O Brasil é hoje um dos maiores produtores e exportadores de alimento no mundo, destacando-se no cenário de produção de proteína animal como o 1º país exportador em volume de carne de frango, dentre tantas conquistas recentes do agronegócio brasileiro. Essas conquistas foram alcançadas pelo país graças à sua inegável vocação agropecuária, resultado de uma série de fatores, como extensão territorial e áreas agricultáveis, clima, disponibilidade de água e ambiente regulatório favorável à adoção de tecnologias. Dentre as tecnologias existentes e disponíveis que tornam possível um país de vocação agrícola se tornar um dos maiores produtores mundiais de alimentos estão os aditivos zootécnicos melhoradores do desempenho e, dentre eles, os antimicrobianos. Na posição de um dos atores principais no cenário internacional de produção de alimentos, o Brasil vem-se deparando com questões relacionadas à preocupação global com relação à segurança do alimento e aos escândalos de contaminação de alimentos ocorridos em diversos países, inclusive na Europa. A preocupação com a segurança do alimento tem levado os diversos organismos internacionais, dentre eles, a Organização Mundial da Saúde e a Organização Mundial de Saúde Animal a estabelecerem critérios de análise de risco com relação aos principais patógenos envolvidos em surtos de toxinfecções alimentares e ao risco de transmissão de resistência bacteriana através dos alimentos. Sendo assim, o presente estudo foi desenvolvido com base na lista de antimicrobianos criticamente importantes, elaborada em conjunto pela OMS e OIE, na determinação do perfil de resistência destes frente a Salmonella isolada de aves e materiais avícolas em diferentes períodos. Foram utilizadas 100 amostras de Salmonella spp isoladas em granjas no Brasil, sendo 68 amostras colhidas durante o período atual (de 2008 a 2010) e 32 amostras colhidas durante a década de 90 (de 1989 a 1999), as quais passaram por testes de difusão em disco, determinação da concentração inibitória mínima, sorotipificação e determinação clonal por eletroforese em campo pulsado. Com relação às amostras colhidas no período atual (2008 a 2010), evidenciou-se uma redução no perfil de sensibilidade para diferentes antimicrobianos, marcadamente para a classe das cefalosporinas, com 19 (22%) das amostras resistentes e 38 (56%) das amostras apresentando resistência intermediária. Várias das amostras desse período apresentaram multirresistência. Para 32 das amostras isoladas na década de 90, não se evidenciou resistência a nenhum dos antimicrobianos selecionados, embora se tenham encontrado 13 amostras (41%) com perfil de resistência intermediário para o ceftiofur. Ainda, detectaram-se 10 diferentes sorovares de Salmonella com somente um perfil clonal para as amostras antigas e perfil variado para as amostras atuais. Os resultados comprovaram o aumento de resistência aos antimicrobianos criticamente importes em amostras recentes isoladas de aves e material avícola. Tais dados comprovam que cada vez mais a atenção deve ser focada no uso prudente dos antimicrobianos na produção animal. / Brazil is currently one of the largest producers and exporters of food in the world, appearing in the animal protein production ranking as the 1st exporter of poultry, in terms of volume, among many recent achievements of the brazilian agribusiness. These achievements have been made possible due to the country natural agriculture vocation, which is the result of a number of factors, such as land extension and available land for agriculture, climate, water availability and regulatory environment open to technology adoption. Among the existing technologies available that enable a country to become one of the largest producers of food are the feed additives and performance enhancers, including the antibiotics. In the position of one of the key actors in the international food production environment, Brazil has been facing issues related to the global concerns on food safety and the food contamination scandals occurred in several countries, including in Europe. These concerns has led several international organizations, including the World Health Organization and the International Organization of Animal Health to establish criteria for risk analysis in relation to the main pathogens involved in foodborne disease outbreaks and the risk of transmission of resistant bacteria from food. Therefore, this study was developed based on the list of the critically important antimicrobials, developed jointly by WHO and the OIE, in determining the resistance profile of them against Salmonella isolated from poultry and poultry materials in different periods. It have been used 100 samples of Salmonella isolated from poultry farms in Brazil, 68 samples taken during the current period (2008 to 2010) and 32 samples taken during the 90s (1989-1999), which have been tested for antibiotic disk diffusion, minimum inhibitory concentration, serotyping and clone determination by pulsed field gel electrophoresis. In the samples collected in the current period (2008-2010), there was a reduction in susceptibility to different antimicrobials, notably for the class of cephalosporins with 19 (22%) of isolates resistant and 38 (56%) of samples presenting intermediate resistance. Several samples from this period showed multidrug resistance. For 32 of the isolates in the 90s, there was no evidence of resistance to any antimicrobial selected, although it was found 13 samples (41%) with intermediate resistance profile for ceftiofur. It have been identified 10 different Salmonella serovars, among them only one clone profile for the old samples and different clone profiles for the current samples. Results showed increased antimicrobial resistance to the critically important antimicrobials for the more recent isolates from poultry and poultry material. These data demonstrate that more attention should be focused on the prudent use of antimicrobials in animal production.

