Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-10-02T14:31:15Z No. of bitstreams: 6 Dissertação - Camila Regina do Vale - 2012.pdf: 3235850 bytes, checksum: 687e2cdf37b9bac962f29a62c285b353 (MD5) Dissertação - Camila Regina do Vale - pt 1.pdf: 149467 bytes, checksum: 7f1815d7489ba931bb9892b778028608 (MD5) Dissertação - Camila Regina do Vale - pt 2.pdf: 213195 bytes, checksum: d971df42608e298f9a5b9ef182198144 (MD5) Dissertação - Camila Regina do Vale - pt 3.pdf: 135423 bytes, checksum: 05f3ace3a177dce48ae73b89c7dcafa5 (MD5) Dissertação - Camila Regina do Vale - pt 4.pdf: 209379 bytes, checksum: 0d8927034cc8da946756c3ffc2fd1539 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-10-02T15:58:36Z (GMT) No. of bitstreams: 6 Dissertação - Camila Regina do Vale - 2012.pdf: 3235850 bytes, checksum: 687e2cdf37b9bac962f29a62c285b353 (MD5) Dissertação - Camila Regina do Vale - pt 1.pdf: 149467 bytes, checksum: 7f1815d7489ba931bb9892b778028608 (MD5) Dissertação - Camila Regina do Vale - pt 2.pdf: 213195 bytes, checksum: d971df42608e298f9a5b9ef182198144 (MD5) Dissertação - Camila Regina do Vale - pt 3.pdf: 135423 bytes, checksum: 05f3ace3a177dce48ae73b89c7dcafa5 (MD5) Dissertação - Camila Regina do Vale - pt 4.pdf: 209379 bytes, checksum: 0d8927034cc8da946756c3ffc2fd1539 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-10-02T15:58:36Z (GMT). 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The species has been used in Brazil for culinary purposes and in folk medicine to treat arthritis, gastric dysfunction, inflammation and respiratory diseases. Due to the spreading use of this plant as a therapeutic resource and food, the present study aimed to evaluate the toxic, genotoxic, recombinogenic and antigenotoxic effects of Hymenaea courbaril sap (Hycs) using the mouse bone marrow micronucleus test and somatic mutation and recombination test (SMART) in Drosophila melanogaster. To evaluate the clastogenic and aneugenic activities by micronucleos test the animals were treated with 3 concentrations of Hycs (5, 10 and 15 mL/kg body weight). To evaluate the anti-clastogenic and anti-aneugenic activities, the animals were simultaneously treated with Hycs and mitomycin C (4mg/kg body weight). To evaluate the mutagenic and recombinogenic activities by SMART, three-day-old larvae derived from standard (ST) and high bioactivation (HB) crosses were treated with 3 doses of Hycs (0.3, 1.5 or 3 mL) for approximately 48 hours. To evaluate the antimutagenic and antirecombinogenic activities, larvae derived from both crosses were cotreated with 3 doses of Hycs (0.3, 1.5 or 3 mL) and doxorubicin (0.125 mg/mL). Our results in the mouse bone marrow micronucleus test showed that SHyc exhibited no cytotoxic, clastogenic and/or aneugenic effects, but showed anticytotoxic, anti-clastogenic and /or anti-aneugenic activities in mouse bone marrow. The results for the SMART test showed no mutagenic and recombinagenic effects, but antimutagenic and anti-recombinogenic activities were found in both crosses in somatic cells of Drosophila melanogaster. / Hymenaea courbaril L. (família Fabaceae), popularmente conhecida no Brasil como jatobá, é uma espécie tropical que ocorre na floresta semi-decídua da América do Sul. A espécie tem sido utilizada no Brasil para fins culinários e na medicina popular para tratar artrite, disfunção gástrica, inflamação e doenças respiratórias. Devido ao uso generalizado dessa planta como um recurso terapêutico e alimentar, o presente estudo teve como objetivo avaliar os efeitos tóxicos, genotóxicos, recombinogênicos e antigenotóxicos da seiva de Hymenaea courbaril (SHyc), usando o teste do micronúcleo em medula óssea de camundongo e o teste de recombinação e mutação somática (SMART) em Drosophila melanogaster. Para avaliar a ação clastogênica e aneugênica pelo ensaio do micronúcleo, os animais foram tratados com 3 concentrações de SHyc (5, 10 e 15 mL/kg de peso corporal). Para avaliar a atividade anticlastogênica e antianeugênica , os animais foram tratados simultaneamente com SHyc e mitomicina C (4mg/kg de peso corporal). Para avaliar as atividades mutagênica e recombinagênica pelo teste SMART, larvas de terceiro estágio provenientes dos cruzamentos padrão (ST) e alta bioativação (HB) foram tratadas com 3 doses de SHyc (0,3; 1,5 ou 3 mL), por aproximadamente 48 horas. Para avaliar a atividade antimutagênica e anti-recombinogênica, larvas provenientes de ambos os cruzamentos foram co-tratadas com 3 doses de SHyc (0,3, 1,5 ou 3 mL) e doxorubicina (0,125 mg/mL). Nossos resultados para o teste do micronúcleo em medula óssea de camundongos mostraram que SHyc não apresentou efeitos citotóxicos, clastogênicos e/ou aneugênicos , mas apresentou atividade ancitotóxica, anticlastogênica e/ou antianeugênica em medula óssea de camundongos. Os resultados para o teste SMART/asa não demonstraram efeitos mutagênicos e recombinagênicos, mas a acão antimutagênica e anti-recombinogênica foi evidenciado em células somáticas de Drosophila melanogaster.