Dans le but d’optimiser la représentation en mémoire des enregistrements Scheme dans le compilateur Gambit, nous avons introduit dans celui-ci un système d’annotations de type et des vecteurs contenant une représentation abrégée des enregistrements. Ces derniers omettent la référence vers le descripteur de type et l’entête habituellement présents sur chaque enregistrement et utilisent plutôt un arbre de typage couvrant toute la mémoire pour retrouver le vecteur contenant une référence. L’implémentation de ces nouvelles fonctionnalités se fait par le biais de changements au runtime de Gambit. Nous introduisons de nouvelles primitives au langage et modifions l’architecture existante pour gérer correctement les nouveaux types de données. On doit modifier le garbage collector pour prendre en compte des enregistrements contenants des valeurs hétérogènes à alignements irréguliers, et l’existence de références contenues dans d’autres objets. La gestion de l’arbre de typage doit aussi être faite automatiquement. Nous conduisons ensuite une série de tests de performance visant à déterminer si des gains sont possibles avec ces nouvelles primitives. On constate une amélioration majeure de performance au niveau de l’allocation et du comportement du gc pour les enregistrements typés de grande taille et des vecteurs d’enregistrements typés ou non. De légers surcoûts sont toutefois encourus lors des accès aux champs et, dans le cas des vecteurs d’enregistrements, au descripteur de type. / In order to optimize the in memory representation of Scheme records in the Gambit compiler, we introduce a type annotation system on record fields. We also introduce flat vector of records containing an abbreviated representation of those records. These vectors omit the header and reference to the type descriptor on contained records and use a type tree spanning the whole memory to recover the type as needed from an internal pointer. The implementation of the new functionnalities is done through changes in the Gambit runtime. We add new primitives to the language and modify the existing architecture to correctly handle the new data types in a way transparent that is transparent to the user. To do so, we modify the garbage collector to account to account for the existance of internal references and of heterogenous records whose fields may not be alligned to a word and need not be boxed. We also have to automatically and systematically update hte type tree to reflect the live vectors. To asses our implementation’s performance, we run a serie of benchmarks. We measure significant gains on allocation time and space with both typed records and contained records. We also measure a minor overhead in access costs on typed fields and major loss on accesses to the type descriptor of contained records.

Les aires de répartition des arbres pourraient être grandement affectées par le changement climatique. Les résultats d’analyses paléogéographiques ont montré que ces dernières se sont déjà déplacées avec les variations passées du climat. Ces études ont permis de déterminer la direction et la vitesse de migration des espèces, données utilisées actuellement pour générer des prédictions sur l’évolution de l’aire de répartition des espèces forestières en réponse au réchauffement du climat. Cependant, le contexte écologique dans lequel les arbres font face à ces changements est très différent par rapport aux changements climatiques passés : l'augmentation actuelle des températures est plus rapide, les surfaces susceptibles d’être colonisées sont occupées par des écosystèmes très différents et variés (forêts, surfaces agricoles, zones urbaines). Par conséquent, les arbres pourront-ils faire face à la rapidité des changements globaux actuels ? Auront-ils la capacité de migrer pour trouver des conditions plus favorables ou pourront-ils s’adapter et survivre à de nouvelles conditions environnementales ? Dans un premier temps, l’analyse de données historiques (plans d’aménagements de l’Office Nationale des Forêts et Inventaires Forestiers Espagnols) a permis de mettre en évidence des évènements de colonisation et d’extirpation et de quantifier la vitesse de migration de populations situées au cœur ou aux marges de leur aire de répartition. Une colonisation massive de Quercus ilex dans les dunes boisées atlantiques (limite Nord d’aire de répartition) a été mise en évidence au cours des 130 dernières années, confirmant