Base Teórica: Bacteremias causadas por Klebsiella pneumoniae produtoras de carbapenemase são infecções ameaçadoras da vida e com elevadas taxas de mortalidade. As Enterobacteriaceae são as principais reponsáveis por bacteremias nos hospitais brasileiros. Há limitadas opções terapêuticas e o melhor tratamento para essas infecções ainda não está definido. O racional teórico para a terapia combinada nesse cenário seria o aumento da ação bactericida e a diminuição da indução de resistência. A terapia combinada com colistina parece estar relacionada com maior sobrevida. Com relação a terapia combinada com polimixina B, no entanto, as evidências são exíguas. Objetivo: Avaliar a mortalidade em 30 dias de pacientes com bacteremias por KPC-KP com enfoque na terapia combinada.Métodos: Trata-se de um estudo de coorte retrospectivo e unicêntrico que incluiu pacientes maiores de 18 anos com diagnóstico de bacteremia por KPC-KP. O desfecho primário avaliado foi mortalidade em 30 dias. Bacteremia por KPC-KP foi definida como uma ou mais hemoculturas positivas para esse microorganismo. A identificação bacteriana e os testes de susceptibilidade foram realizados utilizando o sistema automatizado Vitek 2 (bioMérieux, France). A terapia antimicrobiana foi caracterizada como empírica (iniciada nas primeiras 48 horas) e definitiva (esquemas iniciados ou mantidos após 48 horas) e avaliada da seguinte forma: nenhuma droga ativa, monoterapia (apenas um agente ativo), terapia combinada entre uma droga ativa e uma ou mais drogas inativas e terapia combinada com duas ou mais drogas ativas A análise estatística foi realizada com o software SPSS para Windows, versão 18.0. As análises de sobrevivência foram realizadas com curvas de Kaplan-Meier e as diferenças foram avaliadas utilizando o log-rank test. Todos os testes foram bicaudais considerando um nível de significância de 95%. Um modelo de regressão de Cox foi realizado para identificar fatores independentemente relacionados com a mortalidade em 30 dias. Resultados: Foram incluídas 105 bacteremias por KPC-KP. A mortalidade em 30 dias foi de 63 (60%) pacientes. O tempo médio de sobrevida foi de 24 dias (95% IQR, 17-21 dias). A taxa de mortalidade em pacientes tratados com terapia combinada foi significativamente menor (16,5/1000 pacientes-dia) comparada com os pacientes recebendo outros regimes terapêuticos (57,5/1000 pacientes-dia). Terapia combinada (Hazard Ratio [HR]; 0,32; 95% IC, 0,18-0.57; p<0,01) e bacteremia urinária (HR; 0,29; 95% IC, 0,09- 0,95; p=0,04) foram independentemente associados com a sobrevida em 30 dias. Em contrapartida, neoplasias (HR; 1,98; 95% IC, 1,18-3,32; p=0,01), admissão por patologia clínica (HR; 2,91; 95% IC, 1,56-5,42; p<0.01) e necessidade de tratamento com droga vasoativa (HR; 2,94; 95% IC, 1,59- 5,29; p<0,01) foram independentemente associados com o desfecho primário. Conclusão: O presente estudo demonstrou uma mortalidade em 30 dias de 60% nas bacteremias por KPC-KP. A terapia combinada com pelo menos dois agentes ativos in vitro foi consistentemente associada com sobrevida em 30 dias. / Background: BSI for KPC-KP is a life-threatening disease and compared to other sites of infection related to higher mortality rates. Enterobacteriaceae are the leading cause of BSI in Brazilian hospitals. There are limited treatment options and the best available treatment is still unknown. Rationale for combination therapy in this setting would be increasing bactericidal action and decreasing resistance induction. Combination therapy regimens with colistin seemed to be related with higher rates of survival. Polymyxin B combinations were studied only in a few studies. Objective: In this study we aim to evaluate 30-day mortality in KPC-KP bacteremia with particular emphasis on combination therapy. Methods: This is a single center retrospective cohort study that included patients older than 18 years diagnosed with KPC-KP BSI. The primary outcome was 30-day mortality after BSI. KPC-KP BSI was defined as one or more positive blood cultures with recovery of KPC-KP. Bacterial identification and antimicrobial susceptibility tests were performed using Vitek 2 (bioMérieux, France) automatized system. Antimicrobial therapy was defined as empirical (started on first 48 hours) and definitive (schemes initiated or maintained after 48 hours) and evaluated as follows: no active agents, monotherapy (only one active agents), combination therapy between one active agent plus one or more non-active agents and combination with two or more in vitro active agents Statistical analysis was performed using SPSS for Windows, version 18.0. Kaplan-Meier survival estimates were calculated and the difference was evaluated using the log-rank test. All tests were two-tailed and a p value < 0.05 were considered statistically significant. A Cox regression model were performed to identify independent factors related to 30-day mortality. Results: A total of 105 bloodstream infections caused by KPC-KP were included. A total of 63 (60%) patients died in the first 30 days after BSI. Median time to death was 24 days (95% IQR, 17-21 days). The mortality rate in patients treated with the combination of two antibiotics with in vitro activity was significantly lower (16.5/1000 patients-day) compared with that patients receiving other regimens (57.5/1000 patients-day). Combination therapy (Hazard Ratio [HR]; 0.32; 95% CI, 0.18-0.57; p<0.01) and urinary BSI (HR; 0.29; 95% CI, 0.09- 10 0.95; p=0.04) were independently associated to 30-day survival. On the other hand, having Cancer (HR; 1.98; 95% CI, 1.18-3.32; p=0.01), non-surgical admission (HR; 2.91; 95% CI, 1.56-5.42; p<0.01) and requirement of vasoactive drugs (HR; 2.94; 95% CI, 1.59-5.29; p<0.01) were independently associated to 30-day mortality. Conclusion: This study showed a 60% 30-day mortality in KPC-KP BSI. Combination therapy with two in vitro active agents was independently associated with 30-day survival.

