Développer des plantes résistantes aux pathogènes nécessite d’identifier des sources de résistance, de les introduire dans le fonds génétique souhaité et de s’assurer de leurs performance et durabilité. Par l’étude de 2 pathosystèmes distincts, ces travaux de thèse m’ont permis d’appréhender ces différentes étapes.Le pathosystème tomate-bégomovirus présente un intérêt économique important. Une étude par transgénèse suggère que la surexpression de SlNAC1 (codant un facteur de transcription) est bien impliquée dans des mécanismes de résistance au bégomovirus, probablement en activant les mécanismes de résistance systémique acquise. Cette surexpression semble s’accompagner d’un retard de croissance, incompatible avec une utilisation en amélioration des plantes. Le pathosystème tomate-potyvirus permet de comparer au sein d’une même espèce des allèles de résistance naturels et induits, reposant sur des mutations affectant un facteur d’initiation de la traduction eIF4E1. Les travaux menés sur ces allèles ont permis de mettre en lumière une redondance au sein de la petite famille multigénique eIF4E vis-à-vis de la résistance, impliquant eIF4E2 dans les mécanismes de sensibilité et sont en faveur de l’utilisation d’allèles de résistance fonctionnels. De plus, l’introgression de l’allèle naturel dans une lignée de tomate possédant déjà d’autres gènes de résistance aux pathogènes s’accompagne d’une érosion du spectre de résistance dû à un contournement massif par la souche PVY-LYE84.Nos travaux soulignent ainsi les précautions à prendre lors de la mise en place de résistances génétiques ainsi que la nécessité de concilier ces approches avec l’étude du développement de la plante. / The development of plants resistant to need to identify sources of resistance, to introduce them into the desired genetic background and subsequently to monitor their performance and durability. By studying two distinct pathosystems, this thesis work has allowed me to address those three stages.The tomato-begomoviruses pathosystem presents a significant economic interest. Transgenic approach suggests that SlNAC1 (coding for a transcription factor) is involved in resistance mechanisms to begomoviruses, probably by triggering systemic acquired resistance. Besides, the SlNAC1 overexpression seems to be associated with growth retardation, a side-effect incompatible with its use in plant breeding.The tomato-potyviruses pathosystem allowed the comparison within the same species of both natural and induced resistance alleles, associated with mutations affecting the translation initiation factor eIF4E1. Work on those alleles highlighted a redundancy effect within the eIF4E small multigenic family toward resistance, affecting eIF4E2 and favouring the use of functional resistance alleles in resistance. In parallel, the introgression of thebroad-spectrum resistance natural allele was introgressed into a tomato line that already possess other pathogen resistance genes is accompanied by an erosion of the resistance spectrum, due to a massive resistance breakdown by the PVY-LYE84 strain.Altogether, this current work highlight cautions to be taken for introducing resistance genes as well as stressing the importance of combining those approaches with the study of plant development.

