Thesis (doctoral)--Karolinska Institutet, Stockholm, 1985. / Extra title page with thesis statement inserted. Includes bibliographical references.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-28Bitstream added on 2014-06-13T20:37:45Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_lmr_me_botfca.pdf: 618458 bytes, checksum: cb654c56905a6abeae0bdd7484f37739 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho teve como objetivo avaliar a agressividade de linhagens de Ralstonia solanacearum provenientes de solanáceas, plantas ornamentais e eucalipto, em plantas de batata, tomate e fumo, bem como caracterizar as linhagens por meio de técnicas moleculares. Vinte e duas linhagens foram utilizadas nos ensaios de avaliação da agressividade, em experimentos conduzidos em casa-de-vegetação evidenciaram alta severidade da doença pelas linhagens de R. solanacearum quando inoculadas em plantas de tomate e batata, sendo a batata mais afetada nas inoculações. Todas as linhagens mostraram-se agressivas, sendo que o fumo mostrou baixa suscetibilidade ao ataque das bactérias. As linhagens mais agressivas em plantas de tomate foram IBSBF 309, IBSBF 1712, IBSBF 1839, IBSBF 1882, IBSBF 1883 e IBSBF 2000, pertencentes às biovares I, II e III. As linhagens mais agressivas às plantas de fumo foram IBSBF 309, IBSBF 2131 e IBSBF 292T, pertencentes à biovar I. Foi efetuado também ensaio de microbiolização in vitro em sementes de eucalipto, a fim de se identificar possíveis linhagens patogênicas a esta espécie vegetal e concluiu-se que todas as linhagens utilizadas infectaram plantas de eucalipto ou afetaram seu crescimento. A caracterização molecular de 41 linhagens de Ralstonia solanacearum, provenientes de diversas plantas hospedeiras, incluindo solanáceas, bananeira, helicônia, plantas ornamentais e eucalipto, foi efetuada empregando-se ERIC e BOX-PCR e os resultados mostraram grande diversidade genética entre as linhagens. A análise de PCR-RFLP da região espaçadora 16S-23S DNAr permitiu distinguir os isolados pertencentes à biovar III das demais biovares (I, II, IIA e IIT), quando digeridos com as enzimas Taq I e Hin6 I. A análise de sequenciamento de parte dos genes Endoglucanase (Egl) e MutS possibilitou a classificação em filotipos e os resultados... / This study aimed to evaluate the aggressiveness of strains of Ralstonia solanacearum from solanaceus, ornamental and eucalyptus plants, on potato, tomato and tobacco, and to characterize the strains through molecular techniques. Twenty-two strains were used in this study to evaluate the aggressiveness and, the experiments conducted in a greenhouse revealed the high susceptibility of tomato and potato plants, with the potato being the most affected on through the inoculations. All isolates proved to be aggressive and higher tolerance to the attack of bacteria was verified on tobacco plants. Strains more aggressive on tomato were IBSBF 309, IBSBF 1712, IBSBF 1839, IBSBF 1882, IBSBF 1883 and IBSBF 2000, belonging to biovars I, II and III. The more aggressive strains on the tobacco plants were IBSBF 309, IBSBF 292T and IBSBF 2131 belonging to biovar I. Tests in vitro of microbiolization of eucalyptus seeds were also performed in order to identify possible pathogenic strains to this species and the results showed that all strains used cause infection on emerging plants or affected their growth. To molecular characterization of 41 strains of Ralstonia solanacearum from several host plants including solanaceous, banana, heliconia, ornamentals and eucalyptus were employed to ERIC and BOX-PCR, and the results showed high genetic diversity among strains. The analysis of PCR-RFLP of 16S-23S spacer region rDNA allowed us to distinguish the isolates belonging to biovar III from the others (biovars I, II, IIA and IIT) when digested with enzymes Taq I and Hin6 I. The sequence analysis of the partial of Endoglucanase (Egl) and MutS genes allowed the classification in phylotypes and the results revealed a predominance of the phylotype II in Brazil, and four isolates were classified in the phylotype I, all belonging to biovar III