Base Teórica: Bacteremias causadas por Klebsiella pneumoniae produtoras de carbapenemase são infecções ameaçadoras da vida e com elevadas taxas de mortalidade. As Enterobacteriaceae são as principais reponsáveis por bacteremias nos hospitais brasileiros. Há limitadas opções terapêuticas e o melhor tratamento para essas infecções ainda não está definido. O racional teórico para a terapia combinada nesse cenário seria o aumento da ação bactericida e a diminuição da indução de resistência. A terapia combinada com colistina parece estar relacionada com maior sobrevida. Com relação a terapia combinada com polimixina B, no entanto, as evidências são exíguas. Objetivo: Avaliar a mortalidade em 30 dias de pacientes com bacteremias por KPC-KP com enfoque na terapia combinada.Métodos: Trata-se de um estudo de coorte retrospectivo e unicêntrico que incluiu pacientes maiores de 18 anos com diagnóstico de bacteremia por KPC-KP. O desfecho primário avaliado foi mortalidade em 30 dias. Bacteremia por KPC-KP foi definida como uma ou mais hemoculturas positivas para esse microorganismo. A identificação bacteriana e os testes de susceptibilidade foram realizados utilizando o sistema automatizado Vitek 2 (bioMérieux, France). A terapia antimicrobiana foi caracterizada como empírica (iniciada nas primeiras 48 horas) e definitiva (esquemas iniciados ou mantidos após 48 horas) e avaliada da seguinte forma: nenhuma droga ativa, monoterapia (apenas um agente ativo), terapia combinada entre uma droga ativa e uma ou mais drogas inativas e terapia combinada com duas ou mais drogas ativas A análise estatística foi realizada com o software SPSS para Windows, versão 18.0. As análises de sobrevivência foram realizadas com curvas de Kaplan-Meier e as diferenças foram avaliadas utilizando o log-rank test. Todos os testes foram bicaudais considerando um nível de significância de 95%. Um modelo de regressão de Cox foi realizado para identificar fatores independentemente relacionados com a mortalidade em 30 dias. Resultados: Foram incluídas 105 bacteremias por KPC-KP. A mortalidade em 30 dias foi de 63 (60%) pacientes. O tempo médio de sobrevida foi de 24 dias (95% IQR, 17-21 dias). A taxa de mortalidade em pacientes tratados com terapia combinada foi significativamente menor (16,5/1000 pacientes-dia) comparada com os pacientes recebendo outros regimes terapêuticos (57,5/1000 pacientes-dia). Terapia combinada (Hazard Ratio [HR]; 0,32; 95% IC, 0,18-0.57; p<0,01) e bacteremia urinária (HR; 0,29; 95% IC, 0,09- 0,95; p=0,04) foram independentemente associados com a sobrevida em 30 dias. Em contrapartida, neoplasias (HR; 1,98; 95% IC, 1,18-3,32; p=0,01), admissão por patologia clínica (HR; 2,91; 95% IC, 1,56-5,42; p<0.01) e necessidade de tratamento com droga vasoativa (HR; 2,94; 95% IC, 1,59- 5,29; p<0,01) foram independentemente associados com o desfecho primário. Conclusão: O presente estudo demonstrou uma mortalidade em 30 dias de 60% nas bacteremias por KPC-KP. A terapia combinada com pelo menos dois agentes ativos in vitro foi consistentemente associada com sobrevida em 30 dias. / Background: BSI for KPC-KP is a life-threatening disease and compared to other sites of infection related to higher mortality rates. Enterobacteriaceae are the leading cause of BSI in Brazilian hospitals. There are limited treatment options and the best available treatment is still unknown. Rationale for combination therapy in this setting would be increasing bactericidal action and decreasing resistance induction. Combination therapy regimens with colistin seemed to be related with higher rates of survival. Polymyxin B combinations were studied only in a few studies. Objective: In this study we aim to evaluate 30-day mortality in KPC-KP bacteremia with particular emphasis on combination therapy. Methods: This is a single center retrospective cohort study that included patients older than 18 years diagnosed with KPC-KP BSI. The primary outcome was 30-day mortality after BSI. KPC-KP BSI was defined as one or more positive blood cultures with recovery of KPC-KP. Bacterial identification and antimicrobial susceptibility tests were performed using Vitek 2 (bioMérieux, France) automatized system. Antimicrobial therapy was defined as empirical (started on first 48 hours) and definitive (schemes initiated or maintained after 48 hours) and evaluated as follows: no active agents, monotherapy (only one active agents), combination therapy between one active agent plus one or more non-active agents and combination with two or more in vitro active agents Statistical analysis was performed using SPSS for Windows, version 