Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:45Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10833.pdf: 1360435 bytes, checksum: a345766b88aa33fb633cad88c29a3a08 (MD5) / Conselho Nacional para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Introducao: A hiper-producao de AmpC associada a impermeabilidade de membrana externa em Enterobacter spp. pode contribuir no fenotipo de resistencia a cefalosporinas de quarta geracao e aos carbapenemicos. O objetivo do estudo foi caracterizar os mecanismos de resistencia a cefepima e a ertapenem em 11 amostras de E. cloacae subespecie cloacae isoladas de hemoculturas no Hospital sao Paulo. Materiais e Metodos: O perfil de sensibilidade foi avaliado por disco difusao e pela tecnica de diluicao em agar, de acordo com o CLSI. A analise das proteinas de membrana externa (OMPs) foi realizada pela tecnica de SDS-PAGE. A similaridade genetica foi avaliada pela tecnica de PFGE e o coeficiente similaridade entre os padroes de PFGE obtidos foi calculado pelo programa Bionumerics. Os isolados foram tambem testados contra cefepima, ertapenem, imipenem e meropenem na presenca e na ausencia dos inibidores de bomba de efluxo PAƒÀN (25 ƒÊg/ml) e reserpina (20 ƒÊg/ml), pela tecnica de diluicao em agar. Foram realizados testes de hidrolise, disco-aproximacao para a deteccao fenotipica de ESƒÀL e testes de inducao para a deteccao de AmpC induzida. A presenca de genes codificadores de ESƒÀL, carbapenemases e AmpC plasmidiais foram avaliados pela tecnica de PCR e confirmadas por sequenciamento, bem como a presenca de integrons. Os niveis de expressao de ampC, ompC e ompF foram medidos pela PCR em tempo real. Resultados: Todos os isolados de E. cloacae subespecie cloacae foram resistentes as cefalosporinas, aztreonam, associacoes com inibidores de ƒÀ-lactamases, tetraciclina, ciprofloxacina e amicacina por disco difusao. A tecnica de diluicao em agar demonstrou altas CIMs para cefotaxima (CIM50, > 256 ƒÊg/mL), ceftazidima (CIM50, 256 ƒÊg/mL) e cefepima (CIM50, 256 ƒÊg/mL). Todos os isolados foram sensiveis a imipenem (CIM50, 0.25 ƒÊg/mL) e meropenem (CIM50, 0.25 ƒÊg/mL). Entretanto, 7 isolados apresentaram CIMs de 4 ƒÊg/ml para ertapenem, 3 isolados foram resistentes (CIMs de 8 ƒÊg/ml) e um isolado foi sensivel (CIM de 2 ƒÊg/ml). Quatro padroes de PFGE foram encontrados entre os isolados de E. cloacae subespecie cloacae multirresistentes. Pelo programa Bionumerics, 3 clusters foram observados com coeficiente de similaridade acima de 80%. Todas as amostras foram positivas para ESƒÀL no teste de hidrolise e no disco aproximacao. Os resultados da PCR apresentaram amplificacao para blaTEM e blaCTX-M. Hiperexpressao do gene ampC foi detectado em todos os isolados pela qRT-PCR. Somente uma amostra apresentou uma pequena diminuicao da expressao de OmpC. Atraves do gel de SDS-PAGE foi observado um perda de uma proteina de 43 kDa quando comparado ao controle sensivel. Nenhuma reducao significativa nas CIMs para ƒÀ-lactamicos foi observado na presenca dos inibidores de bomba de efluxo. Conclusoes: Os resultados mostraram que a hiper-producao de AmpC associada a producao de ESBL sao os responsaveis pelos altos niveis de resistencia a cefepima e a perda de uma proteina de 43 kDa associada a hiper-producao de AmpC provavelmente foram os responsaveis pela diminuicao da sensibilidade a ertapenem verificada entre os isolados de E. cloacae subespecie cloacae. / Background: The overproduction of AmpC in Enterobacter spp. can contribute to resistance phenotype to fourth-generation cephalosporins and to carbapenens. The mechanisms of resistance to cefepime and ertapenem were studied among 11 E. cloacae subespecie cloacae clinical isolates from blood cultures isolated at Sao Paulo Hospital. Methods: Susceptibility testing by disk diffusion and agar dilution techniques was performed according to CLSI. Analysis of outer membrane protein (OMP) was performed by SDS-PAGE. The genetic relatedness was evaluated by PFGE and the dendogram was obtained by Bionumerics program. The isolates were also tested against cefepime, ertapenem, imipenem and meropenem with and without of PAƒÀN (25 ƒÊg/ml) and reserpine (20 ƒÊg/ml), an efflux pump inhibitors by agar dilution. Genes for ESƒÀLs, carbapenemases and plamidial AmpCs were screened by PCR and confirmed by sequencing. The expression level of ampC, ompC and ompF genes was measured by real time PCR (qRT-PCR). Results: All isolates were resistant to cephalosporins, aztreonam, ƒÀ-lactamases association inhibitors, tetraciclin, ciprofloxacin and amikacin, by disk diffusion. All isolates showed high resistant phenotype to cefotaxime (MIC50, > 256 ƒÊg/mL), ceftazidime (MIC50, 256 ƒÊg/mL), and cefepime (MIC50, 256 ƒÊg/mL) but