La maîtrise de la résistance bactérienne passe par une amélioration de la prescription des anti-infectieux en pathologie humaine. L'objectif de ce travail était de mettre au point et d'évaluer l'impact d'une intervention destinée à améliorer la qualité de l'antibiothérapie, en ciblant en priorité les prescriptions hospitalières. Nous avons voulu utiliser des stratégies dérivées des sciences sociales et de l'industrie, notamment les techniques d'amélioration continue de la qualité, pour changer le comportement des prescripteurs. Nous avons ensuite ciblé une étape-clé de la prescription antibiotique, i.e. la réévaluation des antibiothérapies probabilistes 24-96 heures après leur initiation, que nous avons sélectionnée à l'issue d'une revue de la littérature et d'une analyse quantitative par questionnaire des perceptions, attitudes et connaissances des prescripteurs ; le questionnaire permettait également d'approcher les barrières locales à cette intervention. Puis nous avons mis au point des indicateurs de processus permettant de mesurer cette réévaluation des antibiothérapies. Enfin, nous avons étudié l'impact sur la qualité de l'antibiothérapie d'une intervention utilisant une stratégie d'audit et de retour d'information, visant à améliorer la documentation de la réévaluation des antibiothérapies par des médecins non-infectiologues dans deux services. En conclusion, les stratégies d'amélioration continue de la qualité s'avèrent utiles pour promouvoir le bon usage des anti-infectieux. / Antibiotic stewardship is essential to curb bacterial resistance in humans. Our aim was to design an intervention to improve the quality of prescription of antibiotics, focusing on the inpatient setting. We used strategies derived from the social sciences and the industry, particularly continuous quality improvement techniques, to lead the doctors to change their behaviour. We focused on a key process of antibiotic prescribing, i.e. reassessment of antibiotic therapies 24-96 hours after their start ; we selected this process based on a review of the literature and on the results of a survey designed to assess the perceptions, attitudes and knowledge of the prescribers. This survey also enabled us to approach potential barriers to the intervention. We designed then a set of process measures of quality of care in the reassessment of inpatient empirical antibiotic prescriptions. Finally, we assessed the impact of an intervention designed to improve the documentation of the reassessment of inpatient empiric antibiotic prescriptions on the quality of these prescriptions ; this intervention was conducted on two wards and targeted non-infectious diseases specialists, using an audit and feedback approach. In conclusion, continuous quality improvement strategies are a valuable tool to improve antibiotic use.

L’imposition sur le revenu en République de Guinée héritée du système fiscal français, constitue l’un des éléments importants de la structure fiscale guinéenne. Mais paradoxalement, cette imposition, par rapport à la TVA, reste de nos jours très peu rentable au budget de l’Etat. Or, le potentiel fiscal autant vaste, prenant en compte les revenus provenant des activités commerciales, industrielles, artisanales, agricoles, professionnelles, etc., réalisées par les contribuables y existe ; mais non encore « judicieusement exploité ». En effet, parler d’imposition sur le revenu revient à se pencher aussitôt sur les deux dimensions fondamentales qui sous-tendent cette notion : l’impôt sur le revenu (IR) des particuliers et l’impôt sur le revenu des entreprises ou sociétés dont les enjeux contributifs caractérisant véritablement la problématique de cette imposition s’enchevêtre dans une série de réalités complexes d’ordres politique, socio-économique, environnemental, juridique, etc., différentes d’un pays à un autre et d’une communauté à une autre.Le but ultime visé par cette thèse est de faire un constat diagnostic pertinent afin de retracer les causes et les effets de la faible part de l’imposition sur le revenu dans les recettes fiscales intérieures et de proposer des solutions efficaces en vue d’améliorer la rentabilité de l’IR et de l’impôt sur les bénéfices des sociétés qui impacterait tant soit peu la performance des services du fisc, du budget de l’Etat, de l’économie nationale et du système fiscal en République de Guinée. / Income tax in the Republic of Guinea as inherited from the French fiscal regime is one of the most important elements of the Guinean fiscal structure. But paradoxically, this tax, with regard to the VAT, remains less profitable in terms of state budget revenues. Despite the huge fiscal potential, taking into account all revenues from commercial, industrial, handcraft, agricultural and professional activities undertaken by taxpayers, it is yet not judiciously exploited. Indeed, talking about income tax will lead to focus on the two basic dimensions of the notion: Private Income tax (IT) and companies income tax the contributive challenges of which truly characterizing the problem of this tax to be expressed in variety of complex realities of political, social, economical and environmental natures, varying from a country to another and from a community to another.The goal of this dissertation is to proceed to a relevant diagnosis finding in order to be able to retrace the causes and effects of the low contribution share of the income tax in the internal fiscal revenue and to propose efficient solution with a view to improving the profitability of said tax on companies profits, which will impact the performances of fiscal services, state budget, national economy as well as the fiscal system in the Republic of Guinea.