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-01-13Bitstream added on 2014-06-13T20:04:34Z : No. of bitstreams: 1 jaciani_fj_dr_jabo.pdf: 1617312 bytes, checksum: 98bec775500aab00ebca7cf99caade23 (MD5) / Um dos objetivos do presente estudo foi avaliar a diversidade genética de isolados brasileiros de X. citri subsp. citri (Xcc) com base em genes efetores do Sistema de Secreção Tipo III (avrXacE1, avrXacE2, avrXacE3, avrBs2, hpaF, XAC3090 e pthA4). Um total de 49 haplótipos foi identificado entre os 157 isolados analisados por “Southern blot”, e o maior polimorfismo genético observado nas análises com a sonda PthA4. Esses efetores estão amplamente distribuídos na população do patógeno e podem ser úteis para uma melhor compreensão da interação patógeno-hospedeiro. Outro objetivo desse trabalho foi a caracterização patogênica e genética de isolados de X. fuscans subsp. aurantifolii tipos B e C (Xfa-B e Xfa-C). Observou-se pequena agressividade dos isolados de Xfa-B e grande variação na patogenicidade de Xfa-C. Os isolados de Xfa-C produtores de pigmento escuro em meio de cultura foram menos agressivos que os isolados não produtores. Alguns isolados de Xfa-C foram patogênicos também a limões, limas ácidas, citrumelo ‘Swingle’ e tangerinas. Os isolados de Xfa-B e Xfa-C foram diferenciados pelas técnicas de AFLP, BOX e ERIC-PCR, com relativa diversidade entre isolados do mesmo patótipo, e análises da sequência do gene gyrB revelaram alta similaridade desses isolados com espécies de Xanthomonas patogênicas a outros hospedeiros (X. fuscans subsp. fuscans e X. axonopodis pvs. anacardii, dieffenbachiae, rhynchosiae, sesbaniae e vignicola). No presente estudo também foi descrito o primeiro relato de X. alfalfae (Xa) no Brasil. Os isolados investigados demonstraram limitada patogenicidade e agruparam-se geneticamente com X. alfalfae subsps. alfalfae e citrumelonis e X. axonopodis pvs. allii, cassiae, desmodii, patelii e ricini / In the present study, as one of the objectives, is showed the genetic diversity of Brazilian strains of X. citri subsp. citri (Xcc) based on effector genes of the Type III Secretion System (avrXacE1, avrXacE2, avrXacE3, avrBs2, hpaF, XAC3090 e pthA4). A total of 49 haplotypes were identified from 157 Xcc strains by Southern blot analysis using the cited genes as DNA probes. The highest polymorphism was observed with the PthA4. Those bacterium genes are extensively present in the Xcc population and can be used to a better comprehension of the Xcc-plant interaction. As a second objective, we present the genetic and pathogenic characterization of X. fuscans subsp. aurantifolii types B and C strains (Xfa-B e Xfa-C). In the pathogenic testes carried out Xfa-B presented a very limited pathogenicity, weaker than Xfa-C. Strains of this last pathotype presented a relatively high degree of pathogenicity variation, and those Xfa-C strains producers of dark pigment on culture medium were less pathogen than those not producers. Also some Xfa-C strains are pathogens to limes, lemons, Swingle citrumelo, and mandarins. Strains of Xfa-B and C were clearly differentiated by the molecular techniques AFLP, BOX and ERIC-PCR. Sequences of the gyrB gene revealed a high similarity of Xfa strains and other pathovars of Xanthomonas not pathogens of citrus. Finally, we presented the first detection of X. alfalfa (Xa) in Brazil, detected on a single Swingle citrumelo tree in São Paulo state. The Brazilian Xa strains showed a very limited pathogenicty, similar of a X. alfalfa subsp. citrumelonis

Made available in DSpace on 2014-12-17T14:05:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 LeonamGC_TESE.pdf: 2406262 bytes, checksum: 604659dd8ff62335f952679dda971b6e (MD5) Previous issue date: 2013-03-19 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Cient?fico e Tecnol?gico / Despite advances in antibiotic therapy, bacterial meningitis (BM) remains with high mortality and morbidity rates in worldwide. One important mechanism associated to sequels during disease is the intense inflammatory response which promotes an oxidative burst and release of reactive oxygen species, consequently leading to cell death. Activation of DNA repair enzymes during oxidative stress has been demonstrated in several neurological disorders. APE1/Ref-1 is a multifunctional protein involved in DNA repair and plays a redox function on transcription factors such as NFkB and AP-1.The aim of this study was assess the role of APE1/Ref-1 on inflammatory response and the possibility of its modulation to reduce the sequels of the disease. Firstly it was performed an assay to measure cytokine in cerebrospinal fluid of patients with BM due to Streptococcus pneumoniae and Neisseriae meningitides. Further, a cellular model of inflammation was used to observe the effect of the inhibition of the endonuclease and redox activity of APE1/Ref-1 on cytokine levels. Additionally, APE1/Ref-1 expression in cortex and hippocampus of rat with MB after vitamin B6 treatment was evaluated. Altogether, results