Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2004-04-07Bitstream added on 2014-06-13T19:14:40Z : No. of bitstreams: 1 silveira_el_me_jabo.pdf: 655008 bytes, checksum: ac46de019a2703894b3c1bc37633b43c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Métodos tradicionais de isolamento e cultivo limitam análises da diversidade microbiana no meio ambiente, pois acredita - se que aproximadamente 10% desses microrganismos possam ser cultivados. A ecologia microbiana molecular teve recentes progressos através da construção de bibliotecas metagenômicas, o que constitui uma poderosa abordagem para explorar a diversidade microbiana de solo fornecendo inclusive dados sobre os microrganismos não cultiváveis desse habitat. Este trabalho teve por objetivo comparar e estimar a diversidade de comunidades bacterianas, em solos de duas áreas, sendo solo de Floresta Nativa (SFN) e a outra sob arboreto com eucaliptos (SAE) de uma mesma região. Utilizando oligonucleotídeos iniciadores específicos, o gene 16S rRNA foi amplificado por PCR, os amplicons foram clonados em pGEMR-T e os clones obtidos seqüenciados parcialmente. No solo SFN foram analisados 231 clones e no solo SRE 248 clones. As seqüências obtidas foram submetidas à análise de similaridade de nucleotídeos com o banco de dados GenBank. Os filos bacterianos que mais se destacaram nos dois tipos de solo foram Acidobacteria e Proteobacteria. No solo SFN destacaram-se também as bactérias pertencentes ao filo Bacteroidetes e no solo SAE observou-se alta freqüência das bactérias Actinobacteria. Análises filogenéticas revelaram diferenças em ambos os solos, verificando através de índice de diversidade bacteriana observou-se que o solo sob eucalipto apresentou maior diversidade quando comparado ao solo sob de Floresta Nativa. / Traditional methods of isolation and culture limits the analyses of the microbian diversity in the environment, because it is believed - that approximately 10% of these microrganisms can be cultivated. The molecular microbian ecology have had recent progress through the construction of metagenomics Iibraries, what constitutes a powerful boarding to explore the microbian diversity of soil, also supplying information on the microrganisms that cannot be cultivated on this habitat. This work had the objective of stimate the diversity of bacterial communities, in two areas, an area of Native Forest (SFN) and the another one under eucalypts (SAE) of the same region. Using specific oligonucleotides starters, the gene 16S rRNA was amplified by PCR, amplicons had been cloned in pGEMR-T and the obtained clones were partial/y sequenced. In the soil SFN, 231 clones had been analyzed and 248 clones in the soil SAE. The sequences obtained were submitted to the nucleotides similarity analysis with the GenBank database. The bacterial phylum that was more evident in the two types de soil were Acidobacteria and Proteobacteria. In the soi! SFN the bacteria of the phylum Bacteroidetes were evident and in the soil SRE high frequency of the Actinobacteria bacteria was observed. Phylogenetic analyses reveled an extensive diversity in both soils, verified through diversity index differences in the bacterial communities in both areas, and that the area under eucalypt presented more diversity in relation to the area of Native Forest.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-07-25Bitstream added on 2014-06-13T19:07:49Z : No. of bitstreams: 1 schorer_m_me_jabo.pdf: 422367 bytes, checksum: 37206debb94744d658461678b9bf1e34 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Em peixes, o 'beta'- glucano apresenta uma potente função imunoestimulante sendo cada vez maior a sua utilização como suplemento alimentar, aumentando significantemente a resistência à exposição infecciosa. Este prebiótico tem função de prevenir a colonização de patógenos por intensificar a ativação de macrófagos, proporcionando benefícios ao trato gastrointestinal e resultando em melhor desempenho e resistência a doenças. Este estudo teve a finalidade de avaliar os efeitos do 'beta' - glucano adicionado às rações peletizadas e extrusadas sobre o desempenho produtivo, indicadores de estresse, perfil hematológico e sobrevivência do pacu. Este experimento foi conduzido no Laboratório de peixes ornamentais, do Centro de Aqüicultura da UNESP (CAUNESP), em Jaboticabal, São Paulo. Foram utilizados 640 juvenis de pacu, com 24,7 ± 2,0 g, distribuídos em 32 aquários de vidro (130L). Os parâmetros físico – químicos da água foram mensurados quinzenalmente. Os peixes foram alimentados duas vezes ao dia, uma pela manhão e outra ao fim do dia. Os experimentos apresentaram um delineamento experimental inteiramente casualizado em esquema fatorial 2 x 4, utilizando níveis de inclusão do 'beta'– glucano de: 0 (controle), 0,1%, 0,2% e 0,3% por kg/ ração. Os níveis de'beta'-glucano avaliados neste estudo, não proporcionaram ganhos significativos no desempenho produtivo de juvenis de pacu, porém o tratamento 0,3% apresentou melhores resultados no GP, PF e TCE. A administração do 'beta'- glucano na dieta, durante todo período experimental, provocou alterações nos parâmetros hematológicos e indicadores de estresse do pacu. Os peixes alimentados com o 'beta'-glucano apresentaram maior resistência à infecção da bactéria A. hidrophila. Sendo assim, o tratamento 0,1% apresenta um custo/kg inferior e garante eficácia na saúde de juvenis de pacu. / In fish, glucano has shown a potent immunostimulant function. The use of glucano is increasing