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-26T14:13:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_OcorrenciaInibidoresGlicosidases.pdf: 1615955 bytes, checksum: e4e867ae51e2f86d8696bdefc6c32c14 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-27T13:39:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_OcorrenciaInibidoresGlicosidases.pdf: 1615955 bytes, checksum: e4e867ae51e2f86d8696bdefc6c32c14 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-27T13:39:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_OcorrenciaInibidoresGlicosidases.pdf: 1615955 bytes, checksum: e4e867ae51e2f86d8696bdefc6c32c14 (MD5) Previous issue date: 2015-08-13 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / FAPESPA - Fundação Amazônia de Amparo a Estudos e Pesquisas / As cianobactérias apresentam-se como uma nova fonte de metabólitos secundários para produção de bioprodutos em diversos setores industriais, sendo utilizadas, principalmente, devido ao seu fácil cultivo, com utilização de poucas fontes nutricionais, assim como uma grande produção de biomassa. Ainda não se tem muitos relatos na literatura de cianobactérias amazônicas, assim como de seus metabólitos e seu uso em bioprodutos. Glicosidases são enzimas de extrema importância como alvos para desenvolvimento de fármacos que são utilizados para o tratamento de diversas patologias assim como seus inibidores. O presente trabalho teve como objetivo identificar em 24 amostras de cianobactérias e microalgas provenientes dos estados do Tocantins e do Amapá, os isolados que produzem esses inibidores, assim como extrair, fracionar e identificar os mesmos. Inicialmente, o teste de detecção em placa de petri, com o substrato esculina, para inibidores de glicosidase foi padronizado, bem como a metodologia de extração. Como resultado observou-se atividade inibitória de glicosidase em extrato bruto e na fração metanólica de quatro culturas (Synechococcus sp, Monoraphydium, P29 e Limnotrix sp), não foi detectada atividade inibitória nas frações aquosas de nenhuma cultura. Duas frações metanólicas que apresentaram atividade foram selecionadas para a realização de ensaio de potencial inibitório frente α–glicosidase com o substrato p-nitrofenil α-D-glicopiranosídeo e β–glicosidase com o substrato p-nitrofenil β-D-glicopiranosídeo, onde ambas amostras apresentaram maior porcentagem de inibição para α-glicosidase em relação a β-glicosidase. / Cyanobacteria are presented as a new source of secondary metabolites for the production of bio-products in many industrial sectors and are used primarily because of its easy cultivation, using few nutritional sources, as well as a large biomass production. Until now we don't have many report in literature of cyanobacteria from amazon, as well as their metabolites and their use in bioproducts. Glycosidases are enzymes of extreme importance as targets for developing drugs that are used for the treatment of various diseases, as well as their inhibitors. This study aimed to identify 24 samples of cyanobacteria and microalgae from the states of Tocantins and Amapá, isolates that produce these inhibitors, as well as extract, fractionate and identify them. Initially, the detection test in petri dishes with esculin the substrate for glycosidase inhibitors has been standardized and the extraction methodology. As a result there was glucosidase inhibitory activity of crude extract and the methanol fraction of four samples (Synechococcus sp, Monoraphydium, P29 and Limnotrix sp), inhibitory activity was detected in the aqueous fractions of any culture. Two methanolic fractions that showed activity was selected for potential assay conducting inhibiting α-glycosidase face with the substrate p-nitrophenyl α-D-glucopyranoside and β-glucosidase to the substrate p-nitrophenyl β-D-glucopyranoside, where both samples had a higher percentage of inhibition for α-glucosidase compared to β-glucosidase.