showed a similar profile of cytokines in the cerebrospinal fluid of patients from both pathogens, although IFNy showed higher expression in patients with BM caused by S. pneumoniae. On the other hand, inhibitors of APE1/Ref-1 reduced cytokine levels, mainly TNF-?. Reduction of oxidative stress markers was also observed after introduction of inhibitors in the LPS-stimulated cell. In the animal model, BM increased the expression of the protein APE1/Ref-1, while vitamin B6 promoted reduction. Thereby, this data rise important factors to be considered in pathogenesis of BM, e.g., IFNy can be used as prognostic factor during corticosteroid therapy, APE1/Ref-1 can be an important target to modulate the level of inflammation and VIII oxidative stress, and vitamin B6 seems modulates several proteins related to cell death. So, this study highlights a new understanding on the role of APE1/Ref-1 on the inflammation and the oxidative stress during inflammation condition / A meningite bacteriana (MB) ? uma doen?a infecciosa que permanece com altas taxas de mortalidade e morbidade em todo o mundo, principalmente em pa?ses subdesenvolvidos, apesar dos avan?os na antibioticoterapia. Um dos principais mecanismos associados ?s sequelas durante a MB ? a elevada resposta inflamat?ria, que promove uma exacerbada quantidade de esp?cies reativas de oxig?nio (ERO) levando ?s c?lulas a apoptose ou necrose. A ativa??o de enzimas de reparo de DNA durante o estresse oxidativo tem sido demonstrada nas mais diversas desordens. Uma importante enzima envolvida neste processo ? a endonuclease apur?nica/apirimidinica1/fator redox-1 (APE1/Ref-1). Ela ? uma prote?na multifuncional envolvida no reparo de DNA e na redu??o de fatores envolvidos com a resposta inflamat?ria, tais como o fator nuclear kappa B (NFkB) e prote?na ativadora 1 (AP-1). Este estudo teve como objetivo identificar o envolvimento de APE1/Ref-1 na resposta inflamat?ria visando a possibilidade de sua utiliza??o como alvo terap?utico na redu??o de sequelas durante a MB. Para isto, inicialmente foi realizado uma an?lise no perfil de express?o de citocinas em l?quor de pacientes com meningite causada por Streptococcus pneumoniae e Neisseriae meningitidis visando selecionar moduladores inflamat?rios de interesse para ensaios em cultura de c?lula subsequentes. Em seguida, utilizando um modelo celular de indu??o com LPS foi avaliado o efeito da inibi??o da atividade de reparo e redox de APE1 sobre a express?o de citocinas inflamat?rias. Por fim, foi observada a express?o de APE1 no c?rtex (CX) e hipocampo (HC) de ratos com MB frente a uma terapia adjuvante com vitamina B6. Nossos resultados mostraram um perfil de moduladores inflamat?rios muito semelhante no l?quor dos pacientes com MB causada pelos pat?genos estudados, embora interferon gama (IFNy) tenha sido VI significativamente mais expresso em pacientes com S. pneumoniae do que N. meningitidis. Quanto ao uso dos inibidores das fun??es, redox e de reparo, de APE1/Ref-1 no modelo in vitro, houve redu??o significativa na express?o de algumas citocinas, principalmente o fator de necrose tumoral-alfa (TNF-?). Al?m disso, os inibidores demonstraram uma redu??o nos n?veis de ERO nas c?lulas estimuladas com LPS. No modelo animal, a express?o prot?ica de APE1/Ref-1, no CX e HC dos ratos, foi modulada ap?s introdu??o da vitamina B6. Portanto, esses dados fornecem um novo olhar para a fisiopatologia da MB, em que citocinas como IFNy podem ser usadas em um diagn?stico diferencial entre meningites causadas por S. pneumoniae e N. meningitidis. A prote?na de reparo de DNA, APE1/Ref-1, parece ser um alvo potencial na modula??o da resposta inflamat?ria e do estresse oxidativo, bem como a terapia adjuvante com vitamina B6 mostra ter um papel sobre a express?o de APE1/Ref-1. Consequentemente, o conhecimento obtido neste estudo pode ser importante na melhoria do progn?stico da MB, al?m de contribuir para entender a associa??o entre o reparo de DNA e inflama??o / 2020-01-01 / 2020-01-01