significantly the resistance to diseases after infectious exposition. This prebiotic may be prevent the bacterial colonization, and activated macrophages, been beneficial to the digestive tract, resulting in better performance and disease resistance. This study will evaluate the glucano effects added in palletized and extruded diets of fish, analyzing fish perfOrmance, stress indicators, hematological profile and survival of pacu. This study was driven in Laboratory of ornamental fish, on Centro de Aqüicultura of UNESP (CAUNESP), in Jaboticabal, São Paulo. Were used 640 pacu juveniles, with 24,7 ± 2,0 g, distributed in 32 aquarium (130 L). The physical and chemical water parameters were measured every two weeks. Fish were fed twice a day, in the morning and another at the end of the day. In this trial were used 640 pacu juveniles (24.7 ± 2.0 g) distribuided in 32 aquariums (20 fish/aquarium). Throughout the experimental period, water remained at 26.5 oC and the others limnological parameters (dissolved oxygen, pH, alkalinity, ammonia and conductivity) stayed within normal values for the specie. The experimental trial design was entirely casualized in factorial scheme 2 x 4, evaluating two proceeding of diets (extruded and pelletized) and four 'beta' - glucan levels in diets: 0 (control), 0.1%, 0.2% and 0.3% with four repetitions. In this study,'beta' – glucan levels do not provide significant gains on pacu juveniles performance, but treatment with 0,3% – glucan showed better results of weight gain, weight final and specific growth rate. The administration of glucan in the diet, caused changes in hematological parameters and stress indicators in pacu. The fishes fed with glucan showed greater resistance to infection with A. hidrophila. Thus, treatment with 0,1% of glucan presented a lower cost/kg and shows efficiency in health of pacu juveniles.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:29:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 5442.pdf: 24447413 bytes, checksum: 0fb87e9809105da0cdcac9e0a602e588 (MD5) Previous issue date: 2013-07-03 / Financiadora de Estudos e Projetos / The occurrence of nuisance phytoplankton blooms is a worldwide problem that affects water quality and other aquatic biota. Bacterial (non-cyanobacterial) communities can influence and interfere with the formation, maintenance and termination of such blooms via many biotic interactions. The bacterial communities associated with 3 bloom forming phytoplankton species, the Cyanobacteria Microcystis aeruginosa and Cylindrospermopsis raciborskii and the diatom Aulacoseira granulata, were assessed by the 454-Pyrosequencing of 16S rRNA gene amplicons (V3-V5 regions). The aims of this work were to verify if different bacterial communities would develop with different host species, or in different fractions (attached and free-living bacteria) and different growth phases (physiological state) of each phytoplankton species. Still using pyrosequencing data, the strength of phytoplankton-bacteria association was analyzed for M. aeruginosa and A. granulata by culturing the phytoplankton species with different bacterial inocula (and growth medium for the cyanobacteria). Furthermore, the effects of bacterial strains isolated from attached community of A. granulata and M. aeruginosa cultures were tested on the growth of the phytoplankton species. Significantly different bacterial communities developed: i) in response to physiological state and between fractions of the same phytoplankton culture, and ii) in response to the different host phytoplankton species, with major differences in the proportion of the OTUs between phytoplankton cultures rather than in the absence or presence of specific bacterial taxa. Differences between experiments significantly changed the BCC that developed associated with the same host species. However, some bacterial OTUs were found associated with the same phytoplankton species in different experiments, suggesting a tight association with the host species. Most of the strains either isolated from M. aeruginosa or from A. granulata affected negatively the growth of the diatom. However, the isolated strains had no effect on the cyanobacterial growth, suggesting the importance of bacterial community to the dominance of M. aeruginosa on Barra Bonita Reservoir, at least concerning to the competition with A. granulata. / A ocorrência de florações fitoplanctônicas é um problema mundial e que afeta a qualidade da água e a biota aquática. A comunidade bacteriana pode influenciar e interferir na formação, manutenção e término de tais florações por meio de diversas interações bióticas. Neste trabalho, por meio do sequenciamento massivo (pirossequenciamento) das regiões V3-V5 do gene RNAr 16S, foram caracterizadas as comunidades bacterianas associadas a 3 espécies fitoplanctônicas formadoras de blooms: as cianobactérias Microcystis aeruginosa e Cylindrospermopsis raciborskii e a diatomácea Aulacoseira granulata. Os objetivos do trabalho foram verificar se diferentes comunidades bacterianas desenvolvem-se com diferentes espécies hospedeiras ou em diferentes frações (aderidas e livres) e fases de crescimento (estados fisiológicos) de cada espécie fitoplanctônica. Ainda utilizando os dados de pirossequenciamento, a consistência dessas associações foi testada para M. aeruginosa e A. granulata por meio do cultivo de cada espécie fitoplanctônica com diferentes inóculos bacterianos (e meio de cultura para a cianobactéria). Além disso, os efeitos de