Para analisar cepas de Salmonella ser. Typhimurium isoladas de processos entéricos e extraintestinais humanos ocorridos no período de 1970 a 2008 de diferentes regiões do país foram selecionadas, com base nos registros contidos no banco de dados do Laboratório de Enterobactérias do IOC/FIOCRUZ, RJ, amostras do fagotipo prevalente 193, visando precipuamente o reconhecimento de clones epidêmicos. Foram selecionadas 553 cepas de Salmonella ser. Typhimurium fagotipo 193 representadas por 91, 65, 70 e 327 amostras referentes as décadas de 70, 80, 90 e ao período de 2000 a 2008, respectivamente. Na análise global da sensibilidade destas cepas, 52% apresentaram um ou mais marcadores de resistência a antibióticos incluídos no perfil ACSSuT. Este perfil de resistência completo foi verificado em 20,9% dos isolados, sendo os 21,9% restantes, sensíveis a todas as drogas testadas, especialmente no período de 2000 a 2008, representadas por 121 amostras (37,0%) em relação as 327 culturas dessa época. O maior percentual de resistência foi observado nas amostras da década de 70 (99%) sendo o perfil ACSSuT detectado em 35,2% dos isolados, ressaltando-se que todas as amostras foram isoladas de processos gastroentéricos ocorridos na cidade de São Paulo. Ao longo das quatro décadas de estudo, descreve-se um ponto de ruptura entre a prevalência de resistência e a suscetibilidade na transição entre as décadas de 80 e 90. Embora o número de isolados de Salmonella ser. Typhimurium fagotipo 193 tenha aumentado no último período considerado, o percentual de mono e multirresistência aos antimicrobianos se situou em nível elevado (63,0%). A análise do polimorfismo obtido após macrorrestrição com a enzima XbaI revelou que cepas isoladas na década de 90 apresentaram elevado percentual de similaridade (≥85%) com cepas isoladas recentemente (período de 2000-2008), sendo agrupadas nos mesmos subclusters. Por outro lado, as cepas da década de 70 inserem-se em subclusters independentes, embora o percentual de similaridade entre tais subclusters e os demais seja ≥70%; o mesmo sendo observado para as cepas isoladas durante a década de 80. Em conclusão, este estudo mostrou que a prevalência de isolados humanos de Salmonella ser. Typhimurium fagotipo 193 no Brasil vem progredindo desde a década de 1990, enquanto a detecção do modelo R (ACSSuT) está diminuindo e a avaliação através da PFGE indicou a presença de multiplicidade de perfis de macrorrestrição no fagotipo 193, entretanto com elevados percentuais de similaridade entre si, sugerindo alguma clonalidade, tendo em vista o período entre o isolamento e a análise / To analyze strains of Salmonella ser. Typhimurium isolated from human cases of enteric and extraintestinal occurred during the period 1970 to 2008 of different regions of Brazil were selected, based on records in the database from Enterobacteria Laboratory of IOC / FIOCRUZ, RJ, samples prevalent phage type 193 in order to recognition of epidemic clones. We selected 553 strains of Salmonella ser. Typhimurium phage type 193 represented by 91, 65, 70 and 327 samples concerning the 1970s, 1980s, 1990s and the period from 2000 to 2008, respectively. In a global analysis of the sensitivity of these strains, 52% had one or more antibiotic resistance markers included in the profile ACSSuT. This resistance profile was found complete in 20.9% of isolates and the remaining 21.9%, sensitive to all drugs tested, especially in the period 2000 to 2008, represented by 121 samples (37.0%) compared the 327 cultures of that time. The highest percentage of resistance was observed in the samples of the 70 (99%) being the profile ACSSuT detected in 35.2% of isolates, emphasizing that all strains were isolated from gastrointestinal processes occurring in São Paulo city. Over the four decades of study, we describe a breaking point between the prevalence of resistance and susceptibility in the transition between the 1980s and 1990s. Although the number of isolates of Salmonella ser. Typhimurium phage type 193 has increased in the last period, the percentage of mono-and multidrug resistance to antimicrobial agents stood at high level (63.0%). The analysis of polymorphism obtained after macrorestriction with the enzyme XbaI showed that isolates in the 1990s showed a high percentage of similarity (≥ 85%) with strains isolated recently (2000-2008) and are grouped in the same subclusters. Moreover, the strains of the 1970s fall into subclusters independent, although the percentage of similarity between such subclusters and the other is ≥ 70%, the same was observed for the strains isolated during the 1980s. In conclusion, this study showed that the prevalence of human isolates of Salmonella ser. Typhimurium phage type 193 in Brazil has been progressing since the 1990s, while the detection of R model (ACSSuT) is decreasing and evaluation by PFGE indicated the presence of multiple profiles macrorestriction in phage type 193, however with high percentages of similarity, suggesting some clonality in view the period between isolation and analysis