La qualité et la gestion des risques sont devenus, au cours de la dernière décennie, les enjeux principaux au sein des démarches d'amélioration des soins au sein des pratiques médicales et paramédicales.L'enseignement doit constituer un socle solide sur lequel viendront s'échafauder ces différentes démarches. Dans le domaine de la santé, la simulation s'impose comme l'un des outils les plus performants contribuant à l'amélioration des pratiques de soin. Notre travail concerne plus particulièrement le secteur très spécialisé que représente la chirurgie cardiaque. Il propose un modèle d'enseignement basé sur la simulation à partir d'un modèle animal vivant.Après une première étape visant à concevoir l'outil de simulation et sa pertinence, deux modèles de formation ; initiale et continue, sont proposés et évalués.Dans la perspective d'améliorer la qualité et la gestion des risques en France, une comparaison avec les démarches déjà instaurées à l'étranger, et notamment au Canada, est proposée.Enfin, l'École de la CEC vient illustrer ce que pourrait être, en France, un exemple de formation initiale et continue basé sur la simulation et dédié aux professions médicales et paramédicales dans le domaine de la chirurgie cardiaque. / The quality and the risk management became, during the last decade, the main stakes within the initiatives of improvement of medical and paramedical practices.Education and teaching have to constitute the basement on which these various steps can build. In the field of health, the simulation stands out as one of the most successful tools contributing to the improvement of the practices.Our work concerns more particularly the very specialized area represented by cardiac surgery. We propose an educational tool based on the simulation from an in-vivo animal model.After a first stage to design the model and its relevance, two curriculum of training, one concerning basics and the other concerning continuing medical education, are proposed and assessed.To improve the quality and the risk management in France, a comparison with the initiatives already established abroad, in particular in Canada, is depicted.Finally, the School of the CEC comes to illustrate what could be, in France, an example of training curriculum for medical and paramedical professions in the field of the cardiac surgery.

Ce travail se proposait de développer, à l’échelle du laboratoire, un procédé de production microbienne d’acide hyaluronique (AH), biopolymère d’intérêt pour la cosmétique et la santé, chez une bactérie lactique naturellement productrice, Streptococcus zooepidemicus. Une étude bibliographique a permis d’identifier les points potentiellement critiques pour ce travail qui sont la composition du milieu de culture (identification de nutriments essentiels à la synthèse d’acide hyaluronique), les conditions opératoires et plus particulièrement d’oxygénation (transfert d’oxygène mais aussi maintien du potentiel d’oxydo-réduction), en relation avec les performances de production et le métabolisme des souches considérées. Une étape préliminaire a consisté en un développement et une amélioration de techniques analytiques pour disposer d’outils pertinents de suivi du métabolisme de Streptococcus zooepidemicus. La quantification de la biomasse hors acide hyaluronique ainsi que la détection de l’activité hyaluronidasique ont ainsi été développées tandis que d’autres méthodes chromatographiques et enzymatiques ont été simplement appliquées et validées aux substrats et métabolites considérés. La mise en œuvre de souches « environnementales » prélevées sur des sites infectieux chez le cheval, ainsi que de souches de collection, a permis dans un premier temps de formuler un milieu de culture et de définir des conditions de mise en œuvre exploitables à plus grande échelle pour la production d’AH. Des résultats très encourageants ont pu être obtenus avec des productions d’AH supérieures aux essais de la littérature, tout en mettant en avant des facteurs influents cruciaux tels que la concentration initiale en glucose ou encore l’oxygénation des cultures. L’influence de ces facteurs a été étudiée par la suite par le biais de cultures en bioréacteur de laboratoire en modes discontinu et discontinu-alimenté avec pour résultat l’obtention d’un mode de mise en œuvre et de conditions physico-chimiques de production améliorées. En parallèle, une étape importante de ce travail a consisté en une approche d’amélioration de souches « environnementales » par mutagénèse aléatoire, les performances de ces souches s’avérant initialement décevantes. Des mutants surproducteurs ont ainsi été générés, caractérisés au niveau de leurs performances métaboliques et conservés. En dernier lieu, un des mutants les plus performant a été mis en œuvre dans les conditions et le mode de