bactérias aderidas isoladas de A. granulata e M. aeruginosa foram testados sobre o crescimento de ambas as espécies fitoplanctônicas. Comunidades bacterianas significativamente diferentes se desenvolveram: i) em resposta ao estado fisiológico e entre diferentes frações da mesma espécie fitoplanctônica, e ii) em resposta às diferentes espécies fitoplanctônicas hospedeiras, com maiores diferenças na proporção das UTOs (unidades taxonômicas operacionais) do que na presença/ausência de UTOs específicas. Diferenças entre experimentos (e inóculos bacterianos) alteraram significativamente a composição da comunidade bacteriana associada a uma mesma espécie fitoplanctônica. Algumas UTOs foram recorrentes nos diferentes experimentos, sugerindo uma associação mais consistente com a espécie hospedeira. A maioria das linhagens bacterianas isoladas de M. aeruginosa ou de A. granulata afetou negativamente o crescimento da diatomácea. No entanto, nenhuma linhagem ou mistura de linhagens apresentou efeito sobre a cianobactéria durante seu crescimento exponencial, sugerindo a importância da comunidade bacteriana para a dominância de M. aeruginosa no reservatório de Barra Bonita, ao menos em relação à competição com A. granulata.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:30:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseRF.pdf: 1749892 bytes, checksum: 8ed23527333a9adbbafc95558e9a91d8 (MD5) Previous issue date: 2005-06-10 / Financiadora de Estudos e Projetos / Strains Lc (CCT 7277) and Lg (CCT 7137), isolated from landfill leachate-contaminated groundwater and found to produce exopolysaccharides (ESP), were characterized by polyphasic taxonomy. The growth and EPS production of Lg strain on sugarcane molasses, at concentrations between 2% and 10% and on the standard GYM medium were studied and its responses to nutrient starvation were analysed. Morphological, biochemical, chemotaxonomic and molecular tests indicated that Lc and Lg have properties typical of Gordonia polyisoprenivorans DSM 44303T. Viable cell counts revealed that GYM medium was the best for growth (µmax = 0,232 h-1). EPS production started during the exponential phase and continued during the stationary phase, in all culture media. After 24h of stationary phase, G. polyisoprenivorans CCT 7137 showed a highest total EPS production in 6% (172,86 g/l) and 10% (139,47 g/l) sugarcane molasses media, a highest EPS production for unit of cellular concentration in 10% sugarcane molasses medium (39,03 x 10- 11g/UFC) and a highest porcentage of free EPS in 2%, 6% e 10% sugarcane molasses media (88,37%, 62,4% e 64,22%, respectively). G. polyisoprenivorans CCT 7137 showed three responses to nutrient starvation: a decrease in the cell viability (13,7% and 3,25% after 7 and 56 days respectively), a reduction in cell size (from 0,55 to 0,33 µm3) and a cell shape change (from rod to coccobacillus). G. polyisoprenivorans CCT 7277 and CCT 7137 are two of six strains of G. polyisoprenivorans so far isolated and recorded in the literature, and the first strains found in a brazilian ecosystem. The data presented here suggest the potencial of G. polyisoprenivorans CCT7137 to be used as ultramicrobacteria in porous media experiments such as to aim for the study of sugarcane molasses as nutrient source for in situ EPS to biorremediate contaminated sites through the biobarrier technology. / As linhagens Lc (CCT 7277) e Lg (CCT 7137), isoladas da água subterrânea contaminada pelo chorume de um antigo aterro controlado (São Paulo, Brasil) e produtoras de exopolissacarídeos (EPS), foram caracterizadas por taxonomia polifásica. A linhagem Lg teve a) o crescimento e a produção de EPS analisados em meio GYM e em diferentes concentrações de melaço-de-cana de açúcar (entre 2% e 10%) e b) o desempenho avaliado quando submetida ao processo de desnutrição. As análises morfológicas, bioquímicas, quimiotaxonômicas e moleculares mostraram que as linhagens Lc e Lg possuem propriedades típicas da linhagem tipo de Gordonia polyisoprenivorans (DSM 44302T). A análise do número de células viáveis mostrou que o meio GYM foi o que mais favoreceu o crescimento da bactéria (µmax = 0,232 h-1). A produção de EPS , em todos os meios de cultura, iniciou-se durante a fase exponencial e continuou ao longo da fase estacionária de crescimento. Após 24h de fase estacionária foi detectada uma maior produção de EPS total nos meios melaço 6% (172,86 g/l) e 10% (139,47 g/l), uma maior produção de EPS total por unidade de concentração celular no meio melaço 10% (39,03 x 10-11g/UFC) e uma maior porcentagem de EPS livre nos meios melaço 2%, 6% e 10% (88,37%, 62,4% e 64,22% do total de EPS, respectivamente). G. polyisoprenivorans CCT 7137 apresentou, como respostas de sobrevivência à desnutrição, redução da densidade de células cultiváveis (13,7% e 3,25% após 7 e 56 dias, respectivamente), redução no volume celular (de 0,55 para 0,33 µm3) e alteração da forma celular que passou de bastonete para cocobacilar. Gordonia polyisoprenivorans CCT 7277 e CCT 7137 constituem duas das seis linhagens de G. polyisoprenivorans até então isoladas e as primeiras isoladas de ecossistema brasileiro, Os dados obtidos no presente trabalho mostraram o potencial de G. polyisoprenivorans CCT7137 para ser utilizada como ultramicrobactéria em testes em meio poroso e para se estudar a utilização de melaço de cana-de-açúcar como meio nutriente para a produção de EPS in situ visando a biorremediação de ambientes impactados, utilizando a tecnologia de biobarreiras.