they were susceptible to imipenem (MIC50, 0.25 ƒÊg/mL) and meropenem (MIC50, 0.25 ƒÊg/mL). Seven isolates showed ertapenem MICs of 4 ƒÊg/ml, while other three isolates showed MICs of 8 ƒÊg/ml and one isolate showed MIC of 2 ƒÊg/ml. Four clusters were founded by the Bionumerics program. The PCR results showed amplification for blaTEM and blaCTX-M. Hyperexpression of ampC was detected in all isolates by qRT-PCR. Only one sample showed a decreased in the OmpC expression. The loss of an OMP of 43 kDa was observed for all isolates in the SDS-PAGE technicque compared to the susceptible control. No significant reduction for â-lactam’s MICs was observed in the presence of PAâN. Conclusions: The results showed that the hyperproduction of AmpC coupled with ESBL production were responsible for the high resistant rates to cefepime. The hyperproduction of AmpC coupled with the loss of an OMP of 43 kDa is likely to be responsible for the reduced susceptibility to ertapenem in the E. cloacae subespecie cloacae isolates, which seems not to be associated with efflux systems. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:02Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-26 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Introdução: o paciente com leucemia, principalmente aquele sob quimioterapia está exposto a diferentes agravos a sua imunidade, sendo a neutropenia intercorrência comum e frequentemente relacionada a ICS. Nas últimas décadas a epidemiologia das infecções no paciente neutropênico tem passado por constante mudança. Não bastasse a associação com mortalidade, os BGN têm cada vez mais implicado em desafio terapêutico, devido ao aumento da resistência e dificuldade no manejo da terapia empírica. O conhecimento da epidemiologia das ICS e dos fatores de risco para aquisição de ICS por BGN e BGN-MR são fundamentos para o adequado tratamento das complicações infecciosas. Casuística e Método: estudo retrospectivo das ICS de pacientes com leucemia, entre 2002 a 2007, em hospital terciário universitário. Foi realizada descrição epidemiológica dos agentes das ICS, assim como o perfil de susceptibilidade e análise dos fatores de risco para aquisição de ICS por BGN e por BGN-MR através de estudo caso-controle, seguido de análise uni e multivariada. Resultados: identificados 148 agentes de ICS em 64 pacientes com leucemia, sendo 55,4% eram BGN, 39,2% CGP e 5,4% fungos. Os agentes mais prevalentes foram SCoN (22,3%), P. aeruginosa (17,6%) e K. pneumoniae (10,8%). Entre os SCoN a resistência à oxacilina foi de 66,7%. Entre os BGN, 34,3% foram multirresistentes. O óbito ocorreu em até sete dias em 20,0% dos pacientes com ICS por CGP e 47,0% entre os que faleceram após ICS por BGN. Na análise multivariada os fatores identificados como independentemente relacionados a essa infecção foram a neutropenia (p = 0,003, OR 14,060, IC 2,457-80,465) e a presença de sinais e sintomas localizatórios (p = 0,002, OR 20,907, IC 2,953-148,001) para BGN. Na análise multivariada o uso prévio de glicopeptídeo mostrou-se independentemente relacionado a ocorrência de ICS por BGN-MR (p = 0,0,15, OR = 7,530, IC 1,477-38,399). A letalidade atribuída as ICS por BGN foi semelhante à por BGN-MR (20,4% e 19,1%), porém nos pacientes com ICS por BGN-MR o óbito foi mais precoce. Conclusão: nos seis anos de estudo foram isolados 148 agentes em ICS, predominando os BGN. Entretanto, no último ano, ocorreu um “equilíbrio” entre esses agentes e os CGP. Mais de 30% dos agentes isolados eram multirresistentes. Os fatores de risco independentes para a aquisição de BGN foram a presença de neutropenia e de sinais e sintomas localizatórios. Já para a aquisição de BGN-MR o fator de risco encontrado foi o uso prévio de glicopeptídeo. A evolução para óbito ocorreu em 55% das vezes na internação do episódio de ICS, sendo mais precoce entre os pacientes com BGN-MR. / chemotherapy, are exposed to various damages against their immunity. Neutropenia is one of the most common and is often related to BSI. Recently, the epidemiology of infections in neutropenic patients experienced frequent changes. GNB bloodstream infections have been increasingly involved in therapeutic challenge, due to the increased resistance, difficulty in empirical therapy and mortality. Knowledge of the epidemiology of BSI and risk factors for acquisition of GNB and MDR-GNB BSI are fundamental for the appropriate treatment of infectious complications. Patients and methods: We conducted a retrospective study of BSI in patients with leukemia, admitted in an university tertiary hospital from 2002 to 2007. Epidemiological description of pathogens of BSI, as well as susceptibility and analysis of risk factors for the acquisition of GNB and MDR-GNB BSI