A produção de resíduos gerou uma problemática a ser abordada em nível de redução, reciclagem e reutilização de produtos. A técnica da compostagem é uma alternativa promissora para tratar resíduos sólidos orgânicos, bem como o lodo produzido nas estações de tratamento de esgotos. Os micro-organismos que promovem a degradação durante o processo de compostagem podem apresentar perfil de resistência a antimicrobianos e metais pesados, consequência da pressão seletiva de produtos químicos que estão misturados à matéria orgânica. Para avaliar o perfil de resistência a antimicrobianos, foram testadas 344 bactérias isoladas do processo de compostagem, utilizando-se 14 antimicrobianos. Para os ensaios de concentração inibitória mínima (CIM) de metais pesados, foram avaliados 91 isolados do início e final do processo, utilizando cromo, cobre, zinco e chumbo. Também foi avaliada a qualidade microbiológica do composto, segundo a Resolução 375/2006 do CONAMA. Os resultados apontaram para um perfil de 88% dos isolados resistentes a pelo menos um antimicrobiano. O antimicrobiano com maior índice de resistência foi a nitrofurantoína (64,82%), e o mais eficiente foi o imipenem, com apenas um isolado resistente. Das bactérias isoladas do início do processo de compostagem, 33,3% foram resistentes a MIC acima de 710 mg.L-1 de cromo, 38,9% foram resistentes ao mínimo de 1020 mg.L-1 de cobre, 91,7% resistentes ao zinco, e 100% resistentes ao chumbo. No final do processo, 41,8% dos isolados foram resistentes ao cromo, 41,8% ao cobre, 94,5% ao zinco e 96,4% ao chumbo. Escherichia coli apresentou NMP de 4x104 UFC/g-1, acima do limite preconizado pelo CONAMA. / With the production of residues comes the need for reduction, recycling and reuse of products. The composting technique is a promising alternative for the treatment of solid organic residues, along with the sludge produced in sewage treatment plants. The microorganisms that promote the degradation during the composting process might show antimicrobial and heavy metal resistance as a result of the selective pressure of chemical products mixed to the organic matter. The antimicrobial resistance profile was evaluated by testing 344 bacteria isolated from the composting process, using 14 antimicrobial agents. The minimum inhibitory concentration (MIC) for heavy metals was evaluated using 91 isolates from the initial and final stages of the process, using chrome, copper, zinc and lead. The microbial quality of the compound was also evaluated, according to the 375/2006 resolution from the Conselho Nacional do Meio Ambiente (CONAMA). The results showed that 88% of the isolates showed resistance to at least one antimicrobial. The antimicrobial nitrofurantoin showed the highest resistance rate (64.82%), and imipenem was the most efficient, as only one isolate showed resistance. Among the bacteria isolated during the initial stages of the composting process, 33.3% showed resistance to MIC over 710 mg.L-1 chrome, 38.9% showed resistance to a minimum of 1020 mg.L-1 copper, 91.7% were resistant to zinc, and 100% were resistant to lead. In the end of the process, 41.8% of the isolates showed resistance to chrome, 41.8% to copper, 94.5% to zinc and 96.4% to lead. Escherichia coli’s NMP was 4x104 UFC/g-1, above the limit recommended by CONAMA.

Salmonella enterica sorovar (S.) Enteritidis é uma das principais bactérias envolvidas em surtos de infecção alimentar em humanos decorrentes do consumo de produtos de origem animal. Nas investigações epidemiológicas, a subtipificação fenotípica e genotípica permitem verificar diferenças ou similaridades entre linhagens, as quais podem indicar sua origem, auxiliando os programas de controle e prevenção do patógeno. No presente trabalho, foram analisados os padrões de resistência a antimicrobianos, fagotipificação, macrorestrição de DNA seguida de eletroforese em campo pulsado (PFGE) e polimorfismo de comprimento do fragmento amplificado utilizando uma única enzima de restrição (SEAFLP) de 107 linhagens de S. Enteritidis, sendo 53 isoladas de aves e seus produtos (carcaças, carne, vísceras e ambiente) e uma de origem suína. Foram ainda analisadas 29 linhagens isoladas de alimentos e 14 isoladas de humanos envolvidos em surtos de salmonelose notificados no Rio Grande do Sul, uma amostra de referência (ATCC 13076), além de 9 linhagens isoladas na Europa e África. Na comparação entre amostras isoladas de aves e de surtos de salmonelose, as linhagens de origem avícola foram significativamente mais resistentes a antimicrobianos do que as isoladas de humanos e, embora não tenha sido encontrada relação entre os genótipos de PFGE e os padrões de resistência, a associação de ambas as técnicas possibilitou uma melhor caracterização de S. Enteritidis, podendo ser úteis como marcadores epidemiológicos. Por outro lado, SE-AFLP agrupou a maioria das linhagens de S. Enteritidis num padrão principal. Paralelamente, na comparação de técnicas genotípicas com base em PCR, SE-AFLP apresentou maior capacidade de discriminação, embora inferior à verificada pela fagotipificação e perfil de resistência a antimicrobianos. Assim, foi recomendado que esta técnica deve ser utilizada em associação com outras metodologias na tipificação de S. Enteritidis. Posteriormente, na caracterização do conjunto de linhagens de S. Enteritidis, foram identificados 13 diferentes padrões de resistência a antimicrobianos, além de 12 padrões de PFGE e 3 de SE-AFLP. As técnicas genotípicas demonstraram que existe um genótipo predominante de S. Enteritidis no Rio Grande do Sul, o qual está presente em aves e produtos relacionados, além de alimentos e humanos envolvidos em surtos de salmonelose, sugerindo que estas linhagens possam derivar de uma fonte comum, tendo provável relação clonal. Embora havendo um genótipo predominante de S. Enteritidis, a associação das técnicas propostas possibilitou a melhor caracterização do patógeno. / Salmonella enterica subsp. enterica (S.) serovar Enteritidis is one of the main pathogens involved in food-borne diseases worldwide. Subtyping is crucial to differentiate strains, as well to study its origin and major infection route, which can direct preventive and control measures in epidemiological investigations of food-related salmonellosis. In order to investigate phenotypic and genotypic characterization in S. Enteritidis, the aim of this study was analyze the antimicrobial resistance, phage types, pulsed-field gel elecrophoresis (PFGE) and