Orientador: Joao Carlos Domingues Repka / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciencias da Saúde, Programa de Pós-graduação em Medicina Interna / Inclui bibliografia / Resumo: Este trabalho é o resultado do estudo da prevalência do vírus tipo 1 da imunodeficiência humana (HIV-1) com identificação dos prováveis fatores de risco e co-prevalência do HIV-1 com o antígeno de superfície do vírus da hepatite B (HBsAg) realizado em prostitutas na cidade portuária de Paranaguá, no Estado do Paraná, Brasil, no ano de 1 992. A obtenção dos dados foi possível através de questionário, havendo coleta de sangue para análise da presença dos anticorpos contra o HIV-1 e também da presença do antígeno de superfície do vírus da hepatite B. A freqüência da soropositividade para o HIV-1 foi de 4,5% e do HBsAg foi de 3,0%. A presença do HBsAg está estatisticamente relacionada com a postividade do HIV-1. O fato de não usar preservativo por não ver importância e o contato com parceiros bissexuais se mostraram como fatores de risco estatisticamente significativos para a infecção pelo HIV-1 / Abstract: This work is the result of a study about the prevalence of the type 1 virus of human immunodeficiency (HIV-1) along with the identification of the probable risk factors and co-prevalence of the HIV-1 with the surface antigen of hepatitis B virus (HBsAg), which took place in the city of Paranagua, which is a harbour, in the State of Parana, in Brazil, with prostitutes in the year of 1992. The collecting of the data was done through questionaires and blood samples to identify the presence of antibody of the HIV-1 and also the presence of the of hepatitis B surface antigen. The soropositivity frequency of the HIV-1 was 4,5% and the HBsAg was 3.0%. The presence of HBsAg is statistically related to the HIV-1 presence. The none use of condoms for not finding it necessary and also the sexual intercorse of bisexual partners are the major statistically proven risk factors for the HIV-1 infection. xiv

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1802890 bytes, checksum: 0b75928115b5c4403a010430868a5dbc (MD5) Previous issue date: 2012-02-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Ralstonia solanacearum (RS) is a bacterial complex species that causes the bacterial wilt in hundreds of plant hosts, inducing heavy losses mainly on cultivated solanaceus species in tropical and subtropical countries. The race 3 biovar 2 (R3B2) of the pathogen causes not only direct losses but latent infections in many hosts, like the geranium, which facilitates its dissemination in and between countries. In the last decade, it was introduced in USA by infected geranium from Kenya and Guatemala, causing great concerns due the adaptation of this variant to the potato crop. In USA, the R3B2 of RS acquired the status of bioterrorism agent and now faces strong quarantine restrictions in the country. In this work we evaluated the pathogenicity of 36 Brazilian RS strains to geranium, most of them of R3B2. These strains were evaluated to their capacity of infecting geranium (Pelargonium peltatum and P. hortorum), potato and tomato. Seedlings were inoculated by xylem penetration with a pin contaminated at the time of inoculation by touching it onto the selected colony. Ten strains of biovar 1, 22 of biovar 2 and two of biovar 3 were used for comparison proposes. The disease incidence was measured every two days by the percentage of symptomatic plants. The strains were identified in order to analyze the eventual correlations among host of origin, biovar and phylotype. All the five geranium cultivars tested were susceptible, but with different responses among strains. The geraniums were less susceptible than solanaceous hosts tested. Nineteen strains infected one or two of the hosts and 17 infected at least one of the three hosts. The races 1 and 3, biovars 1, 2 and 3, phylotypes I and II, were all capable of infecting geranium. The capacity of R3B2 Brazilian strains to infect the geranium requires special methods for identification and detection of the bacteria in greenhouses for plants produced for export. It was not possible to group the strains according to pathogenic and molecular characteristics; therefore, it is proposed that complete genome analysis be performed to unveil eventual host specificity for some isolates. / Ralstonia solanacearum (RS) é uma espécie bacteriana complexa que causa a murcha bacteriana em centenas de plantas hospedeiras, provocando grandes perdas principalmente em solanáceas cultivadas em países de clima tropical e subtropical. Especificamente a raça 3 biovar 2 (R3B2) do patógeno, além de causar perdas diretas, causa infecções latentes em diversas hospedeiras, como o Pelargonium sp., o que facilita sua disseminação dentro e entre países. Por exemplo, na última década, esta bactéria foi introduzida nos EUA desta forma, causando preocupação em virtude da adaptação dessa variante à cultura da batata. Face à sua forte restrição quarentenária principalmente em países da América do Norte, onde adquiriu status de agente de bioterrorismo, avaliou-se a patogenicidade a gerânio de 36 isolados brasileiros, com ênfase na R3B2 de RS. Esses isolados foram avaliados quanto à sua capacidade de infectar gerânios (P. peltatum, P. hortorum), batata e tomate. Plantas jovens foram inoculadas pela penetração do xilema com um alfinete esterilizado contaminado pelo toque em colônia de RS de cada isolado. Foram usados 36 isolados, sendo 10 da biovar 1, 22 da biovar 2, dois da biovar 3 e dois de gerânio. A incidência da doença foi medida a cada dois dias pela porcentagem de plantas com sintomas da doença. Além do teste de patogenicidade a gerânio, os isolados foram identificados em filotipos com a finalidade de verificar se os isolados capazes de infectar estas hospedeiras se agrupavam de maneira a explicar alguns dos comportamentos. Todas as cinco cultivares de gerânio foram suscetíveis, porém ocorreram variações quanto à resposta entre isolados. Os gerânios, em geral, são menos suscetíveis a todos os isolados quando comparados com batata e tomate. Dezenove dos 36 isolados infectaram uma ou duas das espécies testadas e 17 infectaram ao menos uma planta de todas as espécies hospedeiras avaliadas. Isolados das raças 1 e 3, biovares 1, 2 e 3, filotipos I e II, foram capazes de infectar o gerânio. A capacidade de isolados brasileiros da R3B2 de RS de infectar o gerânio faz com que sejam necessários métodos especiais para identificação e detecção da bactéria em viveiros de plantas visando a exportação. Não foi possível agrupar os isolados segundo suas características patogênicas e moleculares; então, é proposto que análises de genoma completo sejam realizadas para que pequenos deste, possam revelar a gama de hospedeiras.