les tendances prédites par les modèles. Cependant, les vitesses de colonisation de cette espèce restent bien inférieures aux déplacements de son bioclimat estimés à partir de modèles de niche. Les espèces localisées en limite Sud d’aire de répartition présentent des remontées altitudinales plus importantes que pour celles situées au cœur de leur aire. En conclusion, nos résultats montrent que les changements globaux ont déjà impactés la répartition des arbres malgré l’existence d’un décalage temporel entre les réponses migratoires des espèces forestières et le déplacement de leur bioclimat. Le stress hydrique est le facteur prépondérant pouvant expliquer le dépérissement des arbres dans un milieu dont la disponibilité en eau est limitée, notamment en marge chaude d’aire de répartition. Nous avons, par conséquent, étudié la résistance à la sécheresse et ses mécanismes chez les plusieurs espèces d’Angiospermes. Nos résultats montrent qu’un seuil de 90% d’embolie mène à des dommages physiologiques irréversibles de la plante et à la mort par déshydratation. Ce seuil est considérablement plus élevé que celui précédemment observé chez les conifères. L’étude du fonctionnement hydraulique d’espèces de chênes co-occurrentes nous a permis de montrer que la survie de Q. robur pourrait être menacée dans les forêts atlantiques dans un contexte de sécheresses de plus en plus intenses car il y subit des taux d’embolie native élevés. Au contraire, Q. ilex présente des taux d’embolie négligeables sur ce même site d’étude.Les vitesses réelles de migrations constituent des données empiriques essentielles qui nous renseignent sur les capacités migratoires effectives des arbres. Elles pourront être intégrées dans les modèles de répartition, tout comme les seuils d’embolie induisant la mort des arbres. / Tree distribution could be highly affected by climate change. Results of paleogeographic studies showed that tree distribution ranges have already shifted with past climate changes. These data are currently used to model the evolution of species distribution in response to global warming. However, the ecological context in which species have to cope with climate change is very different than the past one: the current increase of temperature occurs faster than the past global warming, the areas being likely colonized are covered by various ecosystems (forests, agricultural surfaces, urban areas). So will tree species be able to cope with the current global change? Will they be able to migrate to find more favourable conditions or to survive to drier environmental conditions? Firstly, the analysis of historical data (French National Forest Office and Spanish National Forest Inventories) allowed determining colonization and extirpation events, and quantifying migration rates of tree species populations situated at the edges or the core of their distribution range. We evidenced that Q. ilex has substantially colonized new areas at its northern margin during the last 130 years, confirming the model trends. However, the colonization rates of Q. ilex are much lower than the shift of its bioclimate predicted by bioclimatic models. Species located at their rear edge showed higher upward shifts than other species located at the core of their range. To conclude, our results showed that global change have already impacted tree distribution although a time-lag between forest species migration responses and their bioclimate shift. Water stress is the main factor explaining tree dieback when water is limited and so particularly at the warm limit of tree species distribution range. Therefore, we studied drought resistance and its mechanisms in angiosperm tree species. Our results showed that embolism threshold of 90% leads to irreversible damages and tree death by dehydration. This threshold is considerably higher than the observed in Conifers. The study of hydraulic functioning of co-occurring oaks showed that the survival of Q. robur could be threatened in the context of increasing drought in the Atlantic forests because of its functioning at high levels of embolism. On the contrary, Q. ilex presented negligible levels of embolism in the same study area. The migration rates form primordial empirical data that give us information about tree effective migration abilities. They could be integrated within vegetation distribution models as well as embolism thresholds leading to tree mortality.