culture sélectionnés précédemment. Tant le niveau de production d’AH, la productivité associée, que les tailles obtenues ont permis de valider ce travail de développement d’un procédé microbien de production d’AH, tout en identifiant de nouvelles voies d’amélioration / This work intended to develop a laboratory scaleproduction process ofhyaluronic acid (HA), a biopolymer of health and cosmetic interest, using a naturally AH producing lactic acid bacterium, Streptococcus zooepidemicus. A literature review allowed to identify the following critical points: firstly, the composition of the culture medium (identification of essential nutrients for microbial growth and synthesis of HA), secondly, the oxygenation level (oxygen transfer and associated redox modifications), and finally, in relation with, the production and metabolism abilities of the considered strains. A preliminary step was dedicated to the developmentorthe improvementof analytical techniques in order todispose of appropriate tools for the monitoring of Streptococcus zooepidemicus metabolism. The quantification of the biomass without considering capsular HA fraction as well as detection of hyaluronidase activity have been developed while other chromatographic and enzymatic methods have been more basically applied to and validated with the substrates and metabolites considered. The laboratory scale cultures of collection (ATCC) as well as “environmental” strains were initially used to formulate a workable cultivation broth and to define suitable culture conditionsfor a use at a larger scale to produce HA. Very positive results were obtained with higher production of HA in comparison with literature assays, while critical influencing factors such as the initial glucose concentration or the oxygenation levelin cultures were highlighted. The influence of these factors was thoroughly studied with bioreactor cultures in both batch and fed-batch modes leading to improved cultivation conditions and culture mode. In parallel, another important step consisted in the highly performance improvement of initially low HA producing "environmental" strains via random mutagenesis. Very promising overproducing mutants have therefore been generated, characterized in their kinetic and metabolic capabilities and long-term stored. At last, one of the best and most reliable mutant has been cultivated with the best previously selected medium composition and operating conditions. Both the HA production level, productivity and size observed validated the findings of this process development work, while helping to identify new improvement domains and strategies

Le monde industriel actuel connaît des changements fréquents et parfois brutaux suite aux progrès que connaissent la science et les technologies et aux besoins des clients, qui sont de plus en plus exigeants. Par conséquent, pour faire face à ces perturbations et assurer leur compétitivité, les industriels développent des méthodes pour maîtriser et améliorer leur processus pour plus de performance. Le Lean management est une de ces méthodes qui a pu faire ses preuves dans le pilotage et l’amélioration des processus (en particulier de production).Néanmoins, le Processus de Développement de Produit (PDP) reste le socle des enjeux industriels car c’est à ce stade que les grandes décisions liées à la stratégie, l’organisation, les délais et les coûts de conception et de fabrication sont prises, d’où l’intérêt de développer des méthodes pour piloter et améliorer ce processus. Or, la complexité du PDP rend difficile l’application directe des méthodes Lean déjà existantes.De ce fait, notre projet de recherche a pour objectif de proposer une méthodologie de pilotage et d’amélioration du PDP, basée sur une approche Lean et visant la gestion de la création et de la transformation de la valeur dans ce processus. Cette méthodologie adapte en particulier les deux premiers principes du Lean, à savoir la définition de la valeur et sa cartographie dans le processus considéré.Nous avons donc pu proposer un cadre de définition de la valeur qui puisse s’adapter au cours du temps à la stratégie d’une entreprise. Cette définition vise à une prise en compte exhaustive des parties prenantes du PDP, pour que la valeur soit partagée par tous. Nous avons aussi proposé un outil de cartographie de cette valeur sur le PDP, qui répond aux spécificités du PDP et de la définition de la valeur. L’ensemble de ces travaux ont pu être testés au sein de notre partenaire industriel, Exxelia Technologies. / The current industrial world is facing frequent changes, which are sometimes abrupt. This is due to the scientific and technical progresses and increasingly challenging needs of customers. Therefore, to deal with these disruptions and ensure competitiveness, manufacturers are developing