Para analisar cepas de Salmonella ser. Typhimurium isoladas de processos entéricos e extraintestinais humanos ocorridos no período de 1970 a 2008 de diferentes regiões do país foram selecionadas, com base nos registros contidos no banco de dados do Laboratório de Enterobactérias do IOC/FIOCRUZ, RJ, amostras do fagotipo prevalente 193, visando precipuamente o reconhecimento de clones epidêmicos. Foram selecionadas 553 cepas de Salmonella ser. Typhimurium fagotipo 193 representadas por 91, 65, 70 e 327 amostras referentes as décadas de 70, 80, 90 e ao período de 2000 a 2008, respectivamente. Na análise global da sensibilidade destas cepas, 52% apresentaram um ou mais marcadores de resistência a antibióticos incluídos no perfil ACSSuT. Este perfil de resistência completo foi verificado em 20,9% dos isolados, sendo os 21,9% restantes, sensíveis a todas as drogas testadas, especialmente no período de 2000 a 2008, representadas por 121 amostras (37,0%) em relação as 327 culturas dessa época. O maior percentual de resistência foi observado nas amostras da década de 70 (99%) sendo o perfil ACSSuT detectado em 35,2% dos isolados, ressaltando-se que todas as amostras foram isoladas de processos gastroentéricos ocorridos na cidade de São Paulo. Ao longo das quatro décadas de estudo, descreve-se um ponto de ruptura entre a prevalência de resistência e a suscetibilidade na transição entre as décadas de 80 e 90. Embora o número de isolados de Salmonella ser. Typhimurium fagotipo 193 tenha aumentado no último período considerado, o percentual de mono e multirresistência aos antimicrobianos se situou em nível elevado (63,0%). A análise do polimorfismo obtido após macrorrestrição com a enzima XbaI revelou que cepas isoladas na década de 90 apresentaram elevado percentual de similaridade (≥85%) com cepas isoladas recentemente (período de 2000-2008), sendo agrupadas nos mesmos subclusters. Por outro lado, as cepas da década de 70 inserem-se em subclusters independentes, embora o percentual de similaridade entre tais subclusters e os demais seja ≥70%; o mesmo sendo observado para as cepas isoladas durante a década de 80. Em conclusão, este estudo mostrou que a prevalência de isolados humanos de Salmonella ser. Typhimurium fagotipo 193 no Brasil vem progredindo desde a década de 1990, enquanto a detecção do modelo R (ACSSuT) está diminuindo e a avaliação através da PFGE indicou a presença de multiplicidade de perfis de macrorrestrição no fagotipo 193, entretanto com elevados percentuais de similaridade entre si, sugerindo alguma clonalidade, tendo em vista o período entre o isolamento e a análise / To analyze strains of Salmonella ser. Typhimurium isolated from human cases of enteric and extraintestinal occurred during the period 1970 to 2008 of different regions of Brazil were selected, based on records in the database from Enterobacteria Laboratory of IOC / FIOCRUZ, RJ, samples prevalent phage type 193 in order to recognition of epidemic clones. We selected 553 strains of Salmonella ser. Typhimurium phage type 193 represented by 91, 65, 70 and 327 samples concerning the 1970s, 1980s, 1990s and the period from 2000 to 2008, respectively. In a global analysis of the sensitivity of these strains, 52% had one or more antibiotic resistance markers included in the profile ACSSuT. This resistance profile was found complete in 20.9% of isolates and the remaining 21.9%, sensitive to all drugs tested, especially in the period 2000 to 2008, represented by 121 samples (37.0%) compared the 327 cultures of that time. The highest percentage of resistance was observed in the samples of the 70 (99%) being the profile ACSSuT detected in 35.2% of isolates, emphasizing that all strains were isolated from gastrointestinal processes occurring in São Paulo city. Over the four decades of study, we describe a breaking point between the prevalence of resistance and susceptibility in the transition between the 1980s and 1990s. Although the number of isolates of Salmonella ser. Typhimurium phage type 193 has increased in the last period, the percentage of mono-and multidrug resistance to antimicrobial agents stood at high level (63.0%). The analysis of polymorphism obtained after macrorestriction with the enzyme XbaI showed that isolates in the 1990s showed a high percentage of similarity (≥ 85%) with strains isolated recently (2000-2008) and are grouped in the same subclusters. Moreover, the strains of the 1970s fall into subclusters independent, although the percentage of similarity between such subclusters and the other is ≥ 70%, the same was observed for the strains isolated during the 1980s. In conclusion, this study showed that the prevalence of human isolates of Salmonella ser. Typhimurium phage type 193 in Brazil has been progressing since the 1990s, while the detection of R model (ACSSuT) is decreasing and evaluation by PFGE indicated the presence of multiple profiles macrorestriction in phage type 193, however with high percentages of similarity, suggesting some clonality in view the period between isolation and analysis

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Plasmídios são DNA extracromossômicos, com capacidade de se duplicarem de forma independente das células que os albergam, e são responsáveis pela expressão de uma variedade de características, como fatores de virulência. O material do presente estudo se constituiu da cepa receptora E. coli K12-R23, e de cepas de Klebsiella pneumoniae e de Escherichia coli, doadoras de plasmídios R e transconjugantes. O objetivo do presente estudo foi analisar os fenótipos conferidos em cepas transconjugantes de ambas bactérias pela transferência de plasmídios R de cepas doadoras para a receptora. Para a análise dos fenótipos, utilizaram-se, nas cepas do estudo, algumas variáveis: sensibilidade a antimicrobianos e a ERO, aderência a células HEp-2, e formação de slime e de biofilme. O marcador da presença de plasmídio, neste trabalho, foi a presença de resistênca à gentamicina nas cepas doadoras. Os resultados indicaram que houve transferência de plasmídio, pois as cepas transconjugantes de K. pneumoniae e de E. coli apesentaram este marcador (foram resistentes à gentamicina); além disso, as cepas transconjugantes mostraram perfis distintos da receptora em relação à sensibilidade aos antimicrobianos, às ERO, aos padrões de aderência às