Le motif du palmier, qui apparaît dès la fin du IVe millénaire av. J.-C. en Égypte et en Mésopotamie, connaît une très large diffusion dans la Méditerranée antique, durant les second et premier millénaires av. J.-C. Il s’inscrit dans la tradition artistique, culturelle et religieuse d’un grand nombre de régions : le Levant, l’île de Chypre, la Grèce, la Méditerranée occidentale. Bâtie sur ce champ d’étude, géographiquement et chronologiquement très large, cette thèse examine la répartition du motif résultant de contacts et d’échanges entre les différentes civilisations et met en lumière l’élaboration d’une iconographie spécifique, propre à chacune d’entre elles. Certains développements symboliques – tels l’aspect cultuel du palmier et le rapprochement ou l’assimilation de l’arbre avec l’être humain, et plus particulièrement avec la femme –, apparaissent récurrents et permettent d’examiner la question de la continuité, ou non, du motif dans les différents groupes d’images étudiées et la façon dont la vision de l’arbre se manifeste dans chacune des civilisations. / The pattern of the palm-tree, which appears as soon as the end of the IVth millennium BC in both Egypt and Mesopotamia, experiences a vast diffusion across the Ancient Mediterranean world during the IInd and Ist millennium BC. Its style situates it in the artistic, cultural, and religious tradition of a large number of regions: the Levant, Cyprus island, Ancient Greece, and the Western Mediterranean. This thesis, built on wide geographical and chronological fields of study, investigates the geographical distribution of the pattern arising from contacts and exchanges between various civilizations and highlights how a specific iconography, proper to each civilization, has been elaborated. Some symbolic developments, such as the religious aspect of the palm-tree and the connection or assimilation of the tree to humans, in particular to women, appear recurrent and allow one to address the question of the continuity of the pattern in various picture samples and the way the view of the tree manifests itself in each of these civilizations.

Le phénomène d'îlot de chaleur urbain engendre de l'inconfort thermique auprès des habitants. Améliorer le microclimat en zone urbaine est donc l'une des préoccupations des aménageurs. La végétalisation des villes s'avère une solution prometteuse, car l'évapotranspiration des plantes etles ombres portées des arbres ont un impact significatif sur le bilan thermique de l'atmosphère alentour. Un défi majeur aujourd'hui est le développement d'un modèle de simulation microclimatique capable de reproduire les conditions climatiques d'une rue, voire d'un quartier urbain végétalisé, dans l'objectif de proposer un outil d'aide à la décision pour l'aménagement des villes durables. L'objectif de cette thèse est d'étudier comment prendre en compte la végétation et plus particulièrement les arbres, dans un modèle microclimatique 30 afin de simuler le microclimat d'un quartier. Deux modèles, LASER/F et RATP sont appliqués à l'échelle d'un arbre et d'un parc urbain pour mener à bien cette étude. / The urban heat island phenomenon causes thermal discomfort to residents. lmproving the microclimate in urban areas is therefore one of the concerns of urban plan ners. The greening of cities (with lawns, trees, green roofs, etc.) is a promising solution, as the transpiration of plants and the shadows of trees have a significant impact on the thermal balance of the surrounding atmosphere. This act must be planned to optimize the benefits of vegetation. A key challenge today is thus the development of a microclimatic simulation model capable of reproducing the climatic conditions of a street, or even a vegetated urban neighborhood, with the aim of proposinga decision support tool for the development of sustainable cities. The aim of this thesis is to study how to consider vegetation and especially trees, in a 30 microclimatic model to simulate the microclimate of a neighborhood. Two models, LASER/F and RATP were applied at the scale of a tree and an urban park to carry out this study.