single-enzyme amplified-fragment length polymorphism (SEAFLP patterns of 107 S. Enteritidis strains isolated from poultry (53 isolates from carcass, meat, viscera and environmental swab) and one from swine. We also analyzed 29 strains from food and 14 from humans involved in salmonellosis outbreaks in Rio Grande do Sul, one reference strain (ATCC 13076) and 9 strains isolated from African and European countries. Resistance rates found in poultry-related strains were significantly higher than that observed in strains isolated from humans. Since identical PFGE profiles were identified in antimicrobial resistant and susceptible strains, it was not possible to find relationship between the PFGE genotypes and the antimicrobial resistance patterns found. However, both approaches were able to improve S. Enteritidis characterization. On the other hand, SE-AFLP clustered most of the S. Enteritidis strains in a major pattern. In a comparison between based-PCR approaches, SE-AFLP showed a higher discriminatory power, although it was lower than that displayed by antimicrobial resistance and phage type patterns. Thus, SE-AFLP might be used associated to other approaches for S. Enteritidis characterization. In contrast, 13 different antimicrobial resistance patterns, 12 PFGE genotypes and 3 SE-AFLP genotypes were identified in the S. Enteritidis strains. Genotypic approaches showed that the strains isolated from poultry, poultry-related products, food and humans involved in salmonelosis outbreaks shared a major pattern. These results suggest that the strains have a close relationship and the association of the different approaches improved S. Enteritidis characterization.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-05-23T20:15:06Z No. of bitstreams: 1 2015_AlineBarbosaGuimarães.pdf: 2424456 bytes, checksum: 3669624d2b0be643694587e454074e3c (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2016-05-26T16:27:57Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_AlineBarbosaGuimarães.pdf: 2424456 bytes, checksum: 3669624d2b0be643694587e454074e3c (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-26T16:27:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_AlineBarbosaGuimarães.pdf: 2424456 bytes, checksum: 3669624d2b0be643694587e454074e3c (MD5) / Com o surgimento de cepas de fungos e bactérias patogênicas resistentes aos antibióticos comerciais disponíveis, o tratamento de diversas infecções passou a ser prejudicado. Para o desenvolvimento de novos agentes eficazes para o controle dessas infecções, novos tipos de compostos antimicrobianos estão sendo investigados e as secreções da pele de anfíbios, ricas em peptídeos antimicrobianos (PAMs), são uma das principais fontes biológicas em estudo. Na pele de anuros, tais peptídeos apresentam um relevante papel fisiológico na resposta imune inata, agindo como uma barreira contra potenciais agentes patogênicos. Embora os PAMs naturais sejam agentes terapêuticos potenciais, as suas propriedades físico-químicas e a bioatividade geralmente precisam ser melhoradas de modo que o uso clínico possa ser considerado. No presente estudo, o PAM com 25 resíduos de aminoácidos ocelatina-P1 (OC-P1), isolado das rãs Leptodactylus pentadactylus e L. labyrinthicus, foi empregado como modelo para o desenho de análogos peptídicos, de modo a avaliar os efeitos de modificações em parâmetros estruturais como hidrofobicidade, anfipaticidade, carga líquida e comprimento da cadeia peptídica sobre a sua eficácia biológica. Um grupo de análogos da Oc-P1 foi sintetizado e testado na presença de bactérias, fungos e protozoários patogênicos. Os efeitos observados foram correlacionados com as modificações estruturais propostas. Dentro deste grupo de peptídeos, que compreende 8 análogos contendo entre 14 e 16 resíduos e o PAM selvagem Oc-P1, o peptídeo selvagem foi o mais eficaz, e dentre os análogos propostos, somente um apresentou atividade biológica. Este análogo apresentou atividade hemolítica considerável, sendo observado que o aumento da atividade hemolítica estava geralmente relacionado ao aumento da hidrofobicidade e da anfipaticidade. No geral, o presente trabalho sugere que o desenho e a síntese química de novos peptídeos a partir de PAMs de anuros é uma atraente metodologia de estudo para concepção de novos compostos, mas que o delicado refinamento das características estruturais é limitante no desenvolvimento de novas drogas baseadas em estruturas peptídicas com uso terapêutico em potencial. / The treatment of several infections has become impaired considering the resistance of pathogenic fungi and bacteria to commercial antibiotics. In order to develop new effective agents for controlling these infections, new types of antimicrobial compounds are under investigation, and the skin secretions of amphibians, rich in antimicrobial peptides (AMPs), are one of the major biological sources under study. Inanurans skin, such peptides display important physiological role in the innate immune response, acting as a barrier against potential pathogens. While natural AMPs arepotential therapeutic agents, their physicochemical properties and bioactivity generally need improvement to permit their clinical use. In the present study, the 25-residueocellatin-P1 (Oc-P1), isolated from Leptodactylus pentadactylus and L. labyrinthicus, was used as a template in the design of new peptide analogs, in order to allow the evaluation of the effects of structural parameters, such as hydrophobicity, amphipathicity, net charge and sequence length on their biological properties. Onegroup of analogs was synthesized and tested against pathogenic bacteria, fungi and protozoan. The detected biological effects were analyzed considering the structuralmodifications implemented. Within this group, comprising eight peptides with 14 to 16residues and the native ocellatin-P1, the wild type peptide was the most active and among the analogs, only one exhibited biological activity. This analog showed significant hemolytic activity and the strong hemolytic activity of the peptides generally correlated with high hydrophobicity and amphipathicity. Overall, our study suggeststhat the design and chemical synthesis of new peptides derivated from frog-skin AMPs is an attractive methodology in the search for new biologically active compounds, but the delicate refinement of the structural features is limitant for the development of newtherapeutic peptide-based drugs.