Orientador: Edgard Graner / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-03T19:02:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Agostini_Michelle_M.pdf: 7433222 bytes, checksum: e2ca63fdfd8894a674bdaf167a2ef758 (MD5) Previous issue date: 2003 / Mestrado

Orientadores: Tomomasa Yano, Gleize Villela Carbonell / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T21:30:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Simi_Silvia_D.pdf: 1868819 bytes, checksum: 9a81841182a9a5aad432040a917e03f8 (MD5) Previous issue date: 2004 / Doutorado

Orientador: Sara Teresinha Olalla Saad / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-07-25T12:20:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Castro_MariadeLourdesRiosBarjasde_D.pdf: 2659306 bytes, checksum: e700698722dca26cf04c3dff9e15373d (MD5) Previous issue date: 1999 / Resumo: O sistema ABO é considerado o mais importante grupo de aloantígenos eritrocitários. Os antígenos A e B são glicoproteínas, cujas estruturas antigênicas dependem da atividade de enzimas, glicosiltransferases, que são produtos do gene ABO. Este gene esta localizado no cromossomo nove e apresenta sete exons, sendo os dois últimos responsáveis pela maior parte da seqüência da proteína codificada. Foram estudados os exons seis e sete de dez doadores do subgrupo Â3 com estudo familiar em três casos e de 71 Ameríndios da tribo Parakanã. Os doadores Â3 foram pré selecionados de acordo com critérios sorológicos e posteriormente foi realizado extração do DNA genômico seguido de amplificação dos dois últimos exons através da reação em cadeia da polimerase. O rastreamento das alterações moleculares nos doadores Â3 foi feito através do polimorfismo de conformação de fita simples de DNA e por seqüenciamento direto. Os índios foram submetidos a amplificação dos exons seis e sete e posterior digestão por enzimas de restrição, com o objetivo de definir a presença .da deleção 261 G e das mutações: G542A, T646A e C771T. Os resultados demonstraram que todos doadores são heterozigotos (A3O) e não , apresentam a mutação G871A previamente descrita. O exon sete é polimórfico em indivíduos A3 e com o estudo familiar foi possível concluir que a deleção 1060C assim como as mutações C467T, T646A e G829A são muito freqüentes neste subgrupo. O grupo sangüíneo O dos índios Parakanãs se caracteriza pela presença da deleção 261 G. O polimorfismo G542A foi demonstrado em 22% dos alelos O e as mutações T646A e C771 T em 65%. Estes resultados são distinto das freqüências descritas em Yanomanis, Araras e Kayapos, o que sugeri provável influencia dos efeitos Gargalo e Fundador neste grupo Indígena / Abstract: The ABO blood group is the most clinically important human alloantigen system in transfusion medicine and includes many variant phenotypes. Phenotypic heterogeneity is due structural differences of the glycosyltransferase gene on chromosome nine, which controls the synthesis of transferase capabie of transferring one immunodominant sugar residue to the substrate H. We have studied the last two coding exons of ABO gene, which occupy 91 % of the soluble form of A1 transferase, from ten unrelated Â3 donors and 71 Parakanã Amerindians. The Â3 subgroup was defined according to immunohematological evaluation. Exons six and seven of the ABO gene were amplified and submitted to single strand conformation polymorphism and direct sequencing. The Amerindians were studied by PCR-RFLP for determination the 261 G deletion, the T646A and C771T mutations described in O 1variant and the G542A substitution. Ali Â3 donors have showed heterozygosity for the 261 G deletion (Â30) and have not presented the G871A mutation, previously described in this blood subgroup. The exon seven were heterogeneous at the molecularl~vel and with family studies were possible to conclude that the 1 D6DC deletionand the C467T, T646A and G829A mutations were frequently in this subgroup Ali Amerindians studied were 01 as described in other Indians group. Otherwise, the Parakanã presented lower frequencies of the G542A (22%), T646A and C771T mutation (65%) than other tribes. We concluded that the G542A and probably the O 1v allele are not distributed homogeneously among ali Amazonian Amerindians. The distinct result found in Parakanã Indians suggests a consequence of random genetic drift / Doutorado / Doutor em Clínica Médica