Une utilisation efficace et coordonnée des systèmes installés dans le bâtiment doit permettre d’améliorer le confort des occupants tout en consommant moins d’énergie. Ces objectifs à optimiser sont pourtant antagonistes. Le problème résultant peut être alors vu comme un problème d’optimisation multicritères. Par ailleurs, pour répondre aux enjeux industriels, il devra être résolu non seulement dans une optique d’implémentation simple et peu coûteuse, avec notamment un nombre réduit de capteurs, mais aussi dans un souci de portabilité pour que le contrôleur résultant puisse être implanté dans des bâtiments d’orientation différente et situés dans des lieux géographiques variés.L’approche choisie est de type commande prédictive (MPC, Model Predictive Control) dont l’efficacité pour le contrôle du bâtiment a déjà été illustrée dans de nombreux travaux, elle requiert cependant des efforts de calcul trop important. Cette thèse propose une méthodologie pour la synthèse des contrôleurs, qui doivent apporter une performance satisfaisante en imitant les comportements du MPC, tout en répondant à des contraintes industriels. Elle est divisée deux grandes étapes :1. La première étape consiste à développer un contrôleur MPC. De nombreux défis doivent être relevés tels que la modélisation, le réglage des paramètres et la résolution du problème d’optimisation.2. La deuxième étape applique différents algorithmes d’apprentissage automatique (l’arbre de décision, AdaBoost et SVM) sur une base de données obtenue à partir de simulations utilisant le contrôleur prédictif développé. Les grands points levés sont la construction de la base de données, le choix de l’algorithme de l’apprentissage et le développement du contrôleur logique.La méthodologie est appliquée dans un premier temps à un cas simple pour piloter un volet,puis validée dans un cas plus complexe : le contrôle coordonné du volet, de l’ouvrant et dusystème de ventilation. / An efficient and coordinated control of systems in buildings should improve occupant comfort while consuming less energy. However, these objectives are antagonistic. It can then be formulated as a multi-criteria optimization problem. Moreover, it should be solved not only in a simple and cheap implementation perspective, but also for the sake of adaptability of the controller which can be installed in buildings with different orientations and different geographic locations.The MPC (Model Predictive Control) approach is shown well suited for building control in the state of the art but it requires a big computing effort. This thesis presents a methodology to develop logical controllers for equipments in buildings. It helps to get a satisfactory performance by mimicking the MPC behaviors while dealing with industrial constraints. Two keys steps are required :1. In the first step, an optimal controller is developed with hybrid MPC technique. There are challenges in modeling, parameters tuning and solving the optimization problem.2. In the second step, different Machine Learning algorithms (Decision tree, AdaBoost, SVM) are tested on database which is obtained with the simulation with the MPC controller. The main points are the construction of the database, the choice of learning algorithm and the development of logic controller.First, our methodology is tested on a simple case study to control a blind. Then, it is validatedwith a more complex case : development of a coordinated controller for a blind, natural ventilationand mechanical ventilation.

La théorie de l’évolution repose sur la biologie moderne. Toutes les nouvelles espèces émergent d’une espèce existante. Il en résulte que différentes espèces partagent une ascendance commune, telle que représentée dans la classification phylogénétique. L’ascendance commune peut expliquer les similitudes entre tous les organismes vivants, tels que la chimie générale, la structure cellulaire, l’ADN comme matériau génétique et le code génétique. Les individus d’une espèce partagent les mêmes gènes mais (d’ordinaire) différentes séquences d’allèles de ces gènes. Un individu hérite des allèles de leur ascendance ou de leurs parents. Le but des études phylogénétiques est d’analyser les changements qui se produisent dans différents organismes pendant l’évolution en identifiant les relations entre les séquences génomiques et en déterminant les séquences ancestrales et leurs descendants. Une étude de