were evaluated. Results: 148 agents were found in 64 patients with leukemia, being 55.4% GNB, 39.2% GPC and 5.4% fungus. The more prevalent agents were SCoN (22.3%), P. aeruginosa (17.6%) and K. pneumoniae (10.8%). Resistance to oxacillin was indentified in 66.7% of SCoN and 34.3% of GNB were multi-drug resistant. Seven day mortality occurred in 20.0% of patients with GPC BSI and in 47.0% of patients with GNB BSI. Neutropenia (p = 0.003, OR 14.060, IC 2.457-80.465) and presence of signs and symptoms of bacteremia (p = 0.002, OR 20.907, IC 2.953-148.001) were factors related to GNB BSI by multivariate analysis. The second multivariate analysis showed that previous use of glycopeptides was independently related to the occurrence of MDR-GNB BSI (p = 0,015, OR = 7,530). The GNB BSI lethality was similar to that found in MDR-GNB BSI (20.4% and 19.1%) but patients with the second one died earlier. Conclusions: in this study, GNB were the most prevalent BSI agents. More than 30% of agents were multi-drug resistant germs. Independent risk factors for the acquisition of BGN were the presence of neutropenia and signs and symptoms at the moment of bacteremia. Previous use of glycopeptide was an independent risk factor for the acquisition of MDR-GNB. Evolution to death occurred in 55% of patients with BSI, being more premature among patients with MDR-GNB. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O objetivo principal desse estudo foi avaliar os mecanismos de resistência aos agentes β-lactâmicos em isolados clínicos de P. aeruginosa procedentes de dois hospitais, localizados no Brasil e nos Estados Unidos da América (EUA). Foram avaliadas 145 amostras bacterianas de P. aeruginosa recuperadas de hemoculturas, sendo 84 isolados obtidos no período de janeiro de 2000 a maio de 2002 do Hospital São Paulo - HSP (Brasil) e 61 isolados obtidos no período de janeiro de 1996 a dezembro de 2003 do Medical College of Virginia - MCV (EUA). Todas as amostras bacterianas foram submetidas ao teste de sensibilidade aos antimicrobianos, avaliado pela técnica de diluição em ágar. A atividade enzimática das carbapenemases foi avaliada pelo método de hidrólise com inibição pelo EDTA. A pesquisa de genes que codificam ESBL e carbapenemases foi realizada pela técnica da reação em cadeia da polimerase (PCR), seguido por sequencimento. A transcrição dos genes mexB, mexD, mexF e mexY, que codificam os sistemas de efluxo ABM, CDJ, EFN, XY, respectivamente, da β-lactamase cromossomal ampC e da porina oprD foi avaliada pela técnica de PCR quantitativo em tempo real (qRTPCR), sendo os resultados da transcrição comparados com a cepa referência PA01. Nossos resultados demonstraram que os isolados procedentes do HSP apresentaram taxas de sensibilidade inferiores aos antimicrobianos testados comparado àquelas apresentadas pelos isolados do MCV, exceto para a ciprofloxacina. Sete isolados clínicos de P. aeruginosa do HSP apresentaram atividade carbapenemase, sendo amplificado os genes blaIMP-1 (n=1), blaIMP-16 (n=1) e blaSPM-1 (n=5). Adicionalmente, foi identificada a produção de GES-5 por uma amostra do HSP. Nenhum isolado proveniente do MCV apresentou atividade carbapenemase pela técnica espectrofotométrica ou qualquer amplificação dos genes codificadores de ESBL ou carbapenemases pesquisados. O aumento da transcrição dos genes que codificam os sistemas de efluxo avaliados foi mais frequente entre os isolados clínicos de P. aeruginosa procedentes do HSP (71,4%), em comparação com os isolados do MCV (52,4%). Os sistemas XY (41,6%) e ABM (24,6%) foram os mais frequentes entre os isolados do HSP e do MCV, respectivamente. Adicionalmente, foi avaliada a transcrição dos diferentes genes que codificam esses sistemas simultaneamente com a expressão de outros mecanismos de resistência. Entre os isolados do HSP, a associação desses diferentes determinantes de resistência foi maior que entre os isolados do MCV. A redução da transcrição de oprD foi semelhante entre os dois grupos amostrais, sendo observada em 91,6% e 91,8% dos isolados do HSP e do MCV, respectivamente. O aumento da transcrição de ampC foi observado em 30,9% e 5,0% dos isolados do HSP e MCV. O aumento da transcrição dos genes que codificam os sistemas de efluxo e/ou a redução da transcrição de oprD parecem aumentar as CIMs dos β-lactâmicos, embora a associação destes mecanismos com a produção de β-lactamases seja mais significante para o aumento da CIM. Isso pode sugerir que tais mecanismos podem favorecer a sobrevivência da P. aeruginosa sob pressão seletiva, aumentando, assim, a chance de adquirir outros determinantes de resistência aos agentes β-lactâmicos no ambiente hospitalar, e contribuindo para o surgimento de cepas altamente resistentes a