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Química, Programa de Pós-Graduação em Química, 2018. / Submitted by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-02T22:29:32Z No. of bitstreams: 1 2018_LuísGuilhermeGomesdeSá.pdf: 3389847 bytes, checksum: 36697c6195c5f03e137127fcce4f0363 (MD5) / Approved for entry into archive by Fabiana Santos (fabianacamargo@bce.unb.br) on 2018-10-09T19:01:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_LuísGuilhermeGomesdeSá.pdf: 3389847 bytes, checksum: 36697c6195c5f03e137127fcce4f0363 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-09T19:01:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_LuísGuilhermeGomesdeSá.pdf: 3389847 bytes, checksum: 36697c6195c5f03e137127fcce4f0363 (MD5) Previous issue date: 2018-10-09 / Peptídeos antimicrobianos (AMPs) têm despontado como uma alternativa promissora aos antibióticos convencionais. Sua forma de ação, baseada em características inerentes à AMPs, permite que sejam ativos contra os mais diferentes patógenos com poucos relatos sobre resistência. Dentre as diversas formas de identificar novas moléculas com atividade antimicrobiana, a pesquisa de sequências encriptadas dentro de proteínas complexas mostra-se uma boa fonte de moléculas bioativas. Considerando as propriedades físico-químicas de AMPs de origem natural como ponto de partida para a síntese de novos peptídeos com atividade antimicrobiana, bem como a possibilidade de encontrar sequencias de AMPs encriptadas dentro de proteínas, esta dissertação busca explorar esses fatos como forma de identificar AMPs intragênicos. Coleções de proteínas de duas espécies, Bos taurus e Gallus gallus, foram pesquisadas como fonte de novos AMPs. A pesquisa é feita com base nas características físico-químicas de AMPs por meio do software Kamal. Após avaliação da possiblidade de agir como agente antimicrobiano, três peptídeos foram selecionados e sintetizados por meio da técnica de síntese de peptídeos em fase sólida. Os peptídeos Bt01, Bt02 e Gg01 foram testados quanto sua interação com membranas modelo usando as técnicas de Dicroísmo Circular e Calorimetria Diferencial de Varredura, além de ter seu potencial antimicrobiano frente a culturas de Escherichia coli e Staphylococcus aureus. Todos os três peptídeos sintetizados apresentaram atividade antimicrobiana em concentrações na faixa de 4 – 8 μM. Posteriormente, um peptídeo foi selecionado para co-precipitação em sistemas poliméricos, sendo analisadas sua presença e dispersão no meio por meio de MALDI e espectroscopia de absorção UV-Vis. Por fim, a atividade antimicrobiana do filme sintetizado foi preliminarmente investigada frente a meios de cultura líquido de E. coli, mostrando inibição de crescimento microbiano para todas as concentrações testadas. / Antimicrobial peptides have emerged as a good alternative to conventional antibiotics. Their form of action, based on characteristics inherent to AMPs, allows them to be active against the varied pathogens with few reports of resistance. Among the several ways to identify new molecules with antimicrobial activity, the search for encrypted sequences within complex proteins is a good source of bioactive molecules. Based on the assumption that physical-chemical characteristics of naturally occurring AMPs can be used as a starting point for the synthesis of new peptides with antimicrobial activity, as well as the possibility to find AMP sequences encrypted within proteins, this dissertation seeks to explore these facts as ways to identify intragenic AMPs. The genome of two species, Bos taurus and Gallus gallus, was investigated as sources for new AMPs. The research is based on the physical-chemical characteristics of AMPs using the software Kamal. After evaluating the possibility of acting as an antimicrobial agent, three peptides were selected and synthesized by solid phase peptide synthesis. Their interaction with models membranes was evaluated using Circular Dichroism and Differential Scanning Calorimetry and their antimicrobial potential was determined against Escherichia coli and Staphylococcus aureus. Peptides Bt01, Bt02 and Gg01 presented antimicrobial activity in concentrations in the range of 4 – 8 μM. Additionally, one of the synthesized peptides was selected for co-precipitation in polymeric systems, and its presence and distribution in the product was evaluated by MALDI MS and UV-Vis spectroscopy. The antimicrobial potential of the synthetic film was evaluated against E. coli, showing antimicrobial activity at all the investigated concentrations.

Salmonella enterica sorovar (S.) Enteritidis é uma das principais bactérias envolvidas em surtos de infecção alimentar em humanos decorrentes do consumo de produtos de origem animal. Nas investigações epidemiológicas, a subtipificação fenotípica e genotípica permitem verificar diferenças ou similaridades entre linhagens, as quais podem indicar sua origem, auxiliando os programas de controle e prevenção do patógeno. No presente trabalho, foram analisados os padrões de resistência a antimicrobianos, fagotipificação, macrorestrição de DNA seguida de eletroforese em campo pulsado (PFGE) e polimorfismo de comprimento do fragmento amplificado utilizando uma única enzima de restrição (SEAFLP) de 107 linhagens de S. Enteritidis, sendo 53 isoladas de aves e seus produtos (carcaças, carne, vísceras e ambiente) e uma de origem suína. Foram ainda analisadas 29 linhagens isoladas de alimentos e 14 isoladas de humanos envolvidos em surtos de salmonelose notificados no Rio Grande do Sul, uma amostra de referência (ATCC 13076), além de 9 linhagens isoladas na Europa e África. Na comparação entre amostras isoladas de aves e de surtos de salmonelose, as linhagens de origem avícola foram significativamente mais resistentes a antimicrobianos do que as isoladas de humanos e, embora não tenha sido encontrada relação entre os genótipos de PFGE e os padrões de resistência, a associação de ambas as técnicas possibilitou uma melhor caracterização de S. Enteritidis, podendo ser úteis como marcadores epidemiológicos. Por outro lado, SE-AFLP agrupou a maioria das linhagens de S. Enteritidis num padrão principal. Paralelamente, na comparação de técnicas genotípicas com base em PCR, SE-AFLP apresentou maior capacidade de discriminação, embora inferior à verificada pela fagotipificação e perfil de resistência a antimicrobianos. Assim, foi recomendado que esta técnica deve ser utilizada em associação com outras metodologias na tipificação de S. Enteritidis. Posteriormente, na