phylogénie peut également estimer le temps de divergence entre les groupes d’organismes qui partagent un ancêtre commun. Les arbres phylogénétiques sont utiles dans les domaines de la biologie, comme la bio informatique, pour une phylogénétique systématique et comparative. L’arbre évolutif ou l’arbre phylogénétique est une exposition ramifiée les relations évolutives entre divers organismes biologiques ou autre existence en fonction des différences et des similitudes dans leurs caractéristiques génétiques. Les arbres phylogénétiques sont construits à partir de données moléculaires comme les séquences d’ADN et les séquences de protéines. Dans un arbre phylogénétique, les nœuds représentent des séquences génomiques et s’appellent des unités taxonomiques. Chaque branche relie deux nœuds adjacents. Chaque séquence similaire sera un voisin sur les branches extérieures, et une branche interne commune les reliera à un ancêtre commun. Les branches internes sont appelées unités taxonomiques hypothétiques. Ainsi, les unités taxonomiques réunies dans l’arbre impliquent d’être descendues d’un ancêtre commun. Notre recherche réalisée dans cette dissertation met l’accent sur l’amélioration des prototypes évolutifs appropriés et des algorithmes robustes pour résoudre les problèmes d’inférence phylogénétiques et ancestrales sur l’ordre des gènes et les données ADN dans l’évolution du génome complet, ainsi que leurs applications.[...] / The theory of evolution is based on modern biology. All new species emerge of an existing species. As a result, different species share common ancestry,as represented in the phylogenetic classification. Common ancestry may explainthe similarities between all living organisms, such as general chemistry, cell structure,DNA as genetic material and genetic code. Individuals of one species share the same genes but (usually) different allele sequences of these genes. An individual inheritsalleles of their ancestry or their parents. The goal of phylogenetic studies is to analyzethe changes that occur in different organisms during evolution by identifying therelationships between genomic sequences and determining the ancestral sequences and theirdescendants. A phylogeny study can also estimate the time of divergence betweengroups of organisms that share a common ancestor. Phylogenetic trees are usefulin the fields of biology, such as bioinformatics, for systematic phylogeneticsand comparative. The evolutionary tree or the phylogenetic tree is a branched exposure the relationsevolutionary between various biological organisms or other existence depending on the differences andsimilarities in their genetic characteristics. Phylogenetic trees are built infrom molecular data such as DNA sequences and protein sequences. Ina phylogenetic tree, the nodes represent genomic sequences and are calledtaxonomic units. Each branch connects two adjacent nodes. Each similar sequencewill be a neighbor on the outer branches, and a common internal branch will link them to acommon ancestor. Internal branches are called hypothetical taxonomic units. Thus,Taxonomic units gathered in the tree involve being descended from a common ancestor. Ourresearch conducted in this dissertation focuses on improving evolutionary prototypesappropriate and robust algorithms to solve phylogenetic inference problems andancestral information about the order of genes and DNA data in the evolution of the complete genome, as well astheir applications.

Les dépérissements forestiers rapportés dans la littérature ont fortement augmenté durant la dernière décennie. Si cette augmentation semble attribuable au moins en partie aux changements globaux, les mécanismes écophysiologiques sous jacents restent encore mal connus. La littérature sur ce sujet a initialement permis de dégager deux principales hypothèses sur les mécanismes fonctionnels à l’œuvre lors d’un dépérissement : un manque de réserves carbonées et un dysfonctionnement du système hydraulique. Ces deux hypothèses ne sont pas mutuellement exclusives, ni exhaustives : les fonctionnements carboné et hydraulique interagissent à de multiples niveaux, et une implication du cycle interne de l’azote n’est pas à exclure. L’objectif principal de cette thèse est de documenter les mécanismes écophysiologiques à l’œuvre dans un dépérissement de hêtres (Fagus sylvatica L.) matures en forêt de Fontainebleau, lié principalement à des sécheresses