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2016-08-22T21:16:09Z No. of bitstreams: 1 GiovannaDeFatimaAlvesDaCosta_DISSERT.pdf: 9340416 bytes, checksum: b55d9a3f32743415d64d3bda38bbd9d5 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2016-08-22T21:32:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 GiovannaDeFatimaAlvesDaCosta_DISSERT.pdf: 9340416 bytes, checksum: b55d9a3f32743415d64d3bda38bbd9d5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-22T21:32:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 GiovannaDeFatimaAlvesDaCosta_DISSERT.pdf: 9340416 bytes, checksum: b55d9a3f32743415d64d3bda38bbd9d5 (MD5) Previous issue date: 2014-12-12 / Objetivo: avaliar in vitro a rugosidade superficial e a ades?o bacteriana de comp?sitos nanoparticulados, ap?s serem submetidas a diferentes sistemas de acabamento e polimento. Materiais e M?todos Foram confeccionados 60 corpos de prova, distribu?dos em 6 grupos (n=10). Em todos os grupos foi utilizada tira matriz de poli?ster sobre a superf?cie das amostras, e cada tipo de resina foi submetido aos sistemas de acabamento e polimento: discos Sof-Lex Pop-On (3M ESPE, St.Paul, USA) e sistema AstropolTM (Ivoclar Vivadent,NY,USA), caracterizando o grupo experimental; o grupo controle n?o foi submetido a nenhum tipo de t?cnica de acabamento e polimento. A rugosidade m?dia (Ra) em ambos os grupos foi mensurada atrav?s de um rugos?metro (Taylor Hobson Brazil, Ltda., S?o Paulo, SP, Brazil) na configura??o de 0,25mm (cut off) e as imagens da superf?cie obtidas com fotomicrografias captadas por um microsc?pio eletr?nico de varredura (MEV) com aumento de 500 vezes. A ades?o bacteriana foi avaliada por meio da leitura de espectrofotometria com configura??o de 570?m. Os resultados foram submetidos ? an?lise de vari?ncia (ANOVA dois fatores. Resultados: Foram encontradas diferen?as estat?sticas significativas entre os grupos quanto ? rugosidade e ? ades?o bacteriana. Para a resina Filtek Z350 XT houve diferen?as entre os sistemas de acabamento e polimento testados, onde o sistema que apresentou menor rugosidade superficial foi o Sof-lex Pop-On. Para a resina IPS Empress Direct, o sistema de acabamento e polimento Astropol, obteve menores resultados de rugosidade superficial. Quanto ? ades?o bacteriana, o menor valor de densidade ?ptica para a resina Filtek Z350 XT foi para o grupo que utilizou o sistema de acabamento e polimento Sof-Lex Pop-On e para a resina IPS Empress Direct o grupo que utilizou o sistema Astropol. Al?m disso, verificou-se uma correla??o positiva entre a rugosidade superficial e ades?o bacteriana nas superf?cies polidas (r = 0,612, p <0,001) Conclus?es: a rugosidade superficial e a ades?o bacteriana est?o estreitamente relacionadas. O sistema de acabamento e polimento Sof-Lex Pop-On est? mais indicado para a resina nanoparticulada Filtek Z350 XT e o sistema de acabamento e polimento Astropol para a resina nanoh?brida IPS Empress Direct. / Objective: To evaluate in vitro the surface roughness and bacterial adhesion of nanoparticle composites, after being subjected to different finishing and polishing systems. Materials and Methods: 66 specimens were prepared, and 30 with Filtek Z350 XT (3M ESPE, USA) and 30 with the resin IPS Empress Direct (Ivoclar Vivadent, USA), divided into 6 groups (n = 10 ). Six specimens were prepared for analysis in scanning electron microscopy (SEM) .Each kind of resin was subjected to finishing and polishing systems: Sof-Lex Pop-On discs (3M ESPE, USA) and AstropolTM system (Ivoclar Vivadent , USA), featuring the experimental group. The control group did not undergo any kind of finishing and polishing technique. The average roughness (Ra) in both groups was measured using a roughness in the setting of 0.25 mm (cut off) and surface images obtained with photomicrographs taken with a scanning electron microscope (SEM) magnified 500 times. Bacterial adherence was evaluated by determining the absorbance (OD) of the suspension of adhered cells by spectrophotometer at 570 nm. The results were submitted for analyzed with 2-way ANOVA at ?=.05 and Tukey multiple comparison tests. Results: Statistically significant differences were found between the groups in terms of roughness and bacterial adhesion. Filtek Z350 XT for resin were no differences between the tested finishing and polishing systems, where the system of lowest surface roughness was the Sof-Lex Pop-On. To the resin IPS Empress Direct, the finishing and polishing system Astropol, had lower results of surface roughness. As for bacterial adhesion, the lowest optical density value for Filtek Z350 XT was for the group that used the finishing and polishing system Sof-Lex Pop-On and the resin IPS Empress Direct the group that used the Astropol system. In addition, there was a positive correlation between surface roughness and bacterial adhesion on polished surfaces (r = 0.612) Conclusions: surface roughness and bacterial adhesion are closely related. The finishing and polishing Sof-Lex Pop-On system is more suitable for nanoparticulate Filtek Z350 XT and the finishing and polishing system Astropol for resin nanoh?brida IPS Empress Direct.