células HEp-2 e à formação de slime, apesar de a formação de biofilme nestas cepas não ter sofrido modificações. Observou-se, contudo, que várias características das cepas doadoras não foram encontradas nas cepas transconjugantes de E. coli e de K. pneumoniae. / Plasmids are extrachromosomal DNA that have the ability to duplicate independently of the host cells. Plasmids are responsible for the expression of a variety of characteristics of the cells, such as virulence factors. The present study utilized a receptor strain of E. Coli K12-R23 and strains of Klebsiella pneumoniae and E. coli which were R plasmids donor strains and transconjugant ones. The objective of this study was to analyze the attributed phenotypes of transconjugant strains in both bacteria caused by transference of R plasmids from the donor strains to the receptor ones. In order to analyze these phenotypes, the following variables were selected: sensitivity to antimicrobials and ROS, adherence to HEp-2 cells, and slime and biofilm structures. The marker of the presence of plasmids was gentamycin resistance in the donor strains. The observed results indicated that there was plasmid transfer; given that Klebsiella pneumoniae and E. coli strains presented the marker (e.g. they became resistant to gentamycin). Moreover, transconjugant strains have showed distinct profiles from the receptor strain concerning sensitivity to antimicrobials, ROS, adherence patterns to HEp-2 cells and slime structure. On the other hand, the biofilm structure of these strains did not present modifications. Yet, it was observed that several characteristics of the donor strains were not found in the transconjugant strains of E. coli and K. pneumoniae.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_daniela_fernandes_ramos.pdf: 1004504 bytes, checksum: d8fd2e285277928c8af06e08c3527471 (MD5) Previous issue date: 2012-11-30 / Bovine tuberculosis (BTB) caused by Mycobacterium bovis is an infectious disease of zoonotic which mainly affects cattle and buffaloes, and cause economic losses in the production of meat and milk in many countries. In Brazil, the official rates are at 1.3% of the national herd infected, corresponding to approximately 2.5 million animals. To contribute to the control of BTB, many molecular techniques have been developed in order to differentiate isolates and establish epidemiological correlations between them. Among these techniques, the most used are the Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP), Polymorphic Guanine-cytosine-Rich Sequence [1], Spoligotyping [2], Mycobacterial Interspersed Repetitive Units - Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) and Exact Tandem Repeat [3]. The spoligotyping and MIRU-VNTR are today considered standard methods of molecular techniques for typing of M. bovis. Both are based on PCR techniques that evaluate polymorphism in the number of repeat sequences present in the genome. Taking into account that the molecular characterization enables to increase our knowledge on the epidemiology of M. bovis and in tuberculosis control, this study aimed at the molecular characterization of isolates of M. bovis in the north and south of the Brazil, by isolating agent, identification of M. bovis by amplification of the region RD7 Multiplex PCR and genotyping using the techniques of spoligotyping, MIRU-VNTR and ETR. Nine-nine lymph nodes were collected from beef cattle in the north of the region and 162 dairy cattle in southern Brazil, and only 10 samples were positive for M. bovis in the north and 85 in the south region. Through analysis of molecular combination of spoligotyping and VNTR was possible to identify different genotypic patterns in the regions studied demonstrating the genetic diversity of M. bovis in our country. / A tuberculose bovina (BTB) causada pelo Mycobacterium bovis é uma doença infecto-contagiosa de caráter zoonótico que acomete principalmente bovinos e bubalinos, e causa prejuízos econômicos na produção de carne e leite em muitos países. No Brasil, os índices oficiais estão em 1,3% do rebanho nacional infectado, correspondendo a, aproximadamente, 2,5 milhões de animais. Visando contribuir para o controle da BTB, muitas técnicas moleculares vêm sendo desenvolvidas com o objetivo de diferenciar isolados e estabelecer correlações epidemiológicas entre eles. Dentre essas técnicas, as mais usadas são o Restriction Fragment Lenght Polymorphism (RFLP), Polymorphic Guanine-cytosine-Rich Sequence [1], Spoligotyping [2], Mycobacterial Interspersed Repetitive Units - Variable Number of Tandem Repeat (MIRU-VNTR) e Exact Tandem Repeat [3]. O spoligotyping e MIRU-VNTR são, hoje, considerados métodos padrões de técnicas moleculares para tipagem de M. bovis. Ambas são técnicas baseadas em PCR que avaliam o polimorfismo do número de sequências repetidas presentes no genoma. Levando em conta que a caracterização molecular possibilita aumentar nosso conhecimento na epidemiologia do M. bovis e no controle da tuberculose, este trabalho teve como objetivo a caracterização molecular de isolados de M. bovis da região norte e sul do Brasil, através do isolamento do agente, identificação de M. bovis pela amplificação da região RD7 por PCR Multiplex e genotipagem usando as técnicas de spoligotyping, MIRU-VNTR e ETR. Foram coletadas 99 linfonodos de bovinos de corte da região norte e 162 de bovinos de leite da região sul do Brasil, sendo que apenas 10 amostras foram positivas para M. bovis no norte e 85 na região sul. Através da análise molecular da combinação de spoligotyping e VNTR foi possível identificar diferentes padrões genotípicos nas regiões estudas demonstrando a diversidade genética de M. bovis no nosso país.