methods to control and improve their processes for greater performance. Lean management is one of such methods that has proven its effectiveness in controlling and improving process (especially in manufacturing process). However, the Product Development Process (PDP) remains one of the most important industrial challenges, since it is where PDP actors take the major decisions related to strategy, organization, delay, development and manufacturing costs. That is why methods to control and improve this process have to be developed. Nevertheless, the PDP complexity makes direct application of existing Lean methods difficult. Thus, this research project aims at proposing a methodology for controlling and improving the PDP based on a Lean approach in order to manage the creation and the transformation of the value in this process. This methodology adapts especially the first two principles of Lean, namely the definition of value and its mapping in the given process. We so propose a framework for defining value that can be adapted to the evolutions of the company’s strategy. This definition tries to exhaustively take into account all the PDP stakeholders, so that the value is shared by everyone. We also propose a value mapping tool for the PDP, which complies with PDP specificities and proposed value definition.All these research works have been tested in the industrial partner, Exxelia Technologies

Le monde industriel actuel connaît des changements fréquents et parfois brutaux suite aux progrès que connaissent la science et les technologies, aux besoins des clients, qui sont de plus en plus exigeants, à la forte présence de la concurrence. Cette variabilité des marchés économique engendre souvent des organisations de travail instables et des facteurs de pénibilité, de stress. Par conséquent, les industriels développent des méthodes pour maitriser et améliorer leur processus pour plus de performance. Le Lean management et l’approche ergonomique sont deux de ces méthodes.Mais elles semblent ne pas encore avoir fait totalement leur preuve pour répondre avec efficience à ce double enjeu qu’est la performance industrielle et la santé au travail. La notion de performance globale, qui englobe ce double enjeu, est complexe et pas simple pour les entreprises.De ce fait, notre projet de recherche a pour objectif de proposer une méthodologie de transformation et de pilotage de la performance globale basée sur une approche mettant en synergie le Lean Manufacturing, l’approche Ergonomique et l’approche Ergomotrice. Elle vise à guider l’entreprise sur un itinéraire de progrès construit à partir d’un processus d’évaluation du niveau de maturité de l’organisation. La matrice de maturité dans sa conception reprend les principes du Lean, de l’approche ergonomique et de l’approche Ergomotrice. Nous avons donc pu proposer un cadre de conduite de changement au sein d’un processus de pilotage rythmé permettant de transformer l’organisation industrielle pour atteindre une vision stratégique de performance globale d’une entreprise. L’ensemble de ces travaux a pu être testé au sein de plusieurs entreprises accompagnées par Valessentia et plus particulièrement au sein de l’entreprise Jean Louis Amiotte. / The current industrial world is facing frequent changes, which are sometimes abrupt. This is due to the scientific and technical progresses and increasingly challenging needs of customers. This market variability often creates unstable work organisations and arduousness and stress factors. Therefore, manufacturers are developing methods to control and improve their processes for greater performance. Lean management and ergonomics approach are two of these approaches.But they seem not having totally demonstrated their efficiency for tackling this double issue that is industrial performance and health-at-work. The notion of global performance, which encompasses this double issue, is complex and not so easy for enterprise to manage.Thus, this research project aims at proposing a methodology for transforming organisation and controlling global performance, on the basis of a synergy between the Lean Manufacturing, the ergonomics approach and the ergomotrice one. It aims at guiding an enterprise on a progress journey built upon an evaluation process of the organisation maturity level. The Maturity Matrix in its design takes into account the main principles of the Lean Manufacturing, the ergonomics approach and the ergomotrice one. We propose a framework for change management inside a rhythmed control process allowing to transform an industrial organisation in order to achieve the enterprise strategic vision of global performance.All these research works have been tested in several companies that have been assisted by Valessentia, and more particularly inside Jean-Louis Amiotte.