Made available in DSpace on 2015-04-01T12:09:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 4073387 bytes, checksum: 8309cf98c379c11892e9d5cd2fae29dd (MD5) Previous issue date: 2011-12-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Soil samples of native pasture (site A) and of soil cultivated with grass Paspalum conjugatum, Bergius (site B) collected from Caatinga vegetation in the semi-arid region in Paraíba state (07°23‟27 S 36°31‟58 W) were utilized for constructing four metagenomic libraries, aiming the evaluation of microbial diversity through amplification of gene 16S rRNA of domains Bacteria and Archaea. The metagenomic DNAs were extracted by utilizing FastDNA® SPIN Kit for Soil (BIO 101), which were amplified by PCR, by using universal primers 27F / 1525R (Bacteria) and 20F / 958R (Archaea). The purified fragments were linked to vector pGEM Teasy and transformed by thermal shock in chemically competent Escherichia coli DH10B. Transformants were cultivated in LB/Ampicillin medium (100 μM/ml), IPTG (800 μg/mL) and XGal (80 μg/mL) at 37ºC/18-20 h. A selection of 250 clones of each library was performed, sequenced and after discarding the low quality sequences and chimerics, 64 and 68 sequences were obtained (Bacteria) and 89 and 141 sequences (Archaea) from soils of sites A and B, respectively, which were compared to public bank of data RDB and NCBI (similarity >95%). In site A the phylum Acidobacteria (48.4%) was the most abundant, followed by phyla Bacteroidetes (10.9%), Proteobacteria (10.9%), and Firmicutes (6.3%). In site B Proteobacteria (45.6%) was the most abundant, followed by Firmicutes (10.3%), Acidobacteria (8.8%), Bacterioidetes (7.3%); and also Cyanobacteria (1.5%) and Planctomycetes (1.5%) which were not found in site A. Among the sequences obtained, 23.4% (site A) and 25.0% (site B) were not classified (similarity <95%). In the domain Archaea the phyla found were Euryarchaeota (3.4 and 45.4%) and Crenarchaeota (2.2 and 3.5%), in sites A and B, respectively; it should be observed that 94.4% and 51.1% of the sequences were not classified (similarity <95%), between sites A and B, respectively. Larger diversity (Shannon‟s índex), richness (Chao 1), and distribution (equity index) of communities were observed at species level, in the phyla Bacteria and Archaea, in both sites. The metagenomic libraries 16S rRNA of Bacteria and Archaea, when compared by using the LIBSHUFF program, differed significantly (p<0.0001). The results of the present study showed the occurrence of a great diversity of bacteria and archaea in that semi-arid environment, with peculiar features of elevated temperature and hydric limitations, emphasizing the possibility of investigations on search of new genes and/or microbial isolates with biotechnological potential. / Amostras do solo da pastagem nativa (sítio A) e sob cultivo do capim marrequinho (Paspalum conjugatum, Bergius) (sítio B), coletadas na região semi-árida do bioma Caatinga, Paraíba, (07°23‟27 S 36°31‟58 O), foram utilizadas para construção de quatro bibliotecas de clones metagenômicos, para avaliação da diversidade microbiana pela amplificação do gene 16S rRNA dos domínios Bacteria e Archaea. Os DNA metagenômicos foram extraídos utilizando FastDNA® SPIN Kit for Soil (BIO 101), os quais foram amplificados por PCR utilizando primers universais, 27F / 1525R (Bacteria) e 20F / 958R (Archaea). Os fragmentos purificados foram ligados ao vetor pGEM Teasy e transformados por choque térmico em Escherichia coli DH10B quimicamente competente. Os transformantes foram cultivados em meio Agar LB/Ampicilina (100 μ/mL), IPTG (800 μg/μL) e XGal (80 μg/μL), a 37ºC/18-20 h. Foram selecionados 250 clones de cada biblioteca os quais foram sequenciados e após descarte das sequências de baixa qualidade e quiméricas, foram obtidas 64 e 68, 89 e 141 sequências para Bacteria e Archaea, nos solos dos sítios A e B, respectivamente, as quais foram comparadas em banco de dados públicos RDB e NCBI (≥95% de similaridade). No sítio A o filo Acidobacteria (48,4%) foi o mais abundante, seguido dos filos Bacteroidetes (10,9%), Proteobacteria (10,9%), e Firmicutes (6,3%). No sítio B Proteobacteria (45,6%) foi o de maior destaque, seguido de Firmicutes (10,3%), Acidobacteria (8,8%), Bacterioidetes (7,3%); e ainda Cyanobacteria (1,5%) e Planctomycetes (1,5%), que não foram encontrados no sítio A. Entre as sequências geradas, 23,4% (sítio A) e 25,0% (sítio B) não foram classificadas (similaridade <95%). No domínio Archaea foram encontrados os filos Euryarchaeota (3,4 e 45,4%) e Crenarchaeota (2,2 e 3,5%), nos sítios A e B, respectivamente; destacando-se que 94,4% e 51,1% das sequências não foram classificadas (similaridade <95%), entre os sítios A e B, respectivamente. Uma maior diversidade (índice de Shannon), riqueza (índice Chao 1) e distribuição (índice de equidade) das comunidades foram observadas no nível de espécies, tanto para Bacteria como para Archaea, nos dois sítios. As bibliotecas de clones metagenômicos 16S rRNA de Bacteria e Archaea, quando comparadas, utilizando-se o programa LIBSHUFF, diferiram significativamente (p<0,0001). Os resultados desse estudo mostraram a ocorrência de uma grande diversidade de bactérias e arqueas, nesse tipo de ambiente pouco estudado e com características peculiares de temperatura elevada e limitações hídricas, com possibilidade de busca de novos genes e/ou isolados microbianos, com potencial biotecnológico.