caracterização do conjunto de linhagens de S. Enteritidis, foram identificados 13 diferentes padrões de resistência a antimicrobianos, além de 12 padrões de PFGE e 3 de SE-AFLP. As técnicas genotípicas demonstraram que existe um genótipo predominante de S. Enteritidis no Rio Grande do Sul, o qual está presente em aves e produtos relacionados, além de alimentos e humanos envolvidos em surtos de salmonelose, sugerindo que estas linhagens possam derivar de uma fonte comum, tendo provável relação clonal. Embora havendo um genótipo predominante de S. Enteritidis, a associação das técnicas propostas possibilitou a melhor caracterização do patógeno. / Salmonella enterica subsp. enterica (S.) serovar Enteritidis is one of the main pathogens involved in food-borne diseases worldwide. Subtyping is crucial to differentiate strains, as well to study its origin and major infection route, which can direct preventive and control measures in epidemiological investigations of food-related salmonellosis. In order to investigate phenotypic and genotypic characterization in S. Enteritidis, the aim of this study was analyze the antimicrobial resistance, phage types, pulsed-field gel elecrophoresis (PFGE) and single-enzyme amplified-fragment length polymorphism (SEAFLP patterns of 107 S. Enteritidis strains isolated from poultry (53 isolates from carcass, meat, viscera and environmental swab) and one from swine. We also analyzed 29 strains from food and 14 from humans involved in salmonellosis outbreaks in Rio Grande do Sul, one reference strain (ATCC 13076) and 9 strains isolated from African and European countries. Resistance rates found in poultry-related strains were significantly higher than that observed in strains isolated from humans. Since identical PFGE profiles were identified in antimicrobial resistant and susceptible strains, it was not possible to find relationship between the PFGE genotypes and the antimicrobial resistance patterns found. However, both approaches were able to improve S. Enteritidis characterization. On the other hand, SE-AFLP clustered most of the S. Enteritidis strains in a major pattern. In a comparison between based-PCR approaches, SE-AFLP showed a higher discriminatory power, although it was lower than that displayed by antimicrobial resistance and phage type patterns. Thus, SE-AFLP might be used associated to other approaches for S. Enteritidis characterization. In contrast, 13 different antimicrobial resistance patterns, 12 PFGE genotypes and 3 SE-AFLP genotypes were identified in the S. Enteritidis strains. Genotypic approaches showed that the strains isolated from poultry, poultry-related products, food and humans involved in salmonelosis outbreaks shared a major pattern. These results suggest that the strains have a close relationship and the association of the different approaches improved S. Enteritidis characterization.

Dissertação (mestrado)—Fundação Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2018. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-10-03T21:33:20Z No. of bitstreams: 1 2018_AlessandraGodoiCardoso.pdf: 1318780 bytes, checksum: 585433279bee92ac3733f82a14418b55 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-10-18T21:40:04Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2018_AlessandraGodoiCardoso.pdf: 1318780 bytes, checksum: 585433279bee92ac3733f82a14418b55 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-10-18T21:40:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2018_AlessandraGodoiCardoso.pdf: 1318780 bytes, checksum: 585433279bee92ac3733f82a14418b55 (MD5) Previous issue date: 2018-10-03 / O surgimento de estirpes com resistência múltipla aos fármacos mais potentes é motivo de preocupação dos profissionais de saúde e de toda comunidade científica reforçando a necessidade de formulação de novos medicamentos ou terapias coadjuvantes capazes de inibir a rápida proliferação de microrganismos multirresistentes. Neste contexto, os peptídeos antimicrobianos (PAMs) surgem como uma alternativa farmacológica podendo ser estudados isolados ou associados a outros antibióticos. Neste trabalho foi avaliado, in vitro, o efeito isolado e combinado dos peptídeos Synoeca-MP e IDR-1018 contra isolados clínicos multirresistentes de Klebsiella pneumoniae (Kp1410503; Kp1536816; Kp2016295 e Kp2177569 – LACEN). Além disso, o peptídeo Synoeca-MP também foi avaliado in vitro quanto a sua capacidade de combinação com antimicrobianos pertencentes a três classes distintas revelando atividade sinérgica quando combinado ao antimicrobiano levofloxacina. Nos experimentos in vivo, foi observada uma alta mortalidade de camundongos BALB/c quando os mesmos foram inoculados com as concentrações do peptídeo Synoeca - MP 0,64 mg.kg-¹; 6,4 mg.kg-¹; 12,8 mg.kg-¹ e 19,2 mg.kg-¹, definidas in vitro após a definição da Concentração inibitória Mínima (CIM), levando todos os animais a óbito em até 24 horas demonstrando a necessidade de análises complementares e/ou a utilização de outras concentrações para uma melhor avaliação da atividade antimicrobiana de Synoeca-MP in vivo. / The emergence of strains with multiple resistance to the most potent drugs is motive for concern of health professionals and the entire scientific community reinforcing the need of formulation of new drugs or adjuvant therapies capable of inhibiting the rapid proliferation of multiresistant microorganisms. In this context, antimicrobial peptides (PAMs) appear as a pharmacological alternative and can be studied isolation or associated with other antibiotics. This work was evaluated in vitro effect isolated and combined of the peptides Synoeca - MP and IDR - 1018 against multi-resistant clinical isolates of Klebsiella pneumoniae (Kp1410503; Kp1536816; Kp2016295 and Kp2177569 - LACEN). In addition, the Synoeca peptide was also evaluated in vitro for its ability to combine with antimicrobials belonging to three distinct classes revealing synergistic activity when combined with the antimicrobial levofloxacin. In the in vivo experiments, a high mortality of BALB/c mice was observed when they were inoculated with the concentrations of Synoeca – MP peptide 0,64 mg.kg-¹; 6,4 mg.kg-¹; 12,8 mg.kg- ¹ and 19,2 mg.kg-¹, defined in vitro after the definition of the Minimal Inhibitory Concentration (CIM), leading to all deaths within 24 hours, demonstrating the need for complementary analyzes and / or the use of other concentrations for a better evaluation of the antimicrobial activity of Synoeca-MP in vivo.