esta classe de antimicrobianos. / The aim of this study was evaluate the mechanisms of β-lactams resistance in P. aeruginosa clinical isolates from two hospitals, located in Brazil and United States of America (USA). We have selected 145 P. aeruginosa isolated in blood cultures. Of those, 84 and 61 isolates were recovered from patients hospitalized in Hospital São Paulo – HSP (Brazil), and in Medical College of Virginia – MCV (USA), respectively. All strains were submitted to antimicrobial susceptibility testing by agar dilution. Investigation of carbapenemase activity of crude extracts was performed by UV spectrophotometric assays. Detection of ESBL- and MBL-encoding genes was conducted by PCR, followed by amplicon sequencing. The hyperexpression of efflux systems (ABM, CDJ, EFN and XY), AmpC chromosomal β-lactamase, as well as reduced OprD expression was evaluated by quantitative real time PCR (qRT-PCR), compared to that of PA01 reference strain. Isolates from HSP showed decreased susceptibility rates for most antimicrobials tested compared to those of MCV isolates, except for ciprofloxacin. Carbapenemhydrolysis was detected in seven P. aeruginosa from HSP, in which we have identified the MBL- encoding genes blaIMP-1 (n=1), blaIMP-16 (n=1) and blaSPM-1 (n=5). In addition, the production of GES-5 was observed in a single isolate from this hospital. In contrast, neither MBL- nor ESBL-encoding genes were observed in isolates from MCV. Efflux hyperexpression was more frequently observed in P. aeruginosa clinical isolates from HSP (71.4%) than from MCV (52.4%). The efflux systems XY (41.6%) and ABM (24.6%) were more frequently hyperexpressed in isolates from HSP and MCV, respectively. The simultaneous expression of different resistance determinants in one isolate was also evaluated. This association was more frequent among HSP isolates. Reduced OprD expression was similar among isolates from HSP and MCV, 91.6% and 91.8%, respectively. The hyperexpression of AmpC was 30.9% among HSP isolates and 5.0% among MCV isolates. The efflux hyperexpression and/or porin loss might increase β-lactam MICs, although not as effectively as do β-lactamases associated with other resistant determinants. This finding suggests that such mechanisms may favor P. aeruginosa survival under selective pressure, increasing its possibility to acquire other β-lactam resistance determinants in the hospital environment, contributing to the emergence of strains highly resistant to this class of antimicrobials. / FAPESP: 06/55937-3 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:43:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000063.pdf: 1337362 bytes, checksum: fdc0d841069eb0184e4ae777bec25b84 (MD5) Previous issue date: 2007 / A Yersinia pestis é o agente causador da peste, doença infecciosa transmitida através da picada de pulgas infectadas. O homem se contamina acidentalmente ao entrar em contato com roedores ou outros animais infectados (raposas, cães e gatos) e suas pulgas. A Y. pestis é uma espécie muito homogênea, fenotipicamente, apresentando um sorotipo, um fagotipo e três biotipos. Diferentes métodos moleculares foram utilizados em estudos epidemiológicos para discriminar cepas bacterianas. No entanto, para Y. pestis isoladas em focos do Nordeste do Brasil, a maioria dos marcadores estudados não conseguiram discriminar as cepas originadas de diferentes hospedeiros, períodos e locais de isolamento. A eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) é caracterizada pela separação de fragmentos de DNA obtidos por digestão dos cromossomos com endonucleases de restrição. Essa técnica é considerada o padrão ouro dos métodos de tipagem molecular, sendo altamente discriminatória e válida para muitos patógenos bacterianos, inclusive Y. pestis de outros focos do mundo. O objetivo deste trabalho foi realizar tipagem molecular de cepas brasileiras de Y. pestis através do PFGE. Das 43 cepas de Y. pestis, 36 foram usadas para padronização da técnica e 22 cepas, obtidas antes e durante um surto de peste ocorrido no Estado da Paraíba, para avaliação do PFGE. De acordo com padrões encontrados com a endonuclease de restrição AscI, 19 perfis foram gerados. Esses genótipos foram enquadrados em oito grupos (A-H) geneticamente relacionados. A técnica do PFGE mostrou se capaz de diferenciar as cepas de Y. pestis obtidas em diferentes municípios, antes e durante o surto de peste. De acordo com a variabilidade dos padrões de restrição e o alto poder discriminatório, a técnica PFGE pode ser utilizada para diferenciação e análise de novos isolados. A padronização do protocolo do PFGE para genotipagem das cepas brasileiras de Y. pestis pode ser útil na compreensão e controle da expansão da peste