Em todo o mundo, menos de 5% dos doentes com tuberculose (TB), sejam casos novos ou previamente tratados, tem a avaliação dos isolados quanto ao perfil de sensibilidade aos antibioticos. No Rio Grande do Sul, estado localizado no sul do Brasil, cerca de 4700 casos novos de TB são registrados a cada ano, com uma taxa de cura de 68,9%, e uma taxa de abandono de 7,5%. A identificação rápida da resistência às drogas, em isolados clínicos de M. tuberculosis é importante para o estabelecimento de uma quimioterapia eficaz bem como para evitar a propagação de cepas resistentes. Os objetivos deste estudo foram caracterizar os pacientes de TB com maior risco de possuir TB-­‐MDR, analisando o perfil de resistência às drogas dos isolados e o perfil epidemiológico desses pacientes. Além disso utilizou-­‐se as amostras clínicas para avaliar o teste comercial (GenoType® MTBDRplus) e para desenvolver e padronizar um novo teste (Detect-­‐TBMR) para detectar as mutações mais frequentes associadas a resistência à INH e RIF. Uma proporção significativamente maior (75% versus 20%, p = 0,009) de pacientes do gênero masculino foi encontrada entre os casos resistentes às drogas do que entre os casos suscetíveis. 43,8% dos pacientes demoraram mais de 30 dias para procurar assistência médica e no grupo TB MDR, 25% dos casos não tinha sido submetido a qualquer tratamento prévio anti-­‐TB. Em nossas amostras, encontramos uma proporção de 48,3% de TB-­‐ MDR. A família T foi a família de spoligotipo mais frequente. Comparado com o método da proporções, a sensibilidade e especificidade do ensaio MTBDRplus foram 82% e 94% para a resistência à RIF, 60% e 94% para resistência à INH. Comparado com sequenciamento, a sensibilidade e especificidade do ensaio MTBDRplus foi 92% e 97% para a resistência à RIF e 100% e 100% para a resistência à INH, respectivamente. Para detectar resistência à RIF e INH, o ensaio Detect-­‐TBMDR mostrou sensibilidade e especificidade de 79,3% e 77,0% e 100% e 65%, respectivamente, em comparação com o método da proporções. Comparado com o sequenciamento, a sensibilidade e especificidade do ensaio Detect-­‐TBMDR foi de 81,2% e 94,7% e 100% e 96,2%, para detectar e resistência à RIF e INH, respectivamente. Ainda existem discordâncias entre o método das proporções e a abordagem molecular, particularmente em relação a resistência à INH. Contudo, estes métodos são muito importantes para o manejo mais rápido e correto dos pacientes, auxiliando na escolha do melhor esquema terapêutico. / In most parts of the world, less than 5% of new and previously treated tuberculosis (TB) patients are tested for multidrug resistance (MDR) TB. In Rio Grande do Sul state, the southern most Brazilian state; approximately 4700 new cases of TB are recorded each year, with a cure rate of 68.9%, and a noncompliance rate of 7.5%. Rapid identification of drug resistance in clinical isolates of Mycobacterium tuberculosis is important to facilitate rapid and adequate chemotherapy of TB, and to prevent the spread of resistant strains. The aim of this study was to characterize TB patients at higher risk of having MDR-TB, to analyze the drug resistance and epidemiological profile of these patients. Use the clinical samples to assess the commercial test (GenoType® MTBDRplus) and develop and standardize a new test (Detect-MDRTB) for detecting the most frequent mutations associated with resistance to INH and RIF. A significantly higher proportion (75% versus 20%, p = 0.009) of males were found among drug-resistant cases than drug susceptible cases. 