Orientador: Fernando Rogerio Pavan / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Rodolpho Teralolli Junior / Resumo: Apesar da incidência da Tuberculose (TB) ter diminuído nos últimos anos, nota-se um expressivo aumento dos casos de TBMDR (multi-fármaco-resistente) e TBXDR (extensivamente-fármaco-resistente). A situação constitui um sério problema de saúde pública no mundo e no Brasil, com menor taxa de cura, pior prognóstico e nenhum tratamento de eficácia comprovada para contatos. A taxa estimada de cura global para TBMDR é de 52% e para TBXDR, os desfechos são ainda menos favoráveis. Nesse sentido, buscamos nesse trabalho determinar o perfil de resistência, tratamentos e evolução clínica de pacientes internados com TBMDR e TBXDR no período de 2000 a 2014 em um Hospital de Referência no Estado de São Paulo, Brasil. Os dados foram obtidos diretamente do prontuário de pacientes e do banco de dados do TBWEB, que são informações clínico-epidemiológicas, exames e de tratamento do Programa de Controle de Tuberculose do Estado de São Paulo analisados através de estatística descritiva. Foram internados 39 pacientes no período de estudo, 29 (74,3%) TBMDR e 10 (25,7%) de TBXDR. Entre os TBMDR a taxa de cura foi de 79,3% e o tempo médio de tratamento foi de 19,6 meses. E no grupo dos TBXDR, 80% evoluíram com cura e o tempo médio de tratamento foi de 25,9 meses. A taxa de cura encontrada foi maior que a descrita em outros estudos. A supervisão completa de todo o tratamento, a utilização das recomendações do MS e OMS, adicionadas a uma história minuciosa dos fármacos utilizados previamente e adequação... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Although the incidence of Tuberculosis (TB) has declined in recent years, there is a significant increase in cases of MDRTBD (multi-drug resistant) and XDRTB (extensively drug-resistant). The situation is a serious public health problem in the world and in Brazil, with a lower cure rate, worse prognosis and no proven treatment for contacts. The estimated global cure rate for MDRTB is 52% and for XDRTB, outcomes are even less favorable. In this sense, we sought to determine the resistance profile, treatments and clinical evolution of patients hospitalized with MDR-TB and MDR-TB between 2000 and 2014 at a Reference Hospital in the State of São Paulo, Brazil. Data were obtained directly from the patient records and the TBWEB database, which are clinicalepidemiological information, tests and treatment of the Tuberculosis Control Program of the State of São Paulo, analyzed through descriptive statistics. Thirty-nine patients were hospitalized in the study period, 29 (74.3%) MDRTB and 10 (25.7%) MDRTB. Among the MDRTB, the cure rate was 79.3% and the mean treatment time was 19.6 months. And in the XDRTB group, 80% progressed with healing and the mean treatment time was 25.9 months. The cure rate found was higher than that reported in other studies. Complete supervision of all treatment, use of MS and WHO recommendations, added to a thorough history of the drugs previously used and adequacy of the schedules with TS results may contribute... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Realiza el secuenciamiento del genoma completo de un patógeno alimentario nativo del género Clostridium usando la tecnología NGS y el análisis bioinformático comparativo con secuencias de importancia en inocuidad alimentaria. Para ello, aisla el ADN genómico del agente patógeno proveniente de una fuente alimentaria, realiza el secuenciamiento, ensamblaje y anotación del genoma completo del patógeno alimentario nativo del género Clostridium, identifica las secuencias de importancia en inocuidad alimentaria del patógeno alimentario y realiza el análisis bioinformático. / Tesis