Made available in DSpace on 2016-08-19T17:47:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DISSERTACAO_CARLOS EDUARDO DE CASTRO PASSOS.pdf: 2150267 bytes, checksum: d1c6d6465e01f688b14c5f9beb57ae0b (MD5) Previous issue date: 2013-10-23 / Leprosy control strategies have been improving over the decades. However, in 2011, Brazil still has the largest number of leprosy cases in the Americas (93%) and ranks second case in the world, behind India and ahead of Indonesia. Strengthening this statistic is Maranhão, Brazil placed 4th in the detection of new cases, 3 children under 15 years of age and generally more prevalent in the northeast. This study aimed to analyze the epidemiological indicators recommended for monitoring and evaluation, describing strategies for leprosy control in the state of Maranhão. Thus, we developed a exploratory ecological study of the temporal evolution of the epidemiological leprosy and public policies to control the disease in the period 2002-2011. Regarding control strategies was observed that the state follows the recommendations of the Ministry of Health, however, with low resolution, the administrative and political difficulties for social abyss in which the state is. Identified the main epidemiological and operational indicators of leprosy, in which one might observe a trend of decreasing detection of new cases with strong statistical significance (R2 = 0,83, P <0,0001). On the other hand, new cases multibacillary revealed in inverse trend (R2 = 0,95, P <0,0001). Should be highlighted in the value of maintaining the proportion of cases with grade 2 disability at diagnosis generating a stable trend in the course of the study series. The analysis also showed that the ratio of new cases was significantly higher in Maranhão 74,3 / 100.000 in the country than the average 24,9 / 100.000 , with RR = 2,96 , 95% CI: 1,88 to 4,66 ; p < 0,0001 ; followed the same trajectory as the ratio of new cases in children under 15 years and the annual rate of prevalence. Regarding covariates case detection calls attention to the fall of the difference between the sexes, even keeping a significant difference with respect to male OR = 2,36 [ 95% CI 2,28 to 2,46 ] , p < 0,0001, and the stagnation of prevalence and incidence reason . It was also observed, keeping the number of cities in the five biennia hyperendemic situation of the study and the total period , causing the results pointed to a standard number of cases in the northwest not yet reported by other studies, central and western state, emonstrated by a vision of periods of study and map bubbles that can pass a real dimension of the disease in each municipality analyzed. Thus, the study reveals that even with the control strategies of leprosy undergoing constant maturation processes, leprosy continues as a neglected disease, hyperendemic diagnosed later in the study area with no prospect of exhausting these cases in the coming years, leading to believe that the process of social maturity is a big step towards achieving the goal of disease control. / As estratégias de controle da hanseníase vêm se aprimorando ao longo das décadas. No entanto, em 2012, o Brasil ainda detinha o maior número de casos de hanseníase das Américas (93%) e ocupa o segundo lugar de casos no mundo, atrás da Índia e à frente da Indonésia. Fortalecendo tal estatística encontra-se o Maranhão, 4º colocado do Brasil em detecção de casos novos, 3º em menores de 15 anos de idade e no geral mais prevalente do nordeste. Este trabalho teve como objetivo analisar os indicadores epidemiológicos recomendados para monitoramento e avaliação, descrevendo as estratégias de controle da hanseníase no Estado do Maranhão. Desta forma, desenvolveu-se um estudo ecológico exploratório, da evolução temporal dos indicadores epidemiológicos da hanseníase e das políticas públicas de controle da endemia no período de 2002-2011. Quanto às estratégias de controle, observou-se que o Estado segue as recomendações do Ministério da Saúde, no entanto, com baixa resolutividade, pelas dificuldades politico- administrativas e sociais na qual o Estado se encontra. Identificou-se os principais indicadores epidemiológicos e operacionais da hanseníase, no qual se pôde observar um padrão de tendência decrescente de detecção de casos novos com significância estatística forte (R2=0,83; P<0,0001). Por outro lado, a proporção de casos novos multibacilar revelou-se em tendência inversa (R2=0,95; P<0,0001). Deve ser destacada a manutenção no valor de proporção de casos com grau 2 de incapacidade física no momento do diagnóstico gerando uma tendência estável no decorrer da série do estudo. A análise mostrou ainda que o coeficiente de casos novos no Maranhão foi significativamente maior 74,3/100.000 que a média no país de 24,9/100000, apresentando RR=2,96, IC95%: 1,88-4,66; p<0,0001; seguiu na mesma trajetória o coeficiente de casos novos em menores de 15 anos e o coeficiente anual de prevalência. Com relação às covariáveis de detecção de casos, chama atenção à queda da diferença entre os sexos, mesmo mantendo-se uma diferença significativa com relação ao sexo masculino OR=2,36 [IC95%2,28-2,46]; p<0,0001, e a estagnação da razão prevalência e incidência. Observou-se, também, a manutenção do número de municípios em situação hiperendêmica nos cinco biênios do estudo e no período total, fazendo com que os resultados apontassem um padrão de concentração de casos nas regiões noroeste, ainda não apontada por outros estudos, central e oeste do Estado, demonstrados através de uma visão dos períodos de estudo e mapa em bolhas que conseguem passar uma real dimensão da endemia em cada município analisado. Sendo assim, o estudo revela que mesmo com as estratégias de controle da hanseníase passando por constantes processos de maturação, esta prossegue como uma doença negligenciada, hiperendêmica, com diagnóstico tardio na área de estudo, sem perspectiva de exaurir estes casos nos próximos anos, levando a crer que os processos de avanços sociais e reorganização das políticas públicas sejam o grande passo para o alcance da meta de controle da doença.