ROCHA, Rafael dos Santos.Perfil de susceptibilidade antimicrobiana e preliminar de virulência entre cepas de Vibrio spp. isoladas da água e sedimento do estuário do Rio Acaraú, Ceará, Brasil.2011. 85f.Dissertação(Mestrado em Engenharia de Pesca)-Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2011. / Submitted by Maria Naires Souza (marianaires@ufc.br) on 2011-11-11T20:34:41Z No. of bitstreams: 1 2011-dis-rsrocha.pdf: 5922711 bytes, checksum: 312924caf40b38aff6a35077d066776c (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Nascimento(vieiraaline@yahoo.com.br) on 2011-11-16T15:03:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011-dis-rsrocha.pdf: 5922711 bytes, checksum: 312924caf40b38aff6a35077d066776c (MD5) / Made available in DSpace on 2011-11-16T15:03:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011-dis-rsrocha.pdf: 5922711 bytes, checksum: 312924caf40b38aff6a35077d066776c (MD5) Previous issue date: 2011-03-25 / The estuarine environment is recognized as an intake of contaminated water from different sources. The genus Vibrio is found in those places, being reported in many papers resistant strains to antibiotics used routinely in medical treatment. Seventy strains of Vibrio were selected originated from samples of water and sediment from the Acaraú estuary, West coast of Ceará, Brazil to experiment. The antibiogram was proposed in two batteries, one with Mueller Hinton agar dissolved in distilled water (MH+DW) and the other in seawater (MH+SW), and is tested the presence of virulence factors protease (caseinase, elastase and gelatinase), lipases, phospholipases, DNases, amylase, urease, and hemolysin (β-hemolysis test by Kanagawa Wagatsuma agar). The antimicrobials tested were NAL, AMP, ATM, CFL, CIP, CHL, CTX, STP, GEN, OTC, PEN, TCY and STX. In MH+DW, the resistance profile was observed for 47 (67.1%) strains to PEN, 26 (37.1%) to AMP and CFL, 8 (11.4%) to OTC, 6 (8.6%) to TCY, 3 (4.3%) to ATM and 1 (1.4%) to CHL, while for MH+SW, 68 (97.1%) strains were resistant to OTC, 67 (95.7%) to TCY, 57 (81.4%) to PEN, 34 (48.6%) to CFL, 29 (41.4%) to AMP , 21 (30.0%) to STP, 20 (28.5%) to GEN, 5 (7.2%) to ATM and NAL, 3 (4.3%) to STX and 1 (1.4%) to CIP. The resistant strains in MH+DW were subjected to plasmid curing by acridine orange agent. Resistance plasmid was observed in 36.21% of resistant strains to AMP, 5.17% to ATM, 37.93% to CFL, 13.79% to OTC, 53.45% to PEN and 6.90% to TCY. By order of recurrence, 67 (91.42%) strains of Vibrio spp. have analyzed the enzyme urease, followed by 57 (81.42%) to lipase, 54 (77.14%) to amylase, 53 (75.72%) to gelatinase, 43 (61.42%) to caseinase, 26 (37.14%) to phospholipase, 17 (24.28%) to DNase, 16 (22.86%) to elastase and 13 (18.57%) to β-hemolysis (Kanagawa). Seawater influence significantly the characterization of the resistance of strains of Vibrio spp. analyzed mainly on the drugs of the tetracycline class, and has been detected multidrug resistant strains associated with preliminary virulence factors. / O ambiente estuarino é reconhecidamente um local de aporte de águas contaminadas de diferentes fontes. O gênero Vibrio é encontrado, naturalmente, nesses locais, sendo relatadas, em inúmeros trabalhos científicos, cepas resistentes a antimicrobianos utilizados, rotineiramente, no tratamento médico. Foram selecionadas setenta cepas de Vibrio oriundas de amostras de água e sedimento do estuário do Rio Acaraú, litoral Oeste do Ceará, Brasil para o experimento. O antibiograma foi proposto em duas baterias, sendo uma com ágar Mueller-Hinton solubilizado em água destilada (MH+AD) e a outra em água do mar (MH+AM), além de ser testada a presença dos fatores de virulência proteases (caseinase, elastase e gelatinase), lipases, fosfolipases, DNases, amilases, urease e hemolisinas (β-hemólise pelo teste de Kanagawa em ágar Wagatsuma). Os antimicrobianos testados foram NAL, AMP, ATM, CFL, CIP, CLO, CTX, EST, GEN, OTC, PEN, SUT e TET. Em MH+AD, o perfil de resistência foi verificado para 47 (67,1%) cepas a PEN, 26 (37,1%) cepas a AMP e CFL, 8 (11,4%) a OTC, 6 (8,6%) a TET, 3 (4,3%) a ATM, e 1 (1,4%) a CLO, enquanto para MH+AM, 68 (97,1%) cepas foram resistentes a OTC, 67 (95,7%) a TET, 57 (81,4%) a PEN, 34 (48,6%) a CFL, 29 (41,4%) a AMP, 21 (30,0%) a EST, 20 (28,5%) a GEN, 5 (7,2%) a ATM e NAL, 3 (4,3%) a SUT e 1 (1,4%) a CIP. As cepas resistentes em MH+AD foram submetidas à cura do plasmídio pelo agente curagênico acridine Orange. Foi verificada resistência plasmidial em 36,21% das cepas resistentes a AMP, 5,17% a ATM, 37,93% a CFL, 13,79% a OTC, 53,45% a PEN e 6,90% a TET. Por ordem de recorrência, 67 (91,42%) cepas de Vibrio spp. analisadas apresentam atividade da enzima urease, seguidas de 57 (81,42%) para lipase, 54 (77,14%) a amilase, 53 (75,72%) a gelatinase, 43 (61,42%) a caseinase, 26 (37,14%) a fosfolipase, 17 (24,28%) a DNase, 16 (22,86%) a elastase e 13 (18,57%) a β-hemólise (Kanagawa). A água do mar influenciou, significativamente, a caracterização da resistência das cepas de Vibrio spp. analisadas, principalmente, sobre os antimicrobianos das classes das tetraciclinas, além de ter sido detectada múltipla resistência associada à cepas com fatores preliminares de virulência.