18.0. Kaplan-Meier survival estimates were calculated and the difference was evaluated using the log-rank test. All tests were two-tailed and a p value < 0.05 were considered statistically significant. A Cox regression model were performed to identify independent factors related to 30-day mortality. Results: A total of 105 bloodstream infections caused by KPC-KP were included. A total of 63 (60%) patients died in the first 30 days after BSI. Median time to death was 24 days (95% IQR, 17-21 days). The mortality rate in patients treated with the combination of two antibiotics with in vitro activity was significantly lower (16.5/1000 patients-day) compared with that patients receiving other regimens (57.5/1000 patients-day). Combination therapy (Hazard Ratio [HR]; 0.32; 95% CI, 0.18-0.57; p<0.01) and urinary BSI (HR; 0.29; 95% CI, 0.09- 10 0.95; p=0.04) were independently associated to 30-day survival. On the other hand, having Cancer (HR; 1.98; 95% CI, 1.18-3.32; p=0.01), non-surgical admission (HR; 2.91; 95% CI, 1.56-5.42; p<0.01) and requirement of vasoactive drugs (HR; 2.94; 95% CI, 1.59-5.29; p<0.01) were independently associated to 30-day mortality. Conclusion: This study showed a 60% 30-day mortality in KPC-KP BSI. Combination therapy with two in vitro active agents was independently associated with 30-day survival.

INTRODUÇÃO: Nas últimas três décadas E. aerogenes e E. cloacae vem sendo reportado como importante patógeno de infecção relacionada a assistência à saúde e vem cada vez mais apresentando resistência a vários antibióticos incluindo os carbapenêmicos. Poucos estudos, entretanto, avaliaram os mecanismos de resistência aos carbapenêmicos em espécies de Enterobacter no Mundo e no Brasil. OBJETIVO: Avaliar a presença de genes codificadores de carbapenemases, genes de ?- lactamases de espectro estendido e de bomba de fluxo AcrAB-TolC e alteração de proteínas de membrana externa de 44 isolados de E. aerogenes e 8 isolados de E. cloacae resistentes aos carbapenêmicos de 03 hospitais brasileiros. MATERIAL E MÉTODOS: Para determinar a Concentração Inibitória Mínima (CIM), foi realizado o teste de microdiluição em caldo, com os antibióticos: Imipenem, Meropenem, Ertapenem, Cefepima, Tigeciclina e Polimixina B e para Fosfomicina foi realizado o teste de diluição em ágar, segundo CLSI. Foi realizado PCR para identificar os genes codificadores de Serino Beta-lactamase da Classe A de Ambler (blaKPC, blaIMI e blaGES), de Metalo-beta-lactamase da Classe B de Ambler (bla IMP, blaVIM, blaGIM, blaSIM, blaSPM e blaNDM), de Oxacilinases da Classe D de Ambler (bla OXA-48), as ESBL (blaTEM, blaCTX e blaSHV) e da bomba de efluxo AcrAB-TolC. A tipagem molecular foi feita pela técnica de PFGE, as proteínas de membrana externa pelo método de SDS-PAGE e a atividade da bomba de efluxo por meio da determinação da CIM dos carbapenêmicos com e sem inibidor Carbonyl cyanide mchlorophenylhydrazone (CCCP). RESULTADOS: No período de 2005 a 2011, foram analisados, 130 isolados de Enterobacter spp, 105 (80,8%) dos isolados foram identificados como Enterobacter aerogenes, destes 44 (41,9%) apresentaram resistência ao Imipenem, Ertapenem ou Meropenem e 25 (19,2%) foram identificados como Enterobacter cloacae, destes 8 (32,0%) apresentaram resistência aos carbapenêmicos. Os isolados de E. aerogenes apresentaram CIMs que variaram de 2 a 128ug/mL para Imipenem, 4 a 64ug/mL para Meropenem e para Ertapenem 1 a >=128 ug/mL e os isolados de E. cloacae apresentaram CIMS que variaram de 8 a 64?g/mL para Imipenem, 2 a 16ug/mL para Meropenem e 8 a 64 ug/mL para Ertapenem. Todos isolados foram sensíveis a Fosfomicina, Polimixina B e Tigeciclina. A única carbapenemase identificada foi KPC, que estava presente em ambos isolados e em todos hospitais estudados. Os 39 isolados de E. aerogenes apresentaram 5 clones diferentes, sendo o clone A predominante. Os 5 isolados de E. aerogenes do Hospital de Itapecerica da Serra pertenciam ao mesmo clone. Os 8 isolados de E. cloacae apresentaram 2 clones diferentes. E a maioria dos isolados analisados apresentarou mecanismos de resistência aos carbapenêmicos como: gene blaKPC associado com o gene blaTEM e/ou blaCTX, associado com diminuição ou ausência de proteína 35-36kDa e 39 kDa. CONCLUSÃO: Em nosso estudo foi observado alta resistência aos carbapenêmicos nos isolados de E. aerogenes e E. cloacae nos 3 hospitais estudados. Os mecanismos observados que contribuíram para a resistência aos carbapenêmicos foram: a presença de KPC, ESBL e impermeabilidade da membrana para os isolados de E. aerogenes e para os isolados de E. cloacae foi observado também como mecanismo o