Made available in DSpace on 2015-04-01T14:16:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 1728060 bytes, checksum: 29c473da9426832816bbcb073e84e4f1 (MD5) Previous issue date: 2014-10-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Bacterial resistance to drugs can happen due to different mechanisms. Among these, efflux bombs highlights and these structures are integrant part of membran cell. The increasing incidence of resistant bacteria has undermined the therapeutic value of available antibacterials, creating the necessity, increasingly, the search for alternatives that can reverse or decrease the resistance, as the search for inhibitors of resistance mechanisms. In order to resolve this problem, products from plants (extracts, essencial oils and phytoconstituents) rise as rich research source on drug resistance modulators , that is, drugs that increase antibiotics activity or even revert bacterial resistance. In this work, we investigated how modifiers of antibiotic activity act in Staphylococcus aureus strains that are efflux bombs carriers. The essencial oils used were extracted from Rosmarinus officinalis L., Illicium verum Hook., Cananga odorata, Eucalytus globulus, Pelargonium graveolens , Citrus paradisi, Cymbopogon flexuosus, Melaleuca alternifolia, Mentha Spicata, Origanum vulgare, Cymbopogon Martini, and their major constituents used were 1,8-cineol, Anetol, Trans-Caryophyllene, Citronelol, Limoneno, Citral, Terpenen-4-ol, L-carvone, Carvacrol and Geraniol. Our results show that the natural products evaluated, in general, present significant antibacterial activity, and probably they operate as modifiers of antibiotic activity, strains through reduction of CIM of tested antibiotics (tetracycline, erythromycin and norfloxacin) from 2 to16 fold. The results show that natural products from plants are in fact potential antibiotics adjuvants. / A resistência bacteriana a drogas pode ser ocasionada por diferentes mecanismos. Dentre esses, podemos destacar as chamadas bombas de efluxo as quais são partes integrantes da membrana plasmática. A crescente incidência de bactérias resistentes tem minado o valor terapêutico dos antibacterianos existentes, criando a necessidade, cada vez maior, da busca por alternativas capazes de reverter ou diminuir a resistência. Na tentativa de encontrar uma solução para esse problema, os produtos de origem vegetal (extratos, óleos essenciais e fitoconstituintes) surgem como uma rica fonte de pesquisa na busca de potenciais moduladores da resistência à droga , ou seja, drogas que aumentam a atividade de certos antibióticos ou mesmo revertem a resistência bacteriana. Neste trabalho, avaliamos o efeito modificador da atividade antibiótica em linhagens de Staphylococcus aureus - portadoras das bombas de efluxo - o óleo essencial de Rosmarinus officinalis L., Illicium verum Hook., Cananga odorata, Eucalytus globulus, Pelargonium graveolens , Citrus paradisi, Cymbopogon flexuosus, Melaleuca alternifólia, Mentha Spicata, Origanum vulgare, Cymbopogon Martini e seus constituintes majoritários, 1,8 cineol, Anetol, Trans-Caryophyllene, Citronelol, Limoneno, Citral, Terpinen-4-ol, L-carvone, Carvacrol e Geraniol. Como resultado, observou-se que os produtos naturais avaliados, de maneira geral, apresentaram significativa atividade antibacteriana e podem atuar como modificadores da atividade antibiótica ao reduzirem a CIM dos antibióticos testados (tetraciclina, eritromicina e norfloxacina) de 2 a 16 vezes. Os resultados indicam que produtos naturais de origem vegetal são, de fato, potenciais adjuvantes de antibióticos.