Les vaches laitières peuvent être affectées par l'hypocalcémie post-partum lors de la forte demande en Ca au début de la lactation. La maladie, présente à travers le monde, affecte jusqu'à 7 % des vaches laitières dans sa forme symptomatique et jusqu'à 66 % dans sa forme asymptomatique. L'alimentation en période pré-partum joue un rôle majeur dans l'incidence de l'hypocalcémie. Il est possible de prédire l'efficacité d'une ration à prévenir la maladie à l'aide de la différence alimentaire cations-anions (DACA; mmolc kg"1 de matière sèche (MS)). La DACA peut être ajustée par l'ajout de sels anioniques à la ration, mais cela en diminue l'appétence et représente des coûts supplémentaires pour les producteurs. L'incorporation de fourrages à faible DACA dans la ration des vaches laitières pré-partum permet d'éliminer l'utilisation de sels anioniques, ou du moins de réduire la DACA de la ration à moins de 250 mmolc kg" MS pour ne pas affecter la consommation volontaire de matière sèche (CVMS). Le projet de recherche présenté dans cette thèse avait pour objectif d'établir des méthodes culturales permettant de produire un fourrage à faible DACA destiné aux vaches taries. Dans un premier temps, un essai en champ a été réalisé sur la fléole des prés {Phleum pratense L.), la graminée fourragère qui présente la DACA la plus faible parmi les espèces cultivées dans l'Est du Canada. Les effets de la fertilisation en N (0, 60, 120 et 180 kg N ha"1 ; NH4NO3) et P (0, 15, 30 et 45 kg P ha"1 ; 0-46-0) sur la DACA de la fléole cultivée en sol élevé en K et récoltée à différents stades de développement (montaison, début épiaison, fin épiaison, début floraison) lors de la croissance printanière ont été mesurés. Les résultats montrent que la DACA a diminué avec le stade de développement à cause d'une diminution de la teneur en K et d'une légère augmentation de la teneur en Cl de la fléole. La fertilisation en N a augmenté la DACA, mais seulement au stade montaison, tandis que la fertilisation en P n'a pas eu d'effet sur la DACA. Cet essai a démontré que, lorsque récoltée au stade fin épiaison, la fléole des prés cultivée sur un sol à contenu élevé en K et fertilisée avec une dose optimale de N est une avenue intéressante dans la production d'un fourrage à DACA d'environ 200 mmolc kg"1 MS. Un tel fourrage peut être servi aux vaches taries mais nécessiterait l'ajout de sels anioniques pour diminuer les risques d'hypocalcémie. Les travaux présentés au troisième chapitre avaient pour objectif de réduire davantage la DACA de la fléole des prés. Pour ce faire, l'effet de la dose annuelle de fertilisation en Cl (0, 80, 160 et 240 kg Cl ha"1 ; CaCl2) et en N (70 et 140 kg N ha"1 ; NH4NO3), du type de fertilisant chloré (160 kg Cl ha"1 ; CaCl2 et NH4C1), du contenu en K du sol (124, 199, 290 et 311 kg K ha"1 ) et de la période de croissance (printemps et été) sur la DACA de la fléole des prés cultivée en champ a été évalué. La DACA a diminué avec l'augmentation de la fertilisation chlorée pour les deux types de fertilisants. À la récolte d'été, des valeurs de DACA inférieures à 0 mmolc kg"1 MS ont été observées pour la fléole fertilisée avec les deux doses de Cl les plus élevées sur les sols à contenu moyen en K. Les deux types de fertilisants chlorés ont eu le même effet sur la DACA de la fléole des prés. La fertilisation azotée a augmenté la DACA mais seulement sur les sols à contenu élevé en K lorsqu'il n'y avait pas d'application de Cl. Les rendements ont augmenté avec la fertilisation azotée mais n'ont pas été affectés par l'application de Cl. La dose économiquement optimale de Cl au printemps a été évaluée entre 78 et 123 kg Cl