gene da bomba de efluxo AcrART. Para os isolados de E. aerogenes, não foi observado o gene da bomba de efluxo, mas todos isolados analisados apresentaram atividade da bomba de efluxo para os carbapenêmicos, possivelmente nos indicando a presença de outra bomba de efluxo ainda não identificada / INTRODUCTION: In the last three decades, E. aerogenes and E. cloacae have been reported as important opportunistic pathogens in humans. They have been showing an increase resistance to multiple antibiotics including carbapenem. Few studies, however, evaluated the mechanisms of resistance to carbapenem in Enterobacter species in the world and in Brazil. OBJECTIVES: To evaluate the presence of genes encoding carbapenemases, genes of beta- lactamases of extended spectrum and AcrAB TolC- efflux pump and amendment of outer membrane proteins of 44 isolates of E. aerogenes and 8 isolates of E. cloacae carbapenems resistant of 03 Brazilian hospitals. METHODS: To determine the minimum inhibitory concentration (MIC), microdilution broth test was performed for the followings antibiotics: Imipenem, Meropenem, Ertapenem, Cefepima, Tigecycline and Polymyxin B and agar dilution for Fosfomycin, according to CLSI. PCR was performed to identify the genes encoding Serino Beta-lactamase Class A Ambler (blaKPC, blaIMI and blaGES) of Metallo-beta-lactamase Class B Ambler (blaIMP, blaVIM, bla GIM, blaSIM, blaSPM and blaNDM) of Oxacilinases Class D Ambler (blaOXA-48), the ESBL (blaTEM, blaSHV and blaCTX) and efflux pump AcrAB-TolC. Molecular typing was performed by PFGE, outer membrane proteins by SDS-PAGE method and the activity of the efflux pump by carbapenem´s MIC by agar diluition with and without inhibitor Carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP). RESULTS: In the period from 2005 to 2011, 130 isolates of Enterobacter spp were analyzed, 105 (80.8%) isolates were identified as Enterobacter aerogenes, of these 44 (41.9%) were resistant to Imipenem, Meropenem or Ertapenem and 25 (19.2%) were identified as Enterobacter cloacae, and 8 (32.0%) showed resistance to carbapenems. The isolated E. aerogenes presented MIC ranging from 2 to 128?g /ml for Imipenem, 4 to 64ug /ml for Meropenem and Ertapenem 1 to >= 128 mg /mL. E. cloacae isolated showed MIC ranged from 8 to 64ug / ml for Imipenem, 2 to 16ug / ml for Meropenem and 8 to 64 mg / mL to Ertapenem. All isolates were susceptible to fosfomycin, polymyxin B and tigecycline. The only carbapenemase identified was KPC, which was present in both isolated and in all hospitals studied. The 39 isolates of E. aerogenes presented five different clones, the clone A being predominant. The five isolates of E. aerogenes in the Hospital of Itapecerica da Serra belong to same clone. Eight isolates of E. cloacae showed two different clones. Most of the isolates analyzed showed resistance mechanisms to carbapenems like: blaKPC gene associated with blaTEM gene and / or blaCTX associated with a decreased or absent protein 35- 36kDa and 39 kDa. CONCLUSION: In our study, we observed high carbapenem resistance in isolates of E. aerogenes and E. cloacae in the three studied hospitals. The observed mechanisms that contributed to resistance to carbapenems were: the presence of KPC, ESBL and impermeability of the membrane in E. aerogenes and in E. cloacae isolates. E. cloacae presented also that gene of the efflux pump AcrART. Among E. aerogenes, the gene wasn´t observed, but all isolates analyzed demonstrated active efflux pump to carbapenems possibly indicating the presence of other efflux pump still unidentified

INTRODUÇÃO: O tratamento das infecções relacionadas à assistência à saúde, causadas por enterobactérias, representa um desafio crescente, em função do aumento da prevalência de resistência aos betalactâmicos, em particular às cefalosporinas de terceira e quarta gerações e carbapenêmicos. Os mecanismos de resistência mais relevantes a essas classes de antimicrobianos, em enterobactérias, é a produção de betalactamases de espectro ampliado e carbapenemases. Os objetivos do estudo foram: (1) determinar a frequência e caracterizar betalactamases de espectro ampliado (ESBL); (2) determinar a frequência e caracterizar o gene blaKPC-2; (3) avaliar a relação clonal entre isolados produtores de ESBL ou KPC, uma coleção de isolados do gênero Enterobacter cultivadas de casos de infecções relacionadas aos cuidados com a saúde diagnosticadas em pacientes atendidos em hospitais da cidade de São Paulo. MÉTODOS: Foram estudadas 141 isolados do gênero Enterobacter quanto à produção de ESBL pelo método de Jarlier e colaboradores, concentrações inibitórias mínimas