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_claudio_fernando_oliveira.pdf: 4911756 bytes, checksum: 14504fcb4c0f3469413049df6651ec64 (MD5) Previous issue date: 2010-07-22 / Factors like the frequent worry with the environmental impact cause by the discard of petrochemical plastic waste in the environment due to its low degradability and the constant increase of petrol price took to a world search for innovations with the production of bioplastics. They are the polymers produced by microorganisms from the renewable raw material with properties similar plastic derived from petrol, such as polypropylene and polyethylene. The more promising bioplastics are the polyhydorxyalkanoates, which comprehend a great polyester family accumulated in the form of intracellular granules by microorganisms like bacteria. The most common type is the poli(3 hydroxybutyrate) P(3HB); this polymer brings great interest for being biocompatible, biodegradable and thermoplastic. The objective of this study was to realize a bioprospecting between Beijerinckia sp. strains from the collection of microorganism culture from CDTec UFPel for the selection of possible producer strains of P (3HB). Initially, 7 strains were cultivated in solid mean, YM and YDC, and colored cell with Sudan Black for Optic Microscopy visualization, when 3 strain were selected for further analysis through Transmission Electronic Transmission; the data revealed a strong evidence of granules P(3HB) production by strain C31 in the cellular multiplication phase. The biopolymer production was evaluated in 3 means, the best result was obtained with F4 mean, being a concentration of 0,93 gl of polymer and content of 34%. The polymer was identified, and measured, by Gas Chromatography as P(3HB). The polymer identity was confirmed for Fourier transform infrared spectroscopy (FT-IR). The spectra revealed characteristic bands of P(3HB), confirming the production of this polymer by C31 strain, which was considered with great power for the industrial production / Fatores como a crescente preocupação com o impacto ambiental causado pelo descarte dos resíduos plásticos petroquímicos no meio ambiente devido sua baixa degradabilidade e o constante aumento do preço do petróleo levaram a uma busca mundial por inovações como a produção dos bioplásticos. Os bioplásticos são polímeros produzidos por microrganismos a partir de matérias-primas renováveis com propriedades semelhantes aos plásticos derivados do petróleo, como polipropileno e polietileno. Os bioplásticos mais promissores são os polihidroxialcanoatos, que compreendem uma grande família de poliésteres acumulados na forma de grânulos intracelulares por microrganismos como as bactérias. O tipo mais comum é o poli(3-hidroxibutirato) (P(3HB); este polímero desperta grande interesse por ser biocompatível, biodegradável e termoplástico. O objetivo deste trabalho foi realizar uma bioprospecção entre cepas de Beijerinckia sp. da coleção de cultura de microrganismos do CDTec UFPel para seleção de cepas possivelmente produtoras de P(3HB). Inicialmente, foram cultivadas 7 cepas em meio sólido, YM e YDC, e as células coradas com Negro de Sudão B para visualização por Microscopia Óptica, sendo selecionadas 3 cepas para posterior análise por Microscopia Eletrônica de Transmissão; os dados revelaram um forte indício da produção de grânulos de P(3HB) pela cepa C31 já na fase de multiplicação celular. Foi avaliada a produção de biopolímero em 3 meios; o melhor resultado foi obtido com o meio F4, sendo uma concentração de 0,93gL-1 de polímero e conteúdo de 34 %. O polímero foi identificado, e dosado, por Cromatografia Gasosa como P(3HB). A identidade do polímero foi confirmada por espectroscopia na região do infravermelho com transformada de Fourier (FT-IR). Os espectros revelaram bandas características de P(3HB), confirmando a produção deste polímero pela cepa C31, que foi considerada com potencialidade para produção industrial.

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-07T11:44:28Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_DiversidadeGeneticaIsolados.pdf: 1765217 bytes, checksum: e159b664332d4cd1ed8d170a0a2c6559 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2014-02-12T15:56:27Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_DiversidadeGeneticaIsolados.pdf: 1765217 bytes, checksum: e159b664332d4cd1ed8d170a0a2c6559 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-12T15:56:27Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_DiversidadeGeneticaIsolados.pdf: 1765217 bytes, checksum: e159b664332d4cd1ed8d170a0a2c6559 (MD5) Previous issue date: 2009 / Vibrio cholerae, agente etiológico da cólera, é uma bactéria nativa de ambientes aquáticos de regiões temperadas e tropicais em todo o mundo. A cólera é endemica e epidemica em países da África, Ásia e Americas Central e do Sul. Neste trabalho o objetivo foi estudar a diversidade genética de isolados desta espécie, de ambientes aquáticos da Amazônia brasileira. Um total de 148 isolados de V.cholerae não-O1 e não-O139 (NAGs) e O1 ambientais da Amazônia, obtidos entre 1977 e 2007, foram caracterizados e comparados a linhagens clínicas de V.cholerae O1 da sexta e sétima pandemias. Utilizou-se os perfis de macrorestrição definidos em eletroforese em gel de agarose em campo pulsado (PFGE), para determinar a relação clonal entre V.cholerae non-O1 e O1 ambientais e clínicos. A presença de genes de virulência (hlyA/hem, hlyB, hlyC, rtxA, rtxC, tcp, ctx, zot, ace, stn/sto) e integrons de classe 1, 2 e 3 (intI 1, 2 e 3), foi analisada utilizando-se a reação em