43.8% of patients took longer than 30 days to seek medical care and in the MDR group 25% of the cases did not undergo any previous anti-TB treatment. In our samples we found a proportion of 48.3% of MDR-TB. The T family was the most frequent spoligotype family. Compared with the proportion method, the sensitivity and specificity of the MTBDRplus assay were 82% and 94% for RIF-resistance, 60% and 94% for INH resistance. Compared with sequencing, the sensitivity and specificity of the MTBDRplus assay were 92% and 97% for RIF-resistance, 100% and 100% for INHresistance. To detect RIF and INH-resistance, the Detect-TBMDR assay showed a sensitivity and specificity of 79.3% and 77.0%, and 100% and 65%, respectively, compared to proportion method. When compared with sequencing, Detect-TBMDR assay, to detect RIF and INH-resistance, showed a sensitivity and specificity of 81.2% and 94.7% and to 100% and 96.2%, respectively. Discordances still exist between the proportion method and molecular approach, particularly regarding INH-resistance. However, these methods are very important for the management faster and correct patient, helping to choose the best treatment regimen.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-01-19T17:40:54Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 954292 bytes, checksum: 4c469f118ecec64e0bf397931c09c1cc (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-19T17:40:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 954292 bytes, checksum: 4c469f118ecec64e0bf397931c09c1cc (MD5) Previous issue date: 2016-07-22 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Em vias de defesa envolvidas na interação planta/patógeno e planta/ambiente, a modulação da transcrição é etapa fundamental na ativação de respostas intracelulares. Esses mecanismos são regulados principalmente pelos fatores de transcrição (FT), que entre os mais estudados em plantas estão a família basic leucine zipper motif (bZIP). Interações dos bZIP com outras proteínas modulam a atividade destes transfatores por diversos mecanismos, e essa modulação afeta vias de transdução de sinais nas plantas. O GmbZIPE2 (Glyma05g168100.1) de soja tem sua expressão alterada em resposta à infecção por patógenos e ao tratamento com fitormônios de defesa, sugerindo que esse transfator possa estar envolvido em vias de sinalização de interação planta-patógeno. O objetivo deste trabalho foi identificar interações proteicas do GmbZIPE2 utilizando o ensaio de duplo-híbrido de leveduras. Identificamos que a proteína GmbZIPE2 foi capaz de interagir com G. max uncharacterized LOC100786585 (RbcX), identificada no Phytozome como Chaperonin-like Rbcx Protein, que atua como chaperona no dobramento da Rubisco, e a proteína G. max uncharacterized LOC100777895, cuja função biológica descrita no Uniprot é relacionada à montagem do fotossistema II (PSII). Uma vez que interage com proteínas envolvidas com a fotossíntese e que podem atuar como moléculas sinalizadoras do estado fotossintético da célula, o GmbZIPE2 pode estar relacionado à transmissão de sinais do cloroplasto para o núcleo, atuando na via de sinalização retrógada. / In defence pathways triggered after the plant /pathogen interaction and upon environment stress, the transcriptional modulation is a critical step for the activation of intracellular responses. This modulation is mainly regulated by transcriptional factors (TF). The basic leucine zipper family (bZIP) is the most studied TF in plants. The interaction between bZIP and other proteins modulates the activity of these transcriptional factors by several mechanisms, and that modulation affects