répétées. Le dépérissement a ici été étudié en dehors de fortes contraintes climatiques. Ce sont donc majoritairement des arrières-effets de stress passés qui ont été renseignés. Au cours de ce travail, une approche intégrant des aspects hydraulique, carboné et azoté du fonctionnement du système arbre-sol a été adoptée afin de développer une vision intégrée de l’impact du dépérissement sur les grandes fonctions de l’arbre. Le transfert de composés de l’arbre vers le sol via la rhizodéposition a également été pris en compte. En dehors de périodes de stress, le fonctionnement des arbres sains et dépérissants à l’échelle de l’organe est similaire, à l’exception d’une diminution de la croissance radiale du tronc chez les arbres dépérissants. Au niveau du tronc, la croissance radiale apparait donc comme la variable d’ajustement des arbres dépérissants à une assimilation de carbone diminuée du fait de la détérioration de l’état de santé du houppier. Suite à une contrainte hydrique modérée, les arbres dépérissants présentent un déficit en réserves carbonées par rapport aux arbres sains dans certains organes. Ce déficit se trouve compensé après une année favorable. Une forte résilience des concentrations en réserves carbonées pourrait expliquer la capacité des arbres dépérissants à survivre de nombreuses années avec un houppier très endommagé. Des différences de proportion et de structure des rayons ligneux détectées entre les arbres sains et dépérissants laissent entrevoir l’intérêt qu’aurait dans le futur l’étude de caractéristiques anatomiques fonctionnelles dans le xylème. De plus, une approche rétrospective grâce aux cernes permettrait d’affiner notre compréhension de la mise en place du dépérissement à long terme. Par ailleurs, une étude actuellement en cours sur la structure des communautés microbiennes de la rhizosphère devrait permettre de compléter notre connaissance de l’impact du dépérissement sur les relations arbre-sol. / The cases of forest decline reported in the literature have strongly increased during the last decade. This increase seems at least in part attributable to global change. However, the ecophysiological mechanisms underlying tree declines remain poorly understood. Two main hypotheses initially emerged from the recent literature: a deficit of carbon reserve compounds, or a failure of the hydraulic system of the tree. These hypotheses are not mutually exclusive, nor exhaustive: multiple couplings exist between the carbon and hydraulic functionings, and the internal nitrogen cycle of the trees could also be involved in tree decline. The main objective of this work was to document the ecophysiological mechanisms underlying a case of mature beech (Fagus sylvatica L.) drought-related decline in the Fontainebleau state forest. The decline was studied under non extreme climatic conditions. Therefore, we documented maily after-effects of past stresses. In this thesis, we developed an approach integrating the hydraulic, carbon and nitrogen aspects of functioning of the tree-soil system. The transfer of carbon compounds from tree roots to soil via the rhizodeposition process was also taken into account. Under non-stressful conditions, the functioning of healthy and declining trees is similar at the organ level, apart from a decreased stem radial growth in declining trees. In the trunk, radial growth thus appears to be the “adjustment variable” of declining trees in response to a lower whole-tree carbon assimilation due to their severely thinned crowns. Our results show that after a moderate hydric constraint, declining trees show a carbon reserve deficit in some organs compared to healthy trees. This deficit is compensated after a favourable year. A high resilience of carbon reserve concentrations could explain the ability of declining trees to survive for several years with a strongly reduced whole-tree leaf area. Healthy and declining trees presented different parenchyma ray proportions and structures in the stem xylem. Therefore, it could be interesting to study functional anatomical features in the future. Besides, tree rings characteristics could offer an insightful retrospective view of the history of this decline. Furthermore, an ongoing study on the structure of the microbial communities in the rhizosphere of healthy and declining trees will improve our knowledge about the impact of tree decline on the tree-soil interactions.