Made available in DSpace on 2012-09-06T01:11:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 925.pdf: 4327495 bytes, checksum: 2ac1e3c8c4ff6b52a165f9a04e3937d8 (MD5) Previous issue date: 2007 / O presente trabalho abrange a discussão sobre as características microbiológicas de esgotos hospitalares, bem como os impactos do lançamento destes efluentes sem um prétratamento adequado em corpos receptores, cujos riscos associados incluem a disseminação de microrganismos patogênicos no ambiente. Desta forma, estudou-se a eficiência de um sistema de tratamento de esgoto hospitalar localizado na cidade do Rio de Janeiro, para verificar se o mesmo era capaz de eliminar coliformes totais e fecais, Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae resistentes a antibióticos e vírus da hepatite A. O sistema experimental se constitui de uma unidade de reator UASB seguido de pós-tratamento por três filtros anaeróbios dispostos em série, conferindo-lhe uma característica particular. Também teve como meta a verificação da adequação de uma técnica para detectar vírus da hepatite A em amostras de esgoto e lodo de esgoto. Concluiu-se que o sistema de tratamento estudado não foi capaz de eliminar os coliformes totais e fecais, Pseudomonas aeruginosa e bactérias resistentes do efluente tratado. Entretanto, nenhum vírus da hepatite A foi detectado no efluente final tratado, indicando que este sistema pode ser eficiente na remoção de vírus patogênicos. (...) Estes resultados confirmam a emergência do problema da alta prevalência de bactérias resistentes a antibióticos nos hospitais, bem como em amostras ambientais.

Klebsiella pneumoniae (KP) pertence à família Enterobacteriaceae e é frequentemente isolada em infecções nosocomiais, reportada globalmente como uma das mais importantes causas de bacteremias. O seu tratamento usual com β-lactâmicos foi posto a prova na década de 80, com o surgimento de cepas produtoras de β-lactamases de espectro estendido (ESBLs), e posteriormente com as carbapenemases, como sua principal representante Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capazes de hidrolisar todos os β-lactâmicos. Apesar das limitadas opções, em geral as Klebsiella pneumoniae produtoras de KPC (KP-KPC) apresentam susceptibilidade às polimixinas, aminoglicosídeos e tigeciclina, que são comumente aplicadas em regimes terapêuticos combinados, dependente dos perfis de sensibilidade ou resistência a estas drogas, mas dos quais ainda não há informações suficientes para a definição do tratamento mais adequado. A escassez de opções terapêuticas é um dos fatores que contribuem para os altos índices de mortalidade das infecções por K. pneumoniae, de cerca de 40%. Assim, se fazem necessárias avaliações dos perfis fenotípicos de isolados de KP-KPC e a caracterização da disseminação deste mecanismo de resistência, avaliando a presença de perfis clonais relacionados dentro da população. A partir deste cenário, os objetivos deste trabalho foram determinar as concentrações inibitórias mínimas (CIMs) frente à polimixina B (PMB), meropenem (MEM) e tigeciclina (TGC), os perfis de sensibilidade frente a outras drogas comumente utilizadas no tratamento destas infecções, assim como caracterizar molecularmente as amostras resistentes à PMB. Para a determinação das CIMs e dos perfis de susceptibilidade foram utilizadas as técnicas de microdiluição em caldo e disco-difusão, respectivamente, e o perfil molecular foi analisado através de técnica de macrorestrição de DNA seguida por PFGE. Foram incluídas neste estudo 158 amostras isoladas de corrente sanguínea, de quatro hospitais terciários de Porto Alegre. Destas 158 amostras, nenhuma foi sensível a MEM de acordo com o Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74,7%) a PMB utilizando a recomendação do European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), e 94 (59.5%) à TGC considerando EUCAST ou 137 (86.7%) de acordo com o Food and Drug Administration (FDA). Um total de 48 (30.4%), 28 (17.7%) e 16 (10.1%) isolados foram considerados sensíveis à amicacina (AMK) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente, e 11 (7.0%), 9 (5.7%) e 9 (5.7%) reportados como sensíveis à gentamicina (GEN) de acordo com CLSI, EUCAST e USCAST, respectivamente. Doxiciclina foi o antimicrobiano mais ativo (24, 60.0%) frente aos 40 (25,3%) isolados resistentes a PMB. Destes 40 isolados, 29(72.5%) foram caracterizados molecularmente sendo encontrados 18 clones, dos quais cinco perfis clonais foram identificados em mais de um hospital. Neste estudo, pudemos demonstrar um importante aumento nos níveis de resistência às polimixinas, acompanhado por um desafiador perfil de susceptibilidade frente as outras opções terapêuticas disponíveis, ainda que os