Submitted by AMANDA LEAL DE VASCONCELLOS null (amanda-vet@outlook.com) on 2016-09-26T19:39:40Z No. of bitstreams: 1 TESE final.pdf: 2420370 bytes, checksum: 11407f34dc5b53fad76dcfcdadeb15f5 (MD5) / Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-09-27T18:59:29Z (GMT) / Submitted by AMANDA LEAL DE VASCONCELLOS null (amanda-vet@outlook.com) on 2016-12-18T18:24:39Z No. of bitstreams: 1 TESE final.pdf: 2420370 bytes, checksum: 11407f34dc5b53fad76dcfcdadeb15f5 (MD5) / Rejected by Felipe Augusto Arakaki (arakaki@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido está sem a ficha catalográfica. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão com o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-12-20T17:23:22Z (GMT) / Submitted by AMANDA LEAL DE VASCONCELLOS null (amanda-vet@outlook.com) on 2017-01-31T19:44:28Z No. of bitstreams: 1 TESE final - ficha catalográfica.docx: 4750401 bytes, checksum: dbb6b101681f0831572701d476461d32 (MD5) / Rejected by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: A versão final da dissertação/tese deve ser submetida no formato PDF (Portable Document Format). O arquivo PDF não deve estar protegido e a dissertação/tese deve estar em um único arquivo, inclusive os apêndices e anexos, se houver. Por favor, corrija o formato do arquivo e realize uma nova submissão. Agradecemos a compreensão. on 2017-02-03T12:10:01Z (GMT) / Submitted by AMANDA LEAL DE VASCONCELLOS null (amanda-vet@outlook.com) on 2017-02-05T17:51:50Z No. of bitstreams: 1 TESE final - ficha catalográfica.pdf: 2492463 bytes, checksum: 31f8926ecfbe121c3aaf71eb9b3e0bf5 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-02-09T11:36:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 vasconcellos_al_dr_jabo.pdf: 2492463 bytes, checksum: 31f8926ecfbe121c3aaf71eb9b3e0bf5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-09T11:36:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 vasconcellos_al_dr_jabo.pdf: 2492463 bytes, checksum: 31f8926ecfbe121c3aaf71eb9b3e0bf5 (MD5) Previous issue date: 2016-07-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O objetivo do presente estudo foi padronizar a metodologia de citologia de lavado vesical preparado pelo método de citocentrifugação, avaliar o padrão das células epiteliais de transição em cães e aplicabilidade clínica da citopatologia esfoliativa como método complementar de diagnóstico de doenças vesicais em cães. O estudo foi realizado em duas fases. A primeira incluiu 34 pacientes sem anormalidade ou doença vesical (cães adultos, machos e fêmeas), para padronização da metodologia e caracterização da celularidade normal. Na segunda fase foram avaliados 95 pacientes (cães adultos, machos e fêmeas), com ou sem sinais do trato urinário inferior. Em ambas as fases os cães foram avaliados por meio de exames de rotina, com destaque para sedimentoscopia de urina, urocultura e exame ultrassonográfico da bexiga, além da citologia de lavado vesical preparada pelo método de citocentrifugação (colorações de Papanicolaou, Giemsa, Rosenfeld modificado e Gram – somente na segunda fase). Os resultados obtidos indicaram que a técnica empregada no estudo para recuperação celular realizada com barbotagens de três ciclos utilizando 1mL/kg de solução salina, se mostrou eficaz para avaliação de células uroteliais de cães sadios. Com o segundo estudo, que incluiu pacientes com doença vesical, concluiu-se que o conjunto de avaliações para o diagnóstico de doença vesical empregado são complementares e as contribuições de cada exame variam de acordo com o tipo de enfermidade a ser diagnosticada. A citologia de lavado vesical se mostrou como exame tão relevante quanto a sedimentoscopia no que se refere às características de sensibilidade e especificidade para detectar sadios e doentes, mas com as vantagens de conferir refinamento aos diagnósticos ou viabilizar o diagnóstico não concluído pelos exames anteriores. / The objective of this study was to standardize the methodology for cytology bladder washing prepared by cytospin method to evaluate the pattern of epithelial transition cells in dogs and the clinical applicability of exfoliative cytology as a complementary method for of bladder diseases diagnosis in dogs. The study was conducted in two phases. The first one included 34 patients without bladder abnormality or disease (adult dogs, male and female), for standardization of the methodology and characterization of the typical cellularity. In the second phase it was evaluated a group of 95 patients (adult dogs, male and female), with or without lower urinary tract signs. In both phases the dogs were evaluated by routine tests, especially sediment of urine, urine culture and ultrasound bladder examination, as well as cytology of bladder washing prepared by cytospin (stains of Papanicolaou, Giemsa, Rosenfeld modified and Gram - only in the second phase). The results indicated that the technique used in the study for cell recovery, performed with three barbotage cycles using 1 mL/kg of saline, was effective for urothelial cells evaluation from healthy dogs. In the second study, which included patients with bladder disease, it is concluded that the employed set of evaluations for bladder disease diagnosis are complementary and the contributions of each test vary with the type of disease to be diagnosed. The cytology of bladder washing showed was as relevant as the sediment, considering the sensitivity and specificity to detect healthy and sick patients, but with the advantages of giving refinement to enable diagnosis or the diagnosis not completed by previous tests.