La peste des petits ruminants (PPR), causée par un Morbillivirus, est l'infection virale la plus grave des caprins et ovins. Elle est largement répandue en Asie, au Moyen Orient et en Afrique. En Afrique elle est en émergence au nord et au sud du continent et représente un facteur majeur d'insécurité alimentaire pour la population agricole (70% des populations pauvres des régions considérées). La PPR est un modèle d'étude des maladies transfrontalières ; sa diffusion est très liée aux mouvements régionaux d'animaux vivants. La compréhension de cette diffusion est une condition essentielle à la mise en place de mesures de contrôle efficaces (vaccination, quarantaine, contrôle aux frontières,…). A notre connaissance aucune étude n'a été entreprise pour connaître l'ampleur de la diversité génétique du PPRv au cours d'infections naturelles de petits ruminants et l'accumulation des mutations virales dans un circuit de diffusion. Or dans les pays d'élevages extensifs tropicaux l'identification et la traçabilité animale sont inexistantes, ce qui rend difficile reconstruction des circuits de diffusion des animaux et du virus. Dans ces conditions, la diversité génétique du virus peut être utilisée comme marqueur de diffusion épidémiologique. L'objectif de cette thèse est d'utiliser la variabilité génétique du PPRV pour caractériser les lignées virales circulantes et retracer les processus de transmission du virus à travers un large territoire centré sur le Sénégal. En analysant 2 gènes de PPR nous avons estimé la vitesse d'évolution du virus sur une période de 4 années comprise en 2010 et 2014.Les résultats montrent que les premières souches de la lignée 2 de PPRv ont été introduites en 2005 au Sénégal et dans les pays voisins. L'horloge moléculaire et l'arbre phylogéographique rapportés ici indiquent clairement que la lignée II maintenant enzootique en Afrique de l'ouest prend son origine au Nigeria. Les mouvements trans-africains à l'origine du déplacement est-ouest de la lignée II trouvent leur origine dans le commerce de bétail à la croisée des frontières, une évidence économique et culturelle en Afrique de l'Ouest.Mots clés : peste des petits ruminants ; gène viral ; mutation virale ; circuit de transmission ; phylogénie ; phylogéographie ; surveillance épidémiologique, Sénégal. / Peste des petits ruminants (PPR), caused by a Morbillivirus is one of the most important viral infections in sheep and goats. It is widely spread in Asia, Middle East and Africa. In Africa, it is an emerging disease in the north and the south of the continent. It is a major factor of food insecurity for the farming population (70% of the poor population in the tropical regions). PPR is a study model of transboundary diseases; its spread is highly related to regional movements of livestock. Understanding the spread of PPR is an essential condition for the implementation of efficient control measures (vaccination, quarantine, border controls etc.). Up to our knowledge, no studies have investigated the range of genetic diversity of PPR virus (PPRv) during natural infections in small ruminants and the accumulation of virus mutations during its spread. Further on, in tropical countries with extensive farming, animal identification and traceability are a current problem. In such conditions, the genetic diversity of the PPRv can be used as a marker of animal movement and spread of the virus. The objective of this study was to investigate the genetic diversity of the PPRv in order to characterise the actual viral lineages and to retrace the transmission of the virus in Senegal and its surrounding countries. Analyzing two complete viral genes of the PPR, we have estimated the rate of evolution of this virus, in a four year period, between 2010 and 2014. The results of the study show that the first strains of lineage II of PPRv have been introduced in 2005 in Senegal and its surrounding countries. Molecular clock analysis and phylogeographical reconstitution of the PPRv indicate that the lineage II, actually enzootique in western Africa, has its origins in Nigeria. This viral introduction from the direction east towards west, corresponds to the transboundary movement and commerce of livestock in the countries of western Africa, which represents the economic and cultural tradition of the people of this region.Key words: Peste des petits ruminants, viral gene, virus mutation, transmission, phylogeny, phylogéographie, epidemiosurveillance, Senegal, West Africa