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-05-31T09:34:58Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 586265 bytes, checksum: a1cfa7bdb617d1c1b39d56b2ef641857 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-05-31T09:34:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 586265 bytes, checksum: a1cfa7bdb617d1c1b39d56b2ef641857 (MD5) Previous issue date: 2007-05-14 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Embalagens ativas são desenvolvidas no sentido de modificar características sensoriais e microbiológicas do produto embalado. As embalagens antimicrobianas atuam na inibição ou redução da microbiota contaminante dos alimentos para conservar o produto durante as fases de estocagem e de comercialização e assegurar ao consumidor a aquisição de um produto saudável. Este trabalho teve como objetivos desenvolver filmes e sachês incorporados com aldeído cinâmico e avaliar suas eficiências na conservação de massa de pastel e de pães de canela, ambos sem adição de conservante na formulação, para assegurar sua qualidade microbiológica e assim promover o aumento na vida de prateleira do produto. Os filmes e sachês antimicrobianos foram desenvolvidos com a incorporação de aldeído cinâmico nas concentrações de 5, 10 e 20% v/p. Foram avaliadas as atividades de inibição do crescimento in vitro para as bactérias Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes e Escherichia coli e para os fungos Fusarium oxysporum e Aspergillus flavus, na presença do filme e do sachê. Foram avaliadas também as propriedades mecânicas dos filmes. Os filmes apresentaram melhor efeito inibitório, comparado ao dos sachês. Para todos os microrganismos testados, com exceção de E. coli, foram observados halos de inibição que apresentaram aumento proporcional ao aumento da concentração de aldeído cinâmico no filme. A espessura média dos filmes avaliados, independentemente da concentração de aldeído cinâmico, foi de 32,47 μm e a média de deformação relativa na carga máxima dos filmes foi de 2,05% a 8 oC e 1,73% a 25 oC. O filme com 10% de aldeído cinâmico apresentou carga máxima de deformação de 108,267 N, valor significativamente (p<0,05) menor que os valores constatados para os filmes-controle (0 %) e a 5 %. Posteriormente, os filmes antimicrobianos incorporados com 5 e 10% de aldeído cinâmico foram então intercalados em massas de pastel com 10 cm de diâmetro e também usados para envolver amostras de pães. Avaliaram-se a eficiência antimicrobiana, a migração do aldeído cinâmico para o produto e a sua aceitação pelo consumidor. Como controle foi usado filme sem adição do antimicrobiano. Os sistemas foram acondicionados em sacos de polietileno de baixa densidade (PEBD). Os sacos que continham massa de pastel foram armazenados a 8 ± 2 oC e analisados com 0, 5, 10, 30 e 60 dias de armazenamento, e aqueles contendo os pães foram armazenados à temperatura de 23 ± 2 oC e analisados após 0, 3, 6, 9 e 12 dias. Os pães, inicialmente, apresentaram contagem de coliformes <1,0 x 10 1 UFC.g -1 e as massas de pastel, contagem de coliformes <1,0 x 10 1 UFC.g -1 , Bacillus. cereus <1,0 x 10 2 UFC.g -1 e Staphylococcus spp. coagulase positiva <1,0 x 10 2 UFC.g -1 , em todos os tempos de armazenamento. Nas amostras de pães os filmes foram eficientes na inibição do crescimento de mesófilos aeróbios e de fungos filamentosos e leveduras, uma vez que na amostra-controle foi constatado aumento de quatro ciclos log no crescimento de ambos após 12 dias de estocagem. Nas amostras de pastel houve reduções de dois e três ciclos log para mesófilos aeróbios e Staphylococcus spp., respectivamente, para os filmes com 5 e 10 % de aldeído cinâmico, ao fim dos 60 dias de armazenamento. A contagem de fungos filamentosos e de leveduras permaneceu abaixo de 1,0x10 2 UFC.g -1 ) durante estocagem, para as amostras intercaladas com os filmes antimicrobianos. Em todas as avaliações os valores de pH e de atividade de água não influenciaram os resultados. A migração do aldeído cinâmico para o produto influenciou a aceitação das massas de pastel, em comparação à massa-controle, mas não influenciou a aceitação dos pães, possivelmente pela menor quantidade de aldeído cinâmico detectada nas amostras de pães. Ambos os produtos foram bem aceitos e as médias ficaram entre gostei ligeiramente (6) e gostei moderadamente (7). / Active Packaging has been developed in an effort to modify sensory and microbiologic characteristics of the packaged product quality. Antimicrobial packaging acts inhibiting or reducing the contaminated microbiota of the food, seeking to conserve the product during the storage and commercialization periods, assuring to the consumer acquisition of a healthy product. This work aimed to develop films and sachets incorporated with cinnamaldehyde and evaluate it’s efficiencies in turnover dough and cinnamon bread, both without addition of food additives. Antimicrobial films and sachets were developed with cinnamaldehyde incorporation in 5, 10, and 20 % v/w concentrations. Tests of growth inhibition halo were realized with Staphylococcus aureus, Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Fusarium oxysporum and Aspergillus flavus in the film and sachet presence. Mechanical properties of the films were also evaluated. Films showed better inhibitory effect than sachets for all tested microorganisms, excepting E. coli. Inhibition halos increased as the cinnamaldehyde concentration increased in the film. Average film thickness was 32.47 μm, and the relative deformation at the maximum stress were 2.0507 % in 8 oC and 1.7282 % in 25 oC, independently cinnamaldehyde concentration. Film with 10% cinnamaldehyde showed maximum deformation (108.267 N) significantly (p < 0.05) less than control films (0 %) and 5 %. To verify the efficiency of the films in contact with foods the antimicrobial films incorporated with 5 and 10 % cinnamaldehyde were intercalated between turnover dough with 10 cm of diameter and also to involve breads. They were evaluated the antimicrobial efficiency, the cinnamaldehyde migration to the product and the sensory analysis. Film control (without cinnamaldehyde) was used. The systems were packed in low density polyethylene (LDPE) bags. The bags with turnover dough were stored at a 8 ± 1 oC and the analysis occured after 0, 5, 10, 30 and 60 storage days and those with bread were stored at 23 ± 2 oC and analyzed after 0, 3, 6, 9 and 12 days. Initially, the breads showed coliforms counting of <1.0 x 10 1 UFC.g -1 and the turnover dough had Bacillus cereus counting of <1.0 x 10 2 UFC.g -1 , coliforms <1.0 x 10 1 UFC.g -1 and Staphylococcus spp positive coagulase <1.0 x 10 2 UFC.g -1 in all tested times. The breads samples involved with the antimicrobial films showed efficiency in inhibition growth of mesophilic aerobes and fungi and yeast once compared to the control sample that presented an increase of 4 log growth cycles after 12 days of storage. The turnover dough had 2 and 3 log cycles reduction for mesophilic aerobes and Staphylococcus spp. respectively, to 5 and 10 % films at the end of 60 storage-days. The fungi counting stayed under 1.0 x 10 2 UFC.g -1 throughout storage period for the turnover dough samples intercalated with antimicrobial films. The pH values and water activity did not show any influence in the result of all evaluations. The cinnamaldehyde migration to the product had influence in the turnover dough acceptance than the control dough, but didn’t have influence in the bread acceptance, possibly due to the lower cinnamaldehyde quantity in the bread samples than the turnover dough samples. Both products were well accepted and the obtained average stayed between lightly liked (6) and moderately liked (7). / Dissertação antiga, sem ficha catalográfica.

Os Enterococcus spp. apresentam uma natureza ubiquitária que lhes permite sobreviver em diversos nichos ecológicos. Estudos envolvendo enterococos isolados de animais marinhos são escassos. Em razão disso, este trabalho teve como objetivo isolar, identificar, avaliar o perfil de suscetibilidade aos antimicrobianos, a presença de fatores de virulência e a diversidade genética de enterococos isolados de amostras fecais de pinguins-de-magalhães (Spheniscus magellanicus) encontrados no Litoral Norte do Rio Grande do Sul, Brasil. No total, 172 enterococos foram isolados e identificados como E. faecalis (43%), E. faecium (33,7%), E. hirae (12,8%) e E. mundtii (10,5%). Cento e quatorze isolados foram sensíveis aos dez antimicrobianos testados. Fenótipos de resistência foram encontrados para ciprofloxacina (28,5%), eritromicina (25%), norfloxacina (14,5%) e tetraciclina (4,6%). Todos os isolados resistentes à tetracilina apresentavam o gene tet(M) e apenas dois não apresentaram o tet(L). O gene erm(B) não foi detectado nos resistentes à eritromicina. Genes de virulência, gelE e ace (43%) e asa (35,5%) foram detectados nos E. faecalis. A atividade de gelatinase foi verificada em 64 isolados. A maioria dos enterococos foi fraco formador de biofilme. A análise dos perfis gerados por PFGE revelou um grande número de clones. Em conclusão, os enterococos compõem a microbiota do trato gastrintestinal dos pinguins-de-magalhães e a detecção de determinantes de resistência e virulência indica que os enterococos podem constituir um reservatório de tais características e, sendo o ambiente marinho um meio de disseminação, é importante considerar o potencial deste gênero em ocasionar riscos à saúde desses animais e à do ecossistema marinho. / Enterococcus spp. shows a ubiquitous nature that enables survival in different ecological niches. Studies involving enterococci isolated from marine animals are scarce. For this reason, this study aimed to isolate, identify, evaluate the antimicrobial susceptibility profile, the presence of virulence factors and the genetic diversity of enterococci isolated from fecal samples of magellanic penguins (Spheniscus magellanicus) found in the North coast of Rio Grande do Sul, Brazil. Overall, 172 enterococci were isolated and identified as E. faecalis (43%) E. faecium (33.7%), E. hirae (12.8 %) and E. mundtii (10.5%). One hundred and fourteen isolates were susceptible to the ten tested antimicrobials. Resistance phenotypes were found for ciprofloxacin (28.5%), erythromycin (25%), norfloxacin (14.5%) and tetracycline (4.6%). The tetracycline resistant isolates showed the tet(M) gene and only two isolates didn’t present tet(L). The erm(B) gene wasn’t detected in erythromycin resistant isolates. Virulence genes, gelE/ ace genes (43%) and asa (35.5%) were found only in E. faecalis. The gelatinase activity was observed in 64 strains. The majority of enterococci were weak biofilm formers. The analysis of the profiles generated by PFGE has revealed a large number of clones. In conclusion, enterococci compose the microbiota of magellanic penguins and the detection of resistance and virulence determinants indicates that enterococci may constitute a reservoir of such characteristics and, as the marine environment is a way of dissemination, it is important to consider the potential of this genus in cause health risks of these animals and the marine ecosystem.