cadeia da polimerase. A análise dos perfis de macrorestrição revelou que os NAGs apresentaram uma grande diversidade genética comparada aos V.cholerae O1. Isolados de NAGs e O1 segregaram em distintos grupos e a maioria dos O1 ambientais apresentou relação clonal com isolados clínicos da sétima pandemia de cólera. A distribuição dos genes de virulência entre os NAGs é diferente a dos O1, os quais, em geral, foram positivos para todos os genes de virulência estudados exceto stn/sto e integrons de classe 1, 2 e 3. Alguns V.cholerae O1 ambientais pertencentes a linhagem da sétima pandemia, apresentaram uma extensiva perda de genes. Diferentes NAGs foram stn/sto+ e intI 1+. Dois alelos do gene aadA foram encontrados: aadA2 e aadA7. De modo interessante os V.cholerae O1 ambientais pertencentes à linhagem pandêmica, só foram isolados durante o período da última epidemia de cólera na região Amazônica brasileira (1991-1996). / Vibrio cholerae, the etiologic agent of cholera, is an autochtonus bacterium of aquatic environment in temperate and tropical regions of the world. Cholera is endemic and epidemic in many countries in Africa, Asia and Central and South America. In this study our goal was to detemine the genetic diversity of V.cholerae environmental isolates from aquatic ecosystems in the Amazon region of Brazil. A total of 148 environmental strains of V.cholerae non-O1 and non-O139 (NAG) and O1 serogroups, isolated from the Amazon region since 1977 to 2007, were characterized and compared with clinical strains of V.cholerae O1 from sixty and seventh cholera pandemic. PFGE (pulsed-field gel electrophoresis) was performed to determine the clonal relationships between V.cholerae non-O1, O1 environmental and clinical strains. The presence of virulence genes (hlyA/hem, hlyB, hlyC, rtxA, rtxC, tcp, ctx, zot, ace, stn/sto) and class 1, 2 and 3 integrons (intI 1, 2 e 3) was analyzed by polymerase chain reaction. Whole genome macrorestriction analysis revealed that the environmental V.cholerae NAGs were more diverse than the environmental O1 strains, both groups segregate in distinct clusters and most of environmental O1 strains show a clonal relationship with seventh cholera pandemic strains. The distribution of virulence genes in NAGs strains is largely different from that of O1 strains which, in general, were positive for all virulence genes analyzed excepting for stn/sto and class 1, 2 and 3 integrons. Some O1 environmental strains, belonging to the seventh pandemic lineage, went through an extensive gene loss. Distinct NAGs strains were stn/sto+ and intI 1+. Two alleles of aadA were found: aadA2 and aadA7. Interestingly, V.cholerae O1 environmental strains belonging to the pandemic lineage were only isolated during the period of cholera epidemic in the Amazon region of Brazil (1991-1996).

Submitted by Cleide Dantas (cleidedantas@ufpa.br) on 2014-02-10T11:41:12Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_BasesMolecularesResistencia.pdf: 941177 bytes, checksum: ee3acd908afddff5f4d0f8ea3e686640 (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva (arosa@ufpa.br) on 2014-03-31T16:49:02Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertacao_BasesMolecularesResistencia.pdf: 941177 bytes, checksum: ee3acd908afddff5f4d0f8ea3e686640 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-03-31T16:49:02Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertacao_BasesMolecularesResistencia.pdf: 941177 bytes, checksum: ee3acd908afddff5f4d0f8ea3e686640 (MD5) license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Previous issue date: 2004 / Mercúrio é um dos elementos mais tóxicos tanto para seres humanos como os demais animais. Em ambientes naturais seus compostos podem ter origem em fontes naturais ou em decorrência da ação do homem. A atividade microbiana tem papel crítico na biorremediação. A resistência ao mercúrio nas bactérias está associada a um conjunto de genes organizados no operon mer. Considerando este cenário realizamos um estudo com bactérias Gram-negativas isoladas de sedimento de rios de duas áreas com distintos graus de atividade antropogênica, Barreiras e Caxiuanã. A resistência ao mercúrio foi avaliada em ensaios de crescimento in vitro da bactéria em meio contendo Hg. A presença do operon mer foi determinada por PCR para os genes RTPCABD, componentes do operon. O ensaio in vitro, determinou que apenas 2 isolados dos 107 avaliados, Acinetobacter baumannii de Caxiuanã e Pseudomonas stutzeri de Barreiras, apresentavam resistência ao Hg. Um operon mer foi identificado e caracterizado apenas do isolado Acinetobacter baumannii. Este apresenta os genes RTPCAD e sua organização e seqüência nucleotídica possui identidade total com o operon mer de um isolado de Acinetobacter calcoaceticus da Rússia. / Mercury is one of the most toxic elements, for both human and animals. Its compounds in natural environments can arise from natural and anthropogenic sources. Microbial activities play a critical rule in bioremediation. Mercury resistance in bacteria is associated with a gene cluster present on mer operon. Considering that picture we carried on a study with Gram-negative bacteria isolates from freshwater sediment from two areas with distinct anthropogenic impact, Barreiras and Caxiuanã. Resistance to Hg was evaluated by in vitro growing in medium containing Hg. The presence of mer operon was evaluated by PCR targeting RTPCABD mer gene sequences. The in vitro assay revealed that only two strains, from 107 isolates, were resistant to Hg the bacteria Acinetobacter baumannii from Caxiuanã and a Pseudomonas stutzeri from Barreiras. A mer operon was identified in the Acinetobacter baumannii strain and its sequencing revealed a organization as merRTPCAD and a complete nucleotide identity with a mer operon identified in a Acinetobacter calcoaceticus from Russia.