índices de sensibilidade destas drogas variem de acordo com os pontos de corte de cada comitê. Quanto à caracterização molecular, a detecção de dezoito clones diferentes e a presença do mesmo perfil em mais de um hospital provavelmente estão associadas à emergência de resistência mediada por mutações, assim como a um processo de disseminação horizontal. / Klebsiella pneumoniae (KP) belongs to the family Enterobacteriaceae and is frequently isolated in nosocomial infections, reported globally as one of the most important causes of bacteremia. Its usual β-lactam treatment was challenged in the 1980s with the emergence of extended-spectrum β-lactamase producing (ESBLs) strains, and later with carbapenemases, as its main representative Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC), capable of hydrolyze all β-lactam. Despite the limited options, KPC-producing Klebsiella pneumoniae (KPC-KP) are generally susceptible to polymyxins, aminoglycosides and tigecycline, which are commonly applied in combination therapy regimens depending on levels of sensitivity or resistance to these drugs, but of which there is still insufficient information to define the most appropriate treatment. The scarcity of therapeutic options is one of the factors that contribute to the high mortality rates of K. pneumoniae infections, of around 40%. Thus, it is necessary to evaluate the phenotypic profiles of KPC-KP isolates and the characterization of the dissemination of this resistance mechanism, evaluating the presence of related clonal profiles within the population. From this scenario, the objectives of this study were to determine the minimum inhibitory concentrations (MICs) against polymyxin B (PMB), meropenem (MEM) and tigecycline (TGC) by broth microdilution and the susceptibility profiles to aminoglycosides and other drugs by disk-diffusion method, as well as to evaluate the molecular profile of KPC-KP isolates from four tertiary hospitals in Porto Alegre. A total of 158 samples were included in this study, where none were sensitive to MEM according to the Clinical and Laboratory Standard Institute (CLSI), 118 (74.7%) to PMB using the recommendation of the European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST), and 94 (59.5%) to TGC considering EUCAST or 137 (86.7% %) according to Food and Drug Administration (FDA). A total of 48 (30.4%), 28 (17.7%) and 16 (10.1%) isolates were considered susceptible to amikacin (AMK) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively, and 11 (7.0%), 9 %) and 9 (5.7%) reported as sensitive to gentamicin (GEN) according to CLSI, EUCAST and USCAST, respectively. Doxycycline was also the most active antimicrobial (24, 60.0%) against 40 (25.3%) PMB resistant isolates. Of these 40 isolates, 29 (72.5%) were clonally related, resulting in 18 clones, where five profiles were identified in more than one hospital. In this study, we could demonstrate an important increase in the levels of resistance to polymyxins, accompanied by a challenging profile of susceptibility to other drugs, although the sensitivity indexes of the latter vary significantly according to the breakpoints of each committee. As for molecular characterization, the detection of eighteen different clones and the presence of the same profile in more than one hospital are probably associated with the emergence of resistance mediated by mutations, as well as a process of horizontal dissemination.

Brucella sp. são causadoras de brucelose, zoonose de importância mundial, sendo sua identificação muito importante para programas de controle e erradicação ou para se realizar um rastreamento epidemiológico. Em caso de brucelose humana, o tratamento é feito com uma combinação de dois antimicrobianos, sendo a rifampicina uma das possibilidades nesta associação e frequentemente utilizada; porém há relatos de casos de resistência com este antimicrobiano. Este estudo teve como objetivos: (i) tipificar a coleção de cepas de Brucella sp. pertencentes à bacterioteca do Laboratório de Bacteriologia Animal, DeMIP, ICBS, por Bruce-Ladder; (ii) testar a susceptibilidade antimicrobiana para rifampicina pelos métodos E-test e microdiluição em caldo; (iii) realizar a avaliação do fenótipo de super expressão de bomba de efluxo; (iv) investigar os eventos moleculares que levam ao desenvolvimento do fenótipo de resistência através da análise do gene rpoB; (v) detectar a presença do gene bepC. A PCR Bruce-Ladder confirmou a identificação de todas as cepas de referência e de campo testadas e classificou todas as cepas de campo, isoladas de bovinos, como B. abortus. Houve divergência na Concentração Inibitória Mínima de microdiluição em caldo e E-test em 21% das cepas analisadas. Oito das 52 cepas testadas