para cefotaxima, cefepima e ceftazidima pelo método da diluição em ágar, halo de inibição para ertapenem pelo método de Kirby-Bauer e presença de genes que codificam ESBL ou KPC, por PCR. RESULTADOS: A frequência de isolados produtores de ESBL, quando utilizado o método de Jarlier e colaboradores foi de 22,7%. Os genes que codificam cefotaximases foram detectados em 34,4% dos isolados com teste fenotípico positivo para ESBL, e houve predomínio do grupo da CTX-M-8, enquanto os genes que codificam variantes SHV foram detectados em 18,7% dos produtores de ESBL. Os genes blaTEM-1 e blaOXA-1 foram detectados em 62,5%; 12,5% dos isolados com teste fenotípico positivo para ESBL, mas não são ESBLs. Não houve detecção do gene que codifica a enzima BES-1 na amostragem. O gene blaKPC-2 foi detectado em três dos 15 isolados produtores de ESBL e resistentes ao ertapenem. Os perfis obtidos por ERIC-PCR sugerem a disseminação de um clone de E. aerogenes entre instituições hospitalares. CONCLUSÕES: Os determinantes genéticos de ESBLs predominantes na amostragem analisada são derivados de blaCTX-M. A presença de grupos clonais em instituições hospitalares distintas, evidencia disseminação entre hospitais. A presença de KPC em Enterobacter é reportada pela primeira vez em São Paulo / INTRODUCTION: The treatment of healthcare associated infections caused by enterobacteria represents a growing challenge due to the increasing prevalence of beta-lactam resistance, particularly to third and fourth generations cephalosporins and carbapenems. The main mechanisms of resistance to these antimicrobial classes are the production of extended spectrum beta-lactamases and carbapenemases. The objectives of this study were: (1) determine the frequency and characterize extended spectrum beta-lactamases; (2) determine the frequency and characterize blaKPC; (3) evaluate the clonal relation among ESBL or KPC producers, in a collection of Enterobacter isolates cultivated from cases of healthcare associated infections in patients from hospitals located in the city of São Paulo. METHODS: A total of 141 Enterobacter isolates were studied concerning ESBL production using the method from Jarlier and colleagues, minimum inhibitory concentrations for cefotaxime, ceftazidime and cefepime by agar dilution method, inhibition zone for ertapenem by by Kirby-Bauer method and the presence of genes coding for ESBLs or KPCs, by PCR. RESULTS: The frequency of ESBL producers using Jarlier´s method was 22.7%. Genes coding for cefotaximases were detected in 34.4% of isolates with a positive test for ESBl and CTX-M-8 group was predominant, but blaSHV variants were also detected in 18.7% of the ESBL producres. blaTEM-1, and blaOXA-1 genes were detected in 62.5%; 12.5% of all isolates with a positive phenotypic test for ESBL, but there are not ESBLs. The blaKPC-2 gene was detected in three among 15 ESBL producers that were also resistant to ertapenem. ERIC-PCR profiles suggest the dissemination of an E. aerogenes clone among hospitals. CONCLUSIONS: The predominant ESBL determinants in the sample analyzed derive from blaCTX-M. The presence of the same clonal groups in different hospitals indicates inter-hospital dissemination. The presence of KPC producing Enterobacter is reported for the first time in São Paulo

Base Teórica: Bacteremias causadas por Klebsiella pneumoniae produtoras de carbapenemase são infecções ameaçadoras da vida e com elevadas taxas de mortalidade. As Enterobacteriaceae são as principais reponsáveis por bacteremias nos hospitais brasileiros. Há limitadas opções terapêuticas e o melhor tratamento para essas infecções ainda não está definido. O racional teórico para a terapia combinada nesse cenário seria o aumento da ação bactericida e a diminuição da indução de resistência. A terapia combinada com colistina parece estar relacionada com maior sobrevida. Com relação a terapia combinada com polimixina B, no entanto, as evidências são exíguas. Objetivo: Avaliar a mortalidade em 30 dias de pacientes com bacteremias por KPC-KP com enfoque na terapia combinada.Métodos: Trata-se de um estudo de coorte retrospectivo e unicêntrico que incluiu pacientes maiores de 18 anos com diagnóstico de bacteremia por KPC-KP. O desfecho primário avaliado foi mortalidade em 30 dias. Bacteremia por KPC-KP foi definida como uma ou mais hemoculturas positivas para esse microorganismo. A identificação bacteriana e os testes de susceptibilidade foram realizados utilizando o sistema automatizado Vitek 2 (bioMérieux, France). A terapia antimicrobiana foi caracterizada como empírica (iniciada nas primeiras 48 horas) e definitiva (esquemas iniciados ou mantidos após 48 horas) e avaliada da seguinte forma: nenhuma droga ativa, monoterapia (apenas um agente ativo), terapia combinada entre uma droga ativa e uma ou mais drogas inativas e terapia combinada com duas ou mais drogas ativas A análise estatística foi realizada com o software SPSS para Windows, versão 18.0. As análises de sobrevivência foram realizadas com curvas de Kaplan-Meier e as diferenças foram avaliadas utilizando o log-rank test. Todos os testes foram bicaudais considerando um nível de significância de 95%. Um modelo de regressão de Cox foi realizado para identificar fatores independentemente relacionados com a mortalidade em 30 dias. Resultados: Foram incluídas 105 bacteremias por KPC-KP. A mortalidade em 30 dias foi de 63 (60%) pacientes. O tempo médio de sobrevida foi de 24 dias (95% IQR, 17-21 dias). A taxa de mortalidade em pacientes tratados com terapia combinada foi significativamente menor (16,5/1000 pacientes-dia) comparada com os pacientes recebendo outros regimes terapêuticos (57,5/1000 pacientes-dia). Terapia combinada (Hazard Ratio [HR]; 0,32; 95% IC, 0,18-0.57; p<0,01) e bacteremia urinária (HR; 0,29; 95% IC, 0,09- 0,95; p=0,04) foram independentemente associados com a sobrevida em 30 dias. Em contrapartida, neoplasias (HR; 1,98; 95% IC, 1,18-3,32; p=0,01), admissão por patologia clínica (HR; 2,91; 95% IC, 1,56-5,42; p<0.01) e necessidade de tratamento com droga vasoativa (HR; 2,94; 95% IC, 1,59- 5,29; p<0,01) foram independentemente associados com o desfecho primário. Conclusão: O presente estudo demonstrou uma mortalidade em 30 dias de 60% nas bacteremias por KPC-KP. A terapia combinada com pelo menos dois agentes ativos in vitro foi consistentemente associada com sobrevida em 30 dias. / Background: BSI for KPC-KP is a life-threatening disease and compared to other sites of infection related to higher mortality rates. Enterobacteriaceae are the leading cause of BSI in Brazilian hospitals. There are limited treatment options and the best available treatment is still unknown. Rationale for combination therapy in this setting would be increasing bactericidal action and decreasing resistance induction. Combination therapy regimens with colistin seemed to be related with higher rates of survival. Polymyxin B combinations were studied only in a few studies. Objective: In this study we aim to evaluate 30-day mortality in KPC-KP bacteremia with particular emphasis on combination therapy. Methods: This is a single center retrospective cohort study that included patients older than 18 years diagnosed with KPC-KP BSI. The primary outcome was 30-day mortality after BSI. KPC-KP BSI was defined as one or more positive blood cultures with recovery of KPC-KP. Bacterial identification and antimicrobial susceptibility tests were performed using Vitek 2 (bioMérieux, France) automatized system. Antimicrobial therapy was defined as empirical (started on first 48 hours) and definitive (schemes initiated or maintained after 48 hours) and evaluated as follows: no active agents, monotherapy (only one active agents), combination therapy between one active agent plus one or more non-active agents and combination with two or more in vitro active agents Statistical analysis was performed using SPSS for Windows, version 18.0. Kaplan-Meier survival estimates were calculated and the difference was evaluated using the log-rank test. All tests were two-tailed and a p value < 0.05 were considered statistically significant. A Cox regression model were performed to identify independent factors related to 30-day mortality. Results: A total of 105 bloodstream infections caused by KPC-KP were included. A total of 63 (60%) patients died in the first 30 days after BSI. Median time to death was 24 days (95% IQR, 17-21 days). The mortality rate in patients treated with the combination of two antibiotics with in vitro activity was significantly lower (16.5/1000 patients-day) compared with that patients receiving other regimens (57.5/1000 patients-day). Combination therapy (Hazard Ratio [HR]; 0.32; 95% CI, 0.18-0.57; p<0.01) and urinary BSI (HR; 0.29; 95% CI, 0.09- 10 0.95; p=0.04) were independently associated to 30-day survival. On the other hand, having Cancer (HR; 1.98; 95% CI, 1.18-3.32; p=0.01), non-surgical admission (HR; 2.91; 95% CI, 1.56-5.42; p<0.01) and requirement of vasoactive drugs (HR; 2.94; 95% CI, 1.59-5.29; p<0.01) were independently associated to 30-day mortality. Conclusion: This study showed a 60% 30-day mortality in KPC-KP BSI. Combination therapy with two in vitro active agents was independently associated with 30-day survival.