Objetivos: Avaliar o perfil de suscetibilidade, a prevalência da produção de AmpC, β-lactamase de espectro estendido (ESBL) e Metalo-β-lactamase (M-βla) em Pseudomonas aeruginosa obtidas de dois hospitais universitários distintos (ISCMPA e HCPA) em Porto Alegre. Em adição, tipagem molecular por PFGE foi realizada entre os isolados produtores de M-βla para avaliar a relação clonal. Métodos: Foi determinada a suscetibilidade de 238 isolados de P. aeruginosa para 8 agentes antimicrobianos, através do teste de disco-difusão, usando agar Müller-Hinton (MH) de acordo com “National Committee for Clinical Laboratory Standards” (NCCLS) . Todos isolados foram avaliados para produção de AmpC com o disco de imipenem (indutor) próximo ao disco de cefepima/ceftazdima (substrato). Um achatamento no halo de cefepime/ceftazidima pela indução da enzima pelo imipenem, indicava resultado positivo para AmpC. Todos isolados forma avaliados para a presença de ESBL através do teste de aproximação de disco com ceftazidima, cefepima, cefotaxima, ceftriaxona e ticarcilina-clavulanato como inibidor de β-lactamase. A produção de M-βla foi determinada através do teste de aproximação de discos de CAZ a discos impregnados com ácido2-mercatopropiônico (2-MPA). As taxas de resistência foram comparadas através do Teste Exato de Fisher. Valor de P<0,05 foi considerado estatisticamente significativo. Análise de macrorestrição com a enzima speI foi realizada em isolados produtores de M-βla. Resultados: As taxas de resistência para todos os agentes foram superiores entre os isolados obtidos na ISCMPA em relação aos do HCPA. A ceftazidima mostrou ser o antibiótico mais efetivo contra os isolados de ambos Hospitais (ISCMPA e HCPA) com taxa de resistência de 25,7% (ISCMPA) e 6,1% (HCPA). A expressão de AmpC foi observada em 190 isolados (83,7% HCPA e 77,1% ISCMPA). Não foi possível detectar a presença de ESBL entre todos as P. aeruginosa avaliadas em ambos hospitais. Foi observada a presença de M-βla em 28 isolados (20,0%) da ISCMPA. Mas não foi detectada M-βla em nenhuma P. aeruginosa do HCPA. A análise de macrorestrição mostrou que 14 de 16 P. aeruginosa Mβla positivas pertenciam a um clone (denominado clone A), e seus subclones. Apenas dois outros clones (B e C) foram identificados em um isolado cada. / Objectives: To evaluate susceptibility profile, the prevalence of extendedspectrum β-lactamases (ESBL) production, AmpC and Metallo-β-lactamases (M-βla) in Pseudomonas aeruginosa obtained from two distinct hospitals (ISCMPA and HCPA) in Porto Alegre, Brazil. In addiction, molecular typing by PFGE was perfomed among isolates producing M-βla in order to evaluate probably clonal relatedness. Methods: The susceptibility of 238 P. aeruginosa to 8 antimicrobial agents was determined by the disk diffusion method, using Müller-Hinton agar (MH) in accordance with “National Committee for Clinical Laboratory Standards” guidelines. All isolates were evaluated for AmpC production with the imipenem disk (strong inducer) near of the cefepime/ceftazidime disk (substrate). A blunting of the cefepime/ceftazidime zone by imipenem-induced enzyme, indicated positive result for AmpC. All isolates were evaluated for ESBL production by disk approximation test with ceftazdime, cefepime, cefotaxime, ceftriaxone plus ticarcillin-clavulanate as inhibitor. M-βla production was determined by disk approximation test with disks containing CAZ and 2-mercatopropionic acid (2-MPA). The results were compared by the Fisher’s Exact Test. Macrorestriction analysis by SpeI, followed by PFGE, was perfomed in isolates M-βla positive. The resistance rates were compared by The Fisher’s Exact Test. P values < 0.05 were considered to be statistically significant. Results: The resistance rates to all antimicrobial agents were higher among isolates obtained from ISCMPA than those obtained from HCPA. The ceftazidime was the more active antibiotic against the isolates in both hospitals with resistance rates of 25,7% (ISCMPA) and 6,1% (HCPA). The derepression of AmpC was observed in 190 isolates (83,7% HCPA and 77,1% ISCMPA). It was not possible to detect the presence of ESBL among all P. aeruginosa evaluated in both hospitals. Positive results for M-βla production were observed in 28 isolates (20,0%) from ISCMPA. But none M-βla production was identified in P. aeruginosa from HCPA. The macrorestriction analysis by PFGE, showed that 14 of 16 M-βla positive P. aeruginosa beloneed to one clone (named clone A) and its subclones.Only two others clones (B and C) were identified in one isolate each.