ha"1 , en fonction du contenu en K et Cl du sol et de son potentiel de rendement. Les résultats de cet essai ont permis d'établir que la fertilisation chlorée diminue la DACA d'un fourrage de fléole des prés, peu importe le contenu en K du sol. Le contenu élevé en Cl du sol est souvent corrélé à des teneurs élevées en Cd chez certaines plantes, particulièrement dans les sols australiens. Un troisième essai a donc été réalisé afin d'évaluer dans un premier temps l'effet de la fertilisation en Cl (0, 80, 160 et 240 kg Cl ha""'; CaCb) sur la DACA et la concentration en Cd d'un cultivar de fléole des prés et de deux cultivars d'alpiste aquatique (Phalaris aquatica L.) produits en sols australiens non contaminés au Cd ou ayant reçu du Cd sous forme de contaminant par l'ajout de superphosphate ou dans des biosolides. Dans un deuxième temps, l'effet de la fertilisation chlorée printanière (0 et 144 kg Cl ha"1 ) sur la teneur en Cd de la fléole des prés cultivée en sols canadiens a été évalué. Dans l'étude australienne, la fertilisation chlorée a diminué la DACA de la fléole des prés et de l'alpiste aquatique, mais n'a pas eu d'effet sur leur teneur en Cd; cette dernière a plutôt été affectée par la source de Cd et l'espèce de plante. Le contenu en Cd du sol ayant reçu des biosolides et les teneurs en Cd des graminées cultivées dans ce sol étaient nettement supérieurs à ceux des autres sols. De plus, les deux cultivars d'alpiste aquatique présentaient des teneurs en Cd supérieures à celle de la fléole des prés. Dans l'expérience canadienne, la fertilisation au Cl a augmenté les teneurs en Cd de la fléole à deux des quatre sites d'expérimentation mais sans atteindre des niveaux toxiques pour les plantes ou les animaux. Les teneurs en Cd de la fléole n'ont pas été affectées par le contenu en Cd du sol; les différences entre les sites sont vraisemblablement reliées aux autres caractéristiques des sols. Ces résultats démontrent que sur des sols canadiens et australiens à contenu faible en Cd, la fertilisation chlorée appliquée pour réduire la DACA des fourrages n'augmente pas leur teneur en Cd à des niveaux problématiques pour les plantes et les animaux. Enfin, un dernier essai a été effectué pour évaluer l'effet de l'acidité des sols australiens sur la DACA des espèces fourragères. Les DACA calculées avec une formule courte (DACAc; quatre éléments minéraux) et longue (DACAL; sept éléments minéraux) de 16 espèces de plantes fourragères cultivées en sols australiens à faible pH ont été mesurées. Les résultats montrent que les DACA des plantes fourragères cultivées dans ces sols sont supérieures à celles recommandées pour les vaches taries. Le chaulage a augmenté le rendement et diminué la DACAc de graminées fourragères sensibles à l'acidité du sol, tandis que pour une graminée tolérante à l'acidité du sol, le rendement a diminué et la DACAc a augmenté avec le chaulage. L'application de gypse a réduit le rendement et augmenté la DACAc de la graminée tolérante comparativement au témoin non amendé. L'absorption par les plantes des minéraux de la DACA n'a pas été affectée par le pH du sol. La variation de DACA des graminées fourragères cultivées en sols acides serait attribuable à la baisse de rendement due aux conditions de croissance difficiles de ces sois, plutôt qu'à la baisse de disponibilité des cations. La présente étude démontre que la fertilisation chlorée, la récolte tardive et un contenu moyen en K du sol permettent de diminuer la DACA des fourrages de graminées à des niveaux acceptables pour les vaches taries, sans augmenter les risques d'ingestion de Cd à des niveaux toxiques pour les plantes et les animaux.