published_or_final_version / Microbiology / Doctoral / Doctor of Philosophy

This study characterized Salmonella enterica serovar Heidelberg from human, abattoir poultry and retail poultry isolates to examine the molecular relationships of cefoxitin resistance between these groups. A total of 147 S. Heidelberg (70 cefoxitin-resistant and 77 cefoxitin-susceptible) isolates were studied. All cefoxitin-resistant isolates were also resistant to amoxicillin-clavulanic acid, ampicillin, ceftiofur and ceftriaxone, and all contained the CMY-2 gene. Pulsed-field gel electrophoresis typing illustrated that 93.9% isolates clustered together with ≥ 90% similarity. Core genome analysis using whole genome sequencing identified 12 clusters of isolates with zero to four single nucleotide variations. These clusters consisted of cefoxitin-resistant and susceptible human, abattoir poultry and retail poultry isolates. Analysis of CMY-2 plasmids from cefoxitin-resistant isolates revealed all belonged to incompatibility group I1. Analysis of plasmid sequences using WGS revealed high identity (95-99%) to a previously described plasmid (pCVM29188_101) found in Salmonella Kentucky. When compared to pCVM29188_101, all sequenced cefoxitin-resistant isolates were found to carry one of ten possible variant plasmids. The discovery of several clusters of isolates from different sources with zero to four SNVs suggests that transmission between human, abattoir poultry and retail poultry sources may be occurring. The classification of newly sequenced plasmids into one of ten sequence variant types suggests transmission of a common CMY-2 plasmid amongst S. Heidelberg with variable genetic backgrounds. / October 2016

L’émergence de formes multirésistantes de tuberculose et la résistance intrinsèque de Mycobacterium abscessus à de nombreux anti-infectieux imposent l’identification de nouveaux antibiotiques et de nouvelles stratégies thérapeutiques. Les mycobactéries sont naturellement peu sensibles aux β-lactamines par production d’une β-lactamase et de cibles atypiques de faible affinité, les L,D-transpeptidases, qui sont efficacement inactivées par une seule classe de β-lactamines, les carbapénèmes. L’objectif de la thèse est d’étudier le mode d’action des β-lactamines afin de proposer des stratégies permettant d’optimiser ces antibiotiques. Pour comprendre la spécificité des L,D-transpeptidases vis-à-vis des carbapénèmes, nous avons étudié la cinétique et le mécanisme de la réaction d’inactivation de ces enzymes par différentes méthodes de spectroscopie en flux arrêté. Nos résultats indiquent que l’efficacité des carbapénèmes est due à leur capacité à former rapidement un intermédiaire tétrahédrique et à la stabilité de l’acylenzyme. La spécificité des L,D-transpeptidases pour les carbapénèmes ne dépend pas de leurs chaînes latérales, qui pourraient être modifiées pour améliorer les propriétés pharmacologiques de ces antibiotiques. Chez M. abscessus, nous avons identifié un inhibiteur de la β-lactamase, l’avibactam, qui augmente l’activité de certaines β-lactamines in vitro, en intracellulaire et dans un modèle d’infection du poisson zèbre. Nos résultats montrent que les β-lactamines peuvent être optimisées pour le traitement des infections dues aux mycobactéries multirésistantes par l’amélioration de l’inactivation des cibles ou l’inhibition des β-lactamases. / The emergence of multidrug-resistant tuberculosis and the intrinsic resistance of Mycobacterium abscessus to most antibiotics require the identification of new drugs and new therapeutic strategies. Mycobacteria are naturally poorly susceptible to β-lactam antibiotics due to production of a β-lactamase and of atypical low-affinity targets, the L,D-transpeptidases, which are effectively inactivated by a single class of β-lactams, the carbapenems. The aim of the thesis is to study the mode of action of β-lactams to propose strategies for the optimization of these antibiotics. To understand the specificity of L,D-transpeptidase for carbapenems, we have studied the kinetics and mechanism of inactivation of these enzymes using various stopped-flow spectroscopic methods. Our results indicate that the efficacy of carbapenems is due to their ability to rapidly form a tetrahedral intermediate and to the stability of the acylenzyme. The specificity of the L,D-transpeptidases for carbapenems does not depend upon the side chains of the drugs, which may be modified to improve their pharmacological properties. In M. abscessus, we have shown that the β-lactamase inhibitor avibactam increases the activity of various β-lactams in vitro, intracellularly, and in zebrafish model. Our results show that β-lactams can be optimized for the treatment of infections due to multidrug-resistant mycobacteria by improving inactivation of the targets and by inhibiting the β-lactamases.