apresentaram susceptibilidade reduzida para rifampicina pelo método de diluição em caldo. Observamos redução da CIM na presença de carbonil cianida m-clorofenilhidrazona (cccp) das cepas com susceptibilidade reduzida a rifampicina indicando uma provável ação de bomba de efluxo nesta resistência. Encontramos duas mutações no gene rpoB que não estão envolvidas com o fenótipo de resistência. O gene bepC foi detectado em 100% das cepas testadas (susceptíveis e resistentes à rifampicina) indicando que não está relacionado ao fenótipo de resistência observado. / Brucella sp. are the causative agent of brucellosis, a zoonotic disease of global importance. Their correct identification is very important to help the control and eradication programs, or to carry out an epidemiological tracing. In the case of human brucellosis, treatment is done with a combination of two antimicrobials, rifampin being one of the possibilities in this association and commonly used; however there are case reports of resistance to this antibiotic. This study aims: (i) typing the Brucella strains collection belonging to the Laboratory of Animal Bacteriology, DeMIP, ICBS, by Bruce-Ladder; (ii) test its antimicrobial susceptibility to rifampin by E-test and microdilution broth methods; (iii) evaluate the phenotype of super expression of efflux pump; (iv) investigate the molecular events that can lead to the development of resistance analyzing the rpoB gene; and (v) detect the presence of the bepC gene. The Bruce-Ladder PCR confirmed the identification of all the reference and field strains tested and classified all strains isolated from cattle, as B. abortus. There was a divergent result in the minimum inhibitory concentration (MIC) between the microdilution broth test and E-test in 21% of the strains examined. Eight of 52 strains tested showed reduced susceptibility to rifampin by the broth dilution method. It was observed MIC reduction in the presence of carbonyl cianida m-clorofenilhidrazona with the strains with reduced susceptibility to rifampin, indicating a probable action of an efflux pump in this phenotype. We found two gene mutations in the rpoB gene who aren't involved with the resistance phenotype. The bepC gene was detected in 100% of the strains tested (susceptible and resistant to rifampicin) indicating that is not probably related to the phenotype of resistance observed.

A tuberculose (TB) é uma doença infecto-contagiosa causada pelo complexo Mycobacteruim tuberculosis. A melhor forma de prevenção se baseia na detecção e na cura dos casos. Um diagnóstico acurado de TB seria essencial para a identificação e tratamento dos pacientes. O diagnóstico laboratorial recomendado baseia-se na baciloscopia e na cultura de material clínico. Novos métodos, os quais empregam técnica genética baseada na amplificação e detecção do DNA bacteriano ou do RNA, visam melhorar a velocidade, sensibilidade e especificidade da detecção da bactéria. O principal teste desse grupo é o método da reação da cadeia da polimerase (PCR). Entretanto, há discordância na literatura quanto as dados de validade da PCR aplicada ao diagnóstico de tuberculose. O presente estudo realizou uma meta-análise sobre o teste da PCR no diagnóstico de TB. O método estatístico usado estimou efeitos do teste entre os estudos primários. A sensibilidade e a especificidade foram calculadas de acordo com as suas definições: Sensibilidade = TPR, taxa de verdadeiros positivos e Especificidade = 1 FPR, onde FPR = taxa de falsos positivos. Calculamos os logit de TPR e FPR a soma e suas diferenças e fizemos uma back transformação aos eixos de TPR vs. FPR com posterior construção da curva SROC (Moses & Shapiro, 1993). A curva SROC representa uma estimativa da medida de acurácia do teste índice a qual é ajustada pelo ponto de corte tanto quanto pela interdependência dos valores de sensibilidade e especificidade obtidos de cada estudo. Foram localizados 1375 artigos através de busca base de dados do Medline no período de 1988 a 2000. Considerando os critérios de elegibilidade, foram aceitos 111 artigos. A caracterização dos estudos, a validade e a sua aplicabilidade foram apreciadas. A medida combinada de todos os estudos foi de 0,86 para a sensibilidade e 0,95 para a especificidade usando-se o método de efeitos aleatórios. A PCR in-house apresentou melhor performance do que a Amplicor. O AMTD obteve os maiores valores de acurácia possivelmente devido o rRNA apresentar múltiplas cópias por célula. Diante das evidências, a PCR se constitui num teste complementar para tuberculose devendo ter critérios próprios para a sua utilização. No entanto, este teste não contempla os atributos requeridos para a substituição da baciloscopia na rotina diagnóstica.