the signal transduction pathways. The GmbZIPE2 (Glyma05g168100.1) is responsive to pathogen infection and treatment with phytohormones related to defense, suggesting that GmbZIPE2 is part of pathogen response signaling pathways in soybean. The aim of this study was to identify protein that can interact with GmbZIPE2 using yeast two-hybrid. We found that the GmbZIPE2 was able to interact with G. max uncharacterized LOC100786585 (RbcX), identified in Phytozome as Chaperonin-like Rbcx Protein, that acts as chaperone in folding of Rubisco, and the G. protein max uncharacterized LOC100777895, that was described to the assembly of photosystem II (PSII). These interactions suggest that GmbZIPE2 can be related to signal transmission from chloroplast to the nucleus.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-01-25T15:06:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5823294 bytes, checksum: 57e386562b625c863d229de50fec54e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-25T15:06:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 5823294 bytes, checksum: 57e386562b625c863d229de50fec54e3 (MD5) Previous issue date: 2016-07-26 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A recente liberação de uma nova anotação do genoma da soja (Glycine max) levantou a possibilidade da existência de novos genes pertencentes à superfamília NAC (NAM, ATAF e CUC). Os genes NAC codificam fatores de transcrição envolvidos no controle da morfofisiologia dos vegetais e nas respostas aos estresses ambientais. Neste trabalho, nós realizamos a revisitação do genoma da soja e o confrontamos com a estrutura altamente conservada do domínio NAC na busca de genes ainda não descritos na literatura. Nossa varredura identificou 32 novos genes candidatos, atualizando a superfamília para 180 membros. Também reaizamos uma análise filogenética e agrupamos todos os genes em cinco grandes subfamílias, baseado na ortologia com genes de Arabidopsis thaliana e na proximidade filogenética com genes de soja cujas funções já foram caracterizadas. Por fim, procedeu-se à clonagem de três representantes da superfamília, sendo dois já descritos e um membro novo, que foi avaliado quanto à sua localização nuclear e sua capacidade de transativação em leveduras. Para validar as análises in silico da presença de novos genes NAC no genoma da soja e sua relação com respostas fisiológicas, quatro genes tiveram seus perfis de expressão gênica em condições de estresse monitorados por qRT-PCR, sendo que três deles eram novos membros encontrados nesta investigação. Estes resultados forneceram evidências de que os novos genes são provavelmente expressos e fundamentaram um inventário mais completo da superfamília de NAC da soja para futuras análises. / The release of a new soybean (Glycine max) genome-annotation raised the possibility that new NAC-superfamily genes would be present in soybean genome. The NAC (NAM, ATAF and CUC) genes encode transcription factors involved with the control of normal plant morphophysiology and stress responses. Here, we interrogated the newly annotated soybean genome against a conserved NAC- domain structure. Our data show 32 putative novel NAC-gene members, updating the superfamily to 180 gene members. We also organized the genes in five phylogenetic groups, according to the functions of orthologous Arabidopsis thaliana genes and NAC soybean genes. Finally, we cloned three gene members: two gene members already described and a new gene, which was characterized regarding to its nuclear localization and transactivation capacity. To validate our in silico analyses, we monitored the gene-expression profiles of three new NAC- genes by qRT-PCR. These data provided evidence that the new genes are probably expressed and established a more complete framework of the soybean NAC superfamily for future analyses.