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Wong Yin Wai. / Thesis submitted in: June 2002. / Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 2003. / Includes bibliographical references (leaves 82-93). / Abstracts in English and Chinese. / Acknowledgement --- p.ii / Abstract --- p.iii / 摘要 --- p.v / Table of Content --- p.vi / List of Tables --- p.ix / List of Figures --- p.x / Chapter 1 --- Introduction --- p.1 / Chapter 1.1 --- Taxonomy of salmonellae --- p.1 / Chapter 1.2 --- Clinical significance --- p.2 / Chapter 1.3 --- Treatment of Salmonella infections --- p.4 / Chapter 1.4 --- Global and local prevalence of Salmonella --- p.5 / Chapter 1.5 --- Antimicrobial Susceptibilities --- p.8 / Chapter 1.5.1 --- Salmonella Typhimurium --- p.8 / Chapter 1.5.2 --- Other salmonellae --- p.9 / Chapter 1.5.3 --- Emergence of quinolone-resistant salmonellae --- p.9 / Chapter 1.6 --- Mechanisms of β-lactam resistance --- p.10 / Chapter 1.6.1 --- Enzymatic deactivation of β-lactam antibiotics --- p.10 / Chapter 1.6.2 --- Modifications of normal PBPs --- p.11 / Chapter 1.6.3 --- Alternative routes of peptidoglycan synthesis --- p.12 / Chapter 1.6.4 --- Impermeability and active efflux system --- p.12 / Chapter 1.7 --- Classification and nomenclature of β-lactamases --- p.13 / Chapter 1.7.1 --- Functional classification --- p.13 / Chapter 1.7.2 --- Molecular classification --- p.15 / Chapter 1.7.3 --- Nomenclature of β-lactamases --- p.16 / Chapter 1.8 --- β-Lactamases in salmonellae --- p.17 / Chapter 1.8.1 --- Salmonella Typhimurium --- p.17 / Chapter 1.8.2 --- Other salmonellae --- p.18 / Chapter 1.9 --- Methods for the characterization of β-lactamases --- p.18 / Chapter 1.9.1 --- Isoelectric focusing (IEF) --- p.19 / Chapter 1.9.2 --- β-Lactamase activity assays --- p.20 / Chapter 1.9.3 --- Hybridization with DNA probes --- p.20 / Chapter 1.9.4 --- Amplification of β-lactamase genes by polymerase chain reaction (PCR) --- p.21 / Chapter 1.9.5 --- Polymerase chain reaction - Single strand conformational polymorphism (PCR-SSCP) analysis --- p.23 / Chapter 1.9.6 --- Gene sequencing --- p.23 / Chapter 1.10 --- Objectives --- p.25 / Chapter 2 --- Materials and Methods --- p.26 / Chapter 2.1 --- Bacterial Strains --- p.26 / Chapter 2.1.1 --- Identification of salmonellae --- p.26 / Chapter 2.1.2 --- Antibiotics and chemicals used --- p.26 / Chapter 2.1.3 --- Antimicrobial susceptibility testing --- p.28 / Chapter 2.2 --- Localization of β-lactamase genes --- p.30 / Chapter 2.2.1 --- Transferability study --- p.30 / Chapter 2.3 --- Characterization of β-lactamases --- p.31 / Chapter 2.3.1 --- Extraction of crude β-lactamases --- p.31 / Chapter 2.3.2 --- Isoelectric focusing (IEF) --- p.31 / Chapter 2.4 --- Molecular characterization of β-lactamase genes --- p.33 / Chapter 2.4.1 --- Detection of TEM-type β-lactamase genes using polymerase chain reaction (PCR) --- p.33 / Chapter 2.4.2 --- Detection of OXA-type β-lactamase gene using PCR --- p.36 / Chapter 2.4.3 --- Detection of TEM mutations by polymerase chain reaction 一 single strand conformational polymorphism (PCR-SSCP) analysis --- p.37 / Chapter 2.4.4 --- Detection of OXA mutations by PCR-SSCP analysis --- p.38 / Chapter 2.4.5 --- Sequencing of β-lactamase genes --- p.39 / Chapter 2.4.5.1 --- Preparation of sequencing template --- p.39 / Chapter 2.4.5.2 --- Sequencing reaction --- p.39 / Chapter 2.4.5.3 --- Preparation of sequencing gel --- p.40 / Chapter 2.4.5.4 --- Silver staining of the sequencing gel --- p.41 / Chapter 2.5 --- Relatedness of ampicillin-resistant S. Typhimurium --- p.42 / Chapter 2.5.1 --- Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) --- p.42 / Chapter 2.5.2 --- Cluster analysis --- p.44 / Chapter 3 --- Results --- p.46 / Chapter 3.1 --- Bacterial Strains --- p.46 / Chapter 3.1.1 --- Antimicrobial susceptibilities --- p.46 / Chapter 3.2 --- Characterization of β-lactamases by isoelectric focusing --- p.52 / Chapter 3.3 --- Characterization of β-lactamase genes --- p.53 / Chapter 3.3.1 --- Transferability of β-lactamase genes --- p.53 / Chapter 3.3.2 --- Detection of OXA-type β-lactamase gene by polymerase chain reaction (PCR) --- p.53 / Chapter 3.3.3 --- Detection of OXA-type mutations by polymerase chain reaction- single strand conformational polymorphism (PCR-SSCP) analysis --- p.56 / Chapter 3.3.4 --- Detection of TEM-type β-lactamase gene by PCR --- p.56 / Chapter 3.3.5 --- Detection of TEM-type mutations by PCR-SSCP analysis --- p.56 / Chapter 3.3.6 --- Sequencing of β-lactamase genes --- p.61 / Chapter 3.3.7 --- Pulsed-field gel electrophoresis --- p.64 / Chapter 4 --- Discussion --- p.67 / Chapter 4.1 --- Antimicrobial susceptibilities of S. Typhimurium in Hong Kong --- p.67 / Chapter 4.2 --- Transferability of resistance --- p.69 / Chapter 4.3 --- β-Lactamases of S. Typhimurium --- p.70 / Chapter 4.4 --- DNA sequence of β-lactamase genes --- p.72 / Chapter 4.5 --- Relatedness of ampicillin-resistant S. Typhimurium --- p.73 / Chapter 4.6 --- Methods for the characterization of β-lactamases --- p.75 / Chapter 4.7 --- Significance of this study --- p.78 / Chapter 4.8 --- Conclusions --- p.79 / Chapter 4.9 --- Further studies --- p.80 / References --- p.83