La sclérotiniose, causée par le champignon Sclerotinia sclerotiorum, est une des maladies les plus importantes de la culture du soya dans l’est du Canada. L’utilisation de cultivars résistants est la manière la plus efficace et économique pour lutter contre l’agent pathogène. Or, la pression de maladie au champ varie considérablement d’une année à l’autre selon les conditions climatiques, ce qui complique l’identification de matériel résistant. Nous avons donc développé une méthode d’inoculation artificielle fiable et reproductible pour évaluer la résistance à la sclérotiniose du soya en serre et au champ. Appelée méthode «du coton», elle consiste à appliquer des morceaux de tampon à démaquiller, trempés dans une suspension de mycélium broyé, sur un bourgeon floral, et à mesurer la longueur de la lésion qui se développe sur la tige après une semaine. Cette méthode simple et rapide donne des résultats comparables à la méthode de référence utilisée au Québec tout en départageant la résistance vraie des mécanismes d’évitement. Nous avons ensuite utilisé la méthode du coton pour caractériser le degré de résistance au sein d’une collection de 130 lignées de soya représentative de l’étendue de la diversité génétique présente chez cette espèce au Québec. En parallèle, nous avons mis au point une méthode de génotypage par séquençage à haut débit pour le soya et l’avons utilisée pour génotyper la collection. Le séquençage a produit 266,7 millions de séquences distinctes qui, après différents filtres, ont révélé 7 864 marqueurs SNP répartis sur les 20 chromosomes du soya. Des analyses d’association entre le degré de résistance et le génotype des lignées de la collection ont révélé la présence de quatre locus de caractère quantitatif (QTL) conférant une résistance accrue à l’agent pathogène. L’association la plus forte a été validée chez une population issue d’un croisement entre deux parents contrastés à ce locus. De plus, aucun des génotypes les plus résistants ne porte tous les allèles de résistance, ce qui indique qu’on peut développer du matériel présentant une résistance accrue à la sclérotiniose. Ces résultats ouvrent des perspectives prometteuses pour la sélection assistée de marqueurs ou la sélection génomique. / Sclerotinia stem rot (SSR), caused by the fungus Sclerotinia sclerotiorum, is one of the most important soybean diseases in Eastern Canada. Using resistant varieties is the most efficient and economic way to repress this disease. However disease pressure in the field fluctuates considerably from year to year according to climatic conditions, thus impeding the identification of resistant material. We developed a reliable and reproducible artificial inoculation method to assess resistance in the greenhouse and in the field. Named the «cotton pad method», it relies upon applying a piece of cotton pad soaked in a mycelial suspension on a floral bud and to measure the ensuing lesion length one week after inoculation. This quick and easy method provides disease ratings similar to the reference method used in Québec and is able to distinguish true resistance from disease avoidance mechanisms. We then used the cotton pad method to evaluate the degree of resistance in a panel of 130 soybean lines representing the genetic diversity present in this species in Quebec. In parallel, we developed a high-throughput genotyping by sequencing method for soybean and used it to genotype the collection. Sequencing provided 266.7 million distinct sequences, which yielded 7,864 SNPs on the 20 soybean chromosomes after several filtering steps. Association mapping performed between the genotype of the lines and their resistance level revealed the presence of four quantitative trait loci (QTLs) associated with SSR resistance. The strongest association was validated in a biparental population generated from a cross between two parents contrasted at this locus. Furthermore, none of the most resistant lines developed so far carries all of the resistance alleles, which suggests that it is possible to develop lines presenting increased SSR resistance. These results are promising for marker assisted or genomic selection.

Le soja (Glycine · max (L.) Merr.) a été domestiqué en Chine et la plus grande diversité génétique pour cette espèce se trouve en Asie. En Amérique du Nord, cette diversité génétique est très restreinte. Ce projet visait à comparer la diversité· génétique chez deux collections de soja: une collection ± locale¿ composée de 1 00 lignées représentatives d'un programme d' amélioration génétique privé au Québec et une collection ±exotique¿ composée de 200 lignées provenant de plusieurs pays. Au total, 39 marqueurs microsatellites ont été utilisés pour génotyper les deux collections. Le nombre d' allèles par locus et le nombre d' allèles uniques étaient toujours plus grands dans la collection ± exotique ¿ que dans la collection ± locale ¿. Un sous-groupe, formé des 18 lignées les mieux adaptées, avait le potentiel d'augmenter considérablement la diversité génétique présente au sein de la collection locale.