Submitted by AMANDA MARIA DE OLIVEIRA DAL PIVA null (dalpiva.amanda@yahoo.com.br) on 2017-01-26T20:23:27Z No. of bitstreams: 1 Dissertação corrigida - AMANDA DAL PIVA 25.01.pdf: 2146690 bytes, checksum: a89a6aa3e6a8035084f601050b280943 (MD5) / Approved for entry into archive by LUIZA DE MENEZES ROMANETTO (luizamenezes@reitoria.unesp.br) on 2017-01-31T11:45:11Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dalpiva_amo_me_sjc.pdf: 2146690 bytes, checksum: a89a6aa3e6a8035084f601050b280943 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-31T11:45:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dalpiva_amo_me_sjc.pdf: 2146690 bytes, checksum: a89a6aa3e6a8035084f601050b280943 (MD5) Previous issue date: 2017-01-19 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Este estudo avaliou a morfologia superficial de duas cerâmicas recentemente lançadas no mercado, o crescimento de biofilme heterotípico e a viabilidade de fibroblastos gengivais humanos (FMM-1) em contato com estes materiais após vitrificação ou polimento. Para isto, foram confeccionados 46 blocos (4,5x4,5x1,5 mm) de cada cerâmica: zircônia parcialmente estabilizada por ítria com alta translucidez (HT) e silicato de lítio reforçado por zircônia (SUP). Os blocos foram sinterizados/cristalizados e as superfícies dos espécimes padronizadas com aplicação de glaze (subgrupos “g”). A rugosidade superficial (Ra e RSm) foi mensurada por rugosímetro de contato (n=20) e qualitativamente por perfilometria óptica (n=2). Após esterilização, os espécimes foram contaminados para a formação de biofilme com a associação de S. mutans, S. sanguinis e C. albicans no período de 16 h (n=8) e o biofilme formado foi quantificado através da contagem de unidades formadoras de colônia (UFC) e analisado por microscopia eletrônica de varredura. A viabilidade celular a fibroblastos FMM-1 foi avaliada através do teste MTT. Cinco amostras (15x15x1,5 mm) foram confeccionadas de forma semelhante e utilizadas para determinação da energia livre de superfície (ELS) através de goniometria. Em seguida, os espécimes não-destruídos (n=26) foram resubmetidos ao protocolo de lixamento e então, polidos conforme recomendação do fabricante para avaliação das superfícies polidas (subgrupos “p”) sob todas análises em estudo. Os dados de rugosidade foram avaliados através dos testes não-paramétricos Kruskal-Wallis, Dunn e Mann-Whitney. Os dados de ELS, MTT e UFC foram avaliados por análise de variância e teste de Tukey, e os dados de MTT também foram submetidos ao teste t. Para todos os testes, foi considerado o valor de alfa = 95%. A rugosidade foi influenciada pelos materiais e tratamentos de superfícies avaliados (Ra p<0,001; RSm p=0,0002), sendo que a cerâmica HTg apresentou ranhuras, em média, mais altas e menos espaçadas que as demais. Os fatores material e superfície influenciaram a ELS (p=0,001), todos os materiais apresentam comportamento hidrofílico, mas HTp apresentou a maior ELS. A interação dos fatores superfície e micro-organismo influenciou a UFC (p=0,00), sendo que Streptococcus aderiu mais sobre superfícies glazeadas e C. albicans apresentou menor aderência para superfícies polidas. O teste MTT demonstrou citotoxicidade inicial (24 h) para as superfícies polidas, o que não se repetiu após 7 dias de contato (p=0,00). A perfilometria evidenciou a morfologia superficial mais homogênea nas amostras polidas. Exceto para HTg, as imagens de MEV evidenciaram superfícies homogêneas e os espécimes contaminados apresentaram Streptococus e C. albicans. Pode-se concluir que as superfícies glazeadas apresentam maior rugosidade e tendência a acumular biofilme. Superfícies polidas possuem elevada ELS, porém, citotoxicidade temporária. / This study evaluated the morphology of two ceramic materials recently introduced on the market, as well as the formation of heterotypic biofilm and the viability of human gingival fibroblasts (FMM-1) in contact with these materials after glazing or polishing. For this, 46 blocks (4.5x4.5x1.5 mm) of each ceramic were made: high translucency zirconia partially stabilized by yttrium (HT) and lithium silicate reinforced by zirconium (SUP). The blocks were sintered/crystallized and surfaces were standardized with glaze application (subgroup “g”). The surface roughness (Ra and RSm) was evaluated through a contact rugosimeter (n=20) and qualitatively by profilometry (n=2). After sterilization, specimens were contaminated for heterotypic biofilm formation with association of S. mutans, S. sanguinis and C. albicans during 16 h of formation (n=8) and the biofilm was quantified by counting the colony forming units (CFU/mL) and analyzed by scanning electron microscopy (SEM). The viability of FMM-1 fibroblasts was evaluated by MTT assay. 5 samples (15x15x1.5 mm) were prepared in a similar way and used to determine the surface free energy (SFE) by goniometry. Then, the non-destroyed specimens (n=26) were resubmitted to the sandpaper polishing and finished as recommended by the manufacturer to evaluate the polished surfaces (subgroup “p”) under all analyzes in study. Roughness data was evaluated using the nonparametric Kruskal-Wallis, Dunn and Mann-Whitney tests. SFE, MTT and CFU results were evaluated by ANOVA and Tukey’s test, and MTT data was also submitted to t test. For all tests, it was considered an alfa value of 95%. Roughness was influenced by materials and surface treatments (Ra p=0,001; RSm p=0,0002). HTg ceramic presented, on average, higher and less spaced grooves than others. Both material and surface factors influenced the SFE (p=0,001), all materials presented hydrophilic behavior, however HTp presented higher SFE. The interaction of surface and micro-organism factors influenced the CFU (p=0,00), Streptococcus showed more adherence on glazed surfaces and C. albicans presented less adherence on polished surfaces. MTT assay demonstrated initial (24 h) cytotoxic behavior to polished surfaces, which was not repeated within the period of 7 days. The profilometry evidenced the more homogeneous surface morphology of polished samples. Except for HTg, the SEM images showed homogeneous surfaces, and on the contaminated specimens, it was observed the presence of Streptococcus and C. albicans. It could be concluded that glazed surfaces presented a greater roughness and tend to accumulate more biofilm. Polished surfaces present high SFE, however, are temporarily cytotoxic. / FAPESP: 2015/13322-1