sequence variations in some of these genes may compromise the correct biosynthesis of proteins involved in the normal development of gonads and external genitalia. Using minigene technique, mutations identified in intronic regions of three essential genes for human sexual differentiation have been studied: SRD5A2, HSD17B3 and CYP21A2. The purpose was to verify whether such mutations would abolish the normal mechanism of splicing or would create alternative splice sites. For SRD5A2 gene, two nucleotide changes have been evaluated: c.548-44T>G, located near the acceptor splice site of intron 3; and c.278delG change within intron 1 donor splice site consensus sequence. Both control and mutant minigenes produced transcripts corresponding to a normal splicing and an alternative splicing showing a transcript with the deletion of 112 nucleotides and a transcript with the exon 4 skipping. However, they differed in the amount of each transcript, suggesting that this nucleotide substitution may result in an imbalance of transcripts normally produced. The c.278delG mutation, in turn, favored the spliceosome to recognize a 5' site for an alternative splicing within exon 1 of the SRD5A2 gene yielding a transcript with the deletion of 38 nucleotides. This transcript has a premature stop codon at position 121. The c.277+2T>G nucleotide change in HSD17B3 gene is located at the splicing donor site of intron 3. In this case the only transcript seen as a result of mutant minigene showed the skipping of exon 3 of the HSD17B3 gene. For the CYP21A2 gene, two nucleotide changes were analyzed: the first is the c.939+5 G>A, located in the donor splice site of intron 7, and the second is the c.289+127T>G, which is located in intron 2. Similarly to the observed for c.548-44T>G in SRD5A2 gene, both control and mutant CYP21A2 minigenes showed transcripts that differed only in the amount produced in each construction. The results described here indicate that the chosen minigene system was adequate for the study, although the results have been more conclusive for changes localized in the consensus splicing sequences, i.e. for c.278delG in SRD5A2 gene and c.277+2T>G in HSD17B3 gene. Results for the other changes suggest that gene transcription usually involve the production of different transcripts. Upon changes in the nucleotide sequence the ratio between each transcript may alter affecting the gene function in critical stages of the development. These findings contributed to understand the phenotype of patients bearing the mutations described here, in addition provided a better understanding of the biological effects on gene transcription caused by intronic mutations. Therefore, the study of nucleotide changes in splicing sites by analyzing minigenes is fundamental both to clarify the clinical diagnosis and also for a better comprehension of the effects of mutations on the molecular mechanisms of splicing, extending our understanding of the endocrine regulation in sexual differentiation / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Orientadores: Jörg Kobarg, José Andrés Yunes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T04:43:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Righetto_GermannaLima_M.pdf: 4383560 bytes, checksum: b0f7fd3a783153d8832bcf6f44d4b195 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: O processo de splicing do RNAm é responsável por orquestrar a junção de exons, criando uma grande diversidade de isoformas gênicas. Alterações nos componentes da maquinaria de splicing e, consequentemente, no processamento do pré-RNAm podem causar ou contribuir para uma infinidade de doenças, dentre elas o câncer. A proteína SF2/ASF foi o primeiro fator de splicing a ser caracterizado como proto-oncogênico, estando superexpresso em diferentes tipos de neoplasias. Sabe-se que a ativação desse fator é, principalmente, mediada por SR quinases conhecidas como splicing quinases e pertencentes à família das SRPKs. A quinase SRPK1, responsável pela fosforilação de SF2/ASF no citoplasma, tem conhecida superexpressão em leucemias. Já a quinase SRPK2, paráloga a SRPK1, possui relação já demonstrada com a proliferação de células leucêmicas e com sua diferenciação. Diante desse quadro, buscamos nesse estudo possíveis correlações entre a maquinaria de splicing e o câncer, dando enfoque à relação entre essa maquinaria e a leucemia. Para tanto, buscamos alterações no cDNA de SRPK2 e quantificamos a expressão das SR quinases SRPK1, SRPK2 e CLK1 em diferentes linhagens de leucemia. Além disso, avaliamos, usando o sistema de Exon Array (Affymetrix), o efeito da superexpressão do fator de splicing SF2/ASF em células de mamífero, buscando alterações globais no splicing dessas células capazes de explicar o caráter oncogênico do fator. Foram encontradas nesse estudo duas novas isoformas de SRPK2, isoladas a partir do cDNA das linhagens de leucemia estudadas. Também foi observada a expressão diferencial das SR quinases SRPK1 e SRPK2 nas linhagens leucêmicas de origem linfóide e mieloide, dando indícios sobre um possível papel divergente dessas quinases nos diferentes tipos de leucemia. Além disso, nas análises preliminares do conjunto de dados obtidos no experimento de Exon Array, foi possível traçar importantes considerações sobre seu caráter oncogênico. Esses dados preliminares do experimento de Exon Array, somados às demais alterações encontradas nas SR quinases, fornecem novas e interessantes pistas sobre a relação entre alterações na maquinaria de splicing e a oncogênese / Abstract: The mRNA splicing is the cellular process responsible for RNA edition, expanding the genome by the combination of gene exons. Mutations in components of this machinery may cause or contribute to a variety of diseases, including cancer. The SF2/ASF protein was the first splicing factor characterized as proto-oncogenic by its overexpression in diverse neoplasias. The cellular activation of this and other splicing factors are mainly dependent on specific kinases, known as splicing kinases and components of a SRPKs family. The SRPK1 kinase, responsible for the cytoplasmic phosphorylation of SF2/ASF, is overexpressed in leukemia. SRPK2, a paralog of SRPK1, is involved in leukemia cell proliferation and differentiation. In this study we searched for splicing machinery and cancer correlations, focusing in the relationship of this machinery and leukemia. In this study we searched for alterations in SRPK2 cDNA and quantified the expression of this kinase and SRPK1 and CLK1 in leukemia immortalized cells. Moreover, we analyzed using Exon Arrays (Affymetrix) the effect of SF2/ASF overexpression in global splicing of non-oncogenic cells, searching for alterations related to its oncogenic character. In this study we discovered two new isoforms of SRPK2 amplified through different leukemia cell lineages. We confirmed the differential expression of SRPK1 and SRPK2 kinases in lymphoid and myeloid leukemia lineages indicating a divergent correlation of these kinases in different leukemia types. In the Exon Array preliminary analysis we also observed important alterations in cellular gene expression. These data and the alterations found in SR kinases provide new and interesting clues about the relationship of splicing machinery alterations and oncogenesis / Mestrado / Genetica Animal e Evolução / Mestra em Genética e Biologia Molecular