Brucella sp. são causadoras de brucelose, zoonose de importância mundial, sendo sua identificação muito importante para programas de controle e erradicação ou para se realizar um rastreamento epidemiológico. Em caso de brucelose humana, o tratamento é feito com uma combinação de dois antimicrobianos, sendo a rifampicina uma das possibilidades nesta associação e frequentemente utilizada; porém há relatos de casos de resistência com este antimicrobiano. Este estudo teve como objetivos: (i) tipificar a coleção de cepas de Brucella sp. pertencentes à bacterioteca do Laboratório de Bacteriologia Animal, DeMIP, ICBS, por Bruce-Ladder; (ii) testar a susceptibilidade antimicrobiana para rifampicina pelos métodos E-test e microdiluição em caldo; (iii) realizar a avaliação do fenótipo de super expressão de bomba de efluxo; (iv) investigar os eventos moleculares que levam ao desenvolvimento do fenótipo de resistência através da análise do gene rpoB; (v) detectar a presença do gene bepC. A PCR Bruce-Ladder confirmou a identificação de todas as cepas de referência e de campo testadas e classificou todas as cepas de campo, isoladas de bovinos, como B. abortus. Houve divergência na Concentração Inibitória Mínima de microdiluição em caldo e E-test em 21% das cepas analisadas. Oito das 52 cepas testadas apresentaram susceptibilidade reduzida para rifampicina pelo método de diluição em caldo. Observamos redução da CIM na presença de carbonil cianida m-clorofenilhidrazona (cccp) das cepas com susceptibilidade reduzida a rifampicina indicando uma provável ação de bomba de efluxo nesta resistência. Encontramos duas mutações no gene rpoB que não estão envolvidas com o fenótipo de resistência. O gene bepC foi detectado em 100% das cepas testadas (susceptíveis e resistentes à rifampicina) indicando que não está relacionado ao fenótipo de resistência observado. / Brucella sp. are the causative agent of brucellosis, a zoonotic disease of global importance. Their correct identification is very important to help the control and eradication programs, or to carry out an epidemiological tracing. In the case of human brucellosis, treatment is done with a combination of two antimicrobials, rifampin being one of the possibilities in this association and commonly used; however there are case reports of resistance to this antibiotic. This study aims: (i) typing the Brucella strains collection belonging to the Laboratory of Animal Bacteriology, DeMIP, ICBS, by Bruce-Ladder; (ii) test its antimicrobial susceptibility to rifampin by E-test and microdilution broth methods; (iii) evaluate the phenotype of super expression of efflux pump; (iv) investigate the molecular events that can lead to the development of resistance analyzing the rpoB gene; and (v) detect the presence of the bepC gene. The Bruce-Ladder PCR confirmed the identification of all the reference and field strains tested and classified all strains isolated from cattle, as B. abortus. There was a divergent result in the minimum inhibitory concentration (MIC) between the microdilution broth test and E-test in 21% of the strains examined. Eight of 52 strains tested showed reduced susceptibility to rifampin by the broth dilution method. It was observed MIC reduction in the presence of carbonyl cianida m-clorofenilhidrazona with the strains with reduced susceptibility to rifampin, indicating a probable action of an efflux pump in this phenotype. We found two gene mutations in the rpoB gene who aren't involved with the resistance phenotype. The bepC gene was detected in 100% of the strains tested (susceptible and resistant to rifampicin) indicating that is not probably related to the phenotype of resistance observed.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivos: (a) Padronizar protocolos rápidos da técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE) para tipagem molecular de amostras clínicas de Staphylococcus aureus, Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa; (b) Avaliar a tipabilidade, o poder discriminatório e a reprodutibilidade entre os protocolos rápidos de PFGE versus o protocolo convencional para as amostras de S. aureus, E. coli e P. aeruginosa; (c) Analisar os resultados da tipagem molecular pela técnica do PFGE de acordo com dois critérios distintos de interpretação, os critérios de PFALLER et al. (1992) e os critérios de TENOVER et al. (1995). Métodos: Um total de 60 amostras bacterianas das seguintes espécies bacterianas foi selecionado: S. aureus (n=20), E. coli (n=20) e P. aeruginosa (n=20). Todos amostras foram isoladas da corrente sanguínea de pacientes internados no Hospital São Paulo (HSP) no período de 2000 a 2004. Quinze dos 20 isolados clínicos de cada espécie bacteriana foram selecionados