Le bois de tension est un tissu développé par les angiospermes afin de redresser ou de maintenir leur position verticale. Ce tissu génère de fortes contraintes de tension capables de courber un tronc vers le haut. Dans la littérature, l’anatomie du bois de tension est caractérisée par la présence d’une couche gélatineuse (couche G) non lignifiée dans la paroi des fibres. Cette thèse vise à étudier la diversité anatomique du bois de tension ainsi que les mécanismes de génération des contraintes de tension associés et les éventuelles variations de l’efficience du redressement, afin de comprendre comment les arbres se redressent. Elle s’appuie sur des observations anatomiques sur 291 espèces tropicales, sur des estimations de contraintes de maturation sur arbres adultes ainsi que sur une nouvelle méthode d’estimation des contraintes de maturation sur des individus juvéniles artificiellement inclinés et tuteurés en serre. Nos résultats montrent que la couche G est présente dans la majorité des espèces, bien qu’elle soit majoritairement masquée par de la lignine. Dans un faible nombre d’espèces, la couche G est absente du bois de tension. Dans ces espèces, le mécanisme de génération des contraintes de tension implique l’interaction du bois avec l’écorce. Bien que la contrainte de tension soit générée dans des compartiments distincts (le bois et/ou l’écorce), ces deux mécanismes de génération des contraintes de tension ont une efficience de redressement similaire dans le stade juvénile. Les résultats de cette étude ouvrent de nouvelles perspectives de recherche, notamment sur le rôle fonctionnel de la lignine dans la couche G. / Tension wood is a tissue developed by angiosperms to upright or maintain their vertical position. This tissue generates a strong tensile stress able to curve the stem upwards. In the literature, tension wood anatomy is characterized by the presence of an unlignified gelatinous layer (G-layer) in the fibre cell wall. The aims of this thesis are to study the anatomical diversity of tension wood as well as the associated mechanisms of tensile stress generation and eventual variations of uprighting efficiency in order to understand how trees upright. This thesis relies on anatomical observations of 291 tropical species, on estimations of maturation strain on adult trees and on estimations of maturation strain on artificially tilted young trees tied to a pole in a greenhouse. Our results show that the G-layer is present in the majority of the species, although it is mainly hidden by lignin. The G-layer is absent in tension wood of a few number of species. In these species, the mechanism of tensile stress generation involves the interaction of wood and bark. Although tensile stress is generated in separated tissues (wood and/or bark), these two mechanism of tensile stress generation show a similar efficiency of uprighting in juvenile trees. Results of this study open new prospects of research, including on functional role of lignin in the G-layer.

L'objectif principal de ma thèse a été la caractérisation de l'histoire évolutive des voies de signalisation au travers d'une double approche: (i) l'analyse phylogénétique de leurs composés; et (ii) l'identification et la caractérisation de leurs interactions par l'analyse des interactomes d'organismes modèles. Or, bien que de nombreux outils soient disponibles pour la reconstruction d'arbres de gènes individuels, peu de méthodes ont été développées pour l'étude d'un ensemble de protéines impliquées dans un même processus cellulaire. Pourtant, au sein de la cellule, la plupart des protéines agissent en interaction avec d'autres protéines. Dans un premier temps, j'ai étudié l'histoire évolutive de la famille des PI3K (Phosphatidylinositol 3-kinases). Cette première analyse phylogénétique détaillée m'a permis de mettre en place une méthodologie applicable aux voies de signalisation. Un problème important rencontré dans cette étude a consisté en la sélection de transcrits alternatifs et ceci m'a conduit à développer un logiciel dédié nommé BATfinder (\Best Aligned Transcript finder). Dans le but d'étudier la voie de signalisation AKT/mTOR, j'ai effectué l'implémentation de la méthodologie validée avec les PI3K. Cette implémentation a pris la forme d'un pipeline automatique nommé EPINe (Easy Phylogenetics for Interaction Networks). Ce pipeline est théoriquement utilisable pour l'analyse phylogénétique de tout réseau métabolique eucaryote / The main goal of my thesis was the characterization of the evolutionary history of signalling pathways through a twofold approach: (i) the phylogenetic analysis of their components; and (ii) the identification and characterization of their interactions by the analysis of model organisms interactomes. While many tools are available for single genes tree reconstruction, only a few methods have been developed for the study of a set of proteins involved in the same cellular process. However, inside the cell, most of proteins interact with others.Initially, I studied the evolutionary history of the PI3K family (Phosphati-dylinositol 3-kinases). This first detailed phylogenetic analysis allowed me to set up a methodology suitable for signalling pathways. One of the important problems encountered in this study was the selection of alternative transcripts and this led me to develop a software called BATfinder (Best Aligned Transcript finder ). In order to study the AKT/mTOR signalling pathway, I have implemented the methodology previously validated with PI3Ks. This implementation was carried out as an automated pipeline called EPINe (Easy Phylogenetics for Interaction Networks). This pipeline is theoretically usable for the phylogenetic analysis of any eukaryotic metabolic network