Orientador: Carmen Silvia Bertuzzo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T15:38:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AguilarRodriguez_DavidEnrique_D.pdf: 4668835 bytes, checksum: 3c1abf6e2f254877f29ff8772ac563fc (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

Orientador: Elso Drigo Filho / Banca: Rogério Custodio / Banca: Jorge Chahine / Resumo: Nesse trabalho o estado fundamental para a molécula de H2 é calculado usando o método variacional. A abordagem proposta aqui usa a função de onda molecular do tipo Valence Bond (VB), escrita como sendo a soma do termo de valência com o termo iônico, sendo ao último dado um peso diferente em relação ao primeiro. A molécula é confinada em uma caixa elipsoidal impenetrável. Como uma primeira aproximação esse tipo de geometria pode ser usada para simular moléculas dentro de cavidades proteicas. Os orbitais atômicos são construídos através de sugestões inspiradas no método de fatorização da equação de Schrödinger. A polarizabilidade, momento de quadrupolo e os autovalores de energia para a parte vibracional também são calculados. O objetivo desse trabalho é propor uma função de onda simples, em comparação com as encontradas na literatura, para a molécula de hidrogênio confinada. Os resultados numéricos estão de acordo com os encontrados na literatura e levam à discussão de quanto o termo iônico é relevante para o sistema estudado / Abstract: The ground state energies for the confined H2 molecules are computed by using the variational method. The approach proposed here uses the wave function molecular of the type Valence Bond (VB), written as the sum of the covalent term with ionic term, for last term is given a weight different in relation the first term. The molecules are confined in impenetrable prolate spheroidal boxes. In first approach this system can be used for simulate molecules in protein cavities. The atomic orbitals are built from previous suggestion inspired from the factorization of Schrödinger equation. The aim of this work is to propose a new simple and efficient wave function to be used for confined hydrogen molecule. The polarizability, quadrupole moment and vibrational states are also calculated. The results obtained are in agreement with other results presents in the literature and they lead to discussion about of relevance of ionic term in the wave function / Mestre

Orientador: Clarice Weis Arns / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-23T20:36:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dani_MariaAngelaGomesdeCastro_M.pdf: 3584513 bytes, checksum: 44f0c60386e93a6a79298e7ba5df2fba (MD5) Previous issue date: 1998 / Resumo: Pneumovírus aviário (PVA) causa infecção aguda no trato respiratório em perus (rinotraqueítedos perus) e galinhas (síndrome da cabeça inchada) com início abrupto e disseminação rápida. Neste estudo, foi padronizada a reação de RT-PCR quimioluminescente para detecção de um transcrito do gene F do PVA em dois isolados europeus e dois isolados brasileiros. Foram realizadas PCRs de diluição limitante utilizando-se RT-PCR quimioluminescente e "nested PCR" (nPCR) para a comparação quanto à sensibilidade e especificidade entre as metodologias na detecção de PVA. A sensibilidade e especificidade da RT-PCR quimioluminescente foram semelhantes às da nPCR e 100 vezes mais sensível que uma única PCR. O seqüênciamento dos produtos de 175 pb do gene F revelaram 100% de homologia com seqüências depositadas no banco de dados. Em seguida foi realizada a caracterização dos isolados brasileiros através de RT-PCR, análise com enzimas de restrição e seqüênciamento automático de um fragmento do gene G. Os produtos de 600 pb correspondentes aos primeiros 600 nucleotídeos do gene G dos isolados SHS BR 119 e SHS BR 121 revelaram 99% de similaridade com 3 isolados do subgrupo A e 87% de similaridade com isolados do subgrupo B depositadas no banco de dados / Abstract: Avian Pneumovirus (APV) causes an acute respiratory tract infection both in turkeys (turkey rhinotracheitis) and chicken (swollen head syndrome) with sudden onset and rapid spread through the flocks. In this study, immunochemiluminescent Southern blot RT-PCR assay was employed to detect a F gene transcript of the avian pneumovirus (APV) in two European turkey isolates and two Brazilian chicken isolates. Limiting dilution PCR was performed to compare the sensitivity of immunochemiluminescent Southern blot assay and nested PCR (nPCR) assay. The sensitivity and specificity of immunochemiluminescent Southem blot RT-PCR assay were comparable to that of nPCR, and at least 100 fold more sensitive than a single PCR amplification. Sequence analysis of the 175 bp product ofthe F gene revealed 100% identity with earlier reported PVA sequences. We characterized the Brazilian isolates using restriction analysis and sequencing of a 600 bp fragment of the G gene and conclude that the isolates belong to the APV subgroup A / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador : Octavio Henrique de Oliveira Pavan / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-18T21:50:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Araujo_EdsonFreitasde_M.pdf: 2895382 bytes, checksum: 92e5f3324d91725a4c06a085b86a1d48 (MD5) Previous issue date: 1993 / Mestrado / Genetica / Mestre em Ciências Biológicas