de pacientes previamente caracterizados como não relacionados epidemiologicamente, pela Comissão de Controle de Infecção Hospitalar do HSP. As outras cinco amostras de cada espécie bacteriana foram classificadas como amostras bacterianas possivelmente relacionadas epidemiologicamente, provenientes de uma mesma unidade do HSP em um período de tempo igual ou inferior a três meses. Protocolos convencionais da técnica PFGE foram reproduzidos e protocolos rápidos desta mesma técnica foram padronizados, após digestão destas bactérias com as enzimas de restrição SmaI e SpeI. Os perfis moleculares foram analisados visualmente e interpretados de acordo com os critérios de Pfaller et al (1992) e Tenover et al (1995). Resultados: Os protocolos convencionais e rápidos de PFGE apresentaram resultados idênticos para tipagem das amostras clínicas de S.aureus, E. coli e P. aeruginosa. De acordo com os critérios de Pfaller et al. (1992), foram encontrados nas amostras clínicas de S. aureus, E. coli e P. aeruginosa deste estudo, 17, 13 e 7 padrões diferentes de PFGE, respectivamente. Seguindo os critérios de Tenover et al. (1995) foram encontrados 16, 11 e 6 padrões distintos de PFGE nas amostras de S. aureus, E. coli e P. aeruginosa, respectivamente. As técnicas desenvolvidas tanto pelos protocolos rápidos quanto pelos protocolos convencionais apresentaram percentual de tipabilidade e reprodutibilidade de 100%. O poder discriminatório foi de 95%, 94% e 82% para as amostras clínicas de S. aureus e E.coli e P. aeruginosa, respectivamente. Conclusões: Foram padronizados protocolos rápidos para tipagem molecular de amostras de S. aureus (42hs), E. coli (43hs) e P. aeruginosa (56hs) pela técnica de PFGE. Todos protocolos testados apresentaram excelente tipabilidade e reprodutibilidade. O poder discriminatório foi excelente para as amostras clínicas de S. aureus e E. coli, e satisfatório para as amostras de P. aeruginosa, devido a pouca diversidade clonal. Os critérios de Pfaller et al. (1992) diferenciaram melhor a presença de novos clones quando comparados aos critérios de Tenover et al. (1995). / Objectives: (a) To develop rapid protocols of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) technique for molecular typing of clinical samples of Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa; (b) To evaluate the typeability, the discriminatory power, and the reproducibility between rapid and conventional PFGE protocols for clinical isolates of S. aureus, E. coli and P. aeruginosa, (c) To analyze PFGE results according to two different interpretation criteria, one from Pfaller et al. (1992) and the other from Tenover et al. (1995). Methods: A total of 60 bacteria samples were selected from the following species: S. aureus (n=20), E. coli (n=20), and P. aeruginosa (n=20), isolated from bloodstream infections from patients from Hospital São Paulo (HSP). Among the 20 clinical isolates from each specie, 15 were selected from patients previously characterized by the hospital’s Infection Control Department of HSP as epidemiologically non-related. The other five isolates were characterized as possible epidemiologically related. These samples were collected from the same medical ward of HSP, in a period of time equal to or less than 3 months. The conventional PFGE protocols were reproduced, and the rapid protocols were developed, after DNA digestion with SmaI and SpeI enzymes. The molecular patterns were examined visually and interpreted according to Pfaller et al. (1992) and Tenover et al.(1995) criteria. Results: The rapid and conventional PFGE protocols presented similar results for S. aureus, E. coli, and P. aeruginosa isolates. According to Pfaller et al. (1992), a total of 17, 13, and 7 distinct PFGE patterns were identified for S. aureus, E. coli, and P. aeruginosa, respectively. On the other hand, by Tenover criteria, a total of 16, 11 and 6 distinct PFGE patterns were found for S. aureus, E. coli and P. aeruginosa, respectively. All protocols tested presented 100% of reproducibility and typeability. The discriminatory power was 95%, 94%, and 82% for S. aureus, E. coli, and P. aeruginosa, respectively. Conclusions: Rapid PFGE protocols were developed for S. aureus (42hs), E. coli (43hs) and P. aeruginosa (56hs), and all of them presented excellent reproducibility and typeability. The discriminatory power was excellent for clinical isolates of S. aureus and E. coli, and satisfactory for P. aeruginosa; probably because of the low clonal diversity of this specie identified in this study. Compared to Tenover et al. (1995) criteria, Pfaller et al. (1992) could better differentiate the presence of new bacterial clones. / FAPESP: 2006/57700-0 / BV UNIFESP: Teses e dissertações