O objetivo deste estudo foi avaliar ex vivo a extrusão bacteriana apical após instrumentação com um sistema de instrumento único reciprocante e verificar a influência de diferentes limites e diâmetros apicais nesta. Sessenta e quatro raízes de pré-molares foram utilizadas. Os dentes foram acessados e seus canais radiculares foram contaminados com uma suspensão de Enterococcus faecalis e incubados por 30 dias possibilitando crescimento bacteriano em biofilme. Os dentes contaminados foram divididos em quatro grupos com 15 espécimes cada. O calibre dos instrumentos utilizados e comprimento de trabalho de cada grupo foram respectivamente R25 à 0mm do forame, R25 aquém 1mm, R40 a 0mm e R40 aquém 1mm. Foram feitos grupos controle de crescimento bacteriano positivo e negativo. As bactérias extruídas apicalmente durante a instrumentação foram coletadas em frascos de vidro contendo 0,9% de NaCl. As amostras microbiológicas foram retiradas destes frascos e incubadas em meio BHI ágar, durante 24 horas. O crescimento bacteriano foi contado e os resultados foram expressos em unidades formadoras de colônia (UFC). Os dados foram analisados pelo teste estatístico de Kruskal-Wallis. Não houve diferença estatisticamente significante no número de UFC entre os quatro grupos (p>0,05). A partir da análise dos resultados e dentro das limitações deste estudo foi possível concluir que independente do comprimento de trabalho e da ampliação foraminal haverá similar quantidade de extrusão bacteriana. / The aim of this work was to evaluate ex vivo the apical bacterial extrusion after instrumentation with a single instrument reciprocating system and the influence of differents working lengths and apical diameters on it. Sixty-four premolar roots were used. Endodontic access cavities were prepared and root canals were contaminated with an Enterococcus faecalis suspension and incubated for thirty days to promote bacterial biofilm growth. The contaminated teeth were divided into four groups with 15 specimens each. The files used and lengths from each group were respectively R25 at 0mm from foramen, R25 1mm shorter, R40 at 0mm from foramen and R40 1mm shorter. Positive and negative bacterial growth control groups were done. Bacterial extruded from the apical foramen during instrumentation were collected into vials containing 0.9% NaCl. The microbiological samples were taken from the vials and incubated in BHI agar medium during 24h. Bacterial growth was counted and the results were given by colony-forming units (CFU). These data were analyzed by KruskalWallis H-test. After data analysis, no significant difference was found in the number of CFU among the four groups (p > 0.05). Based on the results evaluation and within the limitation of this study, it was possible to conclude that regardless of the working length and foraminal enlargement will be similar amount of bacterial extrusion.

Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / O objetivo deste estudo foi avaliar ex vivo a extrusão bacteriana apical após instrumentação mecanizada com sistemas reciprocantes de instrumento único e movimento reciprocante (WaveOne and Reciproc) comparados a um sistema multi-instrumentos (BioRaCe). Quarenta e cinco incisivos inferiores humanos unirradiculares, ovais e de anatomia semelhante foram utilizados. Os dentes foram acessados e seus canais radiculares foram contaminados com uma suspensão de Enterococcus faecalis e incubados por 30 dias possibilitando crescimento bacteriano em biofilme. Os dentes contaminados foram divididos em três grupos com 15 espécimes cada (RE - Reciproc, WO -WaveOne e BR - BioRaCe). Foram utilizados oito dentes para grupos controle de crescimento bacteriano positivo e negativo. As bactérias extruídas apicalmente durante a instrumentação foram coletadas em frascos de vidro contendo 0,9% de NaCl. As amostras microbiológicas foram retiradas dos frascos e incubadas em meio BHI ágar, durante 24 horas. O crescimento bacteriano foi contado e os resultados foram expressos em unidades formadoras de colônia (UFC). Os dados foram analisados pelos testes estatísticos de Wilcoxon e Kruskal-Wallis. Não houve diferença estatisticamente significante no número de UFC entre os dois sistemas reciprocantes (p>0,05). Em contrapartida, o sistema de instrumentos rotatórios mostrou uma quantidade de UFC significativamente maior do que os dois outros grupos (p <0,05). A partir da análise dos resultados e dentro das limitações deste estudo foi possível concluir que todos os sistemas de instrumentação testados extruem bactérias apicalmente. No entanto, ambos os sistemas de instrumento único e movimento reciprocante extruem menos bactérias apicalmente do que o sistema rotatório multi-instrumentos de referência. / The aim of this work was to evaluate ex vivo the apical bacterial extrusion of reciprocating single-file systems (Wave One and Reciproc) compared to a multi-file rotary system (BioRaCe). This was tested in the current study using extracted, single-rooted teeth with oval canals (n = 45) with similar anatomy. Endodontic access cavities were prepared and root canals were contaminated with an Enterococcus faecalis suspension and incubated for thirty days to promote bacterial biofilm growth. The contaminated teeth were divided into three groups with 15 specimens each (RE - Reciproc, WO- Wave One and BR - BioRaCe). Positive and negative bacterial growth control groups were done. Bacterial extruded from the apical foramen during instrumentation were collected into vials containing 0.9% NaCl. The microbiological samples were taken from the vials and incubated in BHI agar medium during 24h. Bacterial growth was counted and the results were given by colony-forming units (CFU). These data were analyzed by Wilcoxon matched-pairs signed rank test and KruskalWallis H-test. After data analysis, no significant difference was found in the number of CFU between the two reciprocating systems (p > 0.05). Conventional multi-file rotary system group showed significantly higher CFU than both of the other two reciprocating groups (p<0.05). Based on the results evaluation and within the limitation of this study, it was possible to conclude that all tested instrumentation systems extruded bacteria beyond the apex. However, both reciprocation single-file systems apically extruded fewer bacteria than the conventional multi-file rotary system.